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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
101	2026-09-10	Human airway submucosal gland organoids to study respiratory inflammation and infection 2025-07-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.05.013 PMID:40513559	研究论文	利用来自气道表面上皮和黏膜下腺体的长期培养类器官，研究其在呼吸炎症和感染中的独特生理特性	首次将黏膜下腺体类器官纳入气道体外模型，并发现CD13阳性分泌细胞对HCoV-229E感染的易感性	未提供明确的局限性信息	探究气道表面上皮与黏膜下腺体类器官的生理差异及其在呼吸炎症和感染建模中的应用	人气道表面上皮和黏膜下腺体来源的类器官	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序	类器官模型	单细胞转录组数据	未提供具体样本量	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序
102	2026-09-10	Exploring the sublayer formation process in layer V of the neocortex through two newly identified molecular markers 2025-07-01, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991) DOI:10.1093/cercor/bhaf174 PMID:40668607	研究论文	本研究通过两个新识别的分子标记物Pcp4和FoxO1，探索了大脑皮层第五层的亚层形成过程	首次识别出Pcp4和FoxO1作为皮层第五层亚层Va和Vb的特定分子标记，并通过scRNA-seq验证及Dicer条件敲除小鼠模型展示了miRNA在神经元亚型特化中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类皮层发育，且尚未完全阐明miRNA调控下游靶基因的具体机制	阐明哺乳动物新皮层第五层中神经元多样化和亚层形成的分子机制	小鼠大脑皮层第五层的兴奋性锥体神经元及其亚层Va和Vb	神经科学、分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件敲除小鼠模型	NA	基因表达数据、组织切片图像	两种Dicer条件敲除小鼠模型及对照	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
103	2026-09-10	An erythroid-biased FOShi hematopoietic multipotent progenitor subpopulation contributes to adaptation to chronic hypoxia 2025-06-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.03.010 PMID:40220764	research paper	通过单细胞RNA测序分析，识别出一个偏向红细胞生成的多能祖细胞亚群FOShi MPP，它有助于适应慢性缺氧，并发现CD47阻断和IFNα治疗可缓解HAPC小鼠的红细胞增多症	首次鉴定出在慢性缺氧条件下扩张的、对干扰素信号响应的FOShi MPP亚群，并揭示其记忆功能通过维持红细胞生成相关基因的低甲基化来加速再适应；同时发现CD47高表达阻止红细胞吞噬，提出CD47阻断和IFNα治疗作为HAPC的潜在策略	研究基于小鼠模型，可能不完全适用于人类；未详细探讨FOShi MPP在长期适应中的具体分子机制；未进行临床验证	阐明慢性缺氧适应和适应不良的细胞及分子机制，特别是造血干祖细胞和红细胞的变化	高海拔多血红细胞增多症（HAPC）小鼠模型的造血干祖细胞和红细胞	单细胞转录组学	高原红细胞增多症	单细胞RNA测序	无特定模型	单细胞转录组数据	小鼠模型，具体数量未提供	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
104	2026-09-10	3D reconstruction of a human Carnegie stage 9 embryo provides a snapshot of early body plan formation 2025-06-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.04.007 PMID:40345192	研究论文	利用空间转录组学对完整的人类卡内基第9期胚胎进行三维重建，揭示早期身体规划的分子和空间细节	首次对完整的人类CS9胚胎进行空间转录组学和三维数字重建，识别出多种细胞类型，并发现中脑-后脑边界处的峡部组织者及神经中胚层祖细胞的双层结构等新特征	基于单一胚胎样本，可能限制研究结果的普适性；空间转录组学技术分辨率有限，无法捕捉单细胞级别的异质性	探究人类原肠胚形成结束和早期器官发生开始阶段的身体规划形成机制	一个完整的人类卡内基第9期胚胎	空间转录组学	不适用	空间转录组学	不适用	空间转录组数据、图像数据	1个人类CS9胚胎，75个横向冷冻切片	不适用	空间转录组学	不适用	不适用
105	2026-09-10	Single-cell profiling in ovarian germ cell and sex cord-stromal tumours 2025-Jun, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03012-6 PMID:40269311	研究论文	通过单细胞RNA测序构建罕见卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的微环境蓝图，揭示不同亚型的免疫和基质特征	首次对卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤进行单细胞水平分析，描绘了肿瘤微环境的细胞组成和状态，发现未成熟畸胎瘤和成年颗粒细胞瘤的不同免疫特征	分析基于有限的样本量（12例新鲜肿瘤，共66,919个细胞），验证实验基于额外的样本，但具体局限性未在摘要中提及	通过单细胞RNA测序探索罕见卵巢肿瘤（OGCT和SCST）的免疫和基质微环境，以理解其免疫景观的调节因素	七例成年颗粒细胞瘤、一例幼年颗粒细胞瘤、一例支持-间质细胞瘤、两例未成熟畸胎瘤和一例无性细胞瘤的新鲜肿瘤样本，以及配对的批量RNA测序数据	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	单细胞转录组数据、批量转录组数据	12个新鲜肿瘤样本（共66,919个细胞），批量RNA测序的32个样本	NA	单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	NA
106	2026-09-10	A single-cell spatial chart of the airway wall reveals proinflammatory cellular ecosystems and their interactions in health and asthma 2025-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02161-3 PMID:40399607	研究论文	利用单细胞空间转录组学揭示健康和哮喘状态下气道上皮壁的细胞空间图谱，并发现促炎性细胞生态系统及其相互作用	首次提供气道壁高分辨率的单细胞空间图谱，识别出在健康和哮喘中离散空间生态位内的促炎性细胞生态系统，并揭示如ACKR1受体和表达双调蛋白的肥大细胞在其中的作用机制	未明确说明研究的局限性	揭示健康和哮喘状态下气道上皮壁的细胞空间组织及其相互作用，为治疗干预提供新靶点	健康和哮喘患者的气道壁组织样本	空间转录组学，数字病理学	哮喘	单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据（空间转录组）	未明确说明样本数量	10x Genomics	空间转录组学	10x Visium	10x Visium空间转录组平台，可能包括FFPE样本处理
107	2026-09-10	RNAcare: integrating clinical data with transcriptomic evidence using rheumatoid arthritis as a case study 2025-05-21, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02162-z PMID:40399884	研究论文	介绍了一个名为RNAcare的计算平台，该平台整合临床数据与转录组数据，以类风湿关节炎为案例进行研究。	RNAcare平台提供了交互式且可复制的方法，能够直接整合基因表达数据与临床特征，并支持自定义目标标签，从而分析基因表达与临床症状（如疼痛和疲劳）之间的关系，这是现有工具所缺乏的。	摘要中未明确提及局限性。	开发一个整合临床数据与转录组数据的计算平台，以帮助临床医生和研究人员更好地理解基因表达与临床症状之间的关系。	类风湿关节炎患者样本的转录组数据及临床特征。	机器学习	类风湿关节炎	RNA-seq	NA	转录组数据和临床数据	未明确说明，但涉及患者样本。	NA	NA	NA	NA
108	2026-09-10	scSDNE: A semi-supervised method for inferring cell-cell interactions based on graph embedding 2025-05, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013027 PMID:40333631	研究论文	提出一种基于图嵌入的半监督方法scSDNE，用于推断细胞间通过配体-受体相互作用介导的通信	利用深度学习将交互细胞的基因映射到共享潜在空间，并整合基因调控信息以提升推断准确性和生物学可解释性	未在摘要中提及	开发一种半监督方法以更可靠地推断细胞-细胞相互作用，提供对复杂细胞间通信的新视角	细胞间的配体-受体相互作用及单细胞RNA测序数据	机器学习	不适用	单细胞RNA测序	图嵌入模型（基于深度学习）	单细胞基因表达数据	未在摘要中说明	不适用	单细胞RNA测序	不适用	不适用
109	2026-09-10	M-band wavelet-based multi-view clustering of cells 2025-05, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013060 PMID:40408513	研究论文	提出了一种基于M波段小波分析的单细胞RNA测序数据多视图聚类方法WMC，结合均匀流形逼近与投影技术实现细胞类型的精细识别与发现	首次将M波段小波分析应用于scRNA-seq数据，通过将数据矩阵分解为近似和细节分量，实现了缺失细胞类型的可视化与新细胞类型的发现	摘要中未提及明显局限性	开发一种基于小波分析的单细胞测序数据聚类方法，用于精细识别细胞类型、身份和功能状态	单细胞RNA测序数据中的细胞	机器学习	NA	scRNA-seq	小波分析	单细胞基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
110	2026-09-10	Putative function and prognostic molecular marker of mast cells in colorectal cancer 2025-04-08, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02117-4 PMID:40205370	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据分析结直肠癌中肥大细胞的功能、与恶性细胞的分子通讯，并构建基于肥大细胞标志物的预后分类模型	首次系统地解析结直肠癌中肥大细胞的异质性、功能及其与恶性细胞的分子通讯，并基于肥大细胞标志物构建并验证预后分类模型	未提供明确的局限性信息	剖析结直肠癌中的肥大细胞，表征其在肿瘤发展中的作用，协调肥大细胞与恶性细胞间的分子通讯，并构建和验证基于肥大细胞标志物的预后分类模型	结直肠癌患者样本及肥大细胞系（P815和MC-9）和结直肠癌细胞系（MC38）	基因组学、免疫学	结直肠癌	单细胞转录组测序、qRT-PCR、细胞共培养、细胞迁移和侵袭实验	LASSO回归、Cox回归模型	单细胞转录组数据、基因表达数据	单细胞转录组公共数据集GSE146771（包含10186个高质量细胞）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
111	2026-09-10	FOSB is a key factor in the genetic link between inflammatory bowel disease and acute myocardial infarction: multiple bioinformatics analyses and validation 2025-04-03, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02129-0 PMID:40181401	研究论文	本研究通过多生物信息学分析和验证，探讨炎症性肠病与急性心肌梗死之间的遗传关联，并找到关键基因FOSB。	首次通过多组学分析和机器学习方法系统识别IBD和AMI共享的关键基因，并结合单细胞测序和药物预测，为共病机制提供新见解。	研究基于公共数据库，样本数量和多样性有限，且未进行功能验证实验。	揭示炎症性肠病与急性心肌梗死共病的遗传机制，寻找潜在诊断标志物和治疗靶点。	炎症性肠病（克罗恩病和溃疡性结肠炎）和急性心肌梗死患者的相关基因表达数据（微阵列数据、单细胞测序数据）。	生物信息学、机器学习	炎症性肠病、急性心肌梗死	微阵列分析、差异表达基因分析、WGCNA、机器学习（LASSO、随机森林、Boruta）、qRT-PCR、Western blotting、单细胞测序、CMap数据库分析	LASSO、随机森林、Boruta	基因表达数据（微阵列数据）、单细胞测序数据	IBD和AMI相关微阵列数据集，特定样本数量未在摘要中提供	NCBI GEO	微阵列分析、单细胞RNA测序	GEO微阵列数据集（具体平台未指定）	未指定具体平台配置，使用NCBI GEO数据库中的现有数据集
112	2026-09-10	A Krüppel-like factor establishes cellular heterogeneity during schistosome tegumental maintenance 2025-03, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1013002 PMID:40153400	研究论文	本研究通过RNAi、单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，探究了Krüppel样因子4（klf4）在曼氏血吸虫表皮细胞异质性维持中的作用，发现klf4对维护一个表皮相关谱系至关重要	首次揭示了klf4转录因子在血吸虫表皮干细胞池中调节不同细胞群体平衡的新功能，并通过多组学方法提供了全面视角	未详述特定限制，但可能受限于体外RNAi实验的效率和体内复杂性的模拟	解析控制血吸虫表皮细胞分化的分子程序，以理解寄生虫长期存活的机制	曼氏血吸虫的表皮相关谱系（TRL）及成熟的表皮细胞亚群	基因组学	血吸虫病	RNAi、单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	NA
113	2026-09-10	Anti-inflammatory actions of ripasudil ameliorate experimental autoimmune uveoretinitis in the acute phase 2025-02-27, BMJ open ophthalmology IF:2.0Q2 DOI:10.1136/bmjophth-2024-001981 PMID:40021201	研究论文	本研究评估了Rho激酶抑制剂利帕舒地尔在实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎发病初期给药的抗炎作用，并探讨其抑制机制。	首次在EAU模型中评估利帕舒地尔从疾病发作期开始给药的治疗效果，并利用单细胞RNA测序分析其靶向的T细胞亚群。	尚未明确利帕舒地尔对其他免疫细胞的影响及长期治疗的安全性。	评估利帕舒地尔在EAU发作期给药对眼部炎症的抑制作用，并阐明其机制。	野生型C57BL/6小鼠的实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎模型。	免疫学	葡萄膜炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达谱	NA	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'
114	2026-09-10	Targeting RECQL4 in hepatocellular carcinoma: from prognosis to therapeutic potential 2025-02-25, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02107-6 PMID:40001159	研究论文	本研究评估了RECQL4在肝细胞癌中的预后价值，并探讨其与生物学过程、血管生成、免疫浸润、免疫检查点及药物敏感性的关联	首次综合评估RECQL4在肝细胞癌中的临床预后价值，并利用多组学数据分析其与血管生成、免疫浸润和药物敏感性的关联	基于数据库的分析存在局限性，且实验验证仅限于细胞系，缺乏体内实验	评估RECQL4作为肝细胞癌预后标志物的临床价值，并探讨其与多种生物学过程、血管生成、免疫浸润及药物敏感性的关联	肝细胞癌肿瘤组织样本及Hep3B、Huh7肝癌细胞系和MHA正常肝细胞系	癌症基因组学，数字病理学	肝细胞癌	TCGA数据分析，qPCR，Western blotting，CCK-8检测，EdU检测，克隆形成实验，伤口愈合实验，Transwell实验	NA	基因表达数据，单细胞RNA-seq数据，细胞实验数据	TCGA数据库中的肝细胞癌样本及细胞系样本	NA	NA	NA	NA
115	2026-09-10	Analysis of ferroptosis-related genes in cerebral ischemic stroke via immune infiltration and single-cell RNA-sequencing 2025-02-11, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02098-4 PMID:39934808	研究论文	通过免疫浸润分析和单细胞RNA测序，研究脑缺血性卒中中的铁死亡相关基因，寻找潜在的早期诊断生物标志物。	首次将铁死亡相关基因与免疫浸润分析及单细胞RNA测序结合，发现Nfe2l2为潜在生物标志物，并揭示铁死亡可能通过Nfe2l2/HO-1通路被抑制。	摘要中未提及具体局限性。	探讨脑缺血性卒中中铁死亡相关生物标志物及其对免疫浸润的影响，为IS早期诊断和治疗提供新思路。	脑缺血性卒中相关铁死亡基因及免疫细胞浸润、单细胞RNA-seq数据、小鼠模型。	生物信息学、单细胞测序	缺血性脑卒中	单细胞RNA测序、western blot、HE染色、Nissl染色、ROS荧光染色、免疫组化、qRT-PCR	NA	基因表达数据、单细胞RNA-seq数据、图像、蛋白质表达数据	未明确提及，涉及小鼠模型和数据库数据。	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
116	2026-09-10	Intrahepatic Exhausted Antiviral Immunity in an Immunocompetent Mouse Model of Chronic Hepatitis B 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101412 PMID:39349249	研究论文	开发了一种免疫活性小鼠慢性乙型肝炎模型，并利用单细胞RNA测序剖析了肝内耗竭的抗病毒免疫特征	首次在免疫活性小鼠中再现了慢性乙型肝炎患者肝内耗竭性抗病毒免疫，并通过肝内递送转座子载体建立模型	未提及	建立免疫活性小鼠慢性乙型肝炎模型，用于肝内免疫谱分析，并评估IFNα和TLR7激动剂SA-5的治疗效果	慢性乙型肝炎小鼠模型中的肝内免疫细胞（如耗竭CD8+ T细胞、巨噬细胞和自然杀伤细胞）	免疫学	慢性乙型肝炎	单细胞RNA-seq	小鼠模型	单细胞转录组数据	慢性乙型肝炎小鼠模型组与治疗组，具体样本量未提及	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
117	2026-09-10	Single-cell Profiling of Intrahepatic Immune Cells Reveals an Expansion of Tissue-resident Cytotoxic CD4+ T Lymphocyte Subset Associated With Pathogenesis of Alcoholic-associated Liver Diseases 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101411 PMID:39349248	研究论文	通过单细胞RNA测序分析酒精性肝病（ALD）患者的肝免疫细胞图谱，发现GZMK+组织驻留性细胞毒性CD4+ T淋巴细胞亚群在ALD发病机制中起关键作用	首次揭示了ALD患者肝内CD4+ T细胞显著扩增并超过CD8+ T细胞，且识别出GZMK+CD4+ T细胞亚群具有组织驻留和终末效应特征，及其在肝纤维化区域的富集	样本量可能有限，且主要依赖转录组数据，未深入验证GZMK+CD4+ T细胞的功能机制	探索酒精性肝病（ALD）与健康个体及代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）相比，肝免疫细胞的转录组特征及其在ALD发病机制中的作用	健康人、MASLD患者和ALD患者的肝脏免疫细胞	单细胞转录组学	酒精性肝病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	健康人、MASLD和ALD患者的肝样本，具体数量未提供	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序平台
118	2026-09-10	The Human Milk-derived Peptide Drives Rapid Regulation of Macrophage Inflammation Responses in the Neonatal Intestine 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101420 PMID:39414025	研究论文	本研究鉴定人乳细胞外囊泡中的β-酪蛋白衍生肽CASB135-150，并揭示其通过靶向巨噬细胞、抑制NF-κB信号通路，快速调节新生儿肠道炎症反应，从而保护坏死性小肠结肠炎引起的肠道损伤	首次发现人乳细胞外囊泡中新型肽CASB135-150能快速调控巨噬细胞炎症反应，并阐明其通过破坏FHL2/TRAF6复合物、降低TRAF6蛋白水平来抑制NF-κB信号通路的分子机制	研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验，人体验证不足；CASB135-150精准递送至肠道巨噬细胞的体内过程及长期安全性需进一步探讨	探究人乳细胞外囊泡中肽段在新生儿先天免疫稳态调节和肠道健康中的作用，并开发针对坏死性小肠结肠炎的潜在治疗策略	人乳细胞外囊泡、大鼠坏死性小肠结肠炎模型、骨髓来源巨噬细胞和肠道巨噬细胞	免疫学	坏死性小肠结肠炎	单细胞RNA测序、RNA测序、免疫荧光分析、免疫共沉淀、蛋白质-蛋白质相互作用分析	NA	基因表达数据、图像数据	大鼠模型及巨噬细胞培养样本	10x Genomics	单细胞RNA测序、批量RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序平台（推测）
119	2026-09-10	PKMζ, a Brain-specific PKCζ Isoform, is Required for Glycolysis and Myofibroblastic Activation of Hepatic Stellate Cells 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101429 PMID:39542399	研究论文	本研究旨在探讨肝星状细胞中糖酵解和肌成纤维细胞活化所需的脑特异性PKCζ亚型PKMζ的作用机制	发现PKMζ（而非全长PKCζ）在肝星状细胞中表达，并通过磷酸化VASP促进Glut1锚定于质膜，从而调控糖酵解和细胞活化	摘要未提及具体局限性	阐明Glut1如何锚定/停靠于肝星状细胞质膜，以理解TGFβ1诱导的糖酵解和HSC活化机制	原代人及小鼠肝星状细胞、结直肠癌肝转移的癌症相关成纤维细胞、小鼠肿瘤模型	分子生物学	肝纤维化,结直肠癌肝转移	RT-PCR, Western blotting, 免疫荧光, shRNA, 过表达, 生物素化, 2-NBDG摄取实验, Seahorse糖酵解压力测试, 定点突变, RNA测序, 单细胞RNA测序, 肿瘤/肝星状细胞共植入实验	细胞模型, 小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据, 糖酵解数据, 转录组数据, 单细胞转录组数据, 组织学图像	原代人及小鼠肝星状细胞, 小鼠肿瘤样本（数量未在摘要中明确）	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
120	2026-09-10	Interferon-γ Signaling in Eosinophilic Esophagitis Affects Epithelial Barrier Function and Programmed Cell Death 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101466 PMID:39884574	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和类器官模型探究干扰素-γ信号在嗜酸性食管炎中对上皮屏障功能和程序性细胞死亡的作用	首次在单细胞水平解析嗜酸性食管炎中干扰素应答基因在不同细胞类型的表达，并揭示干扰素-γ对上皮细胞分化和屏障功能的显著影响	未详细说明样本量及统计效力，且类器官模型可能无法完全模拟体内复杂的免疫微环境	阐明干扰素信号在嗜酸性食管炎中对食管上皮细胞功能和屏障完整性的影响机制	嗜酸性食管炎患者的食管上皮细胞、CD8+ T细胞、类器官模型	单细胞转录组学、免疫学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序、批量RNA测序、类器官培养	NA	基因表达数据、图像（类器官形态）	NA	NA	单细胞RNA-seq、批量RNA-seq	NA	NA