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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-01-22 |
scII: Dual-Threshold Adaptive Integration of Single-Cell Multiomics Data Driven by Imputation
2026-Jan-15, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.5c02396
PMID:41537610
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研究论文 | 本文提出了一种名为scII的自适应框架,用于整合单细胞RNA测序和染色质可及性数据,以解决现有整合方法在准确性、可解释性和可扩展性方面的挑战 | 提出了四项关键创新:scRNA-seq引导的信号插补以增强scATAC-seq信息完整性;使用带Maxout激活函数的多层感知器建模复杂非线性关系;动态双阈值自适应选择机制联合评估跨模态特征相似性和分类可靠性;基于贝叶斯信息准则的优化动态确定高斯混合模型组件数量 | NA | 开发能够高效整合未配对单细胞多组学数据并实现精确细胞类型注释转移的方法 | 单细胞多组学数据(scRNA-seq和scATAC-seq) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | 多层感知器,高斯混合模型 | 基因表达数据,染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 62 | 2026-01-22 |
CBX3 confers ferroptosis resistance during blood-borne metastasis
2026-Jan-15, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01777-0
PMID:41540451
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了循环肿瘤细胞(CTCs)通过上调CBX3和GPX4抵抗铁死亡,从而促进血行转移的机制 | 首次在单细胞水平上发现CTCs通过CBX3-EP300轴上调GPX4来抵抗铁死亡,并证实了CBX3与GPX4共表达的CTCs与转移进展的临床关联 | 研究主要基于肺癌和黑色素瘤患者,其他癌症类型中的普适性有待验证,且体内功能验证的模型数量有限 | 探究循环肿瘤细胞在血行转移过程中抵抗细胞死亡的生存机制 | 肺癌和黑色素瘤患者的循环肿瘤细胞及脑转移肿瘤细胞 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、全外显子组测序、转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据、基因组数据 | 肺癌和黑色素瘤患者的前瞻性队列样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 微流控富集的CTCs单细胞RNA测序 |
| 63 | 2026-01-22 |
Multi-omic Longitudinal Analysis of Canine Osteosarcoma Identifies Inter-Patient Heterogeneity and Immune Enrichment in Metastatic Lesions
2026-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.05.696411
PMID:41542617
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研究论文 | 本研究通过多组学纵向分析犬骨肉瘤,揭示了患者间异质性以及转移病灶中的免疫富集特征 | 首次在犬骨肉瘤中进行了配对原发和转移肿瘤样本的纵向多组学分析,强调了患者特异性基因组变化在肿瘤进展中的作用 | 样本量相对较小,且研究基于犬模型,可能不完全适用于人类骨肉瘤 | 理解骨肉瘤在肿瘤进化过程中获得的特征,特别是患者特异性耐药机制 | 犬自发性骨肉瘤的配对原发和转移肿瘤样本 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 全基因组测序, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 配对原发和转移肿瘤样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2026-01-22 |
Multi-Scale Transcriptomics Redefining the Tumor Immune Microenvironment
2026-Jan-15, Biotech (Basel (Switzerland))
DOI:10.3390/biotech15010007
PMID:41562697
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综述 | 本文综述了多尺度转录组学技术在重新定义肿瘤免疫微环境中的应用 | 整合了批量、单细胞和空间转录组学方法,强调多尺度框架在免疫动态研究中的重要性 | 综述性质,未提供新的实验数据,主要依赖现有文献总结 | 总结多尺度转录组学方法在肿瘤免疫微环境研究中的原理、应用和局限性 | 肿瘤免疫微环境 | 数字病理学 | 肿瘤 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 65 | 2026-01-22 |
Tumor-associated macrophages educated by IGSF9 exhibit a senescence-associated secretory phenotype to promote tumor immune escape
2026-Jan-14, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012889
PMID:41534903
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研究论文 | 本研究揭示了免疫球蛋白超家族成员9(IGSF9)通过结合TMUB1蛋白激活IL-6/STAT3信号通路,诱导肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)发生衰老并呈现衰老相关分泌表型,从而抑制T细胞活性、形成免疫抑制性肿瘤微环境并促进肿瘤免疫逃逸的过程,并证明抗IGSF9抗体治疗可逆转此过程并抑制肿瘤生长 | 首次发现TMUB1是IGSF9的结合蛋白,并阐明IGSF9通过诱导TAMs衰老和呈现衰老相关分泌表型来促进肿瘤免疫逃逸的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,其在人类肿瘤中的普适性及临床转化潜力仍需进一步验证 | 探究IGSF9如何影响肿瘤相关巨噬细胞的功能及其在肿瘤免疫逃逸中的作用机制 | 肿瘤相关巨噬细胞、T细胞、IGSF9蛋白、TMUB1蛋白 | 肿瘤免疫学 | 肿瘤 | 空间转录组学、RNA-seq、流式细胞术、膜系统酵母双杂交筛选、GST pull-down、免疫共沉淀、免疫荧光 | NA | 空间转录组数据、RNA-seq数据、流式细胞数据、免疫荧光图像 | 使用了来自公共数据集GSE189487的空间转录组数据,并进行了小鼠体内实验(C57BL/6、NSG、OT-II等品系) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 66 | 2026-01-22 |
Mutant calreticulin enables potent and selective CAR-T cell therapy in preclinical models of myeloproliferative neoplasms
2026-Jan-13, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012706
PMID:41529908
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研究论文 | 本研究首次展示了利用靶向突变钙网蛋白(mCALR)的CAR-T细胞治疗骨髓增殖性肿瘤(MPNs)的临床前有效性 | 首次成功将CAR-T细胞疗法应用于靶向mCALR突变治疗MPNs,并揭示了凋亡抵抗机制及与venetoclax联合治疗的协同策略 | 研究处于临床前阶段,需进一步临床验证;样本量有限,主要基于细胞系和小鼠模型 | 开发针对BCR::ABL1阴性MPNs的新型CAR-T细胞疗法 | 突变钙网蛋白(mCALR)阳性的骨髓增殖性肿瘤细胞 | 免疫治疗 | 骨髓增殖性肿瘤 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | CAR-T细胞 | 基因表达数据,细胞功能数据 | 细胞系、患者来源细胞及小鼠异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2026-01-22 |
Serum cytokines predict response and survival in esophageal squamous cell carcinoma receiving chemoradiotherapy combined with anti-PD-1 antibody: analyses of two phase II clinical trials
2026-Jan-12, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013065
PMID:41526165
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研究论文 | 本研究通过分析血清细胞因子,构建了CYTOscore风险评分模型,用于预测食管鳞状细胞癌患者在接受放化疗联合抗PD-1抗体治疗后的反应和生存 | 首次在食管鳞状细胞癌中,基于血清细胞因子IL-8、CCL3和CCL4构建了预测放化疗联合免疫治疗疗效和生存的风险评分模型(CYTOscore),并进行了多组学分析以探索肿瘤微环境的差异 | 研究样本量相对较小(探索队列81例,验证队列61例),且为回顾性分析和单中心验证,需要更大规模的前瞻性研究进一步验证 | 识别能够预测食管鳞状细胞癌患者接受放化疗联合抗PD-1抗体治疗反应和生存的细胞因子生物标志物 | 局部晚期食管鳞状细胞癌患者 | 肿瘤免疫学 | 食管鳞状细胞癌 | 血清细胞因子检测、RNA-seq、全外显子组测序、空间转录组学 | 风险评分模型(CYTOscore)、诺模图 | 血清样本、肿瘤组织样本 | 探索队列81例患者,独立验证队列61例患者 | NA | RNA-seq, WES, 空间转录组学 | NA | NA |
| 68 | 2026-01-22 |
Non-neuronal cell microenvironment control retinal vascular remodeling by CST3 in the oxygen-induced retinopathy in mice
2026-Jan-12, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2026.110860
PMID:41534651
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了小鼠氧诱导视网膜病变模型中视网膜血管微环境的细胞组成及其在血管生成调控中的关键作用,并发现CST3在ROP发展中的潜在治疗靶点价值 | 首次在OIR模型中通过scRNA-seq系统解析五种视网膜血管微环境细胞类型的动态调控网络,并发现Müller胶质细胞通过CST3表达调控缺氧适应期血管形态发生的新机制 | 研究局限于小鼠动物模型,尚未在人类临床样本中验证;单细胞测序数据仅反映转录组水平变化,缺乏蛋白功能验证 | 阐明早产儿视网膜病变(ROP)中视网膜血管异常发育的分子机制 | 氧诱导视网膜病变(OIR)小鼠模型中的视网膜血管微环境细胞 | 数字病理学 | 视网膜病变 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 动物模型(小鼠OIR模型) | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量(基于OIR小鼠模型) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 69 | 2026-01-22 |
Unstressed cells are alike, but stressed cells differ: Environmental and single-cell heterogeneity in yeast stress responses
2026-Jan-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.12.642837
PMID:41542409
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研究论文 | 本文利用高通量单细胞RNA测序技术,分析了约13,000个酵母细胞在多种压力条件下的转录组异质性,揭示了压力响应中平均信号与单细胞视角的差异 | 通过注释转座元件和编码基因,重新定义了“压力响应”的概念,从基于最强平均信号转向基于最佳预测单个细胞是否经历压力的特征,并发现了压力诱导和抑制程序的不对称性 | 研究主要基于酵母细胞模型,可能无法直接推广到其他生物系统;单细胞测序技术本身存在技术噪音和批次效应 | 探究环境压力和单细胞异质性在酵母应激响应中的作用,理解平均信号与单细胞分辨率之间的差异 | 酵母细胞(约13,000个单细胞) | 单细胞转录组学 | NA | 高通量单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约13,000个酵母细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2026-01-22 |
CA9+ cancer-associated fibroblasts cooperate with SPP1+ tumor-associated macrophages driving immune resistance in triple-negative breast cancer
2026-Jan-09, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-06056-2
PMID:41511527
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA数据、空间转录组学、批量RNA测序和多色免疫荧光染色,揭示了CA9+癌症相关成纤维细胞与SPP1+肿瘤相关巨噬细胞在TNBC中形成的免疫抑制轴,驱动免疫抵抗 | 首次识别CA9+CAF作为免疫检查点阻断治疗无应答者的关键亚群,并发现其与SPP1+TAM通过VEGFA/NRP2轴协同促进免疫逃逸,为TNBC的免疫抵抗机制提供了新的见解 | 研究主要基于回顾性数据,体外实验验证有限,且样本量相对较小,需进一步前瞻性研究验证临床适用性 | 探究TNBC中免疫抵抗的肿瘤微环境机制,以改善免疫治疗响应和个性化精准治疗 | 三阴性乳腺癌患者样本,包括单细胞RNA数据、空间转录组学数据、批量RNA测序数据和多色免疫荧光染色样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序,多色免疫荧光染色,NicheNet,CellChat,基因敲低和过表达实验 | NA | 单细胞RNA数据,空间转录组学数据,批量RNA测序数据,多色免疫荧光图像 | 来自12个队列的TNBC样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,批量RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2026-01-22 |
Advancing adoptive T cell therapy in ovarian cancer: barriers, innovations, and emerging platforms
2026-Jan-09, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013285
PMID:41513408
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综述 | 本文全面综述了卵巢癌中过继性T细胞疗法的当前模式、关键障碍、创新策略及新兴平台,并强调了整合高维工具的重要性 | 系统性地将卵巢癌中过继性T细胞疗法的障碍与来自其他实体瘤的见解相结合,并重点介绍了逻辑门控、自调节合成回路等新型安全工程策略,以及异体产品和体内工程等可扩展解决方案 | 本文是一篇综述,不包含原始实验数据,其分析和结论基于对现有文献的整合 | 克服卵巢癌中过继性T细胞疗法的免疫学障碍,并加速开发更有效、持久和个性化的T细胞策略 | 卵巢癌及其他实体瘤中的过继性T细胞疗法 | NA | 卵巢癌 | NA | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | NA |
| 72 | 2026-01-22 |
Beyond the Cell Atlas: Functional Communities as the Essential Pathological Units Driving Kidney Disease
2026-Jan-09, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000001023
PMID:41563353
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综述 | 本文提出“功能社区”作为肾脏疾病的关键病理单元,并综述了空间多组学技术和人工智能在解析这些社区中的应用 | 引入“功能社区”概念作为肾脏疾病的决定性病理单元,强调空间约束的多细胞邻域交互,超越了传统单细胞图谱的局限 | NA | 推动对肾脏疾病病理生理学的更深入理解,并指导新一代诊断和靶向治疗的发展 | 肾脏疾病中的功能社区,包括适应不良修复微环境、促纤维化微环境和组织破坏性免疫微环境 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间多组学技术、人工智能 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞测序、空间多组学 | NA | NA |
| 73 | 2026-01-22 |
Fishing with Two Lines: A Hybrid Approach to Spatial Transcriptomic Discovery
2026-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.07.698201
PMID:41542551
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研究论文 | 本文提出了一种结合高灵敏度与宽覆盖度的空间转录组学双化学方法,并在人肺组织微阵列上验证了其性能 | 开发了一种“双化学”方法,可在同一组织切片上同时运行10X Genomics Xenium V1定制面板(高灵敏度)和Prime 5K面板(宽覆盖度),实现了高灵敏度分析与新基因发现的结合 | NA | 解决空间转录组学中基因检测数量与单基因灵敏度之间的权衡问题 | 人肺组织微阵列 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10X Genomics | 空间转录组学 | Xenium V1, Prime 5K | 10X Genomics Xenium V1定制面板(最高480个基因)与Prime 5K面板(5001个基因) |
| 74 | 2026-01-22 |
CXCR6+ T Cells Drive Immune Checkpoint Inhibitor Myocarditis
2026-Jan-07, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本文研究了免疫检查点抑制剂(ICIs)引发心肌炎的机制,特别关注了抗LAG-3/PD-1联合治疗,并通过小鼠模型和患者数据发现CXCR6+ T细胞是疾病的关键驱动因素 | 首次在抗LAG-3/PD-1联合治疗背景下,识别出CXCR6作为心肌炎中活化心脏T细胞的关键标记物,并证明抗CXCR6抗体治疗能有效预防疾病 | 研究主要基于小鼠模型,临床数据来自药理学数据库,可能需要进一步临床试验验证 | 阐明免疫检查点抑制剂心肌炎的发病机制,特别是抗LAG-3/PD-1治疗相关的T细胞信号通路 | 小鼠模型(Lag3-/-, Pdcd1-/-)和VigiBase数据库中的临床数据 | 免疫学 | 心肌炎 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、组织学分析、心电图、抗体诱导的细胞耗竭 | NA | 基因表达数据、临床数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2026-01-22 |
Harnessing machine learning-driven multiomics integration: deciphering programmed cell death networks for prognostication and immunotherapy prediction in lung adenocarcinoma
2026-Jan-07, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-025-10125-4
PMID:41501264
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研究论文 | 本研究通过机器学习整合多组学数据,构建了程序性细胞死亡(PCD)特征,用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗效果 | 利用101种机器学习算法组合整合14种PCD模式,构建了包含7个基因的PCD特征,并通过单细胞RNA测序和多重免疫组化验证了其预测价值 | 研究主要基于回顾性数据集,需要前瞻性临床研究进一步验证PCD特征的临床应用价值 | 开发基于程序性细胞死亡网络的预测模型,以改善肺腺癌的预后评估和免疫治疗预测 | 肺腺癌患者及其肿瘤组织样本 | 机器学习 | 肺腺癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 多重免疫组化(mIHC) | 机器学习算法组合 | 基因表达数据,单细胞数据,图像数据 | 多个TCGA和GEO数据集,以及38名接受抗PD-1治疗的肺腺癌患者 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 76 | 2026-01-22 |
Revealing hidden regulatory dependencies: multi-perspective graph learning for single-cell gene regulatory network inference
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf733
PMID:41554051
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研究论文 | 本研究提出了一种名为ATFGRN的自适应拓扑-特征融合图神经网络框架,用于从单细胞转录组数据中准确推断基因调控网络 | 提出了一种多视角融合策略,通过整合调控关系的局部子图结构、基因表达矩阵与网络拓扑的交互、以及基于KNN图的基因相似性信息这三个互补视角的特征,实现了结构、表达和相似性信息的互补集成 | NA | 提高从复杂高维单细胞转录组数据中推断基因调控网络的准确性 | 基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | 图神经网络,图卷积网络,注意力机制 | 单细胞转录组数据,基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2026-01-22 |
Single-Cell Resolution Drug Effects of Renin-Angiotensin-Aldosterone Blockade in ZSF1 Rat Diabetic Kidney Disease
2026-Jan-07, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000995
PMID:41563360
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术,在ZSF1肥胖大鼠模型中探究了依那普利对糖尿病肾病的作用机制,并揭示了远端肾单位与TREM2+驻留巨噬细胞之间的相互作用 | 首次在单细胞分辨率下揭示了依那普利对糖尿病肾病的药物作用机制,并发现远端肾单位损伤状态及CTSD作为重要调节因子 | 研究主要基于大鼠模型,人类样本验证尚需进一步扩大样本量 | 探究依那普利在糖尿病肾病中的细胞作用靶点及分子机制 | ZSF1肥胖大鼠的肾脏细胞及人类肾脏样本 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2026-01-22 |
Discovery of New Markers for Haemogenic Endothelium and Haematopoietic Progenitors in the Mouse Yolk Sac
2026-Jan-06, Journal of developmental biology
IF:2.2Q3
DOI:10.3390/jdb14010004
PMID:41562864
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研究论文 | 本研究通过重新注释小鼠胚胎卵黄囊的单细胞RNA测序数据,发现了造血内皮和红系-髓系祖细胞的新分子标记物 | 通过亚聚类和拟时序分析重构了分化轨迹,并鉴定出FXYD5、SCARF1和FCER1G等新的细胞表面标记物 | 研究基于公开数据集,未进行新的实验验证;标记物的功能验证仅限于免疫染色 | 阐明卵黄囊中造血内皮和红系-髓系祖细胞的起源、身份和分化动态 | 小鼠胚胎卵黄囊的造血-血管细胞群体 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 拟时序分析 | 单细胞转录组数据 | 公开数据集中的小鼠胚胎样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2026-01-22 |
Divergent role of CD8 T cells with distinct metabolic phenotypes during curative radio-immunotherapy in hot versus cold tumors
2026-Jan-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684274
PMID:41279819
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研究论文 | 本研究探讨了CD8 T细胞在热肿瘤与冷肿瘤中,在治愈性放疗-免疫疗法中的不同作用 | 开发了一种能治愈大型热和冷小鼠肿瘤的放疗-免疫疗法方案,并利用表达mCherry的CD8 T细胞免疫活性小鼠模型进行细胞追踪 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;未详细探讨其他免疫细胞类型的作用 | 改善免疫疗法在免疫学冷肿瘤中的反应 | 热结肠癌与冷黑色素瘤小鼠模型中的CD8 T细胞 | 免疫肿瘤学 | 结肠癌, 黑色素瘤 | 流式细胞术, 多光子成像, 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据, 成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 80 | 2026-01-22 |
Losartan Alleviates Chemical Burn-Induced Limbal Stem Cell Deficiency: Repurposing a Venerable Anti-Hypertension Drug
2026-Jan-05, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.1.35
PMID:41537756
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研究论文 | 本研究探讨了抗高血压药物氯沙坦在减轻化学烧伤诱导的角膜缘干细胞缺乏症中的作用 | 首次发现氯沙坦能显著减轻角膜缘干细胞缺乏症,通过减少单核细胞/巨噬细胞浸润来缓解角膜炎症和新生血管形成 | 研究基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 评估氯沙坦作为角膜缘干细胞缺乏症新疗法的潜力 | 小鼠角膜缘干细胞缺乏模型 | 单细胞转录组学 | 角膜缘干细胞缺乏症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10X Genomics平台 | NA |