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当前共找到 43580 篇文献,本页显示第 101 - 120 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
101 2026-09-24
Transcriptional mechanisms of sex-biased gene expression and their connections to disease-associated variation
2026-Mar-23, Human molecular genetics IF:3.1Q2
研究论文 该研究利用480个淋巴母细胞系的单细胞RNA测序数据,识别了1200个具有显著性别偏倚表达的基因,并揭示了转录因子调控机制及其与疾病相关变异的联系 利用大规模单细胞RNA测序数据系统鉴定性别偏倚表达基因,发现多数性别偏倚基因受性别偏倚表达的转录因子调控,并通过机器学习方法识别FOSL1、ZNF730、ZFX和ZNF726为主要贡献因子,同时鉴定了2390个性别偏倚eQTL及其与100多种GWAS表型的关联 性别偏倚eQTL在独立数据集中的重复验证证据较弱,需要进一步验证 揭示性别偏倚基因表达的转录机制及其与疾病相关遗传变异的联系 480个淋巴母细胞系及GTEx组织数据 机器学习 自身免疫性疾病 单细胞RNA测序 机器学习, 线性模型 文本, 图像 480个淋巴母细胞系 NA 单细胞RNA测序 NA NA
102 2026-09-24
Patches: A Representation Learning Framework for Decoding Shared and Condition-Specific Transcriptional Programs in Wound Healing
2026-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出了一种名为Patches的表示学习框架,用于从单细胞转录组数据中解码伤口愈合过程中共享的和条件特异性的转录程序 采用条件子空间学习,能够同时解耦共享和条件特异性转录模式,在处理多属性实验设计(如年龄、治疗和时间动态)、缺失数据、不匹配细胞群体或复杂属性组合时表现优异 仅在模拟数据和皮肤损伤模型的真实转录组数据集上进行了验证,尚未在更广泛的生物学条件或疾病模型中验证其通用性 解决现有计算方法难以同时解耦共享和条件特异性转录模式的问题,实现对单细胞基因组数据中细胞状态和状态转换的稳健整合与跨条件预测 模拟数据和皮肤损伤模型的真实转录组数据集,重点关注衰老和药物治疗的影响 机器学习 NA 单细胞RNA测序 条件子空间学习 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
103 2026-09-24
Single-Cell Sequencing Reveals Thalidomide-Induced Teratogenicity in Zebrafish via Endoplasmic Reticulum Stress and Dysregulated Angiogenic Signaling
2026 Mar-Apr 01, The Journal of craniofacial surgery IF:1.0Q3
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了沙利度胺暴露后斑马鱼胚胎在受精后1、2、5天的69,115个细胞的转录组,揭示了内质网应激和血管生成信号失调在沙利度胺致畸中的作用 首次在单细胞水平构建了沙利度胺暴露下斑马鱼胚胎的转录组图谱,鉴定了43个细胞群体中16个群体的基因表达改变,发现了热休克蛋白家族基因的上调以及her15.1、her4.3、her4.4通过Notch信号通路发挥抗血管生成作用 摘要中未明确提及研究的局限性 探究沙利度胺诱导斑马鱼畸形的分子机制,特别是氧化应激和抗血管生成相关基因的作用 斑马鱼胚胎 单细胞转录组学 颅颌面畸形 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 69,115个细胞,来自受精后1、2、5天的斑马鱼胚胎 NA 单细胞RNA测序 NA NA
104 2026-09-24
RORγt+ dendritic cells are a distinct lymphoid-derived lineage
2026-Feb-20, Science immunology IF:17.6Q1
研究论文 该研究通过谱系示踪和单细胞转录组学揭示了小鼠RORγt+树突状细胞是一种独特的淋巴来源谱系,其发育受+7kb增强子及转录因子PRDM16和PU.1调控,对维持肠道免疫耐受至关重要 首次鉴定RORγt+树突状细胞为淋巴来源的独特谱系,发现了同时产生ILC3和RORγt+DC的RORγt先天淋巴祖细胞(RILP)以及专一性前RORγt+DC前体细胞,并阐明了+7kb增强子及其调控因子REV-ERBα/β和转录因子PRDM16、PU.1在该谱系发育中的关键作用 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证RORγt+DC的对应谱系及其发育调控机制 探究耐受性树突状细胞谱系如何建立以预防对共生菌和食物抗原的不当免疫反应 小鼠肠道RORγt+树突状细胞及其骨髓前体细胞 免疫学 NA 谱系示踪,单细胞转录组学 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
105 2026-09-24
Immune regulation and cellular crosstalk drive non-fibrotic lung remodeling in pre-metamorphic frogs exposed to paraquat
2026-02-18, BMC biology IF:4.4Q1
研究论文 本研究通过组织学分析、行为学实验和单细胞RNA测序,揭示了亚变态前蛙蝌蚪在百草枯暴露下发生非纤维化肺重塑的免疫调控与细胞串扰机制 首次在亚变态前两栖动物蝌蚪中揭示百草枯暴露诱导的非纤维化肺重塑程序,发现免疫介导的适应性反应涉及肺泡上皮细胞、成纤维细胞和巨噬细胞的氧化还原敏感转录状态,并发现Wnt/β-catenin等发育信号通路被重新激活 结论仅适用于蝌蚪阶段和短期暴露,需要进一步研究评估长期或变态后的结果 探究环境相关浓度百草枯暴露对亚变态前两栖动物蝌蚪肺部的急性响应及重塑机制 饰纹姬蛙蝌蚪 单细胞组学 肺损伤 单细胞RNA测序 NA 图像、文本、单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
106 2026-09-24
Upregulation of TNFR2 Precedes TOX Expression by Exhausted T cells and Restricts Antitumor and Antiviral Immunity
2026-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1
研究论文 该研究揭示TNFR2上调先于耗竭T细胞中TOX的表达,并限制抗肿瘤和抗病毒免疫 发现TNFR2信号是TOX表达的上游调控因子,并提出TNFR2拮抗作为新型免疫治疗策略 摘要中未明确提及研究局限性 探究调控TOX表达及T细胞从祖细胞向终末耗竭转变的因素 人类和小鼠肿瘤浸润性CD8+ T细胞、TNFR2敲除小鼠、慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎感染模型 免疫学 癌症 单细胞RNA测序、流式细胞术、批量RNA测序 NA 文本、图像 NA NA 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq NA NA
107 2026-09-24
Microoxic conditions promote Escherichia-associated cellulase expression in the giant panda gut
2026-01-14, The ISME journal
研究论文 该研究通过构建大熊猫肠道微生物组的物种分辨率参考目录,结合群落 profiling、微生物单细胞 RNA 测序和分离株表型实验,揭示 Escherichia coli 在微氧条件下可参与纤维素加工 构建了物种分辨率的大熊猫肠道微生物组参考目录 Pbac v2(466 个物种级基因组),利用液滴式微生物单细胞 RNA 测序将纤维素酶相关转录本原位归属到 Escherichia,并发现 E. coli 亚群在呼吸代谢与厌氧程序间的异质性,结合分离株实验证明氧气依赖的纤维素分解表型 未在体内测量氧气水平,微氧条件与纤维素加工的直接因果关系尚需进一步验证 探究大熊猫肠道中纤维加工如何进行,并将群落特征与细胞转录谱和分离株表型相关联 大熊猫肠道微生物组(包括 142 个样本的群落、16 659 个单细胞及 panda 来源的 E. coli 分离株) 微生物组学, 单细胞组学 NA 培养组学, PacBio HiFi 宏基因组测序, 微生物单细胞 RNA 测序, 多组学 NA 基因组序列, 转录组序列, 表型数据 142 个社区样本、4 个样本用于单细胞测序(16 659 个细胞)以及 panda 来源的 E. coli 分离株 PacBio 宏基因组测序, 微生物单细胞 RNA 测序 PacBio HiFi, 液滴式微生物单细胞 RNA 测序 PacBio HiFi 宏基因组测序用于构建参考目录,液滴式微生物单细胞 RNA 测序用于单细胞转录谱分析
108 2026-09-24
Decoding CNS regeneration: Insights from single-cell RNA sequencing in SCI and TBI across multiple species
2026-01-09, Neuroscience IF:2.9Q2
综述 该综述综合了应用单细胞RNA测序研究脊髓损伤和创伤性脑损伤后中枢神经系统修复机制的跨物种文献,揭示了保守的细胞反应和再生机制 跨物种(哺乳动物、青蛙、斑马鱼)整合单细胞RNA测序数据,系统比较脊髓损伤和创伤性脑损伤后中枢神经系统再生的细胞和分子机制,识别共享的激活通路和再生相关基因 仅纳入2010至2025年间PubMed和Google Scholar的同行评审研究,可能遗漏未发表数据或其他数据库的研究,且综述本身不产生新的实验数据 通过对脊髓损伤和创伤性脑损伤模型的单细胞RNA测序研究进行系统综述,阐明中枢神经系统损伤和修复的分子与细胞机制,为未来治疗提供见解 脊髓损伤和创伤性脑损伤模型中的中枢神经系统细胞,涵盖哺乳动物、青蛙和斑马鱼等多种物种 数字病理学, 机器学习 脊髓损伤, 创伤性脑损伤 单细胞RNA测序 NA 文本, 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
109 2026-09-24
Mechanisms of immune escape and extramedullary tropism in leukemia cutis
2026-01-01, Blood IF:21.0Q1
研究论文 该研究通过对皮肤和皮下组织受累的急性髓系白血病(eAML)活检样本进行批量与单细胞转录组分析,揭示了免疫逃逸机制和髓外趋向性的分子特征 首次对孤立性髓外皮肤及皮下组织急性髓系白血病进行批量与单细胞转录组联合分析,发现了eAML中T细胞耗竭特征、HLA II类分子下调的免疫逃逸表型、8个归巢受体分子的表达差异,以及免疫检查点治疗期间局部与循环T细胞受体序列的高度重叠 样本量较小(10例患者共23份活检),且仅对1例患者的连续样本进行了免疫检查点治疗分析,需要更大规模的验证研究 阐明急性髓系白血病髓外趋向性(特别是皮肤受累)的免疫微环境和白血病表型机制,为治疗靶点提供依据 10例孤立性髓外急性髓系白血病患者的23份皮肤和皮下组织活检样本,以及7例骨髓复发患者的对照样本 数字病理学 白血病 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA 转录组数据 10例患者的23份eAML活检样本,7例骨髓复发样本,1例连续免疫检查点治疗样本 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
110 2026-09-24
ENO1 promotes cancer metastasis via stimulating metabolism reprogramming in osteosarcoma
2025-Dec, British journal of cancer IF:6.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了ENO1通过刺激代谢重编程促进骨肉瘤转移的机制 首次通过单细胞RNA测序分析骨肉瘤肺转移,鉴定ENO1为关键候选基因,并揭示其通过调控糖酵解促进转移 样本量较小,仅10例儿童骨肉瘤样本,需进一步扩大样本验证 揭示骨肉瘤转移的潜在机制 儿童骨肉瘤样本 单细胞转录组学 骨肉瘤 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 NA 基因表达数据 10例儿童骨肉瘤样本 NA single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
111 2026-09-24
Characterizing stroke-related cellular changes in the surviving neurons of mouse ischemic stroke
2025-12, Neurochemistry international IF:4.4Q1
研究论文 本研究利用单核和单细胞RNA测序技术,表征了小鼠远端大脑中动脉闭塞(dMCAO)缺血性卒中急性期和亚急性期存活神经元的细胞和分子变化 结合snRNA-seq和scRNA-seq技术,系统刻画了卒中后不同时间点(3天和14天)存活神经元的细胞状态变化,揭示了谷氨酸能神经元中Syngap1、Ikbkb和Rock1表达升高与缺血损伤易感性的关系,并发现自噬和cAMP信号通路在缺血半暗带中作为潜在治疗靶点 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类卒中样本中验证;样本时间点仅限于3天和14天,缺乏更长期恢复阶段的动态数据 表征小鼠缺血性卒中后存活神经元的细胞和分子改变,揭示卒中诱导的分子机制并识别潜在治疗靶点 C57BL/6小鼠(对照组、假手术组、dMCAO 3天组和dMCAO 14天组)的脑组织神经元及其他细胞类型 机器学习 心血管疾病 单核RNA测序(snRNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组织化学 NA 文本 C57BL/6小鼠分为对照组、假手术组、dMCAO 3天组和dMCAO 14天组,具体样本数量未在摘要中说明 NA 单细胞RNA测序、单核RNA测序 NA NA
112 2026-09-24
JADE: Joint Alignment and Deep Embedding for Multi-Slice Spatial Transcriptomics
2025-Dec, Advances in neural information processing systems
PMID:42326616
研究论文 提出JADE框架,通过联合优化空间对齐和深度嵌入实现多切片空间转录组数据的整合分析 首次在共享潜在空间中联合优化对齐和表示学习,采用往返框架交替进行对齐和嵌入细化,利用注意力机制动态评估嵌入维度的重要性以关注对齐相关特征并抑制噪声 摘要中未明确提及 解决多切片空间转录组数据分析中的空间对应关系解析和共享转录组特征捕获问题,实现跨切片联合分析以重建组织结构并识别一致的空间基因表达模式 10x Visium人类背外侧前额叶皮层数据集和Stereo-seq蝾螈脑数据集 空间转录组学 NA 空间转录组学 注意力机制 空间转录组数据 NA 10x Genomics, 华大智造 空间转录组学 10x Visium, Stereo-seq NA
113 2026-09-24
Disruption of E-cadherin in the airway led to dysplastic stressed cells and asthma-like phenotypes
2025-Nov-17, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 本文研究了小鼠气道上皮中E-钙黏蛋白失活对细胞命运和哮喘样表型的影响 首次证明E-钙黏蛋白失活可导致气道重塑和哮喘样表型,并揭示了上皮内在机制和上皮-免疫串扰的作用 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证;机制细节可能不完全适用于人类哮喘 探讨E-钙黏蛋白在气道细胞命运控制中的作用及其与哮喘样表型的关系 小鼠气道上皮祖细胞(club细胞)和终末分化纤毛细胞 单细胞转录组学 哮喘 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
114 2026-09-24
Metastasis-Initiating Osteosarcoma Subpopulations Establish Paracrine Interactions with Lung and Tumor Cells to Create a Metastatic Niche
2025-11-14, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 该研究通过体外器官型转移模型、单细胞RNA测序、人源异种移植模型和鼠源免疫 competent 骨肉瘤模型,揭示了骨肉瘤中低增殖亚群通过响应肺上皮细胞来源的IL1α,持续产生IL6和CXCL8等促转移细胞因子,从而启动肺转移的机制 发现了具有低增殖特征的骨肉瘤转移起始细胞亚群,并揭示了其通过IL1α-IL1信号轴与肺上皮细胞和肿瘤细胞建立旁分泌互作以构建转移微环境的新机制 摘要中未明确提及研究的具体局限性 识别骨肉瘤循环肿瘤细胞向肺部转移定植的细胞和分子机制,以开发针对转移的生物学靶向治疗 骨肉瘤细胞、肺上皮细胞、人源异种移植模型和鼠源免疫 competent 骨肉瘤模型 单细胞组学、肿瘤生物学 骨肉瘤、肺癌转移 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据、体内外模型数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
115 2026-09-24
Retrospective transcriptomic analysis indicates temporal dysregulation of mitochondrial genes and metabolic pathways after volumetric muscle loss injury
2025-11, Physiological reports IF:2.2Q3
研究论文 该研究通过回顾性分析公开的大鼠和小鼠RNA-seq数据集,探究体积性肌肉损失(VML)损伤后线粒体和代谢转录组的时间性变化 利用MitoCarta3.0数据库系统性地分析VML损伤后线粒体相关基因和代谢通路的时间动态变化,揭示了多种细胞类型中代谢转录景观从上调到下调的转换现象 该研究为回顾性分析,依赖公开数据集,可能受原始实验条件差异的限制,且仅涵盖至42天的转录组数据 利用现有RNA-seq数据集研究VML损伤后线粒体和代谢转录组的变化 大鼠(Rattus norvegicus)骨骼肌和小鼠(Mus musculus)骨骼肌 机器学习 肌肉损伤 bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA 文本 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
116 2026-09-24
Exploring therapeutic targets for hepatocellular carcinoma through druggable genes
2025-Sep-26, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 该研究通过孟德尔随机化等方法探索肝细胞癌的可成药基因治疗靶点 整合了双样本孟德尔随机化、基于汇总数据的孟德尔随机化、贝叶斯共定位和蛋白质-蛋白质相互作用网络,并结合可成药性评估和单细胞RNA测序验证,系统性地识别肝细胞癌治疗靶点 摘要中未明确提及研究局限性 识别与肝细胞癌风险相关的潜在治疗靶点,为肝细胞癌治疗药物的开发提供新见解 肝细胞癌风险相关的可成药基因 机器学习 肝癌 孟德尔随机化,基于汇总数据的孟德尔随机化,贝叶斯共定位,蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,单细胞RNA测序 NA 基因表达数据,文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
117 2026-09-24
Characterizing intra- and inter-tumor heterogeneity in Ovarian high-grade serous carcinoma subtypes using single-cell and spatial transcriptomics
2025-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用单细胞和空间转录组学技术,表征了卵巢高级别浆液性癌(HGSC)分子亚型内部和肿瘤间的异质性,揭示了不同亚型在空间基因表达模式、细胞状态和细胞间通讯方面的差异 结合单细胞RNA测序和空间转录组学,在二维空间上探索HGSC的肿瘤内和肿瘤间异质性,发现了与免疫通路和血管发育相关的不同空间基因表达模式,并进行了空间感知的细胞间通讯分析,揭示了分子亚型特异性的信号活性差异 研究样本量有限,可能无法全面代表HGSC的异质性;需要为每位患者生成多个组织切片才能全面表征空间转录组,这在临床实践中可能具有挑战性 探索HGSC中基于批量转录组定义的分子亚型与空间结构域之间的联系,以及这些特征在患者间的变异性 卵巢高级别浆液性癌(HGSC)肿瘤组织 空间转录组学 卵巢癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
118 2026-09-24
From spots to cells: Cell segmentation in spatial transcriptomics with BOMS
2025, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 本文提出了一种基于均值漂移的新方法 BOMS,利用mRNA空间位置和基因标签实现空间转录组学中的细胞分割,无需辅助图像 BOMS 无需任何辅助 DAPI/Poly(A) 染色图像,仅基于mRNA spot的空间位置和基因标签进行细胞分割,实现简单且执行速度显著更快 摘要中未明确提及研究局限性 解决基于成像的空间转录组学中细胞分割不准确导致mRNA错误分配的问题 公开可用的空间转录组学数据集中的mRNA spot 数字病理学 NA 空间转录组学 均值漂移 图像 NA NA 空间转录组学 NA NA
119 2026-09-24
Novel insights from comprehensive analysis: The role of cuproptosis and peripheral immune infiltration in Alzheimer's disease
2025, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 该研究通过整合GEO数据库的转录组数据,利用机器学习、单细胞分析、分子对接及qPCR等技术,系统探究了铜死亡相关基因及外周免疫浸润在阿尔茨海默病中的作用 首次综合运用多种机器学习模型筛选出FDX1、GLS、PDK1、MAP2K1和SOD1五个铜死亡相关特征基因,并结合单细胞分析揭示其在外周血免疫细胞中的表达变化及MIF通路的潜在作用,同时通过分子对接预测了靶向药物 研究主要基于公共数据库的转录组数据,样本量有限,缺乏大规模独立队列验证;分子对接和药物预测结果尚未经过体内外实验验证;外周血基因表达变化与中枢神经系统病理之间的关联机制尚不明确 探究铜死亡相关基因在阿尔茨海默病中的具体作用及其与外周免疫浸润的关系,寻找新的诊断标志物和治疗靶点 阿尔茨海默病患者的外周血细胞及基因表达数据 机器学习, 数字病理学, 生物信息学 阿尔茨海默病 bulk RNA-seq, scRNA-seq, 实时定量PCR(qPCR), 分子对接 机器学习模型(四种), 无监督聚类 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 图像(分子对接结构) NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
120 2026-09-24
Comprehensive multi-omics analysis reveals the prognostic and immune regulatory characteristics of the PTPN family in osteosarcoma
2025, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 本研究通过综合多组学分析揭示了PTPN家族在骨肉瘤中的预后和免疫调控特征 首次系统性地利用转录组数据和单细胞RNA测序数据,结合共识聚类和随机森林模型,全面解析PTPN家族在骨肉瘤预后评估和免疫调控中的作用,并筛选出PTPN23进行实验验证 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床队列验证,且实验验证仅针对PTPN23,未涵盖整个PTPN家族 探究PTPN家族在骨肉瘤中的致癌和免疫调控作用,提升预后评估水平并为个体化治疗奠定基础 骨肉瘤患者及其转录组数据和单细胞RNA测序数据 机器学习 骨肉瘤 单细胞RNA测序, 转录组测序 随机森林 文本, 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
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