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当前共找到 33814 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-12-10 |
Monocyte/macrophage-derived NLRP3 Promotes the Onset and Progression of Ankylosing Spondylitis Via the NOD-like Receptor Pathway
2025-Nov-26, Journal of clinical immunology
IF:7.2Q1
DOI:10.1007/s10875-025-01961-4
PMID:41291215
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研究论文 | 本研究探讨了单核细胞/巨噬细胞来源的NLRP3通过NOD样受体通路在强直性脊柱炎发病和进展中的作用 | 首次在AS中鉴定出经典单核细胞-巨噬细胞-炎症巨噬细胞分化轨迹，并揭示NLRP3通过NOD样受体信号通路驱动疾病进展 | 研究主要基于生物信息学分析和单细胞测序验证，缺乏体内功能实验验证NLRP3的具体作用机制 | 阐明强直性脊柱炎的致病通路并探索潜在治疗策略 | 强直性脊柱炎患者和非AS患者的血液样本、GEO转录组数据集、AS患者和骨折对照患者的骨髓样本 | 生物信息学 | 强直性脊柱炎 | 单细胞测序、转录组分析、GSEA通路分析 | 逻辑回归分析、t检验 | 血液检测数据、转录组数据、单细胞测序数据 | AS患者和非AS患者的血液样本、GEO数据集、AS患者和骨折对照患者的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2025-12-10 |
Protocol to analyze changes in hippocampal neural stem cell quiescence from single-cell RNA sequencing data
2025-Nov-24, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104226
PMID:41289073
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研究论文 | 本文提出了一种通过计算分析单细胞RNA测序数据来研究小鼠海马神经干细胞静息状态变化的协议 | 开发了一种计算协议，能够区分静息神经干细胞与星形胶质细胞，以及增殖神经干细胞与祖细胞，解决了现有分析中的挑战 | 协议主要针对小鼠海马神经干细胞，可能不直接适用于其他组织或物种，且依赖于单细胞RNA测序数据的质量 | 分析扰动如何影响海马神经干细胞的静息深度 | 小鼠海马神经干细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2025-12-10 |
Multi-omics analysis reveals the heterogeneity and interactions among stromal and tumor cells in gastric cancer
2025-Nov-22, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102614
PMID:41275708
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学等多组学分析，揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞和平滑肌细胞的异质性及其与恶性上皮细胞的相互作用 | 首次在胃癌中系统描绘了CAFs和SMCs的异质性谱系，并通过空间转录组学验证了肿瘤-基质相互作用的物理定位 | 需要进一步的实验验证配体-受体对和空间决定因素 | 研究胃癌中癌症相关成纤维细胞和平滑肌细胞的异质性及其与恶性上皮细胞的相互作用，以识别潜在治疗靶点 | 胃癌组织中的癌症相关成纤维细胞、平滑肌细胞和恶性上皮细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 轨迹推断, 调控子活性映射, 配体-受体相互作用建模 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 64 | 2025-12-10 |
Single-cell transcriptome atlas of adult male and female human hookworm Ancylostoma ceylanicum
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113846
PMID:41362773
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研究论文 | 本研究构建了成年雄性和雌性人类钩虫Ancylostoma ceylanicum的单细胞转录组图谱，揭示了性别特异性基因表达和细胞多样性 | 首次提供了该钩虫的单细胞转录组图谱，识别了性别特异性细胞类型和分子标记，包括与寄生和繁殖相关的组织 | NA | 推进对钩虫生物学的基本理解，并寻找新的治疗或疫苗靶点 | 成年雄性和雌性人类钩虫Ancylostoma ceylanicum | 数字病理学 | 钩虫病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 65 | 2025-11-16 |
Spatial Transcriptomics and Proteomics of Mycosis Fungoides Biopsies from Skin of Color Patients Reveal Biomarkers and Potential Treatment Targets
2025-Nov-17, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.10.608
PMID:41237899
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 66 | 2025-12-10 |
Four Decades of Inquiry Into the Genetic Bases of Specific Reading Disability
2025-Nov-11, Journal of speech, language, and hearing research : JSLHR
DOI:10.1044/2025_JSLHR-25-00050
PMID:41091061
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研究论文 | 本研究通过系统梳理过去四十年与特定阅读障碍相关的候选基因，并分析其进化保守性、发育表达模式和功能网络，以探究阅读障碍的遗传基础 | 挑战了存在阅读特异性基因的观念，提出特定阅读障碍反映了在人类特有大脑结构中运作的古老进化神经机制被破坏，并识别了发育表达转换和功能网络 | 研究基于文献综述和生物信息学分析，缺乏直接的实验验证，且候选基因列表可能不完全 | 探究特定阅读障碍的遗传基础，填补对阅读能力遗传结构理解的知识空白 | 175个与特定阅读障碍及阅读相关过程相关的候选基因 | 自然语言处理 | 特定阅读障碍 | 文献综述、生物信息学分析、发育转录组分析、单细胞转录组分析、功能通路分析 | NA | 基因序列数据、转录组数据、单细胞转录组数据 | NA | Allen Institute for Brain Science | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | Allen Brain Atlas | Allen Brain Atlas 发育和单细胞转录组数据集 |
| 67 | 2025-12-10 |
GPC3-based circular RNA vaccine suppresses hepatocellular carcinoma progression by activating adaptive immune responses
2025-Nov-07, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001605
PMID:41201153
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研究论文 | 本研究开发了一种基于环状RNA（circRNA）的靶向GPC3的肝癌疫苗，并通过结合TLR4激动剂佐剂，在小鼠模型中验证了其抑制肿瘤进展、激活适应性免疫应答的疗效和机制 | 首次开发了靶向GPC3的circRNA癌症疫苗，克服了传统mRNA疫苗的不稳定性和递送效率问题，并通过结合TLR4佐剂增强了抗肿瘤免疫应答 | 研究主要基于小鼠模型，其疗效和安全性在人体中尚未验证；机制研究虽深入，但临床转化路径仍需探索 | 开发一种更稳定、高效的circRNA癌症疫苗，用于治疗肝细胞癌（HCC） | 肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境（TME） | 免疫治疗，癌症疫苗 | 肝细胞癌 | 环状RNA疫苗设计，TLR4激动剂佐剂，多重免疫荧光，单细胞测序，空间转录组学，质谱流式细胞术 | NA | 测序数据，成像数据，流式细胞数据 | 小鼠模型（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 68 | 2025-12-10 |
Heterogeneous generation and expansion of epidermal-resident memory T cells in individuals allergic to nickel
2025-Nov-06, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf427
PMID:41206452
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研究论文 | 本研究探讨了镍过敏个体在反复暴露于镍后，表皮驻留记忆T细胞的异质性生成和扩增机制 | 首次通过重复斑贴试验结合单细胞RNA测序，揭示了镍过敏个体表皮中CD4+和CD8+ TRM细胞的克隆扩增、分化异质性及耗竭样群体的存在 | 无法将特定T细胞亚型与临床反应严重程度相关联，样本量较小（仅12名参与者） | 研究反复镍暴露如何影响镍过敏个体的临床反应及表皮TRM细胞的积累和分化 | 镍过敏个体的表皮T细胞 | 免疫学 | 过敏性接触性皮炎 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12名镍过敏参与者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 69 | 2025-12-10 |
Atomistic TCR-ligand interactions instruct memory T-cell differentiation
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.686789
PMID:41279151
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组测序、TCR-pMHC相互作用的生物物理测量和结构分析，揭示了T细胞受体（TCR）与配体之间的原子水平相互作用如何指导记忆T细胞的分化命运 | 首次在分子水平上系统地将TCR的机械转导特性（如力依赖性结合）与记忆T细胞亚群（TCM与TEM）的分化联系起来，并提出了“双极性”克隆型的概念 | 研究基于小鼠模型和单一的流感病毒表位（NP），其在人类其他病原体或癌症抗原中的普适性仍需验证 | 阐明初始CD8 T细胞在抗原刺激后分化为不同记忆T细胞亚群（中央记忆TCM与效应记忆TEM）的分子机制 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型，这些克隆特异性识别由H-2D呈递的流感A病毒（IAV）免疫显性表位NP | 免疫学 | 传染病（流感病毒感染） | 单细胞转录组测序、TCR测序、生物物理测量（力依赖性相互作用）、结构分析 | NA | 转录组数据、序列数据、生物物理测量数据、结构数据 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2025-12-10 |
scFPC-DE: Robust Differential Expression Analysis Along Single Cell Trajectories via Functional Principal Component Analysis
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.686374
PMID:41279951
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研究论文 | 本文提出了一种基于功能数据分析的单细胞轨迹差异表达分析方法scFPC-DE，用于识别沿伪时间轨迹的时间差异表达基因 | 通过功能主成分分析建模基因表达作为伪时间函数，有效捕捉共享的基因表达变异和伪时间结构，同时缓解零膨胀问题 | 未明确说明方法在复杂轨迹或多分支轨迹中的适用性，以及计算效率方面的潜在限制 | 开发一种稳健的单细胞轨迹差异表达分析方法，以更准确地识别时间差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达沿伪时间轨迹的变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 功能主成分分析 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2025-12-10 |
Atacformer: A transformer-based foundation model for analysis and interpretation of ATAC-seq data
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.685753
PMID:41279458
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研究论文 | 本文介绍了Atacformer，一种基于Transformer的基础模型，用于分析和解释ATAC-seq数据 | Atacformer是首个为scATAC-seq数据设计的基于Transformer的基础模型，能够生成单个顺式调控元件的嵌入表示，并支持跨模态对齐和RNA数据推算 | 模型在scATAC-seq数据上的迁移学习潜力尚未充分探索，且现有工具在处理大规模复杂数据集时存在限制 | 开发一个基础模型以解决scATAC-seq数据统一分析和下游任务（如聚类、细胞类型注释和参考映射）的挑战 | scATAC-seq实验数据，包括公共存储库中的近10,000个实验 | 机器学习 | NA | ATAC-seq, scATAC-seq, RNA-seq | Transformer | 基因组数据（原始片段文件、BED文件） | 近10,000个scATAC-seq实验 | NA | single-cell ATAC-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2025-12-10 |
CeDNe: A multi-scale computational framework for modeling structure-function relationships in the C. elegans nervous system
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.683805
PMID:41279576
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研究论文 | 本文介绍了一个名为CeDNe的开源计算框架，用于整合秀丽隐杆线虫神经系统的多尺度数据并建模其结构-功能关系 | 开发了首个统一的开源计算框架，能够将解剖学、分子和成像数据集整合到基于图的表示中，并在单一计算环境中实现跨组学层的多模态数据分析 | 框架目前主要针对秀丽隐杆线虫开发，在其他生物神经网络中的通用性需要进一步验证 | 建立神经回路结构与功能之间的联系，实现多尺度神经回路分析 | 秀丽隐杆线虫的神经系统 | 计算神经科学 | NA | 计算建模、网络分析、神经动力学模拟 | 图神经网络、动力学网络模型 | 连接组数据、单细胞转录组数据、神经肽-受体分布数据、全脑神经活动成像数据、行为数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2025-12-10 |
COL8A1 regulates endothelial phenotype in inflammatory endothelial-to-mesenchymal transition
2025-Nov-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00339.2025
PMID:41042748
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研究论文 | 本研究探讨了胶原蛋白VIII的α1链（COL8A1）在炎症诱导的内皮-间质转化（EndMT）中的作用及其机制 | 揭示了COL8A1在炎症性EndMT中的双相调控作用，并阐明其通过NF-κB/Snail信号通路调节内皮稳定性的新机制 | 研究主要基于体外细胞模型（HAECs），体内功能验证和临床相关性需要进一步研究 | 探究COL8A1在炎症性血管病理（如动脉粥样硬化）中内皮-间质转化过程中的调控作用 | 小鼠和人类内皮细胞，特别是人主动脉内皮细胞（HAECs） | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，免疫荧光分析，基因敲低，过表达 | NA | RNA-seq数据，图像数据 | 未明确指定具体样本数量，涉及小鼠和人类内皮细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2025-12-10 |
The evolving nosology of myeloid neoplasms: the semi-centennial of the 1976 French-American-British classification
2025-Nov, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02746-9
PMID:40858808
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综述 | 本文回顾了髓系肿瘤分类系统自1976年FAB分类以来的50年演变历程，重点探讨了二代测序技术对分类的影响以及未来单细胞测序和多组学技术的整合前景 | 从历史视角系统分析髓系肿瘤分类学的演变，并首次提出基于克隆造血不确定潜能（CHIP）的细胞水平达尔文主义概念框架 | 作为历史回顾性分析，缺乏原始实验数据支持；未涉及具体临床验证研究 | 追溯髓系肿瘤分类系统的发展历史，探讨新技术对疾病定义和治疗策略的影响 | 髓系肿瘤分类系统（特别是FAB分类及其后续演进） | 血液病理学 | 髓系肿瘤 | 二代测序技术，单细胞测序，多组学技术 | NA | 文献与分类标准文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2025-12-10 |
Single-cell transcriptomics of the myeloid milieu reveals an angiogenic niche in triple-negative breast cancer
2025-Nov, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01571-5
PMID:41203997
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据，揭示了三阴性乳腺癌中髓系细胞的异质性及其在血管生成微环境中的关键作用 | 首次在三阴性乳腺癌中系统描绘了髓系细胞的发育轨迹和功能，并发现了VEGFA中性粒细胞和SPP1巨噬细胞亚型在血管生成微环境中的共定位和相互作用 | 研究主要基于单细胞转录组数据，功能验证和机制研究可能不足，且样本来源和数量可能限制结论的普适性 | 阐明三阴性乳腺癌中髓系细胞的组成、功能和相互作用，以揭示其在肿瘤微环境形成中的作用 | 三阴性乳腺癌患者的髓系细胞，包括中性粒细胞和单核吞噬细胞亚型 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | 整合了内部和公共单细胞RNA测序数据，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 76 | 2025-12-10 |
Injury-induced connexin 43 expression regulates endothelial wound healing
2025-Nov-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00153.2025
PMID:41060772
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研究论文 | 本研究探讨了损伤诱导的连接蛋白43（Cx43）表达在调节内皮伤口愈合中的作用 | 首次证明大动脉内皮机械损伤会诱导间隙连接蛋白Cx43的表达，并揭示了Cx43磷酸化对内皮细胞迁移和增殖能力的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中得到验证；单细胞RNA-seq分析仅针对18小时损伤时间点 | 阐明Cx43在内皮损伤后伤口愈合中的分子机制 | 小鼠颈动脉内皮细胞 | 血管生物学 | 血管疾病 | RNA-seq，单细胞RNA-seq | 基因敲除小鼠模型（EC-Cx43 KO），磷酸化位点突变模型 | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | 10829个细胞（来自野生型和EC-Cx43 KO小鼠颈动脉） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2025-12-10 |
Decoding heart failure subtypes with neural networks via differential explanation analysis
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf581
PMID:41222558
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研究论文 | 本文介绍了一种基于神经网络和可解释AI的新方法，用于识别心力衰竭亚型特异性基因，以解码心力衰竭亚型 | 提出了一种基于自定义神经网络重要性评分的新方法，用于识别差异解释基因，优于传统方法，能更有效地揭示心力衰竭亚型特异性通路 | 方法可能依赖于神经网络模型的特定架构和参数，且在实际应用中需验证其泛化能力 | 解码心力衰竭亚型，通过识别差异基因签名来理解分子机制 | 单细胞转录组数据中的细胞，特别是与心力衰竭相关的细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq | 深度神经网络 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2025-12-10 |
Single-cell transcriptomic profiling reveals liver fibrosis in colorectal cancer liver metastasis
2025-Nov, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01573-3
PMID:41258075
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了结直肠癌肝转移中肿瘤纤维化的临床重要性及其分子特征 | 首次在结直肠癌肝转移中构建了肿瘤纤维化的全面单细胞图谱，识别了VCAN_eCAF在重塑肿瘤纤维化中的关键作用，并提出了FGF23或FGF3-FGFR1等潜在靶向相互作用 | NA | 探究结直肠癌肝转移中肿瘤纤维化的临床意义、分子特征及其在肿瘤微环境中的作用 | 结直肠癌肝转移患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，多重免疫组化/免疫荧光，空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据，免疫组化图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 79 | 2025-12-10 |
SpaTM: topic models for inferring spatially informed transcriptional programs
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf657
PMID:41359801
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpaTM的空间主题模型框架，用于从空间转录组数据中推断具有空间信息的转录程序 | SpaTM能够同时进行无注释引导和注释引导的空间转录组分析，提供了一个统一且可解释的框架，在空间标签预测和聚类任务中表现优异 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个统一的分析框架，以高可解释性联合分析空间转录组数据，推断生物学信息丰富的基因程序 | 空间转录组数据，具体应用于人类大脑背外侧前额叶皮层、导管癌样本以及重度抑郁症患者的大脑单核RNA测序图谱 | 空间转录组学 | 重度抑郁症，导管癌 | 空间转录组学，单核RNA测序 | 主题模型 | 空间转录组数据，单核RNA测序数据 | 未在摘要中明确提及具体样本数量 | NA | 空间转录组学，单核RNA测序 | NA | NA |
| 80 | 2025-12-10 |
Emergence of endothelial subtypes and role of cell cycle control in arterial-venous specification during embryonic vascular development
2025-Oct-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116368
PMID:41066228
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和Fucci胚胎成像技术，揭示了细胞周期控制在胚胎血管发育早期动脉-静脉分化中的关键作用 | 首次在胚胎发育早期（血流出现前后）系统解析了内皮细胞的单细胞转录组，并利用Fucci胚胎模型将细胞周期状态与动脉-静脉分化直接关联，证明了细胞周期抑制剂p27在胚胎动脉-静脉分化中的必需功能 | 研究主要聚焦于小鼠胚胎早期（E8.0-E9.5），未验证在更晚期发育阶段或成年期的普适性；机制上虽发现p27的关键作用，但下游具体信号通路尚未完全阐明 | 探究细胞周期控制在胚胎血管发育过程中动脉-静脉分化中的作用机制 | 小鼠胚胎内皮细胞（E8.0、E8.5、E9.5时期） | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序，Fucci胚胎成像，基因敲除 | NA | 基因表达数据，成像数据 | 三个发育时间点（E8.0、E8.5、E9.5）的胚胎内皮细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |