单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-12-21	Analysis of immune cell activation in patients with diabetes foot ulcer from the perspective of single cell 2024-Dec-19, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-02179-7 PMID:39702546	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析了糖尿病足溃疡患者的免疫细胞激活情况	首次构建了糖尿病和糖尿病足溃疡组织的单细胞生态图谱，并探索了潜在的中药药物靶点基因相互作用网络	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未涉及临床试验验证	揭示糖尿病足溃疡的细胞学机制并探索潜在的治疗靶点	糖尿病足溃疡患者的免疫细胞和相关基因	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
62	2024-12-21	Single-cell dissection of multifocal bladder cancer reveals malignant and immune cells variation between primary and recurrent tumor lesions 2024-Dec-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07343-7 PMID:39702554	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了多灶性膀胱癌患者的原发性和复发性肿瘤病变，揭示了恶性细胞和免疫细胞在不同病变间的变异	首次揭示了复发性多灶性膀胱癌中恶性细胞的区域转录相似性和细胞间通讯的一致性，并发现了IL4I1酶在复发性肿瘤中的表达偏好及其对肿瘤进展的影响	研究样本量较小，仅包括五名患者，可能影响结果的普适性	探讨多灶性膀胱癌中原发性和复发性肿瘤病变的异质性	多灶性膀胱癌患者的原发性和复发性肿瘤病变	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	五名多灶性膀胱癌患者，包括三例原发性肿瘤和两例复发性肿瘤
63	2024-12-21	Efficacy of CTLA-4 checkpoint therapy is dependent on IL-21 signaling to mediate cytotoxic reprogramming of PD-1+CD8+ T cells 2024-Dec-19, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-02027-0 PMID:39702858	研究论文	本文研究了CTLA-4免疫检查点疗法的疗效依赖于IL-21信号传导，以介导PD-1+CD8+ T细胞的细胞毒性重编程	本文首次揭示了IL-21信号传导在CTLA-4免疫检查点疗法中的关键作用，并展示了与PD-1单药治疗的主要信号差异	本文主要基于B16F10黑色素瘤模型进行研究，其结果在其他肿瘤类型中的适用性尚需进一步验证	探讨CTLA-4和PD-1联合治疗在晚期黑色素瘤患者中的作用机制	晚期黑色素瘤患者的PD-1+CD8+ T细胞	免疫学	黑色素瘤	单细胞转录组分析和T细胞受体谱分析	NA	转录组数据	来自晚期黑色素瘤患者的PD-1CD8 T细胞
64	2024-12-21	Protocol for directly selecting cell type marker genes for single-cell clustering analyses by Festem 2024-Dec-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103514 PMID:39700012	研究论文	本文介绍了一种使用Festem方法直接选择细胞类型标记基因进行单细胞RNA测序数据聚类分析的协议	Festem方法通过期望最大化测试实现特征选择，能够直接选择细胞类型标记基因，简化了单细胞RNA测序数据的下游分析流程	NA	提供一种使用Festem方法进行单细胞RNA测序数据分析的详细协议	单细胞RNA测序数据中的细胞类型标记基因选择和聚类分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	期望最大化测试	RNA测序数据	NA
65	2024-12-21	The role of CD101 and Tim3 in the immune microenvironment of gastric cancer and their potential as prognostic biomarkers 2024-Dec-18, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113835 PMID:39700955	研究论文	本研究探讨了CD101和Tim3在胃癌免疫微环境中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	本研究通过多组学方法识别了与胃癌患者总体生存显著相关的140个基因，并构建了一个基于14个预后基因的风险评分模型，揭示了免疫微环境的变化对患者预后的影响	本研究主要基于基因表达数据，未涉及临床试验验证，未来需要进一步的实验验证和临床研究	揭示胃癌的分子机制，发现新的生物标志物和治疗策略	CD101- Tim3+ CD8+ T细胞和CD101+ Tim3+ CD8+ T细胞在胃癌中的差异表达基因	数字病理学	胃癌	转录组测序、单细胞RNA测序、细胞通讯分析、富集分析	风险评分模型	基因表达数据	NA
66	2024-12-21	Resident synovial macrophages in synovial fluid: Implications for immunoregulation 2024-Dec-17, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110422 PMID:39701169	研究论文	研究探讨了滑液中的驻留滑膜巨噬细胞（RSMs）在免疫调节中的作用及其与滑膜屏障完整性的关系	首次使用体外培养模型验证了RSMs在滑液中的存在及其在炎症性关节炎中的促纤维化和促破骨作用	尚未明确滑膜屏障破坏后RSMs是否持续或引发滑液中的慢性炎症	研究RSMs在滑液中的存在及其与滑膜屏障完整性和关节结构损伤的关系	驻留滑膜巨噬细胞（RSMs）及其在滑液中的作用	NA	关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织	使用人滑膜组织创建了体外培养模型
67	2024-12-21	Double-target Magnetic Stimulation Attenuates Oligodendrocyte Apoptosis and Oxidative Stress Impairment after Spinal Cord Injury via GAP43 2024-Dec-17, The spine journal : official journal of the North American Spine Society DOI:10.1016/j.spinee.2024.12.025 PMID:39701305	研究论文	本研究评估了双靶点（大脑和脊髓）磁刺激（DTMS）治疗对脊髓损伤（SCI）大鼠功能恢复和神经回路改善的影响，并探讨了DTMS对胶质细胞的调节作用	首次揭示了DTMS通过GAP43介导的抗凋亡和抗氧化应激作用促进少突胶质细胞分支和成熟以及轴突再生的机制	本研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证DTMS的效果	评估DTMS对脊髓损伤后功能恢复和神经回路改善的影响，并探讨其对胶质细胞的调节机制	脊髓损伤大鼠模型	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、透射电子显微镜、Western blot、免疫荧光染色、TUNEL染色、Annexin V-FITC凋亡试剂盒、脂质ROS试剂盒	NA	组织样本	脊髓损伤大鼠模型（T10水平）
68	2024-12-21	Dissecting the cellular reprogramming and tumor microenvironment in left- and right-sided Colorectal Cancer by single cell RNA sequencing 2024-Dec-13, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.12.002 PMID:39675521	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了左右侧结直肠癌的细胞重编程和肿瘤微环境差异	首次系统性地比较了左右侧结直肠癌的细胞组成、转录特征和潜在功能，揭示了右侧结直肠癌中更复杂的免疫抑制模式和细胞间相互作用	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在样本选择偏倚和数据异质性	探讨左右侧结直肠癌的细胞重编程和肿瘤微环境差异，为个性化治疗方案提供依据	左右侧结直肠癌的肿瘤微环境和细胞组成	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	55个结直肠癌样本中的126,279个细胞
69	2024-12-21	C3G improves lipid droplet accumulation in the proximal tubules of high-fat diet-induced ORG mice 2024-Dec-13, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107550 PMID:39675540	研究论文	本文研究了Cyanidin-3-glucoside（C3G）在高脂饮食诱导的ORG小鼠模型中改善近端小管脂滴积累的作用及其机制	首次揭示了C3G通过调节肠道微生物群和抑制PPARγ/CD36通路来减少ORG小鼠近端小管脂滴积累的作用	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证C3G的疗效	探讨C3G在ORG中的治疗效果及其潜在机制	高脂饮食诱导的ORG小鼠模型	NA	肾脏疾病	16S rRNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	粪便、血清、肾脏的代谢数据	三组小鼠：正常对照组、ORG组和C3G治疗组
70	2024-12-21	Increased inflammatory signature in myeloid cells of non-small cell lung cancer patients with high clonal hematopoiesis burden 2024-Dec-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96951 PMID:39641768	研究论文	研究探讨了非小细胞肺癌患者中克隆性造血负担与免疫治疗反应及炎症标志物的关系	首次揭示了非小细胞肺癌患者中克隆性造血负担与免疫治疗反应之间的潜在联系，并发现严重克隆性造血组中髓系细胞的炎症途径显著富集	研究样本量有限，且未发现克隆性造血状态对免疫治疗反应的显著影响	探讨非小细胞肺癌患者中克隆性造血负担与免疫治疗反应及炎症标志物的关系	非小细胞肺癌患者的血液样本及免疫治疗反应	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、全外显子测序	NA	RNA	100名转移性非小细胞肺癌患者及63份血液样本，以及180名患者的独立复制队列
71	2024-12-21	Turncoat antibodies unmasked in a model of autoimmune demyelination: from biology to therapy 2024-Dec-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.623846 PMID:39677612	研究论文	本研究在自身免疫性脱髓鞘模型中揭示了分泌自身抗体的滤泡外浆母细胞，并探讨了针对这些自身抗体的新疗法	发现了一种合成抗MOG抗体8-18C5，能够阻止致病性抗体与MOG的结合，并验证了其治疗潜力	研究主要基于实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型，需进一步验证在人类疾病中的效果	探讨自身免疫性疾病中自身抗体的性质及其治疗潜力	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型中的自身抗体	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型及MOG抗体疾病（MOGAD）患者
72	2024-12-21	Co-regulator activity of Mediator of DNA Damage Checkpoint 1 (MDC1) is associated with DNA repair dysfunction and PARP inhibitor sensitivity in lobular carcinoma of the breast 2024-Dec-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.29.564555 PMID:39677775	研究论文	本文研究了MDC1在乳腺小叶癌中的共调节作用及其与DNA修复功能障碍和PARP抑制剂敏感性的关系	首次发现MDC1在乳腺小叶癌细胞中与ER的共调节作用，并揭示了这种作用与DNA修复功能障碍和PARP抑制剂敏感性相关	研究主要集中在乳腺小叶癌细胞系和异种移植模型，可能无法完全代表所有乳腺小叶癌患者的临床情况	探讨MDC1在乳腺小叶癌中的作用及其与DNA修复功能障碍和PARP抑制剂敏感性的关系	乳腺小叶癌细胞及其DNA修复功能	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	多个乳腺小叶癌异种移植模型
73	2024-12-21	Analysis of synthetic polymer hydrogel-based generation of leukemia stem cells 2024-Dec-06, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151149 PMID:39700762	研究论文	研究通过合成聚合物水凝胶培养K562白血病细胞，使其获得白血病干细胞（LSCs）特性，并探讨了相关分子机制	首次展示了通过合成聚合物水凝胶培养K562细胞可以获得LSCs特性，并鉴定了AKR1B1和TSPYL5在干细胞特性生成中的关键作用	研究仅在体外实验中验证了水凝胶培养的效果，尚未在体内实验中验证其有效性	开发一种快速生成白血病干细胞的方法，并探讨其潜在的治疗靶点	K562白血病细胞及其在合成聚合物水凝胶培养下的干细胞特性	NA	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	K562细胞
74	2024-12-21	Induced B-Cell Receptor Diversity Predicts PD-1 Blockade Immunotherapy Response 2024-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626669 PMID:39677742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、高分辨率空间转录组学和空间免疫受体分析，探讨了B细胞受体克隆多样性在PD-1阻断免疫治疗中的作用	发现PD-1抑制剂治疗后B细胞受体克隆多样性的诱导与治疗反应相关，并开发了一种机器学习模型预测PD-1诱导的B细胞克隆多样性	研究主要集中在局部晚期或转移性基底细胞癌患者，结果的普适性需要进一步验证	探讨PD-1阻断免疫治疗中B细胞受体克隆多样性的作用及其作为预测标志物的潜力	局部晚期或转移性基底细胞癌患者及其他多种癌症患者	免疫学	基底细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、空间免疫受体分析	机器学习模型	RNA测序数据	包括基底细胞癌、胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者的大样本量
75	2024-12-21	Disrupting CENP-N mediated SEPT9 methylation as a strategy to inhibit aerobic glycolysis and liver metastasis in colorectal cancer 2024-Dec, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-024-10316-z PMID:39424682	研究论文	本研究探讨了着丝粒蛋白N（CENP-N）介导的SEPT9甲基化在结直肠癌（CRC）有氧糖酵解和肝转移中的作用	本研究首次揭示了CENP-N通过甲基化SEPT9促进有氧糖酵解和肝转移的新途径	NA	探讨CENP-N在结直肠癌有氧糖酵解和肝转移中的作用	CENP-N和SEPT9在结直肠癌细胞中的相互作用及其对细胞增殖、迁移、侵袭和代谢重编程的影响	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序、甲基化特异性PCR（MSP）、ChIP实验	NA	RNA	NA
76	2024-12-21	Spatial and temporal expression analysis of BMP signal modifiers, Smoc1 and Smoc2, from postnatal to adult developmental stages in the mouse testis 2024-Dec, Gene expression patterns : GEP IF:1.0Q4 DOI:10.1016/j.gep.2024.119383 PMID:39510490	研究论文	研究分析了Smoc1和Smoc2在小鼠睾丸从出生到成年发育阶段中的时空表达模式	首次分析了Smoc1和Smoc2在小鼠出生后睾丸中的时空表达模式，揭示了它们在生殖细胞和体细胞中的不同表达模式	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	探讨Smoc1和Smoc2在小鼠睾丸发育过程中的表达模式及其在生殖中的潜在作用	Smoc1和Smoc2在小鼠睾丸中的mRNA和蛋白质表达	NA	NA	RNA原位杂交、免疫荧光和单细胞RNA测序	NA	mRNA和蛋白质	新生儿、幼年和成年小鼠睾丸样本
77	2024-12-21	A preclinical and phase I clinical study of ex vivo-expanded amyloid beta-specific human regulatory T cells in Alzheimer's disease 2024-Dec, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2024.117721 PMID:39626378	研究论文	本文研究了体外扩增的针对β淀粉样蛋白的调节性T细胞在阿尔茨海默病中的安全性和有效性	首次在临床试验中评估了体外扩增的针对β淀粉样蛋白的人类调节性T细胞在阿尔茨海默病中的应用	临床试验中探索性评估的效果未达到统计学显著性，需要进一步研究以确认其临床疗效	探讨体外扩增的针对β淀粉样蛋白的人类调节性T细胞在阿尔茨海默病中的治疗潜力	体外扩增的针对β淀粉样蛋白的人类调节性T细胞及其在阿尔茨海默病模型和临床试验中的应用	NA	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	6名阿尔茨海默病患者和3xTg小鼠模型
78	2024-12-21	Expression of ABC transporters in the Drosophila testis stem cell niche: Comparison of two approaches 2024-Dec, Gene expression patterns : GEP IF:1.0Q4 DOI:10.1016/j.gep.2024.119386 PMID:39638273	研究论文	研究了果蝇睾丸干细胞微环境中ABC转运蛋白的表达，并比较了两种方法的结果	首次在果蝇睾丸干细胞微环境中研究ABC转运蛋白的表达，并比较了增强子和基因陷阱筛选与Fly Cell Atlas单细胞测序数据的表达模式	两种基因表达方法的结果相关性较弱，表明单一技术可能存在局限性	探讨ABC转运蛋白在果蝇睾丸干细胞微环境中的表达情况	果蝇睾丸中的ABC转运蛋白基因	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	六个ABC转运蛋白基因（ABCB7, MRP, rdog, CG3164, CG31121, 和 CG9663）
79	2024-12-21	Exploring transcription modalities from bimodal, single-cell RNA sequencing data 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae179 PMID:39703422	研究论文	本文提出了一种椭圆参数化方法来分析双模态单细胞RNA测序数据，揭示了四种不同的转录模式	首次利用椭圆参数化方法分析双模态单细胞RNA测序数据，揭示了四种转录模式，这些模式反映了剪接、转录或降解速率的变化	研究仅在细胞周期和结直肠癌数据集上进行了验证，需要进一步在更多数据集上验证其普适性	探索双模态单细胞RNA测序数据中的转录模式，以揭示基因表达分析中未被发现的基因	双模态单细胞RNA测序数据中的转录模式	基因组学	结直肠癌	RNA测序	NA	基因表达数据	细胞周期和结直肠癌数据集
80	2024-12-21	Improved characterization of 3' single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae175 PMID:39703419	研究论文	本文评估了Element Biosciences的'avidity base chemistry' DNA测序技术在3'单细胞RNA-seq文库中的应用，以实现精确的polyadenylation位点定量	引入了Element Aviti仪器进行测序，能够准确通过胸腺嘧啶同聚物并直接分配读取到polyadenylation位点，避免了传统方法的复杂性和局限性	与单端比对相比，双端比对并未显著提高读取映射率	评估Element avidity测序技术在3'单细胞RNA-seq中的应用效果	3'单细胞RNA-seq文库中的polyadenylation位点	基因组学	NA	avidity base chemistry DNA测序	NA	RNA-seq	NA