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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
101	2025-12-26	Basic Science and Pathogenesis 2025-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz70855_106126 PMID:41443946	研究论文	本文介绍了阿尔茨海默病知识门户（AD Knowledge Portal）作为一个数据共享平台的功能、资源规模、使用情况及其对阿尔茨海默病研究的促进作用	展示了该门户作为一个大规模、多模态数据资源库的持续扩展和成功应用，特别是单细胞组学数据的整合、与云端分析平台的互操作性，以及数据重用率的显著增长	未明确提及平台在数据标准化、质量控制或特定用户群体访问限制方面的具体挑战	促进阿尔茨海默病及相关痴呆症领域的数据共享、整合与二次分析，以加速新发现	人类与非人类数据，包括来自脑库、纵向队列、细胞系和动物模型系统的下一代测序、成像和行为数据	生物信息学与数据科学	阿尔茨海默病	下一代测序、成像、行为分析、单细胞组学	NA	基因组测序数据、成像数据、行为数据、单细胞组学数据	来自超过11,000个个体的数据，包括人类、实验小鼠和狨猴模型	NA	单细胞组学、空间转录组学、下一代测序	NA	基于Synapse安全数据共享平台构建的用户友好门户网站，并与CAVATICA和Terra等云端分析平台互操作
102	2025-12-26	Basic Science and Pathogenesis 2025-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz70855_106203 PMID:41443969	研究论文	本文通过多组学框架研究阿尔茨海默病中单细胞水平的代谢重编程信号网络	开发了scFUMES算法预测单细胞代谢传感谱，并整合遗传学和功能数据揭示AD特异性代谢物-传感器对	研究主要基于特定脑区（MTG和DLPFC），可能未涵盖AD所有病理区域，且算法预测需进一步实验验证	阐明阿尔茨海默病中单细胞水平的代谢信号动态重编程机制	阿尔茨海默病患者脑组织中的神经元和非神经元细胞（如免疫细胞、少突胶质细胞）	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、遗传学分析、转录组学、代谢组学、孟德尔随机化分析	scFUMES算法	单细胞RNA测序数据、遗传数据、功能/物理测量数据、转录组数据、代谢组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
103	2025-12-26	Basic Science and Pathogenesis 2025-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz70855_106221 PMID:41445081	研究论文	本文开发了一种新型人源化APOE小鼠模型，研究APOE4等位基因如何影响阿尔茨海默病中tau蛋白的传播和神经退行性变	开发了新型人源化APOE-tau小鼠模型，首次在局部水平上揭示了APOE基因型、性别和年龄如何共同调节tau蛋白在AD易感脑区的传播	研究基于小鼠模型，可能无法完全模拟人类AD的复杂性；样本量未明确说明	探究APOE4等位基因在阿尔茨海默病中对tau蛋白传播和神经退行性变的局部调节作用	人源化APOE小鼠模型（APOE3/3和APOE4/4基因型），包括雄性和雌性小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学分析、体内和体外技术	小鼠模型	基因表达数据、病理学数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
104	2025-12-26	Basic Science and Pathogenesis 2025-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz70855_107308 PMID:41445488	研究论文	本研究使用Xenium空间转录组学技术，探讨外周炎症如何通过诱导小胶质细胞转录变化影响阿尔茨海默病模型小鼠的Aβ和tau病理	首次结合空间转录组学与Multiome测序（单细胞RNA-seq和ATAC-seq）分析外周病毒感染后小胶质细胞的长期转录变化，并揭示其与神经退行性病理的潜在关联	研究仅基于3xTg-AD小鼠模型，人类相关性尚不明确；样本时间点有限（7天和2个月），更长期影响未探索；机制性结论仍需进一步验证	探究外周炎症是否通过改变小胶质细胞转录状态影响阿尔茨海默病病理进程	3xTg-AD转基因小鼠的小胶质细胞、神经元和内皮细胞	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组学、Multiome测序（单细胞RNA-seq和ATAC-seq）、免疫染色、ELISA	NA	空间转录组数据、单细胞多组学数据、免疫染色图像、细胞因子浓度数据	3xTg-AD小鼠脑组织样本（感染后7天和2个月时间点）	10x Genomics	空间转录组学, 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq	Xenium, 10x Chromium	Xenium空间转录组学平台用于原位基因表达分析，10x Chromium系统用于Multiome单细胞多组学测序
105	2025-12-26	Drug Development 2025-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz70859_100777 PMID:41447159	研究论文	本文介绍了一种新型小分子TREM2激动剂MTX46943，用于治疗早期阿尔茨海默病，通过激活小胶质细胞和减少淀粉样蛋白病理	开发了MTX46943作为首个选择性、强效、安全且能穿透血脑屏障的小分子TREM2激动剂，通过受体复合物形成和稳定化机制，区别于抗体激动剂，实现小胶质细胞重编程	研究主要基于5xFAD/hTREM2敲入小鼠模型，可能不完全反映人类AD的复杂性；长期安全性和临床疗效需进一步验证	开发并评估MTX46943作为治疗早期阿尔茨海默病的TREM2激动剂，探究其机制和疗效	TREM2受体、小胶质细胞、阿尔茨海默病病理模型（5xFAD/hTREM2敲入小鼠）	神经科学	阿尔茨海默病	nanoBiT、Western blot、alphaLISA、细胞迁移和吞噬实验、qPCR、单细胞RNA测序、免疫染色分析	NA	体外细胞数据、体内小鼠模型数据、单细胞RNA测序数据	5xFAD/hTREM2敲入小鼠（具体数量未明确），以及CHO、HEK、THP-1和hIPSC衍生的小胶质细胞	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
106	2025-12-26	Basic Science and Pathogenesis 2025-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz70855_107229 PMID:41447258	研究论文	本研究利用皮质类器官模型探究APOE3-Christchurch变异如何改变APOE生物学，包括对代谢和细胞相互作用的影响	首次在非疾病条件下使用皮质类器官模型系统研究APOE3-Ch变异对APOE生物学的基础机制，揭示了该变异在代谢和细胞功能中的独特作用	研究主要基于体外类器官模型，可能无法完全反映体内复杂环境；样本批次有限	探究APOE3-Christchurch变异在非疾病条件下对APOE生物学的影响机制	皮质类器官、iPSC来源的星形胶质细胞和神经元	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、脂质组学分析、Seahorse压力测试	类器官模型	基因表达数据、脂质代谢数据	三个独立批次的6月龄大脑类器官（用于scRNA-seq）和8月龄大脑类器官（用于脂质组学）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
107	2025-12-26	Comparing great apes reveals human-specific ZEB2 roles in neural development 2025-Nov-28, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf318 PMID:41340546	研究论文	本研究通过比较人类、黑猩猩和红毛猩猩的ZEB2转录因子调控差异，揭示了人类特异性在神经发育中的独特作用	首次在可控细胞系统中检测到ZEB2调控的物种差异，并发现人类ZEB2调控更多神经发育相关基因，特别是非编码基因的富集	研究主要基于B淋巴细胞样细胞系，可能无法完全反映体内神经发育的复杂性	探索人类与其他灵长类在转录调控上的差异，以理解表型进化的分子机制	人类、黑猩猩和红毛猩猩的B淋巴细胞样细胞系及脑类器官数据	自然语言处理	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据, 单细胞转录组数据	三种大猿物种的B淋巴细胞样细胞系生物重复样本	NA	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA
108	2025-12-26	Lifting regenerative barriers promotes epithelial cell fate plasticity supporting lineage conversion 2025-Nov-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-66446-9 PMID:41309646	研究论文	本研究探讨了成年上皮细胞在损伤响应中命运可塑性的调控机制，揭示了HIF1a-SOX9轴作为限制细胞身份转换的关键屏障	首次通过3D再生培养系统结合单细胞RNA测序，揭示了HIF1a-SOX9轴在调控上皮细胞命运可塑性中的关键作用，并识别了限制食管细胞向皮肤细胞谱系转换的屏障	研究基于体外3D培养系统，可能无法完全模拟体内复杂的微环境；谱系转换效率低下，机制尚未完全阐明	探究成年细胞命运可塑性的调控机制，识别限制细胞身份重新指定的屏障	成年上皮细胞，特别是食管细胞在再生过程中的命运转换	再生医学	NA	单细胞RNA测序，谱系追踪实验，组织学分析，功能获得与缺失实验	NA	单细胞RNA测序数据，组织学图像	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
109	2025-12-26	Vascular dementia increases levels of methylenetetrahydrofolate reductase and cystathionine β-synthase in female patients and changes gene expression of acetylcholine and glutamate clathrin-sculpted transport vesicles 2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.11.21.689865 PMID:41394563	研究论文	本研究通过分析血管性痴呆患者尸检皮层组织，探究一碳代谢相关酶和受体的变化，并结合空间转录组学揭示谷氨酸和乙酰胆碱转运囊泡基因表达的改变	首次在血管性痴呆患者中结合蛋白质水平检测与空间转录组学分析，揭示性别差异对一碳代谢酶的影响以及神经递质转运系统的转录变化	样本量较小（空间转录组学仅4个样本），仅使用尸检组织无法反映疾病动态过程，未进行机制验证实验	阐明血管性痴呆中一碳代谢的分子特征及其与神经递质系统的关联	血管性痴呆患者和对照者的尸检皮层组织	神经科学	血管性痴呆	免疫组织化学，空间转录组学	NA	组织切片图像，空间转录组数据	未明确总样本数，空间转录组学分析4个样本	NA	空间转录组学	NA	NA
110	2025-12-26	Developmental and transcriptional programs that define the initiation of the forelimb 2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.11.23.689776 PMID:41394637	研究论文	本研究通过高通量测序方法定义了小鼠胚胎前肢起始的时间进程，并识别了体侧板中胚层中区分新生前肢的转录特征基因	首次系统性地定义了前肢起始的四个阶段，并通过单细胞RNA测序识别了体侧板中胚层中前肢特异性转录的基因特征，揭示了TBX5转录因子的潜在早期靶基因	研究主要基于小鼠模型，结果在人类或其他脊椎动物中的普适性有待验证，且功能验证实验相对有限	探究脊椎动物前肢起始阶段的分子机制和转录程序	小鼠胚胎的体侧板中胚层和前肢起始区域	发育生物学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, Ribo-ITP	NA	转录组数据、单细胞转录组数据、染色质免疫沉淀数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, ChIP-seq	NA	NA
111	2025-12-26	Mapping embryonic mouse lung development using enhanced spatial transcriptomics 2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.11.22.688293 PMID:41394655	研究论文	本研究通过优化DBiT-seq工作流程，对早期胚胎小鼠肺组织切片进行高灵敏度空间转录组学分析，揭示了肺发育过程中的空间模式和细胞动态	优化了DBiT-seq工作流程以实现高灵敏度空间映射，并发现了一个先前未被识别的表达高水平细胞外基质蛋白的间充质细胞簇，该簇促进胚胎肺神经支配	研究仅针对早期胚胎小鼠肺，未涉及成熟肺或其他物种，且空间转录组学技术可能受限于分辨率和样本处理	研究胚胎小鼠肺发育过程中的空间模式建立机制	早期胚胎小鼠肺组织切片	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA	NA	空间转录组学	NA	微流控启用的确定性条形码测序（DBiT-seq）工作流程
112	2025-12-26	Metabolic reprogramming and mitochondrial dysfunction underlie β gonia arrest and niche cell dysfunction in sterile triploid oysters 2025-Nov-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-09202-5 PMID:41276684	研究论文	本研究通过整合高分辨率空间转录组学和单核RNA测序技术，构建了不育三倍体牡蛎性腺的空间分子图谱，揭示了β性原细胞停滞和生态位细胞功能障碍的分子机制	首次结合Stereo-seq和snRNA-seq技术，在不具有明显结构边界的牡蛎性腺中实现了细胞类型的精确鉴定和空间定位，揭示了SOHLH2沉默驱动的线粒体功能障碍以及NOTCH-Hes1a-CCNA2信号通路导致的生态位细胞G期停滞	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和功能验证实验；牡蛎性腺的弥散性结构可能仍对某些细胞类型的完全解析构成挑战	探究三倍体太平洋牡蛎不育的分子基础，特别是β性原细胞分化障碍和生态位细胞功能失调的机制	雌性三倍体太平洋牡蛎的性腺组织	空间转录组学	NA	空间转录组学, 单核RNA测序	NA	空间转录组数据, 单核RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及三倍体牡蛎性腺组织	NA	空间转录组学, 单核RNA测序	Stereo-seq	Stereo-seq高分辨率空间转录组技术
113	2025-12-26	Quzhou-sourced Fructus Aurantii ameliorates MASLD by modulating glycolysis-dependent M1 polarization in hepatic macrophages 2025-Nov-19, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157572 PMID:41442991	研究论文	本研究评估了衢州产枳实（FAQ）对代谢相关脂肪性肝病（MASLD）的治疗效果，并通过与阳性药物resmetirom对比，揭示了FAQ通过调控巨噬细胞中PKLR介导的糖酵解和M1极化来改善肝脏炎症和纤维化的新机制	首次将FAQ与权威阳性药物resmetirom进行头对头疗效比较，并利用整合转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了FAQ通过靶向巨噬细胞PKLR驱动的糖酵解和M1极化来改善MASLD的新作用机制	FAQ直接起效的肝脏机制仍不完全清楚，且缺乏与更多阳性药物的广泛比较	评估FAQ对MASLD的治疗效果并阐明其作用机制	代谢相关脂肪性肝病（MASLD）模型	NA	代谢相关脂肪性肝病	组织病理学染色（H&E, Oil Red O, Sirius Red, Masson）、透射电镜（TEM）、血清学分析、整合转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、巨噬细胞-肝星状细胞共培养、PKLR过表达拯救实验	NA	组织病理图像、超微结构图像、血清生化数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
114	2025-12-26	Single-cell transcriptomics identifies altered neutrophil dynamics and accentuated T-cell cytotoxicity in tobacco flavored e-cigarette exposed mouse lungs 2025-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638715 PMID:40027777	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了急性鼻吸入不同口味电子烟气溶胶后，小鼠肺部髓系和淋巴系细胞介导的免疫反应存在口味依赖性变化	首次在单细胞分辨率上系统比较了不同口味电子烟（烟草、薄荷、水果味）对肺部免疫细胞（特别是中性粒细胞和T细胞）动态和功能的特异性影响，并发现金属离子浸出存在口味依赖性差异	研究样本量较小（每组每性别n=2），且为急性暴露模型，未能反映长期使用电子烟的免疫学影响	阐明不同口味电子烟气溶胶急性暴露对小鼠肺部免疫景观的细胞特异性影响	C57BL/6J小鼠的肺部细胞	单细胞转录组学	呼吸系统疾病（电子烟相关肺部损伤）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫荧光	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据、图像数据	71,725个细胞（来自对照组和处理组小鼠，每组每性别2只）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
115	2025-12-26	Spatial Transcriptomic Characteristics of the Aging Human Ovary 2025-Nov-17, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70288 PMID:41243550	研究论文	本研究整合单核RNA测序和空间转录组学技术，构建了涵盖12个不同年龄段人类卵巢组织的衰老图谱，揭示了卵巢衰老的时空动态变化	首次结合单核RNA测序与空间转录组学技术，系统描绘了人类卵巢衰老的时空转录组特征，并鉴定出新的内皮细胞亚型CLDN5 blood EDCs及其在衰老过程中的独特功能变化	样本量相对有限（n=12），且年龄分布不均（如青春期前仅1例），可能影响统计效力	阐明人类卵巢衰老的时空动态变化及其分子机制	人类卵巢组织（年龄12-54岁）	空间转录组学	生殖系统疾病	单核RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据, 空间位置数据	12个人类卵巢组织样本（年龄12-54岁，分为青春期前、年轻、中年和老年组）	NA	单核RNA测序, 空间转录组学	NA	NA
116	2025-12-26	Loss of Intestinal Endosome-associated Protein Sorting Nexin 27 Disrupts Epithelial Barrier and Promotes Inflammation 2025-Nov-17, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101682 PMID:41260570	研究论文	本研究探讨了SNX27在肠道稳态、上皮屏障完整性和炎症反应中的未知作用	首次揭示了SNX27在肠道中的关键功能，特别是在维持上皮屏障和防止炎症中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类数据来自现有数据库，需要进一步验证	确定SNX27在调节肠道稳态、上皮屏障完整性和炎症反应中的作用	人类炎症性肠病（IBD）患者数据和小鼠模型	生物医学研究	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
117	2025-12-26	CPE/HYOU1 axis-activated Hippo-YAP signaling pathway suppresses PANoptosis to facilitate osteosarcoma progression 2025-Nov-08, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.218121 PMID:41213463	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组数据分析，识别了骨肉瘤中与PANoptosis相关的预后生物标志物，并揭示了CPE/HYOU1轴通过激活Hippo-YAP信号通路抑制PANoptosis以促进骨肉瘤进展的机制	首次将PANoptosis与骨肉瘤预后联系起来，并发现了CPE/HYOU1轴通过Hippo-YAP信号通路调控PANoptosis的新机制	研究主要基于公开数据，实验验证在体外和体内进行，但临床样本验证有限，且机制细节需进一步探索	识别骨肉瘤中与PANoptosis相关的预后生物标志物并阐明其下游调控机制	骨肉瘤细胞、单细胞转录组数据、批量转录组数据、小鼠异种移植肿瘤模型	生物信息学与癌症生物学	骨肉瘤	单细胞转录组学、批量RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、Western blot、异种移植肿瘤实验	预后特征模型	转录组数据、图像数据、蛋白质数据	基于公开单细胞和批量转录组数据集，具体样本数未明确说明，但包括OS样本和实验模型	NA	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA
118	2025-12-26	Transcriptomic plasticity of cholinergic adipose macrophages in the acute thermogenic response 2025-Nov-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110925 PMID:41207622	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了胆碱能脂肪巨噬细胞在急性冷暴露下的转录组动态变化及其混合起源	首次在单细胞水平上详细描述了胆碱能脂肪巨噬细胞的转录组可塑性，并揭示了其混合起源（成年骨髓和胚胎来源），为代谢疾病治疗提供了新靶点	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证；急性冷暴露的长期效应和具体机制仍需进一步探索	探究胆碱能脂肪巨噬细胞在急性产热反应中的转录组动态变化及其细胞起源	小鼠皮下白色脂肪组织中的ChAT-eGFP+细胞（表达胆碱乙酰转移酶）	单细胞转录组学	代谢疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确指定样本数量，但涉及小鼠在热中性或急性冷暴露条件下的脂肪组织细胞	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
119	2025-12-26	Discovery of disease-associated cellular states using ResidPCA in single-cell RNA and ATAC sequencing data 2025-Oct-27, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100538 PMID:41157948	研究论文	本文介绍了一种名为ResidPCA的稳健方法，用于在单细胞RNA和ATAC测序数据中发现与疾病相关的细胞状态	ResidPCA通过显式建模细胞类型异质性，在检测跨多种细胞类型表达的状态时，比传统PCA和非负矩阵分解方法具有更高的准确性	NA	推进对单细胞测序数据中疾病相关细胞异质性的理解	光刺激小鼠视觉皮层细胞和阿尔茨海默病队列的单核数据集	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序, 单核ATAC测序	PCA, NMF, ResidPCA	单细胞RNA测序数据, 单核ATAC测序数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 单核ATAC-seq	NA	NA
120	2025-12-26	Resolving ScRNA-Seq Signatures of Antigen-Specific CD4+ T Cells in Tolerance across Semi-Allogeneic Transplantation and Pregnancy 2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.06.663404 PMID:40672265	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序解析了抗原特异性CD4+ T细胞在半同种异体移植和妊娠耐受中的转录特征	首次在移植和妊娠模型中比较了抗原特异性CD4+ T细胞的单细胞转录组，揭示了耐受与排斥的独特细胞簇变化	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅作为验证，样本量相对有限	探究抗原特异性CD4+ T细胞在移植耐受和妊娠耐受中的转录状态差异	内源性抗原特异性CD4+ T细胞	单细胞转录组学	移植免疫与生殖免疫	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	涉及同种异体心脏移植模型、初产或父系皮肤致敏妊娠模型的小鼠样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA