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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-11-27 |
MIF/CD74/CD44 pathway communicates between macrophages and colorectal Cancer cells and predicts survival of patients
2025-Nov-24, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115872
PMID:41289939
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现MIF/CD74/CD44信号轴是结直肠癌细胞与巨噬细胞间通讯的关键通路,并验证其作为预后生物标志物的潜力 | 首次系统性地通过单细胞RNA测序鉴定出MIF/CD74/CD44作为结直肠癌中巨噬细胞与癌细胞通讯的主要信号通路,并建立了相关的预后特征 | 研究主要基于体外共培养系统,需要进一步的体内实验验证 | 探索结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞与癌细胞之间的分子通讯机制 | 结直肠癌患者样本和体外培养的巨噬细胞与结直肠癌细胞 | 单细胞分析 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,体外共培养 | NA | 单细胞RNA测序数据,转录组数据 | 多个独立结直肠癌队列的患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2025-11-27 |
Space-associated stem cell hallmarks of aging and resilience in astronauts
2025-Nov-24, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.11.001
PMID:41289992
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研究论文 | 本研究通过对宇航员太空飞行前后造血干细胞的多组学分析,揭示了太空环境对造血干细胞衰老和恢复能力的影响 | 首次在宇航员中开展造血干细胞功能组织的多组学衰老和恢复能力分析,揭示了太空飞行与造血干细胞生存、自我更新、ADAR1表达、端粒维持等关键过程的关联 | 样本量较小(仅9名宇航员),研究仅限于短期国际空间站任务 | 探究太空环境对造血干细胞和免疫系统的衰老影响及恢复机制 | 宇航员的造血干细胞和免疫细胞亚群 | 空间生物学 | 衰老相关疾病 | 全基因组测序,全转录组测序,单细胞RNA测序,细胞因子阵列,流式细胞术 | NA | 基因组数据,转录组数据,单细胞数据,蛋白质组数据 | 9名宇航员(太空飞行前、中、后多个时间点) | NA | 单细胞RNA测序,全基因组测序,全转录组测序 | NA | NA |
| 63 | 2025-11-27 |
Reversing lysosomal dysfunction restores youthful state in aged hematopoietic stem cells
2025-Nov-24, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.10.012
PMID:41289991
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研究论文 | 本研究通过抑制过度活跃的溶酶体功能,成功恢复了老年造血干细胞的年轻状态 | 首次揭示溶酶体功能障碍是造血干细胞衰老的关键驱动因素,并证明通过v-ATPase抑制剂干预可逆转衰老表型 | 研究主要基于体外实验和动物模型,尚未进行人体临床试验 | 探索溶酶体在造血干细胞衰老中的作用机制及逆转策略 | 老年造血干细胞 | 干细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞转录组测序,功能分析 | NA | 基因表达数据,功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 64 | 2025-11-27 |
HMGA2 links morphological evolution and microenvironment dynamics to systemic therapy response in clear cell renal cell carcinoma
2025-Nov-24, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012568
PMID:41290257
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研究论文 | 本研究探讨HMGA2在透明细胞肾细胞癌形态演变和肿瘤微环境动态中的作用及其对系统性治疗反应的影响 | 首次系统揭示HMGA2在ccRCC形态演变中的动态表达模式及其通过调节Tpex-cDCs相互作用影响免疫治疗反应的机制 | 需要额外的实验研究来验证这些机制 | 研究HMGA2在透明细胞肾细胞癌形态演变、肿瘤微环境动态和系统性治疗反应中的作用 | 透明细胞肾细胞癌患者样本 | 空间转录组学 | 肾细胞癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫组织化学,多重免疫组织化学 | NA | 转录组数据,图像数据 | 原发性ccRCC样本和转移性ccRCC队列 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 65 | 2025-11-27 |
Dynamic tumor microenvironment remodeling from laryngeal leukoplakia to carcinoma revealed by single-cell transcriptomics
2025-Nov-23, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149917
PMID:41290091
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示喉白斑向癌变过程中肿瘤微环境的动态重塑过程 | 建立了首个喉癌前病变恶性进展的单细胞图谱,识别了两个关键上皮亚群及其与肿瘤微环境的相互作用机制 | 样本量较小(10例临床标本),需要更大规模验证 | 解析喉白斑恶性转化的细胞和分子机制 | 喉白斑病变、早期喉癌组织及对照组织 | 数字病理学 | 喉癌 | 单细胞RNA测序 | 计算分析 | 单细胞转录组数据 | 10例临床标本(5例不同病理分期的白斑病变、4例早期癌、1例对照) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2025-11-27 |
Dicer is essential for proper maturation, composition, and function in the postnatal retina
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113794
PMID:41244583
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研究论文 | 本研究探讨了Dicer/miRNAs在出生后视网膜发育中的关键作用 | 首次揭示了Dicer在出生后视网膜祖细胞/前体细胞中对视网膜成熟和功能的必要性 | 研究主要基于小鼠模型,结果向人类转化的适用性需要进一步验证 | 评估Dicer缺失对出生后视网膜发育和功能的影响 | 小鼠视网膜祖细胞/前体细胞和成年视网膜 | 发育生物学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序,光学相干断层扫描,视网膜电图,组织学分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 转录组数据,图像数据,电生理数据 | 一周龄和成年小鼠视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2025-11-27 |
Fibrinogen triggers perivascular fibroblast activation in a mouse model of cortical ischemic stroke
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113834
PMID:41280671
|
研究论文 | 本研究揭示了纤维蛋白原是皮质缺血性中风小鼠模型中血管周围成纤维细胞活化的关键触发因子 | 首次证明血液来源的纤维蛋白原通过β1整合素信号通路诱导血管周围成纤维细胞活化,并揭示其通过髓系细胞间接促进纤维化瘢痕形成的机制 | 研究仅限于小鼠光血栓形成模型,人类疾病中的适用性需要进一步验证 | 探究缺血性中风后纤维化瘢痕形成的分子机制 | 小鼠皮质缺血性中风模型中的血管周围成纤维细胞 | 神经科学 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序,遗传学方法,药理学干预 | NA | 基因表达数据,细胞行为观察数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2025-11-27 |
Multi-cellular phenotypic dynamics during the progression of an immunocompetent breast cancer model
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113808
PMID:41280683
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析免疫活性乳腺癌模型中肿瘤微环境的多细胞表型动态变化 | 首次在小鼠乳腺癌同种移植模型中系统描绘肿瘤微环境的多细胞表型时间动态模式 | 使用小鼠模型而非人类样本,可能无法完全反映人类乳腺癌的复杂性 | 揭示乳腺癌肿瘤微环境中细胞组成和表型的时间动态变化规律 | 小鼠乳腺癌同种移植模型中的肿瘤微环境细胞 | 单细胞生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同时间点的小鼠乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 69 | 2025-11-27 |
CONCERT predicts niche-aware perturbation responses in spatial transcriptomics
2025-Nov-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.08.686890
PMID:41292874
|
研究论文 | 提出CONCERT模型预测空间转录组学中受微环境影响的扰动响应 | 开发了首个考虑细胞微环境的生成模型,通过高斯过程变分自编码器学习空间核函数,能够预测组织内扰动效应的传播 | NA | 预测空间转录组学中遗传或化学编辑对基因表达的影响 | 空间转录组数据,包括肺组织、结肠炎模型和缺血性脑卒中模型 | 空间转录组学 | 肺癌, 结肠炎, 缺血性脑卒中 | 空间转录组学 | 高斯过程变分自编码器 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 70 | 2025-11-27 |
Chemically Defined, Efficient Megakaryocyte Production from Human Pluripotent Stem Cells
2025-Nov-20, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14221835
PMID:41294888
|
研究论文 | 开发了一种化学定义、无饲养层的人类多能干细胞高效生成巨核细胞的方法 | 使用小分子MPL激动剂Butyzamide替代重组TPO,结合M-CSF和3D悬浮培养实现高效巨核细胞生产 | NA | 解决血小板短缺问题,建立标准化的巨核细胞生产平台 | 人类多能干细胞衍生的巨核细胞 | 干细胞生物学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序, 3D细胞培养 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 71 | 2025-11-27 |
Genetic Evidence Prioritizes Neurocognitive Decline as a Causal Driver of Sleep Disturbances: A Multi-Omics Analysis Identifying Causal Genes and Therapeutic Targets
2025-Nov-20, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47110967
PMID:41296471
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研究论文 | 通过多阶段遗传学和多组学分析,揭示了神经认知衰退是睡眠障碍的因果驱动因素,并识别了相关因果基因和治疗靶点 | 首次通过大规模双向孟德尔随机化分析确定了神经认知衰退与睡眠障碍之间的不对称因果关系,结合多组学分析识别了细胞类型特异性的基因表达模式 | NA | 阐明睡眠障碍与神经退行性疾病之间的因果关系,识别潜在的分子驱动因素和治疗靶点 | 阿尔茨海默病和神经认知衰退相关的睡眠障碍 | 多组学分析 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化分析, 多组学分析, 单细胞转录组学, 分子对接 | 机器学习模型 | 遗传数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2025-11-27 |
Colorectal cancer relies on an immunosuppressive cellular topography and genomic adaptations for establishing brain metastases
2025-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.14.688538
PMID:41292744
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析结直肠癌脑转移瘤,揭示了其免疫抑制性细胞拓扑结构和基因组适应性机制 | 首次系统描绘结直肠癌脑转移的空间细胞特征,发现成纤维细胞-巨噬细胞细胞邻域促进血管生成和免疫抑制,并鉴定关键配体-受体相互作用 | 样本数量有限(51例),部分机制验证仍需进一步功能实验 | 探索结直肠癌脑转移的分子和细胞机制 | 结直肠癌脑转移瘤患者组织样本 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 51例结直肠癌脑转移瘤,部分包含匹配原发结肠肿瘤和放疗前后配对样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 73 | 2025-11-27 |
Innovative insights and future research directions in gastric cancer through single-cell RNA sequencing
2025-Nov-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v17.i11.103808
PMID:41281499
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综述 | 本文通过单细胞RNA测序分析胃癌,解读研究发现并提出未来研究方向 | 提出整合多组学方法、空间转录组学、人工智能临床应用和新型免疫治疗策略等创新研究方向 | NA | 改善胃癌治疗结果,推动个性化医疗和早期检测 | 胃癌及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 74 | 2025-11-27 |
Genetic Convergence Analysis of CRISPR Perturbations Deciphers Gene Functional Similarity
2025-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.688060
PMID:41292726
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研究论文 | 开发了一种名为XConTest的统计方法来量化CRISPR扰动之间的功能相似性 | 提出了首个交叉验证的统计检验方法来解决遗传趋同问题,相比现有启发式方法更具统计严谨性 | 方法依赖于单细胞RNA测序数据的质量,且假设扰动对细胞表达谱的影响是正交的 | 开发统计方法来评估CRISPR扰动之间的功能相似性 | CRISPR基因扰动 | 生物信息学 | 自闭症,免疫疾病 | CRISPR筛选,单细胞RNA测序 | 统计检验 | 单细胞基因表达数据 | 两个研究的数据集(具体样本数未提供) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2025-11-27 |
Facial Clefts and the Trigeminal Nerve: A Narrative Review of the Literature and Clinical Considerations in the Era of Personalized Medicine
2025-Nov-15, Journal of personalized medicine
IF:3.0Q1
DOI:10.3390/jpm15110556
PMID:41295258
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综述 | 本叙述性综述探讨了三叉神经发育与面部裂隙之间的关联,从神经发育角度为个性化医疗提供临床启示 | 提出三叉神经发育障碍在面部裂隙发病机制中的关键作用,并将裂隙类型与三叉神经分支区域进行时空对应分析 | 采用叙述性综述方法导致文献覆盖有选择性,缺乏定量综合分析 | 探索三叉神经发育与面部裂隙的关联,为个性化医疗提供神经发育视角的临床指导 | 面部裂隙患者、畸形胎儿和正常人类胚胎的组织学数据 | NA | 面部裂隙 | 组织学分析、文献综述、临床数据整合 | NA | 胚胎学、解剖学和临床数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2025-11-27 |
S3R: Modeling spatially varying associations with Spatially Smooth Sparse Regression
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.06.674629
PMID:40964272
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研究论文 | 提出一种名为S3R的空间平滑稀疏回归框架,用于建模空间转录组数据中分子和细胞特征之间的空间变化关联 | 结合结构化稀疏性和最小生成树引导的平滑惩罚,能够在邻域内保持系数连贯性同时允许锐利边界 | NA | 开发能够处理空间转录组数据中噪声、共线性、细胞混合和高维预测因子的统计模型 | 空间转录组数据中的分子和细胞特征关联 | 空间转录组学 | 乳腺癌,胰腺导管腺癌,皮肤感染,神经退行性疾病 | 空间转录组学 | 稀疏回归 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, Xenium | Visium空间转录组平台, Xenium原位分析平台 |
| 77 | 2025-11-27 |
Antibody feedback establishes an affinity brake in the germinal center
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.688298
PMID:41292746
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研究论文 | 通过mRNA-LNP技术研究B细胞对HIV-1 Env表位的识别机制及抗体反馈对生发中心反应的调控作用 | 首次揭示抗体反馈机制作为生发中心亲和力调节的“刹车”系统,阐明了高亲和力B细胞在GC中停留时间更短的现象 | 研究基于基因敲入小鼠模型,结果在人类系统中的适用性需要进一步验证 | 探究B细胞对mRNA疫苗编码抗原的识别机制及生发中心反应的调控原理 | 具有特定亲和力B细胞受体的基因敲入小鼠模型 | 免疫学 | HIV感染 | mRNA-LNP技术,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,免疫组化数据 | 基因敲入小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 78 | 2025-11-27 |
Brain-wide Genome Editing via STEP-RNPs for Treatment of Angelman Syndrome
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.684643
PMID:41292800
|
研究论文 | 开发了一种基于化学修饰的非病毒基因编辑方法STEP-RNPs,用于治疗Angelman综合征 | 首次实现基于非病毒、非纳米颗粒的化学修饰方法,在全脑范围内高效编辑神经元基因组 | 目前仅在动物模型和体外人类神经元中验证,尚未进行人体临床试验 | 开发治疗神经遗传疾病的脑部基因编辑技术 | 小鼠模型、人类神经元、AS患者来源的iPSCs分化的皮质脑类器官 | 基因编辑 | Angelman综合征 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类神经元样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2025-11-27 |
Clustering of Omic Data Using Semi-Supervised Transfer Learning for Gaussian Mixture Models via Natural-Gradient Variational Inference: Method and Applications to Bulk and Single-Cell Transcriptomics
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.688299
PMID:41292835
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研究论文 | 提出一种用于高斯混合模型的自然梯度变分推断框架Praxis-BGM,通过半监督迁移学习提高组学数据聚类性能 | 开发了整合先验知识的自然梯度变分推断方法,实现从大规模参考数据到目标数据的半监督迁移学习 | 当先验知识与目标数据部分不匹配时性能可能受影响 | 解决小样本高维组学数据聚类中的模型不稳定问题 | 批量转录组数据和单细胞转录组数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 自然梯度变分推断,贝叶斯因子特征选择 | 高斯混合模型 | 转录组数据 | 多个乳腺癌数据集和人类胰腺单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2025-11-27 |
Denoising image-based spatial transcriptomics data with DenoIST
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.688387
PMID:41292857
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研究论文 | 开发了一种名为DenoIST的计算工具,用于去除图像空间转录组数据中的污染转录本 | 提出首个专门针对图像空间转录组数据污染的泊松混合模型,能够显式处理局部邻域污染 | NA | 提高图像空间转录组数据的基因表达特异性和生物学可解释性 | 图像空间转录组数据中的污染转录本 | 空间转录组学 | NA | 图像空间转录组技术 | 泊松混合模型 | 空间转录组数据 | 多个不同细胞密度的真实IST数据集 | NA | 图像空间转录组 | NA | NA |