单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-02	Sp140L functions as a herpesvirus restriction factor suppressing viral transcription and activating interferon-stimulated genes 2025-Jun-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2426339122 PMID:40526717	research paper	该研究揭示了Sp140L作为一种限制因子，在抑制疱疹病毒转录和激活干扰素刺激基因中的作用	首次发现Sp140L作为限制因子，能够连接病毒DNA的感知和转录抑制与干扰素非依赖的先天免疫反应	研究主要关注EBV病毒，对其他疱疹病毒的普适性需要进一步验证	探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制，特别是EBNA-LP蛋白在其中的作用	EBV病毒感染的B细胞	病毒学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	EBNA-LP敲除（LPKO）感染的B细胞
62	2025-07-02	Histopathologic Evaluation and Single-Cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients with Inflammatory Bowel Disease 2025-Jun-24, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101563 PMID:40571096	研究论文	本研究通过组织病理学评估和单细胞空间转录组学技术，揭示了与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常	首次结合组织病理学特征和单细胞空间转录组学分析，揭示了J型储袋失败的分子机制和预测标志物	研究为回顾性病例对照设计，样本量虽大但来自单一医疗中心	探究与回肠储袋-肛管吻合术(IPAA)失败相关的组织病理学特征和分子机制	417名接受IPAA手术的溃疡性结肠炎患者	数字病理学	炎症性肠病	单细胞空间转录组学、免疫组织化学(CD68 IHC)	NA	组织病理图像、基因表达数据	417名患者(其中部分进行单细胞空间转录组分析)
63	2025-07-02	scGT: Integration algorithm for single-cell RNA-seq and ATAC-seq based on graph transformer 2025-Jun-24, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf357 PMID:40581778	研究论文	提出了一种基于Graph Transformer的单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合算法scGT	利用数据集中相关性特征增强的图结构来协调多组学数据的表示，实现更准确的多组学整合和标签传递	未明确提及具体局限性	开发高性能单细胞多组学数据整合算法	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞ATAC测序(scATAC-seq)	Graph Transformer	单细胞测序数据	能够整合数百万个细胞的数据集
64	2025-07-02	Distinct expression of CD56 and CD19 marks molecular and functional endotypes of tetanus- versus RBD-specific human bone marrow plasma cells 2025-Jun-24, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf059 PMID:40581803	研究论文	本研究探讨了CD19和CD56在抗原特异性和总人类骨髓浆细胞(BMPC)上的共表达，揭示了它们在分子和功能上的差异	首次详细比较了破伤风类毒素(TT)和SARS-CoV-2刺突蛋白受体结合域(RBD)特异性BMPC的CD56和CD19表达模式，并发现了它们在转录特征和功能上的显著差异	研究主要基于流式细胞术和单细胞RNA测序数据，缺乏直接的体内功能验证实验	探究不同抗原特异性骨髓浆细胞亚群的表型和转录特征差异	人类骨髓浆细胞(BMPC)，特别是TT特异性和RBD特异性BMPC亚群	免疫学	传染病(破伤风和COVID-19)	多参数流式细胞术，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	流式细胞数据，RNA测序数据	未明确说明样本数量的人类骨髓浆细胞
65	2025-07-02	Cell-specific nanoengineering strategy to disrupt tolerogenic signaling from myeloid-derived suppressor cells and invigorate antitumor immunity in pancreatic cancer 2025-Jun-23, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04096-y PMID:40549154	研究论文	本文提出了一种纳米工程策略，通过靶向PMN-MDSCs的CXCR2受体，特异性破坏其免疫抑制信号，从而增强胰腺癌的抗肿瘤免疫反应	开发了一种细胞特异性的纳米工程策略，通过CXCR2靶向纳米颗粒递送药物，避免了系统性抑制PMN-MDSCs导致的副作用如中性粒细胞减少	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证其安全性和有效性	克服胰腺癌中PMN-MDSCs介导的免疫抑制，增强抗肿瘤免疫反应	胰腺导管腺癌(PDAC)中的PMN-MDSCs和T细胞	纳米医学	胰腺癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、纳米颗粒工程	KPC小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	人类和小鼠PDAC样本、治疗初治PDAC患者的外周血细胞
66	2025-07-02	Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages 2025-Jun-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08387-z PMID:40550904	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠和人类多个组织及炎症条件下的脂质相关巨噬细胞（LAMs）的多样性，定义了共享和特异的LAM转录特征	首次系统性地描绘了LAMs在多种组织和炎症条件下的转录组特征，并鉴定了保守的标记基因如Trem2和Lpl	研究主要基于小鼠和人类的转录组数据，未深入探究LAMs功能机制	解析脂质相关巨噬细胞（LAMs）在不同组织和炎症条件下的转录特征	小鼠和人类多个组织中的脂质相关巨噬细胞（LAMs）	免疫学	代谢性疾病（包括动脉粥样硬化、肥胖和代谢功能障碍相关脂肪性肝病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个小鼠和人类组织样本
67	2025-07-02	Direct single cell-type gene expression analysis in peripheral blood: novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for detection of bacterial infection 2025-Jun-23, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf103 PMID:40581066	研究论文	开发了一种名为DIRECT LS-TA的新型比率生物标志物，用于直接从外周血中定量单核细胞特异性基因表达，无需细胞分选	提出了无需细胞分选即可定量单核细胞特异性基因表达的新方法，并鉴定了两个新的单核细胞参考基因PSAP和CTSS	方法在多数据集中的验证结果未提及样本的具体多样性或潜在的混杂因素	开发一种直接从外周血中定量单核细胞特异性基因表达的方法，用于细菌感染的检测	外周血中的单核细胞	基因表达分析	细菌感染	单细胞RNA测序的替代方法，比率生物标志物分析	数学模型的ICEBERG图	基因表达数据	多个数据集，具体样本数量未明确说明
68	2025-07-02	dbscATAC: a resource of single-cell super-enhancers/enhancers and gene markers derived from scATAC-seq data 2025-Jun-23, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf364 PMID:40581357	研究论文	介绍了一个名为dbscATAC的单细胞数据库，用于注释来自scATAC-seq数据的超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用	开发了一个综合资源，能够对顺式调控元件及其动态增强子-基因联系进行细胞类型特异性注释，填补了scATAC-seq领域的空白	NA	促进单细胞表观基因组学中增强子景观、基因调控和细胞类型特异性特征的探索	来自13个物种的1,668,076个单细胞	生物信息学	NA	scATAC-seq	改进的机器学习算法	单细胞表观遗传数据	1,668,076个单细胞，涵盖13个物种的1,028种组织/细胞类型
69	2025-07-02	SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat 2025-Jun-23, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf358 PMID:40581358	research paper	介绍了一个名为SeuratIntegrate的R包，旨在扩展Seurat用户的集成方法选择，并提供一个全面的工具箱用于比较集成分析	开发了一个开源R包SeuratIntegrate，扩展了Seurat的集成方法，包括基于Python的方法，同时完全在R环境中运行，并提供了集成基准测试、自动化Python环境管理、跨语言对象转换以及分数处理和可视化工具	未提及具体的性能对比结果或在实际数据集上的应用效果	支持更有效和灵活的单细胞数据集成工作流程	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
70	2025-07-02	Shedding light on patterns of unconventional expression of opsin genes in Hydra vulgaris 2025-Jun-23, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf100 PMID:40581592	研究论文	本研究通过分析Hydra vulgaris的单细胞RNA测序和ATAC测序数据，探讨了视蛋白基因在神经元和非神经元细胞类型中的非传统表达模式	揭示了Hydra vulgaris中视蛋白基因在非神经元细胞类型中的广泛表达及其在细胞分化状态中的多样性，为视蛋白在非传统光感受功能中的作用提供了新见解	研究主要基于已发表的测序数据，缺乏实验验证	探究刺胞动物中非神经元视蛋白表达的普遍性及其潜在功能	Hydra vulgaris（水螅）	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, ATAC测序	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	NA
71	2025-07-02	SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets 2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.29.646124 PMID:40236135	research paper	提出了一种名为SpaceBF的贝叶斯融合建模框架，用于在空间组学数据集中进行空间共表达分析	首次引入贝叶斯融合建模框架，用于同时估计局部和全局水平的分子共表达，提供了对细胞间通讯的更精细理解	未提及具体的样本量限制或技术限制	开发一种更强大的方法来检测分子对之间的空间变化共表达	空间转录组学和质谱成像数据中的分子（基因、肽、脂质、N-聚糖）	空间组学	多种癌症	空间转录组学, 质谱成像	Bayesian fused modeling framework (SpaceBF)	空间组学数据	NA
72	2025-07-02	Plasmablast-like lymphoma cells as a distinct subpopulation confers multidrug resistance in PCNSL 2025-Jun-21, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf154 PMID:40580931	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和B细胞受体测序等方法，揭示了原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中浆母细胞样淋巴瘤细胞（PBLCs）的独特亚群及其在多药耐药中的作用	首次在PCNSL中鉴定出PBLCs这一独特B细胞亚群，并阐明其通过特定基因表达模式导致多药耐药的分子机制	样本量相对有限（56例患者），且PBLCs在肿瘤中的比例较低（1.3%-8.1%）	探究PCNSL的分子特征和多药耐药机制	56例新诊断的PCNSL患者的肿瘤样本	肿瘤生物学	淋巴瘤	单细胞转录组学、B细胞受体测序、转录组信息多重免疫组化、离体药物反应试验	NA	转录组数据、免疫组化数据、药物反应数据	56例PCNSL患者活检样本
73	2025-07-02	Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression 2025-Jun-20, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.004 PMID:40578359	研究论文	通过空间蛋白质组学和转录组学分析，揭示了卵巢交界性肿瘤及其侵袭性进展的分子景观	整合细胞类型分辨的空间蛋白质组学和转录组学，阐明了从SBT到LGSC及其转移的演变过程，并验证了16个药物靶点	研究样本可能有限，且未详细讨论所有潜在的治疗靶点	理解卵巢交界性肿瘤（SBT）向低级别浆液性癌（LGSC）的转化机制	上皮性浆液性交界性肿瘤（SBT）及其侵袭性进展为低级别浆液性癌（LGSC）的过程	数字病理学	卵巢癌	空间蛋白质组学和转录组学	NA	蛋白质组和转录组数据	未明确提及具体样本数量
74	2025-07-02	[Analysis of the number, type, and functional heterogeneity of senescent cells in the radiation-induced skin wounds in mice] 2025-Jun-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn501225-20240604-00209 PMID:40588406	研究论文	本研究通过实验和生物信息学分析，探讨了辐射诱导小鼠皮肤伤口中衰老细胞的数量、类型及功能异质性	揭示了辐射诱导皮肤损伤中衰老细胞的积累与辐射剂量和时间的关系，以及不同类型衰老细胞的功能和SASP表达谱的差异	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且样本量相对有限	研究辐射诱导皮肤伤口中衰老细胞的特性和功能	p16转基因小鼠和健康大鼠的皮肤组织	生物医学	皮肤损伤	免疫荧光法、流式细胞术、生物信息学分析	NA	实验数据和单细胞转录组测序数据	49只p16转基因小鼠（40只用于实验，9只用于流式细胞术）和公开的大鼠单细胞转录组数据
75	2025-07-02	Tumoroid model recreates clinically relevant phenotypes of high grade serous ovarian cancer (HGSC) cells, carcinoma associated fibroblasts, and macrophages 2025-Jun-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6614892/v1 PMID:40585272	研究论文	该研究开发了一种异质性三组分肿瘤模型，用于模拟高级别浆液性卵巢癌（HGSC）的临床相关表型，包括癌细胞、癌相关成纤维细胞和巨噬细胞的相互作用	创新性地构建了包含HGSC细胞、原代MSC和U937来源的M2样巨噬细胞的异质性三组分肿瘤模型，能够重现HGSC的关键表型，如化疗抗性、癌症干细胞富集、迁移、侵袭和上皮间质转化	研究中仅使用了三种HGSC细胞系（OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8），可能无法完全代表HGSC的异质性	研究高级别浆液性卵巢癌（HGSC）微环境中癌细胞、癌相关成纤维细胞和巨噬细胞的相互作用及其对化疗抗性和肿瘤进展的影响	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）细胞、癌相关成纤维细胞（CAFs）和巨噬细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	3D异质性三组分肿瘤模型	RNA测序数据、流式细胞数据	使用了三种HGSC细胞系（OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8）、原代MSC和U937来源的M2样巨噬细胞
76	2025-07-02	SOX2 regulates foregut squamous epithelial homeostasis and is lost during Barrett's esophagus development 2025-Jun-19, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI190374 PMID:40587339	研究论文	本研究探讨了SOX2在前肠鳞状上皮稳态中的作用及其在Barrett食管发展中的缺失	建立了人类BE类器官生物库，揭示了BE分化中SOX2和CDX2转录因子的平衡作用，并通过小鼠模型验证了SOX2在鳞状上皮分化中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外类器官，人类样本的验证仍需进一步研究	探究Barrett食管（BE）发展的分子机制，特别是SOX2在前肠鳞状上皮稳态中的作用	人类BE类器官和小鼠模型	分子生物学	食管腺癌	单细胞转录组学、CUT&RUN分析	小鼠模型（Krt5CreER/+; Sox2∆/∆; ROSA26tdTomato/+）	转录组数据、组织分析数据	人类BE类器官生物库和小鼠模型
77	2025-07-02	Single-cell transcriptomic and chromatin dynamics of the human brain in PTSD 2025-Jun-18, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09083-y PMID:40533550	研究论文	该研究通过单细胞转录组和染色质动态分析，揭示了创伤后应激障碍（PTSD）在人脑中的分子调控机制	首次在单细胞水平上详细描述了PTSD相关的神经元和非神经元细胞类型的基因表达变化和转录调控因子，并发现了与糖皮质激素信号、GABA能传递和神经炎症相关的基因和通路	研究样本均为死后收集的人脑组织，可能无法完全反映活体状态下的分子变化	揭示PTSD在人脑中的细胞特异性分子调控机制	111个人类大脑的背外侧前额叶皮层中的超过两百万个细胞核	神经科学	创伤后应激障碍	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据	111个人类大脑的超过两百万个细胞核
78	2025-07-02	Morphodynamics of human early brain organoid development 2025-Jun-18, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09151-3 PMID:40533563	研究论文	本研究通过长期活体光片显微镜技术，探索了人类早期脑类器官发育的形态动力学	提出了一种新颖的双通道、多马赛克和多蛋白标记策略，结合计算去复用方法，实现了类器官发育过程中不同亚细胞特征的同步量化	研究主要依赖于体外培养的脑类器官模型，可能与体内真实脑发育存在差异	研究人类脑发育的机制和自我组织过程	人类诱导多能干细胞生成的脑类器官	发育生物学	NA	光片显微镜、单细胞转录组测序	NA	图像、转录组数据	未明确提及具体样本数量，使用荧光标记的人类诱导多能干细胞生成的脑类器官
79	2025-07-02	A statistical framework for inferring genetic requirements from embryo-scale single-cell sequencing experiments 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.03.646654 PMID:40236139	研究论文	本文介绍了一个统计框架和两个软件工具（Hooke和Platt），用于从胚胎尺度的单细胞测序实验中推断遗传需求	利用单细胞数据集中的丰富统计模式来表征实验扰动的直接分子和细胞后果，并揭示了命运决定转录因子的新作用	需要处理包含数百万个细胞和数千个样本的数据集，计算挑战较大	推断遗传需求并揭示细胞在脊椎动物发育程序中如何依赖基因和彼此	斑马鱼胚胎的单细胞图谱	生物信息学	NA	单细胞测序	统计框架	单细胞测序数据	数千个斑马鱼胚胎的数百万个细胞
80	2025-07-02	HLA-DQB1*03:01 strongly affects age of onset of type 1 narcolepsy independently of DQA1 and ethnicity 2025-Jun-16, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.06.14.25328971 PMID:40585110	研究论文	本研究探讨了HLA-DQB1*03:01对1型发作性睡病发病年龄的影响，并进行了首个跨种族研究	首次跨种族研究HLA-DQB1*03:01对发作性睡病发病年龄的影响，发现该基因独立于DQA1和种族背景显著影响发病年龄	尚未确定导致疾病的T细胞，病理生理学机制仍需进一步研究	探究HLA-DQB1*03:01对1型发作性睡病发病年龄的影响	5,339例来自中国、欧洲、韩国、日本和美国的1型发作性睡病患者	遗传学	发作性睡病	GWAS, HIBAG, RNA-seq	NA	基因数据	5,339例患者（来自5个国家）