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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-03-10 |
Metabolic Adaptation of CD8⁺ T Cells Limits the Efficacy of Fatty Acid Oxidation Inhibition in Type 1 Diabetes
2026, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.125649
PMID:41800251
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研究论文 | 本研究探讨了脂肪酸氧化抑制剂三甲氧苄嗪在1型糖尿病中对CD8⁺ T细胞代谢适应的影响及其治疗潜力 | 揭示了CD8⁺ T细胞通过上调CPT1A来适应脂肪酸氧化抑制的新逃逸机制,强调了代谢适应在自身免疫进展中的关键作用 | 研究基于非肥胖糖尿病小鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;长期暴露导致补偿性上调可能限制治疗效果 | 评估脂肪酸氧化抑制作为1型糖尿病治疗策略的疗效,并探索免疫细胞代谢适应机制 | 非肥胖糖尿病小鼠模型及人类CD8⁺ T细胞 | 免疫代谢学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 非肥胖糖尿病小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2026-03-10 |
ANXA1-mediated mTOR/FABP4 Inhibition Drives Antifibrotic Macrophage Reprogramming in Lupus Nephritis
2026, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.118613
PMID:41800263
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研究论文 | 本研究探讨了ANXA1在狼疮性肾炎中通过抑制mTOR/FABP4通路驱动巨噬细胞抗纤维化重编程的机制 | 首次揭示了ANXA1通过FPR2/ALX受体抑制mTOR/FABP4活性,增强脂肪酸氧化,从而促进巨噬细胞向抗纤维化表型极化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据,人类样本验证和临床转化潜力需进一步探索 | 探究ANXA1在狼疮性肾炎肾纤维化中的作用机制及治疗靶点 | 狼疮性肾炎患者肾脏组织、狼疮易感小鼠模型、单细胞RNA测序鉴定的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、组织病理学数据 | 狼疮性肾炎患者肾脏组织样本和狼疮易感小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 83 | 2026-03-10 |
CD44/POU2F2/BCL9L axis mediates MIF-driven SPP1+TAM activation in colorectal cancer metastasis
2026, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.116575
PMID:41800265
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研究论文 | 本研究揭示了MIF/CD44/POU2F2/BCL9L信号轴在结直肠癌转移中通过激活SPP1+TAMs促进血管生成的作用机制 | 首次发现MIF通过CD44/POU2F2/BCL9L轴激活SPP1+TAMs,并证实该轴是结直肠癌转移的关键调控通路 | 研究样本量有限(临床组织微阵列n=42),且机制验证主要在体外和动物模型中进行 | 探究SPP1+TAMs在结直肠癌转移中的激活机制并寻找治疗靶点 | 结直肠癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞(特别是SPP1+TAMs)、临床结直肠癌患者组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、组织微阵列图像 | 临床组织微阵列样本42例,另含体外和体内模型数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 84 | 2026-03-10 |
Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models
2025-12-31, Biostatistics (Oxford, England)
DOI:10.1093/biostatistics/kxaf024
PMID:40795862
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研究论文 | 本文提出了一种名为scGBM的新方法,用于基于模型的单细胞RNA-seq数据降维,通过泊松双线性模型改进标准降维方法 | 开发了scGBM方法,使用泊松双线性模型直接建模计数数据,引入快速估计算法以扩展到百万细胞数据集,并量化细胞潜在位置的不确定性 | NA | 解决单细胞RNA-seq数据降维中标准方法可能诱导虚假异质性和掩盖真实生物变异性的问题 | 单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 泊松双线性模型 | 计数矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2026-03-10 |
Diverse infections transcriptionally reprogram the intestinal epithelium and epithelial-immune cell interactions
2025-Dec-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.22.695505
PMID:41497582
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研究论文 | 本文介绍了GutPath图谱,一个包含超过50万个单细胞的RNA和蛋白质表达谱的资源,用于研究不同感染类型下回肠的细胞状态和细胞间通讯 | 开发了GutPath图谱,首次系统性地揭示了回肠在多种感染下的细胞转录组多样性和上皮-免疫细胞相互作用,并识别了一种与细菌负荷和组织病理学空间相关的新型肠上皮细胞状态 | 研究主要关注回肠,可能未全面覆盖整个小肠或其他肠道区域,且依赖于单细胞和空间转录组学技术,可能存在技术偏差 | 研究回肠在感染期间的细胞响应和细胞间通讯复杂性,以增进对肠道免疫和病理机制的理解 | 回肠中的细胞状态,包括肠上皮细胞和免疫细胞,涉及多种感染类型 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA表达谱, 蛋白质表达谱 | 超过500,000个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 86 | 2026-03-10 |
Specialized gas-exchange endothelium of the zebrafish gill
2025-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.11.30.690480
PMID:41738028
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多种成像技术,详细表征了斑马鱼鳃中的气体交换内皮细胞,并发现其与哺乳动物肺泡中的Cap2/Aerocyte内皮细胞具有相似性 | 首次在斑马鱼鳃中鉴定出与哺乳动物肺泡Aerocyte内皮细胞相似的细胞类型,并建立了斑马鱼作为研究气体交换血管系统的可实验操作脊椎动物模型 | 研究主要基于斑马鱼模型,与哺乳动物肺部系统的直接可比性仍需进一步验证 | 研究气体交换器官的发育和功能,特别是气体交换血管系统 | 成年斑马鱼鳃组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq)、共聚焦成像、超分辨率成像、杂交链式反应、阵列断层扫描、聚焦离子束扫描电子显微镜 | NA | 单细胞转录组数据、图像数据 | 成年斑马鱼鳃组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2026-03-10 |
Pharmacological Inhibition of Ferroptosis Attenuates Experimental Abdominal Aortic Aneurysm Formation
2025-Nov, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323269
PMID:41036562
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研究论文 | 本研究探讨了铁死亡在腹主动脉瘤形成中的作用,并通过药理学抑制铁死亡来减轻实验性腹主动脉瘤的形成 | 首次在腹主动脉瘤形成中揭示了铁死亡的作用,并展示了使用liproxstatin-1抑制铁死亡可减轻主动脉炎症和重塑 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限,且仅使用了一种铁死亡抑制剂 | 探究铁死亡在腹主动脉瘤形成中的机制及药理学抑制的潜在治疗效果 | 人类腹主动脉瘤组织、C57BL/6小鼠(雄性和雌性)的主动脉组织、巨噬细胞和平滑肌细胞 | 单细胞组学 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序、质谱分析、组织学分析、体外细胞培养 | NA | 单细胞RNA测序数据、质谱数据、组织图像、体外实验数据 | 人类AAA组织数据库、使用弹性蛋白酶或弹性蛋白酶+β-氨基丙腈诱导的C57BL/6小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 88 | 2026-03-10 |
Machine learning predictions from unpredictable chaos
2025-Oct, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2025.0441
PMID:41027482
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研究论文 | 本文提出了一种名为混沌学习的新型多尺度拓扑范式,首次实现了从混沌系统中进行准确预测 | 首次引入混沌学习,通过多尺度拓扑拉普拉斯算子将现实世界数据嵌入交互式混沌动力系统,并调制其动态行为以实现准确预测 | NA | 探索混沌系统的可预测性,并开发一种能够从混沌中提取物理属性的新学习范式 | 28个数据集,包括脑波、蛋白质基准数据、单细胞RNA测序数据和图像数据,以及Lorenz和Rossler吸引子两种混沌动力系统 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 混沌学习范式 | 脑波数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据、图像数据 | 28个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-03-10 |
Nephrobase Cell+: Multimodal Single-Cell Foundation Model for Decoding Kidney Biology
2025-Oct-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.30.679471
PMID:41256511
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研究论文 | 本研究开发了首个专注于肾脏的大型基础模型Nephrobase Cell+,用于解码肾脏生物学 | 首次构建了肾脏特异性的大型基础模型,通过器官规模的多模态预训练和专门的Transformer架构,实现了跨物种、跨模态的高保真表示学习 | 模型主要针对四种哺乳动物物种,可能无法完全覆盖所有肾脏细胞类型或疾病状态 | 开发一个统一的、高保真的肾脏生物学表示模型,以提升单细胞分析能力 | 人类、小鼠、大鼠和猪的肾脏单细胞和单核转录组及空间转录组数据 | 机器学习 | 肾脏疾病 | scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq, 空间转录组学 | Transformer-based encoder-decoder with gene-token cross-attention and mixture-of-experts | 单细胞和单核转录组、表观基因组及空间转录组数据 | 约39.5百万个单细胞和单核图谱,来自4,319个样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 90 | 2026-03-10 |
Single-cell transcriptome combined with genetic tracing reveals a roadmap of fibrosis formation during proliferative vitreoretinopathy
2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2424487122
PMID:40920930
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研究论文 | 本研究结合单细胞转录组学和遗传谱系追踪技术,揭示了增殖性玻璃体视网膜病变(PVR)中纤维化形成的细胞起源和机制,并识别了TSP-1作为关键驱动基因 | 首次结合单细胞转录组学和遗传谱系追踪,系统绘制了PVR纤维化形成的细胞路线图,并发现TSP-1作为治疗靶点 | NA | 解析增殖性玻璃体视网膜病变(PVR)中纤维化形成的细胞机制,以开发治疗策略 | 视网膜色素上皮细胞、免疫细胞和Müller细胞在PVR病变中的贡献 | 数字病理学 | 增殖性玻璃体视网膜病变 | 单细胞转录组学,遗传谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 91 | 2026-03-10 |
Dynamic and precise electromagnetic levitation of single cells
2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2512246122
PMID:40920932
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Electro-LEV的创新平台,它结合电磁和磁悬浮原理,实现了在3-D微流体环境中对单细胞位置进行动态精确控制 | 该平台通过周期性调制和跟踪细胞在z轴的位置,能够区分单细胞与细胞簇的悬浮行为,并显著提高了悬浮分选的纯度和效率 | NA | 开发一种用于动态3-D控制细胞位置的新平台,以研究细胞异质性、区分细胞大小和类型,并提高细胞分选效率 | 单细胞和细胞簇 | 数字病理学 | NA | 电磁悬浮和磁悬浮 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 92 | 2026-03-10 |
Single-cell analysis of human fibrous dysplasia bone reveals a fibrotic transcriptome and GNAS variants in endothelial, perivascular, and stromal cells
2025-Sep-04, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.07.018
PMID:40848713
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和GNAS基因分型策略,分析了人类纤维性结构不良骨中的非造血细胞,揭示了GNAS变异在多种细胞谱系中的存在以及共同的纤维化转录组特征 | 首次在纤维性结构不良骨中,除了骨骼基质谱系外,还在内皮细胞和血管周围细胞中检测到GNAS c.602G>A和c.601C>T变异,并识别出跨细胞谱系的共同纤维化转录组特征 | 样本来源有限,仅分析了非造血细胞,可能未全面覆盖所有相关细胞类型 | 探究体细胞嵌合体在纤维性结构不良疾病中的细胞和分子机制 | 人类纤维性结构不良骨和非纤维性结构不良骨中的非造血细胞 | 数字病理学 | 纤维性结构不良 | 单细胞RNA测序, GNAS基因分型, BaseScope | NA | RNA测序数据 | 来自FD和非FD人类骨组织的非造血细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2026-03-10 |
Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.657506
PMID:40766395
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术解码HepaRG细胞在多种化学物质暴露下的细胞应激状态 | 应用TempO-LINC平台生成单细胞转录组图谱,通过文献来源的应激反应通路基因特征对单个细胞进行评分,并利用广义Jaccard度量进行聚类分析,揭示了细胞应激状态的异质性和动态转变 | 研究仅针对HepaRG细胞系,且暴露时间为固定的24小时,可能无法完全反映其他细胞类型或不同时间点的应激响应 | 解码细胞在毒理学相关化学物质暴露下的应激状态,以理解细胞适应性反应与终末结局之间的转变 | HepaRG细胞(约40,000个) | 单细胞转录组学 | 毒理学 | 单细胞转录组测序 | 广义Jaccard度量聚类 | 单细胞转录组数据 | 约40,000个HepaRG细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | TempO-LINC | TempO-LINC平台用于生成单细胞转录组图谱 |
| 94 | 2026-03-10 |
Opposite regulation of intestinal and intrahepatic CD8+ T cells controls alcohol-associated liver disease progression
2025-Jul-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-334412
PMID:40199574
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研究论文 | 本研究探讨了酒精相关性肝病中肠道与肝内CD8+ T细胞的相反调控机制及其对疾病进展的影响 | 揭示了酒精通过影响CD8+ T细胞在肠道和肝脏中的存活与功能,以相反方式调控ALD进展的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本,机制细节需进一步验证 | 阐明肠道与肝内CD8+ T细胞在酒精相关性肝病中的调控作用及治疗潜力 | ALD患者和小鼠模型中的CD8+ T细胞 | 单细胞组学 | 酒精相关性肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | ALD患者和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2026-03-10 |
TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes
2025-02-28, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baaf012
PMID:40036846
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研究论文 | 本研究构建了TcEVdb数据库,通过SEVtras方法从T细胞单细胞RNA测序数据中探索T细胞来源的小细胞外囊泡的表达和聚类 | 首次创建了专门针对T细胞来源小细胞外囊泡的综合性数据库,整合了多项目、多组织来源的单细胞转录组数据,揭示了TcEV的异质性 | 数据库依赖于现有单细胞RNA测序数据的质量和覆盖范围,可能无法完全捕捉所有TcEV亚群 | 探索T细胞来源细胞外囊泡的转录组特征和异质性,以促进基于EV的疾病诊断和治疗研究 | T细胞来源的小细胞外囊泡 | 生物信息学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | SEVtras方法 | 单细胞转录组数据 | 277,265个EV液滴,来自21个项目中的221个样本,涵盖51种T细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 96 | 2026-03-10 |
Renal Cell Type and State Estimation in Brightfield Histology Images: A Pilot Study on Diabetic Nephropathy
2025-Feb, Proceedings of SPIE--the International Society for Optical Engineering
DOI:10.1117/12.3047996
PMID:41799653
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研究论文 | 本研究提出了一种基于机器学习的方法,利用深度学习模型从亮场组织学图像预测肾细胞类型和状态,以增强糖尿病肾病的诊断和预后评估 | 提出了一种两阶段管道,结合图像到文本检索网络和视觉语言模型,利用CONCH模型从亮场图像生成组织病理学文本提示,并预测细胞类型/状态比例,相比仅使用图像输入的模型有显著改进 | 这是一项初步研究,样本可能有限,且仅针对糖尿病肾病样本,未在其他疾病或更大数据集上验证 | 开发一种从亮场组织学图像预测细胞类型和状态的机器学习方法,以弥补传统组织病理学与分子诊断之间的差距 | 糖尿病肾病患者的肾组织样本 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 空间转录组学 | CNN, ViT, ResNet, CONCH | 图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10X Visium 福尔马林固定石蜡包埋全玻片图像 |
| 97 | 2026-03-10 |
ScLineageAtlas: a comprehensive single-cell genomics database for characterizing cellular clones in cancer
2025-01-18, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baaf046
PMID:40996711
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研究论文 | 介绍了一个名为ScLineageAtlas的综合单细胞基因组学数据库,用于表征多种癌症类型中的细胞克隆 | 整合了24个处理过的单细胞RNA测序数据集,涵盖13种不同癌症类型,并利用先进计算方法识别细胞克隆,提供克隆关系和进化动力学的详细视图 | 数据库目前仅包含24个数据集,可能覆盖的癌症类型和样本量有限,且依赖于现有计算方法,可能受算法准确性限制 | 通过表征细胞克隆来研究癌症的起始、发展和治疗机制,促进对肿瘤异质性和进化轨迹的理解 | 多种癌症类型中的细胞克隆,包括单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 24个处理过的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2026-03-10 |
Bayesian Sparse Gaussian Mixture Model for Clustering in High Dimensions
2025, Journal of machine learning research : JMLR
IF:4.3Q2
PMID:41799364
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研究论文 | 本文提出了一种用于高维聚类的贝叶斯稀疏高斯混合模型,并证明了其理论最优性 | 提出了一种计算可行的贝叶斯方法,使用连续尖峰-平板先验估计高维稀疏高斯混合模型,无需预先指定聚类数量,且后验收缩率被证明达到极小极大最优 | 未明确说明模型对极端高维情况(如维度远大于样本量)的适用性,也未讨论计算复杂度随聚类数量增长的具体表现 | 解决高维高斯混合模型聚类问题,特别是在聚类数量随样本量增长时的参数估计与计算挑战 | 高维数据聚类,特别关注聚类中心具有稀疏性的高斯混合模型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯稀疏高斯混合模型 | 基因表达数据 | 未明确指定具体样本量,但包含模拟研究和真实单细胞RNA测序数据集分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2026-03-10 |
PRMT5/WDR77 Enhances the Proliferation of Squamous Cell Carcinoma via the ΔNp63α-p21 Axis
2024-Nov-11, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16223789
PMID:39594744
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研究论文 | 本研究揭示了PRMT5及其结合伴侣WDR77通过稳定ΔNp63α蛋白并抑制p21,从而促进鳞状细胞癌增殖的新机制 | 首次发现PRMT5与WDR77协同通过ΔNp63α-p21轴促进鳞状细胞癌增殖,为该类癌症提供了新的治疗靶点 | NA | 探究PRMT5在鳞状细胞癌增殖中的作用及其分子机制 | 鳞状细胞癌患者数据、癌细胞系、小鼠模型 | 肿瘤生物学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA-seq, RT-qPCR, Western blot, 流式细胞术, MTT法 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞增殖数据 | 来自TCGA和DepMap的鳞状细胞癌患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 100 | 2026-03-10 |
Addressing the mean-variance relationship in spatially resolved transcriptomics data with spoon
2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.04.621867
PMID:39574747
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研究论文 | 本文提出了一种名为spoon的统计框架,用于解决空间转录组学数据中的均值-方差关系偏差,以更准确地识别空间可变基因 | 首次在空间转录组学数据中证明并处理均值-方差关系偏差,采用经验贝叶斯技术进行校正 | 未在摘要中明确说明,可能涉及方法在特定数据类型或条件下的适用性限制 | 改进空间转录组学数据分析中空间可变基因的识别准确性 | 空间转录组学数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 经验贝叶斯统计模型 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |