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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
101	2026-07-10	Spatial transcriptomics and single-nucleus RNA sequencing reveal rAAV2- and rAAV9-specific transduction signatures in the mouse liver 2026-05, Gene therapy IF:4.6Q2 DOI:10.1038/s41434-026-00600-w PMID:41813829	研究论文	本研究结合空间转录组学和单核RNA测序，揭示rAAV2和rAAV9载体在小鼠肝脏中的转导特征及性别差异	首次将空间转录组学与单核RNA测序相结合，系统绘制rAAV血清型、性别和肝小叶区域分布对转导及转录组变化的影响图谱	未明确提及研究局限性	探索rAAV血清型、性别和肝脏分区对转导及转录组变化的影响	雄性及雌性小鼠肝脏	数字病理学	NA	空间转录组学, 单核RNA测序	NA	空间转录组数据, 单核RNA测序数据	小鼠肝脏样本（具体数量未提）	NA	空间转录组学, 单核RNA测序	NA	NA
102	2026-07-10	Blockade of Tumor TAK1 Induces DNA Damage and Immunogenic cGAS-STING Pathway Activation in Pancreatic Cancer 2026-May-01, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2026.04.017 PMID:42070691	研究论文	研究通过抑制胰腺导管腺癌中的TAK1激酶，激活cGAS-STING通路诱发DNA损伤，增强免疫检查点抑制剂的疗效	首次揭示TAK1通过磷酸化Ephrin受体A2和RAD51维持基因组完整性的机制，并将TAK1抑制与免疫原性细胞死亡和肿瘤微环境重编程联系起来	未提及在人体临床试验中的疗效评估及长期安全性数据	探索靶向TAK1作为胰腺癌免疫治疗新策略的可能性	人类胰腺导管腺癌样本、基因工程小鼠模型及肿瘤-免疫细胞共培养体系	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化、蛋白质组学	NA	图像、文本	人类胰腺癌样本（具体数量未说明）、p48-Cre/Trp53f/f/LSL-KrasG12D基因工程小鼠模型	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
103	2026-07-10	A Muribaculaceae-enriched microbiota exacerbates TLR4-dependent Acinetobacter baumannii-induced hyperinflammatory sepsis 2026-Apr-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-026-72435-3 PMID:42062271	研究论文	本研究揭示了富含Muribaculaceae的肠道菌群通过TLR4依赖性过度炎症加剧鲍曼不动杆菌诱导的高炎症性败血症	首次发现特定肠道菌群配置（富含Muribaculaceae）通过TLR4依赖性方式调节宿主对鲍曼不动杆菌感染的炎症反应阈值，而非病原体清除能力，决定败血症结局	仅使用雌性C57BL/6小鼠模型，未在其他物种或性别中验证；未明确热稳定低分子量代谢物的具体化学身份	探究肠道菌群配置如何影响宿主对鲍曼不动杆菌诱导败血症的易感性及其分子机制	雌性C57BL/6小鼠及其肠道菌群，特别是Sangeribacter muris KT1-3菌株	机器学习	败血症	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	多个雌性C57BL/6小鼠群体	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'
104	2026-07-10	Spatial-aware detection of copy number alterations from spatial transcriptomics using SpaCNA 2026-Apr-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-026-72284-0 PMID:42056094	研究论文	提出一种名为SpaCNA的计算框架，用于从空间转录组数据中稳健检测拷贝数改变	整合多模态信息（基因表达与空间位置），利用隐藏马尔可夫随机场模型实现空间连续的CNA检测，并支持三维重建	未提及局限性	开发高精度检测空间转录组中拷贝数改变的方法，以分析肿瘤内异质性和空间肿瘤生物学	模拟数据及乳腺癌、结直肠癌、头颈鳞状细胞癌的真实空间转录组数据集	计算生物学	乳腺癌, 结直肠癌, 头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学	隐藏马尔可夫随机场	基因表达数据	多个模拟数据集及三组真实癌症数据集	NA	空间转录组学	NA	NA
105	2026-07-10	Tumor cell-derived IFN spatially reprograms osteopontin-enriched macrophage niches to promote PARP inhibitor resistance 2026-Apr-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI199035 PMID:41734034	研究论文	该研究通过整合空间分析、单细胞RNA测序和多重免疫组化，发现肿瘤细胞衍生的干扰素通过STAT信号诱导肿瘤相关巨噬细胞表达骨桥蛋白，形成免疫抑制性微环境，导致PARP抑制剂耐药	首次揭示肿瘤细胞来源的干扰素在空间上重编程骨桥蛋白富集的巨噬细胞微环境，建立干扰素-骨桥蛋白空间轴介导的PARP抑制剂耐药新机制，并证明骨桥蛋白可作为预后生物标志物和治疗靶点	未描述具体局限性	探究PARP抑制剂在高级别浆液性卵巢癌中耐药的空间免疫微环境机制	前瞻性新辅助尼拉帕利单药治疗临床试验中的初治高级别浆液性卵巢癌标本	数字病理学	卵巢癌	PhenoCycler-Fusion空间分析，单细胞RNA测序，多重免疫组化	NA	空间蛋白质组学数据，单细胞转录组数据，组织切片图像数据	来自前瞻性临床试验的卵巢癌患者标本，具体数量未标出	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	PhenoCycler-Fusion	PhenoCycler-Fusion空间分析平台
106	2026-07-10	A colon mimetic screening approach reveals Lactobacillus fermentum as a microbiome-based therapy for COPD 2026-04-14, NPJ biofilms and microbiomes IF:7.8Q1 DOI:10.1038/s41522-026-00978-w PMID:41980958	研究论文	通过结肠模拟个性化药物元分析筛选平台发现发酵乳杆菌作为慢性阻塞性肺疾病的微生物组疗法	首次利用结肠模拟个性化药物元分析筛选平台从重度COPD患者粪便样本中筛选出具有治疗潜力的发酵乳杆菌，并通过单细胞转录组学和粪便微生物组分析揭示其作用机制	研究仅处于临床前阶段，未进行人体临床试验验证	评估发酵乳杆菌对COPD的治疗效果及其作用机制	烟雾暴露小鼠模型	机器学习	慢性阻塞性肺疾病	RNA测序, 单细胞转录组学	个性化药物元分析筛选平台	基因表达数据, 微生物组数据	重度COPD患者粪便样本用于筛选，烟雾暴露小鼠用于治疗实验，具体样本数量未说明	NA	单细胞RNA测序, 粪便微生物组分析	NA	NA
107	2026-07-10	Spatially resolved osteoblast-traced transcriptomics uncovers TGF-β as a combination target with sclerostin in osteoporosis 2026-04-02, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-026-00521-9 PMID:41927532	研究论文	通过空间分辨的成骨细胞示踪转录组学揭示TGF-β作为与硬骨抑素联合治疗骨质疏松症的靶点	首次整合成骨细胞特异性谱系追踪与空间分辨激光激活细胞分选技术，在静息骨表面分析成骨细胞状态，并发现TGF-β信号调控成骨细胞激活，提出TGF-β与硬骨抑素双重抑制策略可更有效增强骨量并减轻骨丢失	未提及	阐明成骨细胞在活跃与静息状态间动态转变的调控机制，并探索骨质疏松症的新治疗靶点	成骨细胞状态及其在静息骨表面的空间分布	NA	骨质疏松症	空间分辨转录组学、单细胞RNA测序、谱系追踪、激光激活细胞分选	NA	转录组数据	小鼠后肢卸载模型	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA
108	2026-07-10	Exploring estrogen synthesis and metabolism related markers and immune dynamics in osteoporosis-insights from single-cell RNA sequencing and Mendelian randomization 2026-Apr, Experimental gerontology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.exger.2026.113070 PMID:41707912	研究论文	通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法，探索骨质疏松症中雌激素合成与代谢相关标志物及免疫动态变化	首次整合单细胞RNA测序与孟德尔随机化分析，识别出DDIT4作为骨质疏松症的风险因子，并构建了预测性能良好的诺模图	研究样本量有限，标记物的临床验证尚需更大规模队列研究支持	揭示骨质疏松症中雌激素合成与代谢相关基因标志物及其免疫机制，以改善诊断和治疗	骨质疏松症患者组织样本及公开数据库中的表达数据	机器学习	骨质疏松症	单细胞RNA测序、孟德尔随机化、qRT-PCR、Western blot	NA	基因表达数据	未明确样本数量，涉及公开数据库及实验验证样本	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
109	2026-07-10	Inflammasome adaptor ASC promotes sustained neuroinflammation and mild cognitive impairment in a closed-head injury model 2026-Apr-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI199818 PMID:41734021	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序分析闭合性轻度脑损伤模型，发现炎症小体接头蛋白ASC在神经炎症和轻度认知障碍中发挥关键作用	首次揭示ASC作为主要炎症小体接头蛋白在轻度闭合性脑损伤后持续神经炎症和认知缺陷中的关键作用	NA	探究闭合性轻度脑损伤后炎症小体相关基因的细胞表达及其功能意义	闭合性轻度脑损伤小鼠模型及其皮质组织	机器学习	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'测序
110	2026-07-10	RETN exacerbates sepsis by GBP5/NLRP3 signaling pathway-mediated pyroptosis of macrophage 2026-04, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-026-00387-1 PMID:41764353	研究论文	本文揭示RETN通过GBP5/NLRP3信号通路介导巨噬细胞焦亡加重脓毒症的作用机制	首次证明RETN/GBP5/NLRP3信号轴调控巨噬细胞焦亡加重脓毒症，为脓毒症发病机制研究和临床治疗提供新靶点	未提及具体研究局限性	探究RETN影响脓毒症病理生理的特异性通路	脓毒症患者巨噬细胞及小鼠模型	机器学	脓毒症	单细胞测序,RNA测序	NA	基因表达数据	脓毒症患者样本及小鼠模型	NA	单细胞RNA测序,批量RNA测序	NA	NA
111	2026-07-10	CPNE1: A novel therapeutic target for myopia progression - from genetic GWAS discovery to functional validation in vitro and vivo 2026-Mar-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-026-08050-z PMID:41888893	研究论文	通过遗传GWAS发现与功能验证，揭示CPNE1在近视进展中的新型治疗靶点作用	首次通过GWAS荟萃分析与SMR方法确定CPNE1为近视相关基因，并在体外和体内实验验证其通过调控巩膜重塑抑制眼轴伸长，提出了CPNE1作为近视治疗新靶点的创新观点	未提及具体局限性，但可能包括样本量限制或动物模型与人类疾病的差异	识别与近视相关的关键调控基因并验证CPNE1的治疗潜力	近视患者眼组织样本、透镜诱导近视（LIM）小鼠模型、巩膜成纤维细胞	基因组学	近视	全基因组关联研究（GWAS）、孟德尔随机化（MR）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、腺相关病毒（AAV）介导的基因过表达	LASSO回归，SMR，贝叶斯共定位分析	基因组数据、转录组数据、单细胞RNA数据	41,468例近视病例与817,202例对照（来自两个大规模GWAS）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
112	2026-07-10	Peripheral monocyte ratio as a predictive biomarker for metastasis-directed therapy in prostate cancer: insights from an exploratory study 2026-Mar-26, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-026-15854-1 PMID:41888707	研究论文	探索性研究发现外周血单核细胞比例可作为前列腺癌转移导向治疗的预测性生物标志物	首次提出外周血CD14高表达（经典）与CD14低表达（非经典）单核细胞比例可作为寡转移前列腺癌患者接受转移导向治疗（MDT）前的预测性生物标志物，并发现该比例与生化完全缓解和生化无进展显著相关	初步研究结果，样本量较小（26例），需进一步验证；单细胞RNA测序仅针对前列腺癌转移灶，未包含原发灶数据	探索寡转移前列腺癌患者在接受转移导向治疗（SBRT联合间歇性雄激素剥夺治疗）前的外周血单核细胞比例能否作为预测疗效的生物标志物	26例激素敏感性寡转移前列腺癌患者	机器学习	前列腺癌	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	外周血单核细胞数据、单细胞转录组数据	26例激素敏感性寡转移前列腺癌患者	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序平台用于分析前列腺癌转移灶
113	2026-07-10	Multi-omics integration reveals ANXA6-high γδ T cell-endothelial communication as a potential link between periodontitis and MASLD 2026-03-25, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-026-00690-7 PMID:41876560	研究论文	通过多组学整合策略揭示ANXA6-high γδ T细胞与内皮细胞通讯是牙周炎与代谢功能障碍相关脂肪性肝病共病的潜在联系	首次通过整合多组学数据发现ANXA6-high γδ T细胞-内皮细胞通讯作为牙周炎与MASLD共病的共享免疫特征，并鉴定ANXA6为关键跨疾病候选基因	NA	探究牙周炎与MASLD共病的分子基础，揭示共享的免疫特征和潜在治疗靶点	牙周炎和MASLD患者样本	机器学习和数字病理	牙周炎和代谢功能障碍相关脂肪性肝病	RNA-seq、空间转录组学、单细胞测序、机器学习	加权基因共表达网络分析	基因表达数据、空间转录组数据、单细胞转录组数据	NA	NA	bulk RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞RNA-seq	NA	NA
114	2026-07-10	Pseudomonas plecoglossicida disrupts intestinal homeostasis through manipulation of palmitoleic acid microbial metabolism 2026-03-24, NPJ biofilms and microbiomes IF:7.8Q1 DOI:10.1038/s41522-026-00963-3 PMID:41876561	研究论文	本研究利用单细胞测序、16S rDNA测序和代谢组学技术，揭示了非肠道病原菌斜生假单胞菌通过消耗棕榈油酸破坏斜带石斑鱼肠道稳态并导致厌食的机制	首次发现非肠道病原菌通过操纵宿主肠道微生物代谢产物（棕榈油酸）而非传统细胞因子途径诱导病理性厌食，并验证了外源棕榈油酸补充作为潜在治疗策略	未明确鉴定出与色氨酸衍生代谢物相关的关键细菌，且仅针对鱼类模型，未在哺乳动物中验证	探究非肠道病原菌感染如何通过肠道微生物和代谢稳态失调引起鱼类病理性厌食	斜带石斑鱼感染斜生假单胞菌模型	微生物组学	感染性疾病	单细胞测序, 16S rDNA测序, 代谢组学	NA	基因表达数据, 微生物组成数据, 代谢物数据	感染斜生假单胞菌的斜带石斑鱼肠道样本	NA	单细胞RNA-seq, 16S rRNA测序	NA	NA
115	2026-07-10	Identification of Smmhc-expressing mesenchymal cells in orofacial bone at single-cell resolution 2026-03-23, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-026-00518-4 PMID:41866504	研究论文	通过单细胞RNA测序鉴定口颌骨中表达Smmhc的间充质细胞	发现了一个此前未被识别的口颌骨间充质干细胞亚群Smmhc MSCs，并通过谱系示踪证明了其多能性和在颅面骨稳态中的关键作用	未明确说明，但基于摘要推断可能包括研究仅在小鼠模型中进行，结果向人类转化的有效性需进一步验证	阐明口颌骨间充质干细胞的异质性并鉴定关键亚群	小鼠口颌骨来源的间充质干细胞/基质细胞	数字病理学	颅面骨发育障碍	单细胞RNA测序	NA	单细胞基因表达数据	小鼠口颌骨组织样本	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'测序
116	2026-07-10	Neuronal and glial networks interact with traumatic brain injury to modulate cognition in ABCD study 2026-03-13, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-026-00681-8 PMID:41826372	研究论文	本研究通过整合基因与轻度创伤性脑损伤的交互作用全基因组关联研究和单细胞RNA测序基因调控网络，揭示神经元和胶质细胞网络如何影响儿童青少年创伤性脑损伤后的认知功能	首次将全基因组关联研究中的基因-创伤性脑损伤交互作用与单细胞RNA测序的基因调控网络相结合，在细胞类型和脑区层面揭示轻度创伤性脑损伤影响神经认知的分子机制	未明确提及研究局限性	阐明轻度创伤性脑损伤影响神经认知的细胞类型特异性关键调控因子和分子机制	来自青少年脑认知发展队列的儿童青少年及其学习记忆相关的神经认知表现	机器学习	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序, 全基因组关联研究	多基因风险评分模型	基因表达数据, 神经认知数据	基于青少年脑认知发展队列数据，具体样本量未明确说明	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	单细胞RNA测序基因调控网络分析
117	2026-07-10	A Chromosome-level Assembly and Functional Genomic Resources for the Model Annelid Capitella teleta 2026-Mar-02, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evag041 PMID:41732109	研究论文	通过整合长读长和短读长测序与Hi-C染色质构象捕获技术，构建了环节动物模式物种Capitella teleta的染色体水平核基因组和线粒体基因组参考组装，并提供了功能基因组资源	首次实现环节动物模式物种的染色体水平基因组组装，揭示了核基因组与线粒体基因组之间高度重排的进化模式，以及基因家族库与染色体进化之间的解耦现象	未提及具体局限性，但可能受限于实验室品系的遗传多样性代表性不足	提供环节动物模式物种C. teleta的最新基因组资源和功能基因组工具，推动进化发育生物学和比较基因组学研究	实验室品系的环节动物Capitella teleta	基因组学	NA	长读长测序, 短读长测序, Hi-C染色质构象捕获, RNA-seq, ATAC-seq, EM-seq	NA	基因组序列, 染色质构象, 转录组, 开放染色质, DNA甲基化	单个实验室品系	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, EM-seq	NA	NA
118	2026-07-10	A hybrid neighborhood enhanced contrastive learning and self-knowledge distillation method for scRNA-seq data clustering analysis 2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btag084 PMID:41706646	研究论文	提出一种结合混合邻域增强对比学习与自知识蒸馏的方法scKD，用于scRNA-seq数据聚类分析	首次将混合邻域增强对比学习与自知识蒸馏策略结合，提升scRNA-seq数据聚类准确性和稀有细胞亚型识别能力	需要依赖公开数据集验证，未涉及该方法在临床样本中的实际应用效果	解决scRNA-seq数据高维度、复杂性和噪声导致的细胞类型分类不准确问题	单细胞转录组测序数据中的细胞亚群	机器学习	NA	单细胞RNA测序	对比学习模型、自知识蒸馏网络	基因表达数据	多个公开单细胞数据集，具体数量见补充表1	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
119	2026-07-10	SCMO: a deep learning model integrating the single-cell resolution TME ecosystem and multi-omics for survival prediction in CRC patients 2026-Feb-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-07417-y PMID:41715092	研究论文	SCMO是一种结合单细胞分辨率肿瘤微环境生态系统和多组学数据的深度学习模型，用于结直肠癌患者生存预测	整合单细胞转录组图谱与多组学数据构建深度学习预测模型，利用空间转录组数据提高可解释性，并识别了新药物靶点TRAP1及抑制剂柴胡皂苷A	基于公开数据集构建模型，可能受限于数据的异质性和样本量；模型在测试集上长短期预测性能存在差异（如1年AUC为0.639）	提高结直肠癌患者生存预测的准确性并增强模型生物学可解释性	结直肠癌（CRC）患者	机器学习	结直肠癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学整合	自归一化神经网络, EcoTyper算法, Integrated Gradients算法	基因表达数据, 基因组数据, 临床数据, 微生物组数据, 空间转录组数据	213个CRC scRNA-seq样本，包含339,060个细胞；TCGA-CRC队列的bulk RNA-seq数据	Xena平台, BIC数据库	单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq	TCGA数据库	基于公共数据库的多组学数据整合分析
120	2026-07-10	Cerebral Venous Thrombosis in Previously Healthy Patients with Cryptococcal Meningitis 2026-Feb-18, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf653 PMID:41443253	研究论文	本研究调查了既往健康的非HIV隐球菌性脑膜炎患者中脑静脉窦血栓形成的临床特征	首次在非HIV的免疫正常隐球菌性脑膜炎患者队列中系统分析CVST的发生率、临床特征和潜在机制，并通过单细胞RNA测序探索炎症相关血栓形成基因表达	单中心回顾性研究，样本量较小，且未进行病例对照验证	揭示隐球菌性脑膜炎患者中脑静脉窦血栓形成的临床特征和潜在机制	既往健康的非HIV隐球菌性脑膜炎患者	数字病理学	隐球菌性脑膜炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	89例免疫正常隐球菌性脑膜炎患者	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'测序