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当前共找到 42818 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-08-27 |
Advances in single-cell and spatial omics for studying symbiotic nitrogen fixation: comparative cellular and evolutionary perspectives
2026-Mar-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04024-y
PMID:41814406
|
综述 | 本文综述了单细胞和空间组学技术在共生固氮研究中的进展，揭示了根瘤内的细胞异质性和基因表达调控动态。 | 整合单细胞表观基因组数据，提供共生固氮在细胞水平上的比较分析框架。 | 未提及具体局限性。 | 探讨单细胞和空间组学在共生固氮研究中的应用，并为非豆科作物工程化提供框架。 | 共生固氮根瘤细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学、单细胞表观基因组学（染色质可及性、三维基因组架构） | NA | 基因表达数据、表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 102 | 2026-08-27 |
AKAP7 is a prognostic biomarker involved in immune infiltration of bladder urothelial carcinoma and correlated with ferroptosis
2026-Mar-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04786-8
PMID:41806078
|
研究论文 | 本文研究了AKAP7在膀胱尿路上皮癌中的表达水平、预后意义及免疫特征，并探讨其与铁死亡的关系 | 首次系统性地评估AKAP7在膀胱尿路上皮癌中的表达和预后价值，并揭示其与免疫浸润及铁死亡基因ACSL4的相关性 | 基于数据库的回顾性分析，缺乏前瞻性验证；AKAP7在免疫调节中的具体分子机制尚未完全阐明 | 探索AKAP7在膀胱尿路上皮癌中的表达水平、预后价值及免疫特性，并评估其作为生物标志物的潜力 | 膀胱尿路上皮癌组织样本、正常组织样本、BLCA细胞系及公共数据库中的多组学数据 | 数字病理学 | 膀胱尿路上皮癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 基因表达微阵列 | NA | 基因表达数据, 临床数据, 单细胞转录组数据 | 涉及多个公共数据库、临床组织样本及细胞系,具体样本数量未在摘要中说明 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 103 | 2026-08-27 |
Integrated multi-target pharmacology of ginseng in acute myeloid leukemia through single-cell sequencing, molecular docking, network pharmacology, and in vitro experiments
2026-Mar-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04747-1
PMID:41806205
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序、网络药理学、分子对接及体外实验，综合探究人参在急性髓系白血病中的多靶点治疗作用及其分子机制 | 首次整合单细胞RNA测序与网络药理学方法，揭示人参活性成分在克服AML化疗耐药中的潜在靶点与信号通路，并验证了人参二醇与Ara-C的协同抗白血病效应 | 研究样本量较小（仅10例患者），且体外实验未能完全模拟体内微环境，未进行动物模型或临床验证 | 探索人参在治疗急性髓系白血病中的潜在治疗靶点和分子机制，特别是其克服化疗耐药的机制 | 10例接受标准化疗方案的急性髓系白血病患者的单细胞数据，以及人参的关键活性成分（如人参皂苷Rh4、戈米辛B、人参二醇） | 计算机视觉 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序、网络药理学、分子对接、体外实验 | NA | 基因表达数据、分子结构数据、实验数据 | 10例AML患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 104 | 2026-08-27 |
Integrated single-cell and spatial transcriptomic analysis reveals mCAF-SPP1⁺ macrophage-T cell crosstalk shaping immunosuppressive niches in colorectal cancer liver metastasis
2026-Mar-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07978-6
PMID:41807965
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研究论文 | 该研究整合单细胞和空间转录组数据，揭示了结直肠癌肝转移中mCAF-SPP1⁺巨噬细胞-T细胞串扰形成的免疫抑制微环境，并提出了三基因预后签名 | 首次整合多队列单细胞RNA测序和空间转录组学，系统描绘了结直肠癌肝转移中基质-髓系细胞与T细胞的三层空间结构和配体-受体相互作用网络，并开发了基于机制的简洁三基因预后签名 | 未明确提及具体局限性，但可推断在于依赖公开数据集和计算预测，功能验证仅限于CAR-T模型 | 解析结直肠癌肝转移中基质和髓系细胞如何协同塑造T细胞状态，并开发稳健的预后标志物 | 结直肠癌原发肿瘤和肝转移组织样本，包括巨噬细胞、成纤维细胞和T细胞亚群 | 数字病理学 | 结直肠癌肝转移 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、细胞通讯分析（CellChat和NicheNet） | CAR-T细胞模型 | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、基因组数据（TCGA-COAD/READ和GSE39582） | 多队列单细胞RNA测序数据集，包括原发结直肠癌和肝转移样本；空间转录组样本；TCGA-COAD/READ和GSE39582队列 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 105 | 2026-08-27 |
Integrated multi-omics analysis identifies and validates endoplasmic reticulum stress and mitophagy-related biomarkers in MASLD
2026-Mar-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-43311-3
PMID:41796234
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研究论文 | 本研究整合多组学数据分析，识别并验证内质网应激和线粒体自噬相关的代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）生物标志物，并探索潜在治疗策略。 | 首次整合GEO数据挖掘、机器学习和单细胞RNA测序分析，揭示内质网应激和线粒体自噬在MASLD进展中的协同作用，并通过高通量虚拟筛选和分子对接识别潜在治疗化合物 | 未提及具体局限性，但可能包括样本量有限、验证实验主要基于细胞和小鼠模型等 | 阐明内质网应激和线粒体自噬介导MASLD进展的潜在机制，并识别靶向这些通路的候选治疗药物 | MASLD患者肝脏组织、脂肪肝小鼠模型、游离脂肪酸处理肝细胞 | 机器学习和数字病理学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD） | GEO数据挖掘、机器学习、单细胞RNA测序、高通量虚拟筛选、分子对接 | 机器学习模型（未具体说明类型，如随机森林等） | 转录组测序数据、单细胞RNA测序数据、临床样本表达数据 | 未明确提及样本数量，涉及GEO数据集、MASLD小鼠、人类肝脏组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 106 | 2026-08-27 |
Unique phenotypic and T cell receptor characteristics of CD8+ T cells accumulated in the brains of Alzheimer's disease mice
2026-Mar-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-38351-8
PMID:41794902
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研究论文 | 重新分析阿尔茨海默病小鼠脑内CD8+ T细胞的单细胞RNA测序数据，揭示了两种表型和克隆型不同的组织驻留记忆T细胞群，并预测其可能具有相反的功能 | 首次在阿尔茨海默病小鼠模型中区分出两种表型和克隆型完全不同的CD8+组织驻留记忆T细胞群，其中一种具有干细胞样特征，并通过结构建模预测其T细胞受体与淀粉样β42肽稳定结合 | 基于公共数据集的再分析，未进行湿实验验证；细胞群的功能差异主要依赖计算预测 | 阐明阿尔茨海默病中CD8+组织驻留记忆T细胞的表型和功能差异，探索其在疾病进展中的作用 | 正常衰老、野生型AD和Cxcr6缺陷AD小鼠脑内CD8+ T细胞 | 单细胞转录组学、免疫学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、细胞通讯分析、结构建模 | 聚类分析、CellChat、结构预测模型 | 单细胞转录组数据 | 公共数据集中的小鼠脑内CD8+ T细胞（具体数量未提供） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 107 | 2026-08-27 |
Opportunities and Challenges in Implementing Large Language Models (LLMs) in Oncology
2026-03, JCO clinical cancer informatics
IF:3.3Q2
DOI:10.1200/CCI-26-00031
PMID:41805367
|
综述 | 本文探讨了大型语言模型在肿瘤学中的应用机遇与挑战，涵盖临床应用、转化研究及伦理监管等方面 | 系统性地分析了LLM在肿瘤学中的多维度应用潜力，并强调了负责任实施所需的审慎态度和验证框架 | 未提供实证数据或案例研究，主要基于概念性分析 | 评估LLM在肿瘤学应用中的机遇与挑战，并提出负责任实施的原则 | 大型语言模型在肿瘤临床、转化研究及患者支持中的应用 | 自然语言处理 | 肿瘤 | NA | 大型语言模型 | 文本、图像、基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 108 | 2026-08-27 |
STING activation induces polarized cytokine secretion of IFN-β and IL-17A promoting photoreceptor death and choroidal disruption in age-related macular degeneration
2026-Feb-27, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08491-w
PMID:41760600
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研究论文 | 本研究揭示了STING通路在年龄相关性黄斑变性中通过双相、阶段依赖性功能调控免疫介导的视网膜变性，并确定其作为统一治疗靶点 | 首次阐明STING通路在AMD中具有阶段依赖性的双相功能，从健康组织中的细胞保护转变为早期AMD进展中的致病性炎症驱动，并发现空间组织的细胞因子分泌模式（顶端IFN-β和基底IL-17A） | 摘要中未明确提及局限性 | 阐明STING通路在年龄相关性黄斑变性发病机制中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力 | 人眼组织、患者来源的iPSC-RPE、人视网膜类器官、Cryba1条件敲除小鼠模型、Il17a敲入小鼠、AAV2介导的IFN-β过表达模型、Cryba1/Sting双杂合小鼠 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 免疫组织化学、单细胞转录组学、条件基因敲除、药理学抑制 | NA | 图像、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2026-08-27 |
Neoplastic Immune Mimicry Potentiates Breast Tumor Progression
2026-Feb-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0985
PMID:41129726
|
研究论文 | 研究发现去分化的乳腺肿瘤上皮细胞亚群表达白细胞表面受体，即“免疫模拟”程序，该程序促进肿瘤进展并具有预后价值 | 首次定义并命名“免疫模拟”这一肿瘤细胞去分化程序，揭示其通过上调白细胞表面受体增强肿瘤恶性程度 | 摘要未提及具体局限性 | 探究乳腺肿瘤进展中的去分化程序，特别是“免疫模拟”的表现及其对肿瘤生长和预后的影响 | 乳腺癌细胞系、小鼠转基因及细胞系来源的乳腺癌模型、人类乳腺肿瘤标本及公共单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、组织病理图像 | 公开人类乳腺肿瘤单细胞RNA测序数据集、组织病理标本、多种乳腺癌细胞系及小鼠模型（具体数量未在摘要中给出） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 110 | 2026-08-27 |
Beyond macrophages: FIPV tropism includes T and B lymphocytes
2026-Feb, Veterinary microbiology
IF:2.4Q1
DOI:10.1016/j.vetmic.2025.110864
PMID:41499853
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序等多种技术，发现FIPV不仅感染单核细胞/巨噬细胞，还感染T和B淋巴细胞，并揭示了其在免疫细胞中的复制和持续存在机制 | 首次证明FIPV可感染T和B淋巴细胞并支持亚基因组RNA复制，挑战了FIPV仅感染单核/巨噬细胞的传统模型，并发现了治疗后残留的病毒RNA阳性淋巴细胞，为冠状病毒免疫逃逸和持续感染提供了新机制 | 研究样本仅限于自然发生的渗出性FIP猫的肠系膜淋巴结，可能无法代表其他组织或非渗出性FIP的情况，且未深入探究病毒进入淋巴细胞的分子机制 | 阐明FIPV的细胞嗜性范围及免疫细胞感染机制，并利用FIP作为自然动物模型研究冠状病毒相关的免疫失调和持续感染 | 自然发生渗出性猫传染性腹膜炎的猫，涉及肠系膜淋巴结穿刺液和福尔马林固定石蜡包埋的淋巴结组织 | 数字病理 | 猫传染性腹膜炎 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光, 原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据, 组织图像 | NA（摘要未提供具体样本数量） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 111 | 2026-08-27 |
GeoMx and RNAscope: A Comparative Assessment of Their Utility for Spatial mRNA Expression Profiling in Formalin-Fixed Breast Cancer Tissue
2026-02, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.70020
PMID:41795633
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研究论文 | 对比GeoMx数字空间分析仪与RNAscope在福尔马林固定乳腺癌组织中进行空间mRNA表达分析的实用性 | 首次系统比较GeoMx高多重空间转录组学与RNAscope低多重原位杂交在乳腺癌组织中的定量表达一致性及各自优势 | PD-L1表达仅在一个组织芯中高表达，无法进行相关性分析 | 评估GeoMx和RNAscope在福尔马林固定乳腺癌组织中空间mRNA表达定量的一致性及各自特点 | 包含三阴性乳腺癌（n=48）和不同ER/HER2状态的乳腺癌（n=45）的组织微阵列 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学（GeoMx）和RNA原位杂交（RNAscope） | NA | 图像 | 93个乳腺癌组织芯 | NanoString, Advanced Cell Diagnostics | 空间转录组学, 原位杂交 | GeoMx Digital Spatial Profiler, RNAscope | GeoMx CTA，RNAscope探针（GATA3, SOX10, PD-L1） |
| 112 | 2026-08-27 |
Type I interferon drives dysfunction of a distinct CD8+ HLA-DRB1+ T cell subset in systemic lupus erythematosus
2026-Jan-03, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.01.02.26343348
PMID:41607660
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序等技术，系统表征了系统性红斑狼疮患者中CD8+ HLA-DRB1+ T细胞亚群的特征，发现I型干扰素驱动其功能障碍和耗竭 | 首次全面表征SLE中CD8+ HLA-DRB1+ T细胞亚群，揭示其细胞毒性与功能障碍并存的矛盾状态，并证明I型干扰素通过促进耗竭和脱颗粒受损驱动此状态 | 未提供明确的局限性描述 | 全面表征系统性红斑狼疮中CD8+ HLA-DRB1+ T细胞的表型和功能特征，并探究I型干扰素对其的影响 | 系统性红斑狼疮患者和健康对照的CD8+ T细胞，以及狼疮性肾炎中的肾脏浸润CD8+ T细胞 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、TCR测序、IFN-α刺激实验 | NA | 单细胞转录组数据、TCR序列数据、流式细胞术数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序、TCR测序 | NA | NA |
| 113 | 2026-08-27 |
Antibody Generation Using Cancer-Derived Small Extracellular Vesicles (sEVs): A Platform for Targeted Cancer Therapy and Potential Personalized Applications
2026-Jan, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202506918
PMID:41311345
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研究论文 | 开发了一种利用癌症来源的小细胞外囊泡（sEVs）生成肿瘤靶向单克隆抗体的新方法，并评估了抗体功能化的sEVs在靶向癌症治疗中的潜力。 | 首次利用癌症来源的sEVs作为免疫原生成肿瘤靶向单克隆抗体，这些抗体具有高特异性或细胞毒性，并能通过功能化sEVs增强肿瘤靶向递送，同时诱导免疫激活和肿瘤抑制相关的转录变化。 | 摘要未明确提及局限性。 | 开发一种基于癌症来源sEVs的抗体生成平台，以提高肿瘤靶向治疗的药物递送效率。 | 人卵巢癌细胞系（OVCAR-8）来源的sEVs及生成的单克隆抗体。 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单克隆抗体生成（杂交瘤技术）、RNA测序、空间转录组学 | NA | RNA测序数据、空间转录组数据 | OVCAR-8荷瘤小鼠（具体样本量未报告） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 114 | 2026-08-27 |
Large-scale single-cell profiling of stem cells identifies redundant regulators of shoot development and yield trait variation
2025-Dec-15, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.024
PMID:40865519
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研究论文 | 通过大规模单细胞RNA测序分析玉米和拟南芥的茎干细胞，鉴定了保守的调控因子，并揭示了与产量性状相关的基因 | 优化了单细胞RNA测序方案，成功回收了数千个表达CLAVATA3和WUSCHEL的稀有干细胞，进行了跨物种比较，并整合等位变异分析以关联产量性状 | 未明确提及 | 研究植物茎干细胞的调控机制及其对产量性状的影响 | 玉米和拟南芥的茎干细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据、空间转录组数据 | 数千个CLAVATA3和WUSCHEL表达细胞（具体数量未给出） | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 115 | 2026-08-27 |
Divergence of immune cell types in chordate blood
2025-Dec-15, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2025.10.032
PMID:41237770
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序、原位杂交和活体报告基因技术，定义了脊索动物海鞘（Ciona robusta）血液细胞状态，揭示了其免疫细胞类型的分化层级和谱系多样性 | 首次对尾索动物亚门的代表物种进行了全面的单细胞水平血液细胞图谱绘制，发现超过75%的循环细胞包含至少五个主要谱系，并揭示了与脊椎动物免疫细胞之间的广泛分化 | 摘要未明确提及研究的局限性，可能涉及样本数量有限或功能验证不足等未说明的约束 | 通过分子特征鉴定无脊椎动物（海鞘）的免疫细胞类型，并评估其与脊椎动物免疫细胞的同源性 | 尾索动物亚门的海鞘（Ciona robusta）循环血液细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序、原位杂交、活体报告基因成像 | NA | 单细胞转录组数据、原位杂交图像、活体成像数据 | 海鞘循环血液细胞（具体数量未提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'（推测） |
| 116 | 2026-08-27 |
Rod-shaped microglia interact with neuronal dendrites to attenuate cortical excitability during TDP-43-related neurodegeneration
2025-Dec-09, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.08.016
PMID:40975067
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研究论文 | 通过多通道探针记录和钙成像等技术，发现杆状小胶质细胞通过重塑兴奋性突触输入，减弱TDP-43相关神经退行性疾病中的皮层过度兴奋，发挥神经保护作用。 | 首次发现杆状小胶质细胞亚群，并揭示其直接响应皮层过度活跃、与神经元树突相互作用并重塑突触输入以缓解皮层兴奋性的神经保护机制。 | 未明确杆状小胶质细胞的具体分子信号通路及在人类疾病中的普遍性。 | 探究小胶质细胞在TDP-43相关神经退行性疾病中对皮层兴奋性的调节作用及其机制。 | rNLS8小鼠模型（TAR DNA结合蛋白43转基因小鼠）的皮层小胶质细胞和神经元。 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 多通道探针记录、钙成像、空间转录组、单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型（rNLS8） | 电生理信号、钙成像图像、测序数据 | rNLS8小鼠及TREM2缺陷rNLS8小鼠，具体数量未说明 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 117 | 2026-08-27 |
LIMD2 is associated with an exhausted CD8⁺ T cell state linked to ICI response in clear cell renal cell carcinoma
2025-12-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-27315-z
PMID:41345477
|
研究论文 | 该研究通过整合公开的bulk和单细胞RNA测序数据及独立验证队列，发现透明细胞肾细胞癌中多数肿瘤浸润CD8+ T细胞呈耗竭表型，并鉴定出高表达LIMD2的CD8+耗竭T细胞与免疫检查点抑制剂反应相关。 | 首次鉴定LIMD2作为与透明细胞肾细胞癌ICB反应相关的CD8+耗竭T细胞标志物，并利用多组学数据及多重免疫荧光验证其表达和定位。 | 研究依赖于公开数据集和有限的验证队列，需进一步前瞻性研究确认LIMD2的预测价值及其机制。 | 阐明透明细胞肾细胞癌中CD8+ T细胞的功能状态，特别是耗竭相关亚群与ICB反应的关系，并评估LIMD2作为预测性生物标志物的潜力。 | 透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤浸润CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 六个公开数据集及独立验证队列 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 118 | 2026-08-27 |
Chemosensory protein 3 is a brain host factor for the induction of enhanced-locomotory activity in the BmNPV-silkworm infection model
2025-12, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013701
PMID:41325423
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和分子实验，揭示了化学感觉蛋白3在BmNPV感染家蚕模型中诱导增强运动活性中的关键作用。 | 首次在单细胞转录组水平上鉴定了CSP3作为脑宿主因子调节病毒诱导的行为改变，并发现其具有大疏水口袋可结合神经递质和脂质。 | 对CSP3下游信号通路及行为调节的分子机制尚未完全阐明。 | 探究家蚕幼虫脑内宿主因子在BmNPV感染诱导增强运动活性中的作用机制。 | 家蚕幼虫脑细胞（包括Kenyon细胞、胶质细胞、嗅觉投射神经元、视叶神经元、血细胞、肌肉细胞等）。 | 机器学习 | 病毒性感染 | 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 家蚕幼虫脑样本（具体数量未提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 119 | 2026-08-27 |
D3Impute: Dropout-aware discrimination, distribution-aware modeling, and density-guide imputation for scRNA-seq data
2025-12, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013744
PMID:41325426
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研究论文 | 本文介绍了D3Impute，一种用于单细胞RNA测序数据的判别性插补框架，通过分布感知归一化、双网络判别器和密度引导插补来区分非生物零值与真实生物零值，提升下游分析性能 | 创新点包括分布感知归一化、利用双网络判别器结合bulk RNA-seq作为生物学参考来精确识别非生物零值，以及密度引导的插补引擎保持局部细胞邻域结构 | 文中未明确提及局限性，但可能包括对bulk RNA-seq参考数据的依赖以及在不同数据集上的泛化性挑战 | 开发一种鲁棒且生物学信息丰富的插补方法，以改善scRNA-seq数据的零膨胀问题，提高下游分析准确性 | 六种不同的scRNA-seq数据集，涉及细胞聚类、轨迹推断和差异表达检测 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 双网络判别器和密度引导插补引擎 | 基因表达数据 | 六个不同的scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 120 | 2026-08-27 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-12, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013692
PMID:41325434
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研究论文 | 本研究展示了利用ONT长读长测序数据进行快速准确的转录本定量，并开发了lr-kallisto工具以适配长读长技术。 | 提出lr-kallisto方法，将kallisto定量流程适配长读长测序，实现快速准确的转录本异构体定量，并证明外显子捕获可提升定量效果。 | 文章未明确提及局限性。 | 实现长读长测序数据中转录本异构体的常规、准确且经济的定量。 | ONT数据以及对应的转录本异构体定量。 | 生物信息学 | NA | 长读长测序（ONT）、外显子捕获 | kallisto（基于伪比对） | RNA测序数据（长读长） | 未明确说明。 | Oxford Nanopore Technologies (ONT) | 长读长RNA-seq | ON | NA |