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当前共找到 45803 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-11-13 |
Integrative multi-omics analysis identifies SLCO1B3 as a prognostic marker and functional oncogenic driver in head and neck squamous cell carcinoma
2026-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103088
PMID:42933147
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研究论文 | 该研究通过整合多组学数据，鉴定SLCO1B3为头颈部鳞状细胞癌的预后标志物及功能性致癌驱动因子 | 首次整合bulk转录组、单细胞RNA测序、hdWGCNA和空间转录组学等多组学方法，系统揭示SLCO1B3在HNSCC中维持干性和恶性表型的功能作用 | 体外功能实验仅使用SCC9细胞系，缺乏体内动物模型验证；SLCO1B3作为治疗靶点的临床转化潜力尚需进一步研究 | 探究脂质代谢相关转运蛋白SLCO1B3在头颈部鳞状细胞癌中的临床相关性和生物学功能 | 头颈部鳞状细胞癌患者样本及SCC9细胞系 | 数字病理学、机器学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | bulk转录组测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、hdWGCNA、体外功能缺失实验 | hdWGCNA、CytoTRACE、拟时序轨迹分析 | 转录组数据、图像、文本 | TCGA及多个独立队列的bulk转录组数据、单细胞RNA测序数据及空间转录组数据，以及SCC9细胞系体外实验 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 82 | 2026-11-13 |
Integrating single-cell and bulk RNA sequencing with ML algorithms identified MYBL2 as a candidate transcriptomic biomarker for diagnosing laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC)
2026-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103095
PMID:42966320
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研究论文 | 该研究整合单细胞和bulk RNA测序数据及机器学习算法，鉴定出MYBL2作为喉鳞状细胞癌诊断的候选转录组生物标志物 | 结合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和机器学习算法进行多队列整合分析，发现MYBL2作为LSCC的稳健诊断生物标志物，并揭示其与增殖程序和肿瘤微环境连接模式的关联 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 鉴定跨队列稳健一致的喉鳞状细胞癌生物标志物，并阐明其生物学作用 | 喉鳞状细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 喉鳞状细胞癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO回归 | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 83 | 2026-11-13 |
MANF promotes cell fitness and attenuates bortezomib sensitivity in multiple myeloma
2026-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103094
PMID:42966321
|
研究论文 | 该文通过分析公共CRISPR依赖性数据和MMRF CoMMpass队列，并结合单细胞RNA测序及体外功能实验，揭示MANF在多发性骨髓瘤中支持细胞适应性并调节硼替佐米敏感性 | 首次将MANF鉴定为多发性骨髓瘤优先依赖的候选基因，并系统阐明其在细胞增殖、细胞周期、IRE1α-XBP1s通路动态及硼替佐米敏感性中的作用 | 研究主要基于公共数据库和体外细胞系模型，缺乏体内动物实验和原代患者样本的功能验证，MANF依赖性机制尚未完全阐明 | 识别支持骨髓瘤细胞适应性的分子依赖，并探索复发难治性多发性骨髓瘤的潜在治疗脆弱性 | 多发性骨髓瘤细胞系RPMI-8226和OPM-2，以及MMRF CoMMpass队列中的多发性骨髓瘤患者数据 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | CRISPR依赖性分析、单细胞RNA测序、转录组测序、siRNA敲低、基因 rescue | NA | 文本、基因表达数据、图像 | MMRF CoMMpass队列患者样本及RPMI-8226和OPM-2两种细胞系 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 84 | 2026-11-13 |
Integrated bulk and single-cell transcriptomic analysis reveals inflammatory metabolic programs in pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103087
PMID:42971052
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研究论文 | 该研究整合批量与单细胞转录组数据，揭示胰腺导管腺癌中炎症相关的代谢转录程序 | 整合批量与单细胞转录组数据，系统评估犬尿氨酸、花生四烯酸、炎症小体和谷氨酰胺相关代谢模块在PDAC中的表达，并发现髓系细胞中活性最高 | 仅提供转录组学框架，缺乏代谢通量或临床效用的直接证据，需未来机制和多组学验证 | 表征胰腺导管腺癌中炎症相关的代谢程序 | 胰腺导管腺癌的原发和转移肿瘤组织及细胞 | 转录组学 | 胰腺癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR | NA | 转录组数据、基因表达数据 | 三个公共数据集：TCGA-PAAD批量RNA-seq、GSE62452组织微阵列（33,297个探针，60对匹配样本）、GSE154778单细胞RNA-seq（14,926个单细胞） | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2026-11-13 |
Molecular mechanism of microplastic intake promoting gastric epithelial cell carcinogenesis
2026-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103101
PMID:42981821
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研究论文 | 该研究探讨了微塑料摄入对胃上皮细胞癌变的影响及其分子机制 | 首次在胃癌和正常胃组织中鉴定出11种微塑料，并结合多组学分析揭示SDHA作为代谢调节因子的作用 | 需要进一步的功能研究来确定这些变化是否促进胃肿瘤进展 | 探索微塑料对胃上皮细胞癌变的影响和机制 | 胃组织样本（4例健康对照和4例胃癌患者）、GES-1细胞、裸鼠 | 数字病理学 | 胃癌 | 拉曼光谱、Py-GC/MS、蛋白质组学、代谢组学、单细胞测序、分子生物学技术 | NA | 图像、文本 | 8例胃组织样本（4例健康对照和4例胃癌患者）、GES-1细胞、裸鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 86 | 2026-11-13 |
scMINA: an interpretable workflow for paired scRNA-scATAC multiome integration and regulatory prioritization
2026-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqag140
PMID:43011234
|
研究论文 | 该文提出scMINA可解释工作流用于配对scRNA-seq和scATAC-seq多组学数据的整合与调控特征优先级分析 | 将多模态整合、技术协变量校正与基于可解释人工智能的归因策略相结合，实现细胞状态相关基因和转录因子的可解释优先级排序 | 仅在阿尔茨海默病脑细胞图谱数据上验证，未在更多疾病或数据集中评估，监管推断的可解释性仍有限 | 解决配对单细胞多组学数据分析中的模态特异技术变异、整合复杂性和下游调控推断可解释性不足的问题 | 配对scRNA-seq和scATAC-seq单细胞多组学数据，以及阿尔茨海默病脑细胞图谱中的胶质细胞群体 | 单细胞多组学分析 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq, scATAC-seq | 可解释人工智能归因模型 | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, single-cell multi-omics | NA | NA |
| 87 | 2026-11-13 |
Integrated Short-and Long-Read Single-Cell Sequencing Reveals Cellular Heterogeneity and Isoform Diversity During Ovarian Development in Baoshan Pigs
2026-Nov-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202604384R
PMID:43018425
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研究论文 | 该研究整合Illumina短读长和Oxford Nanopore长读长单细胞RNA测序技术，对保山猪1、3、5、8月龄卵巢组织进行测序分析，揭示了卵巢发育过程中的细胞异质性和转录本异构体多样性 | 首次整合短读长和长读长单细胞测序技术对保山猪卵巢发育进行全转录组分析，鉴定了大量非冗余异构体和可变剪接事件，揭示了卵巢发育过程中细胞组成和信号传导的动态变化 | 研究仅涉及保山猪单一品种，样本时间点有限（4个发育阶段），未进行功能验证实验，长读长单细胞测序的细胞通量相对较低 | 构建保山猪卵巢发育的综合转录组图谱，解析卵巢发育过程中的细胞动态、细胞间通讯和转录本异构体多样性 | 保山猪卵巢组织 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序，短读长测序，长读长测序 | NA | 单细胞转录组数据，图像 | 24,646个高质量单细胞，来自保山猪1、3、5、8月龄共4个发育阶段的卵巢组织 | Illumina, Oxford Nanopore Technologies | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 88 | 2026-11-13 |
Correlative insights into luteolin regulating the macrophage-p53-CCNB1/CDK1 axis associated with cell-cycle control in hepatocellular carcinoma
2026-Nov-26, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.154768
PMID:42950621
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研究论文 | 本文结合生物信息学、转录组富集分析、免疫浸润评估和单细胞测序，研究木犀草素通过调控巨噬细胞极化并经p53-CCNB1/CDK1轴影响肝细胞癌细胞周期的作用机制 | 揭示木犀草素通过逆转M2型巨噬细胞极化、下调IL-10/TGF-β1、经ATM依赖的p53磷酸化恢复p53功能，进而抑制CCNB1/CDK1复合物活性并诱导G2/M期阻滞和细胞衰老的新机制 | 巨噬细胞极化状态与p53功能之间的因果方向、木犀草素的主要细胞靶点、巨噬细胞极化的蛋白水平表型验证、CCNB1/CDK1抑制的p53依赖性以及免疫逃逸的直接实验证据仍有待阐明 | 阐明木犀草素在肝细胞癌演进中的干预作用，并揭示巨噬细胞极化通过p53信号通路影响该过程的机制 | 肝细胞癌、肿瘤相关巨噬细胞、木犀草素 | 数字病理, 机器学习 | 肝癌 | 单细胞测序, 生物信息学分析, 转录组富集分析, 免疫浸润评估 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 89 | 2026-11-13 |
LCK regulates apoptosis and intercellular communication networks in neuroblastoma
2026-Nov-26, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.154777
PMID:42956699
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研究论文 | 本研究探讨了神经母细胞瘤中LCK在阿霉素治疗后的表达变化、与阿霉素的分子对接及其在肿瘤免疫微环境中的作用 | 首次结合单细胞转录组学、CellChat细胞通讯分析和分子对接，揭示LCK在神经母细胞瘤凋亡调控和细胞间通讯网络中的潜在作用 | 研究主要基于计算和转录数据分析，缺乏实验验证来确立LCK的功能作用 | 探究LCK在神经母细胞瘤中的表达变化、与阿霉素的相互作用及其在肿瘤免疫微环境中的角色 | 神经母细胞瘤细胞及患者样本（对照、非转移性和转移性样本） | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞转录组学、分子对接 | CellChat | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 90 | 2026-11-13 |
Single-cell profiling of the duodenum during chronic human norovirus infection
2026-Nov-13, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aej2676
PMID:43013651
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研究论文 | 该研究对慢性诺如病毒感染者的十二指肠活检组织和匹配的干细胞衍生肠样组织进行了单细胞RNA测序，揭示了病毒的细胞嗜性及免疫反应失调 | 首次在单细胞水平上对慢性人诺如病毒感染者的十二指肠进行转录组分析，发现病毒RNA存在于多种细胞类型中，尤其是M2巨噬细胞和晚期肠上皮细胞，并揭示了固有免疫和适应性免疫反应的显著失调 | 样本量有限，仅来自免疫缺陷个体，可能无法完全代表免疫正常人群的感染情况；体外肠样组织与体内环境存在差异 | 阐明慢性人诺如病毒感染的发病机制，特别是病毒的细胞嗜性和宿主免疫反应 | 免疫缺陷个体的十二指肠活检组织和匹配的干细胞衍生肠样组织 | 单细胞转录组学 | 诺如病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 91 | 2026-11-13 |
TREM2+ Macrophages Promote Immune Evasion in Endometriosis Through BAG3-Associated Regulation of CD8+ T Cell Autophagy
2026-Nov-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.78385
PMID:43016249
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研究论文 | 结合单细胞RNA测序、TREM2敲除小鼠模型及共培养实验，揭示TREM2+巨噬细胞通过SPP1-CD44通讯和BAG3相关自噬调控介导子宫内膜异位症中CD8+ T细胞免疫逃逸 | 首次鉴定TREM2+巨噬细胞为子宫内膜异位症中富集的免疫调节亚群，并揭示其通过BAG3相关自噬调控CD8+ T细胞功能的机制，提出TREM2作为非激素治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本量有限（11例），尚需更大规模临床验证及体内特异性靶向干预研究 | 探究子宫内膜异位症中特定巨噬细胞亚群在局部免疫功能障碍中的作用及机制 | 子宫内膜异位症临床样本及TREM2敲除小鼠模型中的巨噬细胞、CD8+ T细胞和NK细胞 | 单细胞组学、免疫学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序、基因敲除、共培养实验、药理干预 | NA | 单细胞转录组数据、文本 | 11例临床样本及TREM2敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2026-11-13 |
Deep learning-based enhancing spatial biological context parsing
2026-Nov-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag829
PMID:43016319
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研究论文 | 开发了一个基于多视角图自编码器的深度学习框架CroSP，整合基因表达、空间位置和组织形态信息，用于空间转录组数据的空间域识别和生物学背景解析 | 提出多视角图自编码器框架，结合跨视角对比学习和度量学习协调互补视角，整合基因表达、空间位置和组织形态三类信息获得低维潜在表示 | 摘要中未明确说明该方法的局限性 | 解决空间转录组数据中噪声和数据异质性带来的空间关系和组织结构表征困难问题，提升空间生物学背景解析能力 | 空间转录组数据，包括脑组织、嗅球结构和人类乳腺癌组织 | 空间转录组学、深度学习 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 多视角图自编码器 | 基因表达谱、空间位置、组织形态学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 涉及多个平台和不同空间分辨率的数据集 |
| 93 | 2026-11-13 |
Endothelial IFI16 drives vasculopathy and profibrotic remodeling in systemic sclerosis by activating JAK/STAT signaling
2026-Nov-12, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keag626
PMID:43016348
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研究论文 | 该研究通过机器学习筛选公共bulk RNA-seq数据，发现IFI16是系统性硬化症中连接I型干扰素信号与血管病变及纤维化的内皮细胞关键介质 | 首次将IFI16鉴定为系统性硬化症中连接IFN-I信号与血管病变和纤维化重塑的内皮细胞介质，并揭示其通过激活JAK-STAT信号驱动内皮-间质转化 | 主要基于公共转录组数据的生物信息学分析和体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证和临床干预试验证据 | 识别连接I型干扰素特征与纤维化的上游驱动因子，阐明IFI16在系统性硬化症血管病变和纤维化重塑中的作用机制 | 系统性硬化症患者皮肤组织样本及内皮细胞 | 数字病理学 | 系统性硬化症 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫荧光, 机器学习 | 机器学习模型, CNN | 文本, 图像 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 94 | 2026-11-13 |
A viral replication level-dependent continuum of transcriptional and microRNA reprogramming in HIV-1-infected microglia links productive infection to neurocognitive-associated gene networks
2026-Nov-12, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.02365-26
PMID:43018280
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研究论文 | 该研究通过对HIV-1感染的C20小胶质细胞进行单细胞RNA测序，揭示了病毒复制水平依赖的转录和microRNA重编程连续谱，并将生产性感染与神经认知相关基因网络联系起来 | 首次根据HIV-1剪接连接支持读段将感染小胶质细胞分为低感染和高感染组，揭示了梯度而非二元的宿主转录响应；开发并公开了用于该量化的计算流程；整合差异表达的miRNA和基因，揭示了miRNA/mRNA调控网络；在iPSC来源的小胶质细胞中验证了主要发现 | 研究主要基于永生化C20小胶质细胞系，虽然用iPSC来源的小胶质细胞验证了大部分发现，但细胞周期/有丝分裂特征未能在iPSC来源的小胶质细胞中重现；样本量未明确说明；机制研究仍为相关性分析，需要进一步功能验证 | 探究HIV-1生产性感染水平如何塑造小胶质细胞的宿主转录和miRNA响应，并识别与神经认知障碍相关的基因网络 | HIV-1感染的C20小胶质细胞系和iPSC来源的小胶质细胞 | 单细胞转录组学、神经免疫学、病毒学 | HIV相关神经认知障碍 | 单细胞RNA测序、miRNA测序、生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据、miRNA表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2026-11-13 |
Perivascular epithelial remodeling is reflected in circulating cfDNA methylation signals as detection markers for early esophageal tumorigenesis
2026-Nov-12, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-26-0691
PMID:43018467
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研究论文 | 本研究开发了一种基于循环游离DNA（cfDNA）甲基化的方法来检测早期食管鳞状细胞癌（ESCC）及癌前病变，并在社区筛查中验证了其性能 | 揭示了HGIN阶段的早期表观遗传重编程，并通过空间和单细胞RNA测序发现血管周围上皮细胞重塑，其甲基化特征可在cfDNA中检测到，据此开发了11基因cfDNA甲基化面板 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 开发非侵入性生物标志物用于早期食管鳞状细胞癌及癌前病变的检测 | 食管鳞状细胞癌（ESCC）及高级别上皮内瘤变（HGIN）患者 | 数字病理学 | 食管癌 | DNA甲基化测序，空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | cfDNA甲基化数据，空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 前瞻性社区筛查队列及三个回顾性病例对照集和一个独立筛查来源的病例对照集，具体样本量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学，bulk DNA甲基化测序 | NA | NA |
| 96 | 2026-11-13 |
Disease-associated loci share properties with response eQTLs under common environmental exposures
2026-Nov-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2026.101383
PMID:42810334
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研究论文 | 该研究将51个人诱导多能干细胞系的异质性分化培养物暴露于尼古丁、咖啡因或乙醇，并通过单细胞RNA测序分析140万个细胞，鉴定响应性eQTL并比较其与疾病相关位点的特性 | 首次在多种环境暴露（尼古丁、咖啡因、乙醇）和多种细胞类型及分化轨迹下系统鉴定响应性eQTL，发现响应性eQTL与疾病风险位点共享特性（富集于远端增强子、调控受强选择约束的基因、具有复杂调控景观），且能解释基线稳态eQTL无法解释的疾病相关位点 | 研究仅涉及三种环境暴露，可能未覆盖其他重要环境因素；体外分化培养模型可能无法完全反映体内复杂环境；未在独立人群中验证响应性eQTL的普适性 | 探究不同环境和细胞背景下的基因调控，鉴定响应性eQTL并解析其与疾病相关遗传变异的关联 | 51个人诱导多能干细胞系的异质性分化培养细胞 | 基因组学、遗传学 | NA | 单细胞RNA测序 | eQTL分析、基因型-表达关联分析 | 单细胞转录组数据、基因型数据 | 51个人诱导多能干细胞系，约140万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 97 | 2026-11-13 |
Single-cell transcriptome analysis reveals onco-fetal reprogramming with implications for drug resistance and clinical outcome
2026-Nov-11, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281292.125
PMID:42855278
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研究论文 | 该研究开发了一个计算流程，利用多种癌症的胎儿和肿瘤单细胞转录组数据系统识别癌胎（OF）细胞，并揭示其与干性、耐药和不良预后相关。 | 开发了系统识别癌胎细胞的稳健计算流程，发现OF细胞具有干性特征，核心转录因子协同作用，损害B细胞功能，并证实OF细胞丰度高导致耐药和复发，泛癌分析表明OF细胞标志物普遍预示不良预后。 | 摘要中未明确提及研究的局限性。 | 系统识别癌胎细胞，并探究其在肿瘤进展、耐药和临床预后中的作用。 | 多种癌症类型的胎儿和肿瘤组织单细胞转录组数据。 | 数字病理学 | 泛癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2026-11-13 |
Single-cell transcriptomic analysis of macrophage heterogeneity and tumor-associated candidate genes in prostate cancer
2026-Nov-11, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-026-13077-y
PMID:43013178
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研究论文 | 该研究通过对前列腺癌患者肿瘤和癌旁正常组织进行单细胞转录组测序，分析肿瘤相关巨噬细胞的异质性并鉴定候选基因 | 识别出一个肿瘤富集的晚期假时间巨噬细胞亚群，该亚群具有活跃的NF-κB信号、升高的炎性细胞因子（IL1B、TNF）以及增强的CCL3、TNF和SPP1细胞间信号传导，并通过hdWGCNA鉴定出三个疾病相关候选基因（CALU、ARID1B、MARF1） | 公共队列验证显示单细胞诊断能力有限（AUC约0.5-0.6），需要更大规模队列评估；全面的亚群特征和功能因果验证仍有待进行；候选基因的生物标志物潜力仅为初步结果 | 表征前列腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性，并鉴定与疾病相关的候选基因 | 六名前列腺癌患者的肿瘤组织和癌旁正常组织 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 单细胞转录组数据 | 8个组织样本（肿瘤n=5，癌旁正常n=3），来自6名前列腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 99 | 2026-11-13 |
Albumin-bound paclitaxel-induced stromal reprogramming drives resistance to neoadjuvant chemotherapy in patients with pancreatic cancer
2026-Nov-11, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aee4086
PMID:43013678
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示白蛋白结合型紫杉醇联合吉西他滨（AG）新辅助化疗诱导胰腺癌相关成纤维细胞（CAF）从myCAF向iCAF转化，并鉴定出TMEM100+CAF亚群通过AREG-EGFR轴介导化疗耐药 | 首次发现AG化疗诱导CAF表型转换（myCAF→iCAF），鉴定出既往未报道的TMEM100+CAF亚群，并阐明白蛋白结合型紫杉醇通过IL-2-STAT5信号驱动TMEM100表达、TMEM100+CAF通过旁分泌AREG激活肿瘤EGFR信号介导耐药的机制 | 摘要未明确说明，机制验证主要基于小鼠模型，TMEM100+CAF作为治疗靶点的临床转化仍需进一步验证 | 探究新辅助AG化疗如何重塑胰腺导管腺癌肿瘤间质，以及继发性耐药的潜在机制 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者的肿瘤组织及小鼠模型 | 单细胞转录组学、肿瘤微环境、肿瘤耐药 | 胰腺癌 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据、文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 100 | 2026-11-13 |
Sphinx: An R package for adaptive spatial neighborhood modeling and functional analysis in spatial omics
2026-Nov-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014954
PMID:43013687
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研究论文 | 开发了一个名为Sphinx的R包，用于空间蛋白质组学数据的预处理、细胞注释、自适应空间邻域建模和功能分析 | 引入了由空间统计指标引导的自适应参数选择框架，并针对大规模数据集进行了计算优化，实现了稳健的邻域建模 | 主要针对空间蛋白质组学数据开发，对转录组学数据的适用性有限；仅在肺腺癌、结直肠癌和小鼠脾脏数据集上进行了验证 | 为空间蛋白质组学提供全面的分析工作流，包括预处理、细胞注释、自适应空间邻域建模和功能表征 | 肺腺癌、结直肠癌和小鼠脾脏的空间蛋白质组学数据集，以及配对的高分辨率空间转录组学数据集 | 空间组学 | 肺腺癌, 结直肠癌 | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | 空间蛋白质组学数据, 空间转录组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |