单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
61 2026-02-24
Spatiotemporal transcriptomic insights into ferroptosis and TFRC-linked immune interactions in ischemia-reperfusion acute kidney injury
2026-Feb, Genes and immunity IF:5.0Q2
研究论文 本研究通过整合单细胞和空间转录组学,揭示了铁死亡相关基因在缺血再灌注急性肾损伤中的时空表达模式及其与免疫细胞(特别是巨噬细胞)的相互作用,并验证了靶向TFRC的治疗潜力 首次结合单细胞与空间转录组学解析AKI中铁死亡相关基因的时空分布特征,并发现TFRC与浸润巨噬细胞存在空间邻近关系,为理解铁死亡与免疫微环境的相互作用提供了新视角 研究主要基于小鼠模型,临床转化需进一步验证;空间转录组学的分辨率可能限制细胞亚型相互作用的精确解析 探究急性肾损伤中铁死亡相关基因的表达模式、空间分布及其与免疫细胞的相互作用,以寻找潜在治疗靶点 小鼠缺血再灌注急性肾损伤模型、肾小管上皮细胞 空间转录组学 急性肾损伤 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 机器学习, 免疫荧光, 共培养实验 机器学习诊断模型 基因表达数据, 空间转录组数据, 图像数据 小鼠模型(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
62 2026-02-24
Recruitment of CCR5+ inflammatory monocytes in pulmonary tissue contributes to acute lung injury
2026-Feb, Genes and immunity IF:5.0Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了在深低温循环停搏诱导的急性肺损伤中,CCR5+炎症性单核细胞的招募及其作用机制 首次在DHCA诱导的ALI大鼠模型中,利用单细胞RNA测序技术识别出CCR5+单核细胞亚群的显著增加,并发现CCR5阻断剂能减轻肺损伤并抑制自噬 研究基于大鼠模型,结果可能无法直接外推至人类;单细胞测序样本量较小,需进一步验证 探究深低温循环停搏后急性肺损伤的免疫细胞机制及潜在治疗靶点 健康大鼠和DHCA诱导的急性肺损伤大鼠的肺组织细胞 数字病理学 肺损伤 单细胞RNA测序 NA RNA序列数据 健康大鼠和DHCA大鼠的肺组织细胞(具体数量未明确) NA 单细胞RNA-seq NA NA
63 2026-02-24
Flexibility of cell fates and functions across sex determination systems revealed by comparative single-cell analyses
2026-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞转录组学比较分析了温度依赖性性别决定(TSD)系统与遗传性别决定(GSD)系统在脊椎动物性腺细胞类型和遗传程序上的差异 揭示了脊椎动物性别决定系统中细胞命运和功能的广泛可塑性,并发现支持细胞谱系在TSD系统中表达雄激素合成基因,这与哺乳动物不同 研究主要基于特定龟类物种,可能无法完全代表所有TSD或GSD系统的多样性 比较不同性别决定系统下脊椎动物性腺细胞类型和遗传程序的保守性与差异 龟类(温度依赖性性别决定)、小鼠(XY遗传性别决定)和鸡(ZW遗传性别决定)的性腺组织 单细胞转录组学 NA 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA-seq数据 未明确指定样本数量,但涉及多个物种的性腺组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
64 2026-02-24
Multiplexed enrichment and tracking of lineages with CloneSweeper
2026-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为CloneSweeper的多重谱系追踪平台,用于高效捕获和富集稀有细胞谱系,以研究治疗抵抗机制 开发了CloneSweeper平台,利用双功能条形码同时实现活细胞分选和单细胞RNA测序检测,能够同时富集多个稀有谱系 未明确说明平台在更广泛疾病模型或样本类型中的适用性限制 研究治疗抵抗机制,区分预存细胞状态(“启动”)与药物诱导变化(“适应”) BRAF V600E黑色素瘤模型中的细胞谱系 单细胞组学 黑色素瘤 单细胞RNA测序(scRNA-seq),Cas9 gRNA介导的活细胞分选 NA 单细胞转录组数据 涉及21个不同的稀有谱系 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Genomics scRNA-seq 未指定具体产品型号,但提及用于高回收率检测
65 2026-02-24
CytoVerse: Single-Cell AI Foundation Models in the Browser
2026-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了CytoVerse框架,它能在浏览器中运行单细胞RNA测序基础模型,实现无需服务器计算的大规模单细胞数据映射 通过ONNX部署模型、使用压缩索引(IVFPQ)在客户端搜索超过2000万个细胞参考数据,以及轻量级协议共享嵌入而不暴露原始数据,实现了浏览器端的隐私保护单细胞分析 未提及具体性能瓶颈或兼容性限制 开发一个可扩展且隐私保护的分布式单细胞分析框架 单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 基础模型(Foundation Models) 单细胞基因表达数据 超过2000万个细胞参考数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
66 2026-02-24
Altered immune and treatment response gene expression signatures among poverty-exposed children with B-ALL
2026-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析贫困暴露的B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)儿童患者的白血病母细胞及其微环境,揭示了其在诊断时表现出类固醇耐药和免疫细胞功能改变的转录特征 首次在单细胞水平上揭示了贫困暴露与B-ALL儿童患者白血病细胞类固醇耐药性及免疫微环境改变的关联 研究样本量有限,且机制性关联需要进一步实验验证 探究贫困暴露对B-ALL儿童患者治疗反应和免疫微环境的影响 标准风险B-ALL儿童患者(贫困暴露与非贫困暴露对比) 数字病理学 白血病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确样本数量,但涉及贫困暴露和非贫困暴露的B-ALL儿童患者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
67 2026-02-24
MicroRNAs as potential prognostic biomarkers in acute lymphoblastic leukemia: a systematic review, meta-analysis, and bioinformatics study
2026-Jan-29, Systematic reviews IF:6.3Q1
系统综述、荟萃分析与生物信息学研究 本文通过系统综述、荟萃分析和生物信息学方法,评估miRNA作为急性淋巴细胞白血病预后生物标志物的潜力,并利用ceRNA网络和单细胞RNA测序分析验证靶基因 结合系统综述、荟萃分析和生物信息学方法,首次构建ceRNA网络并应用单细胞RNA测序分析miRNA靶基因在ALL中的表达模式,揭示了白血病原始细胞中靶基因表达的最一致和显著改变 需要大型多中心试验进一步确认miRNA的预后价值,研究结果可能受纳入研究的异质性和样本量限制 评估miRNA作为急性淋巴细胞白血病预后生物标志物的潜力,并探索其调控机制 急性淋巴细胞白血病患者,特别是涉及1974名患者的22项研究中的miRNA表达数据 生物信息学 急性淋巴细胞白血病 单细胞RNA测序、ceRNA网络分析、荟萃分析 NA 文本数据、基因表达数据 1974名患者,来自22项研究 NA 单细胞RNA测序 NA NA
68 2026-02-24
Sod1 trisomy causes ENS developmental defects and susceptibility to Hirschsprung disease via neuronal Ret suppression and glial remodeling
2026-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了21号染色体基因SOD1剂量增加如何通过抑制神经元Ret表达和重塑胶质细胞状态,导致肠神经系统发育缺陷并增加先天性巨结肠症易感性 首次证明SOD1基因剂量单独增加足以扰乱肠神经系统发育,并阐明了其通过双重机制(抑制神经发生与促进胶质细胞反应性增殖)导致先天性巨结肠易感性的具体通路 研究基于人源化三体小鼠模型,与人类Down综合征的完整遗传背景存在差异;单细胞测序仅分析了出生后第0天的远端结肠组织 解析Down综合征患者先天性巨结肠症风险增高的特定染色体21基因机制 携带人源SOD1基因座的转基因小鼠肠神经系统细胞 单细胞组学 先天性巨结肠症 单细胞RNA测序,免疫荧光染色 转基因小鼠模型 单细胞转录组数据,荧光图像数据 未明确样本数量(出生后第0天小鼠远端结肠组织) NA 单细胞RNA-seq NA NA
69 2026-02-24
Spatial transcriptomics reveals brain-wide circadian disruption in an Alzheimer's disease model
2026-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用空间转录组学技术,揭示了小鼠大脑中昼夜节律转录的空间组织架构,并发现阿尔茨海默病模型中存在早期、区域特异性的昼夜节律紊乱 首次在大规模空间转录组学层面,绘制了健康与阿尔茨海默病模型小鼠大脑中24小时节律转录的空间分布图,揭示了区域特异性节律紊乱作为疾病早期特征 研究基于小鼠模型(APP23),可能无法完全反映人类阿尔茨海默病的复杂性;且主要关注转录水平,未深入探讨功能机制 探究健康与阿尔茨海默病状态下大脑昼夜节律转录的空间组织特征及其在疾病发病机制中的作用 小鼠大脑(包括皮质和皮质下区域),特别是APP23阿尔茨海默病模型小鼠 空间转录组学 阿尔茨海默病 空间转录组学 NA 空间转录组数据 未明确指定样本数量,但涉及小鼠大脑多个区域的大规模空间转录组分析 NA 空间转录组学 NA NA
70 2026-02-24
Substantial unannotated noncoding transcripts in tumors may transcriptionally regulate cancer-related genes
2026-Jan-28, BMC biology IF:4.4Q1
研究论文 本研究通过泛癌分析识别了未注释的非编码转录本(UNTs),并利用CRISPR/Cas9技术验证了它们在癌症中转录调控基因的潜力 首次系统性地研究了肿瘤中未注释非编码转录本(UNTs)的广泛存在及其转录调控机制,揭示了其癌症和物种特异性 研究仅针对四种肿瘤的细胞系和组织样本,可能无法代表所有癌症类型;UNTs的功能验证仅限于三个具体例子 探究肿瘤中未注释非编码转录本(UNTs)的转录调控功能及其在癌症中的作用 四种肿瘤的细胞系和组织样本,以及三个具体的UNTs(MSTRG.2513.6、MSTRG.4401.1、MSTRG.34636.7) 生物信息学 癌症 RNA-seq、scRNA-seq、CRISPR/Cas9基因编辑 NA RNA序列数据 四种肿瘤的细胞系和组织样本(具体数量未明确) NA 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq NA NA
71 2026-02-22
stGCL: a versatile cross-modality fusion method based on multi-modal graph contrastive learning for spatial transcriptomics
2026-Jan-28, Genome biology IF:10.1Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
72 2026-02-24
SAMSN1 restrains NK cell mediated anti-tumor immunity in hepatocellular carcinoma
2026-Jan-21, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文发现SAMSN1作为肝癌中NK细胞功能的新型免疫检查点,通过单细胞RNA测序和体内模型验证其抑制NK细胞活化和抗肿瘤免疫 首次识别SAMSN1为肝癌中NK细胞特异性免疫检查点,并通过NK细胞特异性敲除模型证实其功能 研究主要基于小鼠模型和患者单细胞数据,尚未进行临床干预试验验证靶向治疗效果 探究SAMSN1在肝癌微环境中对NK细胞功能的调控机制及其作为免疫治疗靶点的潜力 肝癌患者样本、小鼠肝癌模型(Hepa1-6细胞系)中的NK细胞 免疫学 肝癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因敲除模型 NA 单细胞转录组数据、体内实验数据 肝癌患者样本(未指定具体数量)及小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
73 2026-02-24
huSA: a comprehensive database for multi-dimensional resolution of bulk, single cell and spatial transcription profiles in skin diseases
2026-Jan-15, Database : the journal of biological databases and curation
研究论文 本研究构建了一个名为人类皮肤图谱(huSA)的综合性数据库,整合了多种皮肤疾病的批量、单细胞和空间转录组数据,并提供标准化分析和交互式可视化工具 首次构建了一个整合17种皮肤疾病、涵盖单细胞RNA测序、空间转录组学和批量RNA测序等多种数据类型的综合性数据库,并提供标准化的分析流程和交互式可视化平台 数据库目前主要整合已发表的公开数据集,可能未包含所有最新的研究数据;分析流程的标准化可能无法完全适应所有特定研究问题 解决皮肤疾病转录组数据缺乏有效整合和标准化分析的问题,构建一个系统性的资源平台 皮肤疾病相关的转录组数据 数字病理学 皮肤疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间转录组学,批量RNA测序(bulk RNA-seq) NA 转录组数据 总计2999个样本,包括1434个scRNA-seq样本、63个空间转录组样本和1502个bulk RNA-seq样本,来自63个独立数据集 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq NA NA
74 2026-02-24
Generation of human pineal gland organoids with melatonin production for disease modeling
2026-Jan-08, Cell stem cell IF:19.8Q1
研究论文 本研究开发了人松果体类器官,用于模拟松果体发育和功能,并应用于疾病建模 首次从多能干细胞生成人松果体类器官,成功模拟松果体发育和褪黑素生产,并应用于Angelman综合征疾病模型 研究基于体外模型,可能无法完全复制体内复杂环境,且样本来源有限 开发人松果体类器官平台,用于研究松果体发育、昼夜节律调节及相关疾病 人松果体类器官、Angelman综合征患者来源的iPSCs、松果体切除小鼠 数字病理学 神经发育障碍 单细胞RNA测序 NA RNA-seq数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
75 2026-02-24
LncRNAs at the frontline of neuroimmune crosstalk in oral cancer
2026-Jan-06, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3
综述 本文综述了长链非编码RNA(lncRNA)在口腔鳞状细胞癌(OSCC)神经-免疫-癌症轴中的调控作用 不同于以往孤立探讨神经元或免疫机制的研究,本文聚焦于lncRNA可能调控的神经免疫交汇通路,并提出了可验证的假说 缺乏OSCC特异性的功能研究、缺乏lncRNA活性的空间或单细胞分辨率数据、评估lncRNA驱动神经浸润的体内模型有限 阐明lncRNA在OSCC神经免疫串扰中的调控机制,以识别新的生物标志物和治疗靶点 口腔鳞状细胞癌(OSCC) 自然语言处理 口腔癌 NA NA NA NA NA NA NA NA
76 2026-02-24
SLC25A37 as a novel therapeutic target for benign prostatic hyperplasia: integrative analyses of single-cell RNA sequencing and genome-wide association studies
2026-Jan, Open medicine (Warsaw, Poland)
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和全基因组关联分析,鉴定出SLC25A37是良性前列腺增生(BPH)的一个新型致病基因,并探索了其作为治疗靶点的潜力 首次将单细胞RNA测序与全基因组关联研究相结合,在BPH的经典单核细胞中鉴定出SLC25A37这一新的致病基因,并探索了靶向该基因的潜在治疗药物 未明确说明样本的具体数量,且体外实验验证可能不足以完全代表体内复杂的病理生理环境 识别良性前列腺增生(BPH)的致病基因并探索潜在的治疗靶点 良性前列腺增生(BPH)患者与健康对照者的前列腺组织 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq),全基因组关联研究(GWAS),孟德尔随机化(MR),贝叶斯共定位,分子对接,流式细胞术,qRT-PCR,蛋白质印迹,免疫组织化学,免疫荧光染色 NA 单细胞RNA测序数据,基因组关联数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
77 2026-02-24
Multi-scale systems toxicology defines a KLF5-centered adverse outcome pathway linking DEHP exposure to pancreatic cancer progression and signaling programs relevant to therapy tolerance
2026, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 本研究通过多尺度系统毒理学框架,揭示了DEHP暴露通过KLF5中心的不良结局通路促进胰腺癌进展的机制 整合了异质集成机器学习、孟德尔随机化、分子对接与动力学、单细胞转录组学等多种方法,首次提出KLF5为中心的DEHP-PDAC关联通路 研究结果主要为假设生成性质,需要进一步实验验证 阐明DEHP暴露与胰腺癌进展之间的分子机制和不良结局通路 胰腺导管腺癌(PDAC)相关基因、KLF5蛋白、PANC-1细胞系 系统毒理学 胰腺癌 单细胞转录组学、分子对接、分子动力学模拟、孟德尔随机化 TabPFN增强集成模型、异质集成机器学习 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据、分子结构数据 未明确说明具体样本数量 NA 单细胞RNA-seq NA NA
78 2026-02-24
Single-cell RNA sequencing suggests different progenitor lineages between IDH mutant and IDHwt glioma
2026 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了IDH突变型和IDH野生型胶质瘤在祖细胞谱系标记表达上的差异 首次将胎儿脑神经祖细胞分类系统应用于IDH突变型和野生型胶质瘤的单细胞分析,揭示了THY1表达在两类胶质瘤中的显著差异 研究依赖于公开数据集,样本量有限,且未进行实验验证 比较IDH突变型和IDH野生型胶质瘤的祖细胞谱系差异 IDH突变型星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤和IDH野生型胶质母细胞瘤样本 数字病理学 胶质瘤 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 90个样本(74个IDHwt原发和复发样本,6个原发少突胶质细胞瘤样本,10个原发IDH突变型星形细胞瘤样本) NA 单细胞RNA-seq NA NA
79 2026-02-24
Microglia heterogeneity and therapeutic strategies in Parkinson's disease
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
综述 本文系统综述了帕金森病中小胶质细胞的异质性及其在疾病中的作用,并总结了针对小胶质细胞的新干预和治疗策略 利用单细胞转录组学等新技术揭示了帕金森病中小胶质细胞功能的多样性和表型谱系变化,为理解其机制提供了新见解,并系统阐述了其在功能、空间、遗传和性别方面的差异 NA 探讨帕金森病中小胶质细胞的异质性及其在神经退行性变中的作用,并总结针对小胶质细胞的干预和治疗策略 帕金森病、小胶质细胞 神经科学 帕金森病 单细胞转录组学 NA NA NA NA NA NA NA
80 2026-02-24
Unique chicken B cell development: species-specific mechanisms and contradictory requirements of B cell receptor for post-hatched B cell development
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
综述 本文综述了鸡B细胞发育的独特三阶段个体发生过程,并与哺乳动物(以人类为代表)的B细胞发育进行比较 揭示了鸡B细胞发育中BCR信号需求的矛盾性,以及通过基因转换而非V(D)J重组进行抗体多样化的替代进化策略 作为一篇综述文章,主要基于现有文献进行总结,未提出新的实验数据或模型 比较鸡与哺乳动物B细胞发育的物种特异性机制,探讨免疫系统进化 鸡的B细胞发育过程,特别是法氏囊作为禽类特异性初级B细胞淋巴器官的作用 NA NA 单细胞RNA测序,基因敲除研究 NA NA NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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