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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-03-01 |
Spatial FBA reveals heterogeneous Warburg niches in renal tumors and lactate consumption in colorectal cancer
2026-Jan-27, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-026-00654-x
PMID:41593100
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研究论文 | 本文开发了空间通量平衡分析(spFBA)框架,用于从空间转录组数据中推断代谢通量,揭示了结直肠癌和肾癌中的代谢异质性 | 首次将通量平衡分析(FBA)与空间转录组数据结合,开发了spFBA框架,能够无偏地推断空间代谢通量,克服了仅基于基因表达分析的局限性 | NA | 研究空间约束如何塑造癌症代谢,并开发新方法分析空间转录组数据中的代谢程序 | 结直肠癌(CRC)的原发肿瘤和肝转移样本,以及肾癌的公共数据集 | 空间转录组学 | 结直肠癌,肾癌 | 空间转录组学,通量平衡分析(FBA) | 空间通量平衡分析(spFBA) | 空间转录组数据 | 新生成的高分辨率配对结直肠癌原发肿瘤和肝转移数据集,以及独立的公共数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 82 | 2026-03-01 |
Field-Evolved Resistance to Bt Cry Toxins in Lepidopteran Pests: Insights into Multilayered Regulatory Mechanisms and Next-Generation Management Strategies
2026-Jan-25, Toxins
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxins18020060
PMID:41745726
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综述 | 本文综述了鳞翅目害虫对Bt Cry毒素田间进化抗性的多层次调控机制,并探讨了下一代管理策略 | 提出了一个综合统一的机制框架,整合了Bt毒素作用模式、多层抗性调控机制(包括信号转导、免疫逃避、微生物群互作)以及基于CRISPR、AlphaFold3和AI的下一代抗性管理策略 | 这是一篇综述文章,主要总结现有研究,未报告新的原始实验数据 | 阐明鳞翅目害虫对Bt Cry毒素田间进化抗性的机制,并提出可持续的管理策略 | 鳞翅目害虫及其对Bt Cry毒素的抗性 | NA | NA | 单细胞转录组学、CRISPR/Cas9基因编辑、噬菌体辅助连续进化(PACE)、AlphaFold3结构预测、AI加速蛋白质设计 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 83 | 2026-03-01 |
ZNF683+ NK cells govern chemotherapy sensitivity in advanced HPSCC via reshaping immune microenvironment
2026-Jan-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68676-x
PMID:41565699
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研究论文 | 本研究通过纵向单细胞RNA测序分析,揭示了ZNF683+ NK细胞通过重塑免疫微环境调控晚期下咽鳞状细胞癌化疗敏感性的机制 | 首次发现ZNF683+ NK细胞作为化疗疗效的关键调控者,并阐明其通过MHC-I依赖性方式激活GZMK+ CD8+效应记忆T细胞的机制 | 研究样本量有限,机制验证主要在体外共培养体系中进行,需要更多临床样本和体内实验验证 | 探索下咽鳞状细胞癌化疗耐药的免疫学机制,寻找预测标志物和治疗靶点 | 晚期下咽鳞状细胞癌患者的配对化疗前后肿瘤样本 | 单细胞组学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序,空间多重免疫组化,体外共培养 | NA | 单细胞转录组数据,空间蛋白质表达数据 | 配对化疗前后的下咽鳞状细胞癌标本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 84 | 2026-03-01 |
Single nuclei and spatial profiling of sacrococcygeal teratomas reveals cellular composition and X inactivation heterogeneity
2026-Jan-21, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01262-4
PMID:41565739
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研究论文 | 本研究通过单细胞核RNA测序和空间转录组学技术,揭示了骶尾部畸胎瘤的细胞组成异质性及其与X染色体失活状态的联系 | 首次在骶尾部畸胎瘤中结合单细胞核RNA测序与空间转录组学分析,揭示了X染色体失活失败或再激活与肿瘤细胞身份及性别偏好的关联 | 样本量较小(仅8例肿瘤),且未能在分析中检测到假定的多能性细胞群体 | 探究骶尾部畸胎瘤的细胞起源、临床分层机制及性别偏好(XX个体发病率是XY个体的三倍)的原因 | 骶尾部畸胎瘤(SCTs) | 数字病理学 | 畸胎瘤 | 单细胞核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 8例骶尾部畸胎瘤(6例产后:1例男性,5例女性;2例产前:均为女性) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 85 | 2026-03-01 |
Spatial transcriptomics reveals molecular heterogeneity and subtype-specific therapeutic targets in small cell lung cancer
2026-Jan-16, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01243-7
PMID:41545500
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术,揭示了小细胞肺癌的分子异质性及亚型特异性治疗靶点 | 引入了Edgeindex指标量化肿瘤空间结构,并开发了专门的人工神经网络模型进行精确肿瘤注释,整合了临床、空间、功能和时间的多维度分析 | 未明确提及样本量限制或技术验证的局限性,可能受限于空间转录组学技术的分辨率和覆盖范围 | 解析小细胞肺癌的高可塑性和瘤内异质性,以促进有效治疗策略的开发 | 小细胞肺癌组织样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学 | 人工神经网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 86 | 2026-03-01 |
Multimodal single-cell protein and RNA profiling unveils dysregulated immature neutrophil dynamics in gestational diabetes mellitus
2026-Jan-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09468-9
PMID:41501166
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研究论文 | 本研究通过多模态单细胞蛋白质和RNA分析,揭示了妊娠期糖尿病中未成熟中性粒细胞动态的失调 | 首次结合InfinityFlow表面标记分析和单细胞RNA测序,在妊娠期糖尿病中识别出低密度未成熟中性粒细胞亚群及其与胰岛素敏感性的关联 | 研究样本量有限,且未深入探讨未成熟中性粒细胞功能机制 | 探究妊娠期糖尿病中中性粒细胞的异质性及其与疾病的关系 | 健康孕妇和妊娠期糖尿病孕妇的外周血中性粒细胞 | 数字病理学 | 妊娠期糖尿病 | InfinityFlow表面标记分析, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质表达数据, RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 87 | 2026-03-01 |
Extracellular Matrix-Associated Biomarkers for Hepatocellular Carcinoma: Insights From Machine Learning and Single-Cell Analysis
2026, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/6654142
PMID:41755885
|
研究论文 | 本研究通过整合组学数据和机器学习,识别了肝细胞癌中与细胞外基质相关的关键生物标志物,并利用单细胞RNA测序验证了其表达模式 | 结合系统生物学框架、机器学习与单细胞分析,首次识别出八个上调的ECM相关基因作为诊断生物标志物,并揭示了它们在单细胞水平上的表达特异性 | 研究主要基于公共数据库(如TCGA)的数据,可能需要进一步实验验证这些生物标志物的功能机制和临床适用性 | 识别肝细胞癌中与细胞外基质相关的生物标志物,以改善早期检测、预后评估和治疗靶向 | 肝细胞癌患者的基因表达和调控网络 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 基于TCGA、GSE104310和GSE144269数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 88 | 2026-03-01 |
Machine learning and single-cell RNA sequencing analyses identify MS-related monocytes and a five-gene candidate biomarker signature
2026, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2026.1739231
PMID:41756175
|
研究论文 | 本研究结合机器学习与单细胞RNA测序分析,识别了与多发性硬化相关的单核细胞及一个五基因候选生物标志物签名 | 首次整合机器学习算法与单细胞RNA测序数据,系统性识别并验证了五个关键基因作为多发性硬化的候选生物标志物 | 研究主要基于实验性自身免疫性脑脊髓炎模型数据,临床样本验证有限 | 识别与多发性硬化相关的单核细胞生物标志物,以改善疾病诊断和风险分层 | 多发性硬化相关的单核细胞及基因表达 | 机器学习 | 多发性硬化 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 免疫荧光 | 逻辑回归, LDA, SVM, 朴素贝叶斯, KNN, Rpart, 随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-03-01 |
Repurposed Acarbose Targets Nidogen-1 to Remodel the Tumor Stroma and Suppress Portal Vein Tumor Thrombus in Hepatocellular Carcinoma
2026, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.1161
PMID:41756725
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了肝细胞癌门静脉癌栓的免疫-基质特征,并发现阿卡波糖可通过靶向Nidogen-1重塑肿瘤基质,抑制癌栓进展 | 首次构建了PVTT微环境的空间图谱,揭示了巨噬细胞向肌成纤维样癌症相关成纤维细胞的转化过程,并首次将已获批药物阿卡波糖重新用于靶向NID1轴以改善免疫治疗反应 | 样本量相对有限(99个样本来自47名患者),且临床队列为回顾性分析,需要进一步的前瞻性临床试验验证 | 探究肝细胞癌门静脉癌栓的分子机制和免疫特征,并开发新的治疗策略 | 肝细胞癌患者样本(包括肿瘤组织和门静脉癌栓) | 数字病理学 | 肝细胞癌 | nCounter分析、单细胞RNA测序、数字空间分析、蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据、蛋白质数据 | 99个样本来自47名患者,另有一个独立临床队列包含810名肝细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学 | NA | NA |
| 90 | 2026-03-01 |
Annotation-free prediction of immunotherapy response in melanoma using single-cell transcriptomic data
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0343633
PMID:41758825
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研究论文 | 本研究开发了一种基于人工智能的模型,利用单细胞RNA测序数据无需细胞类型注释即可预测黑色素瘤患者对免疫检查点抑制剂的反应 | 提出了一种无需细胞类型注释的单细胞转录组数据AI预测模型,识别出29个关键预测生物标志物,如CCR7和MTRNR2L2,并通过独立数据集验证了其临床相关性 | 研究主要基于公开数据集,样本量相对有限,且模型在更广泛人群中的泛化能力有待进一步验证 | 预测黑色素瘤患者对免疫检查点抑制剂的治疗反应 | 黑色素瘤患者的肿瘤浸润细胞 | 机器学习 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | Extreme Gradient Boosting, Random Forest, Logistic Regression, Support Vector Machine, Feedforward Neural Network, Convolutional Neural Network | 单细胞转录组数据 | 16,290个肿瘤浸润细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq2 | Smart-seq2平台 |
| 91 | 2026-03-01 |
Fcer1g and St3gal1: Macrophage-associated angiogenesis biomarkers and therapeutic targets in sepsis-induced acute lung injury
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0343449
PMID:41758834
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析识别了Fcer1g和St3gal1作为脓毒症相关急性肺损伤中巨噬细胞相关的血管生成生物标志物和治疗靶点 | 首次结合转录组学、WGCNA和机器学习算法鉴定出Fcer1g和St3gal1作为SALI的巨噬细胞相关血管生成关键基因,并通过单细胞RNA测序进行空间验证 | 研究主要基于小鼠模型和生物信息学分析,人类样本验证不足,结论需进一步临床研究确认 | 识别脓毒症相关急性肺损伤中巨噬细胞相关的血管生成基因作为诊断生物标志物和治疗靶点 | 脓毒症相关急性肺损伤中的巨噬细胞和血管生成相关基因 | 生物信息学 | 急性肺损伤 | 转录组学分析,加权基因共表达网络分析,机器学习算法,单细胞RNA测序,RT-PCR | LASSO回归,随机森林,SVM | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 训练队列和独立验证集(具体样本数未提供) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2026-03-01 |
Dapagliflozin mitigates myocardial inflammation and metabolic stress in heart failure through STAT1 inhibition: Evidence from multi-omics analyses and experimental exploration
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0343296
PMID:41758878
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析和实验验证,揭示了达格列净通过抑制STAT1信号通路减轻心力衰竭中的心肌炎症和代谢应激的分子机制 | 首次将STAT1确定为连接心力衰竭中代谢应激与免疫失衡的关键枢纽基因,并通过单细胞转录组学分析揭示了其在特定髓系细胞亚群中的异常表达 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,临床样本验证有限,且达格列净的长期疗效和安全性需进一步评估 | 探究达格列净在心力衰竭中的分子作用机制,特别是其对STAT1信号通路的调控作用 | 心力衰竭患者的心肌组织样本、心肌梗死诱导的心力衰竭大鼠模型以及H9C2心肌细胞系 | 生物信息学与计算生物学 | 心血管疾病 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, Western blot, ELISA, 流式细胞术, qPCR | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), Seurat, Harmony | 转录组测序数据、组织学图像、蛋白质印迹数据、流式细胞数据 | bulk RNA-seq数据集GSE57345,单细胞RNA-seq数据集GSE145154(包括4例正常对照、8例扩张型心肌病、6例缺血性心肌病梗死区、6例非梗死区样本),以及大鼠模型(对照组、HF组、HF+DAPA组各若干) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2026-03-01 |
Single-cell transcriptomics reveals dynamic reprogramming of testicular immunity in Brucella-infected goat testis
2025-Nov-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了布鲁氏菌感染的山羊睾丸组织中免疫微环境的动态转录重编程 | 首次在单细胞分辨率下描绘了布鲁氏菌感染后睾丸免疫微环境的动态重塑,并识别出硫氧还蛋白相互作用蛋白(TXNIP)作为潜在的免疫治疗靶点 | 研究仅在山羊模型中进行,结果向其他物种或人类的直接外推需谨慎;机制验证实验(如功能缺失/获得)未在文中报告 | 阐明布鲁氏菌感染导致睾丸免疫病理的分子机制,并寻找免疫调节干预的潜在靶点 | 山羊睾丸组织(生理状态与布鲁氏菌感染状态) | 数字病理学 | 布鲁氏菌病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2026-03-01 |
Cholinergic Waves Have a Modest Influence on the Transcriptome of Retinal Ganglion Cells
2025-Aug-27, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0165-25.2025
PMID:40695599
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了野生型和β2KO小鼠视网膜神经节细胞在出生后第一周结束时的基因表达变化,探讨胆碱能波对RGC转录组的有限影响 | 首次在单细胞水平上揭示了胆碱能波对特定功能类型视网膜神经节细胞转录组的微妙、类型特异性调控,而非全局性影响 | 研究仅关注出生后第一周结束时的RGC,未覆盖整个发育阶段;样本量相对较小;突变模型可能无法完全模拟所有胆碱能波相关效应 | 探究β2KO小鼠模型中胆碱能波缺失对视网膜神经节细胞基因表达的影响 | 野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞 | 单细胞转录组学 | 视觉系统发育障碍 | 单细胞RNA测序,原位杂交,全细胞记录 | NA | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2026-03-01 |
Integrated single-nuclei and spatial transcriptomic profiling of human sacrococcygeal teratomas reveals heterogeneity in cellular composition and X-chromosome inactivation
2025-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.21.665156
PMID:40777431
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研究论文 | 本研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学技术,揭示了人类骶尾部畸胎瘤的细胞组成异质性和X染色体失活状态 | 首次结合单核RNA-seq和空间转录组学分析SCTs,发现X染色体双等位基因表达与细胞身份和性别偏见的关联 | 样本量较小(仅8个肿瘤),且未检测到假定的多能细胞群 | 探究骶尾部畸胎瘤的细胞起源、临床分层和性别偏见机制 | 人类骶尾部畸胎瘤组织样本 | 数字病理学 | 骶尾部畸胎瘤 | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间数据 | 8个SCTs样本(6个产后,2个产前) | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 96 | 2026-03-01 |
Mutual Regulation of Cardiovascular and Hematopoietic Development
2025-Apr-22, Current cardiology reports
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s11886-025-02236-5
PMID:40261519
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综述 | 本文探讨了心血管与造血系统在发育中的相互调控关系,特别聚焦于心内膜造血这一进化保守过程及其在心脏发育和巨噬细胞形成中的作用 | 通过单细胞RNA测序技术揭示了心内膜细胞具有独立于已知造血器官的内在造血程序,并阐明了心内膜来源巨噬细胞在心脏形态发生中的独特贡献 | NA | 探讨心血管与造血系统发育的分子机制和调控相互作用 | 心内膜造血过程、心脏发育、巨噬细胞形成 | 自然语言处理 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 97 | 2026-03-01 |
Spatial Transcriptomics Identifies Immune-Stromal Niches Associated with Cancer in Adult Dermatomyositis
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644147
PMID:40166232
|
研究论文 | 本研究通过整合空间和单细胞转录组学分析,揭示了成人皮肌炎中与癌症相关的独特免疫和基质微环境 | 首次提供了成人皮肌炎中免疫和基质细胞的空间映射,发现了与癌症相关的DM皮肤病变中分散的免疫浸润特征,以及非癌症相关DM中独特的细胞对和IFN-β表达 | NA | 探究成人皮肌炎的免疫和基质微环境特征及其与癌症的关联 | 成人皮肌炎患者的皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肌炎 | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2026-03-01 |
Comprehensive biomarker profiles in hematological malignancies: improving diagnosis, prognosis, and treatment
2025-Mar, Biomarkers in medicine
IF:1.9Q3
DOI:10.1080/17520363.2025.2471745
PMID:40015744
|
综述 | 本文全面概述了血液系统恶性肿瘤中生物标志物的最新进展及其在诊断、预后和治疗中的应用 | 整合了从传统形态学到先进分子技术(如PCR、NGS、质谱和单细胞RNA测序)的生物标志物发现历程,并强调了新兴技术在揭示先前无法检测的生物标志物方面的作用 | NA | 提供血液系统恶性肿瘤生物标志物的全面概述,探讨其诊断和治疗应用及未来发展方向 | 血液系统恶性肿瘤及其相关生物标志物 | NA | 血液系统恶性肿瘤 | 聚合酶链反应(PCR)、下一代测序(NGS)、质谱、单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 99 | 2026-03-01 |
Multi-omics integration in disease research
2025, Progress in brain research
DOI:10.1016/bs.pbr.2025.08.012
PMID:41314746
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综述 | 本章强调多组学整合在理解阿尔茨海默病、帕金森病和肌萎缩侧索硬化等神经退行性疾病生物学中的价值 | 通过整合基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据,结合单细胞测序、空间转录组学和高通量质谱等工具,重建分子网络并实现患者分子亚型分层 | 面临数据异质性和标准化不足等挑战 | 推动神经退行性疾病研究中的个性化策略 | 阿尔茨海默病、帕金森病和肌萎缩侧索硬化(ALS) | 多组学整合 | 神经退行性疾病 | 单细胞测序、空间转录组学、质谱分析 | NA | 基因组、转录组、蛋白质组、代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 100 | 2026-03-01 |
Precision medicine in neurodegenerative diseases: From research to clinical practice
2025, Progress in brain research
DOI:10.1016/bs.pbr.2025.08.006
PMID:41314744
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综述 | 本章概述了精准医学如何重塑神经退行性疾病的理解、诊断和治疗方式 | 整合了遗传、分子、生物标志物、影像技术和数字工具等多维度信息,推动精准医学从研究向临床实践转化 | 面临试验设计、数据整合、不平等获取和监管障碍等挑战 | 探讨精准医学在神经退行性疾病中的应用,旨在改善诊断、治疗和疾病管理 | 阿尔茨海默病、帕金森病、肌萎缩侧索硬化症和亨廷顿病等神经退行性疾病 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学、影像技术、数字工具 | NA | 遗传数据、分子数据、生物标志物数据、影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |