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当前共找到 37957 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-03-31 |
Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq identifies transcriptional and epigenetic blueprint guiding osteoclastogenic trajectory
2025-Sep-28, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf084
PMID:40577680
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq、ATAC-seq、bulk RNA-seq和ChIP-seq技术，揭示了小鼠破骨细胞生成过程中的转录和表观遗传调控机制 | 首次在单细胞分辨率下结合多组学分析，系统描绘了破骨细胞生成的调控蓝图，并鉴定出IRF8作为破骨细胞生成的关键负调控因子 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证和临床转化仍需进一步探索 | 阐明破骨细胞生成过程中的转录和表观遗传调控机制 | 野生型和IRF8条件性敲除小鼠的造血干细胞、祖细胞、单核细胞及破骨细胞前体 | 单细胞多组学 | 骨溶解性疾病 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, bulk RNA-seq, ChIP-seq | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据, 批量转录组数据, 染色质免疫沉淀数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 102 | 2026-03-31 |
scSpatialSIM: a simulator of spatial single-cell molecular data
2025-Sep, SoftwareX
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.softx.2025.102223
PMID:41908069
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研究论文 | 本文介绍了scSpatialSIM，一个用于模拟生物真实空间单细胞分子数据的R包，旨在支持空间统计方法的基准测试和比较 | 开发了scSpatialSIM包，无需参考数据集即可高效模拟单细胞空间模式，支持细胞聚类、共定位、组织隔室和孔洞等特征，并能模拟分类和连续数据 | scSpatialSIM仅限于模拟细胞聚类和共定位，而非更广泛的组织水平子域 | 开发一个模拟空间单细胞分子数据的工具，以促进空间统计方法的比较评估和基准测试 | 空间分子数据，包括细胞表型和基因或蛋白表达 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学，多重免疫荧光 | NA | 空间单细胞分子数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 103 | 2026-03-31 |
Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies age-associated changes in macrophages and signaling dynamics†
2025-Aug-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf122
PMID:40459236
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和流式细胞术分析年轻与年老小鼠卵巢中的髓系细胞，揭示了与年龄相关的巨噬细胞亚群变化及信号通路动态 | 首次在年老小鼠卵巢中鉴定出独特的Cx3cr1lowCd81hi巨噬细胞亚群，并发现ANNEXIN和TGFβ信号通路的显著改变，为卵巢衰老相关的炎症和纤维化提供了新机制 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本，且样本量相对较小 | 探究卵巢衰老过程中髓系细胞的功能特征和信号动态变化 | 年轻（3个月）和年老（14-17个月）小鼠卵巢中的CD45+ CD11b+髓系细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | RNA序列数据, 流式细胞数据 | 年轻和年老小鼠卵巢样本，具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2026-03-31 |
Progress and new challenges in image-based profiling
2025-Aug-07, ArXiv
PMID:40799808
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综述 | 本文回顾了图像特征分析在计算领域的发展，详述了当前流程、讨论了局限性，并强调了未来的发展方向 | 深度学习从根本上重塑了图像特征分析，改进了特征提取、可扩展性和多模态数据整合 | 该领域仍面临重大挑战，需要创新解决方案 | 为研究人员提供导航图像特征分析领域进展和新挑战的路线图 | 细胞表型分析 | 计算机视觉 | NA | 显微镜成像 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 105 | 2026-03-31 |
The Advance of Single-Cell RNA Sequencing Applications in Ocular Physiology and Disease Research
2025-08-04, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15081120
PMID:40867565
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在眼生理学和疾病研究中的应用进展 | 系统总结了scRNA-seq如何通过单细胞水平的高分辨率分析，揭示眼部细胞异质性、识别疾病特异性基因谱，并推动新型生物标志物和治疗靶点的发现 | 作为一篇综述文章，未提出新的实验数据或方法，主要基于现有文献进行归纳总结 | 回顾和总结scRNA-seq技术在眼生理学和病理学研究中的应用进展与潜力 | 眼部组织，包括与近视、眼表和角膜疾病、青光眼、葡萄膜炎、视网膜疾病及眼部肿瘤相关的各类细胞 | 数字病理学 | 眼部疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 106 | 2026-03-31 |
Spatial Transcriptomics Decodes Breast Cancer Microenvironment Heterogeneity: From Multidimensional Dynamic Profiling to Precision Therapy Blueprint Construction
2025-07-24, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15081067
PMID:40867511
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术在乳腺癌研究中的应用，重点探讨其在解析肿瘤异质性、表征肿瘤微环境、阐明疾病进展与转移机制以及预测治疗反应方面的作用 | 系统性地将空间转录组学定位为整合多组学数据的枢纽技术，并提出了其在构建乳腺癌精准治疗蓝图中的路线图 | 作为一篇综述文章，其局限性在于主要总结现有研究，而非提出新的原始数据或实验验证 | 旨在综合空间转录组学在乳腺癌研究中的应用，并探索其如何连接分子图谱与临床转化以推动精准治疗 | 乳腺癌及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 107 | 2026-03-31 |
Targeting Sodium Transport Reveals CHP1 Downregulation as a Novel Molecular Feature of Malignant Progression in Clear Cell Renal Cell Carcinoma: Insights from Integrated Multi-Omics Analyses
2025-07-15, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15071019
PMID:40723891
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析，揭示了钠离子转运相关基因CHP1下调是透明细胞肾细胞癌恶性进展的新分子特征 | 首次通过整合单细胞RNA测序、蛋白质组学等多组学数据，系统揭示了CHP1在ccRCC恶性进展中的下调模式及其作为预后生物标志物的潜力，并筛选出靶向CHP1的候选化合物 | 研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步的体内外实验验证CHP1的功能机制和候选化合物的治疗效果 | 构建ccRCC的细胞和转录组全景图，揭示恶性进展过程中的基因表达动态 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC） | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序，蛋白质组学，免疫组化，分子对接，虚拟筛选 | 伪时间轨迹分析，Mfuzz聚类，细胞间通讯建模 | 单细胞转录组数据，蛋白质组数据，免疫组化图像，细胞系数据 | 90个scRNA-seq样本，包含534,227个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 108 | 2026-03-31 |
Podocyte YAP and TAZ hyperactivation drives glomerular epithelial proliferative diseases in mice and humans
2025-Jun-25, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adq3852
PMID:40560997
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研究论文 | 本研究通过免疫染色和空间转录组学分析，揭示了足细胞中YAP和TAZ的异常过度激活是驱动肾小球上皮细胞增殖性疾病的共同机制 | 首次发现足细胞YAP-TAZ过度激活是多种肾小球上皮增殖性疾病的共同驱动因子，为这类疾病提供了统一的致病机制解释 | 研究主要基于小鼠模型和人类活检样本，需要进一步验证在更广泛人群中的普适性 | 探究肾小球上皮细胞增殖性疾病的共同致病机制 | 人类肾活检样本（塌陷性肾小球病和ANCA血管炎诱导的新月体性肾小球肾炎患者）及小鼠模型 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 免疫染色，空间转录组学 | NA | 图像，空间转录组数据 | 人类肾活检样本（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 109 | 2026-03-31 |
Pseudoassembly of k-mers
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.11.653354
PMID:40463286
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研究论文 | 本文介绍了一种通过彩色de Bruijn图识别基因组序列变异的方法，并实现了名为klue的程序进行伪组装 | 提出基于彩色de Bruijn图的伪组装方法，能够从单细胞RNA-seq数据中识别细胞类型特异性变异 | NA | 开发一种识别基因组序列变异的新方法 | 小鼠黑色素瘤模型中的单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA-seq | 彩色de Bruijn图 | 基因组序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 110 | 2026-03-31 |
Molecular and Biophysical Perspectives on Dormancy Breaking: Lessons from Yeast Spore
2025-05-11, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15050701
PMID:40427594
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综述 | 本文综述了当前关于细胞休眠分子机制的知识，特别聚焦于两种主要酵母模型，并总结了通过单细胞RNA-seq、蛋白质组学分析和活细胞成像等多方面方法揭示的基因表达、蛋白质组组成和活力的动态变化 | 整合了分子和生物物理视角，特别是通过研究细胞质流动性变化来理解休眠细胞调控，提供了对休眠和休眠打破过程的新理解 | NA | 阐明休眠和休眠打破的分子和生物物理原理 | 酵母孢子作为模型系统，以及广泛的物种如细菌、真菌、植物和缓步动物 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学分析, 活细胞成像 | NA | 基因表达数据, 蛋白质组数据, 成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 111 | 2026-03-31 |
Molecular heterogeneity and development of the ventral tegmental area
2025-Feb, Current opinion in behavioral sciences
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cobeha.2024.101478
PMID:41908169
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研究论文 | 本文探讨了多巴胺能中脑（特别是腹侧被盖区）在发育过程中的分子异质性 | 利用单细胞测序技术揭示了多巴胺能神经元在胚胎发育和成年期的分子复杂性及细胞异质性 | NA | 研究多巴胺能中脑（包括腹侧被盖区和黑质）在发育过程中的分子异质性及其功能 | 多巴胺能神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 112 | 2026-03-31 |
RARS1 inhibits ENO1 ubiquitination and degradation to protect against ferroptosis in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1686597
PMID:41451236
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研究论文 | 本研究探讨了RARS1基因在肝细胞癌（LIHC）进展中的作用及其治疗潜力，揭示了其通过调控ENO1泛素化和降解来抑制铁死亡并促进肿瘤发展的机制 | 首次将移植排斥相关基因（ARRGs）与LIHC分子分型关联，并发现RARS1通过PI3K/AKT/GSK3β通路和ENO1调控铁死亡的新机制，同时鉴定出AH.6809作为潜在RARS1抑制剂 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证和临床样本的深入机制探索 | 探究RARS1在肝细胞癌进展中的功能及其作为治疗靶点的潜力 | 肝细胞癌（LIHC）患者数据、LIHC细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 差异表达分析、Cox回归分析、非负矩阵分解（NMF）、单细胞转录组学、空间转录组学、分子生物学技术 | NA | 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 113 | 2026-03-31 |
Decoding aging in the heart via single cell dual omics of non-cardiomyocytes
2024-Dec-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111469
PMID:39735437
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研究论文 | 本研究通过单细胞双组学技术解析小鼠心脏非心肌细胞在衰老过程中的分子和细胞变化 | 首次在单细胞水平结合scRNA-seq和scATAC-seq技术，系统研究心脏非心肌细胞在衰老中的异质性和动态变化 | 研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，且样本量相对有限 | 解析心脏衰老的细胞和分子机制，为衰老相关心脏疾病提供治疗指导 | 年轻、中年和老年小鼠的心脏非心肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 年轻、中年和老年小鼠的心脏非心肌细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 114 | 2026-03-31 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病（ACM）疾病进展中的关键驱动作用 | 首次在ACM患者心肌样本中结合单核RNA测序和空间转录组学，识别出炎症-纤维化空间微环境，并证明靶向IL-1β可改善疾病表型 | 研究主要基于患者样本和小鼠模型，临床转化效果需进一步验证；样本量可能有限 | 探究ACM的疾病进展机制并评估靶向IL-1β的治疗潜力 | ACM患者心肌样本、对照捐赠者样本、纯合子Desmoglein-2突变小鼠 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序、空间转录组学 | NA | RNA测序数据、空间转录组数据 | ACM患者和对照捐赠者的心肌样本，具体数量未明确说明 | NA | 单核RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 115 | 2026-03-31 |
Interpreting single-cell and spatial omics data using deep neural network training dynamics
2024-12, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00721-5
PMID:39633094
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研究论文 | 本研究开发了Annotatability框架，通过监测深度神经网络在单细胞和空间组学数据上的训练动态，来识别注释不匹配并表征生物数据结构 | 提出了一种基于深度神经网络训练动态的新方法，用于评估细胞注释的可靠性并揭示生物信号结构，结合信号感知图嵌入技术进行下游分析 | 未明确说明方法在更大规模或更复杂数据集上的可扩展性，且依赖于预定义的细胞注释，可能受注释主观性影响 | 解决单细胞和空间组学数据注释中的模糊性和错误问题，以更好地解释细胞类型、状态和异质性 | 单细胞和空间组学数据中的细胞注释和生物信号结构 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，空间组学 | 深度神经网络 | 单细胞RNA测序数据，空间组学数据 | 八个单细胞RNA测序和空间组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 116 | 2026-03-31 |
Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis
2024-12, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00734-0
PMID:39706866
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研究论文 | 本文提出了一种名为基因信号模式分析（GSPA）的图信号处理方法，用于从单细胞数据中学习丰富的基因表示，以映射基因空间 | 首次系统性地提出基因嵌入问题，并开发了基于细胞-细胞图的扩散小波字典的GSPA方法，实现了基因在细胞流形上的模式化和定位表征 | 未明确提及方法在特定疾病或大规模数据集上的验证限制 | 开发计算方法来映射单细胞测序分析中的基因空间，并评估基因表示的有效性 | 单细胞测序数据中的基因 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 图信号处理（GSPA） | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 117 | 2026-03-31 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
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研究论文 | 本研究评估了Element Biosciences的亲和力测序化学技术在单细胞RNA-seq文库中准确测序通过同聚物引物区域的能力，并分析了其对读段比对和多聚腺苷酸化位点精确量化的影响 | 首次系统评估了Element Aviti平台在单细胞RNA-seq中通过胸腺嘧啶同聚物区域进行准确测序的能力，并开发了改进的接头修剪和比对流程 | 与单端比对相比，配对端比对并未一致提高读段映射率，且研究未排除其他新兴平台可能具有类似性能的可能性 | 评估新型测序化学在单细胞RNA-seq中的应用效果，改进文库表征和多聚腺苷酸化位点分析 | 单细胞RNA-seq文库 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq | Element Aviti | 亲和性碱基化学测序平台 |
| 118 | 2026-03-31 |
Single-cell RNA sequencing reveals characteristics of myeloid cells in pulmonary post-acute sequelae of SARS-CoV-2
2023-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.31.551349
PMID:37577518
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了SARS-CoV-2感染后肺部长期后遗症（PPASC）中髓系细胞的免疫特征和代谢变化 | 首次在单细胞水平上详细描述了PPASC患者外周血单核细胞中髓系细胞的转录组特征，并发现了与纤维化、免疫抑制和代谢改变相关的基因表达模式 | 样本量相对较小，且主要关注外周血细胞，未直接分析肺部组织；研究为观察性，需进一步功能验证 | 探究SARS-CoV-2感染后肺部长期后遗症（PPASC）的免疫学机制 | SARS-CoV-2感染后出现慢性肺部症状的患者（PPASC）与未感染对照者的外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过34,139个外周血单核细胞，整合了公开数据集（GSM4509024） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞RNA测序技术 |
| 119 | 2026-03-31 |
Proteomic Profiling of Fallopian Tube-Derived Extracellular Vesicles Using a Microfluidic Tissue-on-Chip System
2023-Mar-27, Bioengineering (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/bioengineering10040423
PMID:37106610
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研究论文 | 本研究建立了一个微流控组织芯片系统，用于培养人输卵管上皮细胞并收集其分泌的小细胞外囊泡，首次报道了295种常见的hFTE sEV蛋白，并揭示了这些蛋白与输卵管组织转录组之间的相关性 | 首次利用微流控平台培养人输卵管上皮细胞进行sEV收集，并通过质谱蛋白质组学分析，首次报道了295种常见的hFTE sEV蛋白质，并关联了sEV蛋白谱与组织空间转录组数据 | 研究受限于生物材料的可用性和适当的培养方法，且样本规模可能较小 | 研究人输卵管上皮细胞来源的小细胞外囊泡的蛋白质组成及其功能，探索其在卵巢癌发生和生殖功能中的作用 | 人输卵管上皮细胞及其分泌的小细胞外囊泡 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 质谱蛋白质组学分析，空间转录组学分析 | 微流控组织芯片系统 | 蛋白质组数据，转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | GeoMx Cancer Transcriptome Atlas | NA |
| 120 | 2026-03-31 |
Recurrent transcriptional responses in AML and MDS patients treated with decitabine
2022-07, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2022.04.002
PMID:35429619
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研究论文 | 本研究通过全基因组亚硫酸氢盐测序、RNA测序和单细胞RNA测序，系统分析了地西他滨治疗AML和MDS患者体内诱导的基因组和转录组变化 | 首次在体内系统识别地西他滨诱导的全局基因组和转录组改变，并揭示了治疗期间和复发时转录反应的动态变化 | 样本量有限且患者间变异大，限制了统计功效以捕获较小效应 | 探究地西他滨在骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者中产生治疗反应的分子机制 | 接受地西他滨治疗的AML和MDS患者的原发性骨髓样本 | 基因组学与转录组学 | 急性髓系白血病 | 全基因组亚硫酸氢盐测序, RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 未明确指定样本数量，但提及样本量有限 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |