单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 45872 篇文献,本页显示第 101 - 120 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
101 2026-11-16
Correction: Spatial transcriptomics reveals Inhba/Smad2/E2f4 axis in Lrp2high thecal cell proliferation in androgen-induced PCOS mice
2026, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
更正 本文是对一篇关于空间转录组学揭示多囊卵巢综合征小鼠模型中Lrp2high卵泡膜细胞增殖机制的论文的更正 NA NA NA NA 空间转录组学 多囊卵巢综合征 空间转录组学 NA NA NA NA 空间转录组学 NA NA
102 2026-11-16
TMC8 is associated with a paradoxical immune landscape and promotes clear cell renal cell carcinoma progression
2026, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
研究论文 该研究通过多队列转录组分析、单细胞RNA测序及体内外实验,系统探究TMC8在透明细胞肾细胞癌中的免疫学特征和生物学功能 首次系统揭示TMC8在ccRCC中与矛盾性免疫景观的关联,发现其与免疫浸润升高但T细胞功能失调并存的现象,并揭示了显著的性别特异性关联 TMC8作为治疗靶点仍需进一步验证,研究主要基于转录组数据和初步功能实验,缺乏深入的分子机制解析 系统研究TMC8在透明细胞肾细胞癌中的免疫学和生物学作用 透明细胞肾细胞癌患者样本及ccRCC细胞系 数字病理学 肾癌 转录组测序, 单细胞RNA测序 NA 转录组数据, 图像 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 NA NA
103 2026-11-16
AI-assisted single-cell transcriptomics defines immunosuppressive ecosystem states and CD274-centered communication networks in myelodysplastic syndrome
2026, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 该研究利用AI辅助的单细胞转录组分析流程解析骨髓增生异常综合征(MDS)骨髓免疫生态系统状态,并识别以CD274为中心的免疫抑制通讯网络 将AI辅助的单细胞转录组分析流程(无监督Leiden聚类、多模态降维、通路模块评分、配体-受体推断)整合应用于MDS骨髓免疫生态系统状态的刻画,并提出以CD274为中心的免疫抑制通讯网络模型 基于公共数据集分析,缺乏原代患者来源免疫亚群和蛋白水平的验证,CD274扰动实验仅在细胞系中进行且结果存在细胞系依赖性,结论属于假设生成性质 定义MDS骨髓免疫生态系统状态架构,识别免疫抑制相关分子与细胞通讯网络,为MDS治疗靶点发现提供机制依据 MDS骨髓单个核细胞(骨髓微环境免疫生态系统)及MDS来源细胞系(SKM-1、MUTZ-1) 单细胞转录组学、免疫学、计算生物学 骨髓增生异常综合征(MDS) 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RT-PCR Leiden无监督聚类、UMAP、t-SNE、PCA、配体-受体推断 单细胞转录组数据、基因表达数据 两个公共数据集(GSE241417为MDS scRNA-seq主队列,GSE120221为健康骨髓外部参照),鉴定出11个转录上不同的细胞群体,另加MDS来源细胞系(SKM-1、MUTZ-1) NA 单细胞RNA测序 NA NA
104 2026-11-16
Recognizing senescent vascular smooth muscle cells in diabetic atherosclerosis: biomarkers, transcriptomic signatures, and methodological validity
2026, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2
综述 本文系统综述了糖尿病动脉粥样硬化中衰老血管平滑肌细胞的识别方法,涵盖生物标志物、转录组特征及方法学有效性 提出从分子标志物到功能验证再到多组学整合的阶梯式识别流程,并系统评估现有检测策略的方法学有效性及研究间不一致的来源 作为综述文章,未提供原始实验数据验证所提出的识别流程;现有研究存在空间异质性、横断面设计及缺乏标准化协议等问题 整合糖尿病动脉粥样硬化中衰老血管平滑肌细胞识别的现有知识,为精准、标准化的识别提供方法学参考 糖尿病动脉粥样硬化中的衰老血管平滑肌细胞 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
105 2026-11-16
Single-cell and spatial multi-omics for studying cell competition in the tumor microenvironment
2026, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
综述 综述单细胞和空间多组学技术如何用于研究肿瘤微环境中的细胞竞争,并提出三级证据框架和概念性细胞竞争评分 提出明确的三级证据框架,将细胞竞争的直接实验证据、竞争相关关联和计算预测区分开;区分细胞竞争与克隆选择、免疫编辑和差异增殖等相关过程;定义可证伪的细胞竞争网络结构;提出情境依赖的细胞竞争评分(CCS)概念 所述技术在几乎所有当前应用中仅能生成假设,只能从静态测量中识别候选竞争界面和推定的赢家/输家状态,本身不能证明细胞竞争已经发生;CCS仍为可检验的规格说明而非可直接用于生物标志物的工具;临床转化仍需基准测试、因果推断和前瞻性验证 综合单细胞和空间多组学、人工智能及网络推断生物信息学领域的进展,为研究肿瘤微环境中的细胞竞争提供方法论框架和证据标准 肿瘤微环境中的细胞竞争,包括转化克隆、正常上皮细胞、邻近亚克隆、基质和免疫细胞区室 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、空间蛋白质组学、单细胞蛋白质组学、人工智能、网络推断生物信息学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
106 2026-11-16
Epithelial CD74 regulates intestinal barrier homeostasis
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本文揭示上皮细胞中CD74通过限制上皮增殖和维持紧密连接完整性来调控肠道屏障稳态 首次发现CD74在小肠上皮细胞(尤其是干细胞和短暂扩增区)组成性表达,并受微生物群和IFN-γ信号调控;证明CD74缺失导致肠道通透性增加、小肠延长、隐窝细胞增殖增强及线粒体 pathway 富集 摘要未提及具体样本量及实验模型细节,机制研究主要在动物模型中进行,尚未在人体中验证 探究CD74在小肠上皮细胞中的表达调控及其对肠道屏障稳态的功能意义 小肠上皮细胞(IECs)、小肠干细胞、潘氏细胞、类器官 分子生物学、细胞生物学 肠道疾病 单细胞RNA测序、条件性基因敲除、类器官培养 NA 基因表达数据、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
107 2026-11-16
Biologic Treatment Outcomes and the Biomarker Potential of Plasma MMP9 in Generalized Pustular Psoriasis: A Real-World Study
2026, Journal of inflammation research IF:4.2Q2
研究论文 一项真实世界回顾性研究,比较靶向IL-17A、IL-12/23和IL-36R的生物制剂治疗泛发性脓疱型银屑病的疗效与安全性,并评估血浆MMP9作为疾病活动度生物标志物的潜力 在真实世界人群中头对头比较三类生物制剂(IL-17A、IL-12/23、IL-36R抑制剂)的疗效与安全性;发现血浆MMP9与GPPASI相关性最强(r=0.8736),优于CRP、WBC等常规标志物;结合单细胞转录组揭示MMP9在GPP皮损中主要来源于髓系细胞(中性粒细胞和巨噬细胞) 回顾性研究设计;血浆样本量较小(n=13);单中心真实世界数据可能存在选择偏倚;未设置安慰剂或未治疗对照组 比较靶向IL-17A、IL-12/23和IL-36R生物制剂的疗效与安全性差异,评估血浆MMP9水平变化及其与疾病活动度和常规实验室指标的关系,并利用单细胞转录组刻画GPP皮损中MMP9的细胞表达模式 2019年7月至2025年5月期间接受IL-17A、IL-12/23或IL-36R抑制剂治疗的泛发性脓疱型银屑病患者 数字病理学, 临床免疫学 泛发性脓疱型银屑病 单细胞RNA测序, 血浆生物标志物检测 NA 临床数据, 文本, 实验室检测数据, 单细胞转录组数据 72例患者纳入临床疗效分析,其中13例有可用血浆样本进行MMP9检测,另对GPP皮损进行单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA-seq NA NA
108 2026-11-16
A prognostic gene signature and subtype-specific drug sensitivity in TNBC revealed by single-cell and bulk RNA sequencing: Insights into stemness and tumor heterogeneity
2025-10, Methods (San Diego, Calif.)
研究论文 该研究结合单细胞RNA测序和bulk转录组、表观基因组及突变分析,揭示三阴性乳腺癌的细胞异质性和化疗耐药机制,并构建了四基因预后特征 整合单细胞和bulk多组学数据识别TNBC中高可塑性的C4上皮亚群,发现三种分子亚型(CS1-CS3),并构建了基于CTSF、GBP1、BCL2A1和EMP1的四基因预后特征 摘要中未明确说明研究局限性 探究三阴性乳腺癌的细胞异质性和化疗耐药机制,并开发预后基因特征和亚型特异性药物敏感性 三阴性乳腺癌患者样本及TCGA-BRCA数据集 数字病理学 三阴性乳腺癌 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、表观基因组分析、突变分析 NA 基因表达数据、表观遗传数据、突变数据 使用GSE176078单细胞数据集和TCGA-BRCA数据,具体样本量未在摘要中说明 NA 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 NA NA
109 2026-11-16
Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq to reveal the association and potential molecular mechanisms of metabolic reprogramming regulated by lactylation and chemotherapy resistance in ovarian cancer
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 该研究整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,揭示了乳酸化修饰调控的代谢重编程与卵巢癌化疗耐药之间的关联及潜在分子机制 首次通过整合单细胞和批量转录组数据系统识别与乳酸化相关的化疗耐药基因ALDH1A1和S100A4,并揭示耐药亚群中氧化磷酸化和糖酵解活性升高及乳酸积累与化疗耐药的关联 研究主要基于转录组数据分析和初步实验验证,缺乏大规模临床队列验证和深入的分子机制功能实验 阐明卵巢癌中乳酸化相关化疗耐药的机制,为克服化疗耐药提供新的理论基础和治疗策略 卵巢癌组织样本及耐药与非耐药卵巢癌细胞 数字病理学 卵巢癌 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA 转录组数据,图像 NA NA 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA NA
110 2026-11-16
Expression of innate immunity genes in human hematopoietic stem/progenitor cells - single cell RNA-seq analysis
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 该研究利用scRNA-seq技术全面分析了两种人类造血干/祖细胞(HSPC)群体——CD34+Lin-CD45+和CD133+Lin-CD45+中免疫相关基因(包括补体系统元件、细胞因子和抗原呈递基因)的表达 首次在单细胞分辨率下研究人类HSPC中complosome元件的表达,揭示了complosome作为造血新调控因子的作用,涉及C5a-C5aR-Nlrp3炎症小体轴的胞内分泌激活 摘要中未明确提及研究局限性,但样本量较小且仅分析了两种HSPC群体 在单细胞水平上全面研究人类造血干/祖细胞中免疫相关基因(特别是complosome系统元件)的表达 人类造血干/祖细胞(HSPCs),包括CD34+Lin-CD45+和CD133+Lin-CD45+两个群体及其亚群 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 两种人类HSPC群体(CD34+Lin-CD45+和CD133+Lin-CD45+) NA 单细胞RNA测序 NA NA
111 2026-11-16
Evaluating transcriptional tumour microenvironment response to immunotherapy using microarray analysis: From harvesting tumours to data analysis
2025, Methods in cell biology
研究方法论文 本文提出了一套从肿瘤取材到微阵列转录组数据分析的完整实验方案,用于评估肿瘤微环境对免疫治疗的转录响应 在单细胞RNA测序成本高且技术复杂、许多场景下过于精细的背景下,提供了经济高效的微阵列转录组分析流程,可在表型变化出现前评估治疗对肿瘤的影响 微阵列无法提供单细胞分辨率的详细信息,在需要精细解析细胞异质性的场景下不够适用 建立并描述一套用于评估肿瘤微环境对免疫治疗转录响应的微阵列分析实验方案 接受免疫治疗的肿瘤及其肿瘤微环境 转录组学 癌症 微阵列转录组分析 NA 基因表达数据 NA NA bulk RNA-seq 微阵列芯片 NA
112 2026-11-16
Next-generation deconvolution of the tumor microenvironment with omnideconv
2025, Methods in cell biology
研究方法 介绍omnideconv R包,该包整合多种反卷积方法,利用单细胞RNA测序数据构建的细胞类型特异性特征,从bulk RNA-seq数据中估计肿瘤微环境的细胞组成 omnideconv整合了多种反卷积方法,统一了语义和工作流程,简化了使用和比较;并且支持下一代反卷积算法,能够直接从注释的单细胞RNA-seq数据中学习细胞类型特异性特征,适用于任何细胞类型、组织和生物 摘要中未明确提及 limitations 解决反卷积方法在编程语言、计算工作流程和输入输出数据方面的多样性导致的使用和比较困难的问题,提供一个统一的R包来整合反卷积方法 乳腺癌肿瘤微环境中的恶性和正常细胞,以及乳腺癌患者的bulk RNA-seq数据 计算生物学 乳腺癌 bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA 基因表达数据 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
113 2026-11-16
Guidelines for the assessment of high endothelial venule functionality and health
2025, Methods in cell biology
研究方法指南 本文提供了一套评估高内皮微静脉(HEV)功能与健康状况的操作指南,涵盖蛋白水平的免疫荧光染色和RNA水平的单细胞RNA测序方法 针对HEV分离培养导致表型丢失的问题,提出体内评估为唯一可靠方法,并首次制定共识性指南以评估炎症或淋巴结转移等应激条件下HEV的改变 摘要未明确说明指南的验证范围、样本量及具体操作细节的局限性 建立评估应激条件下HEV改变的标准操作流程与共识指南 高内皮微静脉(HEV) 数字病理学 淋巴结转移 免疫荧光染色,单细胞RNA测序 NA 图像,文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
114 2026-11-16
Targeting macrophages and ion homeostasis in T2D: new genes and therapeutic pathways identified
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序和机器学习分析2型糖尿病患者胰岛巨噬细胞的基因表达与单价无机阳离子浓度异常相关基因的交集,识别关键基因和潜在治疗靶点 首次将巨噬细胞特异性基因表达与异常血液单价无机阳离子浓度相关基因(ABRGs)相结合,通过scRNA-seq和机器学习整合分析,识别出16个重叠枢纽基因(如ATP1A1、CACNA1D、CLDN10),并揭示了STAT3作为核心转录因子及hsa-mir-1-3p等miRNA的关键调控作用 摘要中未明确提及研究局限性 探索2型糖尿病中巨噬细胞特异性基因表达与异常血液单价无机阳离子浓度相关基因的交集,识别关键基因和潜在治疗靶点 2型糖尿病患者的胰岛细胞及巨噬细胞 机器学习 2型糖尿病 单细胞RNA测序(scRNA-seq) GBM 基因表达数据 27例非糖尿病患者的胰岛细胞样本和17例2型糖尿病患者的胰岛细胞样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
115 2026-11-16
Practical approaches to advanced molecular biology techniques
2025, Methods in cell biology
综述 本章详细介绍了多种高级分子生物学技术的实验方案,包括CRISPR-Cas9基因编辑、实时PCR、流式细胞术、ChIP-Seq、单细胞RNA测序、质谱蛋白质组学和FISH 系统整合了多种先进分子生物学技术的详细操作流程,为研究人员提供全面的技术参考 作为综述章节,未提供原始实验数据或新技术开发,可能缺乏对各项技术局限性的深入讨论 提供高级分子生物学技术的详细实验方案,促进这些技术在分子水平研究细胞过程中的应用 多种分子生物学技术及其在基因编辑、基因表达分析、细胞分析、蛋白质-DNA相互作用、单细胞转录组、蛋白质组和核酸定位等方面的应用 分子生物学 NA CRISPR-Cas9基因编辑, 实时PCR, 流式细胞术, ChIP-Seq, 单细胞RNA测序, 质谱分析, 荧光原位杂交 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序, ChIP-Seq NA NA
116 2026-11-16
Study on the spatiotemporal regulation of interferon-stimulated genes during Zika virus infection
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究整合多系统转录组数据,结合细胞实验和生物信息学分析,系统研究寨卡病毒感染过程中干扰素刺激基因的时空调控特征与功能 整合人脑类器官、单核细胞来源树突状细胞和患者外周血单个核细胞等多系统转录组数据,跨系统筛选出22个共享ISGs,并鉴定出11个潜在诊断生物标志物,通过siRNA敲低实验验证IFI35、IFI44和OAS3的抗病毒作用 摘要中未明确说明研究局限性 阐明宿主干扰素刺激基因在寨卡病毒感染中的抗病毒机制,为开发防治策略提供关键靶点和理论支持 寨卡病毒感染的人脑类器官、单核细胞来源树突状细胞及感染患者的外周血单个核细胞 转录组学 寨卡病毒感染 转录组测序,单细胞转录组测序,siRNA敲低实验,生物信息学分析,LASSO回归 LASSO回归 转录组数据,文本 NA NA bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq NA NA
117 2026-11-16
ULMnet: inferring physical cell-cell communication networks from scRNAseq data using univariate linear models
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 开发了一种名为ULMnet的计算方法,利用单变量线性模型从scRNA-seq数据中识别多细胞体(multiplets),预测其细胞组成,并推断物理细胞-细胞相互作用网络 利用scRNA-seq中多细胞体(主要是双细胞体)代表未解离的物理附着细胞这一特性,首次将多细胞体识别作为推断物理细胞-细胞相互作用网络的起点,并开发了基于单变量线性模型的计算方法ULMnet 摘要中未明确提及研究局限性 从scRNA-seq数据中推断物理细胞-细胞相互作用网络 scRNA-seq数据集,包括细胞对、部分解离组织以及健康和癌症组织的常规scRNA-seq数据 机器学习 癌症 scRNA-seq 单变量线性模型 基因表达数据 NA NA single-cell RNA-seq NA NA
118 2026-11-16
Cuproptosis-driven reprogramming of fibroblast communication by GK is associated with the immune microenvironment in diabetic foot ulcers
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析揭示了铜死亡相关基因GK在糖尿病足溃疡成纤维细胞与免疫细胞通讯中的关键作用,并验证其作为诊断生物标志物的潜力 首次将铜死亡与糖尿病足溃疡中成纤维细胞-免疫细胞通讯联系起来,并鉴定GK为铜死亡相关的诊断生物标志物和潜在治疗靶点 体内验证仅使用少量大鼠样本(n=3/组),缺乏GK的功能性敲低或过表达实验来直接证明其因果作用 探究铜死亡在糖尿病足溃疡成纤维细胞-免疫微环境通讯中的作用,并鉴定相关诊断生物标志物 糖尿病足溃疡患者与健康皮肤的成纤维细胞及免疫细胞,以及SD大鼠伤口模型 数字病理学 糖尿病足溃疡 单细胞RNA测序, 批量转录组分析, 机器学习, PCR, Western blot LASSO, SVM-RFE, 随机森林 单细胞转录组数据, 批量转录组数据, 图像(组织学), 文本(基因表达数据) 单细胞数据集包含33,095个细胞(质量控制后25,198个),以及9只SD大鼠(正常组、伤口模型组、糖尿病伤口模型组各3只) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
119 2026-11-16
The role of 5-methylcytosine regulator-related genes in diagnostic and immune regulatory functions in atherosclerosis
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 该研究通过生物信息学分析和体外实验,探讨了m5C RNA修饰调节基因在动脉粥样硬化中的诊断和免疫调节作用,并鉴定了五个潜在诊断生物标志物 首次系统分析m5C调节基因在动脉粥样硬化中的作用,构建了基于m5C调节基因的LASSO诊断模型,发现NSUN3通过调节巨噬细胞功能影响动脉粥样硬化进展 研究主要基于公共微阵列数据集,样本量有限,体外实验仅使用THP-1细胞系,缺乏动物模型验证和更大规模临床样本验证 探索m5C RNA修饰及其调节基因在动脉粥样硬化中的诊断价值和免疫调节功能 动脉粥样硬化患者样本、THP-1巨噬细胞、泡沫细胞模型 生物信息学、表观遗传学 心血管疾病、动脉粥样硬化 微阵列分析、qRT-PCR、单细胞RNA测序、LASSO回归、WGCNA、共识聚类分析 LASSO逻辑回归模型 基因表达微阵列数据、单细胞RNA测序数据、文本 4个动脉粥样硬化微阵列数据集(GSE90074、GSE27034、GSE59421、GSE159677),THP-1细胞系,具体样本数未明确说明 NA 微阵列、单细胞RNA-seq NA NA
120 2026-11-16
Single-cell transcriptomics reveals a novel mechanism of RDH16 regulating immune infiltration in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 该研究整合单细胞RNA测序与bulk转录组数据,揭示RDH16在肝细胞癌中调控免疫浸润的新机制 首次揭示RDH16与CD163⁺ M2巨噬细胞浸润呈负相关,提出RDH16作为肝细胞癌免疫调节生物标志物的新角色,并结合孟德尔随机化分析支持其因果保护作用 功能实验为体外实验,缺乏体内验证;孟德尔随机化分析依赖遗传工具变量假设;RDH16调控免疫浸润的具体分子机制尚未完全阐明 识别肝细胞癌中可操作的生物标志物及免疫调节机制,探索RDH16在肿瘤免疫微环境中的作用 肝细胞癌患者的肿瘤组织与非肿瘤肝组织样本 数字病理学 肝癌 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq, 孟德尔随机化分析 NA 文本, 基因表达数据 NA NA single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
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