单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-12-21	K-Nearest-Neighbors Induced Topological PCA for Single Cell RNA-Sequence Data Analysis 2023-Oct-23, ArXiv PMID:37961744	研究论文	本文提出了一种基于k近邻持久拉普拉斯技术的拓扑主成分分析方法，用于单细胞RNA测序数据分析	本文创新性地结合了持久拉普拉斯技术和L范数正则化，提出了一种新的拓扑主成分分析方法，并通过k近邻持久拉普拉斯技术提高了方法的鲁棒性	本文未提及具体的局限性	开发一种新的维度降低和特征选择方法，以解决单细胞RNA测序数据中的多尺度和多类别异质性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	拓扑主成分分析	基因表达数据	11个不同的单细胞RNA测序基准数据集
102	2024-12-20	Characterisation of the tumour microenvironment and PD-L1 granularity reveals the prognostic value of cancer-associated myofibroblasts in non-invasive bladder cancer 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2024.2438291 PMID:39698899	研究论文	研究分析了非肌肉浸润性膀胱癌（NMIBC）的肿瘤微环境（TME）组成和PD-L1表达，并探讨了癌症相关肌成纤维细胞（myoCAF）的预后价值	首次系统分析了NMIBC的肿瘤微环境组成，并揭示了myoCAF在预测疾病进展和复发中的潜在预后价值	研究样本量有限，且仅限于NMIBC患者，结果的普适性有待进一步验证	探讨NMIBC的肿瘤微环境特征及其在治疗预后中的作用	NMIBC患者的肿瘤和非肿瘤组织样本	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组学分析、组织微阵列	NA	组织	73名NMIBC患者及888名独立队列患者
103	2024-12-20	VNN2 regulates hepatic steroid synthesis in response to dietary changes 2025-Feb-10, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.149128 PMID:39613052	研究论文	研究探讨了VNN2在鸡肝脏中对脂质代谢和类固醇合成的调控作用	首次揭示了VNN2通过上调MSMO1和FDPS促进类固醇合成的机制	研究仅在鸡肝脏中进行，未涉及其他物种或组织	研究VNN2在肝脏脂质代谢和类固醇合成中的具体功能	鸡肝脏中的VNN2表达及其对脂质代谢和类固醇合成的影响	NA	NA	RNA测序、qPCR、甘油三酯和总胆固醇检测	NA	RNA测序数据	使用了多个数据集，包括GSM5764402、GSM5764403、GSE128340、GSE129840和PRJEB44038
104	2024-12-20	Neuropilin-1 is a novel host factor modulating the entry of hepatitis B virus 2025-Jan, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.06.032 PMID:38960374	研究论文	本研究探讨了神经纤毛蛋白-1（NRP1）作为乙型肝炎病毒（HBV）感染的新型宿主因子，通过与HBV preS1和NTCP相互作用调节HBV进入肝细胞的过程	首次发现NRP1作为HBV感染的新型宿主因子，通过与preS1和NTCP形成复合物调节HBV进入肝细胞	研究主要基于细胞模型和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨其他宿主因子是否调节HBV感染过程	儿童肝活检样本、原代人肝细胞、HepG2-NTCP细胞和人肝嵌合小鼠	NA	乙型肝炎	单细胞测序	NA	细胞	儿童肝活检样本、原代人肝细胞、HepG2-NTCP细胞和人肝嵌合小鼠
105	2024-12-20	Clinical Implications of Basic Research: Exploring the Transformative Potential of Spatial 'Omics in Uro-oncology 2025-Jan, European urology IF:25.3Q1 DOI:10.1016/j.eururo.2024.08.025 PMID:39227262	研究论文	本文探讨了空间'组学技术在泌尿肿瘤学中的临床应用潜力	本文介绍了新的空间分子技术，通过绘制肿瘤的空间分子结构，揭示了肿瘤内部和周围的复杂异质性，为疾病的发展、进展、诊断和治疗提供了新的见解	当前的挑战包括试剂成本高、协议标准化和计算需求大	探索空间'组学技术在泌尿肿瘤学中的转化潜力，推动个性化癌症治疗的未来	泌尿系统肿瘤	数字病理学	泌尿系统肿瘤	空间转录组学，空间蛋白质组学	NA	基因组，转录组，蛋白质组	NA
106	2024-12-20	Intrahepatic Exhausted Antiviral Immunity in an Immunocompetent Mouse Model of Chronic Hepatitis B 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101412 PMID:39349249	研究论文	本文开发了一种免疫功能正常的慢性乙型肝炎（CHB）小鼠模型，用于研究肝内免疫动力学	本文首次开发了一种免疫功能正常的CHB小鼠模型，能够模拟患者肝内耗竭的抗病毒免疫反应，并展示了通过肝靶向TLR7激动剂恢复耗竭免疫细胞功能的可能性	本文仅在动物模型中进行了研究，尚未在人类患者中验证其结果	开发一种能够模拟慢性乙型肝炎患者肝内免疫动力学的小鼠模型，并探索潜在的治疗策略	慢性乙型肝炎小鼠模型的肝内免疫反应	NA	乙型肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	C57BL/6J同源FAH敲除小鼠
107	2024-12-20	Identification of cell-type specificity, trans- and cis-acting functions of plant lincRNAs from single-cell transcriptomes 2025-Jan, The New phytologist DOI:10.1111/nph.20269 PMID:39550625	研究论文	本文通过单细胞转录组数据识别了植物lincRNAs的细胞类型特异性及其顺反作用功能	首次利用单细胞RNA测序技术在单细胞分辨率下研究植物lincRNAs的细胞类型特异性及其在细胞分化中的作用，并构建了一个在线平台PscLncRNA用于搜索和可视化这些lincRNAs	NA	研究植物lincRNAs在单细胞水平上的细胞类型特异性及其顺反作用功能	植物lincRNAs及其在细胞分化中的作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	来自水稻、拟南芥、番茄和玉米等多种植物组织的单细胞转录组数据
108	2024-12-20	Interplay between Netrin-1 and Norrin controls arteriovenous zonation of blood-retina barrier integrity 2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2408674121 PMID:39693351	研究论文	本文研究了Netrin-1和Norrin信号通路在控制视网膜屏障完整性中的相互作用	首次揭示了Netrin-1/Unc5b和Norrin/Lrp5信号通路通过调控内皮细胞基因表达程序来控制视网膜屏障的完整性，并展示了这些信号通路在动脉和静脉中的梯度调控机制	研究仅在鼠类模型中进行，尚未在人类中验证	探讨Netrin-1和Norrin信号通路在视网膜屏障完整性中的作用及其调控机制	视网膜屏障内皮细胞及其基因表达	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	使用出生后视网膜屏障功能性小鼠视网膜内皮细胞进行研究
109	2024-12-20	Single-cell RNA sequencing identifies endothelial-derived HBEGF as promoting pancreatic beta cell proliferation in mice via the EGFR-Kmt5a-H4K20me pathway 2024-Dec-19, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06341-y PMID:39694915	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和体外功能实验，揭示了在小鼠中，内皮细胞衍生的HBEGF通过EGFR-Kmt5a-H4K20me信号通路促进胰腺β细胞增殖的机制	首次揭示了内皮细胞衍生的HBEGF通过EGFR-Kmt5a-H4K20me信号通路调控胰腺β细胞增殖的生理机制	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证	分析调控胰腺β细胞生理增殖的细胞内和细胞外信号通路，为糖尿病治疗提供新思路	小鼠胰腺β细胞及其增殖机制	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	43,724个内分泌和非内分泌细胞，其中15,569个β细胞
110	2024-12-20	CCL4L2 participates in tendinopathy progression by promoting macrophage inflammatory responses: a single-cell analysis 2024-Dec-19, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-024-05268-9 PMID:39696421	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析CCL4L2在肌腱病进展中的作用，发现CCL4L2通过促进巨噬细胞的炎症反应参与肌腱病的进展	首次通过单细胞RNA测序揭示了CCL4L2在肌腱病中的作用，并验证了其通过激活M1相关炎症信号通路促进巨噬细胞极化和抑制肌腱干细胞分化的机制	研究仅在体外实验中验证了CCL4L2的作用，尚未在体内模型中进行验证	探讨CCL4L2在肌腱病进展中的作用及其机制	肌腱病中的巨噬细胞和肌腱干细胞	数字病理学	肌腱病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	疾病组和健康组的多个细胞亚群
111	2024-12-20	Single-cell RNA sequencing uncovers heterogenous immune cell responses upon exposure to food additive (E171) titanium dioxide 2024-Dec-19, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-03036-9 PMID:39696498	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了在暴露于食品添加剂二氧化钛（E171 TiO）后，免疫细胞的异质性反应	首次通过单细胞RNA测序技术，详细分析了不同免疫细胞亚群在暴露于E171 TiO后的转录组和免疫反应的异质性	研究仅使用了Sprague-Dawley大鼠作为模型，可能无法完全代表所有物种的免疫反应	探讨食品添加剂E171 TiO对免疫系统的细胞毒性和转录组影响	免疫细胞在暴露于E171 TiO后的异质性反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了32只Sprague-Dawley大鼠（16只处理组，16只对照组）
112	2024-12-20	Zi Shen Wan Fang repaired blood-brain barrier integrity in diabetic cognitive impairment mice via preventing cerebrovascular cells senescence 2024-Dec-19, Chinese medicine IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s13020-024-01041-6 PMID:39696612	研究论文	本研究探讨了Zi Shen Wan Fang（ZSWF）通过预防脑血管细胞衰老修复糖尿病认知障碍小鼠血脑屏障完整性的机制	首次揭示了ZSWF通过抑制Cdkn1a和衰老相关分泌表型（SASP）基因的表达，预防脑血管细胞衰老，从而修复血脑屏障完整性并改善认知功能	实验仅在动物模型上进行，尚未在人体中验证其有效性和安全性	揭示糖尿病认知障碍小鼠血脑屏障完整性破坏的机制，并阐明ZSWF修复血脑屏障完整性及改善认知功能的机制	糖尿病认知障碍小鼠及其血脑屏障完整性	NA	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫荧光分析，分子对接	NA	基因表达数据	糖尿病小鼠模型，ZSWF剂量为9.36和18.72 g/kg，持续8周
113	2024-12-20	Radiotherapy-resistant prostate cancer cells escape immune checkpoint blockade through the senescence-related ataxia telangiectasia and Rad3-related protein 2024-Dec-19, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12636 PMID:39698847	研究论文	本文研究了放射治疗后前列腺癌细胞通过衰老相关ATR蛋白逃避免疫检查点阻断的机制	首次揭示了细胞质ATR的激活与细胞衰老相关，阻碍了放射治疗和免疫检查点阻断联合治疗的效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床验证仍需进一步研究	探讨放射治疗后前列腺癌细胞对免疫检查点阻断的耐药机制	放射治疗后的前列腺癌细胞及其对免疫检查点阻断的耐药性	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括LNCaP细胞和临床样本，以及小鼠异种移植实验
114	2024-12-20	Statistical analysis supports pervasive RNA subcellular localization and alternative 3' UTR regulation 2024-Dec-19, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87517 PMID:39699003	研究论文	本文开发了一种名为SPRAWL的统计框架，用于检测小鼠大脑和肝脏中细胞类型特异性的RNA亚细胞定位调控，并研究了3' UTR长度与亚细胞定位之间的相关性	提出了新的统计框架SPRAWL，用于整合多组学单细胞分辨率的基因异构体测量，以优先筛选功能性3' UTR候选者	研究仅限于小鼠大脑和肝脏的数据，尚未在其他物种或组织中验证	研究RNA亚细胞定位及其与3' UTR调控的关系，并开发新的统计方法来分析这些关系	小鼠大脑和肝脏中的RNA亚细胞定位及3' UTR调控	基因组学	NA	空间转录组学技术	统计框架	基因表达数据	小鼠大脑和肝脏的单细胞数据
115	2024-12-20	Exploring tumor microenvironment interactions and apoptosis pathways in NSCLC through spatial transcriptomics and machine learning 2024-Dec-19, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-01025-6 PMID:39699801	研究论文	本文通过空间转录组学和机器学习探索了非小细胞肺癌（NSCLC）中肿瘤微环境相互作用和凋亡通路	本文首次结合空间转录组学和机器学习方法，深入研究了NSCLC中程序性细胞死亡的内在机制及其与肿瘤微环境的相互作用	本文主要依赖于数据库和基因数据，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验验证	探索NSCLC中程序性细胞死亡的机制及其与肿瘤微环境的相互作用，寻找新的治疗靶点	非小细胞肺癌（NSCLC）细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	空间转录组学、单细胞测序、Mendelian随机化	机器学习算法	基因数据	使用GEO数据库和TCGA NSCLC基因数据，具体样本数量未明确提及
116	2024-12-20	Detecting gene expression in Caenorhabditis elegans 2024-Dec-18, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyae167 PMID:39693264	综述	本文综述了用于检测和分析秀丽隐杆线虫基因表达的各种方法	介绍了近年来发展的新技术，如单细胞RNA测序和高通量蛋白质组学，以高分辨率检测基因表达	未具体讨论每种技术的局限性	探讨秀丽隐杆线虫基因表达检测方法及其在生物学研究中的应用	秀丽隐杆线虫的基因表达	NA	NA	RNA测序，单细胞RNA测序，高通量蛋白质组学	NA	基因表达数据	NA
117	2024-12-20	Lhx2 specifically expressed in hepatic stellate cells promotes liver regeneration and inhibits liver fibrosis 2024-Dec-18, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001201 PMID:39693275	研究论文	本研究探讨了肝星状细胞中特异性表达的转录因子Lhx2在促进肝再生和抑制肝纤维化中的作用及其分子机制	首次揭示了Lhx2在肝星状细胞中具有促进再生和抑制纤维化的双重功能，并阐明了其调控机制	NA	识别肝星状细胞中同时促进再生和抑制纤维化的特定靶点，并阐明其分子机制	肝星状细胞中的转录因子Lhx2及其在肝再生和纤维化中的作用	NA	肝病	RNA-seq	NA	RNA	急性肝损伤和慢性肝损伤的小鼠模型，以及健康和纤维化肝脏组织的肝星状细胞
118	2024-12-20	Adenoviral-vectored neoantigen vaccine augments hyperexpanded CD8+ T cell control of tumor challenge in mice 2024-Dec-18, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009644 PMID:39694702	研究论文	本研究探讨了腺病毒载体的新抗原疫苗在增强小鼠肿瘤免疫控制中的作用	首次评估了腺病毒载体在传递新抗原疫苗中的效用，并展示了其相较于肽疫苗在诱导CD8+ T细胞免疫反应和肿瘤控制方面的优势	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	评估腺病毒载体新抗原疫苗在肿瘤免疫控制中的效果	腺病毒载体新抗原疫苗与肽疫苗在肿瘤免疫控制中的比较	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和T细胞受体测序（TCR-seq）	NA	RNA	小鼠模型
119	2024-12-20	Infiltrative classical monocyte-derived and SPP1 lipid-associated macrophages mediate inflammation and fibrosis in ANCA-associated glomerulonephritis 2024-Dec-18, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfae292 PMID:39694817	研究论文	本文研究了在抗中性粒细胞胞质抗体（ANCA）相关性肾小球肾炎（AGN）中，肾脏巨噬细胞亚群如何介导炎症和纤维化	首次通过单细胞转录组分析揭示了AGN中肾脏巨噬细胞的多样性，并识别出与疾病相关的特定巨噬细胞亚型	研究样本仅来自少数患者，可能限制了结果的普遍性	探讨肾脏巨噬细胞在ANCA相关性肾小球肾炎中的作用机制	ANCA相关性肾小球肾炎患者的肾脏巨噬细胞	数字病理学	肾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	25485个高质量的肾脏CD45+免疫细胞来自5名AGN患者
120	2024-12-20	Diffusion-based generation of gene regulatory network from scRNA-seq data with DigNet 2024-Dec-18, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279551.124 PMID:39694856	研究论文	提出了一种基于离散扩散生成模型的DigNet，用于从单细胞RNA测序数据生成基因调控网络	DigNet通过多步恢复过程和马尔可夫性质，确保全局网络结构与调控模块的兼容性，并通过元细胞整合和非欧几里得离散空间建模，提高了对scRNA-seq数据噪声和GRN稀疏性的鲁棒性	NA	从单细胞RNA测序数据中逆向工程构建细胞特异性的基因调控网络	单细胞RNA测序数据和基因调控网络	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序	离散扩散生成模型	基因表达数据	数十种最先进的网络推断方法