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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-02-08 |
RBM15/IGF2BP3 promotes immune escape in bladder cancer by enhancing m6A modification of PFKFB4
2026-Jan-22, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.150142
PMID:41579989
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研究论文 | 本研究揭示了m6A修饰蛋白RBM15通过IGF2BP3依赖的机制稳定PFKFB4表达,从而促进膀胱癌糖酵解并抑制CD8 T细胞功能,靶向RBM15可增强抗PD1疗法疗效 | 首次阐明RBM15通过m6A-IGF2BP3轴调控PFKFB4的分子机制,并证明其通过调控糖酵解影响肿瘤免疫微环境,为膀胱癌免疫治疗提供新靶点 | 研究主要基于细胞和动物模型,临床样本验证相对有限;RBM15在其他癌症类型中的普适性未充分探讨 | 探究m6A修饰在膀胱癌肿瘤微环境塑造中的作用机制 | 膀胱癌细胞、小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 膀胱癌 | 单细胞测序、空间转录组学、m6A-seq、乳酸化蛋白质组学、RIP-qPCR、MeRIP-qPCR、荧光素酶报告实验 | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、蛋白质组数据、基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及细胞系和动物模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 102 | 2026-02-08 |
Deciphering the Cellular and Metabolic Landscape of Lymph Node Metastasis in Breast Cancer Using Single-Cell and Spatial Multi-Omics
2026-Jan-22, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2026.01.002
PMID:41580234
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间多组学技术,解析了乳腺癌淋巴结转移的细胞和代谢景观 | 构建了乳腺癌淋巴结转移的单细胞图谱,识别了早期播散癌细胞亚群,揭示了代谢重编程和免疫调节在转移中的作用,并通过计算药物重定位识别了潜在治疗靶点 | 样本量相对有限(78个原发肿瘤及配对淋巴结转移样本),空间转录组学验证仅基于四个淋巴结组织切片,可能影响结果的普适性 | 阐明乳腺癌淋巴结转移的微环境细胞组成、信号网络和分子机制,以指导靶向治疗策略 | 乳腺癌原发肿瘤及其配对的淋巴结转移样本中的细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组学数据 | 78个原发乳腺癌肿瘤及其配对淋巴结转移样本,以及四个淋巴结转移组织切片 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 103 | 2026-02-08 |
PURE-seq integrates FACS and PIP-seq for single-cell genomics of ultra-rare cells
2026-Jan-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-68146-w
PMID:41565684
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研究论文 | 本研究开发了一种名为PURE-seq的新技术,用于对超稀有细胞进行单细胞转录组测序 | 将FACS分选与PIP-seq技术直接整合,实现了对稀有度达百万分之一的超稀有细胞的高效捕获和测序 | 未明确提及技术在大规模样本应用中的成本效益或与其他单细胞平台的直接比较 | 开发一种高灵敏度的单细胞测序方法,用于研究超稀有细胞群体 | 循环肿瘤细胞(来自转移性黑色素瘤患者血液)和小鼠造血干细胞及祖细胞 | 单细胞组学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数量,但提及可捕获稀有度达1/1,000,000的数十个目标细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | PIP-seq | PURE-seq(整合FACS分选与PIP-seq反应) |
| 104 | 2026-02-08 |
Diversity and immune dynamics of choroid plexus macrophages are shaped by distinct developmental origins
2026-Jan-21, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02158-z
PMID:41566006
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学结合谱系和空间追踪方法,揭示了脉络丛巨噬细胞的发育起源、生态位特化和免疫动态 | 首次通过单细胞转录组学识别了三种生物学上不同的脉络丛巨噬细胞亚群,并阐明了它们由不同造血波产生、依赖不同生存因子以及TGFβ信号在维持其身份中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本分析相对有限,可能未完全捕捉到物种间的所有差异 | 探究脉络丛巨噬细胞的多样性、发育起源和免疫功能 | 小鼠和人类的脉络丛巨噬细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学、谱系追踪、空间追踪方法 | NA | 转录组数据、空间数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2026-02-08 |
The vulnerabilities of chemotherapy resistant pancreatic cancer revealed by organoids of pre- and post-neoadjuvant therapy
2026-Jan-19, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218252
PMID:41565051
|
研究论文 | 本研究利用新辅助治疗前后的胰腺导管腺癌患者来源类器官,揭示了化疗耐药机制并发现了潜在的治疗靶点 | 建立了匹配的新辅助治疗前后患者来源类器官平台,用于追踪治疗驱动的肿瘤演变,并首次在类器官模型中证实AG化疗会激活KRAS/MAPK信号通路诱导耐药 | 样本量相对有限,类器官模型可能无法完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性 | 揭示胰腺导管腺癌化疗耐药的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 胰腺导管腺癌患者来源类器官及患者组织样本 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | 患者来源类器官,异种移植模型 | 基因表达数据,测序数据 | 患者样本:AG治疗组30例,非治疗组60例;验证队列:29个类器官 | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
| 106 | 2026-02-08 |
Comprehensive analysis of key palmitoylation-modifying enzymes in clear cell renal cell carcinoma: implications for prognosis and therapy
2026-Jan-10, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-04155-5
PMID:41519750
|
研究论文 | 本研究系统分析了透明细胞肾细胞癌中关键棕榈酰化修饰酶的作用,揭示了其在预后和治疗中的潜在意义 | 首次在ccRCC中系统评估棕榈酰化修饰酶,结合多组学数据、机器学习算法和单细胞RNA测序验证关键基因功能 | 研究主要基于公共数据库数据,体外实验验证有限,缺乏体内模型和临床样本的进一步验证 | 系统识别和验证ccRCC中关键棕榈酰化修饰酶,并探索其临床意义 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者数据及细胞系 | 生物信息学 | 肾癌 | 多组学数据分析、机器学习算法、siRNA介导的敲低、单细胞RNA测序 | 机器学习算法(未指定具体模型) | 多组学数据(基因组、转录组等)、单细胞RNA测序数据 | TCGA-KIRC和GEO数据集中的ccRCC患者样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 107 | 2026-02-08 |
Differential expression analysis for spatially correlated data using smiDE
2026-Jan-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03867-1
PMID:41519776
|
研究论文 | 本文提出了一种名为smiDE的方法,用于分析空间转录组学数据中的差异表达,解决了空间数据特有的偏差和相关性挑战 | 开发了smiDE方法,专门针对空间转录组数据中的分割误差和邻近细胞相关性进行校正,以减少假阳性发现 | NA | 解决空间转录组学数据在差异表达分析中面临的挑战,提高统计准确性 | 空间转录组学数据中的细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学成像 | NA | 空间转录组学图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 108 | 2026-02-08 |
Engrailed 1 promotes immune evasion and chemoresistance in glioma through single cell and CeRNA network analyses
2026-Jan-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-35553-y
PMID:41513764
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组分析、ceRNA网络构建及实验验证,揭示了转录因子EN1在胶质瘤免疫逃逸和化疗耐药中的关键作用 | 首次系统性地将EN1与胶质瘤免疫微环境特征、化疗反应预测联系起来,并构建了一个新的NEAT1/miR-9-5p/miR-128-3p/EN1 ceRNA调控轴来解释其失调机制 | 研究主要基于公共数据库和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证和更大规模的临床队列验证 | 全面研究EN1在胶质瘤中的功能,特别关注其在免疫逃逸和化疗耐药中的作用 | 胶质瘤细胞、公共转录组数据集(TCGA, GTEx, CGGA, GSE182109) | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, ceRNA网络分析, Western blot, CCK-8, Transwell实验 | NA | 转录组数据, 图像, 文本 | 多个公共数据集(TCGA, GTEx, CGGA, GSE182109),具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 109 | 2026-02-08 |
Mapping the secondary response to traumatic brain injury using spatial transcriptomics shows acute 4-aminopyridine treatment mitigates axonal and molecular pathology
2026-Jan-08, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02219-1
PMID:41508250
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术绘制了创伤性脑损伤(TBI)后的次级反应图谱,并评估了急性4-氨基吡啶(4-AP)治疗对轴突和分子病理的缓解效果 | 首次将空间转录组学与临床导向的神经病理学结合,全面分析TBI次级损伤过程,并验证4-AP作为急性TBI治疗的潜在作用 | 研究仅使用小鼠模型,且高剂量4-AP(5 mg/kg)可能诱发癫痫行为,限制了其临床应用 | 探索4-AP作为急性TBI治疗药物,以减轻轴突损伤并促进活动依赖性修复 | 成年雄性和雌性小鼠的创伤性脑损伤模型,重点关注胼胝体轴突 | 空间转录组学 | 创伤性脑损伤 | 空间转录组学,免疫标记 | NA | 空间转录组数据,免疫组织化学图像 | 成年雄性和雌性小鼠,具体数量未在摘要中明确说明 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 110 | 2026-02-08 |
Airway immune profiles and therapeutic implications of IGF1 in eosinophilic granulomatosis with polyangiitis
2026-Jan-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-68104-6
PMID:41501017
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序比较了嗜酸性肉芽肿性多血管炎(EGPA)与重度嗜酸性哮喘(SEA)的气道免疫特征,揭示了EGPA中独特的干扰素驱动炎症机制,并发现IGF1巨噬细胞与疾病复发相关,提示IGF1作为潜在治疗靶点 | 首次在EGPA中识别出干扰素驱动的炎症通路,与SEA的TNF主导通路形成对比;发现IL1BMX1中性粒细胞促进三级淋巴结构形成;通过纵向分析揭示IGF1巨噬细胞与疾病复发的关联;在动物模型中验证IGF1阻断可减轻T2炎症 | 研究样本量未明确说明;动物模型结果需在人类临床试验中进一步验证;EGPA与SEA的病理生理差异机制仍需深入探究 | 探究EGPA与SEA的免疫特征差异,识别EGPA特有的炎症机制及潜在治疗靶点 | 嗜酸性肉芽肿性多血管炎(EGPA)和重度嗜酸性哮喘(SEA)患者的气道免疫细胞 | 单细胞组学 | 嗜酸性肉芽肿性多血管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 111 | 2026-02-08 |
Neuro-epithelial circuits promote sensory convergence and intestinal immunity
2026-Jan-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09921-z
PMID:41501470
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研究论文 | 本研究揭示了TRPV1痛觉感受器通过调控上皮簇细胞,启动并驱动针对蠕虫感染的2型免疫和组织适应的神经-上皮环路机制 | 首次发现并阐明了TRPV1痛觉感受器与化学感应上皮簇细胞之间的神经-上皮环路,该环路是启动2型免疫和组织适应的关键上游决定因素,揭示了神经元、上皮细胞和免疫细胞之间复杂感觉输入的协调与整合机制 | NA | 探究神经元、上皮细胞和免疫细胞之间如何协调和整合多样化的感觉输入,以启动和调控针对蠕虫感染的2型免疫反应 | TRPV1痛觉感受器、肠道上皮簇细胞、CGRP神经纤维、上皮祖细胞、蠕虫感染模型 | NA | 蠕虫感染 | 空间转录组学分析、单细胞RNA测序分析 | NA | 空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 112 | 2026-02-08 |
Uncovering the role of integrated stress in Alzheimer's disease through single-cell and transcriptomic analysis
2026-Jan-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-34997-6
PMID:41495191
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序和转录组数据,探索阿尔茨海默病中整合应激反应的分子机制 | 结合LASSO回归和随机森林算法筛选出六个关键基因,并揭示了它们与炎症通路及免疫细胞浸润的关联 | 研究样本量有限,且主要基于公共数据集分析,需要进一步实验验证 | 探索阿尔茨海默病中整合应激反应的分子机制及其临床意义 | 阿尔茨海默病患者和正常对照的脑细胞及血液样本 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序, 转录组分析 | LASSO回归, 随机森林 | 基因表达数据 | GSE264648数据集49例,GSE48350数据集253例,另加临床验证样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 113 | 2026-01-06 |
A pseudouridine-related prognostic model of colorectal cancer based on single-cell sequencing analysis and transcriptome analysis
2026-Jan-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-34933-0
PMID:41486187
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 114 | 2026-02-08 |
Tight junction-high and CDH17-positive cell population is the source of colorectal cancer liver metastases
2026-Jan-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-68169-3
PMID:41484106
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研究论文 | 本研究揭示了结直肠癌中一个由紧密连接重塑驱动的、具有高转移能力的上皮细胞亚群,并发现IKKα缺失通过稳定紧密连接蛋白促进该亚群扩增,从而驱动肝转移 | 首次发现IKKα缺失通过稳定紧密连接成分(而非传统炎症信号)促进结直肠癌转移;鉴定出CDH17⁺/CLDN2⁺上皮亚群是肝转移的主要细胞来源;证明靶向CLDN2可完全消除IKKα缺失带来的转移优势 | 研究主要基于患者来源类器官模型,体内生理微环境的影响可能未完全体现;转移机制在其他癌症类型中的普适性尚未验证 | 探究结直肠癌转移的细胞学特征与驱动机制 | 结直肠癌患者来源类器官、转移性病灶组织 | 肿瘤生物学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序、组织染色、遗传学与药理学抑制 | 患者来源类器官模型 | 转录组数据、组织图像数据 | 未明确样本数量,使用患者来源类器官及组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 115 | 2026-02-08 |
Oxidative stress and GPX2 control pancreatic vs. non-pancreatic cell fate in human endoderm
2026-Jan-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-68145-x
PMID:41484137
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研究论文 | 本研究揭示了氧化应激和GPX2在调控人内胚层后前肠向胰腺或非胰腺细胞命运分化中的关键作用 | 首次发现谷胱甘肽过氧化物酶2(GPX2)通过调控氧化应激水平,决定胰腺与肝脏/肠道祖细胞命运分化的关键机制 | 研究主要基于体外分化模型,体内生理环境中的验证尚需进一步研究 | 探究代谢产物在人内胚层发育过程中细胞命运决定的作用机制 | 人内胚层后前肠细胞 | 发育生物学 | NA | bulk转录组测序, 单细胞转录组测序, 染色质可及性分析 | NA | 转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 116 | 2026-02-08 |
A human pathophysiological 3D-bone marrow model reveals immune and stromal cell heterogeneity
2026-Jan-03, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09433-6
PMID:41484482
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研究论文 | 本研究开发了一种标准化的三维人类骨髓模型,用于模拟骨髓微环境的关键特征并研究其生理和病理状态下的细胞动态 | 首次构建了能够模拟人类骨髓微环境异质性的标准化三维模型,并利用单细胞转录组学揭示了基质细胞和内皮细胞的异质性 | 模型仍需进一步验证其在更广泛疾病背景下的适用性,且长期培养效果有待更多数据支持 | 研究人类骨髓微环境中免疫细胞和基质细胞的异质性及其在病理状态下的动态变化 | 骨髓微环境中的基质细胞、内皮细胞、免疫细胞和造血祖细胞 | 单细胞组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞转录组测序 | 三维骨髓模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 117 | 2026-02-08 |
A pan-cancer single cell landscape reveals heterogeneity and functional diversity of double-negative T cells
2026-Jan-03, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02548-8
PMID:41484771
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据,揭示了双阴性T细胞在肿瘤微环境中的异质性和功能多样性 | 首次构建了涵盖23种癌症类型的双阴性T细胞单细胞图谱,识别了14个不同的DNT亚群,并阐明了它们在肿瘤微环境中的功能特性和临床相关性 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据,功能验证仍需进一步实验支持,且样本来源和数量可能存在偏差 | 探究双阴性T细胞在肿瘤微环境中的异质性、功能多样性及其对肿瘤进展和免疫治疗的影响 | 双阴性T细胞(DNT细胞),包括αβ DNT和γδ T细胞亚群 | 数字病理学 | 泛癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光,空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,图像数据 | 2,369个样本,涵盖23种癌症类型,包含157,025个高质量DNT细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 118 | 2026-02-08 |
ASTRO: Automated Spatial-Transcriptome whole RNA Output
2026-Jan-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf688
PMID:41495477
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ASTRO的自动化流程,用于处理空间转录组学数据,特别优化了针对FFPE样本的全转录组分析 | 开发了首个专门针对FFPE样本空间转录组数据处理的自动化流程,能够同时检测编码和非编码RNA(如miRNA),并通过优化空间条形码识别和过滤步骤提高映射率 | 未明确说明该流程在其他样本类型或技术平台上的适用性限制 | 解决FFPE样本空间转录组数据分析的挑战,实现全转录组的空间定量分析 | 福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 自动化数据处理流程 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 119 | 2026-02-08 |
scSNViz: visualization and analysis of cell-specific expressed SNVs
2026-Jan-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag023
PMID:41533688
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研究论文 | 介绍了一个名为scSNViz的R包,用于从单细胞RNA测序数据中探索、量化和可视化表达的单核苷酸变异 | 开发了一个专门针对单细胞水平表达SNVs的综合可视化与分析工具,填补了现有工具在单细胞变异表达模式研究方面的空白 | 未在摘要中明确提及具体限制,但可能依赖于现有单细胞分析框架的准确性 | 旨在促进对单细胞水平表达遗传变异的理解,包括转录异质性、等位基因调控和突变动力学 | 单细胞RNA测序数据中的表达单核苷酸变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 120 | 2026-02-08 |
Squidiff: predicting cellular development and responses to perturbations using a diffusion model
2026-Jan, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02877-y
PMID:41184550
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研究论文 | 本文介绍了一种基于扩散模型的生成框架Squidiff,用于预测不同细胞类型在环境变化下的转录组变化 | Squidiff通过连续去噪和语义特征集成,学习瞬态细胞状态,并预测跨时间和条件的高分辨率转录组景观 | NA | 预测细胞在环境刺激下的转录组变化,并阐明潜在的疾病机制 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 扩散模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |