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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-11-13 |
Ce -NeRV3D - a C. elegans Neuron RNA-seq Visualization tool in 3D
2025, microPublication biology
DOI:10.17912/micropub.biology.001830
PMID:41210177
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研究论文 | 开发了一个用于在秀丽隐杆线虫3D神经系统中可视化基因表达模式的Blender插件工具 | 首个允许在蠕虫3D神经系统中无限制可视化多个基因表达模式的工具,支持基因共表达空间分布的可定制颜色映射 | NA | 开发神经回路研究中基因表达可视化的三维工具 | 秀丽隐杆线虫的神经系统 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、三维解剖结构数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 102 | 2025-11-13 |
PRTS: Predicting Single-Cell Spatial Transcriptomic Maps from Histological Images
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0961
PMID:41210658
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研究论文 | 提出PRTS框架,能够直接从组织学图像预测单细胞分辨率空间转录组数据 | 首次实现仅使用H&E染色组织图像就能准确预测细胞水平转录组数据,将分析单元数量提升约27倍 | NA | 开发从组织学图像预测空间转录组数据的方法,降低空间转录组技术的应用成本 | 组织切片中的细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学,组织学图像分析 | NA | 图像,转录组数据 | 每个组织切片约60,000个可分析细胞单元 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 103 | 2025-11-13 |
Exploring the Glycolytic Mechanisms in "Driver Gene-Negative" Lung Adenocarcinoma (LUAD): A Single-Cell RNA Sequencing Approach to Identify the MIF-HIF-1α Axis
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.119149
PMID:41210694
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索驱动基因阴性肺腺癌中的糖酵解机制,识别出MIF-HIF-1α调控轴 | 首次在驱动基因阴性LUAD中发现MIF-HIF-1α正反馈调控轴促进糖酵解和恶性转化 | 样本量有限(49例患者),需要进一步实验验证机制 | 阐明驱动基因阴性肺腺癌中糖酵解通路的作用并识别关键基因和潜在治疗靶点 | 驱动基因阴性肺腺癌患者 | 单细胞转录组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,基因集富集分析 | 风险评分模型,Seurat分析流程 | RNA测序数据 | 49例驱动基因阴性肺腺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2025-11-13 |
Identification and validation of the important role of tryptophan-related gene CYP1B1 in the development and progression of sepsis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0335944
PMID:41212877
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,发现色氨酸代谢相关基因CYP1B1在脓毒症中通过激活单核细胞促进疾病进展 | 首次发现CYP1B1在脓毒症单核细胞中高表达并通过调节色氨酸代谢促进疾病进展 | 研究主要基于公共数据库数据和体外实验,缺乏体内实验验证 | 探讨色氨酸代谢在脓毒症免疫特征中的作用机制 | 脓毒症患者血液样本和单核细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA-seq, 单细胞测序, RT-qPCR, transwell实验, western blot, 免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 来自GSE28750、GSE65682、GSE69528和GSE137342数据集的血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2025-11-13 |
Integrative machine learning and multi-omics framework identifies shared biomarkers for rheumatoid arthritis and ulcerative colitis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0336243
PMID:41212891
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研究论文 | 通过整合机器学习和多组学方法识别类风湿性关节炎和溃疡性结肠炎的共享生物标志物 | 开发了包含12种算法和交叉验证的机器学习框架,首次系统识别RA和UC的共享生物标志物,并通过单细胞RNA测序验证 | 使用公共数据集进行分析,样本来源可能有限;研究结果需要在更大样本中进一步验证 | 识别类风湿性关节炎和溃疡性结肠炎的共享诊断生物标志物 | 类风湿性关节炎和溃疡性结肠炎患者的基因表达数据 | 机器学习 | 类风湿性关节炎,溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,基因表达分析 | 机器学习集成框架(12种算法) | 基因表达数据 | 公共基因表达数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 106 | 2025-11-13 |
Metalloproteinase-9 as a Pyroptosis-Hypoxia Synergy Effector Drives Immune Remodeling in Ischemic Stroke: A Multi-Omics Validated Diagnostic Biomarker and Therapeutic Target
2025, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S550007
PMID:41220599
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现金属蛋白酶-9(MMP9)是缺血性脑卒中中焦亡-缺氧协同效应的关键驱动因子,可作为诊断生物标志物和治疗靶点 | 首次系统探索焦亡与缺氧在缺血性脑卒中中的协同调控作用,并通过多算法验证确定MMP9作为诊断标志物 | 研究主要基于公共数据集,需要更大样本的独立验证 | 探索缺血性脑卒中的早期诊断生物标志物和治疗靶点 | 缺血性脑卒中患者外周血样本 | 生物信息学 | 缺血性脑卒中 | 转录组测序,实时定量PCR,单细胞测序,分子对接 | LASSO,支持向量机,随机森林 | 基因表达数据 | 三个独立数据集(GSE66724,GSE58294,GSE16561)和RT-qPCR验证样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 107 | 2025-11-13 |
Intratumoral heterogeneity and potential treatment strategies in small cell lung cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1657441
PMID:41220942
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综述 | 本文综述了小细胞肺癌的肿瘤内异质性、分子亚型分类、可塑性相关信号通路及新兴治疗策略 | 通过基因组学和单细胞测序技术揭示了SCLC的分子亚型多样性及肿瘤可塑性机制 | NA | 探讨小细胞肺癌的肿瘤异质性及其对治疗策略的影响 | 小细胞肺癌细胞系、动物模型和肿瘤组织 | 肿瘤学 | 肺癌 | 单细胞测序,基因组学 | NA | 基因组数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 108 | 2025-11-13 |
SPP1+ TAM: CD8+ T Cell Crosstalk Associates with Blocking Radiotherapy Efficacy in Lung Cancer
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0851
PMID:41221295
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研究论文 | 本研究揭示了SPP1+肿瘤相关巨噬细胞通过抑制CD8+ T细胞浸润限制肺癌放疗疗效的机制 | 首次发现SPP1是放疗后上调的关键因子,主要表达于免疫抑制性巨噬细胞,并证明靶向SPP1可增强放疗效果 | NA | 探索肿瘤微环境中免疫抑制机制并开发增强放疗疗效的新策略 | 非小细胞肺癌 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2025-11-13 |
Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics
2024-Dec-19, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006
PMID:39743215
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综述 | 本文综述了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆基因工程小鼠模型的最新研究进展,重点总结了单细胞转录组学、多组学和空间转录组学技术带来的新发现 | 整合了单细胞转录组学、多组学和空间转录组学等前沿技术对神经退行性疾病小鼠模型的研究成果 | 承认没有任何模型是完美的,但未具体说明研究的局限性 | 研究神经退行性疾病的病因和潜在治疗方法 | 基因工程小鼠模型,特别是阿尔茨海默病和额颞叶痴呆模型 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞转录组学, 多组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 110 | 2025-11-13 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析,发现白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病进展中的关键作用 | 首次在ACM中识别出炎症-纤维化空间生态位,并证实靶向IL-1β可改善疾病表型 | 研究样本量有限,主要基于患者心肌样本和基因工程小鼠模型 | 探究致心律失常性心肌病的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠模型 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | ACM患者和对照供体的心肌样本,Desmoglein-2突变小鼠 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 111 | 2025-11-13 |
Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612147
PMID:39314271
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类气道上皮细胞对两种真菌病原体的细胞类型特异性反应 | 首次报道使用单细胞转录组分析研究人类气道上皮细胞对曲霉菌和球孢子菌感染的反应 | 动物模型不能完全模拟人类疾病,需要使用先进的人类细胞模型 | 研究人类气道上皮细胞对不同真菌病原体的早期发病机制 | 原代人类气道上皮细胞 | 单细胞生物学 | 呼吸道真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 112 | 2025-11-13 |
Excessive IL-10 and IL-18 trigger hemophagocytic lymphohistiocytosis-like hyperinflammation and enhanced myelopoiesis
2022-11, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2022.06.017
PMID:35792218
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研究论文 | 本研究探讨了IL-10和IL-18在触发噬血细胞性淋巴组织细胞增生症样超炎症反应中的协同作用 | 首次揭示IL-10和IL-18共同升高足以驱动HLH样超炎症综合征,并证明IL-10阻断具有保护作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化需进一步验证 | 研究IL-10和IL-18在超炎症反应中的协同作用机制 | 87例继发性HLH患者、转基因小鼠模型、培养的巨噬细胞 | 免疫学 | 噬血细胞性淋巴组织细胞增生症 | 单细胞RNA测序、细胞培养、转基因模型 | 转基因小鼠模型 | RNA测序数据、细胞表型数据 | 87例HLH患者样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 113 | 2025-11-13 |
A mouse model of the LEAP study reveals a role for CTLA-4 in preventing peanut allergy induced by environmental peanut exposure
2022-08, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2022.02.024
PMID:35288169
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研究论文 | 本研究通过建立模拟LEAP临床试验的小鼠模型,揭示了食用花生制品通过CTLA-4通路预防环境暴露诱发花生过敏的免疫机制 | 首次建立模拟人类LEAP研究的小鼠模型,发现CTLA-4在调节T滤泡辅助细胞反应和预防花生过敏中的关键作用 | 研究使用成年BALB/c小鼠,与人类婴幼儿免疫系统存在差异;仅使用单一商业花生酱产品 | 探究早期食用花生制品预防花生过敏的免疫学机制 | BALB/c小鼠 | 免疫学 | 花生过敏 | 单细胞RNA测序,分子免疫学方法 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据,免疫反应数据 | 未明确样本数量的小鼠实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 114 | 2025-11-13 |
Dihydroartemisinin beneficially regulates splenic immune cell heterogeneity through the SOD3-JNK-AP-1 axis
2022-08, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-021-2061-7
PMID:35226255
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术揭示了双氢青蒿素通过SOD3-JNK-AP-1轴调节脾脏免疫细胞异质性的机制 | 首次发现双氢青蒿素通过SOD3-JNK-AP-1信号轴调节脾脏免疫细胞亚群的重组,并证明SOD3敲除小鼠对该调节作用具有抵抗性 | NA | 阐明双氢青蒿素的免疫调节机制 | 小鼠脾脏免疫细胞 | 单细胞生物学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序,细胞学方法,生物化学方法 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 115 | 2025-11-13 |
Lidocaine Ameliorates Psoriasis by Obstructing Pathogenic CGRP Signaling‒Mediated Sensory Neuron‒Dendritic Cell Communication
2022-08, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2022.01.002
PMID:35032503
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研究论文 | 本研究揭示利多卡因通过阻断CGRP信号通路介导的感觉神经元-树突状细胞通讯治疗银屑病的机制 | 首次证明硬膜外利多卡因注射可通过抑制异常感觉神经生长和CGRP介导的树突状细胞IL-23产生治疗银屑病 | 仅为初步研究,样本量有限,需要更大规模的临床试验验证 | 探究神经系统在银屑病发病机制中的作用及神经干预的治疗潜力 | 银屑病患者和咪喹莫特诱导的银屑病大鼠模型 | 免疫学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序,细胞共培养 | 动物模型 | 基因表达数据,临床评分数据 | 银屑病患者和动物模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 116 | 2025-11-13 |
Transcriptomes of MPO-Deficient Patients with Generalized Pustular Psoriasis Reveals Expansion of CD4+ Cytotoxic T Cells and an Involvement of the Complement System
2022-08, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2021.12.021
PMID:34973310
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析MPO缺陷型泛发性脓疱型银屑病患者的转录组特征 | 首次系统分析MPO基因型对中性粒细胞和PBMC亚群及其差异基因表达的影响 | 研究仅针对稳定期患者样本,未验证发现是否适用于急性表皮情况 | 探究MPO缺陷在泛发性脓疱型银屑病发病机制中的作用 | MPO缺陷型泛发性脓疱型银屑病患者的外周血单个核细胞和中性粒细胞 | 单细胞组学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 批量RNA测序数据 | MPO缺陷型泛发性脓疱型银屑病患者队列 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 117 | 2025-11-13 |
Single-cell RNA sequencing reveals that BMPR2 mutation regulates right ventricular function via ID genes
2022-07, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00327-2021
PMID:34857612
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示BMPR2突变通过ID基因调控右心室功能的机制 | 首次证明BMPR2信号通过ID基因和USP9X调控心脏分化,并阐明其在先天性心脏病相关肺动脉高压中的作用机制 | 研究样本量有限,动物模型与人类疾病存在差异 | 阐明BMPR2信号通过下游效应子ID基因在心脏发育中促进先天性心脏病患者肺动脉高压进展的机制 | 先天性心脏病相关肺动脉高压患者、基因敲除小鼠、人胚胎干细胞和诱导多能干细胞 | 单细胞测序 | 先天性心脏病和肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、基因敲除、共聚焦显微镜、超声检查 | 基因敲除动物模型、干细胞分化模型 | 单细胞RNA测序数据、影像数据、生理指标数据 | 25只基因敲除小鼠(其中12只发病)、患者来源iPSCs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 118 | 2025-11-13 |
Profiling of lung SARS-CoV-2 and influenza virus infection dissects virus-specific host responses and gene signatures
2022-06, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.01881-2021
PMID:34675048
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研究论文 | 通过空间转录组学分析比较SARS-CoV-2和流感病毒感染的肺部宿主反应差异 | 首次使用空间转录组学技术揭示SARS-CoV-2在肺部非均匀分布特征及其与干扰素反应的关联 | 样本量有限,主要基于尸检组织样本 | 解析SARS-CoV-2和流感病毒特异性宿主反应及基因特征 | COVID-19患者、H1N1流感患者和未感染对照者的肺部组织 | 空间转录组学 | COVID-19, 流感 | 靶向转录组学, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | COVID-19患者、流感患者和未感染对照的肺部组织样本 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMX平台 | NanoString GeoMX数字空间分析平台用于FFPE组织 |
| 119 | 2025-11-12 |
Effects of esketamine on electrophysiology and metabolic reprogramming in brain organoids: insights into antidepressant mechanisms
2025-Dec, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03198-4
PMID:40885845
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研究论文 | 研究艾氯胺酮对脑类器官电生理和代谢重编程的影响,揭示其抗抑郁作用机制 | 首次使用人源脑类器官模型系统研究艾氯胺酮对电生理和代谢的浓度与时间依赖性影响,揭示其通过能量代谢途径调节NMDAR活性的新机制 | 研究仅使用脑类器官模型,尚未在完整生物体中进行验证 | 探究艾氯胺酮的抗抑郁作用机制 | 健康对照和抑郁症患者iPSC来源的脑类器官 | 神经科学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序,电生理记录,代谢分析 | 脑类器官模型 | 电生理数据,基因表达数据,代谢数据 | 健康对照和抑郁症患者iPSC来源的脑类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 120 | 2025-11-12 |
Influence of Age on Fracture Healing in Young and Middle-Aged Mice in a Proximal Femur Fracture Model
2025-Dec, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society
IF:2.1Q2
DOI:10.1002/jor.70063
PMID:40931376
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研究论文 | 本研究通过小鼠股骨近端骨折模型探讨年龄对骨折愈合的影响 | 首次在年轻和中年小鼠中系统比较股骨近端骨折愈合差异,并发现衰老细胞和SASP因子在年龄相关骨折愈合延迟中的作用 | 研究仅使用雄性C57BL/6J小鼠,结果可能不适用于雌性或其他品系小鼠 | 确定年龄对小鼠股骨近端骨折模型的影响,验证该模型用于研究年龄相关骨折愈合延迟分子机制的适用性 | 12周和52周龄雄性C57BL/6J小鼠 | 骨生物学 | 骨质疏松性骨折 | 多重细胞因子分析, μCT分析, 组织形态计量学, 免疫染色, 空间转录组学 | NA | 图像, 分子表达数据, 组织学数据 | 年轻和中年雄性C57BL/6J小鼠 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |