单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-05-21	Single-cell RNA sequencing-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016 PMID:39709141	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了晚期肝细胞癌患者对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的两种不同反应模式	首次利用单细胞RNA测序技术定义了晚期肝细胞癌对联合治疗的两种分子亚型（免疫能力型和血管生成驱动型）以及耐药机制	样本量相对有限（共422例），且为回顾性分析	揭示晚期肝细胞癌患者对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗产生临床获益或耐药的细胞学机制	晚期肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	422例RNA测序样本（其中317例接受阿特珠单抗+贝伐珠单抗治疗，47例接受阿特珠单抗治疗，58例接受索拉非尼治疗）
2	2025-05-21	Deciphering the Premetastatic Lymphatic Niche of Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-Jun, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241307894 PMID:40082761	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了口腔鳞状细胞癌（OSCC）转移前淋巴结（LN）中的细胞结构，特别是CD4+ Tex-pre细胞的作用	首次在OSCC转移前淋巴结中鉴定出CD4+ Tex-pre细胞亚群，并揭示了其在塑造转移前微环境中的作用	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要在更大样本量中验证	探索口腔鳞状细胞癌转移前淋巴结的细胞结构和免疫抑制机制	口腔鳞状细胞癌患者和小鼠模型的转移前淋巴结	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, RNAscope原位染色, 批量RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据, 原位染色图像	OSCC患者的转移前淋巴结和配对的对侧淋巴结
3	2025-05-21	Nanoparticles may influence mast cells gene expression profiles without affecting their degranulation function 2025-Jun, Nanomedicine : nanotechnology, biology, and medicine IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.nano.2025.102818 PMID:40185352	研究论文	开发并验证了一种体外监测纳米颗粒对IgE依赖性肥大细胞脱颗粒影响的方法	发现某些纳米材料对免疫细胞的影响超出功能性免疫检测的范围，特别是Abraxane和Doxil对肥大细胞基因表达谱的影响	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	评估纳米颗粒对肥大细胞脱颗粒功能和基因表达的影响	肥大细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	七种纳米材料（四种临床级纳米药物和三种商业研究级纳米材料）
4	2025-05-21	Characterization of ROMK cellular heterogeneity along the mouse kidney thick ascending limb 2025-Jun, Pflugers Archiv : European journal of physiology DOI:10.1007/s00424-025-03086-4 PMID:40358700	研究论文	研究小鼠肾脏厚壁升支（TAL）中ROMK通道的细胞异质性	揭示了ROMK蛋白在TAL细胞中的异质性分布，并发现其与分子上不同的TAL细胞类型相关	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	探讨ROMK在TAL中的分布及其与细胞类型的关联	小鼠肾脏厚壁升支（TAL）细胞	分子生物学	NA	RNAscope原位杂交（ISH）、迭代间接免疫荧光成像（4i多重染色）、机器学习	NA	图像、RNA序列数据	小鼠肾脏样本
5	2025-05-21	Antioxidant interventions reduced cytokine-induced pyroptosis of peripheral MAIT cells in patients with HBV-related cirrhosis 2025-Jun-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000714 PMID:40377492	研究论文	本研究探讨了HBV相关肝硬化患者中MAIT细胞减少的特征及机制，并发现抗氧化干预可减少细胞焦亡	首次揭示MAIT细胞在HBV相关肝硬化中的焦亡机制及抗氧化剂的有效干预作用	样本量较小（40例患者），且仅针对HBV相关肝硬化患者	探究HBV相关肝硬化中MAIT细胞减少的机制及潜在治疗方法	HBV相关肝硬化患者及健康对照者的外周血MAIT细胞	免疫学	肝硬化	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光、ELISA	NA	血液样本	20名健康对照者和40名HBV相关肝硬化患者（20名代偿期和20名失代偿期）
6	2025-05-21	Single-cell analyses unravel ecosystem dynamics and intercellular crosstalk during gallbladder cancer malignant transformation 2025-Jun-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000697 PMID:40377484	研究论文	通过单细胞RNA测序分析胆囊癌恶性转化过程中的细胞生态系统动态和细胞间通讯	首次构建了胆囊癌恶性转化过程中的单细胞图谱，揭示了TOP2A+上皮细胞亚型和TOP2A+巨噬细胞在肿瘤进展中的作用及其与CD8+耗竭T细胞的互作机制	样本量相对较小（10例），且未进行功能实验验证关键基因的具体作用机制	揭示胆囊癌恶性转化过程中的细胞和分子变化，寻找早期生物标志物和治疗靶点	胆囊组织样本（正常邻近组织、高级别上皮内瘤变和胆囊癌）	数字病理学	胆囊癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、多重免疫荧光染色	10种机器学习方法（未具体说明）	单细胞转录组数据、图像数据	98,113个细胞（来自2例正常组织、2例HGIN和6例GBC样本）
7	2025-05-21	Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf063 PMID:40391086	研究论文	介绍了一个名为immunopipe的综合灵活的单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq)数据分析流程	开发了一个综合且灵活的数据分析流程，支持scRNA-seq和scTCR-seq数据的整合分析，并提供了用户友好的网页界面	未提及具体的性能比较或与其他工具的对比	提升对T细胞介导的免疫和免疫治疗的理解	单细胞RNA测序和单细胞T细胞受体测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	单细胞测序数据	NA
8	2025-05-21	[New technologies serve as accelerators for breakthroughs in modern acupuncture research] 2025-May-25, Zhen ci yan jiu = Acupuncture research DOI:10.13702/j.1000-0607.20250380 PMID:40390610	综述	本文系统回顾了现代针灸研究的历史，强调了技术在其发展中的推动作用，并展望了新兴技术在针灸研究中的应用前景	强调了从系统性、有机方法到细胞、分子和遗传方法的技术在现代针灸研究中的推动作用，并展望了单细胞测序、空间转录组学、神经影像学、人工智能等新兴技术的应用	未具体提及研究的局限性	回顾现代针灸研究的历史，展望新兴技术在针灸研究中的应用	针灸-艾灸的理论框架、镇痛机制、经络现象、穴位-内脏器官关联及穴位功效模式	跨学科医学-工程整合	NA	电生理学、生物化学技术、单细胞测序、空间转录组学、神经影像学、人工智能	NA	NA	NA
9	2025-05-21	Myeloid Fatty Acid Metabolism Activates Neighboring Hematopoietic Stem Cells to Promote Heart Failure With Preserved Ejection Fraction 2025-May-20, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.070248 PMID:40071347	research paper	该研究探讨了骨髓脂肪酸代谢如何通过激活邻近的造血干细胞促进射血分数保留的心力衰竭（HFpEF）的发展	发现了HFpEF患者外周血造血干细胞增多的现象，并揭示了骨髓脂肪酸代谢通过Vcam1促进造血干细胞增殖的新机制	研究主要基于动物模型，人类样本验证仍需进一步扩大	阐明HFpEF发病机制中骨髓脂肪酸代谢与造血干细胞活化的关系	HFpEF患者样本和动物模型	心血管疾病研究	心力衰竭	流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、碳标记	高脂饮食和高血压小鼠模型	基因表达数据、代谢组数据	患者样本和动物模型（具体数量未明确说明）
10	2025-05-21	Synergistic effects of PA (S184N) and PB2 (E627K) mutations on the increased pathogenicity of H3N2 canine influenza virus infections in mice and dogs 2025-May-20, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01984-24 PMID:40183583	research paper	研究揭示了PA(S184N)和PB2(E627K)突变对H3N2犬流感病毒在狗和小鼠中致病性增强的协同作用	首次发现PA(S184N)和PB2(E627K)突变协同增强H3N2犬流感病毒的致病性，并在单细胞水平阐明其机制	研究主要基于小鼠模型，在狗中的验证还需进一步扩展	阐明H3N2犬流感病毒适应哺乳动物的分子机制	H3N2犬流感病毒及其在小鼠和狗中的致病性	病毒学	流感	单细胞RNA测序	动物感染模型	基因序列数据、病毒滴度数据	小鼠和狗的肺组织样本
11	2025-05-21	Exploring Sex Differences in Type 2 Diabetes via a Male-Dominant Beta-Cell Cluster from Single-Cell Pancreatic Sequencing of Public Datasets 2025-May-19, Endocrinology and metabolism (Seoul, Korea) DOI:10.3803/EnM.2025.2297 PMID:40389209	研究论文	通过单细胞胰腺测序公共数据集，探索2型糖尿病中的性别差异，发现了一个男性主导的β细胞簇	识别了一个男性主导的β细胞簇，该簇具有独特的基因表达模式、信号通路和细胞间相互作用	研究依赖于公共数据集，可能存在批次效应或其他混杂因素	探索2型糖尿病中的性别差异及其分子机制	2型糖尿病患者的β细胞	生物信息学	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	来自四个公共数据集的样本
12	2025-05-21	Brain tumors induce immunoregulatory dendritic cells in draining lymph nodes that can be targeted by OX40 agonist treatment 2025-May-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011548 PMID:40389372	研究论文	本研究探讨了脑瘤引流淋巴结中免疫调节性树突状细胞（DC-c）的功能及其通过OX40激动剂治疗的潜在靶向性	揭示了DC-c在促进调节性T细胞扩增和低毒性CD8+ T细胞方面的独特作用，并发现OX40信号通过直接作用于CCR7+OX40+ DCs和间接影响T细胞的重要性	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究脑瘤引流淋巴结中DC-c的免疫调节功能及其治疗潜力	小鼠胶质瘤和淋巴瘤模型中的树突状细胞（DC-c和DC-p）	免疫学	脑瘤	高分辨率流式细胞术、单细胞RNA测序、体外和体内功能表征	NA	细胞和分子数据	小鼠模型中的树突状细胞和T细胞
13	2025-05-21	Single-cell RNA-sequencing reveals early mitochondrial dysfunction unique to motor neurons shared across FUS- and TARDBP-ALS 2025-May-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59679-1 PMID:40389397	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了FUS和TARDBP基因突变导致的肌萎缩侧索硬化症（ALS）中运动神经元特有的早期线粒体功能障碍	首次在单细胞水平上比较了FUS和TARDBP基因突变导致的ALS中运动神经元和中间神经元的转录组差异，并发现线粒体功能障碍是共同的病理机制	研究基于诱导多能干细胞分化的神经元模型，可能与体内真实情况存在差异	探究FUS和TARDBP基因突变导致ALS的选择性运动神经元退化的共同机制	携带FUS P525L、FUS R495X、TARDBP M337V突变或FUS敲除的诱导多能干细胞分化的神经元	神经科学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	诱导多能干细胞（iPSC）分化的神经元模型	RNA测序数据	多种基因型的iPSC分化神经元（具体数量未明确说明）
14	2025-05-21	A CRISPR/Cas9-based enhancement of high-throughput single-cell transcriptomics 2025-May-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59880-2 PMID:40389438	research paper	本文介绍了一种名为scCLEAN的分子方法，通过CRISPR/Cas9技术优化单细胞RNA测序（scRNAseq），以提高低丰度转录本的检测能力	利用CRISPR/Cas9技术靶向并去除少量转录组，重新分配测序reads，从而增强对低丰度转录本的检测	未明确指出所有适用或不适用的组织或细胞类型的具体标准	解决单细胞RNA测序中高丰度转录本掩盖低丰度转录本检测的问题	异质性免疫细胞和同质性血管平滑肌细胞	基因组学	NA	CRISPR/Cas9, scRNAseq, 单细胞MAS-Seq	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多种人类组织和细胞类型
15	2025-05-21	Focusing on DC cells to optimize the prediction of prognosis and innovative treatment strategies for colon cancer 2025-May-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01792-8 PMID:40389562	研究论文	本研究通过识别树突状细胞相关基因(DCRGs)，构建风险评分系统(DCRI)，并评估其在结肠癌预后和治疗中的意义	开发了新型DCRI评分系统，准确预测结肠癌预后和免疫治疗反应，并发现PPP2CB作为潜在治疗靶点	DCRGs在结肠癌中的预后意义尚未充分探索，需要进一步验证	优化结肠癌预后预测和创新治疗策略	结肠腺癌(COAD)组织和相关免疫细胞	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), WGCNA, LASSO-Cox分析	风险评分模型(DCRI)	转录组数据和临床数据	来自TCGA和GEO数据库的结肠癌样本
16	2025-05-21	Single-cell transcriptomic landscape reveals complex cellular heterogeneity and dysregulated signaling pathways in nasopharyngeal carcinoma 2025-May-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02506-2 PMID:40389670	研究论文	本研究通过单细胞转录组学系统分析了鼻咽癌（NPC）中不同细胞类型的转录特征及其在肿瘤发展中的作用	揭示了NPC肿瘤微环境中复杂的细胞异质性和失调的信号通路，为疾病发病机制提供了新的见解	NA	系统分析NPC中不同细胞类型的转录特征及其在肿瘤发展中的作用	鼻咽癌（NPC）和正常组织样本	单细胞转录组学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NPC和正常组织样本
17	2025-05-21	Novel marker genes and small molecule drugs for radiotherapy resistance in cervical cancer identified based on single-cell multi-omics analysis 2025-May-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02532-0 PMID:40389794	研究论文	通过单细胞多组学和机器学习方法，研究宫颈癌放疗抵抗的分子和细胞机制，并识别相关标志基因和小分子药物	结合单细胞多组学数据和机器学习构建预后模型，识别与放疗抵抗相关的标志基因和潜在治疗药物	数据来源于公共数据库（TCGA和GEO），可能受限于样本量和数据质量	探索宫颈癌放疗抵抗的分子机制并开发个性化治疗策略	宫颈癌患者	数字病理学	宫颈癌	单细胞测序、转录组测序、甲基化分析	Cox回归	测序数据	43,475个细胞（来自TCGA和GEO数据库）
18	2025-05-21	Integrating single-cell and bulk RNA profiles to uncover glutamine metabolism's role in prognosis and immune dynamics in multiple myeloma 2025-May-19, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14239-0 PMID:40389878	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤预后和免疫动态中的作用	首次系统地识别了谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤中的预后和治疗意义，并验证了其作为生物标志物和治疗靶点的双重潜力	研究依赖于公共多组学数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤中的预后价值和治疗潜力	多发性骨髓瘤患者样本和谷氨酰胺代谢相关基因	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞测序, 批量转录组分析, 加权共表达网络分析, Cox比例风险模型	NA	RNA测序数据	多个独立的多发性骨髓瘤队列数据
19	2025-05-21	Spatiotemporal single-cell analysis elucidates the cellular and molecular dynamics of human cornea aging 2025-May-19, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01475-z PMID:40390022	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间增强分辨率组学测序技术，揭示了人类角膜衰老过程中的细胞和分子动态变化	首次构建了人类角膜衰老的时空单细胞图谱，发现了角膜上皮细胞的时空向心迁移模式，并揭示了角膜内皮细胞的区域特异性分子和功能特征	样本量相对较小（8个供体的角膜组织），且年龄跨度较大（33-88岁）	阐明人类角膜衰老过程中的细胞和分子动态变化	人类角膜组织	digital pathology	geriatric disease	scRNA-seq, scStereo-seq, 免疫荧光染色, Western blotting	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	8个供体的角膜组织（年龄33-88岁）
20	2025-05-21	The gene regulatory mechanisms shaping the heterogeneity of venom production in the Cape coral snake 2025-May-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03602-w PMID:40390047	research paper	该研究通过生成高质量的开普珊瑚蛇基因组草案，结合毒腺单细胞RNA-seq数据和空间毒腺毒素分布分析，揭示了毒素调控的变异性和蛇毒腺中异质性毒素产生的分子机制	揭示了不同毒素家族由不同的细胞群体产生，且毒素表达通过调控模块进一步精细调节，导致每个细胞群体内毒素生产的进一步特化	研究结果虽然揭示了毒素调控的变异性和分子机制，但并未探讨这些发现对其他蛇类或毒液系统的普遍适用性	研究蛇毒腺中毒素调控的变异性和异质性毒素产生的分子机制	开普珊瑚蛇（Aspidelaps lubricus）及其毒腺	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq, 空间毒腺毒素分布分析	NA	基因组数据, RNA-seq数据, 空间分布数据	NA