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当前共找到 33595 篇文献,本页显示第 81 - 100 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
81 2025-12-04
CBKMR: A Copula-based Bayesian Kernel Machine Regression Framework for Optimal Marker Detection in Omics Data
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种基于Copula的贝叶斯核机器回归框架,用于从组学数据中检测最优生物标志物 针对传统BKMR模型在处理离散结果变量时的不足,提出了CBKMR模型,它结合了适用于离散结果的边际分布和高斯Copula来捕捉观测间的核诱导依赖关系,并进一步引入了基于最近邻高斯过程的NNCBKMR变体以提升计算效率 NA 开发一个能够从高通量组学数据中识别紧凑、可解释的生物标志物集的统计框架 组学数据中的基因表达特征 机器学习 NA scRNA-seq 贝叶斯核机器回归,高斯过程,Copula模型 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
82 2025-12-04
sc4D: spatio-temporal single-cell transcriptomics analysis through embedded optimal transport identifies joint glial response to Alzheimer's disease pathology
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究提出了一个名为sc4D的生物可解释性时空分析框架,用于整合单细胞转录组数据,以揭示阿尔茨海默病中的细胞动态变化和预测潜在干预措施 开发了首个结合自编码器嵌入与最优传输的时空(4D)分析框架,能够联合建模疾病过程中的细胞状态、空间环境和时间动态,并预测可验证的干预策略 方法目前主要应用于小鼠模型数据,在人类样本中的适用性仍需验证;框架的计算复杂度可能较高 通过联合时空建模阐明疾病机制并预测能够改善细胞反应的候选干预措施 阿尔茨海默病小鼠模型的纵向空间转录组样本 单细胞转录组学 阿尔茨海默病 空间转录组学 自编码器(Autoencoder)与最优传输(Optimal Transport)结合模型 单细胞转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
83 2025-12-04
CDH3 as a Novel Therapeutic Target in Basal-like Double-Negative Prostate Cancer
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了CDH3在基底样(双阴性)前列腺癌中的关键作用,并评估了靶向CDH3的抗体药物偶联物和CAR T细胞疗法的临床前疗效 首次将CDH3确立为基底样前列腺癌的关键标志物和功能驱动因子,并开发了靶向CDH3的ADC和CAR T细胞两种新型治疗策略 研究主要基于临床前模型(小鼠模型和细胞系),尚未进行人体临床试验 阐明CDH3在基底样前列腺癌中的作用,并评估靶向CDH3的治疗策略 基底样(双阴性)前列腺癌 癌症生物学 前列腺癌 单细胞RNA测序,转录组分析,抗体药物偶联物,CAR T细胞 基因工程小鼠模型,异种移植模型 转录组数据,单细胞RNA测序数据 小鼠前列腺癌模型及人类前列腺癌数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
84 2025-12-04
Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Neutrophil Clusters Associated with Autoimmune Neuroinflammation
2025-Nov-19, Research square
研究论文 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了与自身免疫性神经炎症相关的嗜中性粒细胞簇,并探讨了SOCS蛋白缺失如何加剧实验性自身免疫性脑脊髓炎模型中的病理过程 首次在EAE模型中利用单细胞RNA测序技术系统性地揭示了嗜中性粒细胞在自身免疫性神经炎症中的异质性,并识别出Saa3/SAA1作为潜在的生物标志物和治疗靶点 研究主要基于小鼠模型,虽然发现了人类SAA1在MS患者血浆中升高,但直接临床转化仍需进一步验证 探究嗜中性粒细胞在自身免疫性神经炎症(特别是多发性硬化症)中的具体作用和分子机制 实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型小鼠的嗜中性粒细胞,以及多发性硬化症(MS)患者的血浆样本 数字病理学 多发性硬化症 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) NA RNA测序数据,蛋白质表达数据 包括SOCS蛋白缺失的小鼠模型(髓系细胞和嗜中性粒细胞特异性缺失)以及MS患者和健康对照的血浆样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
85 2025-12-04
Joint imputation and deconvolution of gene expression across spatial transcriptomics platforms
2025-Nov-17, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 本文介绍了一种名为SIID的算法,用于整合不同空间转录组学平台的数据,通过联合非负因子分解模型实现基因表达的插补和细胞类型表达特征的推断 SIID算法首次提出通过空间对齐和联合非负因子分解模型,从不同SRT技术的数据对中重建潜在的空间基因表达矩阵,实现了跨平台的数据整合与增强 算法性能依赖于不同SRT技术数据对的可用性和质量,且在实际应用中可能受限于特定组织类型或技术组合 开发一种算法以整合不同空间转录组学平台的数据,克服单个技术的局限性,实现基因表达插补和细胞类型解卷积 空间转录组学数据,特别是来自10x Genomics Visium和Xenium平台的人类乳腺癌和结肠癌组织数据 空间转录组学 乳腺癌, 结肠癌 空间转录组学技术 联合非负因子分解模型 基因表达数据 模拟和真实世界数据,包括人类乳腺癌和结肠癌组织 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium, 10x Xenium 10x Visium(全转录组测量,多细胞大小点),10x Xenium(数百个基因测量,亚细胞分辨率)
86 2025-12-04
stTransfer enables transfer of single-cell annotations to spatial transcriptomics with single-cell resolution
2025-Nov-17, Cell reports methods IF:4.3Q2
研究论文 本文提出了一种名为stTransfer的方法,通过整合单细胞RNA测序数据和空间转录组数据,利用图自编码器和迁移学习实现单细胞级别的细胞类型注释 stTransfer方法通过图自编码器和迁移学习最小化scRNA-seq与ST数据集间的信息传递损失,在准确性和鲁棒性上优于现有方法 未在摘要中明确说明 解决空间转录组技术中因检测灵敏度和基因覆盖度限制导致的单细胞级别细胞类型注释难题 斑胸草雀视顶盖的高精度Stereo-seq数据集中的神经元群体 空间转录组学 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 图自编码器, 迁移学习 基因表达数据 未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 Stereo-seq 高精度Stereo-seq
87 2025-12-04
Development of a single-cell derived MDSCs signature score for prognostic risk stratification and therapeutic decision guidance in breast cancer
2025-Nov-17, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过结合单细胞RNA测序与批量多组学数据,开发了一个基于单细胞来源的MDSCs特征基因的预后风险评分模型,用于乳腺癌的预后分层和治疗决策指导 首次系统性地表征了乳腺癌中新的MDSCs基因特征,并建立了一个具有多方面临床转化能力的MDSCs相关标志物评分框架,将MDSCs的基础生物学与精准肿瘤学联系起来 NA 开发一个基于MDSCs特征基因的预后风险评分模型,用于乳腺癌的预后风险分层和治疗决策指导 乳腺癌患者中的髓源性抑制细胞(MDSCs)及其特征基因 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq),批量多组学数据分析 机器学习方法 单细胞RNA测序数据,批量多组学数据 整合了单细胞数据集GSE161529和GSE176078,识别了12,767个MDSCs NA 单细胞RNA-seq NA NA
88 2025-12-04
CD301b lectin expression in the breast tumor microenvironment augments tumor growth
2025-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文探讨了CD301b凝集素在乳腺癌微环境中的表达如何促进肿瘤生长 首次将肿瘤糖基化与凝集素信号传导联系起来,揭示CD301b通过髓系细胞-肿瘤相互作用促进肿瘤进展 研究主要基于小鼠模型,人类数据有限,且机制细节需进一步验证 研究肿瘤糖基化与凝集素相互作用对乳腺癌进展的影响 小鼠三阴性乳腺癌模型及人类乳腺癌样本 肿瘤免疫学 乳腺癌 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
89 2025-12-04
GPR15 and CD38 define a subset of peripheral blood pathogenic effector Th2 cells associated with active eosinophilic esophagitis
2025-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术,识别了外周血中GPR15+ CD38+致病性效应Th2细胞亚群与活动性嗜酸性食管炎的关联 首次将外周血GPR15+致病性效应Th2细胞与食管组织中的对应细胞直接关联,并发现CD38表达上调可作为活动性疾病的标志,为非侵入性诊断提供了新靶点 样本量相对有限(外周血74例,活检17例;单细胞测序外周血27例,活检10例),且机制研究如环境暴露的具体因素需进一步探索 评估GPR15+致病性效应Th2细胞在嗜酸性食管炎发病机制中的作用及其作为疾病状态生物标志物的潜力 嗜酸性食管炎患者及对照者的外周血和食管活检样本 数字病理学 嗜酸性食管炎 单细胞RNA测序, 流式细胞术 NA 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 流式细胞术:74例外周血样本和17例活检样本;单细胞RNA测序:27例外周血样本和10例活检样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
90 2025-12-04
Comparative Single-Cell Transcriptomics Uncovers Shared and Distinct Molecular Signatures in Cystic Fibrosis and Primary Ciliary Dyskinesia
2025-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过比较单细胞转录组学分析,揭示了囊性纤维化和原发性纤毛运动障碍之间的共享和独特分子特征 首次使用预训练的transformer模型(scGPT)对整合数据集进行微调,并通过差异注意力分析识别两种疾病间注意力分数改变的基因和通路 研究依赖于公开可用数据及本团队数据,可能受样本来源和测序技术差异的影响 比较囊性纤维化和原发性纤毛运动障碍的细胞异质性、分子通路和基因网络差异 囊性纤维化和原发性纤毛运动障碍患者的呼吸道上皮细胞 自然语言处理 囊性纤维化和原发性纤毛运动障碍 单细胞RNA-seq transformer (scGPT) 转录组测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
91 2025-12-04
Analysis of clinical, single cell, and spatial data from the Human Tumor Atlas Network (HTAN) with massively distributed cloud-based queries
2025-Nov-17, Research square
研究论文 本文介绍了人类肿瘤图谱网络(HTAN)开发的基于云的基础设施,用于整合和分析大规模、多模态癌症数据 引入了基于来源的HTAN ID表以简化队列构建和跨检测整合,并创新性地将BigQuery地理空间功能应用于空间生物学,实现肿瘤微环境的邻域和相关性分析 未明确提及具体的技术或计算限制,可能依赖于云平台的可用性和成本 开发一个基于云的基础设施,以降低整合、探索和分析大规模多模态癌症数据的技术和计算障碍 人类肿瘤图谱网络(HTAN)生成的数据,包括单细胞转录组学、蛋白质组学、多重成像数据以及临床和检测元数据 机器学习和数据分析 癌症 单细胞转录组学、蛋白质组学、多重成像 NA 临床数据、单细胞数据、空间数据、元数据 NA Google 单细胞RNA-seq、空间转录组学 Google BigQuery 基于Google BigQuery的云基础设施,通过系统生物学研究所癌症云网关(ISB-CGC)托管
92 2025-12-04
Unified integration of spatial transcriptomics across platforms with LLOKI
2025-Nov-13, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 本文介绍了一种名为LLOKI的新型框架,用于整合不同平台的空间转录组学数据,无需共享基因面板 LLOKI通过特征对齐和批次对齐任务,利用最优传输引导的特征传播和scGPT模型,实现了跨平台空间转录组学数据的统一整合,无需共享基因面板 NA 解决跨平台空间转录组学数据整合的挑战,以促进对组织结构和细胞相互作用的深入理解 小鼠脑样本和卵巢癌数据集 空间转录组学 卵巢癌 空间转录组学 scGPT 空间转录组学数据 小鼠脑样本来自五种不同技术,以及五个卵巢癌数据集 NA 空间转录组学 NA NA
93 2025-12-04
Integrative analysis of single-cell and bulk transcriptome data reveals age-related immune cell alterations in primary glioblastoma associated with prognosis
2025-Nov-12, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据分析,揭示了原发性胶质母细胞瘤中与年龄相关的免疫细胞变化及其与预后的关联 首次系统比较了原发性与复发性胶质母细胞瘤中年龄相关的免疫细胞差异,并发现小胶质细胞在老年原发性患者中经历显著的细胞状态变化,其中HSPB1高表达与不良预后相关 研究样本量相对有限,单细胞数据仅来自25名患者,且主要依赖公共数据库数据,需要进一步实验验证 探究衰老如何影响胶质母细胞瘤进展,特别是年龄相关的免疫细胞变化在原发性与复发性肿瘤中的差异 胶质母细胞瘤患者(包括原发性和复发性)以及年轻和老年小鼠的异种移植模型 数字病理学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序,批量转录组分析,细胞间通讯分析,轨迹分析 NA 转录组数据,临床数据,基因组变异数据 13名原发性胶质母细胞瘤患者和12名复发性患者,共计88,908个细胞的单细胞数据;TCGA和CGGA数据库的批量数据;年轻和老年小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
94 2025-12-04
Label-free selection of marker genes in single-cell and spatial transcriptomics with geneCover
2025-Nov-12, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 本文提出了一种名为geneCover的无标记组合方法,用于从单细胞RNA测序和空间转录组学数据中选择最优的标记基因组合 开发了一种基于基因间相关性的无标记组合方法,能够有效识别稀有细胞类型和细微空间模式的标记基因,并具有优秀的大数据集扩展性 方法依赖于基因间相关性结构,可能对某些特定生物学场景的适应性有限 开发一种无标记的标记基因选择方法,以更好地捕获单细胞和空间转录组学数据中的细胞异质性和空间模式 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 组合优化方法 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
95 2025-12-04
Transcriptomic plasticity of cholinergic adipose macrophages in the acute thermogenic response
2025-Nov-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了小鼠皮下白色脂肪组织中胆碱能脂肪巨噬细胞在急性冷暴露下的转录组可塑性及其混合起源 首次在单细胞水平上全面解析了胆碱能脂肪巨噬细胞在急性冷暴露下的转录组动态变化,并揭示了其混合起源(成年骨髓和胚胎来源) 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;急性冷暴露的长期效应和具体机制仍需进一步探索 探究胆碱能脂肪巨噬细胞在急性产热反应中的转录组可塑性和细胞起源 小鼠皮下白色脂肪组织中的ChAT-eGFP+细胞(表达胆碱乙酰转移酶) 单细胞转录组学 代谢性疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确样本数量,但涉及热中性或急性冷暴露条件下的小鼠脂肪组织 未明确指定 单细胞RNA-seq 未明确指定 未明确指定
96 2025-12-04
Tumor microenvironment remodeling across thyroid cancer differentiation states revealed by spatial transcriptomics
2025-Nov-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 本研究利用空间转录组学技术揭示了甲状腺癌去分化过程中肿瘤微环境的动态重塑 首次在甲状腺癌不同分化状态中应用空间转录组学技术,系统揭示了去分化与免疫抑制性肿瘤微环境(特别是髓系细胞和CAFs增加)的空间关联,并识别了JAK-STAT和VEGF信号通路的激活 样本量较小(仅12例患者),需要更大队列研究验证结果;空间转录组学分辨率有限,可能无法完全解析细胞亚型异质性 探究甲状腺癌去分化过程中肿瘤微环境的动态变化及其与临床侵袭性的关系 甲状腺癌患者的肿瘤组织样本,包括分化型(PTC、FTC)和去分化型(PDTC、ATC) 数字病理学 甲状腺癌 空间转录组学、免疫组化、生物信息学分析(CellDART、PROGENy、REACTOME) NA 空间转录组数据、组织图像数据 12例甲状腺癌患者(涵盖PTC、FTC、PDTC、ATC亚型)的FFPE肿瘤组织 10x Genomics 空间转录组学 Visium CytAssist Visium CytAssist平台用于FFPE组织的空间转录组分析
97 2025-12-04
Partial Reprogramming in Senescent Schwann Cells Enhances Peripheral Nerve Regeneration via Restoration of Stress Granule Homeostasis
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究通过单细胞转录组学分析,揭示了衰老过程中雪旺细胞应激颗粒稳态失衡是导致周围神经再生受损的关键机制,并证明部分重编程可通过恢复该稳态来促进神经再生 首次发现Runx2雪旺细胞群在神经再生中的病理积累与应激颗粒稳态失衡相关,并证明部分重编程可通过恢复该稳态来逆转衰老相关的神经再生缺陷 研究主要基于大鼠模型,尚未在人类样本中得到验证;部分重编程的长期安全性和具体分子调控网络仍需进一步探索 探究部分重编程对衰老过程中周围神经再生的影响及其分子机制 年轻和衰老大鼠的坐骨神经损伤模型中的雪旺细胞 单细胞转录组学 周围神经损伤 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 年轻和衰老大鼠的坐骨神经样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
98 2025-12-04
Enhancer Reprogramming Reveals the Tumorigenic Role of PTPRZ1 in Lung Squamous Cell Carcinoma
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究通过整合多组学分析揭示了肺鳞状细胞癌中增强子驱动的转录网络,并识别出PTPRZ1-MDK轴作为关键的可靶向通路 首次通过整合ChIP-seq、bulk RNA-seq、单细胞ATAC/RNA-seq和空间转录组学等多组学数据,系统描绘了LUSC中的肿瘤特异性致癌增强子网络,并发现PTPRZ1-MDK轴在肿瘤发生中的关键作用 研究样本量相对有限(59对匹配样本),且主要基于体外和体内功能验证,临床转化应用仍需进一步探索 识别肺鳞状细胞癌的新型致癌驱动因子并解析其表观遗传调控机制 59对匹配的肺鳞状细胞癌肿瘤组织和邻近正常组织 数字病理学 肺癌 ChIP-seq, bulk RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA 基因组学数据、表观基因组学数据、转录组学数据、空间转录组数据 59对匹配的LUSC肿瘤和邻近正常组织 NA 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, ChIP-seq NA NA
99 2025-12-04
Spatial Transcriptomics Reveals Transcriptomic and Immune Microenvironment Reprogramming during Thyroid Carcinoma Dedifferentiation
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究利用空间转录组学技术揭示了甲状腺癌去分化过程中的转录组和免疫微环境重编程机制 首次在共存的不同分化程度甲状腺癌区域进行空间转录组测序,揭示了从分化型甲状腺癌向未分化型甲状腺癌逐步重编程的轨迹,并鉴定出PDCD4和TYMP等关键调控因子及其在诱导免疫抑制性肿瘤相关巨噬细胞形成中的作用 样本量较小(7例),且为回顾性研究,需要更大样本的前瞻性研究验证 阐明甲状腺癌去分化过程的分子机制和免疫微环境变化 甲状腺癌组织样本(包含未分化型、低分化型和分化型甲状腺癌共存区域) 空间转录组学 甲状腺癌 空间转录组测序、全外显子组测序、inferCNV分析、轨迹分析 NA 空间转录组数据、基因组数据 7个包含共存区域的样本 NA 空间转录组测序 NA NA
100 2025-12-04
Inhibition of Macrophage ARID3A Alleviates Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury After Heart Transplantation by Reducing THBS1/CD47 Signaling-Mediated Neutrophil Extracellular Traps Formation
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究探讨了巨噬细胞ARID3A在心脏移植后心肌缺血再灌注损伤中的作用,发现通过THBS1/CD47信号通路减少中性粒细胞胞外陷阱形成可缓解损伤 首次揭示了M1巨噬细胞通过THBS1/CD47轴促进NETs形成,并发现4-OI能特异性抑制巨噬细胞ARID3A,为治疗心肌缺血再灌注损伤提供了新靶点 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证,且具体信号通路的详细机制有待深入探索 探究心脏移植后心肌缺血再灌注损伤的分子机制,并寻找潜在治疗策略 巨噬细胞、中性粒细胞及其相互作用在心肌缺血再灌注损伤中的角色 单细胞组学 心血管疾病 单细胞RNA测序、分子对接分析 NA 单细胞转录组数据 使用髓系特异性ARID3A敲除小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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