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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-06-30 |
Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human BAL Cells by Single-Cell RNA Sequencing
2025-07, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA
PMID:40392631
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研究论文 | 比较基于液滴和微孔两种方法对冷冻保存的人支气管肺泡灌洗液细胞进行单细胞RNA测序的分析效果 | 首次系统比较了液滴法和微孔法在冷冻保存人BALF细胞进行单细胞RNA测序中的性能差异,并评估了两种方法对不同细胞类型的转录本捕获能力 | 样本量较小(仅4例BALF样本),且液滴法初始需要更多细胞用于固定和冷冻保存 | 克服使用新鲜人样本进行单细胞RNA测序的后勤挑战,比较两种冷冻保存和测序方法的可行性 | 人支气管肺泡灌洗液细胞,包括肺泡巨噬细胞、上皮细胞、肥大细胞、T细胞、中性粒细胞和嗜酸性粒细胞 | 单细胞转录组学 | 肺部疾病(支气管肺泡灌洗相关诊断) | 单细胞RNA测序,液滴法,微孔法 | NA | 单细胞转录组数据 | 4例人支气管肺泡灌洗液样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 液滴法使用10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 62 | 2026-06-30 |
Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis
2025-06, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC
PMID:39642371
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研究论文 | 揭示表观遗传调节因子CBX5促进肺成纤维细胞代谢重编程并抑制肺纤维化的机制 | 首次发现CBX5连接表观遗传异常与代谢失调,驱动成纤维细胞持续活化,并验证其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,需进一步在人体中验证CBX5抑制剂的疗效和安全性 | 阐明表观遗传调节因子CBX5如何调控成纤维细胞代谢反应,促进肺纤维化进展 | 特发性肺纤维化(IPF)患者和博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中的肺成纤维细胞 | 机器学习 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫组织化学、代谢评估 | NA | 基因表达数据、组织切片图像 | IPF患者肺组织和小鼠肺组织样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序平台用于单细胞RNA测序,Illumina NovaSeq用于批量RNA测序 |
| 63 | 2026-06-30 |
Comprehensive Multi-Omics Analysis of Copper Metabolism Related Molecular Subtypes and Prognostic Risk Stratification in Colon Adenocarcinoma
2025-05, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70591
PMID:40391581
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研究论文 | 对结肠腺癌中铜代谢相关分子亚型进行综合多组学分析并构建预后风险分层模型 | 首次基于铜代谢相关基因全面分析结肠腺癌的分子亚型并构建预后风险模型,结合单细胞测序揭示铜代谢基因在肿瘤微环境中的空间和细胞分布,并通过体外实验验证COX19基因促进肿瘤细胞侵袭和增殖的功能 | 研究主要基于公共数据库数据,缺乏大规模独立临床样本的外部验证,体外实验未进行动物模型验证 | 探究铜代谢相关基因在结肠腺癌预后和肿瘤微环境中的作用机制 | 结肠腺癌细胞和组织样本 | 机器学习 | 结肠癌 | RNA-seq, 单细胞测序, western blot, PCR, siRNA, 集落形成实验, Transwell实验 | 风险模型 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | TCGA和GEO数据库中的结肠腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2026-06-30 |
Deciphering the Complexities of Pulmonary Hypertension: The Emergent Role of Single-Cell Omics
2025-01, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0145PS
PMID:39141563
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综述 | 本文综述了单细胞组学在肺动脉高压研究中的关键进展,深入探讨了这些技术如何开启理解这一复杂疾病的新纪元 | 通过单细胞转录组学技术,以更高分辨率解析肺部的细胞生态系统,识别传统批量分析中隐藏的新型治疗靶点,并利用连接组分析揭示细胞相互作用和亚型转化 | 包括需要提高单细胞RNA测序分辨率以捕捉更细微的细胞变化,克服人体组织样本处理的后勤障碍,以及整合多种组学方法的必要性 | 阐述单细胞组学在肺动脉高压研究中的应用和前景,推动精准医疗的实现 | 肺动脉高压相关的细胞类型,如内皮细胞、平滑肌细胞、周细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 综述论文,未涉及具体样本量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 65 | 2026-06-30 |
LSD1/KDM1A and GFI1B repress endothelial fate and induce hematopoietic fate in induced pluripotent stem cell-derived hemogenic endothelium
2024-12-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2024.285214
PMID:38961746
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研究论文 | 研究LSD1/KDM1A和GFI1B在诱导多能干细胞来源的血源性内皮细胞中抑制内皮命运并诱导造血命运的作用 | 发现LSD1/KDM1A和GFI1B在内皮-造血转化过程中不同细胞亚群的不同时间点发挥作用,且GFI1B在未定型血源性内皮细胞中不表达但异位表达可促进部分造血特化 | 未明确GFI1B在未定型血源性内皮细胞中不表达时的具体调控机制,且造血输出完全缺失的条件仅限于健康细胞系中LSD1/KDM1A抑制 | 阐明转录因子GFI1B及其辅因子LSD1/KDM1A在内皮-造血转化中的调控机制 | 诱导多能干细胞来源的血源性内皮细胞 | 数字病理学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 患者来源的iPSC系(GFI1B Q287*功能缺失)和健康iPSC系 | 不适用 | 单细胞RNA-seq | 不适用 | 不适用 |
| 66 | 2026-06-30 |
Beyond the Heartbeat: Single-Cell Omics Redefining Cardiovascular Research
2024-11, Current cardiology reports
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s11886-024-02117-3
PMID:39158785
|
综述 | 综述单细胞组学技术在人类心脏各区域的应用进展,揭示细胞多样性、调控网络和疾病机制 | 系统整合单细胞转录组学、基因组学、蛋白质组学、表观基因组学和空间转录组学在心脏研究中的贡献,强调整合单细胞组学在心脏再生、疾病建模和精准医学中的转化潜力 | 未明确说明局限性 | 探索单细胞组学技术在人类心脏研究中的应用,阐明细胞组成、异质性和分子动态 | 人类心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞组学 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞转录组学, 单细胞基因组学, 单细胞蛋白质组学, 单细胞表观基因组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 67 | 2026-06-30 |
s CIRCLE-An interactive visual exploration tool for single cell RNA-Seq data
2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae084
PMID:39022325
|
研究论文 | CIRCLE是一款用于单细胞RNA-seq数据探索性分析的交互式可视化工具,特别关注细菌单细胞RNA-seq | 从信息设计角度重新构想单细胞RNA-seq数据低维表示的视觉和交互式探索,提供实时3D和2D投影及丰富的元数据查询功能 | 未提及具体局限性 | 开发用于单细胞RNA-seq数据探索性分析的交互式可视化工具 | 单细胞RNA-seq数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 68 | 2026-06-30 |
Cell Culture Differentiation and Proliferation Conditions Influence the In Vitro Regeneration of the Human Airway Epithelium
2024-09, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2023-0356MA
PMID:38843491
|
研究论文 | 本研究评估不同培养基对气液界面培养的人气道上皮细胞类型分布的影响 | 首次使用单细胞RNA测序全面比较四种培养基对气道上皮细胞组成、基因表达、信号传导和形态的影响,并揭示增殖培养基对分泌细胞命运的决定作用 | 未提及具体局限性 | 评估不同培养基对气液界面培养的人气道上皮细胞分化和增殖的影响 | 人原代气道上皮细胞 | 数字病理学 | 呼吸道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | 使用原代细胞培养,未明确样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞RNA测序 |
| 69 | 2026-06-30 |
Lung Fibrosis Is Linked to Increased Endothelial Cell Activation and Dysfunctional Vascular Barrier Integrity
2024-09, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0046OC
PMID:38843440
|
研究论文 | 通过透射电子显微镜、免疫组织化学和单细胞RNA测序分析肺纤维化患者与供体肺血管差异,揭示内皮细胞异常活化及血管屏障功能障碍 | 首次系统阐明肺纤维化中不同内皮亚群(动脉、静脉、毛细血管、肺泡细胞)的基因表达变化及其与血管屏障功能的关系 | 未揭示内皮功能障碍与纤维化进展的因果关系,且样本量有限 | 探究肺纤维化中肺血管内皮细胞的病理变化及其在疾病发病机制中的作用 | 肺纤维化患者和健康供体的肺组织及血浆样本 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、透射电子显微镜、免疫组织化学、ELISA | NA | 图像、文本、数值 | 肺纤维化患者与健康供体肺组织及血浆样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2026-06-30 |
Lipid Deficiency Contributes to Impaired Alveolar Progenitor Cell Function in Aging and Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-08, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2023-0290OC
PMID:38657143
|
研究论文 | 研究发现脂质代谢缺乏导致衰老和特发性肺纤维化中肺泡祖细胞功能受损 | 通过单细胞RNA测序首次揭示特发性肺纤维化患者和老年小鼠肺泡II型细胞中脂质代谢相关基因下调,并证实脂质补充可增强祖细胞更新能力 | 未明确脂质代谢恢复对体内肺纤维化治疗效果的验证 | 探究脂质代谢在肺泡祖细胞功能维持及特发性肺纤维化发病中的作用 | 来自特发性肺纤维化患者和健康供体的人类肺泡II型细胞,以及博来霉素损伤的年轻和老年小鼠肺泡II型细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色,流式细胞术,三维类器官培养 | NA | 基因表达数据、图像 | 人类样本:多个特发性肺纤维化患者和健康供体;小鼠样本:不同年龄组博来霉素损伤模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 71 | 2024-08-07 |
Lung Single-Cell Transcriptomics in Alpha-1 Antitrypsin Deficiency
2024-08, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0064LE
PMID:39087828
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2026-06-30 |
Activated Clec4nhi Neutrophils Aggravate Lung Injury in an Endothelial IGFBP7-Dependent Manner
2024-07, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0017OC
PMID:38574235
|
研究论文 | 发现活化的Clec4n高表达中性粒细胞通过内皮IGFBP7依赖性方式加重肺损伤 | 首次揭示IGFBP7在内皮细胞亚型中的差异表达及其在急性肺损伤中的致病机制,并发现Clec4n高表达中性粒细胞的新角色 | 研究主要基于小鼠模型,其结论在人类患者中的验证尚未进行 | 探究急性肺损伤中内皮细胞不同亚型的作用及IGFBP7的分子机制 | 脂多糖诱导的急性肺损伤小鼠模型 | 机器学习 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2026-06-30 |
Characterizing enteric neurons in dopamine transporter (DAT)-Cre reporter mice reveals dopaminergic subtypes with dual-transmitter content
2024-05, The European journal of neuroscience
DOI:10.1111/ejn.16307
PMID:38487941
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研究论文 | 利用DAT-Cre报告小鼠对肠神经元进行特征描述,揭示了具有双递质含量的多巴胺能亚型 | 首次利用DAT-Cre报告小鼠系全面表征肠道多巴胺神经元,结合免疫荧光、单细胞转录组学和原位杂交技术,发现了ENS特有的新型多巴胺神经元亚群(ChAT/DAT-tdTomato阳性,表达Grp、Calcb和Sst) | 需要进一步研究以明确这些多巴胺能肠道神经元的功能特征及其在疾病中的作用 | 全面表征肠道多巴胺神经元的特征、亚型及其在疾病中的意义 | DAT-Cre报告小鼠的肠道多巴胺神经元 | 数字病理学 | NA | 免疫荧光, 单细胞转录组学, 原位杂交 | NA | 图像, 文本 | DAT-Cre报告小鼠(具体样本量未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 74 | 2026-06-30 |
Space-feature measures on meshes for mapping spatial transcriptomics
2024-04, Medical image analysis
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.media.2023.103068
PMID:38176357
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研究论文 | 本文提出了空间-特征测量LDDMM算法,用于将空间转录组数据映射到标准图谱的共同坐标系中 | 首次开发了用于计算微分同胚空间中测地线的空间-特征测量LDDMM算法,扩展了LDDMM算法家族,实现了跨模态的转录组数据与标准图谱的对齐 | 未在文中明确提及 | 实现分子和细胞尺度的空间转录组数据与组织尺度标准图谱的整合对齐 | 小鼠大脑的空间转录组数据 | 计算机视觉 | NA | MERFISH | LDDMM | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | MERFISH | MERFISH显微成像技术 |
| 75 | 2026-06-30 |
scRNA-Seq: First Atlas and Cellular Landscape of Lacrimal Sac: Implications in Primary Acquired Nasolacrimal Duct Obstruction Pathogenesis
2024-03-05, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.65.3.38
PMID:38551583
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建泪囊首次细胞图谱,揭示原发性获得性鼻泪管阻塞发病机制中的细胞转录变化 | 首次构建泪囊细胞图谱,阐明PANDO不同炎症阶段T细胞、B细胞和上皮细胞的转录变化及细胞间信号网络 | 样本量较小(仅5例患者),可能未完全覆盖疾病异质性 | 阐明原发性获得性鼻泪管阻塞发病机制中的细胞转录变化和潜在驱动因素 | 泪囊组织中的上皮细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 原发性获得性鼻泪管阻塞 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5例患者的泪囊样本,共25,791个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 76 | 2026-06-30 |
Mutual Regulation of Transcriptomes between Murine Pneumocytes and Fibroblasts Mediates Alveolar Regeneration in Air-Liquid Interface Cultures
2024-03, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2023-0078OC
PMID:38051640
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研究论文 | 通过气液界面共培养模型,研究鼠肺上皮细胞与成纤维细胞之间的转录组相互调控,揭示肺泡再生机制 | 利用单细胞转录组学首次揭示共培养中成纤维细胞促进肺泡2型细胞标志物表达、Etv5调控子激活及Club细胞向肺泡细胞转分化,并发现NF-κB通路和IL-6在成纤维细胞中上调 | 基于体外共培养模型,可能无法完全模拟体内复杂微环境;未涉及体内验证 | 理解成纤维细胞与肺上皮细胞在肺泡再生过程中的相互作用机制 | 小鼠肺上皮细胞(肺泡2型细胞和Club细胞)与成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | 慢性肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量(小鼠气液界面培养模型) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2026-06-30 |
Predicting Radiation-Induced Lung Injury in Patients With Lung Cancer: Challenges and Opportunities
2024-03-01, International journal of radiation oncology, biology, physics
DOI:10.1016/j.ijrobp.2023.10.044
PMID:37924986
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综述 | 探讨预测肺癌患者放射性肺损伤的挑战与机遇 | 结合细胞因子评估、γH2AX检测、表观遗传标记以及CT密度测定、FDG-PET摄取等工具,提出通过组学技术、单细胞RNA测序等新技术加速生物标志物发现,实现个性化治疗决策 | 缺乏对放射性肺损伤的客观定义,且其发生机制尚不完全清楚 | 探讨肺癌放疗中放射性肺损伤的预测方法及其临床应用的挑战与前景 | 肺癌患者放射性肺损伤的预测 | 机器学习 | 肺癌 | NA | NA | NA | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序 |
| 78 | 2026-06-30 |
Cellular Senescence Contributes to the Progression of Hyperoxic Bronchopulmonary Dysplasia
2024-02, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2023-0038OC
PMID:37874230
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研究论文 | 本研究探讨细胞衰老在支气管肺发育不良(BPD)进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序证明高氧诱导的BPD中多种细胞类型(包括2型肺泡细胞)存在细胞衰老,并验证Foxo4-p53结合增加 | 未提及具体限制 | 验证细胞衰老是否促进高氧性支气管肺发育不良的进展 | 人类尸检肺组织及暴露于95%氧气的Sprague-Dawley新生大鼠 | 数字病理学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序, 组织学, 转录组学, 免疫印迹 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 人类尸检肺组织及新生大鼠(P1-P10) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 79 | 2026-06-30 |
Inferring Gene Regulatory Networks and Predicting the Effect of Gene Perturbations via IQCELL
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2022_465
PMID:36790623
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方法论文 | 提出IQCELL平台,从单细胞RNA测序数据推断布尔基因调控网络,并可模拟正常和扰动条件下的网络行为 | 提供了一个从原始数据集开始实现IQCELL的详细指南,包括数据处理、信息基因推断、基因调控网络推断以及在正常和扰动条件下的网络模拟 | NA | 提供一种从单细胞RNA测序数据推断布尔基因调控网络并预测基因扰动效应的平台 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 布尔网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 80 | 2026-06-30 |
Single-Cell mRNA-sncRNA Co-sequencing of Preimplantation Embryos
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2023_487
PMID:37278916
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研究论文 | 提出了一种单细胞mRNA-sncRNA共测序方法,用于研究植入前胚胎的细胞动力学 | 首次在同一胚胎单细胞中同时进行mRNA和小非编码RNA测序,实现了多组学联合分析 | 未提及具体限制,但可能涉及技术复杂性和细胞损伤风险 | 开发单细胞多组学方法以深入理解植入前胚胎发育的细胞动态 | 小鼠和人类的植入前胚胎单个细胞 | 数字病理学 | 不适用 | Smart-Seq2, Small-Seq | 不适用 | 转录组数据, 小非编码RNA数据 | 单个胚胎细胞(具体数量未提及) | 不适用 | 单细胞RNA-seq, 单细胞小非编码RNA-seq | Smart-Seq2, Small-Seq | 在同一个胚胎单细胞上依次进行Smart-Seq2和Small-Seq |