单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
61	2026-07-15	Single-cell analysis of Powassan virus-infected brains reveals age-dependent neuroinflammatory crosstalk and progressive Alzheimer's-like APP/Aβ accumulation 2026-Jul-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01294-26 PMID:42446869	研究论文	通过单细胞RNA测序分析波瓦桑病毒感染小鼠大脑，揭示年龄依赖性神经炎症交互作用及进行性阿尔茨海默样APP/Aβ积累	首次在单细胞水平阐明波瓦桑病毒触发的年龄依赖性胶质细胞反应和Trem2-ApoE轴相关疾病相关小胶质细胞转录程序，并发现病毒诱导的进行性APP/Aβ积累与阿尔茨海默病病理特征相似	基于小鼠模型，结果可能不完全反映人类疾病复杂性；APP/Aβ积累在幸存者中的长期影响未详细探讨	探究波瓦桑病毒导致年龄依赖性致死和长期神经后遗症的细胞机制	年轻（10周龄）和老龄（50周龄）C57BL/6小鼠的大脑细胞对波瓦桑病毒LI9株的应答	单细胞转录组学	脑炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	年轻和老龄小鼠各一组，每组具体数量未明确	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
62	2026-07-15	High-Risk Rhabdomyosarcomas Feature a Convergent Cell State 2026-Jul-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-4403 PMID:42446905	研究论文	该论文通过单细胞转录组学等技术发现高危横纹肌肉瘤的癌细胞无论FOXO1融合状态如何，均会汇聚到一个共同的细胞状态，并表现出神经特征	首次发现高危横纹肌肉瘤存在超越传统分子和组织学边界的汇聚性细胞状态，并揭示该状态表现出神经特征	摘要中未提及局限性	研究高危横纹肌肉瘤的细胞状态特征及其与FOXO1融合状态的关系	高危横纹肌肉瘤的癌细胞	数字病理学	横纹肌肉瘤	单细胞转录组测序、核转录组学、染色质可及性分析、空间转录组学、扰动研究	未提及	单细胞转录组数据、核转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	未提及具体样本数量	未提及	单细胞RNA测序、空间转录组学	未提及	未提及
63	2026-07-15	Concurrent genetic and non-genetic resistance mechanisms to KRAS inhibition in colorectal cancer 2026-Jul-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2026.04.009 PMID:42167227	研究论文	该研究利用靶向外显子测序和空间转录组学技术，探究结直肠癌患者对KRAS抑制剂与EGFR抑制剂联合治疗产生耐药性的遗传与非遗传机制	首次在患者匹配的结直肠癌活检样本中，结合靶向外显子测序与空间转录组学，揭示KRAS抑制剂耐药过程中遗传事件与转录适应状态共存，并发现TBK1可作为克服耐药的新靶点	未明确说明具体局限性	阐明结直肠癌对KRAS抑制剂产生耐药性的遗传与非遗传机制	结直肠癌患者活检样本、人类和小鼠类器官模型	数字病理学	结直肠癌	靶向外显子测序、空间转录组学	NA	测序数据、空间转录组数据	患者匹配的结直肠癌活检样本	NA	空间转录组学	NA	NA
64	2026-07-15	Hypoxia shapes both therapeutic response and resistance in metastatic clear cell renal cell carcinoma 2026-Jul-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2026.05.007 PMID:42242232	研究论文	研究低氧在转移性透明细胞肾细胞癌中如何同时塑造治疗反应和耐药性	鉴定出低氧响应的SPP1肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）作为治疗反应和耐药性的双重标志，揭示低氧在VEGFR-TKI/aPD-1治疗中的双面作用	主要基于小鼠模型，人类数据来自队列分析，需要进一步验证低氧机制在临床中的应用	探究VEGFR-TKI和aPD-1联合治疗下肿瘤微环境演变及低氧在ccRCC治疗反应与耐药中的作用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤微环境中的巨噬细胞和低氧状态	生物信息学, 癌症免疫学	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	单细胞RNA测序, 成像质谱流式	NA	单细胞转录组数据, 成像数据	包含转基因ccRCC小鼠模型以及人类治疗队列样本，具体数量未指定	NA	单细胞RNA测序, 成像质谱流式	NA	NA
65	2026-07-15	Pathogenesis of diffuse large B cell lymphoma proteogenotypes 2026-Jul-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2026.05.008 PMID:42242231	研究论文	通过整合蛋白质组、转录组和基因组数据，识别出弥漫性大B细胞淋巴瘤的七种蛋白质基因组型，揭示其病理生理特征	首次基于蛋白质组学数据对DLBCL进行分子分型，发现与预后不良相关的新亚型PG4，并揭示其独特的肿瘤微环境特征	未明确说明研究局限性，但蛋白质组学数据的覆盖深度和样本量可能限制某些罕见亚型的发现	解析弥漫性大B细胞淋巴瘤的临床和分子异质性，为诊断和治疗提供蛋白质基因组学框架	478例弥漫性大B细胞淋巴瘤肿瘤样本	数字病理学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	蛋白质组学、转录组学、基因组学、单细胞测序、空间转录组学	NA	蛋白质组、转录组、基因组、单细胞、空间转录组数据	478例DLBCL肿瘤样本	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA
66	2026-07-15	Construction and multi-omics validation of a five-gene ferroptosis-based model for predicting prognosis and therapy response in pancreatic ductal adenocarcinoma with immune landscape analysis 2026-Jul-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-026-05566-0 PMID:42440056	研究论文	构建了一个基于铁死亡的5基因预后模型，并在胰腺导管腺癌中进行了多组学验证，结合免疫景观分析预测预后和治疗反应	首次结合铁死亡相关基因与多组学分析（包括单细胞RNA测序、空间转录组学和免疫浸润分析）构建胰腺导管腺癌的预后模型，并验证了其与免疫逃逸和药物反应的关联	模型基于公开数据集，可能受样本异质性影响，且铁死亡相关基因的功能机制尚未完全阐明	建立基于铁死亡相关基因的预后模型，评估其在胰腺导管腺癌中的临床意义和治疗反应预测能力	胰腺导管腺癌患者样本及其转录组数据、单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	机器学习	胰腺导管腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学	Cox回归模型（单变量、LASSO、多变量）	基因表达数据	TCGA-PDAC队列、GTEx数据、GEO数据集（GSE62452、GSE78229、GSE183795、GSE212966）和空间转录组样本GSM8452850	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
67	2026-07-15	A machine learning-guided epithelial plasticity score refines prognostication and immune-context stratification in muscle-invasive bladder cancer 2026-Jul-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-026-05555-3 PMID:42440183	研究论文	开发了基于机器学习的上皮可塑性评分（EPRS）用于改善肌层浸润性膀胱癌的预后评估和免疫微环境分层	首次通过整合机器学习策略和连续可塑性指数，构建了可塑性相关风险评分，揭示了基底-腔上皮可塑性轴与基质-免疫重塑的关联	未提及外部验证队列的种族多样性及潜在选择偏倚	开发并验证一个基于上皮可塑性的风险评分，以改善MIBC患者的预后分层和免疫特征理解	肌层浸润性膀胱癌（MIBC）患者样本	机器学习	膀胱癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	Ridge回归模型	转录组数据	368例TCGA-MIBC原发性病例	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
68	2026-07-15	Sustained AMPAR expression in CA3 neurons may mediate neuroprotection following FLASH-RT 2026-Jul-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2026.117670 PMID:42441406	研究论文	通过空间转录组学揭示FLASH放疗对正常脑组织长期神经保护作用的早期机制，发现CA3神经元中AMPAR持续表达可能介导神经保护	首次利用空间转录组学技术分析FLASH放疗后海马CA3区和齿状回神经元的早期转录特征，发现Gria基因上调及AMPAR蛋白持续表达与长期认知保护相关	仅基于小鼠模型，需进一步验证人类脑组织中的机制	阐明FLASH放疗在正常脑组织中产生长期神经保护效应的早期分子机制	C57BL/6J小鼠的海马CA3区和齿状回神经元及神经祖细胞	机器学习	神经退行性疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	C57BL/6J小鼠全脑照射后样本，涉及1或3次10 Gy照射的不同剂量率组	Nanostring	空间转录组学	Nanostring空间转录组学平台	Nanostring空间转录组学分析
69	2026-07-15	Spatial and single-cell profiling identify NDRG1⁺ macrophages as key hallmark of angiogenic remodeling and platinum resistance in HGSOC 2026-Jul-13, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2026.102905 PMID:42442223	研究论文	通过空间转录组学和单细胞测序鉴定出NDRG1⁺巨噬细胞是高级别浆液性卵巢癌血管生成重塑和铂类耐药的关键标志	首次整合空间转录组学、单细胞测序和多重免疫荧光技术，精确定义了一种名为Macro4的肿瘤促进性巨噬细胞表型，并发现NDRG1是其主调控因子，与缺氧适应、血管生成和铂类耐药密切相关	文章未明确指出局限性	阐明高级别浆液性卵巢癌中驱动疾病进展和治疗耐药的巨噬细胞程序	高级别浆液性卵巢癌患者的肿瘤样本	数字病理学	卵巢癌	空间转录组学, 单细胞测序, 多重免疫荧光	随机生存森林	空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 图像数据	多个队列的样本	NA	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	NA
70	2026-07-15	Multi-omics analysis of arginine metabolism in ovarian cancer: A prognostic signature and GTF2F2-driven stromal remodeling 2026-Jul-13, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2026.102911 PMID:42442222	研究论文	通过多组学分析卵巢癌中精氨酸代谢，构建预后特征并发现GTF2F2驱动基质重塑	首次结合单细胞和批量RNA测序分析，利用十种机器学习算法构建精氨酸代谢相关预后特征（AMRS），并识别GTF2F2作为关键转录调控因子	未提及明确的局限性，但可能包括样本队列的异质性和缺乏前瞻性验证	建立精氨酸代谢相关预后特征以指导卵巢癌预后和治疗，并识别可干预的调控因子	卵巢癌患者的单细胞和批量RNA测序数据，以及A2780和HEY细胞系	自然语言处理, 计算生物学	卵巢癌	RNA测序, 单细胞RNA测序, siRNA抑制, qPCR, 免疫印迹, CCK-8, 集落形成, 迁移, 流式细胞术, 双荧光素酶报告基因分析	随机生存森林（RSF）, SHAP, GAN	基因表达数据, 单细胞转录组数据	未明确提及样本数量，但包括单细胞测序和批量RNA测序数据，以及A2780和HEY细胞系实验	Illumina, 10x Genomics	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	Illumina NovaSeq, 10x Chromium	10x Chromium单细胞3'测序, Illumina NovaSeq批量RNA测序
71	2026-07-15	Serum metabolomics profiling in head and neck squamous cell carcinoma: a multicentre diagnostic study 2026-Jul-13, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2026.106379 PMID:42442328	研究论文	本研究通过血清代谢组学分析，开发并验证了一个用于检测头颈部鳞状细胞癌的8-代谢物诊断模型，并进行了分子分型探索	首次在大规模多中心队列中通过血清代谢组学建立高灵敏度和特异性的HNSCC诊断模型，并整合空间转录组等数据揭示分子异质性	模型在区分HNSCC与口腔潜在恶性疾病时表现出中等鉴别能力（AUC=0.710），且研究为回顾性质，需前瞻性验证	开发血清代谢组学生物标志物用于头颈部鳞状细胞癌的早期诊断和分子分型	头颈部鳞状细胞癌患者、健康对照、口腔潜在恶性疾病患者	机器学习	头颈部鳞状细胞癌	LC-MS/MS, 空间转录组学	机器学习特征选择模型	代谢组学数据、转录组学数据、空间转录组学数据	938名参与者（457名HNSCC患者，451名对照，30名OPMD患者）	NA	空间转录组学	NA	NA
72	2026-07-15	Nasal immunity in respiratory viral infection, transmission, and protection 2026-Jul-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2026.06.011 PMID:42442360	review	综述了鼻黏膜在呼吸道病毒感染、传播和保护中的免疫作用	利用单细胞RNA测序和气液界面模型等高分辨率技术，阐述了鼻黏膜上皮和免疫细胞在病毒感染中的协调作用以及组织记忆形成机制	未提及具体研究限制	总结鼻黏膜在稳态下的细胞组成、病毒感染后的免疫反应，并探讨鼻内疫苗接种策略以预防疾病和病毒传播	小鼠和人类的鼻黏膜细胞	machine learning	respiratory viral infection	RNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA	10x Genomics	single-cell RNA-seq	10x Chromium	单细胞RNA测序
73	2026-07-15	Tumor innervation drives cancer cell plasticity and immune evasion through the SLPI-GZMB axis 2026-Jul-13, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2026.218731 PMID:42442600	研究论文	通过单细胞RNA测序，揭示肿瘤神经支配通过SLPI-GZMB轴驱动癌细胞可塑性和免疫逃逸的机制	首次发现神经来源的P物质通过TACR1受体诱导肿瘤细胞分泌SLPI，并明确SLPI通过抑制颗粒酶B介导的细胞凋亡和焦亡促进免疫逃逸，同时提出SP-TACR1-SLPI轴作为联合免疫治疗的靶点	主要基于小鼠模型和临床数据集分析，尚需在人类肿瘤中进一步验证；SLPI在神经支配肿瘤中的具体调控网络及下游信号通路的全貌尚未完全阐明	探究神经信号如何调控癌细胞可塑性和免疫抵抗的分子机制	小鼠神经内与非神经内肿瘤配对模型、人肿瘤样本（具有神经浸润）以及临床免疫治疗数据集	机器学习	肿瘤	单细胞RNA测序、蛋白质组学、生物化学分析	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	小鼠模型（具体数量未提及）及人类肿瘤临床样本	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序平台
74	2026-07-15	Restoring the CD226 in CD8+T cells overcomes TIGIT-refractory immunity in HER2+ breast cancer 2026-Jul-13, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-026-09004-5 PMID:42443153	研究论文	本研究揭示通过恢复CD8+T细胞中的CD226来克服HER2阳性乳腺癌中TIGIT介导的免疫耐受机制	首次发现TIGIT信号通路是HER2+乳腺癌免疫治疗耐受的关键轴，并证明恢复CD226共刺激受体可逆转这一耐受	未提及临床转化中的潜在副作用或长期治疗效果的评估	探究HER2+乳腺癌对免疫检查点阻断治疗耐受的机制并开发新的联合治疗策略	HER2阳性乳腺癌患者和动物模型中的CD8+T细胞、肿瘤细胞及肿瘤微环境	免疫肿瘤学	乳腺癌	单细胞转录组学、体外共培养实验、体内扰动实验、多重组织分析	动物模型（抗HER2非敏感小鼠模型）、患者队列（新辅助治疗非pCR队列）	单细胞转录组数据、临床队列数据、组织切片数据	采用抗HER2非敏感小鼠模型和包含新辅助治疗非pCR患者队列	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
75	2026-07-15	Transcriptomic analysis of tissue-resident memory T cells of the fallopian tube reveals a precursor immune surveillance network for ovarian cancer prevention 2026-Jul-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-026-74599-4 PMID:42443174	研究论文	通过单细胞RNA测序和配对T细胞受体测序分析输卵管组织驻留记忆样T细胞，揭示其在卵巢癌预防中的前体免疫监视网络	首次发现输卵管来源与肿瘤浸润的驻留记忆样T细胞之间存在显著克隆和功能重叠，并鉴定出与表观遗传可塑性和代谢适应相关的新型SIK3高表达亚群	未提及	研究输卵管组织驻留记忆样T细胞在卵巢癌免疫监视和预防中的作用	来自患者配对非癌性输卵管、转移性肿瘤和外周血的组织驻留记忆样T细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序、配对T细胞受体测序、类器官共培养	NA	单细胞转录组数据、T细胞受体序列数据	患者配对样本（非癌性输卵管、转移性肿瘤和外周血）	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序和配对T细胞受体测序
76	2026-07-15	Dynamic single-cell transcriptomic analysis of peripheral blood mononuclear cells identifies novel biomarkers for autoimmune encephalitis 2026-Jul-13, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-026-03737-7 PMID:42443389	研究论文	对自身免疫性脑炎患者外周血单核细胞进行动态单细胞转录组分析，鉴定出NKT细胞及其亚群NKT-6减少可作为新型生物标志物	首次通过动态单细胞转录组分析揭示自然杀伤T细胞及其亚群NKT-6减少是自身免疫性脑炎的特异性标志物，并在多种神经精神疾病独立队列中验证其疾病特异性	未提及具体局限性	鉴定自身免疫性脑炎的新型生物标志物	自身免疫性脑炎患者外周血单核细胞	机器学习	自身免疫性脑炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	自身免疫性脑炎急性期患者及六个月序贯治疗随访样本	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'测序
77	2026-07-15	Ex utero 3D culture system illuminates post-implantation development and functions of the mouse yolk sac 2026-Jul-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-026-10656-4 PMID:42443464	研究论文	提出一种新型3D仿生培养平台，在体外精确重现小鼠卵黄囊的植入后发育过程，并揭示其代谢、凝血、血管发育和屏障形成等新功能	开发了一种操作简单、高可重复性的3D仿生培养平台，首次在体外成功模拟了卵黄囊的中胚层、血管和内胚层分化，并通过单细胞RNA测序确认其与体内模型的保真度，揭示了卵黄囊在糖代谢、脂代谢、蛋白质代谢、凝血、物质运输和屏障形成中的新功能	未明确提及局限性	阐明卵黄囊在植入后发育中的分子和细胞机制，优化全胚胎培养系统	小鼠卵黄囊及其发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	3D仿生培养平台	单细胞转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
78	2026-07-15	High-resolution reconstruction of cell-type-specific transcriptional regulatory processes from bulk sequencing samples 2026-Jul-13, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-026-03218-w PMID:42443492	研究论文	引入深度学习方法DeepDETAILS，从批量测序样本中高分辨率重建细胞类型特异性转录调控过程	提出一种准监督的交叉模态解卷积框架DeepDETAILS，利用scATAC-seq参考库对批量数据集进行碱基对分辨率基因组信号映射，适用于多种组学数据	未明确说明	开发一种从批量测序样本中解析细胞类型特异性转录调控信号的方法	人类组织和细胞类型，包括39种组织和86种细胞类型	机器学习	原发性硬化性胆管炎	scRNA-seq, scATAC-seq, PRO-cap, PRO-seq, ChIP-seq	深度学习	基因组信号数据	39种人类组织、86种细胞类型	NA	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq	NA	NA
79	2026-07-15	The perineurium integrates leptin with its sympathetic outflow to protect against obesity 2026-Jul-13, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-026-01555-3 PMID:42443582	研究论文	使用小鼠交感神经节的单细胞RNA测序，发现神经束膜细胞整合瘦素与交感流出以抵抗肥胖，揭示了瘦素作用中外周调控的新机制	首次发现神经束膜细胞同时表达瘦素受体和β-肾上腺素能受体，并揭示其在调节能量消耗和体重中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，临床观察仅为相关性分析，且未排除其他细胞类型在过程中的贡献	探究瘦素外周传入与交感神经传出平衡的调控机制	小鼠交感神经节的神经束膜细胞、脂肪组织中的交感神经元束	单细胞转录组学	肥胖	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠交感神经节样本	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'
80	2026-07-15	Single-cell and spatial transcriptomic analysis reveal distinct tumor microenvironment signatures in primary and recurrent hypopharyngeal squamous cell carcinoma 2026-Jul-13, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-026-00991-z PMID:42443752	研究论文	通过单细胞和空间转录组学分析揭示原发性和复发性下咽鳞状细胞癌中不同的肿瘤微环境特征	首次系统描绘复发性下咽鳞状细胞癌的肿瘤微环境特征，发现恶性上皮细胞通过IGF2BP2介导的m6A修饰稳定SMAD3 mRNA进而激活TGF-β信号，以及FN1介导的基质激活和CTLA4上调驱动的免疫逃逸机制	样本量较小（原发6例、复发3例），需要更大队列验证；功能验证实验有限，未深入探讨IGF2BP2抑制剂或CTLA4阻断的疗效	阐明下咽鳞状细胞癌复发相关的肿瘤微环境特征和分子机制	原发性和复发性下咽鳞状细胞癌的肿瘤组织样本	数字病理学	下咽鳞状细胞癌	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据	6例原发性下咽鳞状细胞癌和3例复发性下咽鳞状细胞癌样本	10x Genomics	单细胞RNA测序, 空间转录组学	10x Chromium, 10x Visium	10x Chromium单细胞3'测序平台, 10x Visium空间转录组学平台