本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-05-23 |
UniST: A Unified Computational Framework for 3D Spatial Transcriptomics Reconstruction
2026-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.12.711362
PMID:41889901
|
研究论文 | 提出UniST,一个统一生成式人工智能框架,用于从稀疏连续切片计算重建致密连续的三维空间转录组景观 | 将核点卷积与交叉注意力层、光流连续切片重建和隐式神经表达图自编码器三重模块整合,实现无需改变实验技术的端到端3D空间转录组重建 | 仍依赖稀疏切片数据;框架在极端组织缺失情况下的鲁棒性及不同平台间通用性的系统验证尚存局限 | 开发一种通用计算框架,从稀疏连续切片重建致密连续的三维空间转录组,以解决组织三维重建中的数据稀疏性和异质性问题 | 小鼠胚胎数据集及两种人类癌症组织(含肿瘤-免疫边界和三级淋巴结构) | 机器学习和数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | 核点卷积网络、交叉注意力机制、光流插值、隐式神经表达图自编码器 | 基因表达和空间坐标数据 | 小鼠胚胎(未明切片数)及2例人类癌症组织 | NA | 空间转录组学(多种平台) | NA | NA |
| 62 | 2026-05-23 |
Molecular subtypes in pancreatic cancer: from academic promise to clinical reality
2026-Mar-09, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-026-02614-9
PMID:41796340
|
综述 | 综述胰腺导管腺癌分子亚型从学术研究到临床应用的发展历程、挑战和实用路线 | 系统整合转录组学分型、多组学整合、单细胞RNA测序和空间转录组学的最新进展,并提出基于验证的简单性、情境相关性和实际效用的临床实施路线图 | 面临治疗诱导的分子可塑性导致静态生物标志物不可靠、重现性有限、技术挑战及实施障碍,以及分类框架日益复杂等关键挑战 | 批判性审视PDAC分子亚型在临床转化中的障碍并提出实用实施路径 | 胰腺导管腺癌分子亚型,特别是经典/祖细胞型与基底样/鳞状型 | 机器学习 | 胰腺癌 | NA | NA | 转录组数据、多组学数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 63 | 2026-02-28 |
Integrative analysis of single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing, and proteomic data identified NOTCH3 as a hub gene contributing to human intervertebral disc fibrosis
2026-Feb-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-40696-z
PMID:41748750
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2026-05-23 |
Aging-associated differences in mammary tumor-initiating populations and immune evasion pathways in breast cancer
2026-Feb-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2523254123
PMID:41719331
|
研究论文 | 该论文利用NMU诱导的大鼠乳腺肿瘤模型,结合多种组学技术揭示了衰老对乳腺癌起始细胞群体和免疫逃逸通路的影响 | 首次通过整合转录组、外显子组和病理分析,系统阐明了衰老如何通过影响肿瘤起始细胞和染色体不稳定性驱动的抗原呈递缺陷促进免疫逃逸 | NA | 解析衰老影响乳腺癌发展、分子表型和免疫逃逸的机制 | NMU诱导的大鼠乳腺肿瘤模型和人类乳腺癌样本 | 机器学习 | 乳腺癌 | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 全外显子测序, 组织病理分析 | NA | 基因表达数据, 外显子序列数据, 组织病理图像 | NMU处理的大鼠乳腺肿瘤模型(具体样本量未提供)和人类乳腺癌队列 | Illumina | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 全外显子测序 | Illumina NovaSeq | NA |
| 65 | 2026-05-23 |
Modulating Bacteroides to boost anti-PD-1 immunotherapy in HCC
2026-Feb-17, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013755
PMID:41702649
|
研究论文 | 通过调节肠道菌群中的拟杆菌属,增强抗PD-1免疫疗法在肝细胞癌中的疗效 | 发现了B.th通过KLF2/TLR9信号通路重编程树突状细胞增强抗PD-1免疫疗法疗效的新机制,并提出了基于菌群调节的免疫治疗优化策略 | 尚未完全阐明参与该过程的其他菌种和分子机制,临床转化需进一步验证 | 探究肠道微生物组对肝细胞癌抗PD-1免疫治疗应答的调控机制及潜在临床应用 | 肝细胞癌患者及小鼠模型中的肠道菌群、树突状细胞、CD8+ T细胞 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 16S rRNA基因测序、单细胞RNA测序、粪便微生物移植 | NA | 测序数据 | NA | NA | 16S rRNA基因测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2026-05-23 |
Redirecting cytomegalovirus immunity against pancreas cancer for immunotherapy
2026-Feb-04, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012969
PMID:41638871
|
研究论文 | 通过系统性递送巨细胞病毒T细胞表位,重新引导预先存在的抗病毒免疫力以对抗胰腺癌 | 提出一种利用预先存在的巨细胞病毒记忆T细胞治疗免疫难治性实体瘤(胰腺癌)的新策略,通过静脉注射T细胞肽表位实现 | NA(摘要未提及限制) | 研究利用巨细胞病毒特异性T细胞重定向攻击胰腺癌的免疫疗法效果 | 小鼠模型及胰腺癌细胞 | 免疫疗法 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA(摘要未提及具体样本量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2026-05-23 |
Targeting RRBP1 reverses immune evasion and enhances immunotherapy efficacy via the CXCL10-CXCR3 axis in bladder cancer
2026-Feb-03, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013809
PMID:41633771
|
研究论文 | 本研究探讨了炎症相关基因RRBP1在膀胱癌中调节肿瘤恶性进展和免疫逃逸的作用,并揭示了通过CXCL10-CXCR3轴增强免疫治疗效果的机制 | 首次发现RRBP1通过CXCL10-CXCR3轴调控CD8+ T细胞浸润,逆转免疫逃逸并增强抗PD-L1治疗效果,为膀胱癌免疫治疗提供了新靶点 | 未明确说明,可能需要进一步验证RRBP1在其他癌症类型中的通用性或临床试验中的转化可行性 | 探索炎症相关基因RRBP1在调节膀胱癌恶性进展和免疫逃逸中的意义及其对免疫治疗疗效的影响 | 膀胱癌细胞、小鼠模型及临床样本中的RRBP1表达和免疫功能 | 机器学习 | 膀胱癌 | CRISPR Cas9筛选、单细胞RNA测序、RNA测序、蛋白质组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、免疫组化数据 | 未明确提及样本数量,但涉及体内外实验、单细胞测序和临床样本分析 | Illumina | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序使用Illumina平台进行数据生成 |
| 68 | 2026-01-18 |
Neighborhood nonnegative matrix factorization identifies patterns and spatially-variable genes in large-scale spatial transcriptomics data
2026-Jan-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03846-6
PMID:41546049
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 69 | 2026-05-23 |
VEGF/ERK activation and PI3K inhibition together drive a vein-to-artery transition in an in vitro model of human angiogenesis
2025-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.17.694993
PMID:41446158
|
研究论文 | 开发人类多能干细胞分化方案,模拟静脉到动脉的内皮细胞转化,并揭示VEGF激活和PI3K抑制共同驱动此过程 | 建立首个模拟人类静脉到动脉转化的人多能干细胞分化模型,并通过单细胞RNA测序数据验证其对应胚胎发育中的血管生成源性动脉内皮细胞,首次阐明VEGF激活联合PI3K抑制足以在48小时内驱动静脉内皮细胞获得动脉身份 | 未明确提及,但可能包括体外模型的简化性无法完全复现体内微环境,以及缺乏在体功能验证 | 理解静脉到动脉内皮细胞转化的分子机制,以改善血运重建疗法 | 人类多能干细胞分化的静脉内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未明确提及样本量,但使用了公共数据库中的人类胚胎单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2026-05-23 |
Identification of diagnostic and prognostic phospholipid biomarkers in idiopathic pulmonary fibrosis via machine learning and in vivo validation
2025-Dec-12, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-025-00845-3
PMID:41388329
|
研究论文 | 通过机器学习识别特发性肺纤维化中诊断和预后的磷脂生物标志物并进行体内验证 | 首次结合加权基因共表达网络分析、机器学习及单细胞测序和动物模型验证,识别出IPF相关的磷脂生物标志物并构建高精度的诊断和预后模型 | 需要进一步验证其临床适用性 | 探究磷脂相关生物标志物在特发性肺纤维化诊断和预后中的应用 | 特发性肺纤维化患者和动物模型 | 机器学习 | 肺纤维化 | 微阵列分析、单细胞测序、动物模型 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 8个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2026-05-23 |
Endothelial LRRC8A mitigates pressure overload-induced cardiac hypertrophy by promoting coronary angiogenesis
2025-12-07, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10021-9
PMID:41353685
|
研究论文 | 本研究探讨了内皮细胞LRRC8A在压力超负荷诱导的心肌肥大中的作用,发现其通过促进冠状动脉血管生成来缓解肥大 | 首次阐明内皮细胞LRRC8A通过调控VEGF-VEGFR2轴和VEGFR2内吞作用,促进冠状动脉血管生成,从而缓解压力超负荷诱导的心肌肥大 | 未提及具体局限性,但可能包括研究仅在动物模型和体外实验中进行,临床转化需进一步验证 | 研究内皮细胞LRRC8A在压力超负荷诱导的病理性心肌肥大中的作用及机制 | 人类和小鼠的肥大心脏及心脏内皮细胞 | 机器学习和生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 患者和小鼠的肥大心脏样本,具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'端测序 |
| 72 | 2026-05-23 |
Neoadjuvant chemotherapy modulates mast cell phenotypes and immune infiltration in high-grade serous carcinoma
2025-12, Gynecologic oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.ygyno.2025.10.014
PMID:41176887
|
研究论文 | 新辅助化疗调控高级别浆液性癌中肥大细胞表型及免疫浸润模式 | 首次揭示新辅助化疗后高级别浆液性癌中CD52+KIT+肥大细胞向JUN+/TNFRSF12A+亚群转变,并发现KIT表达增加与化疗应答及预后相关 | 样本量较小(8例化疗前和7例化疗后肿瘤样本的RNA测序数据),且单细胞RNA-seq数据来自公共数据集,需进一步在更大队列中验证 | 探究新辅助化疗对高级别浆液性癌免疫浸润模式的影响及其临床意义 | 高级别浆液性癌患者肿瘤组织(化疗前后配对样本) | 数字病理学 | 卵巢癌(高级别浆液性癌) | RNA测序,单细胞RNA测序,免疫组化 | NA | 基因表达数据,图像(免疫组化) | 15个RNA测序样本(8例化疗前、7例化疗后),73例配对化疗前后样本(用于免疫组化),单细胞RNA-seq数据取自公共数据集(GSE165897) | NA | 批量RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2026-05-23 |
DISSyphilis and the Risk of HIV Infection: A Mendelian Randomization Study
2025-11, AIDS research and human retroviruses
IF:1.5Q4
DOI:10.1089/AID.2024.0005
PMID:39086230
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化分析评估梅毒对HIV感染的因果效应,并探讨RPAIN基因的作用 | 首次利用孟德尔随机化方法证明梅毒与HIV感染之间存在直接的因果关系,并发现rs138697742变异通过上调RPAIN基因表达促进HIV感染进程,提出RPAIN/GALECTIN作为潜在治疗靶点 | 未明确指出局限性,但可能包括GWAS数据的样本限制或MR方法的潜在混杂因素 | 评估梅毒对HIV感染的因果效应,并探索相关分子机制 | 梅毒与HIV感染的基因组关联研究数据及HIV感染者的单细胞RNA测序数据 | 机器学习和数字病理 | 性传播疾病及HIV感染 | GWAS、单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析 | 加权中位数、MR Egger、逆方差加权模型 | 基因表达数据和单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2026-05-23 |
Role of long-chain acyl-CoA synthetases in MASH-driven hepatocellular carcinoma and ferroptosis
2025-11-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00096.2025
PMID:40875358
|
research paper | 本研究描述了MASH相关肝细胞癌中的脂质代谢特征并阐明了长链酰基辅酶A合成酶在铁死亡中的作用 | 首次整合了人类MASH-HCC组织的批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学和免疫组化数据,揭示了ACSL4和ACSL5的差异表达及空间异质性,并发现ACSL4通过调节肿瘤免疫微环境影响铁死亡敏感性 | 体外实验仅使用人类肝细胞癌细胞系,缺乏体内铁死亡验证;小鼠模型可能无法完全模拟人类MASH-HCC的复杂性 | 研究MASH相关肝细胞癌中长链酰基辅酶A合成酶的表达异质性及其对铁死亡敏感性的影响 | 健康人类MASH和MASH相关肝细胞癌组织样本,人类肝细胞癌细胞系,以及饮食诱导的MASH-HCC实验小鼠模型 | machine learning, 数字病理学 | 肝细胞癌, 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组化, 铁死亡体外评估 | NA | 基因表达数据, 图像, 文本 | 人类MASH-HCC组织样本和小鼠MASH-HCC模型样本(具体数量未给出) | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 75 | 2026-05-23 |
TGFB1/SMAD3-driven macrophage-myofibroblast transition promotes fibrosis progression in endometriosis
2025-10-02, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaaf051
PMID:41056423
|
研究论文 | 本研究证明TGFB1/SMAD3信号通路驱动的巨噬细胞-肌成纤维细胞转化是子宫内膜异位症中肌成纤维细胞的新来源,并促进纤维化进展 | 首次报道巨噬细胞-肌成纤维细胞转化是子宫内膜异位症纤维化中肌成纤维细胞的新来源,并明确TGFB1/SMAD3通路的调控作用 | 未提及 | 探讨巨噬细胞-肌成纤维细胞转化在子宫内膜异位症纤维化中的作用及调控机制 | 子宫内膜异位症患者和模型小鼠的子宫内膜组织 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类子宫内膜组织及小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 76 | 2026-05-23 |
Temporal dynamics of uterine immune microenvironment remodeling in a murine model of adenomyosis
2025-10-02, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaaf057
PMID:41298316
|
研究论文 | 利用他莫昔芬诱导的子宫腺肌症小鼠模型,探究孕前子宫免疫微环境随时间变化的动态重塑过程 | 首次系统描绘子宫腺肌症早期(1-3个月)子宫免疫微环境的时序动态变化,揭示先天与适应性免疫串扰作为病理早期驱动因素,并提出IL-6通路作为潜在治疗靶点 | 依赖单一动物模型、仅分析两个时间点、缺乏调节性T细胞功能评估 | 阐明子宫腺肌症孕前子宫免疫微环境的演变规律及其在疾病发生中的作用 | 他莫昔芬诱导的子宫腺肌症小鼠模型子宫组织 | 免疫学 | 子宫腺肌症 | 免疫荧光、流式细胞术、定量聚合酶链反应 | NA | 组织样本、基因表达数据、细胞表型数据 | 他莫昔芬诱导后1个月和3个月小鼠子宫组织样本(具体数量未提及) | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2026-05-23 |
Dynamic modulation of claudin18.2 expression and remodeling of the tumor microenvironment in gastric cancer during chemo-immunotherapy
2025-Sep-29, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012683
PMID:41027671
|
研究论文 | 本研究通过前瞻性单臂II期临床试验,评估了胃癌患者在化疗免疫治疗过程中claudin18.2表达的动态变化及其对肿瘤微环境的影响 | 首次在临床试验中揭示化疗免疫治疗期间CLDN18.2表达的动态变化模式,以及其与免疫抑制和纤维化肿瘤微环境的关系 | 单臂研究设计、样本量相对较小(57例),以及可能存在的选择偏倚 | 探索胃癌化疗免疫治疗中CLDN18.2的动态表达及其在肿瘤微环境中的意义 | 晚期胃癌患者的连续肿瘤活检样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 免疫组化、全转录组测序、全外显子测序、单细胞RNA测序 | NA | 图像、文本 | 57例晚期胃癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2025-10-05 |
Differential phagocytosis induces diverse macrophage activation states in malignant gliomas
2025-Sep-05, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012211
PMID:40912739
|
研究论文 | 本研究探讨放疗和CD47阻断如何通过调节巨噬细胞吞噬作用影响恶性胶质瘤中的巨噬细胞活化状态 | 首次通过单细胞RNA测序揭示吞噬性巨噬细胞与非吞噬性巨噬细胞的转录组差异,发现吞噬作用驱动巨噬细胞特化和可塑性的新机制 | 研究主要基于体外实验和动物模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探索放疗与CD47阻断联合治疗对巨噬细胞吞噬功能和活化状态的影响机制 | 弥漫性中线胶质瘤和胶质母细胞瘤细胞系,外周血单核细胞来源和骨髓来源的巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 恶性胶质瘤 | 流式细胞术, ELISA, 单细胞RNA测序, 体外吞噬实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 人源和小鼠胶质瘤细胞系,异种移植和同系小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 79 | 2026-05-23 |
A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity
2025-09-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00191.2025
PMID:40748676
|
研究论文 | 通过成像空间转录组学分析了17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺部的基因表达模式,创建了约120万个细胞的空间转录组图谱 | 提出了基于胎龄和寿命的简化分类方案,避免了传统“疾病与对照”二元比较的局限性,识别了可能被忽视的细胞类型模式 | 未明确说明 | 探究肺器官发生过程中的分子时空动态变化,并为正常和受阻的人类肺部发育提供开放性资源 | 17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺组织 | 空间转录组学 | 新生儿肺部损伤 | 成像空间转录组学 | 计算聚类方法 | 基因表达数据 | 17个人类婴儿肺样本,约120万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 80 | 2026-05-23 |
Multiomics integration analysis identifies tumor cell-derived MIF as a therapeutic target and potentiates anti-PD-1 therapy in osteosarcoma
2025-Aug-22, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011091
PMID:40846326
|
研究论文 | 通过多组学整合分析,确定肿瘤细胞来源的MIF为骨肉瘤治疗靶点,并增强抗PD-1免疫疗法效果 | 首次发现乳酸通过组蛋白H3K9乳酰化调控MIF表达,并证明MIF抑制剂联合PD-1单抗具有显著抗肿瘤作用 | 未说明具体局限性 | 利用多组学整合开发新风险模型,表征骨肉瘤免疫特征,发现新型治疗靶点 | 骨肉瘤患者样本及小鼠模型 | 机器学习 | 骨肉瘤 | 代谢组学分析、转录组测序、单细胞RNA测序 | 风险模型、单样本基因集富集分析、ESTIMATE算法、xCell算法 | 代谢组学数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 不确定具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |