单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
61 2026-04-18
Genetic interaction between Adgrg6 and Sox9 reveals a feedforward mechanism for postnatal spinal stability
2026-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用空间转录组学揭示了Adgrg6与Sox9之间的遗传互作,通过前馈调控机制维持椎间盘细胞外基质基因表达,从而解析青少年特发性脊柱侧凸(AIS)的遗传机制 首次通过空间转录组学在Adgrg6条件性敲除小鼠模型中揭示Sox9表达下调与细胞外基质组织紊乱的关联,并证实Adgrg6与Sox9之间存在自我强化的前馈调控回路 研究基于小鼠模型,其病理机制是否完全适用于人类AIS仍需进一步验证 解析青少年特发性脊柱侧凸(AIS)多基因遗传的分子机制 Adgrg6条件性敲除小鼠模型(Adgrg6-cKO)及Sox9低效等位基因小鼠 空间转录组学 青少年特发性脊柱侧凸 空间转录组学,染色质开放性分析 条件性基因敲除小鼠模型 空间基因表达数据,染色质互作数据 未明确说明具体样本数量 NA 空间转录组学 NA NA
62 2026-04-18
Spatially Anchored Regulatory State Inference in Melanoma
2026-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种整合空间转录组与单细胞多组学数据的框架,用于推断黑色素瘤组织中的空间锚定调控程序 通过结合Visium空间转录组和单细胞多组学数据,引入空间正则化的细胞到斑点映射方法,并将染色质可及性和转录因子基序活性传播到组织空间中 未明确提及样本量或具体技术限制,可能依赖于数据整合的准确性 开发一个用于空间锚定调控推断的框架,以揭示组织中的空间局部化调控程序 黑色素瘤组织切片 空间转录组学 黑色素瘤 空间转录组学,单细胞多组学分析 基于GraphST的框架 基因表达数据,染色质可及性数据 NA 10x Genomics 空间转录组学,单细胞多组学 Visium Visium空间转录组技术
63 2026-04-18
Transcriptional profiling of extraocular motor neurons reveals sim1a as a candidate strabismus-related gene
2026-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过转录组分析揭示了sim1a作为斜视相关候选基因,并利用斑马鱼模型验证了其在外眼运动神经元功能中的作用 首次结合bulk和单细胞测序技术,在斑马鱼模型中系统性地识别了外眼运动神经元亚群的转录组多样性,并发现sim1a基因突变可影响前庭-眼反射功能 研究基于斑马鱼模型,其发现需在哺乳动物系统中进一步验证;样本规模较小,可能限制基因发现的全面性 识别与斜视(特别是非共同性斜视)相关的遗传因素,并解析外眼运动神经元的分子特征 斑马鱼幼虫的外眼运动神经元(颅核nIII/nIV) 神经科学 斜视 bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, CRISPR/Cas9基因编辑 NA 转录组数据 斑马鱼幼虫模型 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
64 2026-04-18
A transcriptomic axis aligns with in vivo functional dynamics in hippocampal inhibitory circuits
2026-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过结合单细胞分辨率的两光子成像和空间转录组学技术,揭示了小鼠海马抑制性神经元中转录组轴与功能动态之间的直接联系 开发了一种端到端管道,将细胞分辨率的两光子成像与空间转录组学结合,首次在海马抑制性电路中建立了分子身份与功能之间的直接、可扩展框架 研究仅限于小鼠海马CA1区的抑制性神经元,可能无法推广到其他脑区或物种 在单细胞分辨率上链接分子身份与功能,以理解海马抑制性电路的动态 小鼠海马CA1区的抑制性神经元 神经科学 NA 两光子成像,空间转录组学 分类器 图像,基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
65 2026-04-18
Genetic interaction between Adgrg6 and Sox9 reveals a feedforward mechanism for postnatal spinal stability
2026-Apr-08, Research square
研究论文 本研究通过空间转录组学揭示了Adgrg6和Sox9在青少年特发性脊柱侧弯(AIS)中的遗传相互作用和反馈前调控机制 首次利用空间转录组学在Adgrg6条件性敲除小鼠模型中识别脊柱基因表达变化,并揭示了Adgrg6和Sox9之间的自我强化反馈前调控回路 研究主要基于小鼠模型,人类AIS的复杂多基因机制可能有所不同 探究AIS的遗传机制和功能基础 Adgrg6条件性敲除小鼠模型和Sox9低效等位基因小鼠 空间转录组学 青少年特发性脊柱侧弯 空间转录组学,基因组关联研究(GWAS) 条件性敲除小鼠模型 空间转录组数据,基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
66 2026-04-18
Longitudinal Single-Cell RNA-seq Profiling of Lung Cell Phenotypes, Signaling, and Cross-talk During Fibrosis Resolution
2026-Apr-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过纵向单细胞RNA测序分析了小鼠肺纤维化自发消退过程中的细胞表型、信号通路及细胞间通讯变化 首次在完整肺组织中纵向追踪纤维化消退期的单细胞动态,揭示了促纤维化巨噬细胞群的清除及抗纤维化通路(如cAMP、HGF/MET、TWEAK)的富集 研究基于小鼠模型,人类肺纤维化消退机制可能不同;单细胞测序技术本身存在技术噪音和批次效应 阐明肺纤维化自发消退过程中的细胞与分子机制,为治疗肺纤维化提供潜在靶点 小鼠全肺消化物中的免疫细胞、间充质细胞和上皮细胞 数字病理学 肺纤维化 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确样本数量的小鼠全肺样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
67 2026-04-18
MitoChontrol: Adaptive mitochondrial filtering for robust single-cell RNA sequencing quality control
2026-Apr-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为MitoChontrol的自适应线粒体过滤框架,用于单细胞RNA测序中的质量控制,通过建模线粒体转录本分数的混合高斯分布来识别并去除受损细胞 提出了一种细胞类型感知的概率框架,替代传统的固定百分比阈值,能更准确地处理不同细胞类型和组织中线粒体含量的显著变异 未明确提及具体的数据集规模限制或算法在极端情况下的性能 开发一种自适应方法,以改进单细胞RNA测序中的线粒体质量控制,避免因固定阈值导致的细胞保留或排除错误 单细胞RNA测序数据中的细胞,特别是胰腺导管腺癌数据集和受控扰动实验中的细胞 单细胞组学 胰腺导管腺癌 单细胞RNA测序 高斯混合模型 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
68 2026-04-18
Aging restricts maturation of CXCL13 + T follicular helper cells in human immunity
2026-Apr-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用人类扁桃体类器官、单细胞RNA测序和CRISPR扰动技术,揭示了衰老过程中CXCL13⁺ T滤泡辅助细胞成熟受限的机制 首次在人类免疫系统中发现衰老导致CXCL13⁺ GC-Tfh细胞选择性丧失,并鉴定出BACH2和SOX4作为年龄相关的转录调控因子 研究主要基于扁桃体类器官模型,可能无法完全反映体内所有免疫衰老情况 探究人类衰老过程中特异性抗体反应下降的细胞机制 人类扁桃体组织中的T滤泡辅助细胞和B细胞 免疫学 衰老相关疾病 单细胞RNA测序, CRISPR扰动 NA 单细胞转录组数据 来自老年和年轻捐赠者的扁桃体组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
69 2026-04-18
Defining the RNA Modification Landscape of Multiple Myeloma Reveals METTL3-Dependent m 6 A Regulation of NEAT1
2026-Apr-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过整合质谱、Nanopore直接RNA测序和甲基化RNA免疫沉淀测序技术,定义了多发性骨髓瘤的RNA修饰景观,揭示了METTL3依赖的m6A修饰对NEAT1的调控作用及其在疾病中的关键角色 首次系统描绘多发性骨髓瘤的RNA修饰图谱,发现m6A修饰的lncRNA NEAT1作为疾病驱动因子,并通过单细胞RNA测序验证其在恶性浆细胞中的特异性富集 研究未深入探讨其他RNA修饰类型的功能机制,且样本来源和数量可能限制结论的普适性 阐明RNA修饰特别是m6A在多发性骨髓瘤中的调控网络及其对疾病进展的影响 多发性骨髓瘤细胞及相关的长链非编码RNA(如NEAT1) 表观转录组学 多发性骨髓瘤 质谱分析,Nanopore直接RNA测序,甲基化RNA免疫沉淀测序,单细胞RNA测序 NA RNA序列数据,质谱数据 未明确指定样本数量,但涉及多发性骨髓瘤细胞及健康细胞对照 Oxford Nanopore Technologies 直接RNA测序,单细胞RNA测序 Nanopore测序平台 Nanopore直接RNA测序技术用于RNA修饰检测,单细胞RNA测序用于细胞类型分析
70 2026-04-18
STDrug enables spatially informed personalized drug repurposing from spatial transcriptomics
2026-Apr-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究提出了一个名为STDrug的空间信息计算框架,该框架整合空间转录组学、基于图的建模和多模态学习,以实现患者特异性的治疗药物优先级排序 首次将空间转录组学数据整合到药物重定位框架中,通过图卷积网络和相干点漂移算法识别并对齐疾病与对照空间区域,并采用结合肿瘤可逆基因特征、基于扰动的逆转评分和知识引导基因加权的综合评分方案 研究仅在肝细胞癌和前列腺癌数据集上进行了验证,其普适性在其他癌症类型中尚需进一步评估 开发一个能够利用空间组织上下文信息进行个性化药物重定位的计算框架 肝细胞癌和前列腺癌患者 空间转录组学 肝细胞癌, 前列腺癌 空间转录组学, 单细胞RNA测序 图卷积网络, 多模态学习, 机器学习框架 空间转录组数据, 电子健康记录, 体外实验数据 NA NA 空间转录组学, 单细胞RNA测序 NA NA
71 2026-04-18
Gain-of-function mutation in SKAP2 leads to type 1 diabetes and broader autoimmunity through hyperactive integrin signaling in myeloid cells
2026-Apr-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过发现SKAP2基因的功能获得性突变,揭示了其通过增强髓系细胞整合素信号通路导致1型糖尿病及更广泛自身免疫的机制 首次在人类中发现SKAP2功能获得性突变与1型糖尿病的直接关联,并利用基因敲入小鼠模型系统阐明了该突变通过过度激活髓系细胞整合素信号通路引发自身免疫的分子机制 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证有限;突变在人群中的普遍性及与其他自身免疫疾病的关联仍需进一步研究 阐明SKAP2基因突变导致1型糖尿病及自身免疫风险增加的分子机制 携带SKAP2 p.G153R突变的小鼠模型(NOD和C57BL/6J背景)、髓系细胞(树突状细胞、巨噬细胞、中性粒细胞) 免疫学与遗传学 1型糖尿病 单细胞RNA测序、基因敲入小鼠模型、免疫表型分析 基因工程小鼠模型 基因序列数据、单细胞转录组数据、免疫表型数据 未明确说明具体样本数量,但涉及两种遗传背景(NOD和C57BL/6J)的基因敲入小鼠群体 NA 单细胞RNA测序 NA NA
72 2026-04-18
Human Lymph Node Cellular Senescence Atlas Reveals Age-Dependent Alteration in Germinal Center B Cell Function and Niches
2026-Apr-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过整合单细胞和空间多组学技术,系统表征了人类淋巴结中与年龄相关的细胞衰老,揭示了衰老相关免疫状态的空间异质性及其对免疫功能下降的潜在贡献 首次构建了人类淋巴结衰老的空间图谱,结合单细胞转录组学、空间蛋白质组学和空间转录组学等多组学方法,揭示了衰老相关免疫细胞类型(“衰老型”)的时空分布变化及生发中心B细胞的功能损伤机制 研究样本年龄范围较广(18-100岁),但空间蛋白质组学部分样本年龄上限为86岁,可能存在样本代表性偏差;且机制研究基于选定样本,需进一步验证 阐明人类淋巴结中衰老相关免疫状态的细胞类型特异性、空间异质性及其与年龄相关免疫功能下降的关系 人类淋巴结组织,来自18至100岁的捐赠者 数字病理学 老年疾病 单细胞转录组学,空间蛋白质组学(高重免疫荧光),空间转录组学,空间表观基因组学,代谢成像 NA 单细胞RNA-seq数据,空间蛋白质组数据,空间转录组数据,表观基因组数据,代谢成像数据 单细胞转录组学涉及多个年龄捐赠者的淋巴组织;空间蛋白质组学包括51名捐赠者(18-86岁)的99个淋巴结切片,约2000万个细胞 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学,空间蛋白质组学 NA NA
73 2026-04-18
Halo: a pretrained model for whole-cell segmentation from nuclei images in spatial transcriptomics
2026-Apr-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为Halo的预训练模型,用于从空间转录组学中的细胞核图像进行全细胞分割 Halo通过整合细胞核形态与RNA转录本的空间分布来重建全细胞边界,无需针对新数据集进行额外训练,显著优于广泛使用的细胞核扩展策略 NA 开发一种可扩展且可重复的全细胞分割方法,以准确重建单细胞转录组 空间转录组学数据中的细胞边界 数字病理学 NA 空间转录组学 Cellpose-SAM分割架构 图像(DAPI图像)和转录本坐标 来自12种组织类型的多模态Xenium数据 10x Genomics 空间转录组学 Xenium NA
74 2026-04-18
Comparative single cell analysis of wound and cancer identifies the metabolic dialogues between tumor initiating stem cells and macrophages
2026-Apr-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过比较皮肤伤口愈合和皮肤鳞状细胞癌进展过程中的单细胞RNA测序数据,揭示了肿瘤起始干细胞与肿瘤相关巨噬细胞之间代谢对话的关键作用 首次通过比较单细胞分析揭示伤口相关巨噬细胞和肿瘤相关巨噬细胞在脂质代谢调控上的根本差异,并发现SOX2肿瘤起始干细胞是调控肿瘤相关巨噬细胞代谢状态的关键协调者 研究主要聚焦于皮肤鳞状细胞癌模型,其他癌症类型中的类似机制尚未验证;单细胞测序技术本身存在技术局限性 阐明肿瘤相关巨噬细胞在癌症进展中的独特分子特征及其与肿瘤起始干细胞的相互作用机制 皮肤伤口愈合过程中的巨噬细胞和皮肤鳞状细胞癌进展过程中的肿瘤相关巨噬细胞 单细胞组学 皮肤鳞状细胞癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
75 2026-04-18
An enzyme-responsive electrospun polyester membrane for sustained delivery of polymerized 2-methoxyestradiol to treat peritendinous adhesion
2026-Apr-04, Journal of advanced research IF:11.4Q1
研究论文 本研究开发了一种负载聚合2-甲氧基雌二醇的酶响应性电纺聚己内酯膜,用于持续局部释放以抑制成纤维细胞增殖和胶原沉积,从而预防肌腱周围粘连 首次将聚合2-甲氧基雌二醇整合到电纺膜中,实现酶响应性持续释放,并通过单细胞RNA测序揭示其通过抑制HIF-1α/Sonic Hedgehog信号通路来预防肌腱粘连的分子机制 研究主要基于大鼠模型,临床转化效果需进一步验证;药物释放的长期安全性及膜材料的生物降解性未详细评估 开发一种新型生物材料,用于预防肌腱损伤后的周围粘连 大鼠跟腱修复模型、人肌腱样本、大鼠208F成纤维细胞 生物医学工程 肌腱损伤与粘连 单细胞RNA测序、RNA测序、酯化反应、RAFT聚合、电纺技术 NA 基因表达数据、组织病理图像、生物力学数据 未明确指定具体样本数量,但涉及人肌腱样本和大鼠模型 NA 单细胞RNA测序、RNA测序 NA NA
76 2026-04-18
Weighted gene coexpression network analysis and machine learning identify mitochondria programmed cell death-related genes as diagnostic biomarkers for septic shock
2026-Apr-02, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2
研究论文 本研究整合公共基因表达数据集,通过加权基因共表达网络分析和机器学习方法,鉴定出与脓毒性休克相关的线粒体程序性细胞死亡基因作为诊断生物标志物 首次系统性地整合WGCNA、LASSO回归和Boruta算法筛选脓毒性休克的诊断基因,并通过单细胞转录组分析、免疫浸润评分和动物模型验证了ACSL1等基因的诊断价值 研究主要基于公共数据集和动物模型,临床样本验证规模有限,需要更大规模的前瞻性研究进一步验证 鉴定脓毒性休克的诊断生物标志物并探索其病理机制 脓毒性休克患者、临床血液样本、CLP诱导的脓毒性休克小鼠模型 生物信息学 脓毒症 加权基因共表达网络分析(WGCNA)、LASSO回归、Boruta算法、单细胞转录组分析、定量实时聚合酶链反应(qRT-PCR)、Western blot、免疫荧光 机器学习 基因表达数据、单细胞转录组数据 GEO公共数据集、临床血液样本、CLP小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
77 2026-04-18
Identification of a Novel Mitochondrial-Related Gene Signature for BMSCs in Osteoporosis Combining Single-Cell and Bulk Transcriptome Data
2026-Apr, Biochemical genetics IF:2.1Q3
研究论文 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据,识别了骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中与线粒体相关的新基因特征 结合单细胞RNA测序和批量转录组数据,首次在骨质疏松症BMSCs中鉴定出线粒体相关基因特征,并发现DUT作为关键调控因子 研究样本量有限,且功能验证主要在细胞水平进行,缺乏动物模型验证 识别骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中线粒体相关基因特征,探索其在疾病发展中的作用 健康个体和骨质疏松症患者的骨髓间充质干细胞 数字病理学 骨质疏松症 单细胞RNA测序,批量RNA测序,RT-qPCR,Western blot,免疫荧光,电子显微镜扫描,siRNA敲低 LASSO逻辑回归,随机森林 转录组数据 使用GSE147287(单细胞)和GSE35956(批量)数据集,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
78 2026-04-18
Engineered ETS1-Nanoconjugate Restores Immune Homeostasis through Dual Immune-Vascular Modulation in Relapsing and Progressive Multiple Sclerosis
2026-Apr, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1
研究论文 本研究开发了一种名为IMNP的多功能纳米递送平台,通过靶向IL7R同时调节内皮细胞和T淋巴细胞,以恢复多发性硬化症模型中的免疫稳态 首次设计了一种结合ETS1质粒DNA、PBAE聚合物、IL7R靶向肽和巨噬细胞膜涂层的仿生纳米平台,实现血管-免疫双重调节 研究主要基于动物模型,尚未在人体中进行验证;长期安全性和潜在副作用需进一步评估 开发一种新型纳米疗法,通过双重调节血管和免疫系统来治疗多发性硬化症 内皮细胞和致病性T细胞 数字病理学 多发性硬化症 单细胞RNA测序 NA NA NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
79 2026-04-18
Engineered TIGIT-Blockade Membrane Vesicles Synergize with Microwave Ablation to Mediate Liver Metastases Eradication
2026-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究开发了一种工程化TIGIT阻断膜囊泡(Bev@TPNVs),结合微波消融治疗肝转移,通过单细胞RNA测序揭示肿瘤坏死过渡区的免疫抑制微环境,并验证了该联合疗法在实验模型中有效抑制肝转移并提高生存率 首次利用单细胞RNA测序揭示微波消融后肝转移肿瘤坏死过渡区的免疫抑制微环境特征,并创新性地开发了靶向递送Bevacizumab的工程化膜囊泡,实现与TIGIT阻断的协同治疗 研究基于实验性肝转移模型,尚未进行临床试验验证;长期疗效和安全性需进一步评估 开发一种联合微波消融和免疫疗法的创新治疗策略,以消除肝转移并防止术后复发 肝转移肿瘤模型中的肿瘤细胞、免疫细胞(特别是CD155髓系细胞和CD8 T细胞)及肿瘤坏死过渡区微环境 单细胞组学 肝转移 单细胞RNA测序,流式细胞术分析 NA 单细胞RNA测序数据,流式细胞术数据 实验性肝转移模型小鼠 NA 单细胞RNA-seq NA NA
80 2026-04-18
Single-Cell RNA Sequencing of Human Lung Tissues Reveals Metallothionein-Positive T Cells as a Novel Potential Marker of Susceptibility to Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2026-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序发现了一种新型的金属硫蛋白高表达T细胞亚群,可作为慢性阻塞性肺疾病易感性的潜在生物标志物 首次在人类肺组织中通过单细胞RNA测序鉴定出金属硫蛋白高表达T细胞亚群,并揭示其在COPD进展中的动态变化及免疫调节功能 研究样本量有限,且主要基于观察性数据,需要更大规模的前瞻性研究验证其临床预测价值 探索COPD的异质性病理机制并寻找可用于早期识别高风险人群的生物标志物 从不吸烟的健康对照者、COPD前期患者和COPD患者的肺组织及外周血样本 数字病理学 慢性阻塞性肺疾病 单细胞RNA测序,流式细胞术 NA 单细胞转录组数据,流式细胞数据 包含健康对照、COPD前期和COPD患者的多组肺组织和外周血样本(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
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