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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-04-23 |
Spatial transcriptomics for gene discovery identifies Slc13a5 as a modulator of bone mechanoadaptation
2026-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.11.711126
PMID:41958988
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,在小鼠胫骨中识别了机械负荷诱导的基因表达变化,并发现Slc13a5作为骨机械适应性的调节因子 | 首次应用空间转录组学(GeoMx, NanoString)在骨组织中系统分析机械负荷下的基因表达空间变化,并验证了跨平台一致性基因 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;空间转录组学技术可能受限于分辨率和样本数量 | 识别骨机械适应性的关键分子调节因子,以开发针对骨脆性增加的治疗策略 | 小鼠胫骨的骨膜和骨组织区域,特别是在张力和压缩区域 | 空间转录组学 | 骨脆性疾病 | 空间转录组学,RNA-seq,激光捕获显微切割 | NA | 空间基因表达数据,RNA-seq数据 | 小鼠胫骨样本,具体数量未在摘要中明确说明 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx空间转录组学平台 |
| 102 | 2026-04-23 |
STEVE: Single-cell Transcriptomics Expression Visualization and Evaluation
2026-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.10.710898
PMID:41959208
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研究论文 | 本文介绍了一个名为STEVE的定量框架,用于评估单细胞RNA测序研究中细胞类型注释的准确性、稳健性和可重复性 | STEVE是首个系统性框架,以数据集特定方式或完整分析流程为背景,评估细胞类型注释的稳健性,并整合了三个互补的评估模块 | NA | 开发一个框架来评估和提升单细胞RNA测序中细胞类型注释的准确性和可重复性 | 单细胞RNA测序数据及其细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 四个独立的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 103 | 2026-04-23 |
Downregulated lysyl oxidase in plasma extracellular vesicles: a biomarker linked to brain metastasis risk in lung adenocarcinoma
2026-Mar-12, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-026-04785-0
PMID:41814259
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研究论文 | 本研究通过多组学框架,鉴定出血浆细胞外囊泡中下调的赖氨酰氧化酶(LOX)可作为肺腺癌脑转移风险的生物标志物 | 首次将血浆细胞外囊泡来源的LOX蛋白确立为肺腺癌脑转移的非侵入性生物标志物,并提出了PI3K/AKT-LOX-ECM调控轴在脑转移中的潜在作用模型 | 样本量相对有限(发现队列59例,验证队列158例),功能机制研究主要在体外进行,需要更大规模的前瞻性队列和体内实验进一步验证 | 鉴定与肺腺癌脑转移相关的血浆细胞外囊泡来源的蛋白质生物标志物 | 肺腺癌患者(IV期)的血浆细胞外囊泡及组织样本 | 生物信息学与机器学习 | 肺癌 | 数据非依赖性采集质谱蛋白质组学、单细胞转录组学、Western blot、ELISA | LASSO、随机森林(RF)、支持向量机(SVM) | 蛋白质组数据、转录组数据、临床数据 | 发现队列:59例IV期肺腺癌患者(30例脑转移 vs 29例非脑转移);验证队列:158例独立血浆样本;组织蛋白质组学:13例 | NA | 单细胞转录组学、质谱蛋白质组学 | NA | NA |
| 104 | 2026-04-23 |
Transcriptome combined with single-cell data to construct a prognostic model for glycosylation-related genes in osteosarcoma
2026-Mar-12, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04761-3
PMID:41820703
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研究论文 | 本研究通过整合转录组和单细胞数据,构建了骨肉瘤中糖基化相关基因的预后模型 | 结合单细胞RNA测序数据与转录组数据,首次系统性地构建了骨肉瘤中糖基化相关基因的预后模型,并识别了关键细胞类型 | 研究依赖于公开数据集,可能受样本异质性限制,且未进行实验验证 | 构建骨肉瘤中糖基化相关基因的预后模型,并探索其分子机制 | 骨肉瘤患者样本 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | LASSO回归, Cox回归 | 基因表达数据 | 多个数据集(GSE36001, TARGET-OS, GSE21257, GSE152048)中的骨肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2026-04-23 |
HIF3A-mediated aberrant activation of TXNIP promotes Alzheimer's disease progression
2026-Mar-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-43404-z
PMID:41807716
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了阿尔茨海默病中星形胶质细胞HIF3A通过上调TXNIP表达介导异常氧化应激反应的分子机制 | 首次在单细胞水平系统评估AD中氧化应激的细胞类型特异性,并通过整合机器学习方法鉴定出HIF3A-TXNIP轴作为星形胶质细胞氧化应激的关键调控通路 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内动物模型验证;样本量未明确说明,可能影响结论的普适性 | 阐明阿尔茨海默病中细胞类型特异性的氧化应激机制,并鉴定关键调控基因 | 阿尔茨海默病患者脑组织样本(通过单细胞RNA测序数据集分析) | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,机器学习,蛋白质相互作用网络分析,功能验证实验 | 机器学习(未指定具体模型类型) | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 106 | 2026-04-23 |
Perivascular mesenchymal cells instruct ST2+ reparative macrophages to promote endovascular injury-induced neointimal hyperplasia in mice
2026-Mar-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68587-x
PMID:41794821
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了血管周围间充质细胞通过IL33-ST2-OPN轴调控ST2+修复性巨噬细胞,促进血管损伤后新生内膜增生的机制 | 首次定义了IL33-ST2-OPN轴在血管周围间充质细胞与修复性巨噬细胞功能互作中的关键作用,并提出了靶向该轴的治疗策略 | 研究仅基于雄性小鼠模型,未探讨性别差异;机制研究主要依赖体外实验,体内验证有限 | 探究血管损伤后免疫-基质细胞互作机制及新生内膜增生的调控途径 | 小鼠血管损伤模型中的血管周围间充质细胞、ST2+巨噬细胞和血管平滑肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序、siRNA递送、水凝胶介导的局部给药 | 小鼠血管损伤模型 | 单细胞测序数据、组织学图像 | 未明确样本数量,基于小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 107 | 2026-04-23 |
Selective weakening of population-coupled synaptic activity in vivo in a mouse model of amyloid-beta pathology
2026-Mar-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69866-3
PMID:41794826
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研究论文 | 本研究通过体内成像和空间转录组学技术,探讨了阿尔茨海默病早期阶段淀粉样蛋白病理中突触功能障碍的机制 | 揭示了早期AD突触病理并非全局性,而是集中于与群体活动强烈耦合的GABA能突触,并首次在体内发现兴奋性和抑制性神经元组装体中钙介导活动增加 | 研究仅基于App小鼠模型,未在人类样本中验证,且早期阶段观察可能无法完全反映疾病进展 | 探究阿尔茨海默病早期淀粉样蛋白病理中突触功能障碍的空间特异性和分子机制 | App转基因小鼠模型中的兴奋性神经元、抑制性神经元、GABA能轴突末梢和兴奋性树突棘 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 体内突触结构/功能成像、空间转录组学、钙成像 | NA | 图像、转录组数据 | App小鼠模型(具体数量未明确) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 108 | 2026-04-23 |
AI-enabled single-cell dissection of the palmitoylation landscape identifies a multicellular prognostic program in gastric cancer
2026-Mar-07, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01359-4
PMID:41794921
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研究论文 | 本研究利用AI技术结合单细胞RNA测序和空间转录组学,解析了胃癌中蛋白质S-棕榈酰化景观,并识别出一个多细胞预后程序 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量队列数据,系统描绘胃癌中棕榈酰化相关状态,并识别出与不良预后相关的多细胞特征 | 样本量相对有限(25个肿瘤),且主要基于观察性数据,需要进一步功能验证和临床试验确认 | 探究蛋白质S-棕榈酰化如何塑造胃癌肿瘤生态系统并影响临床结局 | 胃癌肿瘤组织中的恶性细胞、免疫细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | AI模型(具体未指定,可能涉及机器学习或深度学习) | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据, 批量RNA测序数据 | 119,931个细胞来自25个胃癌肿瘤 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录omics | NA | NA |
| 109 | 2026-04-23 |
Combining AI to reveal CCDC3-mediated pathways of colorectal cancer liver metastasis
2026-Mar-07, NPJ digital medicine
IF:12.4Q1
DOI:10.1038/s41746-026-02457-0
PMID:41792471
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序与人工智能分析,揭示了CCDC3介导的结直肠癌肝转移新通路 | 首次发现CAF来源的CCDC3基因通过CCDC3/CXCR3/STAT3/CDT1信号轴驱动染色体不稳定性和肝转移 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化仍需进一步验证 | 探究结直肠癌肝转移中染色体不稳定性的调控机制 | 结直肠癌肝转移组织、癌症相关成纤维细胞、肿瘤细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 非负矩阵分解, 生物知识图谱分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 110 | 2026-04-23 |
Cuproptosis-associated PDHA1 promotes sarcoma progression and immunotherapy responsiveness via the E2F1-PD-L1 axis: a multi-omics and clinical validation study
2026-Mar-06, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01298-0
PMID:41792370
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研究论文 | 本研究通过整合多组学、功能及临床分析,揭示了铜死亡相关基因PDHA1通过E2F1-PD-L1轴驱动肉瘤进展和免疫逃逸,并预测免疫检查点阻断反应 | 首次将铜死亡相关代谢基因PDHA1与肉瘤的免疫微环境调控及免疫治疗反应性联系起来,并阐明了其通过E2F1转录激活PD-L1的分子机制 | 研究主要基于回顾性队列和临床前模型,需要在更大规模的前瞻性临床试验中进一步验证PDHA1作为生物标志物的临床实用性 | 探究PDHA1在肉瘤进展、免疫逃逸及免疫治疗反应中的作用机制 | 肉瘤组织样本、细胞系、3D球体、异种移植模型及TCGA/GEO/ICGC等公共数据库中的肉瘤患者数据 | 多组学分析 | 肉瘤 | 单细胞RNA测序、多组学整合分析、多重免疫荧光、甲基化分析、功能验证实验 | NA | 基因组、转录组、表观基因组数据及临床数据 | TCGA、GEO、ICGC等多个公共队列中的肉瘤患者样本,以及研究内部收集的临床样本和细胞模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 111 | 2026-04-23 |
Early cAMP signaling orchestrates single-cell synchronicity throughout Dictyostelium development
2026-Mar-06, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09806-5
PMID:41792273
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了cAMP信号在调控盘基网柄菌发育过程中单细胞同步性的关键作用 | 首次在单细胞水平定量分析发育同步性,并发现早期cAMP信号是建立和维持同步性的关键调控因子 | 研究聚焦于模式生物盘基网柄菌,结论在其他生物系统中的普适性有待验证 | 探究生物发育过程中单细胞转录组同步性的调控机制 | 盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum)的发育过程 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量(涉及发育不同阶段的单细胞) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 112 | 2026-04-23 |
Exploring the human brain: spatial transcriptomics challenges and approaches in post-mortem analysis
2026-Mar-05, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awaf452
PMID:41349001
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综述 | 本文回顾了空间转录组学技术在人类大脑死后分析中的应用、挑战与机遇 | 系统比较了空间转录组学工具,并总结了其在人类大脑研究中的具体应用与挑战 | NA | 探讨空间转录组学在人类大脑研究中的挑战与机遇,为研究人员提供指导 | 人类大脑 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 空间转录组学 | NA | mRNA表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 113 | 2026-04-23 |
Roles of central nervous system resident and recruited macrophages in the brain barrier system
2026-Mar-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00986
PMID:39885670
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综述 | 本文综述了大脑屏障系统中巨噬细胞(包括小胶质细胞、边界相关巨噬细胞和募集巨噬细胞)的起源、发育、重要分子和功能,并强调了单细胞测序等新技术带来的进展 | 聚焦于大脑屏障系统中的巨噬细胞亚群,系统梳理了其起源、分子特征和功能,并整合了单细胞测序等新技术的最新发现 | 是一篇综述性文章,未报告原始实验数据或提出新的理论模型 | 总结大脑屏障系统中巨噬细胞的生物学特性、功能及研究进展 | 大脑屏障系统中的巨噬细胞,主要包括小胶质细胞和边界相关巨噬细胞 | 神经免疫学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 114 | 2026-04-23 |
Molecular mechanisms after optic nerve injury: Neurorepair strategies from a transcriptomic perspective
2026-Mar-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00794
PMID:40313107
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综述 | 本文从转录组学角度综述了视神经损伤后的分子机制,并探讨了神经修复策略 | 整合单细胞转录组学、转录组分析和芯片分析,揭示了视神经损伤和青光眼诱导的神经元退行性变的分子机制,并识别了与视网膜神经节细胞保护和再生相关的基因及关键转录因子 | 综述性质文章,未涉及原始实验数据,未来需结合多组学方法和计算模型进行更深入的研究 | 阐明视神经损伤的分子机制并探索神经修复策略 | 视网膜神经节细胞 | 数字病理学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 芯片分析, CRISPR-Cas9筛选, ATAC-seq分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 高通量测序, ATAC-seq | NA | NA |
| 115 | 2026-04-23 |
Scavenging of Isolevuglandins Attenuates Neutrophil Migration and Neutrophil Extracellular Trap Formation in Systemic Lupus Erythematosus
2026-Mar, ACR open rheumatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/acr2.90015
PMID:41852193
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研究论文 | 本研究探讨了异戊二烯醛在系统性红斑狼疮中通过驱动中性粒细胞迁移和中性粒细胞胞外陷阱形成促进自身免疫和血管炎症的作用 | 首次证明异戊二烯醛清除剂能有效抑制SLE患者和小鼠模型中的NETosis,揭示了isoLGs在SLE病理中的新机制 | 样本量较小(SLE患者n=6,小鼠n=11-15),且研究主要基于体外和动物模型,需进一步临床验证 | 探究异戊二烯醛在系统性红斑狼疮中性粒细胞胞外陷阱形成和疾病活动中的作用 | 系统性红斑狼疮患者的中性粒细胞和SLE易感小鼠的淋巴组织 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 免疫荧光、单细胞测序、流式细胞术 | NA | 图像、序列数据、流式数据 | SLE患者6例,B6.SLE123小鼠11-15只 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 116 | 2026-04-23 |
The PKA/MBD2 Axis Transcriptionally Represses INPP5A to Modulate PI3K/Akt Signaling and Accelerate Pituitary Tumorigenesis
2026-Mar, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1002/cns.70817
PMID:41857481
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研究论文 | 本研究探讨了INPP5A在垂体神经内分泌肿瘤恶性进展中的调控作用及分子机制,重点关注其与PI3K/Akt信号通路和表观遗传调控因子MBD2的相互作用 | 揭示了PKA/MBD2轴通过转录抑制INPP5A来调节PI3K/Akt信号通路并加速垂体肿瘤发生的新机制 | 研究样本量相对有限(62例患者),且主要基于体外和临床样本分析,缺乏深入的体内功能验证 | 研究INPP5A在垂体神经内分泌肿瘤恶性进展中的调控作用及分子机制 | 垂体神经内分泌肿瘤(PitNETs)患者样本及肿瘤细胞 | 分子生物学与肿瘤学 | 垂体神经内分泌肿瘤 | 单细胞测序、免疫荧光染色、统计分析 | NA | 单细胞测序数据、临床样本数据 | 62例垂体神经内分泌肿瘤患者样本 | NCBI | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 117 | 2026-04-23 |
Chronic cerebral hypoperfusion exacerbates amyloid and tau pathology by impairing glymphatic transport via AQP4- and VEGF-mediated pathways: insights from a vascular to mixed-type dementia model
2026-Mar, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.71290
PMID:41841574
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研究论文 | 本研究探讨慢性脑低灌注通过影响AQP4和VEGF通路损害类淋巴运输,加剧淀粉样蛋白和tau蛋白病理,从而促进血管性向混合型痴呆转化的机制 | 首次在APP/PS1和野生型小鼠模型中,结合对比增强MRI、实时股静脉成像和单细胞RNA测序,揭示了CCH通过AQP4去极化和VEGF抑制损害类淋巴功能的具体分子通路 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;未探讨其他潜在通路或长期干预效果 | 阐明慢性脑低灌注导致认知障碍的机制,特别是通过类淋巴系统功能障碍促进淀粉样蛋白和tau蛋白积累的途径 | APP/PS1转基因小鼠和野生型小鼠 | 神经科学 | 痴呆(包括血管性和混合型) | 单细胞RNA测序、对比增强磁共振成像、实时股静脉成像、免疫荧光染色 | NA | 图像、序列数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及APP/PS1和野生型小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 118 | 2026-04-23 |
Population and single-cell analyses reveal immune cell-specific expression profiles associated with Alzheimer's disease risk
2026-Mar, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.71282
PMID:41866337
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和共定位分析,结合单细胞表达数量性状位点数据与阿尔茨海默病全基因组关联研究,揭示了免疫细胞特异性基因表达与阿尔茨海默病风险的关联 | 首次在单细胞水平上整合未刺激和刺激状态的外周免疫细胞数据,结合空间转录组学识别脑浸润免疫细胞,明确了特定基因在免疫细胞类型和状态中的特异性表达与阿尔茨海默病风险的关系 | 研究主要基于遗传关联分析,需进一步实验验证基因功能机制;样本量虽大,但可能受人群异质性影响 | 探究外周免疫系统失调与阿尔茨海默病风险之间的细胞类型特异性机制 | 外周免疫细胞(包括未刺激和刺激状态)及阿尔茨海默病患者脑组织样本 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化、共定位分析、单细胞表达数量性状位点分析、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、全基因组关联研究数据、空间转录组数据 | 全基因组关联研究样本量455,258人,单细胞数据未明确样本数 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 119 | 2026-04-23 |
GALA: a unified landmark-free framework for coarse-to-fine spatial alignment across resolutions and modalities in spatial transcriptomics
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag181
PMID:42007518
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研究论文 | 本文提出了一种名为GALA的统一、无标记点框架,用于解决空间转录组学中跨分辨率和跨模态的空间对齐问题 | GALA框架将全局仿射变换与局部微分同胚变形耦合在单一优化过程中,并通过模态感知栅格化将转录组和组学数据统一到共享网格中,实现了无需标记点的跨分辨率、跨模态对齐 | NA | 开发一个能够克服技术变异(如几何畸变、平台驱动的分辨率和模态差异)的统一空间对齐框架 | 人类和小鼠的空间转录组学数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 遗传算法引导的大变形对齐(GALA) | 空间转录组数据、组织学数据 | 多种人类和小鼠数据集(具体数量未在摘要中说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 120 | 2026-04-23 |
[Shared mechanisms of obesity and male infertility and prediction of natural therapeutics based on machine learning and single-cell sequencing]
2026-Mar, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学、机器学习方法和单细胞测序,探索了肥胖与男性不育的共同机制,并预测了潜在天然化合物及中药治疗策略 | 首次结合机器学习算法(随机森林、LASSO回归、SVM)与单细胞测序分析,系统揭示肥胖与男性不育在免疫炎症调控和细胞分化功能障碍方面的共病分子机制,并基于CMap和TCMSP平台预测天然化合物及中药靶点 | 研究依赖于公共数据库(GEO)的回顾性数据,缺乏实验验证;样本来源和规模可能限制结果的普适性;预测的天然化合物和中药需进一步体内外实验确认 | 阐明肥胖与男性不育的共病分子机制,并预测潜在天然化合物及中药干预策略 | 肥胖与男性不育患者的基因表达数据、单细胞测序数据(脂肪组织和睾丸组织) | 机器学习 | 男性不育 | 单细胞测序、生物信息学分析、机器学习算法(随机森林、LASSO回归、SVM)、分子对接 | 随机森林、LASSO回归、SVM | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |