单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10841	2024-08-05	Unlocking the potential of senescence-related gene signature as a diagnostic and prognostic biomarker in sepsis: insights from meta-analyses, single-cell RNA sequencing, and in vitro experiments 2024-02-26, Aging DOI:10.18632/aging.205574 PMID:38412321	研究论文	该研究开发了一个与衰老相关的基因特征，以作为脓毒症的诊断和预后生物标志物	研究揭示了衰老相关基因在脓毒症中的诊断和预后价值，并提供了新的生物标志物候选	研究中样本来自单一基因表达数据库，可能影响结果的普适性	探讨衰老相关基因特征作为脓毒症的生物标志物的潜力	研究对象包括脓毒症样本和健康对照样本	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	Cox回归模型	基因表达数据	42个对照样本和760个脓毒症样本
10842	2024-08-04	Single-Cell RNA-seq reveals transcriptomic modulation of Alzheimer's disease by activated protein C 2024-02-21, Aging DOI:10.18632/aging.205624 PMID:38385967	研究论文	单细胞RNA测序揭示了激活蛋白C对阿尔茨海默病的转录组调节	研究发现激活蛋白C能够通过下调炎症过程和恢复神经系统功能来改善阿尔茨海默病模型的小鼠的认知功能	未提及研究的局限性	探讨激活蛋白C在阿尔茨海默病进展中的潜在影响	使用5xFAD阿尔茨海默病小鼠模型与野生型小鼠进行比较研究	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用5xFAD小鼠和野生型小鼠进行比较
10843	2024-08-04	Single-cell transcriptomics identifies senescence-associated secretory phenotype (SASP) features of testicular aging in human 2024-02-12, Aging DOI:10.18632/aging.205538 PMID:38349859	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了人类睾丸老化的细胞衰老相关分泌表型特征	首次使用单细胞RNA测序分析睾丸老化的细胞间通讯网络，并识别了衰老睾丸中主要表达于莱迪格细胞的SASP相关基因	尚无法提前预测睾丸老化的发生	探讨睾丸老化的分子机制及其细胞衰老相关分泌表型特征	主要研究对象为不同年龄组的人类睾丸样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	使用GEO数据库中的数据，涉及年轻组与老年组的样本
10844	2024-08-04	Machine learning constructs a T cell-related signature for predicting prognosis and drug sensitivity in ovarian cancer 2024-02-09, Aging DOI:10.18632/aging.205536 PMID:38345575	研究论文	本文构建了一个T细胞相关的预后标志以预测卵巢癌的预后和药物敏感性	使用10种不同的机器学习算法构建了TRS预测卵巢癌患者的临床结果和免疫治疗反应	本文的限制未详细说明	研究卵巢癌中T细胞相关标志物与预后及药物敏感性之间的关系	卵巢癌患者	机器学习	卵巢癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因组数据	多个数据集，包括TCGA和其他GSE数据集
10845	2024-08-05	Anoikis-related gene signature is associated with immune infiltration and predicts the prognosis of non-small cell lung cancer 2024-02-07, Aging DOI:10.18632/aging.205522 PMID:38329444	研究论文	本文探讨了与anoikis相关的基因签名与非小细胞肺癌的免疫浸润相关，并预测其预后	提出了一个基于与anoikis相关的基因的预后模型，并分析了其与免疫特征的相关性	未详细讨论其他可能影响免疫浸润的因素	探讨anoikis在非小细胞肺癌患者中的预后价值和治疗指导	研究对象为非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	基因组数据	使用了来自RNA测序的数据集，样本量未具体说明
10846	2024-08-04	Integrative analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data revealed disulfidptosis genes-based molecular subtypes and a prognostic signature in lung adenocarcinoma 2024-02-05, Aging DOI:10.18632/aging.205509 PMID:38319721	研究论文	本文进行了一项单细胞和bulk RNA测序数据的综合分析，揭示了基于二硫化物凋亡基因的分子亚型和预后特征	本文首次提出并验证了基于二硫化物凋亡基因的预后风险模型DRG评分，推动了肺腺癌的免疫治疗和化疗研究	研究中可能存在样本量限制和数据来源的偏倚	探索二硫化物凋亡基因在肺腺癌中的作用及其预后价值	本研究主要针对肺腺癌患者样本，通过单细胞RNA测序和bulk RNA测序分析	数字病理学	肺癌	RNA测序	Cox回归和LASSO回归	基因表达数据	TCGA样本和GSE131907数据集中的单细胞样本
10847	2024-08-04	Integrative analysis of LAG3 immune signature and identification of a LAG3-related genes prognostic signature in kidney renal clear cell carcinoma 2024-01-25, Aging DOI:10.18632/aging.205476 PMID:38277212	研究论文	本研究分析了LAG3在肾透明细胞癌中的免疫特征及其预后相关基因标志。	揭示了LAG3在KIRC中的表达模式及其与预后和免疫相关组分的关系	未提及其他相关替代疗法的比较分析	探讨LAG3在肾透明细胞癌（KIRC）中的功能及其作为预后生物标志的潜力	主要研究KIRC患者的LAG3表达及其与临床特征的关联	数字病理学	肾癌	RNA测序及单细胞测序	NA	RNA-seq	利用TCGA_KIRC数据集，样本量未具体说明
10848	2024-08-05	FABP6 serves as a new therapeutic target in esophageal tumor 2024-01-25, Aging DOI:10.18632/aging.205448 PMID:38277205	研究论文	本研究探讨FABP6在食道肿瘤中的作用，作为新的治疗靶点	揭示FABP6在食道肿瘤中的高表达及其潜在的代谢和肿瘤生长相关性	未详细探讨FABP6作为治疗靶点的具体机制和临床应用	改善食道癌患者的生存率，寻找新的诊断和治疗靶点	食道肿瘤微环境中细胞组成及其异质性	数字病理学	食道癌	scRNA-seq	NA	细胞	使用了初级食道肿瘤的多个细胞群
10849	2024-08-05	Identification of molecular characteristics of FUT8 and alteration of core fucosylation in kidney renal clear cell cancer 2024-01-25, Aging DOI:10.18632/aging.205482 PMID:38277230	研究论文	本文研究了KIRC中FUT8的分子特征和核心富糖基化的变化	首次识别出KIRC中的两种与核心富糖基化相关的亚型，并探讨了其预后差异	研究中没有提及样本量和潜在的临床应用	探讨核心富糖基化在肾透明细胞癌中的作用及FUT8的分子特征	集中于肾透明细胞癌（KIRC）及其核心富糖基化相关基因	数字病理学	肾透明细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
10850	2024-08-04	The integration of multi-omics analysis and machine learning for the identification of prognostic assessment and immunotherapy efficacy through aging-associated genes in lung cancer 2024-01-22, Aging DOI:10.18632/aging.205464 PMID:38261733	研究论文	本研究整合了多组学分析和机器学习，评估与衰老相关基因在肺癌中的预后评估和免疫疗法有效性	首次结合多组学分析和机器学习来构建预后模型，特别关注与衰老相关的基因	尚未明确关键分子在肺癌发病和进展中的确切作用	评估肺癌患者的预后和免疫疗法有效性	涉及与免疫相关的关键基因及其在肺癌中的作用	数字病理学	肺癌	单细胞测序, WGCNA, Lasso-Cox方法, ssGSEA	NA	基因数据	NA
10851	2024-08-05	Malignant cell receptor-ligand subtypes guide the prediction of prognosis and personalized immunotherapy of liver cancer 2024-01-18, Aging DOI:10.18632/aging.205453 PMID:38244584	研究论文	本研究旨在通过单细胞RNA分析识别肝癌患者的恶性细胞受体-配体亚型	通过恶性细胞受体-配体基因识别亚群，提供个性化免疫治疗的新见解	未详细说明样本来源和具体的临床应用数据	识别基于恶性细胞受体-配体基因的肝癌亚群以发展个性化免疫治疗	肝癌患者的恶性细胞及其相关的受体-配体基因	数字病理学	肝癌	scRNA-seq	Cox回归模型	基因表达数据	16个基因表达水平
10852	2024-08-04	Single-cell sequencing of the substantia nigra reveals microglial activation in a model of MPTP 2024, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2024.1390310 PMID:38952478	研究论文	这项工作揭示了MPTP小鼠黑质中小胶质细胞的功能变化、信号通路和关键基因	首次在MPTP模型中详细分析了小胶质细胞的激活状态及其功能变化	研究可能仅限于特定的细胞类型和小鼠模型，结果可能无法完全外推至其他类型的帕金森病	探索MPTP对帕金森病相关细胞和基因的影响	使用单细胞RNA测序分析MPTP小鼠的黑质	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	MPTP小鼠的单细胞样本
10853	2024-08-04	Combined analysis of single-cell sequencing and bulk transcriptome sequencing reveals new mechanisms for non-healing diabetic foot ulcers 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0306248 PMID:38950058	研究论文	本研究通过分析单细胞测序和大规模转录组测序，揭示了非愈合糖尿病足溃疡的新的机制	揭示了愈合与非愈合糖尿病足溃疡之间的细胞组成和基因表达的差异，特别是不同成纤维细胞亚群的独特生物学功能	研究依赖于已有的公共转录组测序数据，可能存在数据的局限性和偏倚	深入了解非愈合糖尿病足溃疡与愈合糖尿病足溃疡之间的生物学差异	研究对象为非愈合和愈合的糖尿病足溃疡患者的细胞成分与基因表达	数字病理学	糖尿病足溃疡	转录组测序	NA	基因表达数据	NA
10854	2024-08-05	Dysfunctional Epithelial Barrier Is Characterized by Reduced E-Cadherin in Idiopathic Subglottic Stenosis 2024-01, The Laryngoscope DOI:10.1002/lary.30951 PMID:37565709	研究论文	本研究旨在表征特发性喉下狭窄瘢痕上皮的分子特征和功能表型	首次使用单细胞RNA测序分析特发性喉下狭窄瘢痕上皮的变化，发现E-钙黏蛋白表达减少与屏障功能失常相关	样本量较小，仅包括6个瘢痕样本，可能限制结果的普遍性	研究特发性喉下狭窄的上皮分子特征和功能，以及其与上皮屏障功能的关系	特发性喉下狭窄（iSGS）患者的气管活检样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫印迹，免疫荧光	NA	活检组织样本	6个iSGS瘢痕样本和6个匹配的非瘢痕区域
10855	2024-08-04	Neuronal types in the mouse amygdala and their transcriptional response to fear conditioning 2023-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-023-01469-3 PMID:37884748	研究论文	本文探讨了小鼠杏仁核中的神经元类型及其对恐惧条件反射的转录响应	提供了小鼠杏仁核细胞类型的详细分类，并识别出130种神经元类型及其在恐惧学习中的转录响应	研究主要集中在小鼠模型，结果可能无法完全适用于其他物种	研究小鼠杏仁核中神经元类型及其在恐惧学习和记忆巩固中的转录变化	采用了基因标记和单细胞转录组学对小鼠进行研究	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	对野生型和经过恐惧条件训练的小鼠进行了研究
10856	2024-08-05	VarID2 quantifies gene expression noise dynamics and unveils functional heterogeneity of ageing hematopoietic stem cells 2023-06-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-02974-1 PMID:37353813	研究论文	VarID2量化了基因表达噪声动态，并揭示了衰老造血干细胞的功能异质性	开发了VarID2工具以单细胞分辨率量化生物噪声，揭示了传统分析方法无法识别的噪声动态	未在摘要中提及具体限制	研究基因表达噪声如何影响造血干细胞的衰老与功能	衰老小鼠的造血干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	衰老小鼠中的造血干细胞
10857	2024-08-05	Synergising single-cell resolution and 4sU labelling boosts inference of transcriptional bursting 2023-06-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-02977-y PMID:37328900	研究论文	本研究提出了一种数学模型和贝叶斯推断方法，旨在提高转录突发的分析能力	提出了一种结合单细胞分辨率和4sU标记的新方法，能够同时估计基因组范围内的参数	缺乏足够的实验数据支持该方法的全面验证	探索利用单细胞分辨率和4sU标记分析转录突发的有效方法	应用于已发布的4sU scRNA-seq数据及其与ChIP-seq数据的关联分析	数字病理学	NA	4sU标记	贝叶斯推断模型	基因组数据	利用已发布的4sU scRNA-seq数据
10858	2024-08-05	Distinct functional properties of murine perinatal and adult adipose progenitor subpopulations 2022-08, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-022-00613-w PMID:35982290	研究论文	本文揭示了小鼠外源性与成年脂肪前体细胞亚群的功能差异	本研究首先通过单细胞转录组学揭示了围产期和成年脂肪前体细胞之间在分子和功能上的重要差异	研究仅集中于小鼠模型，结果的可推广性仍需进一步验证	探讨围产期和成年白色脂肪组织中的脂肪前体细胞的功能特性	研究对象为小鼠中围产期和成年白色脂肪组织中的脂肪前体细胞	数字病理学	肥胖	单细胞转录组学	NA	NA	男性小鼠的围产期和成年脂肪组织亚群
10859	2024-08-05	Integration of Single-Cell Transcriptomics With a High Throughput Functional Screening Assay to Resolve Cell Type, Growth Kinetics, and Stemness Heterogeneity Within the Comma-1D Cell Line 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.894597 PMID:36630696	研究论文	本研究利用高通量单细胞测序与功能筛选，分析Comma-1D细胞系的细胞类型、生长动力学和干性异质性	首次集成高通量单细胞 assays 研究细胞系内的克隆异质性，并提出了一种新的自动化细胞识别平台	当前细胞分离方法在功能上存在显著局限性，影响了对细胞特性的深入理解	研究Comma-1D细胞系中的细胞异质性及其生长动力学特征	Comma-1D小鼠细胞系以及其中的细胞亚群	数字病理学	NA	scRNA-seq, 单细胞功能表型检测	NA	基因组数据	5,195个测序细胞
10860	2024-08-04	Integrating bulk and single-cell sequencing reveals metastasis-associated CAFs in head and neck squamous cell carcinoma 2024-Aug-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.122768 PMID:38851417	研究论文	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞(CAFs)在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)转移中的作用	首次识别出与HNSCC转移相关的CAFs中的基因，具体验证了TIMPI1在转移CAF中的上调及其对HNSCC细胞转移的影响	未详细探讨CAFs在HNSCC转移中的其他潜在机制	识别与HNSCC转移相关的CAFs中的基因，并评估其对转移的影响	主要研究头颈部鳞状细胞癌的CAFs及其转移相关基因	数字病理学	头颈癌	单细胞和大规模RNA测序	LASSO回归分析	RNA序列数据	来自转移性和非转移性CAFs的细胞和组织样本