单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
61	2026-09-26	Domain Elastic Transform: Bayesian Function Registration for High-Dimensional Scientific Data 2026-Sep-15, IEEE transactions on pattern analysis and machine intelligence IF:20.8Q1 DOI:10.1109/TPAMI.2026.3733393 PMID:42743026	研究论文	提出一种无网格贝叶斯概率框架DET，直接对不规则域上的高维函数进行非刚性配准，用于空间转录组学等科学数据	首次提出无网格概率函数配准框架，将域变形建模为弹性运动并由联合空间函数似然引导，无需体素化即可直接配准高维信号，保持单细胞分辨率	在加速PASTE2变体上标签转移ARI最高；在无跨阶段真值的MOSTA可行性研究中仅改善了部分管道内指标，缺乏金标准验证	解决非刚性配准中点集配准与图像配准二分法导致的高维科学数据配准瓶颈	MERFISH小鼠脑切片和Stereo-seq小鼠胚胎图谱的空间转录组学数据	空间转录组学	NA	空间转录组学	贝叶斯概率模型	空间转录组数据	90例MERFISH基准测试及MOSTA图谱规模可行性研究	NA	空间转录组学	MERFISH, Stereo-seq	MERFISH小鼠脑切片与Stereo-seq小鼠胚胎图谱
62	2026-09-26	LIGER2: Scalable Single-Cell Integration with On-Disk Datasets 2026-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.64898/2026.09.08.750130 PMID:42779579	研究论文	该论文提出LIGER2算法，通过并行分解和按需磁盘加载实现可扩展的单细胞数据整合，并开发新的嵌入对齐方法	采用高度优化的并行分解方案与按需磁盘加载，支持百万级细胞整合，并开发新的下游嵌入对齐方法，在保持生物变异的同时对齐跨数据集细胞类型	摘要中未提及局限性	解决大规模单细胞测序数据整合中的批次效应校正问题，提升时间和内存效率	单细胞测序数据集	机器学习	NA	单细胞测序	整合非负矩阵分解（iNMF）	NA	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
63	2026-09-26	Spared corticospinal neurons activate an endogenous plasticity program after partial CNS injury 2026-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.64898/2026.09.08.750239 PMID:42779646	研究论文	该研究结合逆行标记、单侧皮质脊髓束损伤、空间转录组学和人干细胞衍生神经元，揭示了部分中枢神经系统损伤后残存皮质脊髓神经元激活的内源性可塑性程序及其分子机制	首次系统性地对比了损伤与残存的皮质脊髓神经元在转录组水平上的差异，发现残存神经元激活了一个协调的促可塑性程序，涉及代谢、免疫和细胞骨架重塑，并识别出抑制靶点和vorinostat治疗作为互补策略促进人神经元神经突再生	摘要中未明确提及研究的具体局限性，如样本量、损伤模型的局限性或空间转录组分辨率等	识别和验证部分中枢神经系统损伤后残存神经元介导内源性可塑性的分子程序，为神经修复发现治疗靶点	皮质脊髓神经元（损伤和残存的），以及人干细胞衍生神经元	空间转录组学，神经科学	脊髓损伤	逆行标记，单侧皮质脊髓束损伤模型，空间转录组学，人干细胞衍生神经元培养，网络分析，药物扰动分析	NA	空间转录组数据，图像	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
64	2026-09-26	Unveiling the molecular and immune heterogeneity across distinct disease activity states of systemic lupus erythematosus through integrative bulk and single-cell transcriptomics 2026-09-12, Lupus science & medicine IF:3.7Q1 DOI:10.1136/lupus-2026-002111 PMID:42731883	研究论文	通过整合bulk和单细胞转录组数据，揭示系统性红斑狼疮不同疾病活动状态下的分子和免疫异质性	构建了一个五基因SLE严重程度评分（SLEsev score），包含KLRK1、IL2RB、RAG1、SH2D1B和NCR1，并揭示了sSLE具有更复杂的细胞间通讯网络	摘要中未明确说明研究局限性	探究SLE不同SLEDAI定义的疾病状态下的分子和细胞机制，并识别与炎症活动相关的潜在预后生物标志物和治疗靶点	系统性红斑狼疮患者	机器学习	系统性红斑狼疮	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	CIBERSORTx, CellChat	转录组数据	NA	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
65	2026-09-26	Multiview Transformer-Based Hierarchical Fusion Model for Cell Type Identification 2026-Sep-11, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2026.3733404 PMID:42726615	研究论文	提出了一种基于多视图Transformer的分层融合模型MTHCell，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	引入多视图生物学知识编码和多尺度特征学习到Transformer中，通过视图级多样性正则化和实例级动态对比学习整合多视图知识，在准确性和可解释性之间取得平衡	未明确提及	解决现有细胞类型识别方法中标记基因列表有限、批次效应处理不当以及准确性与可解释性难以平衡的问题	人类和小鼠多种组织的单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	Transformer	文本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
66	2026-09-26	Distinct cochlear cell types associated with genetic susceptibility to sensory and metabolic hearing loss in older adults 2026-Sep-11, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2026.08.018 PMID:42727577	研究论文	该研究通过整合人类全基因组关联研究数据与小鼠耳蜗单细胞RNA测序数据，利用单细胞疾病相关性评分工具，揭示了与老年性听力损失感觉和代谢亚型相关的不同耳蜗细胞类型	首次将人类GWAS数据与小鼠耳蜗单细胞RNA测序数据整合，利用单细胞疾病相关性评分工具，系统性地揭示了老年性听力损失不同亚型（感觉型和代谢型）对应的不同耳蜗细胞类型及其基因表达模式	研究基于小鼠耳蜗单细胞数据与人类GWAS数据的跨物种整合，可能存在物种差异；未进行实验验证；样本量有限；未考虑环境因素对老年性听力损失的影响	探究老年性听力损失感觉和代谢组分的遗传基础所对应的耳蜗细胞类型	人类GWAS数据与小鼠耳蜗单细胞RNA测序数据	机器学习	老年性疾病	单细胞RNA测序, GWAS	NA	文本, 图像	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
67	2026-09-26	Decoding PVAT Complexity in Vascular Remodeling: Multimodal Single-Cell Technologies Unveil Novel Therapeutic Targets 2026-Sep-11, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells15181645 PMID:42782746	综述	本文综述了多模态单细胞技术（包括单细胞RNA测序、空间转录组学和AI整合）如何以空前分辨率解码血管周围脂肪组织（PVAT）生态系统，揭示血管重塑中的新治疗靶点	整合多模态单细胞技术（单细胞RNA测序、空间转录组学与AI）构建PVAT综合图谱，揭示脂肪库特异性细胞结构、动态表型可塑性及空间组织化信号互作，并提出前脂肪细胞和BMP4诱导棕色化为新型生物标志物和可操作疗法	未明确提及本文的局限性	综述多模态单细胞技术如何解码PVAT在血管重塑中的复杂性，并探讨从机制发现到精准干预的转化路线图	血管周围脂肪组织（PVAT）及其在动脉粥样硬化、高血压和代谢性疾病中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	AI整合模型	文本	NA	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA
68	2026-09-26	DMGRN: Enhancing Diffusion Models for Gene Regulatory Network Inference 2026-Sep-10, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3731227 PMID:42721176	研究论文	本文提出了一种基于改进的去噪扩散概率模型（DDPM）的基因调控网络推断框架DMGRN，通过前向扩散加噪和反向过程结合结构方程模型（SEM）预测噪声，并引入基因相似性对齐损失，提高了从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络的准确性和稳定性。	1. 首次将改进的DDPM应用于基因调控网络推断；2. 在反向过程中集成结构方程模型（SEM）预测噪声；3. 引入基因相似性对齐损失，在基因水平上鼓励预测噪声与扰动数据之间的相关性一致性，同时捕捉细胞水平噪声残差和基因水平调控共表达模式。	摘要中未明确提及研究的局限性。	从单细胞RNA测序数据中准确推断基因调控网络，克服数据高噪声和稀疏性带来的挑战。	单细胞RNA测序数据中的基因调控关系。	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	去噪扩散概率模型（DDPM）、结构方程模型（SEM）	基因表达数据	28个BEELINE基准数据集	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA
69	2026-09-26	ScGraphTrans: Pathway-Guided Graph Learning and Domain Adaptation for Cell Type Annotation in Single-Cell RNA-seq 2026-Sep-10, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3733126 PMID:42721175	研究论文	提出scGraphTrans框架，整合功能状态伪标签、图结构学习和图域自适应，提升单细胞RNA-seq的细胞类型注释和细胞间通讯推断	利用14种癌症相关通路的活性评分作为伪标签来精炼细胞-细胞图，捕捉超越几何相似性的功能邻近性；引入域自适应模块对齐跨患者嵌入，增强跨个体泛化能力；无需先验配体-受体监督即可恢复疾病特异性基因互作	摘要中未明确提及研究局限性	从非空间单细胞RNA-seq数据中推断细胞间相互作用，改善细胞类型注释和通讯推断，用于肿瘤微环境分析	来自15个个体的38,667个细胞，涵盖三种癌症类型	机器学习	泛癌种	单细胞RNA-seq	图神经网络	文本	38,667个细胞，来自15个个体，涵盖三种癌症	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
70	2026-09-26	Integrative plasma proteomic network analysis identifies physical activity-associated protein modules potentially mediating type 2 diabetes risk 2026-Sep-09, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1 DOI:10.1186/s12933-026-03363-1 PMID:42778924	研究论文	该研究通过对28842名无糖尿病参与者进行血浆蛋白质组学分析，识别出与中高强度身体活动相关的蛋白质模块，并探讨这些模块在介导2型糖尿病风险中的作用	首次采用多尺度嵌入基因共表达网络分析（MEGENA）识别与身体活动相关的血浆蛋白质共表达模块，并结合孟德尔随机化、全基因组关联研究、胰腺胰岛单细胞RNA测序等多种方法验证模块的生物学功能，揭示了身体活动通过协调的蛋白质网络而非单一蛋白质降低2型糖尿病风险的新机制	研究基于英国生物银行参与者，可能存在人群代表性局限；中介分析无法完全确立因果关系；蛋白质模块的生物学机制仍需进一步实验验证	识别介导中高强度身体活动与2型糖尿病风险关联的血浆蛋白质模块，并解析其生物学基础	28842名无糖尿病的英国生物银行参与者及其基线血浆蛋白质组数据	机器学习, 数字病理学	2型糖尿病	血浆蛋白质组学, 全基因组测序, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化	多尺度嵌入基因共表达网络分析（MEGENA）	蛋白质组数据, 基因组数据, 单细胞转录组数据	28842名参与者，随访中位数13.60年，1225人发生2型糖尿病，检测2910种血浆蛋白质	NA	血浆蛋白质组学, 全基因组测序, 单细胞RNA测序	NA	NA
71	2026-09-26	Short-term gonadal cultures are sufficient for germline transmission in a songbird 2026-Sep-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2026.103052 PMID:42624100	研究论文	本研究比较了鸡和斑胸草雀性腺PGC短期与长期培养的转录组影响和生殖活力，发现斑胸草雀性腺培养中生殖细胞快速分化，但短期培养仍足以实现生殖系嵌合体和供体来源后代的生产	首次系统比较鸡和斑胸草雀性腺PGC短期与长期培养的转录组差异，揭示了不同物种对体外生殖细胞培养的差异化信号通路响应，并证明短期鸣禽性腺PGC培养足以实现生殖系传递	未深入探究长期培养中PGC自我更新能力丧失的具体分子机制，且仅涉及鸡和斑胸草雀两个物种，样本物种范围有限	比较短期和长期鸡与斑胸草雀性腺PGC培养方案的转录组影响和生殖活力，探索非家禽类鸟类PGC培养的可行性	鸡和斑胸草雀的性腺原始生殖细胞（PGCs）及血液PGCs	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
72	2026-09-26	scCGC2T: Curriculum-Guided Contrastive Co-Training Framework for scRNA-Seq Data Clustering 2026-Sep-08, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3731145 PMID:42709526	研究论文	提出了一种课程引导的对比协同训练框架 scCGC2T，用于单细胞 RNA 测序数据聚类	设计了双分支架构进行跨视图对比协同训练，并引入渐进式课程学习策略动态过滤伪标签，缓解早期训练阶段的误差累积问题	摘要中未明确说明研究局限性	提高 scRNA-seq 数据聚类的准确性，用于细胞类型识别和亚群发现	单细胞 RNA 测序数据	机器学习	NA	单细胞 RNA 测序	对比学习、协同训练、课程学习	基因表达矩阵	多个基准数据集（具体数量未说明）	NA	单细胞 RNA 测序	NA	NA
73	2026-09-26	Complanatuside ameliorates renal injury and fibrosis in chronic kidney disease by inhibiting tubular cell apoptosis via activation of KLK1/BDKRB2 2026-Sep-03, The Journal of nutritional biochemistry IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jnutbio.2026.110490 PMID:42692096	研究论文	该研究探讨了沙苑子苷（CPT）通过结合KLK1并促进BDKRB2表达，抑制肾小管上皮细胞凋亡，从而改善慢性肾脏病中的肾损伤和纤维化	首次揭示CPT通过结合KLK1并激活其表达，促进BDKRB2表达，进而抑制肾小管上皮细胞凋亡、减轻肾纤维化的新机制	摘要中未明确提及研究局限性	探究CPT在慢性肾脏病中对肾脏凋亡和纤维化的作用及其潜在机制	UUO小鼠模型、TGF-β1诱导的HK2细胞模型	机器学习	慢性肾脏病	单细胞RNA测序	NA	文本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
74	2026-09-26	Atherosclerotic Cell Fates: A Single-Cell View of ER Stress 2026-Sep-03, Journal of cardiovascular development and disease IF:2.4Q2 DOI:10.3390/jcdd13090435 PMID:42783042	综述	本文综述了单细胞测序技术在动脉粥样硬化内质网应激研究中的应用，提出了细胞类型特异性差异反应模式	提出了内质网应激在动脉粥样硬化中并非统一促病信号，而是呈现细胞亚群特异性的差异反应模式这一新观点	基于现有单细胞研究证据的综述性总结，缺乏原始实验验证，且单细胞测序技术在动脉粥样硬化领域的应用数据仍有限	探讨内质网应激在动脉粥样硬化不同细胞亚群中的作用异质性及其机制	动脉粥样硬化相关细胞亚群，包括单核细胞、巨噬细胞亚群、内皮细胞亚群和平滑肌细胞	机器学习	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	文本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
75	2026-09-26	REG3α is a Predictive Biomarker of Complicated Disease from Preclinical through Established Crohn's Disease 2026-Sep-02, Clinical gastroenterology and hepatology : the official clinical practice journal of the American Gastroenterological Association IF:11.6Q1 DOI:10.1016/j.cgh.2026.08.028 PMID:42685961	研究论文	评估血清REG3α与克罗恩病进展的关联，发现其可作为预测复杂病程的非侵入性生物标志物	首次在诊断前长达10年的队列中验证REG3α对克罗恩病复杂病程的预测价值，并结合单细胞转录组揭示再生型潘氏细胞丢失与REG3α表达细胞富集的机制	样本量相对有限，CRP和 endoscopic activity 可能低估了疾病活动度，未明确是否调整了所有潜在混杂因素	探究血清REG3α与克罗恩病进展性病程之间的关联	克罗恩病患者及诊断前人群	机器学习	克罗恩病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	文本, 图像	394例患者（两个横断面队列M和L，一个诊断前队列P，包含长达10年的纵向样本），以及配对的回肠和结肠活检组织	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
76	2026-09-26	Lactate-Driven Restriction of Mitochondrial Permeability Transition Promotes Resistance to Chemo-Immunotherapy by Suppressing Tumor PANoptosis 2026-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.76321 PMID:42378634	研究论文	该研究揭示肿瘤乳酸通过KAT8介导的ANT2乳酸化修饰抑制PANoptosis，从而驱动三阴性乳腺癌对化疗免疫治疗的耐药，并开发靶向肽恢复疗效	首次发现KAT8在化疗应激下催化ANT2 K92位点乳酸化，进而招募PGAM5使CypD去磷酸化，限制mPTP开放并抑制PANoptosis；开发了靶向KAT8-ANT2界面的细胞穿透竞争性肽，可逆转耐药	摘要中未提及具体局限性，需进一步验证该机制在其他肿瘤类型中的普适性及靶向肽的临床转化可行性	阐明三阴性乳腺癌化疗免疫治疗耐药的代谢-线粒体稳态机制，并开发靶向策略恢复疗效	三阴性乳腺癌（TNBC）肿瘤细胞及体内肿瘤模型	机器学习, 数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组学, 乳酸化修饰组学（lactylome profiling）	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
77	2026-09-26	Identification of Estrogen-Related Biomarkers in Metabolic Dysfunction-Associated Steatotic Liver Disease Through Machine Learning and Single-Cell Analysis 2026-Sep-01, Clinical and translational gastroenterology IF:3.0Q2 DOI:10.14309/ctg.0000000000001059 PMID:42269031	研究论文	该研究通过整合生物信息学、机器学习和单细胞RNA测序方法，识别了代谢功能障碍相关脂肪性肝病中与雌激素相关的生物标志物IGFBP2和P4HA1	首次结合机器学习算法和单细胞RNA测序技术识别MASLD中雌激素相关的组织生物标志物，发现IGFBP2和P4HA1两个诊断标志物，并构建了ceRNA调控网络	需要在更大规模的组织和蛋白质水平进行验证，外周血中的可检测性仅进行了初步探索	识别代谢功能障碍相关脂肪性肝病中雌激素相关的生物标志物	代谢功能障碍相关脂肪性肝病患者与对照组的转录组数据及人类肝脏单细胞RNA测序数据	机器学习	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序	LASSO回归, XGBoost	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	6个公共转录组数据集（5个训练集，1个验证集）及1个人类肝脏单细胞RNA测序数据集	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	NA
78	2026-09-26	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Unveil Key Regulators Governing Cell Differentiation for Schistosoma japonicum Sexual Development 2026-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.76329 PMID:42435768	研究论文	本文构建了日本血吸虫性成熟和产卵关键发育阶段的动态单细胞图谱，并首次整合空间转录组学，揭示了驱动寄生虫发育和产卵的关键细胞群体及调控网络，以及生殖系干细胞分化的关键调控因子	首次将日本血吸虫单细胞图谱与空间转录组学整合，构建了覆盖性成熟和产卵关键发育阶段的动态单细胞图谱；从头鉴定了转录因子并绘制了全面的时空表达谱；揭示了Zfp、Fbp3和Lim等组织特异性转录因子的调控程序；通过整合再聚类揭示并验证了日本血吸虫生殖系干细胞分化的关键调控因子；与曼氏血吸虫单细胞数据集的比较分析揭示了保守和物种分化的细胞可塑性	摘要中未提及	解析日本血吸虫性发育和产卵的细胞基础及调控程序，建立血吸虫生物学的基础资源，解码细胞分化和致病性背后的调控程序，加速鉴定参与性发育的关键分子以对抗血吸虫病	日本血吸虫（Schistosoma japonicum）	单细胞转录组学、空间转录组学	血吸虫病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq、空间转录组学	NA	NA
79	2026-09-26	A transferable gut microbiota-bile acid pathway programs nanomedicine pharmacokinetics and therapeutic response 2026-09, Nature materials IF:37.2Q1 DOI:10.1038/s41563-026-02690-8 PMID:42538384	研究论文	该研究揭示了肠道微生物群通过胆汁酸调控库普弗细胞吞噬状态，从而影响纳米药物的肝脏清除和肿瘤蓄积	首次发现肠道微生物群-胆汁酸-库普弗细胞通路可编程纳米药物的药代动力学和治疗反应，并证明该低清除表型可通过粪菌移植传递	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证该通路的临床转化潜力	探究肠道微生物群调控纳米药物肝脏清除和生物分布的内源性机制	无菌小鼠、肠道微生物扰动小鼠、粪菌移植小鼠及多种肿瘤模型	机器学习	肺癌	单细胞RNA测序, 代谢组学分析, 多组学分析	NA	文本	NA	NA	单细胞RNA-seq, 代谢组学	NA	NA
80	2026-09-26	Generation of Nasal Cell-Derived Human Alveolar Organoids and Organoid-Macrophage Assembloids for in Vitro Lung Modeling 2026-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.77093 PMID:42579325	研究论文	该研究建立了从鼻细胞来源类器官生成肺泡类器官及类器官-巨噬细胞组装体的方案，用于体外肺建模	利用易获取且可扩增的鼻细胞来源类器官生成肺泡类器官，并与外周血单核细胞来源的肺泡巨噬细胞共培养构建类器官-巨噬细胞组装体，鉴定SSEA-1+ club细胞为肺泡祖细胞，并揭示了巨噬细胞对流感病毒感染的保护作用	摘要中未明确提及研究局限性	建立生理相关的体外肺模型，用于生物医学研究和转化医学	鼻细胞来源类器官、肺泡类器官、肺泡巨噬细胞、类器官-巨噬细胞组装体、流感病毒	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、免疫染色、功能实验	NA	图像、文本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA