单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 41304 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-07-08 |
Predictive modeling of molecular activity underlying physical cell-cell interactions
2026-Feb-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101301
PMID:41672069
|
研究论文 | 提出了一种名为Gloss的预测建模框架，系统性地将基因和通路活性与LIPSTIC测量的细胞间直接物理相互作用强度联系起来 | 首次将组套索回归应用于单细胞RNA测序数据，构建预测模型以关联分子活性与细胞间物理相互作用强度，优于传统相关分析和标准回归方法 | 未明确讨论方法局限性 | 开发一种计算框架，利用LIPSTIC和scRNA-seq联合数据，系统性地识别驱动细胞间直接物理相互作用的基因和通路 | 小鼠肿瘤中抗Ctla4免疫治疗期间的髓系-T细胞相互作用，以及病毒感染过程中不同T细胞亚群间的相互作用 | 机器学习 | 肿瘤, 病毒感染 | LIPSTIC, 单细胞RNA测序 | 组套索回归 | 基因表达数据（单细胞转录组） | 多个数据集和基准测试，具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 102 | 2026-07-08 |
RMzyme: regulations of RNA-modifying enzymes in humans
2026-Feb-12, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02568-2
PMID:41672979
|
研究论文 | 通过378个多组学数据集对人类RNA修饰酶进行大规模特征描述，揭示其在细胞功能与疾病中的调控机制 | 首次整合基因组学、单细胞转录组学、表观转录组学等多维度数据，系统解析RNA修饰蛋白的细胞类型特异性调控网络，并开发RMzyme综合平台 | 未明确说明局限性 | 系统阐明人类RNA修饰酶的调控机制及其在疾病中的功能 | RNA修饰蛋白及其在63种人类组织中的多组学数据 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 多组学整合分析、单细胞转录组学、表观转录组学 | 非负矩阵分解 | 基因组、转录组、单细胞转录组、表观转录组、蛋白质组、翻译后修饰数据 | 378个多组学数据集，涵盖63种人类组织 | 未提及 | 单细胞RNA测序 | 未提及 | 未提及 |
| 103 | 2026-07-08 |
A dual-action nanoparticle approach for spinal cord injury treatment: ferroptosis inhibition, inflammation control, and Myelin preservation
2026-Feb-12, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04114-w
PMID:41673859
|
研究论文 | 提出了一种双作用纳米颗粒策略，通过抑制铁死亡、控制炎症和维持髓鞘来治疗脊髓损伤 | 首次使用新型黄精果聚糖包被硒纳米颗粒，并基于单细胞RNA测序确定的硒补充治疗时间窗设计药物释放曲线 | 未提及 | 开发一种无药物、生物相容性的纳米治疗策略，通过补充硒来减轻脊髓损伤后的继发性损伤并促进神经功能恢复 | 脊髓损伤后的神经元、少突胶质细胞和小胶质细胞 | 机器学习 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型（具体数量未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 104 | 2026-07-08 |
PreTSA: computationally efficient modeling of temporal and spatial gene expression patterns
2026-Feb-12, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-03994-3
PMID:41673899
|
研究论文 | 提出PreTSA方法，用于高效建模大规模单细胞和空间转录组学数据中的时间和空间基因表达模式 | PreTSA在保持与现有最优方法结果一致的同时，显著降低了计算时间，为超大数据集中的基因表达模式研究提供了独特解决方案 | 未提及具体局限性 | 开发一种计算高效的方法来建模单细胞和空间转录组学数据中的时间和空间基因表达模式 | 大规模单细胞和空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 包含数百万个细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 105 | 2026-07-08 |
KLHDC4 serves as a novel prognostic biomarker and drives tumor progression via PI3K/AKT signaling in clear cell renal cell carcinoma
2026-Feb-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-39061-x
PMID:41673210
|
研究论文 | 整合多组学数据（转录组、蛋白质组和单细胞RNA测序）系统评估KLHDC4在肾透明细胞癌中的临床意义和功能角色 | 首次发现KLHDC4在ccRCC中可作为独立的预后生物标志物，并通过PI3K/AKT信号通路驱动肿瘤进展，同时通过分子对接鉴定来迪派韦为潜在抑制剂 | 该研究主要基于公开数据库和体外实验，临床样本验证和体内机制探索仍有待进一步开展 | 阐明KLHDC4在肾透明细胞癌中的预后价值及调控机制 | 多种癌症类型，重点为肾透明细胞癌 | 机器学习 | 肾癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据 | 多组学数据集，具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 106 | 2026-07-08 |
Single-cell RNA-Seq reveals transcriptional heterogeneity in sepsis and down-regulation of SNHG5/miR-324-5p/CDK16 axis in T cells
2026-Feb-11, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-026-10136-9
PMID:41673232
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示脓毒症中T细胞的转录异质性，并发现SNHG5/miR-324-5p/CDK16轴在T细胞中下调 | 首次在单细胞水平系统描绘脓毒症患者外周血单个核细胞的转录图谱，并发现SNHG5/miR-324-5p/CDK16轴在炎症性T细胞凋亡中的关键作用 | 样本量较小（仅3例患者和3例健康对照），未说明该轴在临床样本中作为治疗靶点的验证 | 探索脓毒症导致T淋巴细胞减少的分子机制 | 脓毒症患者和健康志愿者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例脓毒症患者和3例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 107 | 2026-07-08 |
Single-cell transcriptomics reveal mechanisms of skeletal muscle differentiation across duck embryonic development
2026-Feb-11, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09665-0
PMID:41673320
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示鸭胚胎发育过程中骨骼肌分化的机制 | 首次发现慢肌纤维可通过LEF1+（I）亚型转分化为快肌纤维，并证明该纤维类型转换程序在脊椎动物中具有系统发育保守性 | 未明确指出 | 探究鸭胚胎发育过程中肌源性祖细胞到肌纤维的分化轨迹及纤维类型多样性的调控机制 | 鸭胚胎骨骼肌 | 机器学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 鸭胚胎发育多个时间点的骨骼肌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 108 | 2026-07-08 |
M5C-driven stabilization of SERPINB5 promotes cervical cancer progression and chemotherapy resistance
2026-Feb-11, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08453-2
PMID:41673397
|
研究论文 | 该论文首次构建了宫颈癌中RNA 5-甲基胞嘧啶（m5C）修饰的碱基分辨率转录组图谱，揭示了m5C驱动的SERPINB5稳定性增强促进宫颈癌进展和化疗耐药的新机制 | 首次在宫颈癌中生成碱基分辨率的m5C转录组图谱，结合空间转录组学和单细胞RNA测序发现SERPINB5作为m5C调控的新型致癌效应因子，并阐明m5C-SERPINB5轴驱动恶性肿瘤和化疗耐药的分子机制 | 未明确提及，但可能包括动物模型和临床样本验证的局限性，以及机制解析的深度限制 | 探究RNA m5C修饰在宫颈癌中的功能机制及其与化疗耐药的相关性 | 宫颈癌肿瘤组织及细胞系 | 数字病理学 | 宫颈癌 | RNA甲基化测序、空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据（RNA甲基化、空间转录组、单细胞RNA测序） | NA（未明确样本数量，但包含宫颈癌肿瘤及正常对照样本） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 109 | 2026-07-08 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals immunological mechanisms by which recombinant Echinococcus granulosus P29 protein alleviates airway inflammation in mice with allergic asthma
2026-Feb-11, Parasites & vectors
IF:3.0Q1
DOI:10.1186/s13071-026-07256-w
PMID:41673792
|
研究论文 | 利用单细胞转录组测序揭示重组细粒棘球蚴P29蛋白缓解过敏性哮喘小鼠气道炎症的免疫机制 | 首次利用单细胞转录组测序从细胞亚群水平阐明重组Eg.P29蛋白通过调节多种T细胞亚群（如Th1、Th2、Th17和Treg）来缓解过敏性哮喘小鼠气道炎症的免疫机制 | 未明确说明，但可能包括样本量有限（仅小鼠模型）及未在人体实验中验证 | 研究重组Eg.P29蛋白如何缓解过敏性哮喘小鼠的气道炎症，并解析其潜在的免疫机制 | 过敏性哮喘小鼠模型及肺部组织中的免疫细胞亚群 | 数字病理学 | 过敏性哮喘 | 单细胞转录组测序、流式细胞术、酶联免疫吸附试验、细胞因子微球阵列、细胞通讯分析 | NA | 基因表达数据（单细胞）、血清因子检测数据 | 小鼠肺部组织样本（具体数量未提供） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 110 | 2026-07-08 |
TCF21-WNT5A axis drives metastasis of colorectal cancer via stromal-tumor cell communication
2026-Feb-11, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07835-6
PMID:41673874
|
研究论文 | 利用单细胞和批量RNA-seq数据揭示TCF21-WNT5A轴通过基质-肿瘤细胞通讯驱动结直肠癌转移 | 首次整合单细胞和批量RNA-seq数据鉴定出与结直肠癌肝转移相关的12个关键基因，并阐明TCF21-WNT5A轴在基质-肿瘤细胞通讯中的作用机制 | 未提及具体限制，但可能缺少体内实验验证和临床样本的更大规模分析 | 探究结直肠癌肝转移的分子机制，识别关键基因和信号通路 | 结直肠癌组织样本（正常、原发肿瘤、转移灶）和HCT116细胞系 | 机器学习 | 结直肠癌 | RNA-seq | 机器学习 | 基因表达数据 | GEO数据库中的单细胞和批量RNA-seq数据集，以及临床样本和HCT116细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 111 | 2026-07-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Cellular and Molecular Differences Between Myxofibrosarcoma and Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma
2026-02-10, Medical sciences (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/medsci14010077
PMID:41718124
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示黏液纤维肉瘤和未分化多形性肉瘤之间的细胞和分子差异 | 首次在单细胞水平系统比较黏液纤维肉瘤与未分化多形性肉瘤的肿瘤细胞簇及细胞间配体-受体相互作用差异，为两种亚型鉴别诊断提供新视角 | 研究样本量较小，且结论需进一步验证 | 阐明黏液纤维肉瘤与未分化多形性肉瘤之间的细胞和转录组差异，以改善其鉴别诊断 | 黏液纤维肉瘤和未分化多形性肉瘤的肿瘤样本 | 数字病理学 | 肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5例黏液纤维肉瘤和5例未分化多形性肉瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 112 | 2026-07-08 |
Environmental flame retardant EHDPP stabilizes EGFR to accelerate lung cancer progression: Integrated network toxicology, bioinformatics, and in vitro evidence
2026-Feb, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.119854
PMID:41671956
|
研究论文 | 本研究整合网络毒理学、分子对接、肿瘤生物信息学分析和体外细胞模型，系统研究了有机磷阻燃剂EHDPP通过稳定EGFR蛋白加速肺癌进展的分子机制 | 首次从相互作用水平阐明EHDPP促癌效应的分子机制，揭示了EHDPP通过结合EGFR抑制其泛素化降解、稳定EGFR蛋白并部分激活下游PI3K-AKT信号通路促进肺癌细胞增殖和迁移的新机制 | NA | 阐明环境阻燃剂EHDPP通过稳定EGFR加速肺癌进展的分子机制 | EHDPP诱导的肺癌细胞和小鼠模型 | 网络毒理学 | 肺癌 | 分子对接、单细胞RNA测序、网络毒理学 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 113 | 2026-07-08 |
Identification and validation of platelet activation-related signatures in ulcerative colitis: a study based on machine learning and single-cell transcriptomic analysis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1855177
PMID:42404897
|
研究论文 | 基于机器学习与单细胞转录组分析鉴定溃疡性结肠炎中血小板活化相关分子特征并验证 | 首次整合多算法（LASSO、SVM-RFE、随机森林）与单细胞转录组解析溃疡性结肠炎中血小板活化相关基因（SPARC、TIMP1、SERPINA1），发现其主要在肠成纤维细胞中表达且与致病性免疫细胞浸润相关 | 缺乏大规模临床队列验证且未深入探究血小板活化基因调控溃疡性结肠炎免疫基质紊乱的具体分子机制 | 鉴定溃疡性结肠炎中血小板活化关键基因并解析其与免疫基质紊乱的转录关联 | 溃疡性结肠炎患者转录组数据及DSS诱导结肠炎小鼠模型 | 机器学习, 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | RNA-seq, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, qRT-PCR | LASSO, SVM-RFE, 随机森林, WGCNA | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | GSE87466数据集（训练集）、GSE47908、GSE38713、GSE36807（验证集）及DSS诱导结肠炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 114 | 2026-07-08 |
Integrative genetic and expression profiling prioritizes LIPA in mononuclear phagocytes as a candidate regulator of carotid plaque
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1861490
PMID:42404895
|
研究论文 | 通过整合遗传和表达谱分析，将单核吞噬细胞中的LIPA基因确定为颈动脉斑块的候选调控因子 | 首次利用双样本孟德尔随机化和共定位分析，结合单细胞RNA测序和无偏倚方法，优先识别颈动脉斑块的候选基因并评估其治疗潜力 | LIPA在颈动脉斑块中的因果作用主要在体外实验中验证，需进一步体内验证；研究仅基于两个GWAS数据集，可能需要更多独立数据确认 | 无偏倚地识别颈动脉斑块的候选基因并评估其治疗潜力 | 颈动脉斑块相关的免疫细胞和基因，特别是单核吞噬细胞和T细胞 | 自然语言处理 | 心血管疾病 | 孟德尔随机化, 共定位分析, 单细胞RNA测序, 分子对接, 表型组关联分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据, GWAS数据 | 14种外周血免疫细胞类型的数据，两个GWAS数据集，一个人颈动脉斑块单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 115 | 2026-07-08 |
Investigating tryptophan metabolism in colorectal cancer using Single-cell RNA sequencing based on machine learning techniques
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0352871
PMID:42406750
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序和机器学习技术研究结直肠癌中的色氨酸代谢模式 | 首次揭示结直肠癌中色氨酸代谢的细胞模式，并通过多种机器学习算法整合鉴定出共识特征基因CYP1A1和AHR | 未明确说明局限性 | 研究结直肠癌中色氨酸代谢的细胞水平模式并鉴定关键基因 | 结直肠癌组织中的不同细胞类型，包括巨噬细胞和潘氏细胞 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 随机森林、Boruta、LASSO、梯度提升机 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 116 | 2026-07-07 |
FCRL3 expression is upregulated and closely correlates with TIGIT expression in regulatory T cells of patients with systemic lupus erythematosus
2024-05, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202350739
PMID:38461541
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和流式细胞术，发现系统性红斑狼疮患者调节性T细胞中FCRL3表达上调且与TIGIT表达正相关 | 首次揭示FCRL3与TIGIT在系统性红斑狼疮调节性T细胞中的共表达关系 | 未深入探讨FCRL3和TIGIT共表达的功能机制及临床意义 | 探究系统性红斑狼疮中FCRL3在调节性T细胞的表达及其与TIGIT的关联 | 系统性红斑狼疮患者的调节性T细胞 | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序， 流式细胞术 | NA | 基因表达数据， 细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 117 | 2026-07-07 |
scNovel: a scalable deep learning-based network for novel rare cell discovery in single-cell transcriptomics
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae112
PMID:38555470
|
研究论文 | 提出了scNovel，一个基于深度学习的可扩展神经网络，用于单细胞转录组学中发现新型稀有细胞 | 首次专门针对单细胞转录组中的新型稀有细胞发现设计深度学习网络，在AUROC性能上显著优于现有最优模型（平均AUROC超过94%，比第二好方法高16.26%） | 未明确说明局限性 | 开发一种可自动发现单细胞转录组中新型稀有细胞类型的方法 | 不同规模、协议和不平衡程度的单细胞转录组数据集，以及临床COVID-19数据集 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 深度学习神经网络 | 单细胞转录组数据 | 多种数据集，包括百万级规模的数据集及临床COVID-19数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 118 | 2026-07-07 |
PANoptosis, an indicator of COVID-19 severity and outcomes
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae124
PMID:38555477
|
研究论文 | 通过生物信息学分析探索PANoptosis作为COVID-19严重程度和预后指标的潜力 | 首次将PANoptosis作为COVID-19严重程度和预后的生物标志物，并揭示其与炎症性单核细胞的关系及地塞米松的缓解机制 | 需要进一步研究阐明PANoptosis调控COVID-19免疫反应和预后的确切过程 | 探索PANoptosis作为COVID-19严重程度指标的可能性 | COVID-19患者支气管肺泡灌洗液和外周血单核细胞中的PANoptosis程度 | 机器学习 | 新冠病毒病 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 在线单细胞RNA测序和批量RNA测序公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 119 | 2026-07-07 |
SpatialcoGCN: deconvolution and spatial information-aware simulation of spatial transcriptomics data via deep graph co-embedding
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae130
PMID:38557675
|
研究论文 | 提出深度图共嵌入框架SpatialcoGCN，用于空间转录组数据的去卷积和空间信息模拟 | 首次将深度图共嵌入框架应用于空间转录组数据的细胞类型去卷积和缺失转录本空间分布恢复，并基于此开发了空间信息感知的模拟方法SpatialcoGCN-Sim | 未提及 | 提高空间转录组数据的空间分辨率和检测转录本数量，开发高效的数据去卷积和模拟工具 | 空间转录组数据和单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | 导管原位癌（人类） | 空间转录组学 | 图卷积网络（GCN） | 基因表达数据 | 模拟数据集、人类导管原位癌、发育中人类心脏和小鼠大脑的真实空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 120 | 2026-07-07 |
HyGAnno: hybrid graph neural network-based cell type annotation for single-cell ATAC sequencing data
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae152
PMID:38581422
|
研究论文 | 提出了一种基于混合图神经网络的细胞类型注释方法HyGAnno，用于单细胞ATAC测序数据的细胞类型标注 | 利用全基因组可及性峰特征而非仅基因表达或基因活性特征，并通过并行图神经网络在半监督方式下实现scRNA-seq参考到scATAC-seq目标的细胞类型信息转移；重建参考-目标细胞图以检测低预测可靠性的细胞 | 未在文中明确说明局限性 | 解决单细胞ATAC-seq数据因极端稀疏性和染色质可及性不一致导致的细胞类型注释不准确问题 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞ATAC测序 | 图神经网络 | 单细胞ATAC-seq数据及scRNA-seq参考数据 | 多种数据集评估 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |