单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-22	Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Reveal Tumor Cell Characteristics and Communication Features of Primary and Lymphatic Metastatic Hypopharyngeal Squamous Cell Carcinoma 2025-May-20, Head & neck DOI:10.1002/hed.28195 PMID:40395022	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序揭示原发性及淋巴转移性下咽鳞状细胞癌的肿瘤细胞特征及细胞间通讯特征	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了配体-受体对模型以预测HPSCC患者的预后，并揭示了LNM恶性上皮细胞的基因表达特征及细胞通讯差异	研究样本量有限，未进行功能实验验证发现的生物标志物和机制	识别HPSCC淋巴转移的关键驱动因素和潜在治疗靶点，以早期检测高风险患者并指导个性化治疗策略	原发性及淋巴转移性下咽鳞状细胞癌的恶性上皮细胞	数字病理学	下咽鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	配体-受体对模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括训练、测试和全部队列
42	2025-05-22	Avian photoreceptor homologies and the origin of double cones 2025-May-19, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2025.02.040 PMID:40250431	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究鸟类视网膜光感受器的进化关系	首次系统探索鸟类光感受器与其他脊椎动物的进化关系，并提出双锥细胞（DC-P和DC-A）分别起源于祖先红锥和蓝锥的新假说	研究主要集中在新孵出的小鸡视网膜，可能无法完全代表所有鸟类或成年个体的光感受器特征	探索鸟类光感受器与其他脊椎动物光感受器的进化关系	鸟类视网膜光感受器细胞（特别是双锥细胞DC-P和DC-A）	进化生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），CRISPR基因敲除	NA	基因表达数据	新孵出小鸡的视网膜细胞
43	2025-05-22	Mucinous breast cancer organoids: an in vitro research model 2025-May-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02586-0 PMID:40388071	research paper	该研究首次建立了来自中国女性的黏液性乳腺癌类器官模型，并进行了组织学染色、药物测试和单细胞RNA测序分析	首次报道了黏液性乳腺癌类器官模型，为研究该类型癌症的异质性提供了新的体外研究工具	仅基于一位患者的样本建立模型，样本量有限	开发有效的体外模型以解决纯黏液性乳腺癌的异质性问题	黏液性乳腺癌	digital pathology	breast cancer	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学	patient-derived organoids	RNA-seq数据、图像数据	1例64岁中国女性黏液性乳腺癌患者的肿瘤样本
44	2025-05-22	Brain tumors induce immunoregulatory dendritic cells in draining lymph nodes that can be targeted by OX40 agonist treatment 2025-May-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011548 PMID:40389372	research paper	该研究探讨了脑瘤引流淋巴结中免疫调节性树突状细胞（DC-c）的特性及其通过OX40激动剂治疗的潜在靶向性	揭示了DC-c在促进调节性T细胞扩增和低毒性CD8+ T细胞方面的独特作用，并发现OX40信号通路在调节DC-c功能中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	研究脑瘤引流淋巴结中树突状细胞的免疫调节功能及其治疗潜力	小鼠模型中的胶质瘤和淋巴瘤	免疫学	脑瘤	高分辨率流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、基因表达数据	小鼠模型中的胶质瘤和淋巴瘤样本
45	2025-05-22	Single-cell RNA-sequencing reveals early mitochondrial dysfunction unique to motor neurons shared across FUS- and TARDBP-ALS 2025-May-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59679-1 PMID:40389397	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究FUS和TARDBP基因突变导致的肌萎缩侧索硬化症（ALS）中运动神经元早期线粒体功能障碍的共享机制	揭示了FUS和TARDBP突变导致的ALS中运动神经元特有的早期线粒体功能障碍，并发现这些功能障碍与蛋白错误定位无关	研究基于诱导多能干细胞衍生的神经元模型，可能与体内实际情况存在差异	探究FUS和TARDBP基因突变导致ALS的选择性运动神经元退化的共同机制	FUS P525L、FUS R495X、TARDBP M337V突变或FUS敲除的诱导多能干细胞衍生的神经元	分子生物学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多种基因型的诱导多能干细胞衍生的神经元（具体数量未提及）
46	2025-05-22	A CRISPR/Cas9-based enhancement of high-throughput single-cell transcriptomics 2025-May-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59880-2 PMID:40389438	research paper	本文介绍了一种名为scCLEAN的分子方法，通过CRISPR/Cas9技术优化单细胞RNA测序（scRNAseq），以提高对低丰度转录本的检测能力	利用CRISPR/Cas9技术靶向并移除转录组中不到1%的部分，同时重新分配约一半的读取，从而更关注低丰度转录本	文章未明确指出scCLEAN技术在所有组织或细胞类型中都适用，某些情况下可能不建议使用	解决单细胞RNA测序中高丰度转录本掩盖低丰度转录本检测的问题	异质性免疫细胞和同质性血管平滑肌细胞	基因组学	NA	CRISPR/Cas9, scRNAseq, 单细胞MAS-Seq	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种人类组织和细胞类型
47	2025-05-22	Focusing on DC cells to optimize the prediction of prognosis and innovative treatment strategies for colon cancer 2025-May-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01792-8 PMID:40389562	研究论文	本研究通过识别树突状细胞相关基因（DCRGs），构建风险评分系统（DCRI），并评估其在结肠癌预后和治疗中的意义	开发了一种新的DCRI评分系统，能够准确预测结肠癌的预后和免疫治疗反应，并发现PPP2CB作为潜在治疗靶点	研究主要基于已有数据库（TCGA和GEO）的数据，可能需要更多独立队列验证	优化结肠癌的预后预测和创新治疗策略	结肠腺癌（COAD）患者	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA、差异表达分析、单变量Cox回归、LASSO-Cox分析	风险评分模型（DCRI）	转录组数据和临床数据	来自TCGA和GEO数据库的结肠癌组织样本
48	2025-05-22	Single-cell transcriptomic landscape reveals complex cellular heterogeneity and dysregulated signaling pathways in nasopharyngeal carcinoma 2025-May-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02506-2 PMID:40389670	研究论文	本研究通过单细胞转录组学系统分析了鼻咽癌中不同细胞类型的转录特征及其在肿瘤发展中的作用	首次全面揭示了鼻咽癌肿瘤微环境的复杂性，包括细胞异质性和信号通路失调	未明确说明样本数量和研究人群特征	解析鼻咽癌肿瘤微环境的细胞组成和转录特征	鼻咽癌组织和正常组织样本	单细胞转录组学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
49	2025-05-22	Novel marker genes and small molecule drugs for radiotherapy resistance in cervical cancer identified based on single-cell multi-omics analysis 2025-May-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02532-0 PMID:40389794	研究论文	通过单细胞多组学和机器学习方法识别宫颈癌放疗抵抗的新标记基因和小分子药物	结合多组学数据和机器学习构建预后模型，识别与放疗抵抗相关的分子标记和潜在治疗药物	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	探索宫颈癌放疗抵抗的分子和细胞机制	宫颈癌患者	数字病理学	宫颈癌	单细胞测序、转录组测序、甲基化分析	Cox回归	测序数据	来自TCGA和GEO数据库的43,475个细胞
50	2025-05-22	Spatiotemporal single-cell analysis elucidates the cellular and molecular dynamics of human cornea aging 2025-May-19, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01475-z PMID:40390022	研究论文	通过单细胞时空分析揭示人类角膜衰老的细胞和分子动态	首次构建了人类角膜的全面时空图谱，揭示了角膜衰老过程中的细胞迁移新模式和区域特异性分子特征	样本量相对较小（8个供体），年龄跨度为33-88岁	阐明人类角膜衰老过程中的细胞和分子动态	人类角膜组织	单细胞组学	眼科疾病	scRNA-seq, scStereo-seq, 免疫荧光染色, Western blotting	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	8个供体的角膜组织（年龄33-88岁）
51	2025-05-22	Spatial transcriptomics reveal PI3K-AKT and metabolic alterations in aggressive, treatment-resistant lactotroph pituitary neuroendocrine tumors 2025-May-19, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02025-9 PMID:40390063	研究论文	本研究通过空间转录组学揭示了侵袭性、治疗抵抗性泌乳素垂体神经内分泌肿瘤中PI3K-AKT和代谢通路的改变	首次在DA抵抗性泌乳素PitNET中应用空间转录组学技术，揭示了肿瘤内异质性和PI3K/AKT通路及脂质代谢的改变	样本量较小（13例患者），且未观察到从部分响应到完全无响应肿瘤的明确分子模式	揭示泌乳素垂体神经内分泌肿瘤的分子异质性，并鉴定侵袭性和药物治疗抵抗的生物标志物	DA抵抗性泌乳素垂体神经内分泌肿瘤（PitNET）	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	Visium空间转录组学（ST）、全转录组测序（WTS）、全外显子组测序（WES）	NA	空间转录组数据、基因组数据	13例DA抵抗性泌乳素PitNET患者（其中4例进行ST+WTS+WES，5例进行WTS+WES，2例进行ST+WES，2例仅进行ST）
52	2025-05-22	Corrigendum to "Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics" 2025-May-19, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals DOI:10.1016/j.dmd.2025.100088 PMID:40393347	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
53	2025-05-22	Neutrophils predominate as IL1B-expressing cells in Schnitzler syndrome: Insights from the SCan study to evaluate the efficacy and safety of canakinumab in Japanese patients 2025-May-19, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.alit.2025.04.003 PMID:40393905	research paper	本研究探讨了Schnitzler综合征（SchS）中IL1B表达细胞的主要来源及canakinumab治疗的疗效和安全性	首次在SchS患者中通过单细胞RNA测序和空间转录组分析确定IL1B表达细胞主要为中性粒细胞，并揭示了canakinumab通过调节外周血中性粒细胞动态改善临床症状的机制	研究样本量较小（仅5名日本患者），且仅对其中2例进行了单细胞RNA测序和空间转录组分析	评估canakinumab在SchS患者中的疗效和安全性，并探索IL1B表达细胞的来源	5名日本Schnitzler综合征患者	临床医学	自身炎症性疾病	单细胞RNA测序、空间转录组分析	NA	血浆细胞因子/趋化因子水平、外周血和皮肤病变组织的转录组数据	5名患者（其中2名进行了单细胞RNA测序和空间转录组分析）
54	2025-05-22	Identification of progression related LncRNAs in colorectal cancer aggressiveness 2025-May-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02096-7 PMID:40383716	研究论文	本研究通过整合TCGA和单细胞RNA测序数据，识别了与结直肠癌进展相关的关键长链非编码RNA（lncRNA）	开发了一个评分系统，结合多种进展相关特征、差异表达和生存分析，系统性优先排序lncRNA，并识别了198个关键lncRNA，包括已知和新候选者	未提及具体样本量，且实验验证仅限于部分lncRNA	探索结直肠癌进展的分子机制，并识别潜在的预后生物标志物和治疗靶点	结直肠癌（CRC）患者及其相关lncRNA	生物信息学	结直肠癌	转录组数据分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
55	2025-05-22	Identification and verification of a polyamine metabolism-related gene signature for predicting prognosis and immune infiltration in osteosarcoma 2025-May-18, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-025-05716-0 PMID:40383808	research paper	本研究旨在识别与骨肉瘤预后相关的多胺代谢相关基因，并开发预后模型，为骨肉瘤患者的靶向治疗提供新见解	首次识别并验证了与骨肉瘤预后相关的多胺代谢相关基因特征，并构建了预测模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索多胺代谢相关基因在骨肉瘤预后中的作用，并开发预测模型	骨肉瘤患者及其相关基因表达数据	生物信息学	骨肉瘤	差异表达分析、加权基因共表达网络分析、单变量Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序、逆转录定量PCR、Western blotting、免疫组化	风险模型、列线图模型	基因表达数据、临床样本数据	96个候选基因，8个预后基因在临床样本中验证
56	2025-05-22	Single-cell transcriptomic characterization of microscopic colitis 2025-May-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59648-8 PMID:40383833	研究论文	使用单细胞RNA测序分析结肠黏膜组织，构建显微镜下结肠炎的细胞和分子模型	揭示了显微镜下结肠炎中CD8 T细胞的显著扩张及其高度细胞毒性和炎症表型的转变，以及CD4 T调节细胞的扩张	研究仅限于结肠黏膜组织，未涉及其他可能相关的组织或细胞类型	探究显微镜下结肠炎的细胞和分子机制	结肠黏膜组织	单细胞转录组学	显微镜下结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
57	2025-05-22	ZC3H12D gene expression exhibits dual effects on the development and progression of lung adenocarcinoma 2025-May-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02163-z PMID:40383849	研究论文	本研究探讨了ZC3H12D基因在肺腺癌进展和肿瘤微环境调节中的多面作用	揭示了ZC3H12D在免疫细胞和恶性细胞中的空间双重作用，挑战了传统生物标志物的范式	研究主要基于体外实验和计算生物学分析，需要进一步的体内实验验证	探索ZC3H12D在肺腺癌中的生物学功能和临床意义	肺腺癌组织和细胞	精准肿瘤学	肺腺癌	多组学分析、单细胞RNA-seq、免疫组化、计算生物学方法	NA	转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA-seq数据	511个肿瘤样本和59个正常样本（转录组），74个肿瘤样本和69个正常样本（蛋白质组），15个肿瘤样本和11个正常样本（单细胞RNA-seq），51对匹配样本（免疫组化）
58	2025-05-22	Alcohol consumption and esophageal cancer risk: unveiling DLEU2 as a key immune modulator through Mendelian randomization and transcriptomic analysis 2025-May-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02660-7 PMID:40383861	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和转录组分析揭示了酒精消费与食管癌风险之间的遗传和分子机制，并发现DLEU2作为关键的免疫调节因子	首次通过孟德尔随机化分析确认酒精消费与食管癌之间的因果关系，并发现DLEU2作为长链非编码RNA在肿瘤免疫微环境和癌症进展中的关键作用	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索酒精消费导致食管癌的遗传和分子机制	食管癌患者样本和相关的基因表达数据	癌症基因组学	食管癌	孟德尔随机化分析、转录组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个患者来源的样本（具体数量未说明）
59	2025-05-22	Metabolism-associated marker gene-based predictive model for prognosis, targeted therapy, and immune landscape in ovarian cancer: an integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing with spatial transcriptomics 2025-May-17, BMC women's health DOI:10.1186/s12905-025-03750-y PMID:40382612	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和空间转录组学数据，构建了一个基于代谢相关标记基因的预后模型，用于卵巢癌的预后预测、靶向治疗和免疫景观分析	首次结合四种代谢途径（糖酵解代谢、脂质代谢、胆碱代谢和鞘脂代谢）构建卵巢癌预后模型，并预测了潜在治疗药物	研究主要基于生物信息学分析，部分实验验证仍需进一步扩大样本量	开发有效的卵巢癌预后生物标志物并探索新的治疗靶点	卵巢癌患者样本和癌细胞系	数字病理学	卵巢癌	scRNA-seq, bulk RNAseq, 空间转录组学, RT-qPCR, CCK-8, Transwell实验	代谢相关基因预后模型	RNA测序数据, 空间转录组数据, 实验数据	TCGA-OV样本及实验验证样本（数量未明确说明）
60	2025-05-22	Evaluation of tumour pseudocapsule using computed tomography-based radiomics in pancreatic neuroendocrine tumours to predict prognosis and guide surgical strategy: a cohort study 2025-May-16, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002511 PMID:40395025	研究论文	本研究通过基于计算机断层扫描的放射组学评估胰腺神经内分泌肿瘤的假包膜状态，以预测预后并指导手术策略	结合放射组学和机器学习术前识别假包膜状态，为小肿瘤患者提供更精准的手术策略	研究样本仅来自单一医疗机构，可能存在选择偏倚	评估胰腺神经内分泌肿瘤假包膜状态对手术策略选择和预后预测的价值	胰腺神经内分泌肿瘤患者	数字病理	胰腺神经内分泌肿瘤	scRNA-seq, 放射组学分析	机器学习模型	影像数据, 临床数据	578例接受首次胰腺切除术的患者（最终纳入475例）