单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 33253 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-11-27 |
YAP1 Depletion Enhances TAZ and its Complexation with TEAD4 and AP-1 Heterodimer C-JUN/FOSB to Promote Gastric Cancer Progression and Metastases
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.683933
PMID:41292957
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验揭示了YAP1缺失通过增强TAZ与TEAD4/AP-1异源二聚体的复合物形成促进胃癌腹膜转移的机制 | 首次在胃癌腹膜转移中发现YAP1抑制会代偿性上调TAZ，并揭示TAZ与TEAD4/AP-1异源二聚体形成新型转录复合物的机制 | 研究主要聚焦于胃癌腹膜转移，其他转移类型的适用性需进一步验证 | 评估YAP1和TAZ双重靶向在胃癌腹膜转移治疗中的协同抗肿瘤效果 | 胃癌腹膜转移组织、患者来源异种移植模型和KPLuc2同系模型 | 癌症生物学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 共免疫荧光染色, 基因敲除, 反义寡核苷酸抑制, 共免疫沉淀, 荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 体内外功能验证数据 | 胃癌腹膜转移组织样本和多个体内模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 82 | 2025-11-27 |
A vascular origin for pulmonary smooth muscle in the avian lung
2025-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.07.13.499952
PMID:41292748
|
研究论文 | 本研究通过比较单细胞测序和成像技术揭示了鸟类肺平滑肌的血管起源 | 首次发现鸟类肺平滑肌来源于血管平滑肌而非内脏平滑肌，并鉴定出关键调控因子 | 研究仅针对鸡胚胎，未验证其他鸟类物种 | 探究鸟类肺平滑肌发育延迟的发育基础 | 小鼠、安乐蜥和鸡胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC测序, 成像技术 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 图像数据 | 三种物种的胚胎样本 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC测序 | NA | NA |
| 83 | 2025-11-27 |
Enrichment of a CD4 - CD8 - NK-like cytotoxic Vδ1/3 T cell subset in tuberculosis disease
2025-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.12.688134
PMID:41292844
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了结核病患者外周血中CD4-CD8-γδ T细胞的独特特征 | 首次发现结核病中富集的具有NK样细胞毒性的Vδ1/3 T细胞亚群及其独特的Vδ3 TCR基因使用模式 | 样本量相对有限，且主要关注外周血中的γδ T细胞 | 研究结核病患者与健康个体γδ T细胞的数量和质量差异 | 健康未致敏个体、健康致敏个体和结核病治疗前后患者的外周血CD4-CD8-γδ T细胞 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个队列的健康个体和结核病患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 84 | 2025-11-27 |
Colibactin-producing E. coli promote carcinogenesis of gastroesophageal adenocarcinoma and simultaneously induce autophagy and differentiation
2025-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.10.687579
PMID:41292761
|
研究论文 | 本研究验证了产大肠杆菌素的大肠杆菌在胃食管腺癌发生中的双重作用，既促进癌变又诱导自噬和分化 | 首次揭示产大肠杆菌素的大肠杆菌在胃食管腺癌发生中同时促进遗传不稳定性和增殖，又激活自噬和细胞稳态的双重作用机制 | 研究主要基于小鼠类器官模型，人类样本验证有限，且样本量相对较小 | 验证产大肠杆菌素的大肠杆菌对胃食管腺癌发生的影响及其分子机制 | 人类胃食管交界组织活检样本和小鼠胃食管腺癌类器官模型 | 癌症生物学 | 胃食管腺癌 | 16S rRNA基因测序, 单细胞RNA测序, 类器官微注射, 组织学分析 | L2-IL1B小鼠模型 | 基因测序数据, 转录组数据, 组织图像 | 人类活检样本和Barrett食管患者样本 | NA | 16S rRNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 85 | 2025-11-27 |
Cell-type-resolved NRXN1 isoforms across human brain tissues and hiPSC organoids
2025-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.11.687875
PMID:41293024
|
研究论文 | 本研究通过整合测序策略揭示了人类大脑组织和hiPSC类器官中NRXN1基因的细胞类型特异性异构体 | 开发了结合单细胞转录组学、靶向富集和长读长测序的综合测序方法，首次在细胞类型水平全面解析NRXN1异构体多样性 | NRXN1在成人大脑和hiPSC衍生神经元中表达水平相对较低，单细胞测序覆盖度可能不足 | 解析NRXN1基因在不同人类脑细胞类型中的选择性剪接景观 | 成人及胎儿人类尸检大脑组织、hiPSC衍生皮质类器官、自闭症和精神病患者样本 | 单细胞基因组学 | 神经精神疾病 | 单细胞转录组学, 靶向富集, 长读长测序 | NA | RNA测序数据 | 成人前额叶皮层、胎儿大脑、hiPSC类器官、自闭症和精神病患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 长读长测序 | NA | 单细胞Iso-seq RNA测序 |
| 86 | 2025-11-27 |
PHD-MS: Multiscale Domain Identification for Spatial Transcriptomics via Persistent Homology
2025-Nov-11, ArXiv
PMID:41293536
|
研究论文 | 开发了一种基于持续同调的多尺度空间域识别方法PHD-MS，用于空间转录组数据分析 | 首次将拓扑数据分析方法应用于空间转录组数据，能够识别跨多个形态尺度的空间域结构 | NA | 开发能够识别多尺度空间域的空间转录组数据分析方法 | 空间转录组数据中的空间域结构 | 空间转录组学 | NA | 拓扑数据分析，持续同调 | PHD-MS | 空间转录组数据 | 多种组织类型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 87 | 2025-11-27 |
Matrix metalloproteinases are hallmark early biomarkers and therapeutic targets in FSHD
2025-Nov-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.195104
PMID:40966415
|
研究论文 | 本研究通过分析RNA测序数据，揭示了基质金属蛋白酶在面肩肱型肌营养不良症中的生物标志物作用和治疗靶点价值 | 首次在FSHD中系统阐明MMPs作为早期生物标志物的功能，并发现MMP抑制剂batimastat可作为DUX4非依赖性治疗方法 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证仍需进一步研究 | 探究基质金属蛋白酶在面肩肱型肌营养不良症发病机制中的作用及治疗潜力 | 面肩肱型肌营养不良症患者活检样本和iDUX4pA FSHD小鼠模型 | 生物医学研究 | 面肩肱型肌营养不良症 | RNA-Seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类活检样本和FSHD小鼠模型 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 88 | 2025-11-27 |
Platelets impair the resolution of inflammation in atherosclerotic plaques in insulin-resistant mice after lipid lowering
2025-Nov-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.193593
PMID:41066197
|
研究论文 | 本研究揭示在胰岛素抵抗小鼠中，血小板通过阻碍巨噬细胞向炎症消退表型转化而削弱降脂治疗对动脉粥样硬化斑块炎症的缓解作用 | 首次证明血小板会阻碍降脂治疗期间动脉粥样硬化斑块的炎症消退过程，并发现Fcgr4+巨噬细胞亚群在炎症消退中的关键作用 | 研究基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证；血小板清除方法可能产生非特异性效应 | 探究血小板在胰岛素抵抗背景下如何影响降脂治疗对动脉粥样硬化斑块炎症的缓解效果 | 肥胖且胰岛素抵抗的小鼠模型及临床患者数据 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，抗体介导的血小板清除 | 小鼠动脉粥样硬化模型 | 单细胞转录组数据，临床病理数据 | 未明确样本数量的小鼠模型和患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2025-11-27 |
Inferring the regulation dynamics of oscillatory networks from scRNA-seq data
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.08.687360
PMID:41292720
|
研究论文 | 本研究开发了一种从单细胞RNA测序数据推断振荡网络调控动态的新方法 | 通过约束细胞周期相对位置的连续排序来增强基因调控网络推断准确性，特别是针对循环过程的周期性特征 | 仅在鼠标视网膜祖细胞数据集上进行了验证，需要更多细胞类型和物种的验证 | 提高细胞周期相关基因调控网络的推断准确性 | 鼠标视网膜祖细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络推断方法 | 基因表达数据 | 鼠标视网膜祖细胞单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2025-11-27 |
Heimdall: A Modular Framework for Tokenization in Single-Cell Foundation Models
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.09.687403
PMID:41292913
|
研究论文 | 介绍Heimdall框架，用于系统评估单细胞基础模型中的标记化策略 | 提出首个模块化框架，将单细胞基础模型分解为基因身份编码器、表达编码器和细胞句子构造器三个模块，支持细粒度控制和归因分析 | 仅评估了基于transformer的模型，未涵盖其他架构的单细胞基础模型 | 系统评估单细胞基础模型中标记化策略对模型性能的影响 | 单细胞RNA测序数据和单细胞基础模型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 91 | 2025-11-27 |
