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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-01-23 |
CXCR6+ T Cells Drive Immune Checkpoint Inhibitor Myocarditis
2026-Jan-07, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本文研究了免疫检查点抑制剂(ICIs)引发心肌炎的机制,特别是抗LAG-3/PD-1联合治疗,并发现CXCR6+ T细胞是驱动心肌炎的关键因素 | 首次在抗LAG-3/PD-1联合治疗背景下,通过小鼠模型和患者数据识别CXCR6+ T细胞为心肌炎的关键驱动因素,并证明抗CXCR6抗体可预防疾病 | 研究主要基于小鼠模型,临床数据来自药物警戒数据库,可能受报告偏差影响,且未全面评估其他免疫细胞或信号通路的作用 | 阐明免疫检查点抑制剂(特别是抗LAG-3/PD-1治疗)引发心肌炎的病理机制,并探索潜在治疗靶点 | 小鼠模型(Lag3-/-, Pdcd1-/-基因缺失小鼠)、国际药物警戒数据库(VigiBase)中的临床数据、以及患者样本 | 免疫学 | 心肌炎 | 组织学、流式细胞术、心电图、单细胞RNA测序、抗体诱导的细胞耗竭 | 小鼠基因缺失模型(Lag3-/-, Pdcd1-/-) | 临床数据库数据、小鼠实验数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 62 | 2026-01-23 |
Revealing hidden regulatory dependencies: multi-perspective graph learning for single-cell gene regulatory network inference
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf733
PMID:41554051
|
研究论文 | 本研究提出了一种名为ATFGRN的自适应拓扑-特征融合图神经网络框架,用于从单细胞转录组数据中准确推断基因调控网络 | 提出了一种多视角融合策略,整合了子图结构编码、表达引导和相似性结构三个互补视角的特征,通过注意力机制进行加权融合,实现了结构、表达和相似性信息的互补集成 | NA | 提高从复杂高维单细胞转录组数据中推断基因调控网络的准确性 | 基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | 图神经网络,图卷积网络,注意力机制 | 单细胞转录组数据,基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2026-01-23 |
Skin fibroblasts in health and disease: From extracellular matrix remodeling to immune regulation
2026-Jan-05, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.12.002
PMID:41493297
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综述 | 本文综述了皮肤成纤维细胞在健康和疾病中的作用,从细胞外基质重塑到免疫调节的演变 | 重新定义成纤维细胞为动态免疫调节细胞,揭示其在炎症、纤维化和肿瘤进展中的关键作用,并利用单细胞和空间转录组学技术发现异质性亚群 | 关于皮肤成纤维细胞的谱系身份、功能可塑性及表型驱动基因调控网络的知识仍存在空白 | 探讨皮肤成纤维细胞在炎症性皮肤病中的异质性、可塑性和功能多样性 | 皮肤成纤维细胞 | 数字病理学 | 皮肤病 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 64 | 2026-01-23 |
STAN, a computational framework for inferring spatially informed transcription factor activity
2026-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1473
PMID:41521668
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为STAN的计算框架,用于从空间转录组学数据中推断空间感知的转录因子活性 | 提出了一个线性混合效应计算方法,整合了TF-靶基因先验知识、mRNA表达、空间坐标和组织学特征,以预测空间感知的、点特异性的TF活性 | 未在摘要中明确说明 | 系统性地推断转录因子活性及其在细胞身份中的作用,以增强空间转录组学数据的效用 | 淋巴结、背外侧前额叶皮层、乳腺癌和胶质母细胞瘤的空间转录组学数据集 | 空间转录组学 | 乳腺癌, 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | 线性混合效应模型 | mRNA表达数据, 空间坐标数据, 组织学特征数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 65 | 2026-01-23 |
Losartan Alleviates Chemical Burn-Induced Limbal Stem Cell Deficiency: Repurposing a Venerable Anti-Hypertension Drug
2026-Jan-05, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.1.35
PMID:41537756
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研究论文 | 本研究探讨了抗高血压药物氯沙坦在减轻化学烧伤诱导的角膜缘干细胞缺乏症中的作用 | 首次发现氯沙坦能通过减少单核细胞/巨噬细胞来缓解角膜缘干细胞缺乏症,为该药物的新治疗用途提供了证据 | 研究基于小鼠模型,尚未在人体中进行验证,且长期效果和具体机制需进一步探索 | 评估氯沙坦作为治疗角膜缘干细胞缺乏症新疗法的潜力 | 氮芥诱导的角膜损伤小鼠模型 | 数字病理学 | 角膜疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,细胞计数数据 | 小鼠模型样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10X Genomics平台 | NA |
| 66 | 2026-01-23 |
Natural progression of glioma enhances functional connection with the cerebral cortex through synaptogenesis
2026-Jan-04, NeuroImage. Clinical
DOI:10.1016/j.nicl.2026.103942
PMID:41506055
|
研究论文 | 本研究通过结合多灶性胶质瘤患者的fMRI分析和胶质瘤小鼠纵向scRNA-seq数据,揭示了胶质瘤自然进展中与大脑皮层功能连接增强的宏观表现及其微观突触发生机制 | 首次通过多模态跨尺度方法(临床fMRI与小鼠scRNA-seq结合)系统揭示胶质瘤自然进展中功能连接增强与突触发生程序的关联 | 样本量有限(仅24例多灶性胶质瘤患者),且依赖小鼠模型数据推断人类疾病机制 | 探究胶质瘤的自然进展模式及其与大脑功能网络的相互作用机制 | 多灶性胶质瘤患者(人类)和胶质瘤小鼠模型 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 功能磁共振成像(fMRI),单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 影像数据,单细胞转录组数据 | 24例多灶性胶质瘤患者,胶质瘤小鼠的早期、中期和终点病变样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2026-01-23 |
Gsx2 regulates oligodendrocyte precursor formation in the zebrafish spinal cord
2026-Jan-03, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2026.01.001
PMID:41491310
|
研究论文 | 本研究利用斑马鱼模型,通过单细胞RNA测序和单细胞核ATAC测序数据,揭示了Gsx2在脊髓中调控少突胶质前体细胞形成的作用机制 | 首次在斑马鱼脊髓中鉴定出pre-OPCs亚群,并发现Gsx2通过调控基因表达网络影响OPC形成的时间节点 | 研究主要基于斑马鱼模型,在哺乳动物系统中的适用性需要进一步验证 | 探究脊髓中神经前体细胞向少突胶质细胞谱系分化的分子机制 | 斑马鱼脊髓中的神经前体细胞和少突胶质前体细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞核ATAC测序, CRISPR/Cas9基因组编辑 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 斑马鱼胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 68 | 2026-01-23 |
Integrated in vivo combinatorial functional genomics and spatial transcriptomics of tumours to decode genotype-to-phenotype relationships
2026-Jan, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-025-01437-1
PMID:40721510
|
研究论文 | 本研究开发了PERTURB-CAST和CHOCOLAT-G2P方法,用于整合体内组合功能基因组学和空间转录组学,以解码肿瘤中基因型与表型的关系 | 提出了PERTURB-CAST方法,通过RNA模板连接探针,在商业10X Visium平台上实现扰动映射与全转录组表型分析的整合;并开发了CHOCOLAT-G2P框架,用于研究模拟肿瘤异质性的高阶组合扰动 | NA | 解码肿瘤中基因型与表型的关系,链接癌症中的复杂遗传改变与肿瘤生态系统内的关键疾病表型 | 肿瘤组织,特别是自发性嵌合肝肿瘤 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学,RNA模板连接探针 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10X Visium | 商业10X Visium空间转录组学平台,用于单读出分析 |
| 69 | 2026-01-23 |
Dysregulation of argininosuccinate synthase 1, phosphoenolpyruvate carboxykinase 1, and carbonyl reductase 3: Key arginine-proline metabolic mediators in mesangioproliferative glomerulopathies
2026-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.149479
PMID:41352509
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研究论文 | 本研究通过整合RNA测序和机器学习算法,鉴定了精氨酸-脯氨酸代谢通路中的关键基因ASS1、PCK1和CBR3,作为IgA肾病和狼疮性肾炎中系膜细胞增殖的核心调控因子,并验证了其诊断和治疗潜力 | 首次通过整合机器学习算法和单细胞RNA测序,系统性识别了精氨酸-脯氨酸代谢通路在系膜增殖性肾小球病中的关键调控基因,并建立了基于这些基因的诊断模型 | 研究主要基于转录组数据,功能验证多在细胞和小鼠模型中进行,缺乏大规模临床样本的直接验证 | 探究精氨酸-脯氨酸代谢通路在IgA肾病和狼疮性肾炎等系膜增殖性肾小球病中的调控机制,并识别关键诊断和治疗靶点 | 系膜细胞、小鼠模型(包括抗Thy1肾炎大鼠、BAFF转基因IgA肾病小鼠、MRL/lpr狼疮性肾炎小鼠)和人类系膜细胞 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | RNA测序、单细胞RNA测序、机器学习算法(LASSO和SVM-RFE) | LASSO、SVM-RFE | RNA测序数据 | 未明确指定样本数量,但涉及多个内部和外部数据集以及小鼠模型 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2026-01-23 |
Fibroblast-driven MMP-9/TIMP-1 imbalance in bronchoalveolar lavage reflects fibrotic progression in interstitial lung disease
2026-Jan, European journal of clinical investigation
IF:4.4Q2
DOI:10.1111/eci.70162
PMID:41354972
|
研究论文 | 本研究评估了间质性肺疾病患者支气管肺泡灌洗液中MMP-9/TIMP-1比值与纤维化严重程度的关系,并确定了成纤维细胞/肌成纤维细胞是导致该失衡的主要细胞来源 | 首次在人类ILD患者中系统评估了BAL中MMP-9/TIMP-1比值与纤维化进展的关联,并通过实验和单细胞RNA测序数据分析明确了成纤维细胞是驱动TIMP-1高表达和MMP-9/TIMP-1失衡的关键细胞类型 | 样本量较小(48例患者),为单中心研究,结论需要在更大的多中心队列中进行验证 | 评估ILD患者BAL中MMP-9/TIMP-1比值与纤维化严重程度的关系,并探究其细胞来源 | 间质性肺疾病患者,包括非纤维化ILD、纤维化ILD和特发性肺纤维化患者 | NA | 间质性肺疾病 | 酶联免疫吸附测定,明胶酶谱法,免疫荧光,单细胞RNA测序数据分析 | NA | 蛋白质浓度数据,酶活性数据,免疫荧光图像数据,单细胞RNA测序数据 | 48例连续的ILD患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 71 | 2026-01-23 |
From chronic gastritis to gastric cancer: Mendelian randomisation and multi-omics interrogation of leukaemia inhibitory factor receptor (LIFR), hepatocyte growth factor (HGF), serine protease inhibitor E1 (SERPINE1) and interleukin-10 receptor subunit beta (IL10RB)
2026-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.149541
PMID:41380876
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研究论文 | 本研究结合孟德尔随机化与多组学分析,揭示了从慢性胃炎到胃癌进展过程中的关键炎症因子与分子机制 | 首次整合孟德尔随机化、多组学数据(转录组、蛋白质组、单细胞RNA测序)以及计算药物筛选,系统性地识别并验证了LIFR、HGF、SERPINE1和IL10RB在胃炎-胃癌转化中的核心作用,并提出了药物再利用策略 | 研究主要基于观察性数据和计算预测,虽然进行了实验验证,但具体的体内功能机制和临床转化效果仍需进一步研究 | 阐明驱动慢性胃炎进展为胃癌的特定炎症因子和分子机制,并探索潜在的治疗靶点 | 慢性胃炎和胃癌相关的基因组、转录组、蛋白质组数据以及患者样本 | 生物信息学与计算生物学 | 胃癌 | 孟德尔随机化、全基因组关联研究、转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、定量逆转录PCR、Western印迹、免疫组织化学、基于结构的虚拟筛选、分子对接 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、图像数据 | 来自癌症基因组图谱、基因表达综合数据库及独立队列的数据集,具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 72 | 2026-01-23 |
Apoferritin-conjugated melanin nanoparticles rescue photoreceptor degeneration via dual iron chelation and ROS scavenging in dry AMD therapy
2026-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.149586
PMID:41390041
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研究论文 | 本研究开发了一种仿生纳米颗粒AFn-MNP,通过结合铁螯合和ROS清除能力,有效治疗干性年龄相关性黄斑变性模型中的光感受器退化 | 首次将载铁蛋白与黑色素纳米颗粒结合,构建了具有双重功能(铁螯合和抗氧化)的纳米治疗剂,并利用单细胞转录组分析揭示了光感受器铁死亡在疾病进展中的关键作用 | 研究主要基于NaIO诱导的动物模型,尚未在人类患者中进行验证;长期安全性和疗效有待进一步评估 | 开发一种针对干性年龄相关性黄斑变性的新型纳米疗法,通过同时调节铁稳态和氧化应激来治疗视网膜退行性疾病 | 视网膜组织、光感受器细胞、NaIO诱导的干性年龄相关性黄斑变性模型小鼠 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 73 | 2026-01-23 |
GDF3 promotes adipose tissue macrophage-mediated inflammation via altered chromatin accessibility during aging
2026-Jan, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-01034-6
PMID:41398392
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研究论文 | 本文揭示了巨噬细胞通过自分泌GDF3-SMAD2/3信号维持炎症表型并加剧内毒素血症的机制 | 发现GDF3-SMAD2/3轴通过限制甲基化依赖性染色质压缩驱动衰老相关炎症,并验证了其在人类衰老中的相关性 | NA | 探究衰老过程中脂肪组织巨噬细胞介导的炎症机制及潜在治疗靶点 | 小鼠巨噬细胞、人类脂肪组织样本及11,084名社区动脉粥样硬化风险研究参与者 | NA | NA | 单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序分析 | NA | RNA测序数据、染色质可及性数据 | 人类脂肪组织样本及11,084名参与者 | NA | 单细胞RNA-seq、ATAC-seq | NA | NA |
| 74 | 2026-01-23 |
Cancer-cell-secreted DDAH1 induces TGF-β1/Smad3 signaling pathway to promote fibrosis and aging in lung
2026-Jan, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-01024-8
PMID:41444413
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研究论文 | 本文揭示了癌细胞分泌的DDAH1蛋白通过诱导瓜氨酸积累,促进肺纤维化和衰老的机制 | 首次发现癌细胞分泌的DDAH1蛋白通过调控瓜氨酸水平激活TGF-β1/Smad3信号通路,促进肺纤维化和衰老 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证;DDAH1抑制剂的具体临床应用潜力尚未完全阐明 | 探究癌症背景下肺衰老的分子机制及治疗靶点 | 癌细胞、肺成纤维细胞、遗传敲除小鼠 | 分子生物学 | 肺癌 | 单细胞测序、遗传敲除 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2026-01-23 |
Increased mROS Generation Associates With Cardiovascular Risk in BioHEART-CT PBMCs
2026-Jan, Clinical and translational science
DOI:10.1111/cts.70469
PMID:41549547
|
研究论文 | 本研究探讨了外周血单个核细胞中线粒体活性氧产生与冠状动脉疾病之间的关联 | 首次结合MitoSOX流式细胞术和单细胞RNA测序技术,在BioHEART-CT队列中评估PBMC mROS作为CAD生物标志物的潜力 | 样本量较小(40名参与者),亚组分析结果不一致且缺乏普遍性,横断面设计无法确定因果关系 | 探索PBMC中mROS水平与CAD状态及心血管风险因素之间的关联 | 40名BioHEART-CT研究参与者(有或无CT定义的CAD)的外周血单个核细胞 | 心血管疾病研究 | 冠状动脉疾病 | MitoSOX流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 流式细胞数据,单细胞RNA测序数据 | 40名参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 76 | 2026-01-23 |
Enhanced MiRISC expression noise reduction by self-feedback regulation of mRNA degradation
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.12.025
PMID:41550138
|
研究论文 | 本文通过数学建模和单细胞RNA-seq数据分析,揭示了miRISC通过mRNA降解的负自反馈调控增强其表达噪声抑制功能 | 首次同时分析mRNA降解动力学和表达噪声,并证明通过mRNA降解的直接自反馈调控实现噪声抑制 | 研究基于数学建模和单细胞RNA-seq数据,可能未涵盖所有生物复杂性或实验验证 | 探究miRNA介导的调控子系统中miRISC通过自反馈调控增强噪声抑制的机制 | miRNA诱导的沉默复合体(miRISC)及其靶向的mRNAs,包括AGO1/2/3和TNRC6A/B/C | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA-seq | 数学建模 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 总RNA单细胞RNA-seq |
| 77 | 2026-01-23 |
Adding highly variable genes to spatially variable genes can improve cell type clustering performance in spatial transcriptomics data
2026, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf285
PMID:41550256
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研究论文 | 本研究探讨了在空间转录组学数据中,将高变异基因与空间变异基因结合是否能提升细胞类型聚类性能 | 首次系统评估了高变异基因与空间变异基因联合使用对细胞类型聚类的影响,通过多种指标在超过50个真实数据集上进行验证 | 未详细探讨基因选择策略对特定细胞类型或组织区域的影响,且可能受数据集平台和技术差异的限制 | 提高空间转录组学数据中细胞类型聚类的准确性和效率 | 空间转录组学数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 超过50个真实空间转录组学数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 78 | 2026-01-23 |
A multimodal framework to identify molecular mechanisms driving patient group-associated morphology through the integration of spatial transcriptomics and whole slide imaging
2026, NPJ artificial intelligence
DOI:10.1038/s44387-025-00050-6
PMID:41551846
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研究论文 | 提出一种整合空间转录组学和全切片成像的多模态AI框架,以识别与患者群体相关形态背后的分子机制 | 首次结合基础模型特征、多示例学习、无监督聚类和分子分析,在形态-分子机制-临床结局的完整轴向上提供可解释性见解 | 空间转录组数据可用性有限,方法在HER2+乳腺癌外的泛化能力未验证 | 识别驱动患者群体相关形态的分子机制,为精准医疗提供依据 | HER2阳性乳腺癌组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学,全切片成像 | 基础模型,多示例学习 | 图像,转录组数据 | 未明确 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 79 | 2026-01-23 |
Prediction of myeloid malignant cells in Fanconi anemia using machine learning
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0340578
PMID:41557613
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研究论文 | 本研究开发了一个深度神经网络模型,用于预测范可尼贫血患者骨髓样本中是否存在AML样细胞 | 首次将公开可用的单细胞RNA-seq数据训练的深度神经网络模型应用于范可尼贫血患者,以预测骨髓中恶性髓系细胞的存在 | 模型依赖于公开数据集进行训练,可能未涵盖所有FA患者特异性变异,且样本量有限 | 开发一种早期识别范可尼贫血患者中髓系恶性细胞的机器学习方法 | 范可尼贫血患者的骨髓样本 | 机器学习 | 范可尼贫血 | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 单细胞RNA-seq数据 | 未明确指定,但使用了公开AML数据集和FA患者骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2026-01-23 |
Spatiotemporal Evolution of Malignant Hepatocyte Clones Unveils Immune Evasion Features and Therapeutic Vulnerabilities in Hepatocellular Carcinoma
2026-Jan, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.70181
PMID:41566770
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学,揭示了肝细胞癌中恶性肝细胞克隆的时空演化、免疫逃逸特征及治疗脆弱性 | 识别了“Scissor细胞”(主要为肝细胞)作为潜在的恶性前体细胞,揭示了其获得免疫逃逸能力和不良预后的演化过程,并发现了驱动肝细胞恶性转化的关键信号通路(如MDK-SDC4和COL4A-SDC) | NA | 研究肝细胞癌的发生和进展过程中的多细胞生态系统及分子特征 | 肝细胞癌 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |