单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-12-06	Roles of boron in preventing cadmium uptake by Capsicum annuum root tips: Novel insights from ultrastructural investigation and single-cell RNA sequencing 2024-Dec-03, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2024.177858 PMID:39631329	研究论文	研究了硼对辣椒根尖镉吸收的抑制机制，通过超微结构分析和单细胞RNA测序揭示了硼对卡斯帕里带宽度和木质素形成相关基因表达的影响	首次通过超微结构分析和单细胞RNA测序技术，深入研究了硼对辣椒根尖镉吸收的分子机制	研究仅限于辣椒根尖，未涉及其他植物或组织类型	探讨硼在减少作物镉积累中的作用机制	辣椒根尖在不同硼补充条件下的镉吸收	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	辣椒根尖样本在硼充足和缺乏条件下的对比
22	2024-12-06	Dual function of PHF16 in reinstating homeostasis of murine intestinal epithelium after crypt regeneration 2024-Dec-02, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.08.009 PMID:39232563	研究论文	研究报告了PHF16在肠道上皮再生后恢复稳态中的双重功能	首次揭示了PHF16通过调节HBO1介导的组蛋白H3K14乙酰化和CDC73的泛素化来恢复肠道上皮稳态	NA	研究PHF16在肠道上皮再生后的稳态恢复中的作用	PHF16在小鼠肠道上皮再生中的功能	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), RNA测序 (RNA-seq), ATAC测序	NA	RNA, ATAC	Phf16小鼠的肠道器官样本
23	2024-12-06	Neutrophil-based single-cell sequencing combined with transcriptome sequencing to explore a prognostic model of sepsis 2024-12-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-80791-7 PMID:39622858	研究论文	本研究利用单细胞测序和转录组测序数据，构建了一个基于中性粒细胞的脓毒症预后模型	本研究首次结合单细胞测序和转录组测序数据，构建了一个基于中性粒细胞的脓毒症预后模型，并展示了其强大的预测准确性	本研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据质量和样本偏差的问题	探索脓毒症的分子机制，并构建一个有效的预后模型	脓毒症患者的中性粒细胞及其基因表达	数字病理学	脓毒症	单细胞测序、转录组测序	Lasso回归模型	单细胞数据、基因表达数据	脓毒症患者的单细胞和基因表达数据来自公开数据库，具体样本数量未提及
24	2024-12-06	Left atrial single-cell transcriptomics reveals amphiregulin as a surrogate marker for atrial fibrillation 2024-Dec-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07308-w PMID:39622943	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析左心房组织，揭示了心房颤动患者中巨噬细胞和单核细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用，并识别出功能性生物标志物	首次通过单细胞和核RNA测序技术分析左心房组织，揭示了心房颤动患者中巨噬细胞和单核细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用，并发现Amphiregulin作为心房颤动的替代标志物	研究样本量较小，且仅限于左心房组织，未来需要更大规模的研究来验证结果	识别心房颤动患者中巨噬细胞和单核细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用，并寻找功能性生物标志物	心房颤动患者左心房组织中的巨噬细胞和单核细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞和核RNA测序	NA	转录组数据	心房颤动患者和健康对照组的左心房组织样本
25	2024-12-06	Multi-omics joint screening of biomarkers related to M2 macrophages in gastric cancer 2024-Dec-02, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01623-8 PMID:39623254	研究论文	本研究通过多组学联合筛选胃癌中与M2巨噬细胞相关的生物标志物，并构建诊断模型	本研究首次通过多组学分析筛选出与M2巨噬细胞相关的三个生物标志物，并构建了基于这些标志物的诊断模型	本研究主要基于公共数据库的数据进行分析，缺乏体内实验验证	探索胃癌中M2巨噬细胞作为生物标志物的潜力，并构建诊断模型	胃癌中的M2巨噬细胞及相关生物标志物	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、差异表达基因筛选（DESeq2）、差异表达蛋白筛选（limma）	诊断模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	4146个差异表达基因和1946个差异表达蛋白
26	2024-12-06	Cross-species single-cell analysis reveals divergence and conservation of peripheral blood mononuclear cells 2024-Dec-02, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-11030-6 PMID:39623297	研究论文	本文通过跨物种单细胞转录组测序分析，揭示了外周血单核细胞在不同物种间的差异和保守性	首次在12个物种中进行外周血单核细胞的单细胞转录组比较分析，揭示了免疫细胞在进化过程中的保守性和特异性	NA	研究免疫细胞在不同物种间的进化保守性和差异	外周血单核细胞	单细胞测序	NA	单细胞转录组测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	12个物种的外周血单核细胞
27	2024-12-06	SMART: spatial transcriptomics deconvolution using marker-gene-assisted topic model 2024-Dec-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03441-1 PMID:39623485	研究论文	本文介绍了一种名为SMART的空间转录组解卷积方法，通过标记基因辅助主题模型同时推断每个点的细胞类型特异性基因表达谱和细胞组成	SMART方法在现实环境中优于现有方法，并提供两阶段方法以增强对细胞亚型的性能	NA	开发一种新的空间转录组解卷积方法，以提高细胞类型特异性基因表达和细胞组成的推断精度	空间转录组数据中的细胞类型特异性基因表达和细胞组成	生物信息学	NA	空间转录组学	主题模型	基因表达数据	多个数据集
28	2024-12-06	Hematopoietic stem cell heterogeneity and age-related platelet bias: implications for bone marrow transplantation and blood disorders 2024-Dec-02, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-04084-6 PMID:39623507	研究论文	研究了造血干细胞的异质性和与年龄相关的血小板偏向性，及其对骨髓移植和血液疾病的临床意义	揭示了造血干细胞中血小板偏向性的进化保守性，并探讨了其在骨髓移植和衰老相关血液疾病中的临床意义	讨论了当前方法学的局限性，并提出了未来研究方向以优化基于造血干细胞的治疗	探讨造血干细胞的异质性和与年龄相关的血小板偏向性对骨髓移植和血液疾病的影响	造血干细胞及其在骨髓移植和血液疾病中的作用	NA	血液疾病	单细胞RNA测序和分子条码技术	NA	NA	NA
29	2024-12-06	Hypoxia regulates small extracellular vesicle biogenesis and cargo sorting through HIF-1α/HRS signaling pathway in head and neck squamous cell carcinoma 2024-Dec-02, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111546 PMID:39631619	研究论文	研究探讨了缺氧条件下头颈部鳞状细胞癌中HIF-1α/HRS信号通路对小细胞外囊泡生成和货物分选的调控机制	首次揭示了缺氧通过HIF-1α/HRS信号通路调控小细胞外囊泡生成和货物分选的具体机制	研究仅限于头颈部鳞状细胞癌细胞，未涉及其他癌症类型	探讨缺氧条件下小细胞外囊泡生成和货物分选的机制	头颈部鳞状细胞癌细胞	NA	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学和免疫组化	NA	蛋白质	NA
30	2024-12-06	Prediction of Tumor-Associated Macrophages and Immunotherapy Benefits Using Weakly Supervised Contrastive Learning in Breast Cancer Pathology Images 2024-Dec, Journal of imaging informatics in medicine DOI:10.1007/s10278-024-01166-y PMID:38886290	研究论文	本文提出了一种结合对比学习和弱监督学习的方法，用于从乳腺癌病理图像中预测肿瘤相关巨噬细胞和免疫治疗效果	本文首次将对比学习和弱监督学习应用于病理图像分析，以量化预测肿瘤浸润免疫细胞，特别是巨噬细胞的浸润水平	本文的实验主要基于乳腺癌数据，未来需要验证该方法在其他癌症类型中的适用性	研究旨在通过病理图像分析预测肿瘤免疫微环境中的免疫细胞浸润情况，以及评估免疫治疗效果	研究对象为乳腺癌病理图像中的肿瘤相关巨噬细胞和免疫治疗效果	数字病理学	乳腺癌	对比学习	对比学习模型	图像	两个独立的乳腺癌队列和空间转录组数据
31	2024-12-06	A Strategy Involving Microporous Microneedles Integrated with CAR-TREM2-Macrophages for Scar Management by Regulating Fibrotic Microenvironment 2024-Dec, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202406153 PMID:39313983	研究论文	研究通过微孔微针集成CAR-TREM2巨噬细胞调节纤维化微环境以管理瘢痕	开发了一种新型策略，利用微孔微针递送CAR-TREM2巨噬细胞，通过调节瘢痕微环境中的DPP4成纤维细胞和内皮细胞亚型，有效预防瘢痕形成	研究主要集中在体外实验和单细胞转录组分析，缺乏体内实验验证	探索通过调节瘢痕微环境来抑制瘢痕形成的新方法	DPP4阳性成纤维细胞、内皮细胞和TREM2巨噬细胞	数字病理学	皮肤损伤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
32	2024-12-06	Dynamic single-cell sequencing unveils the tumor microenvironment evolution of gastric cancer abdominal wall metastases during radiotherapy 2024-Dec, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16308 PMID:39327670	研究论文	研究了放射治疗对胃癌腹壁转移瘤微环境的影响，通过单细胞RNA和T细胞受体测序分析了细胞组成和功能的变化	揭示了放射治疗期间胃癌腹壁转移瘤微环境中细胞组成和功能的动态变化，特别是免疫检查点基因的上调和T淋巴细胞的减少	仅基于一个患者的样本，结果的普适性有限	探讨放射治疗如何重塑胃癌腹壁转移瘤的微环境，以促进抗肿瘤免疫	胃癌腹壁转移瘤的微环境及其在放射治疗期间的动态变化	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，T细胞受体测序	NA	单细胞RNA数据，T细胞受体数据	一个患者的四个肿瘤样本，分别在基线和放射治疗期间采集
33	2024-12-06	GeneCompass: deciphering universal gene regulatory mechanisms with a knowledge-informed cross-species foundation model 2024-Dec, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-024-01034-y PMID:39375485	研究论文	研究构建了一个名为GeneCompass的知识引导跨物种基础模型，用于解码普遍的基因调控机制	开发了GeneCompass模型，通过整合四种先验生物学知识，在自监督学习中增强对基因调控机制的理解，并在多个下游任务中表现优于现有模型	NA	解码不同生物体中的普遍基因调控机制，促进基础生命过程知识和临床应用的发展	人类和小鼠的单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞测序	基础模型	转录组数据	12000万个人类和小鼠的单细胞转录组数据，经过预处理后得到101768420个单细胞转录组数据
34	2024-12-06	Spatially Informed Graph Structure Learning Extracts Insights from Spatial Transcriptomics 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403572 PMID:39382177	研究论文	本文介绍了一种名为STAGUE的创新框架，用于从空间转录组数据中同时学习细胞图结构和低维嵌入	STAGUE通过图结构学习参数化和优化细胞图邻接矩阵，生成可学习的图视图用于有效的对比学习，从而改进了空间聚类精度和发现新的细胞-细胞相互作用	NA	探索空间转录组数据中的细胞图结构和低维嵌入	空间转录组数据中的细胞图结构和细胞-细胞相互作用	生物信息学	乳腺癌	图结构学习	对比学习	空间转录组数据	86个真实和模拟的空间转录组数据集
35	2024-12-06	A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01764-7 PMID:39406950	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了来自多种神经疾病和中枢神经系统区域的215,680个活体人小胶质细胞，识别出与疾病相关的亚群和工具化合物	本文首次通过大规模单细胞RNA测序揭示了小胶质细胞在不同神经疾病中的异质性，并验证了化合物在体外重现特定亚型的能力	研究主要集中在体外和模型系统中，尚未在临床环境中验证化合物的效果	揭示小胶质细胞在神经疾病中的异质性，并寻找潜在的治疗靶点	活体人小胶质细胞及其在不同神经疾病中的亚群	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	215,680个活体人小胶质细胞，来自74个捐赠者
36	2024-12-06	Single-cell Sequencing of Circulating Human Plasmablasts during Staphylococcus aureus Bacteremia 2024-Dec-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300858 PMID:39451041	研究论文	研究了金黄色葡萄球菌菌血症患者外周血中的浆母细胞反应，并鉴定了四种针对金黄色葡萄球菌表面的功能性单克隆抗体	通过单细胞转录组基因表达和重链及轻链Ig基因测序，揭示了浆母细胞的高多样性，并发现了四种新的单克隆抗体，其中三种对表皮葡萄球菌具有交叉反应性	NA	研究金黄色葡萄球菌菌血症患者的浆母细胞反应，并鉴定新的治疗性单克隆抗体	金黄色葡萄球菌菌血症患者的外周血浆母细胞	NA	菌血症	单细胞测序	NA	基因表达数据	17名金黄色葡萄球菌菌血症患者
37	2024-12-06	Single-cell sequencing insights into the transcriptional landscape of Parkinson's disease 2024-Dec, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2024.102553 PMID:39454761	综述	本文综述了单细胞和单核RNA测序技术在帕金森病研究中的应用，探讨了这些技术在揭示疾病细胞异质性和分子特征方面的最新进展	本文介绍了单细胞T细胞受体测序和单细胞B细胞受体测序技术在帕金森病研究中的应用，提供了对免疫组库多样性的新见解	本文主要讨论了单细胞测序技术在帕金森病研究中的应用，但未深入探讨这些技术的局限性	探讨单细胞测序技术在帕金森病研究中的应用，揭示疾病的细胞异质性和分子机制	帕金森病中的退行性神经元、激活的神经胶质细胞和促炎性免疫细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq）、单细胞B细胞受体测序（scBCR-seq）	NA	RNA	NA
38	2024-12-06	Single-Cell Analysis of Bone Marrow CD8+ T Cells in Myeloid Neoplasms Reveals Pathways Associated with Disease Progression and Response to Treatment with Azacitidine 2024-Dec-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0310 PMID:39485042	研究论文	研究骨髓CD8+ T细胞在骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病中的单细胞分析，揭示与疾病进展和阿扎胞苷治疗反应相关的途径	通过单细胞RNA测序分析，揭示了IFN信号通路与治疗反应的关联，以及TGF-β信号通路与治疗失败的关联，为新的治疗策略提供了见解	NA	研究骨髓CD8+ T细胞在骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病中的免疫表型和单细胞RNA测序，以揭示与疾病进展和治疗反应相关的分子途径	骨髓CD8+ T细胞在骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者中的免疫表型和单细胞RNA测序	NA	骨髓增生异常综合征，急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
39	2024-12-06	Rhythmic IL-17 production by γδ T cells maintains adipose de novo lipogenesis 2024-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08131-3 PMID:39478228	研究论文	研究揭示了γδ T细胞产生的IL-17在维持脂肪组织的新生脂肪生成中的节律性作用	首次展示了IL-17产生的γδ T细胞依赖分子钟维持脂肪组织稳态，并表现出明显的昼夜节律	研究主要在鼠模型中进行，结果的临床相关性需进一步验证	探讨免疫系统的昼夜节律在免疫稳态中的作用	γδ T细胞、不变自然杀伤T细胞和黏膜相关不变T细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	鼠模型
40	2024-12-06	Leveraging deep single-soma RNA sequencing to explore the neural basis of human somatosensation 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01794-1 PMID:39496796	研究论文	本研究利用深度单细胞RNA测序技术探索人类体感神经的分子基础	首次对人类背根神经节（DRG）神经元的单细胞体进行深度RNA测序，识别了16种神经元类型，并揭示了人类特有的神经元类型	研究仅限于人类背根神经节神经元，未涉及其他物种或组织	揭示人类体感神经的分子基础，并为转化研究提供基础	人类背根神经节（DRG）神经元的单细胞体	数字病理学	NA	RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	超过9,000个独特基因的单个神经元，共识别了16种神经元类型