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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-07-28 |
Robust and generalizable CNV detection for single-cell sequencing assays
2026-Jul-17, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag636
PMID:42500822
|
研究论文 | 开发了一种名为RIDDLER的鲁棒且无监督的方法,用于从单细胞测序数据中检测拷贝数变异(CNVs),适用于多种单细胞模态 | 提出了一种基于异常值感知统计建模的鲁棒回归框架,能够跨多种单细胞模态(如sc-ATAC-seq和sc-甲基化)通用检测CNVs,并有效处理数据稀疏性 | 未明确讨论在极端数据稀疏或低测序深度下的性能,以及与其他模态(如sc-RNA-seq)的整合方法比较 | 建立一种可扩展、通用且准确的多模态单细胞CNV检测方法,以研究CNV动态与表观遗传改变之间的关系 | 单细胞ATAC-seq和单细胞甲基化数据中的拷贝数变异 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞ATAC-seq、单细胞甲基化测序 | 鲁棒回归模型 | 基因表达及表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq、单细胞甲基化测序 | NA | NA |
| 102 | 2026-07-28 |
Single-cell sequencing reveals an immunotherapy-relevant IFITM1-marked epithelial interferon state in nasopharyngeal carcinoma
2026-Jul-17, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102921
PMID:42468141
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研究论文 | 通过单细胞测序揭示鼻咽癌中一种与免疫治疗相关的IFITM1标记的上皮干扰素状态 | 首次通过单细胞测序鉴定出鼻咽癌中IFITM1作为上皮干扰素状态(Epi7)的前导标志物,并连接了恶性细胞异质性与肿瘤免疫通讯及免疫治疗相关的微环境重塑 | 研究主要基于已有数据库和细胞系实验,缺少大规模临床队列验证以及体内动物模型的进一步确认 | 探究鼻咽癌恶性细胞异质性与免疫治疗反应相关的分子机制 | 鼻咽癌肿瘤组织、外部公开数据集(GSE53819等)、HK1细胞系 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | 包括GSE53819、GSE12452、GSE64634、GSE102349及TCGA-HNSC等多个公开队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 103 | 2026-07-28 |
Mediterranean Diet and Neurodegenerative Diseases: Recent Advances from the Gut-Immune-Brain Axis to Multi-Omics-Guided Precision Nutrition
2026-Jul-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15141287
PMID:42505396
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综述 | 本文综合探讨了地中海饮食通过肠-免疫-脑轴对神经退行性疾病的神经保护作用,并整合多组学引导的精准营养策略 | 将疾病特异性机制框架与多组学引导的精准营养策略相结合,系统总结地中海饮食在阿尔茨海默病和帕金森病中的作用 | 当前证据多为观察性研究,需更多随机对照试验和标准化多组学数据分析框架 | 系统综述地中海饮食通过肠-免疫-脑轴对神经退行性疾病的影响,并探讨多组学技术在精准营养中的应用 | 阿尔茨海默病和帕金森病患者 | 机器学习 | 阿尔茨海默病, 帕金森病 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 微生物组分析 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 104 | 2026-07-28 |
Chemerin Promotes Obesity-Accelerated Orthodontic Tooth Movement by Activating IRE1α-Dependent ER Stress in PDL Fibroblasts
2026-Jul-16, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2026.109708
PMID:42468352
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研究论文 | 探讨肥胖相关趋化素上调通过激活IRE1α依赖的内质网应激促进牙周韧带成纤维细胞中正畸牙移动的作用及其机制 | 首次揭示趋化素通过IRE1α介导的内质网应激通路在肥胖加速正畸牙移动中的关键作用,并利用单细胞RNA测序鉴定牙周组织中趋化素的主要细胞来源 | 研究主要基于动物模型和体外实验,缺乏人体临床样本的直接验证,且机制探索集中于IRE1α通路,未涵盖其他可能的内质网应激分支 | 研究肥胖相关趋化素上调在正畸牙移动中的作用及其分子机制 | 肥胖小鼠和人类牙周韧带成纤维细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 肥胖小鼠及体外培养的人牙周韧带成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 105 | 2026-07-28 |
