单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 37826 篇文献,本页显示第 61 - 80 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
61 2026-03-28
Spatial remodeling of the tumor immune microenvironment in hepatocellular carcinoma with cirrhosis driven by Treg-CD8⁺T cell crosstalk via the SPP1-ITGA4 axis
2026-Mar-18, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 本研究系统比较了伴有肝硬化与不伴有肝硬化的肝细胞癌肿瘤免疫微环境的细胞组成、空间结构及免疫调节相互作用 揭示了肝硬化背景下肝细胞癌特有的免疫抑制微环境空间重构模式,首次提出Treg-CD8⁺T细胞通过SPP1-ITGA4信号轴进行空间交互的新机制 研究主要基于HBV阳性病例,结论在其他病因肝细胞癌中的普适性有待验证;空间分析样本量相对有限 阐明肝硬化背景如何重塑肝细胞癌肿瘤免疫微环境的空间结构和功能 肝细胞癌患者肿瘤组织(伴有肝硬化 vs 不伴有肝硬化) 数字病理学 肝细胞癌 空间转录组分析,单细胞RNA测序 空间分析模型 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 278例HBV阳性病例,共绘制2,837,999个细胞 NA 空间转录组学,单细胞RNA-seq NA NA
62 2026-03-28
Subcellular transcriptome sequencing with single cell APEX-seq identifies regulators of cell-cell interactions
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为单细胞APEX-seq的新方法,用于在单细胞分辨率下绘制亚细胞转录组图谱,并应用于肿瘤-巨噬细胞和CAR T细胞共培养系统,以揭示细胞间相互作用的调控因子 开发了基于邻近标记的单细胞APEX-seq方法,首次实现了亚细胞转录组在单细胞水平的高通量映射,特别富集了传统scRNA-seq难以解析的细胞表面和分泌转录本 方法主要针对内质网相关转录本,可能未覆盖其他亚细胞区域的RNA;应用场景目前局限于共培养系统,在体内复杂组织中的验证尚需进一步研究 开发并应用一种新方法来研究亚细胞RNA定位及其在细胞间相互作用调控中的作用 肿瘤细胞、巨噬细胞、人类CAR T细胞及其共培养系统 单细胞组学 癌症 邻近标记、单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 数千个单个细胞 NA 单细胞RNA-seq NA 基于液滴的单细胞RNA测序平台
63 2026-03-28
A Rare T-Cell Factor 4 Lineage-negative Epithelial Stem Cell Supports Wound Repair and APC-deletion-induced Colon Tumorigenesis
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过小鼠谱系追踪、免疫组化和单细胞测序,鉴定出一种罕见的非CBC、Tcf4谱系阴性(Tcf4 Lin-)上皮干细胞群,该细胞群在伤口修复和APC缺失诱导的结肠肿瘤发生中发挥关键作用 首次发现并表征了一种罕见的Tcf4谱系阴性结肠上皮干细胞群,揭示了其在损伤修复和肿瘤发生中的独特功能 研究主要基于小鼠模型,人类中的相关性尚需进一步验证 探索结肠上皮干细胞在组织稳态维持和肿瘤发生中的作用机制 小鼠结肠上皮细胞,特别是Tcf4 Lin-干细胞群 单细胞生物学 结肠肿瘤 谱系追踪,免疫组化,单细胞测序 NA 单细胞测序数据,组织图像数据 未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
64 2026-03-28
Binary-SPA: A Reference-Free Method for Cell Annotation in High-Resolution Spatial Transcriptomics
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为Binary-SPA的计算框架,用于高分辨率空间转录组学数据的细胞类型注释,无需依赖外部参考数据集 开发了一种两阶段注释方法,结合二进制分类和基于锚点的标签转移,实现了无参考的高精度细胞注释 未明确提及方法在极低表达或高度异质性样本中的性能限制 解决高分辨率空间转录组学中细胞类型注释的挑战 高分辨率空间转录组学数据中的细胞 空间转录组学 NA 空间转录组学 二进制分类模型 空间转录组学数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
65 2026-03-28
PalmaClust: A graph-fusion framework leveraging the Palma ratio for robust ultra-rare cell type detection in scRNA-seq data
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为PalmaClust的图融合聚类框架,用于在单细胞RNA测序数据中稳健地检测超罕见细胞类型 PalmaClust创新性地将社会学中的尾敏感不平等度量指标Palma比率重新用于识别由极端稀疏性驱动的标记基因,并通过融合多个基于互补基因选择统计量构建的KNN图来提高检测性能 NA 开发一种可扩展且统计基础扎实的方法,以灵敏地检测罕见细胞群体,同时提供校准的置信度和可解释的分子特征 单细胞RNA测序数据中的罕见细胞群体,如瞬时祖细胞、耐药肿瘤亚克隆和抗原特异性淋巴细胞 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序 图融合聚类框架 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
66 2026-03-28
Tetrastigma hemsleyanum alleviates febrile seizures by inhibiting HSPB1/Akt/NF-κB signaling via small extracellular vesicle-mediated astrocyte-microglia crosstalk
2026-Mar-17, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1
研究论文 本研究探讨了三叶崖爬藤总黄酮通过抑制HSPB1/Akt/NF-κB信号通路缓解热性惊厥的机制,涉及星形胶质细胞与小胶质细胞通过小细胞外囊泡的交互作用 首次揭示热性惊厥中星形胶质细胞通过释放小细胞外囊泡激活小胶质细胞HSPB1/Akt/NF-κB信号通路的机制,并鉴定儿茶素为三叶崖爬藤总黄酮的主要活性成分 研究主要基于大鼠模型和体外实验,人类临床验证尚未进行,且小细胞外囊泡的具体作用机制需进一步阐明 探究三叶崖爬藤总黄酮缓解热性惊厥的分子机制 热性惊厥大鼠模型、星形胶质细胞、小胶质细胞 神经科学 热性惊厥 单细胞RNA测序、小细胞外囊泡测序、Transwell共培养实验 动物模型(大鼠)、细胞共培养模型 基因表达数据、蛋白质表达数据 未明确具体样本数量,但涉及大鼠模型和细胞实验 NA 单细胞RNA测序、小细胞外囊泡测序 NA NA
67 2026-03-28
Müller glia-mediated regeneration restores neuronal diversity and retinal circuit organization in the adult zebrafish
2026-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究结合诱导谱系追踪、单细胞RNA测序和形态学分析,揭示了成年斑马鱼视网膜中Müller胶质细胞来源的再生神经元的分子和结构特征 首次系统性地证明了成年斑马鱼视网膜中Müller胶质细胞介导的再生能够恢复神经元的多样性并重建视网膜环路的关键组织特征 研究主要聚焦于斑马鱼模型,其发现向哺乳动物(尤其是人类)的转化应用仍需进一步探索 探究成年斑马鱼视网膜损伤后,Müller胶质细胞介导的神经元再生是否能够恢复原有的细胞身份、多样性和环路连接 成年斑马鱼视网膜中的Müller胶质细胞及其再生出的神经元(包括光感受器、无长突细胞、视网膜神经节细胞等) 再生神经科学 视网膜损伤/神经退行性疾病 诱导谱系追踪, 单细胞RNA测序, 形态学分析, 光损伤模型, NMDA损伤模型 NA 单细胞转录组数据, 形态学图像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
68 2026-03-28
Preferential formation of NUP98-KDM5A condensates at specific H3K4me3-rich loci drives leukemogenic gene expression
2026-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了NUP98-KDM5A融合蛋白通过结合高密度H3K4me3区域形成凝胶状凝聚体,从而特异性驱动白血病基因表达的机制 首次阐明了染色质修饰(H3K4me3)与相分离凝聚体形成之间的定量靶向机制,解释了融合蛋白在广泛H3K4me3存在下仍能特异性靶向白血病基因簇的原理 研究主要基于NUP98-KDM5A模型,其他NUP98融合蛋白的机制可能不同;患者单细胞数据为相关性分析,因果机制需进一步验证 探究NUP98融合蛋白的基因靶向和凝聚体形成机制 NUP98-KDM5A融合蛋白及其在白血病发生中的作用 表观遗传学 白血病 细胞成像、基因组分析、单细胞测序 NA 成像数据、基因组数据、单细胞测序数据 患者单细胞测序数据(未明确具体数量) NA 单细胞测序 NA NA
