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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-03-05 |
Brain tumors induce widespread disruption of calvarial bone and alteration of skull marrow immune landscape
2025-Nov, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02064-4
PMID:41044343
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研究论文 | 本文探讨了胶质母细胞瘤如何诱导颅骨骨异常并改变颅骨骨髓免疫环境 | 首次揭示了脑肿瘤对颅骨骨髓免疫景观的广泛破坏作用,并发现骨吸收抑制在特定亚型肿瘤中可能促进肿瘤进展 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限,且未深入探讨其他脑肿瘤类型的影响 | 研究脑肿瘤(特别是胶质母细胞瘤)对颅骨骨结构和骨髓免疫环境的影响 | 小鼠模型和胶质母细胞瘤患者 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和患者样本,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2026-03-05 |
Spatial analysis reveals the cellular microenvironments and mechanisms of inflammation and kidney injury in acute interstitial nephritis
2025-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.29.684811
PMID:41278888
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研究论文 | 本研究利用高分辨率成像质谱流式细胞术和单细胞空间转录组学分析急性间质性肾炎(AIN)患者肾活检组织,揭示了其独特的免疫微环境和分子机制 | 首次通过空间多组学技术系统解析AIN的细胞微环境,发现CXCL9-CXCR3轴是AIN的特异性免疫特征,并鉴定出烟酰胺磷酸核糖转移酶(NAMPT)在协调代谢-炎症微环境中的关键作用 | 样本量相对有限,且为横断面研究,未能验证潜在治疗靶点的临床疗效 | 阐明急性间质性肾炎的发病机制并识别潜在治疗靶点 | 人类肾活检组织(包括AIN、非免疫性急性肾小管损伤及对照组织) | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 成像质谱流式细胞术,单细胞空间转录组学 | 空间分析模型 | 空间多组学数据(蛋白质+转录组) | 人类肾活检组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 83 | 2026-03-05 |
Integration of elemental imaging and spatial transcriptomic profiling for proof-of-concept metals-based pathway analysis of colon tumor microenvironment
2025-Oct-14, Metallomics : integrated biometal science
IF:2.9Q3
DOI:10.1093/mtomcs/mfaf034
PMID:41042257
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研究论文 | 本研究通过整合元素成像和空间转录组学技术,探索结肠肿瘤微环境中金属元素与基因表达的相互作用 | 首次将元素成像与空间转录组学结合,实现组织范围内金属-基因相互作用的全面分析,突破了传统孤立研究金属或基因的限制 | 本研究为概念验证性质,仅基于单个结肠癌肿瘤样本,样本量有限,结果需在更大患者队列中验证 | 探索肿瘤微环境中金属依赖的信号通路,识别与金属相关的基因表达模式 | 结肠癌肿瘤微环境中的金属元素分布、基因表达、细胞组成和组织病理学特征 | 空间转录组学 | 结肠癌 | 元素成像,空间转录组学 | NA | 图像,基因表达数据 | 单个结肠癌肿瘤样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 84 | 2026-03-05 |
p53 maintains lineage fidelity during lung capillary injury-repair in neonatal hyperoxia
2025-Sep-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.182880
PMID:40763040
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研究论文 | 本研究揭示了p53在新生儿高氧损伤后肺毛细血管修复过程中维持内皮细胞谱系保真性的关键作用 | 首次发现Cap2细胞在高氧损伤中被Cap1细胞替代,并证实EC特异性p53缺失可通过诱导过渡性内皮细胞状态改善血管表型和肺泡简化 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限;过渡性EC状态的具体调控机制仍需进一步探索 | 探究p53在新生儿高氧诱导肺损伤修复过程中对内皮细胞谱系保真性的调控作用 | 新生小鼠肺组织内皮细胞亚群(Cap1/Cap2)及人类支气管肺发育不良(BPD)伴肺动脉高压样本 | 单细胞组学 | 支气管肺发育不良(BPD) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量(含小鼠模型和人类BPD样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2026-03-05 |
Distinct endothelial cells in chronic thromboembolic pulmonary hypertension
2025-Jul-02, NPJ cardiovascular health
DOI:10.1038/s44325-025-00072-8
PMID:41776006
