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当前共找到 44127 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-10-07 |
Transcriptomic profiling identifies tumor necrosis factor receptor-associated factor (TRAF)-5 expression in human atherosclerotic plaques as a predictor of future cardiovascular events
2026-Oct, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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研究论文 | 该研究通过批量转录组学比较早期与晚期颈动脉斑块中TRAF1-7的表达，在616例颈动脉内膜切除标本中评估TRAF5的预后价值，并通过单细胞RNA测序探索其免疫细胞机制 | 首次在人类动脉粥样硬化斑块中系统表征TRAF1-7的表达谱，发现TRAF5是唯一在晚期病变中显著下调的TRAF家族成员，并独立预测颈动脉内膜切除术后较低的心血管事件风险 | 研究局限于颈动脉内膜切除标本，结论可能不适用于其他血管床；单细胞RNA测序分析为观察性研究，TRAF5+B细胞的功能机制需要进一步实验验证；样本主要来自Athero-Express生物库，可能存在选择偏倚 | 表征人类动脉粥样硬化斑块中TRAF1-7的表达，确定其与斑块表型、心血管结局和细胞功能的关联 | 人类颈动脉粥样硬化斑块组织及其中浸润的免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 批量转录组学、单细胞RNA测序 | 多变量Cox回归 | 转录组数据、图像、文本 | 616例颈动脉内膜切除标本用于批量转录组学和预后分析，79例人类斑块中的259,493个细胞用于单细胞RNA测序 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于259,493个细胞的转录组分析 |
| 62 | 2026-10-07 |
Window-of-Opportunity Study Utilizing Preoperative Cetuximab in Patients with Head and Neck Cancer
2026-Oct-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-26-0258
PMID:42691952
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研究论文 | 一项单中心、单臂、开放标签的机会窗研究，对15例头颈癌患者术前给予西妥昔单抗，评估AXL表达与疗效的关系，并通过单细胞RNA测序探索耐药机制 | 利用术前机会窗设计在头颈癌患者中验证AXL作为西妥昔单抗耐药生物标志物的假设，并建立患者来源异种移植模型结合单细胞RNA测序分析敏感与耐药肿瘤的转录组差异 | 研究因COVID-19疫情提前终止，样本量较小（15例），AXL未能被验证为耐药生物标志物 | 验证临床前研究提出的假设，即低AXL表达与头颈癌患者对西妥昔单抗的临床反应相关，并描述术前给予西妥昔单抗的可行性和安全性 | 头颈癌患者 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | 15例头颈癌患者，14例完成术前西妥昔单抗治疗 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 63 | 2026-10-07 |
Integrated Genetic Screening Identifies FEN1 as a Selective Vulnerability and Temozolomide Resistance Mediator in Glioblastoma Stem Cells
2026-Oct-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-26-0150
PMID:42770249
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研究论文 | 该研究通过全基因组CRISPR-Cas9功能缺失筛选，在胶质母细胞瘤干细胞中鉴定出FEN1是选择性脆弱性靶点及替莫唑胺耐药介导因子 | 首次通过全基因组CRISPR-Cas9筛选在患者来源的胶质母细胞瘤干细胞模型中鉴定FEN1为选择性脆弱性靶点，并揭示其在替莫唑胺耐药中的关键作用，同时发现FEN1抑制可恢复耐药模型的化疗敏感性 | FEN1抑制仅对部分对FEN1抑制敏感的胶质母细胞瘤干细胞具有与替莫唑胺的协同致死效应，且研究主要基于体外和动物模型，尚未开展临床验证 | 鉴定胶质母细胞瘤干细胞中的选择性脆弱性靶点，探索克服治疗耐药的策略 | 患者来源的胶质母细胞瘤干细胞模型、正常神经干细胞、患者来源异种移植模型 | 机器学习 | 脑肿瘤 | CRISPR-Cas9全基因组功能缺失筛选、单细胞转录组学 | NA | 文本、图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2026-10-07 |
A State-Resolved Single-Cell and Spatial Atlas Reveals IDH-Associated Differences in Malignant and Immune Architecture in Diffuse Glioma
2026-Oct, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.71022
PMID:42830894
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序、单核RNA测序和空间转录组学对69个弥漫性胶质瘤样本进行分析，解析了七种恶性细胞状态，并揭示了IDH突变状态对恶性细胞状态和免疫微环境的影响 | 首次在IDH突变型与野生型弥漫性胶质瘤中系统性地解析了七种复发性恶性细胞状态，并揭示了IDH轴通过限制恶性细胞状态库和偏向状态特异性代谢及免疫调节程序来塑造胶质瘤行为 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究IDH生物学如何限制恶性细胞状态库及其免疫调节潜力，并阐明IDH突变型与野生型胶质瘤在恶性细胞状态和免疫结构上的差异 | 69个成人型弥漫性胶质瘤肿瘤样本 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 图像、文本 | 69个肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 65 | 2026-10-07 |
A graph-attentive GAN for rare-cell-aware single-cell RNA-seq data generation
2026-Oct, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014601
PMID:42832552
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研究论文 | 该论文提出了一种名为GARAGE的图注意力稀有细胞感知单细胞数据生成方法，通过在生成器输入中注入注意力加权的真实细胞泄漏信息来增强合成单细胞RNA测序数据的质量 | 首次将图注意力网络与生成对抗网络耦合，通过在生成器输入中注入基于k近邻细胞图和GAT优先化的高注意力细胞嵌入（即注意力引导的泄漏），来引导合成过程朝向数据流形中生物学合理的区域，同时尊重细胞类型比例，从而加速训练、减少模式丢失并保留稀有细胞结构 | 摘要中未明确提及该研究的局限性 | 解决单细胞RNA测序下游分析中高维小样本（HDSS）困境以及稀有细胞类型导致的类别不平衡问题，提升特征选择和细胞聚类的鲁棒性，并生成更真实的合成单细胞数据 | 单细胞RNA测序数据，特别是包含稀有细胞类型的真实scRNA-seq基准数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | GAN, GAT | 文本（基因表达矩阵） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2026-10-07 |
TGF-β/Smad-Associated Epithelial-Fibroblast Remodeling Underlies Collagen Deposition in Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps
2026-Oct, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.70532
PMID:42836585
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序数据与组织及蛋白水平验证，揭示TGF-β/Smad3相关的上皮-成纤维细胞重塑程序驱动慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的胶原沉积 | 整合了两个独立人类队列的单细胞RNA测序数据，结合组织学和蛋白水平验证，首次系统刻画了CRSwNP中上皮-成纤维细胞-免疫细胞间通过TGF-β/Smad3信号轴协调重塑的程序，并发现GPNMB阳性巨噬细胞亚群是TGFB1的优先来源 | 因果关系仍需空间转录组学和功能实验验证，地塞米松仅部分逆转重塑表型 | 探究慢性鼻窦炎伴鼻息肉鼻黏膜重塑中上皮-间质转化、成纤维细胞活化、胶原沉积与TGF-β/Smad信号是否协同作用 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻息肉组织及对照鼻黏膜组织，以及OVA/SEB诱导的CRSwNP样小鼠模型 | 数字病理学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, Masson三色染色, PAS染色, Western blot | NA | 图像, 文本 | 两个独立人类队列的公开单细胞RNA测序数据集，CRSwNP患者及对照的鼻息肉组织样本，以及OVA/SEB诱导的小鼠模型（含地塞米松干预组） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2026-10-07 |
Identification of SORT1 as a Key Regulator of Antigen Presentation in CD16+ Monocytes During Septic Shock via Multi-Omics and In Silico Gene Knockout Analysis
2026-Oct, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.70548
PMID:42836580
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研究论文 | 该研究通过整合批量转录组学、机器学习、WGCNA、单细胞转录组学和计算机基因敲除分析，识别出SORT1是脓毒性休克中CD16+单核细胞抗原呈递的关键调控因子 | 首次通过多组学整合和计算机基因敲除分析将SORT1识别为脓毒性休克中CD16+单核细胞抗原呈递的关键调控因子，并利用113种机器学习算法组合构建诊断模型，结合SHAP分析解释模型特征重要性 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据，计算机基因敲除分析缺乏湿实验验证，SORT1在脓毒性休克中的具体分子机制仍需进一步的功能实验证实 | 通过批量转录组学、机器学习、WGCNA、单细胞转录组学和计算机基因敲除的综合分析，筛选并识别与脓毒性休克相关的核心基因，并进一步解析其免疫调控机制 | 脓毒性休克患者的批量转录组数据和单细胞转录组数据（GSE175453） | 机器学习 | 脓毒性休克 | 批量RNA-seq，单细胞RNA-seq，机器学习，WGCNA，计算机基因敲除，GSEA | RF+SVM混合模型，SHAP，scTenifoldKnk | 转录组数据，图像数据（单细胞转录组） | 多个批量转录组数据集（训练队列和独立外部验证队列GSE137340、GSE26440）以及单细胞转录组数据集GSE175453 | NA | bulk RNA-seq，single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 68 | 2026-10-07 |
Spatial Transcriptomics Reveals a T Cell-Mediated Microglial Activation Axis of Immune Checkpoint Inhibition-Related Adverse Events in the Brain
2026-Sep-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.77733
PMID:42813238
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研究论文 | 该研究利用bulk RNA测序和MERFISH空间转录组技术，在小鼠黑色素瘤模型中揭示了免疫检查点抑制剂通过T细胞介导的小胶质细胞激活轴导致脑部免疫相关不良事件的机制 | 首次利用MERFISH空间转录组技术揭示ICI治疗对海马区细胞组成和转录状态的区域特异性重塑，发现T细胞-小胶质细胞交互轴是脑部irAEs的关键驱动机制，并通过条件性基因敲除模型验证了T细胞的不可或缺性 | 研究主要基于小鼠同基因黑色素瘤模型，虽然验证了人类死后脑组织样本，但样本量有限；MERFISH技术检测的基因面板有限，可能遗漏其他重要通路；未深入探讨不同ICI药物（抗CTLA-4 vs 抗PD-1）对脑部irAEs的差异性影响 | 阐明免疫检查点抑制剂如何改变脑部区域性的细胞和分子交互，揭示脑部irAEs的病理生理机制 | 小鼠同基因黑色素瘤模型中的脑组织（特别是海马区），以及人类死后脑组织样本 | 空间转录组学 | 黑色素瘤, 脑部免疫相关不良事件 | bulk RNA测序, MERFISH空间转录组 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 图像 | NA | Vizgen | 空间转录组学, bulk RNA-seq | MERFISH | MERFISH空间转录组技术用于小鼠脑组织分析，结合bulk RNA测序 |
| 69 | 2026-10-07 |
A single-cell RNA-seq dataset characterizing cellular diversity in healthy equine skin
2026-Sep-30, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-026-08404-8
PMID:42816519
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研究论文 | 本文构建了健康马皮肤的单细胞RNA测序数据集，包含来自两匹马皮肤的85,574个高质量转录组，鉴定了22个转录上不同的细胞群体。 | 首次在单细胞分辨率上表征了正常马皮肤的细胞组成和转录图谱，提供了首个正常马皮肤的单细胞转录组参考。 | 仅使用了两匹马的两个皮肤活检样本，样本量有限，可能无法完全代表马皮肤的个体间差异。 | 表征健康马皮肤在单细胞分辨率下的细胞多样性和转录景观。 | 健康马皮肤组织。 | 单细胞转录组学 | 马皮肤病（昆虫叮咬过敏） | single-cell RNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 两匹马，每匹马一个皮肤活检，共85,574个高质量单细胞转录组 | NA | single-cell RNA-seq | NA | 使用手动或自动组织解离方法处理皮肤活检 |
| 70 | 2026-10-07 |
Integrating Morphology and Gene Expression of Neural Cells in Unpaired Single-Cell Data Using GeoAdvAE
2026-Sep-29, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1177/15578666261492321
PMID:42809409
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研究论文 | 提出一种几何感知的对抗自编码器GeoAdvAE，用于非配对单细胞形态与转录组数据的对角整合 | 结合模态特定的变分自编码器、Gromov-Wasserstein正则化器和对抗判别器，在共享潜在空间中保持重构保真度和跨模态几何结构，实现非配对形态与转录组的整合 | 依赖非配对数据，可能受模态间固有差异影响；在阿尔茨海默病模型中的发现需进一步实验验证 | 解决单细胞形态与转录组因缺乏特征对应且通常在不同细胞中测量而难以关联的问题 | patch-seq神经元（具有联合形态-RNA测量）和5xFAD阿尔茨海默病模型中的小胶质细胞形态及单细胞转录组 | 单细胞多组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 对抗自编码器、变分自编码器 | 图像、文本 | 98个CAJAL量化的微胶质形态和31,948个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 71 | 2026-10-07 |
Disease-associated loci share properties with response eQTLs under common environmental exposures
2026-Sep-29, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2026.101383
PMID:42810334
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序分析51个人类诱导多能干细胞系在尼古丁、咖啡因或乙醇暴露下的基因调控，鉴定了响应性eQTL并揭示其与疾病相关位点的相似性 | 首次在多种环境暴露和细胞分化背景下系统鉴定响应性eQTL，发现其与疾病风险位点共享远端增强子富集、选择性约束等特性，且能解释基线稳态eQTL无法解释的疾病相关位点 | 研究仅涉及尼古丁、咖啡因和乙醇三种环境暴露，未涵盖其他常见环境因素，且基于体外诱导多能干细胞模型可能无法完全反映体内真实生理环境 | 探究不同环境和细胞背景下的基因调控机制，理解疾病相关遗传变异的情境依赖性调控效应 | 51个人类诱导多能干细胞系来源的异质性分化培养细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 140万个细胞，来自51个人类诱导多能干细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2026-10-07 |
OpenFISH enables same-section spatial transcriptomics and MALDI-MSI integration
2026-Sep-29, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2026.09.007
PMID:42810347
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研究论文 | 该文章介绍了一个开源、低成本、模块化的空间转录组学平台OpenFISH，并开发了与MALDI-MSI兼容的工作流程，实现了同一组织切片上的空间转录组学与代谢组学的整合分析 | 首次实现了同一组织切片上空间转录组学与MALDI-MSI的整合，通过优化组织处理和引导配准流程，实现了细胞类型感知的转录本与代谢物联合映射；平台开源、低成本且可定制 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 实现高分辨率空间转录组学与代谢组学在同一组织切片上的整合，将细胞身份与代谢状态相关联 | 中枢神经系统组织（包括海马体、纹状体）、5xFAD小鼠模型、Reeler突变体小鼠 | 空间转录组学, 空间多组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学, MALDI-MSI | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学, 质谱成像 | OpenFISH | 开源、低成本、模块化空间转录组学平台，兼容MALDI-MSI，支持同一组织切片上转录本与代谢物的联合检测 |
| 73 | 2026-10-07 |
Dietary choline prevents colitis-driven carcinogenesis via SLC5A7-dependent Notch1 degradation and goblet cell reprogramming
2026-Sep-25, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2026.100407
PMID:42790590
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研究论文 | 本研究揭示了膳食胆碱通过SLC5A7介导Notch1降解和杯状细胞重编程，从而预防结肠炎驱动的癌变 | 首次发现SLC5A7作为胆碱的高亲和力转运体，通过直接结合Notch1并促进其蛋白酶体降解，从而解除Notch1对杯状细胞分化的抑制，建立了从营养摄入到上皮防御的新通路 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，缺乏大规模临床队列验证；SLC5A7在人体中的具体调控机制和长期胆碱补充的安全性有待进一步研究 | 探究膳食胆碱在炎症驱动癌变中的保护机制，特别是SLC5A7在结肠炎相关癌症中的作用 | 肠道上皮特异性SLC5A7敲除小鼠、人结肠上皮细胞和肠道类器官 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 74 | 2026-10-07 |
Decreased Endothelial Cell Retinoic Acid Signaling Accelerates Progression of Single Ventricle Pulmonary Vascular Malformations
2026-Sep-24, JACC. Basic to translational science
DOI:10.1016/j.jacbts.2026.101676
PMID:42785207
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研究论文 | 该研究通过Glenn循环大鼠模型和单细胞RNA测序，发现单心室肺血管畸形中内皮细胞全反式维甲酸信号降低，并与遗传性出血性毛细血管扩张症动静脉畸形共享病理机制 | 首次发现单心室肺血管畸形与遗传性出血性毛细血管扩张症动静脉畸形共享内皮细胞全反式维甲酸信号降低这一病理机制，并证明饮食维生素A缺乏加重畸形而补充可缓解 | 研究基于大鼠手术模型，尚未在人类患者中验证；样本量有限；机制研究仍需进一步深入 | 探究单心室肺血管畸形的发病机制，寻找潜在治疗靶点 | Glenn循环大鼠模型的全肺组织及内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2026-10-07 |
A spatiotemporal single-cell transcriptomic atlas reveals fertilization-induced auxin signaling driving strawberry fruit set and development
2026-09-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-77874-6
PMID:42827106
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研究论文 | 该研究整合空间转录组学、单核RNA测序和空间代谢组学，构建了草莓果实受精后、坐果和果实膨大阶段的单细胞时空图谱，揭示了生长素信号在果实发育中的关键作用 | 首次整合空间转录组学、单核RNA测序和空间代谢组学构建草莓果实高分辨率单细胞时空图谱；利用ProDR5::RUBY稳定报告系揭示生长素分布不对称性；通过多种稳定转基因株系（RNAi、CRISPR敲除、过表达）验证FveARF6为果实发育的关键正调控因子 | 研究仅以森林草莓（Fragaria vesca）为模式植物，结论是否适用于其他草莓品种或其他果实类型尚需进一步验证 | 解析受精诱导的草莓果实坐果与形态发生的细胞和分子机制，特别是生长素信号在其中的作用 | 森林草莓（Fragaria vesca）果实，涵盖受精后、坐果和果实膨大三个阶段 | 空间转录组学、单细胞组学 | NA | 空间转录组学、单核RNA测序（snRNA-seq）、空间代谢组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、代谢组数据、图像 | NA | NA | 空间转录组学、单核RNA测序、空间代谢组学 | NA | NA |
| 76 | 2026-10-07 |
Gene expression programs underlying spinal commissural neuron differentiation and axon growth across the midline
2026-Sep-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2607727123
PMID:42743278
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研究论文 | 该研究结合遗传标记策略、单细胞RNA测序和出生日期标记等方法，揭示了小鼠胚胎脊髓连合神经元分化及轴突跨越中线的基因表达程序 | 首次结合遗传标记与单细胞RNA测序全面解析连合神经元的转录组轨迹，鉴定出超越祖细胞身份和神经发生时间队列的分子异质性亚型，发现轴突侧向性与神经元出生日期无关，并揭示与轴突跨越中线同步发生的大规模基因表达转换 | 研究仅基于小鼠胚胎脊髓模型，未在其它物种或体内功能实验中验证所发现的基因表达程序；单细胞测序可能遗漏低丰度转录本 | 解析脊髓连合神经元分化过程中共享和亚型特异性的基因表达程序，以及轴突跨越中线过程中的转录组动态变化 | 小鼠胚胎脊髓发育中的连合神经元 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、出生日期标记 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2026-10-07 |
CXCL9 drives lung adenocarcinoma progression and immunotherapy response via activation of the CXCR3/JAK1/STAT3 signaling pathway
2026-Sep-22, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103041
PMID:42784916
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研究论文 | 本文研究CXCL9通过激活CXCR3/JAK1/STAT3信号通路驱动肺腺癌进展和免疫治疗反应 | 首次揭示CXCL9-CXCR3/JAK1/STAT3轴是肺腺癌进展和免疫治疗反应的关键调控因子，并证明JAK1/2抑制剂Ruxolitinib可逆转CXCL9介导的恶性表型 | 摘要未明确说明研究的具体局限性 | 探究CXCL9在肺腺癌中的生物学角色和调控机制 | 肺腺癌细胞系、异种移植小鼠模型、公共免疫治疗队列及TCGA泛癌数据集 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blotting | NA | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2026-10-07 |
A systematic single-cell analysis of enhancer RNAs across human and mouse
2026-Sep-22, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag914
PMID:42831428
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研究论文 | 通过对184329个高质量单细胞的全长单细胞RNA测序数据系统分析，鉴定了人类和小鼠的增强子RNA，揭示了其在单细胞水平的表达模式和调控网络，并验证了一个结直肠癌相关eRNA作为非侵入性生物标志物的潜力 | 首次在单细胞分辨率下跨人类和小鼠系统性地描绘了eRNA表达图谱，发现eRNA虽在单细胞水平稀疏检测但具有高度细胞间异质性，贡献了高达33.5%的人类和46.5%的小鼠谱系标记，并构建了细胞特异性eRNA调控网络，同时通过RACE验证了一个结直肠癌相关eRNA的全长转录及其作为非侵入性生物标志物的潜力 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 系统解析人类和小鼠增强子RNA在单细胞分辨率下的表达模式、异质性及其在基因表达调控和谱系特异性中的作用 | 187个全长单细胞RNA测序数据集中的184329个高质量单细胞，涵盖人类和小鼠的胚胎发育、脑组织和癌症样本 | 机器学习 | 结直肠癌 | 全长单细胞RNA-seq, RACE | NA | 文本 | 184329个高质量单细胞，来自187个全长单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2026-10-07 |
Advanced-stage cutaneous T-cell lymphomas show distinct immune profiles in erythroderma vs. tumor lesions
2026-Sep-03, Journal of dermatological science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.jdermsci.2026.08.010
PMID:42810908
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序结合T细胞受体测序，并利用空间转录组学验证，比较了红皮病型CTCL与肿瘤期蕈样肉芽肿病灶的分子特征 | 首次在单细胞水平上系统比较红皮病型与肿瘤期CTCL的免疫微环境差异，揭示了tMF中Th2/Tc2偏向更强、存在三级淋巴结构相关细胞表型，而eCTCL表现出1型免疫标志物上调和抗血管生成特征 | 样本量较小（仅8例eCTCL和7例tMF），患者间异质性较大，尤其tMF组，可能限制结论的普遍性 | 更好地理解晚期CTCL中红皮病与肿瘤形成的机制差异 | 8例红皮病型CTCL和7例肿瘤期蕈样肉芽肿患者的皮肤活检样本 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 文本 | 15例患者皮肤活检样本（8例eCTCL和7例tMF） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 80 | 2026-10-07 |
A spatial and temporal transcriptomic atlas of mouse intestinal regeneration in the jejunum
2026-09-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-77292-8
PMID:42830316
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研究论文 | 本文构建了小鼠空肠电离辐射损伤后再生过程的空间转录组图谱，覆盖照射后六天、23个样本、约2600万个2微米分辨率的数据点，揭示了大量传统bulk或单细胞方法无法检测的空间转录模式和生态位信号 | 首次在亚细胞2微米分辨率下构建小鼠空肠再生的时空转录组图谱；发现了空间受限的干扰素靶基因激活、早期修复中下绒毛细胞分化轨迹改变、两种转录上不同的隐窝再生细胞群，以及全局转录上调（超转录）作为肠道再生标志，并将超转录证据延伸至人类克罗恩病 | 研究基于小鼠模型，人类数据仅限于克罗恩病的超转录证据，尚未在其他肠道疾病或更多人类样本中广泛验证；空间转录组技术可能受限于捕获效率和基因覆盖度 | 解析小鼠空肠在电离辐射诱导损伤后再生过程中损伤-修复周期的空间和时间动态转录特征，为炎症性肠病及胃肠道损伤或癌症治疗相关病理提供治疗策略依据 | 小鼠空肠组织，涵盖电离辐射诱导损伤后六天的再生过程 | 空间转录组学 | 炎症性肠病、克罗恩病、胃肠道损伤 | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据、图像 | 23个生物样本，捕获16,921个基因的mRNA，约2600万个2微米分辨率的bin | NA | 空间转录组学 | NA | 2微米分辨率空间转录组平台 |