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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
61 2026-08-02
Systems-Level Mapping of the Tumor Microenvironment Reveals Immune-Mediated Mechanisms and Potential Targets in Platinum-Resistant Ovarian Cancer
2026-Jul-22, Research square
研究论文 通过多模态系统生物学方法绘制卵巢癌微环境图谱,揭示免疫介导的耐药机制和潜在靶点 整合多重免疫组化、批量RNA测序和单细胞RNA测序,结合计算反卷积和组合标记识别工具,首次识别出与铂耐药相关的两种不同细胞程序 未在功能实验中验证耐药模型的机制,样本量有限且依赖已有数据集进行验证 探索卵巢癌微环境中驱动治疗耐药的细胞群体和标记物 良性和癌性卵巢组织样本,包括铂敏感和铂耐药样本 数字病理学 卵巢癌 多重免疫组化, 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 CIBERSORTx, singleR, COMET, 拟时间分析 图像, 文本, 表达数据 良性样本6-13例,癌症样本7-20例 NA NA NA NA
62 2026-08-02
Integrating single-cell and bulk transcriptomic perturbation resources reveals complementary therapeutic spaces for drug repurposing
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发了CDRPipe框架,整合单细胞和批量转录组扰动资源,用于药物重定位,并评估其性能。 创新性地整合了来自不同实验技术(微阵列和单细胞RNA测序)的转录组扰动数据,构建统一分析框架,提高了药物重定位的覆盖范围和可靠性。 单细胞和微阵列资源在药物库组成和临床注释覆盖上存在差异,可能影响性能比较;预测结果仅通过已知关联验证,缺乏实验验证。 开发并验证一个整合多种转录组扰动数据的药物重定位框架,以扩大治疗性发现空间并提高预测稳健性。 药物重定位相关基因表达签名(包括疾病签名和药物扰动签名) 计算生物学,药物重定位 自身免疫性疾病,子宫内膜异位症 转录组学(微阵列和单细胞RNA测序),伪批量分析 经验零模型,基于秩的连接性评分 基因表达数据(微阵列和单细胞RNA测序),文本数据(疾病和药物注释) 1968个CMap微阵列实验,56827个Tahoe-100M单细胞RNA测序实验,233个疾病签名 NA 批量转录组测序,单细胞RNA测序 NA NA
63 2026-08-02
Transcriptional landscape of direct reprogramming toward the hematopoietic lineage
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞转录组图谱和算法预测的转录因子组合,表征了人类成纤维细胞直接重编程为造血干细胞过程中的转录景观,并提出了一种优化重编程方案的通用策略 创新点在于结合长读长单细胞RNA测序和参考图谱基准测试,实现了对部分重编程状态的系统表征,并通过算法预测转录因子配方来指导重编程优化 当前重编程方案效率低,且功能验证需要完全重编程的细胞,限制了协议开发过程中的应用 通过构建单细胞转录组参考图谱和测试算法预测的转录因子配方,提高成纤维细胞向造血干细胞重编程的效率并优化评估方法 人类成纤维细胞和重编程过程中的CD34+细胞 单细胞转录组学 血液和免疫疾病 长读长单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
64 2026-08-02
Bacterial surface display enables lysis-independent joint host-pathogen single-cell profiling
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种无裂解的单细胞分析方法,通过细菌表面展示技术同时测量宿主细胞和胞内细菌的状态,实现宿主-病原体联合单细胞分析。 创新点在于利用细菌表面展示技术将启动子活性和细菌身份编码为抗体可检测信号,无需病原体特异性裂解优化或预分选,即可兼容现有基于抗体的单细胞检测方法,实现宿主和病原体的联合单细胞分析。 局限性未在摘要中明确提及,可能包括对细菌表面展示系统的依赖以及检测通量和灵敏度的潜在限制。 开发一种可扩展的无裂解方法,用于同时分析宿主细胞状态和胞内细菌状态,以解决现有单细胞方法在联合分析中的技术不匹配问题。 受感染的巨噬细胞,以及细菌(包括具体物种如病原体)和宿主细胞。 单细胞组学 NA 细菌表面展示、流式细胞术、液滴单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据,流式细胞术数据 未提及具体样本数量,涉及受感染的巨噬细胞。 NA 单细胞RNA测序,流式细胞术 NA 液滴单细胞RNA测序
65 2026-08-02
GEM-GPT Enables Personalized Cell Type-Resolved Therapeutic Design for Systems Pharmacology
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 介绍GEM-GPT,一个基于转录组的分子生成框架,用于设计个性化治疗化合物,逆转细胞类型特异性疾病状态至健康表型 将单细胞RNA测序基础模型与分子GPT模型耦合,实现细胞类型特异性化学-基因相互作用的建模 未提及 开发用于系统药理学导向的药物设计的生成式AI工具,支持个性化治疗设计 慢性及全身性疾病,特别关注阿片类药物使用障碍 生成式人工智能、药物设计、系统药理学 阿片类药物使用障碍 单细胞RNA测序 GPT 转录组数据 未提及 NA 单细胞RNA测序 NA NA
66 2026-08-02
Deep interpretable learning of sample representations for characterizing disease states in single-cell transcriptomics
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 介绍Phenoverse,一个可解释的深度学习框架,用于从单细胞转录组学中学习样本级别的疾病状态表示 提出一种结合细胞类型感知残差编码、原型学习和Perceiver聚合的框架,在仅使用二元表型标签训练的情况下,能预测疾病状态并编码连续疾病严重程度谱 未在文中明确提及 开发可解释的深度学习方法,从单细胞转录组数据中学习样本级别疾病状态表示,并解析样本异质性 来自COVID-19、阿尔茨海默病和系统性红斑狼疮的独立单细胞转录组队列,总计超过500万个细胞 机器学习 COVID-19,阿尔茨海默病,系统性红斑狼疮 单细胞转录组测序 深度学习(包含残差编码、原型学习、Perceiver聚合) 单细胞转录组数据 超过500万个细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
67 2026-08-02
Lineage-specific change in craniofacial gene regulatory networks of syngnathid fishes revealed by integrating multiomics across fishes
2026-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过整合多组学数据,比较了海龙科鱼类(如海湾鳉鱼)与三棘刺鱼和斑马鱼的颅面基因调控网络,发现核心咽弓颅神经嵴细胞网络在进化中高度保守,但存在局部变化,这些变化促进了海龙科独特颅面形态的演化 首次利用比较单细胞RNA测序、ATAC-seq和全基因组比对,系统分析了海龙科鱼类颅面基因调控网络的进化,揭示了局部网络修改而非全局重连是衍生颅面结构演化的基础 研究仅涵盖少数物种,且对特定基因表达的因果验证主要依赖斑马鱼模型,可能不足以完全代表海龙科鱼类的进化背景 探究海龙科鱼类颅面基因调控网络的进化机制,特别是颅神经嵴细胞如何通过局部改变演化出高度特化的颅面形态 海湾鳉鱼、三棘刺鱼和斑马鱼的颅神经嵴细胞及颅面基因调控网络 基因组学,单细胞组学 不适用 单细胞RNA测序,ATAC-seq,全基因组比对 不适用 单细胞转录组数据,染色质开放性数据,基因组序列比对数据 涉及3个鱼类物种的颅神经嵴细胞,具体样本数量未在摘要中提供 不适用 单细胞RNA测序,单细胞ATAC-seq 不适用 不适用
68 2026-08-02
Human Myometrial Cell Fate under Chronic Oxidative Stress for Leiomyomagenesis
2026-Jul-20, Research square
研究论文 该研究通过构建人子宫肌层细胞系,模拟慢性氧化应激,结合空间转录组学与突变分析,探究氧化应激在子宫肌瘤发生中的因果作用 首次利用稳定表达MnSOD缺陷的人子宫肌层细胞系结合长期(长达10个月)的体内外模型,系统展示慢性氧化应激驱动子宫肌层细胞分子与基因组改变,为子宫肌瘤起始提供机制性证据 研究主要基于细胞系和异种移植模型,可能无法完全复制人类子宫肌瘤的复杂微环境;且未涉及MED12突变的具体检测,结论外推需谨慎 验证慢性氧化应激是否通过诱导细胞重塑和基因组改变促进子宫肌瘤发生的早期事件 人子宫肌层细胞系(Myo-hTERT)及其野生型、MnSOD缺陷型变异体 数字病理学 子宫肌瘤 空间转录组学、突变分析、细胞培养 细胞系模型、异种移植模型、三维球体培养 转录组数据、突变数据、图像 多个细胞系及异种移植样本,具体数量未在摘要中说明 NA 空间转录组学 NA NA
69 2026-08-02
XYomics: detecting sex-dependent molecular mechanisms in omics data
2026-Jul-17, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 提出XYomics,一个用于系统分析组学数据中性别依赖性分子机制的R软件包 首次提供系统性的工具来识别性别特异性、性别二态性和性别调节性变化,并整合统计分类、通路富集和网络分析 未提及 开发一个开源工具,用于在生物医学组学数据中系统分析性别依赖性分子机制,以促进精准医学 阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据 生物信息学 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未提及 NA 单细胞RNA测序 NA NA
70 2026-08-02
Regulatory T cells establish an IL-10-IL10Rα immunometabolic checkpoint that limits HSL activation and lipolysis
2026-Jul-13, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究揭示了脂肪组织中的调节性T细胞通过IL-10-IL10Rα信号通路,作为一个免疫代谢检查点,限制激素敏感性脂肪酶的激活和脂肪分解。 首次证明脂肪组织Tregs作为时间依赖的免疫代谢检查点,直接调节β-肾上腺素能驱动的脂解程序,并阐明IL-10-IL10Rα-STAT3-RGS2/RGS3信号轴抑制HSL活化的新机制。 摘要未明确提及研究局限性。 探讨脂肪组织Tregs是否作为免疫代谢检查点,直接调控脂肪细胞核心信号程序,特别是β-肾上腺素能驱动的脂解过程。 脂肪组织Tregs、脂肪细胞、β-肾上腺素能刺激下的脂解信号通路。 免疫代谢、细胞生物学 肥胖相关脂肪功能障碍 单细胞RNA测序、流式细胞术、磷酸化蛋白质组学、遗传扰动 NA 基因表达数据、流式细胞数据、蛋白质组数据 未在摘要中明确说明具体样本数量。 NA 单细胞RNA测序 NA NA
71 2026-08-02
Functional Depth Biomarkers Distinguish Lung Squamous Cell Carcinoma from Lung Adenocarcinoma
2026-Jul-13, Research square
研究论文 开发了一个整合空间转录组数据通路活性推断、空间邻近网络构建和功能深度分析的框架,用于区分肺鳞状细胞癌和肺腺癌 提出了基于Fraiman-Muniz深度统计量的功能深度生物标志物,包括群体参考深度和患者参考深度两种表征,并揭示了五种新的LUSC富集相互作用 部分新的相互作用机制尚未明确,需要进一步实验验证 开发一种统计严谨的方法,从生物网络中提取可操作的生物标志物,用于肺癌亚型区分和精准肿瘤学 肺鳞状细胞癌和肺腺癌患者 机器学习 肺癌 空间转录组学 随机森林 空间转录组数据 996例TCGA患者 NA 空间转录组学 NA NA
72 2026-08-02
Crosstalk between liver sinusoidal endothelial cells and hepatocytes via IL-1α-IL1R1 axis exacerbates ischaemia/reperfusion injury in aged livers
2026-Jul-08, Gut IF:23.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学等技术,揭示了衰老肝脏中肝窦内皮细胞与肝细胞通过IL-1α-IL1R1轴相互作用加剧缺血再灌注损伤的机制,并提出IL-1α中和抗体作为潜在治疗策略 首次阐明衰老肝脏中肝窦内皮细胞与肝细胞之间的双向正反馈环路(MEIS2/IL-1α/IL1R1/TNF-α轴)加剧缺血再灌注损伤,并验证IL-1α中和抗体的治疗潜力 研究主要基于动物模型和体外实验,临床验证尚不充分;未深入探讨其他细胞类型在衰老肝脏HIRI中的作用 阐明衰老肝脏中缺血再灌注损伤加剧的关键细胞相互作用和分子机制,寻找治疗靶点 衰老肝脏中的肝窦内皮细胞和肝细胞,涉及人类、大鼠和小鼠的肝脏组织 数字病理学 老年疾病 单细胞RNA测序、空间转录组学、腺相关病毒介导的基因敲低、中和抗体实验 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据、图像数据 涉及人类、大鼠和小鼠的肝脏组织样本,具体数量未提供 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞3'测序和10x Visium空间转录组学
73 2026-08-02
Nanoparticle Modulation of Immune and Vascular Microenvironment Dynamics Following Spinal Cord Injury
2026-Jul-08, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
研究论文 本研究探讨了治疗性纳米颗粒在脊髓损伤急性期通过调节单核细胞和中性粒细胞表型与迁移,间接影响损伤微环境中多种细胞类型,从而促进促再生环境的机制 首次利用单细胞测序技术结合过继转移实验,系统揭示了纳米颗粒对免疫细胞直接和间接作用的机制,并计算了损伤微环境中细胞间的通信网络 研究仅基于雌性小鼠宫颈半切模型,未涉及其他物种或损伤类型,且缺乏长期功能恢复的跟踪 阐明纳米颗粒在脊髓损伤急性期调控单核细胞和中性粒细胞表型及迁移的机制,并评估其对微环境细胞通信网络的影响 雌性小鼠脊髓损伤模型中的单核细胞和中性粒细胞,以及损伤微环境中的内皮细胞、成纤维细胞、少突胶质前体细胞和施万细胞 神经免疫学、纳米医学、单细胞测序 脊髓损伤 单细胞RNA测序、过继转移 未明确指定,但涉及单细胞测序分析方法 单细胞基因表达数据、细胞迁移数据 未在标题和摘要中提供具体样本量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
74 2026-08-02
Spatial and Temporal Dynamics of Phenylpropanoid Pathway-Derived Secondary Metabolites Under Abiotic Stress
2026 Jul-Aug, Physiologia plantarum IF:5.4Q1
综述 本文综述了苯丙烷途径衍生的次生代谢物在非生物胁迫下的空间和时间动态,并探讨了空间多组学技术如何帮助理解植物应激恢复机制 结合空间和时间组学技术(如成像质谱和空间转录组学)以及机器学习算法,提供了对苯丙烷衍生物次生代谢物动态积累的新视角,并强调了空间多组学在解析植物应激反应中的应用 植物组织结构的复杂性(如刚性细胞壁)、代谢物多样性以及长生命周期使得次生代谢物积累的探索面临挑战 阐明非生物胁迫下苯丙烷途径次生代谢物的空间和时间动态,以及其调控机制,为植物改良提供见解 植物中的苯丙烷途径衍生次生代谢物 植物生物学 非生物胁迫 成像质谱、空间转录组学 机器学习算法 空间多组学数据 不适用 不适用 成像质谱、空间转录组学 不适用 不适用
75 2026-08-02
Fusobacterium nucleatum in oral squamous cell carcinoma: molecular mechanisms, tumor microenvironment and translational implications
2026-Jun-06, Archives of microbiology IF:2.3Q3
综述 本文综述了具核梭杆菌在口腔鳞状细胞癌中的作用机制、肿瘤微环境相互作用及其转化应用前景 重点探讨了FadA和Fap2相关信号、β-catenin、NF-κB和STAT3介导的通路,以及空间转录组学、单细胞测序和多组学整合在宿主-微生物表征中的应用 现有研究结果异质性高且依赖具体背景,数据因肿瘤部位、HPV状态、微生物负荷、宿主免疫组成和研究方法差异而变化,多数生物标志物和治疗策略仍处于早期实验阶段 评估具核梭杆菌在口腔鳞状细胞癌中的分子和细胞相互作用,并探讨其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 具核梭杆菌在口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境中的分子和细胞相互作用 数字病理学 口腔鳞状细胞癌 空间转录组学、单细胞测序、多组学整合 NA NA NA NA 空间转录组学、单细胞测序 NA NA
76 2026-08-02
Diving into the transcriptional landscape of leukemic stem cells in acute myeloid leukemia at single-cell resolution
2026-May-29, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3
综述 本文综述了利用单细胞RNA测序和批量RNA测序研究急性髓系白血病中白血病干细胞转录组的研究。 强调了单细胞RNA测序技术在揭示白血病干细胞异质性、细胞可塑性和代谢重编程方面的优势,并对比了诊断和治疗后样本的动态变化。 缺乏标准化的白血病干细胞鉴定标准,且需要更多临床相关时间点的纵向研究。 总结单细胞RNA测序和批量RNA测序在急性髓系白血病中研究白血病干细胞转录组的现状。 急性髓系白血病中的白血病干细胞群体。 单细胞转录组学 急性髓系白血病 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA 基因表达数据 27项研究 NA 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA NA
77 2026-08-02
An integrated peripheral immune circuit of inflammation and dysfunction underlies drug resistance in pediatric drug-resistant epilepsy
2026-May-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析儿童药物难治性癫痫患者、药物有效患者和健康对照的外周血单个核细胞,揭示与药物抵抗相关的免疫细胞亚群和调控网络 首次对儿童药物难治性癫痫、药物有效和健康对照的外周血单个核细胞进行单细胞RNA测序分析,识别出与药物抵抗强烈相关的VCAN+单核细胞亚群及其促炎特性 样本量较小,可能影响统计效能,导致部分结果不可靠 系统研究不同临床表型下外周血免疫细胞组成和功能的动态变化,识别导致药物难治性癫痫的重要免疫亚群和调控网络,为免疫分型、早期干预和靶向治疗提供新见解 儿童药物难治性癫痫患者、药物有效患者和健康对照的外周血单个核细胞 单细胞测序 药物难治性癫痫 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 7例(3例药物难治性癫痫、2例药物有效、2例健康对照) NA 单细胞RNA测序 NA NA
78 2026-08-02
The implications of TMSB4X in TIM3 hypermethylation and CD8+ T cell exhaustion in diffuse large B-cell lymphoma
2026-May-23, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 该研究揭示了TMSB4X在弥漫大B细胞淋巴瘤中通过影响TIM3甲基化状态调控CD8+ T细胞耗竭的机制,并评估了其临床意义 首次发现TMSB4X缺失与TIM3 3'UTR区域高甲基化相关,进而促进TIM3转录上调,连接基因突变与表观遗传调控在CD8+ T细胞耗竭中的作用 基于公共数据集和体外实验,缺乏体内验证及大规模前瞻性临床研究 阐明TMSB4X在DLBCL中调控TIM3甲基化和CD8+ T细胞耗竭的机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 弥漫大B细胞淋巴瘤患者的CD8+ T细胞及肿瘤组织样本 基因组学, 表观遗传学, 肿瘤免疫学 弥漫大B细胞淋巴瘤 单细胞RNA测序, 免疫荧光, DNA甲基化分析, 全外显子测序, 批量RNA测序, 免疫组化 NA 单细胞转录组, 甲基化阵列, 突变数据, 批量转录组, 免疫组化图像 涉及多个DLBCL公共数据集(具体数量未在摘要中说明),并进行了免疫组化验证 NA 单细胞RNA测序 NA NA
79 2026-08-02
Identification of RPL4 as a biomarker associated with disulfidptosis and arachidonic acid metabolism in breast cancer
2026-May-07, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过多组学分析和机器学习方法,构建了与二硫化物应激和花生四烯酸代谢相关的乳腺癌预后模型,并鉴定RPL4作为潜在生物标志物 首次结合二硫化物应激和花生四烯酸代谢探讨乳腺癌预后,并利用单细胞测序、加权基因共表达网络分析和转录组差异表达分析,建立预后模型,发现RPL4是关键候选基因,且通过分子对接揭示其与阿昔替尼的潜在结合关系 RPL4作为治疗靶点的潜力仍需进一步的实验验证,模型的实际临床应用尚需更多外部数据集支持 建立乳腺癌中二硫化物应激和花生四烯酸代谢相关预后模型,并探究其潜在机制 乳腺癌患者样本及相关基因表达数据 机器学习 乳腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、转录组差异表达分析、Cox回归、Lasso回归 Cox比例风险模型、Lasso回归模型 转录组数据(包括单细胞和bulk RNA-seq)、临床数据、分子对接数据 未具体说明样本量,涉及乳腺癌患者的转录组和临床数据 NA 单细胞RNA测序、bulk RNA-seq NA NA
80 2026-08-02
Spatial transcriptomic mapping of canine osteosarcoma reveals immune microenvironment features linked to survival
2026-Apr-29, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 使用空间转录组学绘制犬骨肉瘤的免疫微环境特征,并关联生存预后 首次对犬骨肉瘤进行空间转录组分析,整合单细胞数据揭示免疫细胞空间共定位与生存相关特征 样本量相对较小,且仅包含犬类样本,人类适用性需进一步验证 探索犬骨肉瘤空间转录组图谱及其免疫微环境与生存结局的关联 犬骨肉瘤肿瘤样本 空间转录组学 骨肉瘤 空间转录组学 NA 空间基因表达数据 来自11只犬的14份新鲜冷冻犬骨肉瘤肿瘤样本,共18,834个组织点 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium平台
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