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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
81 2026-08-25
Uncovering smooth structures in single-cell data with neighbor embeddings guided by predictability-computability-stability
2026-Aug-14, Patterns (New York, N.Y.)
研究论文 本研究提出一种基于可预测性-可计算性-稳定性框架的邻域嵌入改进方法NESS,以增强单细胞数据中平滑生物结构的推断稳健性。 引入PCS框架来系统评估和改进邻域嵌入算法,提出名为NESS的可解释机器学习方法,利用算法稳定性提升单细胞数据低维表示的质量,减少t-SNE和UMAP等方法的失真问题。 摘要未明确提及局限性,可能包括对特定数据集或条件的依赖,以及计算复杂性等潜在限制。 解决单细胞数据中提取平滑低维结构的挑战,提高邻域嵌入的可靠性和可重复性,以支持稳健的数据驱动发现。 单细胞测序数据,包括多能干细胞分化、类器官发育和多种组织特异性谱系的研究数据。 机器学习 NA 单细胞测序 邻域嵌入算法(如t-SNE、UMAP)及提出的NESS方法 单细胞数据 多个数据集,具体数量未在摘要中说明 NA 单细胞RNA-seq(推断) NA NA
82 2026-08-25
T Cell-associated Co-expression Module Genes as Prognostic Biomarkers and Predictors of Immunotherapy Response in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2026-Aug-13, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2
research paper 本研究利用单细胞RNA测序和hdWGCNA分析,构建了一个由八个T细胞相关基因组成的预后模型,用于预测头颈鳞状细胞癌患者的生存和免疫治疗反应 首次结合单细胞RNA测序与hdWGCNA分析识别T细胞相关共表达模块基因,并构建八基因预后模型,该模型在预测预后和免疫治疗反应方面具有较高的判别能力 需要进一步的实验和临床验证,模型在不同人群中的通用性有待评估 开发T细胞相关预后模型,用于头颈鳞状细胞癌的预后评估和免疫治疗反应预测 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者及其肿瘤组织中的T细胞 数字病理学 头颈鳞状细胞癌 单细胞RNA测序,hdWGCNA Cox回归模型 单细胞基因表达数据,临床数据 GSE181919(单细胞数据),TCGA(训练集),GSE41613和GSE117973(验证集) NA 单细胞RNA测序 NA NA
83 2026-08-25
Multi-Omics Integration and Proteomic Annotation Prioritize FAM174BAssociated Monocyte Remodeling in COPD and Lung Adenocarcinoma
2026-Aug-13, Current cancer drug targets IF:2.3Q3
研究论文 整合多组学数据、孟德尔随机化和蛋白质组学注释,优先筛选出FAM174B相关的单核细胞重塑作为慢性阻塞性肺疾病与肺腺癌之间的共享候选机制 首次将单细胞RNA测序数据与孟德尔随机化相结合,以区分上游贡献因素和下游重塑事件,并优先识别出FAM174B作为COPD和LUAD的共享候选基因 孟德尔随机化分析为探索性,未进行正式多重检验校正和共定位分析;单细胞比较未考虑供体效应;蛋白质水平证据仅基于公共代表免疫组化图像 识别慢性阻塞性肺疾病与肺腺癌之间的共享细胞和分子程序,特别是与炎症重塑相关的恶性转化机制 慢性阻塞性肺疾病和肺腺癌患者的肺组织单细胞转录组数据、遗传变异的eQTL和GWAS汇总统计、肺腺癌组织蛋白质表达 多组学整合、机器学习 慢性阻塞性肺疾病、肺腺癌 单细胞RNA测序、孟德尔随机化、免疫组化 NA 单细胞基因表达数据、遗传变异汇总统计、免疫组化图像 COPD数据集GSE196638和LUAD数据集GSE131907中包含的样本数未具体说明;eQTLGen和GWAS汇总统计数据未提供样本数 NA 单细胞RNA测序 NA NA
84 2026-08-25
LAMP2 drives M2 macrophage polarization and promotes glioma progression through autophagy
2026-Aug-11, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析,发现LAMP2在低级别胶质瘤中上调,并通过促进自噬介导的M2巨噬细胞极化来推动肿瘤进展 首次揭示LAMP2通过调控自噬溶酶体成熟和M2巨噬细胞极化,在胶质瘤进展中发挥关键作用,并提出了其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力 研究主要基于体外细胞实验和体内小鼠模型,缺乏临床样本验证;且未深入探讨LAMP2调控自噬和巨噬细胞极化的具体分子机制 探究LAMP2在低级别胶质瘤进展中的作用及其机制,评估其作为预后标志物和治疗靶点的可能性 胶质瘤细胞和巨噬细胞(M2极化状态) 数字病理学 胶质瘤 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA 基因表达数据,细胞实验数据 NA(未提供具体样本数量) NA 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA NA
85 2026-08-25
Single-cell Transcriptome-wide Mendelian Randomization and Colocalization Converge on Astrocytic TRIM66 as a Candidate Driver and Potential Therapeutic Target for Trigeminal Neuralgia
2026-Aug-10, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2
研究论文 本研究通过单细胞转录组全基因组的孟德尔随机化和共定位分析,发现星形胶质细胞中TRIM66基因表达与三叉神经痛风险相关,并可能作为潜在的治疗靶点 首次将单细胞cis-eQTL与孟德尔随机化及共定位分析相结合,在细胞类型水平上识别三叉神经痛的遗传驱动因素,提出了星形胶质细胞特异性调控TRIM66的新机制 功能验证尚未进行,且样本来源为神经病理学无异常的捐赠者,可能限制结果的普遍性 探究特定脑细胞类型的基因表达遗传调控对三叉神经痛易感性的影响,并提名可操作的 therapeutic 靶点 三叉神经痛患者及对照样本,包括183名无神经病理学捐赠者的单细胞数据,FinnGen数据库中2226例病例和435371例对照 机器学习 三叉神经痛 单细胞RNA测序、孟德尔随机化、共定位分析 NA 基因表达数据、遗传变异数据 183名捐赠者(单细胞数据),2226例病例和435371例对照(FinnGen数据) NA 单细胞RNA测序 NA NA
86 2026-08-25
Development of a Prognostic Model Based on SCISSOR+ Osteoblastic Osteosarcoma Cell-Associated Genes
2026-Aug-07, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2
研究论文 本研究旨在通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,开发一种基于SCISSOR+成骨性骨肉瘤细胞相关基因的预后模型,以改善骨肉瘤患者的预后预测。 利用SCISSOR算法识别SCISSOR+成骨性骨肉瘤细胞亚群,并基于其相关基因构建六基因风险评分模型,首次将单细胞异质性与预后模型结合。 基于单一数据集(GSE162454)进行回顾性分析,需进一步前瞻性验证。 建立骨肉瘤预后风险模型,评估其与免疫浸润和药物反应的关系。 骨肉瘤患者样本,包括批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据。 机器学习 骨肉瘤 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, SCISSOR算法 风险评分模型(基于基因表达) 基因表达数据(批量及单细胞) 未明确样本数量,基于GSE162454数据集。 NA 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
87 2026-08-25
Integration of Single-Cell Transcriptomics and Network-Based Machine Learning Identifies Bone Marrow Mesenchymal Stem Cell-Associated Candidate Biomarkers and Exploratory Immune Correlates in Osteoarthritis
2026-Aug-05, Current gene therapy IF:3.8Q2
研究论文 本研究整合单细胞转录组和基于网络的机器学习,识别骨关节炎中骨髓间充质干细胞相关的候选生物标志物及免疫相关性 创新性地结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法(LASSO、SVM-RFE、XGBoost)进行跨组织整合分析,构建了基于Firth惩罚逻辑回归的四基因组合模型,并探索了免疫细胞和信号通路的相关性 免疫细胞和Hallmark通路相关性在Benjamini-Hochberg校正后不再显著,且需要进一步的临床和组织特异性验证 识别骨髓间充质干细胞相关的骨关节炎候选生物标志物,并评估其诊断潜力和免疫相关性 骨髓间充质干细胞、滑膜组织、骨关节炎患者 机器学习 骨关节炎 单细胞RNA测序、批量RNA测序、qRT-PCR LASSO、SVM-RFE、XGBoost、Firth惩罚逻辑回归 基因表达数据(单细胞和批量) 包含GSE147287(单细胞)、GSE55457、GSE55235、GSE55584(训练队列)和GSE12021(验证队列)等多个数据集 NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
88 2026-08-25
Molecular Mechanisms of Yifei Capsule in Stable COPD Treatment: An Integrated In Silico and Single-cell Transcriptomic Study
2026-Aug-05, Current computer-aided drug design IF:1.5Q3
研究论文 通过整合计算药理学和单细胞转录组学,研究了益肺胶囊治疗稳定期慢性阻塞性肺疾病的分子机制。 创新性地将网络药理学、分子对接、分子动力学模拟与单细胞转录组验证相结合,以多尺度方法揭示中药复方的作用机制。 研究结果仍具有相关性,需进一步实验验证以确定因果关系。 系统性地研究益肺胶囊在稳定期COPD中的活性化合物、关键靶点和信号通路。 稳定期慢性阻塞性肺疾病患者及健康对照。 计算药理学, 单细胞转录组学 慢性阻塞性肺疾病 网络药理学、分子对接、分子动力学模拟、单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 15个人类样本(7个对照和8个COPD患者),共54,821个细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
89 2026-08-25
BRD4 contributes to the cytokine-induced acquisition of an IL-13RA2-positive inflammatory fibroblast phenotype
2026-Aug-05, Journal of Crohn's & colitis
研究论文 本研究探讨了表观遗传阅读器BRD4在炎症性肠病中IL-13RA2阳性炎症成纤维细胞分化和功能中的作用 首次揭示了BRD4在IBD炎症成纤维细胞中的上调及其对IL-13RA2表达的调控,并展示了靶向BRD4降解可抑制促炎因子表达和中性粒细胞迁移 研究主要基于体外实验和患者样本,未进行体内动物模型验证,且BRD4降解剂的临床适用性需进一步评估 阐明BRD4在IBD中炎症成纤维细胞病理激活中的分子机制,并评估其作为治疗靶点的潜力 炎症性肠病患者的肠道组织和原代成纤维细胞,以及单细胞RNA测序数据 数字病理学 炎症性肠病 单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、RNA测序、实时PCR、ELISA、趋化实验 NA 单细胞RNA测序数据、组织样本、原代细胞 IBD患者和对照组的单细胞RNA测序数据集,以及肠道组织和原代成纤维细胞(具体数量未提供) 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序
90 2026-08-25
DFCE-KanT: predicting spatial gene expression from histology images via contrastive learning
2026-Aug-03, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出DFCE-KanT框架,通过对比学习从H&E染色组织图像预测空间基因表达 结合组织图像特征、基因特征和空间位置信息,采用DenseNet与特征通道增强注意力、KAN与Transformer混合网络自动学习融合策略,增强非线性建模和特征间交互 摘要未提及局限性,但可能受限于公共数据集和图像质量 开发低成本替代空间转录组学的方法,从H&E图像直接预测空间基因表达 五种公共空间转录组数据集(HER2+、cSCC、Alex、HBC、Liver)中的组织图像和基因表达数据 计算机视觉、机器学习、数字病理学 乳腺癌(HER2+)、皮肤鳞状细胞癌(cSCC)、肝细胞癌(HBC)、肝癌(Liver) 空间转录组学、对比学习、KAN、Transformer DenseNet、Kolmogorov-Arnold网络(KAN)、Transformer H&E染色全切片图像、空间基因表达数据 五个公共数据集,具体样本数未在摘要中说明 NA 空间转录组学 NA NA
91 2026-08-25
Single-Cell RNA Sequencing Identifies Conserved Crosstalk and Core Shared Differentially Expressed Genes in Clear Cell Renal Cell Carcinoma and Obesity
2026-Aug-03, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序分析,识别透明细胞肾细胞癌与肥胖之间保守的细胞串扰和核心共享差异表达基因 利用单细胞RNA测序技术高分辨率解析肥胖与透明细胞肾细胞癌之间的细胞和分子关联,首次鉴定出19个核心跨疾病差异表达基因及潜在药物重定位候选 摘要未提及具体局限性 阐明肥胖与透明细胞肾细胞癌之间保守的病理机制,鉴定核心共享差异表达基因及药物重定位靶点 透明细胞肾细胞癌组织和正常肾组织,肥胖和瘦弱个体的脂肪组织 单细胞测序 透明细胞肾细胞癌,肥胖 scRNA-seq, bulk RNA-seq NA 单细胞转录组数据,批量转录组数据 未明确样本数量 NA 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA NA
92 2026-08-25
Macrophage heterogeneity governs the balance between fibrosis and tissue protection in systemic sclerosis
2026-Aug, Clinical and experimental rheumatology IF:3.4Q2
综述 本文综述了巨噬细胞异质性如何通过超越传统M1/M2范式,作为系统性硬化症中纤维化与组织保护平衡的核心调控者,并强调了其在疾病进展和治疗靶点中的关键作用 提出了巨噬细胞异质性作为“纤维-免疫轴”中心协调者的新概念,并通过单细胞RNA测序和空间多组学揭示了特定巨噬细胞亚群(如SPP1+、FCGR3A+、TREM2+)在系统性硬化症中的专门功能,以及“纤维化微环境”中巨噬细胞与成纤维细胞的致病性串扰 在解析巨噬细胞亚群的时间动态和空间信号分辨率方面仍存在挑战 阐明巨噬细胞异质性在系统性硬化症进展中的调控机制,并为机制导向的靶向治疗提供新见解 系统性硬化症患者组织中的巨噬细胞亚群,特别是肺部(SSc-ILD)和皮肤组织中的巨噬细胞 数字病理学 系统性硬化症 单细胞RNA测序、空间多组学 NA 基因表达数据、空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
93 2026-08-25
Oxygen Vacancy-Enriched Platinum Single-Atom Nanozyme Wrapped in Nanoislands: Unlocking Catalytic Activity and Reprogramming Redox Microenvironment for Osteonecrosis Repair
2026-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究开发了一种包裹在纳米岛中的富氧空位铂单原子纳米酶,通过“岛-海”协同效应增强催化活性,并重新编程氧化还原微环境,用于股骨头坏死修复 通过“岛-海”协同效应增强电子转移,提高单原子纳米酶的催化活性;利用密度泛函理论计算揭示铂掺杂增加氧空位并调节d带中心,优化ROS吸附和氧化还原反应 摘要中未提及研究局限性 开发高效持久的抗氧化疗法,用于治疗激素性股骨头坏死,通过重新编程氧化还原微环境促进骨再生和血管生成 CeO/Pt单原子纳米酶,涉及SONFH动物模型或细胞模型 纳米医学 股骨头坏死 单原子纳米酶合成 单原子纳米酶 单细胞测序数据 未提供具体样本量 NA 单细胞测序 NA NA
94 2026-08-25
Single-Cell Annotation and Localization via Integrating Spatial Transcriptomics Maps the Mouse Ocular Atlas and RAO Dynamics
2026-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 开发ASCAL流程整合空间转录组技术,构建小鼠全眼单细胞空间图谱并揭示视网膜动脉闭塞(RAO)的细胞时空动态 提出ASCAL自动化流程,整合SeekSpace和Stereo-seq两种互补空间转录组技术,实现大规模scRNA-seq数据的自动化注释与定位,无需高分辨率空间切片 摘要未提及局限性 构建小鼠全眼单细胞空间图谱,揭示RAO病理机制中的细胞时空动态 小鼠全眼组织及RAO模型 空间转录组学 视网膜动脉闭塞 单细胞RNA测序、空间转录组学(SeekSpace、Stereo-seq) NA 空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 小鼠全眼及RAO模型样本 NA 空间转录组学(单核分辨率SeekSpace、均匀覆盖Stereo-seq)、单细胞RNA测序 SeekSpace, Stereo-seq NA
95 2026-08-25
Airway immune signatures of protection and disease progression in recent human tuberculosis household contacts
2026-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析近期肺结核家庭接触者的支气管肺泡灌洗液,揭示了控制感染与进展为活动性结核病之间的气道免疫特征差异 首次在单细胞分辨率下刻画近期结核病家庭接触者气道免疫反应,并识别出与保护相关的T细胞干样特征及与疾病进展相关的I型干扰素依赖性中性粒细胞特征 未提及具体局限性 定义结核分枝杆菌感染者中决定其保持健康或进展为活动性结核病的局部免疫因素 近期结核病家庭接触者(包括控制感染者、进展者)及活动性结核病患者 单细胞免疫学 结核病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未提及具体样本量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
96 2026-08-25
Melatonin Alleviates Graft Biliary Fibrosis by Inhibiting VIM+ Cholangiocyte Subcluster via Hypoxia/TGF-β-CREM-VIM Axis
2026-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了缺氧/TGF-β-CREM-VIM轴调节VIM阳性胆管细胞亚群,进而驱动胆管上皮-间质转化和纤维化,并发现褪黑素可作为非吻合口狭窄相关胆道纤维化的潜在治疗药物 首次鉴定出VIM阳性胆管上皮细胞这一新型EMT相关亚群,并阐明缺氧/TGF-β-CREM-VIM信号轴在胆道纤维化中的关键作用,同时提出褪黑素作为潜在治疗药物 临床试验规模较小且为探索性研究,褪黑素的疗效需进一步大规模验证;机制研究主要在细胞和动物模型中进行,人体中的具体作用途径尚需深入探索 探究肝移植后非吻合口狭窄胆道纤维化的病理机制,并评估褪黑素的治疗潜力 非吻合口狭窄患者的胆管组织、大鼠肝移植模型及胆管上皮细胞 数字病理学 胆道疾病 单细胞RNA测序 基因敲除模型 单细胞转录组数据 非吻合口狭窄患者的胆管组织样本(具体数量未提供),大鼠模型,以及探索性临床试验患者 NA 单细胞RNA测序 NA NA
97 2026-08-25
Spatial transcriptomics supports a role for SOX4-driven signaling throughout the disease course of biliary atresia
2026-Aug-01, Hepatology communications IF:5.6Q1
研究论文 通过空间转录组学分析,研究胆道闭锁患儿疾病进展中的分子机制,重点关注SOX4驱动的信号通路。 首次应用空间转录组学技术对胆道闭锁患儿肝脏组织进行区域特异性分析,揭示SOX4驱动的肝细胞-胆管细胞重编程与疾病进展的关联。 样本量较小,且未能明确SOX4相关胆管重编程是否直接导致适应不良的修复过程。 定义胆道闭锁患儿疾病进展速率差异的分子机制。 胆道闭锁患儿、非胆道闭锁胆汁淤积患儿和健康供体的肝脏组织。 数字病理学 胆道闭锁 空间转录组学 NA 基因表达数据 14例儿童肝脏组织(3例胆道闭锁伴自体肝生存<2年,4例胆道闭锁伴自体肝生存>2年,4例非胆道闭锁胆汁淤积,3例非疾病供体) 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium 冷冻组织切片
98 2026-08-25
Comparative analysis of SCGN expression patterns in the anterior pituitary gland of mouse, pig, and human by single-cell transcriptomics
2026-Aug, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2
研究论文 通过单细胞转录组学比较分析小鼠、猪和人垂体前叶中SCGN的表达模式,并结合免疫染色验证 首次系统揭示SCGN在多种哺乳动物垂体前叶中的物种特异性表达模式,并发现其在猪中主要富集于促肾上腺皮质激素细胞,而在小鼠和人类中富集于PIT1谱系细胞,同时在大鼠中表达缺失 scRNA-seq数据来自公开数据集,可能受样本异质性和技术差异影响;免疫染色验证未覆盖所有物种的所有细胞类型 阐明SCGN在垂体前叶中的表达分布及其物种差异,评估其在激素分泌中的潜在作用 小鼠、大鼠、猪和人类的垂体前叶组织及细胞 单细胞转录组学 不适用 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫染色 不适用 单细胞转录组数据、免疫染色图像 包含小鼠、大鼠、猪和人类垂体样本,具体数量未在摘要中提供 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
99 2026-08-25
SPP1-driven spatial niche remodelling defines aggressive progression in the basal subtype of upper tract urothelial carcinoma
2026-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1
研究论文 该研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学,解析了上尿路尿路上皮癌基底亚型中SPP1驱动的空间微环境重塑及其与肌层浸润和预后的关联 首次通过多尺度空间分析揭示基底型UTUC中SPP1+肿瘤相关巨噬细胞-FAP+肌成纤维细胞边界程序及其与免疫抑制和细胞外基质重塑的关系,并在外部数据集和功能实验中验证 未提及局限性 解析基底型UTUC的细胞异质性和空间组织,揭示与肌层浸润相关的微环境程序,并评估SPP1的预后价值 上尿路尿路上皮癌(UTUC)肿瘤组织及细胞系 数字病理学 尿路上皮癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光、SPP1敲低实验 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据、多重免疫荧光图像、临床生存数据 日本UTUC队列及外部膀胱癌数据集(具体样本数未提及) 10x Genomics, NanoString 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光 10x Chromium, 10x Visium, GeoMx Digital Spatial Profiler 单细胞RNA测序和空间转录组学平台的具体配置未在摘要中详细说明;GeoMx平台用于外部数据集验证;多重免疫荧光用于组织水平验证
100 2026-08-25
[Exploring the impact of macrophage depletion on influenza viral pneumonia and its mechanism of action through the cGAS-STING pathway]
2026-Aug, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology
PMID:42634902
研究论文 本研究通过耗竭巨噬细胞的小鼠模型,探讨了巨噬细胞在甲型流感病毒肺炎中对cGAS-STING通路激活及先天免疫反应的影响 首次通过巨噬细胞耗竭模型揭示巨噬细胞通过cGAS-STING通路调控流感病毒肺炎的先天免疫反应,并验证了STING激动剂MSA-2的潜在治疗作用 研究局限于小鼠模型和体外细胞实验,未涉及人类临床样本的机制验证,且未探讨长期效应 探究巨噬细胞耗竭对甲型流感病毒诱导肺炎的影响及通过cGAS-STING通路的机制 巨噬细胞耗竭的小鼠模型及RAW264.7巨噬细胞 免疫学 流感病毒肺炎 单细胞测序, 流式细胞术, 免疫组化, qPCR, ELISA 小鼠模型, 细胞模型 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 炎症因子水平, 组织病理图像 小鼠模型,具体样本数量未说明;RAW264.7细胞系 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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