单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-12-21	Cell- and tissue-specific glycosylation pathways informed by single-cell transcriptomics 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae169 PMID:39703423	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析了人类组织和细胞类型中的糖基化相关基因表达，揭示了细胞和组织特异性糖基化途径	首次在糖科学领域应用单细胞转录组学，揭示了糖基化基因和途径表达的层次结构，并展示了细胞和组织特异性糖基化模式	研究依赖于Tabula Sapiens数据集，可能无法涵盖所有人类细胞类型和组织	探讨单细胞水平上糖基化相关基因的表达模式及其在不同细胞和组织中的特异性	人类组织和细胞类型中的糖基化相关基因表达	生物信息学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	Tabula Sapiens数据集中的人类组织和细胞类型
82	2024-12-21	Approximate nearest neighbor graph provides fast and efficient embedding with applications for large-scale biological data 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae172 PMID:39703432	研究论文	本文提出了一种新的降维算法annembed，通过结合t-SNE和UMAP的优点，并使用HNSW图替换K-最近邻图，提高了大规模生物数据处理的效率和速度	创新点包括结合t-SNE和UMAP创建新的降维算法，使用HNSW图替换K-最近邻图，以及通过结合HNSW和局部敏感哈希算法扩展到DNA/RNA序列数据	NA	提高大规模生物数据降维和嵌入的效率和速度	大规模微生物基因组数据库、单细胞RNA测序数据和宏基因组contig（或群体）分箱	生物信息学	NA	HNSW, 局部敏感哈希算法	NA	DNA/RNA序列数据	数百万到数十亿个数据点
83	2024-12-21	Spatial transcriptomics in breast cancer reveals tumour microenvironment-driven drug responses and clonal therapeutic heterogeneity 2024-Dec, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcae046 PMID:39703753	研究论文	本研究利用乳腺癌患者的空间转录组数据，预测药物敏感性，揭示了肿瘤微环境在治疗反应中的作用	本研究首次通过空间转录组数据揭示了肿瘤微环境对药物反应的影响，并发现了肿瘤内不同位置的亚克隆具有不同的药物反应	本研究仅基于乳腺癌患者的数据，结果的普适性有待进一步验证	探讨肿瘤微环境在乳腺癌治疗反应中的作用，优化治疗策略	乳腺癌患者的肿瘤微环境和药物敏感性	数字病理学	乳腺癌	空间转录组	NA	转录组数据	乳腺癌患者
84	2024-12-21	GAADE: identification spatially variable genes based on adaptive graph attention network 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae669 PMID:39701602	研究论文	本文提出了一种基于自适应图注意力网络的GAADE方法，用于识别空间变异基因	GAADE通过堆叠编码器/解码器层并集成自注意力机制，能够自适应地学习空间域结构，从而更准确地识别空间变异基因	本文未提及具体的技术局限性	旨在改进现有空间转录组数据分析方法，更准确地识别与特定细胞类型相关的空间变异基因	空间转录组数据中的空间变异基因	生物信息学	NA	空间转录组测序技术	图注意力网络	空间转录组数据	涉及四个不同物种、区域和组织的空间转录组数据集
85	2024-12-21	Expression of novel androgen receptors in three GnRH neuron subtypes in the cichlid brain 2024-11, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.13429 PMID:38986626	研究论文	本文研究了慈鲷脑中三种GnRH神经元亚型中新型雄激素受体的表达	首次使用免疫组化、原位杂交链反应（HCR）和空间转录组学技术，详细研究了慈鲷GnRH神经元中ar1和ar2基因的表达，发现了GnRH1神经元的基因型差异	由于技术限制，之前对慈鲷GnRH神经元中ar基因表达的研究结果不一致	探讨雄激素信号对GnRH神经元可塑性和生殖可塑性的调控机制	慈鲷脑中的GnRH1、GnRH2和GnRH3神经元	NA	NA	免疫组化、原位杂交链反应（HCR）、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
86	2024-12-21	Does the brain make prolactin? 2024-10, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.13432 PMID:39041379	综述	本文综述了关于脑内是否产生催乳素的研究证据	本文通过分析不同抗体和高度敏感的扩增技术检测到的催乳素免疫反应性，提出了对脑内催乳素产生可能性的质疑	证据不一致且变异性大，高度敏感的检测技术可能导致假阳性结果，且现代原位杂交和单细胞RNA测序未能提供支持证据	评估脑内催乳素产生的证据	催乳素及其受体在脑内的表达和功能	NA	NA	原位杂交、单细胞RNA测序	NA	mRNA	NA
87	2024-12-21	Laminin Beta 2 Is Localized at the Sites of Blood-Brain Barrier and Its Disruption Is Associated With Increased Vascular Permeability, Histochemical, and Transcriptomic Study 2024-10, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society DOI:10.1369/00221554241281896 PMID:39340425	研究论文	本文研究了层粘连蛋白β2在血脑屏障中的定位及其破坏与血管通透性增加的关系	首次通过组织化学和转录组学研究，揭示了层粘连蛋白β2在血脑屏障中的定位及其在不同病理条件下的表达变化	研究主要集中在高级别胶质瘤中的血管生成，未涵盖其他类型的脑部疾病	探讨层粘连蛋白β2在血脑屏障中的作用及其在脑部病理中的变化	层粘连蛋白β2及其在血脑屏障中的定位和表达	数字病理学	脑部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及正常脑组织和高级别胶质瘤的微血管样本
88	2024-12-21	Divergent venom effectors correlate with ecological niche in neuropteran predators 2024-08-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06666-9 PMID:39134630	研究论文	研究了神经翅目捕食者的毒液效应器与其生态位之间的关系	首次通过空间转录组学、蛋白质组学、形态学分析和生物测定研究了不同生态位中的毒液系统，并发现了E. nostras毒液的独特分子特征	对不同科的毒液部署的生态和进化了解不足	探讨神经翅目捕食者的毒液在不同生态位中的进化和生态作用	蚁狮E. nostras和草蛉C. carnea的毒液系统	NA	NA	空间转录组学、蛋白质组学、形态学分析、生物测定	NA	分子数据、形态数据	蚁狮E. nostras和草蛉C. carnea
89	2024-12-21	Epithelium/imcDC2 axis facilitates the resistance of neoadjuvant anti-PD-1 in human NSCLC 2024-Aug-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-007854 PMID:39134346	研究论文	本文研究了非小细胞肺癌患者在接受新辅助抗PD-1治疗时，上皮细胞/imcDC2轴如何促进治疗抵抗的机制	揭示了galectin-9表达的肿瘤细胞通过galectin-9/TIM-3介导的抑制作用，维持了新辅助抗PD-1治疗在非小细胞肺癌中的初级抵抗	本文主要基于实验数据和动物模型，尚未在更大规模的人体临床试验中验证	探讨新辅助抗PD-1治疗在非小细胞肺癌中的抵抗机制	非小细胞肺癌患者的肿瘤样本和肺组织，以及肺癌细胞系和小鼠模型	数字病理学	肺癌	多组学分析，包括质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、批量RNA测序和多色流式细胞术	NA	基因表达数据	一批接受新辅助抗PD-1治疗的非小细胞肺癌患者的肿瘤样本和配对的肺组织，以及新鲜的组织样本和肺癌细胞系
90	2024-12-21	Exploring the immune characteristions of CRKP pneumonia at single-cell level 2024-07, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108574 PMID:38772102	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）肺炎患者的免疫特征	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了CRKP肺炎患者从轻度到重度转变过程中免疫细胞的动态特征和功能特性，并发现了与NK细胞、巨噬细胞和单核细胞相关的细胞标志物	样本量较小，仅包括3名患者的5份外周血样本，且未涵盖更多不同严重程度的病例	探讨CRKP肺炎患者的免疫失调特征及其与COVID-19的比较	耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）肺炎患者的免疫细胞	数字病理学	肺炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	5份外周血样本来自3名中度和重度CRKP肺炎患者，以及2名COVID-19患者的scRNA-seq数据
91	2024-12-21	Inflammatory risk contributes to post-COVID endothelial dysfunction through anti-ACKR1 autoantibody 2024-Jul, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402598 PMID:38740432	研究论文	本研究探讨了COVID-19感染后持续炎症对血管功能障碍的影响，特别是针对非典型趋化因子受体1（ACKR1）的自身抗体的作用	首次揭示了COVID-19幸存者中抗ACKR1自身抗体与血管功能障碍之间的关联，并发现了这些抗体在组织特异性静脉血栓栓塞中的潜在作用	研究主要基于小鼠组织和患者样本，未来需要更大规模的人体研究来验证结果	探讨COVID-19感染后持续炎症对血管功能障碍的影响及其机制	COVID-19幸存者中的自身抗体及其对血管功能的影响	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠组织和COVID-19幸存者样本
92	2024-12-21	Frataxin deficiency shifts metabolism to promote reactive microglia via glucose catabolism 2024-Jul, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402609 PMID:38631900	研究论文	本研究探讨了线粒体蛋白frataxin（FXN）缺乏对微胶质细胞代谢和免疫反应的影响，并评估了丁酸盐治疗对Friedreich共济失调（FRDA）小鼠模型的神经保护作用	首次揭示了FXN缺乏导致微胶质细胞代谢向糖酵解和异柠檬酸生产转变，并发现丁酸盐通过itaconate-Nrf2-GSH途径触发抗氧化反应，抑制炎症基因表达，恢复微胶质细胞稳态	研究仅在FRDA小鼠模型中进行，结果的临床转化和人类适用性尚需进一步验证	探讨FXN缺乏对微胶质细胞代谢和免疫反应的影响，并评估丁酸盐治疗对FRDA的潜在治疗效果	FRDA小鼠模型的微胶质细胞和小脑细胞群	免疫代谢	神经退行性疾病	单细胞RNA测序，代谢组学分析	NA	RNA序列，代谢数据	FRDA小鼠模型中的小脑细胞群
93	2024-12-21	Proteomic, single-cell and bulk transcriptomic analysis of plasma and tumor tissues unveil core proteins in response to anti-PD-L1 immunotherapy in triple negative breast cancer 2024-06, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108537 PMID:38744008	研究论文	本文通过蛋白质组学、单细胞和批量转录组学分析，揭示了三阴性乳腺癌患者在接受抗PD-L1免疫治疗后核心蛋白质的变化	构建了一个有效的血浆蛋白质组模型，用于预测免疫治疗的反应，并发现FAP+和COMP+成纤维细胞可能是逆转免疫治疗抵抗的潜在靶点	需要进一步验证和扩展样本量以确认研究结果的普遍性和可靠性	揭示三阴性乳腺癌患者对免疫治疗的反应机制，并开发预测模型	三阴性乳腺癌患者的血浆和肿瘤组织样本	蛋白质组学	乳腺癌	TMT质谱分析、单细胞RNA测序、批量RNA测序	随机森林模型	蛋白质组数据、转录组数据	来自三阴性乳腺癌患者的预处理和后处理血浆样本，以及公开的肺癌和黑色素瘤的蛋白质组数据
94	2024-12-21	K-nearest-neighbors induced topological PCA for single cell RNA-sequence data analysis 2024-06, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108497 PMID:38678944	研究论文	本文提出了一种基于k近邻拓扑的PCA方法，用于单细胞RNA测序数据分析	本文创新性地结合了持久拉普拉斯技术和L范数正则化，提出了一种拓扑主成分分析（tPCA）方法，并通过引入k近邻持久拉普拉斯技术（kNN-PL）进一步提升了方法的鲁棒性	本文未提及具体的局限性	旨在解决单细胞RNA测序数据分析中的多尺度多类别异质性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	PCA	基因表达数据	11个不同的单细胞RNA测序基准数据集
95	2024-12-21	ISMI-VAE: A deep learning model for classifying disease cells using gene expression and SNV data 2024-06, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108485 PMID:38653063	研究论文	本文提出了一种基于变分自编码器（VAE）的深度学习模型ISMI-VAE，用于整合和分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核苷酸变异（SNV）数据，以分类疾病细胞	ISMI-VAE通过引入注意力机制来反映特征重要性，并分析潜在的致病基因特征，同时利用深度学习技术整合多模态数据并映射到低维空间	NA	开发一种能够有效整合和分析单细胞RNA测序和单核苷酸变异数据的方法，以提高疾病细胞分类的准确性和可解释性	单细胞RNA测序和单核苷酸变异数据	机器学习	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码器（VAE）	基因表达数据和SNV数据	三个癌症数据集和一个COVID-19数据集
96	2024-12-21	The pathogenesis of endometriosis and adenomyosis: insights from single-cell RNA sequencing† 2024-May-09, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae032 PMID:38386960	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在子宫内膜异位症和子宫腺肌症研究中的应用，探讨了这两种疾病的细胞成分和分子特征	利用单细胞RNA测序技术揭示了子宫内膜异位症和子宫腺肌症的细胞起源和免疫微环境特征	对子宫腺肌症免疫特征的理解仍需进一步探索	探讨子宫内膜异位症和子宫腺肌症的发病机制及细胞水平的治疗靶点	子宫内膜异位症和子宫腺肌症的细胞成分和分子特征	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
97	2024-12-21	Edge-relational window-attentional graph neural network for gene expression prediction in spatial transcriptomics analysis 2024-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108449 PMID:38626512	研究论文	提出了一种基于边缘关系窗口注意力图神经网络的虚拟空间转录组学方法，用于从标准组织图像中预测基因表达	创新性地构建了异构图来建模局部窗口交互，并结合注意力机制进行全局信息分析，无需先验基因表达数据	未提及具体的局限性	开发一种成本效益高的虚拟空间转录组学方法，用于基因表达预测，无需昂贵的专用设备	空间转录组学中的基因表达预测	数字病理学	乳腺癌	图神经网络	图卷积网络 (GCN)	图像	两个公开的乳腺癌数据集
98	2024-12-21	Comprehensive analysis of skin growth-related hub genes and microenvironment characterization in a mouse expanded skin model 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1306353 PMID:39703504	研究论文	本文分析了在小鼠扩展皮肤模型中与皮肤生长相关的关键基因及其微环境特征	本文通过随机森林和蛋白质-蛋白质相互作用网络分析，识别出与皮肤再生相关的关键基因，并揭示了这些基因在不同细胞类型中的表达及其相互作用	本文的研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨机械拉伸介导的组织扩展过程中皮肤生长的细胞和分子机制，并识别关键基因和细胞类型	小鼠扩展皮肤模型中的关键基因和微环境特征	数字病理学	NA	单细胞测序	随机森林	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的小鼠芯片测序数据和单细胞测序数据
99	2024-12-21	Evaluating methods for integrating single-cell data and genetics to understand inflammatory disease complexity 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1454263 PMID:39703500	研究论文	本文评估了将单细胞RNA测序（scRNA-seq）和全基因组关联研究（GWAS）数据整合以理解炎症性疾病复杂性的方法	提出了一个三步基准分析方法，整合GWAS和scRNA-seq数据，识别与遗传相关的细胞状态和基因；评估了非编码SNP整合方法的敏感性和准确性；展示了scDRS工具在区分相似疾病中的有效性	依赖于特定组织的scRNA-seq数据，非疾病特异性数据可能导致误导性结果	通过整合单细胞数据和遗传学数据，揭示炎症性疾病的复杂性	类风湿性关节炎（RA）和溃疡性结肠炎（UC）的单细胞数据和GWAS数据	数字病理学	免疫介导的炎症性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），全基因组关联研究（GWAS）	NA	单细胞数据，基因数据	183,742和228,211个细胞用于scRNA-seq，97,173和45,975个样本用于GWAS
100	2024-12-21	Pan-cancer single cell and spatial transcriptomics analysis deciphers the molecular landscapes of senescence related cancer-associated fibroblasts and reveals its predictive value in neuroblastoma via integrated multi-omics analysis and machine learning 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1506256 PMID:39703515	研究论文	本研究通过泛癌单细胞和空间转录组学分析，揭示了衰老相关癌症相关成纤维细胞（senes CAF）的分子特征，并利用多组学分析和机器学习方法开发了神经母细胞瘤的诊断和预后标志物	首次系统性地探索了衰老相关癌症相关成纤维细胞（senes CAF）在神经母细胞瘤中的分子特征，并开发了基于多组学分析和机器学习的诊断和预后标志物	研究主要集中在神经母细胞瘤，未来可能需要进一步验证在其他癌症类型中的适用性	揭示衰老相关癌症相关成纤维细胞的分子特征，并开发用于神经母细胞瘤的诊断和预后标志物	衰老相关癌症相关成纤维细胞（senes CAF）及其在神经母细胞瘤中的作用	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞和空间转录组学分析	随机森林（RF）算法和SuperPC算法	单细胞和空间转录组数据	泛癌样本，具体数量未明确提及