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了慢性血栓栓塞性肺动脉高压中内皮细胞的异质性及其在血栓调节中的关键作用 | 首次在CTEPH手术标本中应用单细胞RNA测序,发现了一个共表达肺和支气管内皮细胞标志物的独特内皮细胞亚群,并系统揭示了内皮细胞在凝血、纤溶、炎症等多条通路中的调控紊乱 | 研究样本来源于手术标本,可能无法完全代表疾病早期阶段的内皮细胞状态;与对照组的比较依赖于外部数据库(人类肺细胞图谱) | 阐明慢性血栓栓塞性肺动脉高压中内皮细胞的分子表型及其在血栓不溶解机制中的作用 | 慢性血栓栓塞性肺动脉高压患者的手术标本内皮细胞及对照内皮细胞 | 单细胞组学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | CTEPH手术标本及人类肺细胞图谱对照数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 86 | 2026-03-05 |
Increased inflammation as well as decreased endoplasmic reticulum stress and translation differentiate pancreatic islets from donors with pre-symptomatic stage 1 type 1 diabetes and non-diabetic donors
2025-Jul, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-025-06417-3
PMID:40457096
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组学分析比较了1型糖尿病前期(阶段1)与非糖尿病供体的胰岛蛋白质变化 | 首次在人类胰岛中应用无偏蛋白质组学方法,揭示1型糖尿病前期胰岛的分子变化,包括免疫反应增强和内质网应激及蛋白质翻译减少 | 样本量较小(n=3 vs n=3),存在供体间变异,统计分析的挑战性较大 | 识别胰岛中指示β细胞功能障碍的途径,了解1型糖尿病前期的分子机制 | 来自器官供体的胰岛组织,包括多自身抗体阳性(mAAb+)的1型糖尿病前期供体与非糖尿病(ND)对照供体 | 蛋白质组学 | 1型糖尿病 | 激光显微切割,质谱(MS)蛋白质组学,无标记定量,单细胞RNA-seq | NA | 蛋白质组数据,RNA-seq数据 | 10名器官供体(5名自身抗体阳性,5名非糖尿病对照),最终分析聚焦于3名多自身抗体阳性供体与3名匹配对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2026-03-05 |
snRNA-seq of long-preserved FFPE samples from colorectal liver metastasis lesions with diverse prognoses
2024-12-26, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-04323-8
PMID:39725704
|
研究论文 | 本研究利用snRandom-seq技术对长期保存的FFPE结直肠癌肝转移样本进行单核RNA测序,以探索预后差异的潜在影响因素 | 首次在保存至少三年(多数超过五年)的FFPE样本中成功应用单核RNA测序技术,克服了长期保存导致的RNA降解挑战 | 样本量相对有限(18例),且仅针对结直肠癌肝转移,可能限制了结果的普适性 | 探究结直肠癌肝转移患者预后差异的细胞异质性基础 | 结直肠癌肝转移患者的长期保存FFPE组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单核RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18例结直肠癌肝转移病例的多个病灶样本,共82,285个细胞 | NA | 单核RNA-seq | snRandom-seq | 专门针对FFPE样本的单核RNA测序技术 |
| 88 | 2026-03-05 |
Molecular Lineages and Spatial Distributions of Subplate Neurons in the Human Fetal Cerebral Cortex
2024-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202407137
PMID:39495628
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序,揭示了人类胎儿大脑皮层中底板神经元的分子起源、谱系特化和空间分布特征 | 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,系统描绘了人类胎儿大脑皮层底板神经元的分子轨迹和空间景观,并识别了人类特异性基因和细胞外基质基因在其中的稳定表达模式 | 研究仅覆盖妊娠10至25周的胎儿样本,未涉及更早期或更晚期的发育阶段,且样本量有限 | 探究人类胎儿大脑皮层中底板神经元的起源、发育谱系及其在皮层神经发生和早期结构折叠中的作用 | 人类胎儿大脑皮层中的底板神经元 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 妊娠10至25周的人类胎儿大脑皮层样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-03-05 |
Isolation and Comprehensive Analysis of Cochlear Tissue-Derived Small Extracellular Vesicles
2024-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202408964
PMID:39497619
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研究论文 | 本研究评估了三种耳蜗组织消化和耳蜗组织来源的小细胞外囊泡(CDsEV)分离方法,首次提出使用胶原酶D和DNase I结合蔗糖密度梯度离心作为最佳分离策略,并全面分析了CDsEV的内容物和细胞来源 | 首次提出并验证了使用胶原酶D和DNase I结合蔗糖密度梯度离心作为耳蜗组织来源小细胞外囊泡(CDsEV)的最佳分离方法,并首次通过单CDsEV测序与单细胞RNA测序数据的联合分析来追踪CDsEV的细胞来源 | NA | 评估耳蜗组织来源小细胞外囊泡(CDsEV)的分离方法,并全面分析其内容物(miRNA和蛋白质)及细胞来源,以增强对耳蜗内CDsEV功能的理解 | 耳蜗组织来源的小细胞外囊泡(CDsEV) | NA | NA | 小RNA测序, 蛋白质组学, 单CDsEV测序, 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2026-03-05 |
Sirtuin1 Suppresses Calcium Oxalate Nephropathy via Inhibition of Renal Proximal Tubular Cell Ferroptosis Through PGC-1α-mediated Transcriptional Coactivation
2024-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202408945
PMID:39498889
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了Sirtuin1通过PGC-1α介导的转录共激活抑制肾近端小管细胞铁死亡,从而减轻草酸钙晶体诱导的肾损伤的机制 | 首次在草酸钙肾病模型中应用单细胞转录组测序技术,并揭示了Sirt1/PGC-1α/NRF2/GPX4信号轴在调控肾小管细胞铁死亡中的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体样本或临床试验中得到验证 | 探究草酸钙晶体诱导肾损伤的分子机制,并寻找潜在的治疗靶点 | 草酸钙肾病小鼠模型的肾脏样本 | 数字病理学 | 肾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 草酸钙肾病小鼠的肾脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 91 | 2026-03-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Pathological Processes and Crucial Targets for Vascular Endothelial Injury in Diabetic Hearts
2024-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405543
PMID:39475009
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了糖尿病心脏中血管内皮损伤的病理过程和关键调控靶点 | 首次在糖尿病小鼠心脏组织中构建单细胞转录图谱,识别了内皮细胞异质性并发现关键转录因子Ets1的保护作用 | 研究仅基于小鼠模型,未在人类样本中验证,且病理阶段覆盖可能有限 | 探究糖尿病心脏血管内皮损伤的机制和细胞异质性 | 瘦素受体敲除(db/db)糖尿病小鼠的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个病理阶段的db/db糖尿病小鼠心脏组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2026-03-05 |
AIP1 Regulates Ocular Angiogenesis Via NLRP12-ASC-Caspase-8 Inflammasome-Mediated Endothelial Pyroptosis
2024-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405834
PMID:39527457
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序,在氧诱导视网膜病变模型中,鉴定出血管内皮细胞特异性抗血管生成因子AIP1,并揭示其通过抑制NLRP12-ASC-caspase-8炎症小体介导的内皮细胞焦亡来调控病理性眼内血管生成 | 首次鉴定出AIP1作为血管内皮细胞特异性抗血管生成因子,并揭示了一个新的非经典炎症小体NLRP12-ASC-caspase-8在介导内皮细胞焦亡和促进视网膜新生血管形成中的作用机制 | NA | 探究炎症调控病理性眼内血管生成的分子机制 | 血管内皮细胞、氧诱导视网膜病变模型 | NA | 视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2026-03-05 |
Spatiotemporal Molecular Architecture of Lineage Allocation and Cellular Organization in Tooth Morphogenesis
2024-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202403627
PMID:39535354
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组和单细胞RNA测序,描述了牙齿形态发生中谱系分配和细胞组织的高分辨率全基因组分子模式 | 发现牙齿形态发生中88%的谱系物种在初始牙蕾中已出现,而非传统认为的顺序出现;揭示了牙乳头的一种先前未被识别的萌芽样模式,以及釉质结在时空中的连续分化层次;建立了指导牙齿形态发生的调控网络,涉及机械转导信号 | NA | 研究牙齿形态发生中的时空分子架构,包括谱系分配和细胞组织 | 牙齿形态发生过程中的细胞和组织 | 数字病理学 | 牙齿发育异常 | 空间转录组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2026-03-05 |
Sample multiplexing for retinal single-cell RNA sequencing
2024-Nov-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111250
PMID:39569377
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研究论文 | 本文建立了一种用于小鼠视网膜神经节细胞的单细胞RNA测序样本多重标记方法,以解决稀有细胞群体表征的挑战 | 利用胆固醇修饰的寡核苷酸进行样本多重标记,提高了数据精度,并展示了该方法在识别非标记样本中的多重细胞方面的应用 | 未明确说明样本大小或技术适用范围,可能仅限于小鼠视网膜神经节细胞研究 | 开发单细胞RNA测序样本多重标记方法,以高效表征稀有细胞群体并解析样本来源 | 小鼠视网膜神经节细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2026-03-05 |
Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis
2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.07.611010
PMID:39282370
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序,分析了多发性硬化症患者脑脊液和血液中的CD8+ T细胞,揭示了其克隆扩增、抗原特异性及其与EB病毒抗原的关联 | 首次结合无偏倚和靶向抗原发现方法,鉴定出多发性硬化症来源的CD8+ T细胞克隆能识别EB病毒抗原及多种新型模拟表位 | 研究样本仅来自未接受治疗的患者,且样本量相对有限,未涵盖疾病不同阶段或治疗后的变化 | 探究多发性硬化症中CD8+ T细胞的克隆特性、功能及抗原特异性 | 多发性硬化症患者及对照参与者的脑脊液和血液样本 | 单细胞组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA-seq, TCR-seq | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | 一组未接受治疗的多发性硬化症患者及对照参与者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 96 | 2026-03-05 |
Endothelial-adipocyte Cx43 Mediated Gap Junctions Can Regulate Adiposity
2024-Sep-10, Function (Oxford, England)
DOI:10.1093/function/zqae029
PMID:38984993
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研究论文 | 本研究探讨了内皮细胞与脂肪细胞间通过Cx43介导的间隙连接在调节脂肪组织功能中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序和透射电镜揭示了脂肪毛细血管内皮细胞与脂肪细胞间的直接异细胞接触,并发现Cx43介导的间隙连接在肥胖模型中调节脂肪堆积和脂质代谢 | 研究主要基于小鼠模型和体外共培养系统,人类样本验证有限,且具体信号通路机制尚未完全阐明 | 研究脂肪毛细血管内皮细胞与脂肪细胞间的相互作用机制及其对代谢功能的影响 | 高脂饮食小鼠的脂肪组织、内皮细胞和脂肪细胞 | 代谢生物学 | 肥胖症 | 单细胞RNA测序、透射电镜、体外共培养系统、遗传学修饰 | NA | RNA测序数据、显微镜图像 | 高脂饮食小鼠模型及相关细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 97 | 2026-03-05 |
The cell rejuvenation atlas: leveraging network biology to identify master regulators of rejuvenation strategies
2024-09-09, Aging
DOI:10.18632/aging.206105
PMID:39264584
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研究论文 | 本研究开发了一个名为SINGULAR的细胞再生图谱,通过单细胞RNA-seq和网络生物学方法,系统分析了多种再生策略在多个器官中的分子机制 | 首次构建了统一的细胞再生图谱,利用网络生物学在单细胞分辨率下比较不同再生策略,并识别了协调再生反应的主调控因子 | 未在摘要中明确提及具体限制,可能包括数据集的覆盖范围或实验验证的不足 | 旨在揭示再生策略的分子机制,以促进更全面的细胞再生干预设计 | 多种再生策略(如热量限制和部分重编程)在多个器官中的细胞 | 网络生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA-seq | 网络生物学方法 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2026-03-05 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
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研究论文 | 本文评估了Element Biosciences的亲和性碱基化学测序技术在单细胞RNA-seq文库中准确测序通过同聚物引物位点的能力,并分析了其对读段比对和多聚腺苷酸化位点精确量化的影响 | 首次利用Element Aviti仪器的亲和性测序化学技术,成功实现了对单细胞RNA-seq文库中同聚物引物位点的准确测序,并开发了优化的接头修剪和比对流程,提高了读段比对率 | 尽管亲和性测序在多聚腺苷酸化位点分析中表现出色,但与传统单端比对相比,并未一致提高读段比对率,且未排除其他新兴平台可能具有的类似性能 | 评估亲和性测序技术在单细胞RNA-seq文库中的性能,特别是对同聚物引物位点的测序准确性和多聚腺苷酸化位点分析的影响 | 单细胞RNA-seq文库中的cDNA片段,特别是包含同聚物引物位点的序列 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq,亲和性碱基化学测序 | NA | 测序数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq | Element Aviti, Illumina测序平台 | Element Aviti仪器使用亲和性碱基化学测序技术,Illumina平台用于标准单细胞RNA-seq |
| 99 | 2026-03-05 |
Protocol for flow cytometry-assisted single-nucleus RNA sequencing of human and mouse adipose tissue with sample multiplexing
2024-03-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102893
PMID:38416649
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研究论文 | 本文介绍了一种用于人和小鼠脂肪组织的流式细胞术辅助单核RNA测序协议,支持样本多重分析 | 开发了一种整合流式细胞术进行质量控制、计数和精确核池化的新工作流程,以直接加载到10x Chromium控制器,有效消除批次混淆、减少低质量核、环境RNA污染和试剂浪费 | NA | 优化脂肪组织的单细胞RNA测序方法,克服脂肪细胞大小、脆弱性和商业试剂盒成本限制 | 人和小鼠的脂肪组织 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium控制器 |
| 100 | 2026-03-05 |
Niche-DE: niche-differential gene expression analysis in spatial transcriptomics data identifies context-dependent cell-cell interactions
2024-01-12, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03159-6
PMID:38217002
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研究论文 | 本文提出了一种名为niche-DE的新统计方法,用于分析空间转录组数据中的细胞类型特异性生态位相关基因,并开发了niche-LR方法来揭示配体-受体信号机制 | 首次专注于识别由细胞间相互作用驱动的局部基因表达变化,而非全局基因表达变异,适用于不同分辨率的空间转录组数据 | 未在摘要中明确提及具体局限性 | 开发统计方法以分析空间转录组数据中的细胞类型特异性生态位相关基因和配体-受体信号机制 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | niche-DE, niche-LR | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |