单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 42132 篇文献,本页显示第 61 - 80 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
61 2026-08-08
Spatial insights into psoriasis: A single-cell transcriptomics pipeline to study inflammatory skin disease
2026-Aug, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
62 2026-08-08
Lactate dehydrogenase A-mediated CREB1 lactylation promotes breast cancer brain metastasis by transcriptionally activating cytoskeletal remodeling
2026-Aug-01, Neuro-oncology IF:16.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析,发现乳酸脱氢酶A介导的CREB1乳酰化通过转录激活细胞骨架重塑促进乳腺癌脑转移,并鉴定出新的治疗靶点 首次揭示LDHA介导的CREB1在赖氨酸136位点的乳酰化修饰增强其转录活性,上调细胞骨架基因,促进伪足形成和细胞迁移,提出LDHA-乳酰化-CREB1-细胞骨架轴作为脑转移的新型驱动机制 研究依赖于GEO数据库的scRNA-seq数据,样本量有限;临床验证基于124对患者队列,但可能受选择偏倚影响 利用单细胞RNA测序识别驱动乳腺癌脑转移的高风险恶性亚群,并揭示潜在的治疗靶点 乳腺癌原发性肿瘤和脑转移样本中的恶性上皮亚群 数字病理学, 机器学习 乳腺癌 单细胞RNA测序, ChIP-qPCR, 新生RNA标记实验, 双荧光素酶实验 NA 单细胞基因表达数据 5对原发性肿瘤和脑转移样本,124对患者队列 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
63 2026-08-08
Multi-transcriptomics analysis identifies NNAT as a key molecule driving the invasive phenotype across all lineages of pituitary adenomas
2026-Aug-01, Neuro-oncology IF:16.4Q1
研究论文 通过多转录组学分析识别NNAT为驱动垂体腺瘤各谱系侵袭表型的关键分子 利用Scissor算法和单细胞加权基因共表达网络分析,首次在多转录组水平上揭示NNAT-MAPK-p38轴促进垂体腺瘤上皮-间质转化和侵袭的机制 未明确提及研究局限性,但可能包括样本来源单一、体外实验模型与体内环境的差异等潜在限制 探究垂体腺瘤侵袭的分子机制并识别潜在治疗靶点 垂体腺瘤组织样本及细胞系 机器学习和数字病理学 垂体腺瘤 全转录组测序、单细胞转录组测序、PCR、Western blot、免疫组化、多重免疫荧光 Scissor算法、加权基因共表达网络分析 转录组数据、图像、实验数据 216个全转录组测序数据集和若干单细胞转录组数据集 NA 全转录组测序、单细胞转录组测序 NA NA
64 2026-08-08
Cross-Propagative Graph Learning Reveals Spatial Tissue Domains in Multi-Modal Spatial Transcriptomics
2026-Aug, Small methods IF:10.7Q1
研究论文 提出一种交叉传播图学习网络st-Xprop,用于多模态空间转录组数据中识别空间组织域 通过构建基因表达和组学特征各自的特异性图,并交替进行跨模态传播,以显式建模模态间的异质性,同时实现互补信息交换,并采用双图嵌入耦合来学习统一的低维表示 未提及 开发一种有效整合基因表达、空间坐标和组织学图像等多模态数据的方法,以提高空间域识别的准确性和鲁棒性 多个真实空间转录组数据集中的组织样本 机器学习 NA 空间转录组学 图神经网络 基因表达数据、空间坐标、组织学图像 多个真实空间转录组数据集(具体数量未提供) NA 空间转录组学 NA NA
65 2026-08-08
Tobacco exposure induces T cell exhaustion and dysregulated interactions with epithelial cells in the tumor microenvironment of esophageal squamous cell carcinoma
2026-Aug, Toxicology letters IF:2.9Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序分析食管鳞状细胞癌样本,揭示了吸烟对肿瘤微环境中T细胞耗竭及与上皮细胞互作失调的影响 首次在单细胞水平揭示吸烟通过诱导CD8+ T细胞耗竭重塑食管鳞状细胞癌肿瘤微环境,并验证了尼古丁的直接免疫抑制作用 文中未明确提及研究局限性 探究吸烟对食管鳞状细胞癌肿瘤微环境的影响及其潜在机制 食管鳞状细胞癌患者的肿瘤样本及食管细胞 数字病理学 食管鳞状细胞癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未明确说明样本数量,但涉及吸烟者和非吸烟者的食管鳞状细胞癌样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
66 2026-08-08
Single-cell spatial mapping of human kidney development implicates the microenvironment in guiding cell fate decisions
2026-Aug, Nature genetics IF:31.7Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序和空间转录组学分析人类肾脏发育,绘制了超过70万个细胞的空间图谱,揭示了细胞命运决定中的微环境作用 发现早期模式确定的细胞命运可在后期被修订,并通过全基因组空间感知的细胞间相互作用分析将局部配体信号与细胞命运决定联系起来 未提及 探究人类肾脏发育中细胞间通讯如何协调器官形成,并理解微环境在细胞命运决定中的角色 人类肾脏发育过程中的细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA 基因表达数据, 空间转录组数据 70万个细胞 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
67 2026-08-08
Mediators of cell fate decisions in human fetal kidney development identified using spatial transcriptomics
2026-Aug, Nature genetics IF:31.7Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
68 2026-08-08
A five-gene TAM and MYCN signature predicts prognosis and identifies MTHFD2 as a therapeutic target in neuroblastoma
2026-Aug-01, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 该研究构建了基于TAM和MYCN相关基因的五基因预后签名,并验证了MTHFD2作为神经母细胞瘤治疗靶点的潜力 首次整合肿瘤相关巨噬细胞和MYCN相关基因构建预后签名,并揭示MTHFD2在巨噬细胞中下调可抑制神经母细胞瘤细胞增殖、侵袭和迁移 摘要未提及具体局限性 开发神经母细胞瘤预后预测模型并识别潜在治疗靶点 19个神经母细胞瘤样本的单细胞测序数据和498个样本的转录组数据 数字病理学 神经母细胞瘤 单细胞测序、转录组测序、CCK8、EdU、Transwell Cox回归、LASSO回归、列线图 基因表达数据、细胞实验数据 19个肿瘤样本和498个转录组样本 NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
69 2026-08-08
ScanNet: Single-cell annotation informed by transcriptional regulation Network via iterative heterogeneous graph learning
2026-Aug, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出了ScanNet,一种利用转录调控网络先验知识通过迭代异构图学习进行单细胞类型注释的方法 首次将转录调控网络(TRN)作为异构图集成到细胞类型注释中,通过双通道编码器捕捉局部调控交互与全局转录状态,并在不同测序平台和物种间表现出稳健性能 摘要未提及明显局限性 开发准确且可迁移的单细胞类型注释方法,充分利用转录调控信息 单细胞转录组测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据 机器学习 NA scRNA-seq, scATAC-seq 异构图卷积网络 单细胞测序数据(基因表达和染色质可及性) 八个scRNA-seq数据集,涵盖不同物种、样本规模和测序平台 NA 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 NA NA
70 2026-08-08
SLC7A5 promotes colorectal cancer liver metastasis by reprogramming tryptophan metabolism through the Kyn/XANA‒AhR axis and reshaping the immune microenvironment
2026-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1
研究论文 本研究揭示了SLC7A5通过重编程色氨酸代谢(Kyn/XANA-AhR轴)促进结直肠癌肝转移,并重塑肿瘤免疫微环境,为联合抗PD-1治疗提供了新靶点。 首次阐明SLC7A5在结直肠癌肝转移中通过色氨酸代谢重编程和免疫微环境重塑的具体机制,并验证了SLC7A5抑制剂与抗PD-1联合治疗的协同效应。 研究主要基于体外和动物模型,临床样本验证有限,且未深入探讨SLC7A5调控色氨酸代谢的具体分子机制细节。 探究SLC7A5是否及如何通过色氨酸代谢重编程和免疫重塑促进结直肠癌肝转移,并评估其作为治疗靶点的潜力。 结直肠癌细胞系、临床标本、小鼠模型及肿瘤微环境中的免疫细胞。 肿瘤生物学、免疫学 结直肠癌肝转移 scRNA-seq, 靶向代谢组学, 同位素示踪 NA 单细胞RNA测序数据、临床数据、代谢组学数据 NA(涉及公共数据集和临床标本,具体数量未在摘要中提及) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'转录组测序
71 2026-08-08
Impaired NADH-linked mitochondrial respiration disrupts ventral midbrain neuronal programs in POLG disease
2026-Jul-31, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究使用患者来源的中脑类器官和单细胞RNA测序,探讨POLG突变如何改变线粒体和神经元程序,并评估烟酰胺核苷治疗的效果 首次在亚型分辨率下揭示POLG突变对中脑多巴胺能神经元和腹侧中脑神经元的转录影响,并发现NR治疗可部分恢复线粒体和突触相关转录程序 基于类器官模型,可能无法完全反映体内复杂环境;未涉及蛋白质水平验证 阐明POLG相关线粒体疾病中细胞类型特异性机制,并探索NAD+代谢调节的治疗潜力 患者来源的中脑类器官中的多巴胺能神经元亚群(尤其是DA2神经元)和腹侧中脑神经元 神经科学 POLG相关线粒体疾病 单细胞RNA测序 类器官模型 单细胞转录组数据 患者来源的POLG中脑类器官(具体数量未在标题和摘要中提供) NA 单细胞RNA测序 NA NA
72 2026-08-08
Neuroglobin expression and function: lessons from single cell transcriptome data and a mouse knock-out model
2026-Jul-30, Neuroscience IF:2.9Q2
研究论文 本研究通过单细胞转录组数据和新生成的小鼠敲除模型,探讨了神经球蛋白的表达模式及其功能。 首次利用LacZ报告基因敲除小鼠模型结合公共单细胞RNA-Seq数据,揭示了神经球蛋白在脑内主要表达于下丘脑肽能神经元,并发现其在非神经组织的肌成纤维细胞中表达。 敲除小鼠在无应激条件下无明显表型,且未进行行为学或胁迫实验以验证神经球蛋白与情绪行为的关联。 明确神经球蛋白的表达细胞类型和位点,并测试其在体内的功能假说。 小鼠模型(Ngb-KO和对照)及多个组织的单细胞转录组数据。 基因表达和神经科学 NA 单细胞RNA-Seq、bulk RNA-Seq、基因敲除 NA 转录组数据(单细胞和bulk) 二十种小鼠组织的单细胞数据,以及下丘脑bulk RNA-Seq数据(具体样本量未在摘要中提及) NA 单细胞RNA-Seq、bulk RNA-Seq NA NA
73 2026-08-08
Kinase Plasticity with Vandetanib Treatment Enhances Sensitivity to Tamoxifen in Estrogen Receptor Positive Breast Cancer
2026-Jul-28, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1
研究论文 本文研究了凡德他尼治疗通过抑制MAPK信号通路增强雌激素受体阳性乳腺癌对他莫昔芬的敏感性,并揭示了激酶可塑性机制 首次展示凡德他尼治疗通过富集ERα在经典雌激素反应元件的染色质结合,将转录重编程为更少增殖、更雌激素反应性的Luminal-A样状态,并利用MIB/MS揭示适应性耐药机制,包括PI3K和HER2活性上调 未来研究需验证签名是否能预测ER+乳腺肿瘤患者的反应,并确定凡德他尼治疗中联合靶向HER2信号的作用 评估凡德他尼治疗对雌激素受体阳性乳腺癌内分泌治疗敏感性的增强作用及其机制 ER+乳腺癌细胞系、患者来源类器官、原代肿瘤细胞和异种移植模型 数字病理学 乳腺癌 MIB/MS、单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序 NA 基因表达数据、染色质结合数据、蛋白激酶活性数据 多个ER+细胞系、患者来源类器官、原代肿瘤样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'基因表达解决方案
74 2026-08-08
Interaction between p-AMPK and RIPK3 reveals a mechanism by which AdipoAI suppresses necroptosis to attenuate periodontitis
2026-Jul-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究揭示了AdipoAI通过p-AMPK与RIPK3相互作用抑制牙龈成纤维细胞坏死性凋亡从而减轻牙周炎的机制 首次揭示AdipoAI通过p-AMPK介导的RIPK3调控抑制GF坏死性凋亡的新机制 未明确提及 探究牙周炎中坏死性凋亡的分子机制及AdipoAI的治疗潜力 人牙周组织、牙龈成纤维细胞(hGFs)、小鼠实验性牙周炎模型 机器学习 牙周炎 单细胞RNA测序、分子对接、免疫共沉淀、免疫荧光、Western blotting、流式细胞术、透射电子显微镜 NA 单细胞测序数据、图像、实验数据 人牙周组织样本,小鼠模型,hGFs细胞样本(具体数量未提供) NA 单细胞RNA-seq NA NA
75 2026-08-08
Integrated analysis of scRNA-seq and TCR-seq on T cells in aneurysmal subarachnoid hemorrhage: A descriptive, hypothesis-generating case study
2026-Jul-24, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 对2名动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者的脑脊液和外周血中T细胞进行单细胞RNA测序和T细胞受体测序的综合分析,构建高分辨率单细胞图谱并生成研究假设 首次对动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者脑脊液和外周血中的T细胞进行整合的scRNA-seq和TCR-seq分析,揭示了局部和全身T细胞反应差异 仅基于2名患者,样本量极小且无独立队列验证,结果无法推广至所有SAH患者;属于描述性、假设生成性研究,未探讨因果机制 描述动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者脑脊液和外周血中T细胞的转录组和TCR谱,生成未来机制研究的假设 2名男性动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者发病后第7天的脑脊液和外周血中的T细胞,以及8名健康个体的公共脑脊液scRNA-seq数据 单细胞组学 动脉瘤性蛛网膜下腔出血 单细胞RNA测序、T细胞受体测序 NA 单细胞转录组数据、TCR序列数据 2名患者(6058个T细胞用于scRNA-seq,5008个T细胞用于TCR-seq)和8名健康个体公共数据 NA 单细胞RNA测序、TCR测序 NA NA
76 2026-08-08
Integrating single-cell and bulk transcriptomic perturbation resources reveals complementary therapeutic spaces for drug repurposing
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
research paper 开发了CDRPipe这一统一框架,整合单细胞和批量转录组扰动资源以进行药物重定位,扩展了治疗覆盖范围并识别出高置信度的候选药物 首次将大规模单细胞RNA测序数据生成的伪批量扰动特征与微阵列扰动数据(CMap)进行整合,用于药物重定位,并揭示了不同技术来源的互补性 药物库组成和临床注释覆盖率的差异可能影响性能比较;恢复的药物重叠率低可能部分反映技术差异而非生物学信号;研究仍需进一步验证预测候选药物的有效性 利用整合的转录组扰动数据提高药物重定位的稳健性和可解释性 药物扰动特征、疾病特征及已知药物-疾病关联 机器学习和计算生物学 自身免疫病和子宫内膜异位症 转录组学数据整合和预测 无特定模型,主要采用基于秩的连通性评分和零模型 微阵列和单细胞RNA测序转录组数据 包含1968个CMap微阵列实验和56782个Tahoe-100M单细胞实验以及233个疾病特征 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
77 2026-08-08
Leveraging the genetics of human face shape boosts the discovery of orofacial cleft risk loci
2026-Jul-22, HGG advances
研究论文 本研究利用面部形态的遗传信息增强口面裂风险位点的发现,通过条件错误发现率全基因组关联研究方法识别新的口面裂相关基因位点,并验证了其在独立队列中的复制。 采用多效性信息引导的全基因组关联研究方法,结合面部形态和口面裂的遗传关联,成功识别出多个新的口面裂风险位点,提高了发现能力。 研究中部分新位点未在独立队列中复制,可能受限于样本量和统计效力。 利用面部形态遗传信息提升口面裂风险位点的发现能力,并揭示两者共享的遗传基础。 欧洲人群的面部形态和口面裂病例对照样本 遗传学 口面裂 全基因组关联研究 条件错误发现率模型 基因型数据 面部形态样本量分别为4,680和3,566,口面裂样本量3,969,独立复制队列样本量未明确但包含三个复制位点 NA NA NA NA
78 2026-08-08
Phosphorylated TYK2 orchestrates the pathogenic program of CD4 + T cells in the development of CNS autoimmunity
2026-Jul-10, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1
研究论文 该研究揭示了磷酸化TYK2在CD4+ T细胞亚群中的特异性激活,并评估了选择性TYK2抑制剂在中枢神经系统自身免疫疾病中的治疗潜力 首次发现TYK2磷酸化在Th1/Th17细胞中优先激活而在Tregs中不激活,并证明选择性抑制TYK2可抑制致病性Th1/Th17反应同时保留Treg功能,为中枢神经系统自身免疫疾病提供了亚群选择性治疗靶点 未明确提及,可能包括样本量有限或机制验证不足 研究TYK2在CD4+ T细胞亚群中的特异性激活,并评估选择性TYK2抑制在中枢神经系统自身免疫疾病中的治疗潜力 自身免疫性葡萄膜炎(AU)患者和多发性硬化模型(EAU和EAE)中的CD4+ T细胞亚群,以及AU患者外周血单个核细胞 免疫学 中枢神经系统自身免疫疾病 流式细胞术、单细胞RNA测序、过继转移、体外细胞实验、离体刺激 NA 临床样本和动物模型数据 AU患者样本和EAU/EAE模型样本,具体数量未在摘要中说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
79 2026-08-08
Computational analysis in spatial transcriptomics: methods and perspectives
2026-Jul-03, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
综述 本文综述了空间转录组学数据计算分析方法的现状,涵盖数据存储、预处理、分辨率增强及下游分析等关键方面 系统性地梳理了空间转录组计算分析的全流程方法,并特别关注高分辨率空间转录组平台相关的计算方法的未来方向 未提及具体局限性 为研究人员应用空间转录组数据分析策略提供清晰、结构化的指导 空间转录组学数据及其计算方法 生物信息学 不适用 空间转录组学 不适用 空间转录组数据 不适用 不适用 空间转录组学 不适用 不适用
80 2026-08-08
Molecular pathology of intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas: current understanding and perspectives on malignant progression
2026-07, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1
综述 本文综述了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤的分子病理学,重点探讨其恶性进展机制 综合了近年单细胞测序、空间转录组学等先进技术对IPMN病理生理的新认识 未提及具体局限性 总结IPMN发生发展的分子和细胞景观,特别强调驱动恶性进展的机制 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN) 分子病理学 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤 下一代测序、质谱分析、单细胞测序、空间转录组学 基因工程小鼠模型 基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、微生物组数据 不适用 不适用 单细胞RNA测序、空间转录组学 不适用 不适用
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