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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-05-18 |
Accurate long-read transcript discovery and quantification at single-cell, pseudo-bulk and bulk resolution with Isosceles
2024-08-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51584-3
PMID:39183289
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研究论文 | 介绍Isosceles计算工具包,用于从纳米孔长读长测序数据中准确检测和定量mRNA异构体,涵盖单细胞、伪批量及批量分辨率 | Isosceles在异构体检测敏感性和定量准确性上优于现有方法,能提高单细胞转录组在异构体水平的定量保真度,并揭示神经元分化谱系内和谱系间的协调剪接 | 依赖纳米孔长读长测序技术,可能受制于该技术的噪声和误差 | 开发一种计算工具,提升从纳米孔长读长测序数据中检测和定量mRNA异构体的准确性,支持单细胞、伪批量及批量分辨率 | 纳米孔长读长测序数据中的mRNA异构体 | 自然语言处理, 计算机视觉 | NA | 纳米孔测序 | Isosceles | 测序数据 | 合成数据集和生物学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2026-05-18 |
FASN-mediated fatty acid biosynthesis remodels immune environment in Clonorchis sinensis infection-related intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-08, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.016
PMID:38508240
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研究论文 | 通过多组学方法揭示华支睾吸虫感染相关肝内胆管癌中FASN介导的脂肪酸合成重塑免疫环境 | 首次综合运用单细胞RNA测序、全外显子组测序、RNA测序、代谢组学及空间转录组学分析华支睾吸虫相关肝内胆管癌的代谢重塑和免疫微环境,发现FASN抑制剂联合免疫治疗可逆转免疫抑制微环境 | 未明确指出具体局限性 | 研究华支睾吸虫感染相关肝内胆管癌的临床影响及潜在分子特征 | 251例肝内胆管癌患者(来自三个医学中心)及其肿瘤样本 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序, 全外显子组测序, RNA测序, 代谢组学, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 基因组数据, 代谢组数据, 空间转录组数据 | 251例肝内胆管癌患者样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 全外显子组测序, 批量RNA测序 | 10x Chromium, 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium用于单细胞RNA测序,10x Visium用于空间转录组学,Illumina NovaSeq用于全外显子组测序及RNA测序 |
| 83 | 2026-05-18 |
Salivary Gland Tissue Recombination Can Modify Cell Fate
2024-07, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241247484
PMID:38715201
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和成像分析,研究胚胎小鼠唾液腺组织重组对细胞命运决定的影响 | 首次全面、无偏倚地分子表征组织重组方法,揭示间充质和上皮双向诱导及细胞可塑性在细胞命运决定中的作用 | 未在摘要中明确提及 | 阐明组织相互作用在细胞分化中的作用,特别是间充质对上皮细胞命运特化的调控 | 胚胎小鼠腮腺和颌下腺的间充质与上皮组织重组体 | 生物信息学、单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两种类型胚胎小鼠唾液腺(腮腺和颌下腺)的组织重组样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 84 | 2026-05-18 |
Metabolic Landscape of Osteosarcoma: Reprogramming of Lactic Acid Metabolism and Metabolic Communication
2024-02-22, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2902083
PMID:38420794
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研究论文 | 解码骨肉瘤中乳酸代谢重编程及其在肿瘤微环境中的作用,并鉴定NDUFAF6为预后生物标志物 | 首次通过单细胞基因表达数据揭示骨肉瘤中乳酸代谢高亚群,并发现其与其他亚群之间的独特代谢通讯模式 | 未提及具体局限性 | 探索骨肉瘤微环境中乳酸代谢的重编程及相关分子机制 | 骨肉瘤细胞的乳酸代谢模式和细胞间信号改变 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 未提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2026-05-18 |
The Role of CD8A in the Immune Microenvironment of Breast Cancer
2024-02-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2902073
PMID:38420798
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研究论文 | 本研究探讨了CD8A在三阴性乳腺癌免疫微环境中的作用,发现其在转移灶中下调与良好预后相关 | 首次利用单细胞RNA测序揭示CD8A在原发性和转移性乳腺癌病灶免疫微环境中的细胞特异性表达变化 | 未说明 | 寻找三阴性乳腺癌的新治疗靶点 | 乳腺癌患者样本及公共数据库数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及GSE102818、GSE118389和GSE202695三个公共数据集及临床三阴性乳腺癌样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 86 | 2026-05-18 |
Immune Response Associated Gene Signatures in Aortic Dissection Compared to Aortic Aneurysm
2024-02-06, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2902064
PMID:38420822
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research paper | 通过分析主动脉夹层与主动脉瘤患者的基因表达数据,识别与免疫反应相关的差异表达基因,并验证其作为潜在生物标志物的可能性 | 首次在主动脉夹层中识别出37个显著失调基因,其中24个此前未被报道与TAD相关;发现5个核心免疫相关基因(CCL2、RNASE2、HAVCR2、CXCL8、IL6R)在TAD中具有特异性表达 | 样本量较小(TAD n=4,TAA n=3),且未提供关于患者人口统计学特征和潜在混杂因素的详细信息 | 探究主动脉夹层与主动脉瘤在免疫反应相关基因表达上的差异,并寻找TAD特异性生物标志物 | 主动脉平滑肌细胞、TAD和TAA患者组织样本 | 机器学习和基因表达分析 | 主动脉夹层、主动脉瘤 | 微阵列技术、批量RNA测序、单细胞RNA测序、定量实时聚合酶链反应 | NA | 基因表达数据、RNA测序数据 | TAD患者主动脉平滑肌细胞(n=4)、TAA患者(n=3)、对照组(n=3);公开批量RNA-seq研究(TAD n=23,对照 n=17);单细胞RNA-seq研究(TAA n=8,对照 n=3) | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2026-05-18 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Identified Core Genes and Transcription Factors in Mesenchymal Cell Differentiation during Liver Cirrhosis
2024-02-06, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2902062
PMID:38420807
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示肝纤维化至肝硬化过程中间充质细胞分化的核心基因与转录因子 | 首次利用单细胞RNA测序构建肝脏间充质细胞从健康到肝硬化的进化轨迹,并结合批量RNA测序数据验证核心基因在肝星状细胞激活与逆转中的作用 | 小鼠模型与人类相比,细胞亚群逆转比例和进化轨迹存在差异,可能无法准确反映人类疾病进展 | 探究肝纤维化至肝硬化过程中间充质细胞的动态分化机制及潜在治疗靶点 | 人类肝硬化与健康肝脏组织样本、小鼠纤维化与健康肝脏组织中的间充质细胞(肝星状细胞、成纤维细胞、肌成纤维细胞、血管平滑肌细胞) | 自然语言处理 | 肝硬化,肝纤维化 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3例肝硬化和3例健康人类肝脏组织样本、2只纤维化和2只健康小鼠肝脏样本,超过50,000个单细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 88 | 2026-05-18 |
Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data
2024, BMC methods
DOI:10.1186/s44330-024-00015-2
PMID:40893796
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研究论文 | 介绍NS-Forest v4.0算法,用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因 | 引入On-Target Fraction指标量化标记基因的特异性,通过模块化决策树提升标记基因选择的效率和准确性 | 未明确说明局限性,但模拟研究和真实数据验证仍可能受限于数据集大小和细胞类型复杂性 | 开发可扩展的数据驱动方法,识别最小组合的必需且足够标记基因,以最大分类精度捕获细胞类型身份 | 人类器官(脑、肾、肺)的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 无特定疾病 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 单细胞基因表达数据 | 包含数百万个人类细胞的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 89 | 2026-05-18 |
Primary Cell Culture of Live Neurosurgically Resected Aged Adult Human Brain Cells and Single Cell Transcriptomics
2017-01-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2016.12.066
PMID:28099855
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研究论文 | 开发了一种基于木瓜蛋白酶辅助的培养系统,用于培养神经外科手术切除的老年人类脑细胞,并进行单细胞转录组学分析 | 首次实现了对活体成年患者脑细胞的单细胞分析培养系统,涵盖老年人群体,支持人类衰老研究 | 仅基于超过300个细胞样本,样本量相对有限,可能影响结果的普适性 | 建立一种能够对活体成年患者脑细胞进行单细胞分析的系统,以研究人类中枢神经系统疾病和药物效应 | 神经外科手术切除的成年人类脑组织,包括少突胶质细胞、小胶质细胞、神经元、内皮细胞和星形胶质细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞转录组学、深度测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过300个细胞,来自年龄可达60多岁的患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基于木瓜蛋白酶辅助的培养系统,进行单细胞转录组学分析 |
| 90 | 2026-05-17 |
GRK5 in dorsolateral septal somatostatin neurons mediates chronic stress-induced depression via the AKT-mTORC1 pathway
2026-Sep-01, Neuropharmacology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.neuropharm.2026.110997
PMID:42061809
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research paper | 本研究通过单细胞RNA测序发现,慢性束缚应激导致小鼠背外侧隔核中表达生长抑素的GABA能神经元特异性下调GPCR激酶5,并通过AKT-mTORC1信号通路调控抑郁样行为 | 首次鉴定出背外侧隔核生长抑素神经元中的GRK5作为抑郁治疗的新靶点,并阐明了其通过AKT-mTORC1通路发挥作用的机制 | 研究仅基于小鼠模型,未在人类样本中验证;且未探讨GRK5在其他脑区或神经元类型中的潜在作用 | 探究背外侧隔核生长抑素神经元中GRK5在慢性应激诱导抑郁中的作用及分子机制 | 小鼠背外侧隔核中的生长抑素阳性GABA能神经元 | machine learning | depression | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 慢性束缚应激模型小鼠和慢性社交挫败应激模型小鼠,具体数量未在摘要中说明 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 91 | 2026-05-17 |
Fosb promotes ferroptosis in vascular smooth muscle cells via the NF-κB pathway to exacerbate abdominal aortic aneurysm progression
2026-Aug, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112544
PMID:42013987
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研究论文 | 本研究揭示了Fosb通过NF-κB通路促进血管平滑肌细胞铁死亡,从而加剧腹主动脉瘤进展的机制 | 首次发现Fosb作为平滑肌细胞表型转换的关键驱动因子,通过激活NF-κB通路触发铁死亡,促进AAA发展 | 仅通过细胞和动物模型验证,缺乏大规模临床样本验证;未探索Fosb在AAA中的其他潜在信号通路 | 阐明Fosb在腹主动脉瘤进展中通过平滑肌细胞表型转换和铁死亡调控的分子机制 | 腹主动脉瘤患者的单细胞RNA测序数据、T/G HA-VSMC人类血管平滑肌细胞、ApoE-/-小鼠AAA模型 | 机器学习 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序、qRT-PCR、蛋白质印迹、ELISA、组织学染色 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞图像 | AAA患者scRNA-seq数据(具体样本量未明确)、T/G HA-VSMC细胞系、ApoE-/-小鼠(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 92 | 2026-05-17 |
RARG promotes gastric cancer progression by activating PMEPA1 transcription and Wnt/β-catenin signalling
2026-Aug, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112552
PMID:42025891
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研究论文 | 揭示RARG通过转录激活PMEPA1及增强Wnt/β-catenin信号通路促进胃癌进展的机制 | 首次发现RARG作为PMEPA1的转录调节因子,并通过双重机制(激活PMEPA1转录和直接结合β-catenin)促进胃癌进展 | 研究未提及具体局限性 | 探究RARG在胃癌中的功能及其调控机制 | 胃癌细胞及胃癌组织样本 | 机器学习 | 胃癌 | CUT&Tag测序, 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹法, 免疫组化 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 具体样本量未在标题和摘要中提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 93 | 2026-05-17 |
PHC2 promotes hepatocellular carcinoma progression and serves as a robust prognostic biomarker: A pancancer multiomics and clinical validation study
2026-Aug, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112555
PMID:42025893
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研究论文 | 通过泛癌多组学分析和临床验证,揭示PHC2在肝细胞癌中促进肿瘤进展并作为稳健的预后生物标志物 | 首次系统阐明PHC2在肝细胞癌中的表达模式、预后价值及致癌作用,并结合多组学数据、临床组织芯片和体内外实验进行验证 | 研究未明确PHC2与巨噬细胞浸润相关性背后的具体机制,且临床验证样本量有限 | 探究PHC2在肝细胞癌进展中的临床意义和生物学功能 | 肝细胞癌患者样本和细胞系 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 多组学分析、单细胞RNA测序、组织芯片免疫组化 | NA | 多组学数据和图像 | 94例肝细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 94 | 2026-05-17 |
Quercetin targets the TNF-a/TNF pathway to activate mitochondrial autophagy to improve nucleus pulposus cell function and delay disc degeneration
2026-Aug, Tissue & cell
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.tice.2026.103468
PMID:41880862
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research paper | 研究槲皮素通过靶向TNF-α/TNF通路激活线粒体自噬以改善髓核细胞功能并延缓椎间盘退变 | 首次揭示了槲皮素通过干预TNF信号调控线粒体自噬平衡来逆转髓核细胞纤维化表型转化的完整机制链条,并构建了“成分-靶点-表型”的证据链 | 研究主要基于体外细胞模型和大鼠模型,缺乏大规模临床样本验证,且槲皮素的具体分子靶点相互作用网络需进一步细化 | 探究槲皮素通过干扰TNF信号调控线粒体自噬延缓椎间盘退变的分子机制 | 髓核细胞、巨噬细胞以及椎间盘退变大鼠模型 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 单细胞测序、转录组分析、分子对接、动物模型验证 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据、病理图像 | 未明确提及具体样本量,涉及大鼠模型和细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 95 | 2026-05-17 |
CLIC5B attenuates pro-inflammatory fibroblast migration through inhibition of the CLIC1/CLIC4-PIP5K1 axis
2026-Aug, Tissue & cell
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.tice.2026.103493
PMID:41922125
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研究论文 | 本研究揭示了CLIC5B通过抑制CLIC1/CLIC4-PIP5K1轴来减弱促炎性成纤维细胞迁移的机制 | 首次发现CLIC5B在类风湿关节炎滑膜组织中显著下调,并阐明其作为负调控因子通过CLIC1/CLIC4-PIP5K1轴抑制成纤维细胞迁移的新机制 | NA | 探究CLIC5在类风湿关节炎滑膜及成纤维细胞功能中的作用及其调控机制 | 类风湿关节炎患者的滑膜组织和成纤维样滑膜细胞 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 多个公共数据库的bulk和单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 96 | 2026-05-17 |
Identification of key driver genes in idiopathic pulmonary arterial hypertension by single-cell RNA sequencing and experimental validation
2026-Jul-09, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153869
PMID:42068750
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和实验验证鉴定特发性肺动脉高压的关键驱动基因 | 结合单细胞RNA测序分析与体内外实验验证,识别出四个关键枢纽基因(COL1A1、MYL9、COL1A2和TPM2),并在肺动脉高压大鼠模型中验证了其促进肺动脉平滑肌细胞增殖和迁移的作用 | 仅使用一个公共数据集进行分析,且体外敲低实验仅针对HMGB1诱导的细胞增殖和迁移,未全面探索其他通路或细胞类型 | 鉴定特发性肺动脉高压的关键驱动基因并阐明其分子机制 | 特发性肺动脉高压患者肺组织样本及单细胞RNA测序数据,以及单克隆碱诱导的肺动脉高压大鼠模型 | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、实时定量PCR、蛋白质印迹、siRNA敲低 | NA | 基因表达数据 | 一个公共数据集(GSE169471),包含肺动脉高压患者和对照样本;大鼠模型样本数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | GSE169471数据集来源平台未在摘要中说明 |
| 97 | 2026-05-17 |
Integrated single-cell transcriptomics and in vivo investigation reveal the role of ANXA1 in intestinal barrier dysfunction during heat stroke by mediating neutrophil-monocyte interaction and regulating the TLR4/ERK/NF-κB pathway
2026-Jul-09, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153873
PMID:42070539
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和体内实验,揭示了ANXA1在中暑诱导肠屏障功能障碍中的作用机制 | 首次发现ANXA1通过介导中性粒细胞-单核细胞相互作用并调控TLR4/ERK/NF-κB通路保护中暑诱导的肠屏障功能障碍 | NA | 探究ANXA1在中暑诱导肠屏障功能障碍中的作用 | 中暑患者和健康对照的scRNA-seq数据,以及中暑小鼠模型 | 机器学-习 | 中暑 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 中暑患者和健康对照的scRNA-seq数据,以及中暑小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 98 | 2026-05-17 |
Endothelial-perivascular mural partitioning and multicellular signaling in injury-associated corneal neovascularization
2026-Jul, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2026.111039
PMID:42055274
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析创伤后角膜新生血管中内皮-血管周壁分层和多细胞信号传导 | 首次通过单细胞RNA测序揭示创伤性角膜新生血管中内皮细胞和血管周细胞两种主要血管状态,并系统分析其与周围多种细胞群的配体-受体信号交互 | 仅使用兔模型,样本时间点为创伤后2周,可能未涵盖新生血管的完整动态过程 | 表征创伤性角膜新生血管的细胞异质性和多细胞信号传导机制 | 兔角膜内皮细胞和血管周细胞 | 数字病理学 | 角膜新生血管 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 2只兔角膜(正常组和创伤组各1只) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 99 | 2026-05-17 |
Integration of Flow Cytometry and Single-Cell RNA Sequencing Analysis to Explore the Fibroblast Subpopulations in Keloid that Correlate with Recurrence
2026-Jun, Advances in wound care
IF:5.8Q1
DOI:10.1089/wound.2024.0262
PMID:40177712
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研究论文 | 整合流式细胞术和单细胞RNA测序分析,探索与瘢痕疙瘩复发相关的成纤维细胞亚群 | 揭示了成纤维细胞分子表型和功能异质性对瘢痕疙瘩复发的影响 | NA | 鉴定与瘢痕疙瘩复发相关的关键致病靶细胞亚群 | 瘢痕疙瘩组织和正常组织中的成纤维细胞亚群 | 机器学习 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 100 | 2026-05-17 |
Curcumin Targets Crispld2 to Suppress Hepatic Stellate Cell Activation via PI3K/AKT Pathway Inhibition in Hepatic Fibrosis
2026-Jun, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70696
PMID:42130159
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序等技术,发现姜黄素通过靶向Crispld2并抑制PI3K/AKT通路来抑制肝星状细胞活化,从而缓解肝纤维化 | 首次利用单细胞RNA测序结合体内外实验,揭示姜黄素通过Crispld2/PI3K/AKT轴抑制肝星状细胞活化的新机制,为肝纤维化治疗提供了新靶点 | 未提及具体局限性 | 阐明姜黄素在肝纤维化中的分子机制及其抗纤维化作用 | 肝纤维化小鼠模型和LX-2肝星状细胞系 | 机器学习 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA(涉及小鼠模型和细胞系,但未给出具体数量) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |