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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
81 2026-04-14
Pan-cancer macrophage atlas uncovers that MHC-IIhigh TAMs induce Treg activation through physical interactions
2026-Apr-10, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 本研究通过整合10种癌症类型的单细胞RNA-seq数据,揭示了肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)在肿瘤微环境中通过MHC-II介导抗原呈递并激活调节性T细胞(Tregs)的新机制 首次在泛癌层面系统描绘了巨噬细胞的抗原呈递功能,挑战了树突状细胞是肿瘤微环境中主要抗原呈递细胞的传统观点,并发现MHC-II高表达的TAMs通过物理接触直接激活Tregs 研究主要基于单细胞转录组数据,功能验证主要在肺癌小鼠模型中进行,其他癌症类型的体内验证尚不充分 探究肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的抗原呈递功能及其对免疫调节的影响 10种癌症类型的肿瘤样本、肺癌小鼠模型、接受免疫治疗的临床患者数据集 肿瘤免疫学 泛癌研究(包括肺癌、乳腺癌、结直肠癌等10种癌症) 单细胞RNA-seq NA 单细胞转录组数据 10种癌症类型的多中心样本集合 NA 单细胞RNA-seq NA NA
82 2026-04-14
Psoriatic arthritis monocyte DNA methylomes bridge joint and skin inflammatory pathways across rheumatoid arthritis and psoriasis
2026-Apr-10, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1
研究论文 本研究通过分析类风湿关节炎、银屑病关节炎和银屑病患者的单核细胞DNA甲基化组,揭示了这些免疫介导炎症性疾病之间共享和特异的表观遗传特征 首次系统比较了RA-PsA-PsO谱系中单核细胞的DNA甲基化特征,并整合单细胞转录组数据验证表观遗传发现,揭示了PsA作为连接关节和皮肤炎症的双重分子状态 研究主要基于外周血单核细胞,可能未完全反映组织局部免疫环境;样本量未明确说明 探究免疫介导炎症性疾病(特别是RA、PsA和PsO)共享和疾病特异性的表观遗传驱动因素 类风湿关节炎、银屑病关节炎、银屑病、未分化关节炎患者及健康对照者的外周血单核细胞 表观遗传学 类风湿关节炎、银屑病关节炎、银屑病 全基因组DNA甲基化分析、单细胞RNA测序 NA DNA甲基化数据、单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
83 2026-04-14
RA and PsA synovial tissue single-cell analysis demonstrates differential fibroblast populations with distinct phenotypes and functional capacities
2026-Apr-10, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析,揭示了类风湿关节炎和银屑病关节炎中成纤维样滑膜细胞的不同亚群及其功能特性 首次在单细胞水平上系统比较了RA和PsA中FLS的异质性,并识别出与疾病特异性相关的功能亚群,特别是通过Hippo信号通路分析揭示了RA的潜在致病机制 研究样本量相对有限,且主要基于体外分析,需要进一步在体实验验证这些亚群的功能 比较类风湿关节炎和银屑病关节炎中成纤维样滑膜细胞的表型和功能差异 类风湿关节炎和银屑病关节炎患者的滑膜组织细胞 单细胞组学 关节炎 单细胞RNA测序, 流式细胞术, ELISA, qPCR, 代谢分析 NA 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 未明确样本数量,但涉及RA和PsA患者的滑膜细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
84 2026-04-14
Aquaporin 4 knockdown alleviates traumatic brain edema and reduces neuronal axonal growth cone collapse via the RhoA/ROCK pathway
2026-Apr-10, Neurobiology of disease IF:5.1Q1
研究论文 本研究探讨了降低水通道蛋白4(AQP4)表达对减轻创伤性脑损伤(TBI)后脑水肿及通过RhoA/ROCK通路减少神经元轴突生长锥塌陷的作用 首次通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)揭示了AQP4表达下调可减少星形胶质细胞分泌Sema3A,进而通过RhoA-ROCK通路缓解神经元轴突生长锥塌陷,阐明了AQP4影响神经元修复的新机制 研究主要基于小鼠模型,其结论在人体中的适用性仍需进一步验证;机制研究虽揭示了Sema3A/RhoA/ROCK通路,但可能还存在其他未探明的信号途径 阐明AQP4表达调控对TBI后脑水肿及神经元修复的影响,探索其神经保护作用机制 创伤性脑损伤(TBI)小鼠模型、星形胶质细胞、神经元 神经科学 创伤性脑损伤 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、纵向DTI-MRI扫描 动物模型(小鼠) 基因表达数据、神经影像数据 TBI小鼠模型(具体数量未在摘要中明确说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
85 2026-04-14
Targeting the NSUN5-circPPAP2A axis reverses immunosuppression and sensitizes renal cell carcinoma to anti-PD-1 therapy
2026-Apr-10, Cancer letters IF:9.1Q1
研究论文 本研究揭示了NSUN5/circPPAP2A/YBX1轴通过激活HIF-2α信号和诱导免疫抑制,在肾透明细胞癌中发挥关键作用,并提出了靶向该轴以克服对HIF-2α靶向疗法和抗PD-1免疫疗法双重耐药的新策略 首次发现NSUN5/circPPAP2A/YBX1轴作为表观遗传回路,协调激活HIF-2α信号并诱导免疫抑制,不同于以往专注于mRNA的研究 NA 识别肾透明细胞癌中关键的m5C调控因子,并确定其临床意义,特别是对circRNA的调控作用 肾透明细胞癌(ccRCC) 数字病理学 肾癌 m5C-MeRIP-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, RIP, RNA pull-down, ChIP-qPCR NA RNA测序数据, 空间转录组数据, 临床样本数据 TCGA、ICGC和SYSU队列的临床样本 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
86 2026-04-14
Identifying mitochondria-related signatures for tuberculosis diagnosis through machine learning on single-cell transcriptomics data and experimental verification
2026-Apr-10, Microbial pathogenesis IF:3.3Q2
研究论文 本研究通过整合微阵列和单细胞转录组数据,识别了与线粒体相关的基因特征,并构建了一个基于血液的机器学习诊断模型,用于区分活动性结核病 首次结合单细胞转录组学数据和机器学习方法,从单核细胞谱系中鉴定出线粒体相关基因作为结核病诊断的生物标志物,并构建了一个仅包含三个基因的高效诊断模型 研究主要基于公共数据库和细胞模型,临床验证队列样本量相对有限,需要在更广泛的人群中进行前瞻性验证 开发一种可靠的非痰液基结核病早期诊断工具 活动性结核病患者、潜伏性结核感染者和健康对照者的基因表达数据,以及H37Rv感染的THP-1细胞模型 机器学习 结核病 微阵列,单细胞RNA测序,定量PCR LASSO, SVM-RFE, 支持向量机 基因表达数据 训练集125例,验证集30例,测试集GSE54992 15例,GSE34608 26例,独立临床队列52例 NA 单细胞RNA-seq NA NA
87 2026-04-14
Circadian-driven transcriptional programs govern metastatic progression
2026-Apr-10, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1
综述 本文综述了昼夜节律如何通过调控肿瘤微环境(TME)成分来影响转移进程 整合了单细胞RNA-seq和活体成像数据,揭示了昼夜节律扰动(如时差反应或CRY1敲除)如何改变TME中的细胞因子网络、缺氧反应和代谢共生,从而识别了时间治疗靶点 关于TME分子机制的细节尚未完全阐明 探讨昼夜节律在肿瘤转移进程中的作用机制 肿瘤微环境(TME)成分,包括细胞外基质、基质细胞(如癌症相关成纤维细胞、巨噬细胞)和免疫细胞 肿瘤生物学 癌症 单细胞RNA-seq, 活体成像 NA 转录组数据, 成像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
88 2026-04-14
A simple cell-cycle control system in Marchantia polymorpha provides a framework for understanding plant cell proliferation
2026-Apr-09, The Plant cell
研究论文 本研究通过系统发育分析和单细胞RNA测序,揭示了地钱(Marchantia polymorpha)中简单且非冗余的细胞周期控制系统,为理解植物细胞增殖及其进化提供了框架 首次在非种子植物(地钱)中揭示了简化的细胞周期基因系统,证明了种子植物中的复杂性是衍生特征,并通过活体成像和功能研究明确了核心周期蛋白在细胞周期各阶段的具体作用 研究主要聚焦于地钱的营养配子体阶段,对孢子体或其他植物类群的细胞周期控制系统的普适性验证尚不充分 探究早期陆生植物祖先的细胞周期控制系统,理解植物细胞增殖的进化机制 地钱(Marchantia polymorpha)的细胞周期基因及其调控机制 植物生物学 NA 系统发育分析,单细胞RNA-seq,活体成像 NA 基因序列数据,单细胞转录组数据,荧光成像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
89 2026-04-14
Identification of immune cell type-specific susceptibility genes in multiple cancers using transcriptome-wide association studies
2026-Apr-09, Journal of the National Cancer Institute
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序数据和GWAS汇总统计,通过细胞类型特异性转录组范围关联研究(TWAS)方法,识别了多种癌症中免疫细胞类型特异性的易感基因 开发了一个整合跨细胞类型共享基因表达效应的建模框架,提高了预测准确性,并首次在多种癌症中系统性地进行了细胞类型特异性TWAS分析 研究依赖于公开的GWAS汇总统计数据,可能受到样本异质性和人群特异性的影响;单细胞数据主要来自OneK1K队列,细胞类型覆盖可能不完全 通过细胞类型特异性TWAS增强癌症易感基因的识别能力,并解析癌症病因中的免疫景观 七种癌症(乳腺癌、前列腺癌、肺癌、黑色素瘤、卵巢癌、弥漫性大B细胞淋巴瘤)的易感基因 生物信息学 多种癌症 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组范围关联研究(TWAS)、全基因组关联研究(GWAS) 细胞类型特异性预测模型 基因表达数据、GWAS汇总统计数据 OneK1K队列(127万个细胞,14种免疫细胞类型);七种癌症GWAS数据(总计超过29万病例);肺癌验证数据(113个个体) NA 单细胞RNA-seq NA NA
90 2026-04-14
Investigating the potential risk of nicotine exposure on glioblastoma: Integrating Mendelian randomization and network toxicology analysis
2026-Apr-09, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
研究论文 本研究整合孟德尔随机化和网络毒理学分析,探讨尼古丁暴露对胶质母细胞瘤的潜在风险 首次结合孟德尔随机化与网络毒理学方法,系统评估血清可替宁(尼古丁代谢物)与胶质母细胞瘤的因果关系,并识别核心靶点基因 研究依赖于公开数据库数据,可能存在样本选择偏倚;未进行实验验证核心靶点的功能机制 探究尼古丁暴露与胶质母细胞瘤风险之间的关联 胶质母细胞瘤(GBM)患者数据及尼古丁相关靶点基因 生物信息学 胶质母细胞瘤 孟德尔随机化、网络毒理学分析、机器学习、分子对接、结构动力学分析 机器学习(未指定具体模型) 基因表达数据、单细胞测序数据 NA CNGB 单细胞测序 NA CNGB单细胞测序数据库
91 2026-04-14
Robust integration and annotation of single-cell and spatial omics data using interpretable gene programs
2026-Apr-08, Cell genomics IF:11.1Q1
研究论文 本文介绍了一个名为SSpMosaic的计算框架,该框架利用可解释的基因程序作为通用锚点,实现了单细胞和空间组学数据的稳健整合与注释 提出了以元程序(跨数据集对齐的高阶基因程序表示)作为生物学状态表示的通用锚点,实现了跨批次、模态和物种的一致且准确的整合,并支持无需参考数据的空间特征描述 NA 开发一个计算框架,以解决单细胞和空间组学数据整合与注释中的挑战,并实现跨尺度的空间转录组学解卷积 单细胞和空间组学数据,包括单核转录组学、染色质可及性和空间转录组学数据 计算生物学 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞ATAC-seq 基于元程序的迁移学习框架 转录组数据, 染色质可及性数据, 空间转录组数据 NA 10x Genomics, NanoString 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞ATAC-seq 10x Visium, CosMx, Visium HD 10x Visium(spot级), CosMx/Visium HD(亚细胞级)
92 2026-04-14
Microbial single-cell omics in situ
2026-Apr-08, Cell genomics IF:11.1Q1
研究论文 本文介绍了一种利用激光诱导前向转移技术,在复杂样本中获取高质量微生物单细胞基因组或转录组的方法 采用激光诱导前向转移技术,实现了对复杂样本中微生物单细胞的高质量基因组或转录组分析,并能直接分析邻近细菌或宿主细胞的相互作用 NA 开发一种可扩展且精确的单细胞方法,以深入理解微生物种群及其与宿主的单细胞相互作用 小鼠肠道、人类唾液和肿瘤切片等复杂样本中的微生物单细胞 单细胞组学 结直肠癌 激光诱导前向转移技术 NA 基因组、转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
93 2026-04-14
Deoxynivalenol drives liver injury progression by dysregulating core molecular networks: integrated multi-omics, network toxicology and molecular docking analysis
2026-Apr-08, Environment international IF:10.3Q1
研究论文 本研究通过整合多组学、网络毒理学和分子对接分析,揭示了脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)通过失调核心分子网络驱动肝损伤进展的机制 首次整合公共转录组数据集、单细胞RNA-seq数据和毒理基因组学数据,结合分子对接和细胞热位移分析,系统解码DON诱导肝损伤的致病网络,并识别出五个核心枢纽基因 研究主要基于公共数据集和体外/体内模型验证,人类直接临床证据有限,且DON暴露的长期效应和个体差异需进一步探索 解码脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)在慢性肝病进展至肝硬化和肝细胞癌中的致病网络 脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)诱导的肝损伤,涉及人类肝细胞(THLE-2)和小鼠模型 生物信息学与毒理学 肝病 转录组学、单细胞RNA-seq、毒理基因组学、分子对接、细胞热位移分析(CETSA) 机器学习建模 转录组数据、单细胞RNA-seq数据 整合多个公共数据集(GSE139602、GSE25097、GSE136103、GSE149614),并进行体外和体内验证 NA 单细胞RNA-seq NA NA
94 2026-04-14
A Potential Target for Suppressing Pancreatic Cancer: PDGFRB Regulated by DNA Methylation
2026-Apr-08, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3
研究论文 本研究通过整合孟德尔随机化分析、蛋白质数量性状位点和单细胞RNA测序数据,揭示了PDGFRB基因表达通过DNA甲基化位点cg11042320调控胰腺癌风险的因果路径 首次采用整合pQTLs、mQTLs和单细胞数据的孟德尔随机化框架,识别出PDGFRB作为胰腺癌保护因子及其上游甲基化调控机制,并量化了甲基化介导效应(97.62%) 研究依赖于公共数据库的汇总数据,缺乏实验验证;样本主要基于欧洲人群,需多族群验证;未涉及具体治疗干预效果评估 探究DNA甲基化和蛋白质数量性状位点在胰腺癌发展中的因果作用,寻找潜在治疗靶点 胰腺癌风险相关的基因表达与表观遗传调控机制 生物信息学 胰腺癌 孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、中介分析 逆方差加权法、敏感性分析模型 基因组关联研究数据、表观基因组数据、单细胞转录组数据 GWAS数据476,245例、GoDMC数据27,750例、pQTL研究35,559例 NA 单细胞RNA-seq NA NA
95 2026-04-14
SA2E: spatial-aware auto-encoder for cell type deconvolution of spatial transcriptomics data
2026-Apr-07, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文提出了一种空间感知的自编码器框架(SA2E),用于空间转录组学数据的细胞类型去卷积,无需预定义的细胞类型生物标志物 SA2E通过空间正则化自编码器学习潜在点表示,并利用模拟数据进行监督预训练,从而在无需预定义标记基因的情况下实现细胞类型去卷积 未在摘要中明确提及 开发一种无需预定义细胞类型生物标志物的空间转录组学数据细胞类型去卷积方法 空间转录组学数据和单细胞RNA-seq数据 空间转录组学 NA 空间转录组学,单细胞RNA-seq 自编码器 基因表达数据和空间位置数据 NA NA 空间转录组学,单细胞RNA-seq NA NA
96 2026-04-14
Hypergraph representations of single-cell RNA sequencing data for improved cell clustering
2026-Apr-07, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文提出了一种将单细胞RNA测序数据表示为超图的新方法,并开发了两种新颖的聚类算法,以改进细胞类型聚类 首次将scRNA-seq数据表示为超图以捕获高阶信息,并提出了两种新的超图随机游走聚类算法(DIPHW和CoMem-DIPHW),后者整合了单细胞表达超图与基因共表达、细胞共表达网络 未明确说明算法在超大规模数据集上的计算效率,也未讨论对批次效应等常见scRNA-seq数据问题的处理能力 改进单细胞RNA测序数据的细胞类型聚类分析 单细胞RNA测序数据 机器学习 肺癌 单细胞RNA测序 超图随机游走算法(DIPHW, CoMem-DIPHW) 基因表达矩阵 多个真实世界数据集(人胰腺、小鼠胰腺、人脑、小鼠脑组织)和模拟数据,包括人肺腺癌细胞系 NA 单细胞RNA-seq NA NA
97 2026-04-14
GRNFormer: accurate gene regulatory network inference using graph transformer
2026-Apr-07, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文提出了一种名为GRNFormer的通用图变换器框架,用于从跨物种、细胞类型和平台的转录组学数据中准确推断基因调控网络 GRNFormer整合了基于变换器的基因表达编码器与变分图自编码器,并采用TF-Walker子图采样策略,有效捕获基因调控相互作用,无需细胞类型注释或先验调控信息 NA 解决从单细胞转录组学数据中推断基因调控网络的挑战,包括数据稀疏性、高维度和缺乏可扩展、可泛化的推理模型 基因调控网络,涉及人类胚胎干细胞中的多能性回路和外围血单核细胞中的免疫细胞模块 计算生物学 NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq 图变换器,变分图自编码器 转录组学数据 NA NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
98 2026-04-14
Glial dynamics in brain aging: Cellular heterogeneity and regional vulnerability
2026-Apr-07, Progress in neurobiology IF:6.7Q1
综述 本文综述了大脑衰老过程中胶质细胞的动态变化,包括其细胞异质性、区域脆弱性、分子机制及治疗策略 整合单细胞转录组学、空间基因组学和功能成像技术,系统揭示了胶质细胞在衰老中的异质性变化及其对认知功能障碍的主动驱动作用 作为综述文章,未提供原始实验数据,且胶质细胞区域脆弱性的具体机制仍需进一步研究 探讨大脑衰老过程中胶质细胞的动态变化及其在认知衰退和神经退行性疾病中的作用 胶质细胞(包括小胶质细胞、星形胶质细胞和少突胶质细胞) 神经科学 神经退行性疾病 单细胞转录组学, 空间基因组学, 功能成像 NA 转录组数据, 空间数据, 成像数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
99 2026-04-14
AR and ITGAL: Key Mediators of Andrographis paniculata's Anti-Psoriatic Effects Revealed by Multi-Omics Analysis
2026-Apr-07, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3
研究论文 本研究通过多组学分析揭示了穿心莲抗银屑病作用的关键介质AR和ITGAL 结合计算预测与体外实验验证,首次系统识别了穿心莲活性成分脱氢穿心莲内酯的抗银屑病作用靶点AR和ITGAL 研究主要基于计算分析和体外细胞模型,缺乏体内动物实验或临床数据验证 探究穿心莲抗银屑病的分子作用机制 穿心莲的活性成分及其在银屑病中的潜在靶点 多组学分析 银屑病 单细胞RNA测序, 分子对接, 体外细胞模型 NA 基因表达数据, 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
100 2026-04-14
Integrative Machine Learning and Structural Modeling Identify Multitarget Therapeutic Candidates for Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2026-Apr-07, ACS omega IF:3.7Q2
研究论文 本研究开发了一个整合计算框架,结合机器学习、单细胞转录组学、遗传因果推断和结构建模,以优先考虑针对特发性肺纤维化的多靶点治疗候选药物 整合了机器学习、单细胞转录组学、遗传因果推断和结构建模,系统性地识别多靶点治疗候选药物,并提供了结构层面的支持 未在实验模型中验证预测的化合物活性,且依赖于现有分子活性数据集的完整性 开发一个整合计算框架,优先考虑针对特发性肺纤维化的多靶点治疗候选药物 特发性肺纤维化相关的13种受体酪氨酸激酶及其潜在活性化合物 机器学习 特发性肺纤维化 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 共定位分析, 分子对接, 分子动力学模拟 机器学习模型 分子活性数据, 单细胞转录组数据, 遗传数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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