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当前共找到 43573 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 61 | 2026-09-23 |
Integrating morphology and gene expression of neural cells in unpaired single-cell data using GeoAdvAE
2026-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.19.689368
PMID:42427640
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研究论文 | 该论文提出了一种几何感知的对抗自编码器GeoAdvAE，用于在非配对单细胞数据中整合细胞形态与基因表达，并在patch-seq神经元和阿尔茨海默病模型小胶质细胞上验证了其性能。 | 首次将Gromov-Wasserstein正则化与对抗判别器结合到模态特异性变分自编码器中，实现单细胞形态与转录组的对角线（非配对）整合，并在共享潜在空间中同时保持重建保真度和跨模态几何结构。 | 方法依赖于非配对的单细胞形态和转录组数据，整合结果可能受模态间真实对应关系缺失的影响；在阿尔茨海默病模型中揭示的疾病相关小胶质细胞特征与形态解耦，但其生物学机制仍需进一步验证。 | 解决单细胞形态与转录组因无特征对应且通常在不同细胞中测量而难以关联的问题，实现非配对单细胞形态与基因表达的可扩展、可解释整合。 | patch-seq神经元（具有联合形态-RNA测量）以及来自5xFAD阿尔茨海默病模型的98个CAJAL量化小胶质细胞形态和31,948个单细胞转录组。 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、patch-seq、CAJAL形态量化 | 对抗自编码器（Adversarial Autoencoder）、变分自编码器（VAE）、Gromov-Wasserstein正则化、对抗判别器 | 图像（细胞形态）、文本（基因表达矩阵） | patch-seq神经元（数量未明确）；98个CAJAL量化小胶质细胞形态；31,948个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA |
| 62 | 2026-09-23 |
Lupus myositis, a type I interferon driven necrotizing myopathy with regional heterogeneity
2026-Jun-29, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-10072964/v1
PMID:42427858
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研究论文 | 该研究通过对32例无肌炎特异性抗体的狼疮性肌炎患者肌肉活检进行组织学、免疫组化、超微结构和空间转录组蛋白分析，揭示了狼疮性肌炎的病理特征，即I型干扰素驱动的坏死性肌病伴血管周围混合T/B细胞炎症 | 首次系统性地描述了狼疮性肌炎的病理特征，提出了'全束状坏死性肌病'这一高度可识别的模式，并发现MxA+/MHC I+/MHC II+免疫组化组合可可靠区分狼疮性肌炎与其他特发性炎症性肌病 | 样本量较小（32例肌肉活检），为单中心回顾性研究，需要更大规模的多中心验证队列来确认诊断标准的普适性 | 明确狼疮性肌炎的病理学特征，建立标准化的组织病理学标准和免疫组化标记物以区分狼疮性肌炎与其他特发性炎症性肌病 | 2010年至2023年间诊断为系统性红斑狼疮的1736例患者中，筛选出32例无肌炎特异性抗体的肌炎患者的肌肉活检标本，并与皮肌炎、免疫介导坏死性肌病、抗合成酶综合征及非疾病对照肌肉标本进行比较 | 数字病理学 | 狼疮性肌炎、系统性红斑狼疮 | 空间转录组学、免疫组化、电子显微镜 | NA | 图像、文本 | 32例狼疮性肌炎患者肌肉活检标本，并与其他炎症性肌病及非疾病对照肌肉标本进行比较（总筛查队列1736例系统性红斑狼疮患者） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 63 | 2026-09-23 |
Circulating T-follicular helper and type I regulatory T cells have overlapping phenotypes in P. falciparum malaria and are maintained by parasite exposure
2026-Jun-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.24.734380
PMID:42427645
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研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序和多参数流式细胞术，在高度暴露于疟疾的纵向队列中表征了疟疾特异性Tfh和Tr1细胞，并评估了传播中断后这些细胞的持续性 | 首次在疟疾中研究Tr1样Tfh细胞（Tfh10），发现疟疾特异性Tfh和Tr1细胞具有重叠的表型和转录特征，Tfh10细胞是疟疾特异性Tfh细胞的主要表型 | 研究仅基于高度暴露的纵向队列，样本量可能有限，且未深入探讨Tfh10细胞的功能机制 | 表征疟疾特异性Tfh和Tr1细胞，并评估传播中断后这些细胞的持续性 | 高度暴露于疟疾的个体 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序, 多参数流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 64 | 2026-09-23 |
Anti-amyloid immunotherapy drives APOE4 specific increases in glial reactivity, perivascular immune activation, and ARIA-like events
2026-Jun-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.26.734793
PMID:42427668
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研究论文 | 本研究利用EFAD小鼠模型，比较了抗淀粉样蛋白免疫治疗在不同APOE基因型（E2、E3、E4）中对淀粉样蛋白动态、ARIA样微出血及细胞和转录组反应的影响 | 首次直接比较抗淀粉样蛋白治疗在不同人类APOE基因型小鼠模型中的效果，结合单细胞和空间转录组学揭示了E4FAD小鼠神经血管单元的独特易感性及炎症免疫信号增加 | 研究基于小鼠模型，结果向人类临床转化的适用性需进一步验证 | 探究APOE4携带者对抗淀粉样蛋白免疫治疗相关ARIA事件易感性增加的机制 | 9个月龄的E2FAD、E3FAD和E4FAD小鼠 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学，空间转录组学 | NA | 图像，文本 | 9个月龄的E2、E3和E4FAD小鼠，接受12周每周注射chAdu或IgG对照 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 65 | 2026-09-23 |
A nucleolar stress gene signature enables quantitative scoring across multi-omics contexts
2026-06-29, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10528-x
PMID:42373768
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研究论文 | 该研究通过整合文献 curation 与多数据集筛选，定义了一个核仁应激基因签名，并开发了一个适用于 bulk 转录组学、单细胞转录组学、蛋白质组学和空间转录组学的核仁应激评分（NuS），在结直肠癌模型中验证了奥沙利铂诱导核仁应激、抑制 rRNA 合成并激活 p53 信号，且耐药细胞中反应减弱，结合核糖体生物发生活性评分（RiboSis）可分层肿瘤功能状态并与临床结果关联，还能优先筛选具有核仁应激诱导活性的化合物 | 首次定义核仁应激基因签名并开发了适用于多组学背景的定量评分 NuS，结合 RiboSis 评分捕捉核仁功能的不同维度，并应用于疾病分层和药物机制发现 | 摘要中未明确提及研究限制 | 开发一个定量框架来评估核仁应激，并展示其在疾病分层和药物机制发现中的应用 | 结直肠癌模型，以及多组学数据集（bulk 转录组、单细胞转录组、蛋白质组、空间转录组） | 机器学习，数字病理学 | 结直肠癌 | bulk 转录组学，单细胞转录组学，蛋白质组学，空间转录组学 | NA | 文本，图像 | NA | NA | bulk RNA-seq，single-cell RNA-seq，空间转录组学，蛋白质组学 | NA | NA |
| 66 | 2026-09-23 |
Clonal Metamorphosis: Deconstructing MPN Evolution with Single-Cell and Spatial Multi-Omics
2026-Jun-29, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-026-02246-9
PMID:42371175
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综述 | 本文综述了单细胞和空间多组学技术如何通过解析克隆结构、克隆内异质性和骨髓微环境重塑，揭示骨髓增殖性肿瘤从驱动突变到疾病演进的生态学机制 | 提出MPN发病的生态学模型：早期表观遗传事件创建允许性干细胞库，克隆竞争与协作塑造疾病进展，非细胞自主的微环境和免疫信号驱动恶性蜕变 | 作为综述文章，未提供原始实验数据验证所提出的生态学模型，且未系统讨论单细胞和空间多组学技术在临床转化中面临的技术挑战和标准化问题 | 综合单细胞和空间多组学技术的最新进展，解构MPN克隆演化机制，阐明从驱动突变到恶性转化的生态学模型，为预后评估和联合治疗提供新框架 | 骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者，包括向骨髓纤维化或继发性急性髓系白血病演进的病例 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞DNA测序, 单细胞转录组测序, 单细胞表观基因组测序, 空间转录组学, 多重蛋白质组学 | NA | 文本, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 67 | 2026-09-23 |
Single-cell transcriptomics reveals MAFB-driven macrophage reprogramming and immune divergence in recurrent glioblastoma
2026-Jun-29, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-026-16321-7
PMID:42374253
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研究论文 | 通过整合大规模单细胞转录组数据集，揭示了复发性胶质母细胞瘤中由MAFB驱动的CXCL3⁺肿瘤相关巨噬细胞重编程及免疫微环境差异 | 首次鉴定出复发性胶质母细胞瘤中特有的CXCL3⁺肿瘤相关巨噬细胞亚群，并确定MAFB为该状态的核心转录调控因子，通过体内实验验证了MAFB缺失可抑制颅内肿瘤生长并延长生存期 | 摘要中未明确说明研究的局限性 | 阐明胶质母细胞瘤复发过程中肿瘤相关巨噬细胞的活化状态和转录程序，揭示免疫微环境重塑机制 | 胶质母细胞瘤（GBM）患者样本中的肿瘤相关巨噬细胞及患者来源的GBM细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组测序、免疫组织化学、多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | 大规模单细胞转录组数据集及患者来源GBM细胞（具体样本量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2026-09-23 |
FGF Signaling Potentiates Müller Glia for Mammalian Retinal Regeneration
2026-Jun-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.26.731914
PMID:42427560
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研究论文 | 本文通过遗传学、药理学和单细胞转录组学方法，研究FGF信号在Müller胶质细胞重编程及哺乳动物视网膜再生中的功能 | 揭示FGF信号是哺乳动物视网膜再生的关键许可性调控因子，通过持续ERK激活和抑制多种抗再生转录程序（Hes1、S1pr1、p27、NF-κB、p300/CBP）来增强Müller胶质细胞的再生能力 | FGF信号单独激活不足以诱导Müller胶质细胞增殖，且STAT3/5抑制无法挽救FGF缺陷型Müller胶质细胞的再生 | 探究FGF信号在Müller胶质细胞重编程和哺乳动物视网膜再生中的作用及机制 | 小鼠视网膜Müller胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 视网膜损伤与疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 69 | 2026-09-23 |
Spatial co-expression and cell-cell communication inference from spatially resolved transcriptomics with CONCISE
2026-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.22.733860
PMID:42395397
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研究论文 | 该文提出了一种统计方法CONCISE，用于从空间转录组数据中推断空间受限的共表达和配体-受体相互作用，并联合建模空间自相关、总分子计数变异、测量误差和空间邻近约束 | CONCISE联合建模空间自相关、总分子计数变异、测量误差和空间邻近约束，结合基于矩的参数估计与解析假设检验，无需严格的分布假设即可实现快速且统计严谨的推断，并有效控制假阳性 | 摘要中未明确说明该方法的局限性 | 解决空间转录组数据中空间配体-受体相互作用推断因空间自相关、总分子计数变异和测量误差导致假阳性升高的问题，实现可靠的空间共表达和细胞间通讯推断 | 空间转录组数据，包括肠道炎症和非小细胞肺癌的MERFISH和CosMx高分辨率数据集 | 空间转录组学 | 非小细胞肺癌, 肠道炎症 | 空间转录组学, MERFISH, CosMx | 统计模型 | 空间转录组数据, 图像 | NA | Vizgen, NanoString | 空间转录组学 | MERFISH, CosMx | Vizgen MERFISH高分辨率空间转录组平台, NanoString CosMx空间分子成像平台 |
| 70 | 2026-09-23 |
Context-dependent correlations mislead transcriptomic network inference in bulk and single-cell data
2026-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.23.733936
PMID:42395486
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研究论文 | 该研究系统量化了在批量与单细胞转录组数据中，汇总相关系数因上下文异质性而发生方向反转的频率，揭示了辛普森悖论对共表达网络和miRNA-靶标推断的广泛影响 | 首次在大规模转录组数据（TCGA、GTEx、10x PBMC、CITE-seq）中系统量化了汇总相关系数相对上下文内相关性的方向反转率，覆盖miRNA-mRNA、基因-基因、蛋白-RNA多层关系，并证明上下文细分可显著降低反转 | 研究主要基于观察性相关性分析，未提供因果推断；反转率的量化依赖于上下文划分方式（如PAM50 vs IHC受体状态），划分粒度不同结果差异较大；仅提供了一个小型R接口，未开发完整的可视化或自动化分析流程；CITE-seq和单细胞数据仅涉及PBMC等有限组织 | 量化汇总皮尔逊相关系数在异质性样本中相对上下文内相关性发生方向反转的频率和程度，评估辛普森悖论对转录组网络推断的普遍影响 | TCGA中31个癌症队列的8,890个肿瘤样本、23,170,038对miRNA-mRNA关系、692,770个实验验证的miRTarBase v10靶标、GTEx组织样本、10x PBMC scRNA-seq数据、CITE-seq蛋白-RNA数据 | 机器学习 | 肺癌 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, CITE-seq | NA | 文本 | 8,890个TCGA肿瘤样本（31个癌症队列）、GTEx组织样本、10x PBMC scRNA-seq数据、CITE-seq数据 | 10x Genomics, Illumina | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, CITE-seq | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium Single Cell 3', CITE-seq（联合WNN细胞划分） |
| 71 | 2026-09-23 |
scVIP: personalized modeling of single-cell transcriptomes for developmental and disease phenotypes
2026-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.20.717759
PMID:42079230
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研究论文 | 该文提出了 scVIP，一个将基因表达、细胞类型组成与表型测量统一到单一概率模型中的生成模型，用于个体化表型预测和可解释的轨迹推断 | 采用细胞类型感知的多示例学习架构学习供体嵌入，在捕捉发育或疾病进程的同时将表型相关信号定位到特定细胞群，实现单细胞转录组与个体表型之间的显式跨尺度连接 | 文中未明确说明该方法的局限性 | 在个体水平上建立单细胞转录组与表型之间的桥接框架，实现准确的表型预测和可解释的轨迹推断 | 四个数据集场景中的个体样本，包括大脑皮层发育、亨廷顿病、阿尔茨海默病以及类风湿关节炎（ACPA 阳性个体与早期 RA 个体） | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞 RNA 测序 | 生成模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2026-09-23 |
IntegrateRigor: annotation-free integration optimization for cell identity recovery reveals cancer-immune interface niches
2026-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.14.725078
PMID:42182279
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研究论文 | 该文章提出了IntegrateRigor框架，用于跨批次单细胞和空间转录组学数据的无注释整合优化，以恢复细胞身份并揭示肿瘤微环境中的癌症-免疫界面生态位 | 提出了数据驱动、无注释、方法无关的整合优化框架IntegrateRigor；开发了基于基因似然的批次稳定性评分来选择跨批次稳定的基因；定义了数据集级别的整合评分，在无需先验注释的情况下平衡批次间变异去除与细胞身份保留 | 未明确提及 | 优化跨批次单细胞和空间转录组学数据的整合，以实现可靠的细胞身份恢复，包括细胞类型、亚型和状态 | 结直肠癌单细胞和空间转录组学数据及多种来源的批次变异数据集 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 73 | 2026-09-23 |
Compound models and Pearson residuals for single-cell RNA-seq data without UMIs
2026-Jun-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04161-4
PMID:42365288
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研究论文 | 提出复合模型和Pearson残差用于无UMI的单细胞RNA-seq数据归一化 | 将Pearson残差方法扩展到非UMI数据，通过复合分布建模扩增步骤，发现扩增分布遵循破碎幂律，捕捉了过度离散和零膨胀模式 | 未明确提及局限性 | 扩展Pearson残差方法到非UMI单细胞RNA-seq数据 | Smart-seq2数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 复合模型 | 计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq2 | NA |
| 74 | 2026-09-23 |
Spatial transcriptomics maps distinct signatures of human intermuscular adipose expansion in mice
2026-Jun-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.04.16.26351017
PMID:42064925
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研究论文 | 该研究利用人类肌间脂肪组织的批量转录组学鉴定出独特基因特征及调控因子EBF2，并将该人类特征映射至患有心血管代谢疾病小鼠的肌间脂肪组织空间转录组，揭示了围绕肌纤维的离散基质微环境及其在肌间脂肪扩张中的空间组织重塑机制 | 首次将人类肌间脂肪组织的批量转录组特征映射到小鼠空间转录组，揭示了肌间脂肪扩张过程中围绕肌纤维的离散基质微环境，发现纤维-脂肪祖细胞丰度不能预测脂肪细胞形成，支持局部和情境依赖的谱系转变模型，并证明EBF2足以诱导人原代成肌细胞的脂肪生成重编程 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 阐明肌间脂肪组织扩张的细胞组织和调控机制，并建立跨物种验证框架 | 人类肌间脂肪组织、心血管代谢疾病小鼠的肌间脂肪组织、人原代成肌细胞 | 空间转录组学 | 心血管代谢疾病 | 批量转录组学、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 75 | 2026-09-23 |
SPEAK: Spatial Prompting with Expert Aligned Knowledge for Tissue Domain Identification in Spatial Transcriptomics
2026-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.22.733750
PMID:42395348
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研究论文 | 提出SPEAK方法，利用大语言模型和专家知识从空间转录组数据中识别空间域 | 结合大语言模型先验知识和人类专家知识，通过两阶段提示实现零样本推理、专家引导微调和原型更新，构建基于邻近细胞类型的空间上下文提示 | 未明确说明 | 从空间转录组数据中识别空间域，以支持组织微环境下游分析 | 空间转录组数据中的细胞/spot | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 大语言模型 | 空间转录组数据、文本 | 多个数据集（STARmap、Visium、MERFISH、Xenium） | NA | 空间转录组学 | STARmap, Visium, MERFISH, Xenium | NA |
| 76 | 2026-09-23 |
Early Immune Hypoactivation and Persistent Innate Reprogramming Characterize Chronic Chikungunya Disease
2026-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.22.733701
PMID:42395536
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研究论文 | 该研究通过对基孔肯雅病毒感染者进行纵向免疫分析，揭示了慢性基孔肯雅病与早期先天免疫低激活及持续性先天免疫重塑相关的免疫机制 | 首次通过单细胞RNA测序结合多重血浆细胞因子和流式细胞术分析，纵向追踪基孔肯雅病毒感染者从急性期到感染后六个月的免疫动态变化，揭示了慢性进展者早期先天免疫低激活及持续性先天免疫重塑的特征 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究基孔肯雅病毒感染后由急性期向慢性基孔肯雅病转变的免疫学机制 | 基孔肯雅病毒感染者，按临床结局分为慢性进展者和非慢性患者 | 机器学习 | 基孔肯雅病 | 单细胞RNA测序、多重血浆细胞因子检测、流式细胞术分析 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2026-09-23 |
Local and circulating cytotoxic CD4+ T cells are early markers of disease activity in pediatric Crohn's disease
2026-Jun-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.06.16.26354238
PMID:42396287
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研究论文 | 该研究通过对未治疗的小儿炎症性肠病患者进行单细胞RNA测序，发现了一种独特的细胞毒性CD4 T细胞群，其在克罗恩病和溃疡性结肠炎患者的炎症肠道中富集，并与抗TNF治疗的不良预后相关 | 首次在未治疗的小儿炎症性肠病患者中鉴定出细胞毒性CD4 T细胞（CD4 CTL）群，揭示了其克隆扩增和抗原驱动激活特征，发现巨噬细胞来源的IL-27是CD4 CTL分化的关键因子，并设计了简单的流式细胞术panel用于分离血液CD4 CTL | 摘要中未明确提及研究局限性 | 旨在通过分子和细胞分层提高炎症性肠病的精准治疗，探索小儿克罗恩病疾病活动的早期标志物 | 未治疗的小儿炎症性肠病患者（包括克罗恩病和溃疡性结肠炎）、肠脑互动障碍对照者和健康供者 | 单细胞转录组学、免疫学 | 克罗恩病、溃疡性结肠炎、炎症性肠病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、临床数据 | 107名参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2026-09-23 |
Decoding the association between platinum resistance and HPV status in cervical cancer using organoid models
2026-Jun-26, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-026-02665-w
PMID:42363253
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研究论文 | 该研究利用宫颈癌类器官模型，结合单细胞RNA测序，揭示了非HPV16高危型HPV感染与铂类耐药之间的关联及其潜在分子机制 | 成功建立了37个宫颈癌类器官，并发现非HPV16高危型HPV感染的类器官对铂类药物耐药性增强，揭示了DNA修复增强、PI3K/AKT通路激活和凋亡抑制是潜在机制，并证明PI3K/AKT抑制剂BYL719可增强该类患者的铂类疗效 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究HPV感染状态与宫颈癌铂类耐药之间的关联及其分子机制，为个性化治疗提供依据 | 宫颈癌类器官（CCOs）及其对应的亲本肿瘤组织 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、药物敏感性检测、类器官培养 | NA | 图像、文本（基因组数据、转录组数据） | 37个宫颈癌类器官，其中27个用于表征和药物敏感性检测 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 79 | 2026-09-23 |
Transcriptional heterogeneity predicts and enables clonal selection in ageing haematopoiesis
2026-Jun-25, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-10046174/v1
PMID:42396490
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研究论文 | 结合可遗传谱系追踪与单细胞RNA测序，构建scCloneVar计算框架，研究衰老造血干细胞中转录异质性与克隆选择的关系 | 开发了scCloneVar计算框架，通过估计均值校正后的基因表达方差识别差异变异基因，首次发现克隆内姐妹细胞间的转录变异性而非平均转录状态能预测衰老相关的克隆选择，且该预测能力超越了平均表达差异 | 研究主要基于小鼠模型，人类HSC数据验证有限；DVG相关程序的保守性需更多人类样本验证；克隆命运预测的精确度和临床应用价值尚需进一步评估 | 探究克隆内姐妹细胞间的转录变异性（而非平均转录状态）是否是预测衰老相关克隆选择的属性，以造血干细胞为测试案例 | 造血干细胞克隆，包括异时移植和同时移植模型中的小鼠HSC及人类HSC | 机器学习 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序，可遗传谱系追踪 | scCloneVar计算框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 80 | 2026-09-23 |
Ambiguity-Aware Multi-Stage Cell-Type Annotation for Spatial Transcriptomics
2026-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.21.733596
PMID:42395369
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研究论文 | 该论文提出了一个面向空间转录组学的模糊性感知多阶段细胞类型注释框架，结合混合空间特征聚类、受约束的语言模型推理以及基于标记覆盖率、候选分离度和熵的置信度评分，对低置信度聚类进行选择性精炼，并将无法解析的聚类保留为混合状态而非强制标注 | 提出了模糊性感知的多阶段注释框架，不强制每个聚类只能有一个标签，而是显式量化并保留生物学上有意义的模糊性；结合了混合空间特征聚类与受约束的轻量级语言模型推理；引入基于标记覆盖率、候选分离度和熵的置信度评分；对低置信度聚类通过模糊区域局部重聚类进行选择性精炼，未解析聚类保留为混合状态；空间消融实验证明拓扑整合优于仅基于特征的基线方法 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 解决空间转录组学中细胞类型注释面临的异质性表达谱、混合细胞群体和过渡状态等挑战，实现稳健且可靠的细胞类型注释 | 10x Genomics Xenium 空间转录组数据，来源于胆管癌组织 | 空间转录组学 | 胆管癌 | 空间转录组学 | 语言模型 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Genomics Xenium 空间转录组学平台 |