单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 10801 - 10820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10801 | 2024-08-04 |
ENGEP: advancing spatial transcriptomics with accurate unmeasured gene expression prediction
2023-12-21, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03139-w
PMID:38129866
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研究论文 | 本研究介绍了ENGEP，这是一个基于集成学习的工具，用于在空间转录组数据中预测未测量的基因表达 | ENGEP能够通过多个单细胞RNA测序数据集作为参考，准确预测未测量的基因表达，超越了当前的先进工具 | 本文未提及具体的限制 | 旨在提高空间转录组技术的基因表达预测能力 | 研究对象为空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 转录组数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 10802 | 2024-08-05 |
A time-resolved meta-analysis of consensus gene expression profiles during human T-cell activation
2023-12-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03120-7
PMID:38098113
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研究论文 | 本文分析了不同T细胞群体在激活过程中的时间模式，以开发共识基因特征 | 本研究首次描述了不同T细胞群体的时间解析基因表达模式 | 研究未提及样本的具体来源和数量限制 | 本研究旨在识别和验证用于评估T细胞激活的生物标志物特征 | 研究对象为不同类型的激活T细胞 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 基因表达数据 | 包括521个基因和最多10个不同时间点的激活样本 |
| 10803 | 2024-08-04 |
Cytomulate: accurate and efficient simulation of CyTOF data
2023-11-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03099-1
PMID:37974276
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研究论文 | 本文开发了一种可重复的准确的CyTOF数据模拟算法Cytomulate | Cytomulate在捕捉CyTOF数据特性和学习数据分布上优于现有方法 | 缺乏对现有分析工具的客观评估 | 为CyTOF数据的未来方法开发和评估提供基础 | CyTOF数据及其分析方法 | 数字病理学 | NA | CyTOF | NA | 数据分布 | NA |
| 10804 | 2024-08-05 |
Autophagy contributes to homeostasis in esophageal epithelium where high autophagic vesicle content marks basal cells with limited proliferation and enhanced self-renewal potential
2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.20.558614
PMID:37781581
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研究论文 | 本研究旨在定义自噬在食管上皮中的作用，特别是在稳态条件下。 | 揭示了高自噬小泡含量的食管基底细胞与有限的增殖能力和增强的自我更新潜力之间的关联。 | 本研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全代表人类生理状态。 | 探讨自噬在食管上皮稳态中的作用。 | 主要研究对象为食管基底细胞，特别是自噬小泡含量对其增殖和自我更新能力的影响。 | 数字病理学 | 食管疾病 | RNA测序，电子显微镜，流式细胞术 | NA | 组织样本，RNA | 使用了转基因小鼠及单细胞（sc）RNA测序分析 |
| 10805 | 2024-08-05 |
Sub-Cluster Identification through Semi-Supervised Optimization of Rare-Cell Silhouettes (SCISSORS) in single-cell RNA-sequencing
2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad449
PMID:37498558
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研究论文 | 本研究提出了SCISSORS框架，用于在单细胞RNA测序数据中识别稀有细胞类型的亚簇。 | SCISSORS通过轮廓评分评估簇的异质性，并通过多步骤半监督重聚类过程揭示异质簇中的稀有细胞，提供了一种高特异性标记基因的识别方法。 | 本研究可能受到现有聚类方法的局限，尤其是在分析和参数选择上可能影响结果的稳定性。 | 研究的目的是通过改进的聚类方法来提升稀有细胞类型的识别能力。 | 研究对象为使用单细胞RNA测序技术获得的生物异质样本中的细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 半监督聚类 | 基因表达数据 | 数千到数百万个细胞 |
| 10806 | 2024-08-04 |
An information theoretic approach to detecting spatially varying genes
2023-06-26, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100507
PMID:37426750
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研究论文 | 本文采用信息论方法检测空间变异基因的表达模式 | 提出了一种新的算法Maxspin，以提高空间转录组技术的准确性和可扩展性 | 未提及具体的局限性 | 识别具有空间变异表达模式的基因 | 肾细胞癌样本中的空间转录组数据 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 空间转录组技术 | Maxspin | 空间转录组数据 | 肾细胞癌样本的空间转录组数据 |
| 10807 | 2024-08-05 |
Intracellular pH dynamics regulates intestinal stem cell lineage specification
2023-06-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39312-9
PMID:37353491
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研究论文 | 本文报告了细胞内pH动态对成人干细胞谱系特征的调节作用 | 发现细胞内pH梯度在小鼠小肠隐窝中存在，并与干细胞谱系特征关联 | 实验主要基于小鼠模型，可能对人类的适用性存在局限性 | 探讨细胞内pH动态在成人干细胞谱系特征中的作用 | 小鼠小肠中的隐窝干细胞及其谱系特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 10808 | 2024-08-05 |
ITGA3 acts as a purity-independent biomarker of both immunotherapy and chemotherapy resistance in pancreatic cancer: bioinformatics and experimental analysis
2023-Jun-04, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01122-z
PMID:37270717
|
研究论文 | 该文章研究了ITGA3在胰腺癌中作为化疗和免疫治疗抗药性的生物标志物的作用 | 提出ITGA3作为与胰腺癌化疗和免疫治疗抗药性相关的独立生物标志物 | 不同癌症类型之间的异质性可能影响结果的普遍适用性 | 探讨整合素超家族基因在胰腺癌治疗抗药性中的作用 | 胰腺癌患者的整合素超家族基因及其与治疗抗药性的关联 | 数字病理学 | 胰腺癌 | RNA测序、机器学习 | Cox回归模型 | 多组学数据 | 30个整合素超家族基因的组分析数据 |
| 10809 | 2024-08-04 |
Immunophenotypic characterization of leukemic stem cells in acute myeloid leukemia using single tube 10-colour panel by multiparametric flow cytometry: Deciphering the spectrum, complexity and immunophenotypic heterogeneity
2024-Aug, International journal of laboratory hematology
IF:2.2Q3
DOI:10.1111/ijlh.14250
PMID:38456256
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研究论文 | 本研究通过多参数流式细胞术对急性髓性白血病中的白血病干细胞进行免疫表型特征的全面分析。 | 提出了一种单管10色多参数流式细胞术面板，能够轻松、可重复地区分白血病干细胞和正常造血干细胞，并揭示了免疫表型的异质性。 | 研究中样本数量有限，且对不同亚群的区分可能受到样本特征的影响。 | 探讨急性髓性白血病中白血病干细胞的免疫表型特征及其异质性。 | 急性髓性白血病患者的骨髓抽取样本。 | 数字病理 | 急性髓性白血病 | 多参数流式细胞术（MFC）和单细胞测序 | NA | 生物样本（骨髓抽取样本） | 从255个样本中评估225个白血病干细胞和183个正常造血干细胞 |
| 10810 | 2024-08-04 |
SLC16A3 is a Prognostic Marker and Affects Immune Regulation in Bladder Cancer
2024-Jul-02, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
|
研究论文 | 本研究探讨了SLC16A3在膀胱癌中的表达及其预后标志物功能。 | 首次系统分析SLC16A3在膀胱癌中的作用及其与免疫调节的关系。 | 研究内容主要基于公共数据库，可能存在样本选择偏倚。 | 探讨SLC16A3在膀胱癌中的预后和免疫调节作用。 | 412名膀胱癌患者及3115个膀胱癌细胞样本。 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞测序、逆转录定量聚合酶链反应 | NA | 基因表达数据、细胞样本 | 412名膀胱癌患者和3115个膀胱癌细胞样本 |
| 10811 | 2024-08-04 |
Spatial heterogeneity and functional zonation of living tissues and organs in situ
2024-Jul-02, Journal of biochemistry
IF:2.1Q4
DOI:10.1093/jb/mvae049
PMID:38953373
|
研究论文 | 介绍了活体组织和器官内的空间异质性和功能分区 | 利用最新的成像和转录组技术，揭示了器官内的分区及其生理作用 | 传统分析方法难以详细调查这些分区 | 深入理解器官中免疫系统的空间差异 | 各个器官的不同区域及其免疫系统 | 数字病理学 | NA | 活体成像、空间转录组学、单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 10812 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing in exploring the pathogenesis of diabetic retinopathy
2024-Jul, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1751
PMID:38946005
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综述 | 本综述总结了单细胞RNA测序在探索糖尿病视网膜病变病因中的应用 | 强调了通过单细胞RNA测序识别差异表达基因、关键细胞亚群体和复杂细胞间相互作用的创新点 | 缺乏对糖尿病视网膜病变的全面理解，尤其是涉及到的细胞多样性和分子异质性 | 研究糖尿病视网膜病变的发病机制 | 包括糖尿病视网膜病变患者、非人灵长类动物和小鼠模型 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 包括糖尿病视网膜病变患者及多个模型的研究 |
| 10813 | 2024-08-04 |
The Mohawk homeobox gene represents a marker and osteo-inhibitory factor in calvarial suture osteoprogenitor cells
2024-Jun-17, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06813-4
PMID:38886383
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研究论文 | 这篇文章探讨了Mohawk同源盒基因在颅缝骨祖细胞中的标记作用及抑制骨生成的功能 | 文章首次阐明了Mkx细胞在颅缝间充质中的祖先群体身份以及其作为抑制骨生成因子的作用 | 这项研究的局限性在于其主要基于小鼠模型，尚需在人类研究中验证相关发现 | 探讨Mohawk基因在颅缝细胞骨生成中的作用 | 研究对象为小鼠的颅缝间充质祖细胞 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠颅缝细胞的单细胞转录组数据 |
| 10814 | 2024-08-05 |
Systematic evaluation with practical guidelines for single-cell and spatially resolved transcriptomics data simulation under multiple scenarios
2024-06-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03290-y
PMID:38831386
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研究论文 | 本文系统评估了49种针对单细胞RNA测序和空间分辨转录组数据的模拟方法 | 提供了关于不同模拟方法的准确性、功能性、可扩展性和可用性的详细比较，并提出了实际的选择指导 | 没有任何方法在所有标准上表现最佳，且某些方法只能生成不真实的模拟数据 | 评估单细胞RNA测序和空间分辨转录组数据的模拟方法以提供实践指导 | 49种用于单细胞RNA测序和空间分辨转录组的数据模拟方法 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 转录组数据 | 152个来自24个平台的参考数据集 |
| 10815 | 2024-08-05 |
Integrated bioinformatics analysis and experimental validation identifies CPE as a potential biomarker and therapeutic target for skin aging
2024-Jun, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.15120
PMID:38886965
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研究论文 | 本文通过整合生物信息学分析和实验验证，识别了CPE作为皮肤衰老的潜在生物标志物和治疗靶点。 | 创新点在于首次通过加权基因共表达网络分析和机器学习技术，确定了CPE作为皮肤衰老的关键标志物，揭示其在皮肤衰老中的功能。 | 本文未提及特定的临床试验或广泛的人群数据以验证CPE的生物标志物和治疗靶点的有效性。 | 研究皮肤衰老的机制并识别新的生物标志物和治疗靶点。 | 研究对象为人类真皮成纤维细胞(HDFs)，分析其在衰老过程中的CPE表达变化。 | 数字病理学 | 皮肤衰老 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA）、机器学习 | NA | 转录组数据 | 使用了衰老相关的总体转录组和单细胞转录组数据 |
| 10816 | 2024-08-04 |
Sequential drug treatment targeting cell cycle and cell fate regulatory programs blocks non-genetic cancer evolution in acute lymphoblastic leukemia
2024-05-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03260-4
PMID:38822412
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研究论文 | 本研究探讨了G2/M检查点抑制在急性淋巴细胞白血病中的作用 | 揭示了WEE1靶向疗法与细胞命运决策调控回路之间的关系 | 需要进一步研究以验证不同患者群体中的疗效和反应 | 更好地理解药物效果与癌细胞状态多样性之间的机制 | 针对KMT2A重排的急性淋巴细胞白血病细胞 | 数字病理学 | 急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA-seq和ATAC-seq | NA | 生物学细胞数据 | RS4;11细胞系和KMT2A::AFF1重排细胞 |
| 10817 | 2024-08-04 |
Potential marker genes for chronic obstructive pulmonary disease revealed based on single-cell sequencing and Mendelian randomization analysis
2024-05-23, Aging
DOI:10.18632/aging.205849
PMID:38787375
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研究论文 | 本研究基于单细胞测序和孟德尔随机化分析，识别了慢性阻塞性肺疾病（COPD）的潜在标记基因 | 通过单细胞测序和孟德尔随机化分析揭示了与COPD相关的四个关键基因，提供了新的预防和治疗COPD的见解 | 提供的抽象中未提及具体的局限性 | 研究COPD的病理机制，识别相关关键基因 | 重点研究与COPD相关的免疫细胞标记基因 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和孟德尔随机化分析 | NA | 基因组数据 | 使用了来自UK Biobank数据库的独立队列（ukb-b-16751）进行分析 |
| 10818 | 2024-08-04 |
Inflammation-based lung adenocarcinoma molecular subtype identification and construction of an inflammation-related signature with bulk and single-cell RNA-seq data
2024-05-20, Aging
DOI:10.18632/aging.205840
PMID:38771142
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研究论文 | 本文研究了炎症在肺腺癌分子亚型识别中的作用，并构建了与炎症相关的特征 | 首次识别了炎症低（INF-low）和炎症高（INF-high）两种主要的肺腺癌亚型，并提出了一个以炎症为中心的预测模型 | 未详细阐明炎症反应中的所有分子划分 | 研究炎症对肺腺癌治疗效果和预后的影响 | 肺腺癌的炎症亚型及其临床病理特征 | 数字病理 | 肺癌 | RNA-seq | NA | 生物样本数据 | NA |
| 10819 | 2024-08-05 |
Prediction of prognosis and immunotherapy efficacy based on metabolic landscape in lung adenocarcinoma by bulk, single-cell RNA sequencing and Mendelian randomization analyses
2024-05-20, Aging
DOI:10.18632/aging.205838
PMID:38771130
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研究论文 | 本研究评估了肺腺癌中代谢途径与免疫治疗疗效和预后的关系 | 建立了代谢途径对偶评分模型(MPPS)，并识别出与MPPS相关的七个基因，揭示C1QTNF6在肿瘤微环境中的作用 | 尚不能全面分析代谢重编程与免疫治疗效果之间的所有关系 | 探讨代谢景观在肺腺癌预后及免疫治疗中的作用 | 针对TCGA-LUAD数据库中84条代谢路径进行评估及分析 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序和转录组分析 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 使用TCGA-LUAD数据库中的样本进行分析 |
| 10820 | 2024-08-07 |
Retraction Note: Renal enhanced CT images reveal the tandem mechanism between tumor cells and immunocytes based on bulk/single-cell RNA sequencing
2024-May-15, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-024-01385-0
PMID:38744724
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |