单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 45642 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-11-11 |
A progenitor-exhausted (Tpex)-like CD8+ T-cell compartment extends across axillary lymphatic basin beyond sentinel lymph nodes in breast cancer
2026-Oct-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
|
研究论文 | 该研究整合单细胞转录组、TCR分析和流式细胞术，在乳腺癌患者中探究了Tpex样CD8+ T细胞区室在腋窝哨兵淋巴结及下游非哨兵未受累淋巴结中的分布和克隆特征 | 首次揭示转录组定义的C00 Tpex样CD8+ T细胞区室跨越哨兵淋巴结广泛分布于整个腋窝淋巴 basin，并发现其克隆型与肿瘤浸润淋巴细胞共享，为腋窝降阶梯治疗的免疫学依据提供框架 | 样本量有限（15例患者），蛋白水平鉴定的TCF7+PD-1+TOX+祖样表型群体未假定与C00转录组簇完全等同，需进一步功能验证 | 探究乳腺癌中未受累腋窝淋巴结是否广泛存在转录组定义的Tpex样CD8+ T细胞区室，而非仅局限于哨兵淋巴结 | 15例乳腺癌患者的哨兵及下游非哨兵未受累腋窝淋巴结组织及细胞 | 单细胞组学、肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序、配对TCR分析、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、TCR序列数据、流式细胞术数据 | 15例患者，共163,600个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2026-11-11 |
Molecular subtyping of brain metastasis-related genes in lung adenocarcinoma via scRNA-seq and bulk RNA-seq integration: A focus on TPX2
2026-Oct-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
|
研究论文 | 该研究整合单细胞和bulk转录组数据，构建肺腺癌脑转移相关基因的分子亚型，并验证关键分子TPX2在脑转移中的功能和机制 | 整合scRNA-seq与bulk RNA-seq数据建立脑转移相关基因的分子分型系统，并首次系统阐明TPX2通过c-MYC/EMT通路促进非小细胞肺癌脑转移 | 体外实验仅基于H1299和PC9-BrM细胞系，缺乏体内动物模型验证；分子分型系统的临床适用性仍需大规模独立队列验证 | 建立非小细胞肺癌脑转移患者的分子分型系统以预测生存，并识别驱动脑转移的关键分子及其机制作为潜在治疗靶点 | 非小细胞肺癌脑转移患者样本及H1299和PC9-BrM细胞系 | 数字病理, 机器学习 | 肺癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, 共识聚类, Western blotting | 共识聚类模型 | 基因表达数据（转录组数据）, 文本 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2026-11-11 |
Rare and common genetic variants shape single-cell immune gene expression
2026-Oct-28, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-10721-2
PMID:42951973
|
研究论文 | 该研究利用来自1925个个体的超过500万个细胞的单细胞RNA测序数据和匹配的全基因组测序数据，绘制了28种免疫细胞类型中常见和罕见遗传变异对基因表达的影响 | 利用大规模单细胞RNA测序数据检测罕见和低频遗传变异对细胞特异性基因表达的影响，采用直接建模单细胞而非伪批量的方法提高检测效力，并开发框架确定单细胞eQTL的细胞类型特异性程度 | 研究仅涉及28种免疫细胞类型，样本量有限（1925个个体），可能无法全面代表所有细胞类型和人群的遗传调控机制 | 理解基因表达的遗传基础，揭示复杂性状和疾病的调控机制 | 1925个个体的28种免疫细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，全基因组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据，全基因组测序数据 | 1925个个体的超过500万个细胞，涵盖28种免疫细胞类型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 64 | 2026-11-11 |
Genetic variants shape single-cell chromatin accessibility and disease risk
2026-Oct-28, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-11173-4
PMID:42951970
|
研究论文 | 该研究对1042名供者的350万外周血单个核细胞进行单细胞ATAC测序并结合全基因组测序，系统解析遗传变异如何塑造单细胞染色质可及性及其与疾病风险的关联 | 构建了大规模单细胞多组学数据资源，鉴定出24万余个染色质可及性数量性状位点，其中60%具有细胞类型特异性；发现caQTL与eQTL联合可显著提升GWAS信号共定位比例；揭示细胞状态对遗传效应的调控作用；并训练图神经网络整合eQTL与caQTL层推断峰-基因连接 | 摘要未明确说明研究局限性 | 在单细胞分辨率下阐明遗传变异如何塑造基因调控并影响复杂疾病机制 | 1042名供者的外周血单个核细胞 | 单细胞多组学、基因组学 | 炎症性肠病、复杂疾病 | 单细胞ATAC测序、全基因组测序、单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 单细胞染色质可及性数据、基因组变异数据、单细胞基因表达数据 | 350万个外周血单个核细胞（1042名供者）用于scATAC-seq；540万个外周血单个核细胞用于scRNA-seq | NA | 单细胞ATAC测序、单细胞RNA测序、全基因组测序 | NA | NA |
| 65 | 2026-11-11 |
Tandem repeat variation shapes immune cell type-specific gene expression
2026-Oct-28, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-10438-2
PMID:42951975
|
研究论文 | 该研究通过对1925名个体超过540万个血液来源细胞进行全基因组和单细胞RNA测序，结合922名个体超过340万个细胞核的单细胞ATAC-seq数据，系统解析了超过170万个串联重复位点变异对免疫细胞类型特异性基因表达的影响。 | 首次在全基因组和多组学层面系统揭示串联重复变异对免疫细胞类型特异性基因表达的调控作用，鉴定了超过69,000个单细胞eQTL，其中30.7%为细胞类型特异性，并通过共定位分析将TRs与免疫和血液学性状的遗传关联联系起来。 | 研究主要基于血液来源细胞，未涵盖其他组织或器官中的免疫细胞；TR基因分型仍存在技术挑战，可能遗漏部分复杂或长串联重复；研究人群局限于两个队列，跨人群普适性有待验证。 | 表征串联重复变异对人类免疫细胞类型特异性基因表达的影响，并解析其在复杂性状遗传结构中的作用。 | 两个队列中1925名个体的血液来源细胞（超过540万个细胞用于scRNA-seq，922名个体超过340万个细胞核用于scATAC-seq）。 | 机器学习, 基因组学, 单细胞组学 | 免疫系统疾病, 血液疾病 | 全基因组测序, 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | 基因组变异数据, 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 1925名个体的超过540万个血液来源细胞（scRNA-seq）；922名个体的超过340万个细胞核（scATAC-seq）；超过170万个TR位点 | NA | 全基因组测序, 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 66 | 2026-11-11 |
Oxidative Stress Potentiates a STAT1-APOL1 Feedforward Loop and Governs Disease Severity in APOL1-Mediated Kidney Disease
2026-Oct-20, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2026.09.025
PMID:42901322
|
研究论文 | 该研究通过新型APOL1转基因小鼠模型结合空间转录组学揭示氧化应激驱动的STAT1-APOL1正反馈环路在APOL1介导的肾病进展中的作用 | 构建了反映人类低外显率的APOL1 BAC转基因小鼠模型，并在IFNγ诱导下结合TRAP-seq与10x Xenium空间转录组学，首次揭示线粒体来源的氧化应激启动STAT1-APOL1自我放大的正反馈环路 | 研究主要基于小鼠模型和体外原代足细胞，人类样本验证仅限于免疫荧光分析，机制细节和临床干预潜力仍需进一步研究 | 探究APOL1风险变异介导的肾脏疾病进展的分子驱动因素及其异质性机制 | APOL1 BAC转基因小鼠（G0-IFNγ和G1-IFNγ）、原代足细胞、APOL1介导的局灶性节段性肾小球硬化患者肾活检标本 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | TRAP-seq、单细胞空间转录组学、免疫荧光 | 转基因小鼠模型 | 转录组数据、空间转录组数据、图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium In Situ | 10x Genomics Xenium In Situ平台用于单细胞空间转录组分析 |
| 67 | 2026-11-11 |
Spatial Transcriptomics on a Diverse Pancreatic Cancer Cohort Reveals Race-Related Differences in Tumor Subtypes and Immune Microenvironments
2026-Oct-19, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-2748
PMID:42896131
|
研究论文 | 对多样化的胰腺癌队列进行空间转录组学、空间蛋白质组学和全外显子组测序分析，揭示黑人与非裔美国人胰腺癌肿瘤亚型和免疫微环境的种族相关差异 | 首次在多样化PDAC队列中结合全外显子组测序、空间转录组学和空间蛋白质组学，发现BAA患者中间/混合亚型富集、经典亚型细胞减少，B细胞相互作用增加、髓系细胞相互作用减少，且三级淋巴结构更大更多 | 摘要未明确说明样本量、验证队列规模及空间转录组学的具体技术平台，研究结论仍需更大规模队列验证 | 探究黑人与非裔美国人胰腺导管腺癌在肿瘤分子亚型和免疫微环境方面的差异及其分子基础 | 黑人（BAA）与非裔美国人（NAA）胰腺导管腺癌患者肿瘤组织 | 空间转录组学, 数字病理学, 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 全外显子组测序, 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | 图像, 文本 | 多样化PDAC队列及验证队列（摘要未提供具体样本数） | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 68 | 2026-11-11 |
Microbial ecological instability and non-linear host interactions shape airway inflammation in HIV-associated COPD
2026-Oct-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-78400-4
PMID:43003811
|
研究论文 | 该研究通过整合多组学框架分析了200名成人的气道微生物生态与慢性炎症的关系，揭示了HIV相关COPD的疾病特异性微生物特征和宿主-微生物相互作用网络 | 首次在HIV相关COPD中结合16S rRNA测序、细菌外膜囊泡定量、气道细胞因子分析、CyTOF免疫表型分析、诱导痰/支气管肺泡灌洗液/外周血bulk转录组学和单细胞RNA测序引导的去卷积分析，发现气道微生物群落主要由时间性生态演替驱动而非HIV或COPD状态，并识别了选择性宿主-微生物相互作用网络 | 样本量相对有限（200名成人），研究局限于撒哈拉以南非洲人群，纵向随访仅两年，且观察性设计无法确立因果关系 | 探究气道微生物生态与慢性炎症之间的机制联系，特别是在HIV相关COPD中的作用 | 200名成人，按HIV和COPD状态分层，其中160名参与者有两年纵向随访 | 微生物组学, 多组学, 免疫学 | COPD, HIV | 16S rRNA测序, 细菌外膜囊泡定量, 细胞因子分析, CyTOF, bulk转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 微生物组数据, 转录组数据, 蛋白质数据, 单细胞数据, 临床数据 | 200名成人（160名有两年纵向随访），样本类型包括痰液、支气管肺泡灌洗液和外周血 | NA | 16S rRNA测序, bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, CyTOF | NA | NA |
| 69 | 2026-11-11 |
Glutamate excreted by leptin receptor+ bone marrow mesenchymal stromal cells mitigates alcohol-associated liver disease by promoting interleukin-1 receptor 2+ monocyte migration
2026-Oct, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2026.0425
PMID:42315151
|
研究论文 | 该研究揭示了瘦素受体阳性骨髓间充质干细胞通过分泌谷氨酸激活骨髓NK细胞，促进IL-1R2+单核细胞迁移至肝脏，从而缓解酒精相关性肝病 | 首次发现骨髓间充质干细胞-骨髓NK细胞-单核细胞-肝脏轴在酒精相关性肝病中的调控作用，揭示了谷氨酸-mGluR5-IFN-γ-IL-1R2信号通路的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人体样本验证有限，且未完全阐明谷氨酸释放的具体调控机制 | 探究骨髓间充质干细胞如何调控抗炎单核细胞从骨髓向肝脏迁移在酒精相关性肝病中的作用机制 | 野生型小鼠、LepR+骨髓间充质干细胞特异性Slc7a11敲除小鼠、NK细胞特异性Grm5敲除小鼠以及酒精相关性肝病患者样本 | 单细胞组学、肝脏病学 | 酒精相关性肝病 | 单细胞RNA测序、免疫染色、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、图像数据、流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2026-11-11 |
RNA interference-mediated hepatitis B virus antigen shutdown enhances the antiviral immune effects of PEGylated interferon-α via T and B cell crosstalk remodeling
2026-Oct, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2026.0385
PMID:42723512
|
研究论文 | 该研究在新型细胞外人类化IFNAR慢性HBV感染小鼠模型中评估GalNac偶联siRNA单用或联合PEGIFNα的疗效，并揭示联合治疗通过重塑T细胞-B细胞互作网络增强抗病毒免疫的机制 | 建立新型细胞外人类化IFNAR慢性HBV感染小鼠模型；揭示RNAi介导的HBV抗原沉默通过减轻抑制性B细胞-B细胞互作、增强MHC-I/II信号网络重塑T-B细胞互作，从而增强PEGIFNα抗病毒免疫效应；提出增强抗原呈递通路作为提高CHB功能性治愈率的辅助策略 | 研究基于小鼠模型，结果需在CHB患者中进一步验证；样本量有限；联合治疗仅约30%小鼠实现HBsAg血清学转换，疗效仍有提升空间 | 探究RNAi介导的HBV抗原沉默增强PEGIFNα抗病毒疗效的免疫学机制，并探索提高慢性乙型肝炎功能性治愈率的策略 | 新型细胞外人类化IFNAR慢性HBV感染小鼠模型及慢性乙型肝炎 | 免疫学、单细胞组学 | 慢性乙型肝炎 | GalNac偶联siRNA、流式细胞术、ELISpot、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、ELISpot数据 | 慢性HBV感染小鼠模型（具体数量未在摘要中说明） | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2026-11-11 |
Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Defines Two Immunologic Subtypes of Sjögren's Disease Distinguished by Anti-SSA Antibodies and Aberrant B Cell Populations
2026-Sep-07, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70320
PMID:42703760
|
研究论文 | 本研究通过对333名参与者150万个外周血单个核细胞进行单细胞RNA测序和表面蛋白分析，定义了干燥综合征的两种免疫亚型，其区分依据为抗SSA抗体和异常B细胞群体 | 首次在单细胞水平上基于抗SSA抗体状态对干燥综合征进行免疫分型，发现SSA阳性患者具有持续的主导性I型干扰素特征和过渡型B细胞发育异常，提出干燥综合征的两种疾病模型 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 全面表征与干燥综合征相关的外周免疫细胞状态，并识别可用于更好患者分层以实现靶向治疗的特征 | 333名参与者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学、免疫学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序、表面蛋白分析 | NA | 单细胞转录组数据和表面蛋白数据 | 333名参与者的150万个外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞表面蛋白分析 | NA | NA |
| 72 | 2026-11-11 |
TREM2 regulates continual efferocytosis of apoptotic neurons by monocyte-derived macrophages via AKT-PFKFB2-mediated glycolytic reprogramming after acute ischemic stroke
2026-Aug-15, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-026-03148-9
PMID:43004346
|
研究论文 | 本文研究了TREM2如何通过SYK依赖的AKT-PFKFB2介导的糖酵解重编程调控单核细胞来源巨噬细胞对凋亡神经元的持续胞葬作用，从而促进急性缺血性卒中后的修复 | 首次揭示TREM2通过AKT-PFKFB2介导的胞葬后糖酵解重编程促进持续而非首轮胞葬作用，并证明TREM2激动抗体AL002c可在人巨噬细胞中重现该通路 | 摘要未明确说明研究的具体局限性 | 探究TREM2是否以及如何调控浸润性单核细胞来源巨噬细胞的修复性胞葬功能 | 急性缺血性卒中患者、小鼠MCAO/R模型、骨髓来源巨噬细胞、人单核细胞来源巨噬细胞 | 免疫学、神经科学 | 急性缺血性卒中 | 单细胞RNA测序、代谢组学、流式细胞术、免疫荧光、CCR2-GFP示踪、过继转移 | NA | 文本、图像、代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2026-11-11 |
Live brain biopsy during CSF shunt surgery for precision diagnostics and multi-omic research
2026-Aug-12, Alzheimer's research & therapy
DOI:10.1186/s13195-026-02150-0
PMID:43000458
|
综述 | 综述了在iNPH脑脊液分流手术中获取小体积活体脑活检样本用于神经退行性疾病精准诊断和多组学研究的方法与经验 | 提出利用iNPH患者脑脊液分流手术中获取活体脑活检样本作为一种伦理可持续的途径来研究衰老大脑和阿尔茨海默病相关机制，并分享了团队在样本获取、切片、保存及多组学分析方面的完整流程与方案 | 摘要中未明确提及该综述的局限性 | 探讨活体小体积皮层脑活检在神经退行性疾病研究和诊断中的应用，并分享iNPH脑脊液分流手术中获取和保存活体脑样本的方案与经验 | 特发性正常压力脑积水（iNPH）患者的活体皮层脑活检样本 | 数字病理 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序、空间分析、转录组学、蛋白质组学、电生理研究 | NA | 组织样本 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 74 | 2026-11-11 |
Large language models advance single-cell transcriptomics in major depressive disorder
2026-Aug-12, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-026-04279-w
PMID:43003831
|
综述 | 探讨大语言模型如何推进单细胞转录组学在重度抑郁症研究中的应用 | 将大语言模型与单细胞转录组学相结合，用于细胞注释、聚类、调控网络推断和计算机扰动以优先筛选可成药靶点，并整合多组学数据 | 数据异质性、模型可解释性、计算规模及数据伦理使用等挑战仍需通过严格基准和验证解决，患者层面临床效用的前瞻性验证仍待开展 | 阐述大语言模型增强单细胞分析在重度抑郁症发病机制、生物标志物和靶点发现方面的应用前景 | 重度抑郁症相关的神经元和免疫细胞群体及单细胞转录组数据 | 自然语言处理, 机器学习, 单细胞组学 | 重度抑郁症 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 代谢组学, 表观基因组学, 空间转录组学 | 大语言模型 | 文本, 基因表达数据, 多组学数据, 空间数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组学, 代谢组学, 表观基因组学 | NA | NA |
| 75 | 2026-11-11 |
Dual roles of ANXA7 in the early diagnosis and prognostic prediction of colorectal cancer: insights from serum exosome proteomics and single-cell transcriptomics
2026-Aug-12, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04915-z
PMID:43004430
|
研究论文 | 该研究结合血清外泌体蛋白质组学和单细胞转录组学，发现ANXA7在结直肠癌早期诊断和预后预测中具有双重作用 | 首次采用序贯腺瘤-癌队列设计，结合EXODUS快速sEV分离与4D-DIA定量蛋白质组学，发现ANXA7作为连续上调的外泌体蛋白；整合单细胞转录组学鉴定ANXA7⁺上皮祖细胞亚群；构建了诊断和预后配对的模型 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 寻找能够检测癌前病变和预测患者预后的非侵入性生物标志物，并追溯其细胞起源 | 健康对照、晚期腺瘤患者、早期结直肠癌患者和晚期结直肠癌患者的血清样本及公共单细胞转录组数据集 | 蛋白质组学, 单细胞转录组学, 液体活检 | 结直肠癌 | 外泌体分离（EXODUS）, 4D-DIA定量蛋白质组学, 单细胞转录组测序, Western blotting, ELISA, 免疫组织化学, LASSO回归 | LASSO | 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk蛋白质组学 | NA | NA |
| 76 | 2026-11-11 |
Impact of data quality on deep learning prediction of spatial transcriptomics from histology images
2026-Aug-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04236-2
PMID:43000368
|
研究论文 | 该文章研究了数据和图像质量差异如何影响基于组织学图像预测空间转录组的深度学习模型性能 | 首次系统性地探究了空间转录组技术导致的数据质量差异（分子数据稀疏性、噪声、图像分辨率）对深度学习基因表达预测的影响，并提出提升数据质量是与调整模型架构正交的策略 | 仅通过计算机模拟消融实验研究数据质量影响，未提出新的数据质量提升方法；插补救援实验的改进有限且无法泛化到测试集之外 | 探究分子和图像数据质量变化对基于组织学图像预测空间基因表达的深度学习模型的影响 | 空间转录组数据及对应的H&E染色组织学图像 | 数字病理学, 空间转录组学 | NA | 空间转录组学, H&E染色组织学成像 | 深度学习模型 | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 涉及多种空间转录组技术，但未指明具体平台配置 |
| 77 | 2026-11-11 |
An ICAM1⁺ inflammatory fibroblast state in atrial fibrillation and metabolic-stress-associated atrial remodeling
2026-Aug-11, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-026-00932-y
PMID:43000393
|
研究论文 | 该研究通过重新分析人类左心房单细胞RNA测序数据，识别出与心房颤动相关的ICAM1⁺炎症性成纤维细胞状态，并在饮食诱导肥胖小鼠模型中验证其与炎症-基质重塑程序的关联 | 首次在人类心房颤动样本中识别出ICAM1⁺炎症性成纤维细胞状态，该状态在窦性心律样本中未检测到，占房颤样本成纤维细胞的17.3%，并揭示了ICAM1与成纤维细胞迁移及TNXB相关基质蛋白表达的关联 | 需要进一步的成纤维细胞特异性和临床注释研究来确定因果关系和转化相关性，研究主要基于关联性分析和小鼠模型验证 | 定义连接炎症和纤维化心房重塑的成纤维细胞状态，阐明ICAM1在心房成纤维细胞异质性中的细胞状态背景 | 人类左心房单细胞RNA测序数据、饮食诱导肥胖小鼠、原代人类心脏成纤维细胞 | 单细胞转录组学、心血管疾病研究 | 心房颤动、心血管疾病 | 单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、轨迹推断、通路富集分析、共表达网络分析、基因敲低、慢病毒过表达 | NA | 单细胞RNA测序数据、图像、文本 | 房颤样本中成纤维细胞（ICAM1⁺状态占17.3%）、饮食诱导肥胖小鼠8只和正常饮食对照8只、原代人类心脏成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2026-11-11 |
JUND-DNAJB1-p21 axis drives fibroblast senescence to recruit CD4⁺ T cells in salivary gland pathogenesis of Sjögren's disease
2026-Aug-11, Immunity & ageing : I & A
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12979-026-00590-8
PMID:43000445
|
研究论文 | 本文揭示了JUND-DNAJB1-p21轴驱动唾液腺成纤维细胞衰老，进而招募CD4⁺ T细胞参与原发性干燥综合征发病机制，并评估了衰老细胞清除疗法的治疗潜力 | 首次鉴定出DNAJB1high衰老成纤维细胞亚群，阐明IFN-γ通过JUND上调DNAJB1进而激活p21介导衰老并增强CD4⁺ T细胞募集的新机制，并提出衰老细胞清除（达沙替尼联合槲皮素）作为pSjD潜在治疗策略 | 摘要未明确说明，体内实验主要基于NOD小鼠模型，临床转化仍需进一步验证 | 探究原发性干燥综合征中成纤维细胞衰老的机制及其治疗潜力 | 原发性干燥综合征患者唾液腺样本及NOD小鼠模型的原代唾液腺成纤维细胞 | 数字病理学、单细胞组学 | 干燥综合征（自身免疫性疾病） | 单细胞RNA测序、免疫组化、多重免疫荧光、siRNA敲低、免疫共沉淀、双荧光素酶报告、transwell迁移实验 | 计算轨迹推断、基因调控网络推断 | 图像、文本（单细胞转录组数据） | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2026-11-11 |
DeMixNB: deconvolution of sparse-count RNA sequencing data for tumor cells using embedded negative binomial distributions
2026-Aug-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04234-4
PMID:42995589
|
研究论文 | 本文提出了一种基于负二项分布和的半参考去卷积模型DeMixNB，用于从稀疏计数RNA测序数据中估计肿瘤特异性转录本比例。 | 开发了DeMixNB模型，该模型假设负二项分布之和，适用于稀疏计数数据如microRNA-seq和空间转录组学，能够更准确地估计肿瘤细胞转录本比例。 | 模型为半参考基，需要参考数据；在稀疏计数数据中的性能仍需进一步验证；仅应用于乳腺癌miRNA-seq和肺癌空间转录组数据。 | 解决稀疏计数RNA测序数据（如microRNA-seq和空间转录组学）中肿瘤特异性转录本比例估计的准确性问题。 | 混合bulk样本中的肿瘤细胞转录本，包括乳腺癌患者的miRNA-seq数据和肺癌的空间转录组数据。 | 数字病理学 | 乳腺癌, 肺癌 | miRNA-seq, 空间转录组学 | 负二项分布模型 | 计数数据, 图像 | 885例乳腺癌患者的miRNA-seq样本和4709个肺癌空间转录组点 | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 80 | 2026-11-11 |
Single-cell immune landscape of cerebrospinal fluid in non-HIV cryptococcal meningitis
2026-Aug-10, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-026-05142-x
PMID:43000315
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和TCR测序，绘制了非HIV隐球菌脑膜炎患者脑脊液的免疫图谱，揭示了巨噬细胞和CD4+ T细胞的异常扩增及其与疾病进展的关系。 | 首次在非HIV隐球菌脑膜炎患者脑脊液中发现了高度代谢激活的Macrophages_MRC1和耗竭型CD4+ Temra_KLRB1细胞的扩增，并揭示了CCL3/4-CCR5信号轴在隐球菌特异性免疫反应中的潜在作用。 | 样本量较小，仅包括5例配对治疗前后患者和8例对照，需更大规模研究验证；未涉及其他免疫细胞亚群的深入功能分析。 | 探究非HIV隐球菌脑膜炎患者脑脊液免疫微环境与疾病严重程度的关系，特别是驱动疾病进展的免疫反应机制。 | 非HIV隐球菌脑膜炎患者的脑脊液样本，包括5例未治疗和治疗后的配对样本，以及8例非中枢神经系统炎症性疾病对照。 | 免疫学、单细胞组学 | 隐球菌脑膜炎 | 单细胞RNA测序、T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据、TCR序列数据 | 13例脑脊液样本（5例配对治疗前后+8例对照） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组和TCR测序 |