Lineage-aware stochastic modeling reveals gene-expression dynamics in development and disease
2026-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.25.734628
PMID:42395557
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研究论文 | 提出一种谱系感知的概率模型 LaVOUS,用于分析单细胞 RNA-seq 数据中沿细胞谱系的基因表达动态 | 首次将布朗运动和 Ornstein-Uhlenbeck 模型与负二项观测模型及可扩展变分推断相结合,实现基于似然比的谱系相关表达变化检测 | 未明确说明 | 开发能利用细胞谱系关系的概率框架,以揭示发育和疾病中的基因表达动态 | 转移性肺癌、类别转换 B 细胞和发育中的大脑的谱系分辨单细胞数据集 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞 RNA-seq | 布朗运动、Ornstein-Uhlenbeck 模型、负二项模型 | 基因表达计数数据 | 包含转移性肺癌、类别转换 B 细胞和发育中大脑的多个单细胞数据集 | NA | 单细胞 RNA-seq | NA | NA |
| 106 | 2026-07-28 |
High salt supplementation of a MASH-inducing diet causes lean MASH phenotype with increased hepatic urea cycle activity and EIF5A hypusination
2026-Jul-09, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2026.102417
PMID:42419570
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研究论文 | 高盐添加至MASH诱导饮食引发瘦型MASH表型,伴随肝尿素循环活性和EIF5A羟氨酰化增加 | 首次建立并表征了高盐补充西式饮食加液体果糖诱导的瘦型MASH小鼠模型,揭示了肝尿素循环、线粒体蛋白合成和免疫细胞激活在瘦型与肥胖型MASH中的差异作用 | 未明确高盐对免疫细胞亚群的具体分子机制,且小鼠模型向人类瘦型MASH的可转化性需进一步验证 | 研究瘦型MASH的环境触发因素和分子机制,并建立合适的动物模型 | 小鼠肝脏组织及肝免疫细胞亚群 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 107 | 2026-07-28 |
IFITM3 promotes an M2-like tumor-supportive microenvironment in acute myeloid leukemia
2026-Jul-08, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-026-03310-w
PMID:42418060
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和批量基因表达分析,揭示了IFITM3通过诱导M2型巨噬细胞极化,促进急性髓系白血病肿瘤支持性微环境 | 首次阐明IFITM3通过PI3K/AKT信号通路驱动M2型巨噬细胞极化,从而塑造白血病免疫微环境的机制 | 未提及 | 阐明IFITM3在急性髓系白血病中调节免疫微环境的分子机制 | IFITM3高表达的急性髓系白血病细胞及相应的巨噬细胞 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序、批量基因表达分析、巨噬细胞极化实验 | NA | 基因表达数据 | IFITM3 AML细胞系及其敲低模型、IFITM3过表达HL-60细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 108 | 2026-07-28 |
Vaccine Therapy for the Management of Penile Cancer: Evidence, Opportunities and Challenges
2026-Jul-06, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines14070597
PMID:42506634
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综述 | 本文综述了阴茎癌疫苗治疗的证据、机遇与挑战,重点讨论HPV衍生抗原、新抗原及新兴肿瘤相关靶点,并介绍多种疫苗平台及未来个性化疫苗开发的技术支持 | 系统整合了阴茎癌疫苗开发的理论依据,包括HPV抗原、新抗原和新兴肿瘤相关靶点,并探讨了空间转录组学、单细胞RNA测序、人工智能辅助抗原预测和纳米技术递送系统在未来个性化疫苗开发中的应用潜力 | 治疗性疫苗在阴茎癌中作为单一疗法尚未显示一致的临床疗效,目前仍处于研究阶段 | 总结阴茎癌疫苗治疗的研究进展、潜在机遇及面临的挑战 | 阴茎鳞状细胞癌(PSCC)及其相关治疗疫苗 | 机器学习 | 阴茎癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 人工智能辅助抗原预测, 纳米技术递送系统 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2026-07-28 |
Spatial transcriptomics in ovarian biology technologies: computational challenges, and biological insights
2026-Jul-03, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1093/reprod/xaag079
PMID:42391613
|
综述 | 系统综述空间转录组学技术在卵巢生物学中的平台选择、计算挑战及生物学应用 | 针对卵巢组织独特形态和功能,系统比较多种空间转录平台技术特性与分辨率权衡,并综合分析40项卵巢生物学应用研究 | 现有平台均非普适最优,需根据生物学目标、组织尺度和平台能力谨慎匹配,且计算分析仍存在细胞分割、去卷积等挑战 | 指导生殖生物学中空间转录组学平台选择和数据分析策略 | 卵巢发育、衰老、卵泡动态和卵巢癌等生物学过程 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 40项已发表研究 | 10x Genomics, BGI, NanoString, Vizgen, Akoya Biosciences | 空间转录组学 | Visium, Visium HD, Stereo-seq, GeoMx, Xenium, MERSCOPE, CosMx | 测序类:Visium、Visium HD、Stereo-seq、GeoMx;成像类:Xenium、MERSCOPE、CosMx |
| 110 | 2026-07-28 |
Screening of cell-type-specific meta-programs for drug repurposing in Alzheimer's disease
2026-Jul-03, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag411
PMID:42506875
|
研究论文 | 通过单细胞RNA-seq数据的综合分析,识别阿尔茨海默病中细胞类型特异性的元程序,并筛选候选重定位药物 | 首次整合多个单细胞/核RNA-seq数据集,识别出51个跨样本的细胞类型特异性元程序,并利用这些元程序进行药物重定位筛选 | 未明确说明 | 识别阿尔茨海默病中细胞类型特异性的转录组元程序,并筛选潜在的药物重定位候选药物 | 阿尔茨海默病患者的大脑细胞 | 机器学习和生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据 | 67个高病理分级样本(Braak V/VI期),1208个阿尔茨海默病样本和725个正常样本的批量转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 111 | 2026-07-28 |
The perineurium integrates leptin with its sympathetic outflow to protect against obesity
2026-Jul, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-026-01555-3
PMID:42443582
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研究论文 | 本文揭示了脂肪组织神经束膜细胞通过整合瘦素与其交感神经流出,保护肥胖的新机制 | 首次发现神经束膜细胞共表达瘦素受体和β-肾上腺素受体,并协调瘦素作用的传入和传出神经内分泌回路,调控能量消耗和体重 | 研究仅基于小鼠模型和欧洲人群数据,机制在更大范围人群中的普适性有待验证 | 探究外周调节中瘦素传入-传出平衡的机制,以及神经束膜细胞在肥胖保护中的作用 | 小鼠交感神经节及脂肪组织中的神经束膜细胞,以及欧洲人群基因多态性 | 机器学习 | 肥胖症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠交感神经节样本及欧洲人群大型队列 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 112 | 2026-07-28 |
Integrated Proteogenomics and Single-Cell Transcriptomics Prioritize Putative Protective Plasma Proteins for Hidradenitis Suppurativa
2026-Jul, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70332
PMID:42499219
|
研究论文 | 整合蛋白质基因组学与单细胞转录组学,优先筛选出三种可能对化脓性汗腺炎具有保护作用的血浆蛋白 | 首次将蛋白质数量性状位点孟德尔随机化与单细胞转录组定位相结合,从遗传因果关系和细胞分辨率层面优先筛选HS保护性血浆蛋白 | 血浆蛋白检测阈值可能导致某些候选蛋白(如TNFRSF6B)在皮肤中无法检出,且需要进一步功能验证 | 鉴定遗传预测水平与HS风险因果关联的血浆蛋白,并在单细胞分辨率下定位其在皮肤中的表达 | 化脓性汗腺炎患者与健康对照 | 机器学习 | 化脓性汗腺炎 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序 | 孟德尔随机化 | 蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | UK Biobank Pharma Proteomics Project的2923种血浆蛋白与FinnGen R12的HS汇总统计数据 | NA | 蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 113 | 2026-07-28 |
Clonal Metamorphosis: Deconstructing MPN Evolution with Single-Cell and Spatial Multi-Omics
2026-Jun-29, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-026-02246-9
PMID:42371175
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综述 | 本文综述了单细胞和空间多组学技术在解析骨髓增殖性肿瘤(MPN)异质性和进化轨迹中的应用,提出了一个基于生态模型的新型疾病发病机制框架 | 总结了单细胞DNA测序、单细胞转录组和表观基因组分析以及空间转录组学如何整合以解析MPN的克隆演化、微环境重塑和疾病进展,并提出新的生态模型,将恶性细胞及其生态系统作为治疗靶点 | 不明确 | 探讨单细胞和空间多组学技术如何揭示MPN的克隆结构、异质性和进化机制,以及如何将研究结果转化为临床策略 | 骨髓增殖性肿瘤(MPN)患者的造血干细胞和祖细胞及其骨髓微环境 | 数字病理学 | 骨髓增殖性肿瘤 | 单细胞DNA测序、单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学、多组学整合分析 | 不适用 | 单细胞测序数据、空间转录组数据、组织病理图像、多重蛋白质组数据 | 不明确 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium(推测)、10x Visium(推测) | 未明确指定具体平台配置 |
| 114 | 2026-07-28 |
Short-Chain Fatty Acids: Bridging Gut Microbiota and Systemic Aging-Mechanisms, Interventions, and Current Challenges
2026-Jun-23, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo16070438
PMID:42506392
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综述 | 本文从系统角度阐明短链脂肪酸与衰老之间的内在联系,分析其通过关键信号通路的调控机制,并总结其在衰老相关疾病中的治疗潜力和多样化干预策略 | 从系统生物学角度研究短链脂肪酸在肠道微生物群与全身衰老之间的桥梁作用,并提出利用单细胞测序和器官模型等新技术探索衰老细胞命运调控 | 短链脂肪酸调控衰老的详细分子机制尚不明确,且缺乏针对不同衰老阶段和器官损伤的精准干预方案 | 系统解释短链脂肪酸在衰老过程中的作用机制及其干预潜力 | 短链脂肪酸及其与肠道微生物群和全身衰老的关系 | 数字病理学 | 老年病 | 单细胞测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 115 | 2026-07-28 |
CXCL8 producing macrophages shape gastric cancer outcomes
2026-Jun-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05452-9
PMID:42307886
|
研究论文 | 构建基于六种趋化因子的预后模型,揭示CXCL8阳性巨噬细胞在胃癌肿瘤微环境中的关键作用 | 首次通过整合转录组数据与单细胞RNA测序,建立趋化因子相关预后模型,并明确CXCL8阳性巨噬细胞作为肿瘤微环境通信枢纽的促肿瘤表型 | 预后模型的C-index仅为0.680,预测准确性有限;未在独立大样本队列中验证CXCL8-巨噬细胞轴的治疗靶向潜力 | 开发基于趋化因子的胃癌预后标志物并阐明其细胞机制 | 胃癌患者肿瘤组织的转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 胃癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归 | 转录组数据,单细胞转录组数据 | TCGA和GEO队列的胃癌患者样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 116 | 2026-07-28 |
GATHeR: graph-based accurate tool for immunoglobulin heavy- and light-chain reconstruction
2026-Jun-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74272-w
PMID:42270654
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研究论文 | 提出GATHeR工具,从单细胞RNA测序数据中准确重建免疫球蛋白重链和轻链序列,并扩展到恒定区,提高对亚型、亚类和等位基因的分辨率 | 首次实现了从scRNA-seq数据中准确重建全长配对的BCR序列,并扩展到恒定区,包括跨膜片段和胞质尾区,从而区分表面BCR与分泌抗体,同时支持检测剪接变异 | 未明确说明局限性,但可能受限于scRNA-seq中免疫球蛋白转录本稀疏的问题,尤其在初始和记忆B细胞中 | 开发一种准确、开放获取的工具,用于从单细胞RNA测序数据中恢复全长配对的B细胞受体序列,并扩展分析能力至恒定区、亚型、亚类和等位基因水平 | B细胞受体重链和轻链序列,特别是初始和记忆B细胞中的免疫球蛋白转录本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 序列数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 支持Smart-seq2/3和10x Genomics文库 |
| 117 | 2026-07-28 |
Development and validation of a cuproptosis-immune prognostic signature for risk stratification and personalized therapy in cutaneous melanoma
2026-Jun-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05396-0
PMID:42262432
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研究论文 | 开发并验证了一种铜死亡-免疫相关预后标志,用于皮肤黑色素瘤的风险分层和个性化治疗 | 首次将铜死亡与免疫相关基因结合构建预后模型,并利用单细胞RNA测序验证关键基因XCL2的功能 | 研究基于TCGA和GTEx数据库,缺乏独立外部验证队列;功能实验仅针对XCL2基因,其他模型基因的机制尚待探索 | 构建铜死亡-免疫相关基因特征以预测皮肤黑色素瘤预后并指导治疗 | 皮肤黑色素瘤患者 | 机器学习 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | Cox回归模型, LASSO回归模型 | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | TCGA数据库中的SKCM样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序用于分析模型基因的细胞分布 |
| 118 | 2026-07-28 |
SPACE-seq integrates spatial transcriptomics and lineage tracing in native tissues
2026-Jun-09, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2026.05.017
PMID:42263684
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研究论文 | SPACE-seq平台整合空间转录组学和谱系追踪,以近细胞分辨率解析组织中细胞的谱系、状态和结构 | 首次将CRISPR条形码的谱系记录与空间转录组学集成,实现原生组织中谱系和空间信息的联合解析 | 未明确提及局限性 | 开发能够同时记录细胞谱系和空间位置的技术,揭示细胞组织、谱系动态和组织模式 | 肿瘤组织和肝脏发育过程中的细胞群体 | 空间转录组学 | 癌症(肿瘤) | CRISPR条形码、空间转录组学(Slide-seq) | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Slide-seq(空间转录组学平台) |
| 119 | 2026-07-28 |
Mycobacterium tuberculosis IDH-PPARγ interaction suppresses GPX4 to drive macrophage ferroptosis and sustain persistent infection
2026-Jun-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74032-w
PMID:42259813
|
研究论文 | 结核分枝杆菌通过IDH-PPARγ相互作用抑制GPX4,诱导巨噬细胞铁死亡并维持持续感染 | 首次揭示结核分枝杆菌通过IDH与PPARγ相互作用来抑制GPX4表达,从而诱导巨噬细胞铁死亡的新机制 | NA | 探究结核分枝杆菌如何操纵巨噬细胞脂质代谢诱导脂质过氧化和铁死亡以维持细菌持续感染 | 结核分枝杆菌感染的巨噬细胞和小鼠模型 | NA | 结核病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 120 | 2026-07-28 |
Integrative genomic analysis of 21 orofacial diseases identifies shared genetic architecture with systemic diseases
2026-Jun-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73925-0
PMID:42243103
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研究论文 | 通过对UK Biobank中21种口面疾病的整合基因组分析,识别了48个新位点和160个推定因果基因,揭示了口面疾病与全身性疾病之间的共享遗传结构 | 首次对多种口面疾病进行系统性的多组学整合分析(全基因组、转录组、罕见变异关联研究和孟德尔随机化),并利用CRISPR-Cas9和单细胞RNA测序验证了关键基因的功能机制 | 主要基于UK Biobank人群数据,可能限制了结果向其他人群的泛化性;部分因果关系证据尚不充分 | 解析口面疾病的遗传结构及其与全身性疾病的因果关系 | 21种口面疾病(包括牙周炎、龋齿、干燥综合征等)及多种全身性疾病(如肺癌、中风) | 机器学习 | 全身性疾病 | 全基因组关联研究(GWAS)、转录组关联研究(TWAS)、罕见变异关联研究、孟德尔随机化、CRISPR-Cas9编辑、单细胞RNA测序 | NA | 基因型数据、转录组数据 | UK Biobank数据集(具体样本量未在摘要中明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |