单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 35473 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-01-22 |
Natural progression of glioma enhances functional connection with the cerebral cortex through synaptogenesis
2026-Jan-04, NeuroImage. Clinical
DOI:10.1016/j.nicl.2026.103942
PMID:41506055
|
研究论文 | 本研究通过结合多灶性胶质瘤患者的功能磁共振成像分析和胶质瘤小鼠单细胞RNA测序数据，系统探索了胶质瘤的自然进展轨迹 | 首次通过多模态、跨尺度方法揭示胶质瘤自然进展中与大脑皮层的功能超连接性及其背后的突触发生分子机制 | 样本量有限，仅包括24名多灶性胶质瘤患者和胶质瘤小鼠模型数据，缺乏未治疗患者的纵向临床样本 | 理解胶质瘤的自然进展机制以改善临床管理 | 多灶性胶质瘤患者和胶质瘤小鼠模型 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 功能磁共振成像（fMRI），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 图像，基因表达数据 | 24名多灶性胶质瘤患者和胶质瘤小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2026-01-22 |
Analyzing cell-type-specific isoform expression using IsoDiffR and long-read single-cell RNA sequencing
2026-Jan-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf664
PMID:41400872
|
研究论文 | 本文介绍了IsoDiffR工具，用于分析长读长单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性RNA异构体表达 | 开发了IsoDiffR这一专门针对长读长单细胞RNA测序的异构体分析工具，支持成对和多细胞类型比较，能识别传统方法无法检测的细胞类型特异性异构体 | 未明确提及工具的计算效率、适用范围或与其他平台的兼容性等具体限制 | 开发并验证一种用于分析长读长单细胞RNA测序中RNA异构体表达差异的工具 | 猕猴角膜缘和人类前额叶皮层的长读长单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 长读长单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确指定样本数量，涉及猕猴和人类组织数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 83 | 2026-01-22 |
Single-Cell transcriptomic analysis reveals distinct cellular and molecular signatures of human oral mucosa and skin
2026-Jan-02, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-06007-x
PMID:41483202
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序比较了人类口腔黏膜和皮肤在稳态条件下的细胞和分子特征，揭示了它们在伤口愈合差异中的潜在机制 | 首次在稳态条件下对人类口腔黏膜和皮肤进行单细胞转录组比较，构建了全面的单细胞转录组图谱，并直接比较了两种组织的细胞组成、基因表达谱和细胞间通讯 | 数据来源于未受伤组织，因此推测的伤口愈合机制需要进一步在损伤模型中验证 | 探索口腔黏膜伤口愈合更快且疤痕更少的细胞和分子基础 | 来自同一供体的配对、未受伤的人类口腔黏膜和皮肤组织 | 单细胞组学 | 伤口愈合 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），RT-PCR | NA | 单细胞转录组数据 | 来自不同年龄和性别组的自体及同种异体样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 84 | 2026-01-22 |
Designing 5' UTR sequences improves the capacity of mRNA therapeutics in preclinical models of aging and obesity
2026-Jan-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.12.060
PMID:41485049
|
研究论文 | 本研究通过设计5' UTR序列，在衰老和肥胖小鼠模型中提高了mRNA疗法的治疗潜力 | 发现RPL18、RPL35和RPS9的5' UTR能增强合成mRNA的蛋白质输出，特别是在高活性氧水平细胞中，且独立于其末端寡嘧啶基序 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 探索5' UTR序列设计对mRNA疗法在衰老和肥胖模型中的治疗潜力提升 | 小鼠模型（衰老和肥胖）、人类和小鼠细胞 | 生物信息学 | 衰老和肥胖 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、核糖体分析、交联免疫沉淀测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2026-01-22 |
Multi-omics data mining reveals macrophage-mediated effects of cathepsin B on esophageal adenocarcinoma risk
2026-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.149423
PMID:41349740
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学方法，揭示了组织蛋白酶B通过调节巨噬细胞表型影响食管腺癌风险的因果机制 | 首次采用整合多组学方法（包括孟德尔随机化、转录组关联研究、单细胞RNA测序和单细胞表达数量性状位点分析）系统阐明CTSB通过巨噬细胞清道夫受体调控巨噬细胞表型从而影响食管腺癌风险的因果路径 | 研究主要基于西方人群数据，结论在其他人群中的普适性有待验证；实验验证部分主要依赖免疫组化，后续需要更多功能实验支持 | 探究组织蛋白酶家族与食管腺癌的因果关系及潜在发病机制 | 食管腺癌患者样本及相关的多组学数据 | 生物信息学与计算生物学 | 食管腺癌 | 孟德尔随机化, 转录组关联研究, 单细胞RNA测序, 单细胞表达数量性状位点分析, 免疫组化, 蛋白质对接 | 多组学整合分析模型 | 基因组, 转录组, 单细胞表达, 蛋白质互作 | 未明确提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 86 | 2026-01-22 |
Increased mROS Generation Associates With Cardiovascular Risk in BioHEART-CT PBMCs
2026-Jan, Clinical and translational science
DOI:10.1111/cts.70469
PMID:41549547
|
研究论文 | 本研究探讨了外周血单个核细胞中线粒体活性氧产生与冠状动脉疾病之间的关联 | 首次结合流式细胞术和单细胞RNA测序技术，在BioHEART-CT队列中评估PBMC mROS作为CAD生物标志物的潜力 | 样本量较小（仅40名参与者），结果缺乏一致性和跨分析普适性，且为横断面研究无法确定因果关系 | 探索PBMC中mROS水平是否可作为冠状动脉疾病的可及性血液生物标志物 | BioHEART-CT研究参与者的外周血单个核细胞 | 心血管疾病研究 | 冠状动脉疾病 | 流式细胞术（基于MitoSOX染色），单细胞RNA测序 | NA | 流式细胞数据，单细胞RNA测序数据 | 40名BioHEART-CT参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 87 | 2026-01-22 |
Enhanced MiRISC expression noise reduction by self-feedback regulation of mRNA degradation
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.12.025
PMID:41550138
|
研究论文 | 本研究通过数学建模和单细胞RNA-seq数据分析，探讨了miRISC通过负自反馈调控mRNA降解来增强表达噪声抑制的机制 | 首次同时分析mRNA降解动力学和表达噪声，并证明通过mRNA降解的直接自反馈调控实现噪声降低 | NA | 研究miRNA介导的调控子系统中噪声抑制机制 | miRNA诱导沉默复合体(miRISC)及其靶向的mRNA | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 数学建模 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 88 | 2026-01-22 |
Adding highly variable genes to spatially variable genes can improve cell type clustering performance in spatial transcriptomics data
2026, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf285
PMID:41550256
|
研究论文 | 本研究探讨了在空间转录组学数据中，将高变异基因与空间变异基因结合是否能提升细胞类型聚类性能 | 首次系统评估了高变异基因与空间变异基因结合对细胞类型聚类的影响，并基于超过50个真实数据集进行了多平台验证 | 未详细探讨基因选择方法对聚类性能的具体影响机制，且可能受数据集异质性限制 | 提高空间转录组学数据中细胞类型聚类的准确性和效率 | 空间转录组学数据集中的基因表达数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | 超过50个真实空间转录组学数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 89 | 2026-01-22 |
Protrichocysts: a hybrid defense extrusive organelle bridging mechanical projection and chemical secretion in ciliates
2026, Current research in microbial sciences
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.crmicr.2025.100539
PMID:41551587
|
研究论文 | 本研究通过综合方法探究了纤毛虫中原毛囊的结构与功能，揭示了其作为一种结合机械投射与化学分泌的混合防御细胞器的新机制 | 首次系统揭示了原毛囊的三阶段喷射过程、生化成分及其作为混合防御细胞器的多功能性，提出了其在细胞间通讯中的潜在作用 | 研究主要基于特定纤毛虫物种，其机制在其他原生生物中的普适性仍需验证；单细胞转录组分析的样本量有限 | 探究纤毛虫中原毛囊这一喷射细胞器的结构、功能及其在真核生物分泌系统进化中的意义 | 纤毛虫中的原毛囊（一种喷射细胞器） | 细胞生物学 | NA | 捕食者-猎物互作实验、电子显微镜、组织化学分析、SDS-PAGE、HPLC-MS/MS、单细胞转录组分析 | NA | 显微图像、蛋白质电泳数据、质谱数据、转录组数据 | 未明确具体样本数量，但涉及捕食互作实验、显微观察及单细胞转录组分析 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | NA |
| 90 | 2026-01-22 |
A multimodal framework to identify molecular mechanisms driving patient group-associated morphology through the integration of spatial transcriptomics and whole slide imaging
2026, NPJ artificial intelligence
DOI:10.1038/s44387-025-00050-6
PMID:41551846
|
研究论文 | 本研究提出了一种整合空间转录组学和全切片成像的多模态AI框架，用于识别与患者群体相关形态背后的分子机制 | 开发了结合基础模型特征、多实例学习、无监督聚类和分子分析的人工智能框架，能够跨形态-分子机制-预后轴提供可解释性见解 | 空间转录组数据可用性有限，且框架在更广泛癌症类型中的验证尚需进一步研究 | 识别与临床预后相关的分子标记，理解驱动这些关联的功能程序，并指导靶向治疗 | HER2阳性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学，全切片成像 | 基础模型，多实例学习，无监督聚类 | 图像，空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 91 | 2026-01-22 |
Lymph Node Metastasis-Associated Spatiotemporal Mapping of the TFF3-Linked Niche in Breast Cancer: Integrating Radiogenomic Signatures with Immune-Ecosystem Remodeling
2026, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.1016
PMID:41551914
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间多组学分析和放射基因组学模型，揭示了TFF3在乳腺癌淋巴结转移中的核心调控作用及其与免疫微环境重塑和MAPK-EMT轴的关系 | 首次通过淋巴结转移分层单细胞测序鉴定出ALNM+乳腺癌的三种标志性免疫亚群，并整合孟德尔共定位分析与空间图谱，将TFF3确立为空间EMT程序的核心调控因子，同时开发了基于TFF3的放射组学风险评分，并发现6-巯基嘌呤可作为新型TFF3拮抗剂 | 研究主要基于回顾性队列（TCGA/佛山队列），需要前瞻性临床验证；体内模型为异种移植模型，与人体微环境存在差异；药物6-巯基嘌呤的临床转化潜力需进一步评估 | 阐明乳腺癌淋巴结转移的分子机制，并探索基于TFF3的诊疗新策略 | 原发性乳腺癌（PBC）伴腋窝淋巴结转移（ALNM+）的肿瘤组织、免疫细胞及转移生态位 | 数字病理 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、孟德尔共定位分析、放射组学建模、蛋白质组学、批量RNA测序 | 机器学习模型（用于CT特征提取） | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、蛋白质组数据、CT影像数据、基因组数据 | 来自TCGA和佛山队列的乳腺癌样本（具体数量未明确说明），包含ALNM+和ALNM-亚群 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 92 | 2026-01-22 |
Integrative Bioinformatics and Machine Learning Identify Novel Diagnostic Biomarkers and Molecular Mechanisms in Sjögren's Syndrome
2026, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/5044551
PMID:41551935
|
研究论文 | 本研究通过整合生物信息学和机器学习方法，识别了干燥综合征的新型诊断生物标志物并阐明了其分子机制 | 结合12种机器学习算法、加权基因共表达网络分析及单细胞RNA测序数据验证，识别出12个具有卓越诊断性能的枢纽基因，并进行了药物重定位分析 | 研究主要基于公共转录组数据集，缺乏独立的前瞻性临床队列验证，且未进行实验验证 | 识别干燥综合征的新型诊断生物标志物并阐明其分子机制 | 干燥综合征患者和健康对照者的外周血转录组数据 | 机器学习 | 干燥综合征 | 转录组测序，单细胞RNA测序 | 多种机器学习算法 | 基因表达数据 | 351名干燥综合征患者和91名健康对照者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2026-01-22 |
Prediction of myeloid malignant cells in Fanconi anemia using machine learning
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0340578
PMID:41557613
|
研究论文 | 本研究开发了一种深度神经网络模型，用于预测范可尼贫血患者骨髓样本中是否存在类似急性髓系白血病的恶性细胞 | 首次将公开的AML单细胞RNA-seq数据集训练的深度神经网络模型应用于FA患者骨髓样本，以单细胞分辨率预测恶性细胞的存在 | 模型训练数据来源于公开的AML数据集，可能未完全覆盖FA背景下恶性转化的所有异质性；研究样本量未明确说明 | 开发一种早期识别范可尼贫血患者骨髓中髓系恶性细胞的机器学习方法 | 范可尼贫血患者的骨髓样本 | 机器学习 | 范可尼贫血 | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2026-01-22 |
Exploring leaf variegation in Arabidopsis yellow variegated2 by single-cell RNA sequencing
2026-Jan, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70659
PMID:41557962
|
研究论文 | 本研究首次利用单细胞RNA测序技术探索拟南芥yellow variegated2突变体叶片斑驳现象，揭示了FtsH8基因斑块表达模式及其与叶绿体命运、活性氧调控和细胞周期的关联 | 首次在单细胞水平应用scRNA-seq研究叶片斑驳现象，证实FtsH8的斑块表达支持阈值模型，并发现白色区域形成通过抑制光合基因减少ROS以促进细胞周期正常进行 | 研究仅针对拟南芥var2突变体，结果可能不直接适用于其他植物或斑驳类型，且单细胞测序技术本身存在捕获偏差和噪音限制 | 探究拟南芥叶片斑驳现象的分子机制，特别是遗传相同细胞表现型差异的原因 | 拟南芥yellow variegated2 (var2) 突变体的叶片细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量，但涉及var2突变体叶片细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2026-01-22 |
Temporal transcriptomic profiling of bone autograft healing reveals dynamic immune, vascular, and osteogenic programs
2025-Dec-30, Bone
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.bone.2025.117771
PMID:41478392
|
研究论文 | 本研究通过时序转录组分析揭示了骨自体移植愈合过程中的动态免疫、血管和成骨程序 | 首次结合bulk和单细胞RNA测序，在小鼠骨膜介导的自体移植模型中系统描绘了14天内移植相关组织的分子和细胞程序动态变化，并发现了神经血管交互作用的新证据 | 研究基于小鼠模型，结果在人体中的适用性有待验证；观察时间限于14天，长期愈合过程未涵盖 | 阐明早期骨自体移植整合的分子和细胞驱动机制 | 小鼠骨膜介导的自体移植模型中的移植相关组织 | 数字病理学 | 骨科疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠移植组织在14天内的多个时间点样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 96 | 2026-01-22 |
Transient interferon-driven NK cell activation in acute hepatitis C
2025-Dec-27, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiaf654
PMID:41453396
|
研究论文 | 本研究通过流式细胞术和单细胞测序技术，探讨了急性丙型肝炎病毒感染期间自然杀伤（NK）细胞的动态变化及其在抗病毒反应中的作用 | 首次在急性丙型肝炎患者中，通过纵向采样结合单细胞测序，识别出一个具有强烈I型干扰素印记的高度激活NK细胞亚群，并揭示了其在病毒清除后的动态变化 | 研究样本量可能有限，且未详细探讨NK细胞激活的具体分子机制或长期功能影响 | 探究急性丙型肝炎病毒感染期间NK细胞的免疫反应特征及其与病毒清除的关系 | 急性丙型肝炎患者、慢性丙型肝炎患者和健康对照者 | 数字病理学 | 丙型肝炎 | 流式细胞术, 单细胞RNA-seq | NA | 细胞表型数据, 转录组数据 | 纵向采样的急性丙型肝炎患者、慢性丙型肝炎患者和健康对照者（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 97 | 2026-01-22 |
FGF7 promotes load-bearing tendon regeneration and suppresses fibrosis
2025-Dec-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67355-7
PMID:41455730
|
研究论文 | 本研究探讨了成纤维细胞生长因子7（FGF7）在减轻纤维化和促进承重肌腱再生中的作用 | 揭示了FGF7在驱动肌腱生成和抑制纤维化中的双重作用，并开发了负载重组FGF7的水凝胶作为潜在治疗策略 | NA | 研究FGF7在肌腱纤维化和再生中的作用机制 | 小鼠模型和人类肌腱病变组织 | 数字病理学 | 肌腱病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2026-01-22 |
Integrative analysis of bulk multiomics and single-cell transcriptomics reveals the value of neddylation in Skin Cutaneous Melanoma
2025-Dec-27, Journal of dermatological science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.12.003
PMID:41558945
|
研究论文 | 本研究通过整合批量多组学和单细胞转录组学数据，揭示了neddylation在皮肤黑色素瘤中的预后价值，并构建了一个基于neddylation的预后模型 | 结合单细胞RNA测序和批量数据，首次将恶性细胞根据neddylation相关基因分为不同亚型，并建立了neddylation相关的预后特征 | 研究依赖于公共数据库数据，可能受样本异质性和技术偏差影响，且未进行实验验证 | 分析皮肤黑色素瘤的细胞异质性，并构建neddylation相关的预后模型 | 皮肤黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 批量多组学分析 | 非负矩阵分解聚类算法 | RNA-seq数据 | 31,894个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2026-01-22 |
Intrinsic and non-cell autonomous roles for a neurodevelopmental syndrome-linked transcription factor
2025-Dec-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.23.696256
PMID:41509263
|
研究论文 | 本研究揭示了转录因子UNC-3在运动神经元中的细胞自主和非细胞自主作用，为理解EBF3综合征的发病机制提供了新见解 | 首次发现UNC-3作为终端选择因子，不仅通过细胞自主方式调控神经元身份，还通过胆碱能神经传递介导非细胞自主效应，影响下游GABA运动神经元的转录、形态和连接 | 研究主要基于线虫模型，人类EBF3综合征的直接机制仍需进一步验证 | 探究神经发育综合征相关转录因子在神经元身份和电路组装中的内在及外在调控作用 | 线虫中的胆碱能和GABA运动神经元 | 神经科学 | 神经发育综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 100 | 2026-01-22 |
FlashDeconv enables atlas-scale, multi-resolution spatial deconvolution via structure-preserving sketching
2025-Dec-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.22.696108
PMID:41509391
|
研究论文 | 本文提出了一种名为FlashDeconv的新型空间解卷积框架，通过结构保持的随机草图技术，在大规模空间转录组图谱分析中实现高效且准确的细胞类型解析 | 采用杠杆评分重要性采样方法替代传统的基于方差的特征选择，能够保留稀有细胞类型的转录组信号，同时通过结构保持草图技术实现数量级的速度提升 | 文中未明确说明方法在超大规模数据集上的内存消耗限制，也未详细讨论在不同组织类型中的泛化性能 | 开发一种可扩展的数学框架，用于大规模空间转录组数据的细胞类型解卷积分析 | 人类卵巢癌队列的空间转录组数据 | 空间转录组学 | 卵巢癌 | 空间转录组学 | 基于杠杆评分重要性采样的随机草图框架 | 空间转录组数据 | 人类卵巢癌队列（具体样本数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |