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当前共找到 42055 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-08-03 |
Sex-dependent control of renal tubular homeostasis and stress tolerance by KDM6A
2026-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.22.740137
PMID:42539009
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研究论文 | 本研究探讨了表观遗传修饰因子KDM6A在肾脏肾小管上皮细胞中对性别依赖性稳态和应激耐受的调控作用。 | 首次揭示KDM6A在女性肾脏中起关键保护作用，而男性通过Y染色体同源基因UTY补偿其功能，形成动态调控的X-Y基因对。 | 未明确KDM6A和UTY的功能重叠程度及具体分子机制，且研究仅在小鼠模型中进行。 | 阐明KDM6A在肾小管上皮细胞中的性别依赖性功能及其对肾脏稳态和应激耐受的影响。 | 小鼠肾小管上皮细胞，重点关注雌性和雄性KDM6A敲除小鼠。 | 肾脏病理学 | 肾病 | 空间转录组学、非靶向代谢组学、基因敲除 | NA | 基因表达数据、代谢组学数据、组织病理图像 | 小鼠模型，具体样本量未在摘要中说明 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 用于空间转录组分析的平台，具体配置未详细说明 |
| 82 | 2026-08-03 |
Loom: Multi-Region Analysis of Spatial Transcriptomics with Local Neighborhoods and Global Trajectories
2026-Jul-24, ArXiv
PMID:42539149
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研究论文 | 提出Loom系统，用于空间转录组数据的多区域分析，支持伪时间轨迹、跨样本比较和局部微环境分析 | 结合新型字形与计算后端，解决多模态配准和伪时间模式复杂性，促进局部微环境探索 | 未明确提及局限性 | 支持空间转录组数据中伪时间轨迹、跨样本比较和局部微环境分析 | 空间转录组数据及其局部微环境 | 可视化计算 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 两个案例研究和一项外部可用性研究 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 83 | 2026-08-03 |
FusedFCR: A Fused Forward Continuation-Ratio model for marker selection along cell-fate trajectories
2026-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.20.739649
PMID:42539237
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研究论文 | 提出FusedFCR模型，一种融合前向续比模型，用于沿细胞命运轨迹进行标记基因选择 | 结合lasso惩罚和融合惩罚，实现过渡特异性基因选择，同时提供锚定到观察阶段的连续伪时间投影 | 未在摘要中明确提及局限性 | 开发一种能够识别与阶段间变化相关的标记基因的模型，并改善伪时间轨迹分析 | 小鼠胰腺β细胞分化和人类绒毛外滋养细胞分化过程中的细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 正则化前向续比模型 | 基因表达数据 | 小鼠胰腺β细胞分化七个时间点，人类绒毛外滋养细胞分化四个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 84 | 2026-08-03 |
Statistical Inconsistency of Error-correction Objectives for Perfect Phylogenies
2026-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.20.739615
PMID:42538904
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研究论文 | 该论文证明了在完美系统发育模型中，基于纠错目标的统计推断方法在所有正误差率下都是不一致的，并通过模拟显示在实际单细胞测序误差率下，错误树被优先选择的情况频繁发生 | 首次通过构造性证明揭示了纠错目标在完美系统发育中的统计不一致性，并指出这种不一致性源于树拓扑结构对观测突变模式解释误差能力的差异，与同塑性或不完全谱系排序等已知因素不同 | 研究主要依赖于模拟和理论证明，未在真实数据集上进行广泛验证，且假设误差独立发生，可能未涵盖复杂的误差模式 | 评估基于最小化误差修正的完美系统发育推断方法在统计上的可靠性，并分析其不一致性的产生机制及实际影响 | 二进制完美系统发育模型，包括各种树拓扑结构和不同的误差率设置 | 机器学习 | NA | NA | NA | 模拟数据 | 模拟生成多种树拓扑和误差率组合，具体样本量未明确 | NA | NA | NA | NA |
| 85 | 2026-08-03 |
Polypharmacologic Disruption of the Proliferative-to-Mesenchymal Fate Branch Point Reverses EndMT and Pulmonary Hypertension
2026-Jul-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9306408/v2
PMID:42539088
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研究论文 | 报告小分子TK22通过双重抑制细胞周期和间充质激酶节点，逆转内皮-间充质转化（EndMT）和肺动脉高压 | 提出通过协调抑制细胞周期和间充质激酶节点，在增殖-间充质命运分支点实现药理学控制，获得细胞状态选择性 | 未在摘要中提及具体局限性 | 探究内皮-间充质转化（EndMT）在肺动脉高压中的调控机制及可药性，并评估TK22的疗效 | 原发性小鼠肺内皮细胞和Su5416/缺氧大鼠肺动脉高压模型 | 机器学习和数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | 轨迹推断（PHATE、Monocle3）和核密度估计 | 单细胞转录组数据 | 未在摘要中明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 86 | 2026-08-03 |
A multimodal interrogation of Broca's area in the pediatric and adult human brain
2026-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.22.739934
PMID:42539239
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研究论文 | 通过联合单核基因表达与染色质可及性分析及空间转录组学，对儿童和成人布罗卡区及相邻运动皮层进行多模态解析，揭示细胞和分子架构及其发育轨迹 | 首次在单核分辨率下联合基因表达、染色质可及性和空间转录组分析布罗卡区，识别区域和阶段特异性细胞特征，并发现胶质细胞和中间神经元亚型在细胞构筑特化中的突出作用，以及钙粘蛋白基因对区域特异性细胞通讯的早期编码 | 摘要未提供明确的局限性信息 | 揭示布罗卡区在儿童和成人脑中的神经发育基础，提供详细的分子和细胞层面的解析 | 布罗卡区和邻近运动皮层组织样本，来自不同祖源（欧洲和非洲）及发育阶段（婴儿期、儿童期、青少年期和成年期）的个体 | 神经科学、空间转录组学、单细胞多组学 | 神经发育障碍、神经精神疾病（如自闭症谱系障碍和注意力缺陷多动障碍） | 单核多组学（基因表达与染色质可及性）、空间转录组学 | NA | 单核基因表达数据、染色质可及性数据、空间转录组图像数据 | 未明确提及具体样本数量，涉及多个个体和发育阶段 | 10x Genomics | 单核多组学、空间转录组学 | 10x Chromium Single Cell Multiome、Xenium | 10x Chromium 单细胞多组学（基因表达与染色质可及性）、Xenium 高多重空间转录组学 |
| 87 | 2026-08-03 |
p21-senescent cells drive pancreatic islet dysfunction through targetable paracrine signaling in type 2 diabetes
2026-Jul-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.197310
PMID:42262869
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研究论文 | 本研究识别出一类表达p21的衰老β细胞亚群，并通过旁分泌信号驱动胰岛功能障碍，在2型糖尿病中靶向该过程具有治疗潜力 | 首次揭示p21阳性衰老β细胞通过旁分泌SASP因子诱导邻近细胞二次衰老，并证明JAK抑制剂可逆转此过程恢复β细胞功能，为T2D治疗提供新靶点 | 摘要未提及研究局限性 | 阐明β细胞衰老与胰岛功能障碍的关联机制，并评估靶向衰老细胞在2型糖尿病中的治疗潜力 | 人类和小鼠的胰岛β细胞，包括p21阳性衰老β细胞亚群 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 空间转录组学、蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、图像 | 人类和小鼠胰岛样本，具体数量未在摘要中说明 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 88 | 2026-08-03 |
scLEMBAS: Context-Aware Modeling of Signaling Pathway Activity at Single-Cell Resolution
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.20.739670
PMID:42538947
|
研究论文 | 提出scLEMBAS，一种上下文感知的灰色盒神经网络，以单细胞分辨率建模信号通路活性，同时保持机制基础。 | 通过将先验知识网络编码为循环神经网络，并引入对抗性方法实现单细胞反事实推理，在保留可解释性的同时增强预测能力 | 未提及明显的局限性 | 构建能够预测单细胞扰动响应并解析信号通路活性的计算模型 | 单细胞RNA-seq数据中的信号通路活性及扰动响应 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 循环神经网络（RNN） | 基因表达数据 | 两个scRNA-seq数据集，涵盖单扰动和多扰动设置 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-08-03 |
Systems-Level Mapping of the Tumor Microenvironment Reveals Immune-Mediated Mechanisms and Potential Targets in Platinum-Resistant Ovarian Cancer
2026-Jul-22, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-10385637/v1
PMID:42539139
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研究论文 | 通过多模态系统生物学方法绘制卵巢癌肿瘤微环境图谱，揭示铂耐药相关的免疫介导机制和潜在靶点 | 整合多重免疫组化、 bulk 和单细胞 RNA 测序的多模态系统生物学方法，并使用 COMET 工具识别出两种独特的耐药程序 | 摘要中未明确提及局限性 | 研究卵巢癌微环境，识别驱动治疗耐药的细胞群体和标志物 | 良性（n=6-13）和癌症（n=7-20）卵巢组织样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 多重免疫组化、bulk RNA-seq、单细胞 RNA-seq、CIBERSORTx、singleR、COMET、拟时序分析 | NA | 图像、基因表达数据 | 良性样本 6-13 例，癌症样本 7-20 例 | NA | 多重免疫组化、bulk RNA-seq、单细胞 RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2026-08-03 |
Integrating single-cell and bulk transcriptomic perturbation resources reveals complementary therapeutic spaces for drug repurposing
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.17.739227
PMID:42539175
|
研究论文 | 开发了CDRPipe计算框架，整合单细胞和批量转录组扰动资源，用于药物重定位。 | 首次将单细胞RNA测序衍生的伪批量扰动谱与微阵列扰动谱整合，扩大了药物治疗覆盖范围。 | 药物库组成和临床注释覆盖度的差异可能影响性能比较。 | 提高转录组药物重定位的稳健性和可解释性。 | 233个人类疾病基因表达特征，以及CMap和Tahoe-100M的扰动谱。 | 机器学习 | 自身免疫性疾病、子宫内膜异位症 | RNA-seq、微阵列 | NA | 基因表达数据 | 233个疾病特征，1,968个微阵列实验，56,827个单细胞实验 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 91 | 2026-08-03 |
Transcriptional landscape of direct reprogramming toward the hematopoietic lineage
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609589
PMID:42539214
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研究论文 | 本研究组装了造血重编程的单细胞转录组参考图谱，并用算法预测的转录因子配方诱导造血干细胞，通过长读长单细胞RNA测序揭示了重编程细胞的转录状态和异构体重塑 | 创新性地结合了单细胞转录组参考图谱和算法预测的转录因子配方，并利用长读长单细胞RNA测序进行异构体水平分析，揭示了基因水平分析无法捕捉的转录重塑 | 当前协议效率低，且功能验证需要完全重编程的细胞，限制了协议开发过程中的实用性 | 开发一种实验-计算框架，用于表征部分重编程状态并指导造血重编程协议的优化 | 人成纤维细胞重编程为造血干细胞过程中的细胞状态 | 单细胞转录组学 | 血液和免疫疾病 | 长读长单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | CD34+重编程细胞（具体数量未提供） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 92 | 2026-08-03 |
Bacterial surface display enables lysis-independent joint host-pathogen single-cell profiling
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.21.739887
PMID:42539225
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研究论文 | 介绍一种基于细菌表面展示的裂解非依赖性策略，实现对宿主和病原体单细胞特征的联合分析 | 利用细菌表面展示系统，将启动子活性和细菌身份编码为抗体可检测信号，无需病原体特异性裂解优化或预分选，即可与现有基于抗体的单细胞检测方法兼容 | 摘要未提及明确的局限性 | 开发一种可扩展的、联合宿主-病原体单细胞测量方法，以揭示宿主-病原体相互作用的异质性 | 受感染的巨噬细胞、多种细菌种类（包括李斯特菌和沙门氏菌） | 单细胞测序 | 感染性疾病 | 表面展示、流式细胞术、液滴微流控单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 受感染的巨噬细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序（液滴） | NA | NA |
| 93 | 2026-08-03 |
GEM-GPT Enables Personalized Cell Type-Resolved Therapeutic Design for Systems Pharmacology
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.17.739269
PMID:42539229
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研究论文 | 提出GEM-GPT框架，利用转录组学数据设计个性化治疗化合物，以恢复细胞类型特异性疾病状态至健康表型 | 结合单细胞RNA测序基础模型与分子GPT模型，实现细胞类型特异性化学-基因相互作用的建模，生成针对不同细胞类型的独特分子 | 未提及，标题和摘要中无相关信息 | 开发用于系统药理学导向的药物设计生成式AI工具，以支持个性化治疗设计 | 疾病状态下的细胞类型，特别是阿片使用障碍患者 | 生成式人工智能 | 阿片使用障碍 | 单细胞RNA测序 | GPT模型 | 转录组数据 | 未提及，标题和摘要中无相关信息 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 94 | 2026-08-03 |
Deep interpretable learning of sample representations for characterizing disease states in single-cell transcriptomics
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.21.738207
PMID:42539244
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研究论文 | 介绍Phenoverse，一个可解释的深度学习框架，用于从单细胞转录组数据中学习样本级别的疾病状态表征，并在多个疾病数据集中验证其性能 | 通过细胞类型感知的残差编码、原型学习和基于Perceiver的聚合，实现样本级别的疾病状态表征学习，仅使用二元表型标签即可预测疾病状态并编码连续的疾病严重程度谱 | 未提及明显的局限性 | 开发一种可解释的疾病表型分析方法，将复杂的单细胞转录组数据转化为患者层面的生物学见解 | 单细胞转录组数据中的样本表征，用于疾病状态预测和严重程度评估 | 机器学习 | COVID-19, 阿尔茨海默病, 系统性红斑狼疮 | 单细胞转录组测序 | 深度学习模型，包括残差编码、原型学习和Perceiver架构 | 单细胞转录组数据 | 超过500万个细胞 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 95 | 2026-08-03 |
Lineage-specific change in craniofacial gene regulatory networks of syngnathid fishes revealed by integrating multiomics across fishes
2026-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.16.738491
PMID:42539196
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研究论文 | 通过多组学比较研究，探讨海龙科鱼类颅面基因调控网络的谱系特异性变化 | 首次整合单细胞RNA测序、ATAC-seq和全基因组比对，揭示海龙科鱼类颅面进化的局部网络变化而非全局重连 | 未提供明确局限性信息 | 研究海龙科鱼类颅面形态多样性的基因调控网络进化机制 | 湾海龙、三刺鱼和斑马鱼的头神经嵴细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序、ATAC-seq、全基因组比对 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据、基因组序列 | 三种鱼类（湾海龙、三刺鱼、斑马鱼）的头神经嵴细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 96 | 2026-08-03 |
Human Myometrial Cell Fate under Chronic Oxidative Stress for Leiomyomagenesis
2026-Jul-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9323630/v1
PMID:42539031
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研究论文 | 本研究探讨慢性氧化应激对人子宫肌层细胞命运的影响及其在子宫肌瘤发生中的因果作用 | 首次利用MnSOD突变体构建持续氧化应激的人子宫肌层细胞模型，并结合空间转录组学和突变分析，从分子和基因组层面揭示氧化应激驱动子宫肌瘤起始的机制 | 研究主要基于细胞系和异种移植模型，可能不能完全代表体内复杂微环境；且未涉及患者来源样本的直接验证 | 验证慢性氧化应激诱导人子宫肌层细胞发生细胞重塑和基因组改变，从而促进子宫肌瘤发生的假说 | 人子宫肌层细胞系（Myo-hTERT）及原代子宫肌层细胞 | 数字病理学 | 子宫肌瘤 | 空间转录组学、突变分析、细胞培养、异种移植 | NA | 转录组数据、突变数据、细胞图像 | 涉及多种细胞系和原代细胞，异种移植研究持续至10个月，具体样本数未详述 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 97 | 2026-08-03 |
scWeave: A deep learning model that bidirectionally translates between gene expression and chromatin structure at single-cell resolution
2026-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.13.738265
PMID:42523313
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研究论文 | 提出了一个名为scWeave的深度学习模型，能够在单细胞分辨率下双向转换基因表达和三维染色质结构数据 | 首次实现在单细胞水平上双向转换基因表达和染色质结构，采用双自编码器架构提取独立的细胞级潜在表示，并通过专用翻译模块学习转换，优于现有方法 | 未提及明确局限性，但可能受限于共测定数据集的可用性和模型对特定细胞类型的泛化能力 | 建立基因表达与三维染色质结构之间的关系，实现从单一模态推断另一模态，以扩展昂贵共测定实验的应用 | 小鼠胚胎发育、小鼠皮层、小鼠嗅觉上皮和人类骨髓细胞 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞Hi-C（scHi-C） | 双自编码器（dual autoencoders） | 基因表达数据和染色质构象数据 | 六个公开共测定数据集，包括小鼠和人类细胞，具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞Hi-C | NA | NA |
| 98 | 2026-08-03 |
Postnatal Iron Supplementation Fails to Fully Rescue Brain Metal and Transcriptional Defects Caused by Nutrition-Based Gestational Iron Deficiency
2026-Jul-18, The Journal of nutrition
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.tjnut.2026.101730
PMID:42471123
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研究论文 | 本研究使用营养性小鼠模型，探讨产后补铁时机对妊娠期铁缺乏（GID）引起的脑金属稳态和基因表达缺陷的恢复效果，发现产后补铁不能完全恢复这些缺陷 | 首次系统评估产后不同时间点补铁对GID后代脑金属稳态和转录组影响的长期效果，结合空间转录组学揭示区域特异性变化 | 研究仅基于小鼠模型，且样本量较小（每组3只用于转录组分析），可能限制结果向人类的推广；未评估行为学结果 | 确定产后补铁时机如何影响GID后的脑金属稳态和长期基因表达 | 妊娠期铁缺乏小鼠后代（包括营养正常对照组、出生时补铁组和出生后第7天补铁组） | 神经科学、空间转录组学 | 妊娠期铁缺乏 | 电感耦合等离子体质谱、空间转录组学 | 线性模型 | 金属浓度数据、空间转录组数据 | 金属浓度分析每组7-19只小鼠（来自≥3窝）；转录组分析每组3只雄性小鼠 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 99 | 2026-08-03 |
Targeting cellular senescence alleviates bone marrow aging
2026-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.16.736849
PMID:42523366
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研究论文 | 本研究探讨了通过PROTAC化合物753b清除衰老细胞以缓解骨髓衰老的机制 | 首次使用PROTAC化合物753b同时靶向BCL-xL和BCL-2清除衰老细胞，并证明其能逆转造血衰老的关键特征 | 摘要未提及研究的局限性 | 探究通过药理性清除衰老细胞来缓解骨髓衰老并恢复造血功能的策略 | 骨髓中的造血干细胞、衰老细胞及骨髓微环境（包括基质细胞和中性粒细胞祖细胞） | 机器学习和数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠骨髓样本（具体数量未给出） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 100 | 2026-08-03 |
Single-cell multi-omic analyses resolve the cellular diversity of ALK/ROS1/MET/NTRK-fused gliomas in infants and older children
2026-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.16.738862
PMID:42523284
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析，解析了婴儿和年长儿童中ALK/ROS1/MET/NTRK融合胶质瘤的细胞多样性 | 首次使用单细胞和单核RNA/ATAC-seq及空间转录组学，全面解析了融合阳性胶质瘤的细胞层次结构，发现了五种癌细胞状态，并揭示了FOS/JUN驱动的致癌程序和高的细胞可塑性 | 文章未明确提及局限性 | 解析婴儿型半球胶质瘤及其他RTK融合胶质瘤的细胞多样性和发育程序，为研究和治疗创新开辟新途径 | 24例融合阳性胶质瘤样本，涵盖婴儿至青少年 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质开放性数据, 空间转录组数据 | 24例融合阳性胶质瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3', 10x Chromium Single Cell ATAC, 10x Visium |