单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 39243 篇文献,本页显示第 61 - 80 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
61 2026-05-08
Ectopic expression of MUC5B in the respiratory bronchiole initiates endoplasmic reticulum stress in the IPF lung
2026-May-01, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1
研究论文 利用空间转录组学技术,探究MUC5B异位表达在特发性肺纤维化(IPF)发病机制中的作用,特别是其如何在内质网应激中发挥作用 首次通过空间转录组学揭示MUC5B在呼吸性细支气管中的异位表达与内质网应激及远端分泌标志物的共定位关系 仅使用有限样本(15例IPF和13例对照),且机制验证仅通过体外实验 阐明MUC5B驱动肺纤维化的发病机制 特发性肺纤维化(IPF)患者和健康对照的肺组织样本 数字病理学 特发性肺纤维化 空间转录组学 半监督聚类 空间转录组数据 15例IPF患者和13例对照(含MUC5B启动子变异阳性与阴性) NA 空间转录组学 CosMx CosMx平台(43个视野,覆盖15例IPF和13例对照)
62 2026-05-08
Sensitizer-Induced Basophils Accelerate Skin Re-Epithelialization via IL-4/IL-13-Mediated Macrophage Polarization
2026-May, Allergy IF:12.6Q1
研究论文 本研究揭示了在致敏性皮肤损伤模型中,嗜碱性粒细胞通过IL-4/IL-13信号通路诱导巨噬细胞向修复型M2极化,从而加速皮肤再上皮化 首次发现嗜碱性粒细胞在致敏皮肤中的促修复功能,超越其传统已知的致痒和促炎作用,揭示了2型免疫介导组织再生的新机制 未在人体样本中验证该机制,且研究局限于化学致敏剂诱导的急性损伤模型,未涉及慢性伤口或特应性皮炎患者的自然病程 探究致敏皮肤反应中招募的嗜碱性粒细胞是否参与伤口愈合及其分子机制 嗜碱性粒细胞(小鼠模型) 数字病理学 特应性皮炎 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光 NA 基因表达数据, 细胞染色图像 小鼠模型,每组样本数未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
63 2026-05-08
Co-morbid biomarkers for sarcopenic obesity associated with gut microbiota metabolites: From burden to treatment
2026-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 通过整合差异表达基因、基因共表达网络分析和肠道菌群代谢物靶点,结合机器学习方法识别肌肉减少性肥胖的共病生物标志物,并在高脂饮食诱导的小鼠模型中进行验证 首次通过整合多组学数据(差异表达基因、基因共表达网络分析和肠道菌群代谢物靶点)结合多种机器学习方法(LASSO、XGBoost、SVM-REF、随机森林)识别肌肉减少性肥胖的共病生物标志物,并在单细胞测序和小鼠模型中验证 未明确说明局限性 识别肌肉减少性肥胖(SO)的共病生物标志物,并探讨其与肠道菌群代谢物的关联及潜在治疗化合物 中国中老年人(CHARLS数据库)和饮食诱导肥胖小鼠 机器学习 老年疾病 机器学习, 单细胞测序, 分子对接 LASSO, XGBoost, SVM-REF, 随机森林 基因表达数据, 单细胞测序数据 中国中老年人(2011年样本量未明确,2018年样本量未明确); 四个独立GEO队列 NA 单细胞测序 NA NA
64 2026-05-08
Spatial Multiomics Reveal Insights Into ADC Efficacy
2026-May, European journal of immunology IF:4.5Q2
综述 该综述探讨了空间多组学技术在揭示抗体-药物偶联物(ADC)疗效中的作用,特别是在转移性尿路上皮癌中的应用 提出了一个结合空间多组学数据和机器/深度学习驱动分析的综合框架,用于分层患者、预测毒性和指导下一代ADC设计 未明确提及局限性,但综述性质可能缺乏原始实验数据验证,且框架的临床实用性有待进一步评估 评估空间转录组学和蛋白质组学技术在解码ADC作用机制和耐药性方面的适用性,并提取生物学见解 抗体-药物偶联物(ADC)及其在实体瘤(特别是转移性尿路上皮癌)中的抗原表达、细胞状态和微解剖背景 数字病理学 转移性尿路上皮癌 NA 深度学习 图像, 文本 NA NA 空间转录组学, 空间蛋白质组学 NA NA
65 2026-05-08
Interleukin-7 receptor activation in interstitial macrophages promotes lung fibrosis through secreted phosphoprotein 1
2026-May-01, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1
研究论文 该文章揭示了间质巨噬细胞通过分泌磷酸蛋白1(SPP1)在肺纤维化中的关键作用,并阐明了白细胞介素-7受体(IL7R)信号调控这一过程的机制 首次鉴定出间质巨噬细胞是肺纤维化中SPP1的主要来源,并发现IL7R信号通过调控SPP1和Gpnmb表达促进纤维化,为靶向IL-7/巨噬细胞/SPP1轴治疗肺纤维化提供新思路 主要基于小鼠模型和公共数据集,缺乏人体临床验证;未深入探讨IL7R信号下游具体分子通路 明确SPP1产生型巨噬细胞在肺纤维化中的功能角色及其调控机制 博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型、特发性肺纤维化患者单细胞RNA测序数据 数字病理学 肺纤维化 单细胞RNA测序、多组学分析、基因敲入报告小鼠、条件性基因敲除小鼠 NA 单细胞转录组数据 包括博来霉素处理小鼠(至少7天时间点)、Spp1-EGFP敲入报告小鼠、Il7r fl/fl Csf1r-iCre条件敲除小鼠,以及人类特发性肺纤维化公共数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
66 2026-05-08
Single-cell spatiotemporal dissection of the human maternal-fetal interface
2026-May, Nature IF:50.5Q1
研究论文 通过整合单核转录组、染色质可及性、空间转录组和多重蛋白成像,构建了人类母胎界面从早期到足月的综合时空图谱 以前所未有的时空分辨率,系统解析了正常妊娠期间母胎界面的细胞状态、空间微环境和转录程序,并开发了预测细胞滋养层侵袭性的机器学习模型 未明确提及 揭示人类母胎界面的细胞、分子和空间程序,构建全面参考图谱 人类母胎界面(胎盘和蜕膜)的母体和胎儿细胞 机器学习, 数字病理学 先兆子痫, 早产, 流产 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 空间转录组学, CODEX多重蛋白成像 机器学习模型 图像, 文本, 基因表达数据 正常妊娠样本(从早期到足月) 10x Genomics 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 10x Chromium 大规模配对单核转录组和染色质可及性分析,亚微米分辨率空间转录组学和CODEX多重蛋白成像
67 2026-05-08
Abi3S212F Alzheimer's disease variant alters plaque structure and disrupts microglia
2026-May, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
研究论文 本研究通过构建Abi3S212F小鼠模型,发现该阿尔茨海默病风险变体会改变淀粉样斑块结构并导致小胶质细胞功能障碍 首次在体内揭示ABI3S209F/Abi3S212F变体通过破坏细胞骨架动力学导致小胶质细胞功能障碍和死亡,并证明这种损伤发生在斑块形成之前 未提及具体局限性 阐明ABI3S209F(Abi3S212F)阿尔茨海默病风险变体对小胶质细胞功能和淀粉样病理的影响机制 Abi3S212F基因敲入小鼠与两种人源化β-淀粉样蛋白(Aβ)模型杂交的后代 数字病理学 阿尔茨海默病 空间转录组学, 单细胞分析, 共聚焦成像 NA 图像, 转录组数据 不同年龄段的小鼠样本(具体数量未说明) 10x Genomics 空间转录组学, 单细胞RNA测序 10x Visium, 10x Chromium 空间转录组学使用10x Visium平台,单细胞分析使用10x Chromium平台
68 2026-05-08
A transcriptional patient map of systemic lupus erythematosus reveals disease-related multicellular immune programs conserved between blood and kidney
2026-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过分析1,167份样本(包括单细胞和批量血液转录组以及空间分辨肾脏组织转录组),构建系统性红斑狼疮(SLE)的转录患者图谱,揭示血液和肾脏中保守的多细胞免疫程序 利用无监督方法从独立单细胞RNA测序队列中推断患者水平转录组免疫程序,整合多分辨率数据(单细胞、批量血液和空间肾脏组织)以捕捉SLE异质性,并首次将血液免疫程序映射到肾脏组织病理区域 未明确说明局限性,可能包括样本量有限、验证队列不足或程序泛化性尚未完全验证 系统性红斑狼疮患者分层,揭示疾病相关的多细胞免疫程序 系统性红斑狼疮患者和健康对照组的外周血单核细胞(PBMCs),以及狼疮肾炎患者的肾脏活检组织 转录组学、单细胞基因组学、空间转录组学 系统性红斑狼疮、狼疮肾炎 RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学、蛋白质组学 NA 单细胞转录组、批量转录组、空间转录组 1,167份样本(783份SLE样本,384份健康对照样本) 10x Genomics, Illumina 单细胞RNA-seq、空间转录组学 10x 单细胞RNA测序平台、Illumina 测序平台 外周血单核细胞单细胞RNA测序、肾脏空间转录组分析(可能使用10x Visium)
69 2026-05-08
Single-cell transcriptional landscape of muscle-derived stem/progenitor cells reveals hallmarks of aging and rejuvenation
2026-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 利用单细胞转录组学和蛋白质组学全面描绘了小鼠肌肉衍生干/祖细胞在不同年龄阶段的转录景观,揭示了其衰老与年轻化的特征 首次通过单细胞转录组和蛋白质组学揭示了肌肉衍生干/祖细胞的完整分子特征,发现其沿转录连续谱分化,具有类似胚胎祖细胞的非经典多能性状态,区别于卫星细胞和成肌细胞 未提及具体局限性 阐明肌肉衍生干/祖细胞的分子身份和发育状态,以及衰老对其影响 不同年龄阶段小鼠的肌肉衍生干/祖细胞 单细胞转录组学 衰老相关疾病 单细胞转录组测序、蛋白质组学 NA 单细胞转录组数据、蛋白质组数据 不同年龄组小鼠的肌肉衍生干/祖细胞 NA 单细胞RNA测序、单细胞蛋白质组学 NA NA
70 2026-05-08
Differential peripheral immune dynamics underlie therapeutic response to chemotherapy and chemo-immunotherapy in triple-negative breast cancer
2026-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过整合系统免疫状态建模和通路级机制推断,分析三阴性乳腺癌患者外周血单核细胞单细胞RNA测序数据,揭示化疗和化学免疫疗法治疗反应背后的外周免疫动力学差异 结合系统级免疫状态建模与通路级机制推断,纵向分析两种治疗方案下的免疫协调程序,并投影到独立I-SPY2数据集验证泛化性 NA 阐明三阴性乳腺癌患者对化疗和化学免疫疗法反应与耐药的外周免疫动力学机制 晚期三阴性乳腺癌患者外周血单核细胞 机器学习 乳腺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 多时间点样本(具体数量未在摘要中提及) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序平台
71 2026-05-08
Tenofovir Alafenamide in the Treatment of Chronic Hepatitis B Virus Infection in the High-Replicative Low-Inflammatory Phase: A 48-Week Randomized Controlled Trial
2026-May, Journal of medical virology IF:6.8Q1
随机对照试验 评估替诺福韦艾拉酚胺(TAF)治疗高复制低炎症期慢性乙型肝炎病毒感染的48周安全性和有效性,并分析外周免疫特征与治疗反应的关系 首次针对高复制低炎症期慢性乙肝患者进行随机对照试验,评估TAF治疗的安全性与疗效,并通过单细胞RNA测序揭示NK细胞亚型在抗病毒应答中的可能作用 完整的病毒学抑制率仍不理想,且单细胞RNA测序样本量极小(每组仅3例) 评估TAF在慢性乙肝病毒感染者中的安全性和抗病毒疗效,并探索外周免疫机制 HBeAg阳性、ALT正常且HBV DNA升高的慢性乙肝患者 机器学习 慢性乙型肝炎 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 6例患者的外周血单个核细胞(PBMC) 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
72 2026-05-08
Mapping of Neutrophils in Cancers: Insights From Spatial Omics Technologies
2026-May, European journal of immunology IF:4.5Q2
综述 综述空间组学技术在癌症中性粒细胞研究中的应用,讨论技术进展、不同癌症类型中的中性粒细胞检测差异、优化策略及多组学整合前景 系统总结了空间转录组学在肿瘤中性粒细胞研究中的最新技术进展,并提出了优化测序策略和样本处理的具体建议,强调空间组学与多组学整合的潜力 作为综述,未提供原始实验数据或验证结果,其观点和推荐可能受限于现有研究的不均衡性和技术局限性 探讨空间组学技术如何推进对肿瘤微环境中中性粒细胞调控机制的理解 肿瘤中性粒细胞(中性粒细胞) 数字病理学 癌症 空间转录组学 NA 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学,单细胞RNA测序 NA NA
73 2026-05-08
Tailoring the Extent of Lymphadenectomy for Esophageal Squamous Cell Carcinoma: Insights From a Comparative Study of Neoadjuvant Chemo-Immunotherapy and Surgery Cohort
2026-May, Thoracic cancer IF:2.3Q2
研究论文 比较食管鳞癌患者接受新辅助化学免疫治疗与单纯手术队列中淋巴结清扫范围的最佳数量,发现淋巴结清扫数量与预后的关系取决于治疗方案 首次揭示在新辅助化学免疫治疗背景下,淋巴结清扫数量与预后呈非线性“金发姑娘”原则关系,而非单纯手术中的持续生存获益,并通过单细胞测序阐明肿瘤反应性细胞毒性T细胞在转移阴性淋巴结中的富集机制 未明确提及 探讨食管鳞癌患者在新辅助化学免疫治疗与单纯手术队列中,淋巴结清扫数量对预后的影响及其免疫机制 621例接受R0切除的食管鳞癌患者(单纯手术组451例,新辅助化学免疫治疗组170例) 机器学学习 食管癌 单细胞RNA测序、T细胞受体测序 Cox回归模型 临床数据、单细胞测序数据、TCR测序数据 621例患者(单纯手术组451例,新辅助化学免疫治疗组170例),以及配对肿瘤和淋巴结样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
74 2026-05-08
Glial multicellular programs reveal distinct patient stratification in Parkinson's disease
2026-Apr-30, Research square
研究论文 整合单核RNA测序与空间转录组学,揭示帕金森病中胶质细胞的多细胞程序,并基于此对患者进行分型 首次发现帕金森病患者背侧纹状体中胶质细胞存在两种相互排斥的多细胞程序(炎症相关和内质网应激相关),将传统认为的帕金森病分子改变分为两个特异性非重叠特征,并证明这些特征为全脑性胶质细胞状态 未明确说明 解析帕金森病中背侧纹状体的胶质细胞多细胞程序及其对患者分型的意义 56名捐赠者的背侧纹状体样本,涵盖星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞 生物信息学 帕金森病 单核RNA测序, 空间转录组学 NA 单核RNA测序数据, 空间转录组数据 56名捐赠者,包含多个脑区和路易体病阶段 NA 单核RNA测序, 空间转录组学 NA NA
75 2026-05-08
MCT1 governs a metabolic checkpoint at pachytene during spermatogenesis
2026-Apr-30, Research square
研究论文 该研究揭示了MCT1依赖的代谢检查点控制哺乳动物精子发生中减数分裂进程的机制 首次发现MCT1介导的乳酸内流通过组蛋白H4赖氨酸12乳酰化(H4K12la)在减数分裂基因启动子处表观遗传调控其表达,定义了粗线期一个此前未知的代谢检查点 NA 阐明代谢流如何直接调控减数分裂进程的机制 哺乳动物精子发生过程中的生殖细胞 机器学习 NA 单细胞转录组学、代谢组学、计算扰动建模、多组学分析 计算扰动模型 单细胞转录组数据、代谢组数据、多组学数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
76 2026-05-08
ICON: An isoform-aware hierarchical random forest model for cell type classification
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出一个异构体感知的分层随机森林模型,用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类 联合建模基因和异构体水平表达,捕捉丰度和使用模式,实现超越基因水平分辨率的分类;提供可解释的输出,识别关键基因和异构体驱动细胞类型区分 未明确说明,但基于长读长单细胞RNA测序数据集进行基准测试,可能受限于长读长技术的当前采用范围 开发异构体感知的细胞类型注释方法,提高单细胞RNA测序数据中细胞亚型和动态状态的分辨率 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 机器学习 NA 长读长RNA测序 分层随机森林 基因和异构体表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
77 2026-05-08
SpatialQuery: scalable discovery and molecular characterization of multicellular motifs from spatial omics data
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出 SpatialQuery 框架,用于从空间组学数据中规模化发现多细胞基序并对其进行分子表征 能够同时识别空间中的多细胞共定位模式(细胞基序)并对其进行分子分析,超越了传统的成对分析,可发现受空间背景调控的基因及其协调表达变化 NA 开发一个计算框架,以发现空间组学数据中的多细胞基序并分析其分子特征 空间转录组学和蛋白质组学数据(包括肠道管状结构、肾脏、结肠和鼠脑图谱) 数字病理学 肾脏疾病、结肠疾病 空间转录组学、空间蛋白质组学 NA 空间组学数据(基因表达和蛋白质数据) 多个空间数据集(肠道管状结构、肾脏、结肠、鼠脑图谱等) NA 空间转录组学 NA NA
78 2026-05-08
A digital twin of pancreatic islet differentiation predicts cell fate
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 构建胰腺胰岛分化的数字孪生模型以预测细胞命运 首次整合时间序列多组学数据构建预测性数字孪生模型,能够解析谱系轨迹并推断细胞命运决定的因果调控因子 未提及具体局限性 建立预测性框架以解析细胞命运特化和谱系轨迹的调控决定因素 人诱导多能干细胞分化为胰腺胰岛类器官的过程 机器学习 糖尿病 单细胞测序 数字孪生模型 时间序列多组学数据 NA NA 单细胞多组学 NA NA
79 2026-05-08
Unlocking Multi-Sample Differential Expression for Spatial Transcriptomics Data with TESSERA
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出了一种基于空间广义线性模型的方法TESSERA,用于分析多样本空间转录组数据,解决了传统方法在处理不同样本间坐标系统、细胞类型和组织结构差异时的不足 首次将空间统计方法扩展到多样本空间转录组数据分析,提供了高效可扩展的模型拟合与统计推断框架,支持跨样本差异表达分析 未提及 开发一种能够处理多样本空间转录组数据差异表达分析的新方法 模拟数据和人肾组织样本的空间转录组数据 数字病理学 肾脏疾病 空间转录组学 空间广义线性模型 基因表达计数数据 人肾组织样本(具体数量未提及) NA 空间转录组学 NA NA
80 2026-05-08
Multiomic Profiling of 85 iPSC Lines from Familial Dementia Reveals Cellular Diversity and Regulators of Organoid Development
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 对85株家族性痴呆患者的iPSC系进行多组学分析,揭示细胞多样性与类器官发育调控因子 首次对多种MAPT突变iPSC系开展系统性的全基因组测序、单细胞RNA测序和DNA甲基化分析,发现新的亚群标记物与基因组编辑意外事件 未深入探讨不同突变类型对iPSC异质性的具体机制影响 系统表征家族性痴呆相关iPSC系的分子和遗传特征,提升其在疾病模型与治疗开发中的应用价值 85株携带MAPT突变的iPSC系及其同源对照组 数字病理学 老年性疾病 全基因组测序, 单细胞RNA测序, DNA甲基化分析 NA 基因组序列, 转录组数据, 甲基化数据 85株iPSC系 Illumina 单细胞RNA测序, 全基因组测序 Illumina NovaSeq NA
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