单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 10881 - 10900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10881 | 2024-08-04 |
scGIST: gene panel design for spatial transcriptomics with prioritized gene sets
2024-02-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03185-y
PMID:38408997
|
研究论文 | 本文提出了一个名为scGIST的工具，用于设计优先考虑特定基因的单细胞空间转录组面板 | scGIST是一个受限特征选择工具，能够在不影响细胞类型检测精度的情况下设计面板 | 该工具面板大小受限于基因数，且依赖于荧光原位杂交技术 | 研究旨在改善单细胞空间转录组技术中的基因面板设计 | 研究对象包括不同细胞类型的标记基因及其他感兴趣基因 | 数字病理学 | NA | 荧光原位杂交 | NA | NA | NA |
| 10882 | 2024-08-05 |
deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq
2024-01-30, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03177-y
PMID:38291503
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研究论文 | 提出了一种名为deMULTIplex2的算法，用于在单细胞RNA测序中进行稳健的样本去混合 | deMULTIplex2通过机械模型启发的算法设计，解决了现有工具在条形码交叉污染下表现不佳的问题 | 对某些极端或特殊情况下的条形码交叉污染处理能力尚未得到充分验证 | 旨在提高单细胞RNA测序中的样本去混合能力，以提升通量和减少批次效应 | 针对单细胞RNA测序中的样本识别和去混合问题进行研究 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | 广义线性模型 | 数据集 | 大型或嘈杂数据集的样本组成不平衡 |
| 10883 | 2024-08-04 |
Mosaic loss of Y chromosome is associated with aging and epithelial injury in chronic kidney disease
2024-01-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03173-2
PMID:38287344
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研究论文 | 本文探讨了Y染色体马赛克缺失与老龄化和慢性肾脏病之间的关系 | 使用单细胞RNA和ATAC测序技术揭示了肾脏中LOY的存在及其与年龄和慢性肾脏病增长的关联 | 没有详细讨论LOY在其他组织或疾病中的潜在应用 | 研究LOY作为DNA损伤和细胞衰老的指标 | 研究慢性肾脏病患者的肾脏细胞中LOY的情况 | 数字病理学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA和ATAC测序 | NA | RNA-seq | NA |
| 10884 | 2024-08-05 |
DeepVelo: deep learning extends RNA velocity to multi-lineage systems with cell-specific kinetics
2024-01-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03148-9
PMID:38243313
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研究论文 | DeepVelo利用图卷积网络克服了现有RNA速度估计方法的局限性，适用于具有时间依赖动力学和多谱系的细胞群体 | 该研究通过一般化RNA速度，将其扩展到具有细胞特异性动力学的多谱系系统，推导出时间变化的转录、剪接和降解速率 | 现有方法依赖于预定义的动力学和细胞无关的常量转录动力学速率 | 研究复杂和异质性单细胞RNA测序数据中的细胞分化和谱系决策事件 | 多谱系细胞群体和相关的转录、剪接、降解过程 | 数字病理学 | NA | 图卷积网络 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 10885 | 2024-08-05 |
Combination of bulk RNA sequencing and scRNA sequencing uncover the molecular characteristics of MAPK signaling in kidney renal clear cell carcinoma
2024-01-12, Aging
DOI:10.18632/aging.205436
PMID:38217548
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研究论文 | 本研究结合了整体RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了肾透明细胞癌中MAPK信号通路的分子特征 | 首次整合整体RNA测序和单细胞RNA测序来阐明肾透明细胞癌中MAPK信号通路的分子特征 | 研究主要集中在特定的KIRC样本，可能对其他类型癌症的适用性有限 | 全面探讨MAPK信号通路在肾透明细胞癌中的作用 | KIRC患者及其组织样本 | 数字病理学 | 肾癌 | RNA测序 | LASSO和COX回归分析 | 基因组和转录组数据 | 使用了TCGA的多组学数据和KIRC样本 |
| 10886 | 2024-08-05 |
An endoplasmic reticulum stress-related signature featuring ASNS for predicting prognosis and immune landscape in prostate cancer
2024-01-10, Aging
DOI:10.18632/aging.205280
PMID:38206293
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研究论文 | 本研究开发了一种基于内质网应激的风险特征，以预测前列腺癌患者的预后和免疫环境 | 基于内质网应激的风险评分（ERscore）可以独立预测前列腺癌患者的预后，并揭示了与ERscore相关的生物机制 | 本研究可能受到样本量和外部验证数据集的限制 | 研究开发一种新的临床治疗策略，以提高前列腺癌患者的预后 | 前列腺癌患者以及相关的基因和生物标志物 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 随机生存森林分析和多变量Cox分析 | 基因表达数据 | 包括MSKCC队列和GSE70769数据库中的样本 |
| 10887 | 2024-08-05 |
New perspectives on the potential of tetrandrine in the treatment of non-small cell lung cancer: bioinformatics, Mendelian randomization study and experimental investigation
2024-01-04, Aging
DOI:10.18632/aging.205384
PMID:38180753
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研究论文 | 本研究探讨了红豆杉碱在非小细胞肺癌治疗中的潜在作用和因果关系 | 研究通过转录组和单细胞测序数据结合SMR及实验验证，提供了红豆杉碱治疗非小细胞肺癌的新视角 | 该研究可能受到数据集和实验样本的限制，尚需进一步验证 | 研究红豆杉碱与非小细胞肺癌的关系，以期改进治疗策略 | 红豆杉碱及其在非小细胞肺癌中的作用 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 转录组测序、单细胞测序、SMR | NA | 基因组数据 | 213个药物目标和529个疾病基因 |
| 10888 | 2024-08-05 |
Tumor-associated macrophages and PD-L1 in prostate cancer: a possible key to unlocking immunotherapy efficacy
2024-01-04, Aging
DOI:10.18632/aging.205378
PMID:38189834
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与前列腺癌中的PD-L1之间的关系 | 研究首次揭示了在前列腺癌微环境中CD163+ TAMs与PD-L1表达的密切关联 | 研究可能受到样本量和单一地区案例的限制 | 研究旨在评估TAMs与PD-L1在前列腺癌免疫治疗中的作用 | 研究对象为95个前列腺癌组织样本及两个公开的前列腺癌数据集 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 生物信息学和实验技术，包括基因集合富集分析、CIBERSORTx、组织微阵列和免疫组化染色 | NA | 组织样本 | 95个前列腺癌组织样本和两个公开数据集 |
| 10889 | 2024-08-05 |
Identification and experimental validation of cuproptosis regulatory program in a sepsis immune microenvironment through a combination of single-cell and bulk RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1336839
PMID:38947313
|
研究论文 | 本文建立了一个基于铜致死的风险模型，以诊断和预测脓毒症的风险。 | 创新点在于确定了与铜致死相关的基因，并开发了一个有效的风险模型。 | 模型的外部验证有限，可能影响其泛化能力。 | 研究旨在建立一个模型以预测脓毒症患者的预后。 | 研究对象为脓毒症患者及其相关的铜致死基因。 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序和大规模RNA测序 | LASSO和Cox回归模型 | RNA序列数据 | 使用了多个外部队列进行验证，具体样本量未指定 |
| 10890 | 2024-08-05 |
Causal relationship between immune cells and hepatocellular carcinoma: a Mendelian randomisation study
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.96744
PMID:38947379
|
研究论文 | 本研究探讨了731种免疫细胞表型与肝细胞癌（HCC）之间的因果关系 | 通过孟德尔随机ization和单细胞测序技术揭示了免疫细胞表型与HCC的潜在因果关联 | 研究依赖于公开的遗传数据集，可能存在选择偏差和混杂因素 | 揭示免疫细胞表型与肝细胞癌之间的因果关系，以发现有效的药物靶点 | 731种免疫细胞表型及其与HCC的关联 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 孟德尔随机化，单细胞测序 | NA | 遗传数据，单细胞数据 | 利用公开遗传数据集进行的两样本孟德尔随机化分析 |
| 10891 | 2024-08-05 |
Elevated RACGAP1 Expression Enhances Malignant Potential in Lung Adenocarcinoma and Serves as a Prognostic Factor
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.96334
PMID:38947404
|
研究论文 | 本研究分析了RACGAP1在肺腺癌中的作用及其作为预后因子的潜力 | 通过综合分析和单细胞测序数据，揭示了RACGAP1在肺腺癌的肿瘤相关过程中的作用，并建立了有效的预后模型 | 研究未涉及RACGAP1在其他肿瘤类型中的作用及机制 | 探讨RACGAP1在肺腺癌中的表达及其对预后的影响 | 肺腺癌患者及其肿瘤样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | Cox回归模型，LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 来自TCGA数据库的肺腺癌患者数据和实验验证样本 |
| 10892 | 2024-08-05 |
Metabolic Heterogeneity of Tumor Cells and its Impact on Colon Cancer Metastasis: Insights from Single-Cell and Bulk Transcriptome Analyses
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.94630
PMID:38947396
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研究论文 | 本研究通过单细胞和大规模转录组分析探索结直肠癌中的代谢异质性，其对转移的影响 | 首次整合单细胞与大规模转录组分析揭示了结直肠癌内的代谢景观及其影响疾病进展的机制 | 尚未详尽探讨某些代谢基因在转移中的作用 | 研究代谢重编程如何影响结直肠癌细胞的异质性及其转移 | 结直肠癌细胞的代谢异质性及其相关基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，微阵列分析 | 随机森林模型 | 转录组数据 | 使用GEO和TCGA中的微阵列与单细胞RNA测序数据 |
| 10893 | 2024-08-05 |
scRNA-seq reveals that origin recognition complex subunit 6 regulates mouse spermatogonial cell proliferation and apoptosis via activation of Wnt/β-catenin signaling
2024-Jan-01, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja202330
PMID:37788012
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研究论文 | 本研究揭示了ORC6基因在小鼠精原细胞增殖和凋亡中的作用 | 首次明确了ORC6通过激活Wnt/β-连环蛋白信号通路调节小鼠精原细胞的增殖和凋亡 | 研究主要集中于小鼠模型，可能在其他物种中不具普遍适用性 | 探讨ORC6在小鼠精原细胞增殖和凋亡中的功能 | 小鼠精原细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | C18-4细胞系的实验 |
| 10894 | 2024-08-05 |
ECT2 promotes the occurrence and is a prognostic biomarker of head and neck squamous cell carcinoma
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.95515
PMID:38947403
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研究论文 | 本研究探讨了ECT2在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的作用，发现其可能是一个预后生物标志物 | 本研究通过整合转录组和单细胞RNA测序数据首次明确了ECT2在HNSCC中的特定角色 | 本研究可能在样本多样性和临床外部验证方面存在局限性 | 研究ECT2在头颈部鳞状细胞癌中的作用及其作为预后生物标志物的潜力 | 头颈部鳞状细胞癌样本及相关细胞系HSC-3 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据和细胞功能实验数据 | 头颈部鳞状细胞癌样本和细胞系HSC-3 |
| 10895 | 2024-08-05 |
PathFinder: a novel graph transformer model to infer multi-cell intra- and inter-cellular signaling pathways and communications
2024, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2024.1369242
PMID:38846640
|
研究论文 | 本研究介绍了一种新颖的图变换模型PathFinder，用于推断多细胞间及细胞内的信号传导路径与通讯 | PathFinder基于分而治之策略设计，将复杂的信号网络分为信号路径，并采用新颖的图变换架构进行评分和排名 | 暂无提及具体局限性 | 旨在理解阿尔茨海默病微环境内复杂的信号机制 | 使用的研究对象包括APOE4基因型特异性的AD和人类肝硬化队列 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq | 图变换模型 | 基因表达数据 | 两个scRNA-seq数据队列 |
| 10896 | 2024-08-05 |
A novel oxidative stress-related gene signature as an indicator of prognosis and immunotherapy responses in HNSCC
2023-12-28, Aging
DOI:10.18632/aging.205323
PMID:38157249
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研究论文 | 本文识别了头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中与氧化应激相关的基因亚型，并构建了一个氧化应激相关基因评分模型 | 首次在HNSCC中筛选出九个预测总体生存的基因，提出了一种新的预后风险指示模型 | 研究主要基于现有数据集，未进行更广泛的临床验证 | 探讨与氧化应激相关的基因在HNSCC中的作用及其预测功能 | 重点研究头颈部鳞状细胞癌患者的氧化应激相关基因 | 数字病理学 | 头颈癌 | scRNA-seq 和 bulk RNA-seq | 预后风险模型 | 基因表达数据 | 使用了TCGA-HNSCC数据集及其他多个数据集进行验证 |
| 10897 | 2024-08-05 |
Analysis of cancer-associated fibroblasts in cervical cancer by single-cell RNA sequencing
2023-12-28, Aging
DOI:10.18632/aging.205353
PMID:38157264
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了宫颈癌中肿瘤相关成纤维细胞的生物功能 | 该研究通过scRNA-seq揭示了宫颈癌病人个体细胞层面的异质性，并细分了CAF的三种亚型 | 样本数量相对较少，仅涉及3个宫颈癌标本 | 研究宫颈癌组织中肿瘤相关成纤维细胞的作用及其在微环境异质性中的地位 | 3例宫颈癌标本的单细胞数据 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 3个宫颈癌标本 |
| 10898 | 2024-08-05 |
Identification and validation of key biomarkers associated with macrophages in nonalcoholic fatty liver disease based on hdWGCNA and machine learning
2023-12-21, Aging
DOI:10.18632/aging.205374
PMID:38147020
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研究论文 | 本文通过hdWGCNA和机器学习识别和验证与非酒精性脂肪肝病相关的关键生物标志物 | 本文创新性地识别了一种特定的巨噬细胞群体NASH-巨噬细胞，并筛选出两个与NAFLD高度相关的标志基因 | 仅使用了小鼠模型进行验证，可能不足以完全代表人类NAFLD的复杂性 | 探究非酒精性脂肪肝病的根本原因和分子标志物 | 本文研究的对象是巨噬细胞及其在非酒精性脂肪肝病中的作用 | 机器学习 | 非酒精性脂肪肝病 | RNA-seq, scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 多个正常和NAFLD肝脏样本的scRNA-seq和RNA-seq数据 |
| 10899 | 2024-08-05 |
Integrative transcriptome and single-cell sequencing technology analysis of the potential therapeutic benefits of oleanolic acid in liver injury and liver cancer
2023-12-20, Aging
DOI:10.18632/aging.205349
PMID:38127054
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研究论文 | 本研究探讨了oleanolic acid在肝损伤和肝癌中的潜在治疗作用机制 | 发现oleanolic acid通过提高HMOX1的表达来抑制肝损伤并促进肝再生 | 没有提及具体的临床试验或动物实验数据 | 调查oleanolic acid在肝损伤和肝癌中抑制作用的机制 | oleanolic acid及其在肝损伤和肝癌中的靶点 | 数字病理学 | 肝癌 | 分子对接技术 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 10900 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq reveals the function of pyrocytosis in the pathogenesis of abdominal aortic aneurysm
2023-12-18, Aging
DOI:10.18632/aging.205350
PMID:38112597
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研究论文 | 本研究探讨了细胞凋亡在腹主动脉瘤(AAA)发病机制中的作用 | 首次整合了大宗RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了与细胞凋亡相关的中心基因及其在AAA中的诊断模型 | 该研究仅基于两个公共RNA-seq数据集，样本量可能不足以代表所有AAA患者 | 研究细胞凋亡在腹主动脉瘤发病机制中的具体功能 | 识别与细胞凋亡相关的关键基因和免疫细胞 | 数字病理学 | 腹主动脉瘤 | RNA测序 | LASSO Cox回归分析 | 基因表达数据 | 2个RNA-seq数据集，共计24个与细胞凋亡相关的差异表达基因 |