单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-22	Single-Cell RNA and Transcriptome Sequencing to Analyze the Role of Lactate Metabolism in Traumatic Brain Injury Astrocytes 2025-May, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70428 PMID:40395067	research paper	该研究通过单细胞RNA和转录组测序分析了乳酸代谢在创伤性脑损伤（TBI）后星形胶质细胞中的作用	首次在单细胞水平上揭示了TBI后乳酸代谢基因的作用，并识别了Ndufb9和Cox8a作为关键基因	研究仅使用了小鼠模型，未在人类样本中验证	探索创伤性脑损伤后乳酸代谢在脑细胞中的作用	10周龄雄性C57BL/6J小鼠的额叶皮质组织	digital pathology	traumatic brain injury	scRNA-seq, transcriptome sequencing	NA	single-cell RNA sequencing data	小鼠模型（具体数量未明确说明）
82	2025-05-22	Lipoxin A4/FPR2 Signaling Mitigates Ferroptosis of Alveolar Epithelial Cells via NRF2-Dependent Pathway During Lung Ischemia-Reperfusion Injury 2025-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401475R PMID:40270323	研究论文	本研究探讨了脂氧素A4（LxA）通过FPR2/NRF2信号通路减轻肺泡上皮细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤（IRI）中的作用	首次揭示了LxA/FPR2信号通过NRF2依赖途径抑制铁死亡在肺IRI中的保护机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据有限	探究铁死亡在肺IRI中的作用及LxA的保护机制	肺泡II型上皮细胞（ATII）、肺移植患者样本、小鼠模型	呼吸系统疾病	肺缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序、小鼠肺门结扎模型、原位肺移植模型	基因敲除小鼠模型（Fpr2、Nrf2）	RNA测序数据、生理指标数据	未明确说明患者样本数量，使用C57BL/6小鼠进行实验
83	2025-05-22	Distinct transcriptional changes in hematopoietic progenitor subsets on LPS-induced emergency granulopoiesis 2025-Apr-30, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104792 PMID:40316244	研究论文	研究探讨了在LPS诱导的紧急粒细胞生成过程中，不同多能祖细胞（MPPs）的转录变化及其对粒细胞生成的贡献	揭示了LPS暴露如何影响淋巴偏向的MPP4的移植能力，并通过单细胞RNA测序发现非谱系定向的MPPs向髓系和红系祖细胞的转录重编程	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探究LPS诱导的紧急粒细胞生成过程中MPPs的作用及其转录变化	野生型小鼠中的多能祖细胞（MPPs）	免疫学	感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	野生型小鼠的MPPs样本
84	2025-05-22	Vagal Sensory Gut-Brain Pathways That Control Eating-Satiety and Beyond 2025-Apr, Comprehensive Physiology IF:4.2Q1 DOI:10.1002/cph4.70010 PMID:40229922	review	本文综述了迷走神经在肠道到大脑信息传递中的复杂作用，超越了传统的饱腹感信号传递观点	挑战了迷走神经传入神经元（VANs）作为简单餐终止传感器的传统观点，强调了其特化亚群、多样感官模态及下游脑回路在塑造摄食行为、代谢和认知中的作用	NA	探讨迷走神经感觉通路在肠道-大脑通信中的作用，特别是在食物奖励和记忆形成中的角色	迷走神经传入神经元（VANs）及其在肠道到大脑信息传递中的作用	神经科学	NA	单细胞转录组学、神经回路映射、功能成像	NA	NA	NA
85	2025-05-22	Single-cell omics technologies - Fundamentals on how to create single-cell looking glasses for reproductive health 2025-Apr, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2024.08.041 PMID:40253074	综述	本文综述了单细胞组学技术在生殖健康领域的应用及其潜力	详细探讨了单细胞技术在妇科疾病、妊娠及女性生命周期系统性生物适应研究中的最新应用	未提及具体技术实施中的操作难点或数据整合挑战	推动单细胞技术在生殖医学领域的临床应用，改善患者治疗效果	女性生殖系统组织、妊娠相关疾病及妇科恶性肿瘤	单细胞组学	妇科疾病	单细胞测序、空间转录组学、高维蛋白质组成像	NA	单细胞基因表达数据、蛋白质组数据	未明确说明具体样本量（涉及多种生殖组织及疾病状态）
86	2025-05-22	Correlative analysis of metallomic gene expression and metal ion content within the mouse hippocampus 2025-Mar-28, Metallomics : integrated biometal science IF:2.9Q3 DOI:10.1093/mtomcs/mfaf009 PMID:40175292	研究论文	本研究通过多模态模板结合X射线荧光显微镜和空间转录组学，揭示了小鼠海马区金属离子含量与金属组基因表达的相关性	首次将元素映射与空间转录组学结合，揭示了海马区金属离子富集与特定转录本区域富集的分子基础	研究仅局限于小鼠海马区，未涉及其他脑区或物种	探究大脑金属稳态的分子机制及其对神经功能的影响	小鼠海马区及其亚区域的金属离子含量和基因表达	神经科学	NA	X射线荧光显微镜, 空间转录组学	NA	元素映射数据, 基因表达数据	小鼠海马区样本
87	2025-05-22	CellPie: a scalable spatial transcriptomics factor discovery method via joint non-negative matrix factorization 2025-Mar-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf251 PMID:40167331	研究论文	介绍了一种名为CellPie的快速、无监督因子发现方法，用于联合非负矩阵分解空间RNA转录本和组织学图像特征	采用加速分层最小二乘法显著减少计算时间，适用于高维空间转录组数据集	NA	开发一种可扩展的空间转录组学因子发现方法	人类癌症组织的空间转录组数据	数字病理学	癌症	空间转录组学	非负矩阵分解(NMF)	空间RNA转录本和组织学图像	三种不同空间分辨率的人类癌症类型数据集，包括一个高分辨率的Visium HD数据集
88	2025-05-22	An analysis of single-cell data reveals therapeutic effects of AMG487 in experimental autoimmune uveitis 2025-02, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2024.116671 PMID:39615601	研究论文	通过单细胞数据分析揭示了AMG487在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的治疗效果	首次使用单细胞测序技术分析AMG487对免疫细胞的影响，揭示了其在调节免疫细胞比例和功能方面的作用机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究AMG487在自身免疫性葡萄膜炎中的治疗效果及其作用机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠和Vogt-Koyanagi-Harada患者的免疫细胞	数字病理学	葡萄膜炎	单细胞转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)和RNA测序(RNA-seq)	NA	单细胞测序数据	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠和Vogt-Koyanagi-Harada患者的样本
89	2025-05-22	Spatial transcriptomic clocks reveal cell proximity effects in brain ageing 2025-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08334-8 PMID:39695234	研究论文	本研究通过空间转录组学技术构建了大脑衰老的空间时钟模型，揭示了T细胞和神经干细胞对邻近细胞的促衰老和促再生效应	首次开发了空间衰老时钟模型，系统研究了衰老组织中细胞间相互作用的分子机制	研究仅基于小鼠模型，人类组织的验证仍需进一步研究	探究衰老过程中细胞间相互作用对组织功能衰退的影响机制	成年小鼠大脑中的420万个细胞	空间转录组学	神经退行性疾病	空间转录组测序	机器学习模型（空间衰老时钟）、深度学习	单细胞转录组数据	20个不同年龄段的420万个细胞
90	2025-05-22	CMAP prediction and experimental validation of Forskolin as a podocyte protective and anti-proteinuric drug for nephrotoxic serum-treated mice 2025-02, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2024.116727 PMID:39716644	研究论文	该研究通过结合肾脏单细胞RNA-seq数据库和CMAP数据库预测并验证了Forskolin作为一种保护足细胞和抗蛋白尿的药物在肾毒性血清治疗小鼠中的效果	首次结合单细胞RNA-seq和CMAP数据库预测针对特定足细胞损伤的药物，并验证了Forskolin的保护作用	研究仅在小鼠模型和体外培养的足细胞中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索针对特定足细胞损伤的精准药物治疗策略	肾毒性血清(NTS)处理的小鼠和体外培养的足细胞	生物医学研究	肾脏疾病	单细胞RNA-seq, CMAP分析, GO和KEGG富集分析	小鼠疾病模型	基因表达数据	NTS处理的小鼠和对照组小鼠的肾小球单细胞RNA-seq数据
91	2025-05-22	Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics 2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029 PMID:39919554	研究论文	利用单细胞转录组学技术解析小鼠肝脏中药物代谢酶、转运体和转录因子的细胞类型特异性及区域分布	首次系统性地描述了肝脏不同细胞类型和区域中药物处理基因的基线mRNA富集情况	研究仅基于已发表的单细胞和核转录组数据集，未进行实验验证	解析肝脏中药物处理基因的分布特征	小鼠肝脏细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	已发表的单细胞和核转录组数据集
92	2025-05-22	Mapping Human Uterine Disorders Through Single-Cell Transcriptomics 2025-01-21, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030156 PMID:39936948	research paper	该研究通过单细胞转录组学技术探索人类子宫疾病的细胞异质性和分子机制	利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示了子宫疾病中的关键细胞类型、信号通路和阶段特异性动态	面临可扩展性和可重复性等挑战	研究子宫疾病的细胞和分子基础，以发现生物标志物和治疗靶点	子宫内膜异位症、腺肌症、子宫内膜癌和子宫肌瘤等子宫疾病	digital pathology	gynecological disease	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA-seq data	NA
93	2025-05-22	Liver X receptor unlinks intestinal regeneration and tumorigenesis 2025-Jan, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08247-6 PMID:39567700	研究论文	本研究通过RNA测序数据集挖掘和多种实验方法，发现肝脏X受体（LXR）通路激活作为组织对损伤的适应性反应，能够相互调节肠道再生和肿瘤发生	首次揭示了LXR通路在肠道损伤修复和肿瘤发生中的双重调节作用，并发现CYP27A1酶在这一过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索肠道再生与肿瘤发生之间的分子调控机制	肠道上皮细胞和结直肠癌	分子生物学	结直肠癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序、肠道类器官培养、功能获得和缺失实验	NA	基因表达数据	两种肠道损伤模型和人类结直肠癌标本
94	2025-05-22	A research protocol for a prospective, multicenter, cohort study on interferon therapy for chronic hepatitis B combined with metabolism-associated fatty liver disease to achieve clinical cure 2025, Frontiers in public health IF:3.0Q2 DOI:10.3389/fpubh.2025.1546182 PMID:40161022	研究论文	一项前瞻性、多中心、队列研究，探讨聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病以实现临床治愈的效果	填补了慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病患者治疗策略的空白，并探讨了MAFLD对HBsAg清除的影响及免疫学机制	干扰素治疗常伴随副作用，可能降低患者依从性，影响长期随访和结果监测；MAFLD人群的异质性可能对干扰素治疗的疗效产生不同影响	评估聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病的疗效和安全性，并探讨MAFLD对HBsAg清除的影响	慢性乙型肝炎患者（HBsAg <1,500 IU/mL，HBeAg阴性，HBV DNA <10 IU/mL）及合并代谢相关脂肪性肝病的患者	临床医学	慢性乙型肝炎、代谢相关脂肪性肝病	单细胞转录组测序技术	NA	临床数据、转录组数据	多中心设计，具体样本量未明确提及
95	2025-05-22	Self and parasite-derived peptides selected upon DERAA-bearing HLA-DRB1 alleles activate CD4+ T cells from Chagas cardiomyopathy patients and are associated with ventricular dysfunction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1527115 PMID:40391216	research paper	该研究探讨了特定HLA-DRB1等位基因与查加斯心肌病严重临床表现的关联，以及这些等位基因如何通过激活CD4+ T细胞参与心肌病的病理过程	发现了携带DERAA基序的HLA-DRB1等位基因与查加斯心肌病的严重临床表现相关，并揭示了这些等位基因通过激活CD4+ T细胞参与心肌病病理的机制	研究样本可能有限，且未涵盖所有可能的HLA-DRB1等位基因	探究HLA-DRB1等位基因在查加斯心肌病病理中的作用及其机制	查加斯心肌病患者和不确定型查加斯病患者的CD4+ T细胞	免疫学	查加斯心肌病	计算分析、体外功能实验、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、肽段结合数据	查加斯心肌病患者和不确定型查加斯病患者的CD4+ T细胞样本
96	2025-05-22	TNFRSF12A expression in stomach adenocarcinoma and its preliminary role in predicting immunotherapy response 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1578068 PMID:40391219	研究论文	本研究探讨了TNFRSF12A在胃腺癌中的表达模式及其在预测免疫治疗反应中的初步作用	揭示了TNFRSF12A在胃腺癌中的高表达及其与免疫治疗反应的关系，为胃腺癌的个性化治疗提供了新思路	TNFRSF12A表达与临床特征无显著差异，研究样本来源有限	研究TNFRSF12A在胃腺癌中的表达模式及其在免疫治疗反应预测中的作用	胃腺癌(STAD)	肿瘤学	胃腺癌	scRNA-seq, TIDE评分, TMB分析, 体外实验	NA	基因表达数据, 单细胞数据	来自TCGA、GEO和GEPIA的数据集，体外实验使用胃腺癌细胞
97	2025-05-22	Single-cell and multi-omics integration reveals cholesterol biosynthesis as a synergistic target with HER2 in aggressive breast cancer 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.04.030 PMID:40391299	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了胆固醇生物合成与HER2在侵袭性乳腺癌中的协同作用，并提出了针对这两个通路的联合治疗策略	开发了一个整合计算框架，结合scRNA-seq和多组学分析，首次发现胆固醇生物合成与HER2表达的显著相关性，并验证了联合靶向这两个通路的协同治疗效果	研究主要基于计算分析和体外实验，需要进一步的体内实验和临床试验验证	解码乳腺癌的分子机制并识别新的治疗靶点	乳腺癌患者的恶性细胞亚群	计算生物学	乳腺癌	scRNA-seq, 多组学分析	NA	基因表达谱, 蛋白质组数据, 药物处理评分, 细胞表面HER2强度测量	NA
98	2025-05-22	Comprehensive Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Cervical Cancer: Insights Into Tumor Microenvironment and Gene Expression Dynamics 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/5027347 PMID:40395456	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析宫颈癌的肿瘤微环境和基因表达动态	利用scRNA-seq技术揭示了宫颈癌的细胞异质性和基因表达动态，识别了与肿瘤进展相关的关键基因	未提及样本量是否足够大以覆盖所有宫颈癌亚型，且未讨论技术重复性	探索宫颈癌的细胞异质性和基因表达动态，以寻找潜在的治疗靶点	宫颈癌样本	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
99	2025-05-22	Pan-cancer analysis of phagocytosis regulators in female-specific cancers: a focus on HMGB2 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565924 PMID:40396172	研究论文	该研究通过公共数据库全面分析女性特异性癌症中吞噬作用调节因子的表达、突变及功能，特别关注HMGB2的作用	首次在女性特异性癌症中系统研究吞噬作用调节因子，并验证HMGB2作为关键调控分子的功能及治疗潜力	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内模型验证	探究吞噬作用调节因子在女性特异性癌症中的作用机制及治疗靶点	女性特异性癌症（乳腺癌、宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜癌）	肿瘤免疫学	乳腺癌/宫颈癌/卵巢癌/子宫内膜癌	公共数据库分析/单细胞测序/体外功能实验	NA	基因组数据/表观遗传数据/药物敏感性数据	公共数据库中的多癌种样本（数量未明确）
100	2025-05-22	Integrative single-cell and spatial transcriptomics analysis reveals MDK-NCL pathway's role in shaping the immunosuppressive environment of lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1546382 PMID:40396179	研究论文	该研究通过整合单细胞和空间转录组学分析，揭示了MDK-NCL通路在肺腺癌免疫抑制微环境形成中的作用	首次揭示了MDK-NCL信号通路在肺腺癌免疫抑制微环境中的关键作用，并提出了其作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于公共数据集和有限的组织样本验证，需要更大规模的临床样本进一步验证	探究肺腺癌肿瘤微环境的细胞组成及MDK-NCL信号通路的作用	肺腺癌肿瘤微环境中的细胞群体和MDK-NCL信号通路	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学(ST), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	NA	转录组数据	公共scRNA-seq和ST数据集，TCGA-LUAD队列和内部队列的配对肺腺癌及邻近正常组织样本