单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-05-03	Harnessing omics data for drug discovery and development in ovarian aging 2025-May-01, Human reproduction update IF:14.8Q1 DOI:10.1093/humupd/dmaf002 PMID:39977580	综述	本文综述了多组学数据在卵巢衰老药物发现和开发中的应用	整合了基因组、转录组、蛋白质组、代谢组和微生物组等多组学数据，从组织和单细胞层面探索卵巢衰老的分子机制和药物靶点	仅限于截至2024年9月的英文文献，可能遗漏其他语言的重要研究	探索多组学数据在卵巢衰老药物发现和开发中的应用	卵巢衰老相关的多组学数据	生物信息学	卵巢衰老	基因组学、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学、微生物组学、单细胞技术、空间转录组学	机器学习、人工智能、深度学习	多组学数据	NA
462	2025-05-03	Differential cellular origins of the extracellular matrix of tumor and normal tissues according to colorectal cancer subtypes 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02964-z PMID:40032993	research paper	该研究通过整合定量蛋白质组学和单细胞RNA测序数据，分析了结直肠癌肿瘤微环境中细胞外基质（ECM）的蛋白异质性	鉴定了正常组织和肿瘤组织中ECM蛋白的差异细胞来源，并建立了细胞-基质组数据库，定义了与特定成纤维细胞亚型相关的间充质亚型特异性分子	样本量较小（24个组织样本来自21名患者），可能影响结果的普遍性	理解结直肠癌肿瘤微环境中ECM的蛋白异质性及其与疾病进展的关系	结直肠癌患者的肿瘤组织和相邻正常组织	digital pathology	colorectal cancer	TMT质谱分析、scRNA-Seq、bulk RNA-Seq	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	24个组织样本（来自21名CRC患者）
463	2025-05-03	Macrophage-mediated IL-6 signaling drives ryanodine receptor-2 calcium leak in postoperative atrial fibrillation 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI187711 PMID:40048254	研究论文	本研究探讨了术后心房颤动(poAF)的细胞和分子机制，特别是巨噬细胞介导的IL-6信号在RyR2钙泄漏中的作用	首次揭示了巨噬细胞通过IL-6-STAT3-CaMKII信号通路驱动RyR2-S2814磷酸化，从而导致poAF的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明术后心房颤动的发病机制	小鼠和人类心脏手术后的心房组织	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、假时间轨迹分析、共聚焦成像	条件性基因敲除小鼠模型(cKO)	单细胞转录组数据、生化数据、功能数据	小鼠模型和人类心包液样本(具体数量未明确说明)
464	2025-05-03	Claudin18.2-positive gastric cancer-specific changes in neoadjuvant chemotherapy-driven immunosuppressive tumor microenvironment 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02981-y PMID:40128286	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光技术，分析了37例胃癌样本，探讨了新辅助化疗驱动的CLDN18.2阳性胃癌肿瘤微环境的免疫抑制变化	揭示了化疗在CLDN18.2阳性胃癌中驱动免疫抑制性肿瘤微环境变化的特异性机制	样本量较小（37例GC样本，其中11例CLDN18.2阳性）	探究CLDN18.2阳性胃癌中新辅助化疗驱动的肿瘤微环境变化	胃癌样本（特别是CLDN18.2阳性病例）	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序，多重免疫荧光	NA	基因表达数据，蛋白质表达数据	37例胃癌样本（11例CLDN18.2阳性）
465	2025-05-03	Dissecting the Single-Cell Diversity and Heterogeneity Underlying Cervical Precancerous Lesions and Cancer Tissues 2025-May, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-024-01695-5 PMID:39354287	研究论文	研究从宫颈癌前病变到宫颈鳞状细胞癌(CSCC)的细胞多样性和异质性	整合四个单细胞数据集，利用scCODA揭示细胞类型组成变化，并通过ATAC-seq分析将表观遗传改变与基因表达谱相关联，识别出与CSCC进展相关的关键转录因子	NA	探索宫颈癌前病变到宫颈鳞状细胞癌的细胞多样性和异质性	正常组织、癌旁组织、癌前病变和宫颈肿瘤	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序、ATAC-seq、RT-qPCR、免疫组化(IHC)	logistic回归模型	单细胞测序数据、表观遗传数据、基因表达数据	四个单细胞数据集(具体样本数量未明确说明)
466	2025-05-03	Restoring mitochondrial function promotes hematopoietic reconstitution from cord blood following cryopreservation-related functional decline 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI183607 PMID:40036065	研究论文	研究探讨了冷冻保存对脐带血造血干细胞功能的影响，并提出了一种恢复线粒体功能的策略	首次构建了冷冻保存脐带血造血干细胞的单细胞转录组图谱，并发现冷冻保存导致线粒体功能异常，提出使用萝卜硫素（SF）改善这一现象	研究仅基于体外实验和动物模型，尚未在临床环境中验证SF的效果	探究冷冻保存对脐带血造血干细胞功能的影响及可能的改善策略	脐带血中的CD34+造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及单核细胞（MNCs）	再生医学	造血系统疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	冷冻保存1、5、10和19年的脐带血样本
467	2025-05-03	APOE deficiency inhibits amyloid-facilitated (A) tau pathology (T) and neurodegeneration (N), halting progressive ATN pathology in a preclinical model 2025-Apr-30, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03036-7 PMID:40307424	research paper	研究APOE缺乏在临床前模型中如何抑制淀粉样蛋白促进的tau病理和神经退行性变	首次在临床前模型中证明APOE缺乏可以抑制淀粉样蛋白促进的tau病理和神经退行性变，揭示了APOE在AD病理进程中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中得到验证	探究APOE在阿尔茨海默病(AD)ATN病理进程中的作用机制	5xFAD和TauP301S转基因小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	ATN模型(5xFAD × TauP301S小鼠)	基因表达数据、病理学数据	转基因小鼠模型
468	2025-05-03	Innate immune training in the neonatal response to sepsis 2025-Apr-30, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01179-5 PMID:40307728	research paper	研究新生儿对败血症的先天免疫训练反应	揭示了卡介苗（BCG）疫苗接种通过重新编程骨髓生成的多方面来改善新生儿对多微生物败血症的生存率	训练免疫如何影响宿主保护性反应的具体机制尚未明确	探讨BCG疫苗接种对新生儿免疫系统的影响及其在败血症防护中的作用	新生儿，特别是早产儿	免疫学	败血症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
469	2025-05-03	GeneDX-PBMC: An adversarial autoencoder framework for unlocking Alzheimer's disease biomarkers using blood single-cell RNA sequencing data 2025-Apr-30, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110283 PMID:40311462	研究论文	通过结合单细胞RNA测序数据和深度学习技术，识别阿尔茨海默病的血液生物标志物和治疗靶点	开发了一个结合自编码器、分类器和判别器的深度学习框架，能够分析传统方法常忽略的差异表达基因和细微遗传变异	单核细胞数据存在限制，需依赖随机森林分类器处理	识别阿尔茨海默病的血液生物标志物和治疗靶点	阿尔茨海默病患者和认知正常对照者的外周血单个核细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	scRNA-seq	对抗自编码器框架	单细胞RNA测序数据	NA
470	2025-05-03	Autophagy disruption and mitochondrial stress precede photoreceptor necroptosis in multiple mouse models of inherited retinal disorders 2025-Apr-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59165-8 PMID:40301324	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了遗传性视网膜疾病（IRDs）中光感受器细胞死亡的共同分子通路	发现了不同遗传性视网膜疾病模型中光感受器细胞死亡的共同早期缺陷，即自噬和线粒体损伤，并指出这些缺陷会引发后期疾病阶段的坏死性凋亡	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	寻找适用于多种遗传性视网膜疾病的广谱治疗方法	遗传性视网膜疾病（IRDs）中的光感受器细胞	遗传学与分子生物学	遗传性视网膜疾病	单细胞转录组学	小鼠模型	转录组数据	多种遗传性和功能性不同的IRD小鼠模型
471	2025-05-03	UHRF1-mediated epigenetic reprogramming regulates glycolysis to promote progression of B-cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Apr-29, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07532-0 PMID:40301374	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了UHRF1在B细胞急性淋巴细胞白血病进展中的作用及其分子机制	发现UHRF1通过甲基化修饰抑制SFRP5表达，激活WNT5A-P38 MAPK-HK2信号轴，促进有氧糖酵解，揭示了表观遗传和代谢重编程的分子机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探索B细胞急性淋巴细胞白血病进展的分子机制，寻找潜在治疗靶点	B细胞急性淋巴细胞白血病细胞	肿瘤生物学	B细胞急性淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
472	2025-05-03	Single-cell transcriptome profiling of the human endometrium of patients with intrauterine adhesions 2025-Apr-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97433-1 PMID:40301474	研究论文	通过单细胞RNA测序比较分析宫腔粘连患者和健康对照者的子宫内膜组织，揭示宫腔粘连的分子机制	首次在单细胞水平上对宫腔粘连患者的子宫内膜进行转录组分析，发现成纤维细胞亚群3和增殖内皮细胞的异常变化	样本量较小（5例子宫内膜组织），需要更大规模的研究验证结果	探究宫腔粘连的分子病理机制，为改善治疗提供理论基础	宫腔粘连患者和健康对照者的子宫内膜组织	数字病理学	妇科疾病	scRNA-Seq	NA	单细胞转录组数据	5例子宫内膜组织（包含患者和对照），55,308个原代子宫内膜细胞
473	2025-05-03	Systematic evaluation of the isolated effect of tissue environment on the transcriptome using a single-cell RNA-seq atlas dataset 2025-Apr-29, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11614-w PMID:40301713	研究论文	本研究开发了一个名为COSER的新数据分析框架，用于评估组织环境对转录组的独立影响	提出了COSER框架，利用图论列举适当的子数据集以减少统计混杂，首次系统评估了组织环境对基因表达的独立影响	研究仅基于Tabula Muris Senis单细胞转录组图谱数据，未验证其他物种或数据集	评估组织环境对基因表达的独立影响	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图论模型	单细胞转录组数据	Tabula Muris Senis图谱数据集
474	2025-05-03	Integration of multi-omics data to unveil the molecular landscape and role of piRNAs in early-onset colorectal cancer 2025-Apr-29, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04074-2 PMID:40301858	研究论文	通过多组学数据整合揭示早发性结直肠癌的分子特征及piRNAs的作用	首次通过多组学分析揭示了PIWIL1/piRNA作为早发性结直肠癌的标志物，并发现特定piRNAs（FR019019、FR019089和FR132045）的下调与肿瘤侵袭性相关	研究样本量相对有限（69例EOCRC），且功能验证主要在体外进行	阐明早发性结直肠癌（EOCRC）的分子机制及其侵袭性表型的驱动因素	早发性结直肠癌（EOCRC）患者肿瘤组织	癌症基因组学	结直肠癌	多组学分析（基因组、表观基因组、转录组）、RNA-seq、scRNA-seq、功能实验	NA	基因组数据、表观遗传数据、转录组数据	515例（69例EOCRC和446例LOCRC）
475	2025-05-03	SpaNorm: spatially-aware normalization for spatial transcriptomics data 2025-Apr-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03565-y PMID:40301877	research paper	开发了一种名为SpaNorm的空间感知归一化方法，用于处理空间转录组数据	首个同时建模文库大小效应和潜在生物学效应，并分离这些效应的空间感知归一化方法	未提及具体局限性	解决空间转录组数据归一化中的挑战	空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	SpaNorm	spatial transcriptomics data	27个组织样本，来自6个数据集，涵盖4种技术平台
476	2025-05-03	Inhibition of adenosine/A2A receptor signaling suppresses dermal fibrosis by enhancing fatty acid oxidation 2025-Apr-29, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02210-2 PMID:40301970	research paper	研究探讨了腺苷/A2A受体信号通过增强脂肪酸氧化抑制皮肤纤维化的机制	揭示了腺苷代谢-A2A受体轴与脂肪酸氧化在系统性硬化症相关皮肤纤维化中的关键相互作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本数量有限	探索腺苷/A2A受体信号在皮肤纤维化中的作用机制	系统性硬化症患者的血浆样本、小鼠皮肤纤维化模型和人真皮成纤维细胞	医学研究	系统性硬化症	代谢组学分析、单细胞RNA测序、Seahorse能量代谢分析	基因敲除小鼠模型	血浆代谢物数据、RNA测序数据	35名系统性硬化症患者的血浆样本
477	2025-05-03	Meningeal-derived retinoic acid regulates neurogenesis via suppression of Notch and Sox2 2025-Apr-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115637 PMID:40310723	research paper	该研究揭示了脑膜来源的视黄酸通过抑制Notch和Sox2通路调控神经发生的新机制	首次发现脑膜来源的视黄酸通过调控Sox2ot长链非编码RNA和Notch信号通路来促进神经发生	研究主要基于Foxc1突变胚胎模型，人类相关性有待进一步验证	阐明脑膜来源的视黄酸调控大脑皮层神经发生的分子机制	端脑神经前体细胞	神经发育生物学	神经发育障碍	空间转录组学、RARα DNA结合分析、子宫内电穿孔	Foxc1突变胚胎模型	基因表达数据	NA
478	2025-05-03	ASTROCYTES AND ALCOHOL THROUGHOUT THE LIFESPAN 2025-Apr-29, Biological psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1016/j.biopsych.2025.04.013 PMID:40311830	综述	本文综述了星形胶质细胞在酒精使用障碍（AUD）中的作用及其对酒精暴露的反应	首次系统回顾了星形胶质细胞在AUD中的角色，并强调了单细胞RNA测序研究在揭示星形胶质细胞异质性方面的应用	对星形胶质细胞亚群及其对酒精易感分子的认识仍存在知识空白	评估星形胶质细胞在酒精暴露效应中的作用及其在AUD发展中的贡献	星形胶质细胞及其在酒精使用障碍和胎儿酒精谱系障碍（FASD）中的作用	神经科学	酒精使用障碍, 胎儿酒精谱系障碍	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
479	2025-05-03	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的严谨性和可重复性，重点关注数字空间分析（DSP）和单分子成像（SMI）平台的性能	首次系统评估了空间转录组学技术在临床实际条件下的性能，比较了DSP和SMI两种平台的优劣	研究主要集中于肾脏组织，其他组织类型的适用性尚需验证	评估空间转录组学技术在临床应用中的可行性和可靠性	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学（DSP和SMI）	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用临床来源的人类肾脏组织和活检样本
480	2025-05-03	Molecular mechanisms after optic nerve injury: Neurorepair strategies from a transcriptomic perspective 2025-Apr-29, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00794 PMID:40313107	综述	本文综述了视神经损伤后的分子机制，并从转录组学角度探讨了神经修复策略	利用单细胞转录组学技术揭示了视神经损伤和青光眼诱导的神经元退化的分子机制，并识别了与视网膜神经节细胞保护和再生相关的基因	未来研究需要整合先进的单细胞测序与多组学方法，以更全面地研究视网膜神经节细胞损伤和再生的细胞特异性反应	探讨视神经损伤后的分子机制及神经修复策略	视网膜神经节细胞	神经科学	青光眼	单细胞RNA测序、转录组分析、芯片分析、CRISPR-Cas9筛选、ATAC-seq分析	NA	转录组数据	NA