单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 35935 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-02-05 |
Single-cell analysis identifies BASP1 as a driver of drug resistance and cell plasticity in oral squamous cell carcinoma
2026-Jan-06, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.111126
PMID:41506484
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了BASP1基因在口腔鳞状细胞癌顺铂耐药性和细胞可塑性中的关键驱动作用 | 首次在单细胞水平上识别出BASP1是口腔鳞状细胞癌顺铂耐药性和上皮-间质转化的关键调控因子，并阐明了其通过调控LIN7A表达和抑制microRNA hsa-mir-501-3p诱导β-catenin介导EMT的分子机制 | 研究主要基于细胞系模型，缺乏体内实验和临床样本的验证 | 探究口腔鳞状细胞癌顺铂耐药性的分子机制，并寻找克服耐药性的潜在治疗靶点 | 人类口腔鳞状细胞癌细胞系（包括顺铂敏感型、早期耐药型和晚期耐药型） | 单细胞组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三种不同耐药表型的口腔鳞状细胞癌细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2026-02-05 |
Single-cell profiling defines the cellular landscape of the urinary bladder: a scoping review
2026-Jan-05, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03750-6
PMID:41491261
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综述 | 本文通过范围综述，总结了单细胞RNA测序技术在健康膀胱细胞异质性研究中的应用，并识别了文献中的空白以指导未来研究 | 整合了多项单细胞RNA测序研究，首次系统性地绘制了膀胱细胞图谱，并比较了单细胞与单核RNA测序的效用 | 仅纳入英文发表的研究，可能遗漏其他语言的重要文献，且综述性质限制了原始数据的深入分析 | 评估单细胞RNA测序在健康膀胱细胞异质性研究中的应用现状，并识别未来研究方向 | 健康膀胱中的细胞，包括尿路上皮细胞、间质细胞、平滑肌细胞、免疫细胞、内皮细胞、间皮细胞和神经细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序，单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | 基于12项符合纳入标准的研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 83 | 2026-02-05 |
Mitochondrial-related biomarkers as the diagnostic markers in sepsis induced acute respiratory distress syndrome
2026-Jan-05, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03772-0
PMID:41491575
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析和实验验证，鉴定了与线粒体相关的三个生物标志物（ARID4B、RGS2、TGM2）用于脓毒症诱发的急性呼吸窘迫综合征的诊断 | 首次结合差异表达基因筛选、机器学习算法特征选择、单细胞RNA测序分析和实验验证，系统地鉴定了脓毒症诱发的ARDS中与线粒体功能相关的特异性生物标志物 | 研究主要基于公共数据集和生物信息学分析，实验验证样本量可能有限，需要进一步的大规模临床队列研究来确认生物标志物的诊断效能 | 寻找脓毒症诱发的急性呼吸窘迫综合征中与线粒体相关的诊断生物标志物 | 脓毒症诱发的急性呼吸窘迫综合征患者相关的基因表达数据和生物样本 | 生物信息学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR）、蛋白质印迹法（western blotting） | 机器学习算法（具体算法未明确说明） | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 84 | 2026-02-05 |
Integrative multi-omics analysis reveals gut microbiota-derived metabolites and immune regulatory pathways in osteoarthritis pathogenesis
2026-Jan-05, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-025-06604-3
PMID:41491956
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析，揭示了肠道菌群衍生代谢物和免疫调控通路在骨关节炎发病机制中的作用 | 构建了连接肠道菌群、代谢物和关键基因ARG1的Microbiota-Metabolite-Target网络，并识别出具有良好药物性质的代谢物 | 研究结论需要未来体外和体内实验进一步验证 | 探究肠道菌群衍生代谢物和免疫调控通路在骨关节炎发病机制中的作用 | 骨关节炎患者或相关数据 | 机器学习 | 骨关节炎 | 多组学分析、单细胞转录组学 | 机器学习、SHAP | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 85 | 2026-02-05 |
Downregulation of USP39 in sepsis reflects immune dysfunction and offers diagnostic and prognostic value
2026-Jan-05, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03709-7
PMID:41491968
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研究论文 | 本研究分析了USP39在脓毒症中的表达及其临床相关性，探讨其作为诊断和预后生物标志物的潜力 | 首次系统评估USP39在脓毒症中的表达模式、临床意义及免疫调控作用，结合生物信息学分析和体外实验验证 | 研究主要基于公共数据集和细胞系实验，缺乏大规模临床队列验证和动物模型研究 | 探索USP39在脓毒症发病机制中的作用，评估其诊断和预后价值 | 脓毒症患者RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据、LPS诱导的THP-1细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, GSEA, GSVA, ssGSEA, Cox回归, ROC分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 公共数据集（包括GSE175453单细胞数据集）和THP-1细胞实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 86 | 2026-02-05 |
Novel insights into meningioma brain invasion with spatial transcriptomic profiling
2026-Jan-04, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02206-6
PMID:41486296
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，探究了脑膜瘤细胞和肿瘤相关小胶质细胞/巨噬细胞在脑膜瘤-脑边界区域的基因表达谱，以揭示脑膜瘤脑侵袭的分子机制 | 首次使用空间转录组学技术（NanoString GeoMx）对脑膜瘤-脑边界区域进行分子层面的空间解析，并比较了侵袭性与非侵袭性脑膜瘤在细胞富集群体中的基因表达差异 | 样本量较小（16例肿瘤），需要更大规模的研究来验证这些发现，并进一步揭示如何靶向脑膜瘤脑侵袭 | 探究脑膜瘤脑侵袭的分子相关因素，特别是脑膜瘤细胞和肿瘤相关免疫细胞在侵袭边界的作用 | 脑膜瘤患者肿瘤组织（包括侵袭性和非侵袭性病例） | 空间转录组学 | 脑膜瘤 | 空间转录组学，数字空间分析 | NA | 空间转录组数据 | 16例脑膜瘤肿瘤（8例侵袭性，8例非侵袭性） | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiling | NanoString GeoMx Digital Spatial Profiling，使用包含1800个基因的面板 |
| 87 | 2026-01-05 |
Spatial transcriptomics of developing human lungs defines cellular phenotypes associated with age, lineage and location
2026-Jan-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-34594-z
PMID:41484334
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 88 | 2026-02-05 |
ASTRO: Automated Spatial-Transcriptome whole RNA Output
2026-Jan-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf688
PMID:41495477
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为ASTRO的自动化空间转录组学数据处理流程，专门用于处理FFPE样本的全转录组分析 | ASTRO针对FFPE样本优化了空间条形码识别和过滤步骤，提高了映射率，能够同时检测编码和非编码RNA（如miRNA） | NA | 开发一个自动化空间转录组学数据处理流程，以解决FFPE样本分析中的挑战 | FFPE组织样本中的空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 89 | 2026-02-05 |
scSNViz: visualization and analysis of cell-specific expressed SNVs
2026-Jan-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag023
PMID:41533688
|
研究论文 | 本文介绍了scSNViz，一个用于分析和可视化单细胞RNA测序数据中细胞特异性表达的单核苷酸变异的R软件包 | 开发了一个专门用于单细胞水平表达SNV可视化和定量分析的工具，支持变异等位基因分数估计、SNV表达谱聚类以及2D/3D可视化，并能与现有单细胞分析框架无缝集成 | 未明确提及样本量或具体疾病应用，可能主要面向方法学开发而非特定生物学问题 | 开发一个工具来促进单细胞水平表达遗传变异的探索、量化和可视化 | 单细胞RNA测序数据中的表达单核苷酸变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2026-02-05 |
Advancing single-cell omics and cell-based therapeutics with quantum computing
2026-Jan-02, Nature reviews. Molecular cell biology
DOI:10.1038/s41580-025-00918-0
PMID:41478876
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路线图文章 | 本文探讨了量子计算如何与单细胞组学技术结合，以克服计算瓶颈并推动细胞行为建模和细胞疗法的发展 | 提出了量子计算作为新型计算范式，用于解决单细胞分析中的计算挑战，并展示了其在细胞疗法中的潜在应用案例 | NA | 探索量子计算在单细胞组学和细胞疗法中的整合潜力，以生成变革性的细胞行为模型 | 单细胞和空间转录组学、多组学技术以及细胞群体 | 机器学习和计算生物学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学、多组学技术 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 91 | 2026-02-05 |
AugGCL: Multimodal graph learning for spatial transcriptomics analysis with enhanced gene and morphological data
2026-Jan, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013912
PMID:41576146
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研究论文 | 本文提出了一种名为AugGCL的增强图卷积学习框架，用于空间转录组学分析，通过增强基因和形态学数据来改善空间结构解码和基因表达重建 | AugGCL引入了邻域信息聚合机制，整合表达相似性和空间邻近性构建加权图和增强表达矩阵，同时采用双流加权图卷积网络联合建模基因特征和图像衍生形态信息，增强弱空间信号并锐化边界 | NA | 旨在解决空间转录组学中表达稀疏性、复杂组织结构和弱空间信号等挑战，以重建解剖学准确的空间域 | 人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌和小鼠胚胎数据集 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 图卷积网络（GCN） | 基因表达数据和图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 92 | 2026-02-05 |
Targeting SH3GL1 for prognosis and immune response in breast cancer
2026-Jan, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2025.101377
PMID:41631242
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研究论文 | 本研究探讨了铜死亡相关基因SH3GL1在乳腺癌进展和免疫调控中的关键作用 | 首次将SH3GL1识别为乳腺癌的预后生物标志物和治疗靶点，并揭示了其在免疫微环境中的双重调控功能 | 研究主要基于公共数据集和体外实验，缺乏大规模临床验证和体内机制研究 | 评估SH3GL1在乳腺癌中的预后价值和免疫调控作用 | 乳腺癌肿瘤组织和相关免疫细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 基因表达谱分析、meta分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 基于公共数据集的乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2026-02-05 |
Advances in the diagnosis and treatment of oligoasthenozoospermia based on epigenetic regulation
2026 Jan-Dec, Therapeutic advances in urology
IF:2.6Q2
DOI:10.1177/17562872251414924
PMID:41631254
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综述 | 本文综述了基于表观遗传调控的少弱精子症诊断与治疗进展 | 整合基因组学、转录组学和单细胞研究，阐明DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA在少弱精子症中的作用，并评估单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序及整合多组学在解析细胞类型和阶段特异性调控中的应用 | NA | 提高对男性生殖细胞发育的理解，并改善生殖健康 | 男性不育症，特别是少弱精子症 | 生殖医学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序，整合多组学 | NA | 基因组数据，转录组数据，表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq，单细胞多组学 | NA | NA |
| 94 | 2026-02-05 |
Allogeneic hematopoietic stem cell transplantation for the treatment of chronic active Epstein-Barr virus infection
2026 Jan-Dec, Cell transplantation
IF:3.2Q2
DOI:10.1177/09636897251414206
PMID:41618712
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综述 | 本文综述了异基因造血干细胞移植在治疗慢性活动性EB病毒感染中的作用、挑战及未来研究方向 | 基于单细胞测序和嵌合体研究，明确了EBV感染的造血干细胞是CAEBV的“种子”细胞，从而确立了allo-HSCT作为唯一可能根治该病的策略，并提出了整合“移植前病毒载量降低-移植后复发预防”的未来研究新方向 | 移植时机、供体匹配、预处理强度及移植相关并发症对长期预后有显著影响，临床决策需高度个体化，目前缺乏统一标准 | 探讨异基因造血干细胞移植作为慢性活动性EB病毒感染根治性治疗策略的有效性、挑战及未来优化方向 | 慢性活动性EB病毒感染患者 | 血液病学/移植医学 | 慢性活动性EB病毒感染 | 单细胞测序、嵌合体研究 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 95 | 2026-02-05 |
Single-cell multi-omics sequencing reveals the immunological disturbance underlying Kawasaki disease
2026, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2026.1758948
PMID:41623592
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，揭示了川崎病中免疫细胞群的异质性及其潜在的免疫失调机制 | 首次在单细胞水平上整合多组学数据（scRNA-seq和scATAC-seq）系统描绘川崎病的免疫细胞异质性和染色质可及性变化，并识别出与静脉注射免疫球蛋白耐药相关的特定NK细胞亚群 | 样本量较小（仅2名川崎病患儿和2名健康对照），且为横断面研究，无法评估疾病进程中的动态变化 | 阐明川崎病的免疫失调细胞异质性和调控机制 | 川崎病患儿和健康对照儿童的外周血单个核细胞 | 单细胞多组学 | 川崎病 | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据，单细胞染色质可及性数据 | 4例样本（2名川崎病患儿，2名年龄匹配的健康对照儿童） | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq，单细胞多组学 | NA | NA |
| 96 | 2026-02-05 |
Hypoxia-Induced Osteopontin-Positive Glioma-Associated Macrophages Facilitate Glioma Mesenchymal Transition via NF-κB Pathway Activation
2026, Cancer communications (London, England)
DOI:10.34133/cancomm.0007
PMID:41625475
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研究论文 | 本研究揭示了缺氧诱导的骨桥蛋白阳性胶质瘤相关巨噬细胞通过NF-κB通路促进胶质母细胞瘤间质转化的机制 | 首次发现缺氧通过H3K4me3-WDR5表观遗传轴诱导巨噬细胞表达骨桥蛋白，并阐明这些OPN阳性GAMs通过分泌OPN激活CD44/NF-κB/PD-L1通路促进胶质瘤间质转化 | 研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证相对有限，且未深入探讨其他缺氧相关因子在GAMs调控中的作用 | 阐明缺氧条件下胶质瘤相关巨噬细胞促进胶质母细胞瘤进展的分子机制 | 胶质母细胞瘤细胞、胶质瘤相关巨噬细胞、临床胶质瘤样本 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 转录组测序、单细胞RNA测序、空间转录组分析、染色质免疫沉淀、实时定量PCR、Western印迹、免疫荧光 | NA | RNA测序数据、空间转录组数据、蛋白质印迹数据、免疫荧光图像 | 未明确说明具体样本数量，但包含临床样本和体内模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 97 | 2026-02-05 |
The Ly6ghigh Neutrophil Subset Dictates Breast Cancer Lung Metastasis via CD8+ T Cell Death
2026, Cancer communications (London, England)
DOI:10.34133/cancomm.0003
PMID:41625479
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研究论文 | 本文揭示了Ly6g高表达中性粒细胞亚群通过NETs诱导CD8+ T细胞凋亡，从而促进乳腺癌肺转移的机制 | 首次发现Ly6ghigh中性粒细胞通过NETs中的cathelicidin直接结合CD8+ T细胞的线粒体蛋白Ant1，触发线粒体通透性转换孔开放，导致细胞凋亡 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证有限；机制细节如cathelicidin与Ant1结合的具体结构域尚未完全阐明 | 探究乳腺癌肺转移微环境中中性粒细胞与CD8+ T细胞的相互作用机制 | 小鼠乳腺癌肺转移模型中的中性粒细胞亚群和CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、多重免疫荧光、蛋白质结合实验 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、免疫荧光图像、蛋白质互作数据 | 小鼠肺组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2026-02-05 |
CXCL8/SDC1 axis mediates tumor stem cell interactions to drive remote transfer in thyroid cancer
2026-Jan, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2025.101354
PMID:41626563
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组测序，揭示了CXCL8/SDC1轴通过激活JAK-STAT信号通路驱动甲状腺癌干细胞自我更新和远处转移的分子机制 | 首次在甲状腺癌中利用单细胞和空间转录组测序技术，结合功能实验和动物模型，系统阐明了CXCL8/SDC1轴介导肿瘤干细胞与单细胞互作网络促进远处转移的新机制 | 研究主要基于体外细胞系和动物模型，临床样本验证的队列规模未明确说明，且缺乏对CXCL8/SDC1轴靶向治疗的深入药效学评估 | 探究甲状腺癌远处转移的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 甲状腺癌患者肿瘤样本、FTC-238细胞系、裸鼠模型 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组测序、肿瘤组织转录组分析、ELISA、Western blotting、球体形成实验、集落形成实验、CCK-8实验、Transwell实验 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量转录组数据、临床数据 | 甲状腺癌患者肿瘤样本（具体数量未明确）、FTC-238细胞系、裸鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 99 | 2026-02-05 |
IER3 Promotes Malignant Progression of Colorectal Cancer Through the NF-κB Pathway
2026, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/8379666
PMID:41626627
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研究论文 | 本研究揭示了应激反应基因IER3通过激活NF-κB通路，驱动结直肠癌恶性进展并重塑免疫抑制性肿瘤免疫微环境 | 首次在单细胞分辨率上鉴定出与侵袭性疾病和不良预后相关的IER3表达恶性亚群，并阐明IER3通过FN1-CD44轴重塑免疫微环境的机制 | 未明确IER3表达调控的具体上游机制，临床样本量可能有限，动物模型验证需进一步扩展 | 探究IER3在结直肠癌发病机制和免疫调节中的功能作用 | 结直肠癌临床样本及体外/体内模型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 临床样本（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 100 | 2026-02-05 |
Construction of a Mitochondria-Related Gene Diagnostic Model Based on Integrated Multiomics Data and Functional Validation of ANK2 as a Key Regulator in Colorectal Cancer
2026, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/9306920
PMID:41626625
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据，构建了一个基于线粒体相关基因的结直肠癌诊断模型，并验证了ANK2作为关键调控因子的功能 | 整合TCGA和多个GEO公共数据集的转录组数据与MitoCarta3.0数据库的线粒体相关基因数据，利用LASSO回归和SVM-RFE两种机器学习算法识别关键基因并构建诊断模型，并结合单细胞RNA测序数据和分子生物学实验进行功能验证 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要前瞻性临床队列进一步验证模型的诊断效能 | 开发一种基于线粒体相关基因的新型、高效的结直肠癌分子诊断方法 | 结直肠癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组测序，单细胞RNA测序，qRT-PCR，Western blotting，免疫组化 | LASSO回归，SVM-RFE | 基因表达数据，单细胞数据 | 1174个样本（来自TCGA和GEO数据集：GSE21510，GSE44076，GSE9348），以及单细胞数据集GSE245552 | NA | bulk RNA-seq，单细胞RNA-seq | NA | NA |