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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
81 2026-06-30
Inferring Gene Regulatory Networks and Predicting the Effect of Gene Perturbations via IQCELL
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
方法论文 提出IQCELL平台,从单细胞RNA测序数据推断布尔基因调控网络,并可模拟正常和扰动条件下的网络行为 提供了一个从原始数据集开始实现IQCELL的详细指南,包括数据处理、信息基因推断、基因调控网络推断以及在正常和扰动条件下的网络模拟 NA 提供一种从单细胞RNA测序数据推断布尔基因调控网络并预测基因扰动效应的平台 单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 布尔网络 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
82 2026-06-30
Single-Cell mRNA-sncRNA Co-sequencing of Preimplantation Embryos
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究论文 提出了一种单细胞mRNA-sncRNA共测序方法,用于研究植入前胚胎的细胞动力学 首次在同一胚胎单细胞中同时进行mRNA和小非编码RNA测序,实现了多组学联合分析 未提及具体限制,但可能涉及技术复杂性和细胞损伤风险 开发单细胞多组学方法以深入理解植入前胚胎发育的细胞动态 小鼠和人类的植入前胚胎单个细胞 数字病理学 不适用 Smart-Seq2, Small-Seq 不适用 转录组数据, 小非编码RNA数据 单个胚胎细胞(具体数量未提及) 不适用 单细胞RNA-seq, 单细胞小非编码RNA-seq Smart-Seq2, Small-Seq 在同一个胚胎单细胞上依次进行Smart-Seq2和Small-Seq
83 2026-06-30
Evaluation of Stem-Cell Embryo Models by Integration with a Human Embryo Single-Cell Transcriptome Atlas
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究论文 通过整合人类胚胎单细胞转录组图谱评估干细胞胚胎模型 提出了一种整合不同实验室和不同技术获取的单细胞数据集的分析方法,用于比较和优化干细胞来源的胚胎模型 未明确说明局限性 改进对人类胚泡模型的评估,通过单细胞分辨率与胚胎转录组图谱的整合分析来优化干细胞胚胎模型 人类胚泡模型(类囊胚)、人类胚胎数据集和二维体外早期发育模型系统数据集 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NA 文本数据(单细胞转录组数据) 涉及多个实验室和技术的多个单细胞数据集,未明确样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
84 2026-06-30
High-throughput identification of Toxoplasma gondii effector proteins that target host cell transcription
2023-10-11, Cell host & microbe IF:20.6Q1
研究论文 结合CRISPR敲除筛选与双宿主-微生物单细胞RNA测序(双扰动测序),高通量鉴定弓形虫效应蛋白及其对宿主细胞转录的调控作用 首次将CRISPR pooled敲除筛选与双宿主-微生物单细胞RNA测序整合为双扰动测序方法,实现无偏倚鉴定弓形虫效应蛋白并直接推断其功能 未提及具体技术局限性,可能受限于筛选规模及对宿主转录干扰的特异性验证 高通量鉴定弓形虫效应蛋白并阐明其调控宿主细胞转录的分子机制 弓形虫(Toxoplasma gondii)效应蛋白及宿主细胞转录调控 机器学习 弓形虫病 CRISPR敲除筛选,单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 双宿主-微生物单细胞RNA测序(双扰动测序)
85 2026-06-29
POLK and KCNK17 as novel candidate genes for type 2 diabetes via stress response and ion channel regulation
2026-Jun, Journal of endocrinological investigation IF:3.9Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析,识别2型糖尿病β细胞功能障碍的新候选基因KCNK17和POLK 首次整合单细胞RNA测序与孟德尔随机化方法,从β细胞特异性角度鉴定出POLK和KCNK17作为2型糖尿病的候选致病基因,并揭示了离子转运与应激反应的不同细胞程序 未提及明显局限性,但可能受样本量较小(仅17例患者及17例对照)和外部验证仅依赖有限数据集(高糖处理的β细胞系和棕榈酸盐处理的人胰岛RNA-seq数据)的影响 识别2型糖尿病β细胞功能障碍的细胞类型特异性致病基因 17例2型糖尿病患者和17例健康对照的胰岛单细胞RNA测序数据 机器学习 糖尿病 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析 随机森林, XGBoost, SVM, L2正则化逻辑回归 单细胞基因表达数据, 全基因组关联研究汇总统计, 表达数量性状位点数据 17例2型糖尿病患者和17例健康对照的胰岛样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
86 2026-06-29
Unlocking Alveolar Regeneration: AT2 Stem Cells, Signaling Networks, and Therapeutic Frontiers
2026-May, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2
综述 本文综述了肺泡II型上皮细胞(AT2)作为关键成体干细胞在肺稳态维持和损伤修复中的核心作用及其分子调控机制 系统整合了前沿研究成果,描绘了肺泡再生的细胞图谱,包括AT2细胞与肺泡上皮祖细胞、支气管肺泡干细胞和谱系阴性上皮祖细胞等辅助祖细胞来源,并重点揭示了AT2向AT1分化过程中的过渡可塑性阶段——肺泡分化中间态 作为综述文章,未提供原始实验数据,且主要基于现有文献的集成分析 阐明AT2干细胞在肺泡再生中的分子机制及其在肺部疾病中的治疗潜力 肺泡II型上皮细胞(AT2)、肺泡I型上皮细胞(AT1)、肺泡再生相关细胞及信号通路 NA 特发性肺纤维化、慢性阻塞性肺疾病 谱系追踪、单细胞转录组学、三维类器官培养 NA 单细胞转录组数据、类器官培养数据 NA NA 单细胞转录组学 NA NA
87 2026-06-29
CHI3L1: a novel regulator of vascular remodeling in pulmonary arterial hypertension
2026-May, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3
研究论文 本研究探讨CHI3L1在肺动脉高压中介导血管重塑的作用机制,并验证其作为治疗靶点和诊断标志物的潜力 首次揭示CHI3L1通过AMPK-AKT信号通路调控肺动脉平滑肌细胞增殖和凋亡,并提出其作为PAH治疗新靶点和血清生物标志物的可能性 基于临床前动物实验数据,尚未开展人类临床验证,且具体分子机制需进一步深入探索 阐明CHI3L1在肺动脉高压血管重塑中的调控机制及其临床转化潜力 肺动脉高压大鼠模型及离体肺动脉平滑肌细胞 机器学习 心血管疾病 转录组测序、单细胞测序 NA 转录组数据、单细胞测序数据 动物实验:PAH模型大鼠;细胞实验:大鼠肺动脉平滑肌细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
88 2026-06-29
Multiomic, Histologic, and scRNA-seq Profiling of Pleural Mesothelioma Reveals Negative Prognosis Associated With a Novel Uncommitted Molecular Phenotype
2026-04, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1
研究论文 通过多组学、组织学和单细胞RNA测序对胸膜间皮瘤进行分析,揭示一种与新型未定型分子表型相关的负面预后 鉴定了在双相型胸膜间皮瘤中富集的新型未定型恶性细胞状态,并发现该状态不限于特定克隆,提出了TGF-β和GAS6-AXL信号通路作为候选驱动因素 样本量较小(40名患者93例样本),结论需要进一步实验探索和临床验证 探索胸膜间皮瘤不同组织学类型中调节生存的潜在生物学机制 胸膜间皮瘤患者肿瘤组织样本 数字病理学 胸膜间皮瘤 单细胞RNA测序,全外显子和RNA测序,光学基因组图谱,空间转录组学,组织学分析 NA RNA序列,外显子序列,基因组数据,空间转录数据,组织学图像 40名患者的93例胸膜间皮瘤肿瘤样本 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学,全外显子测序,RNA测序 NA NA
89 2026-06-29
Deciphering the genetic control of immune cell function at single-cell resolution: Disease-Specific Cis-eQTLs analysis of COVID-19
2026-Mar-31, Immunogenetics IF:2.9Q3
研究论文 结合全基因组测序与单细胞RNA-seq数据,在30名个体的230,000个外周血单核细胞中识别出1,233,644个顺式eQTL,并利用深度学习模型探索其在特定细胞类型中的调控作用 首次在COVID-19背景下整合全基因组与单细胞转录组数据,结合深度学习顺式调控模型,揭示疾病特异性eQTL在免疫细胞功能中的调控机制 样本量相对较小(30名个体),可能限制了对稀有细胞类型和低频变异效应的检测能力 研究基因组变异如何通过eQTL影响特定细胞类型中的基因表达,尤其关注免疫相关基因在新冠肺炎中的调控 30名个体的外周血单核细胞(PBMCs) 自然语言处理 新冠肺炎 全基因组测序, 单细胞RNA测序 深度学习模型 基因表达数据, 基因组序列 30名个体的230,000个PBMCs NA 单细胞RNA测序 NA NA
90 2026-06-29
B1 cells drive pulmonary emphysema progression through ADAM10
2026-Mar-31, Respiratory research IF:4.7Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序揭示B1细胞通过ADAM10驱动肺气肿进展的机制 首次明确B1细胞(尤其是B1b亚群)通过ADAM10-Notch信号轴驱动肺气肿进展,并验证ADAM10抑制剂可改善肺部病理和功能 未提及研究的局限性 阐明肺气肿中驱动疾病进展的特定B细胞亚群和分子机制 猪胰弹性蛋白酶诱导的肺气肿小鼠模型中的肺B细胞 免疫学 肺气肿 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 小鼠模型样本(具体数量未在摘要中给出) NA 单细胞RNA测序 NA NA
91 2026-06-29
Single-cell landscape of intratumoral heterogeneity and GABA-mediated remodeling of the immune microenvironment in breast cancer metastases
2026-Mar-31, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1
研究论文 通过单细胞转录组学和批量RNA测序分析,揭示乳腺转移瘤中肿瘤异质性和GABA介导的免疫微环境重塑的细胞景观 首次在乳腺癌转移中系统描述GABA介导的神经-免疫轴对肿瘤免疫微环境的重塑作用,并鉴定出与GABA基因集相关的关键细胞亚群(B_C2、CD4+Tcm、M2巨噬细胞和Myo_C2)及靶基因COL1A2 尚不清楚具体分子机制,仅基于数据集分析,缺乏实验验证 研究乳腺癌转移部位中神经-免疫机制介导的肿瘤免疫微环境细胞亚群与疾病严重程度及治疗反应的关系 乳腺癌转移样本的单细胞和批量RNA测序数据,包括9种主要细胞类型 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA 基因表达数据 单细胞数据集GSE158399和来自UCSC Xena的乳腺癌患者批量RNA测序数据 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
92 2026-06-29
Spatial multi-omics characterization of neuroblastoma reveals ferroptosis-associated metabolic features in high-risk tumors
2026-Mar-31, Genome medicine IF:10.4Q1
研究论文 通过空间多组学分析揭示高危神经母细胞瘤中与铁死亡相关的代谢特征 首次整合空间转录组学和空间蛋白质组学技术,揭示高危神经母细胞瘤中铁死亡相关代谢通路的上调及微环境空间生态位特征 未在更大样本量或不同模型中验证GPX4抑制的普遍性,且铁死亡敏感性机制尚需进一步功能验证 探究高危神经母细胞瘤中空间组织与代谢通路如何影响疾病行为,并寻找潜在治疗靶点 人类儿童神经母细胞瘤样本 数字病理学 神经母细胞瘤 空间转录组学,空间蛋白质组学 NA 基因表达数据,蛋白质表达数据 一批儿童神经母细胞瘤样本(具体数量未提及) NanoString, Akoya Biosciences 空间转录组学,空间蛋白质组学 GeoMx Digital Spatial Profiler, Akoya PhenoCycler-Fusion 使用GeoMx DSP Whole Transcriptome Atlas进行全转录组空间分析,使用Akoya PhenoCycler-Fusion进行空间蛋白质组分析
93 2026-06-29
Integrated multi-omics analysis and functional validation reveal the role of TRIM2 as a potential novel biomarker in breast cancer
2026-Mar-31, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
94 2026-06-29
Identification of DHX58 as a potential therapeutic target for ovarian cancer through multi-omics Mendelian randomization and transcriptomic data analysis
2026-Mar-30, Journal of ovarian research IF:3.8Q1
研究论文 通过多组学孟德尔随机化和转录组数据分析,鉴定DHX58为卵巢癌潜在治疗靶点 综合运用孟德尔随机化、SMR分析、共定位分析及多组学数据,首次确认DHX58与卵巢癌的显著关联,并验证其作为治疗靶点的可行性 未提及样本多样性(仅欧洲人群)及DHX58在非欧洲人群中的普适性 识别卵巢癌的潜在治疗靶点,并评估其临床意义和药物开发潜力 DHX58基因在卵巢癌中的表达与功能 机器学习 卵巢癌 孟德尔随机化分析、SMR分析、共定位分析、转录组测序、单细胞RNA测序、分子对接 NA 基因表达数据、蛋白质定量性状位点数据、全基因组关联研究统计摘要、单细胞转录组数据 eQTLGen联盟:未明确样本数;GTEx v8:卵巢组织eQTL数据,样本数为未指定;INTERVAL, Fenland, SCALLOP研究:pQTL数据,样本数未指定;GWAS研究(GCST90018888):欧洲人群,样本数未指定 NA 转录组测序、单细胞RNA测序 NA NA
95 2026-06-29
Lysosomal cholesteryl ester hydrolysis drives white matter repair by reprogramming microglia into a novel reparative state
2026-Mar-29, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1
研究论文 本研究证明溶酶体酸性脂肪酶介导的溶酶体脂解是驱动小胶质细胞进行白质修复的关键因素,而非此前认为的从头合成固醇途径 首次揭示LAL介导的溶酶体脂解而非从头固醇合成是小胶质细胞驱动白质修复的核心决定因素,并鉴定出一种以GPNMB和LAL高表达为特征的新型修复性小胶质细胞状态 未详细说明 探究溶酶体胆固醇酯水解在白质修复中的作用机制 小鼠模型中的小胶质细胞和白质损伤后修复过程 数字病理学 白质损伤、白质中风 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 涉及可修复白质损伤和不可修复白质中风两种小鼠模型 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
96 2026-06-29
CD64 binding potential does not translate into enhanced therapeutic efficacy for anti-IL-23 antibodies under physiologically relevant conditions
2026-Mar-28, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
研究论文 探讨IL-23抗体Fc段与CD64结合能力在生理条件下对治疗效果的影响 通过体内外实验和单细胞转录组学分析,首次证明在生理条件下FcγRI(CD64)结合能力不增强抗IL-23抗体的治疗效果 未涉及其他Fcγ受体可能的作用,且动物模型可能不完全代表人类疾病 评估抗IL-23抗体Fc段LALA突变对体内IL-23中和作用的影响 抗IL-23抗体(Guselkumab、Ustekinumab、Risankizumab)及小鼠结肠炎模型、人单核细胞 数字病理学 自身免疫性疾病 单细胞RNA测序、空间转录组学、体外结合试验 NA 基因表达数据、转录组数据 小鼠模型:Il10−/−和Rag2−/−小鼠;人样品:银屑病皮肤和炎症性肠病肠道组织 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
97 2026-06-29
Preterm birth skews the developmental trajectory of myeloid-derived suppressor cells in the first 48 hours of life: single-cell transcriptomics and inferred intercellular communication
2026-Mar-27, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
研究论文 通过单细胞转录组学和预测的细胞间通讯,研究早产如何影响出生后48小时内骨髓源性抑制细胞的发育轨迹 首次揭示了早产儿与足月儿在出生后48小时内骨髓源性抑制细胞转录组的差异,并识别出一种与早产相关的炎症和代谢应激分化分支 样本量较小(7名早产儿、6名足月儿、6名成人),为单中心研究,可能限制结果的普适性;仅分析了出生后48小时内的细胞,未覆盖更长时间点 了解早产儿骨髓源性抑制细胞的转录组景观及发育轨迹,探索其与足月儿的差异,以揭示早产儿感染易感性和组织损伤的细胞机制 早产儿(<36周胎龄)、足月儿(>37周胎龄)和健康成人(21-45岁)的外周血单个核细胞 单细胞转录组学 早产及其相关并发症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 7名早产儿、6名足月儿、6名健康成人,约339,000个细胞 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'基因表达解决方案
98 2026-06-29
Salidroside represses ovarian cancer progression by targeting FSP1-dependent ferroptosis
2026-Mar-27, Journal of ovarian research IF:3.8Q1
研究论文 研究发现红景天苷通过靶向FSP1依赖的铁死亡抑制卵巢癌进展 首次揭示红景天苷通过靶向FSP1逆转卵巢癌铁死亡耐药性的分子机制,并将FSP1表达与超声分级(O-RADS US)相关联,为超声诊断及中药治疗卵巢癌提供了新见解 未提及具体局限性 探讨红景天苷对卵巢癌铁死亡耐药性的作用及其分子机制 卵巢癌细胞及卵巢癌患者样本 机器学习 卵巢癌 单细胞转录组测序 NA 基因表达数据、临床超声分级数据 公开数据集中的卵巢癌单细胞转录组样本及临床队列样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
99 2026-06-29
Inflammatory macrophages drive smooth muscle dedifferentiation via YAP signaling in murine deep vein thrombosis
2026-Mar-27, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1
研究论文 该论文研究了炎症巨噬细胞通过YAP信号通路驱动小鼠深静脉血栓中平滑肌细胞去分化的机制 首次揭示了炎症巨噬细胞通过抑制Hippo通路效应因子YAP来驱动静脉平滑肌细胞去分化,并确定了IL-1β为关键配体,提出了YAP作为保护静脉壁完整性的潜在治疗靶点 未提供临床验证数据,且主要依赖于小鼠模型,可能无法完全反映人类深静脉血栓的病理生理过程 探究深静脉血栓形成早期静脉平滑肌细胞表型变化的驱动机制 小鼠静脉平滑肌细胞和人类隐静脉平滑肌细胞 机器学习和数字病理学 深静脉血栓 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA 单细胞转录组数据, RNA测序数据 小鼠(雄性和雌性)下腔静脉结扎模型, 24小时后分析静脉壁细胞 NA NA NA NA
100 2026-06-29
Alternatively activated neutrophils limit T cell-driven neuroinflammation
2026-Mar-27, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1
research paper 研究替代活化中性粒细胞在实验性自身免疫性脑脊髓炎中限制T细胞驱动的神经炎症的作用 首次鉴定并表征中枢神经系统中表达精氨酸酶-1的替代活化中性粒细胞,并揭示其通过接触依赖性、PD-L1非依赖途径抑制致病性T细胞的新型免疫调节机制 研究主要基于小鼠模型,未在人类多发性硬化症样本中验证 探讨替代活化中性粒细胞在神经免疫疾病中限制T细胞反应的免疫调节功能 替代活化中性粒细胞(aaN) machine learning, digital pathology 多发性硬化症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
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