单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-22	Regulation of RNA polymerase II transcription through re-initiation and bursting 2025-May-15, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.011 PMID:40378829	review	本文总结了真核细胞中RNA聚合酶II（RNAPII）爆发性转录的调控策略，重点关注RNAPII的重新启动机制	提出了RNAPII重新启动和爆发性转录作为基因调控的常见现象，并探讨了其分子机制和争议	未提及具体实验数据或样本量，主要基于已有研究的总结	探讨RNAPII转录调控的分子机制及其在健康和疾病中的意义	RNA聚合酶II（RNAPII）及其转录调控机制	分子生物学	NA	活细胞成像、单细胞转录组学	NA	NA	NA
62	2025-05-22	IGFBP7: A novel biomarker involved in a positive feedback loop with TGF-β1 in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-May-15, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111867 PMID:40381971	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，发现IGFBP7作为特发性肺纤维化(IPF)的新型生物标志物，并与TGF-β1形成正反馈循环	首次鉴定IGFBP7作为IPF的新型生物标志物，并揭示其与TGF-β1的正反馈循环机制	研究主要基于公共数据集和体外模型，需要进一步临床验证	寻找IPF的诊断和治疗新靶点	特发性肺纤维化(IPF)患者样本和细胞模型	生物医学研究	肺纤维化	scRNA-seq, 批量RNA测序, 双免疫荧光染色	NA	RNA测序数据	公共数据集中的IPF样本和体外细胞模型
63	2025-05-22	Phenotypic heterogeneity and plasticity in colorectal cancer metastasis 2025-May-15, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100881 PMID:40393458	研究论文	本研究探讨了结直肠癌（CRC）中表型异质性和可塑性在肿瘤进展、转移和治疗抵抗中的关键作用	揭示了具有再生和炎症表型的癌细胞状态，这些状态与小鼠模型中的转移起始细胞极为相似，并识别了一个具有混合再生和干细胞表型的中间群体	调控因素和驱动表型异质性的外在信号仍不明确	揭示结直肠癌转移中的表型异质性和可塑性的调控机制	结直肠癌（CRC）患者	癌症研究	结直肠癌	单细胞多组学和空间转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据	原发性和转移性CRC患者样本
64	2025-05-22	Single-cell elderly blood-CSF atlas implicates peripherally influenced immune dysregulation in normal pressure hydrocephalus 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412159122 PMID:40324076	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了特发性正常压力脑积水（iNPH）患者外周血和脑室脑脊液的细胞图谱，揭示了与认知功能下降相关的免疫失调现象	首次构建了iNPH患者的单细胞转录组图谱，发现外周血和脑脊液单核细胞的促炎性改变与认知功能下降相关，并识别了可能代表脑室周围神经胶质细胞脱落的脑脊液细胞群	样本量相对有限（140,207个单细胞转录组），且仅针对iNPH患者进行研究	探究特发性正常压力脑积水患者外周血和脑脊液的免疫特征及其与认知功能的关系	特发性正常压力脑积水（iNPH）患者的外周血和脑室脑脊液样本	数字病理学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	140,207个单细胞转录组
65	2025-05-22	Hdac1 as an early determinant of intermediate-exhausted CD8+ T cell fate in chronic viral infection 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502256122 PMID:40333757	research paper	该研究揭示了组蛋白去乙酰化酶1（Hdac1）在慢性病毒感染中作为中间耗竭CD8+ T细胞命运早期决定因子的作用	首次发现Hdac1对T-int细胞亚群分化的特异性调控作用，并阐明其通过表观遗传机制同时促进T-int细胞命运和抑制耗竭程序过度激活的双重功能	研究主要基于小鼠慢性病毒感染模型，在人类疾病中的普适性需要进一步验证	探究慢性病毒感染中CD8+ T细胞不同耗竭亚群分化的表观遗传调控机制	抗原特异性CD8+ T细胞亚群（Tcf1干细胞样细胞、T-int中间耗竭细胞和终末耗竭细胞）	免疫学	慢性病毒感染	单细胞转录组测序、染色质可及性分析	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA（未明确说明具体样本数量）
66	2025-05-22	Interferon-induced activation of dendritic cells and monocytes by yellow fever vaccination correlates with early antibody responses 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2422236122 PMID:40333758	研究论文	研究黄热病疫苗接种后树突状细胞和单核细胞的干扰素诱导激活与早期抗体反应的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了黄热病疫苗接种后树突状细胞和单核细胞亚群的激活状态及其与早期IgM抗体反应的相关性	研究仅关注了疫苗接种后的早期免疫反应，未评估长期免疫保护机制	阐明黄热病疫苗接种后早期先天免疫事件与快速产生保护性免疫的关系	人类血液中的树突状细胞和单核细胞亚群	免疫学	黄热病	转录组分析、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	大量疫苗接种者的血液样本
67	2025-05-22	Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421421122 PMID:40339128	研究论文	研究探讨了昼夜节律钟调控的细胞周期进程如何影响小鼠舌上皮中味觉敏感性的时间依赖性变化	揭示了昼夜节律通过调控干细胞增殖和细胞死亡来影响味觉细胞群体动态变化的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索昼夜节律如何通过细胞更新调控味觉敏感性的时间依赖性变化	小鼠舌上皮细胞和味蕾类器官(TBOs)	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠舌上皮细胞和味蕾类器官
68	2025-05-22	Targeting mesenchymal monocyte-derived macrophages to enhance the sensitivity of glioblastoma to temozolomide by inhibiting TNF/CELSR2/p65/Kla-HDAC1/EPAS1 axis 2025-May-13, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.032 PMID:40373963	研究论文	本研究通过识别一种新型的单核细胞衍生巨噬细胞亚型MES-MDM，揭示了其在促进胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药性中的作用机制，并提出了针对MES-MDM的治疗策略	首次识别了MES-MDM这一新型MDM亚型，并阐明了其通过TNF-CELSR2/p65/Kla-HDAC1/EPAS1轴促进胶质母细胞瘤对TMZ耐药性的机制	研究结果需要在更大规模的临床试验中进一步验证	探索胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药性的机制并开发新的治疗策略	胶质母细胞瘤(GBM)及其微环境中的单核细胞衍生巨噬细胞(MDM)	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、患者来源的GBM类器官模型、颅内原位GBM模型	NA	基因表达数据、空间转录组数据	NA
69	2025-05-22	Immune-endothelial cell crosstalk in hepatic endothelial injury of liver fibrotic mice 2025-May-13, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177730 PMID:40374060	研究论文	本研究探讨了肝纤维化中肝内皮细胞损伤的机制及细胞间通讯的潜在调控途径	揭示了肝内皮细胞与免疫细胞间的通讯机制，特别是通过Ptprc-Mrc1和Sell-Podxl信号通路维持细胞间相互作用	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	探索肝纤维化中肝内皮细胞损伤的机制及细胞间通讯的调控途径	C57BL/6雄性小鼠的肝内皮细胞和免疫细胞	肝脏病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、扫描电子显微镜（SEM）、PCR技术	NA	基因表达数据、图像数据	24,534个细胞
70	2025-05-22	Spatial multi-omics reveals the potential involvement of SPP1+ fibroblasts in determining metabolic heterogeneity and promoting metastatic growth of colorectal cancer liver metastasis 2025-May-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.004 PMID:40340245	研究论文	本研究探讨了结直肠癌肝转移（CRLM）中关键微观区域的作用，重点关注癌症相关成纤维细胞（CAFs）在促进肿瘤进展中的关键作用，并利用多组学技术为其诊断和治疗提供分子和代谢水平的见解	发现了SPP1+成纤维细胞在CRLM中的代谢异质性和促进转移性生长中的潜在作用，并通过空间多组学技术揭示了其与肿瘤细胞的相互作用	样本量较小（仅2名未治疗CRLM患者的12个新鲜手术样本），可能限制结果的普遍性	研究CRLM中关键微观区域的作用，特别是CAFs在肿瘤进展中的作用，为诊断和治疗提供分子和代谢水平的见解	结直肠癌肝转移（CRLM）患者的手术样本和冷冻组织样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学（ST）、空间代谢组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、RT-qPCR、非靶向代谢组学	NA	空间转录组数据、代谢组数据、单细胞RNA测序数据	12个新鲜手术样本（来自2名患者），92个冷冻组织样本（来自40名患者）
71	2025-05-22	Spatial proteomic landscape of primary and relapsed hepatocellular carcinoma reveals immune escape characteristics in early relapse 2025-May-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000979 PMID:38900411	research paper	该研究通过空间蛋白质组学技术揭示了原发性与复发性肝细胞癌的免疫逃逸特征	发现了与早期术后复发相关的树突状细胞新亚群(PDL1 + CD103 + DCs)，并揭示了其通过多种配体-受体途径增强免疫抑制和免疫逃逸的机制	样本量相对有限(46例患者)，且研究结果需要更大规模的队列验证	探究肝细胞癌术后复发的空间分子结构变化	46例接受手术切除治疗的原发性和复发性肝细胞癌患者的92个手术标本	digital pathology	liver cancer	imaging mass cytometry, single-cell RNA sequencing	NA	spatial proteomic data, single-cell RNA sequencing data	46例患者的92个手术标本中的358,729个单细胞
72	2025-05-22	Multi-Omics Biomarkers for Predicting Efficacy of Biologic and Small-Molecule Therapies in Adults With Inflammatory Bowel Disease: A Systematic Review 2025-May, United European gastroenterology journal IF:5.8Q1 DOI:10.1002/ueg2.12720 PMID:39656426	综述	本文系统回顾了用于预测炎症性肠病成人患者对生物制剂和小分子药物治疗效果的多组学生物标志物	特别强调了整合多组学数据集的模型的影响，并评估了对多种治疗干预反应可能具有不同影响的特定生物标志物	NA	推动精准医学领域的发展，通过生物标志物预测炎症性肠病治疗反应	炎症性肠病成人患者	精准医学	炎症性肠病	多组学方法（包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学和代谢组学）	整合多组学数据集的模型	多组学数据	NA
73	2025-05-22	A STT3A-dependent PD-L1 glycosylation modification mediated by GMPS drives tumor immune evasion in hepatocellular carcinoma 2025-May, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01432-0 PMID:39690246	研究论文	本文探讨了肝细胞癌（HCC）中GMPS通过调控PD-L1的糖基化修饰促进肿瘤免疫逃逸的机制	首次揭示了GMPS通过调节PD-L1的泛素化和糖基化修饰促进HCC免疫逃逸的分子机制，并验证了GMPS抑制剂angustmycin A的潜在治疗效果	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	探索HCC肿瘤快速生长和转移的调控机制，特别是免疫逃逸的分子基础	肝细胞癌（HCC）组织和CD8 T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	蛋白质组学分析、scRNA-Seq	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	NA
74	2025-05-22	Revealing VCAN as a Potential Common Diagnostic Biomarker of Renal Tubules and Glomerulus in Diabetic Kidney Disease Based on Machine Learning, Single-Cell Transcriptome Analysis and Mendelian Randomization 2025-May, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1 DOI:10.4093/dmj.2024.0233 PMID:39849979	research paper	该研究通过机器学习、单细胞转录组分析和孟德尔随机化方法，揭示了VCAN作为糖尿病肾病肾小管和肾小球共同诊断生物标志物的潜力	首次将VCAN鉴定为糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断标志物，并验证其与免疫基因上调和免疫细胞浸润的关联	未明确说明样本量大小及具体机器学习模型类型	寻找糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断生物标志物	糖尿病肾病患者的肾小球壁上皮细胞和近曲小管细胞	machine learning	diabetic kidney disease	single-cell transcriptome analysis, Mendelian randomization	NA	gene expression data	NA
75	2025-05-22	Microglial mechanisms drive amyloid-β clearance in immunized patients with Alzheimer's disease 2025-May, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03574-1 PMID:40050704	研究论文	本文利用空间转录组学探索了阿尔茨海默病（AD）患者中主动和被动Aβ免疫对大脑的影响，揭示了与Aβ清除相关的特定小胶质细胞状态	发现了空间上不同的小胶质细胞反应，揭示了TREM2和APOE在小胶质细胞中的上调与抗体反应和Aβ清除正相关，并展示了补体信号在脑髓样细胞中对Aβ清除的贡献	研究样本量未明确说明，且机制研究可能仅限于特定免疫疗法	探索Aβ免疫疗法在AD患者中驱动Aβ清除的机制	AD患者（免疫化和非免疫化）及神经健康对照	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明
76	2025-05-22	Clinical efficacy and chemoresistance analysis of precision neoadjuvant chemotherapy for borderline resectable pancreatic cancer: a prospective, single-arm pilot study 2025-May-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002342 PMID:40146255	研究论文	本研究评估了基于患者来源类器官（PDOs）的新辅助化疗（NAC）在临界可切除胰腺癌（BRPC）中的临床疗效和安全性	利用PDOs进行药物敏感性测试以调整NAC方案，并探索了吉西他滨耐药的潜在机制	单臂试点研究，样本量较小（19例患者）	评估PDOs指导的NAC在BRPC患者中的疗效和安全性，并探索吉西他滨耐药的分子机制	临界可切除胰腺癌（BRPC）患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq, 药物敏感性测试	NA	临床数据, 单细胞转录组数据	25例患者中19例符合条件
77	2025-05-22	KLRG1 identifies regulatory T cells with mitochondrial alterations that accumulate with aging 2025-May, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00855-9 PMID:40307497	研究论文	本文基于单细胞RNA测序数据，提出了一种流式细胞术面板，用于识别小鼠中与年龄相关的T细胞亚群，并评估了这些亚群的线粒体和衰老标志	发现了一类表达KLRG1的调节性T细胞亚群，该亚群随年龄增长在人类和小鼠中积累，并表现出线粒体改变等衰老特征	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	探究与年龄相关的T细胞亚群在衰老过程中的作用	CD4 T细胞亚群，特别是表达KLRG1的调节性T细胞	免疫学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞数据	人类和小鼠样本（具体数量未提及）
78	2025-05-22	Quasi-spatial single-cell transcriptome based on physical tissue properties defines early aging associated niche in liver 2025-May, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00857-7 PMID:40325195	research paper	该研究开发了一种名为FiNi-seq的方法，通过组织物理特性富集衰老相关纤维化微环境，并进行单细胞RNA测序和单核ATAC测序分析，以探索肝脏早期衰老相关微环境	开发了FiNi-seq方法，利用组织对酶消化的抵抗性选择性富集纤维化微环境，实现了准空间分析，并发现了Wif1和Smoc1产生的间充质细胞群体	衰老细胞群体在一般分析流程中常被忽视，因其稀缺性及当前组学工具包的技术偏差	探索衰老相关纤维化微环境的特征及其对组织微环境的影响	年轻和老年雄性小鼠的肝脏	digital pathology	geriatric disease	single-cell RNA sequencing, single-nuclei ATAC sequencing (ATAC-seq), fibrotic niche enrichment sequencing (FiNi-seq)	NA	RNA-seq, ATAC-seq	年轻和老年雄性小鼠的肝脏组织
79	2025-05-22	Inactivation of GSK3β by Ser389 phosphorylation prevents thymocyte necroptosis and impacts Tcr repertoire diversity 2025-May, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01441-z PMID:39779909	研究论文	本研究通过高分辨率单细胞RNA测序分析，揭示了GSK3β通过Ser389磷酸化失活对胸腺细胞坏死性凋亡的抑制作用及其对Tcr多样性的影响	发现了GSK3β通过Ser389磷酸化失活的新机制，该机制在胸腺细胞V(D)J重组过程中对细胞周期检查点和生存途径具有关键调控作用	研究仅在小鼠DN3和DN4胸腺细胞中进行，人类细胞中的适用性尚待验证	探究胸腺细胞在Tcrb和Tcra基因重组过程中的细胞周期检查点和生存机制	小鼠DN3和DN4胸腺细胞	分子生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	个体分选的小鼠DN3和DN4胸腺细胞
80	2025-05-22	Comprehensive Multi-Omics Analysis of Copper Metabolism Related Molecular Subtypes and Prognostic Risk Stratification in Colon Adenocarcinoma 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70591 PMID:40391581	research paper	该研究通过多组学分析，识别了与结肠腺癌预后相关的铜代谢相关基因，并构建了风险模型，探讨了其在肿瘤微环境中的作用及潜在治疗靶点	首次综合多组学方法研究铜代谢相关基因在结肠腺癌中的分子亚型及预后风险分层，并通过单细胞测序和体外实验验证了COX19基因的功能	研究主要基于TCGA和GEO数据库，样本来源可能存在偏倚，且体外实验结果需进一步体内验证	探究铜代谢相关基因在结肠腺癌预后中的作用及其潜在治疗价值	结肠腺癌(COAD)患者样本及细胞系	生物信息学与肿瘤学	结肠癌	多组学分析、单细胞测序、western blot、PCR、siRNA、集落形成实验、Transwell实验	风险预测模型	基因组数据、转录组数据、单细胞测序数据	TCGA和GEO数据库中的结肠腺癌样本