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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
81 2026-02-16
Single-cell RNA sequencing of platelets: challenges and potential
2026-Jan, Journal of thrombosis and thrombolysis IF:2.3Q2
研究论文 本研究首次使用10X Genomics平台对全血来源的血小板进行单细胞RNA测序,探索了血小板转录组学的可行性 首次在全血来源的血小板富集血浆上应用10X Genomics平台进行scRNA-seq,克服了血小板RNA含量低、细胞小、易激活等技术挑战 血小板具有高耗竭潜力、对操作敏感、细胞尺寸小、RNA含量有限等技术和程序性挑战 对血小板进行单细胞RNA测序,以研究其转录组特征 从健康供者全血中纯化的血小板 单细胞转录组学 血管疾病 单细胞RNA测序 UMAP聚类分析 RNA测序数据 来自一名健康供者的血小板样本 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10X Genomics平台用于单细胞RNA测序
82 2026-02-16
Multi-omics characterization of RNA modification enzymes identifies NAT10 as a functionally validated prognostic biomarker in hepatocellular carcinoma
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合多组学分析,揭示了RNA修饰酶在多种癌症中的失调模式,并建立了诊断和预后模型 首次全面描绘了RNA修饰酶在泛癌中的拷贝数变异相关失调景观,并利用机器学习识别出12个可靠的肿瘤诊断标志物,同时通过单细胞转录组分析揭示了其在肿瘤微环境中的异质性表达 研究主要基于关联分析,功能验证仅针对NAT10进行,其他RNA修饰酶的具体生物学机制仍需进一步实验探索 系统表征RNA修饰酶在癌症中的全局调控模式及其临床相关性 多种癌症类型中的RNA修饰酶 生物信息学 肝细胞癌 多组学分析、单细胞RNA测序、机器学习、LASSO回归、EdU实验、qRT-PCR、免疫组化 LASSO回归模型 基因表达数据、拷贝数变异数据、临床数据、单细胞转录组数据 多个独立队列的癌症样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
83 2026-02-16
Prognostic gene screening and experimental validation in renal clear cell carcinoma based on spatial transcriptomics and single-cell sequencing
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,筛选出七个预后基因并构建风险模型,用于肾透明细胞癌的风险分层和生存预测,并鉴定ATP1A1为潜在治疗靶点 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据识别肾透明细胞癌的预后基因,并构建了包含七个基因的风险模型和列线图,提高了生存预测的准确性 研究依赖于公共数据库(TCGA和ICGC)的回顾性数据,缺乏前瞻性临床验证,且功能分析主要基于生物信息学方法,实验验证有限 识别肾透明细胞癌的可靠预后生物标志物和治疗靶点,以改善患者分层和个性化治疗 肾透明细胞癌(ccRCC)患者 数字病理学 肾癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间转录组学(ST) 风险模型,列线图(nomogram) 基因表达数据,空间转录组数据 TCGA和ICGC数据集中的肾透明细胞癌患者样本 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
84 2026-02-16
Transcriptome and single-cell RNA sequencing analysis with 101 machine learning combinations and experimental verification reveals the mechanism of action of mannose metabolism in bladder cancer
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过转录组和单细胞RNA测序分析结合101种机器学习组合及实验验证,揭示了甘露糖代谢在膀胱癌中的作用机制 首次系统整合101种机器学习算法组合来识别膀胱癌中与甘露糖代谢相关的预后基因,并通过单细胞分析确认巨噬细胞为关键细胞类型 研究主要基于公共数据库数据,需要更多独立队列验证;单细胞分析样本量可能有限 探究甘露糖代谢对膀胱癌预后的影响机制 膀胱癌患者样本及相关基因 生物信息学 膀胱癌 转录组测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blotting, 免疫组化 机器学习算法组合, 回归分析 基因表达数据, 单细胞数据 未明确具体样本数量,使用公共数据库数据集 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
85 2026-02-16
PSMA4 as a Druggable Target in Hidradenitis Suppurativa: Evidence From Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptomics
2026, Mediators of inflammation IF:4.4Q2
研究论文 本研究通过药物基因组范围的孟德尔随机化分析,结合单细胞转录组学,识别了化脓性汗腺炎(HS)的潜在治疗靶点PSMA4和MAST3 首次整合孟德尔随机化、共定位分析和单细胞RNA测序,揭示PSMA4在CD4 T细胞中的富集及其通过TNF通路促进炎症的作用,为HS提供了新的治疗靶点 研究主要基于遗传和转录组数据,缺乏实验验证靶点功能的具体机制,且样本来源和疾病异质性可能影响结果普适性 识别化脓性汗腺炎的新型治疗靶点 化脓性汗腺炎患者 自然语言处理 皮肤炎症性疾病 孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、共定位分析、细胞间通讯分析 NA 遗传数据、转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
86 2026-02-16
Spatial and single-cell transcriptomics reveal the reorganization of cerebellar microglia with aging
2025-Dec-23, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 本研究结合单细胞和空间转录组学技术,揭示了小脑小胶质细胞在衰老过程中的重组和适应性变化 首次通过单细胞核RNA测序、小胶质细胞批量RNA测序和MERFISH空间转录组学,系统揭示了小脑小胶质细胞在衰老中的早期显著变化及其与颗粒细胞的邻近关系,并识别出一种神经元相关的小胶质细胞特征 研究主要基于小鼠模型,人类小脑衰老的类似变化尚未验证;空间分析可能受限于MERFISH技术的分辨率和覆盖范围 探究小脑在衰老过程中的转录组变化,特别是小胶质细胞的重组和适应性 小鼠小脑组织,重点关注小胶质细胞和颗粒细胞 数字病理学 老年疾病 单细胞核RNA测序,批量RNA测序,MERFISH空间转录组学 NA 转录组数据,空间转录组数据 涉及十五个小鼠脑区域,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
87 2026-02-16
Multi-omics integration and machine learning define robust molecular subtypes and prognostic signatures in hepatocellular carcinoma
2025-Dec-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,定义了肝细胞癌的稳健分子亚型并构建了预后特征模型 结合十种聚类算法进行整合多组学聚类识别分子亚型,并应用十种机器学习算法构建共识预后特征,同时纳入单细胞RNA测序和空间转录组学数据解析关键基因的细胞起源和空间表达模式 需要前瞻性临床验证来确认模型的预测性能 精炼肝细胞癌的分子分型并改善预后预测 肝细胞癌患者 机器学习 肝细胞癌 多组学整合、单细胞RNA测序、空间转录组学 机器学习算法(未指定具体模型) 多组学数据 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
88 2026-02-16
Orthologous genes of the red flour beetle Tribolium castaneum and the vinegar fly Drosophila melanogaster
2025-Dec-12, BMC genomic data IF:1.9Q3
研究论文 本文生成了果蝇和赤拟谷盗之间的直系同源基因列表,为比较基因组学研究提供资源 利用OrthoFinder平台和eggNOG数据库,结合手动系统发育树分析,生成了超过9,000个直系同源基因的全面列表 NA 为果蝇和赤拟谷盗之间的比较基因组和基因功能研究提供直系同源基因的严谨分配和汇编 果蝇和赤拟谷盗的参考蛋白质组 比较基因组学 NA 系统发育直系同源性推断 NA 蛋白质组数据 NA NA NA NA NA
89 2026-02-16
Dynamic GLUT trafficking at high glucose levels enhances insulin secretion: Dysregulation leads to decreased insulin secretion during type 2 diabetes
2025-Aug-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究揭示了葡萄糖转运蛋白(GLUT1/2)在高葡萄糖浓度下通过网格蛋白介导的内存作用进行动态转运,以维持葡萄糖摄取和胰岛素分泌,并发现2型糖尿病中该过程受损导致胰岛素分泌减少 首次阐明GLUT在高葡萄糖刺激下的动态转运机制及其与胰岛素分泌颗粒的空间关联,并证明2型糖尿病中该转运过程受损 研究主要基于体外细胞模型和人类胰岛样本,体内生理环境下的验证尚需进一步研究 探究葡萄糖转运蛋白动态转运机制及其在2型糖尿病胰岛素分泌障碍中的作用 胰腺β细胞、人类胰岛(来自非糖尿病和2型糖尿病供体) 细胞生物学与糖尿病研究 2型糖尿病 单细胞RNA测序、分子生物学技术 NA 基因表达数据、细胞成像数据 人类胰岛样本(非糖尿病与2型糖尿病供体) NA 单细胞RNA-seq NA NA
90 2026-02-16
Enhanced Production of Lipid Mediators in Plasma and Activation of DNA Damage Pathways in PBMCs Are Correlated With the Severity of Ancestral SARS-CoV-2 Infection
2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2
研究论文 本研究通过分析PBMCs和血浆的转录组与脂质代谢物,揭示了特定脂质介质及其合成基因的上调与SARS-CoV-2感染严重程度的相关性 首次将血浆脂质代谢物水平、PBMCs的DNA损伤通路激活以及鼻咽部细胞类型特异性基因表达变化,与COVID-19疾病严重程度进行整合关联分析 样本量较小(PBMCs仅20例),且为观察性研究,无法确定因果关系 探究遗传因素和脂质代谢物在严重SARS-CoV-2感染中的作用机制 感染与未感染SARS-CoV-2的患者的外周血单个核细胞(PBMCs)、血浆及鼻咽拭子样本 生物信息学 COVID-19 bulk RNA-seq, 脂肪酸组学分析, 单细胞RNA-seq数据分析 NA 基因表达数据, 脂质代谢组数据 PBMCs和血浆:10名感染患者和10名未感染对照;鼻咽拭子:58名健康与COVID-19参与者 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
91 2026-02-16
Multi-omics approaches for identifying the PANoptosis signature and prognostic model via a multimachine-learning computational framework for intrahepatic cholangiocarcinoma
2025-Apr-15, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究通过多组学方法识别肝内胆管癌中的PANoptosis特征,并利用多机器学习计算框架构建预后模型 整合Cox回归分析和5种机器学习算法,筛选出5个核心基因,构建了PANoptosis风险评分模型,并在多中心队列中验证其预后预测和临床转化性能 NA 表征肝内胆管癌患者的PANoptosis特征,构建指导临床诊断和治疗的新模型,并探索耐药相关分子机制 肝内胆管癌患者 机器学习 肝内胆管癌 转录组学、蛋白质组学、单细胞转录组学 Cox回归分析、机器学习算法 转录组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据 来自OEP001105公共队列和重庆医科大学第一附属医院的多组学数据 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 蛋白质组学 NA NA
92 2026-02-16
Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model
2025-Feb-19, Science translational medicine IF:15.8Q1
研究论文 本研究通过抑制YAP蛋白在红杜洛克猪伤口模型中实现无疤痕再生,揭示了YAP/IL-33信号轴在大型动物伤口愈合中的作用 首次在大型动物(猪)模型中验证YAP抑制剂维替泊芬能实现无疤痕伤口再生,并利用单细胞RNA测序与空间蛋白质组学解析细胞动态 研究主要基于动物模型,人类临床转化效果仍需进一步验证;未详细探讨长期安全性问题 探究抑制机械转导通路(YAP)对大型动物伤口再生与疤痕形成的影响 红杜洛克猪伤口模型、人类新生儿包皮异种移植模型 单细胞组学 皮肤创伤与疤痕 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间蛋白质组学分析 NA 单细胞转录组数据、空间蛋白质组数据 红杜洛克猪伤口样本、人类新生儿包皮异种移植样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
93 2026-02-16
Comprehensive analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq reveals the non-cardiomyocytes heterogeneity and novel cell populations in dilated cardiomyopathy
2025-Jan-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过整合分析扩张型心肌病(DCM)和正常心脏组织的单细胞RNA测序(scRNA-seq)与批量RNA测序(bulk RNA-seq)数据,揭示了DCM中非心肌细胞的异质性,并识别了参与疾病过程的新型细胞亚群 首次构建了DCM的单细胞转录图谱,并利用多种机器学习算法(xCell, EPIC, MCP counter, CIBERSORT)高精度地识别了DCM相关细胞类型,发现了具有不同功能的成纤维细胞和巨噬细胞新亚群(如增殖性F3细胞、肌成纤维细胞F6细胞、M2-like1和M2-like2巨噬细胞),并揭示了GAS6-MERTK轴在细胞间通讯中的潜在作用 样本量相对较小(7个DCM样本和3个正常样本),研究结果需要在更大规模的队列中进行验证 揭示扩张型心肌病(DCM)中非心肌细胞的异质性及其在疾病发生中的作用,探索潜在的免疫治疗靶点 人类心脏组织(来自DCM患者和正常供体) 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq),批量RNA测序(bulk RNA-seq) 机器学习算法(包括xCell, EPIC, MCP counter, CIBERSORT) 基因表达数据(转录组) 总计70,958个单细胞数据点,来源于7个DCM样本和3个正常心脏组织样本 NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
94 2026-02-16
Integrating traditional omics and AI-driven approaches for discovery and validation of novel MicroRNA biomarkers and therapeutic targets in thyroid cancer
2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1
研究论文 本研究整合传统组学技术与人工智能方法,结合单细胞验证,以发现和验证甲状腺癌中新型microRNA生物标志物和治疗靶点 将批量转录组学的荟萃分析与机器学习特征选择、单细胞空间图谱相结合,增强了生物标志物的发现和验证能力 未明确说明样本来源的多样性或潜在偏差,且单细胞数据仅来自23个样本,可能限制普遍性 发现和验证甲状腺癌中可靠的生物标志物和治疗靶点 甲状腺癌样本、TPC-1和BHT101细胞系、以及小鼠异种移植模型 机器学习 甲状腺癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, CRISPRi, 功能实验 机器学习特征选择 转录组数据, 单细胞数据 3个批量RNA-seq数据集和23个甲状腺癌样本的196,145个单细胞 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
95 2026-02-16
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究评估了Element Biosciences的亲和碱基化学测序技术在单细胞RNA-seq文库中的应用,特别是其在通过同聚物引物区域进行准确测序的能力,以及对多聚腺苷酸化位点分析的影响 首次利用Element Aviti仪器的亲和碱基化学测序技术,成功实现了对单细胞RNA-seq文库中同聚物引物区域的准确测序,并开发了改进的适配器修剪和比对工作流程,提高了测序数据的比对效率 与单端比对相比,配对端比对并未一致提高读段映射率,且研究未排除其他新兴平台可能具有类似性能的可能性 评估亲和碱基化学测序技术在单细胞RNA-seq文库中的性能,特别是对多聚腺苷酸化位点分析的改进 单细胞RNA-seq文库,特别是基于poly(dT)引物的3'端协议生成的cDNA片段 自然语言处理 NA 单细胞RNA-seq, 亲和碱基化学测序 NA 序列数据 NA Element Biosciences, Illumina 单细胞RNA-seq Element Aviti, Illumina测序平台 Element Aviti仪器使用亲和碱基化学测序技术,Illumina平台用于标准单细胞RNA-seq
96 2026-02-16
Single-cell transcriptomics identifies an effectorness gradient shaping the response of CD4+ T cells to cytokines
2020-04-14, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组学揭示了CD4+ T细胞对细胞因子反应的效应梯度 首次在人类CD4+ T细胞中通过单细胞RNA-seq识别出从初始到效应记忆T细胞的转录连续体,并定义了伴随趋化因子和细胞因子表达增加的效应梯度 研究主要关注人类CD4+ T细胞,未涉及其他免疫细胞类型或体内验证 探究初始和记忆CD4+ T细胞对细胞因子反应的差异及其异质性 人类初始和记忆CD4+ T细胞 单细胞组学 炎症相关疾病 定量蛋白质组学, 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA 蛋白质组数据, RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据 超过40,000个人类初始和记忆CD4+ T细胞 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
97 2026-02-15
Metabolic-immune interactions in gastric cancer T cells: A single-cell atlas for prognostic biomarker identification
2026-Jun, Quantitative biology (Beijing, China)
研究论文 本研究通过整合单细胞和批量测序数据,系统表征了胃癌肿瘤微环境中的代谢异质性,并识别出与T细胞分化相关的预后生物标志物 首次在单细胞水平系统描绘胃癌代谢-免疫相互作用图谱,并构建了一个基于6个T细胞分化特征的新型风险评分模型,该模型在预测预后方面优于传统临床病理因素 研究主要基于公共数据集进行回顾性分析,需要在更大规模的前瞻性队列中进行验证 揭示胃癌肿瘤微环境中代谢与免疫的相互作用,并开发用于预后分层和免疫治疗靶点识别的生物标志物 胃癌组织、恶性上皮细胞、T细胞 数字病理学 胃癌 单细胞RNA测序、批量RNA测序、微阵列、免疫组织化学 机器学习模型 单细胞转录组数据、批量转录组数据、微阵列数据、临床生存数据 23例胃癌组织的35,633个细胞(单细胞数据),以及来自UCSC Xena的批量RNA-seq数据和两个独立微阵列队列(GSE26899, GSE62254) NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
98 2026-02-15
A protective role of ECSIT in chemotherapy-induced intestinal mucositis by maintaining Lgr5+ intestinal stem cells and gut homeostasis
2026-Mar-15, Life sciences IF:5.2Q1
研究论文 本研究揭示了ECSIT在化疗诱导的肠黏膜炎中通过维持Lgr5+肠干细胞和肠道稳态的保护作用 首次阐明ECSIT通过稳定β-catenin复合体调控Wnt信号通路,从而维持Lgr5+肠干细胞平衡和肠道免疫稳态的双重功能 研究主要基于小鼠模型,临床样本分析仅限于表达相关性,缺乏直接的人类干预实验验证 阐明ECSIT在化疗诱导肠黏膜炎中对肠干细胞平衡和黏膜修复的调控机制 肠上皮细胞、Lgr5+肠干细胞、肠道组织 分子生物学 肠黏膜炎 多组学分析、基因编辑、单细胞RNA测序、基因集富集分析 基因敲除小鼠模型 基因表达数据、单细胞转录组数据 未明确具体样本数量,包含小鼠模型和临床组织样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
99 2026-02-15
Mechanistic insights into nitric oxide signaling in shaping root architecture under challenging environments
2026-Mar, Plant science : an international journal of experimental plant biology IF:4.2Q1
综述 本文综述了一氧化氮(NO)在逆境条件下调控植物根系构型(RSA)的多重作用机制 整合了NO与ROS及植物激素信号网络的互作,并强调了单细胞转录组学、氧化还原敏感生物传感器和高分辨率活细胞成像等新兴技术在解析NO-ROS互作中的潜力 NO介导的RSA调控的生化与分子机制仍复杂且部分未知,存在关键知识缺口 理解作物如何适应环境胁迫,特别是通过根系构型可塑性来增强胁迫抗性 植物根系,特别是根系构型(RSA)及其在胁迫下的发育 植物生物学 NA 单细胞转录组学、氧化还原敏感生物传感器、高分辨率活细胞成像 NA NA NA NA NA NA NA
100 2026-02-15
Systematic analyses uncover endocrine-disrupting chemical-responsive genes linked to endometriosis
2026-Mar, Reproductive toxicology (Elmsford, N.Y.)
研究论文 本研究通过整合孟德尔随机化、贝叶斯共定位和单细胞RNA测序,识别了与子宫内膜异位症风险相关的内分泌干扰物响应基因 首次系统性地整合了化学-基因相互作用数据库、eQTL数据、GWAS数据和scRNA-seq数据,以揭示内分泌干扰物通过特定基因影响子宫内膜异位症风险的分子通路,并建立了一个可扩展的研究基因-环境相互作用的框架 未在文中明确说明,但可能包括数据库的覆盖范围限制、统计方法的假设、以及需要后续功能实验验证候选基因的因果机制 识别内分泌干扰物响应基因,并阐明其如何影响子宫内膜异位症的风险 与子宫内膜异位症相关的基因和内分泌干扰物 生物信息学 子宫内膜异位症 孟德尔随机化,贝叶斯共定位分析,单细胞RNA测序 NA 基因表达数量性状位点数据,全基因组关联研究数据,单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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