Infusible Extracellular Matrix Biomaterial Enhances Cell-Specific Pro-Repair Responses Following Acute Myocardial Infarction
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.08.687255
PMID:41292930
|
研究论文 | 本研究开发了一种可输注的细胞外基质生物材料，并通过单细胞测序技术揭示了其在心肌梗死后促进心脏修复的细胞分子机制 | 首次利用单核RNA测序技术系统解析了可输注ECM生物材料在不同细胞类型中促进心脏修复的分子机制，并通过空间转录组学验证了发现 | 研究仅观察了急性期（1、3、7天）的变化，缺乏长期效果评估 | 探究可输注细胞外基质生物材料在心肌梗死后促进心脏修复的细胞和分子机制 | 心肌梗死模型中的各种心脏细胞类型 | 单细胞测序 | 心血管疾病 | 单核RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据，空间基因表达数据 | 急性时间点（1、3、7天输注后）的多个样本 | NA | 单核RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 92 | 2025-11-27 |
A human forebrain organoid model phenocopies dysregulated RNA and protein homeostasis in ALS/FTD-associated TDP-43 proteinopathies
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.09.687455
PMID:41292965
|
研究论文 | 本研究开发了一种人源前脑类器官模型，能够自发表现ALS/FTD相关TDP-43蛋白病的病理特征 | 首次建立了无需外部应激或TDP-43过表达即可自发表现TDP-43病理的人源iPSC衍生系统 | 模型仅基于特定TDP-43 K181E突变，可能无法完全代表所有ALS/FTD亚型 | 建立能够模拟ALS/FTD相关TDP-43蛋白病的人类疾病模型 | 携带TDP-43 K181E突变的人源iPSC衍生的前脑3D类器官 | 神经退行性疾病研究 | 肌萎缩侧索硬化/额颞叶痴呆 | 单细胞RNA测序, eCLIP, 免疫染色, RT-PCR, 生化分析 | 人源iPSC衍生前脑类器官模型 | 单细胞转录组数据, RNA结合数据, 蛋白质数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 增强交联免疫沉淀 | NA | NA |
| 93 | 2025-11-27 |
Dissecting mammalian cortical circuit development at single-cell resolution using inducible barcoded rabies virus
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.07.687321
PMID:41292979
|
研究论文 | 开发可诱导条形码狂犬病毒工具研究哺乳动物皮层回路发育 | 开发了可诱导条形码狂犬病毒(ibRV)，实现了时间可控的突触回路标记和高通量单细胞基因组学分析 | NA | 解析哺乳动物大脑皮层回路发育机制 | 小鼠皮层神经元回路 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞基因组学、空间转录组学、狂犬病毒追踪 | 功能回路模型 | 基因组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 94 | 2025-11-27 |
A multi-dimensional bioinformatic dissection of the molecular mechanisms in high BMI-associated colorectal cancer: identification and validation of EGLN1 as a key target
2025-Nov-05, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003801
PMID:41191606
|
研究论文 | 通过多维度生物信息学分析揭示高BMI相关结直肠癌的分子机制，并验证EGLN1作为关键治疗靶点 | 首次通过整合多组学数据和孟德尔随机化分析系统揭示EGLN1在高BMI相关结直肠癌中的保护作用机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要进一步体内实验验证 | 系统研究高BMI与结直肠癌的遗传关联和分子机制，识别关键治疗靶点 | 结直肠癌患者数据、HCT116结直肠癌细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、分子对接、体外细胞实验 | 四基因预后模型(ACADVL, TGFA, SMPD1, BSG) | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、微生物组数据 | TCGA队列数据、全球疾病负担数据(1990-2021) | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2025-11-27 |
Single-cell resolution spatial transcriptomic signature of the retrosplenial cortex during memory consolidation
2025-Nov-04, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03331-3
PMID:41188622
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示了压后皮层在空间记忆巩固过程中的分子特征 | 首次在单细胞分辨率下解析了压后皮层在记忆巩固过程中的转录组特征，并揭示了阿尔茨海默病模型中神经元激活的减少 | 研究主要聚焦于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探索压后皮层在空间记忆巩固过程中的分子机制 | 小鼠压后皮层的兴奋性神经元 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病及相关痴呆 | 空间转录组学，化学遗传学 | 深度学习计算工具 | 空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组学平台 |
| 96 | 2025-11-27 |
Key Considerations on CITE-Seq for Single-Cell Multiomics
2025-Nov, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202400011
PMID:39924789
|
综述 | 本文聚焦CITE-Seq单细胞多组学技术，以微孔板单细胞分析系统为例介绍工作流程，并提供抗体衍生标签染色和数据处理的实用指南 | 系统性地总结了CITE-Seq技术的关键操作要点和数据分析注意事项，为同时检测单细胞转录组和蛋白质组提供实用指导 | 作为综述文章，未涉及具体实验数据验证或新技术开发 | 为科研人员提供CITE-Seq单细胞多组学技术的完整工作流程指南和关键操作建议 | 单细胞多组学分析技术方法学 | 单细胞多组学 | NA | CITE-Seq, 单细胞mRNA测序, 抗体衍生标签检测 | NA | 基因表达数据, 蛋白质丰度数据 | NA | NA | 单细胞多组学, CITE-Seq | 微孔板单细胞分析系统 | 基于微孔板的单细胞分析系统 |
| 97 | 2025-11-27 |
Epidemiological characteristics of thyroid cancer worldwide and construction of a machine learning diagnostic model
2025-Nov, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University
IF:2.1Q3
DOI:10.17219/acem/199327
PMID:40237525
|
研究论文 | 分析全球甲状腺癌流行病学特征并构建机器学习诊断模型 | 结合全球疾病负担数据与机器学习算法开发诊断模型，并首次通过单细胞RNA测序探索甲状腺癌肿瘤微环境 | NA | 研究甲状腺癌全球流行趋势并开发诊断工具 | 全球甲状腺癌患者数据 | 机器学习 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO, Ridge回归 | 流行病学数据, 基因表达数据 | 1990-2021年全球疾病负担数据库 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 98 | 2025-11-27 |
Single-cell transcriptomics reveals the regulation of bco1 and bco2 genes in the carotenoid metabolism of koi carp
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147965
PMID:41043743
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了锦鲤皮肤色素细胞发育及类胡萝卜素代谢中bco1和bco2基因的调控机制 | 首次构建锦鲤红白皮肤的单细胞图谱，发现色素细胞从白色皮肤向红色皮肤发育的动态过程，并揭示bco2比bco1具有更广泛的底物特异性 | NA | 探究锦鲤皮肤颜色形成的分子机制及类胡萝卜素代谢调控 | 锦鲤红白皮肤组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, TEM, HPLC, ISH, 免疫荧光, RNAi, 细胞培养, 基因编辑, RNA-seq, 基因家族分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 99 | 2025-11-27 |
Splicing-aware scRNA-Seq resolution reveals execution-ready programs in effector Tregs
2025-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013682
PMID:41212920
|
研究论文 | 开发了一种名为SANSARA的剪接感知单细胞RNA测序分析方法，用于揭示效应Treg细胞中的执行就绪程序 | 首次在单细胞RNA测序数据分析中区分剪接和未剪接mRNA，能够识别细胞中储存的mRNA形式 | 未提及方法在大规模数据集上的性能验证或计算效率 | 开发剪接感知的单细胞RNA测序分析方法，以更深入地理解细胞功能状态 | 外周血调节性T细胞（Treg）亚群，包括Th1和细胞毒性CD4+ T细胞亚群 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 100 | 2025-11-27 |
Single-cell landscape of the tumour immune microenvironment in human gynaecologic malignancies
2025-Nov, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70538
PMID:41275425
|
研究论文 | 通过整合公开单细胞RNA测序数据系统分析三种妇科恶性肿瘤的肿瘤免疫微环境特征 | 首次系统描绘三种主要妇科恶性肿瘤的免疫微环境单细胞图谱，发现与临床预后相关的促血管生成巨噬细胞亚群和干扰素启动巨噬细胞亚群 | 基于公开数据集的回顾性分析，样本来源可能存在异质性 | 系统研究妇科恶性肿瘤肿瘤免疫微环境的细胞组成和功能特征 | 272,389个CD45+免疫细胞，来自111个肿瘤和非恶性组织样本 | 单细胞组学 | 妇科恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序，多色免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据，免疫组化数据 | 272,389个细胞，111个样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |