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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-08-27 |
Integrating machine learning and structural analysis to decipher benzo[a]pyrene-induced bladder cancer networks
2026-May-21, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05207-6
PMID:42168757
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研究论文 | 该研究通过整合机器学习与结构分析,系统解析了苯并[a]芘诱导膀胱癌的分子网络,并识别出关键基因和治疗靶点 | 创新性地整合网络毒理学、机器学习、分子对接、分子动力学和单细胞转录组学,通过SHAP分析优先识别关键基因,并利用单细胞数据揭示肿瘤微环境中细胞类型特异性表达 | 摘要中未明确提及局限性 | 识别苯并[a]芘诱导膀胱癌中的关键差异表达基因及其分子机制,为潜在治疗靶点提供见解 | 苯并[a]芘相关的膀胱癌差异表达基因,以及GSK3B、SKP2、AURKB等关键基因 | 机器学习、结构分析 | 膀胱癌 | 网络毒理学、机器学习、分子对接、分子动力学、单细胞转录组学 | 机器学习模型(具体类型未提及,SHAP用于解释) | 基因表达数据、单细胞转录组数据、结构数据 | 来自GEO数据集的样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 82 | 2026-08-27 |
Single-cell analysis reveals corticosteroid-associated impairment of tumor-infiltrating NK cells in glioblastoma patients
2026-May-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-52528-1
PMID:42168437
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析,发现围手术期地塞米松治疗与胶质母细胞瘤患者肿瘤浸润NK细胞的转录特征改变及效应功能受损相关 | 首次在单细胞水平揭示皮质类固醇(地塞米松)对胶质母细胞瘤患者肿瘤浸润NK细胞的特异性影响,包括CD56亚群富集和细胞毒性程序抑制 | 样本量较小(仅5例胶质母细胞瘤患者),且为回顾性分析公开数据集,需要更大队列验证 | 探究围手术期皮质类固醇治疗对胶质母细胞瘤患者肿瘤浸润NK细胞的影响 | 胶质母细胞瘤患者肿瘤浸润的CD45⁺细胞(包括NK细胞亚群) | 单细胞转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5例IDH野生型胶质母细胞瘤样本(2例地塞米松治疗,3例未治疗)和2例非肿瘤脑样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 83 | 2026-08-27 |
Quantitative coupling of clonal CNV evolution and spatially restricted malignant states identifies MFGE8 as a candidate late-state-associated target in breast cancer
2026-05-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08308-6
PMID:42169126
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学,揭示了乳腺癌中CNV定义的克隆进化与转录状态转变的定量耦合,并确定了MFGE8作为晚期状态相关的候选治疗靶点 | 首次将CNV推断、分支轨迹分析和空间生态位映射相结合,定量揭示了克隆进化与恶性状态转变的耦合关系,并通过结构虚拟筛选和功能验证优先确定了MFGE8作为晚期状态相关靶点 | 未明确说明研究限制,但可能包括样本量有限、体外验证与体内效果的差异,以及计算预测的靶点需要进一步临床试验验证 | 探究乳腺癌进展中基因组不稳定性如何与转录状态转变和空间生态位组织定量耦合,并识别晚期状态相关的治疗靶点 | 乳腺癌恶性上皮细胞,涵盖ER阳性、HER2阳性和三阴性肿瘤 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、CNV推断、结构虚拟筛选 | 分支轨迹分析、转录因子调控网络建模、细胞通讯推断 | 基因表达数据、空间转录组数据 | 未明确说明样本数量,但可能涉及多种乳腺癌亚型的肿瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序和10x Visium空间转录组学(FFPE或新鲜冷冻) |
| 84 | 2026-08-27 |
scRNA-seq analysis shows neutrophil extracellular traps as drivers of obstruction-induced intestinal damage in rats
2026-May-15, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10288-8
PMID:42141151
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和体内药理学调节,揭示中性粒细胞胞外陷阱(NETs)在大鼠肠梗阻引起的肠道损伤中的驱动作用 | 首次通过单细胞RNA测序结合体内药理学调节,揭示NETs的形成动态及其在肠梗阻中导致屏障功能障碍的机制,并识别出独特的NETs相关中性粒细胞亚群(Neu_NETs) | 研究基于大鼠模型,其结果可能不完全适用于人类;此外,样本量仅限单一性别(雄性大鼠) | 阐明肠梗阻中NETs的形成动态及其对肠道屏障功能障碍的贡献,探索针对NETs的治疗策略 | 雄性大鼠的肠道细胞,特别是中性粒细胞 | 单细胞转录组学 | 肠梗阻 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据(单细胞) | 23,320个肠道细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 85 | 2026-08-27 |
Lignature provides a curated resource of ligand-induced transcriptomic signatures for signaling inference
2026-05-06, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281287.125
PMID:41951436
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研究论文 | 开发了一个名为Lignature的精选数据库,包含362个人类配体的细胞内转录组签名,用于推断配体活性并改善配体-受体相互作用的预测 | 显著扩展了具有可用细胞内响应签名的配体数量,提供基因和通路两种水平的签名,并开发了基于回归的框架来建模多配体组合调控 | 摘要未提及具体限制 | 建立全面的配体诱导转录组签名资源,以支持配体信号推断和研究配体-受体相互作用 | 人类配体及其诱导的转录组响应 | 机器学习 | NA | 转录组学 | 回归模型 | 基因表达数据 | 362个人类配体 | NA | NA | NA | NA |
| 86 | 2026-08-27 |
Robust identification of cell-cell communication heterogeneity in single cells
2026-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.29.721691
PMID:42146454
|
研究论文 | 介绍scRICH框架,整合数学建模与机器学习,从单细胞和空间转录组数据中鲁棒识别细胞间通讯异质性,并验证其在角质细胞器官oid中的预测。 | 提出scRICH,它独特地结合机制性多尺度数学建模与学习策略,捕获细胞类型内通讯行为异质性,通过RNA剪接动态信息关联细胞通讯与命运决定,并构建多层调控网络连接细胞间互作和细胞内响应。 | 摘要未提及局限性。 | 开发并验证scRICH方法,以从单细胞和空间转录组数据中捕获细胞间通讯的复杂性和异质性,并关联细胞命运决定。 | 单细胞转录组和空间转录组数据,以及皮肤等效器官oid中的角质细胞。 | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学 | 机制性数学模型与学习策略的结合 | 单细胞转录组数据和空间转录组数据 | 皮肤等效器官oid中的角质细胞(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 87 | 2026-08-27 |
Multimodal transcriptomics identifies metallothionein as a novel pathway in primary sclerosing cholangitis
2026-May-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001432
PMID:40560681
|
研究论文 | 结合空间转录组学和单核转录组学分析原发性硬化性胆管炎肝脏样本,发现金属硫蛋白是新的疾病通路 | 首次综合空间和单核转录组学技术,在最大规模的PSC肝脏外植体样本中鉴定出金属硫蛋白作为新通路,并定位到特定肝细胞亚型 | 摘要未明确提及局限性 | 定位原发性硬化性胆管炎(PSC)中潜在的疾病通路至特定肝脏微解剖区域 | 23例PSC和7例疾病对照(4例MASH,3例ALD)的肝脏外植体样本 | 转录组学 | 原发性硬化性胆管炎 | 空间转录组学、单核RNA测序(snRNA-seq)、免疫组化 | NA | 空间转录组数据、单核转录组数据、免疫组化图像 | 23例PSC和7例疾病对照肝脏外植体;其中16例用于snRNA-seq(12例PSC,2例MASH,2例ALD);共76,664个空间斑点,91,891个细胞核 | NA | 空间转录组学、单核RNA测序 | NA | NA |
| 88 | 2026-08-27 |
Dynamics of Spinal Fluid Immune Cell Alterations Following Cladribine Tablet Treatment in Multiple Sclerosis
2026-May, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation
DOI:10.1212/NXI.0000000000200565
PMID:41990287
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析了克拉屈滨片治疗多发性硬化症患者脑脊液和血液中免疫细胞动态变化,揭示了治疗对细胞组成和克隆性的影响 | 首次在临床试验框架下,结合脑脊液和血液的单细胞转录组及T/B细胞受体库分析,揭示克拉屈滨治疗对脑脊液隔室免疫细胞的独特动态影响,包括早期CD4 Treg细胞增加和晚期克隆性CD8 T细胞减少 | 样本量较小(13名患者,34份样本),且来自单一试验中心,可能限制结果的普遍性 | 探讨克拉屈滨片治疗对多发性硬化症患者脑脊液和血液中免疫细胞组成、表型及克隆性的影响,以理解其作用机制 | 多发性硬化症患者治疗前后的脑脊液和血液免疫细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组和免疫受体库数据 | 13名患者的34份脑脊液和血液样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞5'端转录组和V(D)J测序 |
| 89 | 2026-08-27 |
Interpretable MRI-based Multiparametric Radiomics for Preoperative Prediction of CMS4 Colorectal Cancer
2026-May, Radiology
IF:12.1Q1
DOI:10.1148/radiol.251719
PMID:42153825
|
研究论文 | 本研究评估了基于MRI的放射组学机器学习方法在预测结直肠癌CMS4亚型中的表现,并探索了其生物学相关性和可解释性。 | 首次利用多参数MRI放射组学特征结合机器学习预测CMS4状态,并通过转录组分析验证了特征的生物学相关性,优于深度学习模型。 | 未明确提及局限性。 | 评估放射组学机器学习方法预测结直肠癌CMS4状态的效能,并探索其生物学相关性和可解释性。 | 253例结直肠癌患者(中位年龄63岁,163名男性),包括MRI数据和病理组织样本。 | 机器学习, 医学影像 | 结直肠癌 | MRI, 放射组学, RNA测序 | 机器学习模型(具体未指定), 深度学习模型(ResNet50, VGG16, DenseNet201) | 影像数据(T2WI, CE T1WI), 转录组数据(bulk和单细胞RNA测序) | 253例患者 | NA | NA | NA | NA |
| 90 | 2026-08-27 |
Spatially Distinct Macrophage Subsets Drive Myofibroblast Heterogeneity and Maladaptive Fibrosis in Lupus Nephritis
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.27.719870
PMID:42094578
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学,揭示了狼疮性肾炎中巨噬细胞亚群与成肌纤维细胞异质性之间的空间分布及其在肾纤维化中的作用 | 首次在人类狼疮性肾炎中描绘了巨噬细胞-成纤维细胞相互作用的空间图谱,识别出两种具有不同空间定位和功能的成肌纤维细胞亚群,并揭示了关键的配体-受体相互作用 | 研究主要基于转录组数据,未深入探讨蛋白质水平和功能验证;小鼠模型的验证可能不完全代表人类疾病过程 | 阐明狼疮性肾炎中巨噬细胞与成纤维细胞之间的相互作用机制,为开发针对慢性肾损伤的治疗策略提供依据 | 人类狼疮性肾炎活检样本和健康对照样本,以及小鼠模型 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 156例人类狼疮性肾炎活检和30例健康对照;6例狼疮性肾炎患者的空间转录组样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 91 | 2026-08-27 |
Alveolar Type 2 Cell Dysfunction Is Associated with Bile Acid Alterations in Experimental Hepatopulmonary Syndrome
2026-Apr-28, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1093/ajrcmb/aanag067
PMID:42048159
|
研究论文 | 本研究探讨了实验性肝肺综合征中肺泡2型细胞功能障碍与胆汁酸变化之间的关联,发现胆汁酸水平升高与AT2细胞功能受损及表面活性物质减少有关 | 首次在肝肺综合征模型中结合AT2细胞特异性RiboTag RNA测序、单细胞RNA测序和质谱胆汁酸分析,揭示胆汁酸对AT2细胞功能的直接影响,并提出FXR激动剂作为潜在治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型(CBDL),尚需在人类样本中验证;且未完全阐明胆汁酸影响AT2细胞的具体分子机制 | 探究肝肺综合征中肺泡2型细胞功能障碍与胆汁酸改变的关系,并评估FXR激动剂的潜在治疗作用 | 肝肺综合征小鼠模型(CBDL小鼠)、MLE12细胞系以及AT2细胞亚群 | 病理学、分子生物学 | 肝肺综合征(肝硬化并发症) | RiboTag RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、质谱法 | 小鼠模型(CBDL)、细胞模型(MLE12) | 基因表达数据、蛋白质数据、代谢组学数据 | 未明确说明具体样本数,涉及CBDL小鼠和MLE12细胞 | 未明确说明(推测使用10x Genomics或Illumina等,但摘要未提及) | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 92 | 2026-08-27 |
PTEN restrains SHH medulloblastoma growth through cell autonomous and nonautonomous mechanisms
2026-Apr-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.108190
PMID:41995080
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研究论文 | 该研究揭示了PTEN通过细胞自主和非自主机制抑制SHH型髓母细胞瘤的生长,并阐明了其如何影响肿瘤进展和分化。 | 创新点在于首次将PTEN缺失与SHH-MB肿瘤的加速生长和分化联系起来,并通过单细胞RNA测序技术详细描绘了肿瘤微环境和细胞状态的变化。 | 研究主要基于小鼠模型,可能不完全反映人类肿瘤的复杂性,并且对细胞非自主机制的深入探索有限。 | 目的是探究PTEN突变如何影响SHH-MB肿瘤的严重性和进展,以及其细胞自主和非自主机制。 | 研究对象为SHH型髓母细胞瘤的小鼠模型,特别是表达致癌SmoM2的颗粒细胞前体细胞。 | 数字病理学 | 儿科肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 涉及两个SHH-MB小鼠模型和不同基因型(PTEN纯合或杂合缺失)的样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 93 | 2026-08-27 |
Optineurin modulates mTORC2/AKT/STAT3 signaling to control MHC class II expression and adaptive immunity against HSV-1
2026-Apr-16, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117263
PMID:41996245
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研究论文 | 该研究揭示了自噬受体OPTN通过稳定RICTOR调控mTORC2/AKT/STAT3信号通路,增强树突状细胞MHC II类分子表达,从而调节针对HSV-1的适应性免疫应答 | 首次发现OPTN(传统上作为自噬受体参与蛋白回收)具有稳定RICTOR以增强MHC II类分子表达的新功能,并阐明了其通过AKT2/mTOR/STAT3通路调控抗原呈递的分子机制 | 摘要中未提供具体局限性信息 | 探究OPTN在HSV-1感染中对抗原呈递和适应性免疫的调控作用及其分子机制,为疫苗开发提供新靶点 | 树突状细胞、HSV-1感染模型、转基因小鼠 | 免疫学、分子生物学 | 单纯疱疹病毒1型感染 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未提供具体样本量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2026-08-27 |
Uridine metabolism promotes lung adenocarcinoma progression by activating FBL transcription via YBX1
2026-Apr-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08034-z
PMID:41987290
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研究论文 | 本研究探讨了尿苷代谢通过激活转录因子YBX1促进肺腺癌进展的机制,并验证了尿苷代谢-YBX1-FBL轴作为潜在的治疗靶点 | 首次阐明尿苷代谢通过YBX1的K137位点乳酸化修饰稳定蛋白,进而转录激活FBL促进核糖体生物合成的致癌机制 | 未提及 | 阐明尿苷代谢在肺腺癌发生发展中的分子机制,并评估其作为治疗靶点的潜力 | 肺腺癌细胞系和小鼠肿瘤模型 | 基因组学、转录组学、生物信息学 | 肺腺癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀定量PCR、免疫沉淀 | 转录因子网络分析 | 基因表达数据、蛋白质互作数据、临床数据 | TCGA泛癌数据、单细胞RNA测序数据、细胞系和动物模型 | NA | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 95 | 2026-08-27 |
Midkine as a novel prognostic and therapeutic target in meningioma: insights from single-cell analysis and organoid-based drug validation
2026-Apr-14, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08068-3
PMID:41981656
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研究论文 | 该研究通过单细胞分析和类器官验证,发现Midkine(MDK)是脑膜瘤复发的新型预后标志物和潜在治疗靶点 | 首次结合单细胞RNA测序与Scissor算法识别脑膜瘤复发相关基因,并利用患者来源类器官验证MDK抑制剂iMDK的治疗效果 | 未提及具体局限性 | 识别脑膜瘤复发的预后生物标志物和新型治疗靶点 | 脑膜瘤细胞系(IOMM-Lee和CH157)、脑膜瘤类器官、患者样本(血液和肿瘤组织) | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序、批量转录组分析、蛋白质印迹、酶联免疫吸附试验、免疫组织化学、多重免疫荧光染色、类器官培养 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、临床数据、图像数据 | 未明确提及具体样本量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 96 | 2026-08-27 |
Novel candidate genes for vestibular function identified through GWAS in the hybrid mouse diversity panel
2026-Apr-11, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-026-12810-y
PMID:41965519
|
研究论文 | 通过混合小鼠多样性面板的全基因组关联研究,识别前庭功能的新候选基因 | 整合基因组、转录组和单细胞RNA测序数据,在年轻和年老HMDP小鼠中发现与听觉前庭功能相关的多个显著基因位点,并定位关键基因到特定细胞类型 | 在老年小鼠中未检测到显著基因位点,且研究基于小鼠模型,可能不完全适用于人类 | 阐明前庭功能的遗传基础,揭示年龄相关平衡障碍的潜在分子通路 | 年轻和年老的混合小鼠多样性面板(HMDP)品系 | 遗传学、基因组学 | 年龄相关平衡障碍 | 全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序 | NA | 基因型数据、表达数量性状位点(eQTL)数据、单细胞转录组数据 | 50多种HMDP品系,具体样本数量未在摘要中说明 | NA | NA | NA | NA |
| 97 | 2026-08-27 |
Single-cell omics and flow cytometry identify distinct immune states of dural and brain-infiltrating IL-17-producing γδ T cells after experimental stroke
2026-Apr-09, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03794-3
PMID:41952178
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研究论文 | 通过单细胞组学和流式细胞术,研究了实验性中风后硬脑膜和脑浸润的IL-17产生型γδ T细胞的免疫状态差异。 | 首次系统整合公共单细胞RNA测序数据,深入分析了中风后γδ T细胞在硬脑膜和脑实质中的动态变化、组织适应性和细胞间通讯。 | 本研究主要基于公开数据集和实验性中风模型,结果需在人类样本中进一步验证。 | 探究缺血性中风对脑膜及脑浸润γδ T细胞状态的影响,及其在卒中后炎症中的潜在作用。 | 实验性中风小鼠的硬脑膜和脑内γδ T细胞。 | 单细胞组学 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞术数据、免疫荧光图像 | 公开数据集及小鼠样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 98 | 2026-08-27 |
Rexinoid NEt-3IB Promotes Resident Macrophage Gene Expression and Mitigates Desiccation-Induced Ocular Surface Disease
2026-04-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.4.31
PMID:41979250
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研究论文 | 本研究评估了类视黄醇NEt-3IB对干燥应激诱导的干眼症及单核细胞/巨噬细胞基因表达和细胞轨迹的影响 | 首次证明类视黄醇NEt-3IB通过促进单核细胞/巨噬细胞中稳态和抗炎基因表达,抑制炎症基因特征,从而缓解干眼症,为干眼治疗提供新途径 | 未提供明确的局限性信息 | 评估类视黄醇NEt-3IB对干燥应激诱导的干眼症及单核细胞/巨噬细胞基因表达和细胞轨迹的影响 | 结膜免疫细胞、培养的单核细胞、角膜和结膜杯状细胞 | 数字病理学 | 干眼症 | 单细胞RNA测序、RNA-seq、流式细胞术、荧光标记葡聚糖渗透性测定、PAS染色 | NA | 基因表达数据、图像、流式细胞术数据 | 未指明具体样本数量,涉及小鼠眼睛和培养细胞 | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2026-08-27 |
Human Papillomavirus (HPV) Infected Epithelial Cells and FBLN1+ Fibroreticular Cells Govern the Immunogenic Tumor Microenvironment in HPV-Associated Oropharyngeal Squamous Cell Carcinoma
2026-Mar-31, Clinical and experimental otorhinolaryngology
IF:2.9Q1
DOI:10.21053/ceo.2025-00282
PMID:41913707
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和高分辨率空间转录组学,比较了HPV相关和非HPV相关的口咽鳞状细胞癌微环境差异,发现FBLN1+纤维网状细胞在HPV相关肿瘤中富集,并可能通过表达SLIT2促进免疫细胞募集,从而增强免疫原性微环境。 | 首次在HPV相关口咽鳞状细胞癌中鉴定出FBLN1+纤维网状细胞亚群,并揭示其与肿瘤和免疫细胞的邻近关系及潜在免疫调节作用。 | 样本数量较少,且未进行功能验证实验来直接证明FBLN1+纤维网状细胞的作用机制。 | 探究HPV相关口咽鳞状细胞癌预后较好的肿瘤微环境细胞和分子因素,重点关注纤维网状细胞。 | HPV相关口咽鳞状细胞癌、非HPV相关口咽鳞状细胞癌和正常扁桃体组织样本。 | 数字病理学 | 口咽鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据(单细胞和空间转录组) | 10个样本(2个非HPV相关OPSCC、5个HPV相关OPSCC、3个正常扁桃体) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium用于单细胞RNA测序,10x Visium用于空间转录组学 |
| 100 | 2026-08-27 |
Binary-SPA: A Reference-Free Method for Cell Annotation in High-Resolution Spatial Transcriptomics
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.17.712369
PMID:41889971
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研究论文 | 开发了一种名为Binary-SPA的无参考计算方法,用于高分辨率空间转录组数据的细胞类型注释 | Binary-SPA采用两阶段注释策略,首先通过预定义标记集进行二元分类识别高置信度细胞,然后利用这些细胞作为内部参考进行基于锚点的标签转移,无需外部单细胞RNA测序参考数据集 | 未明确提及局限性 | 解决高分辨率空间转录组分析中准确细胞类型注释的挑战 | 高分辨率空间转录组数据,包括骨髓活检等困难样本 | 生物信息学 | 不适用 | 空间转录组学 | 未明确指出 | 空间转录组数据 | 未明确 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |