单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30500 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-08-30 |
Central control of dynamic gene circuits governs T cell rest and activation
2025-Jan, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08314-y
PMID:39663454
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研究论文 | 通过CRISPR筛选和单细胞转录组学揭示MED12作为动态调控枢纽，控制T细胞静息与激活状态转换的基因回路 | 首次在多个人类CD4 T细胞背景下进行CRISPR筛选，发现90%的IL-2Rα调控因子具有条件依赖性效应，并鉴定MED12作为通过组蛋白甲基化动态协调T细胞状态转换的关键因子 | 研究主要聚焦于IL-2Rα调控网络，可能未覆盖T细胞状态转换的全部调控机制；基于体外实验，体内验证尚需进一步研究 | 解析T细胞在不同状态下的动态基因调控网络，揭示细胞身份维持和环境应答的分子机制 | 人类原代CD4 T细胞，包括促炎效应T细胞和抗炎调节T细胞 | 分子生物学 | 免疫相关疾病 | CRISPR筛选，单细胞转录组学，免疫沉淀-质谱分析 | NA | 基因组数据，转录组数据，蛋白质互作数据 | 多个人类原代CD4 T细胞背景下的CRISPR筛选样本 |
| 62 | 2025-08-30 |
Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models
2024-Dec-31, Biostatistics (Oxford, England)
DOI:10.1093/biostatistics/kxaf024
PMID:40795862
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研究论文 | 开发了一种基于广义双线性模型的单细胞RNA测序数据降维新方法scGBM | 提出使用泊松双线性模型直接建模计数数据，并引入快速估计算法实现百万级细胞数据的可扩展处理，同时量化潜在位置的不确定性 | NA | 解决单细胞RNA测序数据降维中由标准方法引起的虚假异质性和计算不可行性问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 广义双线性模型(GBM), 泊松双线性模型 | 基因表达计数数据 | 可扩展至百万级细胞数据集 |
| 63 | 2025-08-30 |
Decoding the mosaic of inflammatory bowel disease: Illuminating insights with single-cell RNA technology
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.07.011
PMID:39421242
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综述 | 本文综述单细胞RNA测序技术在炎症性肠病研究中的进展与应用 | 整合单细胞转录组、蛋白质组、T细胞受体谱和表观遗传分析，提供IBD发病机制的全面视角 | 缺乏纵向研究数据，多技术整合仍存挑战，微生物单细胞RNA测序潜力待挖掘 | 增强对炎症性肠病发病机制的理解并推动精准医疗 | 炎症性肠病（IBD）患者及相关细胞群体 | 生物医学 | 炎症性肠病 | scRNA-seq, 单细胞蛋白质组学, T细胞受体分析, 表观遗传分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 64 | 2025-08-30 |
MultiSC: a deep learning pipeline for analyzing multiomics single-cell data
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae492
PMID:39376034
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研究论文 | 提出一种名为MultiSC的深度学习流程，用于整合和分析多组学单细胞数据 | 开发了新型多模态约束自编码器和矩阵分解模型，有效整合基因表达、染色质可及性和蛋白质表达三种组学数据 | NA | 解决多组学单细胞数据整合分析工具缺乏的问题 | 单细胞多组学数据（以NEAT-seq技术产生的数据为例） | 机器学习 | NA | NEAT-seq, 多组学测序 | 多模态约束自编码器, 矩阵分解模型(scMF), 多元线性回归 | 多组学数据（基因表达、染色质可及性、蛋白质表达） | NA |
| 65 | 2025-08-30 |
Methods to Enable Spatial Transcriptomics of Bone Tissues
2024-May-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66850
PMID:38767376
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研究论文 | 本文提出了一种处理骨组织样本以生成高质量空间转录组数据的方法 | 开发了针对硬骨组织的特殊处理方法，解决了传统方法在RNA保存和组织形态学维持上的难题，并扩展了该方法至石蜡包埋样本 | NA | 实现骨组织的空间转录组分析 | 骨组织样本，包括新鲜样本和石蜡包埋样本 | 空间转录组学 | 骨肉瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据，组织形态学数据 | 骨肉瘤原发肿瘤和肺转移样本（具体数量未明确说明） |
| 66 | 2025-08-30 |
Integrating single-cell and spatial analysis reveals MUC1-mediated cellular crosstalk in mucinous colorectal adenocarcinoma
2024-05, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1701
PMID:38778448
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间分析技术，揭示了黏液性结直肠腺癌中MUC1介导的细胞间相互作用机制 | 首次结合单细胞RNA测序与空间转录组学系统解析MCA肿瘤微环境，发现MUC1+恶性细胞与ZEB1+内皮细胞的关键互作 | 研究样本量有限，需进一步扩大队列验证发现 | 深入理解黏液性结直肠腺癌的细胞水平转录动态，以开发特异性治疗策略 | 黏液性结直肠腺癌患者的肿瘤微环境中的基质细胞和免疫细胞 | 数字病理 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 3D生物打印, 免疫荧光染色 | NA | 转录组数据, 空间数据 | 队列数据（具体数量未明确说明） |
| 67 | 2025-08-30 |
Melanocyte stem cells in the skin: Origin, biological characteristics, homeostatic maintenance and therapeutic potential
2024-05, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1720
PMID:38778457
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综述 | 本文全面概述了皮肤黑色素细胞干细胞（MSCs）的起源、生物学特性、稳态维持及治疗潜力 | 重点突出了单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9技术和实用模型在MSCs研究中的最新进展与应用价值 | NA | 探讨MSCs在皮肤色素性疾病和再生医学中的临床应用潜力 | 哺乳动物毛囊、表皮或汗腺中的黑色素细胞干细胞 | 再生医学 | 皮肤色素性疾病（如白发、白癜风、黑色素瘤） | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9 | NA | NA | NA |
| 68 | 2025-08-30 |
Landscape of gut mucosal immune cells showed gap of follicular or memory B cells into plasma cells in immunological non-responders
2024-05, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1699
PMID:38783408
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了HIV感染者肠道黏膜免疫细胞，揭示了免疫无应答者中滤泡或记忆B细胞向浆细胞分化的缺陷 | 首次在单细胞水平描绘HIV感染者肠道黏膜免疫细胞图谱，并发现免疫无应答者中IGKC+IgA+浆细胞亚群减少及B细胞分化障碍 | 样本量较小（仅17例参与者），且仅为观察性研究无法确定因果关系 | 探究HIV感染者抗逆转录病毒治疗后肠道黏膜免疫细胞在免疫恢复中的作用 | HIV阴性对照者、免疫应答者及免疫无应答者的肠道黏膜免疫细胞 | 免疫学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序、免疫组化、16S rRNA基因测序、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、微生物组数据、流式细胞数据 | 5名HIV阴性对照、9名免疫应答者、3名免疫无应答者（共54,475个免疫细胞） |
| 69 | 2024-08-07 |
Integrated single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics analysis reveals the tumour microenvironment in patients with endometrial cancer responding to anti-PD-1 treatment
2024-04, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1668
PMID:38649737
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2025-08-30 |
Regulatory T cells in skin mediate immune privilege of the hair follicle stem cell niche
2024-01-05, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adh0152
PMID:38181095
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研究论文 | 本研究揭示皮肤中调节性T细胞（Treg）通过高亲和力IL-2受体介导的细胞外机制，保护毛囊干细胞巢免受自身免疫攻击 | 开发了皮肤特异性Treg基因重组技术，首次证明非淋巴器官中存在局部免疫耐受机制，并发现IL-2信号通路在毛囊干细胞保护中的关键作用 | 人类脱发症样本仅涉及罕见类型，模型可能无法完全代表所有自身免疫性脱发病理 | 探究皮肤组织中自身免疫耐受的维持机制及其对毛囊干细胞的保护作用 | 小鼠皮肤调节性T细胞、毛囊干细胞巢、人类脱发症病理样本 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 空间转录组学、遗传重组技术 | NA | 基因表达数据、组织病理数据 | 小鼠模型及人类罕见脱发症样本（具体数量未明确说明） |
| 71 | 2025-08-30 |
Denoising sparse microbial signals from single-cell sequencing of mammalian host tissues
2023-Sep, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00507-1
PMID:37946872
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研究论文 | 开发SAHMI计算方法，从哺乳动物组织单细胞测序数据中识别真实微生物信号并过滤污染物 | 提出首个专门用于从标准转录组测序中区分真实微生物核酸与污染物的计算工具SAHMI | NA | 解决宿主-微生物组生态系统研究中微生物信号与污染物区分的技术难题 | 哺乳动物组织中的微生物核酸 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序、空间基因组测序、转录组测序 | NA | 基因组测序数据 | NA |
| 72 | 2025-08-30 |
Drosophila Voltage-Gated Sodium Channels Are Only Expressed in Active Neurons and Are Localized to Distal Axonal Initial Segment-like Domains
2020-10-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0142-20.2020
PMID:32928889
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研究论文 | 本研究通过基因标记和单细胞转录组分析，揭示了果蝇电压门控钠通道Para仅在活跃神经元中表达，并定位于轴突远端起始段样结构 | 首次在无脊椎动物神经元中发现远端轴突段（DAS）作为动作电位起始位点，并证明Para钠通道的表达与神经元活性状态相关 | 研究主要基于果蝇模型，结论在其它无脊椎动物中的普适性需进一步验证 | 探究无脊椎动物神经元中动作电位的起始位点和钠通道的表达模式 | 果蝇（Drosophila）胚胎期、幼虫期和成年期中枢神经系统神经元 | 神经科学 | NA | intronic-Mediated Integration Cassette基因标记、单细胞RNA测序、全细胞膜片钳电生理记录 | NA | 基因表达数据、转录组数据、电生理数据 | 果蝇胚胎期、幼虫期和成年期中枢神经系统神经元（具体数量未明确说明，但包含不同发育阶段） |
| 73 | 2025-08-30 |
A revised airway epithelial hierarchy includes CFTR-expressing ionocytes
2018-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0393-7
PMID:30069044
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，修订了小鼠气管上皮的细胞组成和层级结构，发现并鉴定了一种罕见细胞类型——Foxi1肺离子细胞 | 识别了新的罕见细胞类型（离子细胞），开发了结合scRNA-seq和谱系追踪的'pulse-seq'方法，并证实离子细胞是囊性纤维化跨膜传导调节因子（CFTR）的主要转录来源 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证 | 探究气道疾病的细胞基础，特别是囊性纤维化和哮喘相关的细胞类型与功能 | 小鼠气管上皮细胞 | 单细胞生物学 | 囊性纤维化 | scRNA-seq, in vivo lineage tracing, pulse-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 74 | 2025-08-29 |
Single-cell RNA sequencing of pig lung transplantation reveals macrophage ferroptosis in lung ischemia-reperfusion injury
2025-Sep, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
DOI:10.1016/j.healun.2025.04.011
PMID:40262727
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研究论文 | 通过猪肺移植单细胞RNA测序揭示巨噬细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的作用 | 建立猪原位单肺移植模型模拟长时间冷缺血再灌注损伤，并首次通过单细胞测序发现巨噬细胞铁死亡通路的显著富集 | 研究仅涉及猪模型，样本量和观察时间有限，未进行临床验证 | 研究肺移植后缺血再灌注损伤的病理机制并开发大型动物模型 | 猪肺移植模型及移植后的肺组织 | digital pathology | lung cancer | single-cell RNA sequencing, transmission electron microscopy | NA | RNA-seq数据，显微图像 | 猪肺移植模型（具体数量未明确说明） |
| 75 | 2025-08-29 |
Regulation of Collecting Lymphatic Vessel Contractile Function by TRPV4 Channels
2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322100
PMID:40371469
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研究论文 | 本研究探讨TRPV4通道在调控集合淋巴管收缩功能中的作用及其机制 | 首次揭示表达TRPV4的髓样细胞（包括LYVE1+巨噬细胞）与淋巴管细胞之间的交互作用介导淋巴收缩失调的新机制 | NA | 探究TRPV4通道在淋巴系统疾病中的功能角色和分子机制 | 小鼠集合淋巴管及乳腺癌相关淋巴水肿患者活检组织 | 生物医学 | 淋巴水肿 | 单细胞RNA测序、Cre-lox基因敲除、共聚焦显微镜、细胞内钙活性测量 | NA | 基因表达数据、显微图像、功能实验数据 | 小鼠模型及人类乳腺癌相关淋巴水肿患者活检样本 |
| 76 | 2025-08-29 |
Lamin A/C Expression in Hematopoietic Cells Declines During Human Aging and Constrains Atherosclerosis in Mice
2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322893
PMID:40605747
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研究论文 | 本研究探讨了人类衰老过程中造血细胞lamin A/C表达下降及其对小鼠动脉粥样硬化的调控作用 | 首次揭示血液白细胞中lamin A/C表达随年龄下降的现象，并创建首个lamin A功能增益体内模型证明其调控动脉粥样硬化 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅为相关性分析，需进一步验证机制 | 探究衰老过程中造血细胞lamin A/C表达变化对动脉粥样硬化的影响机制 | 人类循环白细胞和基因修饰小鼠模型 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 流式细胞术、骨髓移植、活体显微镜、单细胞RNA测序 | NA | 流式细胞数据、显微成像数据、基因表达数据 | 人类白细胞样本及Ldlr-/-缺陷小鼠模型 |
| 77 | 2025-08-29 |
Tricuspid Aortic Valve Regurgitation Associates With Ascending Aortic Aneurysm Through Endothelial Activation and Lipoprotein Infiltration
2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323112
PMID:40740135
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研究论文 | 本研究探讨三尖瓣主动脉瓣反流通过内皮细胞激活和脂蛋白浸润促进升主动脉瘤形成的机制 | 首次揭示主动脉反流（非狭窄）通过双向血流介导的内皮间充质激活和脂蛋白相关免疫细胞浸润驱动动脉瘤起始的新机制 | 研究主要基于三尖瓣主动脉瓣患者，结果可能不适用于其他瓣膜类型；样本来源和规模可能存在限制 | 研究主动脉反流与血管激活及炎症的关系，以阐明升主动脉瘤的起始机制 | 接受择期开胸手术的三尖瓣主动脉瓣患者及器官捐献者的主动脉组织样本 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 空间转录组学、免疫组织化学、超声心动图 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据 | 人类主动脉标本（来自手术患者和器官捐献者）及Wistar大鼠实验数据 |
| 78 | 2025-08-29 |
Integrated multi-omics analysis reveals diagnostic biomarkers and therapeutic targets for systemic lupus erythematosus
2025-Aug-15, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000042290
PMID:40826785
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研究论文 | 通过整合多组学分析识别系统性红斑狼疮的诊断生物标志物和治疗靶点 | 发现载脂蛋白A2、MANSC结构域包含蛋白1和蛋白酶体亚基β5作为关键基因，并构建高精度诊断列线图模型（AUC=0.968） | NA | 探究血浆蛋白与系统性红斑狼疮的因果关系并寻找诊断与治疗靶点 | 系统性红斑狼疮相关基因组数据及血浆蛋白 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 全基因组关联研究、双样本孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、分子对接模拟 | 列线图诊断模型 | 基因组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | NA |
| 79 | 2025-08-29 |
RESCUE: recovery of idiosyncratic expression patterns in spatial transcriptomics
2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.11.669542
PMID:40832184
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研究论文 | 提出一种名为RESCUE的计算方法，用于恢复空间转录组学中被现有分析方法遗漏的特殊表达模式 | 能够捕获脆弱细胞类型、亚细胞结构（如神经突）和细胞外表达等传统方法易忽略的空间表达模式 | NA | 提升空间转录组数据分析的鲁棒性和完整性，避免有偏分析和错误生物学解释 | 空间转录组数据，特别是蜜蜂大脑MERFISH数据及其他复杂组织数据集 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学（ST），MERFISH | 计算方法（未指定具体模型） | 基因表达空间数据 | 多个ST数据集，包括蜜蜂大脑MERFISH数据 |
| 80 | 2025-08-29 |
Improving reproducibility of differentially expressed genes in single-cell transcriptomic studies of neurodegenerative diseases through meta-analysis
2025-Aug-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62579-z
PMID:40796563
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研究论文 | 通过开发一种非参数元分析方法SumRank，提高神经退行性疾病单细胞转录组研究中差异表达基因的可重复性 | 提出基于跨数据集相对差异表达排名可重复性的SumRank方法，显著提升差异表达基因的预测能力和生物学可解释性 | 未明确说明样本规模或数据来源的具体限制，可能受原始数据集质量和异质性影响 | 提高单细胞RNA测序研究中差异表达基因检测的可重复性和可靠性 | 帕金森病(PD)、亨廷顿病(HD)、阿尔茨海默病(AD)、精神分裂症(SCZ)和COVID-19的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | scRNA-seq, 元分析 | 非参数统计方法(SumRank) | 基因表达数据 | NA |