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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
81 2025-12-11
Phenotypic Changes in a Monocyte Cluster with High Interleukin-1 Beta Expression during Long-Term Anti-CD20 Therapy
2025-Dec, Annals of neurology IF:8.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞多组学分析,揭示了多发性硬化症患者在接受长期抗CD20治疗期间,一个高表达白细胞介素-1β的单核细胞亚群的表型变化 首次在单细胞分辨率下鉴定出一个具有独特促炎特征和中枢神经系统浸润潜能的IL1Bhigh单核细胞亚群,并阐明了其在抗CD20治疗前后的动态变化 样本量相对有限,且主要关注外周血单核细胞,未直接分析中枢神经系统内的细胞变化 探究多发性硬化症患者在接受抗CD20治疗期间,外周血单核细胞的疾病相关和治疗相关变化 多发性硬化症患者和健康对照者的外周血单核细胞 单细胞多组学 多发性硬化症 靶向单细胞转录组和表位测序、多色光谱流式细胞术 细胞聚类分析、基因本体富集分析、细胞间通讯网络分析 单细胞转录组数据、表位数据、流式细胞术数据 64份血液样本(来自多发性硬化症患者基线及治疗后3个时间点,以及健康对照) NA 单细胞RNA测序、单细胞表位分析 NA NA
82 2025-12-11
TMEM106A as a Macrophage-Associated Biomarker of Prognosis in IDH-Wildtype Glioma: Integrative Multi-Omics and Spatial Analyses
2025-Dec, Cancer medicine IF:2.9Q2
研究论文 本研究通过整合多组学与空间分析,探讨了TMEM106A作为IDH野生型胶质瘤中与巨噬细胞相关的预后生物标志物的作用 首次将TMEM106A与IDH野生型胶质瘤的预后及肿瘤微环境中的髓系细胞浸润联系起来,并利用单细胞和空间转录组学数据验证其表达模式 所有发现均为相关性研究,需要前瞻性研究来验证其临床适用性 探索TMEM106A在胶质瘤中的表达模式、预后价值及其与肿瘤微环境的关系 IDH野生型胶质瘤患者样本 数字病理学 胶质瘤 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学 limma, Kaplan-Meier, Cox模型, CIBERSORT, GSEA, pRRophetic RNA-seq数据, 单细胞数据, 空间转录组数据, 免疫组织化学图像 TCGA和CGGA的批量RNA-seq数据、单细胞数据集(GSE131928, GSE89567)、空间数据集(Ivy Atlas, Visium)以及79例免疫组织化学样本 10x Genomics 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 10x Visium 10x Visium空间转录组平台
83 2025-12-11
A Macrophage-Derived 7-Gene Signature Predicts Prognosis and Therapeutic Response in Hepatocellular Carcinoma
2025-Dec, IUBMB life IF:3.7Q2
研究论文 本研究基于EGFR-TKI耐药巨噬细胞亚群,识别并验证了一个新的7基因预后特征,用于预测肝细胞癌患者的生存和治疗反应 首次从EGFR-TKI耐药巨噬细胞亚群中推导出7基因预后特征,并将其与免疫检查点阻断反应和药物敏感性相关联,为HCC的个性化治疗提供了新工具 研究主要依赖于公共数据库(如TCGA和GEO)的回顾性数据,未来需要前瞻性临床研究进一步验证该特征的预测能力 识别肝细胞癌的新型预后特征并评估其临床和治疗相关性 肝细胞癌患者 数字病理学 肝细胞癌 单细胞RNA测序 预后风险模型 基因表达数据 TCGA-LIHC队列和独立验证队列GSE76427 NA 单细胞RNA-seq NA NA
84 2025-12-11
Pangenomics and single-cell transcriptomics uncover the genetic basis of continuous bearing trait in grapevine
2025-Dec, Horticulture research IF:7.6Q1
研究论文 本研究通过整合泛基因组学、比较基因组学、单细胞转录组学和批量转录组学,揭示了葡萄连续开花和结实性状(CFB)的遗传基础 首次结合泛基因组学和单细胞转录组学分析葡萄连续开花性状,并基于新生成的单倍型分辨近端粒到端粒(T2T)基因组进行深入研究 NA 阐明葡萄连续开花和结实性状的遗传机制 葡萄品种'Julian'(连续开花和结实)和'Muscat Hamburg'(季节性开花和结实) 植物基因组学 NA 泛基因组学, 比较基因组学, 单细胞转录组学, 批量转录组学 NA 基因组数据, 转录组数据 16个葡萄基因组(包括新生成的'Julian' T2T基因组和15个已发表基因组),以及两个品种的花芽单细胞转录组数据 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
85 2025-12-11
Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals NK Cell Subpopulations Associated With Immunotherapy for Melanoma
2025-Dec, Smart medicine
研究论文 本研究通过整合单细胞和空间转录组学,揭示了与黑色素瘤免疫治疗相关的NK细胞亚群及其功能 首次在黑色素瘤中系统鉴定出四个NK细胞亚群,并利用空间转录组学揭示了关键亚群NK cluster 01与肿瘤细胞的空间邻近关系及潜在的IFN-II信号通路调控网络 研究机制尚未通过体内外实验完全验证,分子对接的靶向治疗策略仍需后续实验确认 探究黑色素瘤患者对免疫检查点抑制剂产生耐药性的机制,并寻找新的治疗靶点 黑色素瘤患者样本中的NK细胞 数字病理学 黑色素瘤 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA 转录组数据,空间位置数据 NA NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
86 2025-12-11
Characterizing epithelial-mesenchymal transition-linked heterogeneity in breast cancer circulating tumor cells at a single-cell level
2025-Dec, Molecular oncology IF:5.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞水平分析,揭示了乳腺癌循环肿瘤细胞中上皮-间质转化相关的异质性及其生物学特性 首次在单细胞水平上系统表征乳腺癌循环肿瘤细胞的上皮-间质转化状态异质性,并发现间质特征CTC中核糖体基因下调与mTORC1信号通路相关的翻译抑制 样本量相对有限(107例患者),且主要关注早期乳腺癌,未涵盖晚期或转移性病例 检测和表征乳腺癌患者循环肿瘤细胞的不同上皮-间质转化状态,以理解血液播散机制 乳腺癌患者的循环肿瘤细胞 数字病理学 乳腺癌 单细胞转录组学、免疫磁珠去除、多标记免疫荧光 NA 单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像 107例乳腺癌患者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
87 2025-12-11
The mouse neonatal small intestine is regionally specialized for protein absorption and transepithelial transport
2025-Dec-01, Development (Cambridge, England)
研究论文 本研究揭示了小鼠新生儿小肠中空肠和回肠上皮细胞在蛋白质吸收和跨上皮运输方面的区域特异性功能分工 首次在小鼠模型中系统揭示了新生儿小肠不同区域(空肠与回肠)上皮细胞在蛋白质处理功能上的空间分工,并发现其与斑马鱼溶酶体富集上皮细胞的进化保守性 研究主要基于小鼠模型,人类新生儿肠道是否存在完全相同的机制仍需验证 探究新生儿肠道蛋白质吸收机制的空间分布与分子基础 新生小鼠小肠上皮细胞 发育生物学 NA 单细胞RNA测序、转录组分析、遗传学方法、体内外货物运输实验 NA 转录组数据、单细胞RNA测序数据 新生小鼠 NA 单细胞RNA-seq NA NA
88 2025-12-11
Removal of unwanted variation in pseudobulk analysis of single-cell RNA sequencing data and the leveraging of pseudoreplicates
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1
研究论文 本文评估了在单细胞RNA测序数据的伪批量分析中去除不必要变异的策略,并提出了一种新方法RUVIII PBPS以解决技术重复不足或阴性对照基因缺失的问题 引入了RUVIII PBPS新策略,可在技术重复不足或阴性对照基因缺失时有效控制伪发现率,扩展了RUV方法在单细胞RNA测序伪批量分析中的应用范围 研究主要基于模拟和真实生物信号进行评估,可能未覆盖所有实际应用场景;方法在极端模型错误指定条件下的性能需进一步验证 评估和优化单细胞RNA测序伪批量数据中去除不必要变异的方法,以提高差异表达分析的准确性和统计效力 单细胞RNA测序数据的伪批量分析,重点关注技术噪声和混杂因素的影响 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 RUV2, RUVIII, RUV4, RUVIII PBPS 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
89 2025-12-11
Integration of genetic, proteomic, and transcriptomic data identifies therapeutic targets and prognostic biomarkers in bladder cancer
2025-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3
研究论文 本研究通过整合遗传、蛋白质组和转录组数据,识别了膀胱癌的潜在治疗靶点和预后生物标志物 整合了跨组学数量性状位点、OLINK蛋白质组学和转录组学数据,结合前瞻性队列研究和多组学分析,系统识别了膀胱癌的分子靶点和候选药物 研究依赖于现有数据库(如UK Biobank)的数据,可能存在样本选择偏倚,且部分发现需进一步实验验证 识别膀胱癌的分子靶点和候选药物,以改善早期诊断和精准治疗 膀胱癌患者及相关组学数据 生物信息学 膀胱癌 xQTLs, OLINK蛋白质组学, 转录组学, GWAS, 单细胞RNA测序, 甲基化分析 Cox回归, 随机生存森林模型 遗传数据, 蛋白质数据, 转录组数据, 甲基化数据 来自UK Biobank Pharma Proteomics Project, deCODE Genetics和Atherosclerosis Risk in Communities study的队列数据 OLINK 高通量血浆蛋白质测量 OLINK平台 用于血浆蛋白质测量的高通量平台
90 2025-12-11
Migrasome-related long non-coding RNAs orchestrate immune microenvironment and serve as a novel prognostic model in clear cell renal cell carcinoma
2025-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3
研究论文 本研究通过整合转录组数据和临床参数,识别了与透明细胞肾细胞癌预后相关的迁移体相关长链非编码RNA,并构建了一个包含五个MRLs的预后模型,用于风险分层和指导治疗策略 首次系统性地识别了迁移体相关长链非编码RNA在透明细胞肾细胞癌中的预后价值,并构建了一个基于五个MRLs的稳健预后模型,同时结合单细胞RNA测序揭示了VEGF信号通路在调节迁移体相关分子程序中的作用 研究主要基于TCGA数据库的回顾性数据,需要进一步的前瞻性临床验证;单细胞RNA测序数据的样本量可能有限,且实验验证仅通过RT-qPCR进行,功能机制研究尚不深入 系统识别与透明细胞肾细胞癌预后相关的迁移体相关长链非编码RNA,并构建一个稳健的预后模型以改善风险分层和指导潜在治疗策略 透明细胞肾细胞癌患者及其转录组数据和临床参数 自然语言处理 肾癌 转录组分析、LASSO回归、单细胞RNA测序、RT-qPCR LASSO回归模型 转录组数据、临床数据、单细胞RNA测序数据 来自TCGA数据库的透明细胞肾细胞癌患者样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
91 2025-12-11
MSI2 exerts antitumor effects by regulating T-cell function in kidney renal clear cell carcinoma
2025-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3
研究论文 本研究探讨了MSI2在肾透明细胞癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系,揭示了MSI2通过调节T细胞功能发挥抗肿瘤作用 首次在肾透明细胞癌中发现MSI2表达下调,并揭示其通过调节T细胞功能发挥抗肿瘤作用,同时提出MSI2可能作为肾小管上皮细胞分化成熟的标志物 研究主要基于数据库分析和体外细胞实验,缺乏体内实验验证;单细胞RNA测序样本来源和数量未明确说明 探索MSI2在肾透明细胞癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系 肾透明细胞癌患者数据、肾细胞系、T细胞 生物信息学 肾透明细胞癌 单细胞RNA测序、生物信息学分析、细胞实验 NA mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞RNA测序数据 未明确说明具体样本数量,涉及数据库中的KIRC患者数据及细胞实验 NA 单细胞RNA测序 NA NA
92 2025-12-11
Multi-omics characterization of metabolic and immune interactions in prostate cancer
2025-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3
研究论文 本研究通过整合单细胞多组学数据,揭示了前列腺癌中代谢重编程与免疫微环境之间的相互作用,并识别出关键代谢生物标志物ENO1和CKB 首次通过整合scRNA-seq和scATAC-seq数据,系统性地描绘了前列腺癌中代谢与免疫的相互作用网络,并将分子发现与临床预后(淋巴结转移状态)直接关联 研究主要基于公开数据集进行二次分析,缺乏独立的实验验证队列;使用的样本量相对有限;未在功能上验证ENO1和CKB的调控机制 阐明前列腺癌中代谢重编程与免疫微环境之间的相互作用机制,并识别具有预后意义的代谢生物标志物 前列腺癌(PCa)组织样本 生物信息学,计算生物学 前列腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞ATAC测序(scATAC-seq),生物信息学分析 多组学整合分析框架,预后列线图(nomogram),Cox回归模型 单细胞转录组数据,单细胞表观基因组数据,临床数据 来自公共数据集(包括TCGA-PRAD队列)的前列腺癌样本,具体数量未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq NA NA
93 2025-12-11
Immune-modulating effects on tumor-draining lymph nodes of neoadjuvant chemoradiotherapy combined with dual immunotherapy in patients with T3-4N0-2 NSCLC
2025-Nov-28, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本研究探讨了新辅助放化疗联合双免疫疗法对T3-4N0-2非小细胞肺癌患者肿瘤引流淋巴结的免疫调节作用 结合空间转录组学和免疫组织化学分析,首次系统评估了高剂量放疗下肿瘤引流淋巴结的免疫反应及免疫疗法的缓解效果 样本量有限(共50例),且为观察性队列研究,可能存在选择偏倚 研究新辅助放化疗联合免疫疗法对非小细胞肺癌患者肿瘤引流淋巴结免疫微环境的影响 T3-4N0-2非小细胞肺癌患者的肿瘤引流淋巴结 数字病理学 肺癌 空间转录组学, 免疫组织化学 NA 空间转录组数据, 免疫组织化学图像 50例患者(INCREASE试验组25例,对照组25例) NA 空间转录组学 GeoMx GeoMx空间转录组学分析CD8/Ki67+T细胞热点
94 2025-12-11
Alterations in Resident Immune Cells in Prenatal Trisomy 21 Lungs
2025-Nov-26, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和空间表型分析,揭示了唐氏综合征胎儿肺部免疫细胞的变化,特别是B细胞减少,这可能解释其呼吸道感染易感性增加 首次在产前唐氏综合征肺部使用单细胞RNA测序和空间技术表征免疫细胞,发现B细胞显著减少,为理解其免疫异常提供了新见解 样本量较小(T21组5例,非T21组4例),且仅关注产前阶段,未涉及出生后免疫发育变化 表征产前唐氏综合征肺部的免疫细胞,以解释其呼吸道感染易感性增加的潜在机制 产前唐氏综合征(T21)和非唐氏综合征(非T21)的胎儿肺部组织 单细胞组学 唐氏综合征 单细胞RNA测序,荧光原位杂交,免疫荧光染色,qRT-PCR NA 单细胞RNA测序数据,图像数据,基因表达数据 5例产前T21肺部样本和4例产前非T21肺部样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
95 2025-12-11
Protocol to analyze changes in hippocampal neural stem cell quiescence from single-cell RNA sequencing data
2025-Nov-24, STAR protocols IF:1.3Q4
研究论文 本文提出了一种从单细胞RNA测序数据中分析小鼠海马神经干细胞静息状态变化的计算协议 通过计算协议克服了区分静息神经干细胞与星形胶质细胞以及增殖神经干细胞与祖细胞的挑战 NA 分析扰动如何影响神经干细胞静息深度 小鼠海马神经干细胞 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
96 2025-12-11
Sex-biased immune rewiring may underlie reduced risk for cardiac allograft vasculopathy in females following heart transplantation
2025-Nov-24, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
研究论文 本研究探讨了心脏移植后性别差异对免疫结果的影响,特别是女性在心脏同种异体移植物血管病变风险降低的潜在机制 首次结合大规模临床数据和单细胞RNA测序技术,揭示了心脏移植后性别特异性免疫重编程的分子机制,并发现男性在移植后表现出独特的炎症通路激活 研究样本量有限,单细胞RNA测序数据仅来自公开数据集和40例移植受者,需要更多研究验证这些发现 揭示心脏移植后性别差异对免疫结果的影响机制,为风险分层和精准免疫抑制策略提供依据 833名成人和儿童心脏移植受者,以及健康个体的单细胞RNA测序数据 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 833名心脏移植受者(694名成人,139名儿童)和981名健康个体的单细胞RNA测序数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
97 2025-12-11
Multi-omics analysis reveals the heterogeneity and interactions among stromal and tumor cells in gastric cancer
2025-Nov-22, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过多组学分析揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞和平滑肌细胞的异质性及其与恶性上皮细胞的相互作用 整合单细胞RNA测序和空间转录组学,结合轨迹推断、调控子活性映射和配体-受体相互作用建模,系统解析了胃癌微环境中基质细胞与肿瘤细胞的异质性及互作网络 需要进一步的实验验证配体-受体对和空间决定因素 研究胃癌中癌症相关成纤维细胞和平滑肌细胞的异质性及其与恶性上皮细胞的相互作用,以识别潜在的治疗靶点 胃癌组织中的癌症相关成纤维细胞、平滑肌细胞和恶性上皮细胞 数字病理学 胃癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 轨迹推断, 调控子活性映射, 配体-受体相互作用建模 NA 单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
98 2025-12-11
Functional Division of Insect Blood Cells by Single-Cell RNA-Sequencing and Cell-Type-Specific FISH Markers
2025-Nov-22, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和细胞类型特异性FISH标记,揭示了昆虫血细胞的功能分化与动态变化 首次在鳞翅目昆虫中应用单细胞RNA测序技术,将血细胞分为24个功能簇,并开发了特异性FISH标记来区分新的血细胞类型 研究仅针对一种鳞翅目昆虫的幼虫血细胞,可能无法完全代表其他昆虫或发育阶段 探究昆虫血细胞的功能分化类型及其在免疫反应中的动态变化 鳞翅目昆虫的幼虫血细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
99 2025-12-11
Clonal expansion of alveolar fibroblast progeny drives pulmonary fibrosis in mouse models
2025-Nov-17, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和谱系示踪技术,揭示了肺泡成纤维细胞后代的克隆扩增是驱动小鼠肺纤维化的关键机制 首次系统性地证明了成纤维细胞增殖在肺纤维化中的关键驱动作用,并提出了靶向成纤维细胞增殖作为治疗纤维化疾病的新策略 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仅限于离体肺切片,需要更多临床研究验证 探究成纤维细胞增殖在肺纤维化发生发展中的功能重要性 小鼠肺组织中的肺泡成纤维细胞及其后代,以及人类纤维化肺组织切片 单细胞组学 肺纤维化 单细胞RNA测序,遗传谱系示踪,EdU掺入检测 NA 单细胞转录组数据,谱系示踪数据 2种独立的小鼠肺纤维化模型,人类纤维化与非疾病肺组织切片 NA 单细胞RNA-seq NA NA
100 2025-12-11
Periductal Fibroblast Density Defines Lymphocyte Exclusion via a CD44-Dependent Stromal Checkpoint in Pancreatic Cancer
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了胰腺导管腺癌中,导管周围成纤维细胞密度通过CD44依赖性基质检查点调控淋巴细胞排斥的机制 首次将癌症相关成纤维细胞分层的导管空间结构确立为PDAC中免疫排斥的基本决定因素,并识别出可靶向的“基质检查点” 研究主要基于治疗初治患者样本,未涉及治疗后或晚期疾病阶段的动态变化 探究胰腺导管腺癌中纤维化对基质-导管结构和免疫细胞定位的影响 胰腺导管腺癌患者样本,包括恶性PDAC上皮导管区域 数字病理学 胰腺癌 成像质谱流式技术、多重免疫组化、单细胞RNA测序 NA 图像、测序数据 来自三个独立队列的治疗初治患者样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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