单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11081	2024-08-04	PFKFB3-Mediated Glycolysis Boosts Fibroblast Activation and Subsequent Kidney Fibrosis 2023-08-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12162081 PMID:37626891	研究论文	该研究探讨了PFKFB3在肾纤维化中的作用，揭示其对成纤维细胞激活的影响	首次探索了PFKFB3在肾纤维化中的角色，强调其在成纤维细胞激活和肾纤维化进程中的重要性	本研究主要基于小鼠模型，尚需在人类样本中验证	研究PFKFB3在肾纤维化中的作用及其机制	主要研究对象为肾成纤维细胞和小鼠模型	数字病理学	慢性肾病	单细胞测序	小鼠模型	生物样本数据	小鼠模型研究中采取了多个样本，包括野生型和缺失PFKFB3的小鼠
11082	2024-08-05	A stem cell epigenome is associated with primary nonresponse to CD19 CAR T cells in pediatric acute lymphoblastic leukemia 2023-08-08, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2022008977 PMID:36607839	研究论文	这篇文章探讨了干细胞表观基因组与儿童急性淋巴细胞白血病中CD19 CAR T细胞治疗的初级非应答之间的关联	本研究首次揭示了干细胞表观基因组与CD19-CAR治疗初级非应答的关联，为理解白血病抵抗机制提供了新见解	研究样本规模有限，仅为14名患者，可能影响结果的广泛适用性	旨在探讨儿童急性淋巴细胞白血病中，与CD19-CAR疗法相关的初级非应答的机制	研究对象为14名参与PLAT-02试验的儿童急性淋巴细胞白血病患者，包括7例初级非应答和7例初级敏感	数字病理学	急性淋巴细胞白血病	长读长PacBio测序和单细胞RNA测序	NA	基因组数据	14名患者（7名初级非应答和7名初级敏感）
11083	2024-08-05	Systematic characterization of therapeutic vulnerabilities in Multiple Myeloma with Amp1q reveals increased sensitivity to the combination of MCL1 and PI3K inhibitors 2023-Aug-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.01.551480 PMID:37577538	研究论文	本研究系统性地表征了具有Amp1q的多发性骨髓瘤的治疗脆弱性	揭示了MCL1和PI3K抑制剂组合对具有Amp1q的多发性骨髓瘤的增加敏感性	未提及具体限制	开发针对具有Amp1q的多发性骨髓瘤患者的靶向治疗	带有和不带有Amp1q的多发性骨髓瘤亚克隆	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	NA	使用相同患者肿瘤中的不同亚克隆进行比较，具体样本数量未提及
11084	2024-08-04	scKINETICS: inference of regulatory velocity with single-cell transcriptomics data 2023-06-30, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad267 PMID:37387147	研究论文	本研究提出了scKINETICS，一个用于推断细胞速度的基因表达动态模型	引入了同时学习每个细胞转录速度和基因调控网络的期望最大化方法，揭示了新的调控因子	没有提及具体的限制因素	研究转录动态与基因表达变异之间的关系	急性胰腺炎数据集中的细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	动态模型	基因表达数据	NA
11085	2024-08-04	Late-Stage Metastatic Melanoma Emerges through a Diversity of Evolutionary Pathways 2023-06-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-1427 PMID:36977461	研究论文	本研究揭示了晚期转移性黑色素瘤的多样性进化路径	提供了迄今为止最全面的黑色素瘤转移数据集，并揭示了不同克隆来源和基因组变化在转移中的作用	样本来源仅限于14名接受免疫检查点抑制剂治疗的患者，可能影响结果的普遍适用性	研究转移路径及免疫检查点抑制剂的抵抗机制，以改善黑色素瘤的预后	来自14名接受ICI治疗患者的222个外显子组测序，493个面板测序，161个RNA测序，以及22个单细胞全基因组测序样本	数字病理	黑色素瘤	外显子组测序、面板测序、RNA测序、单细胞全基因组测序	NA	基因组数据	共涉及14名患者的数据，包括222个外显子组样本，493个面板样本，161个RNA样本，和22个单细胞样本
11086	2024-08-04	Transcriptomic landscapes of effective and failed liver regeneration in humans 2023-Apr, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100683 PMID:36950091	研究论文	本文系统评估了人类肝脏再生过程中的早期转录变化及其与功能障碍肝脏再生的差异	首次在人类中探索功能性与功能障碍性肝脏再生相关的转录组变化，揭示了DUSP4减少与肝内炎症反应之间的关系	研究主要集中于术后肝脏再生的早期阶段，未能覆盖全面的康复过程	旨在探讨人类肝脏再生过程中的转录组变化及相关机制	154名患者的血样和46名进行肝切除手术患者的组织样本	数字病理学	肝病	RNA测序	NA	血液样本和组织样本	154名患者的血样和46名患者的组织样本
11087	2024-08-05	Mimicking Tumor Cell Heterogeneity of Colorectal Cancer in a Patient-derived Organoid-Fibroblast Model 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2023.02.014 PMID:36868311	研究论文	本文开发了一种结合匹配的上皮细胞和间质成纤维细胞的结直肠癌类器官模型	创新点在于该模型反映了肿瘤微环境的复杂性，并提供了更贴近体内肿瘤形态的细胞异质性	此模型可能未能完全再现所有肿瘤微环境的复杂因素	研究结直肠癌中肿瘤细胞与间质成纤维细胞的相互作用	本研究对象为结直肠癌样本中分离的肿瘤细胞和成纤维细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	3D类器官模型	细胞	来自结直肠癌样本的主要成纤维细胞和肿瘤细胞
11088	2024-08-05	Single-cell sequencing of human midbrain reveals glial activation and a Parkinson-specific neuronal state 2022-04-29, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awab446 PMID:34919646	研究论文	该研究揭示了人类中脑的胶质细胞激活和特定于帕金森病的神经元状态	首次通过单核RNA测序揭示了特定于帕金森病的神经元细胞集群及其在运动障碍中的作用	研究仍需更多探讨以确认免疫信号和免疫调节治疗在帕金森病中的作用	表征所有中脑细胞类型在帕金森病病理中的贡献	来自六例特发性帕金森病患者及五例年龄/性别匹配对照的中脑单核样本	数字病理学	帕金森病	单核RNA测序	NA	基因表达数据	41,000多单核转录组，来自六例特发性帕金森病患者和五例匹配对照
11089	2024-08-05	Phospholipids of APOE lipoproteins activate microglia in an isoform-specific manner in preclinical models of Alzheimer's disease 2021-06-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23762-0 PMID:34099706	研究论文	本研究探讨了APOE脂蛋白的磷脂如何以同种型特异性影响阿尔茨海默病中微胶质细胞的反应。	发现人类APOEε3和APOEε4在阿尔茨海默病大脑中存在特异性的磷脂特征，并揭示了APOE3脂蛋白与APOE4在微胶质细胞响应Aβ方面的显著差异	尚需进一步研究以明确APOE和TREM2在真实生物体中的复杂相互作用	阐明APOE同种型在阿尔茨海默病微胶质细胞反应中的作用	使用预临床阿尔茨海默病鼠模型研究APOE3和APOE4对微胶质细胞的影响	数字病理学	阿尔茨海默病	RNA-seq	NA	RNA数据	使用APOE3和APOE4小鼠的脂蛋白和微胶质细胞样本
11090	2024-08-05	Overexpressed Trophoblast Glycoprotein Contributes to Preeclampsia Development by Inducing Abnormal Trophoblast Migration and Invasion Toward the Uterine Spiral Artery 2024-Jul, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.124.22923 PMID:38716674	研究论文	本研究揭示了TPBG过表达如何通过影响子宫螺旋动脉重塑，促进子痫前症的发展	首次表明TPBG过表达与子痫前症发展之间的因果关系	研究重点在于TPBG的作用，未深入探讨其他可能的影响因素	探讨TPBG在子痫前症发展中的作用及其潜在机制	健康个体和子痫前症患者的胎盘组织及妊娠小鼠模型	数字病理学	子痫前症	RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	收集了妊娠妇女的胎盘和血浆样本
11091	2024-08-05	Senescence of human pancreatic beta cells enhances functional maturation through chromatin reorganization and promotes interferon responsiveness 2024-Jun-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae313 PMID:38682582	研究论文	这篇文章研究了人类胰腺β细胞的衰老如何通过染色质重组增强功能成熟并促进干扰素反应性	揭示了人类β细胞衰老如何通过染色质驱动的功能成熟程序上调以及干扰素刺激基因的反应性增加	未明确探讨衰老β细胞在体内的具体生理影响	探讨人类胰腺β细胞衰老对胰岛素分泌的影响及其机制	成年人的胰腺β细胞，尤其是表达p16的细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	NA	成年人胰腺β细胞的单细胞转录组数据集
11092	2024-08-04	Protocol to detect immune levels, abnormal metabolism, and signaling pathways in tumor tissue based on scRNA-seq obtained from patient databases 2024-Jun-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103065 PMID:38753488	研究论文	本文介绍了一种评估肿瘤组织中的免疫水平、异常代谢和信号通路的协议	创新性地基于患者数据库的单细胞测序来评估肿瘤免疫微环境和代谢途径	未提及具体的样本量和可能的实验限制	研究肿瘤组织中的免疫微环境及其代谢特征	基于单细胞测序的数据来分析肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	肿瘤	scRNA-seq	NA	NA	NA
11093	2024-08-04	Protocol for high-quality single-cell RNA-seq from tissue sections with DRaqL 2024-Jun-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103050 PMID:38703368	研究论文	本文介绍了用于从组织切片中提取高质量单细胞RNA测序的详细协议	开发了结合DRaqL和Smart-seq2的新协议，以提高从酒精固定小鼠卵巢切片中获得的单细胞RNA测序的质量	未提及具体样本数量和适用场景的限制	研究旨在提供一种高效的单细胞RNA测序方法	研究对象为酒精固定的小鼠卵巢切片中的单细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA	NA
11094	2024-08-04	Protocol for preparing formalin-fixed paraffin-embedded musculoskeletal tissue samples from mice for spatial transcriptomics 2024-Jun-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102986 PMID:38555590	研究论文	本研究提供了一种用于小鼠肌肉骨骼组织固定石蜡包埋样本的空间转录组学的制备方案	本方案详细描述了组织收集、样本制备、石蜡嵌入等步骤的创新性方法	该协议的完整执行时间长达18天，且对矿化组织的脱钙要求超过50%的时间	研究目的在于为小鼠骨骼及多组织肌肉骨骼样本提供标准化的空间转录组学处理方法	研究对象为固定石蜡包埋的小鼠肌肉骨骼组织样本	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	NA	小鼠的股骨及相邻肌肉样本
11095	2024-08-05	GoT-Splice protocol for multi-omics profiling of gene expression, cell-surface proteins, mutational status, and RNA splicing in human cells 2024-Jun-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102966 PMID:38512867	研究论文	本文介绍了GoT-Splice协议用于对人类细胞中基因表达、细胞表面蛋白、突变状态和RNA剪接进行多组学分析	该协议结合了GoT和增强的单细胞转录组及细胞表面蛋白质组分析，克服了区分野生型和突变细胞的挑战	仍然需要处理复杂人类组织中的细胞变异和短读片测序数据带来的重构剪接信号的不准确性	研究RNA剪接因子突变及其在细胞中的表现	人类细胞中的基因表达和细胞表面蛋白	数字病理学	NA	长读长测序	NA	转录组数据和蛋白质组数据	NA
11096	2024-08-05	Protocol for quantifying stem-cell-derived cardiomyocyte maturity using transcriptomic entropy score 2024-Jun-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103083 PMID:38781077	研究论文	本文提出了一种量化干细胞来源心肌细胞成熟度的协议	通过单细胞RNA测序基础上的熵评分指标来量化心肌细胞成熟度	未提及具体的实验限制	旨在评估从多能干细胞生成的成人样心肌细胞的成熟度	干细胞来源的心肌细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
11097	2024-08-05	A deep learning framework for denoising and ordering scRNA-seq data using adversarial autoencoder with dynamic batching 2024-Jun-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103067 PMID:38748883	研究论文	本文介绍了一种用于去噪和排序单细胞RNA测序数据的深度学习框架	提出了一种动态批处理对抗自编码器(DB-AAE)来去噪scRNA-seq数据	未提及具体的局限性	研究如何通过深度学习提高单细胞RNA测序数据的质量	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	深度学习	对抗自编码器	RNA测序数据	NA
11098	2024-08-04	Bioinformatics Analysis and Experimental Verification Define Different Angiogenesis Subtypes in Endometrial Carcinoma and Identify a Prognostic Signature 2024-Jun-18, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.4c03034 PMID:38911819	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，定义了子宫内膜癌的不同血管生成亚型，并识别了预后标志。	发现了子宫内膜癌患者的五种血管生成亚型，并构建了与血管生成相关的预后风险评分（APRS），提供了个体化的预后评估。	本研究的特定分子介导的血管生成对肿瘤免疫微环境的影响尚未清楚说明。	探讨血管生成在子宫内膜癌中的作用，并评估其对个体预后的影响。	研究了506例子宫内膜癌患者的血管生成模式及其相关的预后因素。	数字病理学	子宫内膜癌	qRT-PCR、免疫组化和单细胞测序数据分析	NA	转录组信息	506名子宫内膜癌患者
11099	2024-08-05	Anti-PD-1 cancer immunotherapy induces central nervous system immune-related adverse events by microglia activation 2024-Jun-12, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adj9672 PMID:38865481	研究论文	本研究探讨了抗PD-1免疫疗法引发的中枢神经系统免疫相关不良事件（CNS-irAEs）中小胶质细胞的作用	揭示了小胶质细胞在抗PD-1治疗引发CNS-irAEs中的促进作用，并识别了溶脾酪氨酸激酶作为潜在靶点	本研究主要基于小鼠模型，临床转化需要进一步验证	探讨抗PD-1免疫疗法对小胶质细胞的影响及其在CNS-irAEs中的作用机制	研究对象包括接受抗PD-1治疗的鼠类模型及临床患者样本	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序和成像质谱细胞术	NA	小鼠模型数据和患者组织样本数据	小鼠模型和患者队列的具体样本量未明确说明
11100	2024-08-04	Single-cell multi-ome and immune profiles of the Inspiration4 crew reveal conserved, cell-type, and sex-specific responses to spaceflight 2024-Jun-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49211-2 PMID:38862516	研究论文	本研究揭示了宇航员在太空飞行中出现的免疫反应。	文章首次系统性绘制了太空飞行对免疫系统影响的单细胞多组学特征，并确认了与多个独立数据集的相符性。	研究可能受限于样本大小和只涵盖了特定太空任务的宇航员健康数据。	研究太空飞行对宇航员免疫反应的影响。	SpaceX Inspiration4 (I4) 任务的宇航员。	数字病理学	NA	单细胞多组学、cfRNA、biochemical 数据及血液学数据	NA	基因表达数据	SpaceX Inspiration4 任务的宇航员数据以及 NASA Twins Study 和其他独立数据集