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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
81 2026-01-23
Transcriptome-wide Mendelian randomization and single-cell analysis during CD4+ T cell activation deciphers immunotherapeutic targets for colorectal cancer
2025-Dec-29, NPJ precision oncology IF:6.8Q1
研究论文 本研究通过转录组范围孟德尔随机化与单细胞分析,揭示了CD4+ T细胞活化在结直肠癌进展中的关键作用,并识别出潜在的免疫治疗靶点 首次结合转录组范围孟德尔随机化、单细胞RNA测序与多组学验证,系统解析CD4+ T细胞活化相关基因与结直肠癌的因果关系,识别出PARP14和ORMDL3等关键免疫治疗靶点 研究主要基于遗传学与转录组数据,需进一步实验验证靶点的功能机制与临床转化潜力 识别结直肠癌免疫治疗的潜在靶点 CD4+ T细胞活化相关基因与结直肠癌的因果关系 生物信息学 结直肠癌 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 多组学分析 孟德尔随机化模型, 单细胞转录组分析 遗传学数据, 转录组数据, 单细胞表达数据 未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
82 2026-01-23
Cross-organ single-cell integration identifies liver-specific fibroblast programs and HGF-MET/AGT-AGTR1B axes that link fibrosis to hepatocarcinogenesis
2025-Dec-29, Neuro endocrinology letters
PMID:41565578
研究论文 本研究通过跨器官单细胞整合分析,识别了肝脏特异性成纤维细胞程序及HGF-MET/AGT-AGTR1B轴,揭示了肝纤维化与肝细胞癌之间的潜在联系 采用跨器官单细胞RNA-seq数据整合方法,通过减去共享的泛纤维化特征,识别肝脏特异性成纤维细胞基因和通路,并发现肝细胞-成纤维细胞互作轴HGF-MET和AGT-AGTR1B作为肝纤维化向肝癌转化的潜在机制 研究依赖于公共数据集,可能受批次效应影响;结论需进一步实验验证 探究肝脏特异性基质机制,揭示肝纤维化与肝细胞癌之间的分子联系 纤维化的心脏、肾脏、肝脏和肺脏组织,以及肝细胞癌组织 单细胞组学 肝细胞癌 单细胞RNA测序 Seurat整合流程、Slingshot伪时间分析、CellChat配体-受体推断 单细胞RNA-seq数据 多个公共单细胞RNA-seq数据集,涵盖纤维化器官及对照样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
83 2026-01-23
The Distinct Monocyte Subsets and Intercellular Communication in Primary Sjögren's Syndrome Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Dec-27, Journal of clinical immunology IF:7.2Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了原发性干燥综合征患者中单核细胞亚群、亚群间通讯的异常变化及其在疾病发病机制中的作用 首次在pSS患者中利用scRNA-seq全面表征单核细胞亚群和亚群的异质性,识别出新的亚群变化和潜在生物标志物 样本量有限,未进行功能验证实验,且研究仅关注单核细胞,未全面评估其他免疫细胞类型 探究原发性干燥综合征患者单核细胞亚群和亚群的变异及其功能角色 原发性干燥综合征患者和健康对照者的单核细胞样本 单细胞组学 自身免疫性疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 未明确指定具体样本数量,涉及pSS患者和健康对照 NA 单细胞RNA-seq NA NA
84 2026-01-23
Intrinsic and non-cell autonomous roles for a neurodevelopmental syndrome-linked transcription factor
2025-Dec-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文揭示了转录因子UNC-3在运动神经元中的细胞自主和非细胞自主功能,及其与人类EBF3综合征的关联 首次发现UNC-3作为终端选择因子,不仅通过细胞自主方式调控神经元身份,还通过胆碱能神经传递介导非细胞自主效应,影响下游GABA运动神经元的转录、形态和连接 研究基于线虫模型,人类EBF3综合征的直接机制仍需进一步验证 探究转录因子在神经元身份和电路组装中的内在与外在调控作用 线虫的胆碱能和GABA运动神经元 神经发育生物学 神经发育综合征 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
85 2026-01-23
FlashDeconv enables atlas-scale, multi-resolution spatial deconvolution via structure-preserving sketching
2025-Dec-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为FlashDeconv的框架,用于图谱规模的空间转录组学解卷积,通过结构保持的随机草图技术,在保持计算效率的同时保留稀有生物信号 采用杠杆得分重要性采样来优先处理转录组学上独特的标记,保留标准特征选择丢弃的稀有细胞类型信号,相比基于方差的方法能更准确地解卷积 未明确提及具体局限性,但可能依赖于特定数据质量或算法假设 开发一个可扩展的数学框架,用于图谱规模的空间转录组学解卷积,以快速进行患者分层和生物结构发现 人类卵巢癌队列数据,包括细胞共定位信号和Tuft细胞微环境 空间转录组学 卵巢癌 空间转录组学解卷积 结构保持随机草图框架 空间转录组学数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
86 2026-01-23
In vivo human embryonic spinal cord atlas validates stem cell-derived human dorsal interneurons and reveals ASD spinal signatures
2025-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究开发了一种改进的方法,通过神经中胚层祖细胞状态从人类胚胎干细胞生成脊髓背侧中间神经元,并构建了人类胚胎脊髓的单细胞RNA-Seq图谱,用于验证干细胞来源的神经元并揭示与自闭症谱系障碍相关的脊髓特征 提出了一种通过生理中间体(神经中胚层祖细胞)生成人类脊髓背侧中间神经元的新方法,并首次构建了人类胚胎脊髓的单细胞RNA-Seq图谱,揭示了dI4/dI5群体的显著扩张及其与自闭症谱系障碍的关联 未明确说明样本大小或实验验证的局限性,可能依赖于体外模型,缺乏体内功能验证 开发干细胞分化协议以生成脊髓背侧中间神经元,用于脊髓损伤后的感觉恢复,并探索脊髓在自闭症谱系障碍中的作用 人类胚胎干细胞(hESCs)、人类胚胎脊髓组织、脊髓背侧中间神经元(dI1-dI6) 干细胞生物学与神经科学 脊髓损伤、自闭症谱系障碍 单细胞RNA-Seq、干细胞定向分化 NA 单细胞RNA-Seq数据、基因表达谱 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
87 2026-01-23
Myeloid AEG-1/MTDH drives inflammation and hepatocellular dysfunction in diet-induced steatohepatitis
2025-Dec-23, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2
研究论文 本研究探讨了髓系细胞中AEG-1/MTDH在调控高脂/高糖饮食诱导的代谢功能障碍相关脂肪性肝炎中的作用 首次在髓系细胞特异性AEG-1敲除小鼠模型中,结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,揭示了AEG-1通过调控库普弗细胞等非实质细胞影响肝脏炎症和纤维化的新机制 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的直接适用性尚需进一步验证 探究髓系细胞中AEG-1在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎发展中的调控作用 髓系细胞特异性AEG-1敲除小鼠和AEG-1 floxed小鼠,包括雄性和雌性个体 数字病理学 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 空间转录组学, 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 髓系细胞特异性AEG-1敲除小鼠和对照小鼠,喂养控制饮食或高脂/高糖饮食20周 NA 空间转录组学, 单细胞RNA-seq NA NA
88 2026-01-23
Oncogene c-Myc Regulates Upper Respiratory Epithelial Repair for Host Immunity During Acute Influenza Infection
2025-Dec-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过整合遗传学、成像和单细胞转录组学技术,探讨了流感A病毒感染后上呼吸道上皮修复与宿主免疫的机制 揭示了c-Myc在KRT5基底祖细胞中调控CXCL10-CXCR3轴,协调上皮-免疫程序以促进感染后黏膜修复的创新机制 研究主要基于小鼠模型,可能无法完全反映人类上呼吸道修复的复杂性,且未涉及长期后遗症的详细分子通路 解析流感A病毒感染后上呼吸道上皮损伤修复与免疫反应的协调机制 小鼠上呼吸道上皮细胞,包括纤毛细胞、分泌细胞、神经内分泌细胞和基底细胞 单细胞转录组学 流感感染 单细胞RNA-seq 小鼠遗传模型 单细胞转录组数据、成像数据 未明确指定样本数量,但基于小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
89 2026-01-23
Glycolysis maintains effector function of lung Th17 TRM cells in precision cut lung slices
2025-Dec-19, iScience IF:4.6Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和肺切片培养模型,揭示了糖酵解在维持肺CD4 Th17组织驻留记忆细胞效应功能中的关键作用 首次发现糖酵解是维持肺Th17 TRM细胞效应功能的关键代谢途径,并建立了肺切片培养模型作为研究TRM细胞功能的体外平台 研究主要基于小鼠模型,需要在人体样本中进一步验证;肺切片培养模型可能无法完全模拟体内微环境 探究维持肺组织驻留记忆Th17细胞功能的分子机制 肺CD4组织驻留记忆Th17细胞 免疫学 肺部感染 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 多个时间点(第30、90、184天)的细胞样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
90 2026-01-23
DeepPNCC: reconstructing pseudo-spatial cell-cell interaction landscapes from single-cell data to decipher breast cancer pathogenesis
2025-Dec-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本文提出了一种名为DeepPNCC的新型深度学习框架,用于从单细胞RNA测序数据中重建伪空间细胞-细胞相互作用网络,以解析乳腺癌的发病机制 DeepPNCC是一种基于变分图自编码器并结合对抗正则化的深度学习框架,它利用未解离细胞聚集体中保留的潜在空间线索,无需依赖配体-受体对等先验知识,即可推断全局的、具有空间信息的相互作用景观 该方法依赖于单细胞RNA测序数据,这些数据本身因组织解离而丢失了空间背景,可能无法完全捕捉真实的体内空间相互作用 开发一种能够从单细胞RNA测序数据中提取空间相关细胞间相互作用信息的方法,以阐明疾病(如癌症)发生和发展的机制 小鼠大脑和乳腺癌数据集中的单细胞RNA测序数据 机器学习 乳腺癌 单细胞RNA测序 变分图自编码器 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
91 2026-01-23
A cell-specific computational framework reveals a pan-cancer hypoxia signature predicting overall survival and ICI response
2025-Dec-17, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2
研究论文 本研究开发了一个细胞特异性的计算框架,揭示了预测总生存期和免疫检查点抑制剂(ICI)应答的泛癌缺氧特征 首次在单细胞水平上探索泛癌的缺氧特征,并评估其在ICI疗效和临床结局中的应用,开发了新的计算框架和预测模型 研究基于计算框架和回顾性数据,需要进一步的前瞻性临床验证 从缺氧角度为生存预后、ICI应答预测和临床治疗靶点开发提供新思路 19种癌症类型的肿瘤细胞和正常组织 计算生物学 泛癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 多种机器学习算法 单细胞转录组数据 362名患者,893,464个细胞,涵盖19种癌症类型;18,901个样本用于泛癌分析;9个ICI队列共904名患者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
92 2026-01-23
Hydrophobic complementarity-determining region 3 (CDR3) sequences elucidate the cardiotoxic effects of immune checkpoint inhibitors
2025-Dec-16, Research square
研究论文 本研究通过分析免疫检查点抑制剂(ICIs)引发心脏毒性患者的免疫细胞,揭示了T细胞受体(TCR)CDR3序列的疏水性特征在心肌炎发病机制中的作用 首次发现免疫相关不良事件(irAE)心肌炎患者的T细胞具有更短的TCR CDR3序列和更高的疏水性残基比例,提出了基于TCR功能混杂性和TCR-MHC相互作用的T细胞激活新机制 研究样本来自特定患者群体,结果可能受限于样本量,且机制研究主要在描述性层面,需要进一步功能验证 阐明免疫检查点抑制剂引发心脏毒性的免疫学机制,为开发靶向TCR物理特性的精准治疗策略提供依据 经历ICIs治疗并出现心脏毒性的癌症患者的外周血单个核细胞、心脏组织及心包液中的T细胞 免疫学 心血管疾病 光谱流式细胞术、单细胞RNA测序、T细胞受体(TCR)测序 NA 单细胞转录组数据、TCR序列数据、流式细胞数据 经历ICIs治疗并出现心脏毒性的癌症患者(具体数量未在摘要中明确说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
93 2026-01-23
Integrative bulk and single-cell transcriptomic profiling identifies core gene networks and potential therapeutic targets in glioma
2025-Dec-13, BMC cancer IF:3.4Q2
研究论文 本研究通过整合多个队列的转录组数据和单细胞分析,系统性地识别了胶质瘤的核心基因网络和潜在治疗靶点 结合多队列批量转录组数据与单细胞RNA测序分析,识别出六个在胶质瘤中一致下调的枢纽基因,并揭示了它们与免疫微环境和肿瘤细胞谱系的关联 研究主要基于公共数据集和有限的临床样本验证,未来需要更大规模的独立队列和功能实验进一步验证 识别胶质瘤的核心基因网络和潜在诊断生物标志物及治疗靶点 胶质瘤组织样本 生物信息学 胶质瘤 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR WGCNA, LASSO, SVM-RFE, 随机森林 基因表达数据 504个批量转录组样本(来自5个GEO数据集)和69个临床样本用于qRT-PCR验证,外加三个单细胞RNA-seq数据集 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
94 2026-01-23
Multiomics insights into rumen microbiome and function in grazing lambs: implications for nutrient absorption and grassland sustainability
2025-Dec-12, Microbiome IF:13.8Q1
研究论文 本研究通过多组学方法探究了放牧羔羊瘤胃微生物组与功能,揭示了其对养分吸收和草地可持续性的影响 首次结合宏基因组、宏转录组、单细胞RNA测序和血清代谢组学,系统分析了瘤胃微生物与宿主上皮细胞在草料消化和短链脂肪酸代谢中的相互作用 研究样本仅限羔羊,结果可能无法直接推广到其他反刍动物或不同放牧条件 探究瘤胃微生物组如何调控草料摄入和宿主代谢,以优化反刍动物管理策略和草地可持续性 72只放牧羔羊的瘤胃微生物组、瘤胃壁上皮细胞和血清代谢物 微生物组学 NA 宏基因组分析, 宏转录组分析, 单细胞RNA测序, 血清代谢组学 NA 基因组数据, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 代谢组数据 72只羔羊 NA 单细胞RNA-seq NA NA
95 2026-01-23
CD9-positive tumor-associated macrophages promote renal cell carcinoma progression by activating the orphan nuclear receptor Nor1/Nr4a3
2025-Dec-12, Cancer cell international IF:5.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析发现CD9阳性肿瘤相关巨噬细胞通过激活孤儿核受体Nor1/Nr4a3促进肾细胞癌进展 首次在肾细胞癌肿瘤组织中鉴定出CD9巨噬细胞亚群,并揭示其通过激活Nor1/Nr4a3促进肿瘤发展的新机制 样本量较小(仅3例患者),机制研究仍需进一步验证 探究肾细胞癌肿瘤微环境中巨噬细胞的作用机制 肾细胞癌患者肿瘤组织、外周血免疫细胞及体外细胞模型 单细胞组学 肾细胞癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 3例肾细胞癌患者的肿瘤组织及匹配的外周血样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
96 2026-01-23
Nuclear PD-L1 drives IFN-γ-promoted lung metastasis of triple-negative breast cancer via POLR2A-mediated transcriptional activation of LY6E
2025-Dec-12, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1
研究论文 本文揭示了IFN-γ通过促进PD-L1核转位并与POLR2A形成转录复合体激活LY6E表达,从而驱动三阴性乳腺癌肺转移的新机制 发现了PD-L1在免疫检查点功能之外的新角色,即核内PD-L1与POLR2A结合直接激活LY6E转录,驱动TNBC肺转移 研究主要基于细胞系和动物模型,临床样本验证有限,且机制在人体中的普适性需进一步确认 探究PD-L1在TNBC肺转移中的非免疫检查点依赖性功能及IFN-γ的作用机制 三阴性乳腺癌细胞系、小鼠模型及TNBC患者样本 癌症生物学 三阴性乳腺癌 单细胞RNA测序、RNA测序、染色质免疫沉淀测序、CRISPR/Cas9基因编辑、共免疫沉淀 NA 基因表达数据、测序数据 未明确具体样本数量,涉及TNBC肺转移的scRNA-seq数据、细胞系及小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
97 2026-01-23
Multimodal analysis reveals potential association of CDH13 with endothelial cells and its overexpression in hepatocellular carcinoma
2025-Dec-12, European journal of medical research IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过多组学策略系统探索了CDH13在肝细胞癌中的表达、调控机制及潜在功能 首次整合空间转录组学、单细胞RNA测序和CRISPR/Cas9基因编辑等多模态技术,揭示了CDH13在HCC肿瘤微环境中与内皮细胞的关联及其通过FOXA1-CDH13轴促进血管生成、免疫逃逸和代谢重编程的新机制 研究主要基于回顾性队列和体外细胞系实验,缺乏前瞻性临床验证和体内动物模型的功能性研究 系统探索CDH13在肝细胞癌中的表达模式、调控机制及其在肿瘤进展中的功能 肝细胞癌组织样本、HCC细胞系(如SNU182、SNU739、HUH7等) 数字病理学 肝细胞癌 转录组学、蛋白质组学、空间转录组学、单细胞RNA测序、免疫组织化学、CRISPR/Cas9基因编辑、ChIP-seq、WGCNA、GSVA、分子对接 NA 基因表达数据、蛋白质表达数据、空间转录组数据、单细胞测序数据、临床病理数据 转录组分析5145例HCC样本,蛋白质组分析165例公共样本和476例临床配对样本(361例来自广西医科大学,115例来自玉林红十字会医院) NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
98 2026-01-23
A B cell-IgA-epithelial axis enhances antitumor immunity and improves outcome in HPV-associated penile squamous cell carcinoma
2025-Dec-11, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析了阴茎鳞状细胞癌(PSCC)肿瘤微环境,揭示了HPV阳性肿瘤中B细胞-IgA-PIGR轴在抗肿瘤免疫和临床预后中的关键作用 首次在HPV相关PSCC中构建单细胞图谱,发现恶性上皮细胞表达PIGR介导IgA转运并诱导抗肿瘤反应,确立了B细胞-IgA-PIGR轴作为新的免疫治疗靶点 样本量相对有限(23例单细胞测序),且主要聚焦于HPV阳性病例,缺乏对HPV阴性PSCC的深入比较 探究HPV相关阴茎鳞状细胞癌肿瘤微环境的免疫特征及其对临床预后的影响 23例初治PSCC患者的肿瘤微环境细胞(含11例既往报道病例)及85例患者的验证队列 数字病理学 阴茎癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 23例患者进行单细胞RNA测序,85例患者进行验证 NA 单细胞RNA-seq NA NA
99 2026-01-23
Integrated proteomics and metabolomics analysis revealed that macrophage-related signals may be potential biomarkers for oral squamous cell carcinoma
2025-Dec-10, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过整合蛋白质组学、代谢组学、空间转录组学和单细胞RNA测序数据,系统比较了口腔鳞状细胞癌(OSCC)肿瘤与匹配的邻近非肿瘤组织,揭示了免疫相关蛋白ARPC4的上调与患者不良生存相关,并发现C1QC阳性巨噬细胞是这些失调蛋白的主要来源,可作为独立的预后标志物 首次整合多组学分析(蛋白质组学、代谢组学、空间转录组学和单细胞RNA测序)系统揭示OSCC中免疫相关蛋白ARPC4的上调及其与巨噬细胞的关联,并发现色氨酸代谢通路失调可能通过重编程巨噬细胞表型促进OSCC进展 NA 探究口腔鳞状细胞癌(OSCC)在蛋白质水平和代谢层面的改变,以识别潜在的生物标志物 口腔鳞状细胞癌(OSCC)肿瘤组织与匹配的邻近非肿瘤组织 数字病理学 口腔鳞状细胞癌 蛋白质组学, 代谢组学, 空间转录组学, 单细胞RNA测序 NA 蛋白质组数据, 代谢组数据, 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
100 2026-01-23
RAB25 modulates pit cell commitment by coordinating transforming growth factor-alpha secretion from gastric epithelial cells
2025-Dec-09, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 本文探讨了RAB25通过协调胃上皮细胞分泌转化生长因子-α来调节胃小凹细胞命运决定的作用 揭示了RAB25在胃环境中通过调节TGFA分泌来维持正常谱系决定的生理角色,并首次在人类Ménétrier病中观察到RAB25表达降低 研究主要基于小鼠模型和细胞培养,人类疾病关联性仅初步观察,未深入探讨机制 探究胃中EGFR信号配体来源及调控机制,特别是RAB25在胃小凹细胞命运决定中的作用 小鼠胃上皮细胞、人类Ménétrier病样本 单细胞组学 胃疾病 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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