单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
41	2026-06-23	The Heterogeneity of B Cells Potentially Contributes to Metastasis of Clear Cell Renal Cell Carcinomas 2026-Jun-21, Cancer investigation IF:1.8Q3 DOI:10.1080/07357907.2026.2675653 PMID:42324780	研究论文	通过单细胞RNA测序和免疫荧光成像分析，揭示B细胞异质性在透明细胞肾细胞癌转移中的潜在作用	首次通过单细胞RNA测序分类B细胞亚群，发现B细胞（HLA-DRA）亚群与ccRCC转移显著相关，并鉴定出六个与不良预后相关的上调基因	未提及具体限制	探索免疫异质性对ccRCC临床结果的影响，特别是B细胞亚群在转移中的作用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	机器学习	肾细胞癌	单细胞RNA测序，免疫荧光成像	NA	单细胞转录组数据，图像数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
42	2026-06-23	Integrative multi-omics analysis and machine learning identify M2 macrophage-induced ferroptosis resistance in glioblastoma 2026-Jun-20, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-026-01918-9 PMID:42321379	研究论文	整合多组学数据与机器学习，揭示M2型巨噬细胞诱导胶质母细胞瘤铁死亡抵抗的机制	首次发现M2型巨噬细胞通过NCOA4-FTH1通路赋予胶质母细胞瘤铁死亡抵抗，揭示了免疫微环境与程序性细胞死亡之间的关键串扰	未提及明确局限性	探究肿瘤相关巨噬细胞与铁死亡在胶质母细胞瘤进展中的功能相互作用	胶质母细胞瘤细胞及肿瘤相关巨噬细胞	机器学习教育	胶质母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学	机器学习模型（28基因预后特征）	转录组数据	公共队列数据	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq	NA	NA
43	2026-06-23	Targeting Gli1+ Cells for Oral Tissue Regeneration and Disease Treatment 2026-Jun-20, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-026-11180-y PMID:42322378	综述	总结Gli1细胞在口腔组织再生和疾病治疗中的作用及机制	整合了谱系追踪和单细胞RNA测序技术的新发现，将Gli1细胞从简单的通路效应物重新定义为异质性间充质干细胞亚群，并系统探讨其在口腔再生医学中的治疗潜力	作为综述，可能缺乏原始实验数据支持，部分结论依赖于现有研究的整合，且未能提供具体的临床转化方案	总结Gli1细胞在口腔组织发育、稳态维持、损伤修复和疾病进展中的作用，为基于Gli1细胞的再生治疗提供理论依据	Gli1阳性细胞及其在口腔组织中的功能和调控机制	数字病理学	口腔疾病	谱系追踪技术，单细胞RNA测序	NA	文本数据	NA	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序平台用于分析口腔组织中Gli1细胞的异质性
44	2026-06-23	Single-cell and multi-omics integration delineates the landscape of gene-wise intratumor heterogeneity and identifies prognostic biomarkers for immunotherapy in non-small cell lung cancer 2026-Jun-20, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-026-04454-4 PMID:42322411	research paper	利用单细胞和多组学整合分析，描绘非小细胞肺癌中基因层面瘤内异质性的景观，并识别免疫治疗预后生物标志物	首次通过多区域单细胞RNA测序数据与计算框架结合，系统刻画非小细胞肺癌中基因层面的瘤内异质性景观，并构建基于低异质性基因的LITHrisk评分，有效预测免疫治疗预后和反应	未明确指出，但可能包括样本量有限、需在更大队列中验证、计算框架的稳健性需进一步评估	探究非小细胞肺癌中基因层面瘤内异质性，并开发基于低异质性基因的预后生物标志物以提升免疫治疗预测可靠性	非小细胞肺癌肿瘤组织及细胞	machine learning	lung cancer	scRNA-seq, RNA-seq	CNN, LSTM, GAN	NA	NA	NA	single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA
45	2026-06-23	Dual blockade of PD-1 and NKG2A prevents NK cell senescence and reprograms the immunosuppressive microenvironment in pancreatic cancer 2026-Jun-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2026.117583 PMID:42322608	研究论文	本研究揭示PD-1和NKG2A双重阻断可预防胰腺癌中NK细胞衰老并重编程免疫抑制微环境	首次发现ICB诱导的IFN-γ信号上调肿瘤细胞H2-T23，与NK细胞NKG2A相互作用通过p38 MAPK和STAT1/3通路诱导NK细胞衰老，并证明PD-1和NKG2A双重阻断能有效预防衰老、恢复NK功能并增强抗肿瘤免疫	未在文中详细说明局限性，但可能涉及临床转化验证不足或样本规模有限	探究胰腺导管腺癌中免疫检查点阻断疗效有限的原因及克服耐药的新策略	胰腺导管腺癌细胞、NK细胞、CD8 T细胞	机器学习	胰腺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	九种癌症类型的单细胞测序数据	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
46	2026-06-23	Comprehensive investigation of hypoxia-associated genes and their predictive significance in osteosarcoma 2026-Jun-20, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2026.102863 PMID:42322695	研究论文	对骨肉瘤中低氧相关基因进行综合研究并探讨其预测意义	开发了一个称为细胞低氧预测框架的数据驱动建模框架，整合单细胞转录组谱与低氧基因特征，并发现低氧细胞主要局限于肿瘤核心区域以及一个具有高侵袭潜能的低氧亚群	未明确说明，但可能涉及样本量有限或缺乏外部验证	探究低氧对骨肉瘤侵袭的影响并识别可靠的基因特征以预测预后	骨肉瘤细胞中的低氧状态及相关基因	数字病理学	骨肉瘤	单细胞转录组测序	预测模型	单细胞转录组数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
47	2026-06-23	Amivantamab induces immune-mediated cytotoxicity in mesothelioma via EGFR and MET engagement 2026-Jun-20, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1 DOI:10.1016/j.jtho.2026.103993 PMID:42323111	研究论文	评估双特异性抗体amivantamab在间皮瘤中介导EGFR和MET结合所引发的免疫介导细胞毒性	首次系统评估EGFR和MET在恶性间皮瘤中的共表达情况，并揭示amivantamab通过自然杀伤细胞介导的抗体依赖性细胞毒性作用机制，展示了在患者源性异种移植模型中的体内抗肿瘤活性	研究基于临床前模型，缺乏临床试验数据，且免疫缺陷小鼠模型中的人NK细胞重建可能不完全反映人体免疫系统复杂性	评估amivantamab靶向EGFR和MET的双特异性抗体在间皮瘤中的临床前活性	弥漫性胸膜间皮瘤患者队列、间皮瘤细胞系、患者源性异种移植模型、外周血单核细胞和自然杀伤细胞	数字病理学	间皮瘤	转录组分析、单细胞RNA测序、免疫组化、生化分析、体外共培养系统	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据、组织样本图像	多个患者队列的转录组和单细胞RNA测序数据，以及多种间皮瘤细胞系和多个PDX模型	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
48	2026-06-23	Ferritin-mediated iron homeostasis regulates fibroblast activation and shapes post-infarction cardiac remodeling 2026-Jun-20, The Journal of nutritional biochemistry IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jnutbio.2026.110451 PMID:42323100	研究论文	通过跨物种转录组学、空间转录组学、单细胞RNA测序和功能研究，揭示铁蛋白介导的铁稳态调控成纤维细胞活化并影响心肌梗死后心脏重塑的机制	首次发现铁蛋白重链（Fth1）在心肌梗死后增殖期梗死区域表达上调，并定位至巨噬细胞和成纤维细胞；证明铁螯合剂2,2'-联吡啶在增殖期而非急性炎症期治疗能有效减轻病理纤维化并改善心功能	未提及明显局限性	探究心肌梗死后铁代谢重塑在非心肌细胞（尤其是成纤维细胞）活化中的作用机制	心肌梗死后的小鼠和新生大鼠心脏组织及成纤维细胞	机器学习	心血管疾病	RNA-seq	NA	图像	跨物种转录组学、空间转录组学和单细胞RNA测序样本	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA
49	2026-06-23	Divergent 3D genome architecture of male germ cells across vertebrates 2026-Jun-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-026-74695-5 PMID:42323313	研究论文	该研究整合了流式细胞分选、原位染色体构象捕获和单细胞RNA测序技术，探究了真兽类、有袋类和爬行类等脊椎动物雄性生殖细胞的三维基因组结构进化	首次揭示约3.5亿年前分化的脊椎动物谱系中生殖细胞特定的染色质折叠模式，并发现了有袋类X染色体逃逸减数分裂性染色体失活检查点的区域	仅涵盖真兽类、有袋类和爬行类三个谱系，未涉及更广泛的脊椎动物类群	理解脊椎动物中三维基因组组织的进化可塑性及其通过生殖系的传递机制	真兽类、有袋类和爬行类雄性生殖细胞	基因组学	NA	流式细胞分选、原位Hi-C、单细胞RNA测序	NA	测序数据	三类脊椎动物的生殖细胞样本	Illumina	单细胞RNA测序, 原位Hi-C	Illumina NovaSeq	使用流式细胞分选纯化生殖细胞后，进行原位Hi-C文库构建和单细胞RNA测序
50	2026-06-23	Pathway-centric visualization of cell-cell communication in single-cell transcriptomics data 2026-Jun-20, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-026-00768-2 PMID:42323351	研究论文	开发了一个基于ShinyApp的交互式网页门户scVizComm，用于单细胞转录组数据中细胞间通信的通路中心可视化	提供了一个非编程的交互式可视化工具，能够以通路为中心分析细胞间通信中的配体-受体网络，并支持不同条件下的比较	依赖于预计算的细胞间通信结果，可能无法实时处理大规模数据	实现单细胞转录组数据中细胞间通信的通路中心交互式可视化	人类肾脏、心脏和小鼠前脑的单核转录组数据	生物信息学	纤维化相关疾病	单核RNA测序	NA	转录组数据	人类肾脏和心脏样本，小鼠前脑样本	NA	单核RNA-seq	NA	NA
51	2026-06-23	Coordinated transcriptional shifts in microglia and oligodendrocytes from neurodevelopment to inflammaging 2026-Jun-20, npj aging IF:4.1Q2 DOI:10.1038/s41514-026-00432-3 PMID:42323387	研究论文	分析小胶质细胞和少突胶质细胞从神经发育到炎症衰老过程中的协调转录变化	首次揭示小胶质细胞和少突胶质细胞在生命周期中经历平行的转录转变，而非独立演化	未说明具体局限性	探究不同胶质细胞谱系是否在生命周期中发生协调的转录变化	小鼠小胶质细胞和少突胶质细胞	机器学习	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从小鼠胚胎发生到24个月龄的细胞图谱数据	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
52	2026-06-23	MLK3 promotes atherosclerosis by regulating ferroptosis in macrophages 2026-Jun-20, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-026-02292-9 PMID:42323431	研究论文	本研究揭示了MLK3通过JNK/p53信号通路调控巨噬细胞铁死亡从而促进动脉粥样硬化发展的机制	首次发现MLK3作为关键铁死亡相关基因在动脉粥样硬化中的作用，并阐明其通过JNK/p53信号通路调控巨噬细胞铁死亡的具体机制	未提供明显的局限性信息	阐明MLK3在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞铁死亡的具体机制	动脉粥样硬化小鼠模型及巨噬细胞	机器学习	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的批量及单细胞RNA-seq数据集；动物模型：动脉粥样硬化小鼠；临床血浆样本：动脉粥样硬化患者	Illumina	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	Illumina NovaSeq	NA
53	2026-06-23	Identifying druggable proteins of the association of chronotype on breast cancer using Mendelian randomization 2026-Jun-20, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-026-01731-2 PMID:42323475	研究论文	采用孟德尔随机化方法鉴定睡眠时间类型与乳腺癌关联中的可药用蛋白	通过两步孟德尔随机化结合共定位和单细胞RNA测序，首次系统识别介导晨型时间类型与乳腺癌风险关联的循环蛋白，并提名五个潜在治疗靶点	未提及	探究晨型时间类型降低乳腺癌风险的生物学机制，识别介导此关联的循环蛋白	欧洲血统人群中的自我报告晨型时间类型，血浆蛋白，乳腺癌及亚型	机器学习	乳腺癌	NA	NA	基因组关联研究数据和单细胞RNA测序数据	晨型时间类型数据：372,765例病例和278,530例对照；血浆蛋白数据：35,559名冰岛个体；乳腺癌结果数据：133,384例病例和113,789例对照（BCAC）及20,586例病例和201,494例对照（FinnGen）	NA	NA	NA	NA
54	2026-06-23	EMD-HVG: a normalization-independent method for highly variable gene selection based on Earth mover's distance 2026-Jun-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-026-06527-8 PMID:42323546	研究论文	提出一种基于推土机距离的无归一化高变基因选择方法EMD-HVG，用于单细胞RNA测序和空间转录组学分析	提出一种无归一化、非参数的高变基因识别框架，通过混合分布建模基因表达模式，避免传统方法对归一化和预设分布假设的依赖	未明确提及局限性	开发一种不依赖归一化和参数假设的稳健高变基因识别方法，以提高单细胞和空间转录组学数据分析的准确性	单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据中的高变基因	机器学习	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	混合分布模型	基因表达数据	模拟数据集和真实数据集	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	NA
55	2026-06-23	An LSCC-specific R-loop-related model predicts prognosis and neoadjuvant immunotherapy response and identifies EIF5A2-mediated tumor-immune crosstalk 2026-Jun-20, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-026-04456-7 PMID:42323596	研究论文	构建了一个喉鳞状细胞癌特异性R-loop相关预后模型，并识别核心免疫调控基因EIF5A2	首次建立了喉鳞状细胞癌特异性R-loop相关基因模型，该模型可用于预后分层和新辅助免疫治疗反应预测，并揭示了EIF5A2在肿瘤-免疫互作中的核心作用	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步的前瞻性队列验证模型的临床适用性	开发一个基于R-loop相关基因的预后和免疫治疗反应预测模型，并探讨其在喉鳞状细胞癌中肿瘤-免疫互作中的作用机制	喉鳞状细胞癌患者肿瘤组织样本及相应临床、免疫治疗数据	机器学习	喉鳞状细胞癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	LASSO-Cox回归模型	基因表达数据, 单细胞转录组数据	TCGA-LSCC队列及多个外部验证队列（GSE25727、GSE27020、GSE210287、GSE290927）	Illumina	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	Illumina NovaSeq	NA
56	2026-06-23	Esr1-dependent signaling and transcriptional maturation in the medial preoptic area of the hypothalamus shape the development of mating behavior during adolescence 2026-Jun-19, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.106347 PMID:42318880	研究论文	利用单细胞RNA测序和原位杂交技术，研究了青春期小鼠下丘脑内侧视前区Esr1依赖性信号和转录成熟对交配行为发育的影响	首次揭示雌激素受体1在青春期内侧视前区GABA能神经元转录成熟中的关键作用，以及其性别特异性基因调控网络	NA	探究青春期小鼠内侧视前区转录动态及其对交配行为发育的影响	青春期雄性及雌性小鼠的内侧视前区	机器学习和数字病理学	NA	单细胞RNA测序，原位杂交	NA	单细胞转录组数据，原位杂交图像	雌雄小鼠，涵盖整个青春期发育阶段	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒
57	2026-06-23	Challenging the control through a single-cell perspective on normal adjacent tissue in colorectal cancer 2026-Jun-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2026.115671 PMID:42325264	研究论文	通过单细胞视角挑战结直肠癌中正常邻近组织作为对照的常规做法	首次系统揭示结直肠癌正常邻近组织在细胞组成和基因表达上与健康组织的显著差异，并发现其中存在肿瘤相关拷贝数变异，开发了逆转肿瘤相关基因表达模式的药理学策略	未明确说明研究局限，推测可能包括样本量有限或缺乏验证队列	探究结直肠癌正常邻近组织（NAT）的细胞组成和分子特征，评估其作为标准对照的可靠性	结直肠癌组织、对应的正常邻近组织（NAT）和健康结直肠活检样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	包含结直肠癌组织、NAT和健康结直肠活检样本的数据集	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
58	2026-06-23	Single-cell transcriptomic analysis reveals the T lymphocyte microenvironment and identifies HOPX as a hub gene in membranous nephropathy 2026-Jun-17, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2026.150273 PMID:42309401	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示膜性肾病中T淋巴细胞微环境并鉴定HOPX为关键基因	首次利用单细胞RNA测序结合多种机器学习算法，鉴定HOPX作为膜性肾病的核心枢纽基因，并阐明淋巴细胞功能障碍在疾病进展中的关键作用	未提及具体局限性	探究膜性肾病中免疫细胞亚群和关键免疫反应基因，特别是T淋巴细胞微环境的异质性	膜性肾病患者及健康对照者的外周血样本和公共数据库数据	计算机视觉, 自然语言处理, 机器学习	肾脏疾病	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	CNN, LSTM, GAN	图像, 文本, 视频	53例膜性肾病患者和健康对照者的临床血样	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'
59	2026-06-23	Assessing the use of foundation model embeddings to improve drug response predictions using scRNA-Seq expression data 2026-Jun-17, Bioorganic & medicinal chemistry IF:3.3Q1 DOI:10.1016/j.bmc.2026.118732 PMID:42322669	研究论文	评估使用基础模型嵌入结合单细胞RNA-Seq表达数据以改善癌症药物反应预测	首次系统评估单细胞RNA-Seq基础模型嵌入（如scGPT-癌症模型）对深度学习模型DeepCDR在癌症药物反应预测中的改进效果，发现插值预测显著提升	药物外推预测效果差（即使结构相似药物），表明需要更大数据集或更早数据融合；细胞系外推改进效果小且不稳定	评估基础模型嵌入整合到DeepCDR后能否提升癌症药物反应预测性能	癌症细胞系的单细胞RNA-Seq表达数据与药物结构数据	机器学习	癌症	单细胞RNA测序	深度学习模型（DeepCDR）、基础模型（scGPT-癌症模型）	基因表达数据	未明确提及	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
60	2026-06-23	Viral load-driven systemic immune exhaustion is an enabler of antibody breadth in HIV infection 2026-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.64898/2026.06.05.730519 PMID:42327147	研究论文	通过单细胞RNA测序、单细胞蛋白质组学及血浆中和试验，研究HIV感染中抗体广度与病毒载量驱动的系统性免疫耗竭的关系	揭示了早期感染中病毒载量驱动的免疫激活与后期免疫耗竭如何促进HIV抗体广度的出现，提出抗体广度反映病毒控制失败而非成功抗病毒应答的新观点	未提及具体局限性	确定HIV感染中影响抗体广度的系统免疫相关因素	肯尼亚队列中未接受治疗的HIV感染女性	机器学习	HIV感染	单细胞RNA测序，单细胞蛋白质组学	NA	单细胞转录组数据，蛋白质组数据，血浆中和数据	肯尼亚纵向队列中的未治疗HIV感染女性，具体样本量未提及	10x Genomics	单细胞RNA测序，单细胞蛋白质组学	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序平台