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当前共找到 42520 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-08-17 |
Ferritin heavy chain 1 expression is correlated with plasma cell exhaustion and acts as a prognostic correlative marker in hepatocellular carcinoma
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1908857
PMID:42602267
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研究论文 | 本研究系统分析了肝细胞癌微环境中浆细胞的异质性和功能失调状态，并筛选出与浆细胞耗竭相关的分子特征FTH1，证实其高表达与浆细胞耗竭及患者预后不良相关 | 首次系统描绘了肝细胞癌微环境中浆细胞的耗竭状态，并鉴定出FTH1作为浆细胞耗竭相关的新型分子标志物，同时发现其与T细胞耗竭标志物PD-1正相关 | 研究主要基于转录组数据和免疫组化，未涉及功能实验验证；样本量较小且样本来源单一；FTH1与浆细胞耗竭的因果关系未明确 | 系统分析肝细胞癌微环境中浆细胞的异质性和耗竭状态，筛选与浆细胞耗竭相关的分子特征，并评估其预后价值 | 肝细胞癌患者肿瘤组织和癌旁组织中的浆细胞亚群 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 转录组表达谱分析, 免疫组化, 多重免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据, 转录组表达数据, 免疫组化染色图像 | 10例未治疗的原发性肝细胞癌患者样本，以及TCGA-LIHC队列 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 62 | 2026-08-17 |
Ferroptosis-Related Diagnostic Biomarkers in Diabetic Kidney Disease: A Multi-Omics and Multi-Cohort Study
2026, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S603085
PMID:42602622
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研究论文 | 本研究通过多组学和多队列分析，识别并验证了糖尿病肾病中铁死亡相关的诊断生物标志物。 | 首次结合多组学数据与多种机器学习算法，筛选出COL14A1、ACADSB、TYRO3和ZFP36作为DKD的铁死亡相关诊断标志物，并在真实世界队列和单细胞水平验证了其临床价值。 | 具体限制未在摘要中说明，可能包括样本量有限、需要进一步机制验证等。 | 识别并验证糖尿病肾病中铁死亡相关的诊断生物标志物。 | 糖尿病肾病相关转录组数据集、真实世界临床队列、人肾脏单细胞RNA-seq数据和STZ诱导的DKD大鼠模型。 | 生物信息学、机器学习和数字病理学 | 糖尿病肾病 | 转录组测序、单细胞RNA-seq、ELISA、机器学习 | 逻辑回归诊断模型 | 转录组数据、临床蛋白质数据、单细胞表达数据 | 多个公共数据集、一个真实世界队列、一个单细胞数据集和动物模型（具体数量未给出） | 未指定 | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq | 未指定 | 包括公共转录组数据集（如Nephroseq V5平台）和单细胞RNA-seq平台。 |
| 63 | 2026-08-17 |
Myeloid cells mediate interferon-driven resistance to immunotherapy in advanced renal cell carcinoma
2025-Nov-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.10.013
PMID:41175876
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据表征肾细胞癌肿瘤微环境中干扰素信号效应，并揭示髓系细胞介导的干扰素驱动的免疫治疗耐药机制 | 通过混合效应模型推断细胞类型内干扰素刺激基因的可诱导性，并发现髓系细胞而非肿瘤细胞的干扰素γ信号特征可预测免疫治疗原发耐药 | 研究主要基于公开数据集和体外实验，缺乏体内功能验证 | 探究干扰素信号在肾细胞癌肿瘤微环境中的细胞特异性效应及其对免疫检查点阻断疗效的影响 | 肾细胞癌肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞 | 机器学习和数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 混合效应模型 | 单细胞转录组数据 | 多个临床队列样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 64 | 2026-08-17 |
Islet-intrinsic sex differences in inflammatory signaling contribute to autoimmune diabetes susceptibility
2025-Oct-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.06.680429
PMID:41279069
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研究论文 | 本研究探讨了胰岛固有性别差异在炎症信号传导中对自身免疫性糖尿病易感性的贡献，发现雄性胰岛对炎症反应更强烈，而17β-雌二醇处理可降低糖尿病发病率并改善免疫耐受 | 首次揭示性别特异性胰岛反应与T1D发病率差异的机制，并通过多组学分析和功能实验证明E2通过重编程β细胞降低免疫原性，促进局部免疫耐受 | 研究主要基于离体实验和动物模型，人类胰岛样本数量有限，且未完全阐明E2作用的分子通路细节 | 阐明性别差异如何影响1型糖尿病的易感性，特别是胰岛β细胞固有性别差异在炎症反应中的作用及E2的保护机制 | 人类捐献者胰岛（男性和女性）、小鼠β细胞、NOD小鼠、T细胞共培养体系 | 转录组学、蛋白质组学、单细胞测序、免疫学 | 1型糖尿病 | 转录组测序（RNA-seq）、蛋白质组学（质谱）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞共培养 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据、临床表型数据 | 人类胰岛样本（性别明确）及NOD小鼠（数量未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 65 | 2026-08-17 |
Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.657506
PMID:40766395
|
研究论文 | 利用单细胞转录组学技术解码细胞应激状态，以用于毒理学研究 | 首次将TempO-LINC平台应用于单细胞转录组分析，以解码化学品暴露下的细胞应激状态，并通过聚类揭示五种表型群体，展示细胞状态动态转变 | 未提及具体局限性 | 探索单细胞转录组学在解码细胞应激状态方面的应用，以提供毒性反应中细胞适应与终末转变的潜在见解 | 约40,000个HepaRG细胞，暴露于七种化学物质（依托泊苷、布雷菲德菌素A、环己酰亚胺、鱼藤酮、tBHQ、曲格列酮、衣霉素） | 转录组学 | NA | 单细胞转录组学（TempO-LINC平台） | 聚类分析（广义Jaccard度量） | 单细胞转录组数据 | 约40,000个HepaRG细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | TempO-LINC | TempO-LINC平台用于生成单细胞转录组谱 |
| 66 | 2026-08-17 |
Efficient count-based models improve power and robustness for large-scale single-cell eQTL mapping
2025-Mar-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.01.18.25320755
PMID:40093202
|
research paper | 提出了一种基于计数模型的高效sc-eQTL映射框架jaxQTL，在大型单细胞数据中显著提高了识别eQTL的统计功效和稳健性 | 利用负二项模型处理稀疏计数数据，显著提高低表达基因的eQTL检测能力，并在大规模数据中保持高效计算 | 未讨论jaxQTL在非人类数据或极端异质性样本中的表现，且未与其他近期方法进行全面比较 | 开发一种高效、稳健的sc-eQTL映射方法，以改进大规模单细胞转录组数据中遗传变异对基因调控影响的识别 | 单细胞RNA测序数据中的表达数量性状位点（eQTL） | 单细胞基因组学 | 自身免疫性疾病（如类风湿关节炎） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 负二项模型 | 单细胞基因表达计数数据、基因型数据 | 982个样本，14种细胞类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2026-08-17 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析致心律失常性心肌病（ACM）患者心肌样本，发现疾病相关的炎症-纤维化微环境，并在小鼠模型中验证了IL-1β靶向治疗可减轻纤维化、保护心脏功能并减少心律失常 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学描绘ACM心肌中疾病相关的空间微环境，并揭示IL-1β在ACM发病中的关键作用，提出使用现有抗IL-1β药物改善患者预后的新策略 | 研究主要基于小鼠模型验证治疗效果，尚需更多临床试验证实IL-1β抑制剂在ACM患者中的有效性和安全性 | 阐明ACM心肌中炎症和纤维化微环境的细胞组成及其驱动因素，并评估IL-1β靶向治疗的潜在益处 | ACM患者和正常对照者的心肌样本，以及携带Desmoglein-2突变的小鼠模型 | 数字病理学 | 心肌病 | 单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | ACM患者和正常对照者心肌样本，以及小鼠模型（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单核RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 68 | 2026-08-17 |
CH6824025, Potent and Selective Discoidin Domain Receptor 1 Inhibitor, Reduces Kidney Fibrosis in Unilateral Ureteral Obstruction Mice
2024-11-19, The Journal of pharmacology and experimental therapeutics
IF:3.1Q2
DOI:10.1124/jpet.124.002330
PMID:39379147
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研究论文 | 本研究探讨了新型DDR1抑制剂CH6824025对单侧输尿管梗阻小鼠肾纤维化的改善作用，并通过空间转录组分析揭示其潜在机制 | 首次报道强效选择性DDR1抑制剂CH6824025在肾纤维化模型中的治疗效果，并结合10x Visium空间转录组分析揭示其作用机制 | 研究仅在单侧输尿管梗阻小鼠模型中进行，缺乏对其他肾纤维化模型和人类样本的验证，且未深入探讨DDR1抑制剂的长期安全性 | 评估CH6824025对肾纤维化的改善作用及其潜在机制，并探索DDR1作为治疗靶点的可行性 | 单侧输尿管梗阻小鼠的肾脏组织 | 数字病理学 | 肾纤维化 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明，涉及UUO小鼠模型和多组比较 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组分析 |
| 69 | 2026-08-17 |
Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT
2024-Jun-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1
PMID:38978567
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研究论文 | 开发了一种名为TACIT的无监督算法，利用预定义签名进行细胞注释，以解决空间生物学中细胞类型和状态识别的挑战，并在多个数据集上验证其准确性和可扩展性 | TACIT无需训练数据，采用无偏阈值区分阳性细胞与背景，聚焦相关标记物识别多组学检测中的模糊细胞，并整合空间转录组和蛋白质组数据发现疾病相关免疫细胞类型和状态 | 文中未明确提及局限性 | 提高空间生物学中细胞类型和状态注释的准确性和可扩展性，并促进多组学数据在临床转化中的应用 | 五种数据集（500万个细胞、51种细胞类型）来自三个生态位（脑、肠、腺体） | 机器学习 | 炎症性腺疾病 | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | 无监督算法（TACIT） | 空间转录组数据、蛋白质组数据 | 5,000,000个细胞，涵盖51种细胞类型，来自脑、肠、腺体三个生态位 | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 70 | 2026-08-17 |
Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.31.596861
PMID:38895230
|
研究论文 | 提出了一种无监督算法TACIT，用于空间多组学数据中细胞类型和状态的去卷积，无需训练数据即可进行细胞注释 | 无需训练数据，使用无偏阈值区分阳性细胞，关注相关标记物识别模糊细胞，适用于多组学检测 | 未在文中明确提及局限性 | 解决空间生物学中细胞类型和状态识别耗时且易出错的问题，提高准确性和可扩展性 | 来自大脑、肠道和腺体三个微环境的数据集，包含约500万个细胞和51种细胞类型 | 空间生物学、深度学习、机器学习 | 炎症性腺体疾病 | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | 无监督算法（TACIT） | 空间多组学数据（包括转录组和蛋白质组） | 五个数据集，约500万个细胞，51种细胞类型 | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 71 | 2026-08-17 |
JAK/STAT3 represents a therapeutic target for colorectal cancer patients with stromal-rich tumors
2024-Mar-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-02958-4
PMID:38424636
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研究论文 | 本研究探讨了JAK/STAT3抑制在结直肠癌中的治疗效果，并发现高表达与富含基质肿瘤患者的不良预后相关。 | 通过空间转录组学揭示高pSTAT3病例中肿瘤与微环境差异基因表达，并识别非经典成纤维细胞信号。 | 未提及 | 评估JAK/STAT3抑制在结直肠癌中的抗癌活性，并确定高表达作为预后标志物的适用背景。 | 结直肠癌细胞系、小鼠类器官、患者来源类器官及临床患者队列。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组化、突变谱分析、bulk RNA测序、空间转录组学 | 类器官模型 | 基因表达数据、空间转录组数据、临床病理数据 | 3个结直肠癌患者队列，包括TransSCOT临床试验队列及两个独立回顾性队列 | NanoString | 空间转录组学 | NanoString GeoMx | NanoString GeoMx® 空间转录组学平台 |
| 72 | 2026-08-17 |
Defining Endogenous Mitochondrial Transfer in Muscle After Rotator Cuff Injury
2024-02, The American journal of sports medicine
DOI:10.1177/03635465231214225
PMID:38174367
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研究论文 | 本研究探讨了肩袖损伤后肌肉中内源性线粒体从纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）向肌原细胞转移的过程，并评估了β-激动剂对这一过程的影响。 | 首次描述了肩袖损伤中FAPs与肌原细胞之间内源性线粒体转移的新机制，并发现β-激动剂能显著促进这一过程，为肩袖肌肉退化的治疗提供了新靶点。 | 研究主要基于小鼠模型，未在人类样本中验证；未深入探讨线粒体转移对肌肉功能恢复的具体生理效应。 | 研究FAPs向肌原细胞线粒体水平转移的机制，并评估β-激动剂对这一过程的促进作用。 | 小鼠肩袖损伤模型、纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）、C2C12肌母细胞。 | 数字病理学 | 肩袖损伤（肌肉退化） | 单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选、共培养、荧光显微镜、旋转盘共聚焦显微镜、双光子显微镜 | NA | 图像（荧光显微图像）、单细胞转录组数据 | 小鼠模型（具体数量未在摘要中提及） | 10x Genomics（推测，未明确指定） | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 73 | 2026-08-17 |
Sibling chimerism among microglia in marmosets
2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.16.562516
PMID:37904944
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研究论文 | 该研究通过分析狨猴的单细胞RNA测序数据，发现其脑内小胶质细胞存在来自兄弟姐妹的嵌合现象，且这种嵌合仅限于造血来源的细胞 | 首次在单细胞水平上证实狨猴脑内小胶质细胞嵌合完全来源于造血细胞，并揭示不同脑区嵌合比例的差异及其与局部环境的关联 | 仅分析了部分狨猴的组织和脑区，且未探讨嵌合细胞的功能影响 | 探究狨猴组织嵌合是否由血液来源细胞驱动及其在不同细胞类型中的分布，并评估嵌合对基因表达的影响 | 狨猴的血液、肝脏、肾脏及多个脑区组织 | 单细胞基因组学 | 不适用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）与单核苷酸多态性（SNP）分析 | 不适用 | 单细胞转录组数据 | 多个狨猴个体的血液、肝脏、肾脏及多个脑区样本 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 74 | 2026-08-17 |
Origin and function of activated fibroblast states during zebrafish heart regeneration
2022-08, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01129-5
PMID:35864193
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研究论文 | 本研究基于单细胞转录组学和时空分析，解析了斑马鱼心脏再生过程中激活成纤维细胞状态的多样性及其功能 | 首次通过高通量谱系追踪确定了激活成纤维细胞来源于心外膜和心内膜两个独立来源，并发现Wnt信号调控心内膜成纤维细胞反应 | 摘要中未提及研究的局限性 | 揭示斑马鱼心脏再生过程中激活成纤维细胞状态的起源和功能，为调节脊椎动物心脏再生能力提供潜在途径 | 斑马鱼心脏再生过程中的激活成纤维细胞状态 | 单细胞转录组学 | 心脏损伤 | 单细胞转录组学、高通量谱系追踪、时空分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2026-08-17 |
Single-cell transcriptomics reveals a distinct developmental state of KMT2A-rearranged infant B-cell acute lymphoblastic leukemia
2022-04, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-022-01720-7
PMID:35288693
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了KMT2A重排婴儿B细胞急性淋巴细胞白血病独特的早期淋巴细胞前体发育状态 | 首次利用单细胞转录组学结合发育骨髓参考图谱，识别出KMT2A重排婴儿B-ALL特有的早期淋巴细胞前体状态，并发现其具有杂交髓系-淋巴系特征及非生理性抗原组合 | 样本量可能有限，且仅基于转录组数据推断发育状态，未涉及表观遗传或蛋白水平验证 | 探究KMT2A重排婴儿B-ALL的细胞发育起源和状态，以理解其侵袭性并寻找潜在治疗靶点 | KMT2A重排婴儿B-ALL患者样本及NUTM1重排婴儿ALL作为对照，包括一名复发为AML的儿童的白血病样本 | 单细胞转录组学、血液肿瘤学 | 婴儿B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量mRNA分析、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、批量转录组数据、流式细胞术数据 | KMT2A重排婴儿B-ALL样本（具体数量未提供）及NUTM1重排对照样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' (推测，基于常见平台配置) |
| 76 | 2026-08-17 |
Widespread choroid plexus contamination in sampling and profiling of brain tissue
2022-03, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-021-01416-3
PMID:34983929
|
研究论文 | 该研究揭示了脑组织采样和 profiling 过程中脉络丛污染的普遍性问题，并评估了其对转录组数据分析的影响 | 首次系统地评估了脑组织转录组研究中脉络丛污染的普遍性及其对差异表达分析的影响，并提出通过检测脉络丛标志基因来识别和减轻污染的建议 | 无法确定 Ttr 等基因的差异表达完全由污染导致，因为可能涉及真实生物学效应；且污染检测仅基于单个标志基因 | 评估脑组织转录组研究中脉络丛污染的程度及其对数据分析的潜在影响 | 来自 Allen Brain Atlas 和 GTEx 数据库的人类脑组织样本以及 GEO 中的多项研究 | 基因组学, 转录组学 | NA | RNA-seq, 原位杂交 | NA | 转录组数据, 基因表达数据 | 包括 Allen Brain Atlas 和 GTEx 数据库中的多个脑区样本，具体数量未在摘要中提及 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2026-08-17 |
Systematic reconstruction of cellular trajectories across mouse embryogenesis
2022-03, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01018-x
PMID:35288709
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研究论文 | 整合多个单细胞RNA测序数据集，系统重建小鼠胚胎发生过程中的细胞轨迹，并构建有向无环图TOME，以提名转录因子调控因子和跨脊椎动物进化的细胞类型同源物 | 通过整合多个scRNA-seq数据集并补充新测序的约15万个细胞核，以体节间隔的精细时间分辨率覆盖E8.5阶段，实现了从E3.5到E13.5共19个阶段的全面细胞状态连接，自动化构建了哺乳动物胚胎发生的细胞轨迹图TOME，并系统性提名候选转录因子和细胞类型同源物 | 未在摘要中明确提及局限性 | 全面描绘哺乳动物体内发育的主要细胞轨迹，并提名每个细胞类型特化的候选转录因子和跨物种的细胞类型同源物 | 小鼠胚胎发育过程中的细胞，覆盖从E3.5到E13.5的19个连续阶段 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 有向无环图（TOME） | 单细胞转录组数据 | 约15万个细胞核，来自约E8.5胚胎，以一体节间隔分期；整合多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2026-08-17 |
Integration of spatial and single-cell transcriptomic data elucidates mouse organogenesis
2022-01, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01006-2
PMID:34489600
|
研究论文 | 本研究通过整合空间转录组和单细胞转录组数据，揭示了小鼠器官发生过程中的细胞类型和分化模式 | 采用基于图像的单细胞转录组方法seqFISH，结合空间上下文和多路转录测量，实现了未能直接测序基因的空间表达推断，并发现了单细胞RNA测序无法揭示的细胞分化轴，如食管和气管祖细胞的早期背腹分离 | 摘要未提及局限性 | 通过空间和单细胞转录组数据整合，研究小鼠器官发生中的细胞命运决定 | 小鼠胚胎（8-12体节阶段）的组织切片 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | 不适用 | seqFISH、单细胞RNA测序 | NA | 图像、基因表达数据 | 小鼠胚胎组织切片，具体数量未提及 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | seqFISH检测387个目标基因的mRNA，并结合两个单细胞转录组图谱 |
| 79 | 2026-08-17 |
An immunodominant NP105-113-B*07:02 cytotoxic T cell response controls viral replication and is associated with less severe COVID-19 disease
2022-01, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-021-01084-z
PMID:34853448
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研究论文 | 研究NP105-113-B*07:02特异性CD8 T细胞反应与COVID-19轻症关联，并揭示其抗病毒效应和持久性 | 首次将功能性亲和力、抗病毒效力和T细胞受体使用、转录组特征及疾病严重程度相关联，发现该T细胞反应与轻症相关，且对多个变异株保持抗病毒效力 | 未提及具体局限性 | 探究NP-B*07:02特异性CD8 T细胞反应在COVID-19疾病进展中的保护作用及其机制 | SARS-CoV-2感染者的NP-B*07:02特异性T细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 急性期77例，恢复期52例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 80 | 2026-08-17 |
Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell transcriptomes with Tangram
2021-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01264-7
PMID:34711971
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研究论文 | 介绍Tangram方法，一种通过深度学习对齐单细胞RNA测序数据与空间转录组数据，以单细胞分辨率重建全基因组空间图谱的方法。 | 创新性地提出了一种名为Tangram的通用方法，能够将单细胞或单核RNA测序数据与多种空间数据（如MERFISH、STARmap、smFISH、Visium和病理图像）对齐，并支持多模态数据（如SHARE-seq）以揭示染色质可及性的空间模式。 | 未在摘要中明确提到局限性。 | 克服单细胞测序丢失空间信息和空间转录组学分辨率低、灵敏度有限的问题，实现全基因组单细胞分辨率的空间图谱重建。 | 健康小鼠脑组织，特别是视觉和躯体运动皮层区域。 | 深度学习 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 原位杂交, 多模态测序 | 深度学习模型 | 基因表达数据, 空间转录组数据, 组织图像 | 健康小鼠脑组织样本（具体数量未在摘要中提供） | 10x Genomics, NA, NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 原位杂交 | 10x Visium, MERFISH, STARmap, smFISH, SHARE-seq | NA |