单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-01	Macrophage polarization, inflammatory monocytes, and impaired MDSCs are associated with murine and human immune aplastic anemia 2025-Jun-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf073 PMID:40411822	研究论文	本研究探讨了骨髓衰竭（BMF）中髓系细胞的作用，特别是巨噬细胞极化、炎症性单核细胞和功能受损的髓系来源抑制细胞（MDSCs）在免疫性再生障碍性贫血（AA）中的关联	揭示了CSF-1R抑制在小鼠模型中加剧BMF的机制，以及JAK抑制剂baricitinib对BMF的缓解作用，同时在人类AA样本中发现了M1样单核细胞表型的转变	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，结果在人类中的普遍性需要进一步验证	探索髓系细胞在免疫性骨髓衰竭中的作用及其潜在治疗策略	小鼠模型和人类免疫性再生障碍性贫血患者	免疫学	再生障碍性贫血	流式细胞术、细胞因子分析、单细胞RNA测序	小鼠BMF模型	基因表达数据、细胞群体数据	小鼠模型和人类AA患者样本
22	2025-07-01	DiSC: a statistical tool for fast differential expression analysis of individual-level single-cell RNA-seq data 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327 PMID:40444783	research paper	介绍了一种名为DiSC的统计工具，用于快速分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	DiSC通过提取多个分布特征、联合测试它们与感兴趣变量的关联，并使用灵活的置换测试框架来控制错误发现率（FDR），在统计功效和计算效率上优于现有方法	虽然DiSC是为scRNA-seq数据开发的，但其在其他类型单细胞数据上的应用仍需进一步验证	开发一种高效且统计功效强大的方法，用于分析个体水平的单细胞RNA测序数据的差异表达	单细胞RNA测序数据	生物信息学	COVID-19, 阿尔茨海默病	scRNA-seq, 细胞飞行时间技术	统计模型	单细胞RNA测序数据	来自多个个体的外周血单个核细胞和神经细胞
23	2025-07-01	Plin2 Coordinates Immune and Metabolic Reprogramming in Lacrimal Gland Aging 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.79 PMID:40569117	研究论文	本研究通过转录组分析和单细胞RNA测序技术，识别了泪腺衰老的核心分子调控因子Plin2，并阐明了其在免疫失衡和代谢功能障碍中的作用	首次将Plin2确定为泪腺免疫代谢衰老的主要调控因子，揭示了其在炎症衰老和代谢重编程中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	识别泪腺衰老的核心分子调控因子并阐明其作用机制	年轻和老年C57BL/6小鼠的泪腺组织	生物医学	干眼症	批量转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CIBERSORT算法	最小绝对收缩和选择算子回归、支持向量机-递归特征消除	RNA测序数据	未明确说明样本数量，仅提及年轻和老年C57BL/6小鼠
24	2025-07-01	Lung-resident memory CD4+ T cells are dependent on Batf3 2025-Jun-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf035 PMID:40184040	研究论文	本文研究了Batf3转录因子在肺组织中CD4+记忆T细胞积累中的作用及其对过敏反应的影响	揭示了Batf3在CD4+记忆T细胞发育中的关键作用，以及其对长期哮喘模型中气道炎症和超敏反应的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究肺组织中CD4+记忆T细胞积累的细胞和分子机制	小鼠肺组织中的CD4+记忆T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	小鼠哮喘模型	基因表达数据	Batf3缺陷小鼠和正常小鼠
25	2025-07-01	Cellular hierarchies of embryonal tumors with multilayered rosettes are shaped by oncogenic microRNAs and receptor-ligand interactions 2025-Jun, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00964-9 PMID:40419763	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和多重空间成像技术分析了11例ETMR样本，揭示了由致癌microRNA和受体-配体相互作用塑造的细胞层次结构	揭示了C19MC在干细胞样细胞中的主要表达及其对干性和谱系承诺转录网络的控制，同时发现了成纤维细胞生长因子受体和Notch信号作为可靶向的致癌通路	样本量较小（11例ETMR样本），且仅在一名患者中验证了靶向治疗的效果	探索ETMR的病理生物学机制并寻找更有效的靶向治疗策略	胚胎性肿瘤伴多层玫瑰花结（ETMR）的细胞层次结构和致癌通路	数字病理学	儿科脑肿瘤	单细胞转录组学、多重空间成像	NA	转录组数据、图像数据	11例ETMR患者样本
26	2025-07-01	Transcription factors that define the epigenome structures and transcriptomes in microglia 2025-May-25, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104814 PMID:40425139	研究论文	本文探讨了转录因子如何通过调控表观基因组结构和转录组来定义小胶质细胞的特性	识别了PU.1、Irf8、Sall1和Smad4这四个关键转录因子作为小胶质细胞特性的决定因素，并揭示了它们与其他转录因子的协同作用机制	未提及实验样本的具体数量或研究范围限制	阐明小胶质细胞转录组程序的调控机制及其在神经炎症和神经退行性疾病中的作用	小胶质细胞及其转录因子	表观遗传学	神经退行性疾病	ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	NA
27	2025-07-01	ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf253 PMID:40471991	研究论文	提出了一种基于图的高效细胞类型注释方法ScInfeR，适用于单细胞RNA测序、ATAC测序和空间组学数据	结合scRNA-seq参考和标记集信息，采用分层框架和图神经网络的消息传递层，支持跨多种数据类型的细胞注释，并引入加权正负标记	未明确提及方法在低质量数据或极端批次效应下的性能表现	解决单细胞和空间组学分析中细胞类型注释的挑战	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-seq)和空间转录组学数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学	图神经网络(GNN)	单细胞测序数据、空间组学数据	涵盖28种组织类型的329种细胞类型、2497个基因标记的人类和植物数据
28	2025-07-01	Fusion of spatiotemporal and network models to prioritize multiscale effects in single-cell perturbations 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf277 PMID:40545244	研究论文	提出了一种名为Perturb-STNet的新框架，用于在单细胞扰动数据中识别时空差异表达的调控因子	Perturb-STNet结合了基于网络的时空模型，能够量化复杂多细胞或多组织系统中的动态影响，优于现有方法	未明确提及具体局限性	识别细胞在生物扰动下的时空响应，以发现调控因子和网络，为个性化医疗提供信息	单细胞数据，包括上皮-间质转化肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型数据和结肠炎的空间转录组数据	数字病理学	肺癌, 黑色素瘤, 结肠炎	CODEX单细胞成像, MERFISH空间转录组学	网络模型	单细胞数据	未明确提及具体样本数量
29	2025-07-01	iGTP: learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf296 PMID:40551620	research paper	介绍了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于从单细胞转录组数据中推断生物学机制	iGTP框架能够建模转录程序空间的重要性以及不同生物状态之间的蛋白质-蛋白质相互作用，提供了生物意义明确的潜在空间	NA	开发一种能够从单细胞转录组数据中推断生物学机制的可解释深度学习框架	单细胞转录组数据	machine learning	NA	single-cell transcriptomics	Variational AutoEncoder, graph neural network, latent diffusion model	transcriptomics data	NA
30	2025-07-01	Eutopic macrophages facilitate endometriosis progression via ferroptosis-mediated release of S100A9 2025-Apr-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf027 PMID:40493892	research paper	本研究探讨了子宫内膜异位症中S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡促进疾病进展的机制	首次发现S100A9+巨噬细胞亚群在子宫内膜异位症患者子宫内膜中的比例显著增加，并通过铁死亡释放S100A9促进血管生成	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证仍需进一步开展	阐明子宫内膜异位症的发病机制并寻找潜在治疗靶点	子宫内膜异位症患者的子宫内膜组织和巨噬细胞	医学研究	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量（包含患者子宫内膜组织和实验小鼠）
31	2025-07-01	Lysine methyltransferase SETD7 coordinates the emergence of mature and senescent subpopulations during the decidualization of endometrial stromal cells 2025-Apr-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf028 PMID:40570096	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶SETD7在子宫内膜基质细胞(EnSC)蜕膜化过程中对成熟和衰老亚群出现的调控作用	首次揭示SETD7通过稳定雌激素受体蛋白(而非其组蛋白甲基化活性)调控EnSC蜕膜化，并发现SETD7表达水平与复发性流产患者的子宫内膜基质中SCARA5/DIO2基因表达比率降低相关	研究主要基于体外实验和已有测序数据的分析，缺乏直接体内实验验证	阐明SETD7在子宫内膜基质细胞蜕膜化过程中的分子调控机制	子宫内膜基质细胞(EnSC)	表观遗传学	复发性流产	单细胞RNA测序、mRNA微阵列	SETD7敲除模型	RNA测序数据、微阵列数据	公开可用的单细胞RNA测序数据和子宫内膜组织批量mRNA微阵列数据
32	2025-07-01	The Dyson equalizer: adaptive noise stabilization for low-rank signal detection and recovery 2025-Mar, Information and inference : a journal of the IMA DOI:10.1093/imaiai/iaae036 PMID:39830802	研究论文	本文提出了一种自适应噪声稳定化方法，用于低秩信号检测和恢复	开发了一种数据驱动的自适应归一化程序，能够均衡数据矩阵行和列的平均噪声方差，支持广泛的噪声分布、方差模式和信号结构	未明确说明方法在极端异方差情况下的性能表现	解决异方差噪声环境下低秩信号检测和恢复的问题	数据矩阵中的低秩信号	机器学习	NA	随机矩阵理论	NA	矩阵数据	应用于单细胞RNA测序和空间转录组数据（具体样本量未说明）
33	2025-07-01	Fucosylated haptoglobin promotes inflammation via Mincle in sepsis: an observational study 2025-Feb-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56524-3 PMID:39904983	研究论文	本研究揭示了脓毒症患者血浆中Hp的末端岩藻糖基化水平升高及其通过Mincle受体促进炎症反应的机制	首次发现脓毒症患者Hp的特定岩藻糖基化修饰（Asn207和Asn211）与炎症反应增强相关，并阐明Fu-Hp通过Mincle受体激活炎症信号通路的分子机制	观察性研究设计无法确定因果关系，样本量未明确说明	探究岩藻糖基化Hp在脓毒症炎症反应中的作用机制	脓毒症患者血浆样本和小鼠模型	分子病理学	脓毒症	单细胞RNA测序、蛋白质纯化	NA	血浆蛋白质组数据、单细胞转录组数据	脓毒症患者与健康对照（具体数量未说明）
34	2025-07-01	Identification of a distinctive gene signature in granulomatous myositis 2025-Jan-02, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.12.27.24319708 PMID:40568658	研究论文	本研究通过转录组学分析揭示了肉芽肿性肌炎的特异性基因特征	首次定义了肉芽肿性肌炎的独特转录组特征，并发现CHIT1基因表达与疾病活动性高度相关	样本量相对有限（38例GM患者），且仅使用了肌肉活检样本	阐明肉芽肿性肌炎的病理生理学机制	肉芽肿性肌炎患者的肌肉活检样本	数字病理学	肉芽肿性肌炎	RNA测序、空间转录组学、免疫组织化学	支持向量机(SVM)	RNA测序数据	722例肌肉活检样本（包含38例GM患者）
35	2025-07-01	An insight into COVID-19 host immunity at single-cell resolution 2025, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2024.2443420 PMID:39707914	综述	本文系统性地描述了COVID-19感染和不同疫苗接种期间，单细胞转录组学揭示的宿主免疫细胞类型和状态的相对丰度及分子行为的病毒诱导失调	利用单细胞转录组学高分辨率研究COVID-19宿主免疫反应，识别和表征疾病相关的特定细胞群体	仅基于过去三到四年发表的单细胞研究，可能未涵盖最新进展	探讨COVID-19宿主免疫反应的细胞和分子机制	先天性和适应性免疫细胞类型及状态	单细胞转录组学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	NA
36	2025-07-01	Congestion Enriches Intra-hepatic Macrophages Through Reverse Zonation of CXCL9 in Liver Sinusoidal Endothelial Cells 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101475 PMID:39923846	研究论文	研究探讨了肝脏窦状隙充血如何通过CXCL9的反向分区影响肝内巨噬细胞的富集，进而导致充血性纤维化和门静脉高压	揭示了CXCL9在肝窦内皮细胞中的反向分区现象及其在充血性肝病中富集肝内巨噬细胞的机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，结果在人类中的普适性需要进一步验证	探究充血性肝病中肝窦微环境变化及其对纤维化和门静脉高压的影响	充血性肝病（CH）和Fontan相关肝病（FALD）患者及小鼠模型	肝脏病理学	肝脏疾病	成像质谱流式细胞术（IMC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA原位杂交（RNAish）	小鼠部分下腔静脉结扎模型（pIVCL）	组织图像、单细胞转录组数据	CH和FALD患者肝组织样本及小鼠模型
37	2025-07-01	Single-cell RNA-seq reveals distinct metabolic "microniches" and close host-symbiont interactions in deep-sea chemosynthetic tubeworm 2024-07-26, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn3053 PMID:39047091	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了深海化学合成管状蠕虫中独特的代谢微环境及其与共生微生物的密切相互作用	首次在深海化学合成管状蠕虫中发现了两种不同的代谢微环境，并阐明了宿主如何通过控制化学合成气体和代谢物的可用性来维持这些微环境	研究仅针对一种深海管状蠕虫，结果可能不适用于其他共生系统	探究深海化学合成管状蠕虫与共生微生物之间的分子相互作用	深海化学合成管状蠕虫及其共生细菌	微生物生态学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确提及样本数量
38	2025-07-01	Macrophage Dysfunction in Respiratory Disease 2024, Results and problems in cell differentiation DOI:10.1007/978-3-031-65944-7_9 PMID:39406908	research paper	本文探讨了肺部巨噬细胞的起源、表型和功能，以及它们在呼吸系统疾病中的功能障碍	利用谱系追踪和单细胞RNA测序技术，深入理解巨噬细胞在肺部稳态调节中的作用及其在疾病中的变化	未具体说明研究样本量或实验设计的详细限制	研究巨噬细胞功能障碍的机制，以开发针对慢性呼吸系统疾病的靶向治疗	肺部巨噬细胞及其在慢性阻塞性肺病(COPD)、哮喘、囊性纤维化和特发性肺纤维化(IPF)等疾病中的表现	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺病, 哮喘, 囊性纤维化, 特发性肺纤维化	谱系追踪, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
39	2025-02-17	Comprehensive analysis of cytokine and chemokine gene expression in IgG4-related disease by spatial transcriptomics 2025-Jul, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.alit.2024.12.010 PMID:39952877	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
40	2025-06-30	Cadmium exposure following early-life respiratory syncytial virus infection promotes lung fibrosis through autophagy inhibition 2025-Jul-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfaf054 PMID:40268749	研究论文	研究探讨了早期呼吸道合胞病毒（RSV）感染后镉暴露通过抑制自噬促进肺纤维化的机制	揭示了mTORC1激活-自噬抑制通路在镉暴露后加剧炎症反应和肺纤维化中的关键作用，并提出了雷帕霉素作为潜在治疗策略	研究仅使用小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究mTORC1在慢性低剂量镉暴露后RSV感染引起的肺纤维化中的作用	小鼠模型	呼吸系统疾病研究	肺纤维化	代谢组学分析、单细胞RNA测序	小鼠模型	代谢组数据、基因表达数据	未明确说明具体样本量，但实验持续16周