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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-03-21 |
Regulation of spikelet number during wheat spike development
2026-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.07.698073
PMID:41835394
|
综述 | 本文综述了小麦穗发育过程中调控小穗数量的基因网络及其对产量的影响 | 整合了空间转录组学、单细胞分析和多组学研究,加速了新基因的发现,并探讨了超数小穗或分支结构的形成机制 | 将突变引入商业小麦品种时面临育性和粒重的权衡,需要进一步研究和育种努力 | 研究小麦穗发育中小穗数量的调控机制,以提高谷物产量 | 小麦穗及其小穗的发育过程 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞分析、多组学研究 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞分析, 多组学研究 | NA | NA |
| 102 | 2026-03-21 |
scDCL: A multi-view single-cell RNA sequencing clustering method based on dual contrastive learning
2026-Mar-03, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本文提出了一种基于双对比学习的多视角单细胞RNA测序聚类方法scDCL,以解决现有方法在捕获细胞内在特征与全局结构信息之间的权衡问题 | 提出了一种集成ZINB掩码自编码器、图神经网络和双对比学习的新型框架,能协同捕获细胞内在特征和全局结构特征,并通过多视角特征平衡局部与全局信息 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种更有效的单细胞RNA测序数据聚类方法,以更好地解析细胞异质性和发现新细胞状态 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器, 图神经网络, 对比学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 103 | 2026-03-21 |
A Chromosome-level Assembly and Functional Genomic Resources for the Model Annelid Capitella teleta
2026-Mar-02, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evag041
PMID:41732109
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研究论文 | 本研究为模式环节动物Capitella teleta构建了染色体级别的基因组组装,并整合了多种功能基因组学资源 | 结合长读长、短读长测序与Hi-C技术,首次为C. teleta实验室品系构建了染色体级别的核基因组与线粒体基因组,揭示了基因组重排与基因家族进化的解耦现象 | 未明确说明 | 为进化发育生物学、比较基因组学、生态毒理学研究提供高质量的基因组资源 | 多毛纲环节动物Capitella teleta的实验室品系 | 比较基因组学 | NA | 长读长测序, 短读长测序, Hi-C染色质构象捕获, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, EM-seq | NA | 基因组序列, 转录组数据, 表观基因组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2026-03-21 |
Spatial and Single-Cell Transcriptomics Reveal Keratinocytes as Key Players in Vulvar Lichen Sclerosus Pathogenesis
2026-Mar, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.08.022
PMID:40886965
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研究论文 | 本研究利用空间和单细胞转录组学技术,揭示了角质形成细胞在外阴硬化性苔藓发病机制中的核心作用 | 首次结合空间和单细胞转录组学分析外阴硬化性苔藓,识别了角质形成细胞作为疾病关键驱动因素的双重角色 | 研究未明确提及样本量大小,可能限制统计效力;且为观察性研究,因果关系需进一步验证 | 阐明外阴硬化性苔藓的分子发病机制,以发现潜在生物标志物和治疗靶点 | 外阴皮肤组织,包括病变、非病变和健康区域 | 数字病理学 | 外阴硬化性苔藓 | 空间转录组学,单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 105 | 2026-03-21 |
From bench to bedside: adipose tissue fibrosis in obesity, anti-diabetic therapies, and bariatric surgery
2026-Mar, The Korean journal of internal medicine
DOI:10.3904/kjim.2025.363
PMID:41430209
|
综述 | 本文全面回顾了脂肪组织纤维化在肥胖和代谢疾病中的病理生理学及临床意义的最新研究进展 | 提出脂肪组织纤维化作为代谢健康预后和治疗选择的新预测和治疗靶点,超越了以往对炎症反应的关注 | NA | 探讨脂肪组织纤维化在肥胖、抗糖尿病疗法和减重手术中的病理机制及临床影响 | 肥胖患者及代谢疾病相关的脂肪组织 | NA | 肥胖 | 空间转录组学、单细胞组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞组学 | NA | NA |
| 106 | 2026-03-21 |
Identification of Cuproptosis-Associated Biomarker Candidates in Hypertrophic Cardiomyopathy via Machine Learning and Multi-Omics Integration
2026-Mar, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-025-05533-5
PMID:41484731
|
研究论文 | 本研究通过机器学习和多组学整合方法,识别了与肥厚型心肌病相关的铜死亡生物标志物候选基因 | 首次将铜死亡相关基因与肥厚型心肌病关联,并利用机器学习和多组学数据整合识别新的生物标志物候选基因 | 研究结果为关联性和假设生成性质,需要前瞻性临床评估和机制研究(如铜稳态扰动和基因操作)才能进行任何治疗推断 | 识别肥厚型心肌病的新型生物标志物候选物和治疗靶点 | 健康对照和肥厚型心肌病患者的RNA-seq数据 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 机器学习诊断模型 | RNA-seq数据 | 来自健康对照和HCM患者的批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 107 | 2026-03-21 |
Integrated Multi-Omics Analysis Reveals Cytokine Network Dynamics and Prognostic Signatures in Hepatitis B Virus-Associated Hepatocellular Carcinoma
2026-Mar, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-025-05528-2
PMID:41484748
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学分析,揭示了乙型肝炎病毒相关肝细胞癌中细胞因子网络的动态变化及其预后意义 | 整合了bulk RNA测序、单细胞RNA测序及功能验证,首次构建了基于细胞因子的LASSO风险模型,并揭示了细胞因子在肿瘤异质性和免疫抑制中的作用 | 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平的全面验证,且样本来源和队列规模可能限制了模型的普适性 | 探究细胞因子在HBV-HCC中的预后价值及其驱动肿瘤进展的机制 | 乙型肝炎病毒相关肝细胞癌患者样本及体外细胞模型 | 数字病理学 | 肝癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 血清学分析, 体外功能实验 | LASSO回归模型 | RNA测序数据, 单细胞转录组数据, 血清数据 | 未明确具体样本数量,但包含训练和验证队列的患者样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 108 | 2026-01-10 |
TEAD4 and RXRA Regulate the Function of Nucleus Pulposus Cells in Intervertebral Disc Degeneration Via the TNF-α/NF-κB Pathway: An Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq, Bulk RNA-Seq, and In Vitro Validation
2026-Mar, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-025-05534-4
PMID:41511606
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 109 | 2026-03-21 |
Silencing CCL5 suppresses ferroptosis to alleviate calcific aortic valve disease through chemokine pathway inhibition
2026-Mar, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 本研究揭示了CCL5通过激活趋化因子信号通路诱导铁死亡,从而促进钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)进展的机制 | 首次阐明CCL5通过调控趋化因子信号通路和铁死亡在CAVD中的关键作用,并提出了靶向CCL5作为治疗CAVD的新策略 | 研究主要基于细胞和动物模型,尚未在人体临床试验中验证,且具体信号通路的上下游调控细节有待进一步探索 | 探究CCL5在CAVD进展中的调控功能,特别是通过趋化因子信号通路和铁死亡的作用机制 | 人类主动脉瓣间质细胞(VICs)和Apoe-/-小鼠模型 | 分子生物学与病理学 | 心血管疾病 | 生物信息学分析、单细胞RNA测序、病理染色、酶联免疫吸附试验、Western blot | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、病理图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 110 | 2026-03-21 |
Heterogeneity and Clinical Relevance of Human Adipose Stromal and Progenitor Cells
2026-Mar, Diabetes & metabolism journal
IF:6.8Q1
DOI:10.4093/dmj.2025.1182
PMID:41813260
|
综述 | 本文综述了人类脂肪基质和祖细胞(ASPCs)的异质性及其临床相关性,总结了单细胞转录组学等先进方法在定义ASPC亚型中的应用 | 通过系统比较近期单细胞转录组数据集,首次识别出至少八种不同的ASPC亚型,并整合了其在代谢疾病中的功能失调证据 | 不同研究间存在生物学和方法学变异性,部分细胞类型未一致检测到,需要进一步验证研究 | 阐明人类白色脂肪组织中ASPCs的异质性及其在代谢疾病中的临床意义 | 人类白色脂肪组织中的脂肪基质和祖细胞(ASPCs) | 单细胞生物学 | 代谢疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 111 | 2026-03-21 |
Single-cell transcriptomic profiling identifies therapeutic subpopulations of adipose-derived mesenchymal stromal cells for human keloid management
2026-Mar, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-025-05463-0
PMID:41511717
