单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
81 2026-02-21
Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover SPP1⁺ and HLA-DRB5⁺ macrophages as key modulators of the immune microenvironment in colorectal cancer liver metastasis
2026-Feb-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
82 2026-03-18
Spatial Transcriptomic Analysis Reveals Dysregulated Pro-Inflammatory Signaling in the Aged Lung
2026-Feb-19, Aging and disease IF:7.0Q1
研究论文 本研究通过空间转录组学分析揭示了老年恒河猴肺组织中促炎信号失调的机制 首次利用Visium空间转录组学技术比较年轻与老年恒河猴肺组织的转录景观,揭示老年肺中促炎偏倚和细胞信号通路减少 研究样本可能有限,且恒河猴模型虽优于啮齿动物,但仍存在与人类疾病的差异 探究老年个体对呼吸道感染易感性增加的分子机制 年轻与老年恒河猴的肺组织 空间转录组学 老年疾病 空间转录组学 NA 空间转录组数据 年轻与老年恒河猴肺组织样本 10x Genomics 空间转录组学 Visium Visium空间转录组学平台
83 2026-03-18
Development and validation of an oxidative phosphorylation based prognostic model revealing tumor progression and immune microenvironment in lung adenocarcinoma
2026-Feb-11, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 本研究开发并验证了一个基于氧化磷酸化的预后模型,用于揭示肺腺癌的肿瘤进展和免疫微环境 首次构建了基于氧化磷酸化相关基因的肺腺癌预后模型,并识别了UQCC3⁺和RAB5IF⁺上皮细胞在肿瘤进展和免疫抑制中的关键作用 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床验证 开发肺腺癌的预后模型并探索氧化磷酸化在肿瘤进展和免疫微环境中的作用机制 肺腺癌患者 生物信息学 肺癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq LASSO-Cox回归模型 基因表达数据 TCGA数据库和多个GEO数据集中的肺腺癌样本 NA RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
84 2026-02-12
Integrating single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to identify hub pathways and diagnostic biomarkers in active pulmonary tuberculosis
2026-Feb-10, BMC infectious diseases IF:3.4Q2
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
85 2026-03-18
A novel integrative machine learning-based prognostic model reveals lactylation regulation in hepatocellular carcinoma progression
2026-Feb-10, Cancer cell international IF:5.3Q1
研究论文 本研究开发了一种基于乳酸化相关代谢基因的整合机器学习预后模型(MRLI),用于预测肝细胞癌的预后和治疗反应 首次构建了基于乳酸化相关代谢基因的整合机器学习预后模型,并验证了其在预测肝细胞癌预后、免疫微环境和治疗敏感性方面的能力 模型基于公共数据集构建,需要进一步在更大规模的前瞻性临床队列中进行验证 构建肝细胞癌的预后预测模型并探索乳酸化在肿瘤进展中的作用机制 肝细胞癌患者 机器学习 肝细胞癌 RNA-seq, 蛋白质组学, 单细胞分析, 空间转录组学, 多重免疫荧光 整合机器学习框架 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 四个独立的肝细胞癌队列,包括40个HCC样本的验证队列 NA bulk RNA-seq, 单细胞分析, 空间转录组学 NA NA
86 2026-03-18
ICE: robust detection of cellular senescence from weak single-cell signatures using imputation-based marker refinement
2026-Feb-10, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 本文提出了一种名为ICE的计算框架,用于从单细胞RNA-seq数据中稳健检测衰老细胞 ICE框架通过整合表达插补与标记物精炼,解决了传统衰老标记物表达弱且非特异性导致的检测难题 未在摘要中明确说明 开发一种计算工具以改进单细胞RNA-seq数据中衰老细胞的检测 胰腺β细胞和阿尔茨海默病样本中的小胶质细胞 单细胞转录组学 阿尔茨海默病 单细胞RNA-seq ICE(基于插补的细胞富集框架) 单细胞RNA-seq数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
87 2026-03-18
Aerobic exercise facilitates p300 nuclear translocation via ADRB2-AMPKα signaling, leading to enhanced histone acetylation and mitigation of cognitive decline in APP/PS1 mice
2026-Feb-10, Alzheimer's research & therapy
研究论文 本研究揭示了有氧运动通过ADRB2-AMPKα信号通路促进p300核转位,从而增强组蛋白乙酰化并减轻APP/PS1小鼠认知衰退的分子机制 首次发现并阐明有氧运动通过ADRB2-p-AMPKα-p300轴调控染色质重塑,对抗阿尔茨海默病突触退化和认知衰退的新机制 研究主要基于小鼠模型,人类样本的机制验证尚不充分;AMPK抑制剂干预的长期效应和安全性未评估 探究运动诱导神经保护与表观遗传重塑之间的分子联系,为阿尔茨海默病提供运动模拟疗法靶点 人类流行病学队列(NHANES)、阿尔茨海默病患者转录组数据(GEO)、APP/PS1转基因小鼠 神经科学 阿尔茨海默病 孟德尔随机化分析、转录组差异基因富集分析、单细胞RNA测序、表观遗传分析、分子生物学检测 动物模型(APP/PS1转基因小鼠) 流行病学数据、转录组数据、行为学数据、病理学数据、表观遗传数据 人类队列1,511名参与者;小鼠模型未明确数量;GEO数据集GSE110298 NA 单细胞RNA测序 NA NA
88 2026-03-18
Hepatic stellate cell derived lipid droplets drive protumoral M2 macrophage polarization in hepatocellular carcinoma
2026-Feb-09, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 本研究揭示了肝星状细胞通过释放脂滴诱导巨噬细胞M2极化,从而促进肝细胞癌发展的新机制 首次证明活化的肝星状细胞通过释放脂滴直接调控巨噬细胞极化,并促进肝癌发展 主要基于小鼠模型,临床验证仅使用TCGA数据库的回顾性数据 探究肝星状细胞脂滴在慢性肝损伤中的命运及其对巨噬细胞极化和肝癌发展的影响 肝星状细胞、肝巨噬细胞、肝细胞癌 肿瘤免疫学 肝细胞癌 单细胞RNA测序、免疫荧光、透射电镜、流式细胞术、梯度离心 NA 单细胞转录组数据、临床队列数据 C57BL/6小鼠模型、TCGA-LIHC队列 NA 单细胞RNA-seq NA NA
89 2026-03-18
Cell Subtypes and Gene Dysfunction in Ovarian Endometriosis Before and After GnRHa Treatment Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2026-02, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了卵巢子宫内膜异位症患者在GnRHa治疗前后异位和正常子宫内膜的细胞亚型及基因功能障碍 首次在单细胞水平上系统比较了子宫内膜异位症患者异位与正常子宫内膜的细胞组成差异,并明确了GnRHa治疗对特定细胞亚群(如ECM1+基质细胞)的影响 样本量较小(仅3名患者),且未涉及长期随访数据,可能限制结果的普遍性 探究子宫内膜异位症相关纤维化的病理特征,分析GnRHa治疗对细胞异质性的影响 子宫内膜异位症患者的异位和正常子宫内膜组织 数字病理学 子宫内膜异位症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 3名患者的6个样本(包括异位病灶和正常子宫内膜) NA 单细胞RNA-seq NA NA
90 2026-03-18
Identification of a Potential Biomarker PDGFRA for Endometriosis Based on Comprehensive Analysis of Multiple Omics Data
2026-02, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.)
研究论文 本研究通过多组学数据分析,识别出PDGFRA作为子宫内膜异位症的潜在生物标志物 结合DEGs、WGCNA和机器学习方法,并利用bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,首次将PDGFRA鉴定为EMs的核心基因,并通过空间转录组分析揭示了其在异位病灶区域的过表达 研究主要基于公共数据库数据,实验验证部分可能有限,且疾病机制仍需进一步探索 探索子宫内膜异位症的致病机制并识别潜在生物标志物 子宫内膜异位症组织样本及相关细胞 生物信息学 子宫内膜异位症 bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组分析 机器学习 基因表达数据 基于GEO数据库的多个数据集,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
91 2026-03-18
Integrated bulk and single-cell transcriptomic profiling reveals bromocriptine sensitivity genes and cellular targets in adenomyosis
2026-Feb, Pakistan journal of medical sciences IF:1.2Q2
研究论文 本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,识别了与溴隐亭敏感性相关的基因,并探索了其在子宫腺肌症中的细胞类型特异性表达模式 首次结合批量转录组和单细胞转录组分析,系统性地鉴定了溴隐亭治疗子宫腺肌症的敏感性基因及其细胞来源 研究为横断面生物信息学分析,缺乏体内外功能实验验证;样本来源单一(深圳市宝安实验人民医院) 识别溴隐亭治疗子宫腺肌症的敏感性基因,探索其生物学过程和细胞特异性表达模式 子宫腺肌症患者的子宫内膜组织(治疗前后)、正常子宫内膜组织、异位病灶 生物信息学 子宫腺肌症 RNA-seq, 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 未明确具体样本数量,包含患者治疗前后样本及外部验证数据集 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
92 2026-03-18
[Recent Advances in the Interorgan Regulatory Roles of Adipose Tissue]
2026-Jan-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition
综述 本文综述了脂肪组织作为关键信号枢纽,在肝脏、肠道、大脑和骨骼等器官间通讯中的作用及其与肿瘤进展的关联,并强调了单细胞测序和人工智能等前沿技术在脂肪组织研究中的应用 系统性地回顾了以脂肪组织为中心的器官间调控网络,克服了单器官研究的局限,并突出了单细胞测序和人工智能等新技术在该领域的应用潜力 作为一篇综述文章,它主要总结现有研究,未提出新的实验数据或模型,且可能未涵盖所有最新进展 探讨脂肪组织在器官间通讯中的调控作用及其在健康和疾病中的意义,以期为疾病治疗和健康管理提供新见解 脂肪组织及其与肝脏、肠道、大脑、骨骼和肿瘤的相互作用 NA 慢性疾病(与脂肪组织相关) 单细胞测序,人工智能 NA NA NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
93 2026-03-18
ASB5 is a specific marker for muscle satellite cells but dispensable for skeletal muscle development and regeneration
2026-Jan-19, Skeletal muscle IF:5.3Q2
研究论文 本文通过单细胞RNA-seq数据分析发现ASB5是肌肉卫星细胞的特异性标记物,并通过CRISPR-Cas9敲除小鼠模型验证其功能 首次鉴定ASB5为肌肉卫星细胞的特异性标记物,并系统评估其在肌肉发育和再生中的功能 研究仅在正常生理条件下进行,未探讨病理状态或应激条件下ASB5的功能 探索肌肉卫星细胞的新分子标记物及其在骨骼肌发育和再生中的作用 小鼠肌肉卫星细胞和骨骼肌组织 单细胞组学 肌肉疾病 单细胞RNA-seq, CRISPR-Cas9基因编辑, 实时定量PCR 基因敲除小鼠模型 单细胞转录组数据, 基因表达数据 未明确样本数量,使用公开数据集和基因敲除小鼠 NA 单细胞RNA-seq NA NA
94 2026-03-18
Single-Cell Resolution Drug Effects of Renin-Angiotensin-Aldosterone Blockade in ZSF1 Rat Diabetic Kidney Disease
2026-Jan-07, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1
研究论文 本研究利用单细胞转录组学技术,探究了依那普利在ZSF1大鼠糖尿病肾病中对远端肾单位损伤状态的影响,并发现组织蛋白酶D是依那普利效应的关键调节因子 首次在单细胞分辨率下揭示了依那普利在糖尿病肾病中对远端肾单位损伤状态的作用机制,并识别了组织蛋白酶D作为药物效应的关键调节因子 研究主要基于动物模型,人类样本验证有限,且未全面评估其他肾单位段落的潜在贡献 探究依那普利在糖尿病肾病中的细胞作用类型和分子机制 Zucker自发性高血压肥胖大鼠的肾脏细胞和人类肾脏样本 数字病理学 糖尿病肾病 单细胞转录组学 NA 转录组数据 动物模型和人类肾脏样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
95 2026-03-18
CCL5-Mediated Immune Interactions Drive Osteosarcoma Progression: Insights from Mendelian Randomization, Single-Cell Analysis, and Functional Validation
2026, Journal of inflammation research IF:4.2Q2
研究论文 本研究通过整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和功能实验,揭示了趋化因子CCL5在骨肉瘤免疫微环境中的核心作用及其促进肿瘤进展的机制 首次结合孟德尔随机化、单细胞分析和功能验证,系统阐明了CCL5在骨肉瘤中的因果作用和细胞来源 研究主要基于观察性数据和体外实验,体内功能和临床转化验证尚需进一步研究 探究炎症细胞因子和免疫细胞在骨肉瘤进展中的因果作用和机制 骨肉瘤组织、免疫细胞(单核/巨噬细胞、成纤维细胞、T细胞等) 生物信息学与肿瘤免疫学 骨肉瘤 孟德尔随机化、单细胞RNA测序、批量转录组分析、qPCR、CCK-8、EdU、集落形成实验 NA 基因组数据、转录组数据、单细胞数据 未明确样本数量,使用了TARGET数据集和功能实验 NA 单细胞RNA测序 NA NA
96 2026-03-18
Inhibition of Airway Epithelial CTSC Attenuates Type 2 Inflammation: Implications for Eosinophilic Chronic Rhinosinusitis with Nasal Polyps
2026, Journal of inflammation research IF:4.2Q2
研究论文 本研究探讨了组织蛋白酶C(CTSC)在鼻黏膜上皮中的功能与亚细胞定位,特别是在嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的作用 首次通过单细胞RNA测序揭示CTSC在鼻上皮杯状细胞和基底细胞中的特异性定位,并证实其在2型炎症中的调控作用 样本量相对较小(共82例),且体外实验基于细胞系模型,可能无法完全模拟体内复杂环境 探究CTSC在慢性鼻窦炎特别是嗜酸性亚型中的致病机制与治疗潜力 嗜酸性与非嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者及对照组的鼻黏膜组织与16HBE细胞系 NA 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组化、qPCR、Western blot、siRNA敲低 NA RNA测序数据、图像数据、蛋白质数据 82例(34例eNP、32例neNP、16例对照) NA 单细胞RNA测序 NA NA
97 2026-03-18
gLeiden: accelerated community detection algorithms using directed and undirected graphs on GPUs
2026, Bioinformatics advances IF:2.4Q2
研究论文 本文介绍了gLeiden,一种基于CUDA C++的GPU加速Leiden社区检测算法实现,支持有向和无向图,旨在提升单细胞RNA测序和质谱流式数据分析中的计算效率 gLeiden是首个支持有向图的GPU实现Leiden算法,相比现有仅支持无向图的实现,能利用边方向性信息,并在大型数据集上实现显著加速 有向图版本相比无向图需要近两倍的计算时间和内存资源,且性能比较主要基于现有Java和Python实现,未广泛对比其他GPU加速社区检测工具 开发高性能GPU加速社区检测算法,以应对单细胞RNA测序和质谱流式数据规模增长带来的计算挑战 社区检测算法在生物信息学中的应用,特别是针对图数据的并行计算优化 机器学习 NA 单细胞RNA测序,质谱流式 Leiden算法 图数据(有向和无向图) NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
98 2026-03-18
FAM-related prognostic molecular subtype screening identified epithelial-derived MAOA-inhibiting bladder cancer
2026, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 本研究开发并验证了一个基于脂肪酸代谢相关基因的新型预后特征模型,用于预测膀胱癌患者的预后,并识别出MAOA作为潜在的肿瘤抑制因子 首次构建了基于脂肪酸代谢相关基因的四基因风险评分模型,并通过单细胞RNA测序分析揭示了AEBP1和MAOA在肿瘤微环境中的细胞特异性表达模式 研究样本量相对有限,且体外实验仅在T24和5637两种膀胱癌细胞系中进行,需要更多临床样本和体内实验验证 开发膀胱癌的脂肪酸代谢相关预后特征模型并探讨其生物学和临床意义 膀胱癌患者样本和膀胱癌细胞系 生物信息学 膀胱癌 单细胞RNA测序,体外功能实验 风险评分模型 基因表达数据 359个膀胱癌样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
99 2026-03-18
Combination of single-cell and bulk RNA-seq reveals changes in the immune landscape in osteomyelitis
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞和批量RNA-seq联合分析,揭示了骨髓炎免疫微环境的变化,识别了疾病进展的关键驱动基因和致病细胞群,并发现了潜在的治疗靶点 结合单细胞和批量转录组学数据,首次全面表征骨髓炎的免疫微环境动态变化,并识别出特定的巨噬细胞亚群及其信号通路在疾病进展中的核心作用 研究基于小鼠模型数据(GSE168896),结果在人类骨髓炎中的适用性需要进一步验证 表征骨髓炎的免疫微环境,识别疾病进展的驱动基因和致病细胞群,并探索潜在治疗靶点 小鼠骨髓炎样本 生物信息学 骨髓炎 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq 模糊c均值聚类 转录组测序数据 数据集GSE168896中的小鼠骨髓炎样本 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
100 2026-03-18
Single-cell profiling of PBMCS reveals an immune signature of irAEs in anti-PD-1-treated acral melanoma patients
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析抗PD-1治疗的肢端黑色素瘤患者外周血单个核细胞,揭示了与免疫相关不良事件相关的免疫特征 首次在肢端黑色素瘤患者中,通过单细胞测序揭示了CD8+ T细胞分化失衡(特别是过渡性细胞与细胞毒性细胞比例下降)与免疫相关不良事件发生之间的关联,并提出了潜在的生物标志物 样本量较小(仅8名患者),需要在更大的前瞻性队列中进行验证 探究抗PD-1治疗的肢端黑色素瘤患者发生免疫相关不良事件的潜在外周免疫机制 肢端黑色素瘤患者的外周血单个核细胞 单细胞组学 黑色素瘤 单细胞RNA测序 伪时间轨迹分析 单细胞转录组数据 8名肢端黑色素瘤患者(3名发生irAEs,3名未发生irAEs,2名未治疗对照)的54,793个高质量细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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