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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
61 2026-10-10
scCGC2T: Curriculum-Guided Contrastive Co-Training Framework for scRNA-Seq Data Clustering
2026 Sep-Oct, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 提出了一种课程引导的对比协同训练框架(scCGC²T),用于单细胞RNA测序数据聚类,通过双分支架构和渐进式课程学习策略动态过滤伪标签,以缓解错误累积问题。 设计了双分支架构进行跨视图对比协同训练,以增强对scRNA-seq数据的表示能力;引入渐进式课程学习策略动态过滤伪标签,使用静态阈值的高置信度样本进行初始训练,再基于动态阈值引导,逐步纳入低置信度样本,从而减轻噪声干扰。 摘要中未明确提及研究的局限性。 解决现有scRNA-seq数据聚类方法因静态阈值生成的错误伪标签导致训练过程中错误累积的问题,提高聚类性能和泛化能力。 单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据。 机器学习 NA 单细胞RNA测序 对比协同训练框架 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
62 2026-10-10
Cell Type-Specific Isoform Function Prediction by Multiplex Heterogeneous Network
2026 Sep-Oct, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 该文章提出了cIsoFun,一个多模态融合框架,用于从单细胞转录组数据中预测细胞类型特异性的异构体功能 利用预训练的ESM-2和BERT模型提取序列特征,构建基因、异构体、GO术语和细胞类型的多重异质网络,并应用关系感知注意力机制整合多模态信息 未明确提及 预测细胞类型特异性的异构体功能,以理解细胞多样性和发育 单细胞转录组数据中的异构体 机器学习 肾癌, 皮肤癌 单细胞转录组学 ESM-2, BERT, 关系感知注意力机制 序列数据, 网络数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
63 2026-10-10
Single-Cell Transcriptomics Reveals the Immune Pathogenesis of Isolated Coronary Arteritis Presenting as Refractory In-Stent Restenosis
2026-Sep, JACC. Basic to translational science
研究论文 通过对再发支架内再狭窄(RISR)患者冠脉病变处血样进行单细胞RNA测序,揭示单核细胞AP-1信号通路在孤立性冠脉炎导致难治性支架内再狭窄中的免疫致病机制 首次在再发支架内再狭窄患者中通过单细胞转录组学揭示单核细胞AP-1转录活性上调是核心特征,并阐明CCL5-CCR1/p38 MAPK轴驱动AP-1激活、促进促炎因子释放及VSMC增殖表型转换的新机制,同时通过单核细胞特异性Fos敲低小鼠模型验证了其因果关系 未明确提及 阐明难治性复发性支架内再狭窄的细胞和分子机制,以促进潜在治疗靶点的发现 RISR患者和非ISR对照者的冠脉罪犯病变血样,以及单核细胞特异性Fos敲低小鼠颈动脉导丝损伤模型 数字病理学, 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 体外功能实验, 单核细胞-VSMC共培养, 小鼠颈动脉导丝损伤模型 NA 文本, 图像 RISR患者和非ISR对照者的冠脉血样(具体数量未提及),独立临床样本,小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
64 2026-10-10
A developmental single-cell atlas of the Drosophila visual system glia reveals cell type diversification and subcellular mRNA compartmentalization
2026-09, PLoS biology IF:7.8Q1
研究论文 该研究通过分析两个大规模单细胞mRNA测序图谱,全面注释了发育中果蝇视觉系统的胶质细胞,揭示了胶质细胞类型的多样化及亚细胞mRNA区室化 发现了神经毡胶质细胞在蛹期分化为鞘胶质细胞和星形胶质样细胞两种类型,并鉴定出调控该分化的遗传标记;意外发现胶质细胞胞体与突起的转录组存在差异,突起中富集特定mRNA并在体内验证;提出了一种新的计算方法来鉴定差异定位于胞体或细胞突起的mRNA种类 摘要中未明确提及研究局限性 全面理解果蝇视觉系统胶质细胞的发育过程和功能,揭示胶质细胞多样性的产生机制及亚细胞mRNA定位特征 发育中的果蝇视觉系统胶质细胞,涵盖幼虫至成虫阶段 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 文本 两个大规模单细胞mRNA测序图谱中的胶质细胞,涵盖幼虫至成虫阶段 NA 单细胞RNA-seq NA NA
65 2026-10-10
FZD7 Shapes Mitochondrial Function and Oxidative Stress in Hepatocellular Carcinoma: A Potential Prognostic Biomarker
2026 Sep-Oct, BioFactors (Oxford, England)
研究论文 该研究整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,识别肝细胞癌中氧化应激与线粒体代谢相关基因,构建预后模型并验证关键基因FZD7的功能 首次基于氧化应激与线粒体代谢相关基因构建肝细胞癌预后模型,并通过单细胞测序揭示C1/C2两种亚型的差异特征,同时实验验证FZD7对线粒体功能和氧化应激的调控作用 摘要中未明确说明研究的局限性,可能包括样本量有限、缺乏前瞻性验证以及FZD7具体分子机制的深入探讨不足 识别肝细胞癌中氧化应激与线粒体代谢相关的可靠预后生物标志物,并探索其作为治疗靶点的潜力 肝细胞癌患者的肿瘤样本及肝癌细胞系 机器学习 肝癌 bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq LASSO回归 文本, 图像 NA NA single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
66 2026-10-10
Single-cell marker gene clustering: A unified deep learning framework for marker gene-based clustering of single-cell RNA-sequencing data
2026-Sep, Quantitative biology (Beijing, China)
研究论文 本文提出了scMGC,一个统一的深度学习框架,将去噪自编码器与多方法标记基因选择相结合,用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 首次提出整合去噪自编码器与多方法标记基因选择的统一框架,通过统一的标记基因评分系统平衡多种方法的贡献,实现了更准确、稳定且可解释的细胞亚群聚类 摘要中未明确提及该研究的局限性 解决单细胞RNA测序数据中高 dropout 率导致的稀疏和噪声表达数据问题,提高细胞聚类分析的准确性、稳定性和可解释性 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群 机器学习 NA 单细胞RNA测序 去噪自编码器、图聚类 基因表达数据 7个单细胞RNA测序数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
67 2026-10-10
Comparison of the biological effects of various radiation therapies for keloids by single-cell RNA sequencing reveals IRF1 as a novel target in keloid therapy
2026-Sep, Fundamental research IF:5.7Q1
研究论文 通过对接受三种放射治疗的原代瘢痕疙瘩成纤维细胞进行单细胞RNA测序,比较不同放射治疗的生物学效应,并揭示IRF1作为瘢痕疙瘩治疗的新靶点 首次在单细胞分辨率下比较不同放射治疗方式对瘢痕疙瘩成纤维细胞的分子改变和驱动转录因子,发现IRF1受SSBP1调控并可作为瘢痕疙瘩治疗的新靶点 仅使用原代瘢痕疙瘩成纤维细胞进行体外实验,缺乏体内动物模型和临床样本验证 比较不同放射治疗方式对瘢痕疙瘩的生物学效应并探索其分子机制 原代瘢痕疙瘩成纤维细胞 单细胞组学 瘢痕疙瘩 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
68 2026-10-10
Characterization of erythroblastic island and tissue macrophages using a novel CD169-tdTomato-Cre mouse model and scRNA-seq
2026-Sep, Blood red cells & iron
研究论文 该研究构建了CD169-tdTomato-Cre小鼠模型,并结合单细胞RNA测序、流式细胞术和细胞离心涂片分析,表征了红系岛巨噬细胞和各组织巨噬细胞的差异 首次构建了双功能CD169-tdTomato-Cre小鼠模型,可直接监测CD169表达并实现巨噬细胞特异性Cre重组,揭示了不同组织巨噬细胞在红细胞吞噬和铁回收方面 previously unknown 的差异 摘要中未明确提及研究局限性 研究巨噬细胞在红细胞生成和铁回收中的作用,以及不同组织巨噬细胞的差异 CD169-tdTomato-Cre小鼠模型、骨髓巨噬细胞、脾脏巨噬细胞、肝脏巨噬细胞、肺巨噬细胞等组织巨噬细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序、流式细胞术、细胞离心涂片分析 NA 基因表达数据、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
69 2026-10-10
From descriptive to generative: foundation-model approaches for spatial transcriptomics
2026-Sep-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
综述 本文提出了一个统一的概念框架“细胞如词,组织如句”,探讨大语言模型及其他基础模型方法如何应用于空间转录组学,以表征组织的空间组织 提出了“细胞如词,组织如句”的统一概念框架,将大语言模型和基础模型的上下文学习与生成能力应用于空间转录组学,并系统整合了Transformer、Mamba/状态空间模型及扩散模型在空间域识别、细胞间相互作用推断和跨模态对齐等任务中的应用 需要对扰动推断和时空推断进行严格验证 探讨基础模型方法(大语言模型等)如何从描述性分析转向生成性建模,以应用于空间转录组学的组织空间组织表征 空间转录组学数据及其相关的组织空间组织分析任务 空间转录组学 NA 空间转录组学 Transformer, Mamba/状态空间模型, 扩散模型 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
70 2026-10-10
HESTIA: scalable multimodal integration of histology and high-resolution spatial Transcriptomics for robust spatial domain identification
2026-Sep-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出HESTIA算法,用于大规模高分辨率空间组学数据中组织学与空间转录组的多模态整合,以识别空间域 通过规避内存密集计算,HESTIA能高效处理现有算法因内存限制而失败的大规模数据集,并在聚类准确性和空间连续性上超越现有方法 摘要未明确提及 实现组织学与高分辨率空间转录组学的可扩展多模态整合,以鲁棒地识别空间域 大规模高分辨率空间组学数据,包括肺癌和结直肠癌病理样本 数字病理学 肺癌, 结直肠癌 空间转录组学 NA 图像, 文本 大规模病理样本(肺癌和结直肠癌) NA NA NA NA
71 2026-10-10
GPCR signaling systems facilitate precision interventions for multi-oncology therapy
2026, Frontiers in systems biology
综述 本文综述了以GPCR信号系统为核心的精准肿瘤学框架,整合NGS、单细胞转录组学、液体活检和AI驱动的网络建模,用于多种肿瘤的治疗干预 提出将GPCR作为精准肿瘤学中未被充分利用的致癌信号轴,结合实时肿瘤监测和AI优化的适应性治疗,实现治疗中重新校准以克服耐药性 未涉及具体临床验证数据,缺乏大规模前瞻性临床试验结果支持GPCR靶向治疗的实际疗效 探讨GPCR信号系统在精准肿瘤学中的应用,提出以GPCR为中心的精准干预框架用于多种肿瘤治疗 实体瘤和血液系统恶性肿瘤中的GPCR信号通路 机器学习 肺癌 NGS, 单细胞转录组学, 液体活检, 循环肿瘤RNA, 外泌体miRNA, 循环肿瘤细胞 NA 文本 NA NA single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
72 2026-10-10
Cardio-oncology-relevant programmes in the cervical cancer tumour microenvironment: an exploratory multi-omics and endothelial-cell study
2026, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2
研究论文 该研究重新分析了宫颈癌单细胞、空间转录组和TCGA数据,探讨宫颈肿瘤微环境中与心血管肿瘤学相关的血管生成、内皮、炎症、T细胞耗竭及TGF-β/纤维化程序 首次从心血管肿瘤学角度系统探索宫颈癌肿瘤微环境中五类相关转录程序,并整合单细胞、空间转录组、TCGA及内皮细胞药理学数据进行多层次分析 公共宫颈癌转录组数据集不含心脏组织或判定的心血管毒性结局,肿瘤微环境表达本身无法确立心脏易感性机制;空间转录组每种组织学仅一个样本且无切片坐标,无法进行组水平空间推断;TCGA-CESC无心血管毒性终点;内皮实验仅显示预期通路反应和药理阻断,非治疗诱导的心脏毒性 探究宫颈组织是否含有与心血管肿瘤学生物学相关的血管生成、内皮、炎症、T细胞耗竭及TGF-β/纤维化程序 宫颈组织样本(包括HPV阴性健康宫颈、HPV阳性组织学正常宫颈、高度鳞状上皮内病变、鳞状细胞癌和腺癌)、TCGA-CESC原发肿瘤、HUVEC和HAEC内皮细胞 数字病理学 宫颈癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、qRT-PCR Harmony整合、配体-受体表达乘积评分、模块评分、置换检验 图像、文本 9个单细胞RNA测序样本共74457个细胞、4个Visium空间转录组样本、304个TCGA-CESC原发肿瘤 10x Genomics 单细胞RNA测序、空间转录组学 10x Chromium、10x Visium 10x Chromium单细胞RNA测序、10x Visium空间转录组
73 2026-10-10
Integrated bioinformatics and single-cell transcriptomics identify mitochondrial dysfunction-driven biomarkers for preeclampsia diagnosis
2026, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2
研究论文 本研究结合生物信息学与单细胞转录组学,识别出与线粒体功能障碍相关的先兆子痫诊断生物标志物 整合了多种生物信息学方法与单细胞转录组学,首次系统性地识别出线粒体功能障碍驱动的先兆子痫关键基因(SOD1、ACSF2、ABAT、ACSS1、ALDH4A1、PDHA1)并构建诊断模型 样本量有限,未来需要在更大规模人群中验证这些基因的临床潜力 识别有效的先兆子痫生物标志物和治疗靶点,探索线粒体功能障碍在先兆子痫中的作用 先兆子痫患者 机器学习 先兆子痫 RT-qPCR,单细胞转录组学,生物信息学分析 机器学习算法 基因表达数据,图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
74 2026-10-10
Multi-omics integration identifies Acsm2/ACSM2A deficiency as a metabolic driver of ZBP1-mediated PANoptosis in acute kidney injury
2026, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 该研究通过整合三种小鼠急性肾损伤(AKI)模型的转录组学、单细胞RNA测序、高维加权基因共表达网络分析和机器学习特征选择,发现Acsm2/ACSM2A缺失是ZBP1介导的PANoptosis的代谢驱动因素。 首次通过多组学整合策略将Acsm2/ACSM2A鉴定为AKI中保守的核心抑制基因,并揭示其缺失通过线粒体氧化应激和Z型核酸积累触发ZBP1依赖的PANoptosis,提出ACSM2A-ZBP1轴作为AKI向CKD转化过程的潜在治疗靶点。 摘要未明确提及研究局限性,但基于研究设计可推测:研究主要在细胞和小鼠模型中进行,人体临床验证有限;PANoptosis的具体分子机制及ACSM2A-ZBP1轴的上下游调控网络仍需进一步阐明。 探究代谢衰竭与炎症性细胞死亡之间的分子联系,阐明Acsm2/ACSM2A在急性肾损伤中调控细胞死亡的具体机制。 三种机制不同的小鼠AKI模型、小鼠肾组织近端小管细胞、人HK-2细胞(经氧糖剥夺/复氧处理)。 机器学习 急性肾损伤 转录组学、单细胞RNA-seq、高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)、机器学习特征选择 机器学习特征选择模型 基因表达数据、图像 NA NA 单细胞RNA-seq、bulk转录组学 NA NA
75 2026-10-10
UPF1-dependent glycolysis driven by LINC00887 facilitates macrophage M2 polarization in clear cell renal cell carcinoma
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 该研究发现LINC00887通过抑制UPF1增强糖酵解活性,诱导M2巨噬细胞极化,并削弱CD8+ T细胞的抗肿瘤能力,从而促进透明细胞肾细胞癌的恶性进展 首次揭示LINC00887通过抑制UPF1调控有氧糖酵解,进而诱导M2巨噬细胞极化并损害CD8+ T细胞抗肿瘤功能的机制,为ccRCC的免疫代谢调控提供了新视角 摘要中未提及具体的样本量信息及研究的局限性 探究LINC00887和UPF1在透明细胞肾细胞癌中的表达特征及其与糖酵解活性和M2巨噬细胞浸润的相关性,并阐明其分子机制 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)细胞、巨噬细胞、CD8+ T细胞及原位肿瘤模型 数字病理学, 机器学习 肾癌 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 免疫印迹, 流式细胞术, LDH释放实验 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
76 2026-10-10
CauSTI: causal spatial transcriptomic interaction inference for cell-cell communication
2026, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 该文提出CauSTI框架,通过因果先验引导的变分图自编码器,从空间转录组数据中推断方向特异性的细胞间通讯 将空间邻域结构与配体-受体衍生的因果先验相结合,并通过非对称解码器显式建模有序细胞对之间的发送者-接收者方向性关系 仅在seqFISH+、MERSCOPE和Xenium三个空间转录组数据集上进行了验证,未涉及其他平台或更广泛的生物学场景 推断空间转录组数据中具有方向特异性的细胞间通讯 空间转录组数据中的细胞间通讯 空间转录组学 NA 空间转录组学 变分图自编码器 空间转录组数据、图像 三个空间转录组数据集(seqFISH+、MERSCOPE和Xenium) NA 空间转录组学 seqFISH+, MERSCOPE, Xenium seqFISH+、MERSCOPE和Xenium三个空间转录组平台数据集
77 2026-10-10
Integrative Transcriptomic and Genetic Analysis Prioritizes IRF1 as a Candidate Regulatory Gene Associated with Ulcerative Colitis
2026, Journal of inflammation research IF:4.2Q2
研究论文 该研究通过整合转录组学和遗传学分析,将IRF1优先确定为与溃疡性结肠炎相关的候选调控基因 采用eQTL-based SMR框架整合UC GWAS数据与血液eQTL数据,结合bulk转录组、WGCNA、免疫浸润分析、单细胞RNA测序及DSS诱导小鼠实验,多维度优先筛选并刻画UC候选基因 使用了血液来源的eQTL数据,动物实验仅为小样本探索性评估,研究结果属于假设生成性质,仍需进一步功能验证 优先筛选与溃疡性结肠炎相关的候选基因,并利用整合转录组与遗传学框架刻画其潜在遗传及免疫相关分子背景 溃疡性结肠炎患者转录组数据、UC GWAS数据、血液eQTL数据、DSS诱导结肠炎小鼠 机器学习 溃疡性结肠炎 bulk RNA-seq, eQTL分析, SMR, GWAS, 单细胞RNA测序 WGCNA, CIBERSORT, SMR 转录组数据, 基因组数据, 文本 发现队列GSE87466,三个独立转录组队列用于外部验证,以及一个小型DSS诱导结肠炎小鼠实验 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
78 2026-10-10
Repurposing Nilotinib as a Selective P38β Inhibitor in Hematopoietic Malignancies: Clinical Evidence and Mechanistic Insights
2025, Journal of clinical haematology
研究论文 本文通过高通量筛选发现尼洛替尼是一种选择性p38β抑制剂,并研究其在血液恶性肿瘤中的机制及治疗意义 首次发现尼洛替尼可作为选择性p38β抑制剂(对p38β的选择性约为p38α的25倍),并揭示其抑制p38β会导致p38γ的代偿性激活,进而驱动上皮-间质转化(EMT)和潜在毒性,提出联合p38γ抑制剂可增强疗效并降低毒性 尼洛替尼抑制p38β的同时激活p38γ,可能降低治疗选择性;在Ph+ CML中毒性较高,在非CML癌症中存在脱靶效应 识别选择性p38β抑制剂并研究其在血液恶性肿瘤中的机制和治疗意义 皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)细胞、白血病细胞、FDA已批准化合物、临床试验及公共数据集 机器学习 血液恶性肿瘤 高通量筛选、体外激酶实验、Western blot、scRNA-seq、协同实验、质谱分析 NA 文本、图像 NA NA single-cell RNA-seq NA NA
79 2026-10-09
Spatial multi‑omics identifies an SPP1+ macrophage‑driven anti‑apoptotic niche in osteoarthritis synovium via the SPP1‑CD44 axis
2026-11, International journal of molecular medicine IF:5.7Q1
研究论文 该研究通过空间转录组学、单细胞RNA测序和凋亡模型,揭示了骨关节炎滑膜中SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44轴驱动抗凋亡微环境,从而维持持续性滑膜炎 首次通过空间多组学揭示了骨关节炎滑膜中TGF-β富集的微环境中SPP1+巨噬细胞在衰老滑膜成纤维细胞旁扩增,并发现SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44信号轴直接抑制炎症性巨噬细胞凋亡,同时通过CCL3分泌招募额外髓系细胞,这与既往报道的促纤维化作用不同 研究主要基于小鼠OA模型,人类骨关节炎滑膜中的验证尚不充分,SPP1-CD44轴的具体分子机制及候选化合物的临床转化仍需进一步验证 探究骨关节炎滑膜中调控凋亡通路的巨噬细胞功能亚群及其空间微环境,阐明持续性滑膜炎的机制 骨关节炎滑膜中的巨噬细胞亚群及其空间微环境 空间多组学 骨关节炎 空间转录组学、单细胞RNA测序 NA 图像、文本 NA NA 空间转录组学、单细胞RNA测序 NA NA
80 2026-10-09
Mitochondrial transcript abundance in breast cancer circulating tumour cells may reflect both blood-derived transcripts and biological heterogeneity
2026-Oct-05, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2
研究论文 该研究分析了349个乳腺癌循环肿瘤细胞和129个白细胞的RNA-Seq数据,评估线粒体转录本比例作为单细胞转录组质量指标的可靠性 首次系统评估循环肿瘤细胞中线粒体转录本含量的分布特征,揭示其受血液来源转录本污染和肿瘤细胞内在生物学过程双重影响 循环肿瘤细胞鉴定标准不统一,不同富集方法间存在显著差异,样本来源和方法学异质性可能影响结论的普适性 评估线粒体转录本比例是否可作为循环肿瘤细胞单细胞转录组质量的可靠独立指标 乳腺癌循环肿瘤细胞和白细胞 数字病理学 乳腺癌 RNA-Seq NA 文本 349个乳腺癌循环肿瘤细胞和129个白细胞 NA bulk RNA-seq NA NA
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