单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 11341 - 11360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11341 | 2024-08-05 |
Assessing parameter efficient methods for pre-trained language model in annotating scRNA-seq data
2024-Aug, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2024.05.007
PMID:38759908
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研究论文 | 本文探讨了在注释单细胞RNA测序数据中的参数高效方法 | 引入参数高效微调(PEFT)的新方法，以减少计算成本，同时优化少量参数 | 微调预训练语言模型仍然需要大量计算资源，可能对一些研究者而言不够实用 | 研究如何高效地注释单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 探索三种参数高效微调方法在scRNA-seq细胞类型注释中的能力 | 自然语言处理 | 肿瘤 | scBERT | NA | 数据集 | 多个数据集的基准研究 |
| 11342 | 2024-08-05 |
Unraveling pancreatic ductal adenocarcinoma immune prognostic signature through a naive B cell gene set
2024-Jul-10, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216981
PMID:38795761
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研究论文 | 本研究揭示了胰腺导管腺癌中的Naive B细胞免疫预后标志。 | 提出了一种基于Naive B细胞基因集的12个基因预后标志，能够精准映射PDAC中的免疫相互作用。 | 尚未完全理解肿瘤浸润免疫细胞与肿瘤微环境的详细分子相互作用。 | 研究Naive B细胞在胰腺导管腺癌中的免疫预后意义。 | 分析与PDAC相关的Naive B细胞基因及其在预后中的作用。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | CIBERSORT，单细胞RNA测序，WGCNA | Lasso，plsRcox | 转录组数据 | 包含多个外部队列以及多种风险分层的患者组 |
| 11343 | 2024-08-04 |
Functional genomics of the human epididymis: Further characterization of efferent ducts and model systems by single-cell RNA sequencing analysis
2024-Jul, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.13477
PMID:37301539
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术阐明了人类附睾的细胞特征。 | 该研究首次详细描述了人类附睾的不同细胞类型及其在体外培养模型中的适应性。 | 研究受限于组织样本的稀缺，且主要依赖于单细胞RNA测序的生物信息学分析。 | 阐明人类附睾的细胞类型及其功能。 | 人类附睾的不同解剖区域的细胞及其在二维和三维培养模型中的特征。 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 不同解剖区域的人类附睾组织 |
| 11344 | 2024-08-04 |
Developing a dormancy-associated ECM signature in TNBC that is linked to immunosuppressive tumor microenvironment and selective sensitivity to MAPK inhibitors
2024-Jun-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e32106
PMID:38868025
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研究论文 | 本研究揭示了与休眠相关的ECM特征在三阴性乳腺癌中如何与免疫抑制肿瘤微环境及对MAPK抑制剂的选择性敏感性相关 | 首次描述了休眠癌细胞的ECM特征及其与免疫抑制微环境的相互作用 | 研究中缺乏临床样本验证和长期随访数据 | 探讨三阴性乳腺癌中休眠癌细胞与ECM的相互作用及其在治疗中的潜在应用 | 主要研究MDA-MB-231细胞系中的休眠癌细胞及其相关的ECM特征 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | RNA-seq，流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 主要使用MDA-MB-231细胞系进行研究 |
| 11345 | 2024-08-04 |
Multi-omics analysis uncovered systemic lupus erythematosus and COVID-19 crosstalk
2024-Jun-11, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-024-00851-6
PMID:38862942
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研究论文 | 本研究探讨了COVID-19对系统性红斑狼疮(SLE)的影响及两种疾病之间的相互作用机制 | 发现了14个在COVID-19和SLE之间共享的中心基因，并确认了IFN-I/II介导的JAK-STAT信号通路在这些基因调控中的作用 | 本研究基于已有数据集，可能未完全覆盖所有相关的基因或信号通路 | 阐明COVID-19对SLE的影响及其潜在机制 | 研究COVID-19与系统性红斑狼疮之间的相互影响及其共享的基因特征 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | RNA-seq | NA | 基因组数据 | 使用了多个RNA-seq数据集和全基因组关联研究数据集 |
| 11346 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing depicts tumor architecture and empowers clinical decision in metastatic conjunctival melanoma
2024-Jun-11, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-024-00683-y
PMID:38862482
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研究论文 | 这项研究使用单细胞RNA测序描绘了转移性结膜黑色素瘤的肿瘤结构，并为临床决策提供支持 | 本研究首次将单细胞RNA测序分析转化为针对癌症的临床试验，提供了一个新概念，将单细胞RNA测序数据与癌症治疗相结合 | 样本量可能有限，仅包括7个结膜黑色素瘤样本，研究结果的普遍性需要进一步验证 | 揭示结膜黑色素瘤在肿瘤发生和进展过程中的肿瘤微环境的景观和异质性 | 正常结膜样本（n=3）和结膜黑色素瘤（n=7）中的47017个细胞 | 数字病理学 | 结膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组 | 共获得47017个细胞，包含3个正常结膜样本和7个结膜黑色素瘤样本 |
| 11347 | 2024-08-04 |
DOT: a flexible multi-objective optimization framework for transferring features across single-cell and spatial omics
2024-Jun-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48868-z
PMID:38862466
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研究论文 | 本文提出了DOT，一个灵活的多目标优化框架，旨在在单细胞转录组学和空间组学之间转移细胞特征 | DOT框架通过利用超出数据模式中的共同基因，进行空间特征的转移，并推断组织部位细胞群体的绝对和相对丰度，展示了其创新性 | 对细胞类型信息的空间特征转移可能受限于所使用的技术和数据的特点 | 研究单细胞转录组学与空间分辨率数据的结合 | 涉及细胞特征的转移和定位问题 | 数字病理学 | NA | 基于Frank-Wolfe算法的优化技术 | NA | 单细胞转录组数据和空间数据 | NA |
| 11348 | 2024-08-04 |
Spatially resolved multiomics on the neuronal effects induced by spaceflight in mice
2024-Jun-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48916-8
PMID:38862479
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研究论文 | 本研究探讨了航天飞行对小鼠大脑的神经影响，采用单细胞多组学与空间转录组学相结合的方法 | 首次将单细胞多组学与空间转录组学结合，深入解析航天飞行对小鼠脑部的影响 | 研究对象仅限于雌性小鼠，尚未纳入不同性别或品种的样本 | 旨在揭示航天飞行对中枢神经系统的影响 | 以雌性小鼠为研究对象，通过比较地面对照组和航天飞行暴露组 | 数字病理学 | NA | 单细胞多组学，空间转录组学 | NA | 数据集 | 小鼠样本数量未具体说明 |
| 11349 | 2024-08-05 |
Metric multidimensional scaling for large single-cell datasets using neural networks
2024-Jun-11, Algorithms for molecular biology : AMB
IF:1.5Q3
DOI:10.1186/s13015-024-00265-3
PMID:38863064
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研究论文 | 该文章提出了一种基于神经网络的度量多维尺度方法，用于处理大规模单细胞数据集 | 本研究提出的神经网络方法比之前的先进方法快几个数量级，并能处理多达数百万个细胞的数据集 | 当前方法尚未在其它类型的数据集上进行验证 | 研究目的是解决传统方法在处理大规模单细胞RNA测序实验中面临的效率问题 | 研究对象为单细胞RNA测序实验中的大规模数据集 | 数字病理学 | NA | 神经网络 | NA | 单细胞数据 | 多达数百万个细胞 |
| 11350 | 2024-08-05 |
TMPRSS2 is a tumor suppressor and its downregulation promotes antitumor immunity and immunotherapy response in lung adenocarcinoma
2024-Jun-11, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-024-02870-7
PMID:38862975
|
研究论文 | 本研究探讨了TMPRSS2在肺腺癌中的作用及其与抗肿瘤免疫和免疫疗效的关系 | TMPRSS2被确认为肿瘤抑制因子，其下调与肺腺癌的免疫表现和预后相关联 | 研究主要集中于单一类型的肺癌，可能不适用于其他癌症类型 | 探讨TMPRSS2在肺腺癌中的生物学功能及其与免疫特征的关系 | 分析肺腺癌中TMPRSS2的表达及其影响 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、转录组学、生物信息学分析、蛋白组学 | NA | RNA测序数据、蛋白组学数据 | 使用了五个转录组学数据集、一个单细胞RNA测序数据集和一个蛋白组学数据集 |
| 11351 | 2024-08-05 |
Elevated type I IFN signalling directly affects CD8+ T-cell distribution and autoantigen recognition of the skeletal muscles in active JDM patients
2024-Jun, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2024.103232
PMID:38692172
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研究论文 | 这项研究探讨了I型干扰素信号对活跃型青少年皮肌炎患者CD8 T细胞的影响 | 本研究首次揭示了I型干扰素信号在活跃型青少年皮肌炎患者CD8 T细胞分化和功能中的重要作用 | 该研究的样本量较小，且主要集中于特定患者群体 | 探讨I型干扰素信号如何影响活跃型青少年皮肌炎患者的CD8 T细胞与肌肉损伤 | 涉及6名活跃型青少年皮肌炎患者及对照组 | 数字病理学 | 青少年皮肌炎 | 流式细胞术, RT-PCR, scRNA-seq | NA | 细胞, 组织活检 | 12名青少年皮肌炎患者及3名健康儿童对照 |
| 11352 | 2024-08-05 |
Comprehensive analysis and prediction model of mitophagy and ferroptosis in primary immune thrombocytopenia
2024-Jun, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.19489
PMID:38665119
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研究论文 | 本研究对原发性免疫性血小板减少症（ITP）中线粒体自噬和铁死亡的关系进行了综合分析和预测模型构建 | 提出了四个与ITP相关的新生物标志物，并探索了它们在疾病发病机制中的作用 | 未能深入探讨其他潜在的发病机制以及生物标志物的临床应用 | 识别ITP的新生物标志物并探究线粒体自噬与铁死亡在ITP发生机制中的作用 | 主要关注ITP患者中的关键基因及其表达和功能 | 数字病理学 | 原发性免疫性血小板减少症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、基因集富集分析等 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 11353 | 2024-08-05 |
A 4-gene prognostic index for enhancing acute myeloid leukaemia survival prediction
2024-Jun, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.19472
PMID:38651345
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研究论文 | 本研究提出了一种由4个基因组成的预后指标，以增强急性髓性白血病的生存预测 | 首次发现将CYP2E1、DHCR7、IL2RA和SQLE组合成的4基因预后指数能够有效分层急性髓性白血病患者的风险 | 研究主要集中在非急性前髓细胞白血病化疗治疗的患者上，可能限制了其推广至其他类型的急性髓性白血病患者 | 提高急性髓性白血病患者的生存预测准确性 | 经过化疗治疗的急性髓性白血病患者的转录组 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 实时定量聚合酶链反应 | NA | 转录组 | 975个样本用于模型开发和671个样本用于验证 |
| 11354 | 2024-08-05 |
Integrated multiomics implicates dysregulation of ECM and cell adhesion pathways as drivers of severe COVID-associated kidney injury
2024-Mar-19, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.03.18.24304401
PMID:38562892
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研究论文 | 本研究探讨了导致严重COVID相关肾损伤的机制，结合深度尿液蛋白组学和机器学习进行分析 | 通过整合多种组学数据，揭示了细胞外基质及细胞黏附通路在严重COVID肾损伤中的独特影响 | 研究样本及机制分析的复杂性可能限制了结果的普遍适用性 | 旨在理解严重COVID相关肾损伤的机制 | 住院COVID-19患者的尿液样本与肾小管细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 深度蛋白组学, 单细胞RNA测序 | 随机森林算法 | 尿液蛋白质, 血浆蛋白质, 单细胞RNA测序 | 多个中心住院COVID-19患者的尿液样本 |
| 11355 | 2024-08-05 |
Cross-Omic Transcription Factor Analysis: An Insight on Transcription Factor Accessibility and Expression Correlation
2024-02-21, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes15030268
PMID:38540327
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研究论文 | 本文探讨了不同功能基因组区域内转录因子的表达与模体信息之间的相关性 | 提出了对基因活动矩阵（GAM）和基因组注释基因活动矩阵（GAGAM）贡献的元分析，并探讨了转录因子的动态 | 对可及区域如何影响基因表达的概念缺乏明确的定义 | 研究转录因子表达与转录因子在不同细胞类型中的动态如何相关 | 不同功能基因组区域内的转录因子 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 11356 | 2024-08-04 |
LIMD2 is the Signature of Cell Aging-immune/Inflammation in Acute Myocardial Infarction
2024, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 这项研究确定了LIMD2作为急性心肌梗死中的细胞老化-免疫/炎症相关中心基因 | 首次探讨了急性心肌梗死中细胞老化-免疫/炎症的标志物 | 该研究可能存在样本选择的局限性以及未涵盖所有相关基因 | 探索急性心肌梗死中细胞老化与免疫/炎症之间的关系 | 急性心肌梗死患者中的细胞亚群和相关基因 | 心血管疾病 | 心肌梗死 | miRNA测序, mRNA测序, 单细胞测序 | NA | 基因数据 | 基于GEO数据库的多组数据 |
| 11357 | 2024-08-05 |
Distinct cuproptosis patterns in hepatocellular carcinoma patients correlate with unique immune microenvironment characteristics and cell-cell communication, contributing to varied overall survival outcomes
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1379690
PMID:38868777
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研究论文 | 本研究探讨了与肝细胞癌相关的杯死亡模式与免疫微环境特征的关系 | 首次揭示了杯死亡在肝细胞癌预后中的作用及其对肿瘤微环境的影响 | 研究的样本主要来自TCGA和GEO数据库，可能存在数据偏倚 | 探索细胞杯死亡与肝细胞癌免疫微环境之间的关系 | 主要研究对象为肝细胞癌患者及其免疫微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归分析 | 基因表达数据 | 使用TCGA和GEO数据库的数据，具体样本量未说明 |
| 11358 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals different chondrocyte states in femoral cartilage between osteoarthritis and healthy individuals
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1407679
PMID:38868774
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序揭示了骨关节炎患者与健康个体之间股骨软骨中软骨细胞的不同状态 | 文章筛选出两个新的软骨细胞亚型，并提出了对每个亚型的创新分类 | 研究未提及样本的地理来源和临床特征 | 研究软骨细胞在骨关节炎进展和软骨再生中的不同作用 | 健康及骨关节炎患者的股骨软骨细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 共包含75,104个细胞 |
| 11359 | 2024-08-05 |
Molecular heterogeneity of quiescent melanocyte stem cells revealed by single-cell RNA-sequencing
2023-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.19.571712
PMID:38187565
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了休眠黑素细胞干细胞的分子异质性 | 确认了休眠黑素细胞干细胞亚群的分子特征，并鉴定了新的亚群 | 研究可能受限于小鼠模型的生物限制 | 研究黑素细胞干细胞的转录组特征及其异质性 | 成人女性C57BL/6J小鼠的休眠黑素细胞干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从小鼠皮肤中分离KIT+/CD45-细胞的样本 |
| 11360 | 2024-08-04 |
SGCAST: symmetric graph convolutional auto-encoder for scalable and accurate study of spatial transcriptomics
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad490
PMID:38171928
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研究论文 | 本文开发了SGCAST，一个高效的自编码器框架，用于识别空间域 | SGCAST采用对称图卷积自编码器，通过整合基因表达相似性和空间点接近性来学习聚合的潜在嵌入 | NA | 研究空间转录组学中的空间域识别与分析 | 空间转录组学数据与图卷积自编码器模型 | 计算机视觉 | NA | 自编码器 | 对称图卷积自编码器 | 转录组学数据 | 多个平台的不同比例的ST数据集 |