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当前共找到 33707 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-12-07 |
VISTA Uncovers Missing Gene Expression and Spatial-induced Information for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Oct-07, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7564369/v1
PMID:41282090
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研究论文 | 本文提出了一种名为VISTA的新方法，用于预测亚细胞空间转录组学数据中未观测基因的表达水平 | VISTA结合变分推断和几何深度学习，联合建模scRNA-seq和SST数据，并引入不确定性量化，以解决SST技术基因检测数量有限的问题 | NA | 增强对空间诱导细胞状态和特征的理解，通过预测未观测基因表达来扩展SST数据的分析能力 | 亚细胞空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq, 亚细胞空间转录组学 | 变分推断, 几何深度学习 | 基因表达数据 | 四个SST数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 82 | 2025-12-07 |
Matrix stiffness induces endothelial network senescence
2025-Oct-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.05.680536
PMID:41278992
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研究论文 | 本研究开发了一种三维人类模型，揭示了细胞外基质硬化通过机械应力诱导内皮细胞衰老的机制 | 开发了能够将机械应力与炎症或生化输入解耦的三维人类模型，首次证明在没有炎症信号的情况下，基质硬化可通过Notch-JNK-FOS信号轴诱导内皮细胞衰老表型 | 模型可能无法完全模拟体内复杂的微环境，临床样本仅限于合成乳房植入物患者的纤维化包膜组织 | 研究细胞外基质硬化如何通过机械应力驱动内皮细胞衰老，以理解组织功能衰退的机制 | 内皮细胞、三维人类内皮网络模型、患者纤维化包膜组织 | 细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 三维人类模型 | 基因表达数据、组织样本 | 患者纤维化包膜组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 83 | 2025-12-07 |
Positionally distinct interferon-stimulated dermal immune-acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet syndrome
2025-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.029
PMID:40516577
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了Sweet综合征皮肤中干扰素激活的成纤维细胞在促进中性粒细胞招募中的关键作用 | 首次在Sweet综合征中识别出位置性不同的干扰素激活成纤维细胞亚群，并阐明了它们通过I型干扰素识别和趋化因子表达驱动中性粒细胞浸润的机制 | 研究基于存档临床样本，可能受样本保存和处理条件影响；功能验证主要在体外细胞培养中进行，体内机制需进一步验证 | 阐明Sweet综合征的细胞和分子特征，特别是其与其他中性粒细胞性皮病（如坏疽性脓皮病）的区别 | Sweet综合征患者、坏疽性脓皮病患者及健康对照者的皮肤样本 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞转录组学、空间转录组学、单分子分辨率空间转录组学 | NA | 转录组数据、空间转录组数据 | 存档临床皮肤样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 84 | 2025-12-07 |
Activated MAFB in ovarian cancer promotes cytoskeletal remodeling and immune microenvironment suppression by interfering with m6A modifications through WTAP competition
2025-Oct, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03522-w
PMID:40796955
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研究论文 | 本研究揭示了MAFB通过竞争性结合m6A甲基转移酶复合物核心组分WTAP，干扰m6A修饰，从而促进卵巢癌细胞骨架重塑和免疫微环境抑制的新机制 | 首次发现MAFB通过竞争性结合WTAP干扰m6A修饰的非经典调控轴，将转录调控与表观转录组修饰联系起来，并鉴定出MAFB-WTAP-CD55轴作为卵巢癌的潜在治疗靶点 | NA | 阐明卵巢癌免疫逃逸的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 卵巢癌 | 计算生物学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多个临床队列和单细胞转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2025-12-07 |
Linear Dimensionality Reduction Methods for Analyzing Structured Biomedical Data: Existing Research and Future Opportunities
2025-Sep, Wiley interdisciplinary reviews. Computational statistics
DOI:10.1002/wics.70045
PMID:41341259
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综述 | 本文综述了用于分析结构化生物医学数据的线性降维方法，包括监督和无监督分析，并基于低秩加噪声模型进行理论和数值比较 | 提出了一个基于低秩加噪声模型的统一框架，对现有结构化降维方法进行理论和数值比较，并指出未来研究方向 | 主要关注线性方法，可能未全面覆盖非线性降维技术，且为综述性文章，缺乏新的实证应用 | 综述现有线性降维方法，以帮助研究人员选择适合结构化生物医学数据分析的方法，并推动该领域未来发展 | 结构化生物医学数据，如单细胞RNA-seq数据、微生物组数据和空间转录组数据 | 机器学习 | NA | NA | 线性降维方法 | 结构化生物医学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 86 | 2025-12-07 |
Modeling gut inflammation using intestinal organoids: Advances, challenges, and future perspectives
2025-Sep, Best practice & research. Clinical gastroenterology
DOI:10.1016/j.bpg.2025.102048
PMID:41350087
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综述 | 本文综述了利用肠道类器官模拟肠道炎症的进展、挑战与未来展望 | 整合了基因编辑、单细胞与空间转录组学以及类器官芯片等微工程平台，以推进类器官在炎症建模中的应用 | 在实现长期免疫共培养、培养基兼容性以及标准化检测方面仍面临挑战 | 利用肠道类器官模拟肠道炎症，以指导转化研究 | 肠道类器官 | NA | 炎症性肠病 | 基因编辑技术、单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 87 | 2025-12-07 |
Single-cell sequencing in molecular diagnostics: Transformative yet untapped potential
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1621081
PMID:41340965
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在分子诊断领域的潜力、当前应用、整合挑战及其在肿瘤学、遗传学与罕见病、传染病和自身免疫性疾病等多个临床领域的发展前景 | 系统性地阐述了单细胞测序技术从研究工具向临床诊断转化的未开发潜力，并强调了其在解析细胞异质性、发现新生物标志物和理解复杂疾病通路方面的独特价值 | 文章指出单细胞测序技术在临床应用中面临数据分析、标准化和常规化整合的挑战，其全面临床转化仍需克服技术瓶颈 | 探讨单细胞测序技术在改善临床分子诊断方面的潜力，并分析其在多个疾病领域的应用前景与挑战 | 单细胞测序技术及其在临床诊断中的应用 | 数字病理学 | 肿瘤学，遗传与罕见病，传染病，自身免疫性疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞遗传与转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 88 | 2025-12-07 |
Identification of Mitochondrial Unfolded Protein Response-Related Genes and Diagnostic Biomarkers in Atherosclerosis by Integrative Multidimensional Analysis and Experimental Validation
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S562903
PMID:41341216
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研究论文 | 本研究通过整合多维分析结合实验验证，识别了与动脉粥样硬化相关的线粒体未折叠蛋白反应基因及其诊断生物标志物 | 首次整合多维数据集、机器学习算法、单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，系统性探索UPRmt与动脉粥样硬化的关联，并识别出七个关键枢纽基因 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，样本量相对有限（101例AS和67例对照），且实验验证部分仅针对部分基因 | 阐明线粒体未折叠蛋白反应与动脉粥样硬化的关系，并寻找相关的诊断生物标志物和治疗靶点 | 动脉粥样硬化患者样本（来自GEO数据库）及相关基因表达数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 微阵列、单细胞RNA-seq、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光、分子模拟 | 12种机器学习算法（具体算法未指明）、CellChat算法 | 基因表达数据（微阵列和单细胞RNA-seq数据） | 168个样本（101个动脉粥样硬化样本和67个对照样本） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2025-12-07 |
Trophic and temporal dynamics of macrophage biology in human inner ear organogenesis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1690583
PMID:41341576
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学数据，揭示了人类内耳发育过程中巨噬细胞的多样性和动态变化 | 首次在人类内耳中鉴定出七个不同的巨噬细胞亚型，并关联其与特定发育阶段，同时验证了胚胎和更确定来源的巨噬细胞共同参与内耳形成 | 研究主要基于转录组数据，功能验证和机制探索尚不充分，且样本时间点有限 | 探究人类内耳巨噬细胞的起源、功能及其在器官发生中的作用 | 人类内耳巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涵盖胎儿周7.5至16.4及成年期样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2025-12-07 |
Mendelian randomization integrated with multi-omics analysis identifies TNIK as a key gene in gut microbiota-induced IBD development
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1678444
PMID:41341599
|
研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化与多组学分析，识别出TNIK作为肠道菌群诱导IBD发展的关键基因 | 首次结合孟德尔随机化、批量RNA-seq差异表达基因、机器学习模型和单细胞RNA-seq，系统性地识别并验证了TNIK在肠道菌群与IBD相互作用中的因果角色 | 研究主要基于观察性数据和动物模型，人类样本中的直接因果验证有限，且单细胞数据来源单一队列 | 识别肠道菌群相关的IBD因果基因，并确定介导菌群-宿主互作的关键靶点和细胞类型 | 肠道菌群、溃疡性结肠炎(UC)、克罗恩病(CD)的GWAS数据，人类结肠组织RNA-seq数据，IL-10-/- IBD小鼠模型 | 生物信息学 | 炎症性肠病 | GWAS, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学染色 | 机器学习模型（嵌套交叉验证） | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞转录组数据, 图像数据 | GWAS数据集、两个人类结肠RNA-seq数据集(GSE87473, GSE75214)、一个单细胞RNA-seq数据集(GSE116222)、IL-10-/-小鼠模型 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 91 | 2025-12-07 |
A Machine Learning-Derived Taurine Metabolism Signature Predicts Prognosis and Immune Landscape in Lung Adenocarcinoma via Integrative Single-Cell Analysis
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/6610564
PMID:41341805
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研究论文 | 本研究通过整合批量组织和单细胞转录组数据，构建了一个基于牛磺酸代谢相关基因的预后模型（TRS），并探讨了其在肺腺癌中的功能 | 首次构建了基于牛磺酸代谢相关基因的预后模型（TRS），并通过整合单细胞RNA-seq数据揭示了其与肿瘤微环境及免疫逃逸的关联，同时实验验证了关键基因KIF2C的促癌功能 | 研究主要基于回顾性转录组数据，需要更多前瞻性临床队列验证；体外功能实验未能完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性 | 阐明牛磺酸代谢相关通路在肺腺癌中的作用机制，并评估其与临床预后的相关性 | 肺腺癌（LUAD）患者样本及细胞系 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO回归, 逐步Cox模型, SuperPC算法 | 转录组数据, 临床数据 | TCGA数据库及GEO中五个LUAD数据集（具体样本数未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2025-12-07 |
Machine learning integration identifying an eight-gene diagnostic signature for acute mountain sickness
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1688025
PMID:41341830
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用机器学习方法识别并验证了一个包含八个基因的血液生物标志物签名，用于急性高原病的诊断 | 首次结合单细胞和批量转录组数据，通过机器学习筛选出八个基因的签名，为急性高原病提供了可靠的生物标志物诊断模型 | 样本量相对有限，外部验证队列规模较小，且诊断模型在资源有限人群中的实际应用效果需进一步验证 | 建立急性高原病的诊断模型，以弥补当前依赖自报告问卷诊断的不足 | 急性高原病患者和对照组的血液样本 | 机器学习 | 急性高原病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 定量PCR, 表观遗传分析, KEGG通路富集分析 | Stepglm[both] + NaiveBayes | RNA测序数据, 基因表达数据 | 单细胞RNA测序10例, 批量RNA测序192例, 训练队列160例, 外部验证队列GSE103940 22例和GSE75665 10例 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2025-12-07 |
Decoding the distinct immune landscape and possible regulatory mechanisms of autoimmune hepatitis through integrated single-cell and bulk RNA sequencing
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0335605
PMID:41343465
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序，解码了自身免疫性肝炎的独特免疫景观和可能的调控机制 | 整合单细胞和批量RNA测序分析，识别了自身免疫性肝炎中失调的免疫细胞簇、信号通路和潜在治疗靶点 | NA | 解码自身免疫性肝炎的独特免疫景观和调控机制 | 自身免疫性肝炎患者 | 自然语言处理 | 自身免疫性肝炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2025-12-07 |
Multi-Omics Analysis and Experimental Validation Identify RAD51 as a Key Biomarker in OSCC
2025 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70048
PMID:41350246
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证，发现RAD51是口腔鳞状细胞癌（OSCC）的关键生物标志物，并揭示了其在促进肿瘤进展和介导治疗抵抗中的作用 | 首次在OSCC中整合多组学分析（包括单细胞转录组学）与实验验证，系统阐明RAD51通过调控DNA修复、细胞周期、免疫浸润和氧化应激等多重机制驱动OSCC进展 | 研究主要基于细胞系HSC-3进行实验验证，缺乏体内模型和更广泛的临床样本验证；免疫浸润分析基于生物信息学预测，需进一步实验证实 | 阐明RAD51在口腔鳞状细胞癌（OSCC）中的具体功能、调控机制及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 口腔鳞状细胞癌（OSCC）及相关细胞系（HSC-3） | 生物信息学与肿瘤生物学 | 口腔鳞状细胞癌 | 多组学分析、单细胞RNA测序、siRNA敲低、功能实验（增殖、迁移、侵袭、ROS检测、化疗敏感性） | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、实验数据 | 未明确指定样本数量，涉及公共癌症数据集和HSC-3细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2025-12-07 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
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研究论文 | 本文评估了Element Biosciences的亲和碱基化学DNA测序技术，在单细胞RNA-seq库中准确测序通过同聚物引物位点的能力，并探讨其对读段比对和多聚腺苷酸化位点使用精确量化的影响 | 首次利用Element Aviti仪器的亲和碱基化学测序技术，成功准确测序通过胸腺嘧啶同聚物进入cDNA序列，实现了配对端比对直接独立分配读段至多聚腺苷酸化位点，避免了传统方法的复杂性 | 配对端比对相比单端比对并未一致提高读段映射率，且存在低水平人工产物，需要调整适配器修剪和比对工作流程 | 评估亲和碱基化学测序技术在单细胞RNA-seq库中的性能，特别是对多聚腺苷酸化位点分析的改进 | 单细胞RNA-seq库中的cDNA片段，包括同聚物引物位点和多聚腺苷酸化位点 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq, DNA测序 | NA | 序列数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq | Element Aviti, Illumina测序平台 | Element Aviti仪器使用亲和碱基化学测序，Illumina平台用于标准单细胞RNA-seq |
| 96 | 2025-12-07 |
Colorectal Cancer Metastases in the Liver Establish Immunosuppressive Spatial Networking between Tumor-Associated SPP1+ Macrophages and Fibroblasts
2023-01-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-2041
PMID:36239989
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间成像技术，揭示了结直肠癌肝转移微环境中SPP1+巨噬细胞与成纤维细胞之间的免疫抑制性空间网络 | 首次在结直肠癌肝转移微环境中鉴定出具有代谢改变和泡沫细胞特征的SPP1+巨噬细胞，并发现其与成纤维细胞通过配体-受体对形成空间邻近的互作网络，共同促进免疫抑制 | 研究主要基于微卫星稳定型结直肠癌肝转移样本，可能不适用于其他亚型；样本量相对有限，需要更大队列验证 | 表征结直肠癌肝转移肿瘤微环境的细胞组成和相互作用，以理解免疫抑制机制 | 结直肠癌肝转移组织、配对正常肝组织及外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、多重空间成像、批量基因表达与细胞反卷积分析 | NA | 单细胞转录组数据、空间成像数据、批量基因表达数据 | 一系列微卫星稳定型结直肠癌肝转移样本及配对组织 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 97 | 2025-12-07 |
A human fetal lung cell atlas uncovers proximal-distal gradients of differentiation and key regulators of epithelial fates
2022-Dec-08, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.11.005
PMID:36493756
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA与ATAC测序、高通量空间转录组学及单细胞成像技术，构建了人类胎儿肺发育的多组学细胞图谱 | 首次结合单细胞方法与空间分析，全面描绘了人类肺发育过程中的细胞分化梯度，并识别了包括发育特异性分泌祖细胞和与人类小细胞肺癌相关的神经内分泌细胞亚型在内的新细胞状态 | 研究主要基于5-22孕周的胎儿样本，可能无法完全反映更早期或出生后的肺发育过程 | 构建人类胎儿肺发育的全面细胞图谱，以揭示细胞分化机制和关键调控因子 | 人类胎儿肺组织中的上皮细胞、间充质细胞、内皮细胞及红细胞/白细胞等细胞类型 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学, 单细胞成像 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据, 成像数据 | 涵盖5-22孕周的人类胎儿肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 98 | 2025-12-06 |
Human bone marrow niche organoids for disease modeling and therapeutic application in hematopoietic syndrome
2026-Apr, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 本研究利用hiPSCs建立了人骨髓类器官模型，用于模拟辐射诱导的造血损伤并评估其治疗潜力 | 首次建立了源自hiPSCs的人骨髓类器官模型，该模型具有基质-血管结构并支持多谱系造血，为研究造血急性辐射综合征提供了生理相关的人类模型 | 模型在体内移植实验中使用免疫缺陷小鼠，可能无法完全模拟人体免疫微环境；辐射剂量范围有限 | 建立人类骨髓微环境模型，用于疾病建模和治疗应用研究 | 造血急性辐射综合征 | 数字病理 | 造血系统疾病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，γ-辐射 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据，流式细胞数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及hiPSCs来源的类器官和NSG小鼠移植实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2025-12-06 |
The tumor microenvironment in lung cancer: Heterogeneity, therapeutic resistance and emerging treatment strategies (Review)
2026-Jan, International journal of oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.3892/ijo.2025.5824
PMID:41312736
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综述 | 本文综述了肺癌肿瘤微环境的异质性及其在治疗抵抗中的作用，并探讨了新兴的治疗策略 | 整合多组学数据和空间转录组学，推动肿瘤微环境导向的干预向生物标志物引导的个体化方案发展 | NA | 分析肺癌肿瘤微环境在肿瘤进展和治疗抵抗中的关键作用，并总结新兴治疗策略 | 肺癌的肿瘤微环境，包括免疫细胞、基质成分、细胞外基质和生物活性分子 | 数字病理学 | 肺癌 | 多组学数据整合，空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 100 | 2025-12-06 |
Current Knowledge and Future Directions for Cyclospora cayetanensis Research and Its Surrogates
2026-Jan, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.70327
PMID:41347294
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综述 | 本文综述了环孢子虫的研究现状、挑战及未来方向，并评估了替代生物在研究中的应用 | 整合了当前知识，评估了替代生物（如艾美球虫和隐孢子虫）在研究中的局限性，并提出了新兴工具如宏基因组学、单细胞测序和AI生物信息学作为未来突破方向 | 环孢子虫无法在体外/体内培养，基因组特征有限，替代生物不能完全模拟其生物学特性，标准化采样方法缺乏，检测灵敏度仍需提高 | 改善环孢子虫的检测、风险评估和公共卫生政策，以减轻环孢子病的负担 | 环孢子虫及其替代生物（艾美球虫和隐孢子虫） | NA | 环孢子病 | 分子检测、宏基因组学、单细胞测序、AI驱动的生物信息学 | NA | 基因组数据、环境样本数据、食品样本数据 | NA | NA | NA | NA | NA |