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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
81 2026-08-17
Bayesian estimation of cell type-specific gene expression with prior derived from single-cell data
2021-10, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 提出一种贝叶斯方法bMIND,利用单细胞RNA测序数据作为先验,从批量RNA测序数据中估计样本级别的细胞类型特异性基因表达,以支持下游分析 利用单细胞数据构建先验,实现从批量数据中估计样本级别的细胞类型特异性表达,提高了估计准确性和发现差异表达基因的能力 未明确提及,但可能受限于先验数据质量或计算复杂性 整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,估计样本级别细胞类型特异性表达,以促进大规模下游分析 自闭症谱系障碍和阿尔茨海默病相关的脑组织基因表达数据 机器学习 自闭症谱系障碍、阿尔茨海默病 批量RNA测序、单细胞RNA测序 贝叶斯模型 基因表达数据 未提供具体数量 NA 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 NA NA
82 2026-08-17
Approaches for integrating heterogeneous RNA-seq data reveal cross-talk between microbes and genes in asthmatic patients
2020-06-22, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 本研究开发了一个整合降维与统计建模的流程,用于分析哮喘患者痰液样本中复杂的异质性RNA-seq数据,并揭示微生物与基因之间的相互关系 提出LDA-link方法,通过降维LDA主题将微生物与基因连接,并利用单细胞RNA-seq和显微镜验证,能发现已知和新颖的微生物-基因关联 未明确提及局限性 处理痰液RNA-seq数据的异质性,并探索哮喘患者中微生物与基因的相互作用 哮喘患者的痰液样本 自然语言处理, 机器学习和数字病理学 哮喘 RNA-seq, 单细胞RNA-seq LDA(潜在狄利克雷分配) 转录组测序数据 未明确提及样本数量 NA RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
83 2026-08-17
Profiling APOL1 Nephropathy Risk Variants in Genome-Edited Kidney Organoids with Single-Cell Transcriptomics
2020-Mar, Kidney360 IF:3.2Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序分析基因编辑的人肾类器官,揭示APOL1风险变异对不同肾单位细胞类型的影响 首次结合无足迹CRISPR-Cas9基因编辑和单细胞RNA测序,在人类肾类器官中直接敲入APOL1高风险G1变异,以研究其在多种肾细胞类型中的病理效应 类器官模型可能无法完全复制人类肾脏的复杂生理环境,且APOL1表达仅在细胞因子诱导后出现,可能限制了某些条件下的研究 探究APOL1风险变异在肾类器官不同细胞类型中的病理生理机制 人类诱导多能干细胞衍生的肾类器官,包括肾小球上皮细胞、近端小管、远端小管和内皮细胞 单细胞基因组学 APOL1肾病 单细胞RNA测序,CRISPR-Cas9基因编辑 类器官模型 单细胞转录组数据 未明确说明(涉及多个类器官样本,具体数量未在摘要中提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
84 2026-08-16
LCN2-Driven Fibroblast Ferroptosis-Associated Injury Promotes Keratinocyte Proliferation via Lipid Peroxidation Signaling in Psoriasis
2026-Aug-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序、银屑病小鼠模型及代谢组学等方法,揭示了LCN2驱动的成纤维细胞铁死亡相关损伤通过脂质过氧化信号促进角质形成细胞增殖,为银屑病发病机制提供了新见解。 首次揭示LCN2驱动的成纤维细胞铁死亡相关损伤通过脂质过氧化信号促进角质形成细胞增殖的新的细胞间通讯轴,并发现4-HNE作为潜在介质及肌肽作为治疗靶点。 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚需临床样本验证;4-HNE作为介质的直接证据有待进一步明确。 探究银屑病中真皮成纤维细胞的铁死亡相关改变及其对角质形成细胞增殖的影响,并评估潜在治疗靶点。 银屑病样炎症条件下的真皮成纤维细胞、角质形成细胞及银屑病小鼠模型。 单细胞组学、代谢组学 银屑病 单细胞RNA测序、LC-MS/MS代谢组学、免疫荧光、Western blot、ELISA、组织学分析。 小鼠模型(IMQ诱导的银屑病样模型)、体外细胞模型。 单细胞转录组数据、代谢组学数据、图像数据(组织染色、超微结构)。 小鼠模型(至少5只/组)及体外培养的人或小鼠成纤维细胞和角质形成细胞,具体数量未在摘要中说明。 10x Genomics, Illumina, Thermo Fisher 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、液相色谱-质谱联用(LC-MS/MS) 10x Chromium, Illumina NovaSeq, LC-MS/MS系统(具体型号未指明) 10x Chromium单细胞3‘测序;LC-MS/MS用于代谢组学分析;具体仪器型号未在摘要中提供。
85 2026-08-16
Integrative multi-omics reveals a prognostic and therapeutic landscape of synthetic lethality-associated signatures in lung adenocarcinoma
2026-Aug-21, iScience IF:4.6Q1
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序、空间转录组学和机器学习,表征了肺腺癌中合成致死相关转录活性,并构建了预后和治疗景观 首次将多组学数据与机器学习结合,系统性表征肺腺癌中合成致死相关的转录活性,并识别出关键基因和潜在治疗化合物 实验验证仅限于细胞系水平,缺乏体内模型和临床样本的进一步验证 识别肺腺癌中合成致死相关的易感性,为精准治疗提供候选基因和化合物资源 肺腺癌的恶性上皮细胞及其合成致死相关转录活性 机器学习和数字病理学 肺腺癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、机器学习 机器学习算法 单细胞转录组数据和空间转录组数据 未明确样本数量,涉及肺腺癌患者样本 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
86 2026-08-16
Dysregulated lncRNAs are associated with the progressive arterial phenotype in Hutchinson-Gilford Progeria Syndrome
2026-Aug-15, GeroScience IF:5.3Q1
研究论文 本研究分析了哈钦森-吉尔福德早衰综合征(HGPS)小鼠模型中长链非编码RNA(lncRNAs)在主动脉血管平滑肌细胞和成纤维细胞中的失调表达,揭示其与疾病进展及细胞特异性病理变化的关联 首次在单细胞水平上系统描绘HGPS血管中lncRNAs的动态失调图谱,并识别出与心血管疾病相关的多种lncRNAs(如Carmn、Dancr等)及其可能的转录因子调控网络 研究基于已有的小鼠单细胞RNA测序数据集,未进行功能实验验证lncRNAs的直接作用;样本量有限,且未涵盖人类HGPS患者样本 探究lncRNAs在HGPS血管病理发展中的作用,为开发新的治疗策略提供候选靶点 Lmna突变小鼠(HGPS模型)的主动脉弓细胞,包括血管平滑肌细胞和成纤维细胞 基因组学 哈钦森-吉尔福德早衰综合征 单细胞RNA测序 无特定模型(主要为生物信息学分析) 基因表达数据 来自6、10和12周龄的野生型和Lmna小鼠主动脉弓细胞(具体样本数未在标题和摘要中提供) NA 单细胞RNA测序 NA NA
87 2026-08-16
ETS1 Orchestrates a Hybrid EMT Program Driving Metastasis and Immune Evasion
2026-Aug-14, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析,发现ETS1调控混合上皮-间质转化程序,促进肿瘤转移和免疫逃逸,并提名HSP90抑制剂作为治疗策略 首次揭示ETS1作为混合上皮-间质转化程序的主调控因子,同时驱动肿瘤远端转移和免疫逃逸,并发现HSP90抑制剂可靶向ETS1高表达的肿瘤 摘要中未提及明确的局限性 探究驱动肿瘤转移和免疫逃逸的瘤内转录异质性程序,并寻找潜在的治疗和预防方法 上呼吸消化道鳞状细胞癌(UASCC)细胞系和患者肿瘤样本 基因组学 上呼吸消化道鳞状细胞癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞基因表达数据 多个患者肿瘤样本和细胞系(具体数量未在摘要中提及) NA 单细胞RNA-seq NA NA
88 2026-08-16
Tissue-reactive zonation of mesenchymal-like phenotypes in human glioblastoma
2026-Aug-14, Med (New York, N.Y.)
研究论文 本研究通过深度单细胞RNA测序和空间转录组学,揭示了人类胶质母细胞瘤中间充质样细胞状态的组织反应性区域分布特征 首次系统描述了胶质母细胞瘤中从肿瘤核心到正常皮层的间充质样细胞状态的空间组织,并发现间充质状态是恶性及非恶性细胞共有的可逆性组织反应状态 未提及 阐明胶质母细胞瘤中间充质样细胞状态的空间组织及其与微环境的关系 胶质母细胞瘤患者组织样本、类器官及非恶性星形胶质细胞 数字病理学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序、空间转录组学、荧光原位杂交、类器官培养 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据、图像 包含罕见胶质母细胞瘤病例及大型队列的标准切除样本,具体数量未提及 10x Genomics 单细胞RNA测序、空间转录组学 10x Chromium、10x Visium 深单细胞RNA测序及888-plex EEL-FISH空间转录组学
89 2026-08-16
Myasthenia thymus reprograms class-switched B cells into BAFF-dependent survivors
2026-Aug-14, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序、V(D)J重组分析和空间转录组学构建了最大的重症肌无力图谱,揭示了胸腺中类别转换B细胞重编程为依赖BAFF存活的机制,绕过了经典的耐受检查点。 首次通过最大规模的多组学数据揭示重症肌无力中耐受检查点交换机制,发现BAFF-BCMA轴作为潜在治疗靶点和疾病活动生物标志物。 未提及具体局限性,可能包括样本来源单一或验证不足。 探究重症肌无力中胸腺B细胞如何获得生存机制绕过耐受检查点,导致自身抗体持续产生,并寻找治疗靶点和生物标志物。 重症肌无力患者的胸腺B细胞和T滤泡辅助细胞。 数字病理学 重症肌无力 单细胞RNA测序、V(D)J重组分析、空间转录组学 NA 单细胞转录组、空间转录组、V(D)J序列 237,661个细胞 NA 单细胞RNA-seq、空间转录组学 NA NA
90 2026-08-16
Resveratrol Modulates Lung Cancer-Associated Hub Genes Identified by Integrated Bioinformatics, Single-Cell Analysis, Molecular Docking, and Experimental Validation
2026-Aug-14, Cell biochemistry and biophysics IF:1.8Q4
研究论文 通过整合生物信息学、单细胞分析、分子对接和实验验证,鉴定肺癌相关枢纽基因并探讨白藜芦醇的调控作用 首次结合WGCNA、单细胞RNA测序和分子对接,系统鉴定出五个肺癌相关枢纽基因(CASP3、DDX54、TP53BP1、CDKN2A和ABT1),并实验验证白藜芦醇对这些基因表达的调控作用,提供了多层次的分子框架 主要在细胞系中验证,缺乏体内实验和临床样本验证;分子对接和表达调控的因果机制尚未深入探索 识别与肺癌进展相关的关键基因,并探索白藜芦醇对这些基因的潜在调控作用 肺癌组织样本和细胞系(BEAS-2B和A549细胞) 生物信息学、单细胞分析、分子对接 肺癌 转录组测序(微阵列数据)、单细胞RNA测序、分子对接、CCK-8、Western blotting、qRT-PCR 加权基因共表达网络分析(WGCNA)、蛋白-蛋白相互作用网络 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、分子对接结构数据 GSE43458数据集含80个肺癌样本和30个对照样本;GSE131907单细胞数据;BEAS-2B和A549细胞系 NA 微阵列、单细胞RNA-seq NA NA
91 2026-08-16
Dynamic subpopulations and spatial interactions of hepatic stellate cells and cancer-associated fibroblasts in liver cancer
2026-Aug-14, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1
综述 本文综述了肝星状细胞和癌症相关成纤维细胞在肝癌中的动态亚群、空间相互作用及其在肿瘤微环境中的功能和治疗意义 系统总结了HSC和CAF亚群的异质性、状态转换及其驱动的信号,并利用空间转录组学和蛋白质组学揭示了它们在肝癌组织中的空间分布和细胞间相互作用,提出针对这些细胞克服免疫治疗耐药的潜在新策略 未提及具体局限性 总结HSC和CAF在肝癌中的异质性、功能、状态转换及空间相互作用,为克服免疫检查点抑制剂耐药和开发新的治疗靶点提供思路 肝星状细胞和癌症相关成纤维细胞及其在肝癌肿瘤微环境中的相互作用 数字病理学 肝癌 单细胞测序、空间转录组学、空间蛋白质组学 NA 基因表达数据、蛋白质表达数据 NA NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
92 2026-08-16
TTN+ macrophages are enriched in the human choroid plexus in Alzheimer's disease
2026-Aug-14, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 本研究整合单核RNA测序和空间转录组学,生成成人脉络丛的高分辨率图谱,发现表达TTN蛋白的巨噬细胞亚群在阿尔茨海默病中富集,并揭示相关的免疫功能变化 首次在人类脉络丛巨噬细胞中发现TTN蛋白表达,并揭示其在阿尔茨海默病中的富集及相关的组织微环境变化 未提供具体局限性信息 阐明人类脉络丛的细胞组成及其在阿尔茨海默病中的反应 成人人类脉络丛组织及其中的上皮、基质和免疫细胞 数字病理学 阿尔茨海默病 单核RNA测序、空间转录组学、原位验证 NA 基因表达数据、空间转录组数据 NA NA 单核RNA测序、空间转录组学 NA NA
93 2026-08-16
scKanFormer: A Transformer-KAN framework with biologically informed attention for cell type annotation in large-scale scRNA-seq data
2026-Aug-14, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出了一种基于Transformer-KAN框架的监督方法scKanFormer,用于大规模scRNA-seq数据的细胞类型注释,以提升准确性和可解释性并减轻批次效应 融合生物学信息、局部与全局注意力机制以及KAN网络,避免降维并保持从注意力层追溯至原始特征的能力,结合CNN与Transformer提高数据处理的全面性 摘要中未提及该方法的局限性 开发一种高效、可解释且对批次效应具有鲁棒性的细胞类型注释方法,适用于大规模scRNA-seq数据 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释任务 机器学习 NA 单细胞RNA测序 Transformer与KAN结合的框架,并集成CNN 单细胞转录组数据 未明确,但涉及多个基准数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
94 2026-08-16
A single-cell transcriptomic atlas reveals the emergence of medusa-specific cell states in the Aurelia coerulea scyphozoan
2026-Aug-14, PLoS biology IF:7.8Q1
研究论文 本研究提供了海月水母(Aurelia coerulea)的单细胞转录组图谱,揭示了从水螅体到水母体转变过程中细胞类型多样性的增加及水母特异性细胞状态的出现 首次构建了海月水母的单细胞转录组图谱,揭示了水母体转变过程中细胞类型多样性的增加,包括神经亚型的扩展和横纹肌的出现,并发现平滑肌和横纹肌在收缩复合体调控上的相似性,这与两侧对称动物的横纹肌调控机制不同 摘要中未提及研究的局限性 探究海月水母从水螅体到水母体转变过程中细胞类型组成的分子变化,并研究细胞类型多样性增加的机制 海月水母(Aurelia coerulea)以及用于比较的海葵(Nematostella vectensis) 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 摘要中未提及具体样本数量 NA 单细胞RNA-seq NA NA
95 2026-08-16
The transcription factor NF-Y promotes myeloid cell survival and protects from inflammatory vascular disease
2026-Aug-14, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2
研究论文 该研究通过单细胞转录组学和髓系特异性缺失NF-YA亚基,揭示了转录因子NF-Y在髓系细胞存活和炎性血管疾病中的保护作用。 首次整合单细胞转录组学与条件性基因敲除,阐明NF-Y在髓系细胞存活和炎性血管疾病中的关键调控作用,并揭示其在动脉粥样硬化中的保护机制。 研究主要基于小鼠模型和特定基因敲除,可能不完全代表人类疾病;NF-Y在其他细胞类型中的功能未深入探讨。 探究NF-Y转录因子在髓系细胞功能、存活及炎性血管疾病进展中的作用和机制。 小鼠髓系细胞,包括巨噬细胞和中性粒细胞,以及在动脉粥样硬化模型中的这些细胞。 转录组学、炎症免疫学 动脉粥样硬化、血管疾病 单细胞转录组学、髓系特异性基因敲除 NA 转录组数据、细胞表型数据 小鼠模型,具体样本数未明确 NA 单细胞RNA测序 NA NA
96 2026-08-16
The Hsd17b13P260S patient variant knock-in male mouse model provides translational insights into HSD17B13 biology
2026-Aug-14, EBioMedicine IF:9.7Q1
研究论文 构建携带人类HSD17B13 P260S患者变体的小鼠敲入模型,并通过空间转录组学、组织学分析、MALDI成像和体外细胞表征研究其保护性表型机制,发现该模型适用于转化研究 首次建立Hsd17b13P260S敲入小鼠模型,结合空间转录组学和MALDI成像揭示蛋白丰度降低、酶活性减弱及门静脉周围分布保留的保护机制 研究基于雄性小鼠,可能限制性别特异性;未明确阐述机制细节;空间转录组学等技术需进一步验证 揭示HSD17B13 P260S患者变体保护性表型的分子机制并评估小鼠模型的转化价值 Hsd17b13P260S敲入小鼠模型及人类HSD17B13 P260S变体 数字病理学 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH) 空间转录组学、组织学分析、MALDI成像、体外细胞表征 敲入小鼠模型 转录组数据、组织学图像、MALDI成像数据、细胞表征数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
97 2026-08-16
DLST drives lung adenocarcinoma progression by modulating cuproptosis-related copper homeostasis and apoptosis via an EP300-dependent mechanism
2026-Aug-14, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 本研究探讨DLST在肺腺癌进展中的作用,发现其通过EP300依赖机制调节铜死亡和凋亡,促进肿瘤生长 首次揭示DLST通过EP300-DLST-DLD轴调节铜死亡和凋亡,促进肺腺癌进展,为治疗提供新靶点 未提供具体实验样本量和临床样本验证,机制研究主要在细胞系和动物模型中进行 阐明DLST在肺腺癌中的作用及其分子机制,探索潜在治疗靶点 肺腺癌组织样本、LUAD细胞系、体内肿瘤模型 机器学习和生物信息学 肺腺癌 RNA-seq、单细胞RNA测序、免疫共沉淀、蛋白质印迹、流式细胞术 NA 基因表达数据、蛋白质表达数据、单细胞数据 TCGA和GEO数据集,具体样本数未提及 NA 单细胞RNA测序 NA NA
98 2026-08-16
Application of dual-view oblique plane microscopy to small-molecule compound screening across 3D glioblastoma stem cell spheroids with single-cell resolution
2026-Aug-14, SLAS discovery : advancing life sciences R & D IF:2.7Q2
研究论文 本文展示了一种紧凑、低成本的轻片荧光显微镜平台——双视角倾斜平面显微镜(dOPM)在三维胶质母细胞瘤干细胞球体中进行小分子化合物筛选的能力,具有单细胞分辨率。 首次将dOPM应用于三维模型的高内涵筛选,提供单细胞级别的定量分析,且成本低、体积小,能够捕获多球体异质性,这是传统高内涵系统难以实现的。 dOPM平台仍处于开源发展阶段,可能需要进一步优化以提高稳定性和自动化程度,且其在高通量筛选中的表现仍需在更大规模化合物库中验证。 评估并验证dOPM在三维胶质母细胞瘤干细胞球体模型中进行高内涵小分子化合物筛选的可行性,以实现单细胞分辨率的药物反应分析。 表达FUCCI细胞周期报告基因的三维胶质母细胞瘤干细胞球体,以及96孔板格式中的多个球体。 计算机视觉 胶质母细胞瘤 荧光显微镜 NA 图像 96孔板中的多个三维胶质母细胞瘤干细胞球体 NA NA dOPM 双视角倾斜平面显微镜(dOPM)平台
99 2026-08-16
A sensitive method for profiling cell-type-specific secretomes of rare cells from complex tissues
2026-Aug-14, Cell reports methods IF:4.3Q2
研究论文 本文介绍了一种敏感的方法,用于从复杂组织中分析稀有细胞的细胞类型特异性分泌蛋白组,并通过小鼠模型成功应用于肝脏Kupffer巨噬细胞和气道微皱褶细胞。 该方法无需病毒载体即可从生理相关的低丰度细胞中分析分泌蛋白组,灵敏度高,能捕获scRNA-seq未检测到的细胞特异性蛋白,并已向社区开放小鼠模型。 摘要中未明确提及局限性。 开发一种敏感的方法,用于分析复杂组织中稀有细胞的细胞类型特异性分泌蛋白组,以促进细胞间通讯、分泌蛋白功能和生物标志物发现的研究。 稀有免疫细胞类型,包括肝脏中的Kupffer巨噬细胞和气道分化的微皱褶(M)细胞。 蛋白质组学 NA 分泌蛋白组分析(secretome profiling) 小鼠模型 蛋白质组学数据 NA NA NA NA NA
100 2026-08-16
Reduced Occludin expression in aortic endothelial cells mediates endothelial barrier dysfunction in aortic dissection
2026-Aug-14, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和动物模型,揭示了内皮细胞中Occludin蛋白下调在主动脉夹层发病中的关键作用,并验证了靶向Occludin的保护策略 首次证实内皮细胞Occludin下调是主动脉夹层早期屏障功能障碍的起始因子,并通过内皮特异性敲除和过表达小鼠模型提供了因果证据 未详细说明样本量、统计方法和潜在混杂因素,且单细胞测序样本来源的人类主动脉可能缺乏伦理细节 探究紧密连接蛋白Occludin在主动脉夹层发病机制中的作用及潜在治疗靶点 人类升主动脉组织、小鼠主动脉组织、人主动脉内皮细胞(HAECs) 心血管疾病研究 主动脉夹层 单细胞RNA测序、腺相关病毒介导的基因过表达、β-氨基丙腈诱导的主动脉夹层模型、超声心动图、伊文思蓝渗出实验、组织学染色 基因敲除小鼠模型、过表达小鼠模型、体外细胞培养模型 基因表达数据(单细胞RNA测序)、组织病理学图像、生理功能数据(血管渗透性) 未明确说明,涉及人类和小鼠组织样本及细胞实验 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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