单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期不过滤] [清除筛选条件]
当前共找到 35679 篇文献,本页显示第 101 - 120 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
101 2026-01-28
Integrated single-nuclei and spatial transcriptomic profiling of human sacrococcygeal teratomas reveals heterogeneity in cellular composition and X-chromosome inactivation
2025-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学技术,揭示了人类骶尾部畸胎瘤的细胞组成异质性及其与X染色体失活状态的联系 首次在骶尾部畸胎瘤中结合单核RNA测序与空间转录组学分析,揭示了X染色体双等位基因激活与肿瘤细胞身份及性别偏好的关联 样本量较小(仅8个肿瘤),且未检测到假定的多能性细胞群 探究骶尾部畸胎瘤的细胞起源、临床分层机制及性别偏好的分子基础 人类骶尾部畸胎瘤组织样本(包括产后和产前样本) 单细胞组学 骶尾部畸胎瘤 单核RNA测序,空间转录组学 NA 单细胞转录组数据,空间转录组数据 8个骶尾部畸胎瘤样本(6个产后样本:1男5女;2个产前样本:均为女性) NA 单核RNA-seq,空间转录组学 NA NA
102 2026-01-28
SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为SpaceBF的贝叶斯融合建模框架,用于在空间组学数据中分析分子间的空间共表达模式 开发了首个基于贝叶斯融合方法的框架,能够同时估计局部(位置特异性)和全局(组织范围)的分子共表达,相比现有主要依赖地理空间指标(如双变量Moran's和Lee's)的方法具有更高的特异性和检测能力 NA 解决空间组学数据中分子对空间共表达检测方法不足的问题,以更好地理解细胞间通讯 空间组学数据中的分子对(包括基因、肽、脂质、N-聚糖等) 空间转录组学 癌症 空间转录组学,质谱成像 贝叶斯融合模型 空间组学数据 NA NA 空间转录组学,质谱成像 NA NA
103 2026-01-28
Co-regulator activity of Mediator of DNA Damage Checkpoint 1 (MDC1) is associated with DNA repair dysfunction and PARP inhibitor sensitivity in lobular carcinoma of the breast
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了乳腺浸润性小叶癌(ILC)中MDC1蛋白作为雌激素受体共调节因子的新功能,并发现该功能与同源重组修复功能障碍及PARP抑制剂敏感性相关 首次发现MDC1在ILC细胞中作为雌激素受体的共调节因子,并揭示这种新功能导致独特的同源重组修复功能障碍(不同于经典BRCAness状态),且与PARP抑制剂敏感性相关 研究主要基于细胞系和异种移植模型,临床样本验证有限;MDC1共调节功能的具体分子机制尚未完全阐明 探究乳腺浸润性小叶癌中MDC1蛋白的双重功能(DNA修复与雌激素受体共调节)及其治疗意义 乳腺浸润性小叶癌细胞系、异种移植模型及肿瘤数据 癌症生物学 乳腺癌 单细胞转录组分析、DNA修复活性分析、蛋白质相互作用组分析、异种移植模型 NA 转录组数据、蛋白质相互作用数据、功能实验数据 多个ILC细胞系及异种移植模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
104 2026-01-28
Uncovering the Signatures of Cellular Senescence in the Human Dorsolateral Prefrontal Cortex
2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过空间转录组学和单核RNA测序技术,构建了人类背外侧前额叶皮层衰老和细胞衰老的转录组图谱 结合Visium空间转录组学和单核RNA测序,首次在非病理人类组织中系统揭示了背外侧前额叶皮层细胞衰老的异质性和细胞类型特异性特征 研究基于非病理组织,可能未完全反映疾病状态下的衰老特征;细胞衰老的罕见性和异质性仍带来识别挑战 探索人类背外侧前额叶皮层在衰老过程中的细胞衰老特征和转录组变化 人类背外侧前额叶皮层的非病理组织样本 数字病理学 老年疾病 空间转录组学,单核RNA测序 NA 空间转录组数据,单核RNA测序数据 NA 10x Genomics 空间转录组学,单细胞RNA测序 10x Visium,10x Chromium Visium空间转录组学用于空间基因表达分析,单核RNA测序用于细胞类型特异性转录组分析
105 2026-01-28
Hepatic Arterial Flow-Induced Portal Tract Fibrosis in Portal Hypertension: The Role of VCAM-1 and Osteopontin-Expressing Macrophages
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究探讨了门脉高压中肝动脉血流增加通过VCAM-1和骨桥蛋白阳性巨噬细胞驱动门管区纤维化的分子机制 揭示了肝动脉缓冲反应通过VCAM-1介导的巨噬细胞招募和骨桥蛋白表达驱动门管区纤维化的新机制 研究基于大鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 探究门脉高压中肝动脉血流增加导致门管区纤维化的分子机制 Sprague-Dawley大鼠门脉高压模型 病理生理学 门脉高压 微CT、免疫细胞分析、血流动力学测量、转录组分析、单细胞RNA测序、RNA-FISH NA 影像数据、血流数据、转录组数据、单细胞测序数据 Sprague-Dawley大鼠门脉高压模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
106 2026-01-28
Single-cell analysis of microglial activation after traumatic brain injury reveals immune signaling pathways linked to mitochondrial dysfunction and brain aging
2025, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2
研究论文 本研究通过单细胞转录组学分析创伤性脑损伤后小胶质细胞的动态响应,揭示了与线粒体功能障碍和大脑衰老相关的免疫信号通路 首次整合了多个组织和时间点的单细胞转录组图谱,系统描绘了TBI后小胶质细胞与骨髓细胞的相互作用 研究基于小鼠模型和公开数据集,结果可能不完全适用于人类;体外验证仅使用LPS刺激模型,可能无法完全模拟TBI的复杂环境 旨在通过单细胞转录组学绘制TBI后小胶质细胞的动态响应图谱,并验证关键信号通路 小鼠的皮层、海马体和血液样本中的骨髓细胞,包括单核细胞、巨噬细胞和小胶质细胞 单细胞转录组学 创伤性脑损伤 单细胞转录组学,定量PCR NA 转录组数据 35只小鼠(11个血液样本,12个皮层样本,12个海马体样本),在TBI或假处理后24小时和7天采集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
107 2026-01-28
ULMnet: inferring physical cell-cell communication networks from scRNAseq data using univariate linear models
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本文提出了一种名为ULMnet的计算方法,利用单变量线性模型从单细胞RNA测序数据中推断物理细胞间通讯网络 开发了ULMnet方法,通过识别多重态(如双联体)来推断物理细胞间相互作用,克服了传统单细胞RNA测序分析中因组织解离而忽略物理接触的局限性 方法在预测已知成分的FACS分选双联体时灵敏度约为56%,虽然精确度高,但灵敏度相对较低,可能遗漏部分相互作用 从单细胞RNA测序数据中推断物理细胞间通讯网络,以捕捉组织中的直接细胞接触 单细胞RNA测序数据中的多重态(如双联体),用于分析细胞间物理相互作用 生物信息学 癌症 单细胞RNA测序 单变量线性模型 单细胞RNA测序数据 多个数据集,包括细胞对、部分解离组织以及健康和癌症组织的常规单细胞RNA测序数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
108 2026-01-28
Liquid-liquid phase separation-driven molecular subtyping and prognostic modeling in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究构建了一个基于液-液相分离(LLPS)相关基因的预后模型,用于结直肠癌(CRC)的风险分层和个体化治疗策略指导 首次将LLPS相关基因应用于CRC的分子分型和预后建模,揭示了LLPS失调在CRC进展中的作用,并通过体外实验验证了关键基因HADH的生物学功能 研究主要基于公共数据集(如GSE39582、GSE17536、GSE166555),样本量有限(566例CRC和19例正常对照),且验证队列(COAD、READ)可能未完全覆盖CRC的异质性 探究LLPS在CRC进展中的作用,并构建基于LLPS相关基因的预后模型以指导临床治疗 结直肠癌(CRC)患者样本,包括来自GSE39582数据集的566例CRC样本和19例正常对照,以及COAD、READ和GSE17536验证队列 生物信息学 结直肠癌 差异表达基因分析、单变量Cox回归、LASSO回归、逐步AIC算法、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、空间转录组学分析、体外实验验证 预后风险模型(基于LLPS相关基因签名) 基因表达数据、临床数据、空间转录组数据 566例CRC样本和19例正常对照(来自GSE39582数据集),外加COAD、READ和GSE17536验证队列 NA 空间转录组学 NA NA
109 2026-01-28
Advances in the identification of novel cell signatures in benign prostatic hyperplasia and prostate cancer using single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
综述 本文综述了利用单细胞RNA测序技术在良性前列腺增生和前列腺癌中识别新型细胞亚群和分子特征的最新进展 整合单细胞RNA测序技术深入解析BPH和PCa的细胞异质性,揭示共享的分子机制和新型生物标志物 作为综述文章,未涉及原始实验数据,依赖现有研究总结,可能受限于已发表研究的覆盖范围 探讨BPH和PCa的分子发病机制,为精准诊断和治疗提供新见解 良性前列腺增生和前列腺癌患者的前列腺组织样本 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
110 2026-01-28
Cuproptosis-driven reprogramming of fibroblast communication by GK is associated with the immune microenvironment in diabetic foot ulcers
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了铜死亡相关基因GK在糖尿病足溃疡(DFU)成纤维细胞-免疫细胞串扰及免疫微环境调控中的作用 首次将铜死亡(cuproptosis)机制与糖尿病足溃疡的成纤维细胞通讯和免疫微环境联系起来,并鉴定出GK作为一个新的诊断生物标志物和潜在治疗靶点 研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证,缺乏直接的临床样本功能验证和机制深入探究 探究铜死亡在糖尿病足溃疡成纤维细胞与免疫细胞通讯中的作用,并寻找相关的诊断生物标志物 糖尿病足溃疡组织中的成纤维细胞和免疫细胞 生物信息学 糖尿病足溃疡 单细胞RNA测序(scRNA-seq),机器学习(LASSO,SVM-RFE,随机森林),免疫浸润分析(CIBERSORT),细胞通讯分析(CellChat),PCR,Western blot LASSO,SVM-RFE,随机森林 单细胞RNA测序数据,批量转录组数据 分析来自两个数据集的33,095个细胞(质量控制后25,198个细胞),并使用9只SD大鼠进行体内验证(正常/伤口/糖尿病伤口组,每组3只) NA 单细胞RNA-seq NA NA
111 2026-01-28
The role of 5-methylcytosine regulator-related genes in diagnostic and immune regulatory functions in atherosclerosis
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究探讨了5-甲基胞嘧啶(m5C)RNA修饰相关基因在动脉粥样硬化(AS)中的诊断和免疫调节功能 首次结合m5C修饰、免疫微环境分析和单细胞RNA测序,识别了AS的潜在诊断生物标志物,并验证了NSUN3在巨噬细胞功能中的关键作用 研究主要基于公共微阵列数据库,实验验证仅限于体外细胞模型(THP-1),缺乏体内或临床样本的直接验证 阐明m5C修饰及其相关基因在动脉粥样硬化发病机制中的作用,并寻找诊断生物标志物 动脉粥样硬化患者样本数据(来自GEO数据库)和人类髓系白血病单核细胞(THP-1) 生物信息学 心血管疾病 微阵列分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、定量实时聚合酶链反应(qRT-PCR)、LASSO逻辑回归、WGCNA LASSO逻辑回归模型 基因表达数据 基于多个GEO数据集(GSE90074、GSE27034、GSE59421、GSE159677),具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
112 2026-01-28
PANoptosis in urological diseases: molecular mechanisms, pathological roles, and emerging therapeutic opportunities
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
综述 本文综述了PANoptosis(一种整合了凋亡、焦亡和坏死性凋亡的新型炎症性程序性细胞死亡通路)在泌尿系统疾病中的分子机制、病理作用及新兴治疗机会 首次系统性地将新近发现的PANoptosis通路与泌尿系统疾病的发病机制、诊断和治疗联系起来,并强调了其在驱动抗肿瘤免疫和组织损伤中的双重作用 作为一篇综述文章,其局限性在于主要基于现有文献进行总结和分析,未提供新的原始实验数据来验证所讨论的治疗策略或生物标志物 阐明PANoptosis在泌尿系统疾病中的分子机制、病理作用,并探索其作为诊断生物标志物和治疗靶点的潜力 泌尿系统疾病,包括急慢性肾损伤、前列腺癌、肾癌和睾丸疾病 NA 前列腺癌, 肾癌 单细胞测序, 空间转录组学 NA NA NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
113 2026-01-28
A novel prognostic model based on epithelial cell progression genes identifies OAS1 as a suppressor of bladder cancer aggressiveness
2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2
研究论文 本研究基于单细胞RNA测序数据识别膀胱癌上皮细胞亚群及其恶性进展轨迹,构建了一个四基因特征的预后模型,并验证了OAS1基因在抑制膀胱癌侵袭性中的关键作用 首次基于上皮细胞肿瘤进展相关基因构建膀胱癌预后模型,并发现OAS1作为新的肿瘤抑制因子 模型验证仅依赖公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床队列验证;体外实验未涉及动物模型验证 构建膀胱癌预后预测模型并探索关键基因的生物学功能 膀胱癌患者样本(来自TCGA和GEO数据库)及膀胱癌细胞系 数字病理学 膀胱癌 单细胞RNA测序,批量RNA测序,LASSO Cox回归,CCK-8,transwell,伤口愈合实验 LASSO Cox回归模型 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据,临床数据 TCGA膀胱癌队列及独立GEO验证队列(具体样本数未明确说明) NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
114 2026-01-28
A robust ammonia metabolism gene signature identified by machine learning predicts prognosis and immunotherapy response in clear cell renal cell carcinoma
2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
研究论文 本研究通过机器学习方法,利用公共RNA-seq数据和多组学数据,识别并构建了一个与氨代谢相关的4基因风险评分模型,用于预测透明细胞肾细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 首次利用机器学习整合多组学数据,构建了一个基于氨代谢基因的预后特征模型,并发现CSAD基因作为潜在生物标志物 模型主要基于公共数据库的回顾性数据,需要前瞻性临床研究进一步验证 预测透明细胞肾细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 透明细胞肾细胞癌患者 机器学习 肾细胞癌 RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, TMB分析, 体外实验 随机森林, LASSO, 多元Cox回归 基因表达数据, 多组学数据 TCGA数据库中的患者数据,外部验证队列和多个免疫治疗队列 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
115 2026-01-28
Berberine suppresses hepatocellular carcinoma progression by blocking IL-4-JAK1-STAT6-mediated M2 polarization of macrophage
2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1
研究论文 本研究探讨了黄连素通过阻断IL-4-JAK1-STAT6轴抑制巨噬细胞M2极化,从而抑制肝细胞癌进展的机制 首次揭示了黄连素通过直接结合JAK1的FERM结构域稳定该蛋白,阻断IL-4-JAK1-STAT6信号通路,抑制肿瘤相关巨噬细胞的M2极化,并与抗PD-L1抗体联合治疗产生协同抗肿瘤效应 研究主要基于小鼠H22肿瘤异种移植模型,尚未在人体临床试验中验证;单细胞RNA-seq分析可能受样本量限制;联合治疗的具体剂量和时机需进一步优化 探究黄连素是否通过调节肿瘤炎症微环境抑制肝细胞癌进展 肝细胞癌小鼠模型、H22肿瘤细胞、巨噬细胞、CD8 T细胞 肿瘤免疫学 肝细胞癌 单细胞RNA测序、分子对接、蛋白质稳定性测定 H22肿瘤异种移植小鼠模型 基因表达数据、蛋白质磷酸化数据 未明确说明具体样本数量,但涉及小鼠模型和细胞实验 NA 单细胞RNA-seq NA NA
116 2026-01-28
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析,揭示了白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病疾病进展中的关键驱动作用 首次在ACM中结合单核RNA测序和空间转录组学识别疾病相关空间生态位,并证明靶向IL-1β可改善疾病表型 研究样本量有限,且动物模型结果需在人类患者中进一步验证 探究致心律失常性心肌病的疾病机制并寻找潜在治疗靶点 ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠模型 数字病理学 心血管疾病 单核RNA测序, 空间转录组学 NA RNA测序数据, 空间转录组数据 未明确样本数量,但包括ACM患者和对照捐赠者的心肌样本 NA 单核RNA测序, 空间转录组学 NA NA
117 2026-01-28
STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics
2024-Dec, Advances in neural information processing systems
研究论文 本研究介绍了STimage-1K4M数据集,该数据集通过提供子图块图像的基因组特征,弥补了现有医学图像-文本数据集中文本描述不足的缺陷 STimage-1K4M数据集首次将空间转录组学数据与组织病理学图像结合,为子图块区域提供高维基因表达信息,实现了前所未有的数据粒度 数据集仅包含1,149张图像,可能无法覆盖所有病理类型或变异,且基因表达维度较高可能增加计算复杂度 旨在推动多模态数据分析在计算病理学等领域的先进研究 空间转录组学数据衍生的组织病理学图像及其对应的基因表达信息 计算病理学 NA 空间转录组学 NA 图像、基因表达数据 1,149张图像,分解为4,293,195个子图块-基因表达对 NA 空间转录组学 NA NA
118 2026-01-28
UBR7 E3 Ligase Suppresses Interferon-β Mediated Immune Signaling by Targeting Sp110 in Hepatitis B Virus-Induced Hepatocellular Carcinoma
2024-11-08, ACS infectious diseases IF:4.0Q1
研究论文 本研究揭示了E3泛素连接酶UBR7通过泛素化Sp110蛋白,抑制I型干扰素信号通路,从而促进乙型肝炎病毒(HBV)持续感染和HBV诱导的肝细胞癌(HCC)发生的新机制 首次发现UBR7在非组蛋白(Sp110)泛素化中的新功能,并阐明其通过下调I型干扰素反应促进HBV持续感染和HCC发生的分子机制 研究主要基于体外细胞模型和患者样本分析,缺乏体内动物模型验证;UBR7-Sp110轴在HCC发生发展中的具体调控网络仍需进一步探索 探究UBR7在HBV诱导的肝细胞癌发生中的作用机制 乙型肝炎病毒(HBV)、肝细胞癌(HCC)细胞、HCC患者样本 分子生物学与肿瘤免疫学 肝细胞癌 RNA-Seq、单细胞RNA-Seq、转录组学分析、基因敲低 NA 转录组数据、单细胞转录组数据 HCC患者样本(具体数量未明确说明) NA RNA-Seq、单细胞RNA-Seq NA NA
119 2026-01-28
Meta-atlas of Juvenile and Adult Enteric Neuron scRNA-seq for Dataset Comparisons and Consensus on Transcriptomic Definitions of Enteric Neuron Subtypes
2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过整合多个小鼠肠道神经系统单细胞RNA测序数据集,构建了一个元图谱,旨在识别新的细胞类型、共享标记基因,并达成对肠道神经元亚型转录组定义的共识 首次系统整合多个独立的小鼠肠道神经系统scRNA-seq数据集,生成共识元图谱,以改善罕见神经元类别的分辨率,并连接转录组谱与历史分类系统 数据集依赖于不同的细胞分离和文库生成方法,可能导致细胞类型检测差异;未来研究需将深度转录组谱与历史分类系统更紧密连接 通过整合scRNA-seq数据集,达成对肠道神经元亚型转录组定义的共识,并提高罕见神经元类别的检测能力 小鼠肠道神经系统中的神经元 单细胞转录组学 肠道动力障碍 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 多个独立数据集,涉及数百至数百万个细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
120 2026-01-28
Adding Highly Variable Genes to Spatially Variable Genes Can Improve Cell Type Clustering Performance in Spatial Transcriptomics Data
2024-Oct-25, Research square
研究论文 本研究探讨在空间转录组学数据中,将高变异基因与空间变异基因结合是否能提升细胞类型聚类性能 首次系统评估高变异基因与空间变异基因联合使用对细胞类型聚类的影响,覆盖多个平台和超过50个真实数据集 未详细探讨基因选择方法对聚类结果的具体影响机制,可能受数据集异质性限制 提高空间转录组学数据中细胞类型聚类的准确性和效率 空间转录组学数据中的基因表达模式 空间转录组学 NA 空间转录组学技术 NA 转录组数据 超过50个真实空间转录组学数据集 NA 空间转录组学 NA NA
回到顶部