单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 23521 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-12-06 |
Identifying T-cell clubs by embracing the local harmony between TCR and gene expressions
2024-Dec, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-024-00070-5
PMID:39496799
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TCRclub的新方法，通过整合单细胞RNA测序数据和单细胞TCR测序数据，利用局部和谐性来识别功能相似的T细胞群 | TCRclub方法在整合TCR和基因表达数据方面具有创新性，能够识别功能相似的T细胞群 | NA | 开发一种有效的方法来整合TCR和基因表达数据，以识别功能相似的T细胞群，从而为癌症和传染病开发更有效的免疫治疗策略 | T细胞、TCR和基因表达数据 | 生物信息学 | 癌症、传染病 | 单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 | 局部和谐性模型 | 基因表达数据、TCR数据 | 298,106个T细胞，涵盖七种不同疾病的数据集 |
| 42 | 2024-11-07 |
Mapping out multiple sclerosis with spatial transcriptomics
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01798-x
PMID:39501034
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-12-06 |
Cell type mapping reveals tissue niches and interactions in subcortical multiple sclerosis lesions
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01796-z
PMID:39501036
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研究论文 | 研究使用单核和空间转录组学技术，分析了多发性硬化症（MS）亚皮质病灶中的细胞类型及其相互作用 | 首次详细描述了MS病灶中特定组织微环境（如血管周围空间、炎症病灶边缘和病灶核心）的细胞类型组成及其相互作用 | 研究仅限于亚皮质MS病灶，未涵盖其他脑区或全身其他部位的病灶 | 揭示多发性硬化症病灶中特定组织微环境的细胞组成及其相互作用 | 多发性硬化症亚皮质病灶及其对照组织 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单核和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 亚皮质MS病灶及其对照组织的样本 |
| 44 | 2024-12-06 |
Immune responses in checkpoint myocarditis across heart, blood and tumour
2024-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08105-5
PMID:39506125
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研究论文 | 本文研究了免疫检查点抑制剂治疗引起的免疫相关心肌炎（irMyocarditis）中，心脏、肿瘤和血液中的免疫反应 | 利用单细胞RNA测序结合T细胞受体（TCR）测序、显微镜和蛋白质组学分析，揭示了irMyocarditis心脏组织中细胞毒性T细胞、常规树突状细胞和炎症成纤维细胞的增加频率和共定位 | 研究样本量有限，仅包括28名irMyocarditis患者和41名未受影响个体 | 探讨irMyocarditis的发病机制及其与抗肿瘤免疫的关系 | 研究对象为irMyocarditis患者的心脏、肿瘤和血液样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、T细胞受体（TCR）测序、显微镜、蛋白质组学 | NA | 细胞 | 28名irMyocarditis患者和41名未受影响个体 |
| 45 | 2024-12-06 |
Cutaneous T cell lymphoma atlas reveals malignant TH2 cells supported by a B cell-rich tumor microenvironment
2024-Dec, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-02018-1
PMID:39558094
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研究论文 | 研究通过单细胞和空间转录组学分析皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）患者的皮肤样本，揭示了恶性TH2细胞与B细胞丰富的肿瘤微环境之间的关系 | 首次揭示了恶性CTCL细胞通过T辅助2（T2）细胞免疫基因程序的共选择，并模拟肿瘤微环境以支持其生存，同时发现了与疾病进展相关的B细胞富集 | 研究仅限于皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL），未涵盖其他类型的淋巴瘤 | 揭示皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）中恶性TH2细胞与肿瘤微环境的关系，并寻找潜在的诊断标志物和治疗策略 | 皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）患者的皮肤样本 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞和空间转录组学分析 | NA | 转录组数据 | 三个独立患者队列 |
| 46 | 2024-12-06 |
Polyclonal-to-monoclonal transition in colorectal precancerous evolution
2024-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08133-1
PMID:39478225
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研究论文 | 本文使用基于碱基编辑的DNA条形码系统，在肠道肿瘤发生的小鼠模型中全面绘制了单细胞系统发育图谱，揭示了结直肠前癌性病变的起源和演化过程 | 首次通过高分辨率的单细胞系统发育分析，揭示了结直肠前癌性病变的多元克隆起源及其向单克隆转变的过程 | 研究主要基于小鼠模型和人类散发性结直肠息肉的分析，可能不完全适用于所有结直肠癌病例 | 揭示结直肠前癌性病变的起源和演化过程，为早期干预提供理论基础 | 小鼠肠道肿瘤模型和人类散发性结直肠息肉 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、全外显子测序、全基因组测序 | NA | 基因组数据 | 260,922个单细胞样本 |
| 47 | 2024-12-06 |
Molecular characterization and sub-retinal transplantation of hypoimmunogenic human retinal sheets in a minipig model of severe photoreceptor degeneration
2024-Dec-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203071
PMID:39633598
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研究论文 | 研究使用低免疫原性的人类视网膜片在小型猪模型中进行亚视网膜移植，以治疗严重的光感受器退化 | 利用低免疫原性的诱导多能干细胞生成自发极化的视网膜片，并通过单细胞RNA测序分析其发育过程 | 移植的视网膜片在功能上仍处于不成熟阶段，且研究样本量较小 | 开发治疗视网膜退行性疾病的新方法 | 视网膜片及其在光感受器退化模型中的移植效果 | 数字病理学 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及一只移植的小型猪 |
| 48 | 2024-12-06 |
A dataset examining technical factors on fixed white blood cell single-cell RNA-seq
2024-Dec, Data in brief
IF:1.0Q3
DOI:10.1016/j.dib.2024.111096
PMID:39633974
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研究论文 | 本文评估了两种商业平台在去红细胞全血细胞上的固定单细胞RNA测序性能 | 引入了固定单细胞RNA测序方法来解决脆弱细胞在测序中的挑战 | 需要进一步校正存储时间和固定细胞数量引入的批次和技术效应 | 评估固定单细胞RNA测序技术在脆弱细胞中的应用效果 | 去红细胞全血细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 49 | 2024-12-06 |
A Roadmap for Selecting and Utilizing Optimal Features in scRNA Sequencing Data Analysis for Stem Cell Research: A Comprehensive Review
2024-Nov-30, International journal of stem cells
IF:2.5Q3
DOI:10.15283/ijsc23170
PMID:38531607
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在干细胞研究中的应用，并讨论了选择和利用最佳特征的路线图 | 本文提供了对scRNA-seq分析工具的详细概述和分类，基于对2,733篇科学出版物的回顾 | NA | 为使用scRNA-seq研究干细胞的生物信息学家和生物学家提供实用建议 | 干细胞及其产生的细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 2,733篇科学出版物和1,400种分析工具 |
| 50 | 2024-12-06 |
Identification of PANoptosis-based signature for predicting the prognosis and immunotherapy response in AML
2024-Nov-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40267
PMID:39634422
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研究论文 | 本研究通过筛选PANoptosis相关基因，建立了一个基于PANoptosis的风险签名，用于预测急性髓系白血病（AML）的预后和免疫治疗反应 | 首次探讨了PANoptosis相关签名在AML中的作用，并验证了其作为独立预后因子的有效性 | NA | 建立和验证一个基于PANoptosis的风险签名，用于预测AML患者的生存和免疫治疗反应 | 急性髓系白血病（AML）患者的预后和免疫治疗反应 | 数字病理学 | 白血病 | LASSO回归分析、Cox回归分析、分子对接和分子动力学模拟 | NA | RNA测序数据 | 使用了TCGA、bulk RNA测序和单细胞测序的数据 |
| 51 | 2024-12-06 |
PIEZO-dependent mechanosensing is essential for intestinal stem cell fate decision and maintenance
2024-Nov-29, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adj7615
PMID:39607940
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研究论文 | 研究探讨了PIEZO机械敏感通道在小肠干细胞（ISC）微环境中的作用及其对ISC命运决定和维持的影响 | 首次揭示了PIEZO通道在ISC微环境中感知机械信号并调节ISC功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类 | 探讨机械信号在小肠干细胞命运决定和维持中的作用 | 小肠干细胞及其微环境中的机械信号感知 | 生物医学 | NA | 单细胞RNA测序分析 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本 |
| 52 | 2024-12-06 |
An analysis of single-cell data reveals therapeutic effects of AMG487 in experimental autoimmune uveitis
2024-Nov-28, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2024.116671
PMID:39615601
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术分析了AMG487在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的治疗效果 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了AMG487在自身免疫性葡萄膜炎中的作用机制 | 研究仅限于实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型，需进一步验证在人类患者中的效果 | 探讨AMG487在自身免疫性葡萄膜炎中的治疗效果及其机制 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠及Vogt-Koyanagi-Harada患者的外周血和淋巴结 | 数字病理学 | 眼科疾病 | 单细胞转座酶可及染色质测序和RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠及Vogt-Koyanagi-Harada患者的外周血和淋巴结样本 |
| 53 | 2024-12-06 |
A platform for multimodal in vivo pooled genetic screens reveals regulators of liver function
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.18.624217
PMID:39605605
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研究论文 | 开发了一种结合成像和测序的方法，用于构建大规模的多模态基因型-表型图谱，以研究肝脏功能相关的基因调控 | 首次将成像和单细胞测序结合，用于大规模多模态基因型-表型图谱的构建，并应用于小鼠肝脏的研究 | NA | 揭示肝脏功能调控的基因基础 | 小鼠肝脏中的数百个基因扰动 | 数字病理学 | NA | 成像和单细胞测序 | NA | 图像和基因表达数据 | 数百个基因扰动 |
| 54 | 2024-12-06 |
Mixed Effects Deep Learning for the interpretable analysis of single cell RNA sequencing data by quantifying and visualizing batch effects
2024-Nov-13, ArXiv
PMID:39606715
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研究论文 | 提出了一种混合效应深度学习（MEDL）自编码器框架，用于解释单细胞RNA测序数据中的批次效应，并通过量化和可视化批次效应来增强解释性 | 通过分离批次不变（固定效应）和批次特定（随机效应）组件，保留了批次特定的信息，从而提高了分类准确性并增强了可视化效果 | NA | 开发一种新的深度学习框架，用于解释单细胞RNA测序数据中的批次效应，并提高预测准确性 | 单细胞RNA测序数据中的批次效应 | 机器学习 | 心血管疾病, 自闭症谱系障碍, 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 三个数据集，包括健康心脏数据集（147个批次）、自闭症谱系障碍数据集和急性髓系白血病数据集 |
| 55 | 2024-12-06 |
A prenatal skin atlas reveals immune regulation of human skin morphogenesis
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08002-x
PMID:39415002
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研究论文 | 本文构建了一个全面的产前人类皮肤多组学参考图谱，结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了免疫细胞在皮肤形态发生中的作用 | 首次系统性地展示了免疫细胞在皮肤形态发生中的关键作用，并通过皮肤器官模型验证了这一发现 | 皮肤器官模型缺乏免疫细胞，导致内皮细胞异质性和数量显著减少 | 研究免疫细胞在人类皮肤形态发生中的作用 | 产前人类皮肤（7-17周）及其相关细胞类型 | NA | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 产前人类皮肤样本（7-17周）、皮肤器官模型（源自人类胚胎干细胞和诱导多能干细胞） |
| 56 | 2024-12-06 |
Longitudinal analysis of genetic and epigenetic changes in human pluripotent stem cells in the landscape of culture-induced abnormality
2024-Nov, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-024-01334-8
PMID:39482531
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研究论文 | 研究了人类多能干细胞在体外培养过程中基因和表观遗传变化的长程分析 | 首次综合分析了基因组、单细胞转录组和单细胞ATAC-seq数据，揭示了20q11.21拷贝数增加和表观遗传变化对表达'培养适应表型'的必要性 | 研究仅限于一个同基因的人类胚胎干细胞模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨人类多能干细胞在体外培养过程中基因和表观遗传变化及其对细胞表型的影响 | 人类胚胎干细胞及其在体外培养过程中的基因和表观遗传变化 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据 | 一个同基因的人类胚胎干细胞模型 |
| 57 | 2024-12-06 |
Neoadjuvant nivolumab or nivolumab plus ipilimumab in early-stage triple-negative breast cancer: a phase 2 adaptive trial
2024-Nov, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03249-3
PMID:39284953
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研究论文 | 研究了早期三阴性乳腺癌患者在术前使用尼伏鲁单抗或尼伏鲁单抗联合伊匹单抗的免疫治疗效果 | 探索了在没有化疗的情况下，使用免疫检查点抑制剂（ICI）联合治疗早期三阴性乳腺癌患者的潜在疗效 | 研究样本量较小，且观察到的副作用较多，特别是免疫介导的内分泌疾病 | 评估早期三阴性乳腺癌患者在术前使用免疫治疗的效果，并探讨其潜在的临床应用 | 早期三阴性乳腺癌患者 | NA | 乳腺癌 | 免疫检查点抑制剂（ICI） | NA | 单细胞RNA测序 | 45名患者（每个队列15名） |
| 58 | 2024-12-06 |
Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07571-1
PMID:39567783
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研究论文 | 本文通过整合25个单细胞RNA测序数据集，揭示了炎症性肠道疾病中的化生现象 | 开发了新的自动化质量控制方法scAutoQC，并构建了包含约110万个细胞的健康参考图谱，揭示了肠道炎症疾病中干细胞来源的化生细胞与免疫细胞的相互作用 | NA | 研究肠道炎症疾病中的化生现象及其对组织结构和炎症的影响 | 健康和疾病状态下的胃肠道组织细胞 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 385个样本，包括189名健康对照和12个疾病数据集 |
| 59 | 2024-12-06 |
A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07944-6
PMID:39567784
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研究论文 | 本文通过多模态单细胞图谱、空间转录组学和高分辨率多重成像数据，建立了人类胸腺细胞的空间图谱，并分析了胸腺皮质-髓质轴的微解剖基础 | 本文首次在胎儿发育的第二孕期开始时，展示了小叶细胞因子网络的建立、胸腺细胞的典型轨迹以及胸腺上皮细胞的分布，并识别了胸腺上皮细胞祖细胞的组织生态位及与哈塞尔小体相关的不同亚型 | NA | 研究人类胸腺细胞在胎儿和早期新生儿阶段的发育过程及其微解剖基础 | 胸腺细胞、胸腺上皮细胞及其在胸腺皮质-髓质轴中的分布和发育轨迹 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学、高分辨率多重成像 | NA | 单细胞数据、图像数据 | NA |
| 60 | 2024-12-06 |
A multi-omic atlas of human embryonic skeletal development
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08189-z
PMID:39567793
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研究论文 | 本文通过多组学分析，构建了人类胚胎骨骼发育的多组学图谱 | 首次应用配对的转录组和表观遗传学分析，结合空间转录组学，揭示了人类胚胎关节和颅骨发育的关键调控网络和细胞轨迹 | NA | 揭示人类胚胎骨骼发育的细胞状态、表观遗传过程和关键调控因子 | 人类胚胎骨骼发育中的细胞分化和骨骼形成 | 数字病理学 | NA | 转录组学、表观遗传学分析、空间转录组学 | NA | 转录组数据、表观遗传数据、空间转录组数据 | 约336,000个细胞核液滴 |