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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-01-15 |
UHRF1-mediated epigenetic reprogramming regulates glycolysis to promote progression of B-cell acute lymphoblastic leukemia
2025-Apr-29, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07532-0
PMID:40301374
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研究论文 | 本研究揭示了UHRF1通过表观遗传重编程调控糖酵解,从而促进B细胞急性淋巴细胞白血病进展的分子机制 | 首次利用单细胞转录组测序技术发现UHRF1与B-ALL进展的关联,并阐明了UHRF1-SFRP5-WNT5A-P38 MAPK-HK2信号轴在表观遗传和代谢重编程中的作用,同时鉴定出UHRF1靶向抑制剂UM164 | 未明确说明样本的具体数量及临床特征细节,体内外实验的转化潜力需进一步验证 | 探索复发难治性B细胞急性淋巴细胞白血病的分子机制,以改善临床预后 | B细胞急性淋巴细胞白血病细胞 | 单细胞组学 | 白血病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 102 | 2026-01-15 |
inDrops-2: a flexible, versatile and cost-efficient droplet microfluidic approach for high-throughput scRNA-seq of fresh and preserved clinical samples
2025-Jan-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1312
PMID:39797728
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研究论文 | 本文介绍了inDrops-2,一种开源、灵活且成本效益高的液滴微流控单细胞RNA测序技术,适用于新鲜和保存的临床样本 | inDrops-2技术以6倍低于商业系统的成本,实现了与最先进商业系统相匹配的灵敏度,并支持指数和线性扩增两种协议 | NA | 开发一种高灵敏度、低成本、适用于大规模单细胞RNA测序的开源技术 | 人类肺癌样本中的新鲜和保存细胞 | 单细胞测序 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 多个人类肺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | inDrops-2 | 开源液滴微流控单细胞RNA测序平台,支持指数和线性扩增协议 |
| 103 | 2026-01-15 |
Phase 1 study of chidamide in combination with venetoclax, azacitidine, aclarubicin, cytarabine and G-CSF for refractory/relapsed acute myeloid leukemia: clinical safety, efficacy, and correlative analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1698710
PMID:41459484
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研究论文 | 本研究评估了西达本胺联合维奈托克、阿扎胞苷、阿柔比星、阿糖胞苷和G-CSF(CACAG-VEN方案)在复发/难治性急性髓系白血病(R/R-AML)患者中的疗效、安全性及相关生物学机制 | 首次在R/R-AML患者中评估CACAG-VEN联合方案的疗效和安全性,并利用单细胞RNA测序揭示了治疗后MCL1、HIF1A和ABCC1下调等分子机制 | 样本量较小(34例患者),为单臂I期研究,缺乏对照组,随访时间中位数为461天,可能不足以评估长期疗效和安全性 | 评估CACAG-VEN方案作为R/R-AML挽救诱导治疗的安全性和疗效,并探索其分子作用机制 | 复发或难治性急性髓系白血病(R/R-AML)患者 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据,单细胞RNA测序数据 | 34例R/R-AML患者(难治性17例,复发17例),其中4例患者在治疗前后进行了骨髓样本的单细胞RNA测序(共8个样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2026-01-15 |
Single-cell spatial transcriptomics of fixed, paraffin-embedded biopsies reveals colitis-associated cell networks
2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.11.623014
PMID:39605355
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研究论文 | 本研究开发并优化了一种基于成像的单细胞空间转录组学框架,用于分析存档的福尔马林固定石蜡包埋活检样本,以揭示结肠炎相关的细胞网络 | 首次对三种能够分析FFPE样本的单细胞空间转录组学平台进行全面基准比较,并开发了一个统一的处理流程,成功应用于长达5年历史的临床存档样本 | 研究样本量相对有限(n=57),且仅针对炎症性肠病,可能限制了结果的普遍适用性 | 开发一个稳健的框架,将基于成像的单细胞空间转录组学应用于存档的临床FFPE黏膜活检样本,以研究炎症性肠病的细胞网络 | 来自非IBD对照和溃疡性结肠炎患者的FFPE黏膜活检样本 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 57例FFPE黏膜活检样本(包括9例非IBD对照和11例溃疡性结肠炎患者) | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | 自定义290-plex Xenium基因面板 |
| 105 | 2026-01-15 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
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研究论文 | 本文评估了Element Biosciences的亲和性碱基化学DNA测序技术在单细胞RNA-seq文库中准确测序通过同聚物区域的能力,并探讨了其对读段比对和多聚腺苷酸化位点精确定量的影响 | 首次系统评估亲和性碱基化学测序在单细胞RNA-seq中测序通过胸腺嘧啶同聚物的准确性,并开发了改进的适配器修剪和比对流程,特别适用于多聚腺苷酸化位点分析 | 与单端比对相比,配对端比对并未一致提高读段映射率,且研究未排除其他新兴平台可能具有类似性能的可能性 | 评估亲和性碱基化学测序技术在单细胞RNA-seq文库表征中的效果,特别是对多聚腺苷酸化位点分析的改进 | 单细胞RNA-seq文库中的cDNA片段,重点关注多聚腺苷酸化位点附近的同聚物区域 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA-seq, DNA测序 | NA | 测序数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq | Element Aviti, Illumina测序平台 | Element Aviti仪器使用亲和性碱基化学进行DNA测序,用于标准单细胞RNA-seq分析 |
| 106 | 2026-01-15 |
Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT
2024-Jun-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1
PMID:38978567
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法,用于空间生物学中的细胞类型和状态注释,无需训练数据,并在多个数据集中验证了其准确性和可扩展性 | 开发了TACIT算法,这是一种无监督方法,利用预定义签名进行细胞注释,无需训练数据,并通过无偏阈值处理区分阳性细胞与背景,专注于相关标记以识别多组学检测中的模糊细胞 | 未明确说明算法的计算资源需求或处理大规模数据时的潜在限制 | 解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗和易错挑战,提高注释的准确性和可扩展性 | 细胞类型和细胞状态,涉及大脑、肠道和腺体三个生态位 | 空间生物学 | 炎症性腺体疾病 | 空间转录组学和空间蛋白质组学 | 无监督算法 | 空间多组学数据 | 五个数据集,总计5,000,000个细胞,涉及51种细胞类型 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 107 | 2026-01-15 |
Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.31.596861
PMID:38895230
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法,用于空间生物学中的细胞类型和状态注释,无需训练数据,通过预定义签名和阈值区分细胞,并在多个数据集中验证其准确性和可扩展性 | 开发了TACIT算法,这是一种无监督方法,利用预定义签名和阈值区分细胞,无需训练数据,能处理细胞、邻域和生态位层面的变异性,在多组学分析中识别模糊细胞 | NA | 解决空间生物学中细胞类型和状态注释的耗时和易错挑战,提高注释的准确性和可扩展性 | 细胞类型和状态,包括来自大脑、肠道和腺体等生态位的细胞 | 空间生物学 | 炎症性腺体疾病 | 空间转录组学和蛋白质组学 | 无监督算法 | 空间多组学数据 | 5个数据集,涉及5,000,000个细胞和51种细胞类型 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 108 | 2026-01-15 |
Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals Heterogeneity of Early Pig Skin Development and a Subpopulation with Hair Placode Formation
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202306703
PMID:38561967
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学,揭示了早期猪皮肤发育的异质性,并识别出一个与毛囊形成相关的细胞亚群 | 首次构建了胚胎皮肤的整合时空转录组图谱,并通过跨物种比较发现猪表皮比小鼠更接近人类,同时识别出毛囊起始结构的新前体细胞 | 研究主要基于猪模型,虽然与人类有较高保守性,但直接应用于人类皮肤疾病仍需进一步验证 | 研究早期皮肤发育的细胞异性和毛囊形成机制,为人类皮肤疾病研究提供参考图谱 | 正常和无毛胎猪的皮肤样本,覆盖四个发育时期 | 数字病理学 | 皮肤相关疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 正常和无毛胎猪皮肤样本,涵盖四个发育时期 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 109 | 2026-01-15 |
scmFormer Integrates Large-Scale Single-Cell Proteomics and Transcriptomics Data by Multi-Task Transformer
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202307835
PMID:38483032
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研究论文 | 本文提出了一种名为scmFormer的新型单细胞多模态/多任务Transformer模型,用于整合大规模单细胞蛋白质组学与转录组学数据 | scmFormer是首个能够整合单细胞蛋白质组学与其他组学数据的Transformer模型,在整合大规模单细胞多模态数据和异质多批次配对多组学数据方面表现优异 | NA | 开发一个强大的工具来整合和分析单细胞多组学数据 | 单细胞多组学数据,特别是蛋白质组学和转录组学数据 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞多组学 | Transformer | 单细胞蛋白质组学和转录组学数据 | 超过148万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞多组学 | NA | NA |
| 110 | 2026-01-15 |
Characterization of the Nucleus Pulposus Progenitor Cells via Spatial Transcriptomics
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202303752
PMID:38311573
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术,首次建立了小鼠椎间盘的空间转录组图谱,揭示了核髓祖细胞(NPPCs)的分布和分化序列 | 首次生成小鼠椎间盘的空间转录组图谱,通过空间分辨率识别核髓祖细胞标记物(如Ctsk)的分布,并推翻了Tie2作为NPPCs标记物的传统观点 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;空间转录组学技术可能受限于分辨率,无法完全捕获所有细胞类型 | 探究椎间盘核髓祖细胞的分化序列和标记物,以理解椎间盘退变的细胞机制 | 小鼠椎间盘组织,特别是核髓(NP)区域 | 空间转录组学 | 椎间盘退变 | 空间转录组学,原位测序(ISS),细胞谱系追踪 | NA | 空间转录组数据,原位测序数据 | 小鼠椎间盘组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium平台用于生成空间分辨的转录组图谱 |
| 111 | 2026-01-15 |
Integration Analysis of Single-Cell Multi-Omics Reveals Prostate Cancer Heterogeneity
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202305724
PMID:38483933
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞多组学数据,揭示了前列腺癌的异质性及其在肿瘤微环境中的细胞生态系统 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量ATAC测序,系统描绘了前列腺癌阶段特异性微环境中的细胞异质性,并识别了SOX9AR标记的俱乐部细胞干细胞亚群以及CD8CXCR6 T细胞亚群的变化 | 研究样本量有限,且主要基于观察性数据,需要进一步功能实验验证发现的细胞亚群和相互作用机制 | 探究前列腺癌的细胞异质性及其在肿瘤微环境中的形成机制,以促进疾病诊断和治疗 | 前列腺癌患者和健康对照者的组织样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量ATAC测序 | 机器学习, 计算智能 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 表观基因组数据 | 一系列前列腺癌患者和健康对照者(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量ATAC-seq | NA | NA |
| 112 | 2026-01-15 |
Bioengineered Hydrogels Recapitulate Fibroblast Heterogeneity in Cancer
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202307129
PMID:38493497
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研究论文 | 本研究利用头颈部鳞状细胞癌的单细胞RNA测序数据,预测调控癌症相关成纤维细胞亚群的微环境和细胞特征,并通过可调谐的透明质酸水凝胶系统在体外培养患者来源的CAFs,以模拟其异质性 | 通过结合单细胞RNA测序数据与可调谐水凝胶系统,首次在体外成功模拟了癌症相关成纤维细胞的异质性,并识别了微管动力学作为CAF可塑性的关键介质 | 研究主要基于头颈部鳞状细胞癌数据,可能不适用于其他癌症类型;水凝胶系统虽能模拟异质性,但可能无法完全复制体内复杂的肿瘤微环境 | 开发能反映癌症相关成纤维细胞异质性的体外模型,以促进CAF生物学理解和靶向治疗策略的评估 | 癌症相关成纤维细胞,特别是头颈部鳞状细胞癌中的CAF亚群 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 113 | 2026-01-15 |
Selective loss of resident macrophage-derived insulin-like growth factor-1 abolishes adaptive cardiac growth to stress
2021-09-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.07.006
PMID:34363749
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研究论文 | 本研究揭示了心脏驻留巨噬细胞通过产生胰岛素样生长因子-1在高血压应激下促进心肌细胞适应性生长的重要作用 | 首次明确心脏驻留巨噬细胞来源的IGF-1对高血压诱导的心肌适应性生长具有绝对必要性,并发现人类心肌病中保守的IGF-1表达巨噬细胞亚群 | 研究主要基于动物模型,人类数据仅通过单细胞转录组学鉴定,缺乏功能验证 | 探究免疫细胞在高血压引起的心脏适应性生长中的作用机制 | 心脏驻留巨噬细胞和心肌细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 114 | 2026-01-14 |
Evaluating the practical aspects and performance of commercial single-cell RNA sequencing technologies
2026-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf215
PMID:41503158
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研究论文 | 本文对商业单细胞RNA测序技术进行了全面评估,比较了多种平台的性能指标和实际应用因素 | 首次在单细胞TCR恢复可用检测中比较了T细胞特异性性能,并综合评估了细胞回收率、灵敏度对稀有细胞亚型解析能力的影响 | 研究主要基于PBMC样本,可能不适用于其他组织类型;未涵盖所有商业平台 | 评估商业单细胞RNA测序技术的实际应用性能和选择标准 | 来自不同供者的标准化PBMC样本 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个供者的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA-seq, TCR分析 | NA | 评估了七种全转录组mRNA检测试剂盒和两种包含TCR分析的试剂盒 |
| 115 | 2026-01-14 |
Opportunities for RNA sequencing in physiology: from big data to understanding homeostasis and heterogeneity
2026-Feb-01, Function (Oxford, England)
DOI:10.1152/function.019.2025
PMID:41401424
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综述 | 本文探讨了RNA测序在生理学中的应用潜力,强调其从大数据到理解稳态和异质性的作用 | 强调非编码RNA(如lncRNA)在生理学中的重要性,并讨论单细胞和空间转录组学的最新进展 | 未提及具体实验或数据验证,主要基于现有文献综述 | 评估RNA测序技术在生理学研究中的机遇和挑战 | RNA分子,包括编码和非编码RNA,以及其在细胞、组织和器官生理学中的应用 | 自然语言处理 | NA | RNA测序,单细胞转录组学,空间转录组学 | NA | RNA测序数据 | 超过一百万RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 116 | 2026-01-14 |
Detection of pleiotropic genetic factors and critical brain cell types linking insomnia with psychiatric disorders
2026-Jan-13, Sleep
IF:5.3Q1
DOI:10.1093/sleep/zsaf317
PMID:41065713
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研究论文 | 本研究通过分析失眠症与12种精神疾病的遗传关联,揭示了它们之间共享的遗传结构和神经生物学机制 | 首次系统地识别了失眠症与多种精神疾病共享的70个基因组位点,并确定了GABA能突触信号通路和特定皮质神经元亚型在共病机制中的核心作用 | 研究主要基于欧洲血统人群的GWAS数据,可能限制了结果在其他人群中的普适性;功能验证和因果推断需要进一步实验研究 | 探究失眠症与精神疾病之间的遗传重叠、生物学通路和脑细胞类型关联 | 失眠症和12种精神疾病(包括ADHD、厌食症、焦虑症、自闭症谱系障碍、双相情感障碍、重度抑郁症和精神分裂症)的基因组数据 | 遗传学与神经科学 | 精神疾病与睡眠障碍 | 全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序 | bivariate MiXeR、conjFDR、ASSET、MAGMA、SEISMIC | 基因组关联数据、单细胞转录组数据 | 失眠症样本量314,149;精神疾病样本量12,783至449,855不等 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 117 | 2026-01-14 |
Advances in Adipose Tissue Biology
2026-Jan-13, Endocrine reviews
IF:22.0Q1
DOI:10.1210/endrev/bnaf032
PMID:41071598
|
综述 | 本文综述了脂肪组织生物学的最新进展,强调了其在人类生理调节中的核心作用及其在肥胖相关疾病中的关键影响 | 强调了脂肪组织从惰性组织转变为动态调节器官的认识转变,并突出了单细胞RNA测序等技术在揭示脂肪库特异性机制中的潜力 | NA | 回顾脂肪组织在健康和疾病中的关键作用,并总结该领域的主要科学进展 | 脂肪组织及其在肥胖相关疾病(如2型糖尿病、心血管疾病、肝脏疾病和多种癌症)中的功能 | NA | 2型糖尿病、心血管疾病、肝脏疾病、多种癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 118 | 2026-01-14 |
PD1 blockade-induced DKK1 expression by CD8+ T cells promotes blood-brain barrier permeabilization
2026-Jan-13, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-25-1222
PMID:41525686
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研究论文 | 本研究揭示了抗PD1疗法通过诱导CD8⁺ T细胞表达DKK1,破坏血脑屏障完整性,从而影响脑转移瘤治疗效果的机制 | 首次发现抗PD1疗法(而非其他免疫检查点抑制剂)会特异性诱导CD8⁺ T细胞表达DKK1,通过β-catenin/TCF和FOXM1通路破坏血脑屏障,并证明清除血浆DKK1可恢复屏障完整性 | 研究主要基于实验模型和临床观察,具体在人类患者中的分子通路验证和长期影响仍需进一步研究 | 阐明抗PD1疗法在脑转移瘤治疗中疗效差异的宿主驱动因素,特别是其对血脑屏障的影响 | 脑转移瘤微环境、CD8⁺ T细胞、血脑屏障内皮细胞 | 单细胞组学 | 肺癌脑转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、临床MRI影像数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及实验模型和肺癌患者临床数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 119 | 2026-01-14 |
Single-cell and spatial transcriptomic profiling of cardiac fibroblasts following myocardial infarction
2026-Jan-13, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-06533-0
PMID:41526391
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研究论文 | 本文通过单细胞和空间转录组学技术,研究了心肌梗死后心脏成纤维细胞的转录动态和分子事件 | 整合了bulk RNA测序、RNAscope原位杂交和空间转录组学数据,首次在解剖和时间维度上映射了心脏成纤维细胞向修复性亚群转变的基因表达变化 | 研究主要关注心肌梗死早期阶段,长期动态和功能验证可能不足 | 探究心肌梗死后心脏成纤维细胞的异质性及修复性亚群的出现机制 | 心肌梗死后的小鼠心脏成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, RNAscope原位杂交, bulk RNA-seq | NA | 转录组数据, 空间基因表达数据 | 未明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 120 | 2026-01-14 |
PCID2 is essential for spermatogonial differentiation by regulating alternative splicing
2026-Jan-13, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05840-4
PMID:41526677
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研究论文 | 本研究揭示了PCID2通过调控选择性剪接在精子发生过程中的关键作用 | 首次在体内证明了PCID2通过调控选择性剪接来调节精原细胞分化和减数分裂启动,并鉴定了其相互作用的剪接因子和关键靶基因 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的直接相关性尚需进一步验证 | 探究PCID2在精子发生中的生理功能及其分子机制 | 小鼠精原细胞和精子发生过程 | 生殖生物学 | 男性不育症 | 单细胞转录组测序、RNA测序、免疫沉淀-质谱分析、共免疫沉淀、PCR | 条件性基因敲除小鼠模型 | 转录组数据、蛋白质相互作用数据 | Pcid2条件性敲除小鼠及其对照 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |