单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-16	Prediction of gene regulatory connections with joint single-cell foundation models and graph-based learning 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf217 PMID:40662821	研究论文	提出了一种名为scRegNet的新框架，利用单细胞基础模型（scFMs）和图学习技术进行基因调控链接预测	结合大规模预训练的单细胞基础模型和图学习技术，显著提高了基因调控链接预测的准确性和鲁棒性	需要大量已知的转录因子-DNA结合数据，而这些数据通常实验成本高且数量有限	解决基因调控链接预测问题，提高单细胞RNA测序数据中基因调控网络（GRN）推断的准确性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	机器学习	NA	scRNA-seq	scFMs, 图学习	基因表达数据	七个scRNA-seq基准数据集
62	2025-07-16	ARTEMIS integrates autoencoders and Schrödinger Bridges to predict continuous dynamics of gene expression, cell population, and perturbation from time-series single-cell data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf218 PMID:40662824	研究论文	ARTEMIS是一种生成模型，结合了变分自编码器和Schrödinger Bridges，用于从时间序列单细胞数据中预测基因表达、细胞群体和扰动的连续动态	整合变分自编码器(VAE)与不平衡扩散Schrödinger Bridge，通过解决Schrödinger桥问题重建细胞轨迹，揭示基因表达动态并恢复细胞群体变化	单细胞测序的高成本和破坏性限制了观察时间点的连续性	解决单细胞测序数据在时间上的不连续性问题，重建细胞轨迹和基因表达动态	胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和癌症细胞的上皮-间质转化(EMT)	生物信息学	癌症	scRNA-seq	VAE, Diffusion Schrödinger Bridge	单细胞时间序列数据	三个scRNA-seq数据集
63	2025-07-16	Transcriptome assembly at single-cell resolution with Beaver 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf236 PMID:40662838	研究论文	本文介绍了Beaver，一种专为短读长单细胞RNA测序数据设计的细胞特异性转录本组装工具	Beaver通过实施转录本片段图和设计高效的动态规划算法，结合两个随机森林模型，显著提高了转录本组装的精确度	研究主要基于Smart-seq3 scRNA-seq数据，未涉及其他单细胞测序技术的数据验证	解决单细胞RNA测序中重建全长转录本的挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, Smart-seq3	随机森林	RNA测序数据	NA
64	2025-07-16	GPX1 and RCN1 as New Endoplasmic Reticulum Stress-Related Biomarkers in Multiple Sclerosis Brain Tissue and Their Involvement in the APP-CD74 Pathway: An Integrated Study Combining Machine Learning and Multi-Omics 2025-Jun-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136286 PMID:40650067	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析、单细胞测序和动物模型验证，鉴定了13个与多发性硬化症(MS)相关的内质网应激(ERS)生物标志物，并探讨了它们在APP-CD74通路中的作用	首次将机器学习与多组学方法结合，鉴定出MS中新的ERS相关生物标志物GPX1和RCN1，并揭示了它们在APP-CD74通路中的参与机制	研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证，动物模型与人类疾病的差异可能影响结果的直接转化	探索内质网应激相关生物标志物在多发性硬化症中的作用机制，为诊断和治疗提供新靶点	多发性硬化症患者脑组织和实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)小鼠模型	生物信息学	多发性硬化症	加权基因共表达网络分析、机器学习算法、单细胞测序、孟德尔随机化分析	机器学习算法(未指定具体模型)	基因组数据、单细胞测序数据	未明确说明样本数量，涉及MS患者和EAE小鼠模型
65	2025-07-16	Identification of Potential Therapeutic Targets for Coronary Atherosclerosis from an Inflammatory Perspective Through Integrated Proteomics and Single-Cell Omics 2025-Jun-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136201 PMID:40649979	研究论文	通过整合蛋白质组学和单细胞组学，从炎症角度识别冠状动脉粥样硬化的潜在治疗靶点	首次通过蛋白质组范围的孟德尔随机化分析和单细胞RNA-seq技术，结合大规模人群数据，识别出与冠状动脉粥样硬化相关的11种蛋白质，并确认其中5种基因在平滑肌细胞中的特异性表达	研究主要基于欧洲人群数据，可能在其他种族群体中的适用性需要进一步验证	识别冠状动脉粥样硬化的炎症相关治疗靶点	冠状动脉粥样硬化相关蛋白质和基因	生物信息学	心血管疾病	孟德尔随机化分析(MR)、单细胞RNA-seq、蛋白质组学	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA-seq数据	UK-PPP队列(54,219名参与者，2,923种蛋白质)和冰岛队列(35,559名参与者，4,907种蛋白质)
66	2025-07-16	Applications of Spatial Transcriptomics in Veterinary Medicine: A Scoping Review of Research, Diagnostics, and Treatment Strategies 2025-Jun-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136163 PMID:40649940	综述	本文综述了空间转录组学在兽医医学中的应用，包括研究、诊断和治疗策略	首次全面评估空间转录组学在兽医医学中的应用现状与未来潜力	兽医领域研究数量有限，存在疾病、物种、器官和地理偏见	评估空间转录组学在兽医医学中的应用现状与未来发展方向	人类和动物健康研究中的空间转录组学应用	数字病理学	NA	空间转录组学（10× Visium, Slide-seq, Nanostring, MERFISH）	NA	基因表达数据	1398项符合纳入标准的研究
67	2025-07-16	Mesenchymal stem/stromal cell therapy improves immune recovery in a feline model of severe coronavirus infection 2025-Jun-25, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szaf025 PMID:40659357	研究论文	本研究评估了同种异体间充质干细胞（MSC）疗法联合抗病毒治疗在猫传染性腹膜炎（FIP）中的安全性和有效性	首次在猫传染性腹膜炎模型中验证MSC疗法对免疫恢复的改善作用，并揭示PDGF-bb在淋巴细胞恢复中的潜在作用	研究结束时仍存在残留细胞因子升高现象，表明慢性免疫调节问题尚未完全解决	探索MSC疗法对冠状病毒感染后免疫功能障碍的改善效果	患有渗出性猫传染性腹膜炎的猫	兽医医学/转化医学	冠状病毒感染/猫传染性腹膜炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、血清细胞因子分析	NA	血液学数据、转录组数据、细胞因子数据	未明确提及具体样本数量（猫传染性腹膜炎病例）
68	2025-07-16	Histopathologic Evaluation and Single-cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients with Inflammatory Bowel Disease 2025-Jun-24, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101563 PMID:40571096	研究论文	通过结肠的组织病理学评估和单细胞空间转录组学，揭示了与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常	首次结合组织病理学特征和单细胞空间转录组学技术，深入研究了J型储袋失败的分子机制	研究为回顾性病例对照设计，可能存在选择偏倚	探究导致J型储袋失败的组织病理学特征和分子机制	接受IPAA手术的炎症性肠病患者	数字病理学	炎症性肠病	单细胞空间转录组学、免疫组化	NA	组织样本、基因表达数据	417例患者（其中部分进行单细胞空间转录组分析）
69	2025-07-16	Immunosuppressive Tumor Microenvironment of Osteosarcoma 2025-Jun-24, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17132117 PMID:40647416	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了骨肉瘤的免疫抑制微环境特征	首次在骨肉瘤中发现MDSCs、调节性T细胞和LAMP3+树突状细胞等免疫抑制细胞群体，并通过细胞间通讯模型揭示了NF-κB上调机制	样本量较小（12个活检样本），需要更大规模研究验证发现	解析骨肉瘤免疫微环境特征及其免疫抑制机制	骨肉瘤肿瘤活检样本	肿瘤免疫学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	细胞间通讯模型	RNA测序数据	12个骨肉瘤活检样本（6个新测序+6个已发表）
70	2025-07-16	Deciphering cholangiocarcinoma heterogeneity and specific progenitor cell niche of extrahepatic cholangiocarcinoma at single-cell resolution 2025-Jun-23, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-025-01716-z PMID:40551145	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胆管癌（CCA）的分子异质性，特别是肝内胆管癌（iCCA）和肝外胆管癌（eCCA）亚型之间的差异	首次在单细胞分辨率下解析了iCCA和eCCA的肿瘤生态系统差异，并鉴定出eCCA特有的LY6D+基底样癌细胞亚群及其与ISG15富集的微环境的关系	样本量相对有限（28个样本），且需要进一步的功能验证	阐明胆管癌亚型间的分子异质性并寻找潜在治疗靶点	胆管癌患者样本（包括慢性胆道炎症和不同解剖部位的CCA）	单细胞转录组学	胆管癌	scRNA-seq, 空间RNA原位测序, 类器官模型	NA	单细胞转录组数据	28个样本（7例慢性胆道炎症，21例CCA），共109,071个单细胞
71	2025-07-16	[Biological characteristics of liver zonation and its role in disease and aging] 2025-Jun-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology DOI:10.3760/cma.j.cn501113-20241010-00532 PMID:40660991	综述	本文总结了肝脏分区在维持肝功能中的重要作用及其与疾病和衰老的关系	利用单细胞基因组学和空间转录组学技术深入理解肝脏分区的生物学特性	NA	探讨肝脏分区在维持肝功能及其与疾病和衰老的关系	肝脏及其分区细胞	生物医学	肝脏疾病	单细胞基因组学, 空间转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
72	2025-06-20	Spatial Transcriptomics of Hirschsprung Disease Resection Margins Marks Differential Gene Expression in Myenteric Plexus 2025-Jun-16, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.06.012 PMID:40532828	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
73	2025-07-16	High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.15.659774 PMID:40661400	研究论文	介绍PEtracer技术，一种基于prime editing的演化谱系追踪技术，用于在体内高分辨率绘制细胞状态和谱系动态	开发了PEtracer技术，结合单细胞测序和多模态成像方法，能够在保持细胞组织空间分辨率的同时，联合分析细胞状态和谱系	NA	研究细胞命运决定的时空动态，特别是在发育和疾病中的应用	细胞状态和谱系动态	生物技术	肿瘤转移	prime editing, MERFISH空间转录组分析	NA	单细胞测序数据, 多模态成像数据	同基因小鼠肿瘤转移模型
74	2025-07-16	Two Specialized Intrinsic Cardiac Neuron Types Safeguard Heart Homeostasis and Stress Resilience 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.13.659555 PMID:40661461	research paper	该研究通过单细胞转录组学、高分辨率成像和小鼠细胞特异性遗传工具，鉴定了两种分子上不同的内在心脏神经元亚型，揭示了它们在心脏稳态和应激反应中的独特作用	首次在分子水平上鉴定了两种功能特异的内在心脏神经元亚型，并阐明了它们在维持冠状动脉灌注和心脏电稳定性中的不同作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类心脏组织中验证	揭示内在心脏神经系统的分子和功能组织，为开发针对心脏自主神经功能障碍的靶向治疗提供基础	小鼠内在心脏神经元	神经科学	心血管疾病	单细胞转录组学、高分辨率成像、细胞特异性遗传工具	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	NA
75	2025-07-16	Spatial Proofreading Amplification of in situ Transcript and Protein Signals 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.11.659176 PMID:40661487	研究论文	介绍了一种基于动力学校对原理的无酶信号放大方法，用于增强空间转录组学实验中的信号亮度	提出了一种新型的无酶信号放大方法，利用短寡核苷酸探针在目标位点迭代沉积并通过光交联形成高度稳定的DNA组装体，实现超过500倍的信号放大	NA	提高空间转录组学实验中的信号检测效率和缩短成像时间	空间转录组学实验中的转录和蛋白质信号	空间转录组学	NA	无酶信号放大方法	NA	转录和蛋白质信号数据	NA
76	2025-07-16	Stc1-expressing myofibroblasts are a developmentally distinct lineage cleared through intrinsic apoptosis in the neonatal lung 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.12.659126 PMID:40661545	research paper	该研究通过生成一种小鼠品系，标记并区分了发育过程中短暂的次级嵴肌成纤维细胞（SCMFs）与其他肌成纤维细胞，揭示了SCMFs的增殖和凋亡机制	首次生成能够忠实标记SCMFs的小鼠品系，并揭示了SCMFs与肺泡导管肌成纤维细胞（DMFs）的发育差异及其生命周期	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究不同肌成纤维细胞谱系在肺发育和疾病中的独特作用	次级嵴肌成纤维细胞（SCMFs）和肺泡导管肌成纤维细胞（DMFs）	developmental biology	lung disease	single-cell RNA-seq, genetic lineage tracing	mouse model	genetic and transcriptomic data	小鼠模型中的肌成纤维细胞群体
77	2025-07-16	Systematic characterization of the ovarian landscape across mouse menopause models 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.658920 PMID:40661543	研究论文	本文通过系统比较三种小鼠更年期模型，揭示了卵泡丢失、内分泌紊乱和转录重塑的共同及模型特异性特征	首次系统比较了三种小鼠更年期模型，包括完整衰老、化学卵巢卵泡耗竭和遗传模型，揭示了不同模型在激素和免疫改变方面的独特模式	研究仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类更年期的复杂性	研究更年期的分子机制及其对全身健康的影响	三种小鼠更年期模型（完整衰老、化学卵巢卵泡耗竭和遗传模型）	生物医学研究	更年期相关疾病	组织学、血清激素分析、单细胞转录组学和机器学习	机器学习	分子和表型数据	三种小鼠更年期模型
78	2025-07-16	Uncovering Functional Gene Regulatory Networks in Bulk and Single-Cell Data through Robust Transcription Factor Activity Estimation and Model-Guided Experimental Validation 2025-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.09.658650 PMID:40661601	研究论文	本文提出了一种新方法MERLIN+P+TFA，通过先验知识引导的稀疏正则化来稳健准确地估计转录因子活性（TFA）和下游基因调控网络（GRN）	使用先验知识引导的稀疏正则化方法，提高了TFA估计和GRN推断的准确性，并在酵母和哺乳动物系统中验证了其效果	先验知识中的噪声可能影响TFA估计和GRN推断的质量，需要生成特定背景的金标准以提高精度	重建基因组规模的基因调控网络（GRN）并提高其推断质量	酵母和哺乳动物系统中的基因表达数据，包括批量数据和单细胞数据	系统生物学	NA	基因表达分析，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	MERLIN+P+TFA	基因表达数据	模拟和真实表达数据，包括小鼠胚胎干细胞（mESC）状态的58个关键调控因子
79	2025-07-16	Oncogenic and tumor-suppressive forces converge on a progenitor-orchestrated niche to shape early tumorigenesis 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.656791 PMID:40661354	研究论文	该研究通过整合谱系追踪、单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型中肿瘤起始阶段促进或抑制恶性肿瘤的分子、细胞和组织水平事件	发现了一个离散的前体样细胞群，这些细胞同时激活致癌和肿瘤抑制程序，并重塑其微环境，形成了一个与侵袭性PDAC相似的生态位	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索从良性生长向恶性肿瘤转变的分子机制	胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型	癌症研究	胰腺癌	谱系追踪、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
80	2025-07-16	Single cell immunophenotyping identifies CD8 + GZMK + IFNG + T cells as a key immune population in cutaneous Lyme disease 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.09.658661 PMID:40661371	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和适应性免疫受体测序，首次全面解析了皮肤莱姆病中T细胞的免疫反应	识别出CD8 + GZMK + IFNG + T细胞作为皮肤莱姆病中的关键免疫群体，并揭示了其在干扰素调节基因表达中的显著差异	研究主要聚焦于T细胞反应，可能忽略了其他免疫细胞类型的作用	探究皮肤莱姆病中T细胞的免疫反应及其在疾病中的作用	皮肤莱姆病患者的EM病灶和自体未受累皮肤	免疫学	莱姆病	scRNA-Seq, 适应性免疫受体测序	NA	单细胞转录组数据	扩大的样本量（具体数量未提及）