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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-05-01 |
The AhR-TLR4 axis in non-IgE-mediated Cow's milk allergy: a systematic review with integrated multi-omics corroboration
2026, Frontiers in allergy
IF:3.3Q2
DOI:10.3389/falgy.2026.1789143
PMID:42058623
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系统综述 | 系统综述结合多组学验证,探究非IgE介导的牛奶蛋白过敏中AhR-TLR4轴的作用及相关生物标志物和治疗策略 | 首次通过系统综述与单细胞RNA测序数据的整合分析,阐明非IgE介导的牛奶蛋白过敏中由肠道菌群失调驱动的AhR-TLR4致病轴,并验证B/E比值作为早期风险分层标志物的潜力 | 纳入研究的异质性可能影响结论的普适性,单细胞RNA测序数据来源为公开数据集且样本量有限 | 阐明非IgE介导的牛奶蛋白过敏中肠道菌群失调驱动的AhR-TLR4致病轴,并评估相关预测性生物标志物和潜在治疗方法 | 0-3岁经医生确诊的非IgE介导的牛奶蛋白过敏婴儿 | 机器学习和生物信息学 | 牛奶蛋白过敏 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床数据 | 39项研究汇总,单细胞RNA测序整合分析基于公开数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 102 | 2026-05-01 |
Molecular mechanisms underlying psoriasis and depression: an integrated analysis using mendelian randomization, transcriptomics, and single-cell sequencing
2026, Frontiers in molecular medicine
DOI:10.3389/fmmed.2026.1770665
PMID:42058679
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研究论文 | 通过孟德尔随机化、转录组学和单细胞测序的整合分析,探究银屑病与抑郁症共病的分子机制 | 首次整合孟德尔随机化、转录组学和单细胞组学三种方法,系统揭示银屑病与抑郁症共病的共享基因和通路 | 主要基于公开数据库分析,缺乏独立临床样本验证;孟德尔随机化结果需进一步实验验证 | 探究银屑病与抑郁症共病的分子机制,寻找潜在治疗靶点 | 银屑病和抑郁症患者 | 数字病理学 | 银屑病, 抑郁症 | 孟德尔随机化, 转录组学, 单细胞测序 | LASSO回归模型 | eQTL数据, 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 103 | 2026-05-01 |
Exploring Vitamin D Signaling-Associated Biomarkers and Their Diagnostic Value in Diabetic Retinopathy: A Combined Transcriptomic and Single-Cell Analysis With Experimental Validation
2026, Journal of diabetes research
IF:3.6Q2
DOI:10.1155/jdr/7240252
PMID:42059276
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研究论文 | 通过转录组和单细胞分析探索维生素D信号相关生物标志物及其在糖尿病视网膜病变中的诊断价值 | 首次整合转录组和单细胞分析鉴定出SLC36A1和RAB23作为维生素D信号相关下游生物标志物,并揭示其与免疫细胞(B细胞和经典单核细胞)的关联 | 研究仅基于公共数据库数据,临床样本量较小(F值及p值显示统计学差异但样本量未在摘要中明确) | 鉴定糖尿病视网膜病变中与维生素D信号相关的下游生物标志物及细胞背景 | 糖尿病视网膜病变患者及对照组的临床样本,公共数据库中的DR相关数据集 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | 加权基因共表达网络分析, Boruta, 支持向量机递归特征消除 | 基因表达数据 | 未在摘要中明确提及具体样本量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 104 | 2026-05-01 |
CausalGRN: deciphering causal gene regulatory networks from single-cell CRISPR screens
2025-Dec-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.30.692369
PMID:41509211
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研究论文 | 提出了CausalGRN,一种从单细胞CRISPR筛选数据中推断因果基因调控网络的可扩展计算框架 | 通过自适应阈值校正减少稀疏scRNA-seq数据中的虚假偏相关,结合扰动实验结果定向网络,实现因果推断 | 未列出明显局限 | 从单细胞CRISPR筛选数据中准确推断因果基因调控网络,并预测未知扰动的下游效应 | 单细胞CRISPR筛选数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞CRISPR筛选,单细胞RNA测序 | CausalGRN(因果基因调控网络) | 单细胞转录组数据,仿真数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 105 | 2026-05-01 |
Single-cell and spatial transcriptome sequencing analysis reveals characteristics of a unique subpopulation in high-grade IDH-mutant astrocytoma
2025-Dec-29, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01139-5
PMID:41460424
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研究论文 | 利用单细胞和空间转录组测序分析揭示高级别IDH突变型星形细胞瘤中一个独特亚群的特征 | 首次通过单细胞和空间转录组测序联合分析,鉴定出高级别IDH突变型星形细胞瘤中一个具有免疫抑制表型、与不良预后相关的独特肿瘤细胞亚群 | NA | 识别高级别IDH突变型星形细胞瘤中独特的肿瘤细胞亚群及其特征 | 高级别(WHO 3-4级)和低级别(WHO 2级)IDH突变型星形细胞瘤样本 | 数字病理学 | 星形细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium |
| 106 | 2026-05-01 |
Dermatomyositis is characterized by JAK1-mediated monocyte-driven vasculopathy and inflammation
2025-Dec-24, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aea9007
PMID:41442501
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序解析皮肌炎中JAK1介导的单核细胞驱动血管病变和炎症机制 | 首次通过跨疾病比较(皮肌炎与红斑狼疮)揭示皮肌炎特异性单核细胞与内皮细胞互作导致的血管病变,并发现JAK1抑制可逆转相关表型 | 样本量有限且主要聚焦皮肤组织,对肌肉病变机制未深入探讨 | 阐明皮肌炎免疫发病机制,尤其是血管病变和炎症的分子基础 | 皮肌炎患者的非病灶皮肤、病灶皮肤及外周血免疫细胞 | 数字病理学 | 皮肌炎 | 单细胞RNA测序 | 细胞通讯网络分析 | 基因表达数据 | 皮肌炎、红斑狼疮患者及健康对照的皮肤和外周血样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 107 | 2026-05-01 |
Igf2 regulates early postnatal DPP4+ preadipocyte pool expansion
2025-12-01, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.352710.125
PMID:40930990
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序揭示了Igf2调控早期出生后DPP4+前脂肪细胞池扩展的机制 | 首次发现Igf2在早期生命阶段通过促进DPP4+前脂肪细胞增殖而非分化来驱动脂肪组织扩展 | 未提供具体局限性信息 | 阐明早期生命阶段促进脂肪组织快速扩展的分子机制 | 小鼠皮下脂肪组织中的DPP4+前脂肪细胞群体 | 单细胞转录组学 | 代谢健康肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠皮下脂肪组织样本(断奶前和成年小鼠) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 108 | 2026-05-01 |
αCGRP deficiency aggravates pulmonary fibrosis by promoting senescence in alveolar type 2 cells
2025-12, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00361-3
PMID:41023452
|
研究论文 | 本文探讨αCGRP(Calca)缺乏如何通过促进肺泡2型细胞衰老加剧肺纤维化 | 首次揭示αCGRP缺乏通过促进AT2细胞炎症性衰老加剧肺纤维化的机制,并采用单细胞RNA测序和标记自由蛋白质组学等多组学方法分析 | 未明确说明研究的局限性 | 探究αCGRP缺乏是否通过促进AT2细胞衰老加剧肺纤维化 | 肺纤维化患者样本及Calca基因敲除大鼠模型 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 标记自由蛋白质组学, 免疫组化 | NA | 组织切片, RNA测序数据, 蛋白质组数据 | 15名肺纤维化患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2026-05-01 |
Cancer-associated fibroblast miR-148a-5p/CALD1/collagen VI pathway promotes proliferation in Helicobacter pylori-positive gastric cancer
2025-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01116-y
PMID:41171370
|
研究论文 | 发现幽门螺杆菌刺激的癌症相关成纤维细胞通过miR-148a-5p/CALD1/VI型胶原通路促进胃癌增殖 | 首次揭示幽门螺杆菌刺激的癌症相关成纤维细胞中TLR/miR-148a-5p/CALD1/VI型胶原信号通路在幽门螺杆菌阳性胃癌中的关键作用,并验证miR-148a-5p agomir作为化疗增敏剂的潜力 | 缺乏关于幽门螺杆菌对癌症相关成纤维细胞影响或治疗干预靶点的研究 | 研究幽门螺杆菌阳性胃癌中癌症相关成纤维细胞促进肿瘤增殖的机制及潜在治疗靶点 | 幽门螺杆菌阳性胃癌患者及小鼠模型 | 机器学习 | 胃癌 | 单细胞测序,转录组测序,微RNA测序 | NA | 测序数据,细胞系,小鼠模型 | 公开微RNA和转录组测序数据,单细胞测序数据,以及体外和体内模型 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 110 | 2026-05-01 |
High-resolution spatial transcriptomics uncover epidermal-dermal divergences in Merkel cell carcinoma: spatial context reshapes the gene expression landscape
2025-Dec, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03608-5
PMID:41131107
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研究论文 | 利用高分辨率空间转录组学揭示Merkel细胞癌中表皮与真皮肿瘤细胞的基因表达差异,强调微环境对肿瘤细胞表型可塑性的影响 | 首次通过高分辨率空间转录组学比较Merkel细胞癌中表皮亲嗜性肿瘤细胞与真皮肿瘤细胞的转录组特征,发现微环境可诱导肿瘤细胞向角质细胞分化 | 未提及具体局限性 | 研究微环境对Merkel细胞癌细胞表型可塑性的调节作用 | Merkel细胞癌的表皮亲嗜性肿瘤细胞、肿瘤核心及血管旁肿瘤细胞 | 数字病理学 | Merkel细胞癌 | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间位置数据 | 未明确提及样本数量 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 高分辨率空间转录组学平台及单细胞转录组学平台 |
| 111 | 2026-05-01 |
Transcriptomic Analysis of Skeletal Muscle Systems Comparing Bovines, Humans, and Mice Using scRNA-Seq
2025-12, Genesis (New York, N.Y. : 2000)
DOI:10.1002/dvg.70035
PMID:41335100
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序对牛、人类和小鼠的骨骼肌系统进行转录组分析,构建了从产前到产后发育的完整单细胞图谱并比较了跨物种的转录组特征 | 首次构建了牛骨骼肌发育的完整单细胞景观,并系统比较了牛、人类和小鼠三物种在细胞类型、基因表达和调控元件上的进化保守性与物种特异性差异 | 部分细胞谱系的功能和发育程序仍不明确,研究仅基于单细胞转录组数据,缺乏对非编码调控元件或表观遗传修饰的深入分析 | 揭示哺乳动物骨骼肌发育过程中保守和分化的分子机制 | 牛、人类和小鼠的骨骼肌组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | 包含牛产前到产后发育阶段的骨骼肌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 112 | 2025-12-12 |
Fibroblasts in the tumor microenvironment: heterogeneity and dynamic interactions in tumor progression revealed by spatial transcriptomics
2025-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01108-y
PMID:41129052
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 113 | 2025-11-06 |
Mouse cortical cellular diversification through lineage progression of radial glia
2025-11-03, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.352826.125
PMID:40774817
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研究论文 | 通过时间序列单细胞测序技术研究小鼠皮层放射状胶质细胞的谱系进展与细胞多样化机制 | 首次构建了皮层细胞谱系进展的全面分子图谱,揭示染色质可及性通过限制转录因子表达时序驱动细胞多样化的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,人类皮层发育可能存在物种特异性差异 | 探索皮层细胞多样化的细胞内在程序机制 | 小鼠皮层放射状胶质细胞及其衍生细胞类型 | 发育生物学 | NA | scRNA-seq, snATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据,单细胞染色质可及性数据 | 胚胎期和出生后多个发育阶段的小鼠皮层祖细胞 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 114 | 2026-05-01 |
White and brown adipose tissue share a convergent fibro-adipogenic progenitor population
2025-Nov, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00591-6
PMID:41062857
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序对培养的原代白色和棕色前脂肪细胞进行分析,发现两者共享一种共同的纤维脂肪祖细胞亚群 | 首次在棕色脂肪组织中发现纤维脂肪祖细胞样细胞,并揭示白色和棕色脂肪组织祖细胞亚群存在保守性特征 | 研究主要基于体外培养系统,体内验证需进一步扩展;未深入探讨FAPL在病理条件下的功能差异 | 探究体外培养条件对白色和棕色脂肪组织祖细胞异质性的影响及其生理相关性 | 原代白色和棕色前脂肪细胞 | 机器学习和单细胞生物学 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 培养的原代白色和棕色前脂肪细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 115 | 2026-05-01 |
Single-cell and bulk transcriptome analysis identifies B-cell subpopulations and associated cancer subtypes with distinct clinical and molecular characteristics
2025-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01082-5
PMID:40526246
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组分析,识别B细胞亚群及相关癌症亚型,揭示其不同的临床和分子特征 | 首次在泛癌层面系统识别八个B细胞亚群,并基于特异性基因签名构建预测癌症预后和免疫治疗反应的模型 | NA | 识别B细胞亚群特异性标志物在泛癌中的临床相关性,并构建预测癌症预后和免疫治疗反应的模型 | B细胞亚群、癌症患者样本(15种癌症类型) | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学 | 无监督聚类模型 | 单细胞转录组数据、批量转录组数据、空间转录组数据 | 424名患者,102,504个细胞,涵盖15种癌症类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 116 | 2026-05-01 |
Fibroblast-derived PI16 enhances tumor immune-suppressive microenvironment via inducing Tregs differentiation
2025-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01090-5
PMID:40694273
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研究论文 | 研究了成纤维细胞来源的PI16通过诱导Treg分化增强食管鳞癌肿瘤免疫抑制微环境的作用机制 | 首次揭示PI16+成纤维细胞通过DOCK2依赖性机制促进Treg分化,并提出PI16+成纤维细胞作为克服肿瘤免疫抑制的新型治疗靶点 | 未明确提及研究局限性 | 探讨成纤维细胞来源的PI16在食管鳞癌肿瘤微环境中对免疫抑制的调控作用 | 食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境中的成纤维细胞和调节性T细胞 | 机器学习和单细胞测序分析 | 食管癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫共沉淀、质谱分析、多重荧光免疫组化 | NA | scRNA-seq数据(GSE203115) | 公共scRNA-seq数据集及体外/体内实验样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 117 | 2026-05-01 |
A multi-omics approach reveals dysregulated TNF-related signaling pathways in circulating NK and T cell subsets of young children with autism
2025-10, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00349-z
PMID:40739030
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研究论文 | 采用多组学方法揭示幼儿自闭症谱系障碍循环NK和T细胞亚群中TNF相关信号通路失调 | 首次结合转录组、蛋白质组和单细胞RNA-seq多模态方法,在2-4岁阿拉伯自闭症儿童队列中系统分析免疫失调机制,发现JAK3、CUL2和CARD11基因与症状严重度负相关,并揭示TRAIL、RANKL和TWEAK信号通路在特定免疫细胞亚群中的失调 | 样本量有限且仅针对阿拉伯儿童,未包含其他族群;单细胞RNA-seq分析未深入探讨细胞亚群功能状态;缺乏纵向数据评估免疫变化的动态过程 | 探究幼儿自闭症谱系障碍中外周免疫失调的分子机制 | 2-4岁阿拉伯自闭症儿童及其匹配对照人群 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍 | NGS, 蛋白质组学, 单细胞RNA-seq, 靶向转录组分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 单细胞转录组数据 | 卡塔尔2-4岁阿拉伯自闭症儿童队列及匹配对照(具体数量未在摘要中说明) | Illumina | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 蛋白质组学 | Illumina NovaSeq, 10x Chromium | NA |
| 118 | 2026-05-01 |
Molecular stratification of prostate cancer through sensory perception-related multi-omics analysis reveals chemoresistant mechanisms
2025-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01099-w
PMID:40828231
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研究论文 | 通过感官知觉相关多组学分析揭示前列腺癌分子分型及化疗耐药机制 | 首次将感官知觉相关mRNA和lncRNA整合进行多组学分析,识别出三个与化疗耐药和免疫微环境重塑相关的前列腺癌分子亚型,并发现TNF-CCL20轴是免疫抑制信号和耐药性的核心介质 | 未提及具体局限性 | 探究感官知觉通路在前列腺癌进展中的作用,揭示化疗耐药机制 | 前列腺癌患者组织样本和血清样本 | 机器学习 | 前列腺癌 | 多组学分析、scRNA-seq、TIDE、ESTIMATE、NicheNet | 共识聚类、单细胞轨迹分析 | 基因表达数据(mRNA和lncRNA)、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 119 | 2026-05-01 |
Integrating multi-modal transcriptomics identifies cellular subtypes with distinct roles in PDAC progression
2025-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01100-6
PMID:40855036
|
研究论文 | 通过整合多种转录组学技术,识别了胰腺导管腺癌进展中具有不同作用的细胞亚型 | 首次结合单细胞RNA测序、Visium空间转录组学、批量RNA测序和高分辨率Xenium空间转录组学,构建了PDAC肿瘤微环境的综合转录组图谱,并揭示了两种对立细胞程序的空间组织 | 仅对两个样本进行了高分辨率Xenium空间转录组学验证,样本量有限 | 阐明胰腺导管腺癌肿瘤微环境中细胞成分的空间和功能组织 | 胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的细胞亚型(POSTN⁺成纤维细胞、SPP1⁺巨噬细胞、CCL4⁺ CD8⁺效应T细胞、IGHG1⁺浆细胞) | 数字病理学 | 胰腺癌 | scRNA-seq, Visium空间转录组学, 批量RNA-seq, Xenium空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 单细胞RNA测序88个样本(187,520个细胞),Visium空间转录组学20个样本(67,933个点),批量RNA测序1,383个样本,Xenium空间转录组学2个样本(307,679个细胞) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium, 10x Xenium | 10x Chromium单细胞3'测序,10x Visium空间转录组学,10x Xenium高分辨率空间转录组学 |
| 120 | 2026-05-01 |
Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues
2025-Sep, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190
PMID:40311874
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研究论文 | 通过临床来源的人体组织评估空间转录组学技术的严格性和可重复性 | 首次系统性地评估了数字空间剖析技术在真实世界临床条件下的技术可重复性、数据归一化方法及检测灵敏度,并与单分子成像平台进行了性能比较 | 主要聚焦于数字空间剖析技术,对空间转录组学的其他方法覆盖有限;样本仅来自人体肾脏组织,可能无法代表其他组织类型 | 评估空间转录组学技术在临床研究中的实际性能,为将其整合到临床工作流程奠定基础 | 临床来源的人类肾脏组织及活检样本 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 临床来源的人类肾脏组织和活检样本(具体数量未述) | Nanostring, 单分子成像平台供应商 | 空间转录组学 | 数字空间剖析仪, 单分子成像仪 | 数字空间剖析技术(Digital Spatial Profiling),单分子成像平台(Single Molecular Imager) |