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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-06-20 |
Cross-modal integration of bulk RNA-seq and single-cell RNA sequencing data to reveal T-cell exhaustion in colorectal cancer
2024-09, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70101
PMID:39344205
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研究论文 | 提出DeepTEX,一种整合bulk RNA-seq和单细胞RNA测序数据的多组学深度学习方法,揭示结直肠癌中T细胞耗竭的异质性 | 首次通过跨模态知识蒸馏和域适应模型整合不同组学数据,预测T细胞耗竭异质性并识别关键功能通路和基因 | 未提及局限性 | 探究结直肠癌中T细胞耗竭的异质性及潜在治疗靶点 | 结直肠癌患者的T细胞 | 机器学习 | 结直肠癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | DeepTEX(域适应模型和跨模态知识蒸馏模型) | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 82 | 2026-06-20 |
Transcriptional analysis of primary ciliary dyskinesia airway cells reveals a dedicated cilia glutathione pathway
2024-07-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.180198
PMID:39042459
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序、蛋白质组学和高级显微镜技术,分析原发性纤毛运动障碍患者的呼吸道上皮细胞,揭示了一个专门的纤毛谷胱甘肽通路 | 首次发现纤毛GSTA2通路对正常纤毛运动至关重要,并揭示了PCD患者与杂合母亲及健康个体之间独特的转录组特征 | NA | 探究原发性纤毛运动障碍的分子机制及其对多纤毛细胞的影响 | 原发性纤毛运动障碍患者、其杂合母亲和健康个体的原代培养上皮细胞,以及来自PCD患者的诱导多能干细胞 | 数字病理学 | 原发性纤毛运动障碍 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 高级显微镜, 免疫金标记 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 显微镜图像 | PCD患者、杂合母亲和健康个体的原代细胞,以及一名PCD患者的iPSCs(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 83 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics unveil a unique molecular profile of mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived immune suppressor cells
2024-06-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.009
PMID:38795702
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 84 | 2026-06-20 |
Single-cell and genome-wide Mendelian randomization identifies causative genes for gout
2024-06-03, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-024-03348-z
PMID:38831441
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研究论文 | 结合单细胞转录组学和全基因组孟德尔随机化分析,鉴定与痛风相关的致病基因 | 首次整合单细胞转录组学、全基因组关联研究、表达数量性状位点和甲基化数量性状位点数据,利用孟德尔随机化方法揭示蛋白质与痛风的因果关系 | 未明确提及,但可能包括样本量有限或验证不足等常见局限 | 研究痛风疾病中基因表达调控机制并阐明其发病机制 | 痛风相关的基因、甲基化位点和蛋白质 | 机器学习 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序、全基因组关联研究、孟德尔随机化分析 | NA | 基因表达数据、甲基化数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 85 | 2026-06-20 |
Targeting pathogenic fibroblast-like synoviocyte subsets in rheumatoid arthritis
2024-05-23, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-024-03343-4
PMID:38783357
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综述 | 本文综述了类风湿关节炎中致病性成纤维样滑膜细胞亚群及其作为治疗靶点的潜力 | 系统总结了近年通过单细胞RNA测序等高通量技术鉴定的RA中致病性FLS亚群及其特征,并探讨了靶向这些亚群的新策略 | 目前尚无FLS特异性靶向疗法应用于RA临床管理,且直接靶向通用成纤维细胞标志物可能引起伤口愈合减慢或纤维化等副作用 | 探讨RA中致病性FLS亚群的特征及其分化机制,为开发新型FLS靶向策略提供见解 | 类风湿关节炎患者发炎滑膜中的成纤维样滑膜细胞致病性亚群 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 86 | 2026-06-20 |
Identification and verification of a novel signature that combines cuproptosis-related genes with ferroptosis-related genes in osteoarthritis using bioinformatics analysis and experimental validation
2024-05-13, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-024-03328-3
PMID:38741149
|
研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证,构建了结合铜凋亡相关基因与铁死亡相关基因的新型特征基因,用于探索骨关节炎的发病机制 | 首次将铜凋亡相关基因与铁死亡相关基因结合构建骨关节炎的新型特征基因签名,并整合单细胞RNA-seq数据分析细胞分布 | 未提供 | 探索骨关节炎的发病机制并辅助其治疗 | 骨关节炎 | 机器学习 | 骨关节炎 | 生物信息学分析, 单细胞RNA-seq | 机器学习方法 | 基因表达数据, 单细胞RNA-seq数据 | GSE82107数据集 | 未提供 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 未提供 | 未提供 |
| 87 | 2026-06-20 |
Integrative multi-omics profiling in human decedents receiving pig heart xenografts
2024-05, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-02972-1
PMID:38760586
|
研究论文 | 通过多组学分析,研究了接受猪心脏异种移植的人类患者的分子反应 | 首次在人类接受猪心脏异种移植后,通过多组学(转录组、脂质组、蛋白质组和代谢组)分析,揭示了早期分子和免疫反应的差异 | 仅涉及两例患者,样本量小,且观察时间短,难以推广至更广泛人群 | 深入了解异种移植后的分子景观,特别是早期免疫和代谢反应 | 接受10基因编辑猪心脏异种移植的两名人类患者 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 脂质组学, 蛋白质组学, 代谢组学 | NA | 血液样本, 组织样本 | 2名人类患者(1男1女),每6小时采集血液样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 脂质组学, 蛋白质组学, 代谢组学 | NA | NA |
| 88 | 2026-06-20 |
SOCS3 regulates pathological retinal angiogenesis through modulating SPP1 expression in microglia and macrophages
2024-05-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.025
PMID:38504518
|
研究论文 | 本研究揭示了SOCS3通过调节微胶质细胞和巨噬细胞中SPP1的表达来调控病理性视网膜血管生成 | 首次发现SOCS3/STAT3/SPP1轴在病理性视网膜血管生成中的关键调控作用,并鉴定出表达Spp1的微胶质细胞和巨噬细胞亚群 | 未提供具体局限性信息 | 探究髓系细胞中SOCS3缺失对眼部新生血管形成过程中微胶质细胞和巨噬细胞积累的影响及其分子机制 | 小鼠模型中的微胶质细胞和巨噬细胞 | 机器学习和数字病理学 | 视网膜血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠血管生成模型中的细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-06-20 |
Envelope protein-specific B cell receptors direct lentiviral vector tropism in vivo
2024-05-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.002
PMID:38449314
|
研究论文 | 研究发现慢病毒载体经不同假型包膜蛋白修饰后,通过B细胞受体(BCR)介导的方式特异性地转导不同的脾脏B细胞亚群 | 首次揭示假型慢病毒载体可通过与包膜蛋白特异性结合的B细胞受体进入B细胞,实现亚群选择性的基因递送,并激活转导B细胞的增殖与分化 | NA | 探究慢病毒载体经系统给药后脾脏B细胞转导的机制及不同假型对B细胞亚群的选择性 | 慢病毒载体、脾脏B细胞、B细胞受体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 90 | 2026-06-20 |
Integrative analysis of single-cell and bulk transcriptome data reveal the significant role of macrophages in lupus nephritis
2024-04-12, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-024-03311-y
PMID:38610007
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研究论文 | 通过整合单细胞及批量转录组数据,揭示巨噬细胞在狼疮肾炎中的重要作用 | 首次利用单细胞RNA测序数据分析狼疮肾炎中巨噬细胞的表型转变(从炎症巡逻型到吞噬型再到抗原提呈型),并发现LGALS9基因在巨噬细胞中的显著上调及其促炎作用,为治疗提供潜在靶点 | 仅基于公共数据集中LN样本与正常肾组织的转录组数据,且LGALS9功能研究仅限于THP-1细胞系,未在体内动物模型中验证 | 识别狼疮肾炎中异常的免疫细胞组分和信号通路,寻找潜在治疗靶点 | 狼疮肾炎组织样本和正常肾组织 | 数字病理学 | 狼疮肾炎 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 慢病毒介导过表达 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 狼疮肾炎组织样本与正常肾组织(具体数量未在摘要中说明) | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 91 | 2026-06-20 |
SORC: an integrated spatial omics resource in cancer
2024-01-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad820
PMID:37811897
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研究论文 | 开发了一个整合的癌症空间组学资源SORC,用于可视化和分析癌症空间转录组数据 | 首次构建了涵盖17种癌症类型、269个切片共计722,899个点的综合空间组学资源,并整合了匹配的单细胞RNA-seq数据,提供五大分析模块 | 未明确提及局限性 | 提供一个全面的空间解析癌症细胞图谱,增强对肿瘤微环境的理解 | 17种癌症类型的空间转录组数据集,包括722,899个点、269个切片,以及匹配的334,379个单细胞和46种细胞类型 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 图像 | 269个切片、722,899个点、334,379个单细胞、46种细胞类型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 92 | 2026-06-20 |
CellSTAR: a comprehensive resource for single-cell transcriptomic annotation
2024-01-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad874
PMID:37855686
|
研究论文 | CellSTAR是一个全面的单细胞转录组注释资源数据库,整合了 expertly 注释的参考数据和数万个标记基因,用于细胞类型注释 | 首次提供涵盖数百种细胞类型的综合专家注释参考数据,并整合了参考数据和标记基因的集体考量 | 无可用信息 | 开发一个全面的单细胞转录组注释资源数据库,支持细胞类型注释和细胞异质性研究 | 单细胞转录组数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | 无可用信息 | 单细胞转录组测序 | NA | 文本数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2026-06-20 |
CellCommuNet: an atlas of cell-cell communication networks from single-cell RNA sequencing of human and mouse tissues in normal and disease states
2024-01-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad906
PMID:37850657
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research paper | CellCommuNet是一个综合性数据资源,用于探索人类和小鼠组织在正常和疾病状态下单细胞RNA测序数据中的细胞间通信网络 | 首次构建了包含376个单数据集和118个疾病与正常样本比较数据集的细胞间通信网络图谱,提供交互式图形展示和差异分析功能 | NA | 建立全面的细胞间通信网络数据库,促进生物学研究 | 人类和小鼠组织在正常和疾病状态下的单细胞RNA测序数据 | machine learning | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 376个单数据集和118个比较数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 94 | 2026-06-20 |
CD73-generated extracellular adenosine promotes resolution of neutrophil-mediated tissue injury and restrains metaplasia in pancreatitis
2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201537R
PMID:36468677
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研究论文 | 本研究探讨CD73产生的胞外腺苷在胰腺炎中促进中性粒细胞介导的组织损伤消退并抑制化生的作用 | 首次证明CD73缺失会加剧胰腺炎严重程度,并揭示通过清除中性粒细胞可减轻化生和急性胰腺炎,为CD73增强剂作为治疗策略提供新依据 | 研究主要基于小鼠模型,未在人胰腺炎样本中进行验证;且未深入探讨腺苷受体亚型的具体机制 | 阐明CD73产生的胞外腺苷在胰腺炎炎症消退和组织损伤修复中的关键作用 | CD73敲除和野生型C57BL/6小鼠的胰腺组织及浸润免疫细胞 | 机器学习 | 胰腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及CD73敲除和野生型小鼠,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 95 | 2026-06-20 |
Comparative single-cell transcriptomic analysis reveals differences in signaling pathways in gonadal primordial germ cells between chicken (Gallus gallus) and zebra finch (Taeniopygia guttata)
2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201569R
PMID:36520042
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较鸡和斑胸草雀生殖腺原始生殖细胞中的信号通路差异 | 首次进行跨物种鸟类单细胞转录组分析,揭示了鸡形目和雀形目之间生殖细胞发育的信号通路差异 | NA | 探究鸡和斑胸草雀生殖腺原始生殖细胞及周围细胞的物种特异性特征 | 鸡和斑胸草雀的生殖腺原始生殖细胞及周围体细胞 | 机器学习和基因组学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 96 | 2026-06-20 |
A single-cell transcriptomic atlas characterizes cell types and their molecular features in yak ovarian cortex
2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201176RR
PMID:36527406
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建牦牛卵巢皮层的细胞图谱,表征细胞类型及其分子特征 | 首次构建了牦牛卵巢皮层的单细胞转录组图谱,并鉴定出八种主要细胞类型及其标志基因 | 未提供样本量信息,且仅对卵母细胞进行了亚型分类,其他细胞类型的异质性有待进一步探索 | 揭示牦牛卵巢皮层的细胞组成和分子特征,为理解雌性生殖生物学提供见解 | 牦牛卵巢皮层组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 97 | 2026-06-19 |
Integrative single-cell and spatial transcriptomics analysis reveals a baicalein-responsive 10-gene signature for non-small cell lung cancer
2026-Aug, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102853
PMID:42251782
|
研究论文 | 整合单细胞和空间转录组学分析揭示了黄芩素应答的10基因签名用于非小细胞肺癌 | 首次整合网络药理学、单细胞RNA测序、批量转录组学、空间转录组学、机器学习和体外实验,系统鉴定非小细胞肺癌中黄芩素应答基因,并建立了高诊断准确性的10基因签名,通过分子对接和动力学模拟验证了黄芩素与关键靶蛋白的结合稳定性 | 研究主要基于公开数据和体外实验,缺乏体内动物模型和临床试验验证,且黄芩素的具体作用机制仍需进一步深入探究 | 识别非小细胞肺癌中黄芩素应答基因并建立诊断签名 | 非小细胞肺癌细胞系(PC-9和A549细胞)及肿瘤微环境中的不同细胞类型 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量转录组学, 分子对接, 分子动力学模拟 | 机器学习模型(用于选择基因签名) | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 未明确说明样本数量,但使用了公开数据集及体外实验中的PC-9和A549细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 98 | 2026-06-19 |
Telomerase-related gene EHHADH drives lung cancer progression and shapes the immunosuppressive tumor microenvironment
2026-Aug, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102852
PMID:42269569
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研究论文 | 本研究基于端粒酶相关基因构建肺癌预后风险模型,发现EHHADH驱动肺癌进展并塑造免疫抑制性肿瘤微环境 | 首次从端粒酶相关基因角度构建肺癌预后模型,并发现EHHADH作为关键致癌驱动基因在免疫逃逸中的作用 | 未在更大规模临床队列中验证模型,EHHADH的分子机制仍需进一步深入探索 | 评估端粒酶相关基因在肺癌中的预后价值及其对肿瘤微环境的影响 | 肺癌患者样本及公开数据集中的端粒酶相关基因 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | Cox回归风险模型 | 基因表达数据 | 来自七个公开数据集的肺癌病例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2026-06-19 |
Transcriptome profiling of peripheral blood for inflammatory subtype classification and diagnostic model construction in asthma
2026-Jul, The Journal of asthma : official journal of the Association for the Care of Asthma
DOI:10.1080/02770903.2026.2633354
PMID:41732097
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研究论文 | 通过外周血转录组测序进行哮喘炎症亚型分类并构建诊断模型 | 首次利用外周血转录组学数据,结合批量RNA测序和单细胞RNA测序,通过多级验证识别哮喘炎症亚型的关键生物标志物 | 研究主要基于公共数据库的样本,可能无法完全代表不同人群的异质性,且验证仅通过体外细胞模型进行 | 利用外周血转录组学识别哮喘炎症亚型并筛选候选生物标志物 | 哮喘患者的外周血样本 | 机器学习 | 哮喘 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR | LASSO, SVM-RFE | RNA测序数据 | GSE69683数据集(批量RNA测序)和GSE172495数据集(单细胞RNA测序) | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 100 | 2026-06-19 |
Integrated bulk and single-cell RNA sequencing reveals peripheral immune dysregulation in adolescent major depressive disorder
2026-Jul, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2026.106512
PMID:41740874
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研究论文 | 通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序揭示青少年重度抑郁症的外周免疫失调 | 首次结合批量与单细胞RNA测序对青少年重度抑郁症进行多组学分析,揭示其独特的外周免疫基因下调模式,并发现现有单胺类抗抑郁药物对免疫失调的纠正作用有限 | 样本量较小(仅4例患者和4例对照进行单细胞测序),且未涉及药物治疗的长期跟踪 | 利用多组学方法表征青少年重度抑郁症的外周转录变化,探索免疫相关机制及潜在治疗靶点 | 青少年重度抑郁症患者的外周血样本 | 自然语言处理 | 青少年抑郁症 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、Connectivity Map分析 | NA | 基因表达数据 | 180例MDD患者和99名健康对照的批量RNA测序,其中4例患者和4名对照进行单细胞测序 | Illumina | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NovaSeq | NA |