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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
81 2025-12-13
Migrasome-related long non-coding RNAs orchestrate immune microenvironment and serve as a novel prognostic model in clear cell renal cell carcinoma
2025-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3
研究论文 本研究通过整合转录组数据和临床参数,识别了与透明细胞肾细胞癌预后相关的迁移体相关长链非编码RNA,并构建了一个包含五个MRLs的预后模型,用于风险分层和指导治疗策略 首次系统性地识别了迁移体相关长链非编码RNA在透明细胞肾细胞癌中的预后价值,并构建了一个基于五个MRLs的稳健预后模型,同时结合单细胞RNA测序揭示了肿瘤细胞内在VEGF信号通路在调节迁移体相关分子程序中的作用 研究主要基于TCGA数据库的回顾性数据,需要进一步的前瞻性临床验证,且单细胞RNA测序数据的样本量可能有限 系统识别与透明细胞肾细胞癌预后相关的迁移体相关长链非编码RNA,并构建一个稳健的预后模型以改善风险分层和指导潜在治疗策略 透明细胞肾细胞癌患者 生物信息学 肾细胞癌 转录组分析、LASSO回归、单细胞RNA测序、RT-qPCR LASSO回归模型 转录组数据、临床数据、单细胞RNA测序数据 TCGA数据库中的透明细胞肾细胞癌患者样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
82 2025-12-13
MSI2 exerts antitumor effects by regulating T-cell function in kidney renal clear cell carcinoma
2025-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3
研究论文 本研究探讨了Musashi 2 (MSI2)在肾透明细胞癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系,发现MSI2通过调节T细胞功能发挥抗肿瘤作用 首次在肾透明细胞癌中发现MSI2下调并具有抗肿瘤功能,揭示了其在T细胞分化中的动态表达模式 研究主要基于数据库分析和体外实验,缺乏体内实验验证,且MSI2的具体调控机制仍需进一步探索 探索MSI2在肾透明细胞癌中的表达、功能及其与肿瘤微环境的相互作用 肾透明细胞癌患者样本、肾细胞系、T细胞 生物信息学 肾癌 单细胞RNA测序、伪时序分析、Kaplan-Meier分析、富集分析 NA mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞RNA测序数据 基于公共数据库(TIMER2.0、UALCAN)的肾透明细胞癌患者样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
83 2025-12-13
Multi-omics characterization of metabolic and immune interactions in prostate cancer
2025-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3
研究论文 本研究通过多组学方法揭示了前列腺癌中代谢重编程与免疫微环境之间的相互作用,并识别了具有预后意义的关键代谢生物标志物ENO1和CKB 整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,首次系统性地揭示了ENO1和CKB在前列腺癌代谢-免疫串扰中的关键作用,并构建了整合这些标志物与临床参数的预后列线图 研究主要基于公开数据集,缺乏独立的实验验证队列;单细胞数据来源未明确说明具体平台细节 阐明前列腺癌中代谢重编程与免疫微环境相互作用的调控机制,并识别关键的预后代谢生物标志物 前列腺癌组织 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 生物信息学分析 多组学分析框架, Seurat, Signac, CIBERSORT, GSVA, GSEA, Cox回归模型 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据, 临床数据 TCGA-PRAD队列(具体样本数未明确说明)及公开可用的单细胞数据集 NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
84 2025-12-13
Monocyte/macrophage-derived NLRP3 Promotes the Onset and Progression of Ankylosing Spondylitis Via the NOD-like Receptor Pathway
2025-Nov-26, Journal of clinical immunology IF:7.2Q1
研究论文 本研究揭示了单核/巨噬细胞通过NOD样受体信号通路(主要由NLRP3介导)在强直性脊柱炎发病机制中的关键作用,并识别了调控NLRP3的因子及潜在治疗药物 首次在AS中识别出经典的单核细胞-巨噬细胞-炎症性巨噬细胞分化轨迹,并明确了单核/巨噬细胞来源的NLRP3通过NOD样受体通路驱动疾病进展,同时发现了多个调控NLRP3表达的因子及潜在靶向治疗化合物 研究结论主要基于生物信息学分析和单细胞测序数据验证,仍需进一步的体内外功能实验和临床前模型验证 阐明强直性脊柱炎的致病通路并探索潜在治疗策略 强直性脊柱炎患者及非AS患者的血液样本、GEO转录组数据集、AS患者和骨折对照患者的骨髓样本 生物信息学与免疫学 强直性脊柱炎 单细胞RNA测序、转录组分析、GSEA通路分析、生物信息学分析 NA 血液检测数据、转录组数据、单细胞测序数据 未明确具体样本数量,涉及AS患者、非AS患者及骨折对照患者的血液和骨髓样本,并利用了GEO公共数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
85 2025-12-13
Alterations in Resident Immune Cells in Prenatal Trisomy 21 Lungs
2025-Nov-26, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和空间表型分析,揭示了唐氏综合征胎儿肺部免疫细胞的变化,特别是B细胞减少,可能解释其呼吸道感染易感性增加 首次在产前唐氏综合征肺部中,利用单细胞RNA测序结合空间表型分析,系统表征免疫细胞变化,并聚焦于B细胞减少的发现 样本量较小(T21组5例,非T21组4例),且仅关注产前阶段,未追踪出生后变化 表征产前唐氏综合征肺部的免疫细胞特征,以解释其呼吸道感染易感性增加的原因 产前唐氏综合征(T21)和非唐氏综合征(非T21)的胎儿肺部组织 单细胞组学 唐氏综合征 单细胞RNA测序,荧光原位杂交,免疫荧光染色,qRT-PCR NA 单细胞RNA测序数据,空间组织切片图像,基因表达数据 T21组5例,非T21组4例产前肺部样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
86 2025-12-13
Deciphering the role of angiogenesis in glioblastoma: Integrative insights from transcriptomic profiling, single-cell sequencing and interpretable machine learning approaches
2025-Nov-24, Pathology, research and practice
研究论文 本研究通过整合转录组分析、单细胞测序和可解释机器学习方法,揭示了血管生成相关基因在胶质母细胞瘤中的作用,并建立了一个基于六个枢纽基因的风险分层模型 结合多种机器学习算法和SHAP分析提高模型可解释性,首次识别出六个枢纽ARGs并验证其在独立队列中的预后价值,同时揭示了高风险患者肿瘤微环境的免疫抑制和机械特性改变 研究主要基于回顾性队列数据,需要进一步实验验证枢纽基因的功能机制和靶向治疗的临床效果 系统研究血管生成相关基因在胶质母细胞瘤进展中的功能意义,并开发预后预测模型 胶质母细胞瘤患者样本及其血管生成相关基因 机器学习 胶质母细胞瘤 单细胞测序,转录组分析 Cox回归,LASSO回归,多种机器学习生存预测算法 转录组数据,单细胞测序数据 多个独立胶质母细胞瘤队列(CGGA-GBM、GSE43378、GSE7696) NA 单细胞RNA-seq NA NA
87 2025-12-13
Functional Division of Insect Blood Cells by Single-Cell RNA-Sequencing and Cell-Type-Specific FISH Markers
2025-Nov-22, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本文通过单细胞RNA测序和细胞类型特异性FISH标记,揭示了昆虫血细胞的功能分化 首次在鳞翅目昆虫中应用scRNA-Seq技术,识别出24个血细胞簇,并预测了七个功能组,开发了特异性FISH标记以区分新发现的细胞类型 研究仅基于一种昆虫物种,可能不适用于其他昆虫;功能预测依赖于基因表达模式,需进一步实验验证 探究昆虫血细胞的功能分化和独立生理过程 鳞翅目昆虫幼虫的血细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-Seq),荧光原位杂交(FISH) NA 转录组数据,图像数据 未明确指定样本数量,但基于昆虫幼虫血细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
88 2025-12-13
Study on the anti-liver cirrhosis of Fuzheng Huayu tablet : Targeting macrophage PPARα axis-fatty acid metabolic
2025-Nov-22, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1
研究论文 本研究通过基础实验评估了扶正化瘀片(FZHY)的抗肝硬化效果,并分析了其作用机制及活性成分 首次在基础研究层面评估FZHY的抗肝硬化效果,结合单细胞转录组学、代谢组学等多组学技术及分子生物学实验,揭示了其通过靶向巨噬细胞PPARα轴-脂肪酸代谢通路发挥作用的机制 研究主要基于小鼠模型,临床转化需进一步验证;机制验证虽全面,但人类样本数据缺乏 评估扶正化瘀片(FZHY)的抗肝硬化效果并阐明其作用机制及活性成分 肝硬化小鼠模型、巨噬细胞(Kupffer细胞、THP1细胞) NA 肝硬化 单细胞转录组学、代谢组学、16S RNA微生物组分析、流式细胞术、免疫组化、免疫共聚焦显微镜、WB、PCR、油红O染色、LC-MS、分子对接 NA 转录组数据、代谢组数据、微生物组数据、图像数据、分子数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 代谢组学, 16S RNA测序 NA NA
89 2025-12-13
Inferring the regulation dynamics of oscillatory networks from scRNA-seq data
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种通过整合细胞周期振荡过程来改进基因调控网络推断的方法,并基于小鼠视网膜祖细胞单细胞基因表达数据验证其有效性 通过约束细胞周期相对位置的连续排序来增强基因调控网络推断的准确性,特别是针对早期祖细胞 仅在小鼠视网膜祖细胞数据集上进行了验证,未在其他细胞类型或物种中广泛测试 提高基因调控网络推断的准确性,特别是在振荡性过程如细胞周期中 小鼠视网膜祖细胞 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 基因调控网络推断方法(包括Tricycle) 单细胞基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
90 2025-12-13
An etiology-stratified single-cell atlas identifies FABP4 as a prognostic marker for MASLD-related HCC
2025-Nov-06, Journal of hepatology IF:26.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了HBV感染和代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)对肝细胞癌(HCC)肿瘤微环境的影响,并鉴定出FABP4作为MASLD相关HCC的潜在预后生物标志物 首次基于病因分层(HBV和MASLD状态)比较HCC的肿瘤微环境,并发现FABP4在MASLD相关HCC中通过促进血管正常化和增强CD8+ T细胞浸润来改善免疫治疗预后 样本量相对较小(12例患者进行单细胞测序),且主要基于回顾性队列分析,需要更大规模的前瞻性研究验证 比较不同病因(HBV和MASLD)HCC的肿瘤微环境差异,并寻找病因特异性的预后生物标志物 肝细胞癌(HCC)患者样本,包括肿瘤和癌旁组织 数字病理学 肝细胞癌 单细胞RNA测序,批量RNA测序,免疫组织化学,多重免疫组织化学,体外和体内实验 NA 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据,组织图像数据 12例HCC患者的配对肿瘤和癌旁组织进行单细胞测序,224个样本进行免疫组化验证,并分析TCGA-LIHC和两个免疫治疗HCC队列的批量数据 NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
91 2025-12-13
Durable B-Cell Impairment While Sparing IgA B Cells After Ocrelizumab Therapy in Multiple Sclerosis
2025-Nov, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1
研究论文 本研究评估了多发性硬化症患者在使用奥瑞珠单抗治疗前、治疗期间及停药后的早期B细胞谱变化 首次通过光谱流式细胞术和单细胞RNA测序分析奥瑞珠单抗治疗对B细胞亚群(特别是IgA B细胞)的长期影响及停药后的重建过程 样本量较小(18名患者和3名停药患者),且为观察性研究,需更大规模验证 探究奥瑞珠单抗在多发性硬化症中的作用机制及疾病病理生理学 早期未治疗的多发性硬化症患者和健康志愿者 NA 多发性硬化症 光谱流式细胞术,单细胞RNA测序 NA 细胞表型数据,基因表达数据 18名患者,10名健康志愿者,3名停药患者 NA 单细胞RNA测序 NA NA
92 2025-12-13
Img2ST-Net: efficient high-resolution spatial omics prediction from whole-slide histology images via fully convolutional image-to-image learning
2025-Nov, Journal of medical imaging (Bellingham, Wash.)
研究论文 本文提出了一种名为Img2ST-Net的高效框架,用于从全切片组织学图像中预测高分辨率空间转录组数据 提出了一种全新的全卷积图像到图像学习框架,将高分辨率空间转录组数据建模为超像素表示,从而将任务重新定义为具有数百或数千个输出通道的超内容图像生成问题,并引入了专门针对高分辨率空间转录组分析的基于结构相似性的评估指标SSIM-ST 研究仅在两个公开的Visium HD数据集上进行了评估,需要更多样化的数据集验证泛化能力,且高分辨率空间转录组数据固有的极端稀疏性和低表达水平问题仍然存在挑战 开发一种高效且可扩展的方法,从常规组织学图像中预测高分辨率空间转录组数据,以降低数据获取成本和时间 乳腺癌和结直肠癌组织样本 数字病理学 乳腺癌, 结直肠癌 空间转录组学 全卷积神经网络 图像 两个公共Visium HD数据集(乳腺癌和结直肠癌) 10x Genomics 空间转录组学 Visium HD Visium HD平台,分辨率为8 μm和16 μm
93 2025-12-13
STIFT: spatiotemporal transcriptomics integration through spatially informed multi-timepoint bridging
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 本文介绍了STIFT框架,用于整合时空转录组学数据,以支持发育或再生过程中的基因表达分析 STIFT框架结合了发育时空最优传输、时空图构建和基于时间三元学习的图注意力自编码器,专门设计用于整合大规模2D或3D时空转录组学数据 NA 整合时空转录组学数据,以去除批次效应、识别空间域、推断轨迹并探索发育动态 蝾螈脑再生、小鼠胚胎发育和3D涡虫再生数据集 空间转录组学 再生生物学 空间转录组学 图注意力自编码器 时空基因表达数据 数十万个点 NA 空间转录组学 NA NA
94 2025-12-13
A spatial transcriptomics dataset of the endometrium from repeated implantation failure patients
2025-Oct-29, Scientific data IF:5.8Q1
研究论文 本研究利用空间转录组学技术,首次构建了正常个体与反复种植失败患者子宫内膜组织的空间转录组图谱 首次构建了正常与反复种植失败条件下的子宫内膜空间转录组图谱,并识别出7个具有特定特征的细胞生态位 样本量较小(仅8个组织样本),且仅研究了黄体中期阶段 增强和深化对反复种植失败患者子宫内膜组织背景的理解 来自4名正常个体和4名反复种植失败患者的子宫内膜组织 空间转录组学 生殖系统疾病 空间转录组测序 NA 空间转录组数据 8个子宫内膜组织样本(4名正常个体,4名RIF患者) 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium平台
95 2025-12-13
Benchmarking large-scale single-cell RNA-seq analysis
2025-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文对五种广泛使用的单细胞RNA测序分析框架进行了基准测试,评估了它们在可扩展性、效率和准确性方面的表现 首次系统性地比较了不同算法和基础设施选择对大规模单细胞RNA测序分析性能的影响,并提供了GPU加速和优化配置的实用指南 研究主要关注PCA步骤和聚类准确性,可能未全面覆盖所有分析步骤或更复杂的生物场景 评估大规模单细胞RNA测序数据分析的计算挑战和性能优化策略 五种单细胞RNA测序分析框架(Seurat、OSCA、scrapper、Scanpy和rapids_singlecell)及其算法实现 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 PCA、SVD算法(exact、ARPACK、IRLBA、randomized、Jacobi、incremental PCA) 单细胞RNA测序数据 包括一个130万小鼠脑细胞数据集和三个较小数据集(BE1、scMixology和cord blood CITE-seq) NA 单细胞RNA-seq, CITE-seq NA NA
96 2025-12-13
Adipocytes are dispensable in shaping the ovarian cancer tumor microenvironment in the omentum
2025-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过构建缺乏成熟脂肪细胞的小鼠模型,挑战了传统观点,揭示了网膜血管内皮细胞而非脂肪细胞在卵巢癌腹膜转移微环境中的关键作用 首次通过特异性敲除腹膜成熟脂肪细胞的模型,证明脂肪细胞对卵巢癌生长并非必需,并发现血管内皮细胞高表达FABP4是支持肿瘤代谢生长的关键因素 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限;肿瘤微环境中其他细胞类型的相互作用尚未完全阐明 重新评估脂肪细胞在卵巢癌腹膜转移微环境中的作用机制 卵巢癌细胞(ID8p53Brca2、BPPNM、KPCA细胞系)、小鼠模型、人类单细胞RNA测序数据 肿瘤微环境研究 卵巢癌 单细胞RNA测序、基因敲除小鼠模型 基因敲除动物模型 基因表达数据、动物实验数据 多种卵巢癌细胞系及基因工程小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
97 2025-12-13
Principles of protein abundance regulation across single cells in a mammalian tissue
2025-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过整合单细胞转录组学数据,首次在哺乳动物组织中定量分析了超过4,200个细胞中蛋白质合成与清除的调控机制 首次在复杂组织单细胞水平上系统量化蛋白质合成与清除的调控作用,揭示了细胞生长速率与翻译及蛋白质清除贡献之间的线性依赖关系 研究仅基于单一原代组织样本,未涵盖不同组织或疾病状态下的调控差异 探究哺乳动物组织中单细胞水平蛋白质丰度调控的基本原则 来自原代组织的超过4,200个单细胞 单细胞组学 NA 单细胞转录组学 NA 蛋白质丰度与RNA丰度数据 超过4,200个原代组织单细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
98 2025-12-13
Identification of tumor initiating cells and early marker genes in normal colonic epithelium that lead to neoplastic transformation
2025-Oct-27, Research square
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,识别了结肠癌发生过程中的肿瘤起始细胞及早期转录标志物 首次在组织学正常的结肠上皮中识别出肿瘤起始细胞,并揭示了其早期转录和通路重编程事件 样本量相对较小(7名受试者),且研究主要基于转录组数据,功能验证有限 识别结肠癌发生过程中的肿瘤起始细胞和早期分子事件 人类结肠组织(包括正常黏膜、息肉和腺癌) 数字病理学 结肠癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 7名人类受试者的配对正常和病变结肠组织样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10X Genomics平台 NA
99 2025-12-13
The gain-of-function TREM2-T96K mutation increases risk for Alzheimer's disease by impairing microglial function
2025-Oct-17, Neuron IF:14.7Q1
研究论文 本文研究了TREM2-T96K功能获得性突变通过损害小胶质细胞功能增加阿尔茨海默病风险的机制 首次揭示TREM2-T96K突变以性别依赖方式损害小胶质细胞功能,并影响其向疾病相关小胶质细胞的转化 研究主要基于小鼠模型和细胞培养,人类样本验证有限,性别差异机制尚未完全阐明 探究TREM2-T96K突变在阿尔茨海默病发病中的作用机制 TREM2-T96K突变、小胶质细胞、β-淀粉样蛋白斑块、5xFAD转基因小鼠、人类小胶质细胞培养物 神经科学 阿尔茨海默病 全基因组测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞培养实验 NA 基因组数据、单细胞转录组数据、细胞成像数据 家族性和病例对照样本的全基因组测序数据集、5xFAD转基因小鼠 NA 单细胞RNA测序 NA NA
100 2025-12-13
A Multi-omics Exploration Revealing SLIT2 as a Prime Therapeutic Target for Peripheral Facial Paralysis: Integrating Single-Cell Transcriptomics and Plasma Proteome Data
2025-Oct-16, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2
研究论文 本研究通过整合孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序,探索了外周性面瘫的潜在治疗靶点,首次发现SLIT2在面神经损伤后表达改变,并揭示了SLIT2-ROBO轴在神经免疫相互作用和神经修复中的关键作用 首次将孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序结合应用于外周性面瘫研究,首次检测到面神经损伤后SLIT2的表达改变,并系统揭示了从宏观遗传关联到微观细胞功能的机制 研究主要基于动物模型,动物与人类在面运动核方面存在显著差异,未来需要人类样本验证以增强临床转化 探索外周性面瘫的潜在治疗靶点及其分子和细胞机制 外周性面瘫患者(通过公开血浆蛋白数据)和SD大鼠面神经损伤模型 单细胞转录组学 外周性面瘫 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 免疫荧光分析 NA 血浆蛋白数据, 单细胞转录组数据, 图像数据 1925个公开血浆蛋白顺式遗传力工具, SD大鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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