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,鉴定了脂肪来源间充质基质细胞中具有抑制瘢痕疙瘩形成潜能的治疗性亚群,并在小型猪模型中验证了其疗效 | 首次在单细胞分辨率下鉴定出脂肪来源间充质基质细胞中能够特异性抑制瘢痕疙瘩成纤维细胞和角质形成细胞发展的治疗性亚群,并揭示了其通过调控关键枢纽基因(如NOG、IL6、APP、NOTCH1)发挥作用的分子机制 | 研究主要在体外和小型猪模型中进行,尚未在人体临床试验中验证;对ASC亚群抑制瘢痕形成的具体信号通路和长期安全性需进一步探究 | 阐明脂肪来源间充质基质细胞治疗人类瘢痕疙瘩的潜力及其作用机制 | 瘢痕疙瘩成纤维细胞、瘢痕疙瘩角质形成细胞、脂肪来源间充质基质细胞 | 数字病理学 | 皮肤瘢痕疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 112 | 2026-03-21 |
Advances in the application of spatial transcriptomics in understanding development and disease
2026-Mar, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-025-05470-1
PMID:41511721
|
综述 | 本文综述了空间转录组学技术在理解发育和疾病中的应用进展 | 将空间转录组学作为一个总括性术语,区分了组织水平ST和空间解析单细胞转录组学,并整合了多模态数据 | NA | 综述空间转录组学方法学进展及其在发育和临床问题中的应用 | 空间转录组学技术及其在组织空间基因表达分析中的应用 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学,包括RNA、DNA、ATAC、CUT&Tag和Ribo-seq等多模态测序 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,单细胞多组学 | NA | NA |
| 113 | 2026-03-21 |
TUSCAN: Tumor segmentation and classification analysis in spatial transcriptomics
2026-Mar, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014058
PMID:41843898
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为TUSCAN的新型计算方法,用于在空间转录组学数据中识别和分类肿瘤区域 | 提出了一种结合空间转录组学数据和H&E染色图像构建空间拷贝数变异谱的方法,以提高肿瘤区域识别的准确性,并提供了可解释的克隆进化推断 | NA | 提高空间转录组学数据中肿瘤区域识别的准确性 | 肿瘤组织切片 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学,H&E染色 | NA | 空间转录组学数据,图像数据 | 多个来自不同平台的数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 114 | 2026-03-21 |
Single-cell sequencing reveals unexpected genetic diversity among Bodo spp. flagellates and their bacterial endosymbionts
2026-Mar, Microbial genomics
IF:4.0Q2
DOI:10.1099/mgen.0.001642
PMID:41848149
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了Bodo属鞭毛虫及其细菌内共生体之间意想不到的遗传多样性 | 首次对未培养的Bodo属鞭毛虫进行单细胞测序,发现了三个潜在新物种,并揭示了宿主与内共生体之间协同进化的多样性模式 | 样本仅来自英国一处淡水地点,样本量较小(7个细胞),可能无法代表全球Bodo属的完整多样性 | 探究自由生活鞭毛虫Bodo属及其内共生体的遗传多样性和物种界定 | Bodo属鞭毛虫及其Holosporales目细菌内共生体 | 微生物基因组学 | NA | 单细胞测序、比较基因组学 | NA | 基因组序列数据 | 7个未培养的Bodo属细胞 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 115 | 2026-03-21 |
The PKA/MBD2 Axis Transcriptionally Represses INPP5A to Modulate PI3K/Akt Signaling and Accelerate Pituitary Tumorigenesis
2026-Mar, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1002/cns.70817
PMID:41857481
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研究论文 | 本研究探讨了INPP5A在垂体神经内分泌肿瘤恶性进展中的调控作用及分子机制,重点关注其与PI3K/Akt信号通路和表观遗传调控因子MBD2的相互作用 | 揭示了PKA/MBD2轴通过转录抑制INPP5A来调节PI3K/Akt信号通路并加速垂体肿瘤发生的新机制 | 研究主要基于体外实验和临床样本分析,缺乏体内动物模型的验证 | 研究INPP5A在垂体神经内分泌肿瘤恶性进展中的调控作用及分子机制 | 垂体神经内分泌肿瘤 | 肿瘤生物学 | 垂体神经内分泌肿瘤 | 单细胞测序、免疫荧光染色、统计分析 | NA | 单细胞测序数据、临床样本数据 | 62例垂体神经内分泌肿瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 116 | 2026-03-21 |
Single-cell transcriptomics reveals pathogen-specific monocyte heterogeneity and potential biomarkers in gram-positive versus gram-negative bloodstream infections
2026-Mar-01, World journal of emergency medicine
IF:2.6Q1
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了革兰氏阳性菌与革兰氏阴性菌血流感染中病原特异性的单细胞异质性,并鉴定了潜在的生物标志物 | 首次在单细胞水平上系统比较了革兰氏阳性菌与革兰氏阴性菌血流感染对宿主单核细胞转录组的特异性影响,并发现了S100A12与降钙素原联合作为鉴别诊断生物标志物的潜力 | 单细胞测序样本量较小(仅4名患者),临床验证队列规模有限,需要更大规模的前瞻性研究进行验证 | 阐明革兰氏阳性菌与革兰氏阴性菌血流感染在单细胞水平的宿主免疫反应差异,并寻找鉴别诊断的生物标志物 | 健康志愿者、革兰氏阴性菌血流感染脓毒症患者、革兰氏阳性菌血流感染脓毒症患者的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 血流感染/脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、临床数据 | 单细胞测序:4名患者(2名GNB-BSI,2名GPC-BSI)+健康志愿者;临床验证:85名患者(45名GNB-BSI,40名GPC-BSI) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 117 | 2026-03-21 |
scDock: streamlining drug discovery targeting cell-cell communication via scRNA-seq analysis and molecular docking
2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag103
PMID:41769845
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研究论文 | 本文介绍了scDock,一个集成的用户友好流程,用于通过scRNA-seq分析和分子对接简化针对细胞间通讯的药物发现 | scDock通过单一配置文件无缝连接scRNA-seq数据处理、细胞间通讯推断和基于分子对接的药物发现,为通讯靶向药物发现提供了一个可访问的端到端解决方案 | NA | 简化针对细胞间通讯网络的药物发现过程 | 单细胞RNA测序数据和分子对接 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,分子对接 | NA | scRNA-seq数据,蛋白质结构数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 118 | 2026-03-21 |
Reconstructing single-cell resolution from spatial transcriptomics with CellRefiner
2026-Feb-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70090-2
PMID:41760664
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研究论文 | 本文提出了一种基于物理模型的方法CellRefiner,通过整合单细胞数据集与配对的空间数据集,在空间数据中重建单细胞分辨率 | CellRefiner首次将细胞建模为通过力连接的粒子,并利用空间邻近约束、基因表达相似性和细胞间配体-受体相互作用优化细胞位置,从而从非单细胞分辨率空间数据中重建单细胞分辨率 | NA | 开发一种方法以从空间转录组数据中重建单细胞分辨率,以支持需要个体细胞分辨率和空间信息的下游分析 | 空间转录组数据,包括Visium、MERFISH、seqFISH、Slide-seqV2和STARmap数据集,以及小鼠皮层和淋巴结组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 物理模型 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 多种模拟和真实数据集,包括Visium、MERFISH、seqFISH、Slide-seqV2和STARmap数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | 10x Visium | NA |
| 119 | 2026-03-21 |
The splenic norepinephrine-β2-adrenergic receptor axis aggravates sepsis-associated acute kidney injury via neutrophil-mediated immunosuppression
2026-Feb-20, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2026.01.024
PMID:41724376
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研究论文 | 本研究揭示了脾脏去甲肾上腺素-β2-肾上腺素能受体轴通过中性粒细胞介导的免疫抑制加剧脓毒症相关急性肾损伤的机制 | 首次明确了脾脏神经免疫调节在脓毒症相关急性肾损伤中的具体作用机制,特别是NE/β2-AR信号通过cAMP反应元件结合蛋白途径增强中性粒细胞前列腺素E2合成,从而抑制Th1细胞活化的新通路 | 研究主要基于小鼠盲肠结扎穿孔模型,临床转化价值需进一步验证;机制研究集中在脾脏局部,全身性神经免疫相互作用的贡献未充分探讨 | 阐明脾脏神经免疫调节在脓毒症相关急性肾损伤发生发展中的作用机制 | 小鼠(包括脾神经切断、脾内持续输注、中性粒细胞特异性Adrb2敲除等模型) | 免疫学 | 脓毒症相关急性肾损伤 | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 120 | 2026-03-21 |
Chronic inflammation promotes gastric cancer progression via ADAM10-mediated cleavage of CX3CL1
2026-Feb-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-39743-6
PMID:41691064
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研究论文 | 本研究探讨了慢性炎症通过ADAM10介导的CX3CL1切割促进胃癌进展的分子机制 | 揭示了慢性炎症通过上调ADAM10表达,将膜结合型CX3CL1转化为可溶性形式,从而激活ADAM10/CX3CL1轴促进胃癌进展的新机制 | 研究主要基于小鼠皮下异种移植模型和体外细胞实验,缺乏更接近人体生理环境的体内模型验证 | 探究慢性炎症对胃癌进展的影响及其分子机制 | 胃癌细胞、615品系小鼠、胃癌组织样本 | 癌症生物学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学分析、ELISA、qRT-PCR、Western blot、免疫荧光染色 | 小鼠皮下异种移植模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及小鼠模型、胃癌细胞系和患者组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |