单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-09-15	Longitudinal transcriptomic analysis of SIV-infected rhesus macaques reveals peripheral immune dynamics throughout untreated SIV infection and long-term antiretroviral therapy 2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.08.669172 PMID:40832257	研究论文	通过单细胞RNA测序纵向分析SIV感染恒河猴的外周免疫细胞动态，揭示未治疗感染期及长期抗逆转录病毒治疗期间的免疫变化	首次应用纵向scRNA-seq全面描绘SIV感染模型从急性感染到五年ART期间的免疫动态，并发现髓系细胞群中持续的免疫失调特征	研究基于非人灵长类动物模型，结果向人类HIV感染的直接推广需谨慎	解析长期HIV感染和抗逆转录病毒治疗下的免疫动态变化	SIV感染的恒河猴外周血单核细胞	免疫学	HIV感染	scRNA-seq, IPDA（完整前病毒DNA检测）	NA	转录组数据	SIV感染恒河猴的纵向外周血样本
102	2025-09-15	BioLLM: A standardized framework for integrating and benchmarking single-cell foundation models 2025-Aug-08, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2025.101326 PMID:40843339	研究论文	提出了一个名为BioLLM的统一框架，用于整合和评估单细胞基础模型在单细胞RNA测序分析中的应用	通过标准化API和统一接口解决了单细胞基础模型架构和编码标准异质性的问题，支持无缝模型切换和一致性基准测试	框架本身未直接涉及模型性能限制，但评估发现某些模型（如scBERT）因规模小和数据有限而表现较差	开发和评估一个标准化框架，以促进单细胞基础模型在生物医学研究中的集成和应用	单细胞基础模型（scFMs），包括scGPT、Geneformer、scFoundation和scBERT等	生物信息学	NA	单细胞RNA测序分析	大语言模型（LLM），包括scGPT、Geneformer等	单细胞RNA测序数据	未明确指定具体样本数量，但涉及多个单细胞基础模型的综合评估
103	2025-09-15	Progress and new challenges in image-based profiling 2025-Aug-07, ArXiv PMID:40799808	综述	回顾基于图像的细胞表型分析的计算方法进展、当前流程、局限性及未来发展方向	深度学习重塑了特征提取、可扩展性和多模态数据整合，单细胞分析和批次效应校正等方法提升了分析精度	领域仍面临重大挑战，需要创新性解决方案	为研究人员提供该快速进展领域的路线图，导航其进展和新挑战	细胞表型分析	数字病理学	NA	显微镜成像，深度学习	深度学习模型	图像	NA
104	2025-09-15	Concurrent genetic and non-genetic resistance mechanisms to KRAS inhibition in CRC 2025-Aug-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.05.668666 PMID:40799551	研究论文	本研究探讨结直肠癌中KRAS抑制剂耐药性的并发遗传和非遗传机制	结合靶向外显子组测序和单细胞空间转录组学分析，揭示耐药肿瘤中转录适应性状态与遗传事件共存，并发现TBK1作为增强KRAS抑制疗效的潜在靶点	NA	探索KRAS抑制剂在结直肠癌治疗中的急性反应及耐药机制	结直肠癌患者匹配的治疗前、治疗中和进展期活检样本，以及人和小鼠类器官模型	癌症生物学	结直肠癌	靶向外显子组测序，单细胞空间转录组学	NA	基因组数据，转录组数据	来自接受KRAS和EGFR联合抑制治疗患者的匹配活检样本
105	2025-09-15	The tectum transversum(TTR) maintains patency of the developing coronal suture 2025-Aug-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7216722/v1 PMID:40799753	研究论文	本研究探讨了小鼠模型中tectum transversum（TTR）在维持冠状缝开放中的关键作用及其潜在机制	首次通过遗传消融实验证明TTR对维持冠状缝开放的必要性，并发现其可能作为BMP信号通路的屏障	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明TTR在冠状缝发育中的作用机制及其与颅缝早闭的关系	小鼠模型的冠状缝发育过程及TTR结构	发育生物学	颅缝早闭	遗传消融、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据、组织形态数据	NA
106	2025-09-15	Epigenomic subtypes of late-onset Alzheimer's disease reveal distinct microglial signatures 2025-Aug-04, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7232080/v1 PMID:40799738	研究论文	本研究通过分析晚发性阿尔茨海默病（LOAD）的表观基因组数据，识别出两种具有不同小胶质细胞特征的亚型	首次在LOAD中基于全基因组DNA甲基化数据识别出两种表观基因组亚型，并揭示了它们独特的小胶质细胞炎症状态和功能机制	研究基于死后脑组织样本，可能无法完全反映疾病早期或活体状态下的表观遗传变化	识别LOAD的表观遗传亚型并阐明其分子机制和临床意义	晚发性阿尔茨海默病患者（死后脑组织）	表观遗传学	阿尔茨海默病	全基因组DNA甲基化分析，RNA-seq（bulk和单细胞）	无监督聚类	表观基因组数据，转录组数据	831例死后脑组织样本（来自三个独立队列）
107	2025-09-15	Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.657506 PMID:40766395	研究论文	利用单细胞转录组学技术解码HepaRG细胞在多种化学物质暴露下的应激状态	应用TempO-LINC平台系统分析单细胞水平多种应激反应通路的异质性激活模式	仅针对七种化学物质在24小时时间点的响应进行分析，未涵盖更长时间动态或更多化合物	开发基于单细胞转录组学的毒理学应激状态解码方法	约40,000个暴露于七种化学物质的HepaRG细胞	单细胞组学	毒理学反应	单细胞转录组测序（SCTr），TempO-LINC平台	广义Jaccard度量聚类	单细胞基因表达数据	约40,000个细胞，七种化合物各三个浓度
108	2025-09-15	Excitatory Synaptic Transmission Is Differentially Modulated by Opioid Receptors along the Claustrocingulate Pathway 2025-Aug, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0219-25.2025 PMID:40670155	研究论文	本研究探讨阿片受体对小鼠前扣带皮层（ACC）中由屏状核（CLA）产生的兴奋性突触传递的调节作用	揭示了Kappa阿片受体（KOR）在CLA→ACC通路中独特的单突触传递调节作用，而Mu和Delta受体仅影响慢速、长潜伏期的反复兴奋反应	研究基于小鼠脑切片实验，可能无法完全反映体内完整神经环路的复杂性	探究阿片受体激活对CLA→ACC神经环路中谷氨酸能信号传递的调节机制	小鼠（两性）前扣带皮层L5锥体细胞和屏状核之间的神经连接	神经科学	疼痛感知与意识相关疾病	空间转录组学、脑片电生理学、光遗传学、药理学方法	NA	电生理信号数据	两性小鼠的脑组织样本
109	2025-09-15	Lung Single-Cell Transcriptomics Reveal Diverging Pathobiology and Opportunities for Precision Targeting in Scleroderma-Associated Versus Idiopathic Pulmonary Arterial Hypertension 2025-Aug, Circulation. Genomic and precision medicine DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004936 PMID:40686216	研究论文	通过单细胞转录组学比较硬皮病相关性与特发性肺动脉高压的肺组织基因表达差异，探索精准靶向治疗机会	首次在单细胞水平揭示SSc-PAH与IPAH的分子病理差异，并基于转录组数据筛选潜在靶向药物	样本量较小（每组仅4例），需进一步验证靶点及治疗效能	探究SSc-PAH与IPAH的分子机制差异并为精准治疗提供依据	人类肺组织样本（SSc-PAH、IPAH及失败供体各4例）	生物信息学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（10X Genomics Chromium Flex），基因集富集分析，转录因子活性分析，配体-受体信号分析	Seurat（用于单细胞数据分析）	单细胞转录组数据	12例肺组织（4例SSc-PAH、4例IPAH、4例失败供体）
110	2025-09-15	IL-17 Stimulates Sensory Neurons and Sensitises Colonic Afferents to Noxious Stimuli in a PI3K Dependent Manner in Male Mice 2025-Aug, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2 DOI:10.1111/jnc.70191 PMID:40827457	研究论文	本研究揭示IL-17通过PI3K依赖机制激活感觉神经元并增强结肠传入神经对有害刺激的敏感性	首次通过多组学整合分析发现IL-17A在溃疡性结肠炎中的表达上调，并证实IL-17直接激活DRG神经元并通过PI3K通路增强痛觉传导	研究主要基于雄性小鼠模型，性别差异影响尚未完全阐明；临床样本来源限于溃疡性结肠炎患者	探究炎症性肠病中疼痛介质的分子机制及潜在治疗靶点	雄性小鼠背根神经节神经元及人类炎症性肠病结肠活检样本	神经免疫学	炎症性肠病	RNA测序（bulk RNA-seq和scRNA-seq）、钙成像技术、磁激活细胞分选	NA	基因表达数据、细胞成像数据	人类溃疡性结肠炎活检样本及小鼠背根神经节神经元
111	2025-09-15	Prediction of cell states and key transcription factors of the human cornea through integrated single-cell omics analyses 2025-Aug, PNAS nexus IF:2.2Q1 DOI:10.1093/pnasnexus/pgaf235 PMID:40838019	研究论文	通过整合多个单细胞RNA测序数据构建人眼角膜细胞状态元图谱，并开发机器学习工具cPredictor进行细胞状态注释与关键转录因子分析	整合四篇已发表研究的scRNA-seq数据创建统一的人眼角膜细胞状态元图谱，开发cPredictor工具实现高精度细胞状态注释，并首次整合染色质可及性数据识别驱动细胞状态的关键转录因子	依赖已有研究数据的质量和一致性，新型标记基因和转录因子的功能验证仍需进一步实验	解决人眼角膜细胞状态注释不一致问题，建立可靠的细胞状态参考体系	人眼角膜细胞、多能干细胞来源的角膜类器官	单细胞组学分析	眼科疾病	scRNA-seq, 染色质可及性分析, 机器学习, 免疫组化验证	cPredictor（定制化机器学习流程）	单细胞转录组数据、表观遗传数据	整合四篇已发表研究的scRNA-seq数据集
112	2025-09-15	Spatial Domain-Based Approach to Analyze the Mechanism of Sparganii Rhizoma-Curcumae Rhizoma Pair in the Treatment of Colorectal Cancer 2025-Aug, Food science & nutrition IF:3.5Q2 DOI:10.1002/fsn3.70794 PMID:40842663	研究论文	本研究结合空间转录组学、单细胞RNA测序和网络药理学，分析中药药对三棱-莪术在结直肠癌治疗中的空间域特异性机制	开发了一种整合空间转录组学、单细胞RNA测序和网络药理学的综合分析方法，用于解构肿瘤微环境中的空间域特异性分子互作机制	NA	探究三棱-莪术药对在结直肠癌原发灶和肝转移灶中的治疗机制	结直肠癌肿瘤微环境中的细胞和分子互作	生物信息学	结直肠癌	空间转录组学, 单细胞RNA测序, 网络药理学	NA	空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据	NA
113	2025-09-15	Single-cell sequencing reveals the role of IL-33 + endothelial subsets in promoting early gastric cancer progression 2025-Aug, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70050 PMID:40860436	研究论文	通过单细胞测序揭示IL-33+内皮细胞亚群在早期胃癌进展中的促进作用	构建了包含184,426个高质量细胞的胃癌单细胞图谱，首次发现静脉-1内皮亚群高表达IL-33并通过CD34/PECAM1通路促进血管生成	研究主要基于临床样本分析，缺乏体内功能验证实验	解析早期胃癌的单细胞特征并寻找预测标志物和治疗靶点	早期胃癌患者临床活检和手术样本	单细胞组学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	184,426个高质量胃癌细胞
114	2025-09-15	Foxp3+ Regulatory T Cells Restrain Th1 Response Shielding the Brain from Lethal Inflammatory Damage during Cryptococcal Meningoencephalitis 2025-Jul-30, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7142999/v1 PMID:40766255	研究论文	本研究揭示了Foxp3+调节性T细胞在隐球菌性脑膜脑炎中通过抑制Th1反应保护大脑免受炎症损伤的关键作用	首次发现CCR8/CCL1轴是Treg细胞募集至中枢神经系统的主要机制，并证实IL-10是Treg神经保护功能的主要介质	Areg缺失实验未显示生存效应，其免疫调节功能需进一步验证	探究中枢神经系统感染中天然免疫调节机制及Treg细胞的保护作用	人类CM患者和小鼠CM模型中的调节性T细胞	免疫学	中枢神经系统感染	NanoString分析、scRNA-seq、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	人类患者和小鼠模型（具体数量未明确说明）
115	2025-09-15	Dermatopathological Challenges in Objectively Characterizing Immunotherapy Response in Mycosis Fungoides 2025-Jul-29, Dermatopathology (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/dermatopathology12030022 PMID:40843796	综述	探讨蕈样肉芽肿（MF）免疫治疗反应客观评估的复杂性及新兴组织学技术的作用	提出借鉴黑色素瘤研究方法优化MF治疗反应评估策略，并倡导应用高通量T细胞受体基因重排分析等新技术	缺乏统一的MF病理生物标志物，且需进一步验证跨疾病方法移植的适用性	改进蕈样肉芽肿免疫治疗反应的客观量化与评估方法	蕈样肉芽肿（MF）患者及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	多光谱成像、空间转录组学、高通量T细胞受体基因重排分析	NA	组织学图像、分子数据	NA
116	2025-09-15	Spatial transcriptomic profiling uncovers the molecular effects of the neurotoxicant polychlorinated biphenyls (PCBs) in the brains of adult mice 2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.24.665575 PMID:40777386	研究论文	本研究通过空间转录组学技术探究了多氯联苯（PCBs）对成年小鼠大脑的分子影响及其与认知功能下降的关联	首次结合行为学测试与空间转录组学分析，揭示PCBs暴露对特定脑区基因表达的影响及血脑屏障完整性的破坏机制	研究仅使用雄性C57BL/6J小鼠，结果可能无法完全推广到其他性别或品系；暴露时间和剂量设置需进一步优化	评估与人类相关的PCB混合物对大脑功能和认知的影响机制	成年雄性C57BL/6J小鼠	神经毒理学	神经退行性疾病	空间转录组学技术、网络分析	NA	基因表达数据、行为学数据	未明确说明样本数量，但涉及五个脑区（海马体、新皮层、丘脑、尾状壳核和纤维束）的分析
117	2025-09-15	Impact of Cattle Breed in scRNA-Seq Reference on Muscle Fiber Type Deconvolution from Bulk RNA-Seq: A Comparison of Software Tools 2025-Jul-25, Biotech (Basel (Switzerland)) DOI:10.3390/biotech14030056 PMID:40843779	研究论文	本研究通过比较不同软件工具和牛品种的scRNA-seq参考数据，评估了其对肌肉纤维类型反卷积分析结果的影响	首次证明参考scRNA-seq数据中的牛品种会显著影响反卷积结果，为牲畜基因组学中的细胞类型比例估算提供了关键考量	研究仅针对晚期妊娠荷斯坦奶牛，未涵盖其他生理阶段或品种	探究不同牛品种scRNA-seq参考数据对肌肉纤维类型反卷积分析的影响	晚期妊娠荷斯坦多胎奶牛的肌肉bulk RNA-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 反卷积分析	CIBERSORTx, Cellanneal, DeconvR-NNLS, DeconvR-RLM	RNA测序数据	使用Brahman和Wagyu牛品种的scRNA-seq参考数据（包含I型、IIa型和IIx型肌纤维比例）
118	2025-09-15	Integrated single-nuclei and spatial transcriptomic profiling of human sacrococcygeal teratomas reveals heterogeneity in cellular composition and X-chromosome inactivation 2025-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.21.665156 PMID:40777431	研究论文	通过整合单核RNA测序和空间转录组学分析人类骶尾部畸胎瘤，揭示细胞组成异质性和X染色体失活现象	首次结合单核RNA测序与空间转录组技术研究SCTs，发现X染色体双等位基因激活与细胞身份的联系，并提出X剂量失调可能影响肿瘤异质性和免疫微环境	样本量较小（共8例肿瘤），未检测到推测的多能细胞群体	探究骶尾部畸胎瘤的细胞起源、临床分层和性别偏倚机制	人类骶尾部畸胎瘤组织样本（6例产后、2例产前）	单细胞基因组学	骶尾部畸胎瘤	single nuclei RNA-seq, spatial transcriptomics	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	8例肿瘤样本（1例男性，7例女性）
119	2025-09-15	Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher 2025-Jul-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03682-8 PMID:40702544	研究论文	提出一种名为Decipher的深度生成模型，用于整合和可视化正常与扰动条件下的单细胞RNA测序数据，以揭示细胞状态轨迹的异常变化	开发了一种能够联合建模和可视化基因表达与细胞状态的深度生成模型，有效表征正常到异常细胞状态的转变	NA	开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征细胞状态轨迹的异常	单细胞RNA测序数据，涵盖正常和扰动条件	计算生物学	胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌	单细胞RNA测序	深度生成模型	基因表达数据	NA
120	2025-09-15	Mapping mesenchymal diversity in the developing human intestine and organoids 2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.22.665939 PMID:40777494	研究论文	利用单细胞RNA测序和空间转录组学构建人类小肠发育过程中间充质细胞的高分辨率图谱	首次在组织尺度上定义了人类肠道发育中的5种主要间充质细胞群体及其空间分布特征	NA	解析人类肠道发育过程中间充质细胞的时空组织模式	人类小肠发育过程中的间充质细胞群体	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序, Xenium空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA