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当前共找到 43298 篇文献,本页显示第 101 - 120 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
101 2026-09-14
transCAE: Enhancing Cell Type Annotation in Single-cell RNA-seq Data with Transfer Learning and Convolutional Autoencoder
2025-02-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1
研究论文 该文章提出了一种基于迁移学习和卷积自编码器的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法transCAE,通过结合无监督降维和有监督分类,提高注释准确性并缓解批次效应 将迁移学习与卷积自编码器结合,同时利用参考数据集和查询数据集的信息,实现无监督降维与有监督细胞类型分类的集成,有效缓解不同平台产生的批次效应 摘要中未明确提及研究的局限性 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性,并解决多参考或查询数据集带来的批次效应问题 单细胞RNA测序数据集中的细胞 机器学习 NA 单细胞RNA测序 卷积自编码器,迁移学习 基因表达矩阵 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
102 2026-09-14
A Gold Standard-Derived Modular Barcoding Approach to Cancer Transcriptomics
2024-May-15, Cancers IF:4.5Q1
研究论文 该文章开发了一种基于金标准衍生的模块化条形码方法,用于癌症转录组分析,构建癌症类型特异性的基因表达模块并组装成灵活条形码,适用于多种用途 提出从高质量金标准(如TCGA)有机衍生模块,创建灵活条形码;可揭示新基因关系、加速低分辨率数据集分析、重建和扩展癌症亚型分类方案、作为解码器桥接不同基因签名、高效应用单细胞RNA测序信息到其他数据集;模块可与原生电子表格程序命令结合,供非生物信息学人员使用 摘要中未明确提及研究的局限性 开发一种模块化条形码方法,以快速解码转录组范围的数据,用于癌症研究和潜在的临床应用 癌症转录组数据,包括TCGA等金标准数据集和单细胞RNA测序数据 机器学习 肺癌 bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA 文本 NA NA NA NA NA
103 2026-09-14
β-Catenin in Dendritic Cells Negatively Regulates CD8 T Cell Immune Responses through the Immune Checkpoint Molecule Tim-3
2024-Apr-25, Vaccines IF:5.2Q1
研究论文 本文揭示了树突状细胞中β-catenin通过上调免疫检查点分子Tim-3负向调控CD8 T细胞免疫应答,并证明抗Tim-3抗体与DC靶向疫苗联合治疗可提高抗肿瘤疗效 首次发现β-catenin在cDC1中上调Tim-3表达,鉴定出β-catenin/Tim-3轴是抑制抗肿瘤CD8 T细胞免疫的新机制,并提出DC靶向疫苗联合抗Tim-3治疗的组合免疫治疗策略 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中验证β-catenin/Tim-3轴的作用及联合治疗的临床可行性 探究树突状细胞中β-catenin调控CD8 T细胞免疫应答的分子机制,并评估联合免疫治疗的抗肿瘤效果 CD11c-β-catenin小鼠、gp100特异性CD8 T细胞(Pmel-1)、B16F10荷瘤小鼠 免疫学、肿瘤免疫治疗 黑色素瘤 单细胞RNA测序 NA 文本(基因表达数据) NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
104 2026-09-14
High-throughput identification of Toxoplasma gondii effector proteins that target host cell transcription
2023-10-11, Cell host & microbe IF:20.6Q1
研究论文 该研究结合混合CRISPR敲除筛选与宿主-微生物双单细胞RNA测序(dual perturb-seq),鉴定弓形虫调控宿主细胞转录的效应蛋白 开发了dual perturb-seq方法,将pooled CRISPR敲除筛选与宿主-微生物双单细胞RNA测序相结合,首次实现从转录组数据直接推断效应蛋白功能,并发现了TgGRA59和TgSOS1等新型效应蛋白 摘要中未明确提及该研究的局限性 鉴定细胞内病原体弓形虫调控宿主细胞转录的分子介质,揭示感染和免疫逃逸机制 弓形虫(Toxoplasma gondii)效应蛋白及宿主细胞转录交互 机器学习 NA CRISPR敲除筛选, 单细胞RNA测序 NA 文本 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium NA
105 2026-09-14
A parathyroid hormone/salt-inducible kinase signaling axis controls renal vitamin D activation and organismal calcium homeostasis
2023-05-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 该研究发现甲状旁腺激素通过抑制盐诱导激酶(SIK)活性来调控肾脏中Cyp27b1表达和1,25-维生素D的生成,揭示了PTH/SIK/CRTC信号轴在钙稳态中的作用 首次揭示了盐诱导激酶(SIK)作为PTH信号下游的关键调控因子,通过CRTC2介导肾脏Cyp27b1基因增强子的结合来调控1,25-维生素D的合成,并证明SIK抑制剂可促进CKD-MBD模型中的维生素D生成 研究主要基于小鼠模型和胚胎干细胞来源的肾脏类器官,缺乏人体临床试验数据验证SIK抑制剂在CKD-MBD患者中的疗效和安全性 探究PTH依赖性维生素D激活的信号机制,明确SIK在肾脏1,25-维生素D生成及机体钙稳态调控中的作用 小鼠模型、人胚胎干细胞来源的肾脏类器官、足细胞损伤慢性肾病-矿物质骨病(CKD-MBD)模型 机器学习, 数字病理学 慢性肾病-矿物质骨病, 心血管疾病 单细胞转录组学, 全组织转录组学 NA 文本, 图像 NA NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
106 2026-09-13
GenAR: Next-scale autoregressive generation for spatial gene expression prediction
2026-Nov, Medical image analysis IF:10.7Q1
研究论文 提出GenAR,一种多尺度自回归框架,从H&E染色图像预测空间基因表达,通过层次化基因分组和离散计数token生成实现由粗到细的预测 将基因聚类为层次化组以捕捉跨基因依赖关系;将表达建模为固定整数计数token词汇表上的离散token生成以直接预测原始计数;在融合的组织学和空间嵌入上条件化解码 摘要中未明确提及 从广泛可用的H&E染色图像预测空间基因表达,作为空间转录组学的低成本替代方案 五种不同组织类型的空间转录组学数据集 计算机视觉, 机器学习, 数字病理学 NA 空间转录组学, H&E染色 自回归模型, 多尺度自回归框架 图像, 基因表达计数数据 五个空间转录组学数据集 NA 空间转录组学 NA NA
107 2026-09-13
Tumoral AMER1 driven dopamine synthesis triggers cancer cell pyroptosis and licenses CD8+ T cell immunity in colorectal cancer
2026-Oct-28, Cancer letters IF:9.1Q1
研究论文 该研究发现结直肠癌中AMER1通过稳定DDC维持肿瘤多巴胺分泌,诱导GSDMD依赖的肿瘤细胞焦亡并重塑CD8+ T细胞免疫微环境 首次将AMER1定义为免疫代谢门控因子,揭示肿瘤多巴胺合成作为连接肿瘤抑制与免疫监视的保守神经代谢效应器,并提出神经递质代谢旁路作为结直肠癌治疗策略 摘要中未明确说明研究局限性 探究经典肿瘤抑制因子AMER1在结直肠癌中对肿瘤免疫代谢微环境的外在调控作用及其机制 结直肠癌患者样本、多种免疫背景的小鼠同种移植模型、结直肠癌细胞 数字病理, 机器学习 结直肠癌 单细胞RNA测序, 多组学整合分析, 生化追踪 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
108 2026-09-13
Therapy-associated lineage plasticity in DIPG following combined CDK4/6 inhibitor, temozolomide, and radiation
2026-Oct-28, Cancer letters IF:9.1Q1
研究论文 评估CDK4/6抑制剂abemaciclib联合替莫唑胺和放疗在DIPG患者来源原位异种移植模型中的疗效及治疗相关细胞状态可塑性 揭示了不同疾病背景DIPG模型对联合治疗的反应差异及治疗耐受细胞状态,发现了放疗抵抗亚群及候选放疗增敏靶基因NPAS3、TBC1D15和INPP4B 仅基于两个患者来源原位异种移植模型,样本量有限,需要更大队列验证 探究abemaciclib联合替莫唑胺和放疗对DIPG的治疗效果及残余细胞状态可塑性变化 DIPG患者来源原位异种移植模型(IBs-9119DIPG来自初治活检,IBs-A0317DIPG来自既往治疗后的尸检肿瘤) 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序 NA 图像 2个患者来源原位异种移植模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
109 2026-09-13
Loss of PBRM1 accelerates pancreatic cancer progression by inducing acquisition of mesenchymal phenotype and inflammatory cancer-associated fibroblasts reprogramming
2026-Oct-28, Cancer letters IF:9.1Q1
研究论文 本文研究了PBRM1在胰腺导管腺癌(PDAC)中的抑癌作用,发现其缺失通过表观遗传重塑上调Zeb1,促进间充质表型获得和炎症性癌症相关成纤维细胞重编程,从而加速肿瘤进展 首次通过胰腺特异性Pbrm1敲除小鼠模型结合单细胞转录组学,揭示了PBRM1缺失通过表观遗传调控Zeb1表达,驱动PDAC肿瘤细胞间充质转化和基质炎症性CAF重编程的双重机制 未明确说明样本量及具体公共基因组数据集信息,机制研究主要依赖小鼠模型,人类PDAC样本验证有限 探究PBRM1在胰腺导管腺癌中的分子功能及其临床相关性 人类PDAC样本、公共基因组数据集、Kras驱动及Kras/Trp53突变PDAC小鼠模型 digital pathology 胰腺癌 单细胞转录组学、批量转录组学、表观遗传染色质重塑分析 NA 转录组数据、基因组数据 人类PDAC样本及公共基因组数据集(数量未明确),小鼠模型(数量未明确) NA single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
110 2026-09-13
Ophiopogonin D induced Plet1+ macrophage differentiation to treat acute lung injury through blocking the interaction between NCOR1 and PPARγ
2026-Oct-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 该研究发现麦冬皂苷D通过结合NCOR1并阻断NCOR1与PPARγ的相互作用,激活PPARγ,促进Plet1+巨噬细胞分化,从而改善LPS诱导的急性肺损伤 首次揭示OPD通过直接结合NCOR1、阻断NCOR1-PPARγ相互作用来激活PPARγ,进而诱导Plet1+巨噬细胞(一种M2样亚群)分化,阐明了OPD治疗ALI的新机制 研究主要基于小鼠LPS诱导的ALI模型,尚未在临床患者中验证OPD的疗效;Plet1+巨噬细胞在人体中的功能和OPD的临床转化潜力仍需进一步研究 探究OPD治疗急性肺损伤的疗效及其分子机制 LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型及巨噬细胞 机器学习 急性肺损伤 单细胞RNA测序, 热蛋白质组分析 NA 文本, 图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
111 2026-09-13
PLOD2 promotes colorectal cancer progression and immune escape via attenuating CD8+ T cells function
2026-Oct-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序和功能实验揭示了PLOD2通过稳定c-Myc上调PD-L1、抑制CD8+ T细胞功能从而促进结直肠癌进展和免疫逃逸的机制 首次阐明PLOD2通过与c-Myc直接互作并阻止其蛋白酶体降解,进而上调PD-L1表达,介导结直肠癌免疫逃逸;并证明靶向PLOD2可增强抗CTLA-4免疫治疗疗效 研究主要基于细胞系和小鼠模型,缺乏大规模临床样本验证;PLOD2作为生物标志物的临床应用价值尚需进一步前瞻性研究确认 探究PLOD2在结直肠癌免疫调节和免疫治疗响应中的作用及其分子机制 结直肠癌细胞系、小鼠肿瘤模型及结直肠癌组织 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
112 2026-09-13
Macrophage-associated TLR9 signaling contributes to chronic cardiac allograft fibrosis via macrophage-to-myofibroblast transition and paracrine fibroblast activation
2026-Oct-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 该研究揭示了受体TLR9信号通过巨噬细胞-肌成纤维细胞转化和旁分泌成纤维细胞活化促进慢性心脏移植物纤维化的机制,并评估了羟氯喹对该通路的药理调控作用 首次发现受体TLR9信号是巨噬细胞相关慢性心脏移植物纤维化重塑的重要调节因子,阐明了TLR9通过TGF-β1/Smad3轴驱动巨噬细胞-肌成纤维细胞转化以及通过IL-6/Stat3旁分泌途径激活成纤维细胞的双重机制,并证明羟氯喹可靶向该通路改善移植物存活 研究主要基于小鼠异位心脏移植模型,尚未在人类临床样本中验证TLR9通路的作用;羟氯喹的非特异性免疫调节效应可能涉及其他通路;单细胞RNA测序的细胞数量和时间点覆盖可能有限 探究受体TLR9信号在慢性同种异体移植物排斥反应中对巨噬细胞相关纤维化重塑的贡献,并评估药物调控该通路的治疗潜力 小鼠异位心脏移植模型中的巨噬细胞、成纤维细胞及移植物组织 数字病理学, 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
113 2026-09-13
MXRA7: A potential link between macrophage M1 polarization and epithelial Pyroptosis in ulcerative colitis
2026-Oct-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序分析、临床样本和DSS诱导小鼠结肠炎模型,揭示MXRA7通过抑制NF-κB通路减少巨噬细胞M1极化并缓解上皮细胞焦亡,从而减轻溃疡性结肠炎结肠组织损伤 首次揭示MXRA7在溃疡性结肠炎中通过双重调控机制发挥作用:一方面抑制NF-κB信号通路减少巨噬细胞M1极化,另一方面缓解M1型巨噬细胞诱导的结肠上皮细胞焦亡 摘要中未明确提及研究局限性 探究MXRA7在溃疡性结肠炎进展中的作用及其与巨噬细胞M1极化和结肠上皮细胞焦亡之间的相互作用机制 溃疡性结肠炎患者的临床结肠组织、DSS诱导的小鼠结肠炎模型、体外共培养细胞体系 机器学习, 数字病理学 溃疡性结肠炎 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 细胞间通讯分析, 基因敲低/过表达, 分子生物学实验, 体外细胞共培养 NA 图像, 文本 GSE214695单细胞RNA测序数据集、UC患者临床结肠组织及DSS诱导小鼠结肠炎模型组织 NA 单细胞RNA测序 NA NA
114 2026-09-13
Macrophage VISTA restrains inflammatory and antigen-presenting programs during alloimmune tissue injury
2026-Oct-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 本文利用急性心脏同种异体移植排斥模型,发现巨噬细胞中VISTA(由Vsir编码)在移植排斥过程中表达下降,并揭示VISTA通过限制炎症和抗原呈递程序来抑制同种免疫组织损伤 首次将VISTA鉴定为巨噬细胞炎症编程的内在调控因子,并揭示了H3K4me3相关的染色质重塑是VISTA介导炎症抑制的调控层 摘要中未明确说明研究的局限性 探究限制巨噬细胞炎症编程的内在检查点机制,以及VISTA在巨噬细胞炎症和抗原呈递调控中的作用 急性心脏同种异体移植排斥模型中的移植物巨噬细胞 单细胞组学,免疫学 同种免疫组织损伤,心脏移植排斥 单细胞RNA测序,CUT&Tag,RNA-seq,假时序分析 NA 文本,图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
115 2026-09-13
Targeting IMPDH2 by Casticin attenuates psoriatic inflammation by suppressing STAT3 activation in keratinocytes
2026-Oct-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 该研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据,发现IMPDH2在银屑病角质形成细胞中上调,并揭示Casticin通过抑制IMPDH2-GTP-STAT3轴减轻银屑病炎症 首次识别IMPDH2为银屑病炎症的关键代谢调节因子,并揭示IMPDH2通过GTP依赖性激活STAT3信号促进角质形成细胞炎症的新机制,同时提名Casticin为银屑病治疗候选药物 研究主要基于小鼠模型和体外实验,缺乏临床试验数据验证Casticin在人类银屑病患者中的疗效和安全性 探究IMPDH2在银屑病角质形成细胞生物学和发病机制中的作用,并评估Casticin作为银屑病治疗药物的潜力 银屑病角质形成细胞、IMQ诱导的小鼠银屑病模型、患者皮肤活检样本 机器学习 银屑病 bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫荧光染色 NA 文本, 图像 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
116 2026-09-13
KLF6-driven macrophage-to-myofibroblast transition promotes PD-L1-mediated immune evasion in bladder cancer
2026-Oct-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 该研究通过多组学分析揭示了膀胱癌中KLF6驱动的巨噬细胞向肌成纤维细胞转分化(MMT)通过上调PD-L1介导免疫逃逸的机制,并筛选出靶向KLF6-MMT轴的候选药物Periplocymarin 首次对膀胱癌中的MMT进行多组学表征,识别KLF6为MMT的关键驱动因子,揭示KLF6驱动的MMT通过细胞间通讯上调肿瘤PD-L1,并通过虚拟筛选和分子对接发现Periplocymarin为靶向KLF6-MMT轴的候选化合物 摘要中未明确提及研究局限性 表征膀胱癌中的MMT细胞,构建MMT基因签名,识别MMT的关键驱动因子,并筛选靶向KLF6-MMT轴的药物以克服免疫治疗耐药 膀胱癌患者样本及肿瘤模型 数字病理学 膀胱癌 bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 空间伪时间分析, 体外过表达, 虚拟敲除, FIMO基序扫描, 体内肿瘤模型, 虚拟筛选, 分子对接 NA 图像, 文本 TCGA-BLCA队列(408例肿瘤,19例正常),空间转录组学9个切片,两个独立免疫治疗队列(Kim 2019,n=348;IMvigor210,n=298) NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
117 2026-09-13
Screening of potential targets of (2S)-2'-methoxykurarinone against sepsis and in vivo verification in zebrafish model
2026-Oct-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 该研究通过生物信息学分析、临床样本验证和斑马鱼脓毒症模型,筛选(2S)-2'-甲氧基苦参酮抗脓毒症的潜在核心靶点并验证其体内药理功效 首次系统筛选(2S)-2'-甲氧基苦参酮抗脓毒症的核心靶点,结合多数据集整合、12种机器学习算法、SHAP可解释性分析和人工神经网络模型鉴定出五个核心基因(PRKCQ、DYRK2、CD2、BACH2、AAK1),并通过分子对接和LPS诱导斑马鱼脓毒症模型进行了体内药效验证 摘要中未明确提及研究局限性 筛选(2S)-2'-甲氧基苦参酮抗脓毒症的潜在核心靶点,并通过生物信息学分析、临床样本验证和LPS诱导斑马鱼脓毒症模型探索其体内药理功效及潜在作用机制 脓毒症患者外周血样本、GEO转录组数据集(GSE310929等)、LPS诱导的斑马鱼脓毒症模型 机器学习 脓毒症 转录组测序、单细胞转录组分析、WGCNA、机器学习、分子对接 人工神经网络(ANN)、WGCNA、12种机器学习算法、SHAP 文本(基因表达数据)、图像(斑马鱼表型观察) 22例脓毒症患者和10例健康对照的外周血样本,以及多个GEO数据集 NA bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq NA NA
118 2026-09-13
Integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of multi-etiology acute lung injury reveals etiology-dependent neutrophil fate decisions and a prognostic neutrophil-monocyte/macrophage interaction signature
2026-Oct-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 该研究整合了七种不同病因急性肺损伤模型中小鼠肺部的单细胞与空间转录组数据,揭示了病因依赖的中性粒细胞命运决定,并构建了具有预后价值的中性粒细胞-单核/巨噬细胞互作特征 首次构建跨七种急性肺损伤病因的多病因中性粒细胞图谱,揭示了中性粒细胞从骨髓样未成熟起源向不同效应分支的病因依赖性分叉,并定义了26基因中性粒细胞-单核/巨噬细胞互作指数用于脓毒症死亡预后,同时验证了THBS1-CD36作为感染和内毒素驱动急性肺损伤的治疗靶点 研究主要基于小鼠模型,人体临床转化仍需进一步验证,且部分机制验证主要依赖体外实验和有限体内实验 构建多病因急性肺损伤的中性粒细胞综合图谱,解析不同病因下中性粒细胞的功能异质性及其与单核/巨噬细胞的互作,并寻找预后标志物和治疗靶点 七种急性肺损伤小鼠模型中的肺部免疫细胞,特别是中性粒细胞和单核/巨噬细胞 数字病理学, 机器学习 急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA 图像, 文本 180,031个小鼠肺细胞,来自七种急性肺损伤模型 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium NA
119 2026-09-13
Spatial transcriptomic decoupling and magnetic resonance imaging identify the genetic and cytoarchitectonic correlates of regional vulnerability in Alzheimer's disease
2026-Oct-01, NeuroImage IF:4.7Q1
研究论文 通过关联MRI衍生的灰白质对比度与空间转录组学,识别阿尔茨海默病中区域脆弱性的遗传和细胞构筑相关性 将空间转录组学与神经影像学整合,识别AD相关基因与皮质脂质含量的关联,揭示基因-C耦合的改变 摘要中未明确提及研究限制 理解阿尔茨海默病中神经退行性变的遗传和细胞构筑因素,通过连接基因表达与宏观神经解剖特征 认知正常成人和阿尔茨海默病成人 数字病理学 阿尔茨海默病 空间转录组学,磁共振成像 NA 图像,文本 NACC中2286人(CN=1443,AD=1443),ADNI中608人 NA 空间转录组学,磁共振成像 NA NA
120 2026-09-13
Insights Into Spatial Transcriptomics: Exploring Recent Technical Developments and Their Diverse Applications
2026-Sep-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2
综述 本文系统总结了四种主要的空间转录组学技术,对比分析了不同的研究方法,并探讨了其在多组学整合和疾病模型构建中的应用及未来发展方向 对四种主要空间转录组学技术进行了系统性的比较分析,并着重阐述了空间转录组学在多组学整合分析和疾病模型开发中的关键作用 空间转录组学仍面临对特定样本类型的依赖、可视化基因的分辨率限制、商业可行性以及获取全面单细胞数据的能力等挑战 总结空间转录组学的最新进展,比较分析不同技术方法,以改进实验设计和分析评估 空间转录组学技术及其在不同组织区域中的应用 空间转录组学 NA 空间转录组学 NA 图像, 文本 NA NA 空间转录组学 NA NA
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