单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 44722 篇文献,本页显示第 61 - 80 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
61 2026-10-26
Single-cell RNA sequencing highlights the heterogeneity of neutrophils in granulomatosis with polyangiitis
2026-Oct, Rheumatology and immunology research
研究论文 该研究对GPA患者和健康对照的外周血进行单细胞RNA测序,揭示中性粒细胞的异质性及动态功能状态 首次系统刻画GPA外周血中性粒细胞的转录组异质性,鉴定出7个功能不同的中性粒细胞亚群,并将PLA2G7-high终末分化亚群与疾病复发和肾脏受累关联 样本量较小(发现队列仅3例GPA患者和3例健康对照),需要更大规模队列验证;验证主要依赖流式细胞术和qRT-PCR 解析肉芽肿性多血管炎(GPA)患者外周血中性粒细胞的转录组特征、细胞异质性及动态功能状态 活动期GPA患者和健康对照(HCs)的外周血样本 单细胞转录组学 肉芽肿性多血管炎(抗中性粒细胞胞浆抗体相关性血管炎) 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、qRT-PCR NA 单细胞转录组数据、文本 发现队列:3例活动期GPA患者和3例健康对照的外周血样本;另设验证队列 BD Biosciences single-cell RNA-seq BD Rhapsody BD Rhapsody单细胞分析系统(Becton, Dickinson and Company)
62 2026-10-26
Differential evolution of neuroinflammatory remodeling programs related to scar formation and regeneration in spinal cord injury: A cross-species multi-omics analysis
2026-Sep-30, Neural regeneration research IF:5.9Q1
研究论文 该文通过跨物种多组学分析,揭示小鼠和斑马鱼脊髓损伤后神经炎症重塑程序的差异演化及其与瘢痕形成和再生的关系 首次整合小鼠和斑马鱼脊髓损伤单细胞、单核转录组、空间转录组等多组学数据,跨物种比较SPP1-CD44相关神经炎症程序的时序轨迹差异,并结合染色质可及性分析和计算机扰动建模揭示Spp1的调控机制 研究主要基于生物信息学分析和有限的小鼠组织验证,缺乏功能实验证实SPP1-CD44程序对瘢痕形成和再生的因果作用,跨物种比较的分子机制仍需进一步实验验证 阐明哺乳动物脊髓损伤后持续神经炎症和瘢痕相关重塑与斑马鱼再生修复过程中炎症程序衰减的分子差异机制 小鼠和斑马鱼脊髓损伤模型 数字病理学 脊髓损伤 单细胞转录组测序, 单核转录组测序, 空间转录组测序, 染色质可及性分析, 通路和调控子分析, 配体-受体共表达分析, 机器学习验证, 计算机扰动建模 机器学习 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
63 2026-10-26
Quantitative Characterization of RNA-Splinted Ligation as a Multipurpose Post-Synthetic Strategy for High-Density DNA Microarrays Synthesized by Nucleic Acid Photolithography
2026-Sep-29, Analytical chemistry IF:6.7Q1
研究论文 该论文系统表征了RNA介导的连接反应作为核酸光刻合成高密度DNA微阵列的合成后修饰策略,并展示了其在标记、逆转录和复杂图案生成中的应用 提出RNA介导的连接作为多用途的合成后微阵列制造策略,可扩展DNA微阵列表面的复杂性,克服光刻合成中长探针合成错误率高和与光敏化学构建块不兼容的限制 摘要中未明确说明研究的具体局限性 系统表征影响阵列上DNA连接反应的参数,并展示RNA介导的连接在标记、逆转录和通过引入光化学不相容的化学方法生成高度复杂图案中的应用 表面固定DNA寡核苷酸的高密度DNA微阵列 基因组学 NA RNA介导的连接反应,核酸光刻合成DNA微阵列 NA DNA微阵列数据 NA NA DNA微阵列 NA NA
64 2026-10-26
Mapping Retinal Gene Expression to Cell Classes: Insights into Retinal Circadian Rhythms
2026-Sep-25, Clocks & sleep IF:2.1Q3
研究论文 本文基于人类视网膜单细胞RNA测序数据构建数学模型,将基因分配给特异性富集的视网膜细胞类别,并应用于小鼠昼夜节律基因数据以揭示其细胞来源 开发了一个经过已知视网膜标记验证的数学模型,能为超过10,000个人类基因分配视网膜细胞类别特异性,并首次将细胞类别富集分析应用于昼夜节律表达基因,发现超过35%的基因可被分配至特定细胞类别,其中许多基因此前缺乏视网膜定位和功能文献 模型依赖于现有单细胞RNA测序数据的质量和覆盖度,且主要基于人类数据构建却应用于小鼠数据,跨物种推断可能存在偏差;此外,细胞类别分配基于表达富集而非功能验证 将视网膜基因表达映射到细胞类别,并探究视网膜昼夜节律的细胞基础 人类视网膜单细胞RNA测序数据中的基因及已发表的小鼠眼部转录组昼夜节律表达基因 单细胞转录组学、生物信息学 NA 单细胞RNA测序、转录组分析 数学模型(基于表达富集的细胞类别分配模型) 基因表达数据(文本/数值) NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
65 2026-10-26
Chronic stress activates a hypothalamic vagal circuit to promote hepatocellular carcinoma progression in male mice
2026-Sep-24, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 该研究揭示慢性应激通过激活下丘脑-迷走神经-肝脏环路促进雄性小鼠肝细胞癌进展,并形成肝-脑反馈环路加重抑郁样行为 首次揭示慢性应激通过下丘脑谷氨酸能室旁核→胆碱能迷走神经背运动核→肝脏环路增加肿瘤内乙酰胆碱,鉴定乙酰胆碱应答的Chrna9上皮细胞通过COL1A1/2-CD44-STAT3信号与巨噬细胞互作促进CXCL1产生,并发现CXCL1穿越血脑屏障激活下丘脑谷氨酸能神经元形成肝-脑反馈环路 研究仅基于雄性小鼠模型,未验证雌性小鼠或人类样本中的普适性;具体分子机制和环路调控细节仍需进一步深入研究 探究慢性应激与肝细胞癌进展之间的神经免疫机制及肝-脑反馈环路 雄性小鼠肝细胞癌模型 肿瘤神经免疫学 肝癌, 抑郁症 单细胞转录组测序 NA 单细胞转录组数据, 分子生物学数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
66 2026-10-26
Neoadjuvant chemotherapy interferes with tertiary lymphoid structure formation in Epstein-Barr virus-associated gastric cancer
2026-Sep-23, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 该研究基于大规模局部晚期EBV相关胃癌队列,结合空间转录组和单细胞图谱,揭示新辅助化疗通过EBV再激活驱动中性粒细胞衰老和NET形成,破坏三级淋巴结构并导致不良预后 首次揭示EBV再激活驱动中性粒细胞衰老和NET形成破坏TLS成熟的机制,提出侵袭边缘TLS(IM-TLS)作为预后生物标志物,以及中性粒细胞功能障碍作为治疗靶点 摘要未明确说明研究的局限性 探究EBV相关胃癌中三级淋巴结构在治疗过程中的作用及新辅助化疗对TLS形成的影响机制 EBV相关胃癌患者组织样本 数字病理 胃癌 空间转录组学,单细胞转录组测序 NA 图像,文本 144例局部晚期EBVaGC队列样本,11例空间转录组样本,77例单细胞图谱样本 NA 空间转录组学,单细胞RNA-seq NA NA
67 2026-10-26
Applying Spatial Transcriptomics to the Human Heart: A Practical Guide for Translational Studies
2026-Sep-22, JACC. Basic to translational science
综述 本文综述了将空间转录组学应用于人类心脏样本的实验考量、平台比较、分析流程及多组学整合策略,旨在为心血管转化研究提供实用指南 提出心脏感知的分析流程(空间信息质控、尊重心肌细胞转录组特点的标准化、合理分割、可重复性诚实评估),并展望与心脏影像基础模型整合的前沿方向 为综述性文章,未提供原始实验数据或系统性验证;所提流程和建议基于作者经验,尚需广泛实践检验 分享将空间转录组学应用于人类心血管样本的经验与教训,为转化研究提供从实验设计到数据分析的实用指导 人类心血管组织样本(心脏组织) 空间转录组学 心血管疾病 空间转录组学, 单细胞转录组学, 表观基因组学, 蛋白质组学 NA 空间转录组数据, 单细胞数据, 表观基因组数据, 蛋白质组数据, 影像数据 NA NA 空间转录组学, 单细胞RNA-seq NA 比较了基于测序和基于成像的两类空间平台,但未指明具体产品
68 2026-10-26
RIPK3 acts as a molecular switch between neuroprotection and neuropathology during herpes simplex encephalitis
2026-09-21, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 该文揭示了RIPK3在单纯疱疹病毒性脑炎中作为神经保护与神经病理之间分子开关的双重作用机制 首次证明RIPK3在不同中枢神经系统细胞类型中发挥细胞类型特异性的双重功能:其支架功能促进干扰素反应和病毒控制,而其激酶活性在星形胶质细胞中触发坏死性凋亡导致神经元丢失和致死性神经炎症 研究主要基于小鼠遗传敲除模型,尚未在人类患者中验证RIPK3激酶抑制剂的治疗效果,且单细胞转录组分析的样本量和细胞亚群覆盖范围有限 阐明RIPK3在HSV-1脑炎中的保护性机制,并探索通过选择性调控RIPK3信号通路平衡抗病毒防御与限制神经病理的可行性 HSV-1感染的神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞和髓系细胞 神经科学、免疫学、单细胞转录组学 单纯疱疹病毒性脑炎 单细胞转录组测序、基因敲除、病毒复制分析、干扰素检测、细胞死亡分析 基因敲除小鼠模型 单细胞转录组数据、图像、文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
69 2026-10-26
Large-scale spatial variable gene atlas for spatial transcriptomics
2026-Sep-20, ArXiv
PMID:42922876
研究论文 本文对20种空间可变基因检测方法进行了大规模基准测试,并构建了首个跨组织空间可变基因图谱 首次对20种SVG检测方法进行大规模系统评估,涵盖662张切片和18种以上组织类型,并构建了首个跨组织SVG图谱,揭示了癌症与正常组织间的空间基因程序 研究主要基于STimage-1K4M数据集,可能受限于该数据集的平台和技术覆盖范围,且未涵盖所有新兴ST技术 评估不同SVG检测方法在多样平台、组织类型和疾病背景下的性能,并建立空间基因表达评估与解读框架 来自STimage-1K4M资源的662张人类组织切片,涵盖18种以上组织类型 空间转录组学 癌症 空间转录组学 NA 空间转录组数据、图像 662张组织切片,涵盖18种以上组织类型 NA 空间转录组学 NA NA
70 2026-10-26
Single-cell transcriptomics reveals macrophage-neutrophil crosstalk in Haematitum-induced lung injury associated with gut dysbiosis
2026-Sep-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 该研究结合16S rRNA测序、非靶向代谢组学和单细胞转录组学,系统揭示代赭石经肠道菌群失调诱导肺损伤的巨噬细胞-中性粒细胞串扰毒性机制 首次从肠-肺轴视角阐明代赭石肺毒性机制,发现巨噬细胞PPAR信号通路抑制与中性粒细胞TNF信号通路激活的细胞串扰是核心环节,并验证PPARγ激动剂、TNF-α抑制剂及旋覆花配伍的解毒作用 研究仅基于小鼠模型,尚未在人体中验证;配伍解毒成分仅为预测性分析,缺乏成分鉴定与直接靶点验证 系统阐明代赭石所致肺损伤的毒性机制,强调肠-肺轴在此过程中的核心作用 代赭石诱导肺损伤的小鼠模型及旋覆花配伍干预 单细胞转录组学、毒理学、中药药理 肺损伤 16S rRNA测序、非靶向代谢组学、单细胞RNA测序、共定位实验 NA 基因序列、代谢物数据、单细胞转录组数据、图像 NA NA 16S rRNA测序、单细胞RNA-seq、非靶向代谢组学 NA NA
71 2026-10-26
Systematic Comparison of 10X Genomics and Parse Single Cell RNA Technologies across PBMC and CD8 + TEMRA Cells
2026-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究系统比较了10X Genomics和Parse Biosciences两种单细胞RNA测序平台在PBMC和CD8+ TEMRA细胞中的表现 首次系统比较10X Genomics与Parse Biosciences单细胞RNA测序平台在PBMC和CD8+ TEMRA细胞中的基因表达差异和平台偏好性 仅使用了两种细胞类型进行比较,未涵盖更多细胞类型和生物学重复 比较不同单细胞RNA测序平台的性能差异,为免疫学研究中选择合适的scRNA-seq平台提供依据 人外周血单核细胞(PBMCs)和终末分化效应记忆CD8+ T细胞(TEMRAs) 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA 10x Genomics, Parse Biosciences 单细胞RNA-seq 10X Genomics, Parse Biosciences NA
72 2026-10-26
SCG: Identifying spatially co-expressed genes using spatial covariance regression
2026-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出空间协方差回归(SCR)框架,基于贝叶斯因子模型估计组织域中空间分辨的基因共表达网络,识别空间共表达基因(SCG) 开发可扩展的贝叶斯因子模型框架SCR,首次系统性地从空间转录组数据中估计空间分辨的基因共表达网络并识别SCG 摘要未提及具体局限性 估计组织域中空间分辨的基因共表达网络,识别空间共表达基因作为潜在预后生物标志物和治疗靶点 空间转录组数据中的基因共表达模式 空间转录组学 NA 空间转录组学 贝叶斯因子模型 空间基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
73 2026-10-26
platpy: A spatial-first framework for multi-layer spatial transcriptomic analysis
2026-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出一个以空间坐标为第一原则的Python框架platpy,用于多层空间转录组数据分析 将绝对物理微米坐标作为所有数据类型(形态学图像、转录本点云、表达矩阵、分割细胞、用户区域)的组织原则,通过类型化对象Channels保持自动配准,并提供ViewPort和DataPort两个互补接口简化数据访问 未明确提及 开发能够处理空间数据集复杂性和规模的分析工具,使空间坐标成为数据分析的核心组织原则而非元数据 空间转录组数据,包括形态学图像、转录本点云、表达矩阵、分割细胞和用户定义区域 空间转录组学 NA 空间转录组学 NA 图像、空间坐标、表达矩阵 NA 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium HD, 10x Xenium NA
74 2026-10-26
Gpnmb -positive lipid-associated macrophages contribute to lipid clearance during luteolysis
2026-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过整合单细胞和空间转录组数据以及高分辨率免疫染色和全片成像,鉴定了一群Gpnmb阳性脂质相关巨噬细胞,它们在小鼠卵巢黄体退化过程中动态扩增,并参与脂质清除 首次鉴定出Gpnmb阳性脂质相关巨噬细胞作为卵巢黄体退化过程中专门处理富含脂质靶标的特化巨噬细胞亚群,揭示了其在正常卵巢生理中的稳态作用,重新定义了脂质相关巨噬细胞的生物学范式 摘要中未明确说明研究的具体局限性 探究卵巢黄体结构退化过程中大量脂质负荷如何在不诱导炎症的情况下被清除 小鼠和人类卵巢中的巨噬细胞 数字病理学 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学,高分辨率免疫染色,全片成像 NA 图像,文本 NA NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
75 2026-10-26
Clonal memory in human embryonic stem cells biases fate potential during endoderm differentiation
2026-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 结合谱系追踪、单细胞转录组和染色质可及性分析,追踪人胚胎干细胞向内胚层分化过程中的克隆行为,揭示克隆记忆由染色质状态决定 首次将慢病毒条形码谱系追踪与split-well采样策略结合,证明克隆相关细胞具有可重复的概率性命运偏向,且该偏向在多能阶段转录上不可区分但染色质可及性已存在差异 未明确具体样本量及平台细节,机制层面仅关联染色质状态与命运偏向,未进行功能验证或因果干预 探究克隆记忆在人胚胎干细胞定向分化过程中的作用及其与染色质状态的关系 人胚胎干细胞及其定向分化为定型内胚层过程中的克隆 单细胞组学 NA 谱系追踪、单细胞转录组测序、染色质可及性测序 NA 单细胞转录组数据、染色质可及性数据、条形码序列 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA 慢病毒条形码系统联合split-well采样策略
76 2026-10-26
Single nucleus RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal unique functionalities of gray matter versus white matter oligodendrocytes in aging and Alzheimer's Disease
2026-Sep-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究结合单核RNA测序和空间转录组学(CosMx),刻画了衰老与阿尔茨海默病中前额叶白质少突胶质细胞的转录组特征,并与灰质少突胶质细胞进行对比 首次以单核RNA测序结合CosMx空间转录组学系统比较人脑白质与灰质少突胶质细胞在衰老和ADNC中的区域特异性和病理相关转录程序,并利用拟时序推断少突胶质细胞状态转换流 空间转录组学仅在部分匹配供体的子集中开展,样本量有限,且属于观察性转录组关联分析,缺乏功能验证 解析衰老与阿尔茨海默病神经病理改变下白质少突胶质细胞的特异性转录程序及其与灰质少突胶质细胞的差异 48例涵盖年轻成年至晚年的脑供体前额叶白质,以及匹配供体的灰质参考数据集 空间转录组学、单细胞转录组学、神经科学 阿尔茨海默病、衰老 单核RNA测序、空间转录组学 NA 转录组数据、空间表达数据 48例脑供体前额叶白质样本,其中部分匹配供体用于空间转录组学分析 10x Genomics, NanoString 单核RNA测序、空间转录组学 10x Chromium, CosMx 10x Chromium单核RNA测序平台与CosMx空间分子成像平台
77 2026-10-26
Microbial valerate is associated with CAR T dysbiosis and its supplementation enhances CAR T function in B-cell lymphoma
2026-Sep-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究揭示了粪便戊酸可作为肠道菌群失调影响CAR-T细胞功能的生物标志物,并证明戊酸补充可增强CAR-T抗肿瘤效果 首次将粪便戊酸确定为CAR-T治疗前肠道菌群失调导致CAR-T细胞功能障碍的可床边检测的生物标志物,并阐明戊酸通过KLF/SP/EGR家族及AP-1/IEG和MHC II类转录本诱导独特染色质和转录因子程序,区别于丁酸和丙酸的作用机制 研究主要基于观察性队列和动物模型,需要进一步的前瞻性临床试验验证戊酸补充在CAR-T治疗患者中的安全性和有效性;单细胞RNA测序样本量有限(42例) 探究肠道菌群失调与CAR-T细胞产品之间的细胞机制联系,并评估戊酸补充逆转菌群失调印记、增强CAR-T功能的可行性 两个独立CAR-T候选队列患者、42例接受CD19 CAR-T治疗的淋巴瘤患者、携带A20淋巴瘤的meropenem处理小鼠 免疫治疗、微生物组学、单细胞转录组学 B细胞淋巴瘤 单细胞RNA测序、非靶向代谢组学、染色质可及性分析、粪便宏基因组测序 NA 单细胞转录组数据、代谢组数据、粪便微生物组数据、临床数据 两个CAR-T候选队列(数量未明确)、42例淋巴瘤患者的单细胞RNA测序数据、小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
78 2026-10-26
Parasite and host factors associated with malaria parasite liver stage latency
2026-Sep-02, Research square
研究论文 本研究利用人类肝细胞嵌合小鼠和原代人肝细胞建立可重复的间日疟原虫肝期感染模型,鉴定出调控休眠子持续存在的寄生虫因子PvPUF1及宿主微环境特征 首次鉴定PvPUF1为保守的休眠子相关标志物,并发现其与CCR4-NOT去腺苷酸化复合体关联的9-mer RNA基序;利用空间转录组学揭示休眠子处于转录静息的宿主微环境 摘要未明确说明样本量及模型系统的具体局限性 探究间日疟原虫肝期休眠子持续存在的寄生虫内在机制和宿主因素 间日疟原虫Chesson株及泰国野外分离株、约氏疟原虫、人类肝细胞嵌合小鼠、原代人肝细胞 空间转录组学, 转录组学, 感染生物学 疟疾 转录组分析, RNA-FISH, 空间转录组学, 计算机模拟分析 NA 转录组数据, 图像数据 NA NA 空间转录组学, 转录组测序 NA NA
79 2026-10-26
Ex vivo human tumor slices more accurately predict patient responses to an oncolytic virus than in vivo mouse models
2026-Sep-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究比较了表达IL-7和IL-12的溶瘤病毒ASP9801在小鼠体内模型和人类离体肿瘤切片模型中的临床前疗效和机制,发现离体切片能更准确预测患者反应 首次系统比较离体人类肿瘤切片与小鼠模型在预测溶瘤病毒临床反应中的优劣,证明离体切片优于小鼠模型,并能识别治疗敏感的适应症 样本量有限,仅涉及结直肠癌和胶质母细胞瘤,离体切片培养可能无法完全模拟体内肿瘤微环境 比较离体人类肿瘤切片和小鼠体内模型在预测溶瘤病毒ASP9801临床反应中的准确性,并评估离体切片在临床试验规划中的实用性 结直肠癌小鼠模型(MC38和RO100)、结直肠癌PDX模型和患者样本、胶质母细胞瘤样本 肿瘤免疫治疗 结直肠癌, 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序 NA 文本, 图像 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
80 2026-10-26
High salt supplementation of a MASH-inducing diet causes lean MASH phenotype with increased hepatic urea cycle activity and EIF5A hypusination
2026-09, Molecular metabolism IF:7.0Q1
研究论文 本文通过高盐补充西式饮食加液体果糖建立了一种瘦型MASH小鼠模型,并揭示了其肝脏尿素循环活性升高和EIF5A hypusination增加的特征 首次建立了高盐补充WDF诱导的瘦型MASH饮食小鼠模型,发现其与肥胖型MASH在肝脏尿素循环、线粒体蛋白合成和免疫细胞激活方面存在差异 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体中验证;瘦型MASH模型的分子机制仍需进一步深入探究 探究瘦型MASH的环境触发因素和分子机制,并建立合适的动物模型 喂食西式饮食加液体果糖(WDF)及高盐补充WDF(HSWDF)的小鼠 代谢疾病研究 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH) 单细胞测序 NA 基因表达数据、病理数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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