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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-03-29 |
Exploring the human brain: spatial transcriptomics challenges and approaches in post-mortem analysis
2026-Mar-05, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awaf452
PMID:41349001
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综述 | 本文回顾了空间转录组学技术在人类大脑研究中的应用、挑战与机遇 | 系统比较了空间转录组学工具,并总结了其在人类大脑研究中的具体应用,为研究人员提供了应对复杂器官分析挑战的指南 | NA | 探讨空间转录组学在人类大脑研究中的挑战与机遇 | 人类大脑 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 空间转录组学 | NA | mRNA表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 82 | 2026-03-29 |
Somatic gene mutations in the motor cortex of patients with sporadic amyotrophic lateral sclerosis
2026-Mar-05, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awaf460
PMID:41378777
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研究论文 | 本研究通过分析散发性肌萎缩侧索硬化症(sALS)患者尸检组织中的DNA和单细胞RNA测序数据,探索了体细胞嵌合变异在sALS中的作用 | 首次在sALS患者运动皮层中鉴定出低等位基因频率的体细胞突变,特别是在兴奋性神经元中,并发现体细胞FUS p.E516X变异导致核质错误定位和聚集,支持神经元自主性疾病起始假说 | 研究基于尸检组织,可能无法完全反映疾病早期过程;样本量相对有限;单细胞RNA测序数据可能受技术噪音影响 | 探究体细胞嵌合变异在散发性肌萎缩侧索硬化症(sALS)发病机制中的作用 | 散发性肌萎缩侧索硬化症(sALS)患者的尸检运动皮层组织 | 数字病理学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 深度靶向panel测序, 单细胞RNA测序 | NA | DNA测序数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 83 | 2026-03-29 |
CNS-resident B cells develop locally into a pro-inflammatory age-associated phenotype during aging and after stroke
2026-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.02.709112
PMID:41847014
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术,揭示了衰老和脑卒中后中枢神经系统内B细胞亚群的局部发育及其促炎性年龄相关表型 | 首次在小鼠和人类中鉴定出中枢神经系统内独特的B1b祖细胞池,并发现其可局部发育为具有保守炎症特征的年龄相关B细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本为尸检组织,可能无法完全反映活体动态过程 | 阐明衰老和脑卒中后中枢神经系统内B细胞亚群的组成、发育轨迹及其免疫表型变化 | 老年雄性和雌性小鼠的未损伤及脑卒中后脑组织,以及老年人类尸检脑实质组织 | 单细胞组学 | 脑卒中 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, B细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, B细胞受体序列数据 | 老年小鼠的脑组织样本及老年人类尸检脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 84 | 2026-03-29 |
The role of OSM/OSMRβ axis in shaping the tumor microenvironment favoring MASLD-related HCC immune evasion
2026-Mar-04, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001733
PMID:41779954
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研究论文 | 本研究探讨了OSM/OSMRβ轴通过促进肿瘤细胞产生CCL15,从而在MASH相关HCC中塑造免疫抑制性肿瘤微环境的作用 | 揭示了OSM/OSMRβ轴在MASH-HCC中通过自分泌信号促进CCL15产生并驱动免疫抑制微环境的新机制,为HCC治疗提供了潜在靶点 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系实验,人类样本验证仍需扩大;混合病因的TCGA数据分析可能引入混杂因素 | 探究OSM/OSMRβ轴在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)进展为肝细胞癌(HCC)过程中对免疫抑制性肿瘤微环境的塑造作用 | MASLD/MASH患者(伴或不伴HCC)、野生型和肝细胞特异性OSMRβ缺陷小鼠的MASH相关HCC、肝癌细胞系(HepG2, Huh7)及免疫细胞系(THP-1) | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、体外共培养实验、转录组分析、磷酸化检测 | 基因敲除小鼠模型、细胞共培养模型 | 转录组数据、单细胞RNA-seq数据、临床样本数据 | 人类MASLD/MASH患者队列、TCGA数据库HCC患者数据、野生型及hOSMRβ-/-小鼠模型、肝癌及免疫细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2026-03-29 |
Class A scavenger receptors promote tumor progression and induce a unique macrophage phenotype in a mouse model of spontaneous breast cancer
2026-Mar-03, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiag026
PMID:41749430
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研究论文 | 本研究通过小鼠自发性乳腺癌模型,探讨了A类清道夫受体(SR-A)在肿瘤进展中的作用及其对肿瘤相关巨噬细胞表型的影响 | 首次在自发性乳腺癌模型中证实SR-A缺失可延缓肿瘤发生并减少肺转移,发现SR-A可与乳腺癌细胞表面聚糖结合,并通过单细胞RNA测序鉴定出具有高精氨酸酶1基因表达的独特SR-A依赖性TAM亚群 | 研究基于小鼠模型,其在人类乳腺癌中的直接相关性仍需进一步验证,SR-A的具体信号通路和下游效应分子尚未完全阐明 | 评估成纤维细胞激活蛋白酶(FAP)和SR-A在乳腺癌进展中的作用,特别是SR-A对肿瘤相关巨噬细胞表型及肿瘤微环境的影响 | 自发性乳腺癌小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞和乳腺癌细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,通路分析 | NA | 基因表达数据,流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 86 | 2026-03-29 |
From Immunobiology to Clinical Application: Tumor-Infiltrating Lymphocytes in Melanoma
2026-Mar-03, Journal of personalized medicine
IF:3.0Q1
DOI:10.3390/jpm16030147
PMID:41893014
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综述 | 本文综述了肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)在黑色素瘤中的生物学作用、预后预测价值以及基于TIL的过继细胞疗法(TIL-ACT)的临床应用 | 整合了TIL生物学、预后标志物及TIL-ACT在晚期黑色素瘤治疗中的最新进展,并强调了患者、肿瘤和TIL产品相关因素对疗效的影响 | 作为叙述性综述,可能未涵盖所有最新研究,且TIL-ACT的副作用和制造效率仍是挑战 | 探讨TILs在黑色素瘤免疫反应中的作用及其在过继细胞疗法中的临床应用 | 黑色素瘤患者及其肿瘤微环境中的TILs | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 87 | 2026-03-29 |
Atlas-guided discovery of transcription factors for T cell programming
2026-Mar, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09989-7
PMID:41639465
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组和表观遗传数据构建了CD8 T细胞状态的综合图谱,并利用CRISPR筛选结合单细胞RNA测序技术,发现了调控T细胞分化的关键转录因子 | 构建了首个整合多组学数据的CD8 T细胞状态图谱,并通过体内Perturb-seq技术系统性鉴定出调控T细胞分化的新型转录因子 | 研究主要聚焦于CD8 T细胞,未涉及其他免疫细胞类型;体内筛选模型可能无法完全模拟人类肿瘤微环境 | 系统鉴定调控CD8 T细胞分化的转录因子,为细胞免疫疗法提供新靶点 | CD8 T细胞的九种分化状态,特别是终末耗竭T细胞和组织驻留记忆T细胞 | 单细胞组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,表观遗传分析,CRISPR筛选 | NA | 转录组数据,表观遗传数据 | 涵盖九种CD8 T细胞状态 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 体内Perturb-seq(CRISPR筛选整合单细胞RNA测序) |
| 88 | 2026-03-29 |
Spatiotemporal transcriptomic profiling reveals upregulation of glycolysis pathway genes before overt tauopathy in the PS19 mouse model
2026-Mar, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-026-01652-z
PMID:41688738
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研究论文 | 本研究利用PS19小鼠模型,通过空间转录组分析揭示了在tau蛋白病明显病变前,海马CA3区糖酵解通路基因的早期上调,强调了代谢应激和胶质细胞激活在tau蛋白病及区域易感性中的作用 | 首次在PS19小鼠模型中,通过空间转录组学技术,在可检测的tau缠结病理出现前(2月龄)发现了海马CA3区糖酵解通路基因(如Pgk1)的早期上调,并揭示了区域特异性、时间动态的转录模式 | 研究基于转基因小鼠模型,其结果向人类疾病的直接转化可能存在限制;空间转录组分析可能受限于分辨率,未能解析单细胞水平的异质性 | 探究tau蛋白病进展中区域易感性与tau蛋白驱动的转录组变化之间的关系,特别是代谢失调的早期作用 | PS19转基因小鼠(tau P301S模型)的海马和皮质区域 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | PS19小鼠模型在选定疾病阶段的海马和皮质区域样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 89 | 2026-03-29 |
Early-activated extracellular matrix proteins shape the metabolic and spatial dynamics of the kidney fibrotic microenvironment
2026-Mar, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-026-01458-3
PMID:41776110
|
研究论文 | 本研究揭示了ECM1作为肾脏纤维化早期调控因子,通过整合素α2β1-RhoC轴调控YAP活性,进而影响线粒体氧化磷酸化,从而塑造肾脏纤维化微环境的代谢与空间动态 | 首次发现ECM1是肾脏重塑的早期调控因子,并阐明其通过整合素α2β1-RhoC-YAP-TEAD4-Pgc1a信号轴调控线粒体代谢重编程,从而对抗纤维化进展的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步开展;ECM1在不同细胞类型中的特异性作用机制有待深入解析 | 探究早期激活的细胞外基质蛋白在肾脏纤维化微环境形成中的作用机制 | 小鼠肾脏组织、成纤维细胞、肾小管细胞 | 空间组学 | 慢性肾脏病 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、AAV9介导的基因敲低、条件性基因敲除 | 基因敲除小鼠模型 | 空间转录组数据、空间蛋白质组数据、组织学图像 | 全球性Ecm1敲除小鼠及成纤维细胞特异性敲除小鼠 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 90 | 2026-03-29 |
A brain-gut excitatory peptide/CCHamide homolog regulates satiation and motivational state transitions in the Aplysia feeding circuit
2026-Mar, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2026.111257
PMID:41654135
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研究论文 | 本研究在软体动物海兔中鉴定了EP/CCHa同源肽及其受体,揭示了该脑-肠肽作为饱食信号调控摄食动机状态转换的机制 | 首次在海兔中鉴定出EP/CCHa同源肽及其两个受体,发现其中一个受体意外地与节肢动物受体聚类,揭示了该肽通过特定中枢模式发生器中间神经元调控摄食动机状态转换的新机制 | 研究主要在海兔模型中进行,其发现是否适用于其他物种仍需进一步验证 | 探究EP/CCHa信号通路在摄食回路中的调控机制 | 海兔(Aplysia)的摄食回路及相关神经元 | 神经科学 | NA | 质谱分析、原位杂交、免疫组化、单细胞RNA测序 | NA | 分子数据、细胞数据、行为数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 91 | 2026-03-29 |
Lipid-dependent accrual of a subset of monocyte-derived macrophages is essential for tissue regeneration
2026-Mar, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-026-01480-5
PMID:41814078
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研究论文 | 本研究揭示了一种脂质依赖性的单核细胞来源巨噬细胞亚群在肝脏损伤后组织再生中的关键作用 | 首次发现并表征了具有高脂质含量和强炎症反应的“脂质炎症性单核来源巨噬细胞”亚群,阐明其通过CD36-神经酰胺-IRE1α-XBP1-IL-6信号轴调控肝脏再生的新机制 | 研究主要聚焦于肝脏再生模型,在其他组织或疾病模型中的普适性有待验证;机制研究尚未完全解析脂质代谢与炎症信号整合的具体分子细节 | 探究肝脏损伤后免疫反应与代谢重编程如何协同调控肝细胞增殖和组织再生 | 小鼠肝脏损伤模型中的单核细胞来源巨噬细胞亚群、肝细胞 | 免疫代谢学 | 肝脏疾病 | 单细胞转录组学、定量脂质组学、多组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、脂质组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2026-03-29 |
Defining the vascular niche of human adipose tissue across metabolic states
2026-Mar, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-026-01475-2
PMID:41820564
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了人类皮下脂肪组织中血管系统的细胞异质性及其在肥胖和2型糖尿病中的变化 | 首次在人类脂肪组织中系统描绘了血管细胞的单细胞图谱,并发现了一个具有内皮、间充质、脂肪细胞和免疫转录特征的独特内皮细胞亚群 | 研究仅针对皮下脂肪组织,未涉及内脏脂肪等其他脂肪类型;样本量相对有限(65名个体) | 阐明人类脂肪组织血管微环境的细胞组成及其在代谢状态变化中的作用 | 人类皮下脂肪组织中的血管细胞 | 单细胞组学 | 肥胖、2型糖尿病 | 单细胞RNA测序、全组织成像、计算分析 | NA | 单细胞转录组数据、成像数据 | 65名个体的近70,000个血管细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2026-03-29 |
A benchmark of semi-supervised scRNA-seq integration methods in real-world scenarios
2026-Mar, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014008
PMID:41838767
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研究论文 | 本文首次在真实场景下系统性地评估了半监督单细胞RNA测序整合方法,并与无监督方法进行了比较 | 首次在真实条件下系统比较半监督与无监督单细胞RNA测序整合方法,并考虑了多种不完美标签场景 | 研究显示当前半监督方法在标签质量不确定时实际优势有限,且没有方法能始终优于最强的无监督方法 | 评估半监督单细胞RNA测序整合方法在真实场景下的性能与鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据整合方法 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | scANVI, ssSTACAS | 单细胞RNA测序数据 | 六个不同数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2026-03-29 |
Single-cell profiling of HDAC inhibitor-induced EBV lytic heterogeneity defines abortive and refractory states in B lymphoblasts
2026-Mar, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013610
PMID:41871169
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了HDAC抑制剂在EBV阳性B淋巴母细胞中诱导的裂解异质性,定义了流产和耐药状态 | 首次在单细胞水平上揭示了HDAC抑制剂诱导EBV裂解复制的异质性,并识别了NF-κB和CD137/CD137L信号轴在阻止成功裂解复制中的作用 | 研究仅基于四种EBV阳性细胞系,未涉及体内模型或患者样本,可能限制了结果的普适性 | 探究HDAC抑制剂在EBV相关恶性肿瘤中诱导裂解复制的机制,并识别影响治疗反应的宿主因素 | 四种EBV阳性细胞系:P3HR1-ZHT BL、Jijoye BL、IBL-1免疫母细胞淋巴瘤和新生感染衍生的淋巴母细胞样细胞系 | 单细胞组学 | EBV相关恶性肿瘤(如伯基特淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、鼻咽癌、胃癌) | 单细胞RNA测序,Cas9-RNP功能验证 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 四种EBV阳性细胞系,具体单细胞数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2026-03-29 |
Computational framework for therapeutic target discovery via perturbation simulation: application to cystic fibrosis airway disease
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag129
PMID:41883030
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研究论文 | 本文提出了一种整合单细胞转录组学、加权基因共表达网络分析和计算扰动模拟的计算框架,用于系统性发现治疗靶点,并以囊性纤维化气道疾病为例进行应用 | 开发了一个结合多尺度生物数据整合与系统级扰动模拟的计算框架,能高效发现新颖治疗靶点,具有可扩展性和通用性 | 未在实验或临床层面进行验证,仅通过计算模拟评估靶点 | 开发一种计算框架,用于系统性发现复杂疾病的治疗靶点 | 囊性纤维化气道疾病患者 | 计算生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | 知识图谱、加权基因共表达网络分析 | 单细胞转录组数据 | 38名患者,51,415个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 96 | 2026-03-29 |
CoMBCR: Co-Learning Multi-Modalities of BCRs and gene expressions
2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag115
PMID:41803065
|
研究论文 | 本文介绍了CoMBCR,一种共同学习B细胞受体(BCR)和基因表达谱的B细胞嵌入工具,用于下游分析 | CoMBCR创新性地将BCR和基因表达这两种互补模态数据共同学习,并在统一潜在空间中表示,优于仅编码BCR的方法 | NA | 开发一种能够共同学习B细胞多模态数据的工具,以提升B细胞生物学特征捕获和下游分析能力 | B细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | 嵌入模型 | 基因表达数据,BCR序列数据 | 126,791个B细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 97 | 2026-03-29 |
BrainConnect: processing brain connectivity and spatial transcriptomics data for integrative analysis
2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag120
PMID:41808453
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研究论文 | 本文开发了一个软件BrainConnect,用于处理小鼠大脑连接数据和空间转录组学数据,以预测连接强度并识别相关基因 | 首次提出一种方法,将不同类型的大脑连接数据与空间转录组学数据在一致的大脑区域格式下整合处理,并利用LSTM网络预测连接强度 | 该方法目前仅应用于小鼠大脑数据,尚未扩展到其他物种或更复杂的大脑模型 | 通过整合大脑连接数据和空间转录组学数据,预测大脑连接强度并识别调控连接的重要基因 | 小鼠大脑的神经元连接组和空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | LSTM | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 98 | 2026-03-29 |
Single-Cell Transcriptomic Landscape of Right-Sided Colon Cancer Reveals Cellular and Molecular Features of Metastatic Potential
2026-Feb-28, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines14030563
PMID:41898210
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了右侧结肠癌的细胞和分子特征,特别是其转移潜能的机制 | 首次在单细胞水平上系统比较了有和无肝转移的右侧结肠癌肿瘤的转录组景观,识别了与转移潜能相关的干细胞样肿瘤细胞状态、代谢重编程和微环境重塑 | 研究基于公共数据集,样本量较小(8例患者),且未进行实验验证或功能研究 | 阐明右侧结肠癌肝转移潜能的细胞基础 | 右侧结肠癌患者的原发性肿瘤组织 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8例患者(5例有肝转移,3例无转移) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2026-03-29 |
Meningeal Lymphatics Drives Macrophage Clearance via CCL2-CCR2 Axis After Cerebral Ischemia
2026-Feb-28, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb48030259
PMID:41899411
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研究论文 | 本研究揭示了脑缺血后,脑膜淋巴管通过CCL2-CCR2轴介导巨噬细胞清除的新机制 | 首次阐明了脑膜淋巴管通过CCL2-CCR2化学趋化轴主动招募巨噬细胞进行血管周围清除的机制,并提出了VEGF-C增强淋巴功能联合调控该轴的协同治疗新策略 | 研究基于小鼠大脑中动脉闭塞模型,其结论在人类中的普适性有待验证;CCR2抑制剂的长期效应和安全性未评估 | 探究脑卒中后脑膜淋巴管介导免疫细胞清除的具体分子机制 | 脑缺血小鼠模型的脑膜巨噬细胞和淋巴管内皮细胞 | 神经科学 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序 | 小鼠大脑中动脉闭塞模型 | 单细胞转录组数据、影像数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 100 | 2026-03-29 |
STING activation induces polarized cytokine secretion of IFN-β and IL-17A promoting photoreceptor death and choroidal disruption in age-related macular degeneration
2026-Feb-27, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08491-w
PMID:41760600
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研究论文 | 本研究揭示了STING通路在年龄相关性黄斑变性(AMD)中作为免疫介导视网膜变性的关键调控因子,通过空间组织的炎症反应同时控制多种AMD病理过程 | 首次发现STING通路在AMD中具有双相、阶段依赖性功能,在健康组织中提供细胞保护,但在早期AMD进展中驱动致病性炎症,并揭示了其通过顶端IFN-β和基底IL-17A的极化细胞因子分泌机制 | 研究主要基于动物模型和体外细胞模型,在人类患者中的直接验证仍需进一步临床研究 | 阐明STING通路在年龄相关性黄斑变性发病机制中的作用,并探索其作为治疗靶点的潜力 | 人类眼睛组织、AMD患者来源的iPSC-RPE细胞、人类视网膜类器官、Cryba1条件性敲除小鼠模型、Il17a敲入小鼠模型 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 免疫组织化学分析、单细胞转录组学、AAV2介导的基因过表达、条件性基因敲除 | NA | 图像数据、转录组数据 | 人类眼睛组织样本、AMD患者来源的iPSC-RPE细胞系、多种基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |