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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
61 2026-01-25
Harnessing machine learning-driven multiomics integration: deciphering programmed cell death networks for prognostication and immunotherapy prediction in lung adenocarcinoma
2026-Jan-07, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1
研究论文 本研究通过整合14种程序性细胞死亡(PCD)模式,利用101种机器学习算法组合构建了一个包含7个基因的PCD特征,用于预测肺腺癌(LUAD)患者的预后和免疫治疗效果 首次整合多种PCD模式,并应用101种机器学习算法组合构建PCD特征,结合多组学数据(包括bulk RNA-seq和scRNA-seq)和mIHC验证,揭示了PCD特征与免疫治疗反应的关系,并识别出NAPSA作为新的免疫治疗预测标志物 研究主要基于回顾性数据集(如TCGA和GEO),样本量有限(如mIHC验证仅涉及38例患者),且机器学习模型组合虽多但可能未完全覆盖所有潜在算法,需要进一步前瞻性研究验证 通过多组学整合和机器学习,解析PCD网络以预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应 肺腺癌(LUAD)患者,包括来自TCGA、GEO数据库的样本以及接受抗PD-1治疗的38例患者 机器学习 肺腺癌 bulk RNA-seq, scRNA-seq, 多重免疫组化(mIHC), 免疫组化(IHC) 101种机器学习算法组合 基因表达数据(RNA-seq), 单细胞RNA-seq数据, 图像数据(mIHC/IHC) 多个数据集(TCGA和GEO)的样本,以及38例接受抗PD-1治疗的LUAD患者 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
62 2026-01-25
Discovery of New Markers for Haemogenic Endothelium and Haematopoietic Progenitors in the Mouse Yolk Sac
2026-Jan-06, Journal of developmental biology IF:2.2Q3
研究论文 本研究通过重新注释小鼠胚胎卵黄囊的单细胞RNA测序数据,发现了造血内皮和红细胞-髓系祖细胞的新分子标记物 通过亚聚类和伪时间分析,识别了FXYD5、SCARF1和FCER1G等新的细胞表面标记物,并验证了其在造血内皮和祖细胞中的特异性 研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据集,可能受数据质量和注释限制;未在体内功能实验中全面验证新标记物的生物学作用 探索小鼠卵黄囊中造血内皮和红细胞-髓系祖细胞的起源、身份和分化动态,以增进对早期造血发育的理解 小鼠胚胎卵黄囊中的造血-血管细胞群体,特别是造血内皮细胞和红细胞-髓系祖细胞 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 伪时间分析 单细胞RNA测序数据 公开数据集中的小鼠胚胎样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
63 2026-01-25
Synovial fibroblast responses to different types of injury resulting in cartilage repair or osteoarthritis
2026-Jan-03, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1
研究论文 本研究通过整合分析小鼠关节损伤模型的单细胞RNA测序数据,比较了滑膜成纤维细胞对不同类型和持续时间关节损伤的响应差异 首次系统比较了关节表面损伤与创伤后骨关节炎模型中滑膜成纤维细胞的异质性响应,揭示了损伤类型和时间依赖性的细胞动态变化 研究基于已发表的单细胞RNA测序数据,可能受原始实验设计和样本量的限制,且仅针对小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 探究滑膜成纤维细胞在不同关节损伤模型中的响应机制,以指导关节修复和骨关节炎的未來研究 小鼠滑膜成纤维细胞 数字病理学 骨关节炎 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 来自多个小鼠关节损伤模型的已发表单细胞RNA测序数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
64 2026-01-25
Integrated in vivo combinatorial functional genomics and spatial transcriptomics of tumours to decode genotype-to-phenotype relationships
2026-Jan, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1
研究论文 本研究开发了PERTURB-CAST和CHOCOLAT-G2P方法,结合空间转录组学与体内功能基因组学,以解析肿瘤中基因型与表型的关系 开发了PERTURB-CAST方法,利用RNA模板连接探针和商业10X Visium平台,首次在同一组织切片中整合扰动映射与全转录组表型分析;并提出了CHOCOLAT-G2P框架,用于研究模拟肿瘤异质性的高阶组合扰动 NA 解码肿瘤中基因型到表型的关系,并研究组合扰动在组织水平上的表型效应 自发性镶嵌性肝肿瘤 空间转录组学 肝肿瘤 空间转录组学,RNA模板连接探针 NA 空间转录组数据 NA 10x Genomics 空间转录组学 10X Visium 商业10X Visium空间转录组学平台
65 2026-01-25
Single-cell RNA sequencing reveals immune regulatory mechanisms and molecular therapeutic strategies in the microenvironment of multiple myeloma
2026-Jan-01, International journal of surgery (London, England)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序、孟德尔随机化和分子对接模拟,揭示了多发性骨髓瘤微环境中的免疫调控机制和潜在治疗靶点 结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和分子对接模拟,系统解析多发性骨髓瘤微环境中的细胞互作和信号通路,并识别新的小分子治疗策略 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;样本来源和数量可能有限,影响结果的普适性 探究多发性骨髓瘤微环境中的分子和细胞相互作用,以发现治疗靶点 多发性骨髓瘤微环境中的肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞 数字病理学 多发性骨髓瘤 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 分子对接模拟 Seurat, GSVA, 两样本孟德尔随机化 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
66 2025-09-09
Comments on "Tracking adipose-derived stem cell exosomes applied in a mouse crush injury model: insights from fluorescent labeling and spatial transcriptomics - an experimental study"
2026-Jan-01, International journal of surgery (London, England)
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
67 2026-01-25
Immunological microenvironment differences between left and right colon cancer: dynamic interactions of CASC15+KLK6+ epithelial subpopulation with T cells and mast cells
2026-Jan-01, International journal of surgery (London, England)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了左右半结肠癌免疫微环境的差异,并鉴定出一个与预后不良相关的CASC15+KLK6+上皮亚群 首次在单细胞水平系统比较左右半结肠癌的免疫微环境差异,并发现了一个具有高拷贝数变异和恶性通路活性的特异性上皮亚群,其与T细胞、肥大细胞的相互作用通过MIF和CD99信号通路驱动免疫抑制 样本量较小(单细胞测序仅6例),验证队列规模有限(70例),且未进行功能性实验验证信号通路的具体机制 探究左右半结肠癌免疫微环境的差异及其对临床行为的潜在影响 左半结肠癌和右半结肠癌患者的肿瘤组织 数字病理学 结肠癌 单细胞RNA测序,免疫荧光 Seurat, inferCNV, Monocle2, GSVA, CellChat 单细胞转录组数据,图像数据 单细胞测序:3例左半结肠癌和3例右半结肠癌;验证队列:70例患者(30例左半结肠癌,40例右半结肠癌) NA 单细胞RNA-seq NA NA
68 2026-01-25
Single-cell transcriptome analysis reveals regulatory programs associated with tumor resistance during immunotherapy in colorectal cancer
2026-Jan-01, International journal of surgery (London, England)
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析揭示了结直肠癌免疫治疗耐药期间T细胞亚群的调控程序 首次在转移性dMMR结直肠癌患者中系统比较了耐药与敏感组的单细胞转录组差异,并识别出TSTR和γδ T细胞的转录网络失调是耐药的核心机制 研究主要基于单细胞测序数据的生物信息学分析,缺乏体内外功能实验验证;临床样本量相对有限(190例) 探究结直肠癌免疫治疗耐药的分子机制 转移性DNA错配修复缺陷(dMMR)结直肠癌患者 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据、临床组织样本 190例结直肠癌患者及其配对癌旁正常组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
69 2026-01-25
Polyethylene terephthalate microplastics exposure enhances the risk of ulcerative colitis: insights from multiomics integration, machine learning, and molecular docking reveal intestinal toxicity mechanisms
2026-Jan-01, International journal of surgery (London, England)
研究论文 本研究通过多组学整合、机器学习和分子对接揭示了聚乙烯对苯二甲酸酯微塑料暴露增加溃疡性结肠炎风险的肠道毒性机制 首次整合多组学数据、机器学习算法和分子对接技术,系统性识别了PET-MPs诱导UC的关键靶点基因,并构建了高精度的风险预测模型 研究主要基于公共数据库数据和动物模型,缺乏直接的人类临床验证,且PET-MPs暴露剂量和时长可能无法完全反映真实环境暴露情况 探究PET微塑料暴露与溃疡性结肠炎风险增加的分子机制 PET微塑料、溃疡性结肠炎相关基因靶点、动物模型肠道组织 机器学习 溃疡性结肠炎 多组学整合、机器学习、分子对接、单细胞测序分析、Western blot 多种机器学习算法(包括SHAP分析) 基因表达数据、蛋白质表达数据、分子对接模拟数据 未明确具体样本数量,但使用了公共数据库数据和动物模型 NA 单细胞测序 NA NA
70 2026-01-25
Loss of Ribosomal Protein L22 (RPL22) Expression Identifies a Transcriptional Subset of MLH1-Deficient Endometrial Cancers With Lower Numbers of Tumor-Associated Lymphocytes
2026-Jan, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1
研究论文 本研究通过免疫组化和数字空间转录组学技术,发现RPL22蛋白表达缺失可识别MLH1缺陷子宫内膜癌中免疫低活性的转录亚群,该亚群具有较低的肿瘤相关淋巴细胞数量 首次证明RPL22缺失是MLH1缺陷子宫内膜癌中免疫低活性亚群的易测量指标,并揭示其与β-2微球蛋白表达降低及CD8+ T细胞减少相关 未明确RPL22缺失与肿瘤突变负荷或PD-L1表达之间的关联,且样本队列规模可能有限 探究RPL22表达缺失在MLH1缺陷子宫内膜癌中的临床意义及其对免疫治疗反应的影响 子宫内膜癌组织样本及细胞系 数字病理学 子宫内膜癌 免疫组化、数字空间转录组学、基因敲低 NA 图像、转录组数据 未明确具体数量,但涉及子宫内膜癌队列及细胞系 NA 数字空间转录组学 NA NA
71 2026-01-25
Selenomethionine alleviates aortic dissection via PGC-1α/NRF2/TFAM-mediated mitochondrial biosynthesis against ferroptosis: an experimental study
2026-Jan-01, International journal of surgery (London, England)
研究论文 本研究探讨了硒代蛋氨酸通过PGC-1α/NRF2/TFAM轴介导的线粒体生物合成抑制铁死亡,从而缓解主动脉夹层的治疗效果和机制 首次揭示了硒代蛋氨酸通过激活PGC-1α/NRF2/TFAM轴抑制铁死亡,从而减轻主动脉夹层的具体分子机制 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,临床转化仍需进一步验证 探索硒代蛋氨酸治疗主动脉夹层的疗效及其潜在分子机制 小鼠主动脉夹层模型和血小板衍生生长因子-BB诱导的血管平滑肌细胞 心血管疾病 主动脉夹层 单细胞测序、转录组分析、小干扰RNA敲低技术 小鼠模型、细胞模型 基因表达数据、细胞表型数据 未明确指定样本数量,涉及小鼠模型和患者VSMCs NA 单细胞RNA-seq、转录组测序 NA NA
72 2026-01-25
Single-cell analysis of adult mouse testes exposed to cigarette smoke
2026-Jan, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2
研究论文 本研究通过建立被动吸烟小鼠模型,结合单细胞RNA测序技术,系统分析了香烟烟雾暴露对成年小鼠睾丸组织的影响 首次在单细胞分辨率下揭示香烟烟雾暴露导致睾丸细胞类型比例的时间依赖性变化,并系统阐明了吸烟通过诱导凋亡、破坏细胞骨架和鞭毛发育、改变外分泌功能及损害线粒体能量代谢等多重机制损害睾丸结构和精子发生 研究基于小鼠模型,结果外推至人类需谨慎;未涉及长期吸烟效应的追踪;scRNA-seq技术本身存在捕获效率和基因覆盖度的限制 探究香烟烟雾暴露对睾丸组织损伤和精子发生过程的影响机制 成年小鼠睾丸组织 数字病理学 男性生殖系统疾病 单细胞RNA测序, 基因本体分析, 基因集富集分析, 凋亡实验, 病理学评估 被动吸烟小鼠模型 单细胞转录组数据, 体重和睾丸重量测量数据, 病理学图像数据 未明确具体样本数量,但包含对照组和吸烟组小鼠 NA 单细胞RNA-seq NA NA
73 2026-01-25
Metformin Restores Mitochondrial Function and Neurogenesis in POLG Patient-Derived Brain Organoids
2026-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究利用患者来源的iPSC皮质类器官模拟POLG相关神经退行性疾病,并评估了二甲双胍在恢复线粒体功能和神经发生方面的治疗潜力 首次在POLG患者来源的脑类器官模型中,通过单细胞RNA-seq揭示不同神经元亚型的特异性脆弱性,并证明二甲双胍能恢复神经元身份、线粒体功能和代谢通路 研究基于体外类器官模型,可能无法完全模拟体内复杂环境;治疗剂量和时间窗口需进一步优化;未涉及长期疗效和潜在副作用评估 探究二甲双胍对POLG相关线粒体功能障碍和神经发生损伤的治疗作用及机制 POLG患者来源的诱导多能干细胞(iPSC)皮质类器官 神经科学 线粒体疾病 单细胞RNA-seq,功能测定(线粒体膜电位、质量、氧化应激),钙测量,非靶向代谢组学 脑类器官模型 单细胞转录组数据,功能测定数据,代谢组数据 患者来源的iPSC皮质类器官 NA 单细胞RNA-seq NA NA
74 2026-01-25
Integrated multi-Omics and network toxicology elucidate the multi-target mechanisms of environmental hormones in driving hepatocellular carcinoma
2026-Jan-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1
研究论文 本研究通过整合多组学与网络毒理学,系统揭示了环境激素通过多靶点、多通路机制驱动肝细胞癌发生发展的机制,并构建了一个九基因风险模型用于诊断、预后和药物敏感性预测 首次系统整合网络毒理学、多组学数据(包括单细胞转录组)和多种机器学习算法,从多靶点、多通路角度阐明环境激素驱动肝癌的机制,并构建了具有跨癌种适用性的诊断与预后模型 研究主要基于生物信息学分析和计算模拟,缺乏体内外实验对关键靶点和机制的直接验证;模型在临床队列中的前瞻性验证尚需进行 阐明内分泌干扰物(EDCs)在肝细胞癌发生发展中的多靶点作用机制,并构建用于诊断、预后和药物敏感性预测的风险模型 肝细胞癌(HCC)相关的基因表达数据、患者临床数据、单细胞转录组数据以及环境激素的潜在靶点 生物信息学,计算生物学,精准肿瘤学 肝细胞癌 网络毒理学预测,加权基因共表达网络分析(WGCNA),多种机器学习算法(如CatBoost),SHAP框架,分子对接,分子动力学模拟,Cox比例风险模型,CIBERSORT,ssGSEA,单细胞转录组分析 CatBoost(核心诊断模型),多变量Cox比例风险模型,列线图 基因表达数据(来自GEO、TCGA数据库),单细胞转录组数据,药物敏感性数据(来自GDSC数据库),临床数据 涉及来自GEO和TCGA-LIHC等多个公共数据库的肝癌患者样本,具体数量未在摘要中明确,但包含用于模型构建和验证的多个独立队列 NA 单细胞RNA-seq NA NA
75 2026-01-25
Single-cell transcriptomics unveils atrazine's impact on neurons and microglia in C57BL/6 mice
2026-Jan-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组学揭示了环境相关剂量的阿特拉津暴露如何通过破坏神经元-小胶质细胞相互作用,驱动帕金森病样病理 首次利用单细胞RNA测序技术,结合CellChat算法重建细胞间通讯网络,揭示了阿特拉津通过神经元钙稳态失调和小胶质细胞驱动的神经免疫功能障碍(特别是CX3CL1信号通路竞争性破坏)的双重机制诱发帕金森病样神经退行性病变 研究仅使用C57BL/6小鼠模型,样本量相对较小(每组n=6),且为短期暴露(28天),未探讨长期低剂量暴露效应或人类相关性 探究广泛使用的除草剂阿特拉津的神经毒性机制,特别是其如何通过干扰神经元与小胶质细胞的相互作用导致帕金森病样病理 C57BL/6小鼠 数字病理学 帕金森病 单细胞RNA测序,定量实时PCR,组织病理学,行为学表型分析 CellChat算法 单细胞转录组数据,行为学数据,组织病理学图像 每组6只C57BL/6小鼠 NA 单细胞RNA-seq NA NA
76 2026-01-25
GDF3 promotes adipose tissue macrophage-mediated inflammation via altered chromatin accessibility during aging
2026-Jan, Nature aging IF:17.0Q1
研究论文 本文揭示了GDF3通过自分泌信号通路促进脂肪组织巨噬细胞炎症表型,加剧衰老相关内毒素血症的机制 首次发现GDF3-SMAD2/3轴通过调控染色质可及性驱动衰老相关巨噬细胞炎症,并利用人类样本验证其临床相关性 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需进一步扩展 探究衰老过程中脂肪组织巨噬细胞炎症表型的调控机制 小鼠脂肪组织巨噬细胞、人类脂肪组织样本及人群队列数据 生物医学研究 衰老相关炎症 单细胞RNA测序、ATAC-seq、药理学干预 NA 基因表达数据、染色质可及性数据、临床队列数据 人类脂肪组织样本及11,084名队列参与者 NA 单细胞RNA-seq、ATAC-seq NA NA
77 2026-01-25
M6A-methylated MUC1 drives silica-induced lung inflammation and fibrosis
2026-Jan-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1
研究论文 本研究揭示了N6-甲基腺苷修饰的MUC1在二氧化硅诱导的肺部炎症和纤维化中的关键驱动作用 首次发现m6A修饰的MUC1通过YTHDF2识别增强其mRNA稳定性,激活NF-κB/ZEB1和β-catenin/Snail信号通路,驱动硅肺病的炎症和纤维化进程 NA 探究m6A修饰的MUC1在二氧化硅诱导的肺部炎症和纤维化中的作用机制 硅肺病患者血液样本、肺上皮细胞 分子生物学 肺病 单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀 NA RNA测序数据、临床数据 硅肺病患者血液样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
78 2026-01-08
Spatial transcriptomics decodes the cellular landscape of plant-pathogen interaction
2026-Jan, Nature plants IF:15.8Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
79 2026-01-25
Imputation integrates single-cell and spatial gene expression data to resolve transcriptional networks in barley shoot meristem development
2026-Jan, Nature plants IF:15.8Q1
研究论文 本研究通过整合深度单细胞RNA测序与空间基因表达数据,利用插补方法解析大麦茎尖分生组织发育中的转录网络 开发了一种整合单细胞和空间基因表达数据的插补方法,首次在大麦中实现细胞分辨率下的基因表达分析,并创建了基于网络的图形界面BARVISTA,用于虚拟微解剖和细胞亚群分析 当前技术无法完全实现基因表达谱的精确时空信息获取,可能存在数据整合的偏差 解析大麦发育过程中从分生组织和器官创始细胞到花器官起始的转录变化,以理解局部微环境 大麦茎尖分生组织及其发育过程中的细胞类型 数字病理学 NA 单细胞RNA测序, 空间基因表达分析 NA 基因表达数据 涉及超过40,000个基因的表达谱分析 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
80 2026-01-25
Molecular mechanisms of environmental bisphenol exposure in major depressive disorder: A multimodal analysis
2026-Jan-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1
研究论文 本研究采用多模态分析方法,揭示了环境双酚化合物通过影响特定分子靶点和通路参与重度抑郁症发病的分子机制 首次整合网络毒理学、机器学习、单细胞分析、分子对接、分子动力学模拟和动物实验,系统识别了双酚在MDD中的关键分子靶点和通路 动物模型结果向人类临床转化的有效性需进一步验证,且环境暴露的长期效应未完全阐明 探究环境双酚暴露与重度抑郁症发病之间的分子机制 双酚化合物、重度抑郁症患者数据、小鼠模型 生物信息学与计算生物学 重度抑郁症 网络毒理学、机器学习、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟、qPCR、Western blot 机器学习模型(未指定具体类型) 基因表达数据、分子结构数据、行为学数据 涉及MDD患者数据(数量未明确)和小鼠动物模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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