单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-12-06	An integrative single-cell atlas for exploring the cellular and temporal specificity of genes related to neurological disorders during human brain development 2024-Oct, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01328-6 PMID:39363111	研究论文	本文通过整合多个单细胞RNA测序数据集，构建了一个全面的人类大脑发育单细胞图谱，揭示了与神经系统疾病相关的基因在不同发育阶段的表达模式	本文首次整合了多个单细胞RNA测序数据集，构建了一个全面的人类大脑发育单细胞图谱，揭示了与神经系统疾病相关的基因在不同发育阶段的表达模式	本文主要依赖于单细胞RNA测序数据，可能无法全面反映基因表达的复杂性	揭示与神经系统疾病相关的基因在人类大脑发育过程中的细胞和时间特异性	人类大脑发育过程中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	393,060个单细胞
62	2024-12-06	Characteristics of blood-brain barrier heterogeneity between brain regions revealed by profiling vascular and perivascular cells 2024-Oct, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01743-y PMID:39210068	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术，比较了小鼠中脑室旁器官与皮质的血脑屏障特性，揭示了不同脑区血脑屏障异质性的分子和解剖学基础	首次通过单细胞和空间转录组学技术，系统比较了不同脑区血脑屏障的异质性，并揭示了内皮细胞与周围细胞的分子特异性及其相互作用模式	研究仅限于小鼠中脑室旁器官与皮质，未涵盖其他脑区	探究不同脑区血脑屏障异质性的分子和解剖学基础	小鼠中脑室旁器官与皮质的内皮细胞及周围细胞	NA	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、电子显微镜、水基组织清除法	NA	转录组数据	小鼠中脑室旁器官与皮质样本
63	2024-12-06	Single-cell transcriptomic analysis reveals dynamic activation of cellular signaling pathways regulating beige adipogenesis 2024-Oct, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01252-9 PMID:39465352	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了调节米色脂肪生成的细胞信号通路的动态激活	首次通过单细胞RNA测序揭示了PDGFRA+细胞在米色脂肪生成过程中的分子异质性，并发现了DPP4+细胞在饮食诱导肥胖中的潜在作用	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小	阐明脂肪干细胞在米色脂肪生成中的分子异质性及其在饮食诱导肥胖中的作用	PDGFRA+细胞及其在米色脂肪生成中的分子机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠的腹股沟白色脂肪组织（iWAT）样本
64	2024-12-06	scACT: Accurate Cross-modality Translation via Cycle-consistent Training from Unpaired Single-cell Data 2024-Oct, Proceedings of the ... ACM International Conference on Information & Knowledge Management. ACM International Conference on Information and Knowledge Management DOI:10.1145/3627673.3679576 PMID:39628660	研究论文	本文介绍了一种名为scACT的深度生成模型，用于从未配对的单细胞数据中提取跨模态生物学见解	scACT通过对抗训练对齐未配对的多模态数据，通过循环一致训练实现无先验知识的跨模态翻译，并通过模拟扰动探索可解释的调控相互联系	NA	解决现有跨模态翻译方法依赖于稀缺的高质量共检测数据的局限性	单细胞数据中的跨模态生物学见解	机器学习	NA	对抗训练、循环一致训练	深度生成模型	单细胞数据	多种单细胞数据集
65	2024-12-06	Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.03.583179 PMID:38496477	研究论文	提出了一种名为Sunbear的联合建模框架，用于整合多条件和多模态单细胞数据的时间变化	Sunbear框架能够填补单细胞时间变化数据，对齐多数据集和多模态数据，并推断缺失模态的单细胞数据	由于单细胞测量的破坏性，无法完全捕捉特定细胞的完整时间轨迹	研究小鼠胚胎发育过程中多条件和多模态单细胞数据的时间变化	小鼠胚胎发育过程中的单细胞数据	单细胞测序	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	Sunbear	单细胞数据	NA
66	2024-12-06	Single-cell RNA sequencing facilitates the elucidation of the complete biosynthesis of the antidepressant hyperforin in St. John's wort 2024-09-02, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2024.08.003 PMID:39135343	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了贯叶连翘中抗抑郁药物金丝桃素的完整生物合成途径	首次通过单细胞RNA测序技术识别出“Hyper细胞”，并鉴定出四种跨膜法尼基转移酶（HpPT1-4），完成了金丝桃素生物合成途径的完整重建	NA	揭示贯叶连翘中金丝桃素的完整生物合成途径	贯叶连翘中的金丝桃素生物合成	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	1.54 Gb的四倍体贯叶连翘基因组，组装成32条染色体
67	2024-12-06	Fc-engineered antibodies promote neutrophil-dependent control of Mycobacterium tuberculosis 2024-Sep, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-024-01777-9 PMID:39174703	研究论文	本文研究了Fc工程化抗体在促进中性粒细胞依赖的结核分枝杆菌控制中的作用	通过工程化抗体的Fc区域，增强其在中性粒细胞依赖的结核分枝杆菌控制中的能力	尚未确定单一的Fc特征是否能普遍驱动结核分枝杆菌的控制	探讨抗体在结核病控制中的作用机制，并评估Fc工程化抗体作为治疗策略的潜力	结核分枝杆菌、Fc工程化抗体、中性粒细胞	NA	结核病	单细胞RNA测序	NA	RNA	52种Fc变体，使用人全血感染模型
68	2024-12-06	Learning Consistency and Specificity of Cells From Single-Cell Multi-Omic Data 2024-05, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3370868 PMID:38709615	研究论文	提出了一种基于自表示学习的多组学数据整合聚类算法sLMIC，用于整合单细胞表观基因组和转录组数据，提取细胞的一致性和特异性特征	提出了sLMIC算法，通过构建多层网络去除组学数据的异质性，并利用低秩和互斥约束分离细胞的自表示特征，明确表征组学数据的一致性和多样性	未提及	解决单细胞多组学数据整合分析中的异质性、复杂耦合和可解释性问题	单细胞表观基因组和转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞DNA甲基化测序、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	自表示学习模型	多组学数据	13个来自不同生物体和组织的多组学单细胞数据集
69	2024-12-06	Niche-DE: niche-differential gene expression analysis in spatial transcriptomics data identifies context-dependent cell-cell interactions 2024-01-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03159-6 PMID:38217002	研究论文	提出了一种新的统计方法niche-DE，用于分析空间转录组数据中的细胞类型特异性基因表达变化，并开发了niche-LR方法揭示细胞间相互作用的配体-受体信号机制	提出了niche-DE分析方法，能够识别特定空间微环境中特定细胞类型的差异表达基因，并开发了niche-LR方法揭示相关的配体-受体信号机制	NA	研究空间转录组数据中由细胞间相互作用驱动的局部基因表达变化	空间转录组数据中的细胞类型特异性基因表达变化	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
70	2024-12-06	Machine learning-informed liquid-liquid phase separation for personalized breast cancer treatment assessment 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1485123 PMID:39628476	研究论文	本文开发了一种基于机器学习的液-液相分离（MDLS）模型，用于提高乳腺癌患者的预后准确性和个性化治疗策略	本文创新性地结合了多组学数据和机器学习算法，构建了一个具有高预测能力的MDLS模型，用于乳腺癌的个性化治疗评估	NA	开发一种新的机器学习模型，以提高乳腺癌患者的预后准确性和个性化治疗策略	乳腺癌患者及其分子机制	机器学习	乳腺癌	机器学习算法	MDLS模型	多组学和单细胞数据	9723名乳腺癌患者
71	2024-12-06	Co-inhibition of PGF and VEGFA enhances the effectiveness of immunotherapy in bladder cancer 2024, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.100957 PMID:39628692	研究论文	研究探讨了在膀胱癌中联合抑制PGF和VEGFA对免疫治疗效果的增强作用	首次发现联合抑制PGF和VEGFA能够显著增强PD-1抑制剂在膀胱癌中的治疗效果	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人体中验证	探索在膀胱癌中抑制血管生成和免疫检查点阻断联合治疗的有效策略	膀胱癌细胞和血管生成相关分子	数字病理学	膀胱癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	使用了膀胱癌细胞系MBT2和人类脐静脉内皮细胞(HUVECs)
72	2024-12-06	BATF2 inhibits the stem cell-like properties and chemoresistance of gastric cancer cells through PTEN/AKT/β-catenin pathway 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.98389 PMID:39629124	研究论文	研究探讨了BATF2通过PTEN/AKT/β-catenin通路抑制胃癌细胞的干细胞样特性和化疗耐药性	首次揭示了BATF2通过抑制ABCG2药物转运蛋白和促进PTEN稳定性来增强5-Fu敏感性，从而减少胃癌细胞的化疗耐药性和干细胞样特性	研究主要基于细胞培养和体外实验，尚未在临床试验中验证BATF2作为治疗靶点的有效性	探讨BATF2在胃癌中的肿瘤抑制作用及其对化疗耐药性和干细胞样特性的影响	胃癌细胞及其干细胞样特性和化疗耐药性	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	9个胃癌样本
73	2024-12-06	Deciphering the effects of radiopharmaceutical therapy in the tumor microenvironment of prostate cancer: an in-silico exploration with spatial transcriptomics 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99516 PMID:39629134	研究论文	本文通过空间转录组学和计算建模研究放射性药物疗法在前列腺癌肿瘤微环境中的效果	本文首次将空间转录组学与计算建模结合，评估放射性药物疗法在肿瘤微环境中的剂量和细胞存活概率	研究仅基于两名前列腺癌患者的样本数据，且假设所有配体的药代动力学参数相似	探索放射性药物疗法在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量学和生物学影响	前列腺特异性膜抗原（PSMA）、成纤维细胞活化蛋白（FAP）和胃泌素释放肽受体（GRPR）标记的放射性药物	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学	对流-反应-扩散（CRD）模型	基因表达数据	两名前列腺癌患者的初级组织样本
74	2024-12-06	Uncovering the dual roles of peripheral immune cells and their connections to brain cells in stroke and post-stroke stages through single-cell sequencing 2024, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2024.1443438 PMID:39633897	综述	本文综述了单细胞RNA测序在揭示中风及中风后阶段外周免疫细胞与脑细胞之间相互作用中的应用	利用单细胞RNA测序技术无偏倚地识别中风期间和之后脑和外周血单核细胞的细胞异质性	NA	探索中风期间和之后不同角色细胞的表型景观，并揭示外周免疫细胞的双重作用	中风期间和之后的外周免疫细胞及其与脑细胞的相互作用	数字病理学	中风	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
75	2024-12-06	Single-cell RNA sequencing reveals key molecular drivers and immune landscape in uveal melanoma: implications for targeted therapy and prognostic modeling 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1493752 PMID:39635521	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了葡萄膜黑色素瘤的分子驱动因素和免疫景观，并开发了一种新的预后模型，为靶向治疗和预后预测提供了新的见解	本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了葡萄膜黑色素瘤中C5 PCOLCE+肿瘤细胞的关键作用，并开发了一种新的预后模型PTRS，识别出CITED1作为高风险基因	本研究仅基于GSE139829数据集进行分析，样本量有限，需要进一步的临床验证	揭示葡萄膜黑色素瘤的分子驱动因素和免疫景观，开发新的预后模型和治疗靶点	葡萄膜黑色素瘤的肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	预后模型	基因表达数据	8例原发性葡萄膜黑色素瘤患者和3例转移性疾病的患者
76	2024-12-06	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing reveals immune-related SPP1+ macrophages as a potential strategy for predicting the prognosis and treatment of liver fibrosis and hepatocellular carcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1455383 PMID:39635536	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序分析，结合小鼠模型，揭示了与肝纤维化和肝细胞癌相关的免疫相关SPP1+巨噬细胞，并探讨了其作为预测预后和治疗的潜在策略	本研究首次整合单细胞和批量RNA测序，结合小鼠模型，识别了与肝纤维化和肝细胞癌相关的40个致病基因、15个关键细胞亚群及调控信号通路，并筛选出6种潜在的小分子药物	本研究主要基于小鼠模型和临床数据，未来需进一步验证在人类患者中的有效性和安全性	探讨肝纤维化和肝细胞癌的预后预测及治疗策略	肝纤维化和肝细胞癌	数字病理学	肝癌	单细胞测序、批量测序、分子对接技术	机器学习模型	RNA数据	涉及肝细胞癌患者的临床数据和组织样本
77	2024-12-06	Heterogeneous murine peribiliary glands orchestrate compartmentalized epithelial renewal 2023-Dec-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.004 PMID:37909044	研究论文	研究了小鼠胆管外分支中的异质性腺体如何调控分隔化的上皮更新	首次揭示了胆管外分支上皮更新的细胞层次结构，并展示了不同位置的胆管细胞在维持腺体和表面上皮中的不同作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探究胆管外分支上皮更新的细胞机制	小鼠胆管外分支的腺体和上皮细胞	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
78	2024-12-06	Optimized single-cell RNA sequencing protocol to study early genome activation in mammalian preimplantation development 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102357 PMID:37314922	研究论文	本文介绍了一种改进的单细胞RNA测序协议，用于研究哺乳动物植入前发育中的早期基因组激活	提出了针对单细胞或有限RNA输入的基因表达研究的改进方法，包括不同的逆转录酶和cDNA扩增酶、改良的裂解缓冲液以及cDNA扩增前的额外清洁步骤	NA	研究哺乳动物植入前发育中的基因表达	单细胞RNA	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	单个细胞或数十到数百个细胞
79	2024-12-06	CD4-/CD8- double-negative tumor-infiltrating lymphocytes expanded from solid tumor tissue suppress the proliferation of tumor cells in an MHC-independent way 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04823-x PMID:37165118	研究论文	研究从实体肿瘤组织中扩增的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）对肿瘤细胞增殖的抑制作用	首次详细研究了从胃癌组织中扩增的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）的特性和功能，发现其具有广泛的抗癌细胞毒性，且这种毒性是MHC非依赖性的	研究主要集中在体外和异种移植模型中，尚未进行临床试验	探讨从实体肿瘤中提取的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）的特性和功能	从胃癌组织中提取的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）	肿瘤学	胃癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	从胃癌组织中提取的DN-TILs，以及多种癌细胞系（如Panc-1、HGC-27、SKOV-3、A375）
80	2024-12-06	The HDAC inhibitor domatinostat induces type I interferon α in Merkel cell carcinoma by HES1 repression 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04733-y PMID:37071208	研究论文	研究HDAC抑制剂domatinostat通过抑制HES1表达诱导默克尔细胞癌中的I型干扰素α	首次揭示了HDAC抑制剂domatinostat通过抑制HES1表达诱导I型干扰素α，从而在默克尔细胞癌中发挥抗肿瘤作用	研究仅限于特定的默克尔细胞癌细胞系和初级成纤维细胞，可能无法完全代表所有默克尔细胞癌的情况	探讨HDAC抑制剂domatinostat在默克尔细胞癌中的抗肿瘤机制	默克尔细胞癌细胞系和初级成纤维细胞	数字病理学	皮肤癌	RT-qPCR	NA	RNA	包括WaGa、MKL-1和UM-MCC 34细胞系以及初级成纤维细胞