69 2026-03-28
High-Fidelity Long-term Whole-embryo Lineage and Fate Reconstruction by Iterative Tracking with Error Correction
2026-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为ITEC的无监督方法,用于高保真地重建活体胚胎的完整细胞谱系和命运图 ITEC是一种全自动、无监督的方法,能高精度重建胚胎中每个细胞的谱系,并在斑马鱼、小鼠等多个物种数据集上验证,准确率超过99.7% NA 重建活体胚胎的完整细胞谱系和命运图,以探索发育动力学 斑马鱼、小鼠等胚胎的细胞 发育生物学 NA 迭代追踪与错误校正 无监督方法 图像数据(基于胚胎成像) 斑马鱼胚胎数据包含1850万个细胞 NA 空间转录组学 NA NA
70 2026-03-28
UniST: A Unified Computational Framework for 3D Spatial Transcriptomics Reconstruction
2026-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一个统一的生成式AI框架UniST,用于从稀疏的连续切片中计算重建密集且连续的三维空间转录组学景观 UniST整合了三个互补模块:用于点云上采样的核点卷积与交叉注意力层、用于连续切片重建的基于光流的插值方法,以及用于基因表达插补的图自编码器与隐式神经表示,从而在不改变基础实验技术的情况下,从稀疏切片重建三维空间转录组学数据 NA 开发一个通用的计算框架,以解决从稀疏、异质的二维切片数据重建连贯三维组织架构的挑战 三维空间转录组学数据,特别是来自小鼠胚胎和人类癌症组织的稀疏连续切片 空间转录组学 癌症 空间转录组学 生成式AI框架,包含核点卷积、交叉注意力层、光流插值、图自编码器、隐式神经表示 空间转录组学数据(点云、基因表达) NA NA 空间转录组学 NA NA
71 2026-03-28
Predicting targeted- and immunotherapeutic response outcomes in melanoma with single-cell Raman spectroscopy and AI
2026-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种结合单细胞拉曼光谱和机器学习的方法,用于预测黑色素瘤对靶向和免疫疗法的反应 首次将单细胞拉曼光谱与机器学习结合,提供了一种非破坏性、可扩展的平台来预测黑色素瘤的治疗耐药性,并识别与治疗途径相关的生化变化 研究样本量有限(包括小鼠和人类细胞系以及9例患者样本),且方法尚未在更大规模或前瞻性临床研究中验证 开发一种可靠的方法来预测黑色素瘤对靶向和免疫疗法的反应,以改善精准医疗中的治疗选择 小鼠和人类黑色素瘤细胞系,以及9例已知对靶向和免疫治疗抑制剂有耐药性谱的患者来源样本 机器学习 黑色素瘤 单细胞拉曼光谱 随机森林 光谱数据 小鼠和人类黑色素瘤细胞系,以及9例患者样本 NA 单细胞拉曼光谱 NA NA
72 2026-03-28
Cell-type-specific transposon demethylation and TAD remodeling in aging mouse brain
2026-Mar-11, Cell IF:45.5Q1
研究论文 本研究通过生成小鼠大脑衰老的单细胞表观基因组图谱,揭示了细胞类型特异的转座子去甲基化和染色质构象变化 整合了单细胞甲基组、染色质构象、转录组和染色质可及性数据,构建了跨模态细胞分类,并开发了基于深度学习模型预测衰老相关基因表达变化 使用2月龄小鼠作为基线,可能无法完全反映更早或更晚生命阶段的衰老过程 探究大脑衰老的表观遗传机制,特别是转座子甲基化和染色质构象变化 小鼠大脑多个区域的细胞 表观遗传学 神经退行性疾病 单细胞甲基组测序、染色质构象分析、空间转录组学 深度学习模型 甲基组数据、染色质构象数据、转录组数据、染色质可及性数据 132,551个单细胞甲基组和72,666个联合染色质构象-甲基组细胞核,以及895,296个细胞的空间转录组数据 NA 单细胞甲基组测序、染色质构象分析、空间转录组学 NA NA
73 2026-03-28
ChatSpatial: Schema-Enforced Agentic Orchestration for Reproducible and Cross-Platform Spatial Transcriptomics
2026-Mar-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 介绍了一个名为ChatSpatial的平台,该平台利用LLM通过预验证的工具模式选择和编排空间转录组学分析方法,以提高分析的可重复性和跨平台兼容性 提出了基于模式强制编排的代理协调框架,将领域专业知识嵌入模式描述中,实现上下文感知的参数推断,并首次将60多种方法统一到单一对话工作流中 未明确说明平台对计算资源的要求、处理大规模数据集的性能限制以及非专业用户的学习曲线 解决空间转录组学数据分析中工具生态系统不兼容、可重复性差的问题,简化多步骤分析流程 空间转录组学数据分析工具和方法 空间转录组学 卵巢癌,口腔鳞状细胞癌 空间转录组学分析 LLM(大语言模型) 空间转录组学数据 涉及两个已发表研究的数据集 NA 空间转录组学 NA 基于模型上下文协议(MCP)构建,支持Python和R生态系统
74 2026-03-28
Smarca4 maintains mitochondrial homeostasis and energy metabolism during cardiac development
2026-Mar-07, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1
研究论文 本研究揭示了SWI/SNF染色质重塑ATP酶亚基Smarca4在心脏发育过程中作为线粒体稳态和细胞能量代谢的关键调节因子 首次将Smarca4鉴定为连接核调控与线粒体能量稳态的保守染色质重塑因子,在脊椎动物肌肉发育中起核心作用 研究主要基于斑马鱼模型,在人类细胞和小鼠肌管中的验证仍需进一步体内研究确认 探究表观遗传机制如何调控线粒体结构和功能,特别是在心脏发育过程中的作用 斑马鱼(smarca4a缺陷模型)、人类心肌细胞和小鼠肌管 表观遗传学 心血管疾病 RNA-seq, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 高分辨率共聚焦成像, Seahorse代谢分析 NA 基因表达数据、染色质可及性数据、单细胞转录组数据、成像数据、代谢数据 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq NA NA
75 2026-03-28
SR2P: an efficient stacking method to predict protein abundance from gene expression in spatial transcriptomics data
2026-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种基于堆叠的机器学习框架SR2P,用于从空间转录组学数据中的基因表达预测蛋白质丰度 SR2P通过整合11种互补的预测模型,在多个空间多组学基准测试中持续优于现有方法,能够从仅含RNA的空间数据中推断蛋白质丰度 技术及成本限制仍是空间多组学分析的障碍,且蛋白质-RNA丰度在关键免疫细胞表面标记物中存在不一致性 预测空间转录组学数据中的蛋白质丰度,以扩展当前空间平台在肿瘤免疫学研究中的分析能力 头颈部鳞状细胞癌患者的空间转录组学数据 机器学习 头颈部鳞状细胞癌 空间转录组学 堆叠机器学习框架 基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
76 2026-03-28
Distinct spatial patterning and transcriptomic landscapes of human neural organoids by localized delivery of morphogens
2026-Mar-05, Cell stem cell IF:19.8Q1
研究论文 本研究开发了一种基于被动扩散的形态发生素梯度生成器(PdMG),用于在人类神经类器官中建立稳定的外源性空间形态发生素梯度,以模拟大脑发育中的位置模式 开发了无Matrigel的被动扩散形态发生素梯度生成器(PdMG),首次在人类神经类器官中可靠地建立了陡峭的外源性空间形态发生素梯度,并成功模拟了背腹侧前脑、头尾侧前中脑样和头尾侧前后脑样模式 未明确说明类器官的长期稳定性或梯度维持时间,可能受限于被动扩散机制的精确控制 研究人类大脑发育中局部形态发生素递送对神经类器官空间模式和转录组景观的影响 人类神经类器官 数字病理学 NA 空间转录组学分析 NA 转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
77 2026-03-28
Selective B-cell subset depletion underlies increased infection risk in patients with MM treated with anti-BCMA vs anti-GPRC5D bsAbs
2026-Mar-05, Blood IF:21.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了抗BCMA双特异性抗体相比抗GPRC5D抗体在治疗多发性骨髓瘤时导致更高感染风险的机制,即前者会耗竭从早期B细胞前体开始的多个B细胞亚群 首次在单细胞水平上揭示了抗BCMA双特异性抗体耗竭骨髓中从small pre-B细胞阶段开始的B细胞谱系,而抗GPRC5D抗体主要靶向浆细胞,这解释了两种疗法感染风险的差异 样本量相对有限(单细胞测序n=19,流式细胞术n=62),且主要基于观察性研究,需要更大规模的前瞻性研究验证 阐明抗BCMA与抗GPRC5D双特异性抗体治疗多发性骨髓瘤患者时感染风险差异的免疫学机制 多发性骨髓瘤患者(n=62)和健康供者(n=8)的骨髓样本,以及MIcγ1小鼠模型 单细胞组学与免疫学 多发性骨髓瘤 单细胞RNA测序,下一代流式细胞术免疫分型,流式细胞术 NA 单细胞转录组数据,流式细胞术数据 患者总数62人(其中单细胞RNA测序11人,流式细胞术31人),健康供者8人,小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
78 2026-03-28
Vascular STING activation facilitates NK cell anti-tumor immunity in small cell lung cancer
2026-Mar-05, Cancer cell IF:48.8Q1
研究论文 本文研究了小细胞肺癌(SCLC)中血管STING激活如何促进NK细胞的抗肿瘤免疫,揭示了微血管作为限制NK细胞外渗/招募的主要检查点 开发了动态单细胞RNA测序技术(DynaMITE-seq)并结合空间转录组学,首次揭示了SCLC中微血管对NK细胞浸润的调控作用,并提出通过激活血管STING信号来克服免疫屏障的新策略 研究主要基于实验模型和患者样本分析,尚未进行大规模临床试验验证,且具体机制细节需进一步探索 探索小细胞肺癌中NK细胞抗肿瘤免疫的调控机制,并寻找克服免疫屏障的治疗策略 小细胞肺癌(SCLC)细胞、NK细胞、微血管系统及患者组织样本 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA RNA-seq数据、空间转录组数据 患者组织样本(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
79 2026-03-28
Targeted Ferroptosis Improves RPE Phagocytosis via MERTK/NFE2L2/HMOX1 Axis to Alleviate Retinitis Pigmentosa
2026-Mar-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 本研究通过整合RCS大鼠体内模型和人类原代RPE细胞体外模型,利用单细胞RNA测序揭示了铁死亡在MERTK缺陷型视网膜色素变性中的关键致病作用,并验证了靶向铁死亡可改善RPE吞噬功能 首次在视网膜色素变性模型中系统揭示了铁死亡通过MERTK/NFE2L2/HMOX1轴驱动RPE功能障碍的分子机制,并证明铁死亡抑制剂Fer-1的治疗潜力 研究主要基于RCS大鼠模型和体外细胞模型,尚未在更广泛的RP亚型或临床患者中进行验证 探究视网膜色素变性中RPE细胞的致病性改变,并寻找潜在的治疗策略 皇家外科学院大鼠、人类原代视网膜色素上皮细胞 单细胞组学 视网膜色素变性 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 RCS大鼠与RDY大鼠的视网膜样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
80 2026-03-28
Ovarian hormone deficiency enhances wood smoke-induced immune dysfunction via transcriptomic and metabolic alterations
2026-Mar-02, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2
研究论文 本研究探讨卵巢激素缺乏如何通过转录组和代谢改变加剧木材烟雾诱导的免疫功能障碍 首次在卵巢激素缺乏背景下,利用单细胞RNA测序揭示木材烟雾暴露对骨髓免疫细胞的广泛转录抑制和代谢重编程,识别了免疫-代谢解耦的新机制 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证;单细胞分析聚焦卵巢切除情境,Sham组的功能验证有限 识别卵巢激素缺乏作为木材烟雾暴露免疫毒性的易感因素,并阐明其分子机制 卵巢切除小鼠的骨髓免疫细胞和骨髓来源巨噬细胞 单细胞组学 免疫功能障碍 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 卵巢切除和假手术小鼠的骨髓细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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