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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-01-10 |
Mapping the secondary response to traumatic brain injury using spatial transcriptomics shows acute 4-aminopyridine treatment mitigates axonal and molecular pathology
2026-Jan-08, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02219-1
PMID:41508250
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,探究了急性4-氨基吡啶治疗对创伤性脑损伤后轴突和分子病理的影响 | 结合临床导向的神经病理学和全基因组空间转录组学,全面分析创伤性脑损伤的继发性损伤过程,并评估4-氨基吡啶作为急性治疗药物的潜力 | 研究仅在小鼠模型中进行,未涉及人类临床试验,且高剂量4-氨基吡啶可能诱发癫痫行为 | 评估4-氨基吡啶作为急性创伤性脑损伤治疗药物,以减轻轴突损伤和促进活动依赖性修复 | 成年雄性和雌性小鼠的创伤性脑损伤模型,重点关注胼胝体轴突 | 空间转录组学 | 创伤性脑损伤 | 空间转录组学,免疫标记 | NA | 空间转录组数据,免疫标记图像 | 成年雄性和雌性小鼠 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 102 | 2026-01-10 |
Spatial multi-omics mapping of tumor microanatomy dynamics following radiotherapy combined with targeted-immunotherapy in hepatocellular carcinoma
2026-Jan-08, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00876-x
PMID:41508252
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研究论文 | 本研究利用空间多组学技术,揭示了肝细胞癌在接受靶向-免疫-放疗三联疗法后肿瘤微环境的动态空间重塑机制 | 首次在肝细胞癌中应用单细胞空间转录组学和空间蛋白质组学,整合绘制了肿瘤与基质区室、细胞组成及细胞间相互作用的高分辨率空间图谱,并识别了治疗反应与抵抗相关的关键空间细胞特征 | 本研究为回顾性临床队列研究,样本量有限,且主要针对晚期肝细胞癌患者,特别是合并门静脉癌栓的患者,结果可能无法推广到所有肝细胞癌亚型或早期疾病 | 探究靶向治疗、免疫检查点抑制剂和放疗三联疗法在肝细胞癌中诱导的肿瘤微环境空间重塑机制,并比较其与靶向-放疗二联疗法的疗效差异 | 晚期肝细胞癌患者,特别是合并门静脉癌栓的患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | 空间转录组数据,空间蛋白质组数据 | 回顾性临床队列(具体数量未在摘要中明确给出) | NA | 单细胞空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 103 | 2026-01-10 |
Uncovering the potential of pathomics: prognostic prediction and mechanistic investigation of pancreatic cancer
2026-Jan-08, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.70011
PMID:41508286
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研究论文 | 本研究探讨了基于机器学习的病理组学模型在预测胰腺癌患者术后总生存期方面的价值及其生物学意义 | 结合肿瘤和瘤周区域的病理组学参数提供互补的预后信息,并首次将LASSO机器学习方法与临床参数结合构建综合列线图,同时利用空间分析和单细胞测序揭示病理组学评分与免疫细胞浸润的关联 | 回顾性研究设计,样本量相对较小(173例患者),且仅来自两个中心,可能存在选择偏倚 | 预测胰腺导管腺癌患者的术后总生存期并探究其生物学机制 | 胰腺导管腺癌患者 | 数字病理 | 胰腺癌 | 病理组学分析,机器学习,多重免疫荧光,空间分析,单细胞测序 | LASSO,以及其他四种机器学习方法 | 病理图像,临床数据,基因表达数据 | 173例胰腺导管腺癌患者 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 104 | 2026-01-10 |
Evaluating genetic-ancestry inference from single-cell transcriptomic datasets
2026-Jan-08, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2026.100564
PMID:41508611
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研究论文 | 本文提出一个评估从单细胞转录组数据推断遗传祖先方法的框架,并应用于人类细胞图谱数据集 | 开发了一个专门针对单细胞转录组数据的遗传祖先推断评估框架,验证了现有工具在数据稀疏和变异检测不完美情况下的准确性 | 仅评估了有限数量的工具和数据集,可能未涵盖所有单细胞平台或祖先群体 | 评估和改进从单细胞转录组数据推断遗传祖先的方法,以促进数据分析和人类遗传多样性研究 | 单细胞转录组数据集中的遗传多态性 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | ADMIXTURE等遗传祖先推断工具 | 单细胞转录组测序数据 | 来自十个人类细胞图谱数据集的401名捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2026-01-10 |
Single-cell RNA sequencing reveals the therapeutic mechanism of Calvatia lilacina in promoting wound healing of anal fistula
2026-Jan-07, Chinese medicine
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s13020-025-01293-w
PMID:41495793
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了紫色秃马勃孢子促进肛瘘伤口愈合的治疗机制 | 首次从单细胞水平解析了紫色秃马勃孢子通过调节巨噬细胞与成纤维细胞相互作用促进肛瘘伤口愈合的分子机制 | 样本量较小(仅20例患者),且为单中心研究,需要更大规模的多中心验证 | 探究紫色秃马勃孢子促进肛瘘伤口愈合的疗效和机制 | 肛瘘术后患者的肉芽组织样本及小鼠皮肤成纤维细胞 | 数字病理学 | 肛瘘 | 单细胞RNA测序, ELISA, 免疫组化, Western blot, 免疫荧光, 流式细胞术, 细胞共培养 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 细胞图像数据 | 20例肛瘘手术患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 106 | 2026-01-10 |
Replication stress-inducing ELF3 upregulation promotes BRCA1-deficient breast tumorigenesis in luminal progenitors
2026-Jan-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.89573
PMID:41498327
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研究论文 | 本研究揭示了复制应激在BRCA1缺陷型乳腺肿瘤发生中的作用,并阐明了ELF3在促进管腔祖细胞转化中的关键机制 | 首次通过单细胞测序和RNA-seq技术,揭示了复制应激作为BRCA1缺陷型乳腺肿瘤发生的驱动因素,并发现ELF3在这一过程中的核心调控作用 | 研究主要基于人类突变乳腺癌样本和BRCA1缺陷的正常乳腺细胞,可能未完全涵盖所有肿瘤亚型或体内微环境的影响 | 探究BRCA1缺陷型乳腺癌在管腔祖细胞中易转化的原因 | 人类BRCA1突变乳腺癌样本和BRCA1缺陷的正常乳腺细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序, RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 107 | 2026-01-10 |
The dorsal aortic compartment is a developmental source of brown adipose tissue in mice
2026-Jan-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-68147-9
PMID:41501080
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研究论文 | 本研究揭示了小鼠棕色脂肪组织的一个非体节来源,即背主动脉区室中的多能间充质祖细胞 | 发现了棕色脂肪组织的一个新发育来源,即背主动脉区室中的Osr1表达多能间充质祖细胞,这些细胞能分化为脂肪、软骨和肌源性谱系 | 研究主要基于小鼠模型,人类棕色脂肪组织的发育来源可能有所不同,且部分棕色脂肪库(如肩胛间)的来源未完全阐明 | 探究小鼠棕色脂肪组织的发育起源,特别是非体节来源的贡献 | 小鼠胚胎中的棕色脂肪组织及其祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞测序,遗传谱系追踪 | NA | 测序数据,遗传追踪数据 | 小鼠胚胎样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 108 | 2026-01-10 |
Integrative multi-omics and radiogenomic profiling decodes NNK-related tumor remodeling and prognostic stratification in pancreatic cancer
2026-Jan-07, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004732
PMID:41504500
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研究论文 | 本研究通过整合多组学和放射基因组学分析,揭示了烟草特异性致癌物NNK与胰腺癌进展的关系,并开发了一个基于CT的放射组学模型,用于无创解码NNK相关的分子改变 | 首次将NNK暴露与胰腺癌的分子改变和影像表型联系起来,开发了基于ITGA3的放射组学模型,实现了术前风险分层 | 研究依赖于回顾性数据,需要前瞻性验证;放射组学模型的泛化能力有待进一步评估 | 阐明NNK如何促进胰腺癌进展,并开发无创的放射组学模型进行预后分层 | 胰腺癌患者 | 放射组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,放射组学特征提取 | 多算法机器学习框架,Cox比例风险模型 | CT图像,转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 多个队列的胰腺癌患者,包括TCIA和独立手术队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 109 | 2026-01-10 |
Digital twins for in vivo metabolic flux estimations in patients with brain cancer
2026-Jan-06, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2025.10.022
PMID:41330373
|
研究论文 | 本文开发了两种基于机器学习的框架,用于在脑癌患者体内进行代谢通量估计 | 开发了数字孪生框架和单细胞代谢通量分析框架,首次实现了在人类患者体内进行代谢通量估计,克服了组织采样、肿瘤微环境异质性和非稳态条件等挑战 | 未明确说明样本量大小或具体验证方法 | 开发能够在人类患者体内进行代谢通量估计的新方法 | 脑癌患者和脑癌小鼠模型 | 机器学习 | 脑癌 | 单细胞RNA测序,C-同位素示踪 | 卷积神经网络 | bulk样本数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 110 | 2026-01-10 |
Sirt6 deficiency in mast cells promotes adipose fibroinflammation in obesity through galectin-3 signaling
2026-Jan-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66040-z
PMID:41495031
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研究论文 | 本研究揭示了肥大细胞中Sirt6缺失通过galectin-3信号通路加剧肥胖相关的脂肪组织纤维化和炎症 | 首次发现肥大细胞中Sirt6通过表观遗传调控galectin-3表达,影响巨噬细胞极化和脂肪组织纤维化,并鉴定出新的纤维炎症性肥大细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;未探讨Sirt6在其他免疫细胞中的作用 | 阐明肥胖条件下肥大细胞功能失调导致脂肪组织纤维炎症的分子机制 | 肥大细胞、脂肪组织、巨噬细胞 | 单细胞组学 | 肥胖症 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,使用KitW-sh/W-sh肥大细胞缺陷小鼠和Sirt6敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 111 | 2026-01-10 |
Duhuo Jisheng Decoction Alleviates Knee Osteoarthritis via Synovial Mesenchymal Stem Cell-Derived Exosomes Mediating the microRNA-194-5p/Wnt Signaling Pathway
2026-Jan-06, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2025.121140
PMID:41506303
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研究论文 | 本研究探讨了独活寄生汤通过滑膜间充质干细胞来源的外泌体介导microRNA-194-5p/Wnt信号通路,从而缓解膝骨关节炎的机制 | 首次探索了独活寄生汤对滑膜间充质干细胞及其外泌体的影响,并揭示了其通过外泌体miR-194-5p调控Wnt信号通路促进软骨修复的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外细胞实验,未来需要进一步的机制探索、转化研究以及确保复方中药成分的一致性以推进临床应用 | 探究独活寄生汤通过滑膜间充质干细胞来源的外泌体介导miR-194-5p/Wnt信号通路治疗膝骨关节炎的疗效与机制 | 膝骨关节炎大鼠模型、原代滑膜间充质干细胞、H2O2诱导的软骨细胞 | NA | 膝骨关节炎 | LC-MS, RNA测序, 定量PCR, 单细胞RNA测序, 透射电镜, 纳米颗粒追踪分析, Western blot, 流式细胞术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 112 | 2026-01-10 |
Identification of the disulfidptosis-related gene IQGAP1 as a potential diagnostic biomarker in Parkinson's disease
2026-Jan-06, Brain research
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.brainres.2026.150153
PMID:41506340
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研究论文 | 本研究首次探索了双硫死亡相关基因在帕金森病中的作用,并通过整合转录组和单细胞RNA测序数据,鉴定出IQGAP1作为潜在的诊断生物标志物 | 首次将新发现的细胞死亡形式——双硫死亡与帕金森病的发病机制联系起来,并利用多组学数据整合分析鉴定出关键基因IQGAP1 | 研究主要基于生物信息学分析和体外验证,缺乏体内功能实验和更大规模的临床队列验证 | 探索双硫死亡相关基因在帕金森病中的表达模式、功能及其作为诊断生物标志物的潜力 | 帕金森病患者与健康对照的转录组数据及单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序,定量实时逆转录PCR | LASSO回归,随机森林 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 来自GEO数据库的帕金森病与健康对照样本,以及外部验证队列 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 113 | 2026-01-10 |
Machine Learning Reveals Sex-Biased Platelet-Associated Molecular Signatures in Systemic Lupus Erythematosus
2026-Jan-06, Immunology letters
IF:3.3Q3
DOI:10.1016/j.imlet.2026.107136
PMID:41506349
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法揭示了系统性红斑狼疮中性别偏倚的血小板相关分子特征 | 首次利用机器学习算法结合多组学数据,识别出系统性红斑狼疮中性别特异性的血小板分子标志物GP6及其与PTCRA的关联 | 研究基于公共数据库的转录组数据,样本量有限,且未进行实验验证 | 探究系统性红斑狼疮中性别差异的分子机制 | 系统性红斑狼疮患者和正常对照的血小板转录组数据 | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 转录组测序, 单细胞RNA-seq, 差异基因表达分析 | 机器学习算法 | 转录组数据 | 338名个体(163名SLE患者和175名正常对照) | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 114 | 2026-01-10 |
Single-cell analysis identifies BASP1 as a driver of drug resistance and cell plasticity in oral squamous cell carcinoma
2026-Jan-06, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.111126
PMID:41506484
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了BASP1基因在口腔鳞状细胞癌(OSCC)顺铂耐药和细胞可塑性中的关键驱动作用 | 首次在单细胞水平上识别出OSCC顺铂耐药过程中的两个过渡细胞群,并发现BASP1不仅是主要耐药簇中的上调基因,也在过渡簇中高表达,阐明了BASP1通过调控LIN7A表达和抑制microRNA hsa-mir-501-3p来诱导β-catenin介导的上皮间质转化(EMT)的分子机制 | 研究主要基于体外细胞系模型,缺乏体内实验和临床样本的进一步验证;耐药机制的探索可能尚未涵盖所有相关通路 | 探究口腔鳞状细胞癌(OSCC)中罕见细胞群在化疗耐药中的作用,并识别关键调控因子 | 具有敏感、早期耐药和晚期顺铂耐药表型的人类OSCC细胞系 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三种耐药表型的OSCC细胞系(未明确具体细胞系数量) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 115 | 2026-01-10 |
Integrating single cell- and spatial- resolved transcriptomics unravels the inter-tumor heterogeneity and immunosuppressive landscape in HBV- and Clonorchis sinensis-associated hepatocellular carcinoma
2026-Jan-05, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02381-z
PMID:41491521
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学,揭示了HBV和华支睾吸虫相关肝细胞癌的肿瘤间异质性和免疫抑制微环境 | 首次同时利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术,比较了HBV、华支睾吸虫及双重感染背景下肝细胞癌的肿瘤微环境异质性 | 研究样本量相对有限,且部分分析依赖于公开数据集,可能影响结果的普适性 | 探究不同感染背景(HBV和华支睾吸虫)下肝细胞癌的肿瘤间异质性及免疫微环境特征 | 肝细胞癌患者肿瘤及癌旁组织样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫荧光, 免疫组化, 体外实验 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 临床数据 | 269例原发性肝细胞癌患者,包括肿瘤和癌旁组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 116 | 2026-01-07 |
Correction: An integrative analysis of transcriptome, methylome and single-cell RNA sequencing data identifies UBE2H as a marker of oxaliplatin resistance in colorectal cancer
2026-Jan-05, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-04098-x
PMID:41491807
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 117 | 2026-01-10 |
SCALE: unsupervised multiscale domain identification in spatial omics data
2026-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1456
PMID:41495880
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SCALE的无监督算法,用于在空间转录组学数据中识别多尺度功能域 | SCALE结合了基于深度学习的图表示学习和基于熵的搜索算法,首次系统性地解决了空间转录组学中多尺度功能域层次结构的识别问题 | 论文未明确讨论算法在极高空间分辨率或极低信噪比数据中的性能限制 | 开发一种计算方法来识别空间转录组学数据中的多尺度功能域层次结构 | 小鼠大脑(使用Xenium和MERFISH平台)和患者来源的肾脏组织的空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习图表示学习 | 空间转录组学数据 | 模拟数据以及小鼠大脑和患者肾脏组织的实际数据 | 10x Genomics, Vizgen | 空间转录组学 | Xenium, MERFISH | 10x Xenium空间转录组平台和MERFISH(多重误差鲁棒荧光原位杂交)技术 |
| 118 | 2026-01-10 |
scSuperAnnotator: a platform for benchmarking comparison and visualizing automated cellular annotation methods for scRNA-seq data
2026-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1470
PMID:41495899
|
研究论文 | 介绍了一个名为scSuperAnnotator的在线平台,用于整合和比较单细胞RNA-seq数据中的细胞类型注释方法 | 首个整合多种细胞类型识别方法(包括基于标记基因和基于参考的方法)的在线平台,提供用户友好界面和一站式注释分析功能 | NA | 开发一个综合平台,以促进单细胞RNA-seq数据中细胞类型的自动识别和比较 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞类型注释方法 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 119 | 2026-01-10 |
CellMap: precision mapping of cellular landscape in spatial transcriptomics
2026-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1484
PMID:41505103
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研究论文 | 本文开发了CellMap,一种计算工具,用于将空间转录组学数据解析至单细胞分辨率 | 结合种子基因共线性、随机森林模型和线性分配算法,实现单细胞到空间点的最优分配 | NA | 开发一种计算工具,以在空间转录组学中实现单细胞分辨率的精确映射 | 空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 随机森林模型 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 120 | 2026-01-10 |
Natural progression of glioma enhances functional connection with the cerebral cortex through synaptogenesis
2026-Jan-04, NeuroImage. Clinical
DOI:10.1016/j.nicl.2026.103942
PMID:41506055
|
研究论文 | 本研究通过结合多灶性胶质瘤患者的fMRI分析和胶质瘤小鼠纵向scRNA-seq数据,揭示了胶质瘤自然进展中与大脑皮层功能连接增强的宏观表现及其背后的突触发生分子机制 | 首次通过多模态跨尺度方法(临床fMRI与小鼠scRNA-seq结合)系统揭示胶质瘤自然进展中功能连接增强的宏观特征及其微观分子基础 | 样本量有限(仅24例多灶性胶质瘤患者),且依赖小鼠模型数据外推至人类疾病机制 | 探究胶质瘤的自然进展机制及其与大脑功能网络的相互作用 | 多灶性胶质瘤患者(人类)和胶质瘤小鼠模型 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 功能磁共振成像(fMRI),单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 影像数据,单细胞转录组数据 | 24例多灶性胶质瘤患者,胶质瘤小鼠的早期、中期和终末期病变样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |