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当前共找到 40811 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-06-23 |
In silico virtual knockout identifies PXDNL as a fibroblast-specific driver of sarcopenia and GABA as a potential modulator
2026-Jun-11, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153738
PMID:41996735
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研究论文 | 通过计算虚拟基因敲除结合多组学和单细胞RNA-seq，鉴定出PXDNL是肌肉减少症的成纤维细胞特异性驱动因子，并验证GABA作为潜在调节剂 | 首次整合虚拟基因敲除（scTenifoldKnk）与多组学分析，发现成纤维细胞特异性的PXDNL-ECM轴是肌肉减少症的因果机制，并利用药物重定位和分子对接确认GABA为可重用的治疗候选药物 | 未提及具体限制 | 鉴定肌肉减少症的成纤维细胞特异性驱动因子并发现可转化的治疗靶点 | 人类肌肉活检样本（238个活检、5个GEO队列、10个单细胞样本、12,847个细胞） | 机器学习 | 肌肉减少症 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 虚拟基因敲除, 分子对接, 酶活性测定 | WGCNA, scTenifoldKnk, 机器学习（plsRglm等113种算法） | 基因表达数据 | 238个活检样本（多组学）、10个单细胞RNA-seq样本（12,847个细胞） | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2026-06-23 |
MipSScs: Artificial neural network-based data integration of 2D/3D single-cell spatial RNA sequence data from virus-infected human cerebral organoids
2026-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.08.727881
PMID:42327098
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研究论文 | 本研究利用人工神经网络整合来自病毒感染人类大脑类器官的2D/3D单细胞空间RNA测序数据 | 首次使用多层感知机（MLP）整合2D和3D单细胞空间转录组数据，从病毒感染的类器官中识别与阿尔茨海默病相关的细胞类型和轨迹 | 未明确讨论数据整合方法在更大规模或不同病毒模型中的泛化能力及潜在偏差 | 探索通过人工智能整合2D/3D单细胞空间RNA数据以揭示病毒感染相关神经退行性疾病机制的可行性 | HSV-1感染的2D分离细胞和3D人类大脑类器官 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞非空间RNA测序，单细胞空间RNA测序 | 多层感知机（MLP） | 单细胞基因表达数据 | 人类胎儿大脑和成人死后大脑样本，以及HSV-1感染的2D和3D类器官样本 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 83 | 2026-06-23 |
Conserved Cell Type Signatures Across the Brainstem and Spinal Cord in the Mouse Central Nervous System
2026-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.09.728039
PMID:42327133
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研究论文 | 整合单核多组学测序和空间转录组学，绘制成年小鼠脑干和脊髓中保守的细胞类型特征图谱 | 首次在脑干和脊髓之间系统揭示保守的细胞类型核心特征，发现细胞类型和位置身份在很大程度上正交，并揭示不同神经元类别中区域影响的差异性 | NA | 研究中枢神经系统中细胞类型在脑干和脊髓之间的组织方式和保守特征 | 成年小鼠的脑干和脊髓组织 | 机器学习 | NA | 单核多组学测序（RNA+ATAC），空间转录组学 | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据，空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞多组学，空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium 单核多组学（RNA+ATAC），10x Visium 空间转录组 |
| 84 | 2026-06-23 |
STITCH links cellular morphology and gene expression in spatial transcriptomics
2026-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.07.730714
PMID:42327255
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研究论文 | 提出了STITCH方法，通过可解释的细胞形态表示揭示空间转录组中形态与基因表达的共变关系 | 首次在空间转录组学中应用基于Kendall形状流形的切线主成分分析（TPCA）表示细胞形态，实现了与大小无关的轮廓形状特征提取，优于深度学习方法 | 可能依赖特定成像平台的数据质量，且形态-转录组关联的生物学验证有待进一步实验确认 | 开发和验证一种可解释的数学方法，用于空间转录组数据中细胞形态与基因表达的相关性分析 | RNAi筛选中的细胞轮廓、Xenium数据集中的角质细胞、CosMx黑素瘤数据集中的成纤维细胞和恶性细胞 | 数字病理学 | 黑素瘤 | 空间转录组学 | 切线主成分分析（TPCA） | 图像 | 包含多个样本：一个Xenium数据集、一个CosMx黑素瘤数据集、两个黑素瘤队列 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium, CosMx | Xenium平台用于角质细胞分析，CosMx平台用于黑素瘤样本分析 |
| 85 | 2026-06-23 |
Spatial Transcriptomics reveals a T cell-mediated microglial activation axis of neurodegeneration following immune checkpoint inhibition
2026-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.10.730982
PMID:42327312
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研究论文 | 利用空间转录组学揭示免疫检查点抑制剂治疗后T细胞介导的小胶质细胞激活轴导致神经退行性变 | 首次利用MERFISH空间转录组学技术以单细胞分辨率揭示免疫检查点抑制剂引起脑功能障碍的细胞特异性分子机制和空间模式，并证明T细胞-小胶质细胞互作轴是驱动神经免疫稳态失调的关键机制 | 主要基于小鼠模型，人类数据仅来自尸检脑组织的免疫荧光分析，且未详细说明样本量和统计效力 | 阐明免疫检查点抑制剂治疗引发脑部免疫相关不良事件的空间模式和细胞特异性分子机制 | 同基因小鼠黑色素瘤模型的海马区以及接受免疫检查点抑制剂治疗患者的死后脑组织 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间单细胞基因表达数据、批量RNA测序数据 | 未明确说明样本量 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | 多路复用错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）技术 |
| 86 | 2026-06-23 |
Distinct fibroblast and perivascular senotypes define spatial niches that regulate fibrosis
2026-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.08.730636
PMID:42327137
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学分析，发现纤维化相关衰老细胞包含功能上分化的衰老类型，它们被组织成不同的空间微环境，这些微环境通过调节细胞外基质产生、免疫信号和血管重塑来影响纤维化进程 | 首次揭示了纤维化中衰老细胞的功能异质性及其空间组织规律，鉴定出成纤维细胞和血管周围细胞两种功能不同的衰老类型，并证明血管周围衰老在血管重塑与纤维化结果之间起桥梁作用 | 研究主要基于小鼠模型，虽然通过公共数据集验证了人类纤维化疾病中的保守性，但直接的人类组织验证和功能实验仍需进一步开展 | 阐明纤维化相关衰老细胞的异质性及其空间分布对纤维化进程的调控机制 | 小鼠纤维化模型中的基质细胞、免疫细胞和血管细胞，以及公共数据集中的人类纤维化组织 | 数字病理学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 层次因子分解模型 | 基因表达数据，空间转录组数据 | 小鼠纤维化模型组织样本，以及多个公共人类纤维化数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序，10x Visium空间转录组学 |
| 87 | 2026-06-23 |
PanKbase Integrated Single-Cell Map: A Comprehensive Atlas of Human Pancreatic Islets
2026-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.02.729719
PMID:42327171
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research paper | 构建了一个统一的人类胰腺胰岛单细胞图谱，整合来自多个来源的数据以研究1型糖尿病 | 整合了来自140名捐赠者、涵盖五种表型组的191个高质量测序数据，包括实验扰动样本（如SARS-CoV-2感染和促炎细胞因子暴露），并提供了公开访问的在线平台 | 未明确说明，但可能受限于公开数据的异质性和整合过程中对变量的控制 | 创建统一的单细胞RNA测序图谱以支持糖尿病病理生理学研究 | 人类分离胰腺胰岛组织及其单细胞数据 | machine learning | type 1 diabetes, type 2 diabetes | scRNA-seq | NA | 图像，文本 | 140名捐赠者中的191个高质量测序样本，包含448,935个细胞 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 88 | 2026-06-23 |
Perturbation of genes linked to common schizophrenia risk variants identifies cilia programs
2026-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.09.731172
PMID:42327190
|
研究论文 | 利用CRISPR液滴测序在小鼠新皮层中扰动与精神分裂症风险变异相关的基因，揭示纤毛转录程序作为共同下游机制 | 首次在体内系统表型分析精神分裂症常见风险变异的靶基因，通过整合单细胞组学与多重扰动实验，发现纤毛功能障碍是精神分裂症遗传风险因素的汇聚机制 | 研究仅在产后小鼠新皮层进行，未包含人类神经细胞模型；扰动的12个基因可能未覆盖所有功能性风险变异 | 阐明精神分裂症常见风险变异如何通过调控基因表达影响疾病发生的生物学通路 | 出生后小鼠新皮层中的神经细胞及胶质细胞 | 机器学习 | 精神分裂症 | CRISPR液滴测序（CROP-seq）、单细胞RNA测序 | 基因调控网络推断、因子分析 | 单细胞转录组数据 | 扰动12个精神分裂症风险基因，通过单细胞测序获得3,031个差异表达基因 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 89 | 2026-06-23 |
Wnt/β-catenin signaling regulates fibrotic atrophy of intra-articular adipose tissue in post-traumatic osteoarthritis
2026-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.08.730865
PMID:42327266
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研究论文 | 本文通过2D组织形态计量学、空间转录组学和3D微计算机断层扫描，揭示了创伤后骨关节炎中关节内脂肪组织的纤维化萎缩由Wnt/β-catenin信号通路调控 | 首次综合运用多模态成像和空间转录组学技术，系统描绘PTOA中关节脂肪组织的时空、结构和转录重编程，并证明Wnt/β-catenin信号和力学载荷是抗脂肪生成和促纤维化的关键因素 | 未提及具体局限性 | 阐明创伤后骨关节炎中关节内脂肪组织重塑的机制，特别是Wnt/β-catenin信号通路的作用 | 小鼠创伤后骨关节炎模型中的关节内脂肪组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 空间转录组学, 2D组织形态计量学, 3D微计算机断层扫描 | NA | 图像, 转录组数据 | 小鼠模型样本，具体数量文中未提及 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 90 | 2026-06-23 |
Robust semi-supervised scRNA-seq integration from virtual adversarial learning
2026-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.07.730754
PMID:42327300
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 91 | 2026-06-23 |
C1qa□ muscularis macrophages maintain enteric synaptic homeostasis to regulate gastrointestinal motility
2026-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.03.729640
PMID:42327058
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研究论文 | 发现C1qa+肌肉巨噬细胞通过补体依赖的突触重塑机制维持肠道神经突触稳态并调节胃肠动力 | 首次揭示C1qa+肌肉巨噬细胞在肠道神经突触稳态中的调节作用，并证明其通过补体依赖的吞噬功能维持突触密度 | 未在人类样本中验证该机制；未探索C1qa缺失对其他肠道功能的影响 | 探究肌肉巨噬细胞是否通过C1qa调节肠道神经突触组织和胃肠动力 | 小鼠肠道肌肉巨噬细胞和肠道神经系统 | 神经免疫学 | 胃肠动力障碍 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、巨噬细胞特异性基因敲除模型、电生理学、高分辨率成像 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据、电生理记录、成像数据 | 涉及小鼠模型（具体样本数量未在摘要中明确提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 92 | 2026-06-23 |
Novel mouse models for perianal fistulizing Crohn's disease reveal therapeutic value of interferon-γ antagonists
2026-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.04.730162
PMID:42327245
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研究论文 | 建立三种新型小鼠模型模拟人类肛周瘘管型克罗恩病，并验证干扰素-γ拮抗剂的治疗价值 | 首次建立三种临床相关的小鼠PFCD模型，揭示IFN-γ信号作为核心保守通路，并证明联合IFN-γ与TNF-α阻断的协同治疗效果优于抗TNF-α单药治疗 | 未提及具体局限性 | 建立临床相关的小鼠PFCD模型并评估IFN-γ作为新治疗靶点的潜力 | 三种小鼠模型（TNBS诱导的野生型小鼠、Il10-/-小鼠、TNFΔ69AU/+小鼠）及人源PFCD组织 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 转录组分析、流式细胞术、单细胞和空间转录组学 | NA | 图像、文本 | 三种小鼠模型各至少5周观察期；人源PFCD组织（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 93 | 2026-06-23 |
Disease-dependent airway epithelial responses to acute electronic cigarette aerosol exposure: a pilot single-cell analysis
2026-Jun-05, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfag068
PMID:42244142
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序分析急性能电子烟暴露对健康和哮喘供体气道上皮细胞的疾病依赖性反应 | 首次在单细胞水平揭示哮喘背景下急性能电子烟暴露的细胞类型特异性转录反应，包括炎症、应激和衰老相关通路的疾病依赖性差异 | 样本量较小（初步研究），且仅评估了单次短期暴露（30分钟），未考虑长期暴露或不同电子烟成分的影响 | 探究急性能电子烟暴露对哮喘和非哮喘个体气道上皮细胞的细胞类型特异性反应差异 | 来自健康和哮喘供体的原代人气道上皮细胞（在气液界面分化） | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康和哮喘供体的气道上皮细胞样本（具体数量未在摘要中明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 94 | 2026-06-23 |
The immunodynamics of pulmonary fibrosis
2026-Jun, Cytokine & growth factor reviews
IF:9.3Q1
DOI:10.1016/j.cytogfr.2026.04.001
PMID:41999680
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综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学揭示的肺纤维化免疫动力学，重新定义了免疫系统在肺纤维化中的核心驱动作用 | 提出免疫动力学框架，整合了特发性肺纤维化（IPF）和继发性纤维化间质性肺病（ILDs）的发病机制，并识别可干预的治疗窗口和患者分层策略 | 未提及具体局限性，需结合原文进一步分析 | 综合解析固有和适应性免疫细胞在肺纤维化疾病阶段的时空动态，评估免疫靶向治疗转化的成败 | 肺纤维化中的免疫细胞、上皮细胞和间质细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'基因表达, 10x Visium空间基因表达 |
| 95 | 2026-06-23 |
Single-cell transcriptomics reveals the ameliorative effect of gastrodin on cholestatic liver fibrosis
2026-Jun, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2026.158165
PMID:41999704
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示天麻素对胆汁淤积性肝纤维化的缓解作用及多细胞机制 | 首次利用单核RNA测序（snRNA-seq）整合分析天麻素在胆汁淤积性肝纤维化模型中的多细胞调控机制，发现新的肝星状细胞亚群（Serpina表达）并鉴定关键靶点（Sult2a1、Sult1e1、Serpina1a） | 未明确提及，可能包括依赖鼠模型、缺乏临床验证、机制验证不足等（需参考全文） | 探究天麻素对胆汁淤积性肝纤维化的治疗潜力及其分子机制 | DDC饮食模型和胆管结扎模型小鼠的肝脏组织 | 机器学习 | 肝纤维化 | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | DDC模型小鼠和BDL模型小鼠（具体数量未在摘要中提供） | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 96 | 2026-06-23 |
Resolving sensitivity, specificity and signal contamination in Xenium spatial transcriptomics
2026-Jun, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-026-03089-8
PMID:42062553
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研究论文 | 对Xenium空间转录组技术的敏感性、特异性和信号污染进行系统分析，并介绍一种信号净化方法SPLIT | 首次全面分析Xenium数据的技术噪声来源和性能特点，提出SPLIT方法解决信号污染问题并揭示T细胞耗竭特征与恶性细胞共定位的关联 | 文本未明确说明局限性，但可能包括数据集仅涵盖乳腺和肺肿瘤样本，以及方法仍需在更广泛组织类型中验证 | 评估Xenium空间转录组技术的性能特征并开发信号净化方法 | Xenium平台生成的40多个乳腺和肺肿瘤组织切片的空间转录组数据 | 数字病理学 | 乳腺癌、肺癌 | 空间转录组学、单核RNA测序 | 不适用 | 空间基因表达数据 | 超过40个乳腺癌和肺癌组织切片 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组平台，使用多种基因组合 |
| 97 | 2026-06-23 |
Predicting gene-specific regulation with transcriptomic and epigenetic single-cell data
2026-Jun-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag299
PMID:42143610
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研究论文 | 提出MetaFR方法，利用单细胞ATAC-seq和RNA-seq数据预测基因特异性调控 | MetaFR通过高效回归树学习基因特异性模型，将染色质开放性与基因表达关联，并在元细胞级别实现优于单细胞级别的预测性能 | 具体局限性未在标题和摘要中提及 | 利用单细胞表观遗传和转录组数据预测基因表达调控 | 单细胞ATAC-seq和RNA-seq数据中的基因调控关系 | 机器学习 | 未指定疾病 | 单细胞ATAC-seq，单细胞RNA-seq | 回归树 | 单细胞数据 | 未具体说明样本数量 | NA | 单细胞ATAC-seq，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2026-06-23 |
Genomics-informed approach identifies which cell types regulate the metabolome
2026-Jun-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag330
PMID:42213079
|
研究论文 | 利用基因组学方法整合大规模代谢物数量性状位点数据集和单细胞RNA测序资源，识别调控代谢组的细胞类型 | 整合了最大的代谢物数量性状位点数据集（TOPMed和UK Biobank）和最全面的单细胞RNA测序资源（Tabula Sapiens），采用多基因方法揭示新型代谢物-细胞类型关联，如苯丙酸与β细胞的关联 | NA | 确定调控代谢物水平的细胞类型 | 人体代谢物和细胞类型 | 计算机视觉 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 99 | 2026-06-05 |
Network methods for diagonal integration of unpaired single-cell multiomics data: a review
2026-Jun-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag353
PMID:42234838
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综述 | 综述了用于非配对单细胞多组学数据对角集成的网络方法，涵盖从转录组学骨架构建到跨模态整合的完整计算流程 | 首次聚焦于非配对单细胞蛋白质组学数据的对角集成挑战，系统总结了生成式蛋白质组翻译、归纳先验嵌入和基于扰动的因果基准测试三大未来发展方向 | 未提供新的软件或算法实现，基准资源表仅作为补充材料提供 | 综述用于非配对单细胞多组学数据（特别是scMS与单细胞转录组）对角集成的网络方法 | 非配对的单细胞转录组与蛋白质组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞质谱法 | 图神经网络, 生成模型, 概率图模型 | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 100 | 2026-06-23 |
Basal gland localization and focal distribution of OLFM4-expressing cells in increasing severity of gastric intestinal metaplasia
2026-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.14.725297
PMID:42239144
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研究论文 | 本研究通过多重免疫荧光和全切片图像分析，评估OLFM4表达细胞在胃肠化生加重过程中的基底腺定位和局灶分布 | 首次系统描绘OLFM4表达细胞在胃黏膜肠化生组织中的空间分布特征，揭示其从腺体基底到表面的表达梯度以及与化生严重程度的强相关性 | 样本量相对有限（100个组织活检），且未进行功能性验证实验来证实OLFM4阳性细胞的干细胞特性 | 探究胃黏膜肠化生高风险的分子标志物及其在组织中的空间分布特征 | 胃黏膜肠化生、不典型增生和腺癌患者组织活检样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 多重免疫荧光 | NA | 图像 | 100个组织活检样本（包括对照组胃组织、胃黏膜肠化生、不典型增生和腺癌） | NA | NA | NA | NA |