单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-06-04	Spatial transcriptomics reveals molecular cues underlying the site specificity of the adult mouse oral mucosa and its stem cell niches 2024-12-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.007 PMID:39547226	research paper	该研究通过空间转录组学技术揭示了成年小鼠口腔黏膜及其干细胞微环境的分子特征	首次定义了口腔不同部位独特和共有的细胞微环境分子标记，并鉴定了FGF通路作为口腔上皮干细胞的潜在微环境因子	研究仅限于小鼠模型，人类口腔黏膜可能存在差异	解析维持口腔黏膜部位特异性的分子机制	成年小鼠的舌头、颊部和腭部组织	spatial transcriptomics	NA	tomo-seq空间转录组学	NA	空间转录组数据	成年小鼠的舌头、颊部和腭部组织样本
322	2025-06-04	Bone morphogenetic protein 4 induces hematopoietic stem cell development from murine hemogenic endothelial cells in culture 2024-12-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.005 PMID:39547225	研究论文	本研究探讨了骨形态发生蛋白4（BMP4）在诱导小鼠胚胎造血内皮细胞（HECs）向造血干细胞（HSCs）分化中的作用	发现BMP4是促进早期HECs向HSCs分化的关键因子，为体外诱导HSCs提供了新方法	研究仅在小鼠胚胎细胞中进行，尚未在人类细胞中验证	阐明早期HECs向HSCs分化的信号需求	小鼠胚胎造血内皮细胞（HECs）	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	E9.5和E10.5小鼠胚胎细胞
323	2025-06-04	Single-cell analyses reveal that monocyte gene expression profiles influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts 2024-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.12.623270 PMID:39605411	研究论文	通过单细胞分析揭示单核细胞基因表达谱影响急性治疗队列中HIV-1病毒库的大小	首次使用单细胞RNA测序技术揭示单核细胞基因表达与HIV-1病毒库大小的关联，并发现IL1B通过激活NF-κB通路影响病毒库	样本量较小（14人），且仅在急性感染期接受ART治疗的人群中进行研究	研究宿主基因表达差异是否调节抑制性ART治疗期间HIV-1病毒库的大小	接受ART治疗的急性HIV-1感染者的外周血单核细胞（PBMC）	生物医学	艾滋病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），完整前病毒DNA检测（IPDA）	NA	单细胞基因表达数据	14名急性感染期接受ART治疗的个体（初始队列），38名不同遗传背景和HIV-1亚型感染的个体（验证队列）
324	2025-06-04	Validation of non-destructive morphology-based selection of cerebral cortical organoids by paired morphological and single-cell RNA-seq analyses 2024-11-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.09.005 PMID:39393360	研究论文	通过配对形态学和单细胞RNA-seq分析验证基于形态学的非破坏性选择方法在脑皮质类器官中的应用	首次展示了非破坏性形态学分析可以准确区分由大脑皮质组织组成的类器官与其他脑组织类器官	未提及样本量是否足够大以覆盖所有可能的形态变异	提高基于类器官的疾病模型和细胞治疗的实验准确性和可靠性	脑皮质类器官	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	图像和RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
325	2025-06-04	Lineage-specific dynamics of loss of X upregulation during inactive-X reactivation 2024-11-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.001 PMID:39486405	research paper	研究探讨了在不同细胞或发育背景下，失活X染色体（Xi）的重新激活是否会导致活性X染色体（Xa）上调的丧失	揭示了Xi重新激活与Xa上调丧失在不同细胞类型中的不同步现象，并建立了X染色体转录协调的数学模型	研究主要基于小鼠模型和特定人类细胞类型，可能不适用于所有生物系统	探索失活X染色体重新激活与活性X染色体上调之间的动态关系	小鼠胚胎上胚层、诱导多能干细胞、生殖细胞、小鼠胚胎外内胚层干细胞和人类B细胞	遗传学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	基因表达数据	多种细胞类型（具体数量未明确说明）
326	2025-06-04	Single-cell RNA sequencing reveals the process of CA19-9 production and dynamics of the immune microenvironment between CA19-9 (+) and CA19-9 (-) PDAC 2024-Oct-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003130 PMID:38816396	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了CA19-9的产生过程以及CA19-9阳性和阴性PDAC中免疫微环境的动态变化	首次在单细胞分辨率下描述了CA19-9的产生过程，并发现CA19-9可促进胰腺肿瘤微环境中巨噬细胞的M2极化	样本量较小（6个PDAC样本和2个癌旁样本），且部分数据来自在线数据库	阐明CA19-9在PDAC进展中的产生机制和潜在作用	胰腺导管腺癌（PDAC）患者样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	6个PDAC样本（3个CA19-9阳性和3个阴性）和2个癌旁样本，外加在线数据库中的6个PDAC样本（3个CA19-9阳性和3个阴性）
327	2025-06-04	The integrated molecular and histological analysis defines subtypes of esophageal squamous cell carcinoma 2024-10-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53164-x PMID:39419971	研究论文	通过整合分子和组学分析定义食管鳞状细胞癌的亚型	利用基因组-转录组特征分析和AI辅助组织病理学图像分析，将食管鳞状细胞癌分为四种亚型，并揭示了各亚型的分子和病理特征	研究样本仅来自中国患者，可能限制了结果的普适性	提高对食管鳞状细胞癌分子和免疫景观的理解，以促进个性化治疗策略的开发	120名中国食管鳞状细胞癌患者	数字病理学	食管鳞状细胞癌	基因组-转录组分析，单细胞RNA-seq，免疫组织化学	深度学习模型	基因组数据，转录组数据，图像数据	120名患者
328	2025-06-04	In vivo CRISPRi screen identified lncRNA portfolio crucial for cutaneous squamous cell carcinoma tumor growth 2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.16.618774 PMID:39464078	研究论文	通过体内CRISPRi筛选鉴定出对皮肤鳞状细胞癌肿瘤生长至关重要的lncRNA组合	首次通过CRISPR干扰筛选和异种移植模型鉴定出调控cSCC生长的lncRNAs，并验证了LINC00704和LINC01116作为潜在生物标志物	研究主要基于体外和异种移植模型，尚未在人体内进行验证	揭示lncRNAs在皮肤鳞状细胞癌发展中的作用机制	皮肤鳞状细胞癌(cSCC)相关的长链非编码RNA(lncRNA)	癌症研究	皮肤鳞状细胞癌	CRISPR干扰筛选、单细胞测序、异种移植模型	xenograft模型	单细胞测序数据	正常和cSCC人类皮肤组织的单细胞测序数据
329	2025-06-04	Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction 2024-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.617070 PMID:39416184	research paper	该研究探讨了抗体Fab和Fc特征在促进结核分枝杆菌限制中的作用	通过Fc交换优化保护性抗体，揭示了Fc效应功能在结核分枝杆菌限制中的关键作用，并发现抗体介导的限制与组织水平免疫反应的重组有关	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚待验证	研究抗体在结核病控制中的作用机制	结核分枝杆菌和单克隆抗体	免疫学	结核病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
330	2025-06-04	Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.615007 PMID:39386723	研究论文	通过多模态空间分析揭示输卵管高级别浆液性卵巢癌前病变中的免疫抑制和微环境重塑	整合高复杂度成像和空间转录组学技术，首次在HGSOC发展的不同阶段（包括p53特征、浆液性输卵管上皮内癌和侵袭性HGSOC）分析了人类组织样本，揭示了前体上皮中的免疫调节机制	研究样本可能不足以代表所有HGSOC亚型，且未探讨发现的分子改变是否具有因果关系	阐明从癌前病变进展为高级别浆液性卵巢癌的分子变化	人类输卵管组织样本（p53特征、浆液性输卵管上皮内癌和侵袭性HGSOC）	数字病理学	卵巢癌	高复杂度成像、空间转录组学	NA	图像、转录组数据	不同发展阶段的HGSOC人类组织样本（具体数量未明确说明）
331	2025-06-04	Bronchopulmonary Dysplasia with Pulmonary Hypertension Associates with Loss of Semaphorin Signaling and Functional Decrease in FOXF1 Expression 2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.27.609955 PMID:39253423	研究论文	研究早产儿肺损伤导致的支气管肺发育不良（BPD）及伴随的肺动脉高压（PH）的细胞和分子机制	通过单细胞RNA测序揭示了BPD+PH患者肺部独特的异常毛细血管细胞状态，并发现semaphorin信号通路缺陷及FOXF1表达降低	研究样本可能有限，且机制研究部分依赖于小鼠模型	探究BPD及BPD+PH的发病机制	早产儿肺部组织及小鼠模型	生物医学	支气管肺发育不良（BPD）及肺动脉高压（PH）	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	早产儿肺部组织样本及小鼠模型
332	2025-06-04	Advancing cell-based therapy in sepsis: An anesthesia outlook 2024-Jul-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003097 PMID:38708689	review	本文综述了细胞疗法在脓毒症治疗中的现状和进展，特别是免疫细胞疗法在围手术期管理中的应用	探讨了基于干细胞的干预措施和CAR-免疫细胞疗法在脓毒症治疗中的创新应用	未提及具体临床试验结果或疗效数据	探索脓毒症治疗中的新型细胞疗法	脓毒症患者，特别是围手术期患者	NA	脓毒症	单细胞测序、基因编辑技术	NA	NA	NA
333	2025-06-04	Identification of potential immune-related mechanisms related to the development of multiple myeloma 2024-Jul-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003116 PMID:38844445	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了多发性骨髓瘤患者的骨髓免疫微环境，特别是单核/巨噬细胞的作用	首次全面描述了治疗初发多发性骨髓瘤患者的骨髓免疫细胞特征，特别是发现干扰素相关免疫细胞亚群和免疫抑制性单核/巨噬细胞的富集	样本量相对有限，且仅针对治疗初发患者进行研究	阐明多发性骨髓瘤患者骨髓免疫微环境的特征，特别是单核/巨噬细胞的作用机制	多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者的骨髓免疫细胞	生物医学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、流式细胞术	NA	基因表达数据、流式细胞数据	治疗初发多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者的样本
334	2025-06-04	6-Formylindolo[3,2-b]carbazole, a potent ligand for the aryl hydrocarbon receptor, attenuates concanavalin-induced hepatitis by limiting T-cell activation and infiltration of proinflammatory CD11b+ Kupffer cells 2024-05-29, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae018 PMID:38366630	研究论文	本研究探讨了FICZ通过激活芳烃受体在自身免疫性肝炎模型中的抗炎作用及其机制	首次揭示了FICZ通过调控CD3+ T细胞活化和CD11b+ Kupffer细胞浸润减轻肝炎的分子机制	研究仅使用小鼠模型，尚未在人体中验证	探究FICZ通过芳烃受体途径对自身免疫性肝炎的保护作用	小鼠自身免疫性肝炎模型	免疫学	自身免疫性肝炎	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	未明确说明具体样本数量的小鼠模型
335	2025-06-04	Recent advances in cancer-associated fibroblast: Biomarkers, signaling pathways, and therapeutic opportunities 2024-Mar-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003031 PMID:38420743	综述	本文总结了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的研究进展，重点关注其表型和功能的异质性、特定信号通路以及涉及CAFs的治疗策略	综述了CAFs的异质性、信号通路和表观遗传变化，并探讨了CAFs作为治疗靶点的潜力	CAFs在肿瘤微环境中的复杂性仍知之甚少，针对CAFs的临床试验结果大多不理想	探讨CAFs在肿瘤微环境中的作用及其作为治疗靶点的潜力	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序、基因工程小鼠模型	NA	NA	NA
336	2025-06-04	Mapping inherited genetic variation with opposite effects on autoimmune disease and cancer identifies candidate drug targets associated with the anti-tumor immune response 2023-Dec-28, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.12.23.23300491 PMID:38234717	研究论文	通过系统性分析遗传变异与自身免疫性疾病和癌症的相反关联，识别出潜在的癌症免疫治疗靶点	首次系统地识别出与自身免疫性疾病风险和癌症保护相关的遗传变异，并验证了五个基因作为潜在的癌症免疫治疗靶点	研究主要基于GWAS数据，功能验证仍需进一步实验	识别具有相反自身免疫性疾病和癌症效应的遗传变异，以发现新的癌症免疫治疗靶点	乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌患者及自身免疫/自身炎症性疾病患者	遗传学	癌症	GWAS, RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq	NA	基因组数据, 转录组数据	240,540例癌症患者/317,000例对照和112,631例自身免疫/自身炎症性疾病患者/895,386例对照
337	2025-06-04	An atlas of immune cell transcriptomes in human immunodeficiency virus-infected immunological non-responders identified marker genes that control viral replication 2023-Nov-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000002918 PMID:37914674	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了HIV感染免疫无应答者的免疫细胞亚型特征，并鉴定了与病毒复制相关的标志基因	首次在单细胞水平上比较了HIV感染免疫应答者和无应答者的免疫细胞转录组差异，并发现了一组与HIV复制相关的单核细胞标志基因	样本量相对较小，仅分析了外周血单个核细胞，未涉及其他组织中的免疫细胞	探究HIV感染免疫无应答者特定免疫细胞亚型的特征	HIV感染免疫应答者和无应答者的外周血单个核细胞	免疫学	HIV感染/艾滋病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	免疫应答者(CD4+T细胞计数>500)和免疫无应答者(CD4+T细胞计数<300)的外周血单个核细胞
338	2025-06-04	Ovarian cancer mutational processes drive site-specific immune evasion 2022-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05496-1 PMID:36517593	研究论文	该研究通过整合全基因组测序、单细胞RNA测序、数字组织病理学和多重免疫荧光技术，分析了42名未经治疗的高级别浆液性卵巢癌患者的160个肿瘤部位，揭示了突变过程和肿瘤解剖位置如何决定肿瘤微环境的免疫状态	首次揭示了卵巢癌突变过程与解剖位置如何共同决定肿瘤微环境的免疫状态，并发现了不同突变类型肿瘤的免疫逃逸机制差异	样本量相对有限（42名患者），且仅针对治疗初治患者进行研究	评估突变过程和肿瘤解剖位置如何决定肿瘤微环境的免疫状态	42名未经治疗的高级别浆液性卵巢癌患者的160个肿瘤部位	数字病理学	卵巢癌	全基因组测序、单细胞RNA测序、数字组织病理学、多重免疫荧光	NA	基因组数据、转录组数据、图像数据	42名患者的160个肿瘤部位
339	2025-06-03	Paricalcitol plus hydroxychloroquine enhances gemcitabine activity and induces mesenchymal to epithelial transition in pancreatic ductal adenocarcinoma: A single cell RNA-seq analysis 2025-Aug-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217809 PMID:40409452	研究论文	本研究探讨了帕立骨化醇、羟氯喹与吉西他滨联合治疗对胰腺导管腺癌中上皮-间质转化（EMT）的影响	首次在单细胞RNA测序水平上揭示了GPH联合治疗通过下调纤维连接蛋白（Fn1）和相关信号通路减少EMT的分子机制	研究仅基于KPC-Luc小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索针对胰腺导管腺癌EMT过程的新型联合治疗方案	KPC-Luc原位小鼠模型中的胰腺导管腺癌细胞	肿瘤学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）、细胞间通讯分析	KPC-Luc小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本量（基于KPC-Luc小鼠模型）
340	2025-06-03	Decoding the corneal immune microenvironment in healthy and diabetic mice during corneal wound healing 2025-Jul, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.02.010 PMID:40023495	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析了健康和糖尿病小鼠角膜在稳态和伤口愈合过程中免疫细胞的转录变化	首次建立了健康和糖尿病小鼠角膜伤口愈合过程中免疫细胞的全面单细胞RNA测序转录组图谱	研究仅针对小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究糖尿病角膜病变(DK)中免疫微环境的变化机制	健康和糖尿病小鼠的角膜免疫细胞	生物医学	糖尿病角膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	健康和糖尿病小鼠的角膜样本