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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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101 | 2025-09-02 |
Identification of Schwann Cells in Human Intracranial Arteries: Potential Regulatory Role in Atherosclerotic Plaque Progression
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202503033
PMID:40574459
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研究论文 | 本研究通过多模态分析揭示了人类颅内动脉中雪旺细胞的存在及其在动脉粥样硬化斑块进展中的潜在调控作用 | 首次在人类颅内动脉中鉴定雪旺细胞,并发现其与血管平滑肌细胞的增强互作及SPP1-ITGB1信号通路的潜在介导作用 | 样本量较小(n=16),且依赖尸检样本,可能限制临床直接推广 | 探究雪旺细胞在颅内动脉粥样硬化病理生物学中的作用及神经血管调控机制 | 人类颅内动脉样本(含斑块与非斑块区域)及雪旺细胞 | 神经血管生物学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、超微结构定量评估、细胞间通信分析 | NA | 组织样本、基因表达数据、超微结构图像 | 16例尸检捐赠者的颅内动脉样本 |
102 | 2025-09-02 |
Leveraging RNA-seq deconvolution to improve complex in vitro model characterization
2025-Jul-21, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110510
PMID:40701251
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研究论文 | 本文评估RNA-seq反卷积方法在复杂体外模型细胞组成分析中的应用与优化 | 利用公开scRNA-seq数据集通过反卷积方法预测复杂体外模型的细胞比例,并评估不同插补方法对反卷积准确性的提升 | 反卷积方法的准确性存在显著差异,需依赖不断增长的单细胞数据资源 | 开发复杂体外模型的表征方法以支持毒理学和药物研发 | 基于干细胞的人肠道类器官模型和新生啮齿动物睾丸模型 | 计算生物学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq, 反卷积分析 | NA | bulk RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据 | 两种复杂体外模型系统 |
103 | 2025-09-02 |
StemDriver: a knowledgebase of gene functions for hematopoietic stem cell fate determination
2024-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1063
PMID:37953308
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研究论文 | 介绍了一个名为StemDriver的综合性知识库,专注于造血干细胞命运决定中基因功能的注释 | 整合了42项研究的单细胞RNA测序数据,构建了从胚胎到成年期的造血全过程谱系图谱,并提供了标准化的数据分析流程 | NA | 为造血干细胞命运决定研究提供基因功能注释和数据分析支持 | 人类和小鼠的造血干细胞及相关基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 涵盖42项研究、14种组织类型,评估了人类23,839个基因和小鼠29,533个基因 |
104 | 2025-09-02 |
Amyloid-beta and tau pathologies act synergistically to induce novel disease stage-specific microglia subtypes
2022-12-17, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-022-00589-x
PMID:36536457
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了Aβ和tau病理在阿尔茨海默病进展中协同诱导新型疾病阶段特异性小胶质细胞亚型 | 发现了由Aβ和tau病理协同诱导的疾病阶段特异性小胶质细胞新亚型EADAM和LADAM,并鉴定Siglec基因作为AD进展的生物标志物 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证仍需扩大样本量 | 探究Aβ和tau病理如何调控阿尔茨海默病进展中的小胶质细胞亚型 | 小鼠模型和人类脑组织(额上回和内嗅皮层)的小胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq, snRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 多个疾病阶段的小鼠模型和人类脑组织样本(具体数量未明确说明) |
105 | 2025-09-01 |
Ontogeny-specific induction of the KMT2A::AFF1-fusion drives development of a distinct CD24 positive pre-leukemic state
2025-Sep, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02665-9
PMID:40646135
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研究论文 | 本研究通过新型小鼠模型揭示KMT2A::AFF1融合基因在胚胎期诱导产生的独特CD24阳性前白血病状态 | 开发了可精确诱导致癌基因的小鼠模型,首次发现胚胎环境中特异性扩增的CD24PreProB细胞亚群具有前白血病干细胞特征 | 模型虽与人类疾病相关但仍属动物研究,需进一步验证临床转化价值 | 探究KMT2A::AFF1融合基因在胚胎发育阶段引发白血病的起始机制 | 小鼠造血干细胞和祖细胞(HSPCs),人类KMT2A::AFF1白血病患者数据 | 血液肿瘤学 | 急性淋巴细胞白血病 | 单细胞转录组学,致癌基因诱导模型 | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据,细胞表型数据 | 未明确样本数量,但涉及小鼠模型和人类患者数据对比 |
106 | 2025-09-01 |
CD38⁺ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.29.667333
PMID:40766487
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研究论文 | 本研究通过微生物分析、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学揭示了快速进展性口腔炎症中CD38⁺内皮细胞重塑的空间特异性血管病变模式 | 首次发现CD38⁺内皮细胞扩张是快速进展性口腔炎症的空间特异性标志,并开发了三重空间分析方法AstroSuite | 样本量相对有限(总计59个样本),且主要聚焦于特定炎症类型 | 探究快速进展性口腔炎症(种植体周围炎和重度牙周炎)的细胞机制和空间结构特征 | 人类口腔黏膜组织样本,包括种植体周围炎和不同严重程度的牙周炎组织 | 数字病理学 | 口腔炎症疾病 | scRNA-seq, 空间蛋白质组学, 激光捕获显微切割, 微生物组分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间蛋白质组数据, 微生物组数据 | 总计59个样本(36个scRNA-seq样本,15个空间蛋白质组样本,8个配对活检样本),共683,792个细胞 |
107 | 2025-09-01 |
Quantum Annealing for Enhanced Feature Selection in Single-Cell RNA Sequencing Data Analysis
2025-Aug-15, ArXiv
PMID:40832053
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研究论文 | 本研究利用量子退火驱动的QUBO方法改进单细胞RNA测序数据中的特征选择 | 将量子退火技术应用于scRNA-seq数据特征选择,相比传统方法能识别更复杂的基因表达模式 | NA | 提升单细胞RNA测序数据分析中特征选择的效率和准确性 | 人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究中的scRNA-seq数据 | 机器学习 | 癌症 | scRNA-seq | QUBO | 基因表达数据 | NA |
108 | 2025-09-01 |
Exosomal gene signature in esophageal carcinoma: Insights from single-cell and bulk RNA sequencing
2025-Aug-14, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102490
PMID:40816225
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研究论文 | 本研究结合单细胞和bulk RNA测序数据,开发并验证了一个与食管癌外泌体相关的九基因风险特征模型 | 首次整合单细胞和bulk RNA测序数据构建外泌体相关基因特征,并实验验证HAPLN3的肿瘤抑制功能 | 需要在外泌体特异性免疫治疗队列中进行进一步验证 | 开发食管鳞状细胞癌的预后生物标志物并探索其免疫治疗指导潜力 | 食管鳞状细胞癌(ESCA)患者 | 生物信息学 | 食管癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归 | 九基因风险模型 | RNA测序数据 | TCGA-ESCA、GSE53625、GSE196756等多个队列数据 |
109 | 2025-09-01 |
Coxiella burnetii strains elicit distinct inflammatory responses in human macrophages
2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.10.669536
PMID:40832301
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研究论文 | 研究不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人肺泡巨噬细胞后引发的差异化炎症反应 | 首次通过单细胞RNA测序揭示巨噬细胞对Coxiella burnetii感染的异质性反应,并比较不同毒力菌株的免疫激活特征 | 研究仅关注体外巨噬细胞模型,未涉及体内免疫应答或临床相关性验证 | 解析宿主-病原体相互作用机制,为Q热靶向治疗提供理论基础 | 人肺泡巨噬细胞(hAMs)和三种Coxiella burnetii菌株(NMI, NMII, Dugway) | 感染免疫学 | Q热 | RNA测序,单细胞RNA测序,细胞因子检测 | NA | 转录组数据 | 人肺泡巨噬细胞样本(具体数量未明确说明) |
110 | 2025-09-01 |
Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication
2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020
PMID:40798884
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研究论文 | 研究发现人肺来源的外泌体通过细胞间通讯增强造血干细胞的自我更新和移植能力 | 首次揭示肺细胞通过外泌体通讯调控造血干细胞稳态,突破传统骨髓微环境单一调控的认知 | 研究主要基于实验条件,临床转化潜力尚需进一步验证 | 探究肺源外泌体对造血干细胞功能的调控机制 | 人造血干细胞和肺小气道上皮细胞 | 细胞生物学 | 血液疾病(镰状细胞病、骨髓衰竭) | 单细胞外泌体追踪、单细胞RNA测序、外泌体miRNA分析、蛋白质组学、体内移植实验 | NA | 单细胞测序数据、miRNA数据、蛋白质数据 | NA(未明确样本数量,但涉及原代细胞实验和移植研究) |
111 | 2025-09-01 |
Identification of a unique subpopulation of mucosal fibroblasts in colorectal cancer with tumor-restraining characteristics
2025-Aug-05, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.mocell.2025.100263
PMID:40759242
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研究论文 | 本研究通过多组学数据分析鉴定出结直肠癌中一种具有肿瘤抑制特性的独特黏膜成纤维细胞亚群 | 首次在结直肠癌中发现并表征表达ADAMDEC1/CXCL14/EDNRB/PROCR的肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞(Tr-CAFs)亚群 | NA | 探究结直肠癌中肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞的存在及其特征 | 结直肠癌样本中的成纤维细胞亚群 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, TCGA RNA-seq, 免疫组织化学 | NA | 基因组数据, 表观遗传数据, 组织学图像 | 多个结直肠癌数据集(包含单细胞和批量测序数据) |
112 | 2025-09-01 |
High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer
2025-Jul-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx3800
PMID:40705858
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研究论文 | 介绍PEtracer技术,一种基于prime editing的演化谱系追踪方法,用于高分辨率绘制细胞状态和谱系动态 | 开发了兼容单细胞测序和多模态成像的prime editing谱系追踪技术,可在保留组织空间背景的同时联合分析细胞状态和谱系 | NA | 绘制发育和疾病中细胞命运决定的时空动态 | 小鼠肿瘤转移模型中的细胞 | 生物技术 | 肿瘤 | prime editing, MERFISH空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据,成像数据 | NA |
113 | 2025-09-01 |
Spatial isoform sequencing at sub-micrometer single-cell resolution reveals novel patterns of spatial isoform variability in brain cell types
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.25.661563
PMID:40667010
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研究论文 | 开发并应用高分辨率空间异构体测序技术Spl-ISO-Seq2,揭示小鼠大脑中细胞类型内空间异构体变异的新模式 | 实现220纳米点大小和500纳米分辨率的亚微米单细胞分辨率空间测序,首次在兴奋性神经元等特定细胞类型中证实空间异构体变异的存在 | NA | 解析大脑空间转录组中异构体水平的变异模式,区分细胞类型内变异与区域间细胞丰度差异 | 成年小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | NA | Spl-ISO-Seq2, 长读长测序 | NA | 空间转录组数据 | NA |
114 | 2025-09-01 |
Hepatocyte Apolipoprotein J Accelerates Injury-induced Liver Fibrosis by Activation Signal Transducer and Activator of Transcription 3 Through Ranbp2 Mediated-SUMOylation
2025-Jun-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101556
PMID:40545037
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研究论文 | 本研究探讨肝细胞载脂蛋白J通过Ranbp2介导的SUMO化激活STAT3通路,加速损伤诱导的肝纤维化进程 | 首次揭示ApoJ通过促进STAT3的K679位点SUMO化增强其核转位,激活STAT3通路并驱动肝星状细胞活化的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类临床验证尚需进一步开展 | 阐明肝细胞ApoJ调控STAT3通路介导肝星状细胞活化的旁分泌信号机制 | 肝细胞、肝星状细胞、小鼠模型和肝硬化患者单细胞RNA测序数据 | 分子病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序、基因敲除和过表达模型、细胞培养上清处理 | NA | 基因表达数据、病理学数据 | 肝硬化患者和健康对照的单细胞RNA测序数据集,以及多种肝纤维化小鼠模型 |
115 | 2025-09-01 |
A novel frameshift mutation in Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 1 ( PIK3R1 ) causes immunodeficiency and Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS)
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655625
PMID:40568112
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研究论文 | 本文报道了一种PIK3R1基因的新型移码突变导致免疫缺陷和肌萎缩侧索硬化(ALS)的机制研究 | 首次发现PIK3R1 c.1710dup突变通过单倍体不足导致AKT激活、神经元电功能紊乱和凋亡增加,揭示了该突变在神经功能与存活中的新作用 | NA | 探究PIK3R1基因突变导致免疫缺陷和ALS的分子机制 | 携带PIK3R1 c.1710dup突变的患者来源iPSC、运动神经元及脑类器官 | 分子遗传学 | 肌萎缩侧索硬化 | iPSC技术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、通路分析 | NA | 基因测序数据、RNA表达数据 | 1例患者及匹配对照的细胞和类器官模型 |
116 | 2025-09-01 |
Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data
2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643160
PMID:40161614
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研究论文 | 提出基于图神经网络的细胞分割工具Segger,用于成像空间转录组数据中快速准确的转录本-细胞分配 | 将细胞分割转化为转录本-细胞链接预测任务,利用异构图表示和单细胞RNA-seq信息提升分配准确性 | NA | 解决成像空间转录组技术中转录本细胞来源分配的准确性问题 | 成像空间转录组数据中的细胞和转录本 | 数字病理学 | NA | 成像空间转录组技术,单细胞RNA-seq | 图神经网络(GNN) | 空间转录组成像数据 | 多个Xenium数据集基准测试 |
117 | 2025-09-01 |
Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus
2024-Dec-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5398491/v1
PMID:39711562
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研究论文 | 介绍DBiTplus技术,整合基于测序和成像的空间组学方法在同一组织切片上实现转录组和蛋白质组的空间映射 | 开发了DBiTplus多模态空间组学方法,首次在同一组织切片上结合测序空间转录组和成像空间蛋白质分析,实现单细胞分辨率细胞分型和基因组尺度通路研究 | NA | 推进对异质性细胞过程的理解并连接细胞类型与功能 | 小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织 | 空间组学 | 淋巴瘤 | 空间转录组测序、CODEX高复用蛋白质成像、微流控DNA寡核苷酸递送、RNaseH酶处理 | NA | 空间转录组数据、蛋白质成像数据 | 多种组织类型包括小鼠胚胎、人淋巴结和淋巴瘤FFPE样本 |
118 | 2025-09-01 |
Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624562
PMID:39605372
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研究论文 | 本研究探讨了双特异性磷酸酶1(DUSP1)在伯氏疏螺旋体脂蛋白调控巨噬细胞炎症通路中的作用 | 应用单细胞RNA测序和无偏蛋白质组学方法,首次揭示DUSP1在早期宿主响应中的上调及其对NLRP3炎症信号和线粒体变化的双向调控作用 | 研究基于小鼠骨髓来源巨噬细胞模型,结果向人体或自然宿主的直接推广需进一步验证 | 解析宿主细胞对伯氏疏螺旋体脂蛋白的响应机制,并探索DUSP1作为治疗靶点的潜力 | 小鼠骨髓来源巨噬细胞(BMDMs) | 免疫学与感染性疾病 | 莱姆病 | scRNA-Seq, 蛋白质组学分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | 用不同浓度脂蛋白处理的小鼠BMDMs样本 |
119 | 2025-09-01 |
Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus
2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.07.622523
PMID:39605581
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研究论文 | 提出DBiTplus方法,整合基于测序和成像的空间组学技术,在同一组织切片上实现转录组和蛋白质组的空间映射 | 开发了结合空间转录组测序和高通量蛋白质成像的统一工作流程,首次实现同一组织切片的单细胞分辨率多模态空间组学分析 | NA | 开发整合多模态空间组学技术的方法,以促进对异质性细胞过程的理解 | 小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织 | 空间组学 | 淋巴瘤 | 空间转录组测序、CODEX蛋白质成像、微流控DNA寡核苷酸递送 | NA | 空间转录组数据、蛋白质成像数据 | 多种组织类型(包括小鼠胚胎、人淋巴结和淋巴瘤组织) |
120 | 2025-09-01 |
Spatiotemporal lineage tracing reveals the dynamic spatial architecture of tumor growth and metastasis
2024-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.21.619529
PMID:39484491
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研究论文 | 本研究整合空间转录组学和谱系追踪技术,揭示肺腺癌模型中肿瘤生长、可塑性和转移与微环境重塑的协同演化 | 结合高分辨率空间转录组学与动态谱系追踪技术,首次在时空维度解析肿瘤亚克隆与微环境的共进化关系 | 研究基于小鼠模型,人类肿瘤的适用性需进一步验证 | 阐明肿瘤细胞状态与微环境结构如何协同促进肿瘤进展 | Kras驱动的肺腺癌小鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学, 谱系追踪 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠模型样本(具体数量未明确说明) |