单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10961	2024-08-05	Tissue-resident C1q + macrophages exert anti-aging potential through the Sirt1 pathway 2024-Jul, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-024-01883-8 PMID:38724770	研究论文	研究表明C1q+巨噬细胞通过Sirt1通路发挥抗衰老潜力	首次识别C1q+巨噬细胞在衰老过程中慢性炎症中的相关性	目前对老化组织中常驻免疫细胞的Sirt通路角色尚不明确	探讨Sirt1通路在老化组织常驻免疫细胞中的作用	老龄小鼠模型中的常驻免疫细胞	数字病理学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	年轻和老龄小鼠的单细胞数据
10962	2024-08-05	Ash1 l loss-of-function results in structural birth defects and altered cortical development 2024-Jun-30, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae218 PMID:38943682	研究论文	本研究探讨了ASH1L功能丧失对小鼠生存和颅面骨骼发育的影响	首次明确ASH1L在脑部发育中的作用，并探讨了其在自闭症等神经发育障碍中的潜在机制	本研究主要在小鼠模型中进行，结果能否完全转化到人类尚需进一步验证	研究ASH1L在小鼠脑部发育及颅面结构形成中的作用	ASH1L缺失的小鼠模型	数字病理学	自闭症	单细胞RNA测序、免疫组织化学	克隆小鼠模型	基因表达数据、形态数据	生存跟踪77个胚胎，出生后41个小鼠
10963	2024-08-05	Macrophages as determinants and regulators of systemic sclerosis-related interstitial lung disease 2024-Jun-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05403-4 PMID:38937794	研究论文	本文探讨了巨噬细胞在系统性硬化症相关间质性肺病中的影响和调节作用	首次通过单细胞RNA测序区分系统性硬化症相关间质性肺病与特发性肺纤维化，并提出了潜在的预防和治疗方向	研究限于使用NCBI Gene Expression Omnibus数据库，可能存在样本偏差	阐明系统性硬化症相关间质性肺病与特发性肺纤维化的病理机制差异	通过单细胞分析研究健康对照组、特发性肺纤维化及系统性硬化症相关间质性肺病的肺组织样本	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	利用来自GSE159354和GSE212109的样本进行分析
10964	2024-08-05	The Alk receptor tyrosine kinase regulates Sparkly, a novel activity regulating neuropeptide precursor in the Drosophila central nervous system 2024-Jun-21, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.88985 PMID:38904987	研究论文	本文描述了Alk受体酪氨酸激酶在果蝇中枢神经系统中调控一种新的神经肽前体的作用	揭示了Alk信号通路在神经内分泌基因表达转录调控中的新功能，以及新发现的神经肽前体作为Alk信号的转录靶标	对Alk信号通路的具体分子机制理解仍然较为有限	探讨Alk受体酪氨酸激酶在果蝇中枢神经系统中的功能及其调控机制	研究对象为果蝇幼虫的中枢神经系统和相关的基因表达	神经生物学	NA	Targeted DamID (TaDa) 转录剖析	NA	scRNA-seq数据和转录组数据	果蝇幼虫的中枢神经系统组织
10965	2024-08-05	Branching topology of the human embryo transcriptome revealed by Entropy Sort Feature Weighting 2024-Jun-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202832 PMID:38691188	研究论文	本文展示了一种新的用于单细胞转录组学分析的特征选择数学框架Entropic Sorting。	创新点在于提出了连续熵排序特征加权（cESFW），并展示其在细胞状态特异基因区分上的优越性。	未提及具体的局限性	研究的目的是开发一种新的特征选择方法，以更好地分析人胚胎发育中的单细胞转录组数据。	研究对象为六个合并的人类早期胚胎发育的单细胞转录组数据集。	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	六个单细胞转录组数据集
10966	2024-08-04	Cell-type specific defects in PTEN-mutant cortical organoids converge on abnormal circuit activity 2023-09-05, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddad107 PMID:37384417	研究论文	这篇文章探讨了PTEN基因杂合突变对不同细胞类型在人脑发育中的影响。	本研究通过不同供体的人类皮质类器官揭示了PTEN杂合突变对细胞类型特异性发育事件的影响。	研究的样本量和供体背景的多样性可能限制了结论的普适性。	探讨PTEN基因的杂合突变如何影响人类大脑发育中的不同细胞类型。	使用不同供体的人类皮质类器官作为研究对象。	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序，蛋白质组学，空间转录组学	NA	基因组数据，蛋白质组数据	不同供体的人类皮质类器官
10967	2024-08-05	Cellular reprogramming with ATOH1, GFI1, and POU4F3 implicate epigenetic changes and cell-cell signaling as obstacles to hair cell regeneration in mature mammals 2022-11-29, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.79712 PMID:36445327	研究论文	该研究探讨了使用ATOH1、GFI1和POU4F3进行耳蜗再编程，以克服在成熟哺乳动物中毛细胞再生的障碍	揭示了老年动物毛细胞再编程的表观遗传障碍和细胞间信号传导的影响	只在特定的转录因子组合下进行了研究，未充分评估其他可能的因素	研究耳蜗中毛细胞特异性转录因子对听力恢复的影响	使用Cre诱导小鼠模型来比较不同转录因子的毛细胞再编程效果	数字病理学	听力损失	scRNA-seq和ATAC-seq	NA	细胞	新生小鼠与1周龄小鼠的比较
10968	2024-08-05	Anti-diabetic drug canagliflozin hinders skeletal muscle regeneration in mice 2022-Oct, Acta pharmacologica Sinica IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41401-022-00878-7 PMID:35217814	研究论文	这篇文章探讨了抗糖尿病药物canagliflozin对小鼠骨骼肌再生的影响	首次揭示了canagliflozin在骨骼肌再生中的负面作用以及LARS2在肌肉干细胞中的关键角色	主要研究了小鼠模型，可能无法完全反映人类的情况	研究canagliflozin对小鼠缺血性下肢肌肉再生的影响	小鼠和C2C12肌母细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	肌肉组织和细胞数据	小鼠模型和细胞实验的具体样本量未提及
10969	2024-08-05	Spatial profiling of chromatin accessibility in mouse and human tissues 2022-09, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05094-1 PMID:35978191	研究论文	本文描述了一种通过空间-ATAC-seq方法对组织切片进行空间分辨的染色质可及性分析	创新之处在于结合了原位Tn5转座化学和微流体确定性条形码，能够在细胞水平和基因组规模上捕捉组织的空间表观遗传信息	NA	研究目的在于改善对细胞身份、状态及命运决策的理解，尤其是与表观遗传基础相关的部分	研究对象包括小鼠和人类的脑组织以及扁桃体组织	空间生物学	NA	下一代测序	NA	组织切片	使用了小鼠胚胎和扁桃体组织样本
10970	2024-08-05	A broken network of susceptibility genes in the monocytes of Crohn's disease patients 2024-Sep, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302394 PMID:38925865	研究论文	本研究探讨了Crohn病患者和健康对照组中232个易感基因的表达网络	研究提供了单细胞水平上单核细胞易感基因网络状态的新见解，强调了基因网络的破裂与Crohn病的发病机制之间的关系	缺乏对其他免疫细胞类型易感基因表达的综合分析	明确Crohn病患者单核细胞中易感基因的表达网络及其在病理中的作用	Crohn病患者及健康对照组的单核细胞	数字病理学	克罗恩病	生物信息学分析和单细胞转录组数据集	NA	基因表达数据	包含了多个克罗恩病患者和健康对照的单细胞转录组数据
10971	2024-08-05	Global dynamics and cytokinin participation of salt gland development trajectory in recretohalophyte Limonium bicolor 2024-Jun-28, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiae199 PMID:38588029	研究论文	本文研究了盐腺的发展轨迹及其相关的分子机制	通过单细胞RNA测序揭示了海熏衣草盐腺的演变及细胞命运的决定机制	研究仅基于盐腺发育的特定阶段，可能无法全面反映整个发育过程	揭示盐腺的发育轨迹以及细胞命运决定的分子机制	研究对象为海熏衣草（Limonium bicolor）中的盐腺及其相关基因	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
10972	2024-08-05	Breast cancer patient-derived organoids for the investigation of patient-specific tumour evolution 2024-Jun-27, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03375-5 PMID:38926706	研究论文	开发了一种可靠的来自乳腺癌患者的类器官模型，以调查肿瘤演变	首次利用患者来源的类器官模型研究新辅助化疗和手术前后的肿瘤演变	研究基于单一病例，需要更多样本验证普遍性	研究患者特异性的肿瘤演变过程	69岁乳腺癌女性患者的组织样本	数字病理学	乳腺癌	生物信息学分析、单细胞RNA测序、药物筛选	类器官	组织培养	2个类器官样本（则为治疗前后的组织）
10973	2024-08-04	MOI is a comprehensive database collecting processed multi-omics data associated with viral infection 2024-06-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-65629-6 PMID:38926513	研究论文	本研究开发了一个名为'MOI'的综合数据库，聚合与病毒感染相关的处理过的多组学数据	MOI数据库填补了缺乏集中存储病毒宿主反应数据的空白，并为病毒宿主相互作用的深入研究提供了宝贵资源	本文未提及数据库的持续更新和数据验证过程的具体细节	研究病毒宿主相互作用的分子机制，以推动对病毒致病机制的理解及治疗干预的发展	涉及3200多个病毒感染样本，包括人类和小鼠感染	数字病理学	NA	RNA测序, ChIP测序, ATAC-seq	NA	多组学数据	3200多个病毒感染样本
10974	2024-08-05	Mobilization and activation of tumor-infiltrating dendritic cells inhibits lymph node metastasis in intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Jun-26, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-024-02079-z PMID:38926350	研究论文	本文研究了肝内胆管癌中肿瘤浸润性树突状细胞的动员与激活对淋巴结转移的抑制作用	揭示了肿瘤细胞内源性β-连环蛋白激活作为在肝内胆管癌中逃避树突状细胞介导的抗肿瘤免疫的关键机制	尚未探讨FL-pIC疗法或β-连环蛋白抑制剂的临床有效性	探讨淋巴结转移的机制及肿瘤免疫控制的潜在治疗方法	研究了244例肝内胆管癌样本中的树突状细胞浸润和相关免疫细胞的相互作用	数字病理学	肝内胆管癌	scRNA-seq和bulk RNA-seq	NA	RNA序列数据	219例手术切除的肝内胆管癌样本
10975	2024-08-05	The Advancement and Application of the Single-Cell Transcriptome in Biological and Medical Research 2024-Jun-19, Biology DOI:10.3390/biology13060451 PMID:38927331	综述	本文回顾了单细胞RNA测序技术的发展及其在生物和医学研究中的应用	深入分析了不同单细胞转录组技术的发展过程，并总结其与其他组学分析的整合	当前单细胞转录组技术仍不完善，存在一些不足之处	帮助更深入理解scRNA-seq技术及其在生物和医学研究中的应用	单细胞转录组数据及其在多个研究领域的应用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
10976	2024-08-05	Single-Cell Transcriptomic and Targeted Genomic Profiling Adjusted for Inflammation and Therapy Bias Reveal CRTAM and PLCB1 as Novel Hub Genes for Anti-Tumor Necrosis Factor Alpha Therapy Response in Crohn's Disease 2024-Jun-19, Pharmaceutics IF:4.9Q1 DOI:10.3390/pharmaceutics16060835 PMID:38931955	研究论文	该研究揭示了 CRTAM 和 PLCB1 作为克罗恩病抗肿瘤坏死因子 Alpha 治疗反应的新中心基因	该研究采用单细胞 RNA 测序探索特定免疫细胞亚群体，为抗 TNFα 生物治疗的生物标志物发现提供了新的视角	本研究主要集中于特定细胞类型，可能未能涵盖更广泛的生物标志物探索	研究抗肿瘤坏死因子 Alpha 治疗的生物标志物以改善克罗恩病患者的个性化治疗	克罗恩病患者的外周血单核细胞基因表达	数字病理学	克罗恩病	单细胞 RNA 测序	机器学习	基因表达数据	来自不同治疗状态的克罗恩病患者的外周血单核细胞样本
10977	2024-08-04	Advances in Single-Cell Transcriptome Sequencing and Spatial Transcriptome Sequencing in Plants 2024-Jun-18, Plants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/plants13121679 PMID:38931111	研究论文	文章概述了植物单细胞转录组和空间转录组测序的研究进展以及它们在植物中的应用和挑战	介绍了单细胞和空间转录组测序技术的创新以及其对细胞特异性表达的揭示	该研究主要集中在植物领域，可能不适用于动物细胞转录组的分析	探讨单细胞和空间转录组测序在植物研究中的应用	主要研究植物组织中单个细胞的转录组	数字病理学	NA	单细胞转录组测序与空间转录组测序	NA	转录组数据	NA
10978	2024-08-04	Exploring the Molecular Mechanism of Comorbidity of Type 2 Diabetes Mellitus and Colorectal Cancer: Insights from Bulk Omics and Single-Cell Sequencing Validation 2024-Jun-14, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14060693 PMID:38927096	研究论文	本研究首次使用批量RNA测序和单细胞RNA测序数据探讨2型糖尿病与结直肠癌之间的分子机制	本研究揭示了EVPL和ENTPD3作为2型糖尿病和结直肠癌共病的特征分子，强调了免疫机制在这两种疾病共同发展的重要性	本研究可能在探索分子机制方面存在一定的局限性，尤其是需要更多样本验证结果	研究2型糖尿病与结直肠癌之间的共享分子机制	重点研究EVPL和ENTPD3这两个核心共病基因	数字病理学	2型糖尿病和结直肠癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
10979	2024-08-04	Accurate Identification of Spatial Domain by Incorporating Global Spatial Proximity and Local Expression Proximity 2024-Jun-09, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14060674 PMID:38927077	研究论文	文章提出了一种新的深度学习方法SECE，用于准确识别空间转录组数据中的空间域	提出的SECE方法结合了局部与全局空间关系，充分利用空间信息，提高了识别精度	研究未提及可能在不同生物组织中的适用性	旨在提高空间转录组数据分析中空间域的识别准确性	针对真实的空间转录组数据集进行分析	数字病理学	NA	深度学习	NA	空间转录组数据	六个真实数据集，涵盖四个不同平台
10980	2024-08-05	Integrated Analysis of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Reveals Metabolic Reprogramming of Liver Cancer and Establishes a Prognostic Risk Model 2024-Jun-08, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15060755 PMID:38927691	研究论文	该文章分析了肝癌的代谢重编程，并建立了预后风险模型	通过单细胞转录组分析和代谢视角建立的预后风险模型对于肝癌的精确预防和治疗具有重要意义	该研究仅限于所选样本，可能无法广泛适用于所有肝癌患者	旨在提供肝癌患者的分层和精确治疗方法	研究对象包括105,829个单细胞转录组分析中识别的11种细胞类型	数字病理	肝癌	scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq	NA	细胞数据	105,829个单细胞