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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
61 2026-08-11
Monocyte-macrophage dynamics as key in disparate lung and peripheral immune responses in severe anti-melanoma differentiation-associated gene 5-positive dermatomyositis-related interstitial lung disease
2025-02, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病患者外周和肺部截然不同的免疫景观,并强调了单核-巨噬细胞动态变化在免疫病理中的核心作用 首次描绘了严重抗MDA5阳性皮肌炎患者外周与肺部免疫反应的对比图谱,并揭示了循环单核细胞从免疫抑制表型向促炎和促纤维化的单核细胞来源肺泡巨噬细胞转化的动态过程 样本量较小(5例患者),且未提供健康对照组或疾病对照组的比较,可能限制结果的普适性 探究抗MDA5阳性皮肌炎合并快速进展性间质性肺病外周和肺部免疫失调的机制,并寻找潜在的治疗靶点 抗MDA5阳性皮肌炎合并快速进展性间质性肺病患者的外周血单核细胞和支气管肺泡灌洗液细胞 单细胞转录组学 皮肌炎相关间质性肺病 单细胞RNA测序, Luminex检测, 流式细胞术 NA 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 细胞表型数据 5例患者的支气管肺泡灌洗液和外周血单核细胞 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序
62 2026-08-11
Immune profiling of the macroenvironment in colorectal cancer unveils systemic dysfunction and plasticity of immune cells
2025-02, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1
研究论文 通过CyTOF和RNA-seq等技术,对结直肠癌患者的肿瘤、血液及肠道不同区域的免疫宏环境进行免疫谱分析,揭示了免疫细胞的功能失调和可塑性 首次系统性地对结直肠癌免疫宏环境进行全面的免疫谱分析,识别出不同的免疫类型,并发现血液中PD-1和CD69在效应记忆CD8+ T细胞上的表达可作为预测三级淋巴结构存在的生物标志物 未明确提及局限性 表征结直肠癌免疫宏环境的免疫细胞异质性,并评估其对患者生存和免疫治疗反应的预测价值 结直肠癌患者的肿瘤、血液和肠道组织(包括正常肠壁和肿瘤邻近肠壁的上皮、固有层、黏膜下层、肌层) 免疫学 结直肠癌 CyTOF, RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组, 多重免疫荧光染色 NA 基因表达数据, 免疫细胞表型数据, 空间转录组数据 发现队列和验证队列(具体数量未提供) NA 单细胞RNA测序, 空间转录组 NA NA
63 2026-08-11
Single-cell transcriptomic atlas of different endometriosis indicating that an interaction between endometriosis-associated mesothelial cells (EAMCs) and ectopic stromal cells may influence progesterone resistance
2025-02, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序技术构建了不同类型子宫内膜异位症(腹膜型、深部浸润型和卵巢型)的转录组图谱,并探讨了细胞间通讯对孕激素抵抗的影响 首次系统描绘不同类型子宫内膜异位症的单细胞转录组图谱,发现卵巢型子宫内膜异位症中亦存在间皮细胞,并揭示间皮细胞通过FN1-AKT通路影响基质细胞孕激素抵抗的新机制 样本量较小(仅6例患者),且未对间皮细胞与基质细胞间的相互作用进行功能验证实验 探索不同类型子宫内膜异位症在细胞组成、分子特征及孕激素抵抗方面的差异及其潜在机制 来自6例患者的子宫内膜异位症手术活检样本,包括腹膜型、深部浸润型和卵巢型三种病理类型 单细胞转录组学 子宫内膜异位症 单细胞RNA测序 单细胞转录组数据 6例患者的手术活检样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
64 2026-08-11
Single-cell RNA-sequencing and spatial transcriptomic analysis reveal a distinct population of APOE- cells yielding pathological lymph node metastasis in papillary thyroid cancer
2025-01, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序和空间转录组分析,识别出甲状腺乳头状癌中与淋巴结转移相关的APOE阴性肿瘤细胞亚群,并探讨其分子机制 首次揭示APOE阴性肿瘤细胞亚群通过ABCA1-LXR轴调控肿瘤增殖和侵袭,并利用机器学习模型基于单细胞数据预测淋巴结转移 未明确提及研究的局限性 探索甲状腺乳头状癌的肿瘤内异质性和转移机制,识别与淋巴结转移相关的关键细胞亚群 甲状腺乳头状癌组织样本中的肿瘤细胞及免疫细胞 数字病理学 甲状腺癌 单细胞RNA测序、空间转录组学 机器学习模型 基因表达数据、空间转录组数据 未明确提及样本数量 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
65 2026-08-11
Single-cell landscape of the intrahepatic ecosystem in alcohol-related liver disease
2025-01, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析酒精性肝病(ALD)患者和健康供体的肝脏组织,揭示了ALD不同阶段的细胞景观,并发现ALB+KRT7+上皮细胞具有干细胞特性和恶性转化潜力 首次描绘了人类ALD不同阶段的肝脏单细胞图谱,鉴定出表达肝细胞和胆管标志物的ALB+KRT7+上皮细胞群,并证明其通过激活Wnt/β-catenin信号促进肿瘤生长,提出靶向Wnt信号可预防晚期肝硬化恶变 摘要中未明确提及局限性 阐明酒精性肝病的分子机制,特别是细胞异质性和恶性转化风险 酒精性肝病患者的肝脏组织及健康供体的肝脏组织 单细胞转录组学 酒精性肝病 单细胞RNA测序 类器官模型 单细胞转录组数据 未明确说明样本数量 NA 单细胞RNA-seq NA NA
66 2026-08-11
Disturbed shear stress promotes atherosclerosis through TRIM21-regulated MAPK6 degradation and consequent endothelial inflammation
2025-01, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1
研究论文 本研究揭示了 disturbed shear stress 通过 TRIM21 介导的 MAPK6 降解促进动脉粥样硬化,并阐明了 MAPK6 通过 EGR1/CXCL12 轴调节内皮炎症的机制 首次揭示 MAPK6 在剪切应力和斑块形成中的未知作用,并阐明其通过 TRIM21 泛素化降解和 EGR1/CXCL12 轴的调控机制 未明确提及研究的局限性 阐明 MAPK6 在 disturbed shear stress 诱导的动脉粥样硬化中的作用及其上下游机制 内皮细胞、ApoE-/- 小鼠和 ApoE-/-MAPK6flox/floxTEKCre 小鼠 分子生物学 动脉粥样硬化 RNA-seq、CO-IP、蛋白质组学分析、单细胞 RNA-seq 基因敲除小鼠模型 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、单细胞转录组数据 未明确提及具体样本数量 未明确提及 RNA-seq、单细胞 RNA-seq 未明确提及 未明确提及
67 2026-08-11
Deciphering the Sertoli Cell Signaling Pathway with Protein-Protein Interaction, Single-Cell Sequencing, and Gene Ontology
2024-10, Cellular reprogramming IF:1.2Q4
研究论文 该论文通过蛋白质相互作用、单细胞测序和基因本体分析,阐明支持细胞的信号通路在精子发生中的作用。 综合运用蛋白质-蛋白质相互作用、单细胞测序和基因本体分析,揭示支持细胞信号通路对精子发生的调控机制。 仅基于现有文献和生物信息学分析,缺乏实验验证。 解析支持细胞信号通路在精子发生中的调控机制,并探讨其失调与男性不育的关系。 支持细胞信号通路及其调控精子发生的分子机制。 生物信息学、单细胞测序 男性不育 单细胞测序、蛋白质相互作用分析、基因本体分析 NA 单细胞测序数据、蛋白质相互作用数据 NA NA 单细胞测序 NA NA
68 2026-08-11
Binomial models uncover biological variation during feature selection of droplet-based single-cell RNA sequencing
2024-09, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出一种基于二项分布的特征选择模型(DDGs),用于区分单细胞RNA测序数据中的技术噪声和生物变异,并验证其优于现有方法。 首次提出使用二项采样过程作为技术变异的零模型进行特征选择,能够有效识别真实生物变异基因并改善细胞分型准确性。 未在摘要中提及局限性。 开发一种简单有效的特征选择模型,以准确区分scRNA-seq数据中的技术噪声和生物变异。 单细胞RNA测序数据,其中细胞身份已预先确定。 机器学习 NA scRNA-seq 二项分布模型 基因表达数据(单细胞RNA测序数据) 未在摘要中提及具体样本量。 NA scRNA-seq NA NA
69 2026-08-11
CHAI: consensus clustering through similarity matrix integration for cell-type identification
2024-07-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出CHAI方法,通过相似性矩阵整合进行共识聚类,用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型鉴定 采用群体智慧策略,整合七种最先进的聚类方法的结果,包括CHAI-AvgSim和CHAI-SNF两种方法,优于现有共识聚类方法,支持多组学整合和可定制性 未在摘要中明确提及局限性 解决单细胞RNA测序数据聚类方法选择难题,提供稳健、可定制的共识聚类框架 多种基准数据集及空间转录组数据 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 共识聚类, 相似性矩阵整合, 图融合 单细胞基因表达数据, 空间转录组数据 多个基准数据集(数量未指定)及一项空间转录组数据集 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
70 2026-08-11
ST-SCSR: identifying spatial domains in spatial transcriptomics data via structure correlation and self-representation
2024-07-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出了ST-SCSR算法,通过结构相关性和自表示识别空间转录组数据中的空间域 创新性地整合了局部信息、全局信息和空间域相似性,利用矩阵三分解同时分解表达谱和空间网络,并通过共享因子矩阵融合特征 未提及具体局限性 开发一种新的空间域识别算法以提高准确性并发现潜在模式 空间转录组数据中的空间域 机器学习 NA 空间转录组测序 矩阵三分解 表达谱和空间网络数据 NA NA NA NA NA
71 2026-08-11
BANMF-S: a blockwise accelerated non-negative matrix factorization framework with structural network constraints for single cell imputation
2024-07-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出一种带有结构网络约束的分块加速非负矩阵分解框架(BANMF-S),用于单细胞RNA测序数据的缺失值插补。 通过三元闭包原理整合外部PPI网络信息构建基因相似性网络,并通过最小生成树捕获细胞间邻域结构及时间信息,同时采用分块策略并行化随机梯度下降以加速优化。 未在摘要中明确说明局限性。 解决scRNA-seq数据中的dropout事件问题,提高下游聚类和拟时序推断的准确性。 单细胞RNA测序数据中的基因和细胞。 机器学习 不适用 单细胞RNA测序 非负矩阵分解(NMF),随机梯度下降(SGD) 基因表达数据 使用模拟和真实数据集,具体样本数量未在摘要中说明。 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
72 2026-08-11
Deep learning approaches for non-coding genetic variant effect prediction: current progress and future prospects
2024-07-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
综述 本文综述了基于深度学习的非编码遗传变异效应预测方法,涵盖模型发展、解读及下游任务。 全面回顾了基于批量测序和单细胞测序数据的非编码变异预测模型,并总结了当前方法的局限与改进方向。 当前方法在变异效应预测上存在局限,例如对复杂调控机制的建模不足和数据噪声影响。 系统地概述非编码遗传变异效应预测的深度学习技术,并提供实用指南。 基于批量测序和单细胞测序数据开发的非编码变异预测模型。 深度学习 NA 批量测序、单细胞测序、表观遗传学分析 深度学习模型 基因组数据 NA NA 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq、单细胞多组学、空间转录组学 NA NA
73 2026-08-11
scHyper: reconstructing cell-cell communication through hypergraph neural networks
2024-07-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出了scHyper方法,利用超图神经网络从全局网络视角推断单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯,并识别所有细胞、配体和受体表达对通讯评分的潜在影响。 设计了一种新的三联关系表示方式,通过提取包含源(配体表达)、目标(受体表达)和配体-受体对的异质超图,并基于超图表示学习度量节点内在属性与观察行为之间的匹配程度,从而构建高阶交互模式,超越大多数只能处理低阶交互的方法。 摘要中未明确提及方法的局限性。 从全局网络视角推断细胞间通讯,并识别所有细胞、配体和受体表达对通讯评分的影响,以更准确解释细胞间通讯的复杂性。 人类肿瘤微环境和免疫细胞中的细胞间通讯网络。 机器学习和生物信息学 肿瘤 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 超图神经网络 单细胞基因表达数据 未明确提及样本数量,涉及人类肿瘤微环境和免疫细胞。 NA 单细胞RNA测序 NA NA
74 2026-08-11
A second wave of Notch signaling diversifies the intestinal secretory lineage
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过对大鼠小肠单细胞RNA-seq数据进行伪时间轨迹分析,研究了CFTR高表达细胞(CHEs)在分泌谱系中的命运分化,发现Notch信号的第二波作用对CHEs的特化至关重要 首次揭示了Notch信号在分泌谱系中第二次激活以特化CHE细胞,这是一种在人和大鼠中存在但小鼠中缺失的稀有分泌细胞类型,并通过体内外实验验证Notch信号的必要性 主要基于大鼠数据,人类数据的直接验证有限;CHEs的稀有性限制了详细的功能研究 探究小肠分泌细胞类型的命运分化机制,特别是CHEs的特化过程 大鼠和小肠上皮细胞中的CFTR高表达细胞(CHEs) 单细胞转录组学、细胞分化 囊性纤维化 单细胞RNA测序 伪时间轨迹分析 基因表达数据 大鼠小肠空肠样本(具体数量未在标题和摘要中给出) NA 单细胞RNA测序 NA NA
75 2026-08-11
Autophagy unrelated transcriptional mechanisms of hydroxychloroquine resistance revealed by integrated multi-omics of evolved cancer cells
2024-04, Cell cycle (Georgetown, Tex.)
研究论文 通过综合多组学分析进化癌细胞,揭示了羟氯喹耐药的非自噬转录机制 首次结合正向遗传筛选、反向遗传筛选、bulk RNA-seq、外显子组测序和单细胞RNA-seq,识别出羟氯喹耐药主要源于转录可塑性而非自噬或溶酶体途径 研究仅在两种细胞系(OVCAR3卵巢癌和CCL218结直肠癌)中进行,可能缺乏广泛代表性;未明确验证所有候选通路在体内的作用 探究癌细胞对羟氯喹产生耐药性的分子机制,以优化老药新用在肿瘤治疗中的应用 OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结直肠癌细胞 基因组学、转录组学、药物耐药性 卵巢癌、结直肠癌 bulk RNA-seq、外显子组测序、单细胞RNA-seq、CRISPR-Cas9文库筛选、活细胞成像及无细胞提取物分析 不适用 基因组、转录组、单细胞转录组、基因筛选数据 两种细胞系(OVCAR3和CCL218),经过15次药物脉冲-追踪(正向筛选)和3次脉冲-追踪(Cas9筛选)的进化细胞群体 不适用 bulk RNA-seq、外显子组测序、单细胞RNA-seq 不适用 不适用
76 2026-08-11
CHAI: Consensus Clustering Through Similarity Matrix Integration for Cell-Type Identification
2024-Mar-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出CHAI方法,一种基于相似性矩阵整合的共识聚类方法,用于单细胞RNA测序数据的细胞类型鉴定,并通过多个基准数据集展示其性能提升和实际应用。 创新性地引入两种聚合策略(CHAI-AvgSim和CHAI-SNF)整合七种先进聚类方法的结果,在多个基准数据集上优于现有共识聚类方法,并能整合空间转录组数据。 未明确提及局限性,但可能受限于基准数据集的多样性和对特定聚类方法的依赖。 解决单细胞RNA测序数据聚类中方法选择难题,提供统一且稳健的细胞类型鉴定框架。 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、多种细胞类型聚类方法。 生物信息学、单细胞分析。 NA scRNA-seq、空间转录组学。 共识聚类(基于图融合和相似性平均)。 基因表达矩阵、空间转录组数据。 多个基准数据集,具体样本数量未在标题和摘要中注明。 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学。 NA NA
77 2026-08-11
CD4+ T cell heterogeneity in gestational age and preeclampsia using single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序和T细胞受体库分析,探究蜕膜CD4+ T细胞在孕龄和子痫前期中的异质性 首次通过单细胞RNA测序和T细胞受体库分析揭示蜕膜CD4+ T细胞亚群的多样性和克隆性随孕龄变化,并鉴定出子痫前期中可能驱动炎症的Th1/Th2中间型和效应Treg样亚群 未提供具体限制信息 研究蜕膜CD4+ T细胞在孕龄和子痫前期中的异质性及其在母胎免疫耐受中的作用 蜕膜CD4+ T细胞亚群,包括Th1/Th2中间型、Th1和Treg细胞 单细胞测序 子痫前期 单细胞RNA测序、T细胞受体库分析 NA 单细胞转录组数据、T细胞受体序列数据 涉及早孕期、晚孕期健康妊娠及子痫前期蜕膜样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
78 2026-08-11
Identification and validation of Rab GTPases RAB13 as biomarkers for peritoneal metastasis and immune cell infiltration in colorectal cancer patients
2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过信息学分析和实验验证,鉴定RAB13为结直肠癌腹膜转移和免疫细胞浸润的生物标志物。 首次将RAB13与结直肠癌腹膜转移及免疫细胞浸润相关联,并利用多种算法和单细胞测序分析其作用,提出其作为治疗靶点的潜力。 缺乏功能实验验证RAB13在腹膜转移中的具体机制,且主要依赖公共数据库和有限的样本。 确定与结直肠癌腹膜转移相关的生物标志物及其与免疫细胞浸润的关系。 结直肠癌患者组织样本及公共数据库中的基因表达数据。 生物信息学 结直肠癌 RNA-seq, 单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 基因集富集分析(GSEA) NA 基因表达数据, 临床数据, 单细胞转录组数据 未明确给出具体样本数量,使用了公共数据库和少量结直肠癌组织。 NA RNA-seq, 单细胞转录组测序 NA NA
79 2026-08-11
Multi-omics landscape of Interferon-stimulated gene OASL reveals a potential biomarker in pan-cancer: from prognosis to tumor microenvironment
2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过多组学分析揭示干扰素刺激基因OASL在泛癌中的预后和免疫微环境相关作用 系统性泛癌分析OASL的表达、遗传异质性及其与预后的关联,并首次揭示其通过IFN-γ/STAT1和IL-6/JAK/STAT3通路调控PD-L1表达,影响肿瘤微环境中巨噬细胞浸润和细胞毒性T淋巴细胞功能障碍 主要基于公共数据库的生物信息学分析,实验验证仅限于胰腺癌细胞系,机制验证不够深入 探讨OASL在泛癌中的表达模式、预后价值及其对肿瘤免疫微环境的影响 33种肿瘤类型的样本及胰腺癌细胞系 生物信息学 泛癌 多组学分析(包括转录组、蛋白组)、单细胞转录组测序、细胞实验 NA 基因表达数据、临床数据、单细胞转录组数据 33种肿瘤类型的多个样本(具体数量未在摘要中说明) NA bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq NA NA
80 2026-08-11
Single cell transcriptome sequencing of inspiratory neurons of the preBötzinger complex in neonatal mice
2022-07-30, Scientific data IF:5.8Q1
研究论文 对新生小鼠preBötzinger复合体中吸气神经元进行单细胞转录组测序,以了解其基因表达特征 首次将全细胞膜片钳记录与单细胞RNA测序结合,对preBötC吸气神经元进行分类并获取其转录组 数据仅来源于新生小鼠,且样本量有限 揭示preBötC吸气神经元的转录组特征,以理解呼吸节律生成的分子机制 新生小鼠preBötC中的吸气神经元 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未指定具体数量,涉及新生小鼠的多个吸气神经元 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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