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当前共找到 45803 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-11-14 |
Defective macrophage plasticity exacerbates progression of inflammation in patients with rheumatoid arthritis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1869466
PMID:43017193
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研究论文 | 研究类风湿关节炎患者巨噬细胞亚群的表型、代谢和功能可塑性变化及其对慢性关节炎症和骨侵蚀的影响 | 揭示了RA巨噬细胞亚群（尤其是M2c）在缺氧条件下表现出独特的促炎表型和代谢改变，并发现除M2c外所有亚群均可分化为破骨细胞，且RA来源细胞产生更多致病性破骨细胞 | 未明确说明样本量；scRNA-seq数据来自公共数据库（GSE200815）而非本研究新生成；体外培养模型可能无法完全模拟关节微环境 | 探究巨噬细胞亚群的表型和功能转变如何驱动类风湿关节炎的慢性关节炎症和骨侵蚀 | 类风湿关节炎患者和健康对照者的外周血CD14+单核细胞来源的巨噬细胞亚群，以及滑膜组织巨噬细胞 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | RT-qPCR、多参数流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据、流式细胞术数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 62 | 2026-11-14 |
Immune-fibroblast ligand-receptor axes in post-infarction cardiac remodeling: convergent and divergent mechanisms compared with cancer-associated fibroblasts
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1992368
PMID:43017387
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综述 | 该文综述了心肌梗死后心脏重塑中免疫细胞与成纤维细胞通过配体-受体通讯的机制，并与癌症相关成纤维细胞进行比较 | 系统总结了免疫-成纤维细胞配体-受体轴在梗死后心脏重塑中的作用，并首次提出其与癌症相关成纤维细胞激活机制的保守性和差异性 | 为综述性文章，未提供原始实验数据，且未对所述机制进行系统性定量分析 | 整合近期多组学研究，阐明梗死后心脏重塑中免疫-成纤维细胞配体-受体通讯的机制，并探讨其与癌症相关成纤维细胞的异同及治疗前景 | 心肌梗死后心脏重塑过程中的免疫细胞和心脏成纤维细胞，以及癌症相关成纤维细胞 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 心血管疾病, 肿瘤生物学 | 心血管疾病, 癌症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学 | NA | 文本, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 63 | 2026-11-14 |
Multi-Omics Mendelian Randomization Identifies DDX17 as a Potential Mediator Linking Gut Microbiota-Immune-Metabolism Axis to Alzheimer's Disease
2026, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S652037
PMID:43017601
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研究论文 | 该研究通过多组学孟德尔随机化整合肠道菌群、免疫和代谢数据与阿尔茨海默病GWAS数据，结合单细胞转录组和体外实验，识别出DDX17为连接外周失调与AD tau病理的潜在宿主中介基因 | 首次将大规模肠道菌群、免疫细胞和代谢物GWAS数据与AD GWAS进行两样本孟德尔随机化整合，并结合单细胞转录组、机器学习特征选择和虚拟敲除分析，系统识别出DDX17作为连接肠道菌群-免疫-代谢轴与AD的潜在中介基因 | 结果主要为假设生成性质，缺乏直接机制验证和体内实验验证 | 识别连接肠道菌群-免疫-代谢轴外周失调与阿尔茨海默病中枢神经退行性变的关键宿主分子靶点 | 肠道菌群（1903个分类群）、免疫细胞特征（14696个）、代谢物特征（34843个）、阿尔茨海默病患者GWAS数据、GEO数据集、SH-SY5Y细胞 | 机器学习, 数字病理学, 多组学 | 阿尔茨海默病 | GWAS, 孟德尔随机化, 单细胞转录组测序, RT-qPCR, Western blotting | 支持向量机, 随机森林, LASSO, scTenifoldKnk虚拟敲除 | 基因组数据, 转录组数据, 图像 | 1903个肠道菌群分类群、14696个免疫细胞特征、34843个代谢物特征、3个GEO数据集、GSE188545单细胞转录组数据集 | NA | GWAS, 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2026-11-14 |
Optimized protocol for single-cell and bulk transcriptomic profiling of stabilized hemocytes from Anopheles gambiae mosquitoes
2026, BMC methods
DOI:10.1186/s44330-026-00092-5
PMID:43021904
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研究方法 | 本文开发了一套针对冈比亚按蚊血细胞稳定化后进行单细胞和bulk转录组测序的优化实验方案 | 在灌注后立即稳定血细胞以防止转录变化和RNA降解，通过过滤去除污染组织和环境RNA以富集血细胞特异性转录本，稳定化血细胞可存储长达四周，且回收率高于其他现有方法 | 该方案仍需进一步优化以提高对小尺寸原血细胞（直径小于5微米）的回收率 | 解决昆虫载体血细胞因体积小、RNA含量低、数量少和高反应性而难以进行转录组分析的问题 | 成年雌性冈比亚按蚊的血细胞 | 转录组学 | 传染病 | 单细胞RNA测序、bulk mRNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | 10x Genomics, Illumina | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | 10X Genomics平台, Illumina测序平台 | 10X Genomics单细胞RNA测序平台和Illumina bulk mRNA测序建库平台 |
| 65 | 2026-11-14 |
Single-cell transcriptomic analysis of the immune response to CHIKV infection
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1979359
PMID:43021958
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序分析急性CHIKV感染患者外周血单核细胞的免疫反应 | 采用单细胞转录组学全面刻画急性CHIKV感染外周血免疫细胞的干扰素反应特征，并进行跨研究DENV数据集比较 | 横断面研究和跨研究比较的结论需谨慎解读，B细胞转录本无法确定抗原特异性，细胞组成差异经多重检验校正后不显著 | 阐明CHIKV感染在外周血中的细胞免疫发病机制 | 急性CHIKV感染患者和健康对照者的外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | 基孔肯雅热 | 单细胞RNA测序、qPCR、ELISA | NA | 单细胞转录组数据、文本 | 29例急性CHIKV感染患者和10例对照的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2026-11-14 |
Integrating ferroptosis and the tumor-immune gene mutations interface: a novel lenvatinib resistance prognostic signature with YWHAB-related immunotherapeutic correlates in hepatocellular carcinoma
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1913042
PMID:43022187
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研究论文 | 该文构建了一个整合铁死亡与肿瘤免疫基因突变特征的新型乐伐替尼耐药预后模型，并揭示了YWHAB在肝细胞癌免疫治疗中的相关性 | 首次将铁死亡相关基因与肿瘤免疫基因突变界面整合，构建了八基因铁死亡乐伐替尼相关预后特征（FLRPS），并发现YWHAB通过抑制PI3K/AKT通路调控乐伐替尼诱导的铁死亡 | 摘要中未明确说明研究局限性 | 构建乐伐替尼耐药相关的铁死亡预后模型，并探索YWHAB在肝细胞癌乐伐替尼耐药和铁死亡中的作用机制 | 肝细胞癌患者样本及Hepa1-6细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 免疫组化，空间转录组分析，单细胞RNA测序 | NA | 图像，文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 67 | 2026-11-14 |
Liver immune tolerance and regulated cell death in transplantation and hepatocellular carcinoma: shared mechanisms, divergent outcomes
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.2002295
PMID:43022476
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综述 | 整合肝脏生理、移植、肝细胞癌及移植后复发中的免疫耐受与调节性细胞死亡过程，提出“肝脏免疫耐受程序”与“死亡-免疫轴”概念，并倡导精准免疫稳态。 | 将调节性细胞死亡与死亡细胞清除定位为“死亡-免疫轴”，系统比较生理肝脏、移植和肝细胞癌中免疫耐受程序的重塑，并以移植后肝细胞癌复发作为移植物保护与抗肿瘤免疫监视交叉的临床场景，提出精准免疫稳态理念。 | 作为综述，未提供原始实验数据或系统荟萃分析，相关机制整合与临床转化建议仍需进一步实验和临床验证。 | 阐明肝脏免疫耐受与调节性细胞死亡在移植和肝细胞癌中的共享机制及不同结局，探索兼顾移植物保护与抗肿瘤免疫监视的免疫调控策略。 | 肝脏免疫微环境、肝移植受者、肝细胞癌肿瘤微环境及移植后肝细胞癌复发。 | 肿瘤免疫学、移植免疫学、空间转录组学、单细胞测序 | 肝细胞癌、肝移植、移植后复发、急性排斥反应 | 空间转录组学、单细胞测序 | NA | 文本 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2026-11-14 |
Spatial Multi-Omics Integration with Mass Spectrometry Imaging: Decoding Metabolic Landscapes and Disease Mechanisms
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0257
PMID:43022607
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综述 | 本文综述了空间多组学与质谱成像（MSI）整合的技术、工作流程及应用，强调以证据校准的框架解码代谢景观与疾病机制 | 提出了一套涵盖组织获取、空间配准、模态特异性预处理、跨模态注释、机制建模与正交验证的证据校准工作流程，并系统讨论了分子模糊性、分辨率-灵敏度-通量权衡、三维重建、实验室间可重复性及临床转化要求 | 空间多组学整合仍面临采样单元、空间分辨率、数据结构和分子鉴定确定性方面的模态差异挑战，分子模糊性、配准误差和实验室间可重复性等问题尚未完全解决，且不能仅凭对齐图谱推断因果关系 | 综述空间多组学与质谱成像整合的技术与工作流程，探讨其在解码代谢景观和疾病机制中的应用与挑战 | 肿瘤-宿主界面、代谢功能障碍相关脂肪性肝病、脂肪组织结构和母胎界面蜕膜化等研究中的组织样本 | 空间多组学 | 肿瘤、代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 质谱成像（MSI）、空间转录组学、单细胞转录组学、空间蛋白质组学、同位素示踪 | NA | 图像、文本、分子数据 | NA | NA | 质谱成像、空间转录组学、单细胞转录组学、空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 69 | 2026-11-14 |
MagNet: Multi-Level Attention Graph Network for Predicting High-Resolution Spatial Transcriptomics
2025, Proceedings of machine learning research
PMID:43017441
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研究论文 | 提出了一种多级注意力图网络 MagNet，用于从病理图像预测高分辨率空间转录组数据 | 采用跨注意力层分层整合多分辨率图像块特征，并利用 GAT-Transformer 模块聚合邻域信息，克服了低分辨率输入预测高分辨率基因表达的信息瓶颈 | 仅在私有数据集和公共数据集上进行了评估，未在更多独立数据集上验证；模型可能依赖于特定组织类型或平台 | 准确预测高分辨率（8微米）Visium HD 空间转录组数据中的基因表达 | 空间转录组数据及其配对的病理图像 | 空间转录组学，数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 图注意力网络，Transformer，跨注意力机制 | 病理图像，基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium HD | 10x Visium HD 高分辨率（8微米）空间转录组 |
| 70 | 2026-11-13 |
Plcg2 Deficiency Leads to Sex-Associated Divergent Effects on Glial Transcriptomes
2027-Jan, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70252
PMID:43001663
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序分析野生型、杂合子和纯合子Plcg2缺陷小鼠大脑，揭示了Plcg2缺失对胶质细胞转录组的性别相关差异影响。 | 首次在无淀粉样蛋白或tau病理的情况下，系统构建了不同Plcg2基因型和性别组合的胶质细胞转录组图谱，并发现基因型与性别交互作用对神经退行性疾病相关通路存在差异性调控。 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证；仅关注胶质细胞转录组，未涉及蛋白质水平或功能验证；未明确Plcg2缺失的具体分子机制。 | 探究Plcg2缺失在无病理背景下对小鼠大脑胶质细胞转录组的生理影响及其性别相关差异。 | 野生型、杂合子和纯合子Plcg2缺陷小鼠的大脑胶质细胞。 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 71 | 2026-11-13 |
Network pharmacology and single-cell sequencing analysis of gastrodin in anticancer effects against colorectal cancer by regulating key target genes and the tumor immune microenvironment
2026-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103076
PMID:42879954
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研究论文 | 该研究通过网络药理学和单细胞测序分析天麻素抗结直肠癌的作用机制，识别关键靶基因并探讨肿瘤免疫微环境的调控 | 首次整合网络药理学、单细胞RNA测序、多种机器学习算法和分子对接系统揭示天麻素抗结直肠癌的分子机制，并发现NFE2L3为核心靶点 | 摘要中未明确说明研究的局限性 | 探索天麻素抗结直肠癌的作用机制，识别关键靶基因及其对肿瘤免疫微环境的调控 | 结直肠癌组织和细胞系、天麻素潜在靶点 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、网络药理学、分子对接 | LASSO回归、支持向量机、随机森林 | 基因表达数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 72 | 2026-11-13 |
Integrative bulk and single-cell transcriptomics identifies a HERC5-linked immune-attenuated risk program for pulmonary metastasis/relapse in osteosarcoma
2026-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103070
PMID:42858644
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研究论文 | 本研究整合批量与单细胞转录组学，构建了一个紧凑的转录组风险评分，并揭示了骨肉瘤肺转移/复发相关的免疫衰减和HERC5关联程序 | 开发了基于9个基因的骨肉瘤肺转移/复发风险评分，首次将HERC5与抗原呈递程序关联，并结合单细胞投影和虚拟基因敲除分析揭示免疫衰减机制 | 需要在未来进行验证，外部验证集AUC较低（0.728），且仅依赖于转录组数据 | 开发紧凑的转录组肺转移/复发风险评分，并表征相关的免疫和单细胞程序 | 骨肉瘤患者 | 数字病理学, 机器学习 | 骨肉瘤, 肺癌 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, LASSO回归, WGCNA, 单细胞投影, 虚拟基因敲除 | LASSO回归 | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | TARGET-OS队列和GSE21257验证集（具体样本数未在摘要中明确） | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 73 | 2026-11-13 |
A renal cyst-clear cell renal cell carcinoma comorbidity analysis identifies a FOXM1-positive epithelial COL6A1-CD44 axis that remodels fibroblasts
2026-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103064
PMID:42860124
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研究论文 | 本文通过肾囊肿与透明细胞肾细胞癌的共病分析，识别出一个由FOXM1阳性上皮细胞驱动的COL6A1-CD44轴，该轴可重塑成纤维细胞。 | 首次利用广泛的肾囊肿相关疾病基因框架识别与ccRCC共享的分子程序；结合孟德尔随机化、随机生存森林、单细胞与空间转录组学、虚拟基因敲除及分子对接等多层次方法；提出FOXM1+上皮-COL6A1-CD44-F5_SFRP2+成纤维细胞通讯模型；发现异牡荆素作为潜在FOXM1靶向化合物。 | 未建模特定囊性疾病或直接的囊肿到癌症进展过程；体外实验结果需进一步体内验证；通信模型仅为可测试的假设。 | 识别肾囊肿与透明细胞肾细胞癌共享的分子程序，并探究其细胞间通讯机制及潜在治疗靶点。 | 肾囊肿疾病与透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者样本及公共数据集（TCGA-KIRC等）。 | 数字病理学, 机器学习 | 肾癌, 肾囊肿 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 孟德尔随机化, 分子对接, 分子动力学模拟 | 随机生存森林, Scissor, SCENIC, scTenifoldKnk, RCTD, CellChat | 基因表达数据, 图像, 文本 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 74 | 2026-11-13 |
Hypoxia-induced SATB homeobox 2 increases hypoxia-inducible factor-1-dependent tumorigenesis and drives bevacizumab resistance in lung adenocarcinoma
2026-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103069
PMID:42896440
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研究论文 | 该文揭示缺氧诱导的SATB2作为表观遗传调控因子，与HIF-1α和p300形成正反馈回路，促进肺腺癌进展并驱动贝伐珠单抗耐药 | 首次鉴定SATB2为肺腺癌中缺氧诱导的表观遗传调控因子，揭示HIF-1α（而非HIF-2α）直接结合SATB2启动子促进其表达，并阐明SATB2-p300-HIF-1α轴通过促进H3K27乙酰化和RNA聚合酶II延伸来放大缺氧转录程序的新机制 | 研究主要基于细胞模型和小鼠肿瘤模型，缺乏大规模临床队列验证；SATB2-p300-HIF-1α轴的临床转化价值仍需进一步临床试验验证 | 探究缺氧信号与肿瘤微环境重塑之间的表观遗传协调机制，阐明SATB2在肺腺癌进展和抗血管生成治疗耐药中的作用 | 肺腺癌细胞模型、小鼠肿瘤模型及肺腺癌患者样本 | 数字病理, 表观遗传学, 肿瘤生物学 | 肺癌 | 空间转录组学, 基于参考的细胞类型去卷积, 染色质免疫共沉淀, 免疫组化 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 75 | 2026-11-13 |
Single-cell spatial transcriptomics identifies SERPINE1 as a vascular endothelial mediator of cisplatin resistance in head and neck squamous cell carcinoma
2026-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103063
PMID:42868713
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研究论文 | 该研究整合单细胞RNA测序、空间转录组学和生物信息学分析，鉴定头颈部鳞状细胞癌中与顺铂耐药相关的血管内皮细胞状态，并确定SERPINE1为关键介导基因 | 首次从血管内皮细胞角度揭示顺铂耐药机制，发现SERPINE1作为内皮介导顺铂耐药的关键基因，并揭示其与HPV状态相关的血管微环境差异 | 摘要未明确说明，可能包括样本量有限、缺乏功能验证实验、单细胞和空间转录组数据的具体样本数未披露 | 阐明血管微环境及其在不同HPV状态下的变异对头颈部鳞状细胞癌顺铂耐药的贡献 | 头颈部鳞状细胞癌肿瘤样本中的细胞，尤其是肿瘤内皮细胞 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 76 | 2026-11-13 |
Machine learning and multi-omics analyses reveal CLDN1 as a candidate marker associated with colorectal cancer invasion and nutlin-3a (-) response
2026-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103078
PMID:42868715
|
研究论文 | 整合转录组学、机器学习、单细胞RNA测序、空间转录组学和体外实验，揭示CLDN1作为与结直肠癌侵袭及Nutlin-3a(-)反应相关的候选标志物 | 首次整合多种机器学习算法、单细胞RNA测序和空间转录组学系统筛选并验证CLDN1作为结直肠癌侵袭和Nutlin-3a(-)反应相关的候选标志物 | 需要进一步独立和前瞻性验证以确定其临床诊断、预后和治疗反应相关性 | 整合多组学和机器学习方法筛选结直肠癌相关候选标志物并表征其生物学和临床相关性 | 结直肠癌患者样本及结直肠癌细胞系 | 多组学分析、机器学习、数字病理学 | 结直肠癌 | 转录组测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫组化 | 多种机器学习算法（特征选择）、CNN? | 基因表达数据、图像、文本 | GSE44861、GSE44076、TCGA-COAD队列、GSE231559单细胞数据及空间转录组数据，具体样本数未在摘要中说明 | Illumina, 10x Genomics | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Illumina测序平台, 10x Genomics单细胞和空间平台 | NA |
| 77 | 2026-11-13 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal a DLL4-associated tip-like endothelial niche linked to neoadjuvant chemotherapy non-response in muscle-invasive bladder cancer
2026-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103067
PMID:42874537
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研究论文 | 该研究整合单细胞RNA测序、空间转录组学、批量转录组数据、计算分析和体外实验，揭示了与肌层浸润性膀胱癌新辅助化疗无反应相关的DLL4相关尖端样内皮生态位 | 首次识别出与化疗无反应相关的TipEC_2尖端样内皮亚群，并发现DLL4是该内皮状态的关键特征；提出DLL4-NOTCH3信号通路作为血管重塑与治疗耐药之间的潜在分子联系 | 研究主要基于转录组数据和体外实验，缺乏更大规模的临床验证队列和体内功能实验验证；DLL4-NOTCH3信号通路的具体机制仍需进一步深入研究 | 表征与膀胱癌化疗反应相关的内皮细胞程序和细胞间通讯，探索化疗耐药的血管机制 | 肌层浸润性膀胱癌患者的内皮细胞、恶性细胞及化疗耐药膀胱癌细胞系 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2026-11-13 |
Single-cell and bulk transcriptomic analysis of inflammation-metabolism programs and the tumor microenvironment of colorectal cancer liver metastasis
2026-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103077
PMID:42906454
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研究论文 | 通过单细胞和bulk转录组数据分析结直肠癌肝转移中的炎症-代谢程序及肿瘤微环境特征 | 整合单细胞与bulk转录组数据，在患者层面配对比较原发结直肠癌与匹配肝转移的细胞组成和转录程序，并分析配体-受体共表达及扩散图拟时序 | 患者数量有限、横断面采样、跨平台一致性弱，且缺乏实验验证，配体-受体和轨迹结果仅具有假设生成意义 | 解析结直肠癌原发灶与匹配肝转移之间免疫、基质和代谢程序的差异及肿瘤微环境特征 | 结直肠癌患者的原发肿瘤、匹配肝转移组织及外周血单个核细胞样本 | 数字病理学, 机器学习 | 结直肠癌, 肝转移 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 单细胞数据来自6例患者的15个样本（6个原发癌、6个匹配肝转移、3个PBMC）；bulk数据来自18例患者的54个样本（正常结肠、原发癌和肝转移） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2026-11-13 |
Integrative single-cell and computational pathology analyses reveal a C11orf24-associated stem-like epithelial population linked to tumor microenvironment remodeling and immune evasion in bladder cancer
2026-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103082
PMID:42906452
|
研究论文 | 该文通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和计算病理学，揭示了膀胱癌中与C11orf24相关的干性上皮细胞群体，并构建了预后模型 | 首次在膀胱癌中鉴定出位于分化层级顶端的HStem干性上皮细胞群体，并发现C11orf24作为潜在干性调控因子；整合单细胞、空间转录组与深度学习病理图像构建预后模型 | 药物基因组学分析仅为预测性结果，需实验验证；功能实验主要针对C11orf24，其他机制未充分验证 | 表征膀胱癌中与干性相关的上皮细胞群体及其临床意义 | 膀胱癌（BLCA）患者样本中的上皮细胞及肿瘤微环境 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量转录组学, 计算病理学 | 深度学习 | 图像, 文本 | 13例未经治疗的膀胱癌样本共92,218个细胞，以及独立批量队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2026-11-13 |
Single-cell transcriptomic and immune microenvironment analyses reveal a TIMP1-associated OLFM4⁺ tumor epithelial program linked to colorectal cancer progression and immune evasion
2026-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103066
PMID:42887063
|
研究论文 | 该研究通过单细胞转录组分析揭示了一种与结直肠癌进展和免疫逃逸相关的TIMP1相关OLFM4⁺肿瘤上皮细胞程序，并构建了预后风险评分模型。 | 识别了正常-腺瘤-癌序列中与进展相关的C3 OLFM4⁺肿瘤上皮亚型，揭示了其干性、代谢活跃、与成纤维细胞WNT2B-FZD/LRP信号交互及免疫逃逸特征，构建了OLFM4⁺肿瘤细胞风险评分（OTRS），并验证了TIMP1对结直肠癌细胞恶性行为的作用。 | TIMP1功能仅在体外实验中进行评估，缺乏体内模型验证；OTRS模型的临床适用性仍需更大规模独立队列验证。 | 定义与结直肠癌进展相关的上皮状态，阐明OLFM4⁺肿瘤上皮亚型的分子特征、微环境交互及预后价值。 | 正常结直肠黏膜、腺瘤和肿瘤组织中的细胞，以及结直肠癌细胞系。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | Cox回归, LASSO回归 | 单细胞转录组数据, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |