单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-09-25	Sorting nexin 3 promotes ischemic retinopathy through RIP1- and RIP3-mediated myeloid cell necroptosis and mitochondrial fission 2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2426578122 PMID:40924459	研究论文	本研究揭示了分选连接蛋白3通过调控髓系细胞坏死性凋亡和线粒体分裂促进缺血性视网膜病变的分子机制	首次发现SNX3在缺血性视网膜病变髓系细胞中特异性上调，并阐明其通过RIP1/RIP3信号通路调控坏死性凋亡的新机制	研究主要基于小鼠OIR模型，人类临床相关性需进一步验证	探究SNX3在缺血性视网膜病变中的作用机制	小鼠视网膜髓系细胞（小胶质细胞/巨噬细胞）	分子病理学	视网膜病变	单细胞RNA测序、免疫染色、GST pull-down、免疫共沉淀	氧诱导视网膜病变模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	转基因小鼠模型（具体数量未明确说明）
262	2025-09-25	Integrated bulk and single-cell RNA sequencing identifies oxidative stress signatures of radiation-induced lung injury in mice through machine learning 2025-Sep-16, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106863 PMID:40967560	研究论文	本研究通过整合bulk RNA和单细胞RNA测序数据，结合机器学习方法系统分析了小鼠放射性肺损伤的氧化应激特征	首次整合bulk和单细胞RNA测序数据，结合机器学习算法识别放射性肺损伤的氧化应激特征生物标志物	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探索放射性肺损伤的早期诊断生物标志物和分子机制	小鼠放射性肺损伤模型	生物信息学	放射性肺损伤	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、RT-PCR、免疫组化	随机森林、支持向量机、LASSO回归	RNA测序数据	NA
263	2025-09-25	Revealing the core immunotoxicity of di-n-pentyl phthalate exposure in murine models using single-cell RNA sequencing 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118754 PMID:40753775	研究论文	通过单细胞RNA测序技术系统评估邻苯二甲酸二正戊酯（DNPP）暴露对小鼠免疫系统的毒性影响	首次在单细胞分辨率水平全面揭示DNPP对免疫系统的特异性毒性作用机制	研究局限于小鼠模型，需进一步验证对人类免疫系统的潜在影响	系统评估DNPP暴露引起的免疫系统改变	小鼠脾脏组织及外周血免疫细胞	毒理学	免疫系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠体内模型和体外实验	基因表达数据	不同DNPP剂量暴露的多个小鼠模型
264	2025-09-25	The food-derived metabolite trimethylamine and trimethylamine-N-oxide promote colorectal cancer progression via SREBF1 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118996 PMID:40912095	研究论文	本研究揭示食物源性代谢物TMA和TMAO通过调控SREBF1激活PI3K/AKT信号通路促进结直肠癌进展的机制	首次证实TMA和TMAO通过SREBF1介导的PI3K/AKT信号通路促进结直肠癌细胞增殖	机制研究主要基于细胞和动物模型，需进一步临床验证	探究TMA和TMAO对结直肠癌进展的影响及其分子机制	结直肠癌细胞系和小鼠肿瘤模型	癌症生物学	结直肠癌	实时PCR、Western blotting、细胞活力与迁移实验、凋亡分析、单细胞RNA测序、肿瘤异种移植模型	NA	分子生物学数据、基因表达数据、体内外功能实验数据	细胞实验和动物模型（具体样本量未明确说明）
265	2025-09-25	Decoding coal-induced pulmonary endothelial injury using single-cell omics 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118989 PMID:40914082	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析煤尘暴露导致肺内皮细胞损伤的分子机制	首次在煤工尘肺模型中应用单细胞测序技术系统鉴定四种内皮细胞亚群的损伤差异	研究仅使用小鼠模型，未验证人类样本中的相关性	揭示煤尘诱导肺内皮细胞损伤的具体分子机制	煤工尘肺小鼠模型的肺组织内皮细胞	单细胞组学	煤工尘肺	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，CellChat分析	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据	煤尘暴露组和对照组小鼠肺组织样本
266	2025-09-25	Integration of network toxicology, machine learning and single-cell sequencing reveals the effects of soil pollutants on prostate cancer 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119010 PMID:40925179	研究论文	整合网络毒理学、机器学习和单细胞测序技术研究土壤污染物通过关键分子靶点影响前列腺癌的机制	首次将网络毒理学、101种机器学习算法与单细胞测序技术相结合，系统揭示土壤污染物与前列腺癌的分子关联机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有待进一步加强	探究土壤污染物促进前列腺癌发展的分子机制	前列腺癌患者样本和10种常见土壤污染物	生物信息学	前列腺癌	网络毒理学、单细胞测序、分子对接、机器学习算法	预后风险模型（包含101种机器学习算法）	基因组数据、蛋白质互作数据、临床预后数据	涉及242个潜在靶点，最终确定26个风险靶分子
267	2025-09-25	Spatial transcriptomics meets diabetic kidney disease: Illuminating the path to precision medicine 2025-Sep-15, World journal of diabetes IF:4.2Q1 DOI:10.4239/wjd.v16.i9.107663 PMID:40980298	综述	本微型综述探讨空间转录组学技术在糖尿病肾病研究中的应用与前景	首次系统阐述空间转录组学如何通过保留空间位置信息揭示糖尿病肾病的微环境异质性和细胞间通讯机制	空间分辨率有限、数据复杂度高、计算需求大	推动糖尿病肾病的精准医疗发展	糖尿病肾病患者的肾脏组织（肾小球和肾小管）	数字病理	糖尿病肾病	空间转录组学（Slide-seqV2）、单细胞RNA测序	机器学习、网络分析	空间基因表达数据	NA
268	2025-09-25	Spatial transcriptomics unravels the interactive network of aflatoxin B1-driven gastric cancer: Multi-omics integration of transcriptome and mendelian randomization 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118919 PMID:40850114	研究论文	通过空间转录组学和多组学整合揭示黄曲霉毒素B1诱导胃癌的分子调控网络	首次构建AFB1诱导胃癌的多层次分子调控图谱，建立环境致癌物毒理机制研究的多组学整合新范式	NA	阐明黄曲霉毒素B1驱动胃癌恶性进展的分子机制	人胃癌组织样本及AFB1核心调控基因	生物信息学	胃癌	空间转录组学(10X Visium)、单细胞RNA测序、分子对接、多组学整合	NA	转录组数据、空间转录组数据	NA
269	2025-09-25	Polyethylene terephthalate microplastics promote pulmonary fibrosis via AKT1, PIK3CD, and PIM1: A network toxicology and multi-omics analysis 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118954 PMID:40876188	研究论文	通过网络毒理学和多组学分析揭示PET微塑料通过AKT1、PIK3CD和PIM1蛋白加剧特发性肺纤维化的分子机制	首次结合网络毒理学、分子对接、孟德尔随机化和单细胞测序分析系统揭示PET微塑料致肺纤维化的新机制	研究主要基于生物信息学预测，需要实验验证核心靶点的功能机制	探究PET微塑料在特发性肺纤维化恶化中的作用机制	聚乙烯对苯二甲酸酯微塑料（PET-MPs）及其与肺纤维化的关联	毒理学	特发性肺纤维化	网络毒理学、分子对接、孟德尔随机化、单细胞测序分析、生物信息学数据库分析	NA	基因组数据、蛋白质互作数据、单细胞测序数据	从多个数据库获得120个潜在靶点和81个交叉靶点（基于GEO数据库的IPF基因集）
270	2025-09-25	Major PM2.5 components promote intracranial aneurysm via TP53: Insights from a comprehensive network analysis 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118953 PMID:40886600	研究论文	结合网络毒理学和双样本孟德尔随机化分析PM2.5主要成分通过TP53基因促进颅内动脉瘤形成的机制	首次整合网络毒理学、孟德尔随机化、分子对接和单细胞RNA测序等多维度方法，揭示PM2.5成分通过TP53通路促进动脉瘤的新机制	NA	探究PM2.5主要成分影响颅内动脉瘤发展的潜在分子机制	六种PM2.5代表性成分（铅、镉、砷、苯并[a]芘、甲醛、苯）及其与TP53基因的相互作用	网络毒理学	颅内动脉瘤	网络毒理学、双样本孟德尔随机化、分子对接、分子动力学模拟、单细胞RNA测序、基因集富集分析	NA	基因组数据、蛋白质互作数据、单细胞转录组数据	NA
271	2025-09-25	Pathogenic Mechanism of the Lactylation-Related Gene DCBLD1 in Ulcerative Colitis: A Multi-Omics and Machine Learning Analysis 2025-09-11, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073403664250911055311 PMID:40947685	研究论文	通过多组学和机器学习方法探讨乳酰化相关基因DCBLD1在溃疡性结肠炎发病机制中的作用	首次将乳酰化修饰与UC发病机制联系，并采用SMR分析、单细胞测序和多种机器学习算法构建诊断模型	需要未来进一步研究DCBLD1通过乳酰化调控免疫代谢的具体机制	探索DCBLD1基因在溃疡性结肠炎发病中的致病机制和潜在治疗靶点	溃疡性结肠炎患者肠道组织样本和健康对照组织	生物信息学	溃疡性结肠炎	多组学分析、SMR、scRNA-seq、RNA-seq、qPCR、机器学习	CATboost、XGBoost、NGboost	基因组数据、转录组数据、单细胞测序数据	未明确具体样本数量，包含UC患者和健康对照的肠道组织样本
272	2025-09-25	Single-cell transcriptomic profiling reveals diet-dependent dynamics of glucosinolate sulfatases expression and cellular origin in the midgut of Plutella xylostella 2025-Sep-09, Insect biochemistry and molecular biology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ibmb.2025.104399 PMID:40930467	研究论文	通过单细胞转录组测序揭示小菜蛾中肠细胞在取食不同寄主植物时葡萄糖硫苷硫酸酯酶的表达动态及细胞起源	首次构建小菜蛾中肠单细胞图谱，解析特定细胞类型中GSS基因的饮食依赖性表达模式及分化轨迹	研究聚焦于中肠细胞，未涉及其他组织器官；仅比较两种寄主植物的影响	探究不同寄主植物如何调控小菜蛾中肠细胞GSS基因表达及细胞分化命运	小菜蛾幼虫中肠细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot、免疫组织化学	伪时间轨迹分析	单细胞转录组数据	28,451个中肠细胞（分别取食萝卜和豌豆叶片）
273	2025-09-25	Single-cell profiling reveals immunoregulation of artemisinin on CD8+GZMB+ T cells via JAK2-STAT3 in malaria-infected mice 2025-Sep-08, Innovation (Cambridge (Mass.)) DOI:10.1016/j.xinn.2025.101080 PMID:40979296	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示青蒿素通过JAK2-STAT3通路调控CD8+GZMB+ T细胞的免疫调节作用	首次利用单细胞RNA测序技术系统描绘疟疾感染及青蒿素治疗下的免疫细胞图谱，并发现青蒿素通过JAK2-STAT3通路调控致病性CD8+GZMB+ T细胞的新机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探究青蒿素在疟疾感染宿主中的免疫调节机制	疟疾感染小鼠的肝脏、脾脏和外周血免疫细胞	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	241,837个细胞来自多个小鼠组织
274	2025-09-25	MitoScribe single-cell molecular recorder logs graded signaling dynamics into mitochondrial DNA 2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.05.674553 PMID:40949974	研究论文	介绍一种基于线粒体DNA的分子记录平台MitoScribe，能够将分级生物信号转化为稳定的线粒体DNA突变	首次利用线粒体DNA作为分子记录介质，通过碱基编辑器实现信号强度的分级记录，突破了传统基因组记录技术的灵敏度限制	NA	开发高灵敏度分子记录技术用于重建细胞历史状态	人类诱导多能干细胞（iPSCs）及其向中胚层分化过程	合成生物学	NA	单细胞RNA测序、线粒体转录富集、DdCBEs碱基编辑技术	NA	基因组测序数据、转录组数据	NA
275	2025-09-25	Targeting RPE Senescence Via Suppressing IL-6/IL-6R Signaling for Treating Retinal Degenerative Diseases 2025-Sep-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.12.44 PMID:40970669	研究论文	本研究通过抑制IL-6/IL-6R信号通路靶向RPE细胞衰老，为治疗视网膜退行性疾病提供新策略	首次揭示IL-6/IL-6R/STAT3信号轴在RPE细胞衰老中的关键作用，并验证托珠单抗的治疗潜力	研究主要基于NaIO3诱导的小鼠模型，人类临床应用效果需进一步验证	探索IL-6/IL-6R轴在RPE细胞衰老中的作用机制并评估其抑制剂的治疗效果	视网膜色素上皮细胞和NaIO3诱导的视网膜退行性病变小鼠模型	眼科疾病研究	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序、qPCR、Western blotting、免疫荧光染色、OCT、H&E染色、ERG	小鼠疾病模型	基因表达数据、影像学数据、电生理数据	NaIO3诱导的视网膜退化小鼠模型（具体数量未明确说明）
276	2025-09-25	Spatial omics enters the microscopic realm: opportunities and challenges 2025-Sep, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2025.05.002 PMID:40461389	综述	本文综述了显微分辨率空间转录组学（μST）的技术进展、当前挑战及未来发展方向	系统阐述了μST技术实现细胞和亚细胞尺度转录组图谱绘制的最新突破，并首次整合讨论了多组学整合和AI驱动分析等新兴解决方案	存在每个微米级空间单元转录本发现稀疏、跨平台数据碎片化等技术瓶颈	探讨显微分辨率空间转录组学领域的发展机遇与挑战	空间转录组学技术及其数据分析方法	空间组学	NA	测序和成像为基础的空间转录组学技术	人工智能（AI）驱动的空间分析方法	空间转录组数据	NA
277	2025-09-25	High-Fat and High-Sugar Diet Induces Murine Premature Ovarian Failure by Promoting Mitochondrial Oxidative Phosphorylation Response 2025-Sep, Food science & nutrition IF:3.5Q2 DOI:10.1002/fsn3.70973 PMID:40979580	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示高脂高糖饮食通过激活卵巢细胞线粒体氧化磷酸化通路诱导小鼠早发性卵巢功能不全的机制	首次应用单细胞RNA测序技术系统分析高脂高糖饮食诱导的小鼠卵巢细胞图谱，并验证氧化磷酸化信号通路在POF发生中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类临床验证	探究高脂高糖饮食诱导早发性卵巢功能不全的分子机制	C57BL/6品系小鼠的卵巢组织	分子病理学	早发性卵巢功能不全	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫荧光染色、qPCR	NA	单细胞转录组数据、病理图像数据、分子实验数据	实验组与对照组小鼠卵巢组织样本（具体数量未明确说明）
278	2025-09-25	A comparative transcriptomic analysis at single-cell resolution reveals acral melanoma features distinct from cutaneous melanoma 2025-Aug-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2025.04.09 PMID:40979667	研究论文	通过单细胞转录组分析比较肢端黑色素瘤和皮肤黑色素瘤的分子差异	首次在单细胞分辨率下系统比较AM与CM的转录组特征，发现具有施万细胞特性的MPZ+黑色素瘤细胞亚群在AM中的关键作用	样本量相对有限（39例AM和18例CM），需要更大规模验证	揭示肢端黑色素瘤与皮肤黑色素瘤在分子水平的差异特征	肢端黑色素瘤和皮肤黑色素瘤患者组织样本	生物信息学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	生物信息学分析工具（细胞聚类、差异表达分析、细胞通讯网络推断）	单细胞转录组数据	39例肢端黑色素瘤患者和18例皮肤黑色素瘤病例
279	2025-09-25	SMOC2 high myofibroblastic cancer-associated fibroblast drives primary cilia-associated tumor microenvironment remodeling and poor prognosis in gastric cancer 2025-Aug-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2025.04.12 PMID:40979668	研究论文	本研究通过整合多组学数据定义了胃癌原纤毛亚型，并建立了预后标志物PCS，发现SMOC2高表达肌成纤维癌相关成纤维细胞是驱动肿瘤微环境重塑的关键因素	首次系统鉴定胃癌原纤毛亚型，建立多机器学习算法融合的预后标志物，并通过单细胞测序发现SMOC2高表达mCAF新亚群	研究主要基于回顾性数据，需要前瞻性临床试验验证治疗策略的有效性	建立胃癌原纤毛相关预后标志物并探索肿瘤微环境调控机制	胃癌患者样本和细胞系模型	数字病理学	胃癌	批量转录组测序、单细胞RNA测序、WGCNA分析、细胞培养实验、异种移植模型	多机器学习生存分析框架（包含10种算法）	转录组数据、单细胞测序数据	超过1500例胃癌样本的多队列数据
280	2025-09-25	Integration of phospho-signaling and transcriptomics in single cells reveals distinct Th17 cell fates 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116006 PMID:40674215	研究论文	开发了Vivo-seq单细胞多组学平台，整合转录组和磷酸化信号检测揭示Th17细胞命运决定机制	首创能够同时捕获单细胞转录组和磷酸化信号状态的Vivo-seq技术平台	技术平台尚未在其他细胞类型或疾病模型中验证	解析Th17细胞分化过程中信号传导与转录调控的协同机制	T辅助17细胞（Th17细胞）	单细胞多组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、磷酸化信号检测、Vivo-seq平台	NA	单细胞转录组数据、磷酸化蛋白数据	未明确样本数量（Th17细胞单细胞水平分析）