单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 34657 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-12-30 |
Attention-based deep clustering method for scRNA-seq cell type identification
2023-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011641
PMID:37948464
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研究论文 | 本文提出了一种名为AttentionAE-sc的新型注意力融合自编码器方法，用于单细胞RNA测序数据的无监督聚类和细胞类型识别 | 通过注意力机制融合了基于零膨胀负二项分布和基于图自编码器的两种聚类策略，能够处理数据稀疏性和高维性，无需指定聚类数量 | 未提及方法在超大规模数据集上的计算效率，也未讨论对批次效应的处理能力 | 开发一种综合性的深度学习方法，以改进单细胞RNA测序数据的聚类分析和细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 注意力机制融合的自编码器 | 基因表达数据 | 16个真实单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2025-12-30 |
MIGGRI: A multi-instance graph neural network model for inferring gene regulatory networks for Drosophila from spatial expression images
2023-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011623
PMID:37939200
|
研究论文 | 本文提出了一种名为MIGGRI的两阶段方法，利用多实例图神经网络从果蝇空间表达图像中推断基因调控网络 | 创新点包括采用多实例图神经网络模型，结合对比学习从空间表达图像中提取调控特征，并应用于半监督学习，以处理图像集合的复杂性和多实例特性 | NA | 研究目的是从空间表达图像中推断基因调控网络，以更精细地描述转录因子与靶基因之间的相互作用 | 研究对象是果蝇胚胎的空间基因表达图像 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 83 | 2025-12-30 |
SMASH: Scalable Method for Analyzing Spatial Heterogeneity of genes in spatial transcriptomics data
2023-10, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1010983
PMID:37862362
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研究论文 | 本文提出了一种名为SMASH的非参数方法，用于在空间转录组学数据中识别空间可变基因，以平衡计算效率和统计功效 | SMASH方法在计算需求和统计功效之间实现了平衡，相比现有方法具有更高的统计功效和鲁棒性 | NA | 识别空间转录组学数据中与细胞/点空间位置共变的基因，以理解复杂组织的结构和功能特征 | 空间转录组学数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 非参数方法 | 空间转录组学数据 | 四个来自不同平台的空间转录组学数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 84 | 2025-12-30 |
SMASH: Scalable Method for Analyzing Spatial Heterogeneity of genes in spatial transcriptomics data
2023-Mar-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.23.533980
PMID:36993287
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研究论文 | 本文提出了一种名为SMASH的非参数方法，用于高效识别空间转录组数据中的空间变异基因，以平衡计算需求和统计功效 | SMASH方法在计算效率和统计功效之间取得了平衡，相比现有方法在模拟场景中表现出更优的统计能力和鲁棒性 | NA | 开发一种可扩展的方法来分析空间转录组数据中基因的空间异质性，识别与细胞/点空间位置共变表达的空间变异基因 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 非参数方法 | 空间转录组数据 | 四个来自不同平台的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 85 | 2025-12-29 |
LncRNA ZFAS1 in hepatocellular carcinoma: A systematic review of molecular mechanisms and clinical translation
2026-Apr, Non-coding RNA research
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.ncrna.2025.11.003
PMID:41450817
|
综述 | 本文系统综述了长链非编码RNA ZFAS1在肝细胞癌中的分子机制及其临床转化前景 | 系统性地整合了ZFAS1作为竞争性内源RNA、编码微肽调控铁死亡、通过外泌体重塑肿瘤微环境等多维机制，并提出了结合多组学与AI建模的未来研究方向 | 当前转化挑战包括ZFAS1亚型异质性、液体活检灵敏度不足以及肿瘤微环境动态相互作用的复杂性 | 阐明长链非编码RNA ZFAS1在肝细胞癌发生发展中的分子机制，并探讨其作为诊断标志物和治疗靶点的临床转化潜力 | 肝细胞癌患者组织、血浆样本及相关分子机制 | 自然语言处理 | 肝细胞癌 | 多组学整合（空间转录组学/单细胞测序）、AI驱动的网络建模 | NA | 文本（文献数据） | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞测序 | NA | NA |
| 86 | 2025-12-29 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of the Retina During the Development of Normal Tension Glaucoma in Mice
2025-Dec-28, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02422-1
PMID:41455767
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析OPTN E50K突变小鼠视网膜，揭示了正常眼压性青光眼发展过程中视网膜神经节细胞和胶质细胞的转录特征及相互作用机制 | 首次在单细胞水平系统分析正常眼压性青光眼小鼠模型中视网膜细胞的基因表达谱，并揭示了小胶质细胞通过CD74-MIF通路和TNF-α表达促进视网膜退行性变的新机制 | 研究基于小鼠模型，结果向人类疾病的转化需要进一步验证；单细胞测序技术可能无法完全捕获所有细胞类型或低表达基因 | 探究正常眼压性青光眼发展过程中视网膜神经节细胞退行性变的分子机制和细胞间相互作用 | OPTN E50K突变小鼠（正常眼压性青光眼模型）的视网膜细胞 | 数字病理学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同年龄的OPTN E50K突变小鼠视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2025-12-29 |
Exploring cellular heterogeneity: single-cell and spatial transcriptomics of Alzheimer's disease brains and iPSC-derived microglia
2025-Dec-28, Alzheimer's research & therapy
DOI:10.1186/s13195-025-01944-y
PMID:41456076
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 88 | 2025-12-29 |
FGF7 promotes load-bearing tendon regeneration and suppresses fibrosis
2025-Dec-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67355-7
PMID:41455730
|
研究论文 | 本研究探讨了成纤维细胞生长因子7（FGF7）在减轻纤维化和促进承重肌腱再生中的作用 | 揭示了FGF7在驱动肌腱生成和抑制纤维化中的双重作用，并开发了负载重组FGF7的水凝胶作为潜在治疗策略 | NA | 研究FGF7在肌腱纤维化和再生中的功能，以开发治疗策略 | 小鼠模型、人类肌腱病变样本、肌腱干细胞/祖细胞 | 数字病理学 | 肌腱病变 | 单细胞RNA测序，ProTracer技术 | NA | RNA测序数据，细胞谱系追踪数据 | Fgf7敲除小鼠和人类肌腱病变样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2025-12-29 |
Multi-omics analysis reveals distinct spatial compartmentalization of lung repair niches in pediatric ARDS
2025-Dec-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07588-8
PMID:41455968
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研究论文 | 本研究通过多组学分析，揭示了儿童急性呼吸窘迫综合征（PARDS）中与预后相关的、空间区隔化的肺修复生态位 | 首次在儿童流感相关PARDS中整合单细胞RNA测序、空间转录组学和血浆蛋白质组学，并结合人类肺细胞图谱（HLCA）和成人COVID-19数据进行跨年龄比较，识别出与生存相关的KRT17阳性上皮细胞等关键修复特征 | 本研究为试点性病例系列研究，样本量小，需要在更大的多中心队列中进行验证 | 探究儿童相较于成人在急性呼吸窘迫综合征中生存率更高、肺修复能力更强的潜在机制 | 儿童流感相关急性呼吸窘迫综合征（PARDS）患者的肺组织、支气管肺泡灌洗液（BALF）和血浆 | 数字病理学 | 肺病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）， 空间转录组学， 血浆蛋白质组学 | NA | 基因表达数据， 空间定位数据， 蛋白质数据 | 试点性病例系列研究（具体样本数未明确说明）， 结合了公共儿科PARDS气道scRNA-seq数据和成人致死性COVID-19肺数据 | NA | 单细胞RNA测序， 空间转录组学 | NA | NA |
| 90 | 2025-12-27 |
Single-cell RNA sequencing defines prognostic subtypes and identifies AIF1L as a therapeutic target in colorectal cancer
2025-Dec-26, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-15241-2
PMID:41449357
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 91 | 2025-12-29 |
The NLRP3 inflammasome inhibitor OLT1177 attenuates retinal neovascularization and microglial inflammation with neuroprotective effects
2025-Dec-26, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.116066
PMID:41455369
|
研究论文 | 本研究评估了NLRP3炎症小体在缺血性视网膜病变中的作用，并探究了其抑制剂OLT1177对视网膜新生血管和神经元功能障碍的影响 | 首次在PDR患者和OIR小鼠模型中证实了NLRP3炎症小体在小胶质细胞中的激活及其在缺血性视网膜病变中的作用，并验证了OLT1177作为治疗药物的潜力 | 研究主要基于小鼠OIR模型，人体临床效果仍需进一步验证 | 探究NLRP3炎症小体在缺血性视网膜病变中的作用及OLT1177的治疗效果 | 增殖性糖尿病视网膜病变患者的视网膜前增生膜、氧诱导视网膜病变小鼠模型 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞转录组分析、免疫荧光、Western blot | 氧诱导视网膜病变小鼠模型 | 转录组数据、图像数据、蛋白数据 | 未明确样本数量，使用了公共单细胞转录组数据和OIR小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2025-12-29 |
An innovative in vitro system unveils IGF1R signaling regulating Merkel cell generation
2025-Dec-26, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102756
PMID:41455470
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研究论文 | 本文开发了新型体外培养系统，包括短期离体触须外植体、小鼠皮肤类器官和人源多能干细胞衍生的皮肤类器官，以研究Merkel细胞的发育过程 | 首次建立了包括短期离体触须外植体、小鼠皮肤类器官和人源皮肤类器官在内的创新体外系统，用于监测Merkel细胞发育，并发现Polycomb抑制复合物抑制剂能有效促进Merkel细胞生成 | NA | 研究Merkel细胞的发育机制及其调控信号通路 | Merkel细胞、小鼠和人源皮肤类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学、药理学筛选 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 93 | 2025-12-29 |
Probing Cellular Landscapes in Plants via Single-Cell Transcriptomics
2025-Dec-25, Plant science : an international journal of experimental plant biology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.plantsci.2025.112964
PMID:41455555
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综述 | 本文全面综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在植物系统中的应用，包括其在解析细胞异质性、发育轨迹、应激反应以及整合空间转录组学和多组学方法方面的进展与挑战 | 整合了跨植物物种和组织类型的见解，提供了关于植物发育和适应的交叉视角，并批判性地评估了关键技术挑战及潜在解决方案 | 植物系统中scRNA-seq与功能基因组学及空间技术的整合仍然有限，在基因调控、应激反应和细胞命运决定的理解上存在关键空白 | 综述单细胞转录组学在植物细胞景观探测中的应用、进展与挑战，以促进基因发现和性状改良 | 多种植物组织 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学，多组学方法（如结合染色质可及性或蛋白质表达） | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 94 | 2025-12-29 |
Phospholipid scramblase 1 (PLSCR1) regulates interferon-lambda receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ signaling in influenza A virus (IAV) infection
2025-Dec-24, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.104359
PMID:41439508
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研究论文 | 本研究探讨了磷脂爬行酶1（PLSCR1）在甲型流感病毒感染中调控干扰素-λ受体1（IFN-λR1）和干扰素-λ信号通路的机制 | 揭示了PLSCR1通过结合Ifn-λr1启动子调控其表达，并在细胞表面与IFN-λR1相互作用以调节干扰素-λ信号，同时发现其脂质爬行酶活性在抗流感功能中非必需，并首次在纤毛气道上皮细胞中证实PLSCR1作为细胞内在防御因子的作用 | 动物模型研究有限，未完全探索PLSCR1表达区室和酶活性的机制 | 阐明PLSCR1在甲型流感病毒感染中的抗病毒机制，为靶向人类宿主因子如PLSCR1的新型抗流感药物开发提供基础 | 甲型流感病毒感染的细胞和小鼠模型 | NA | 甲型流感病毒感染 | 单细胞RNA测序，转录组分析 | NA | RNA测序数据，转录组数据 | 甲型流感病毒感染的小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 95 | 2025-12-29 |
Spatial multi-omics profiling uncovers metabolic heterogeneity in Sjögren's syndrome and identifies PS(36:1) as a potential therapeutic target
2025-Dec-24, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07361-x
PMID:41444632
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术，揭示了干燥综合征中唾液腺免疫微环境的细胞类型分布及代谢异质性，并识别出PS(36:1)作为潜在治疗靶点 | 首次从空间多组学角度全面解析干燥综合征的转录和代谢特征，结合单细胞分辨率数据识别出PS(36:1)在淋巴细胞灶中的异常富集及其与CD4+ T细胞的关联 | 样本量较小（仅8例人类唇腺样本），且主要基于小鼠模型验证，人类临床验证尚需进一步研究 | 探究干燥综合征的发病机制并寻找新的治疗靶点 | 干燥综合征患者的唇腺样本、健康对照样本及NOD/ShiLtj小鼠模型 | 数字病理学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、空间代谢组学、免疫组化、HE染色、唾液流率检测、免疫荧光 | NA | 基因表达数据、代谢物数据、图像数据 | 8例人类唇腺样本（4例干燥综合征患者，4例健康对照）及NOD/ShiLtj小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学、空间代谢组学 | NA | NA |
| 96 | 2025-12-29 |
Single-cell sequencing reveals APOE deletion alleviates adipose wasting in cancer cachexia via macrophage repolarization
2025-Dec-24, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2025.110660
PMID:41453629
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了ApoE缺失通过巨噬细胞重编程缓解癌症恶病质中的脂肪消耗 | 首次在癌症恶病质背景下揭示ApoE通过调控巨噬细胞表型转换（M2样表型富集）来维持脂肪组织稳态的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，临床样本验证相对有限；巨噬细胞表型转换的具体信号通路尚未完全阐明 | 探究ApoE在癌症恶病质脂肪组织重塑中的功能与机制 | 癌症恶病质患者样本、小鼠模型、脂肪细胞、巨噬细胞 | 单细胞组学 | 癌症恶病质 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据、组织切片图像 | 未明确样本数量（包含患者血浆/脂肪组织、小鼠模型） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 97 | 2025-12-29 |
Depletion of Fibrinogen Suppresses Growth of Primary Tumors and Metastasis of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-Dec-23, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.09.024
PMID:41432649
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研究论文 | 本研究通过消耗纤维蛋白原，评估了其在胰腺导管腺癌（PDAC）原发肿瘤生长和转移中的作用 | 首次使用临床测试中的技术平台（反义寡核苷酸或含小干扰RNA的脂质纳米颗粒）在PDAC患者来源的异种移植模型中消耗纤维蛋白原，并结合蛋白质组学和空间转录组学分析机制 | 纤维蛋白原消耗未影响晚期转移阶段（如肝定植），且研究主要基于异种移植模型，可能不完全反映人类疾病复杂性 | 探究纤维蛋白原在PDAC肿瘤进展和转移中的功能，并评估靶向纤维蛋白原作为临床治疗策略的潜力 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者来源的异种移植模型 | 肿瘤生物学 | 胰腺癌 | 反义寡核苷酸技术、小干扰RNA脂质纳米颗粒、蛋白质组学、空间转录组学 | 患者来源的异种移植模型 | 蛋白质组数据、空间转录组数据 | 3个PDAC患者来源的异种移植模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 98 | 2025-12-29 |
Plasticizer mixture exposure-induced preeclampsia pathogenesis: Integrated single-cell and bulk transcriptomics, network toxicology, and molecular docking insights
2025-Dec-22, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association
IF:3.9Q1
DOI:10.1016/j.fct.2025.115912
PMID:41443393
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk转录组学、网络毒理学及分子对接技术，阐明了多种增塑剂联合暴露诱发子痫前期的致病机制 | 首次整合单细胞转录组测序、网络毒理学和分子动力学模拟，系统揭示了ATBC、DEP、DMP和DOP四种增塑剂混合物通过靶向BCL6、FLT1和INHA基因干扰胎盘滋养细胞分化的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外验证，缺乏体内动物模型或人群队列的直接暴露证据 | 阐明多种增塑剂联合暴露导致子痫前期的生物靶点和致病机制 | 子痫前期胎盘组织及其中关键的绒毛细胞滋养细胞 | 计算生物学 | 子痫前期 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟, RT-qPCR, 免疫组化 | 机器学习 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数量，涉及子痫前期和对照组的胎盘组织 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2025-12-29 |
Evolution of the Spatial transcriptomic landscape during the progression of high-grade pancreatic intraductal papillary mucinous neoplasms to invasive cancer
2025-Dec-18, Pancreatology : official journal of the International Association of Pancreatology (IAP) ... [et al.]
IF:2.8Q2
DOI:10.1016/j.pan.2025.12.012
PMID:41455615
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，分析了同一患者从正常胰腺、高级别胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤到浸润性胰腺导管腺癌的演变过程 | 首次在单例患者中整合空间转录组学与多种计算分析方法，系统描绘了IPMN向PDAC恶性转化的空间分子景观演变，并识别出ELF3/MYC/KLF4扩增及7个功能异质性亚克隆 | 仅基于单个患者的三个组织样本，样本量小，需要更大队列验证发现 | 阐明高级别胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤向浸润性胰腺导管腺癌恶性转化的分子机制 | 同一患者的正常胰腺组织、高级别IPMN组织、浸润性PDAC组织 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | Spatial inferCNV, SpaCET, CellChat | 空间转录组数据 | 3例新鲜组织样本（来自同一患者） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 100 | 2025-12-29 |
Sequential Inflammatory and Matrisome Programs Drive Remodeling of the Mouse Carotid-Jugular Arteriovenous Fistula
2025-Dec-16, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14241998
PMID:41440019
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研究论文 | 本研究利用bulk和单细胞RNA测序技术，描绘了小鼠颈动脉-颈静脉动静脉瘘（AVF）术后颈静脉的转录组和细胞演化过程 | 首次通过单细胞分析揭示了小鼠AVF模型中炎症和细胞外基质重塑的时序性程序，并与人类数据进行比较验证了其转化相关性 | 未明确说明样本的具体数量，且模型与人类疾病的完全对应性仍存在不确定性 | 验证小鼠AVF模型在模拟人类静脉重塑过程中的细胞和分子机制方面的转化相关性 | 小鼠颈动脉-颈静脉动静脉瘘（AVF）模型中的颈静脉组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |