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当前共找到 43073 篇文献,本页显示第 101 - 120 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
101 2026-09-04
Potential of RAD51C as a hub gene and therapeutic target in bladder cancer: insights from bioinformatics and experimental analysis
2026-Jul, International journal of surgery (London, England)
研究论文 通过生物信息学与实验分析,揭示RAD51C作为膀胱癌枢纽基因和治疗靶点的潜力 结合多算法机器学习与单细胞RNA测序,识别CREB-c-Jun转录因子靶向关键基因,并首次提名RAD51C作为膀胱癌治疗靶点 未提供明确的局限性说明 评估CREB-c-Jun转录因子靶向基因在膀胱癌预后及免疫治疗反应中的作用,并探索RAD51C作为治疗靶点的可行性 膀胱癌细胞系、肿瘤组织样本、基因表达及突变数据 生物信息学 膀胱癌 单细胞RNA测序、RNA测序、机器学习 多算法机器学习模型 基因表达数据、单细胞测序数据、临床数据 未具体说明样本数量 NA 单细胞RNA测序、RNA测序 NA NA
102 2026-09-04
Malignant epithelial states drive immune dysfunction in ampulla of Vater carcinoma
2026-Jun-29, Biomarker research IF:9.5Q1
研究论文 构建了壶腹癌(AoV)的单细胞转录组图谱,重点识别恶性上皮亚型及其与肿瘤微环境的相互作用 首次构建壶腹癌的单细胞转录组图谱,并发现PB-KRAS亚型作为干细胞样免疫抑制性肿瘤状态与不良预后相关 样本量较小(仅8个原发肿瘤和4个正常组织),且空间转录组数据的验证有限 构建壶腹癌的单细胞转录组图谱,识别上皮亚型及其与肿瘤微环境的相互作用 壶腹癌患者的原发肿瘤组织和匹配的正常组织 数字病理学 壶腹癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据、批量RNA-seq数据、空间转录组数据 8个原发肿瘤、4个正常组织,以及62例独立队列的批量RNA-seq数据 NA 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq、空间转录组 NA NA
103 2026-09-04
Spatial transcriptomics reveals compartment-specific cytotoxic T cell crosstalk with AT2 and goblet cells in advanced COPD
2026-Jun-25, Biomarker research IF:9.5Q1
研究论文 使用10X Visium空间转录组学揭示晚期慢性阻塞性肺疾病(COPD)中区室特异性细胞毒性T细胞与AT2细胞和杯状细胞的相互作用。 首次在晚期COPD肺组织中应用空间转录组学绘制区室特异性免疫和重塑程序,发现细胞毒性T细胞与AT2细胞和杯状细胞的共定位及潜在配体-受体相互作用。 样本仅限于晚期COPD,可能无法完全代表早期或中期COPD的病理特征。 解析晚期COPD肺中不同区室的细胞组成及其与结构细胞的通讯,揭示免疫驱动的组织重塑机制。 健康对照和晚期COPD患者的肺组织样本。 空间转录组学 慢性阻塞性肺疾病 10X Visium空间转录组学 非负矩阵分解 空间基因表达数据 健康对照和晚期COPD肺组织样本(具体数量未在标题中提供) 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10X Visium空间转录组学
104 2026-09-04
Immune subtyping of colorectal adenoma identifies a subtype with activated adaptive immunity ahead of progressing to cancer
2026-Jun-22, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过对结直肠腺瘤的转录组数据进行免疫亚型分析,识别出两种具有不同免疫特征的亚型,并探讨其与癌症进展的关联 首次在结直肠腺瘤中基于免疫相关基因进行分子亚型划分,并结合单细胞转录组数据揭示早期免疫微环境变化 基于回顾性转录组数据,缺乏前瞻性验证;功能实验未涉及,机制探讨有限 表征结直肠腺瘤的免疫微环境,通过免疫亚型分析评估其与癌症进展及功能通路的关联 结直肠腺瘤样本及其转录组和单细胞转录组数据 数字病理学 结直肠癌 转录组测序、单细胞转录组测序 非负矩阵分解 基因表达数据、单细胞转录组数据 多队列结直肠腺瘤样本,具体数量未在摘要中提及 NA bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq NA NA
105 2026-09-04
Integrated bulk and single-cell RNA sequencing reveals a prognostic neuro-mimicry signature in papillary thyroid carcinoma
2026-Jun-22, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 通过整合批量与单细胞RNA测序数据,揭示甲状腺乳头状癌中与神经模拟相关的预后特征 首次在甲状腺乳头状癌中鉴定出由离子通道基因组成的神经模拟特征,并利用单细胞RNA测序验证其肿瘤细胞内在来源 研究结果仍需实验验证以确认靶向离子通道的治疗策略 探讨特异性离子通道基因在甲状腺乳头状癌进展中的作用及其临床意义 甲状腺乳头状癌患者肿瘤组织及细胞 数字病理学 甲状腺乳头状癌 RNA-seq 逻辑回归 转录组数据 521名患者及65,744个细胞 NA 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 NA NA
106 2026-09-04
CAGNet: a structure-aware clustering-alternated graph network for cell-cell interaction inference in spatial transcriptomics
2026-Jun-22, BMC bioinformatics IF:2.9Q1
研究论文 提出CAGNet,一种结构感知的聚类交替图网络,用于从空间转录组数据中推断细胞间相互作用 引入聚类交替优化机制,实现了表示学习与聚类的闭环,避免静态聚类或固定邻接结构的局限性,从而更准确地捕捉动态细胞关系 未在摘要中明确提及局限性 提高空间转录组数据中细胞间相互作用推断的准确性 来自三个10x Genomics Visium数据集的空间转录组样本 空间转录组学 NA 空间转录组学 图注意力网络、交替优化 空间基因表达数据 三个10x Genomics Visium数据集 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Genomics Visium 空间转录组平台
107 2026-09-04
Integrating MRI radiomics and transcriptomics to predict IDH mutation status and prognosis in glioma
2026-Jun-21, Cancer cell international IF:5.3Q1
研究论文 本研究结合MRI影像组学与转录组学分析,预测胶质瘤IDH突变状态及预后,并探讨影像组学特征与IDH突变关键基因的相关性。 创新性地整合MRI影像组学特征与多组学数据(RNA-seq、单细胞RNA测序、空间转录组学),并通过Western blot验证蛋白表达,探索影像特征与基因突变的关联。 样本量相对较小(61例训练及验证集,66例外部队列),可能限制模型泛化性;依赖手动勾画感兴趣区,存在主观性。 开发基于MRI的影像组学模型预测胶质瘤IDH突变状态和预后,并揭示影像特征与关键IDH突变基因的关联。 胶质瘤患者MRI影像数据和转录组数据,关键IDH突变相关基因。 医学影像分析、生物信息学 胶质瘤 MRI影像组学、RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、Western blot LASSO回归模型、Cox回归模型 影像数据、基因表达数据、蛋白表达数据 61例MRI文件和66例胶质瘤患者外部验证队列 NA RNA测序,单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
108 2026-09-04
Blood IL-6 is a critical trigger of depressive symptoms in a mouse model for human atopic dermatitis
2026-Jun-20, Translational psychiatry IF:5.8Q1
研究论文 研究揭示特应性皮炎中血液IL-6和可溶性IL-6Rα通过破坏血脑屏障和抑制海马神经发生触发抑郁症状 首次证明外周血IL-6和sIL-6Rα在特应性皮炎中介导抑郁行为,并确定其通过IL-6Rβ而非IL-6Rα发挥作用 使用小鼠模型,可能不能完全代表人类特应性皮炎相关抑郁的复杂性 探究特应性皮炎导致抑郁症状的潜在机制,特别是IL-6在中枢神经系统中的作用 NC/Tnd小鼠(自发性AD)、IL-6缺陷小鼠、培养的神经元祖细胞 神经科学、免疫学、基因组学 特应性皮炎、抑郁症 单细胞RNA测序 小鼠模型、中和抗体实验 转录组数据、行为学数据 详见正文 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 不清楚
109 2026-09-04
EMD-HVG: a normalization-independent method for highly variable gene selection based on Earth mover's distance
2026-Jun-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1
研究论文 提出一种基于推土机距离的归一化无关且非参数化的高度可变基因选择方法,以提高单细胞RNA测序和空间转录组学数据分析的稳健性。 提出一种不依赖归一化且非参数化的HVG识别方法,利用混合分布模型和推土机距离度量,避免了传统方法对分布假设的依赖。 未提及具体局限性。 开发一种归一化无关且非参数化的方法,以在单细胞和空间转录组数据中稳健地识别高度可变基因。 单细胞RNA测序和空间转录组学数据中的基因表达。 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 混合分布模型 基因表达数据 多个真实和模拟数据集(未见具体数量) NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
110 2026-09-04
An LSCC-specific R-loop-related model predicts prognosis and neoadjuvant immunotherapy response and identifies EIF5A2-mediated tumor-immune crosstalk
2026-Jun-20, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1
研究论文 本研究构建了喉鳞状细胞癌特异性R-loop相关预后模型,并鉴定出EIF5A2为核心免疫调控基因,揭示了其在肿瘤-免疫相互作用中的作用 首次构建喉鳞状细胞癌特异性R-loop相关基因预后模型,并利用单细胞RNA测序数据识别核心基因EIF5A2,揭示其介导的肿瘤-免疫串扰机制 主要依赖公共数据库数据进行验证,缺乏前瞻性临床队列和体外功能实验验证 开发喉鳞状细胞癌的预后分层和免疫治疗预测生物标志物,并探索R-loop相关的肿瘤免疫调控机制 喉鳞状细胞癌患者,包括TCGA-LSCC队列、GSE25727、GSE27020、GSE210287和GSE290927数据集中的样本 基因组学、转录组学 喉鳞状细胞癌 转录组测序(RNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) LASSO-Cox回归模型 基因表达数据、单细胞转录组数据、临床数据 多个公共数据集,具体样本量未在摘要中明确 NA 批量RNA测序(bulk RNA-seq)、单细胞RNA测序 NA NA
111 2026-09-04
Machine learning-driven QSAR modeling combined with single cell transcriptomics identifies novel drug targets for lung cancer
2026-Jun-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 结合单细胞转录组学和机器学习驱动的QSAR建模,确定肺癌的新药物靶点 整合单细胞转录组学与机器学习驱动的QSAR建模,识别在原发性和转移性非小细胞肺癌中保守的潜在药物靶点,并通过大规模虚拟筛选和分子动力学模拟验证候选化合物 未进行实验验证;虚拟筛选和MD模拟结果需进一步体外和体内实验确认 识别非小细胞肺癌原发和转移部位中保守的可药物靶点,并提出有效的治疗策略 非小细胞肺癌患者的原发肿瘤、脑转移和骨转移样本的单细胞转录组数据 机器学习 肺癌 单细胞RNA测序,QSAR建模,分子对接,分子动力学模拟 XGBoost,随机森林 基因表达数据,化合物结构数据 未在摘要中明确说明样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
112 2026-09-04
GenOT: generative optimal transport enables spatiotemporal interpolation and generation in cross-platform spatial transcriptomics
2026-Jun-19, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 提出了GenOT,一种结合多尺度图自监督对比学习与最优传输重心理论的生成框架,用于跨切片和跨平台的空间转录组时空插值 核心创新在于引入基于最优传输重心的插值算法,数学建模异质性样本间的空间分布差异,以重建时空基因表达动态 摘要中未提及明显局限 实现空间转录组学中跨平台和跨样本的时空数据插值与生成,以整合信息并重建发育轨迹 空间转录组数据,涵盖不同切片和平台的数据集 机器学习 NA 空间转录组学 生成框架(可能基于图神经网络和最优传输,未具体指定模型架构如CNN等) 空间基因表达数据 摘要中未明确提及样本数量 NA 空间转录组学 NA NA
113 2026-09-04
FSTL4 interaction with Gαi proteins activates the Akt-mTOR pathway to drive malignant phenotypes in non-small cell lung cancer
2026-06-17, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1
研究论文 本研究探讨了FSTL4在非小细胞肺癌中的临床相关性、细胞类型特异性定位及其通过激活Akt-mTOR通路驱动恶性表型的机制 首次揭示FSTL4与Gαi蛋白相互作用并通过Gαi1/3-Akt-mTOR级联促进NSCLC恶性表型,且对恶性细胞具有选择性依赖性 未明确提及研究局限性 确定FSTL4在NSCLC中的临床意义、细胞类型特异性定位及其机制作用,评估其作为预后生物标志物的潜力 非小细胞肺癌组织样本、肺腺癌细胞系、正常肺上皮细胞、原发性人NSCLC细胞及异种移植小鼠模型 癌症生物学 非小细胞肺癌 单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9基因敲除、基因敲低、过表达、蛋白质互作分析、免疫印迹、异种移植实验 不适用 临床组织数据、单细胞转录组、细胞实验数据 TCGA数据及局部切除组织样本,具体样本量未在摘要中提供 NA 单细胞RNA测序 NA NA
114 2026-09-04
SpatialCell AI achieves reference-free single-cell resolution from spot-based spatial transcriptomics through morphology-guided enhancement
2026-Jun-16, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 介绍SpatialCell AI框架,通过形态学引导增强实现无参考、免训练的单细胞分辨率空间转录组分析 首个结合免训练操作、无参考表达整合和单细胞输出粒度的空间转录组框架 未在文中明确提及局限性 开发无需外部参考和训练即可从点级空间转录组数据中实现单细胞分辨率表达分析的方法 匹配的结直肠癌样本,包括不同分辨率的空间转录组数据(Visium, Visium HD, Xenium) 数字病理学 结直肠癌 空间转录组学 免训练形态学引导方法 空间基因表达数据 一个匹配的结直肠癌样本 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium, 10x Visium HD, 10x Xenium Visium(55微米)、Visium HD(8微米和16微米)、Xenium(单细胞金标准)
115 2026-09-04
Decoding regional keratinization in human oral mucosa through high-resolution spatial transcriptomics
2026-Jun-15, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过高分辨率空间转录组学构建人类口腔黏膜的图谱,揭示角化与非角化区域的特异性分子机制 首次使用10x Visium HD平台在人类口腔黏膜中实现高分辨率空间转录组分析,识别出驱动角化差异的基质-上皮相互作用 研究仅基于两名健康供者,样本量小,可能限制结果的普遍性 理解口腔黏膜区域特异性角化的空间和分子机制,为再生治疗提供基础 人类口腔黏膜中龈牙结合部的角化与非角化区域 空间转录组学 NA 空间转录组测序 聚类分析、伪时间轨迹推断、配体-受体网络分析 空间转录组数据 两名健康供者的龈牙结合部标本,产生2个角化区和2个非角化区 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium HD 10x Visium HD平台用于福尔马林固定石蜡包埋标本
116 2026-09-04
Analysis and validation of abnormal signaling pathways and immune cell infiltration characteristics in digestive system cancers based on peroxisome-related genes
2026-Jun-15, Biology direct IF:5.7Q1
研究论文 本研究基于过氧化物酶体相关基因构建并验证了消化系统癌症的预后特征,分析了免疫微环境特征,并实验验证了其在肝细胞癌和结直肠癌中的治疗抵抗作用 首次系统性地基于过氧化物酶体相关基因构建消化系统多种癌症的预后特征,并结合实验验证PEX13等基因在放疗和靶向治疗抵抗中的作用机制 摘要未提及研究局限性,可能包括样本量有限、需要进一步临床验证等 探讨过氧化物酶体在消化系统癌症(如肝癌、结直肠癌等)中的功能和潜在治疗靶点 消化系统癌症,包括肝细胞癌、结肠腺癌、直肠腺癌、胰腺腺癌、胃腺癌、食管腺癌、食管鳞状细胞癌和胆管癌 数字病理学 消化系统癌症 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 脂质组学 Cox回归模型, LASSO 基因表达数据, 单细胞数据, 脂质组学数据 涉及多种癌症队列,具体样本量未提供 NA 单细胞RNA-seq, 脂质组学 NA NA
117 2026-09-04
Multi-omics and experimental evidence in human chondrocytes identify caspase-8 as a non-apoptotic regulator of inflammatory, senescent, and fibrotic signaling in osteoarthritis
2026-06-06, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1
研究论文 通过多组学分析与实验验证,在人软骨细胞中鉴定caspase-8作为骨关节炎中非凋亡性的炎症、衰老和纤维化信号调节因子 首次系统揭示caspase-8在骨关节炎软骨细胞中作为非凋亡性调控枢纽,连接炎症-衰老与纤维化重塑,并结合多组学、功能实验和孟德尔随机化验证其治疗靶点潜力 摘要未明确提及研究的局限性,可能包括样本来源有限、动物模型与人类差异及因果推断的潜在混杂等,但文中未提供具体信息 研究caspase-8在骨关节炎发病机制中的作用及其作为疾病修饰治疗靶点的潜力 人类骨关节炎软骨细胞、衰老(晚期传代)软骨细胞、自然老化软骨、小鼠DMM模型软骨及软骨细胞亚群 基因组学、转录组学、蛋白质组学、生物信息学 骨关节炎 bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 空间转录组学, 定量蛋白质组学, siRNA敲低, 抑制剂处理, 蛋白质-蛋白质对接, 孟德尔随机化, SMR/HEIDI分析 NA 转录组数据(RNA-seq)、单细胞转录组、空间转录组、蛋白质组学数据、临床和遗传关联数据 多个公开数据集(GSE168505、GSE246425、GSE287861、GSE26475、GSE254844、GSE255460)及体外实验样本,具体数量不明 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
118 2026-09-04
Multiscale hyperbolic embedding reveals hierarchical structure in complex biological systems
2026-Jun-02, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1
研究论文 引入多尺度双曲嵌入算法MuH-MDS,用于揭示复杂生物系统中的层级结构,并提升图谱推断和谱系重建的准确性。 采用绝热优化策略,通过固定簇质心、迭代优化局部位置,计算加速十倍,可处理超过8万样本的数据集,并在保持局部细节与全局层级的同时提供度量保真。 摘要中未提及明显的局限性。 开发可扩展且度量保真的多尺度双曲嵌入方法,以支持大规模生物数据集的层级结构可视化与定量解释。 多种基准数据集,包括秀丽隐杆线虫胚胎发生的单细胞RNA测序数据。 机器学习 NA 单细胞RNA测序 多尺度双曲多维缩放(MuH-MDS) 单细胞RNA测序表达数据 超过80,000个样本(用于评估计算扩展性);具体样本组成未详述 NA 单细胞RNA测序 NA NA
119 2026-09-04
Proteome-wide genetic study identified therapeutic targets for early-onset and late-onset Alzheimer's disease
2026-Jun, International journal of surgery (London, England)
研究论文 通过蛋白质组范围的孟德尔随机化等方法,识别早发性和晚发性阿尔茨海默病的治疗靶点 首次系统比较早发性与晚发性阿尔茨海默病的蛋白质组遗传证据,并利用分子对接和动态模拟验证药物靶点 研究结果基于遗传预测,需要进一步的实验验证 识别早发性和晚发性阿尔茨海默病特异性的治疗靶点 早发性和晚发性阿尔茨海默病相关的循环蛋白质 遗传学 阿尔茨海默病 孟德尔随机化、共定位分析、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟 NA 蛋白质组数据和遗传数据 未提供具体样本量 NA 蛋白质组学、单细胞RNA测序 NA NA
120 2026-09-04
Intestinal epithelial PIEZO1 regulates macrophage-to-myofibroblast transition via epithelial-derived TGF-α signaling in Crohn's disease
2026-05-28, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1
研究论文 本研究探讨了克罗恩病中肠道上皮细胞PIEZO1通过上皮来源的TGF-α信号调控巨噬细胞向肌成纤维细胞转化(MMT)的作用,表明其促进肠道纤维化。 首次揭示上皮细胞PIEZO1通过TGF-α介导的信号通路调节MMT,进而影响CD相关肠纤维化,并机械性阐明涉及PKA/NF-κB P65通路。 未提供明确的局限性信息,但可能包括样本量有限或动物模型与人类病理差异。 阐明肠道上皮细胞PIEZO1是否及如何通过MMT调控CD中的肠纤维化。 克罗恩病患者肠道组织样本、小鼠DSS诱导的慢性结肠炎相关纤维化模型、肠道上皮细胞及巨噬细胞培养。 数字病理学 克罗恩病 蛋白质印迹法、实时PCR、Masson三色染色、免疫荧光、免疫共沉淀、单细胞RNA测序、ELISA NA 图像、基因表达、蛋白质数据 未明确患者或小鼠样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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