单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-04-02	Inhibition of ERK1/2 mediated activation of Drp1 alleviates intervertebral disc degeneration via suppressing pyroptosis and apoptosis in nucleus pulposus cells 2025-Mar, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.01.013 PMID:40160807	研究论文	本研究探讨了Drp1在椎间盘退变(IVDD)中的作用机制，并评估了Drp1抑制剂Mdivi-1的治疗效果	首次揭示了Drp1通过ERK1/2磷酸化调控线粒体功能障碍、细胞焦亡和凋亡在IVDD中的关键作用，并验证了Mdivi-1的治疗潜力	研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	阐明Drp1在椎间盘退变中的作用机制并开发潜在治疗方法	椎间盘髓核细胞(NPCs)和SD大鼠模型	细胞生物学	椎间盘退行性疾病	单细胞测序分析、Western blot、流式细胞术、免疫荧光染色	大鼠穿刺模型	分子生物学数据、影像学数据	8周龄SD大鼠(具体数量未明确说明)
102	2025-04-02	Immune-responsive gene-1: The mitochondrial Key to Th17 Cell Pathogenicity in CNS Autoimmunity 2025-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.24.573264 PMID:38234838	research paper	该研究揭示了免疫响应基因1（IRG1）在中枢神经系统自身免疫性疾病中对致病性Th17细胞的调控作用	首次发现IRG1通过NLRP3/IL-1β轴调控巨噬细胞促进致病性Th17细胞极化，并证实其在多发性硬化症中的保护作用	研究主要基于EAE动物模型，尚未在人类多发性硬化症患者中验证	探究内源性机制对致病性Th17细胞的调控及其在中枢神经系统自身免疫性疾病中的作用	免疫响应基因1（IRG1）、致病性Th17细胞、实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型	免疫学	多发性硬化症	RNA-seq、单细胞RNA测序、骨髓嵌合体实验	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）动物模型
103	2025-04-02	Single-cell RNA sequencing of the spleen reveals differences in Salmonella typhimurium infection mechanisms between different chicken breeds 2025-Feb, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2024.104669 PMID:39793244	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究不同鸡品种脾脏在沙门氏菌感染中的免疫反应差异	首次对鸡脾脏进行单细胞转录组分析，比较了北京油鸡和科宝肉鸡在细菌感染后的免疫反应差异	仅研究了两种鸡品种，结果可能不适用于其他品种	探究不同鸡品种对沙门氏菌感染的免疫反应机制差异	北京油鸡和科宝肉鸡的脾脏CD45+免疫细胞	单细胞转录组学	细菌感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	54,487个细胞
104	2025-04-02	Combining machine learning and single-cell sequencing to identify key immune genes in sepsis 2025-01-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85799-1 PMID:39789158	research paper	本研究通过结合机器学习和单细胞测序技术，识别脓毒症中的关键免疫基因	结合多种机器学习算法和单细胞测序数据，识别并验证了脓毒症中的关键免疫基因	样本量较小（脓毒症患者23例，健康对照10例），可能影响结果的普遍性	识别脓毒症的新型生物标志物	脓毒症患者和健康对照的外周血样本	machine learning	sepsis	RNA-seq, qPCR, single-cell sequencing	Random Forest, LASSO regression, SVM, XGBoost, Logistic regression, AdaBoost, KNN	RNA sequencing data	脓毒症患者23例，健康对照10例
105	2025-04-02	Integrative bioinformatics and immunohistochemical analysis unravel the prognostic significance and immunological implication of LIMCH1 in breast cancer: a retrospective study 2025-01-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85255-0 PMID:39789044	research paper	通过整合生物信息学和免疫组化分析，揭示LIMCH1在乳腺癌中的预后意义和免疫学影响	首次将生物信息学分析与临床免疫组化数据结合，研究LIMCH1在乳腺癌中的预后价值和免疫微环境影响	回顾性研究设计可能引入选择偏倚，需要前瞻性研究验证	探索LIMCH1作为乳腺癌预后标志物和治疗靶点的潜力	乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	bioinformatics analysis, immunohistochemistry (IHC), single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	nomogram	genomic data, clinical data, image data	TCGA队列和临床IHC队列数据
106	2025-04-02	Genetic associations of plasma metabolites with immune cells in hyperthyroidism revealed by Mendelian randomization and GWAS-sc-eQTLs xQTLbiolinks analysis 2025-01-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85664-1 PMID:39779799	research paper	该研究利用孟德尔随机化（MR）和GWAS-sc-eQTLs xQTLbiolinks分析，探讨了血浆代谢物与免疫细胞在甲状腺功能亢进症（HD）中的遗传关联	首次揭示了特定免疫细胞表型（如CD25在幼稚成熟B细胞和CD8+NKT细胞上）与HD之间的因果关系，并发现硫酸百里香酚作为潜在代谢介质	研究结果依赖于GWAS数据的可用性和质量，且样本主要来自欧洲人群，可能限制结果的普适性	探究免疫细胞表型、HD及血浆代谢物之间的因果关系和潜在机制	免疫细胞表型、HD患者及血浆代谢物	遗传学与免疫学	甲状腺功能亢进症	孟德尔随机化（MR）、GWAS、sc-eQTL分析	MR-Egger、MR-PRESSO、多变量MR	基因组数据、代谢组数据	免疫细胞表型GWAS数据（n=18,622）、HD数据（3,731病例，480,867对照）、血浆代谢物数据（n=115,078）
107	2025-04-02	Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1556739 PMID:40160460	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了桦褐孔菌（Chaga）对叶酸诱导的小鼠肾纤维化的治疗作用及其细胞和分子机制	首次应用单细胞RNA测序技术研究Chaga在肾纤维化治疗中的作用，揭示了其通过调节巨噬细胞和T细胞反应减轻纤维化的潜在机制	需要进一步的实验验证以确立其临床应用	探讨桦褐孔菌对肾纤维化的治疗作用及其机制	叶酸诱导的肾纤维化小鼠模型	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、UPLC-MS、组织学评估	小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	82,496个肾脏细胞
108	2025-04-02	A research protocol for a prospective, multicenter, cohort study on interferon therapy for chronic hepatitis B combined with metabolism-associated fatty liver disease to achieve clinical cure 2025, Frontiers in public health IF:3.0Q2 DOI:10.3389/fpubh.2025.1546182 PMID:40161022	研究论文	一项前瞻性、多中心队列研究，探讨聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病以实现临床治愈的效果	填补了慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病患者治疗策略的空白，并通过单细胞转录组测序技术探索HBsAg清除的免疫学机制	干扰素治疗常伴随副作用，可能降低患者依从性，影响长期随访和结果监测；代谢相关脂肪性肝病患者的异质性可能对干扰素治疗效果产生不同影响	评估聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病的疗效和安全性，并阐明代谢相关脂肪性肝病对HBsAg清除的影响	以核苷酸类似物治疗为主、HBsAg<1,500 IU/mL、HBeAg阴性、HBV DNA<10 IU/mL的慢性乙型肝炎患者及合并代谢相关脂肪性肝病的患者	临床医学	慢性乙型肝炎, 代谢相关脂肪性肝病	单细胞转录组测序技术	NA	临床数据	在北京和河北的四个医疗中心招募患者
109	2025-04-02	A novel lactylation-related gene signature to predict prognosis and treatment response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1549724 PMID:40161374	研究论文	本研究通过构建乳酸化相关基因特征模型，预测肺腺癌患者的预后和治疗反应	首次在肺腺癌中研究乳酸化相关基因特征及其与免疫细胞浸润的关系	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证	探索乳酸化相关基因特征在肺腺癌预后和治疗反应中的作用	肺腺癌患者和细胞系	数字病理学	肺癌	RNA测序、单细胞测序、CCK8实验、transwell实验	LASSO回归模型、列线图	基因表达数据	TCGA和GEO数据库中的肺腺癌患者样本
110	2025-04-02	Early Detection of Malignant Cells in Gastric Lavage via Hexokinase 2 and Single-Cell Sequencing for Gastric Cancer Diagnosis 2025, Risk management and healthcare policy IF:2.7Q2 DOI:10.2147/RMHP.S510123 PMID:40161902	研究论文	本研究提出了一种通过检测胃灌洗液中脱落的肿瘤细胞来早期诊断胃癌的新方法	利用HK2代谢标记物和单细胞测序技术识别胃灌洗液中高糖酵解活性的肿瘤细胞，为胃癌早期诊断提供了新方法	样本量较小（仅60例），且对严重不典型增生的敏感性仅为57%	开发一种非侵入性的胃癌早期诊断方法	胃灌洗液中的脱落肿瘤细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序（SCS），全基因组拷贝数变异分析	NA	单细胞基因组数据	60例（10例胃癌患者，26例癌前病变患者，15例良性胃病患者，9例健康对照）
111	2025-04-02	Analysis and Validation of Mitophagy-Related Genes in Diabetic Foot Ulcers 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S504001 PMID:40162084	research paper	该研究旨在识别与糖尿病足溃疡(DFU)发病和进展相关的线粒体自噬枢纽基因，并分析其免疫细胞浸润特征和单细胞表达谱	首次鉴定出ANO6和ALDH2两个线粒体自噬相关枢纽基因在DFU中的显著下调，并揭示了其与免疫细胞浸润的关联	需要更大样本量的研究以及更深入的炎症机制探索才能将这些发现转化为治疗策略	探索线粒体自噬相关基因在糖尿病足溃疡发病机制中的作用	糖尿病足溃疡患者的皮肤组织	生物信息学	糖尿病足溃疡	GSEA, CIBERSORT, scRNA-seq, RT-PCR, WB	机器学习算法	基因表达数据	来自GSE80178和GSE68183数据集的DFU样本
112	2025-04-02	CENPF as a Potential Biomarker Associated with the Immune Microenvironment of Renal Cancer 2025 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338251330791 PMID:40165474	研究论文	本研究探讨了CENPF作为肾癌潜在预后生物标志物的作用及其与肿瘤免疫微环境的关系	首次将CENPF与肾癌的免疫微环境联系起来，并验证其作为预后生物标志物的潜力	研究主要基于TCGA数据库的回顾性分析，需要进一步的前瞻性研究验证	探索肾癌的新型预后生物标志物及其与肿瘤免疫微环境的相互作用	肾癌患者（特别是肾透明细胞癌KIRC患者）的肿瘤组织和血浆样本	数字病理学	肾癌	qPCR、单细胞测序、CIBERSORT算法	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA数据库中的KICH、KIRP和KIRC样本，以及GSE159115数据集中的单细胞测序数据
113	2025-04-02	scCCTR: An iterative selection-based semi-supervised clustering model for single-cell RNA-seq data 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.018 PMID:40165824	研究论文	提出了一种名为scCCTR的新型半监督聚类算法，用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类	通过迭代选择高置信度细胞和标签来指导深度学习模型，结合Transformer神经网络的多头注意力机制提高聚类精度	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和有效性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer	基因表达数据	未明确提及具体样本量
114	2025-04-02	Inflammation and cancer: molecular mechanisms and clinical consequences 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1564572 PMID:40165901	综述	本文综述了炎症与癌症之间的分子机制及其临床后果，重点关注癌症相关炎症对肿瘤进展和治疗反应的影响	结合单细胞RNA测序和空间分子成像分析等先进技术，阐明了慢性炎症与癌症之间的联系通路	主要关注胃肠道癌症中的慢性炎症与癌症联系机制，可能不全面覆盖所有癌症类型	探讨炎症与癌症之间的分子机制及其临床影响	癌症相关炎症及其对肿瘤微环境的影响	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序, 空间分子成像分析	NA	分子数据, 细胞数据	NA
115	2025-04-02	T-cell receptors identified by a personalized antigen-agnostic screening approach target shared neoantigen KRAS Q61H 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1509855 PMID:40165973	研究论文	本文介绍了一种个性化抗原无关筛选方法，用于识别靶向共享新抗原KRAS Q61H的T细胞受体	提出了一种直接抗原无关识别肿瘤特异性T细胞克隆型的方法，并通过TCR-T细胞验证其反应性	样本量较小（7名NSCLC患者），且仅在部分患者中验证了TCR-T细胞的反应性	开发一种不依赖已知抗原的TCR筛选方法，以推进实体瘤的过继细胞治疗	非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和邻近组织驻留淋巴细胞	肿瘤免疫治疗	非小细胞肺癌	scRNA-Seq, TCRβ-chain repertoire分析, TCR-T细胞工程	NA	基因表达数据, TCR序列数据	7名NSCLC患者的手术标本
116	2025-04-02	Identification of immune characteristic biomarkers and therapeutic targets in cuproptosis for rheumatoid arthritis by integrated bioinformatics analysis and single-cell RNA sequencing analysis 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1520400 PMID:40166070	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和单细胞RNA测序分析，识别了类风湿关节炎中与铜死亡相关的免疫特征生物标志物和治疗靶点	首次揭示了铜死亡相关基因在类风湿关节炎中的表达变化及其与免疫浸润的关联，并提出了潜在的治疗药物	铜死亡相关基因在类风湿关节炎中的具体机制仍需进一步实验验证	阐明铜死亡相关基因与类风湿关节炎的潜在关联，寻找新的生物标志物和治疗靶点	类风湿关节炎患者和对照组的铜死亡相关基因	生物信息学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序, 生物信息学分析	NA	RNA测序数据	NA
117	2025-04-02	A dynamic peripheral immune landscape during human pregnancy 2025-Jan, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2022.06.011 PMID:40166108	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了孕妇在不同妊娠阶段外周血单个核细胞的动态转录变化，揭示了母体免疫系统的适应性变化	首次从免疫角度提出了妊娠具有促衰老效应的新观点，并发现这种效应可能在产后恢复	研究仅关注外周血单个核细胞，未涉及其他免疫组织或细胞类型	阐明妊娠期间母体免疫系统的动态变化及其与疾病风险的关系	孕妇外周血单个核细胞	免疫学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	不同妊娠阶段的孕妇外周血样本
118	2025-04-02	Cytokine expression and cytokine-mediated cell-cell communication during skeletal muscle regeneration revealed by integrative analysis of single-cell RNA sequencing data 2024-Dec, Journal of cell communication and signaling IF:3.6Q3 DOI:10.1002/ccs3.12055 PMID:39691872	研究论文	通过整合分析单细胞RNA测序数据，揭示了骨骼肌再生过程中细胞因子的表达及其介导的细胞间通讯	整合了15个公开可用的单细胞RNA测序数据集，全面分析了393种注释的小鼠细胞因子在再生肌肉中的表达，揭示了广泛的、动态的细胞因子表达和双向细胞间通讯	研究仅关注早期再生时间点（0、2、5和7天），未涵盖整个再生过程	探究骨骼肌再生过程中细胞因子的表达及其在细胞间通讯中的作用	小鼠骨骼肌再生过程中的细胞因子表达和细胞间通讯	单细胞RNA测序分析	骨骼肌损伤	scRNA-seq	CellChat	单细胞RNA测序数据	15个公开可用的scRNA-seq数据集
119	2025-04-02	DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.26.620414 PMID:39553977	research paper	该研究探讨了胰腺腺泡-导管化生（ADM）过渡状态在无Kras突变情况下的DNA甲基化记忆及其对Kras下游PI3K和Rho GTPase信号通路的影响	揭示了在无致癌基因突变情况下，ADM过渡状态的表观遗传记忆及其在肿瘤细胞可塑性中的作用	研究未涉及致癌基因突变背景下的ADM表观遗传变化	探究ADM过渡状态的表观遗传记忆及其在胰腺导管腺癌（PDAC）发生中的作用	胰腺腺泡细胞及其ADM过渡状态	表观遗传学	胰腺导管腺癌	DNA甲基化分析、单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据、甲基化数据	人类胰腺上皮内瘤变（PanIN）样本及实验诱导的ADM细胞
120	2025-04-02	Evaluating cell type deconvolution in FFPE breast tissue: application to benign breast disease 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae098 PMID:40162103	研究论文	评估FFPE乳腺组织中细胞类型去卷积方法的应用，特别是在良性乳腺疾病中的表现	构建了乳腺组织的单细胞RNA-seq参考数据，并测试了多种去卷积方法，发现基于深度学习的Scaden方法在FFPE伪影影响下表现最优	FFPE伪影显著影响了去卷积方法的性能，RMSE在0.04至0.17之间波动	优化从FFPE样本中定义单个细胞类型组成的策略	FFPE乳腺组织样本	数字病理学	乳腺疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	深度学习	RNA-seq数据	62个RNA-seq良性乳腺疾病样本