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当前共找到 43933 篇文献,本页显示第 61 - 80 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
61 2026-10-01
Molecular Disambiguation of Heart Rate Control by the Nucleus Ambiguus
2026-Sep-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
研究论文 该研究通过单细胞转录组学、解剖学示踪和生理学实验,对小鼠疑核(nAmb)神经元进行分子、解剖和功能分类,发现表达特定基因的nAmb神经元亚型特异性支配心脏并控制心率,且在水下潜水时被激活 首次结合单核RNA测序、轴突投射映射和化学遗传学刺激,鉴定出以特定基因表达为标志的nAmb神经元亚型,该亚型特异性支配心脏而不支配上气道或食管,并证明其在哺乳动物潜水反射中激活 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证;未明确该特定基因的具体身份;样本量未详细说明;未探讨该神经元亚型在疾病状态下的变化 解析成年小鼠疑核神经元的分子组织及其对心率的控制机制,特别是区分心脏迷走神经元与其他nAmb神经元 成年雄性和雌性小鼠的疑核神经元 机器学习, 数字病理学, 神经科学 心血管疾病 单核RNA测序, 解剖学示踪, 化学遗传学, 生理学实验 NA 图像, 文本, 单细胞转录组数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
62 2026-10-01
Integrated Transcriptomic and Functional Analyses Identify SERPINE1 as a Ferroptosis-Associated Mediator of Glioblastoma Radioresistance
2026-Sep-14, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
研究论文 该研究通过整合转录组学与功能实验分析,鉴定SERPINE1为胶质母细胞瘤放疗抵抗中铁死亡相关的介导因子 首次将SERPINE1与铁死亡相关脂质过氧化防御联系起来,揭示其作为胶质母细胞瘤放疗抵抗中介导间充质适应与氧化还原应激调控的关键角色 研究主要基于公共数据集分析和两种细胞系的功能验证,缺乏体内动物模型和临床前瞻性验证 探究SERPINE1是否通过调控铁死亡相关脂质过氧化参与胶质母细胞瘤放疗抵抗 胶质母细胞瘤患者肿瘤样本及U87和U251胶质母细胞瘤细胞系 数字病理学 胶质母细胞瘤 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 机器学习特征选择, 加权基因共表达网络分析 基因表达数据, 蛋白质数据, 图像 TCGA队列93例(56例放疗敏感和37例放疗抵抗)、CGGA-325队列100例、CGGA-693队列193例、CPTAC蛋白质数据、GEO单细胞数据集GSE131928、原发GBM肿瘤199例和正常组织18例、两种细胞系U87和U251 Illumina, Thermo Fisher bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 蛋白质组学 NA NA
63 2026-10-01
AMnESTI reverses age-associated lung immune decline to drive heterosubtypic protection by inactivated influenza vaccines
2026-Sep-11, Science immunology IF:17.6Q1
研究论文 该研究开发了一种靶向肺泡上皮细胞的锰复合脂质体AMnESTI,通过激活STING通路逆转衰老相关的肺部免疫衰退,从而增强灭活流感疫苗的异亚型保护效果 首次开发了靶向肺泡上皮细胞的STING激动剂递送系统AMnESTI,通过短暂重编程衰老肺部免疫微环境,使老年小鼠对流感疫苗产生完全的异亚型保护 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证AMnESTI的安全性和有效性 开发一种黏膜佐剂靶向肺泡上皮细胞,逆转衰老相关的肺部免疫衰退,增强老年人对流感疫苗的异亚型保护 老年小鼠和年轻小鼠的肺部免疫系统及流感疫苗接种反应 免疫学 流感 单细胞RNA测序, 流式细胞术 NA 文本, 图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
64 2026-10-01
DMGRN: Enhancing Diffusion Models for Gene Regulatory Network Inference
2026-Sep-10, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 提出DMGRN框架,基于改进的去噪扩散概率模型(DDPM)进行基因调控网络推断,结合结构方程模型和基因相似性对齐损失,在BEELINE基准上取得优异性能 1. 首次将改进的DDPM应用于GRN推断,通过前向扩散和反向过程结合SEM预测噪声;2. 引入基因相似性对齐损失,在基因水平上鼓励预测噪声与扰动数据之间的相关性一致性,同时捕获细胞级噪声残差和基因级调控共表达模式 摘要中未明确提及 从单细胞RNA测序数据中准确推断基因调控网络,克服数据高噪声和稀疏性问题 单细胞RNA测序数据中的基因调控关系 机器学习 NA 单细胞RNA测序 去噪扩散概率模型(DDPM)、结构方程模型(SEM) 基因表达数据 28个BEELINE基准数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
65 2026-10-01
ScGraphTrans: Pathway-Guided Graph Learning and Domain Adaptation for Cell Type Annotation in Single-Cell RNA-seq
2026-Sep-10, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 提出scGraphTrans框架,通过通路引导的图学习和域适应改进单细胞RNA测序中的细胞类型注释和细胞间通讯推断 首次将功能状态伪标签、图结构学习和图域适应相结合,利用14种癌症相关通路的活性评分作为伪标签细化细胞图,无需配体-受体先验监督即可恢复疾病特异性基因相互作用 未明确提及研究限制 从非空间单细胞RNA测序数据中推断细胞间相互作用,改进细胞类型注释和通讯推断 来自15个个体、三种癌症的38,667个细胞 机器学习 乳腺癌, 结直肠癌 单细胞RNA测序 图神经网络 基因表达数据 38,667个细胞,来自15个个体,涵盖三种癌症 NA 单细胞RNA测序 NA NA
66 2026-10-01
Multi-omics mapping of TIMP1-associated stromal-myeloid remodeling in autoimmune gastritis and gastric cancer
2026-Sep-10, Hereditas IF:2.1Q3
研究论文 通过整合自身免疫性胃炎和胃癌的多组学数据,识别共享差异表达基因,并验证TIMP1在基质-髓系重塑中的关键作用 首次整合自身免疫性胃炎和胃癌多组学数据,通过机器学习筛选和PPI网络分析识别共享关键基因,并利用单细胞和空间转录组技术揭示TIMP1在基质-髓系重塑中的空间定位和细胞通讯特征 研究为假设生成框架,需要进一步实验验证;TIMP1作为生物标志物的临床实用性尚需前瞻性研究确认;样本来源和队列异质性可能影响结果普遍性 探索自身免疫性胃炎相关黏膜重塑与胃癌相关基质-髓系微环境是否共享基质程序,并识别关键调控基因 自身免疫性胃炎患者和胃癌患者的组织及血清样本,以及单细胞和空间转录组数据 多组学分析 胃癌, 自身免疫性胃炎 bulk RNA-seq, RT-qPCR, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 LASSO, 随机森林, 蛋白质-蛋白质相互作用网络, inferCNV, CellChat 转录组数据, 血清数据, 图像数据, 文本数据 一个自身免疫性胃炎bulk转录组队列,三个胃癌队列,160812个胃癌单细胞,以及血清样本 10x Genomics 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq 10x Chromium, 10x Visium NA
67 2026-10-01
Integrative plasma proteomic network analysis identifies physical activity-associated protein modules potentially mediating type 2 diabetes risk
2026-09-09, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1
研究论文 该研究利用英国生物银行的血浆蛋白质组学数据,通过整合性网络分析识别与中高强度体力活动相关的蛋白质模块,并探究这些模块在介导2型糖尿病风险中的作用 首次采用多尺度嵌入基因共表达网络分析(MEGENA)识别血浆蛋白质共表达模块,从系统层面揭示体力活动通过协调蛋白质网络而非单个蛋白质降低2型糖尿病风险的机制 研究仅基于英国生物银行队列,可能存在人群特异性;血浆蛋白质组学覆盖范围有限(2910个蛋白质);观察性设计无法完全排除残余混杂因素 识别介导中高强度体力活动与2型糖尿病风险关联的血浆蛋白质模块,并解析其生物学基础 28842名无糖尿病的英国生物银行参与者 机器学习 2型糖尿病 血浆蛋白质组学,全基因组测序,单细胞RNA测序,孟德尔随机化 MEGENA(多尺度嵌入基因共表达网络分析) 数值数据,文本数据 28842名参与者,其中1225名在随访期间发展为2型糖尿病 NA 血浆蛋白质组学,全基因组测序,单细胞RNA测序 NA NA
68 2026-10-01
scCGC2T: Curriculum-Guided Contrastive Co-Training Framework for scRNA-Seq Data Clustering
2026-Sep-08, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 提出了一种课程引导的对比协同训练框架(scCGC²T),用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 设计了双分支架构进行跨视图对比协同训练,并引入渐进式课程学习策略动态过滤伪标签,有效缓解早期训练阶段的错误累积问题 摘要中未明确提及研究的局限性 解决现有scRNA-seq数据聚类方法因静态阈值产生错误伪标签而导致训练过程中误差逐步累积的问题 单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 对比学习、协同训练、课程学习 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
69 2026-10-01
Graph-Attentional Deep Sparse Subspace Clustering for Single-Cell Transcriptomics
2026-Sep-07, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
research paper 提出了一种名为scGADSSC的图注意力深度稀疏子空间聚类端到端框架,用于单细胞转录组数据的细胞类型聚类 创新性地将图注意力学习与子空间自表示相结合,实现联合优化和相互增强;结合去噪自编码器和图注意力自编码器,端到端完成聚类任务 未明确说明方法在大规模数据集上的可扩展性以及计算复杂度方面的限制 解决单细胞测序数据中高噪声和高维度特征给聚类任务带来的挑战,实现准确的细胞类型识别 单细胞转录组测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA-seq 图注意力自编码器, 去噪自编码器, 子空间聚类 基因表达矩阵 15个生物学数据集 NA NA NA NA
70 2026-10-01
Arhgap25 Promotes Metabolic Dysfunction-Associated Steatotic Liver Disease (MASLD) by Driving Kupffer Cell Polarization via Activation of the AKT/mTOR Signaling Pathway
2026-Sep-07, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
研究论文 该研究通过整合bulk和单细胞RNA测序,鉴定出Arhgap25是高脂饮食诱导的MASLD中Kupffer细胞的关键调控基因,并通过AAV过表达小鼠模型和体外共培养体系验证其通过激活AKT/mTOR信号通路促进Kupffer细胞M1极化,加剧代谢功能障碍 首次发现Arhgap25在MASLD中作为Kupffer细胞极化的关键调控因子,揭示了Arhgap25通过激活AKT/mTOR信号通路驱动Kupffer细胞向M1表型极化,进而促进肝脏免疫-代谢网络紊乱的新机制 研究主要基于小鼠模型和体外共培养体系,缺乏人体样本验证;AAV过表达模型可能存在非特异性效应;未探讨Arhgap25的具体上游调控机制 探究MASLD中肝脏免疫失调与代谢紊乱之间的调控节点,鉴定高脂饮食诱导的核心调控基因并阐明其功能机制 高脂饮食喂养小鼠的肝脏组织、Kupffer细胞、肝细胞 机器学习 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA 转录组数据 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
71 2026-10-01
CNP-miR146a Promotes NRF2-Related Ferroptosis-Protective Myeloid Programs and Immune-Vascular Regeneration in Diabetic Wounds
2026-Sep-04, Pharmaceutics IF:4.9Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析CNP-miR146a治疗糖尿病伤口后第7天的细胞和转录组反应,发现其与NRF2相关的铁死亡保护性髓系程序及免疫血管再生相关 首次在糖尿病伤口中揭示CNP-miR146a治疗与NRF2相关铁死亡保护性髓系程序、促再生髓系状态及免疫血管通讯网络的关联 研究结果主要基于转录组关联分析,需要进一步功能验证实验证实所发现的机制 探究CNP-miR146a治疗糖尿病伤口修复是否与铁死亡保护性程序和免疫血管通讯相关 糖尿病切除伤口组织 数字病理学 糖尿病 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
72 2026-10-01
The post-transcriptional regulator HuR promotes immune evasion in pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-Sep-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1
研究论文 该研究发现RNA结合蛋白HuR通过稳定mTOR通路转录本促进胰腺导管腺癌的代谢重编程和营养优势,从而抑制T细胞功能并介导免疫逃逸 首次揭示肿瘤内在的转录后调控因子HuR在PDAC免疫逃逸中的关键作用,提出HuR通过代谢重编程实现营养优势从而限制T细胞功能的新机制 研究主要基于两种免疫健全小鼠PDAC模型,尚需在更多人源样本和临床队列中验证HuR作为治疗靶点的有效性和安全性 探究肿瘤内在转录后基因调控在PDAC肿瘤-免疫交互中的作用,特别是HuR在免疫逃逸中的功能和机制 人类PDAC样本及两种免疫健全小鼠PDAC模型 肿瘤免疫学 胰腺癌 RNA免疫沉淀测序, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 空间 profiling NA RNA序列数据, 图像, 流式细胞数据 NA NA 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq NA NA
73 2026-10-01
scGFormer: A Multi-Scale Graph-Transformer for Cell Type Annotation in Single-Cell RNA Sequencing
2026-Sep-03, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 提出了一种整合全局注意力、局部图注意力和基因重加权模块的多尺度图Transformer框架scGFormer,用于单细胞RNA测序中的细胞类型注释,并结合生物学引导的自适应对比学习策略应对零膨胀和类别不平衡等问题 将Performer-based Global Attention、Graph-based Local Attention和Squeeze-and-Excitation Gene Reweighting模块统一在一个框架中,同时显式建模全局和局部依赖关系并增强基因级表示;引入生物学引导的自适应对比学习策略以应对零膨胀、平衡类别分布并在训练中动态优化图结构 摘要中未明确提及研究的局限性 解决单细胞RNA测序中细胞类型注释面临的稀疏和异质性表达谱、基因级建模不足、零膨胀和类别不平衡等挑战,提高注释的鲁棒性和泛化能力 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 机器学习 NA 单细胞RNA测序 Graph Transformer, Performer, Graph Attention Network, 对比学习 基因表达矩阵(文本/数值数据) NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
74 2026-10-01
Advanced-stage cutaneous T-cell lymphomas show distinct immune profiles in erythroderma vs. tumor lesions
2026-Sep-03, Journal of dermatological science IF:3.8Q1
研究论文 该论文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序,结合空间转录组学,比较了红皮病型CTCL和肿瘤期蕈样肉芽肿的分子图谱,揭示了两种病变在免疫微环境上的差异 首次在单细胞水平上系统比较红皮病型CTCL与肿瘤期蕈样肉芽肿的免疫图谱,发现tMF具有更强的Th2/Tc2偏倚和三级淋巴结构特征,而eCTCL表现出抗血管生成和表皮激活特征 样本量较小,仅包括8例eCTCL和7例tMF样本,患者间异质性较大,可能影响结果的普遍性 更好地理解晚期CTCL中红皮病与肿瘤形成的机制 8例红皮病型CTCL和7例肿瘤期蕈样肉芽肿患者的皮肤活检样本 数字病理学 皮肤T细胞淋巴瘤 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 空间转录组学 NA 图像, 文本 15例皮肤活检样本(8例eCTCL和7例tMF) NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
75 2026-10-01
Molecular and Cellular Hallmarks of Age-Related Vestibular Hair Cell Degeneration
2026-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 通过对年轻和老年小鼠前庭毛细胞进行单细胞RNA测序,结合成像与电生理记录,揭示年龄相关前庭毛细胞退化的分子和细胞特征 首次系统描绘老年前庭毛细胞的单细胞转录组衰老特征,发现毛束退化和机械转导功能下降先于毛细胞丢失,并比较前庭与耳蜗毛细胞的异同 研究基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;单细胞转录组可能丢失空间信息;未明确具体驱动基因或干预靶点 探究年龄相关前庭功能障碍的分子机制,聚焦于机械敏感毛细胞的衰老过程 年轻与老年小鼠的前庭毛细胞 机器学习 老年性疾病 单细胞RNA测序、成像、电生理记录 NA 转录组数据、图像数据、电生理数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
76 2026-10-01
Machine learning-driven decoding of maternal immune signatures in repeated pregnancy loss
2026-Sep, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 本文通过对复发性流产患者和早孕期对照的蜕膜组织进行单细胞RNA测序,结合机器学习模型解码母体免疫特征,揭示母体T细胞在复发性流产中的免疫失调作用 首次将基于基因型的来源分析、监督机器学习模型和基于Transformer的基础模型(scGPT)相结合,采用分层方法解码复发性流产的母体免疫特征,并通过计算药物重定位和网络中心性分析鉴定出CXCR4和JUN作为可成药分子候选靶点 摘要中未明确提及研究局限性 解析复发性流产中母胎免疫耐受破坏的免疫机制,鉴定与母体T细胞免疫失调相关的可成药分子靶点 复发性流产患者的蜕膜组织和早孕期对照的蜕膜组织 机器学习 复发性流产 单细胞RNA测序 监督机器学习模型, Transformer基础模型(scGPT) 单细胞转录组数据 NA NA single-cell RNA-seq NA NA
77 2026-10-01
ST-ConMa: a multimodal foundation framework for spatial transcriptomics via image-gene contrastive and matching learning
2026-Sep-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出了一种基于图像-基因对比与匹配学习的空间转录组学多模态基础模型ST-ConMa 采用对比学习和匹配学习在大规模斑点级组织图像与基因表达谱上预训练,通过配备交叉注意力的多模态编码器和匹配目标联合学习图像-基因融合表示,而非分别生成模态特异性嵌入 摘要中未明确提及 构建具有广泛空间转录组学知识的多模态基础模型,提升跨平台和跨任务的泛化能力 斑点级组织图像与对应的基因表达谱 数字病理学 NA 空间转录组学 多模态编码器(含交叉注意力) 图像、基因表达谱 NA NA 空间转录组学 NA NA
78 2026-10-01
Data-driven identification of cell subtypes for single-cell transcriptomic data with Subtypist
2026-Sep-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出了一种名为Subtypist的全数据驱动多尺度迭代算法,用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞亚型,无需外部先验参考 提出了一种不依赖外部参考标签的全数据驱动多尺度迭代算法,能够发现新的细胞亚型,并在多种疾病场景中揭示了新的生物学意义细胞亚型及其细胞间通讯机制 未明确提及 开发一种无需参考即可从单细胞转录组数据中识别细胞亚型的方法,以准确理解疾病发生发展机制 单细胞RNA测序数据,包括模拟和真实数据集,以及肝细胞癌、食管鳞状细胞癌和心肌梗死三种疾病场景 机器学习 肝细胞癌, 食管鳞状细胞癌, 心肌梗死 单细胞RNA测序 多尺度迭代算法 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
79 2026-10-01
SARS-CoV-2 defective viral genomes from distinct genomic regions drive divergent interferon responses
2026-Sep, PLoS pathogens IF:5.5Q1
研究论文 本文研究了SARS-CoV-2缺陷病毒基因组(DVGs)不同基因组区域来源对干扰素应答的差异性调控作用 首次发现来自不同基因组热点区域(A和B)的SARS-CoV-2 DVGs在诱导干扰素应答方面存在显著差异,DVG-B能诱导强烈的干扰素应答而DVG-A不能,并揭示了N蛋白在调控dsRNA分布和干扰素应答中的独特作用 研究主要基于体外实验和人肺精密切片,缺乏体内动物模型验证;DVG-B诱导干扰素应答的具体分子机制尚未完全阐明 探究SARS-CoV-2 DVGs在病毒感染过程中的角色,特别是不同基因组区域来源的DVGs对先天免疫应答的差异性调控 SARS-CoV-2缺陷病毒基因组(DVGs)、严重程度不同的COVID-19患者样本、人肺精密切片 病毒学、免疫学 COVID-19 单细胞RNA测序、病毒反向遗传学构建、dsRNA免疫荧光 NA RNA序列数据、图像 约40%的DVGs来自热点B区域,使用了公共单细胞RNA-seq数据集及人肺精密切片 NA 单细胞RNA测序 NA NA
80 2026-10-01
[Hepatocellular carcinoma-derived lactate-mediated histone H3K18 lactylation modifies S100A2 transcription to promote proliferation, migration, invasion and epithelial-mesenchymal transition of hepatocellular carcinoma cells]
2026 Sept 20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University
研究论文 该研究揭示了肝细胞癌来源的乳酸通过增强组蛋白H3K18乳酰化修饰激活S100A2转录,进而调控Wnt/β-catenin通路促进肝细胞癌细胞增殖、迁移、侵袭和上皮-间质转化的分子机制 首次揭示组蛋白H3K18乳酰化修饰通过调控S100A2转录激活Wnt/β-catenin通路促进肝细胞癌恶性进展的新机制,并发现S100A2与KRT6A蛋白的直接相互作用 研究主要基于细胞系实验和公共数据库分析,缺乏体内动物实验验证;TCGA数据库分析样本量有限;未深入探讨其他乳酰化修饰位点的作用 探究组蛋白H3K18乳酰化修饰调控S100A2转录在肝细胞癌发生发展中的作用及其分子机制 肝细胞癌细胞系和正常肝细胞系,以及TCGA数据库中肝细胞癌患者数据 数字病理学, 机器学习 肝癌 单细胞转录组测序, ChIP-qPCR, Western blotting, Co-IP, 分子对接 NA 图像, 文本, 基因表达数据 未明确说明具体样本数量 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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