单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 45138 篇文献,本页显示第 81 - 100 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
81 2026-11-02
High-resolution mri guided whole mouse brain neuronal cell type atlas using deep learning
2026-Jul-07, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 该研究结合高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜数据,通过深度学习生成小鼠全脑神经元细胞类型图谱 首次将高分辨率dMRI与空间转录组学衍生的细胞类型关联,并利用深度学习实现10微米各向同性分辨率的全脑神经元细胞类型图谱生成 dMRI预测细胞类型的能力仍需进一步验证,研究仅针对成年小鼠脑,尚未推广到其他物种或疾病状态 探究dMRI预测细胞类型的能力,并建立高效高分辨率的脑神经元图谱生成策略 成年小鼠全脑 数字病理学 NA 扩散磁共振成像, 三维光片显微镜, 空间转录组学 深度学习 图像, 文本 NA NA 空间转录组学 NA NA
82 2026-11-02
Dissection of mammary cell landscape in ruminal dysbiosis-induced mastitis by single-cell RNA sequencing
2026-Jul-07, NPJ biofilms and microbiomes IF:7.8Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序等技术,解析了瘤胃菌群失调诱导的乳腺炎中乳腺细胞图谱及瘤胃微生物和代谢变化 首次利用单细胞转录组学结合瘤胃宏基因组和非靶向代谢组学,系统揭示瘤胃菌群失调诱导乳腺炎的局部细胞变化和微生物-代谢-宿主信号通路 未明确说明研究的样本量有限,且机制验证可能仅基于关联分析,缺乏功能实验验证 探究瘤胃菌群失调诱导的乳腺炎(RDIM)中负责病理过程的局部细胞变化 患有瘤胃菌群失调诱导的乳腺炎的山羊 单细胞转录组学、微生物组学、代谢组学 乳腺炎 单细胞RNA测序、宏基因组测序、非靶向代谢组学 NA 单细胞转录组数据、宏基因组数据、代谢组数据 NA NA 单细胞RNA-seq、宏基因组测序、非靶向代谢组学 NA NA
83 2026-11-02
Age-associated niche remodeling drives dental pulp progenitor dysfunction and fibrosis
2026-Jul-07, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 该研究整合单细胞RNA测序、空间转录组学、谱系追踪和功能实验,揭示衰老通过微环境重塑驱动牙髓祖细胞功能障碍和纤维化 鉴定了对衰老特别脆弱的Lypd1成纤维祖细胞群体,发现衰老优先影响Lypd1祖细胞而非Sfrp2干细胞,揭示了通过11β-HSD2上调和醛固酮介导的MR信号促进纤维化转化的新机制,并发现巨噬细胞来源的PDGFB通过P38 MAPK信号诱导11β-HSD2 主要基于小鼠切牙模型,人类数据仅为MACS分离的LYPD1细胞的支持性证据,人类牙髓衰老的直接验证有限 研究衰老过程中牙髓微环境重塑如何驱动祖细胞功能障碍和纤维化 小鼠切牙牙髓组织及MACS分离的人LYPD1细胞 单细胞生物学、空间转录组学、再生医学 牙髓纤维化、衰老相关疾病 单细胞RNA测序、空间转录组学、谱系追踪、功能实验、MACS细胞分离 NA 基因表达数据、空间转录组数据、图像 NA NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
84 2026-11-02
Loss of endothelial ZEB1 enhances neovascularisation during choroidal neovascularisation
2026-Jul-07, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析实验性CNV病变,发现血管生成内皮细胞中Zeb1上调,并利用内皮特异性Zeb1敲除小鼠模型评估其在脉络膜新生血管形成中的功能作用 首次揭示ZEB1在CNV中协调血管生成和炎症反应的双重作用,发现其缺失可增强新生血管形成而不促进炎症,提出ZEB1作为wAMD治疗的潜在靶点 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人类患者中验证ZEB1靶向治疗的安全性和有效性 探究内皮细胞中ZEB1在脉络膜新生血管形成(CNV)中的功能作用及其对血管生成和炎症的调控机制 实验性CNV病变小鼠模型及人内皮细胞 数字病理学 年龄相关性黄斑变性 单细胞RNA测序, 转录组分析, 免疫组织化学, 荧光素血管造影 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
85 2026-11-02
Entamoeba histolytica Gal/GalNAc lectin intermediate subunit as a potential driver of inflammation and epithelial damage in intestinal amebiasis
2026-Jul-06, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 该研究通过对C3H/HeNCrl小鼠盲肠感染模型进行单细胞RNA测序,揭示了溶组织内阿米巴Gal/GalNAc凝集素中间亚基Igl通过TLR4/MD2/NF-κB通路驱动巨噬细胞炎症并间接导致肠上皮损伤的机制 首次报道了阿米巴病研究领域的宿主单细胞图谱,并提出Igl通过阿米巴胞外囊泡扩散、经其C3区域结合TLR4共受体MD2启动TLR4/MyD88/NF-κB炎症信号通路的新机制 摘要未明确说明研究的局限性 阐明肠道阿米巴病中炎症反应形成及肠上皮损伤的机制 C3H/HeNCrl小鼠盲肠感染模型及溶组织内阿米巴 单细胞组学 肠道阿米巴病 单细胞RNA测序 NA 文本 C3H/HeNCrl小鼠盲肠组织(具体数量未说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
86 2026-11-02
Macrophage heterogeneity in breast cancer microenvironment and development of a prognostic model: exploring TFF1 as a novel therapeutic target
2026-Jul-04, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 该研究揭示了乳腺癌肿瘤微环境中巨噬细胞的异质性,构建了基于机器学习及巨噬细胞相关基因的预后模型,并确定TFF1为潜在治疗靶点 整合GEO和TCGA单细胞与批量数据,系统刻画乳腺癌相关巨噬细胞异质性;利用多种机器学习算法(含XGBoost、LightGBM)构建并验证预后模型;首次将TFF1确立为与肿瘤侵袭及免疫逃逸密切相关的潜在治疗靶点 摘要未明确说明研究的局限性 阐明乳腺癌肿瘤微环境中的细胞异质性,识别潜在治疗靶点,并构建预后模型以支持个体化治疗 乳腺癌患者 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA测序、ELISA、CCK-8实验、流式细胞术、Western blotting、免疫沉淀 机器学习预后模型、XGBoost、LightGBM、加权基因共表达网络分析 单细胞RNA测序数据、批量基因表达数据、临床数据、图像(实验检测) NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
87 2026-11-02
Exploring the immune landscape and immunotherapy relevance of ER stress-related lncRNAs in melanoma through multi-omics and explainable machine learning
2026-Jun-19, BMC cancer IF:3.4Q2
研究论文 该研究通过多组学和可解释机器学习构建了黑色素瘤中内质网应激相关lncRNA的预后模型,并探讨了其与免疫治疗的相关性 构建了13个ERlncRNA的预后特征模型,结合SHAP分析提高模型可解释性,整合bulk转录组、单细胞RNA测序和实验验证 摘要中未明确提及研究局限性 系统研究黑色素瘤中内质网应激相关lncRNA的预后意义和生物学功能 黑色素瘤患者样本及黑色素瘤细胞系 数字病理学 黑色素瘤 bulk转录组分析、单细胞RNA测序、可解释机器学习、实验验证 可解释机器学习模型(含SHAP分析) 转录组数据、临床数据、图像(单细胞数据) NA NA bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq NA NA
88 2026-11-02
Integrated Transcriptomic and Single-Cell Analyses Identify HILPDA as a Hypoxia-Mediated Regulator of Ferroptotic Signaling in Glioblastoma
2026-Apr-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 该研究整合转录组和单细胞RNA测序分析,探索胶质母细胞瘤中缺氧信号与铁死亡相关基因特征的关系,并鉴定HILPDA为缺氧介导的铁死亡信号调控因子 首次通过整合转录组和单细胞分析揭示HILPDA作为缺氧介导的铁死亡信号调控因子,并发现其与铁-ROS轴组分及免疫微环境改变的关联 研究主要基于转录组关联分析,缺乏功能验证实验;结构方程模型仅提示中介关系而非因果机制 探究胶质母细胞瘤中缺氧信号与铁死亡相关基因特征之间的关系 胶质母细胞瘤患者肿瘤样本 数字病理学 胶质母细胞瘤 转录组测序, 单细胞RNA测序 结构方程模型 转录组数据, 单细胞转录组数据 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 NA NA
89 2026-11-02
Single-Cell Transcriptomic Profiling of Ectopic ACTH-Secreting Pheochromocytoma Reveals the Chromaffin Cell Origin of Ectopic Hormone Production
2026-Apr-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 该研究对三例异位ACTH分泌性嗜铬细胞瘤患者的肿瘤及邻近肾上腺组织进行单细胞转录组测序,揭示表达POMC的嗜铬细胞可能是异位ACTH的来源 首次提供异位ACTH分泌性嗜铬细胞瘤的单细胞转录组图谱,并提出表达POMC的嗜铬细胞是异位ACTH产生的细胞来源,同时揭示代谢重编程和免疫调节相关的转录特征 样本量较小,仅基于三例患者,结论需要更大规模的队列研究验证 探究异位ACTH分泌性嗜铬细胞瘤中ACTH的细胞来源及肿瘤的分子特征 三例异位ACTH分泌性嗜铬细胞瘤患者的肿瘤标本及邻近肾上腺组织 数字病理学 嗜铬细胞瘤 单细胞RNA测序 NA 文本 三例患者的肿瘤标本及邻近肾上腺组织 NA 单细胞RNA测序 NA NA
90 2026-11-02
Single-Cell Immune Atlases to Map Small Extracellular Vesicle Cargo in Tuberculosis-Diabetes Comorbidity: A Narrative Review and Conceptual Roadmap
2026-Apr-11, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
综述 本文是一篇叙述性综述,提出利用单细胞和多模态免疫参考图谱将小细胞外囊泡货物与结核病-糖尿病共病中的特定免疫细胞状态相关联的概念路线图 提出将单细胞免疫图谱作为支架,把EV货物模式投射到图谱定义的免疫细胞状态上,并系统阐述三种互补框架:参考图谱锚定、正交三角验证、以及谨慎使用液滴时代细胞外信号作为假设生成先验 大多数EV研究仍是批量且细胞不可知的,受限于异质性囊泡混合物、选择性货物包装和共分离的非囊泡污染物;核酸相关结论缺乏严格对照;属于概念性路线图,尚未提供实验验证数据 探讨如何利用单细胞和多模态免疫参考图谱将小细胞外囊泡货物模式与结核病-糖尿病共病中的特定免疫细胞状态、通路和解剖区域相关联,以发现细胞来源分辨的生物标志物和宿主导向干预靶点 结核病-糖尿病共病患者,以及血浆和支气管肺泡灌洗液中的小细胞外囊泡 单细胞组学、数字病理学、免疫学 结核病、糖尿病 scRNA-seq, CITE-seq, 小细胞外囊泡分离与货物分析 NA 文本、单细胞转录组数据、蛋白质数据、RNA数据 NA NA single-cell RNA-seq, single-cell multi-omics NA NA
91 2026-11-02
FURIN Stimulates NOTCH2 and NOTCH3 Pathways, Leading to Return of Function in Aged Cells
2026-Apr-01, Life (Basel, Switzerland)
研究论文 该研究探讨了FURIN在衰老过程中对NOTCH2/3信号通路及肌肉再生能力的影响 揭示了FURIN通过激活NOTCH2和NOTCH3通路部分恢复衰老细胞的肌源性分化功能,提出FURIN作为衰老相关肌肉功能下降的潜在调控靶点 研究主要基于公共scRNA-seq数据的生物信息学分析和体外C2C12细胞模型,缺乏体内实验验证和临床样本支持 探究年龄相关的FURIN下调是否导致NOTCH2/3信号受损及肌源性功能障碍 C2C12成肌细胞(早期和晚期传代)及GTEx公共scRNA-seq数据 衰老生物学、肌肉再生 老年性疾病、肌肉衰减 单细胞RNA测序、生物信息学分析、细胞转染、免疫荧光 NA 基因表达数据、图像 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
92 2026-11-02
singIST: An integrative method for comparative single-cell transcriptomics between disease models and humans
2026-03, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出一种用于疾病模型与人类条件之间比较单细胞转录组学的计算方法singIST,并在特应性皮炎和化脓性汗腺炎模型中验证 提供可解释的定量度量,在通路、细胞类型和基因水平上评估疾病模型与人类参考的相似性,统一框架中考虑基因直系同源、细胞类型存在性、细胞类型和基因重要性以及基因水平倍数变化,并控制单细胞数据的内在复杂性 未明确提及 开发一种可解释且可推广的计算方法,在单细胞分辨率上定量评估疾病模型与人类疾病的分子相似性 三种充分表征的小鼠疾病模型(中度至重度特应性皮炎)、化脓性汗腺炎的人体病变与离体皮肤外植体(有或无CD3/CD28刺激) 单细胞转录组学 特应性皮炎, 化脓性汗腺炎 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
93 2026-11-02
BiCLUM: Bilateral contrastive learning for unpaired single-cell multi-omics integration
2026-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出BiCLUM,一种双向对比学习方法,用于整合未配对的单细胞多组学数据,同时在细胞层面和特征层面进行跨模态对齐 采用双向对比学习框架,同时强制细胞层面和特征层面的对齐;利用先验基因组知识将一种模态(如scATAC-seq)转换到另一种模态(如scRNA-seq)的数据空间,实现未配对数据的跨模态整合 摘要中未明确说明研究局限性 解决未配对单细胞多组学数据整合的挑战,实现跨模态的细胞和特征对齐,并保留生物学上有意义的调控关系 单细胞多组学数据,包括scRNA-seq、scATAC-seq和CITE-seq数据 单细胞多组学 NA scRNA-seq, scATAC-seq, CITE-seq 双向对比学习 单细胞多组学数据(基因表达、染色质可及性、蛋白质丰度) NA NA scRNA-seq, scATAC-seq, CITE-seq NA NA
94 2026-11-02
SpaLSTF: Diffusion-based generative model with BiLSTM and XCA-Transformer for spatial transcriptomics imputation
2026-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出基于条件扩散模型的空间转录组数据插补方法SpaLSTF,利用scRNA-seq数据指导,结合BiLSTM和XCA-Transformer提升基因表达预测 采用双马尔可夫过程的条件扩散模型,结合BiLSTM建模细胞状态上下文依赖,设计XCA-Transformer高效计算基因表达间注意力,引入KL散度正则化确保噪声分布 未明确说明 克服空间转录组数据稀疏性和基因检测不全的问题,提高基因表达插补准确性 空间转录组数据(ST)和单细胞RNA测序数据(scRNA-seq) 空间转录组学 NA 空间转录组学, 单细胞RNA测序 条件扩散模型, BiLSTM, Transformer 基因表达数据 十二个跨平台数据集,涵盖多种组织和器官 NA 空间转录组学, 单细胞RNA-seq NA NA
95 2026-11-02
A comparative study of statistical methods for identifying differentially expressed genes in spatial transcriptomics
2026-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 本文提出并比较了基于广义估计方程(GEE)的统计方法,用于空间转录组数据中的差异表达基因分析,并与Wilcoxon秩和检验和z检验进行了系统比较 首次将广义估计方程(GEE)框架引入空间转录组差异表达分析,提出独立GEE检验以有效纳入空间相关性,克服了Wilcoxon检验忽视空间相关导致假阳性率膨胀的问题 研究主要基于模拟数据和有限的实际数据集(乳腺癌和前列腺癌),未涵盖其他癌症类型或组织类型;独立GEE检验在某些情况下可能不如其他方法灵活 系统比较不同统计方法在空间转录组差异表达分析中的性能,提出更稳健的统计方法以控制假阳性率并保持检验效能 空间转录组数据,包括模拟数据和乳腺癌、前列腺癌的实际空间转录组数据集 空间转录组学 乳腺癌, 前列腺癌 空间转录组测序 广义估计方程(GEE) 基因表达矩阵及空间坐标数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
96 2026-11-02
Learning collective multicellular dynamics with an interacting mean field neural SDE model
2026-01, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 本文提出了scIMF,一种基于McKean-Vlasov随机微分方程框架的单细胞深度生成交互平均场模型,用于学习多细胞集体动力学并捕捉细胞间相互作用 首次将McKean-Vlasov随机微分方程框架引入单细胞深度生成模型,结合细胞级注意力机制高效捕捉非局部和非对称的细胞间相互作用,能够重建高维空间中复杂的细胞间关系并推断非互易的相互作用模式 摘要中未提及明显局限性 解决现有细胞动力学计算方法难以整合细胞间相互作用的问题,实现对异质多细胞系统集体动力学的建模 时间序列单细胞RNA测序数据中的多细胞系统 计算生物学、单细胞分析 NA 时间序列单细胞RNA测序(scRNA-seq) 深度生成模型、McKean-Vlasov随机微分方程、注意力机制 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
97 2026-11-02
AugGCL: Multimodal graph learning for spatial transcriptomics analysis with enhanced gene and morphological data
2026-01, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出AugGCL增强图卷积学习框架,联合建模基因表达与形态学图像以解码空间转录组数据的空间域结构 整合表达相似性与空间邻近性构建加权图和增强表达矩阵;采用双流加权图卷积网络联合建模基因特征与图像形态学信息;引入图像感知辅助重建增强弱空间信号并锐化边界 仅在有限的几个数据集上验证,未在更大规模和更多组织类型中评估;框架依赖图像数据质量,未讨论无配对图像时的适用性 解决空间转录组中表达稀疏、复杂组织结构和弱空间信号导致的空间域重建难题 人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌、小鼠胚胎的空间转录组数据集 空间转录组学、数字病理学、图机器学习 乳腺癌 空间转录组测序、组织学图像分析 图卷积网络(GCN)、双流加权图卷积网络 基因表达数据、图像 NA NA 空间转录组学 NA NA
98 2026-11-02
SpaConTDS: A multimodal contrastive learning framework for identifying spatial domains by applying tuple disturbing strategy
2026-01, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出了一种整合强化学习与自监督多模态对比学习的框架SpaConTDS,通过数据增强和伪标签元组扰动策略生成正负样本,用于空间转录组数据的空间域识别 将强化学习与自监督多模态对比学习相结合,提出伪标签元组扰动策略生成正负样本,动态优化超参数,无需先验对齐即可整合多个组织切片并校正批次效应 未明确说明 实现多模态空间转录组数据的准确空间域识别,并支持去噪、轨迹推断、UMAP可视化等下游分析 多模态空间转录组数据及多个组织切片 空间转录组学 NA 多模态空间转录组学 对比学习, 强化学习 多模态空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
99 2026-11-02
Add-on sirolimus in refractory iMCD-TAFRO: a TAFRO-enriched 8-patient case series with paired single-cell profiling
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本文报道了8例难治性iMCD-TAFRO患者接受附加西罗莫司治疗的病例系列,并结合配对单细胞RNA测序进行探索性分析 首次在TAFRO富集的难治性iMCD患者中评估附加西罗莫司的疗效,并配对进行单细胞RNA测序分析免疫细胞变化 样本量极小,置信区间宽,疗效估计对缓解定义敏感,结果为假设生成性 评估附加西罗莫司在难治性iMCD-TAFRO中的疗效和安全性 8例难治性iMCD或TAFRO综合征患者(iMCD-TAFRO 6例,iMCD-NOS 1例,无iMCD的TAFRO综合征1例) 临床医学 iMCD-TAFRO 单细胞RNA测序 NA 临床数据,单细胞转录组数据 8例患者,其中1例进行配对单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA-seq NA NA
100 2026-11-02
Association of CDKN2A overexpression with poor prognosis, radioresistance, and immunosuppression in colorectal cancer
2026, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 该研究探讨了结直肠癌中CDKN2A过表达与预后不良、放疗抵抗及免疫抑制的关联 揭示了CDKN2A过表达与结直肠癌放疗抵抗、免疫抑制微环境及不良预后的关联,并发现抑制CDKN2A可增强放疗效果 仍需更多实验和临床研究来验证并进一步区分结肠癌与直肠癌之间的异同 探索CDKN2A表达与结直肠癌放疗效果之间的关联并研究其潜在机制 结直肠癌患者肿瘤样本及HCT 116细胞系 数字病理学 结直肠癌 转录组测序,单细胞转录组分析,免疫组织化学 NA 文本,图像 NA NA bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq NA NA
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