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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-06-11 |
Single-cell profiling of tumor lineage plasticity and the immune microenvironment in transformed small cell lung cancer
2026-Mar-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07940-6
PMID:41781968
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析从非小细胞肺癌向小细胞肺癌转化过程中的肿瘤谱系可塑性和免疫微环境 | 首次揭示了干细胞样恶性细胞亚群在肺癌转化中的谱系可塑性先驱作用,并发现ISG+淋巴细胞通过I型干扰素促进神经内分泌分化 | 样本量较小,仅包括5例LUAD、3例T-SCLC和4例SCLC患者,且缺乏更大规模的验证实验 | 研究非小细胞肺癌向小细胞肺癌转化的分子机制,特别是肿瘤谱系可塑性和免疫微环境的作用 | LUAD、T-SCLC和SCLC患者的肿瘤细胞与免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色、体外共培养分析 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 12名患者(5例LUAD、3例T-SCLC、4例SCLC)共73,195个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 62 | 2026-06-11 |
Spatial and cellular composition of lung fibrosis induced by multi-walled carbon nanotubes
2026-Mar-04, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04135-5
PMID:41782027
|
研究论文 | 本文通过整合空间转录组学、mRNA测序、代谢组学、微生物组分析和体外验证,研究了多壁碳纳米管暴露如何影响小鼠肺免疫反应和肠道稳态 | 首次通过多组学方法揭示Slamf7-Slamf7相互作用在巨噬细胞过度活化中的关键作用,并提供了肺-肠轴的现代生物医学证据 | NA | 探究吸入多壁碳纳米管引起的肺部免疫机制及其对肠道的影响 | 多壁碳纳米管暴露的小鼠模型 | 计算机视觉 | 肺癌 | 空间转录组学, mRNA测序, 代谢组学, 微生物组分析, 体外验证 | NA | 图像, 文本, 视频 | NA | NA | 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 63 | 2026-06-11 |
Influence of body composition on the efficacy of nivolumab plus ipilimumab for metastatic clear cell renal cell carcinoma
2026-Mar-03, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014363
PMID:41775432
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研究论文 | 评估身体成分对纳武利尤单抗联合伊匹木单抗治疗转移性透明细胞肾细胞癌疗效的影响 | 使用人工智能分割工具测量身体成分,结合单细胞RNA测序探索身体成分与免疫治疗效果的关系 | 回顾性研究设计,单中心数据,样本量有限,单细胞RNA测序队列较小 | 探究身体成分(骨骼肌和皮下脂肪)对一线纳武利尤单抗联合伊匹木单抗治疗转移性透明细胞肾细胞癌疗效的影响 | 309例转移性透明细胞肾细胞癌患者(其中12例进行单细胞RNA测序) | 机器学习 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像及转录组数据 | 309例患者(其中12例进行单细胞RNA测序) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2026-06-11 |
Transcriptional factor ZMYM3 promotes hepatocellular carcinoma metastasis by upregulating CTTN and inducing invadopodia formation
2026-Mar-03, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08506-6
PMID:41775697
|
研究论文 | 揭示转录因子ZMYM3通过上调CTTN诱导足体形成促进肝细胞癌转移 | 首次发现ZMYM3在肝细胞癌组织中上调,通过直接结合CTTN启动子促进足体形成及上皮间质转化,从而增强肝癌细胞的侵袭和转移能力 | 主要基于体外细胞实验和组织样本分析,缺乏体内动物模型验证ZMYM3在转移中的直接作用 | 阐明ZMYM3在肝细胞癌侵袭和转移中的分子机制 | 肝细胞癌患者组织样本及细胞系 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序, 染色质免疫沉淀测序, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据, 免疫组化图像, 单细胞测序数据 | TCGA和GEO公开数据集样本,以及免疫组化组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 染色质免疫沉淀测序 | NA | NA |
| 65 | 2026-06-11 |
Multi-omics analysis of NEDD1 in hepatocellular carcinoma: biological function, prognostic value, and clinical significance
2026-Mar-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-42505-z
PMID:41775913
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示NEDD1在肝细胞癌中的生物学功能、预后价值和临床意义 | 首次利用单细胞及空间转录组学数据揭示NEDD1-MZT2B功能模块在肿瘤细胞及免疫抑制性巨噬细胞中的细胞环境依赖性异质性 | 多组学分析主要基于公共数据库,临床样本量有限,且NEDD1-MZT2B模块的功能机制仍需进一步验证 | 探索NEDD1在肝细胞癌中的致癌作用、调控机制及肿瘤微环境相互作用 | 肝细胞癌患者组织样本、HCC细胞系及皮下移植瘤模型 | 数字病理学 | 肝癌 | NGS, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 表达数据, 表观遗传学数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | TCGA、GEO公共数据集及临床样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞数据集GSE140228, 空间转录组数据集HRA000437 |
| 66 | 2026-06-11 |
iAODE for benchmarking and continuum modeling of single-cell chromatin accessibility
2026-Mar-03, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09768-8
PMID:41775921
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研究论文 | 提出iAODE模型,用于单细胞染色质可及性数据的基准测试和连续建模 | 创新性地结合变分自编码器、零膨胀负二项似然、隐式神经ODE、低权重KL正则化和可解释重构瓶颈,生成时间连续的低维潜空间,并建立包含248个scATAC-seq和123个scRNA-seq数据集的大规模基准及20项评估指标 | 未明确说明 | 开发能更好捕捉单细胞表观遗传连续轨迹的降维和轨迹分析方法 | 单细胞染色质可及性数据(scATAC-seq)和单细胞RNA测序数据(scRNA-seq) | 机器学习 | 未涉及 | scATAC-seq, scRNA-seq | 变分自编码器 (VAE), 神经ODE, 零膨胀负二项模型 | 单细胞测序数据 | 248个scATAC-seq数据集和123个scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2026-06-11 |
HIV-seq reveals gene expression differences between HIV-transcribing cells from viremic and suppressed people with HIV
2026-Mar-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68797-3
PMID:41776157
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研究论文 | 通过HIV-seq方法,揭示病毒血症和ART抑制状态下HIV感染者中转录HIV基因的细胞的基因表达差异 | 开发了一种名为HIV-seq的新方法,通过在单细胞RNA-seq中引入针对HIV保守区域的捕获序列,显著提高了对低丰度HIV转录本的检测效率 | 未在摘要中明确说明局限性 | 研究ART抑制期间HIV转录细胞的持久性机制及其基因表达特征 | HIV感染者中的HIV转录细胞 | 单细胞转录组学 | HIV感染 | scRNA-seq(单细胞RNA测序) | NA | 单细胞转录组数据 | 未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | HIV-seq方法自定义捕获序列 |
| 68 | 2026-06-11 |
Pharmacological stabilization of hypoxia-inducible factor 1-α dampens the interferon response and promotes glycolysis in Aicardi-Goutières syndrome
2026-Mar-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69979-9
PMID:41776196
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和靶向代谢组学分析Aicardi-Goutières综合征患者外周血样本,发现HIF-1α表达和活性缺失与代谢转换相关,药物稳定HIF-1α可逆转代谢转换并减轻干扰素反应 | 首次发现Aicardi-Goutières综合征中HIF-1α表达缺失与能量代谢转换的关联,并证明药物稳定HIF-1α可逆转代谢异常并减轻炎症反应 | 未提及明确的局限性,但可能包括样本量较小和体外模型的适用范围 | 研究Aicardi-Goutières综合征中能量代谢转换对慢性炎症的作用及潜在治疗靶点 | 携带ADAR1、RNASEH2B或SAMHD1致病变异的Aicardi-Goutières综合征患者的外周血样本 | 机器学习 | Aicardi-Goutières综合征 | 单细胞转录组学、靶向代谢组学 | 机器学习、差异基因表达分析 | 文本 | Aicardi-Goutières综合征患者的外周血样本,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 69 | 2026-06-11 |
Identification of cryosensitive niches and a targetable FOS/AP‑1 program in the human ovarian cortex by single‑cell and spatial transcriptomics
2026-Mar-03, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-026-04757-4
PMID:41776587
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学鉴定人类卵巢皮质中冷冻敏感生态位及可靶向的FOS/AP-1程序 | 首次在单细胞和空间水平系统鉴定卵巢冷冻损伤中易受影响的细胞亚群及关键分子机制,并发现FOS/AP-1通路可作为潜在治疗靶点 | 仅使用3例生殖器性别重置手术患者的卵巢皮质样本,样本量较小且来源单一;未评估长期冻存对卵母细胞质量的影响 | 揭示卵巢组织冷冻保存中易冻伤细胞亚群的转录组变化及关键信号通路 | 人体卵巢皮质组织、卵母细胞 | 单细胞转录组学、空间转录组学、生殖医学 | 卵巢冷冻损伤、女性生育力保存 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、Smart-seq2 | NA | 基因表达数据、空间转录数据 | 3例生殖器性别重置手术患者的卵巢皮质组织(27,185个新鲜细胞和25,480个冻融细胞)及110个卵母细胞(66个新鲜、44个冷冻) | 10x Genomics, BGI | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, BGI Stereo-seq | 10x Genomics单细胞RNA测序用于卵巢细胞悬液,BGI Stereo-seq用于空间转录组学,Smart-seq2用于卵母细胞分析 |
| 70 | 2026-06-11 |
Clinical and immunological implications of lymphocyte-activation gene 3 expression in metastatic colorectal cancer
2026-Mar-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-026-04344-9
PMID:41774207
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研究论文 | 研究淋巴细胞激活基因3在转移性结直肠癌中的表达及其临床和免疫学意义 | 首次系统评估LAG3在转移性结直肠癌中的预后作用及其免疫微环境背景,发现Galectin-9-TIM-3信号在LAG3阳性CD8⁺ T细胞中独特存在 | 回顾性研究设计,样本量相对较小,缺乏功能验证实验 | 阐明LAG3表达对转移性结直肠癌的预后影响及其在免疫微环境中的生物学作用 | LAG3表达及其与转移性结直肠癌患者预后及免疫微环境的关系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组化、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 图像、转录组数据、单细胞数据 | 144名转移性结直肠癌患者,23例韩国结直肠癌样本的单细胞RNA测序数据 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 基于TCGA COADREAD队列的转录组数据及23例韩国结直肠癌样本的单细胞RNA测序 |
| 71 | 2026-06-11 |
Integrated scRNA-seq and bulk transcriptomics identify an amino acid metabolism-associated prognostic signature and highlight FUS as a potential driver in prostate cancer progression
2026-Mar-02, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-026-01824-0
PMID:41766003
|
研究论文 | 整合单细胞和批量转录组学数据,识别与氨基酸代谢相关的预后标志并揭示FUS在前列腺癌进展中的潜在驱动作用 | 首次通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据,结合机器学习构建了一个9基因的氨基酸代谢风险特征,并发现FUS作为新的致癌调控因子 | 未明确说明 | 探究氨基酸代谢对前列腺癌预后的影响并开发风险分层模型 | 前列腺癌患者样本、细胞系、小鼠模型 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、多组学分析(SCENIC、CellChat、伪时间轨迹) | 机器学习模型(具体类型未明确) | 基因表达数据 | TCGA和独立GEO队列(具体样本数量未明确) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq) | 10x Chromium | 单细胞RNA测序分析 |
| 72 | 2026-06-11 |
IFN signaling at the nexus of the radiotherapy response in malignant peripheral nerve sheath tumors
2026-Mar-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI202266
PMID:41766655
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研究论文 | 该文章整合功能基因组学、单细胞转录组学和人类肿瘤分析,揭示I型IFN信号在恶性外周神经鞘瘤放射治疗反应中的核心协调作用 | 首次证明I型IFN信号同时调控MPNST的肿瘤内在放射敏感性和T细胞局部募集与激活,确立IFN信号作为放疗反应的中央协调者 | 未提及具体局限性 | 阐明IFN信号在恶性外周神经鞘瘤放射治疗反应中的整合调控作用 | 恶性外周神经鞘瘤(MPNSTs) | 数字病理学 | 恶性外周神经鞘瘤 | 功能基因组学、单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、人类肿瘤数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2026-06-11 |
IFN signaling is associated with radiotherapy response in malignant peripheral nerve sheath tumors
2026-Mar-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI195652
PMID:41766654
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研究论文 | 结合大量和单细胞转录组学、全基因组CRISPR干扰筛选及多平台分子分析,探究恶性周围神经鞘瘤放疗反应中的IFN信号传导机制 | 首次揭示I型IFN信号传导在MPNST放疗反应中起功能性介导作用,并证明宿主T细胞和完整肿瘤IFN受体信号对放疗疗效至关重要 | 未提及具体限制 | 解析恶性周围神经鞘瘤放疗反应异质性的生物学机制 | MPNST细胞、小鼠同种异体移植模型及患者样本 | 数字病理学 | 恶性周围神经鞘瘤 | RNA-seq, CRISPR干扰筛选, 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 未提及具体样本量 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2026-06-11 |
Macrophage-rich niches regulate T cell dynamics at the liver invasive margin during gallbladder cancer progression
2026-Mar-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI193672
PMID:41766656
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研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组学分析了胆囊癌进展中肝侵犯区域的巨噬细胞丰富免疫细胞生态位对T细胞动态的调控作用 | 首次揭示了肝侵犯区域CXCL9+巨噬细胞丰富的免疫细胞生态位中两种亚型(CT和CC生态位)通过不同机制分别促进CD8+ T细胞招募和耗竭,并发现CXCL9与LGALS4的表达组合可作为预后和免疫治疗反应的生物标志物 | 该研究主要基于组织样本的转录组分析,缺乏功能性验证实验来直接证实巨噬细胞生态位与T细胞相互作用的因果机制 | 探索胆囊癌肝侵犯过程中肿瘤-肝脏界面微环境的细胞组成和基因表达调控机制 | 胆囊癌患者肿瘤及邻近肝组织的微环境细胞 | 数字病理学 | 胆囊癌 | 单细胞转录组学,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,组织图像 | 未在标题和摘要中明确说明样本量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium,10x Visium | 10x Chromium用于单细胞RNA测序,10x Visium用于空间转录组学分析 |
| 75 | 2026-06-11 |
Single-cell transcriptomics reveal heat shock protein dysregulation in severe SARS-CoV-2-associated pediatric encephalopathy
2026-Mar-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-41827-2
PMID:41772029
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示严重SARS-CoV-2相关儿童脑病中热休克蛋白失调 | 首次在单细胞水平上鉴定热休克蛋白HSPA1A和HSPB1在严重SARS-CoV-2相关脑病急性期的选择性上调,并证实其作为生物标志物的潜力 | 样本量有限,仅基于一名严重患者与两名轻度患者的数据,且未进行功能验证实验 | 探究严重SARS-CoV-2相关儿童急性脑病的致病机制 | 外周血单个核细胞 | 数字病理学 | SARS-CoV-2相关儿童脑病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1名严重患者、2名轻度患者、1名非SARS-CoV-2发热惊厥患者及公开儿科COVID-19数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 76 | 2026-06-11 |
Epitope-spanning antigenic variation reprograms immunodominance and broadens immunity in sequential influenza vaccination
2026-Mar-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70202-y
PMID:41771913
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研究论文 | 本研究显示在连续流感疫苗接种中,通过针对血凝素头部多个表位进行靶向变异,可以重新编程表位层级,将回忆反应转向保守的亚显性表位,从而扩大免疫宽度并增强交叉保护 | 首次提出通过表位跨越性抗原变异重塑免疫显性层级,将免疫回忆从显性表位转向保守的亚显性表位,从而克服免疫印记对流感疫苗广谱保护的限制 | 研究基于雪貂模型,需进一步在人类临床试验中验证该策略的有效性和安全性 | 探索通过靶向抗原变异重塑表位层级,以克服免疫印记限制并提高流感疫苗的交叉保护能力 | 雪貂模型,用于模拟人类免疫印记样回忆反应的A(H3N2)流感病毒连续疫苗接种 | 计算机视觉 | NA | 单细胞转录组学、ELISpot检测、表位作图、结构分析 | NA | 转录组数据、ELISpot数据 | 雪貂模型中的多个实验组,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组分析用于扩增的生发中心B细胞和Th1反应检测 |
| 77 | 2026-06-11 |
M[Formula: see text]DGAT: Multi-view multi-scale dynamic graph attention network(GAT) based prediction of Parkinson's disease(PD) progression using whole-blood RNA sequencing data
2026-Mar-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-40636-x
PMID:41771960
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研究论文 | 提出一种多视图多尺度动态图注意力网络,基于全血RNA测序数据预测帕金森病进展 | 首次结合多视图、多尺度与动态图注意力网络,并通过计数草图双线性融合策略整合时间和空间视图 | 尚未说明在更大人群或不同疾病中的泛化能力 | 预测神经退行性疾病的疾病进展轨迹 | 帕金森病患者的全血RNA测序数据 | 机器学习和数字病理学 | 帕金森病 | RNA测序 | 动态图注意力网络(DGAT) | 转录组数据(RNA测序数据) | 使用PPMI和PDBP两个队列的数据 | NA | 批量RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2026-06-11 |
Microglial CR3-mediated synaptic pruning in the dmPFC promotes the generation and maintenance of chronic muscle pain via glutamatergic dysfunction
2026-Mar, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-026-01666-7
PMID:41765955
|
研究论文 | 该论文通过多种技术手段揭示了慢性肌肉痛大鼠背内侧前额叶皮质中小胶质细胞CR3介导的突触修剪通过谷氨酸能功能障碍促进疼痛的产生和维持 | 首次阐明小胶质细胞CR3依赖的突触修剪抑制谷氨酸能神经元兴奋性和突触可塑性在慢性肌肉痛产生和维持中的关键作用,揭示了小胶质细胞-神经元相互作用新机制 | 研究主要基于大鼠模型,结果向人类转化可能需要进一步验证 | 探究慢性肌肉痛产生和维持的复杂机制 | 慢性肌肉痛大鼠模型 | 神经科学 | 慢性肌肉痛 | 纤维光度法、膜片钳、场电位记录、光遗传化学遗传激活、单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光 | NA | 电生理数据、基因表达数据、荧光成像数据 | 慢性肌肉痛大鼠模型(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 79 | 2026-06-11 |
Integrating feature selection with unsupervised deep embedding for clustering single-cell RNA-seq data
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag082
PMID:41766647
|
研究论文 | 提出了一种联合特征选择与无监督深度嵌入的框架,用于单细胞RNA-seq数据的聚类分析 | 将特征选择与聚类联合优化,整合零膨胀负二项自编码器与群Lasso惩罚和聚类损失,同时学习低维表示和选择区分性基因 | 未提及具体局限性 | 解决scRNA-seq聚类中特征选择与聚类分离导致的次优结果问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | ZINB自编码器 | 基因表达数据 | 模拟和真实scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2026-06-11 |
Decoding the Mechanisms of Hepatocellular Carcinoma Cancer Stem Cells and Identifying Potential Therapeutic Strategies Based on Single-cell Omics
2026 Mar-Apr, Cancer genomics & proteomics
IF:2.6Q3
DOI:10.21873/cgp.20577
PMID:41771574
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研究论文 | 基于单细胞组学解码肝细胞癌癌症干细胞机制并识别潜在治疗策略 | 首次利用单细胞RNA测序和空间转录组学数据系统表征肝细胞癌中癌症干细胞的细胞和空间异质性,构建预后模型并预测靶向癌症干细胞的候选药物 | 未提及具体局限性 | 系统表征肝细胞癌相关癌症干细胞,识别预后生物标志物和潜在治疗策略 | 肝细胞癌癌症干细胞及其微环境 | 计算机视觉, 自然语言处理, 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | HCCDB v2.0数据库中的肝细胞癌样本,以及GSE76427和GSE14520生存数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |