单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 37826 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-03-28 |
Spatial Transcriptomics of TMJ Reveals a Remodeling Fibroblast-Immune Microenvironment Driving Arthritis Pain
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202519816
PMID:41498747
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研究论文 | 本研究应用空间转录组学技术解析颞下颌关节关节炎的细胞微环境重塑，揭示了成纤维细胞-免疫细胞相互作用通过Igf1-Il33轴驱动关节炎疼痛的新机制 | 首次在成年小鼠颞下颌关节应用seqFISH空间转录组学技术，发现了新的细胞类型，绘制了细胞类型的解剖位置图谱，并揭示了关节炎诱导的成纤维细胞-免疫细胞微环境重塑及其通过Igf1-Il33轴驱动疼痛的机制 | 研究主要基于小鼠模型，虽然在患者滑膜组织中进行了验证，但人类样本的深入机制仍需进一步探索 | 探究颞下颌关节关节炎中细胞类型解剖组织与细胞微环境在疼痛性关节炎中的功能重要性 | 成年小鼠颞下颌关节及患者滑膜组织 | 空间转录组学 | 关节炎 | seqFISH (顺序荧光原位杂交) 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 成年小鼠颞下颌关节及患者滑膜组织（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | seqFISH | 顺序荧光原位杂交空间转录组技术 |
| 82 | 2026-03-28 |
Identification of a Force-Induced Sox9+Acan+ Transitional Subpopulation Linked to FGF2-FGFR2-ERK Signaling in Orthodontic Bone Remodeling
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202519330
PMID:41572365
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定了一个在正畸骨重塑中受机械力诱导的Sox9+Acan+过渡亚群，并揭示了其通过FGF2-FGFR2-ERK信号通路促进破骨细胞分化和骨吸收的机制 | 首次在正畸骨重塑中识别出一个共表达Sox9和Acan的机械敏感过渡性细胞亚群，并阐明了其通过FGF2-FGFR2-ERK信号与巨噬细胞相互作用调控骨吸收的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限；单细胞测序数据可能受技术偏差影响；GelMA@siRNA水凝胶系统的长期安全性和疗效需进一步评估 | 探究正畸力诱导的骨重塑中细胞异质性及机械敏感细胞亚群在正畸性炎症性牙根吸收中的作用机制 | 小鼠正畸牙移动模型中的间充质谱系细胞、免疫细胞（特别是巨噬细胞）及骨组织 | 单细胞组学 | 正畸性炎症性牙根吸收 | 单细胞RNA测序，RNAscope，多重免疫组化，机械刺激实验 | NA | 单细胞转录组数据，组织图像数据 | 小鼠模型样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 83 | 2026-03-28 |
Atlas-guided discovery of transcription factors for T cell programming
2026-Mar, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09989-7
PMID:41639465
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研究论文 | 本文通过整合转录组和表观遗传数据，构建了CD8 T细胞状态的综合图谱，并利用CRISPR筛选结合单细胞RNA测序技术，发现了调控T细胞分化的关键转录因子 | 首次构建了涵盖九种CD8 T细胞状态的综合图谱，并利用in vivo Perturb-seq技术系统性鉴定出调控终末耗竭T细胞和驻留记忆T细胞分化的选择性转录因子，如ZSCAN20和JDP2 | 研究主要基于小鼠模型，人类T细胞验证数据有限；平台可能未覆盖所有T细胞状态或环境 | 系统定义调控CD8 T细胞不同分化状态的转录因子，以优化细胞免疫疗法设计 | CD8 T细胞，特别是终末耗竭T细胞和驻留记忆T细胞 | 单细胞组学 | 癌症和慢性感染 | 单细胞RNA测序，CRISPR筛选，表观遗传分析 | NA | 转录组数据，表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 84 | 2026-03-28 |
Improving atlas-scale single-cell annotation models with hierarchical cross-entropy loss
2026-Mar, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00945-z
PMID:41617882
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研究论文 | 本文提出了一种分层交叉熵损失函数，用于改进单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释模型 | 引入分层交叉熵损失，将模型目标与生物层次结构对齐，无需额外计算成本即可提升分布外性能12-15% | 未明确说明模型在特定疾病或数据集上的具体限制，且强调需要新数据生成以改善注释细胞类型间的连通性 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和泛化能力 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释模型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性模型、transformer | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2026-03-28 |
Partially shared multi-modal embedding learns holistic representation of cell state
2026-Mar, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00948-w
PMID:41741805
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研究论文 | 本文提出了一种名为APOLLO的计算框架，通过部分共享的多模态嵌入学习细胞状态的整体表示 | APOLLO框架自动学习多模态间的部分信息共享，使用具有部分重叠潜在空间的自动编码器，通过潜在优化学习，能够预测缺失模态并解耦与特定表型相关的模态或细胞区室 | NA | 开发一个计算框架以整合单细胞多模态数据，提供更可解释和全面的细胞状态视图 | 模拟数据及四种配对单细胞数据应用，包括SHARE-seq（scRNA-seq和scATAC-seq）、CITE-seq（scRNA-seq和蛋白质丰度）以及两个多重成像数据集 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 蛋白质丰度测量, 多重成像 | 自动编码器（Autoencoder） | 单细胞多模态数据（包括基因表达、染色质可及性、蛋白质丰度和成像数据） | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 86 | 2026-03-28 |
A benchmark of semi-supervised scRNA-seq integration methods in real-world scenarios
2026-Mar, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014008
PMID:41838767
|
研究论文 | 本文首次系统性地在真实世界场景下，比较了半监督与无监督单细胞RNA-seq整合方法在六个不同数据集中的性能 | 首次在真实条件下系统评估半监督单细胞RNA-seq整合方法，包括多种不完美标签场景，如随机缺失、错误标签、边界混合标签等 | 研究显示半监督方法在标签质量不确定时优势有限，且未有任何方法能始终优于最强无监督方法 | 评估半监督单细胞RNA-seq整合方法在真实世界场景中的性能与鲁棒性 | 单细胞RNA-seq数据整合方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 六个不同数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2026-03-28 |
The RNA-binding protein SRSF3 controls epicardial formation by regulating splicing and proliferation
2026-Mar-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204918
PMID:41601313
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研究论文 | 本研究揭示了RNA结合蛋白SRSF3通过调控剪接和增殖在心脏外膜形成中的关键作用 | 首次发现SRSF3在胚胎前心外膜和心外膜层高表达，并证明其缺失会导致增殖停滞，影响心外膜形成；通过单细胞RNA测序揭示非重组细胞的代偿性增殖现象 | 未完全阐明SRSF3调控细胞周期调节因子的具体分子机制；研究主要基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证 | 探究RNA结合蛋白SRSF3在心脏外膜形成和功能调控中的分子机制 | 小鼠胚胎前心外膜和心外膜细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，内源性irCLIP | NA | RNA测序数据，蛋白质-RNA相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 88 | 2026-03-28 |
Conversion of Transplanted Mature Hepatocytes into Afp+ Reprogrammed Cells for Liver Regeneration After Injury
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202517126
PMID:41609487
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研究论文 | 本研究揭示了移植的成熟肝细胞在肝损伤后通过转化为甲胎蛋白阳性的重编程细胞（Afp rHeps）来驱动肝脏再生的分子机制 | 首次通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序等技术，系统阐明了移植成熟肝细胞转化为Afp+重编程细胞的动态过程及其调控网络，特别是发现了PPARγ/AFP代谢轴和TNF-α/AP-1有丝分裂信号的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，其在人类肝脏再生中的普适性仍需进一步验证；单细胞测序技术虽然能揭示细胞异质性，但可能无法完全捕捉到所有低丰度细胞类型或瞬时状态 | 探究移植的成熟肝细胞在肝脏损伤后驱动再生的具体细胞与分子机制 | 移植的成熟肝细胞及其在损伤肝脏微环境中的命运转变 | 单细胞组学与再生医学 | 肝衰竭/肝损伤 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单细胞转座酶可及染色质测序 (scATAC-seq), 谱系追踪, 连续移植 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-03-28 |
Identifying Clones in Myelodysplastic Syndromes by Using Single-Cell RNA Sequencing
2026-Mar, Hematological oncology
IF:3.3Q2
DOI:10.1002/hon.70189
PMID:41886772
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 90 | 2026-03-28 |
Female iPSC X-chromosome inactivation (XCI) erosion and its transcriptomic effects during CRISPR gene editing and neural differentiation
2026-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.27.708613
PMID:41890091
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研究论文 | 本研究探讨了女性诱导多能干细胞在CRISPR基因编辑和神经分化过程中X染色体失活侵蚀的转录组效应 | 首次系统研究了CRISPR编辑和神经分化对女性iPSC XCI侵蚀的影响，揭示了其在神经元中引起的等位基因特异性表达偏倚及其对差异表达基因分析的混淆效应 | 研究主要基于有限供体细胞系（4个），且单细胞RNA-seq仅覆盖42个编辑基因的子集 | 探究女性iPSC在CRISPR编辑和神经分化过程中XCI侵蚀的转录组影响及其对神经发育疾病建模的意义 | 女性诱导多能干细胞及其分化的神经元 | 单细胞组学 | 神经发育障碍 | CRISPR基因编辑, bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 数百个CRISPR编辑的女性iPSC细胞系（来自4个供体，针对66个基因），以及iPSC衍生神经元的单细胞RNA-seq数据（针对42个编辑基因的子集） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 91 | 2026-03-28 |
scDBic: a novel deep learning-based biclustering algorithm for analyzing scRNA-seq data
2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag095
PMID:41746287
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scDBic的新型深度学习双聚类算法，专门用于分析单细胞RNA测序数据 | 结合深度自编码器进行细胞聚类，并采用反向策略识别关键基因簇，以提升细胞聚类性能 | 未明确提及算法在处理超大规模数据集或特定噪声类型时的具体限制 | 开发一种能有效捕获局部一致性并克服传统聚类和双聚类算法局限性的方法，以分析scRNA-seq数据 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2026-03-28 |
BrainConnect: processing brain connectivity and spatial transcriptomics data for integrative analysis
2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag120
PMID:41808453
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研究论文 | 开发了一个名为BrainConnect的软件，用于处理小鼠大脑连接数据和空间转录组学数据，以进行整合分析并预测连接强度 | 首次开发了能够统一处理不同类型大脑连接数据和空间转录组学数据的方法，并利用LSTM网络从空间转录组学数据预测连接强度 | 方法目前仅应用于小鼠大脑数据，尚未扩展到其他物种或更复杂的大脑区域 | 整合大脑连接数据和空间转录组学数据，以预测和理解大脑连接性的分子基础 | 小鼠大脑连接数据和空间转录组学数据 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学 | LSTM | 空间转录组学数据和大脑连接数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 93 | 2026-03-28 |
Circulating tumor cells in myeloma are a compound biomarker for bone marrow high-risk genomic alterations and tumor load
2026-Feb-26, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025030083
PMID:41411148
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和全基因组测序分析，揭示了多发性骨髓瘤中循环肿瘤细胞（CTC）水平与骨髓高风险基因组改变及肿瘤负荷的关联机制 | 首次在单克隆水平上证明CTC与配对骨髓细胞转录相似，无独特循环群体；发现高CTC水平患者骨髓细胞增殖增加和基因组事件不平衡；开发了预测遗传改变和肿瘤负荷对CTC水平影响的模型 | 研究主要基于新诊断多发性骨髓瘤患者，未涵盖复发或难治性病例；样本量可能有限；机制性因果关系需进一步实验验证 | 探究多发性骨髓瘤中CTC水平与预后不良相关的机制，并评估CTC作为基因组驱动高风险疾病的生物标志物价值 | 新诊断多发性骨髓瘤患者的配对骨髓和血液样本 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组学, 全基因组测序, 全外显子组测序, 批量RNA测序 | 预测模型 | 转录组数据, 基因组数据 | 来自新诊断多发性骨髓瘤患者的配对骨髓和血液样本，并利用Multiple Myeloma Research Foundation CoMMpass数据集及内部数据集进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 全基因组测序, 全外显子组测序, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2026-03-28 |
Multi-omics analysis reveals that CAPG positive macrophages are key immunosuppressive drivers and prognostic determinants in the ferroptosis landscape of hepatocellular carcinoma
2026-Feb-22, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04649-2
PMID:41723761
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了CAPG阳性巨噬细胞在肝细胞癌铁死亡景观中的关键免疫抑制驱动作用和预后决定作用 | 首次系统描绘了肝细胞癌中铁死亡-免疫网络，并识别出CAPG阳性巨噬细胞作为关键免疫抑制驱动因子，构建了基于其标志基因的预后模型 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认CAPG阳性巨噬细胞的具体功能机制 | 探究肝细胞癌中铁死亡与免疫微环境的相互作用，识别关键的免疫抑制驱动因子 | 肝细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 多组学分析，单细胞转录组学，空间转录组学，加权基因共表达网络分析 | 预后模型 | 转录组数据，单细胞RNA测序数据，空间转录组数据 | TCGA数据集中的肝细胞癌样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 95 | 2026-03-28 |
A Single-Cell Perspective on Remapping Human Adult Neurogenesis and Its Clinical Implications
2026-02-22, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom16020331
PMID:41750399
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在成人海马神经发生研究中的应用，及其对神经系统疾病机制和治疗策略的启示 | 整合了单细胞RNA测序技术提供的细胞和分子层面见解，为神经系统疾病的靶向治疗开发提供了新视角 | NA | 探讨成人海马神经发生的细胞和分子景观，以及神经系统疾病的病理机制及其治疗意义 | 成人海马神经发生、神经系统疾病（如癌症、心血管疾病和神经系统疾病） | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 96 | 2026-03-28 |
Utilizing bulk and single-cell RNA sequencing to identify potential biomarkers linked to angiogenesis and integrated stress response in chondrosarcoma
2026-Feb-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-40800-3
PMID:41723200
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研究论文 | 本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别并验证了与软骨肉瘤血管生成和整合应激反应相关的三个潜在生物标志物（HSPA8、LMNA和SERPINH1） | 首次将血管生成和整合应激反应通路与软骨肉瘤的生物标志物发现相结合，并利用单细胞测序数据（GSE184118）在关键细胞类型（基质细胞）中验证了这些标志物的表达与分化状态的相关性 | 研究主要基于公共数据库（GEO）的回顾性数据，需要进一步的体内外实验验证这些生物标志物的功能机制和临床转化潜力 | 识别与软骨肉瘤血管生成和整合应激反应相关的潜在生物标志物，并阐明其分子机制 | 软骨肉瘤患者样本及相关基因表达数据 | 生物信息学 | 软骨肉瘤 | 批量RNA测序，单细胞RNA测序，RT-qPCR，分子对接分析 | 差异表达分析，WGCNA，伪时间分析，细胞通讯分析 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的多个数据集（包括GSE30835、GSE22855和GSE184118），具体样本数量未明确说明 | NA | 批量RNA-seq，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 97 | 2026-03-28 |
Integrative analysis of polyamine-associated genes reveals a prognostic and immunological signature in esophageal squamous cell carcinoma
2026-Feb-19, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03915-z
PMID:41714427
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研究论文 | 本文通过整合单细胞和批量转录组分析，揭示了多胺代谢在食管鳞状细胞癌（ESCA）中的预后和免疫学特征 | 首次结合单细胞RNA-seq和批量转录组数据，开发了一个基于八种多胺相关基因的预后模型，并验证了其在患者分层和免疫治疗反应预测中的潜力 | 研究样本量有限（单细胞数据仅来自四名患者），且为回顾性分析，需要进一步的前瞻性研究验证 | 探索多胺代谢在食管鳞状细胞癌中的具体作用及其与免疫微环境和预后的关联 | 食管鳞状细胞癌（ESCA）患者 | 生物信息学 | 食管癌 | 单细胞RNA-seq，批量转录组分析 | Cox回归，LASSO回归 | RNA-seq数据 | 四名ESCA患者的单细胞RNA-seq数据（GSE188900），以及GSE53624和GSE53622队列的批量转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2026-03-28 |
In situ electrospinning at the operating table to immobilise mesenchymal stem cells on the bony wall for the regeneration of osteoporotic bone defects
2026-Feb-19, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04165-z
PMID:41715169
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研究论文 | 本研究开发了一种使用手持式静电纺丝装置在手术台原位固定间充质干细胞（MSCs）于骨壁，以促进骨质疏松性骨缺损再生的新策略 | 首次提出在手术台使用手持式静电纺丝装置原位固定MSCs于复杂骨壁表面，无需依赖传统支架载体，并阐明了该策略通过上调CCL2促进内源性干细胞归巢以及通过TSG6调节免疫微环境来促进骨修复的机制 | 研究主要在骨质疏松大鼠颅骨缺损模型中进行，其临床转化效果及在其他骨缺损类型（如长骨、负重骨）中的适用性有待进一步验证 | 开发一种改进的干细胞递送策略，以更有效地治疗骨质疏松性骨缺损 | 间充质干细胞（MSCs）、骨质疏松大鼠的颅骨缺损模型 | 组织工程与再生医学 | 骨质疏松症 | 流式细胞术、单细胞测序、组织mRNA测序、免疫荧光检测 | 动物模型（大鼠） | 测序数据、流式数据、蛋白表达数据、影像学数据 | 骨质疏松大鼠模型（具体数量未在摘要中明确说明） | NA | 单细胞测序、mRNA测序 | NA | NA |
| 99 | 2026-03-28 |
A pathomics-based pyroptosis signature predicts survival in clear cell renal cell carcinoma
2026-Feb-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04685-y
PMID:41706247
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研究论文 | 本研究开发了一种基于病理组学和细胞焦亡信号的新型预后模型，用于预测透明细胞肾细胞癌患者的生存率 | 首次在ccRCC中整合病理组学特征与细胞焦亡相关信号构建预后模型，将定量图像特征与生物学通路相结合 | 模型仅在TCGA数据集上进行训练和验证，需要外部独立队列进一步验证其普适性 | 开发更准确的预后工具以改善透明细胞肾细胞癌的临床管理 | 透明细胞肾细胞癌患者 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 全切片图像分析、单细胞测序 | StepCox[forward]+Lasso算法 | 图像、基因表达数据 | TCGA数据集中的ccRCC患者样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 100 | 2026-03-28 |
Immune regulation and cellular crosstalk drive non-fibrotic lung remodeling in pre-metamorphic frogs exposed to paraquat
2026-Feb-18, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-026-02546-2
PMID:41709280
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研究论文 | 本研究通过组织学分析、行为学检测和单细胞RNA测序，探索了Microhyla fissipes蝌蚪在短期百草枯暴露下的急性肺部反应，揭示了非纤维化的免疫驱动重塑过程 | 首次在蝌蚪模型中揭示了百草枯诱导的非纤维化肺部重塑，并识别了免疫细胞和发育信号通路（如Wnt/β-catenin）在环境应激中的重激活作用 | 结论仅限于蝌蚪阶段和短期暴露，长期或变态后的影响需要进一步研究 | 研究环境化学物质（百草枯）对早期发育阶段脊椎动物肺部急性损伤反应和重塑机制的影响 | Microhyla fissipes蝌蚪的肺部组织 | 单细胞组学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |