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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
61 2025-12-14
NQO1/p65/CXCL12 Axis-Recruited Tregs Mediate Resistance to Anti-PD-1 Plus Lenvatinib Therapy in PIVKA-II-Positive Hepatocellular Carcinoma
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究探讨了高PIVKA-II表达的肝细胞癌中,NQO1/p65/CXCL12轴招募调节性T细胞介导对anti-PD-1联合乐伐替尼治疗耐药的机制 首次揭示了高PIVKA-II表达通过NQO1稳定p65、激活NF-κB/CXCL12轴并招募Tregs,从而介导治疗耐药的分子机制,并提出了Plerixafor作为潜在联合治疗策略 样本量相对有限,单细胞RNA测序仅来自22例患者,且机制验证主要在临床前模型中进行,需进一步临床验证 探究高PIVKA-II表达的肝细胞癌对anti-PD-1联合乐伐替尼治疗耐药的肿瘤微环境特征和分子机制 肝细胞癌患者(包括手术切除和接受anti-PD-1联合乐伐替尼治疗的患者)及其肿瘤组织 肿瘤免疫学 肝细胞癌 单细胞RNA测序 NA 临床数据、单细胞RNA测序数据 260例患者(156例手术切除患者和104例接受联合治疗患者),其中22例进行了单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序 NA NA
62 2025-12-14
Mapping Plasmodium transitions and interactions in the Anopheles female
2025-Dec, Nature IF:50.5Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了疟原虫在按蚊中肠内的关键发育阶段转变和宿主-寄生虫相互作用 首次结合单细胞RNA测序和共聚焦显微镜,系统解析了疟原虫在按蚊中肠内的发育过程,并识别出PfSIP2转录因子在感染人类肝细胞中的关键作用 研究主要基于实验室模型,尽管验证了野外来源寄生虫,但实际自然环境中的复杂性可能未被完全覆盖 探究疟原虫在按蚊中肠内的发育机制和宿主-寄生虫相互作用,以寻找阻断传播的策略 恶性疟原虫和按蚊,包括不同发育阶段和代谢条件下的寄生虫与蚊子细胞 单细胞组学 疟疾 单细胞RNA测序,共聚焦显微镜 NA 单细胞转录组数据,图像数据 多个发育阶段和代谢条件下的寄生虫与蚊子细胞样本,包括野外来源寄生虫 NA 单细胞RNA-seq NA NA
63 2025-12-14
Nicheformer: a foundation model for single-cell and spatial omics
2025-Dec, Nature methods IF:36.1Q1
研究论文 本文介绍了Nicheformer,一个基于Transformer的基础模型,用于单细胞和空间组学分析,通过整合人类和小鼠的单细胞及空间转录组数据,学习捕获空间上下文的细胞表示 提出首个基于Transformer的基础模型Nicheformer,整合了大规模单细胞和空间转录组数据,能够预测空间微环境并迁移空间信息到scRNA-seq数据集 模型训练依赖于特定数据集SpatialCorpus-110M,可能受限于数据质量和覆盖范围,且仅针对人类和小鼠组织 开发一个基础模型以改进单细胞和空间组学分析中的空间上下文学习 人类和小鼠的57百万个解离单细胞和53百万个空间解析细胞,覆盖73种组织 机器学习 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 Transformer 单细胞数据,空间转录组数据 超过110百万个细胞(57百万解离单细胞和53百万空间解析细胞) NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
64 2025-12-14
Integrating Single-Cell Transcriptome-Wide Mendelian Randomization and Differentially Expressed Gene Analyses to Prioritize Dynamic Immune-Related Drug Targets for Cancers
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究提出MR-DEG框架,整合孟德尔随机化和差异表达基因分析,以优先筛选癌症中动态免疫相关药物靶点 引入MR-DEG框架,结合单细胞转录组孟德尔随机化和差异表达基因分析,减少多效性偏倚,动态识别免疫相关药物靶点 研究基于现有单细胞数据和方法,可能受样本量和数据质量的限制,且因果推断仍需进一步实验验证 优先筛选癌症中动态免疫相关药物靶点,以支持免疫相关药物开发 CD4+ T细胞激活过程中的动态基因表达谱与六种癌症类型的风险关联 生物信息学 癌症 单细胞RNA测序,孟德尔随机化,差异表达基因分析 MR-DEG框架,结合多种孟德尔随机化和共定位方法 单细胞表达数量性状位点数据,单细胞RNA测序数据 涉及11,021个动态基因表达谱与六种癌症类型的关联分析 NA 单细胞RNA-seq NA NA
65 2025-12-14
ZFPL1 Promotes Colorectal Cancer Progression by Stabilizing ASS1 to Drive the Urea Cycle and M2 Macrophage-Mediated Metastatic Colonization
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本文通过整合分析多个单细胞RNA测序数据库,发现ZFPL1在结直肠癌恶性细胞中特异性富集,并通过稳定ASS1激活尿素循环代谢,驱动肿瘤进展和M2巨噬细胞介导的转移定植 首次揭示ZFPL1通过直接结合并稳定ASS1,激活尿素循环代谢,从而驱动结直肠癌进展,并发现Salvianolic acid B可作为ZFPL1抑制剂,与抗PD-1疗法协同抑制肿瘤 研究主要基于数据库分析和体外/体内实验,临床转化潜力需进一步验证 探究结直肠癌进展的分子机制,并寻找新的治疗靶点 结直肠癌细胞、肿瘤微环境中的巨噬细胞 癌症生物学 结直肠癌 单细胞RNA测序、多组学分析、虚拟筛选 NA 单细胞RNA测序数据、多组学数据 多个单细胞RNA测序数据库中的样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
66 2025-12-14
A unified single-cell atlas of human lung provides insights into pulmonary diseases
2025-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1
研究论文 本研究构建了名为uniLUNG的最全面人类肺单细胞RNA测序图谱,整合了来自1807名供体的920万个细胞数据,涵盖健康和17种疾病状态,旨在揭示不同肺部疾病中的独特细胞类型和细胞转变 创建了首个跨疾病、高分辨率的人类肺单细胞图谱,整合了大规模已发表数据集,并结合空间转录组学识别了肺癌中的过渡性恶性亚群,如NSCLC-like SCLC,为理解肿瘤进化提供了新见解 研究主要基于已发表的单细胞数据集,可能存在批次效应或技术偏差,且空间多组学分析的深度和广度可能受现有数据限制 构建统一的人类肺单细胞图谱,以揭示不同肺部疾病的细胞机制和共享致病通路 人类肺组织细胞,涵盖健康状态和17种肺部疾病条件 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA 单细胞转录组数据,空间转录组数据 920万个细胞,来自1807名供体,涵盖62个已发表数据集 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
67 2025-12-14
Skeletal muscle-derived IL-33 mediates muscle-to-bone crosstalk and regulates bone metabolism via CD8+ T cell-secreted CCL5
2025-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1
研究论文 本研究揭示了一种由骨骼肌分泌的IL-33介导的肌肉-骨骼通讯机制,该机制通过CD8+ T细胞分泌的CCL5调控骨代谢 首次发现并证实了IL-33作为一种肌因子,在肌肉与骨骼的交互作用中扮演关键角色,并阐明了其通过CD8+ T细胞-CCL5-CCR3信号轴调控骨代谢的具体分子通路 研究主要基于动物模型和体外实验,在人体中的直接因果机制验证尚不充分;临床队列研究为观察性,无法完全排除混杂因素的影响 探究肌肉与骨骼之间的交互作用机制,特别是肌肉功能障碍如何导致骨丢失,并寻找潜在的治疗靶点 老年人群(临床队列)和大鼠模型(结合负重运动、肌肉萎缩和卵巢切除模型) 肌肉骨骼生物学 骨质疏松症,肌肉减少症 单细胞RNA测序,抗体中和实验,重组蛋白处理,受体拮抗剂干预 NA 临床数据,动物模型数据,单细胞测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
68 2025-12-14
Mature tertiary lymphoid structures support B cell-mediated antitumour immunity and are disrupted by neoadjuvant therapy in rectal cancer: a multicentre, retrospective study
2025-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1
研究论文 本研究是一项多中心回顾性研究,探讨了成熟三级淋巴结构(mTLS)在直肠癌抗肿瘤免疫中的作用及其受新辅助治疗的影响 首次在直肠癌中系统性地将成熟三级淋巴结构与B细胞介导的免疫特征、克隆多样性和患者预后相关联,并揭示了新辅助治疗对肿瘤免疫微环境(特别是TLS)的独特影响 研究为回顾性设计,样本量有限(特别是单细胞测序部分),且新辅助治疗队列的样本量较小,需要前瞻性研究验证 阐明成熟三级淋巴结构在直肠癌抗肿瘤免疫中的作用及其受新辅助治疗的调控机制 直肠癌患者,包括未接受治疗的患者和接受新辅助治疗的患者 数字病理学 直肠癌 bulk RNA-seq, scRNA-seq, scBCR-seq, 免疫组织化学, 多重免疫荧光 NA 基因表达数据, 单细胞数据, 图像数据 未治疗队列:bulk RNA-seq (n=123), IHC/mIF (n=161), scRNA-seq (n=10), scBCR-seq (n=10);新辅助治疗队列:bulk RNA-seq (n=19), IHC (n=125) NA 单细胞RNA测序, 单细胞BCR测序, 空间转录组学(通过多重免疫荧光间接评估) NA NA
69 2025-12-14
Harnessing dental stem cell-derived synovial cells for IBD therapy: dual modulation of gut immunity and crypt repair
2025-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1
研究论文 本研究提出利用人脱落乳牙干细胞分化为静息成纤维样滑膜细胞,通过双重调节肠道免疫和修复隐窝来治疗炎症性肠病 首次发现SHEDs可通过β-catenin非依赖的Wnt/JNK通路分化为具有双重治疗功能的QFLSs,同时靶向上皮损伤和免疫失调 研究主要基于小鼠模型和人类组织验证,尚未开展临床人体试验 开发基于干细胞的新型IBD治疗方法 人脱落乳牙干细胞、小鼠结肠炎模型、人类IBD组织 干细胞治疗 炎症性肠病 单细胞RNA测序、类器官共培养 NA 单细胞转录组数据、组织学数据 小鼠模型(DSS/TNBS诱导)和人类IBD组织样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
70 2025-12-14
Spatially resolved multi-omics of human metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease
2025-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞和空间转录组学及代谢组学技术,绘制了人类代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)的空间多组学图谱 首次在人类MASLD中整合单细胞与空间多组学数据,识别了MITF作为脂质相关巨噬细胞的关键调节因子,并揭示了其通过肝细胞生长因子分泌的肝保护作用 样本量相对有限(共61例),且主要基于观察性数据,需要进一步功能验证 探究MASLD的发病机制,特别是脂质代谢和纤维化过程中的细胞间互作 人类肝脏组织,包括对照组、MASL和MASH患者 数字病理学 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 单细胞转录组学, 空间转录组学, 代谢组学, 质谱成像 NA 转录组数据, 代谢组数据, 空间成像数据 61例人类肝脏(对照组10例, MASL 17例, MASH 34例) NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 空间代谢组学 NA NA
71 2025-12-14
Presynaptic Changes in Mouse Rod Photoreceptors During Early Retinitis Pigmentosa
2025-Dec-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析,探讨了P23H/Gnat2-/-视网膜色素变性小鼠早期杆状光感受器突触前分子变化及其在突触可塑性中的作用 首次在P23H/Gnat2-/-视网膜色素变性小鼠模型中,结合单细胞转录组学和蛋白质组学技术,揭示了杆状光感受器退化过程中突触SNARE复合体和囊泡蛋白的分子上调机制 研究仅针对1月龄小鼠,未涵盖疾病更晚期阶段;且主要聚焦于分子层面,功能验证相对有限 探究视网膜色素变性早期杆状光感受器突触可塑性的分子基础 P23H/Gnat2-/-视网膜色素变性小鼠和Gnat2-/-对照小鼠的视网膜组织 数字病理学 视网膜色素变性 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 免疫组织化学 NA RNA测序数据, 蛋白质组数据, 图像数据 1月龄P23H/Gnat2-/- RP小鼠和Gnat2-/-对照小鼠的视网膜样本 NA 单细胞RNA-seq, bulk蛋白质组学 NA NA
72 2025-12-14
Guided co-clustering transfer across unpaired and paired single-cell multi-omics data
2025-Dec-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文提出了一种名为GuidedCoC的新框架,用于将未配对scRNA-seq源数据的结构知识迁移到配对scRNA-seq/scATAC-seq目标数据中,以改进细胞聚类和特征对齐 通过统一的信息论目标联合跨模态和跨域共聚类细胞与特征,同时隐式执行跨模态降维以减少噪声,并自动对齐未配对和配对数据集中的细胞群体,无需显式标注 未在摘要中明确提及 提高单细胞多组学数据(特别是配对scRNA-seq和scATAC-seq数据)的集成鲁棒性、可扩展性和可解释性 未配对scRNA-seq数据和配对scRNA-seq/scATAC-seq数据 机器学习 NA scRNA-seq, scATAC-seq Guided Co-clustering Transfer (GuidedCoC)框架 单细胞基因表达和染色质可及性数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 NA NA
73 2025-12-14
Digital twins for in vivo metabolic flux estimations in patients with brain cancer
2025-Dec-01, Cell metabolism IF:27.7Q1
研究论文 本研究开发了两种基于机器学习的框架,用于在脑癌患者体内进行代谢通量估计,克服了组织采样、肿瘤微环境异质性和非稳态条件等挑战 首次将数字孪生框架和单细胞代谢通量分析框架应用于人类患者体内代谢通量估计,结合了第一性原理模拟、卷积神经网络和单细胞RNA测序数据与C-同位素示踪技术 研究主要针对脑癌患者,可能未涵盖其他癌症类型;依赖于患者样本的可用性和质量;框架在临床应用前需进一步验证 开发能够估计人类患者体内代谢通量的方法,以促进代谢疗法和生物标志物的发现 脑癌患者和脑癌小鼠模型中的代谢活动,特别是神经胶质瘤细胞 机器学习 脑癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、C-同位素示踪 卷积神经网络(CNN) 单细胞RNA测序数据、同位素示踪数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
74 2025-12-14
Association of Neuronal Autoantibodies with Overall Survival in Patients with Gastric Cancer
2025-Dec-01, Cancer research communications IF:2.0Q3
研究论文 本研究探讨了胃癌患者中神经元自身抗体的存在及其与总生存期的关联 首次在无副肿瘤性神经综合征的胃癌患者中检测神经元自身抗体,并揭示其与较差的临床预后和肿瘤微环境中CD8+ T细胞浸润减少相关 单中心队列研究,样本量有限,单细胞测序仅使用有限肿瘤样本,需要进一步机制研究验证 探究胃癌患者神经元自身抗体的临床意义及其与生存预后的关系 胃癌患者 肿瘤免疫学 胃癌 免疫荧光、细胞实验、单细胞测序 NA 血清样本、肿瘤组织 323例胃癌患者(TBA阳性144例,TBA阴性179例) NA 单细胞测序 NA NA
75 2025-12-14
Effect of Dipyridamole on Experimental Autoimmune Uveitis: Reprogrammed Immune Cell Landscape and Reduced Th17 Pathogenicity
2025-Dec-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 本研究探讨了双嘧达莫对实验性自身免疫性葡萄膜炎的影响,通过单细胞RNA测序分析揭示了其通过cAMP-STAT3-PIM1轴调节免疫细胞景观和降低Th17致病性的机制 首次将双嘧达莫应用于葡萄膜炎治疗研究,并利用单细胞RNA测序技术系统揭示了其通过cAMP-STAT3-PIM1信号轴调节免疫稳态的新机制 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人类患者中进行临床试验验证 评估双嘧达莫对自身免疫性葡萄膜炎的治疗效果并探索其免疫调节机制 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型和葡萄膜炎患者的单细胞RNA测序数据 单细胞组学 自身免疫性葡萄膜炎 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠和葡萄膜炎患者样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
76 2025-12-14
Targeting MCM6 Enhances Melphalan Chemosensitivity in Retinoblastoma by Modulating DNA Damage Response
2025-Dec-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 本研究探讨了DNA复制许可因子MCM6在视网膜母细胞瘤进展中的作用及其对美法仑化疗敏感性的影响 首次利用单细胞RNA测序揭示了MCM6在视网膜母细胞瘤中的表达模式,并证明靶向MCM6可增强美法仑的化疗敏感性 研究主要基于细胞系和动物模型,临床样本数量有限,需要进一步临床试验验证 探究MCM6在视网膜母细胞瘤中的作用机制及作为化疗增敏靶点的潜力 视网膜母细胞瘤细胞、患者肿瘤样本、小鼠异种移植模型 数字病理学 视网膜母细胞瘤 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 患者肿瘤样本(包括美法仑治疗失败标本)及细胞系模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
77 2025-12-14
Pericyte-myofibroblast transition: a novel mechanism in peritoneal fibrosis and the effect of Asiaticoside
2025-Dec-01, Journal of advanced research IF:11.4Q1
研究论文 本研究揭示了周细胞-肌成纤维细胞转化(PMT)是腹膜纤维化的关键机制,并评估了天然三萜类化合物积雪草苷(ASI)通过抑制PDGFRβ信号通路治疗纤维化的潜力 首次在腹膜纤维化中明确了周细胞向肌成纤维细胞转化的关键作用,并发现积雪草苷可通过靶向PDGFRβ信号通路抑制该过程,为抗纤维化治疗提供了新视角 研究主要基于小鼠模型,其结论在人体中的适用性仍需进一步验证;蛋白质组学分析的下游机制有待更深入探索 阐明腹膜纤维化的细胞起源机制,并探索针对PDGFRβ信号通路的抗纤维化治疗策略 氯己定葡糖酸盐诱导的腹膜纤维化小鼠模型、小鼠腹膜微血管周细胞 数字病理学 腹膜纤维化 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据、蛋白质组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
78 2025-12-14
The recombinant zoster vaccine induces trained immunity in monocytes through persistent downregulation of TGFβ
2025-Dec, PLoS pathogens IF:5.5Q1
研究论文 本研究探讨了重组带状疱疹疫苗(RZV)在单核细胞中通过持续下调TGFβ诱导训练免疫的机制 首次揭示RZV通过基因组水平抑制TGFβ-1产生训练免疫,并证实其对同源(VZV-gE)和异源(HCMV、HSV)抗原的交叉保护作用 研究主要基于体外实验,需要进一步体内验证;样本时间跨度较长但样本量未明确说明 探究高效能重组带状疱疹疫苗诱导训练免疫的分子机制 疫苗接种后的单核细胞、NK细胞和树突状细胞 免疫学 带状疱疹 ATAC-seq、scRNA-seq、免疫蛋白质组学 NA 基因组可及性数据、单细胞转录组数据、蛋白质组数据 NA NA 单细胞RNA测序、ATAC测序 NA NA
79 2025-12-14
Antiviral and immune modulatory activities of STING agonists in a mouse model of persistent hepatitis B virus infection
2025-Dec, PLoS pathogens IF:5.5Q1
研究论文 本研究评估了STING激动剂在持续HBV感染小鼠模型中的抗病毒和免疫调节活性 首次在AAV-HBV转导的小鼠模型中,利用STING敲除和人源STING敲入模型,证明了STING激动剂治疗能以STING依赖性方式激活免疫反应并抑制HBV DNA复制,并优化了长期治疗剂量和方案 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体临床试验中验证;仅1/4的小鼠在治疗后检测到HBs-Ab 评估STING激动剂作为慢性乙型肝炎免疫疗法的潜力 AAV-HBV转导的持续HBV感染小鼠模型 NA 慢性乙型肝炎 RNA-seq NA 转录组数据 小鼠模型,具体数量未明确说明 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
80 2025-12-14
Multi-omics integration reveals hypoxia-driven mechanisms in vascular dementia: a machine learning and single-cell sequencing approach
2025-Dec, Annals of medicine and surgery (2012)
研究论文 本研究通过多组学整合、机器学习和单细胞测序方法,识别并分析了血管性痴呆中与缺氧相关的枢纽基因,揭示了其在代谢、免疫反应和细胞分化中的作用 结合WGCNA、机器学习(如ssGSEA)和单细胞测序技术,首次在血管性痴呆中系统鉴定出DUSP1、MAFF和TGFBI作为缺氧相关枢纽基因,并关联到代谢通路、细胞死亡途径和免疫微环境 研究主要基于公共数据集(GSE122063、GSE282111)和动物模型(2VO),缺乏大规模临床样本验证,且机制探索仍需进一步实验确认 识别血管性痴呆中的缺氧相关枢纽基因,探索其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 血管性痴呆相关的基因表达数据、慢性脑低灌注模型(2VO)的脑组织样本 机器学习 血管性痴呆 单细胞测序、高通量测序、免疫组化 机器学习方法(具体未指定,如WGCNA、ssGSEA) 基因表达数据(RNA-seq)、单细胞数据 基于公共数据集GSE122063和GSE282111,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq NA NA
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