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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-02-22 |
Robust and interpretable prediction of gene markers and cell types from spatial transcriptomics data
2026-Jan-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68487-0
PMID:41545411
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研究论文 | 本文介绍了一个名为STimage的综合模型套件,用于直接从标准H&E图像预测空间基因表达和分类细胞类型 | 通过估计基因表达分布并使用集成方法量化数据驱动和模型不确定性,增强了模型的鲁棒性;通过单细胞分辨率的归因分析结合组织病理学注释、功能基因和潜在表示,提高了可解释性 | NA | 提高空间转录组学数据中基因标记和细胞类型预测的鲁棒性和可解释性 | 空间转录组学数据中的基因表达和细胞类型 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习模型,集成方法 | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 82 | 2026-02-22 |
huSA: a comprehensive database for multi-dimensional resolution of bulk, single cell and spatial transcription profiles in skin diseases
2026-Jan-15, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baag009
PMID:41719583
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研究论文 | 本文介绍了人类皮肤图谱(huSA)数据库的构建,该数据库整合了多种皮肤疾病的转录组数据,包括单细胞RNA测序、空间转录组学和批量RNA测序数据,以支持系统性的皮肤疾病研究 | 开发了一个全面、集成且用户友好的皮肤转录组数据图谱,首次整合了17种皮肤疾病的多种转录组数据类型,并提供标准化分析和交互式可视化工具 | 数据库可能受限于现有数据的质量和覆盖范围,且分析流程的标准化可能无法完全适应所有新兴技术或疾病类型 | 构建一个综合性的皮肤转录组数据库,以促进皮肤疾病的分子机制研究和转化医学应用 | 皮肤疾病相关的转录组数据,包括单细胞RNA测序、空间转录组学和批量RNA测序样本 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、批量RNA测序(bulk RNA-seq) | NA | 转录组数据 | 1,434个scRNA-seq样本、63个空间转录组学样本、1,502个批量RNA-seq样本,总计来自63个独立数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 83 | 2026-02-22 |
Electrocorticographic, astrocytic and transcriptomic signatures in the triple transgenic mouse model of Alzheimer's disease submitted to stearoyl-CoA desaturase inhibition
2026-Jan-13, Neuropharmacology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.neuropharm.2026.110835
PMID:41539386
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研究论文 | 本研究探讨了在阿尔茨海默病三重转基因小鼠模型中,抑制硬脂酰辅酶A去饱和酶对睡眠、脑电图活动、星形胶质细胞功能、脂质代谢及转录组的影响 | 首次在3xTg-AD小鼠模型中,结合脑电图记录、星形胶质细胞标记、脂滴染色和空间转录组学,系统评估SCD抑制对睡眠障碍、神经电活动、细胞病理及基因表达的多维度影响 | 研究仅使用雌性小鼠,未涵盖性别差异;SCD抑制未能恢复3xTg-AD小鼠的睡眠时间异常,表明睡眠障碍可能涉及更复杂的机制 | 探究SCD抑制是否能够改善阿尔茨海默病模型小鼠的睡眠障碍,并分析其与脂质代谢、星形胶质细胞功能及转录组变化的关系 | 野生型和3xTg-AD雌性小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 脑电图记录、免疫组织化学染色、空间转录组学 | NA | 电生理信号、图像、转录组数据 | 野生型和3xTg-AD雌性小鼠,具体数量未明确说明 | NA | NA | NA | NA |
| 84 | 2026-02-22 |
Biologically interpretable deep learning-derived MRI phenotypes reveal lymph node involvement and neoadjuvant therapy response in intrahepatic cholangiocarcinoma
2026-Jan-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001671
PMID:41525512
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研究论文 | 本研究开发了一个名为SwinU-CliRad的深度学习模型,用于对肝内胆管癌的淋巴结受累风险进行分层,并评估其对新辅助治疗反应的预测能力 | 整合了基于Swin UNETR的MRI衍生输出与临床放射学特征,构建了可解释的深度学习模型,并探索了模型输出与肿瘤多组学特征的相关性 | 研究涉及多个队列,但外部验证队列样本量相对较小(n=88),且模型性能仍需在更广泛的多中心数据中进一步验证 | 开发一个模型以改进肝内胆管癌的淋巴结受累分层,并为治疗决策提供信息 | 肝内胆管癌患者 | 计算机视觉 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序,多组学分析 | Swin UNETR,SwinU-CliRad框架 | 磁共振成像,临床放射学特征 | 发现队列682例,内部测试队列204例,外部多中心队列88例,新辅助治疗队列145例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 85 | 2026-01-14 |
Decoding the tumor microenvironment remodeling orchestrated by CLEC3B+ inflammatory cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma immunotherapy: elucidation from pan-cancer spatially single-cell transcriptomics landscape
2026-Jan-12, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07677-2
PMID:41526921
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 86 | 2026-02-22 |
Single-cell multimodal analysis reveals the dynamic immunopathogenesis of HBV-ACLF progression
2026-Jan-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-333308
PMID:40841166
|
研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析揭示了HBV相关慢加急性肝衰竭(HBV-ACLF)进展中的动态免疫发病机制 | 首次结合单细胞RNA测序和单细胞蛋白质组学,纵向描绘了HBV-ACLF疾病过程中免疫反应的动态轨迹,并识别出与疾病进展相关的关键免疫细胞模块 | 样本量相对有限(45个样本),且主要基于外周血单核细胞,可能未完全反映肝脏局部免疫环境 | 全面描绘HBV-ACLF疾病过程中免疫反应的动态轨迹,以揭示其免疫发病机制 | HBV相关慢加急性肝衰竭(HBV-ACLF)患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序, 单细胞蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据 | 45个样本(来自17名住院患者和15名对照受试者) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 87 | 2026-02-22 |
An unsupervised method for spatial transcriptomics analysis based on adversarial autoencoder
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag070
PMID:41712686
|
研究论文 | 提出了一种基于对抗自编码器的无监督空间转录组学分析方法DACN,用于处理不同分辨率和通量的ST数据 | 首次将改进的对抗自编码器与图卷积网络集成,通过混合编码器结合多头注意力和残差连接,同时捕获局部表达模式和全局信息 | 未明确说明方法对特定组织类型或实验条件的适用性限制 | 开发鲁棒的空间转录组数据分析框架 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 对抗自编码器, 图卷积网络 | 基因表达空间数据 | 多个ST数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 88 | 2026-02-22 |
Chlorpromazine induces hyposalivation by inhibiting muscarinic Ca2+ signaling in salivary glands
2026-Jan, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04438-8
PMID:40699237
|
研究论文 | 本研究揭示了抗精神病药物氯丙嗪通过抑制毒蕈碱受体介导的钙信号通路导致唾液分泌减少的分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序分析发现唾液腺细胞不表达多巴胺受体,并系统阐明氯丙嗪通过抑制内质网钙释放和钙池操纵性钙内流双重途径干扰钙信号 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,尚未在临床患者中验证;未探讨长期给药的影响 | 阐明氯丙嗪引起唾液分泌减少的分子机制 | 小鼠唾液腺模型、人类唾液腺细胞 | 分子药理学 | 精神分裂症(药物副作用研究) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、钙信号检测 | NA | 基因表达数据、钙成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 89 | 2026-02-22 |
Molecular interplay of ASNS and the PI3K-AKT-mTOR pathway in CMV and HIV co-infections: Therapeutic implications
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0342050
PMID:41719286
|
研究论文 | 本研究揭示了天冬酰胺合成酶(ASNS)在巨细胞病毒(CMV)和人类免疫缺陷病毒(HIV)共感染中作为关键代谢信号枢纽的作用,及其与PI3K-AKT-mTOR通路的相互作用 | 首次将ASNS确定为CMV/HIV共感染发病机制中的关键宿主代谢信号枢纽,并通过分子对接和动力学模拟发现抗病毒药物西多福韦能高亲和力结合ASNS,提示其作为新型治疗靶点的潜力 | 研究主要基于生物信息学分析和计算模拟,需要进一步的实验验证来证实ASNS作为治疗靶点的有效性 | 阐明CMV/HIV共感染加剧疾病进展的分子机制,并寻找新的宿主导向治疗靶点 | CMV和HIV共感染的分子机制、ASNS蛋白、PI3K-AKT-mTOR通路 | 生物信息学 | HIV感染、巨细胞病毒感染 | 转录组学分析、单细胞RNA测序、机器学习、分子对接、分子动力学模拟 | 机器学习 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 90 | 2026-02-22 |
A cycling, progenitor-like cell population at the base of atypical teratoid rhabdoid tumor subtype differentiation trajectories
2025-Dec-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf179
PMID:40726147
|
研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析揭示了非典型畸胎样横纹肌样瘤(ATRT)的亚型特异性分化轨迹及其共同的循环前体细胞群 | 首次构建了ATRT的单核转录组图谱,整合了单核ATAC-seq和空间转录组数据,并发现所有ATRT亚型中均存在共享的循环中间前体细胞群 | 研究主要基于患者来源的肿瘤类器官模型进行验证,仍需在更多临床样本和体内模型中进一步证实 | 深入理解ATRT的细胞异质性和发育起源,为开发亚型特异性治疗策略提供依据 | 非典型畸胎样横纹肌样瘤(ATRT)肿瘤样本和患者来源的肿瘤类器官 | 数字病理学 | 儿科中枢神经系统肿瘤 | 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据 | 多个ATRT患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 91 | 2026-02-22 |
Phase IB study of Avelumab and whole brain radiotherapy in patients with leptomeningeal disease from solid tumors: Results and molecular analyses
2025-Dec-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf183
PMID:40888040
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研究论文 | 本研究评估了Avelumab联合全脑放疗在实体瘤软脑膜转移患者中的安全性和疗效,并进行了分子分析 | 首次在软脑膜转移患者中评估Avelumab联合全脑放疗的联合疗法,并利用单细胞RNA测序分析治疗前后脑脊液中的免疫细胞变化 | 样本量较小(15例患者),且为单臂研究,缺乏对照组 | 评估Avelumab联合全脑放疗在软脑膜转移患者中的安全性和疗效,并探索免疫反应机制 | 实体瘤软脑膜转移患者,包括乳腺癌、肺癌、鼻咽癌、卵巢癌和胰腺癌患者 | 临床肿瘤学 | 实体瘤软脑膜转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、单细胞RNA测序数据 | 15例患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2026-02-22 |
Intratumour ploidy heterogeneity and clonal evolution in hepatocellular carcinoma
2025-Nov-24, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.11.015
PMID:41297676
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研究论文 | 本研究开发了一种新的高通量原位定量数字病理学方法,用于评估肝细胞癌(HCC)中的核倍性,并评估其预后相关性 | 开发了一种新的高通量原位定量数字病理学方法,用于评估HCC中的核倍性,并首次通过空间转录组学直接证明超倍体肿瘤肝细胞通过二倍体细胞的全基因组加倍产生 | 研究样本量相对较小(111例HCC样本),且主要基于回顾性分析,需要进一步的前瞻性验证 | 评估肝细胞癌中核倍性的预后价值,并探索超倍体克隆在肿瘤内的克隆进化 | 111例人类肝细胞癌样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 全外显子组测序, 批量RNA测序, 3' mRNA测序, 空间转录组学 | NA | 图像, 转录组数据, 基因组数据 | 111例人类肝细胞癌样本 | NA | 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 93 | 2026-02-22 |
MAP3K4 signaling regulates HDAC6 and TRAF4 coexpression and stabilization in trophoblast stem cells
2025-02, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.108116
PMID:39710325
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研究论文 | 本研究揭示了MAP3K4信号通过调控HDAC6和TRAF4的共表达与稳定性,在滋养层干细胞中影响胎盘发育的机制 | 首次发现MAP3K4、TRAF4和HDAC6在滋养层干细胞中的共调控机制,以及它们在胎盘迷路分化过程中的表达转换 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,人类胎盘中的具体机制尚需进一步验证 | 探究MAP3K4信号在胎盘发育中的作用及其与TRAF4和HDAC6的调控关系 | 小鼠滋养层干细胞和胎盘组织 | 发育生物学 | 胎盘功能不全 | 单细胞RNA测序,shRNA敲低,蛋白质复合物分析 | NA | RNA测序数据,蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2026-02-22 |
Laser-capture microdissection for spatial transcriptomics of immunohistochemically detected neurons
2025-02, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.108150
PMID:39736395
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研究论文 | 本文开发了一种名为IHC/LCM-Seq的空间转录组学方法,用于对免疫组化检测的神经元进行转录组分析 | 开发了一种创新的IHC/LCM-Seq方法,结合了免疫组化、激光捕获显微切割和RNA测序技术,首次实现了对免疫组化检测的神经元进行高灵敏度空间转录组分析 | 方法基于4%甲醛固定脑组织的游离切片,可能不适用于其他固定条件或组织类型 | 开发并验证一种用于免疫组化检测神经元空间转录组分析的新方法 | 纹状体胆碱能中间神经元和促性腺激素释放激素(GnRH)神经元 | 空间转录组学 | 不孕症 | 激光捕获显微切割,RNA测序,免疫组化 | NA | RNA测序数据 | 成年雄性大鼠和小鼠的GnRH神经元 | Illumina | bulk RNA-seq | NextSeq | Illumina NextSeq平台进行批量测序 |
| 95 | 2026-02-22 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析,揭示了白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病疾病进展中的关键驱动作用 | 首次在ACM中识别出炎症-纤维化空间生态位,并证明靶向IL-1β可改善疾病表型 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本,临床转化效果需进一步验证 | 探究ACM疾病进展的分子机制并评估靶向IL-1β的治疗潜力 | ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | ACM患者和对照捐赠者的心肌样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 96 | 2026-02-22 |
Pluripotent stem cell-derived models of neurological diseases reveal early transcriptional heterogeneity
2021-03-04, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02301-6
PMID:33663567
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研究论文 | 本研究通过分析神经退行性疾病患者的单细胞RNA测序数据,揭示了疾病状态下神经元转录异质性的增加,并利用诱导多能干细胞模型验证了这一早期现象 | 首次在神经退行性疾病模型中系统性地展示了转录异质性在疾病早期阶段的增加,并关联到具体的基因功能类别如自噬和能量代谢 | 研究主要基于体外诱导多能干细胞模型,可能无法完全模拟体内复杂的神经退行过程 | 探究神经退行性疾病早期阶段的转录调控变化及其诊断价值 | 阿尔茨海默病和亨廷顿病患者的神经元细胞,以及诱导多能干细胞分化的神经元祖细胞 | 单细胞组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | 诱导多能干细胞分化模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 97 | 2026-02-21 |
The shared mechanisms and potential diagnostic markers for IgA nephropathy and celiac disease
2026-Dec-31, Autoimmunity
IF:3.3Q3
DOI:10.1080/08916934.2026.2635179
PMID:41714845
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研究论文 | 本研究通过整合IgA肾病和乳糜泻的转录组数据,识别了共享的生物标志物和致病机制 | 首次系统整合IgA肾病和乳糜泻的转录组数据,利用多组学分析和机器学习方法识别出ITGB2、CD74和KLK1等共享诊断标志物,并构建了转录因子-miRNA-mRNA调控网络 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步的实验验证来确认这些标志物的功能和临床适用性 | 揭示IgA肾病和乳糜泻的共病分子机制,并寻找潜在的诊断标志物和治疗策略 | IgA肾病和乳糜泻患者 | 生物信息学 | 自身免疫性疾病 | 转录组测序,单细胞RNA测序,机器学习 | 加权基因共表达网络分析,机器学习模型 | 基因表达数据 | 多个独立队列的转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2026-02-21 |
Aberrant epithelial differentiation may contribute to endometrial polyp formation: insights from single-cell analysis
2026-Dec, Systems biology in reproductive medicine
IF:2.1Q3
DOI:10.1080/19396368.2026.2628916
PMID:41712676
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析子宫内膜息肉与邻近子宫内膜的转录组差异,探讨息肉形成的分子机制 | 首次在单细胞水平揭示子宫内膜息肉中上皮细胞分化异常和血管重塑缺陷,通过伪时间分析发现上皮细胞成熟受阻 | 单细胞RNA测序仅局限于增殖期样本,可能限制结果的普适性 | 探究子宫内膜息肉形成和复发的分子机制 | 子宫内膜息肉及邻近子宫内膜组织 | 数字病理学 | 子宫内膜息肉 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 伪时间分析 | RNA测序数据 | 12名女性的配对子宫内膜息肉和邻近子宫内膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2026-02-21 |
Exosome-related lactylation gene signature defines diagnostic biomarkers of periodontitis through integrative bulk and single-cell transcriptomics
2026-Apr, Archives of oral biology
IF:2.2Q2
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研究论文 | 本研究通过整合批量与单细胞转录组学数据,构建了首个基于外泌体相关乳酸化基因的诊断模型,用于牙周炎诊断,并揭示了细胞类型特异性的乳酸化重塑机制 | 首次建立了基于外泌体相关乳酸化基因的诊断模型,并整合批量与单细胞转录组学数据解析了牙周炎中乳酸化修饰的细胞异质性 | 未明确提及样本量限制或模型在更广泛人群中的验证情况 | 探索外泌体相关乳酸化基因作为牙周炎潜在诊断生物标志物 | 牙周炎患者与健康组织的基因表达数据 | 自然语言处理 | 牙周炎 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | RNA测序数据 | 未明确指定具体样本数量,但涉及训练队列和两个独立验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 100 | 2026-02-21 |
ROS-responsive, brain- and M1 microglia-targeting modified ginkgetin-loaded smart liposomes ameliorate cerebral ischemia by HIF-1α-mediated negative regulation of microglia pyroptosis
2026-Apr, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2026.102870
PMID:41716338
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研究论文 | 本研究设计了一种ROS响应、靶向大脑和M1小胶质细胞的银杏双黄酮智能脂质体,通过抑制HIF-1α通路减轻小胶质细胞焦亡,从而改善脑缺血损伤 | 开发了具有ROS响应性和双重靶向功能(RVG29靶向大脑,MG1靶向小胶质细胞)的智能脂质体递送系统,用于精准递送银杏双黄酮至缺血病灶,并揭示了其通过HIF-1α/c-Myc/NLRP3轴抑制小胶质细胞焦亡的新机制 | 研究主要在动物模型中进行,尚未进行人体临床试验;长期安全性和免疫原性有待进一步评估;具体靶向效率和脱靶效应在复杂人体环境中的表现仍需验证 | 开发一种能够克服血脑屏障、精准靶向缺血病灶的纳米治疗策略,以改善脑缺血后的神经功能恢复 | 大脑、小胶质细胞、神经元、脑缺血损伤区域 | 神经科学、纳米医学、药物递送 | 脑缺血、缺血性卒中 | 单细胞RNA测序、共培养实验、动物模型(大脑中动脉闭塞/再灌注模型) | NA | 基因表达数据、组织病理学数据、行为学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |