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当前共找到 43429 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-09-20 |
LARIS enables accurate and efficient ligand and receptor interaction analysis in spatial transcriptomics
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690796
PMID:41394607
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研究论文 | 本文提出了LARIS方法，用于在空间转录组数据中准确高效地识别细胞类型特异性和空间限制性的配体-受体相互作用 | LARIS能够兼容所有空间转录组技术，在单细胞或微珠分辨率下识别配体-受体相互作用，量化特异性、推断发送者-接收者方向性，并检测差异相互作用如何在时间和空间上变化 | 未明确提及 | 开发一种准确且可扩展的方法，将空间信息稳健且计算高效地整合到细胞间通讯推断中 | 人类扁桃体和小鼠发育中大脑皮层的空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 62 | 2026-09-20 |
A novel zinc finger protein gene signature for prognostic prediction, tumor microenvironment characterization, and therapeutic response in uterine corpus endometrial carcinoma
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-28415-6
PMID:41309884
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研究论文 | 本研究基于TCGA和GEO数据库中子宫内膜癌的转录组与临床数据，利用差异表达的锌指蛋白基因对患者进行无监督聚类分型，并通过COX回归和LASSO回归构建了由8个预后ZNF基因组成的风险评分模型，评估其在预后预测、肿瘤微环境、免疫治疗反应等方面的价值 | 首次系统性地利用锌指蛋白基因构建UCEC预后风险评分模型，并结合转录组、单细胞测序、免疫组化和DIA定量蛋白质组学多维度验证ZNF基因在UCEC中的表达模式和临床意义 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床试验验证；风险评分模型的预测效能仍需在更大规模的多中心独立队列中进一步验证 | 系统研究锌指蛋白家族基因在子宫体子宫内膜癌中的表达模式及其在预后预测、肿瘤微环境特征刻画和治疗反应评估中的作用 | 子宫体子宫内膜癌（UCEC）患者及其转录组数据和临床信息 | 机器学习 | 子宫内膜癌 | 转录组测序、单细胞RNA测序、免疫组化、数据非依赖性采集定量蛋白质组学分析 | LASSO回归、单因素COX回归、多因素COX回归、无监督聚类 | 转录组数据、临床数据、单细胞RNA测序数据、图像（免疫组化）、蛋白质组数据 | 来自TCGA和GEO数据库的子宫内膜癌转录组和临床数据样本，具体数量未在摘要中说明；另使用了单细胞RNA测序数据、HPA数据库数据及DIA蛋白质组学样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2026-09-20 |
Lactylation-related gene signatures define immune heterogeneity and provide diagnostic biomarkers for periodontitis
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-30213-z
PMID:41310117
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研究论文 | 该研究通过整合批量转录组和单细胞RNA测序数据，系统分析了牙周炎中乳酸化相关基因的表达特征、免疫浸润模式及诊断价值 | 首次系统性地将乳酸化相关基因与牙周炎的免疫异质性和诊断生物标志物联系起来，并通过多水平整合分析（批量转录组、单细胞测序、机器学习、免疫组化）揭示了代谢-表观遗传-免疫轴在牙周炎中的作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，样本量有限，缺乏前瞻性队列验证和功能实验验证乳酸化修饰的直接调控机制 | 探索乳酸化相关基因在牙周炎免疫失调中的作用，筛选诊断生物标志物并揭示免疫异质性 | 牙周炎患者的牙龈组织和外周血单核细胞，以及健康对照 | 数字病理学 | 牙周炎 | 微阵列、单细胞RNA测序、免疫组化 | LASSO回归、随机森林、极端梯度提升 | 基因表达数据、图像 | 来自GSE10334和GSE16134数据集的批量转录组样本，以及牙周炎患者和健康对照的外周血单核细胞单细胞RNA测序数据，具体样本数量未在摘要中明确 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2026-09-20 |
Airway Delivery of Encapsulated Cytokine-Secreting Cells for Local Immunomodulation in Inflammatory Lung Diseases
2025-Nov-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8051602/v1
PMID:41356371
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研究论文 | 该论文开发了一种模块化细胞微胶囊平台，可通过气道递送分泌免疫调节蛋白的细胞，用于炎性肺病的局部免疫调节治疗 | 开发了一种可通过气道给药的模块化细胞微胶囊平台，实现免疫调节蛋白的局部、持久和可调递送，避免全身给药的脱靶效应，并在ARDS和肺纤维化模型中验证疗效，同时通过单细胞RNA测序揭示IL-10分泌胶囊重编程肺部免疫景观的机制 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 开发一种可通过气道递送的细胞微胶囊平台，实现免疫调节蛋白的局部递送，用于治疗炎性肺病如ARDS和肺纤维化 | 脂多糖诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）啮齿动物模型、博来霉素诱导的肺纤维化模型以及大型动物模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 65 | 2026-09-20 |
Spatial Transcriptomics Reveals CXCL12 + Fibroblasts as Central Immune Organizers through CXCR4 Signaling in Abdominal Aortic Aneurysm
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690328
PMID:41357983
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研究论文 | 该研究利用Xenium空间转录组学技术，构建了人类腹主动脉瘤（AAA）的高分辨率空间转录组图谱，揭示了CXCL12+成纤维细胞通过CXCR4信号作为中枢免疫组织者，驱动免疫-基质相互作用。 | 首次在人类腹主动脉瘤组织中应用Xenium空间转录组学，构建了包含581,664个细胞的高分辨率空间图谱，并发现CXCL12+成纤维细胞通过CXCR4信号与T细胞和B细胞相互作用，作为适应性免疫聚集的基质枢纽。 | 研究为观察性横断面设计，样本量有限（11例AAA患者和12例对照），无法确定因果关系；仅分析了FFPE组织，可能受限于RNA质量；未进行功能验证实验。 | 阐明人类腹主动脉瘤中免疫-基质相互作用的分子机制和空间组织，以寻找有效的药物治疗靶点。 | 腹主动脉瘤患者和对照者的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）主动脉组织。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 图像 | 11例AAA患者和12例对照者的FFPE组织，共分析581,664个细胞。 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | Xenium空间转录组学平台，用于FFPE组织分析 |
| 66 | 2026-09-20 |
Amaranth: Enhanced Single-Cell Transcript Assembly via Discriminative Modeling of UMI Reads and Internal Reads
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690228
PMID:41357981
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研究论文 | 本文提出了一种名为Amaranth的新型单细胞转录组组装器，通过对UMI reads和internal reads进行判别性建模，显著提高了单细胞全长转录本的组装准确性 | 首次发现UMI reads和internal reads在链方向性、5'/3'覆盖偏好和局部性分布上具有显著不同的生物学和统计学特性，并基于这一发现开发了专门针对两类reads不同偏差的启发式算法，实现了internal reads链方向的准确分配、剪接图的可靠精炼以及转录起始和终止位点的精确确定 | 仅在Smart-seq3数据集上进行了基准测试，未在其他单细胞全长测序平台（如Smart-seq2或其他新兴协议）上验证；未提及对低表达基因或稀有异构体的组装效果 | 解决单细胞RNA测序中全长转录本精确重建的核心挑战，实现单细胞水平的异构体级别表达分析 | 人类和小鼠的Smart-seq3单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、Smart-seq3 | 判别性建模、启发式算法 | 测序reads | NA | Illumina | 单细胞RNA测序 | Smart-seq3 | Smart-seq3协议产生的UMI-linked reads和internal reads |
| 67 | 2026-09-20 |
MIMYR: Generative modeling of missing tissue in spatial transcriptomics
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690239
PMID:41394599
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研究论文 | 本文提出了MIMYR，一个用于重建空间转录组学中未测量组织区域的生成框架，通过引导扩散预测细胞位置、监督分类分配细胞类型以及基于空间和细胞上下文的Transformer生成基因表达谱 | MIMYR是首个专门针对空间转录组学缺失组织重建的生成框架，创新性地结合了引导扩散、监督分类和Transformer三种技术，能够从有限训练数据中高保真地插补未测量区域，并泛化到不同实验条件（如基因面板和切片方向变化），还能在阿尔茨海默病数据上微调后捕获疾病相关转录变化 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 解决空间转录组学中因组织切片损伤或中间切片分配其他检测而导致的数据缺失问题，实现未测量组织区域的高保真空间插补 | 空间转录组学数据中的未测量组织区域，包括小鼠大脑数据和阿尔茨海默病数据 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 扩散模型, Transformer | 图像, 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 68 | 2026-09-20 |
TissueNarrator: Generative Modeling of Spatial Transcriptomics with Large Language Models
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690325
PMID:41394628
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研究论文 | 该文章提出了TissueNarrator框架，将空间转录组学分析重新定义为语言建模问题，利用预训练大语言模型生成空间条件基因表达模式，并预测细胞间相互作用 | 首次将空间组学分析重新表述为语言建模问题，将组织切片表示为空间句子（基于排序的基因列表加上空间坐标和元数据），利用预训练大语言模型学习空间条件基因表达模式，并引入对话式推理模式实现自然语言查询组织组织架构 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 解决现有计算方法主要关注基于嵌入的任务、生成能力有限且未整合生物学知识的问题，实现对组织系统的建模、模拟和推理 | 空间转录组学数据，包括MERFISH、Perturb-FISH和CosMx SMI等多种空间转录组技术产生的组织切片数据 | 空间转录组学, 计算生物学, 自然语言处理 | NA | 空间转录组学, MERFISH, Perturb-FISH, CosMx SMI | 大语言模型 (LLM) | 基因表达数据, 空间坐标数据, 文本 | NA | NanoString (CosMx SMI), Vizgen (MERFISH) | 空间转录组学 | CosMx SMI, MERFISH | MERFISH, Perturb-FISH, CosMx SMI 空间转录组技术 |
| 69 | 2026-09-20 |
Uncovering the role of RNA binding proteins in colorectal cancer through single-cell transcriptomic analysis
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-29678-9
PMID:41309865
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研究论文 | 通过批量转录组和单细胞转录组分析，结合qRT-PCR验证，揭示RNA结合蛋白在结直肠癌发生发展中的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 整合TCGA批量转录组数据和单细胞RNA测序数据，系统鉴定了结直肠癌相关的RNA结合蛋白，并揭示了其在正常组织、腺瘤和癌组织不同细胞类型中的特异性表达模式 | 单细胞RNA测序数据仅来自4位患者，样本量较小；验证实验仅纳入15对配对组织样本，仍需更大规模的队列研究加以验证 | 探索RNA结合蛋白在结直肠癌进展中的作用，评估其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 结直肠癌患者组织样本（正常组织、腺瘤组织和癌组织），以及TCGA-COAD和TCGA-READ队列数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, qRT-PCR | 单因素Cox回归分析 | 转录组数据, 图像, 文本 | 4位患者的单细胞RNA测序数据（正常、腺瘤和癌组织），15对配对结直肠癌肿瘤及癌旁正常组织样本，以及TCGA批量转录组和临床数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2026-09-20 |
Monocyte/macrophage-derived NLRP3 Promotes the Onset and Progression of Ankylosing Spondylitis Via the NOD-like Receptor Pathway
2025-Nov-26, Journal of clinical immunology
IF:7.2Q1
DOI:10.1007/s10875-025-01961-4
PMID:41291215
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研究论文 | 本研究通过血液检测、GEO转录组数据和单细胞测序，揭示单核/巨噬细胞来源的NLRP3通过NOD样受体信号通路促进强直性脊柱炎的发病和进展 | 首次鉴定出强直性脊柱炎中经典单核细胞-巨噬细胞-炎性巨噬细胞分化轨迹，并发现NLRP3通过NOD样受体信号通路驱动疾病进展，同时识别了多个调控因子和潜在治疗药物 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 阐明强直性脊柱炎的致病通路并探索潜在治疗策略 | 强直性脊柱炎患者和骨折对照患者的血液及骨髓样本 | 单细胞转录组学 | 强直性脊柱炎 | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | 文本, 基因表达数据 | 强直性脊柱炎患者和骨折对照患者的血液样本用于血常规检测，骨髓样本用于单细胞测序（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 71 | 2026-09-20 |
Differential regulation of 5-lipoxygenase and leukotriene-C4-synthase expression by IFNγ, IL-4 and IL-13 in human monocytes and macrophages from patients with atopic dermatitis
2025-Nov-26, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-025-02108-2
PMID:41296013
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研究论文 | 该研究通过重新分析特应性皮炎皮损的单细胞RNA测序数据，并结合体外实验，探究了IFNγ、IL-4和IL-13对人类单核细胞和巨噬细胞中5-脂氧合酶和白细胞三烯C4合酶表达的差异调控作用 | 在单细胞水平上分析了特应性皮炎皮损中5-LO/ALOX5和LTC4S的表达，并首次系统比较了Th1细胞因子IFNγ与Th2细胞因子IL-4、IL-13对特应性皮炎患者单核细胞和巨噬细胞中5-LO/ALOX5和LTC4S表达的差异调控作用 | 体外实验使用GM-CSF或M-CSF诱导的巨噬细胞可能不能完全模拟体内特应性皮炎皮损中巨噬细胞的真实状态，且单核细胞来源的巨噬细胞与组织驻留巨噬细胞可能存在差异 | 研究特应性皮炎皮损中5-LO/ALOX5和LTC4S在单细胞水平的表达，以及Th1和Th2细胞因子对特应性皮炎患者和健康志愿者单核细胞及巨噬细胞中这两种酶表达的调控作用 | 特应性皮炎患者皮损组织、特应性皮炎患者外周血单核细胞、健康志愿者外周血单核细胞及匿名供者外周血单核细胞 | 数字病理学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序, q-PCR, 免疫细胞化学 | NA | 图像, 文本 | 特应性皮炎皮损活检组织的单细胞RNA测序数据（来自已发表研究），以及特应性皮炎患者、健康志愿者和匿名供者的外周血单核细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 72 | 2026-09-20 |
Cross-species identification of conserved cell-type specific mechanisms during early placenta development in ruminants
2025-Nov-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-29895-2
PMID:41298965
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研究论文 | 本研究整合了绵羊和牛早期胎盘发育过程中的单细胞RNA测序数据，跨物种鉴定了保守的细胞类型特异性机制 | 首次跨物种整合绵羊和牛早期胎盘发育的单细胞RNA测序数据，发现了两个牛特有的滋养层细胞簇，并揭示了EMT在反刍动物早期胎盘形成中的潜在关键作用 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 在细胞类型水平上理解正常胎盘发育，揭示反刍动物早期胎盘发育中保守的细胞类型特异性机制 | 绵羊和牛的早期胎盘组织 | 单细胞组学 | 妊娠丢失 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2026-09-20 |
Mapping cellular interactions and communication landscapes in cervical cancer via single-cell transcriptomics
2025-Nov-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-04040-7
PMID:41291352
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研究论文 | 该研究通过重新分析宫颈癌单细胞RNA测序数据，并结合qPCR和ELISA验证，全面刻画了宫颈癌肿瘤微环境中的细胞多样性、细胞间通讯网络及分子特征 | 整合了单细胞转录组学、细胞间通讯映射、MIF通路分析、时间轨迹建模和通路富集分析，并结合20对肿瘤与癌旁组织的qPCR和ELISA实验验证，系统揭示了宫颈癌微环境中以癌相关成纤维细胞为核心的MIF信号网络及ISG15等关键调控因子 | 研究主要基于公共数据库GSE236738的二次分析，样本来源有限；验证实验仅纳入20例患者，样本量较小；缺乏功能实验验证关键基因的生物学机制 | 阐明宫颈癌组织的细胞多样性、细胞间信号网络及潜在分子过程 | 宫颈癌组织及配对癌旁非肿瘤宫颈组织的单细胞转录组数据及临床样本 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序、qPCR、ELISA | UMAP、t-SNE、时间轨迹建模 | 单细胞转录组数据、图像、文本 | 公共数据集GSE236738的单细胞RNA测序数据，以及20例患者的配对肿瘤与癌旁组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 74 | 2026-09-20 |
Vascular dementia increases levels of methylenetetrahydrofolate reductase and cystathionine β-synthase in female patients and changes gene expression of acetylcholine and glutamate clathrin-sculpted transport vesicles
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689865
PMID:41394563
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研究论文 | 本研究通过分析血管性痴呆患者死后脑组织，检测一碳代谢相关酶和神经递质标志物的水平，并进行空间转录组学分析，揭示血管性痴呆的分子机制。 | 首次在血管性痴呆患者中结合性别因素详细分析一碳代谢酶的表达，并利用空间转录组学揭示了谷氨酸和乙酰胆碱包涵素 sculpted 运输囊泡基因表达的变化。 | 样本量较小，特别是空间转录组学仅分析了4个样本；仅分析了皮质组织，可能无法全面反映血管性痴呆的病理变化。 | 旨在提供血管性痴呆背景下的一碳代谢的详细分子画像，揭示潜在的分子机制。 | 女性及男性血管性痴呆患者和对照组的死后皮质组织。 | 数字病理学 | 血管性痴呆 | 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | 未明确说明总样本量，但空间转录组学分析了4个样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 75 | 2026-09-20 |
Developmental and transcriptional programs that define the initiation of the forelimb
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.23.689776
PMID:41394637
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研究论文 | 该研究通过高通量测序方法定义了小鼠前肢起始的四个发育阶段，并利用单细胞RNA测序鉴定了前肢起始时体侧板中胚层的转录谱及TBX5候选靶基因 | 首次利用多种高通量测序技术（RNA-seq、scRNA-seq、ChIP-seq、Ribo-ITP）系统定义了前肢起始的四个不同阶段，并鉴定了新生前肢的特异性基因特征，发现这些基因高度富集TBX5结合位点，提出了TBX5驱动肢体起始的新机制模型 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 定义前肢起始的时间阶段，并确定体侧板中胚层中前肢特异性转录的起始及其调控机制 | 小鼠胚胎体侧板中胚层及前肢芽 | 发育生物学、基因组学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, Ribo-ITP | NA | 转录组数据、表观遗传数据、翻译谱数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, ChIP-seq, Ribo-ITP | NA | NA |
| 76 | 2026-09-20 |
Mapping embryonic mouse lung development using enhanced spatial transcriptomics
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.22.688293
PMID:41394655
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研究论文 | 该研究优化了基于微流控的确定性条形码测序（DBiT-seq）工作流程，对早期胚胎小鼠肺组织切片进行高灵敏度空间转录组映射，揭示了上皮祖细胞的空间分布变化及一个促进胚胎肺神经支配的间充质细胞簇 | 优化了DBiT-seq工作流程以实现早期胚胎小鼠肺组织的高灵敏度空间映射；发现了上皮祖细胞在早期阶段分布于整个上皮树、随后才局限于远端末端；识别出一个此前未被认识的间充质细胞簇，该细胞簇高表达细胞外基质蛋白并似乎促进胚胎肺神经支配 | NA | 研究成熟哺乳动物肺中约50种不同细胞类型的空间模式在发育过程中如何逐步建立 | 早期胚胎小鼠肺组织 | 空间转录组学 | NA | DBiT-seq（确定性条形码测序） | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | DBiT-seq | 基于微流控的确定性条形码测序（DBiT-seq）工作流程，优化后用于早期胚胎小鼠肺组织切片的高灵敏度空间映射 |
| 77 | 2026-09-20 |
The prognostic value and functional role of CPSF3 in hepatocellular carcinoma
2025-Nov-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-29527-9
PMID:41286303
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研究论文 | 该研究通过多组学分析和实验验证系统评估了CPSF3在肝细胞癌中的表达、临床意义和功能机制 | 首次系统揭示CPSF3在肝细胞癌中的诊断和预后价值，并通过单细胞测序阐明其在恶性细胞和增殖T细胞中的表达特征及与免疫浸润的关联 | 摘要中未明确说明研究的具体局限性 | 评估CPSF3在肝细胞癌中的表达、临床意义和功能作用，探索其作为诊断和预后生物标志物及治疗靶点的潜力 | 肝细胞癌组织样本和细胞系 | 多组学分析 | 肝癌 | 多组学分析、单细胞测序、功能实验 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2026-09-20 |
Single-cell RNA sequencing revealed the association between proximal tubular epithelial cells and renal interstitial cells in chronic kidney disease progression
2025-Nov-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-28988-2
PMID:41286490
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序揭示了慢性肾脏病进展中近端肾小管上皮细胞与肾间质细胞的关联 | 识别了一个特定的损伤近端肾小管上皮细胞亚群PT_5，该亚群位于S1段，在CKD进展中逐渐扩张，并通过配体-受体对与巨噬细胞、成纤维细胞、T细胞和NK细胞协调间质重塑 | 研究基于小鼠模型，结果需在人类CKD中进一步验证 | 阐明慢性肾脏病发病过程中损伤近端肾小管上皮细胞的特征及其与特定间质细胞协调促进疾病进展的机制 | 慢性肾脏病小鼠模型 | 数字病理学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 79 | 2026-09-20 |
Senescence-related gene signatures in Crohn's disease: integrating bulk and single-cell RNA sequencing analysis
2025-Nov-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-29727-3
PMID:41286494
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，识别了克罗恩病中与衰老相关的基因特征，并构建了诊断模型 | 首次整合bulk和单细胞RNA测序分析克罗恩病中的衰老相关基因，鉴定了五个枢纽基因并揭示了单细胞水平的衰老异质性 | 未明确说明 | 识别克罗恩病中衰老相关基因及其对预后和疾病进展的影响 | 克罗恩病患者（包括肠道组织和临床样本）及小鼠模型 | 机器学习 | 克罗恩病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | 机器学习算法（未具体指定，如随机森林、SVM等） | 基因表达数据（RNA测序） | 未明确说明 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2026-09-20 |
Deciphering HTLV-1-associated Lung Pathology through Integrated in vitro and Multi-cohort Multi-omics Analysis: Inflammation, Monocyte Recruitment and Differentiation Triggered by HTLV-1-exposed Alveolar Epithelial Cells
2025-Nov-24, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8051355/v1
PMID:41356367
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研究论文 | 本研究通过体外共培养模型和多队列多组学分析，揭示了HTLV-1暴露的肺泡上皮细胞通过RELA/NF-κB依赖途径释放炎症因子，触发单核细胞募集与分化，从而导致HTLV-1相关肺部炎症的机制 | 首次建立HTLV-1感染的体外共培养模型（A549上皮细胞与HTLV-1感染的MT-2细胞共培养），重现HTLV-1触发的肺部炎症；利用CRISPR/Cas9 RELA敲除证明CSF-1表达与NF-κB信号通路的机制关联；整合批量与单细胞转录组学、病毒相互作用组学和多祖先GWAS验证体外模型的体内相关性 | 研究主要基于A549细胞系和THP-1细胞的体外模型，可能无法完全反映体内复杂微环境；未涉及HTLV-1感染患者的直接临床样本验证；摘要中未提供具体样本量信息 | 评估HTLV-1感染对肺部炎症的影响，阐明HTLV-1暴露的肺泡上皮细胞触发单核细胞募集和分化的分子机制，并通过多组学分析验证体外模型的体内相关性 | A549肺泡上皮细胞、HTLV-1感染的MT-2细胞、THP-1单核细胞、原代单核细胞，以及多队列多组学数据 | 机器学习, 数字病理学 | 肺癌, 心血管疾病 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 病毒相互作用组学, 多祖先GWAS, RT-qPCR, CRISPR/Cas9 | NA | 文本, 图像 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |