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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-05-01 |
Neuro-epithelial circuits promote sensory convergence and intestinal immunity
2026-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09921-z
PMID:41501470
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研究论文 | 发现TRPV1疼痛感受神经元与上皮簇细胞协同驱动2型免疫反应的神经-上皮回路 | 首次揭示TRPV1疼痛感受神经元通过共选项上皮簇细胞启动2型免疫反应的神经-上皮回路机制 | 未明确其他感觉输入(如化学刺激)是否通过相同通路整合,且研究主要基于小鼠模型 | 探究上皮、神经元和免疫细胞如何协调感知输入并整合驱动2型炎症 | 小鼠肠道中的TRPV1疼痛感受神经元、上皮簇细胞和2型免疫反应 | 免疫学 | 寄生虫感染 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、化学遗传学沉默/激活、化学消融 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型(具体样本量未在摘要中提及) | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 使用空间转录组学和单细胞RNA测序分析 |
| 82 | 2026-05-01 |
Reconstructing 3D transcriptional organization from spatial transcriptomics reveals consistent oncogenic translocations and developmental dynamics
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag177
PMID:42059481
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研究论文 | 介绍Cytocraft计算框架,从2D空间转录组数据重建3D转录组织,并揭示致癌易位和发育动态 | 首次提出从2D空间数据推断细胞类型特异性3D转录中心构型的计算方法Cytocraft,并在非小细胞肺癌和蝾螈脑发育中验证其应用 | 未报告明显局限性 | 开发计算框架从2D空间转录组数据重建3D转录空间组织,探索疾病和发育中的空间规律 | 人类非小细胞肺癌样本和发育中的蝾螈脑 | 计算生物学 | 非小细胞肺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 8例非小细胞肺癌患者样本和蝾螈脑发育样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 83 | 2026-05-01 |
Integrating and mapping single-cell transcriptomics across the entire gene expression space
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag204
PMID:42059480
|
研究论文 | 提出scGES深度学习框架,用于在全基因表达空间中整合单细胞转录组数据并校正批次效应 | 首次利用全部基因(包括高变和低变基因)进行批次效应校正,超越仅使用高变基因的现有方法 | NA | 开发能够校正全基因表达空间批次效应的深度学习框架,提升单细胞转录组数据整合与映射的准确性 | 单细胞转录组数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 84 | 2026-05-01 |
CaHoT-GRN: context-aware high-order topology learning for robust single-cell gene regulatory network inference
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag202
PMID:42059479
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研究论文 | 提出了CaHoT-GRN框架,利用上下文感知的高阶拓扑学习实现稳健的单细胞基因调控网络推断 | 创新性地融合预训练生物大语言模型提取基因和蛋白质序列的深层语义嵌入,构建基于元路径生成的异质信息网络捕捉高阶基因交互,并设计相似性共注意力模块建模先验基因调控网络与异质信息网络之间的拓扑一致性 | 依赖蛋白质-蛋白质相互作用数据来约束元路径生成,可能限制了对非编码调控机制的覆盖范围 | 开发一种能整合序列语义上下文和转录因子理化属性的单细胞基因调控网络推断方法,提升网络推断的准确性并减少假阳性连接 | 单细胞转录组数据集中的基因调控网络 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 大语言模型、相似性共注意力模块 | 单细胞转录组数据 | 不适用 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 85 | 2026-05-01 |
A tumor-promoting inflammatory SPP1+ macrophage-IL-6-CRP axis drives immune dysfunction in bladder cancer
2026-Feb-27, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-25-1774
PMID:41747249
|
研究论文 | 本研究揭示了膀胱癌中SPP1+巨噬细胞通过IL-6-CRP轴驱动免疫功能障碍的促炎机制 | 首次将全身性炎症标志物(IL-6/CRP)与肿瘤微环境中的SPP1+巨噬细胞免疫抑制功能直接关联,并定义了驱动免疫检查点阻断治疗耐药的巨噬细胞轴 | 未明确说明样本量大小及队列种族多样性,且因果验证主要依赖相关性分析和功能实验,缺乏更直接的体内干预证据 | 探究膀胱癌中全身性炎症与肿瘤微环境免疫功能障碍的关联机制 | 接受免疫检查点阻断治疗的膀胱癌患者 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序平台,Illumina NovaSeq批量RNA测序 |
| 86 | 2026-05-01 |
[Spatial omics in pulmonary fibrosis: advancing mechanistic insights and therapeutic strategies]
2026-02-25, Zhejiang da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Zhejiang University. Medical sciences
DOI:10.3724/zdxbyxb-2025-0785
PMID:41631436
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综述 | 综述空间组学技术在肺纤维化研究中的应用进展,揭示其在理解疾病机制和开发治疗策略中的潜力 | 系统整合空间代谢组学、转录组学和蛋白质组学在肺纤维化研究中的最新成果,强调其保留组织空间上下文的高通量分析能力 | 未提及具体样本量和跨平台验证等方面的局限性 | 探讨空间组学技术如何推动肺纤维化精准诊断、治疗靶点发现和药物开发 | 肺纤维化疾病,特别是特发性肺纤维化的组织微环境 | 数字病理学 | 肺纤维化、特发性肺纤维化 | 空间代谢组学、空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 图像、分子数据 | NA | NA | 空间代谢组学、空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 87 | 2026-05-01 |
Interferon stimulation and NKG2D expression drive enhanced natural killer cell antibody-dependent cellular cytotoxicity against viral infections
2026-Feb-09, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiag019
PMID:41634919
|
研究论文 | 结合功能性ADCC检测和单细胞转录组学,分析COVID-19患者外周NK细胞中干扰素刺激和NKG2D表达对抗体依赖性细胞毒作用的增强机制 | 首次通过单细胞转录组学揭示高ADCC反应与低ADCC反应NK细胞的不同转录程序,发现干扰素刺激基因和NKG2D的高表达与ADCC增强相关,同时发现干扰素介导的NK细胞激活与抗体ADCC能力降低之间存在矛盾调节机制 | 未提供具体的限制信息 | 探究NK细胞内在因素和抗体在介导抗病毒ADCC反应中的相对贡献,揭示其分子决定因素 | COVID-19患者的外周NK细胞 | 单细胞转录组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | COVID-19参与者的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 88 | 2026-05-01 |
Hspa8 modulation of immune responses mitigates ischemic brain injury
2026-02, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00359-x
PMID:41176589
|
研究论文 | 本研究探讨热休克蛋白A8在缺血性脑损伤后调节免疫细胞动态变化中的作用 | 首次揭示Hspa8通过调节中性粒细胞浸润和活性氧产生来缓解缺血性脑损伤的免疫机制 | 未提及具体局限性 | 阐明Hspa8在缺血性脑损伤后免疫炎症反应中的调节作用 | 缺血性脑损伤模型中的T细胞、中性粒细胞和单核细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、流式细胞术、免疫荧光 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 89 | 2026-05-01 |
Effects of nucleic acid metabolism on prognosis and immune invasion of triple-negative breast cancer
2026-02, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00366-y
PMID:41198929
|
研究论文 | 研究核酸代谢相关基因在三阴性乳腺癌中的表达模式及其对预后和免疫浸润的影响 | 首次发现PDE8B作为癌基因通过促进上皮-间充质转化诱导三阴性乳腺癌转移,并通过单细胞RNA测序揭示核酸代谢和同源重组修复缺陷对耗竭CD8 T细胞的独特作用 | 未提及 | 探讨核酸代谢在三阴性乳腺癌发展中的作用及其对预后和免疫微环境的影响 | 三阴性乳腺癌肿瘤样本 | 机器学习 | 三阴性乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 预测模型 | 转录组数据 | 297个三阴性乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2026-05-01 |
Macrophage retrotransposon expression is associated with lupus
2026-02, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00369-9
PMID:41233567
|
研究论文 | 该研究探讨了巨噬细胞中逆转录转座子表达与狼疮之间的关系,发现MTD逆转录转座子在ROS缺陷的狼疮易感小鼠中表达增加,并可通过调节T细胞活化和减轻巨噬细胞浸润来影响疾病进程 | 首次揭示MTD逆转录转座子在ROS缺陷条件下促进巨噬细胞扩增和激活,进而驱动狼疮早期发病的机制,并发现霉酚酸酯治疗可降低其表达 | 研究仅限于小鼠模型,未在人体样本中进行验证 | 阐明NCF1基因变异导致ROS缺陷与狼疮免疫失调之间的潜在机制 | ROS缺陷的狼疮易感lpr小鼠模型中的组织驻留巨噬细胞 | 机器学习 | 狼疮 | 批量RNA测序、流式细胞术、空间分辨单细胞转录组成像 | NA | RNA测序数据、图像数据 | ROS缺陷的lpr小鼠(具体数量未提及) | NA | 批量RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 91 | 2026-05-01 |
Spatiotemporal transcriptomic insights into ferroptosis and TFRC-linked immune interactions in ischemia-reperfusion acute kidney injury
2026-02, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00364-0
PMID:41241671
|
研究论文 | 本研究利用时空转录组学揭示铁死亡及TFRC相关的免疫相互作用在缺血再灌注急性肾损伤中的作用 | 首次整合单细胞和空间转录组学分析铁死亡相关基因在AKI中的空间分布及其与免疫细胞的相互作用,并识别TFRC作为潜在治疗靶点 | 研究基于小鼠模型,需在人类样本中验证;未详细探讨其他铁死亡相关基因的独立作用 | 探究急性肾损伤中铁死亡相关基因的表达、空间分布及免疫相互作用,寻找潜在治疗靶点 | 缺血再灌注诱导的急性肾损伤小鼠模型中的肾组织及细胞 | 机器学习,空间转录组学 | 急性肾损伤 | 单细胞转录组学,空间转录组学,机器学习,免疫荧光,共培养实验 | 机器学习诊断模型 | 基因表达数据,空间转录组数据,单细胞转录组数据 | 小鼠模型(具体样本数量未提供) | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 92 | 2026-05-01 |
Recruitment of CCR5+ inflammatory monocytes in pulmonary tissue contributes to acute lung injury
2026-02, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00371-1
PMID:41444399
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现CCR5+炎性单核细胞在肺组织中的募集促进急性肺损伤,并揭示CCR5阻断通过调节自噬缓解损伤 | 首次在深低温停循环诱导的大鼠急性肺损伤模型中,通过单细胞RNA测序鉴定出CCR5高表达的促炎性CD43单核细胞亚群选择性扩增,并证实CCR5药物阻断可同时降低CCR5表达、减轻肺损伤和抑制自噬,揭示CCR5和自噬之间的新型调控关系 | 主要基于大鼠模型,结果向临床转化需进一步验证;未深入探讨CCR5调控自噬的具体分子机制 | 探究深低温停循环后急性肺损伤中单核细胞的亚群变化及CCR5的作用机制 | 健康大鼠与深低温停循环处理后大鼠的肺组织细胞 | 免疫学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 大鼠肺组织细胞,具体样本量未提供 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 93 | 2026-05-01 |
The transcription factor HHEX maintains glucocorticoid levels and protects adrenals from androgen-induced lipid depletion
2026-Jan-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-68257-4
PMID:41519914
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定转录因子HHEX在肾上腺皮质束状带中的高表达,揭示其通过调控雄激素信号和胆固醇酯维持糖皮质激素水平,并保护肾上腺免受雄激素诱导的脂质耗竭 | 首次发现HHEX作为雄激素受体靶基因,通过抑制雌性转录程序来塑造肾上腺性二态性,同时保护脂滴免于雄激素诱导的脂自噬,并揭示HHEX对最内层肾上腺皮质细胞亚群身份维持的多功能调控作用 | 未提及人类样本验证及长期代谢表型分析 | 解析肾上腺皮质束状带细胞异质性和适应性重塑的分子机制,阐明HHEX维持糖皮质激素稳态的调控通路 | Sf1-Cre; Rosa报告基因小鼠的肾上腺皮质细胞 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | Sf1-Cre; Rosa报告小鼠的肾上腺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 94 | 2026-05-01 |
Single-cell multimodal analysis reveals the dynamic immunopathogenesis of HBV-ACLF progression
2026-Jan-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-333308
PMID:40841166
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研究论文 | 单细胞多模态分析揭示HBV-ACLF进展的动态免疫发病机制 | 首次通过单细胞RNA测序和蛋白质组学纵向多组学分析,绘制HBV-ACLF病程中免疫应答的动态轨迹,并识别出具有疾病预后和治疗指导价值的免疫细胞模块 | 未提及具体限制 | 全面描绘HBV相关慢加急性肝衰竭(HBV-ACLF)疾病过程中免疫应答的动态演变 | 45份住院患者(进展/稳定/恢复期HBV-ACLF各6/5/6例)和15例对照(肝硬化、慢性乙肝、健康对照各5例)的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 肝脏疾病, HBV-ACLF | 单细胞RNA测序, 单细胞蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞蛋白质组数据 | 45份样本(17例患者)和15例对照 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞蛋白质组学 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和单细胞蛋白质组学 |
| 95 | 2026-05-01 |
The 2026 Nucleic Acids Research database issue and the online molecular biology database collection
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1427
PMID:41431842
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评论 | 介绍2026年《核酸研究》数据库专刊内容及在线分子生物学数据库合集更新 | 专刊包含首个突破性论文JoGo,覆盖层级命名和背景化的人类单倍型,以及So3D提供真正三维空间转录组学数据 | 未提及具体研究局限性 | 总结和推广分子生物学数据库领域的新资源和更新 | 核酸、蛋白质结构、结构域和家族、酶、蛋白质组、人类单倍型、空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 三维空间转录组学 | NA | 数据库 | NA | NA | 三维空间转录组学 | NA | NA |
| 96 | 2026-05-01 |
Single cell RNA-sequencing reveals an association between testosterone treatment and reduced hormone signaling in the human mammary gland
2026-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.31.697241
PMID:41509433
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示睾酮治疗与人类乳腺激素信号减少之间的关联 | 首次利用单细胞RNA测序比较接受睾酮替代疗法的跨性别男性与顺性别女性的乳腺组织,发现睾酮治疗显著降低雌激素信号通路基因表达,提出睾酮可能通过抑制雌激素信号发挥保护作用 | 研究样本量有限,未深入探讨睾酮治疗对乳腺长期安全性及癌症风险的具体机制 | 探究睾酮替代疗法对人类乳腺生物学的影响及其对激素信号通路的调控 | 接受睾酮替代疗法的跨性别男性和顺性别女性的乳腺组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人口统计学匹配队列的顺性别女性和接受TRT的跨性别男性乳腺组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 97 | 2026-05-01 |
Reduced Intestinal GLP-1+ Cell Numbers Are Associated With an Inflammation-related Epithelial Metabolic Signature
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101656
PMID:41047099
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研究论文 | 该研究探讨了肠道炎症中GLP-1+细胞数量减少与上皮代谢特征改变的关系 | 首次揭示GLP-1+细胞减少是肠道炎症的普遍特征,并发现其与上皮细胞代谢重编程相关,而非仅因功能受损 | 尚未明确GLP-1+细胞减少的具体分子机制及因果关系;人类数据仅来自Crohn病患者,未涵盖其他IBD亚型 | 探究肠内分泌细胞特别是GLP-1+细胞在肠道炎症中的作用机制 | 肠内分泌细胞(EECs)中的L细胞及GLP-1+细胞 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序、转录组分析、类器官培养 | NA | 单细胞RNA测序数据、组织切片 | 4种小鼠炎症模型、IL-10缺乏小鼠、ClpPΔIEC小鼠、人类Crohn病患者黏膜活检、人类及小鼠肠道类器官 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序平台(具体产品未在摘要中明确) |
| 98 | 2026-05-01 |
Single-cell transcriptomics of bronchoalveolar lavage reveals divergent macrophage subpopulations and trajectories in interstitial lung disease
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0347852
PMID:42054404
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研究论文 | 对支气管肺泡灌洗液进行单细胞转录组分析,揭示间质性肺病中不同的巨噬细胞亚群及其发展轨迹 | 首次在单细胞分辨率下系统比较不同亚型间质性肺病(包括特发性肺纤维化、过敏性肺炎、结节病和矽肺)支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞组成,并整合外周血白细胞端粒长度和全基因组关联研究数据 | 样本量较小(24名男性患者),且仅包括男性受试者,未涉及女性患者,可能限制结果的普适性 | 表征不同间质性肺病亚型中支气管肺泡灌洗液的免疫细胞群体,并探讨外周血白细胞端粒长度缩短对免疫谱的影响 | 24名患有不同间质性肺病的男性患者(包括特发性肺纤维化、过敏性肺炎、结节病、矽肺)的支气管肺泡灌洗液细胞 | 机器学习 | 间质性肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 24名男性患者的支气管肺泡灌洗液样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序系统 |
| 99 | 2026-05-01 |
Integrative single-cell and bulk RNA sequencing unravels the role of ACTN1 in promoting lung cancer with brain metastasis and epidermal growth factor receptor-tyrosine kinase inhibitor resistance
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1738641
PMID:42058147
|
研究论文 | 整合单细胞和批量RNA测序揭示ACTN1在促进肺癌脑转移及EGFR-TKI耐药中的作用 | 首次通过整合scRNA-seq和批量RNA测序构建肺癌脑转移微环境图谱,并识别出ACTN1+上皮细胞亚群与EGFR-TKI耐药和脑转移的关联 | 基于公开数据集,可能未完全涵盖所有患者异质性;体外实验需进一步在体内模型中验证 | 探讨ACTN1在肺癌脑转移和EGFR-TKI耐药中的功能及机制 | 肺癌脑转移病灶中的肿瘤微环境细胞及EGFR-TKI耐药的肺癌细胞系 | 数字病理学,机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,高维加权基因共表达网络分析,机器学习 | NA | 基因表达数据 | 整合公开的scRNA-seq数据集及细胞系样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 100 | 2026-05-01 |
LGMN+ macrophage promotes the formation of a tumor-supportive microenvironment in gastric cancer
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1810794
PMID:42058204
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研究论文 | 发现LGMN+巨噬细胞通过促进血管生成和建立免疫抑制微环境驱动胃癌进展 | 通过单细胞RNA测序揭示LGMN+巨噬细胞在胃癌中的富集及其与不良预后的关联,并利用巨噬细胞特异性LGMN条件性敲除小鼠证实其促癌机制 | NA | 评估LGMN+巨噬细胞对胃癌进展的影响并阐明其潜在机制 | 胃癌组织中的肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 基因敲除 | NA | 基因表达数据 | 公共数据库中的胃癌样本及巨噬细胞特异性LGMN条件性敲除小鼠模型 | Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Illumina NovaSeq | NA |