单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-01	Identification of predictors for bacterial meningitis diagnosis based on transcriptomics and genetic analysis 2025-May-30, AMB Express IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s13568-025-01893-7 PMID:40445403	研究论文	本研究通过转录组学和遗传分析识别细菌性脑膜炎（BM）诊断的预测因子，并探讨关键基因在免疫细胞中的作用	首次鉴定出RNF144B和FYN作为BM的风险和保护基因，并揭示了它们在疾病不同阶段的表达趋势及其与免疫细胞比例的关联	研究样本量未明确说明，且未提及外部验证队列	改善细菌性脑膜炎的诊断和治疗	细菌性脑膜炎患者的免疫相关基因和免疫细胞	转录组学	细菌性脑膜炎	单细胞RNA测序、基因集富集分析、伪时间分析、孟德尔随机化、差异基因表达分析、共表达网络分析	NA	转录组数据	NA
22	2025-06-01	Development of an immune scoring system based on exosome-related gene expression for prognosis and treatment response prediction in breast cancer 2025-May-30, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02702-0 PMID:40445462	研究论文	该研究基于外泌体相关基因表达开发了一种免疫评分系统，用于预测乳腺癌的预后和治疗反应	首次将外泌体相关基因与乳腺癌的免疫浸润和预后联系起来，并开发了一个新的免疫评分系统	需要进一步验证该免疫评分系统在更大样本和不同乳腺癌亚型中的适用性	开发基于外泌体相关基因表达的免疫评分系统以预测乳腺癌预后和治疗反应	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、qPCR、免疫印迹	机器学习模型	基因表达数据	多个数据集（具体数量未明确说明）
23	2025-06-01	One probe fits all: a highly customizable modular RNA in situ hybridization platform expanding the application of SABER DNA probes 2025-May-30, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204775 PMID:40446186	research paper	介绍了一种高度可定制的模块化RNA原位杂交平台OneSABER，扩展了SABER DNA探针的应用	OneSABER是一个统一的开放平台，连接了常用的经典和最近开发的单重和多重、比色和荧光ISH方法，使用单一类型的DNA探针	NA	开发一个统一的RNA原位杂交平台，简化实验流程并降低成本	再生扁虫Macrostomum lignano和Schmidtea mediterranea的整体样本，以及福尔马林固定石蜡包埋的小鼠肠道切片	分子生物学	NA	RNA原位杂交(ISH)，信号放大交换反应(SABER)	NA	RNA表达模式	再生扁虫和小鼠肠道切片样本
24	2025-06-01	Human endothelial cells promote a human neural stem cell type B phenotype via Notch signaling 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60194-6 PMID:40447618	研究论文	研究发现人内皮细胞通过Notch信号通路促进人神经干细胞B型表型	首次发现人内皮细胞通过Notch信号通路促进人神经干细胞B型表型，并鉴定了S100A6和LeX作为人B型细胞的标记物	研究主要集中于人神经干细胞B型表型，未涉及其他类型的神经干细胞	探究人内皮细胞与人神经干细胞之间的协调调控机制	人神经干细胞B型细胞和人内皮细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	NA
25	2025-06-01	Immunogenicity and cellular response of a herpes zoster virus gEgI fusion protein adjuvanted with CpG-emulsion in mice 2025-May-30, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03423-w PMID:40448056	研究论文	研究评估了gEgI融合蛋白与CpG-乳液佐剂在小鼠中的免疫原性和细胞反应	开发了一种包含gEgI融合蛋白的新型疫苗，并使用复合佐剂XUA09C增强免疫反应，显示出比现有疫苗Shingrix更优的T细胞反应	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其安全性和有效性	开发更安全、更易获取的带状疱疹疫苗	成年小鼠、VZV预激小鼠和老年小鼠	疫苗开发	带状疱疹	单细胞RNA测序	NA	免疫反应数据	成年小鼠、VZV预激小鼠和老年小鼠
26	2025-06-01	Multiplex imaging reveals novel patterns of MRTFA/B activation in the breast cancer microenvironment 2025-May-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06559-3 PMID:40448123	研究论文	本文通过多重成像技术研究了MRTFA/B在乳腺癌微环境中的表达和激活模式，揭示了它们在癌症转移和免疫抑制中的作用	首次在人类肿瘤中发现MRTFA/B在癌细胞中同时激活，并揭示了它们在乳腺癌不同组织学亚型和微环境细胞中的表达差异，特别是在非洲裔美国患者转移性肿瘤中的高表达	研究主要基于组织微阵列和公共数据库分析，缺乏体内功能验证实验	评估MRTFA/B转录因子对乳腺癌及其微环境的肿瘤发生和转移影响	乳腺癌组织样本（包括原发肿瘤和淋巴结转移）和肿瘤微环境细胞	数字病理学	乳腺癌	多重免疫荧光技术，生物信息学分析（TCGA和METABRIC数据库），单细胞RNA测序	NA	图像数据（组织微阵列），转录组数据	两个乳腺癌组织微阵列（CHTN_BrCaProg3和UIC-001-TMA），TCGA和METABRIC数据库数据
27	2025-06-01	Single-cell sequencing atlas construction for tracheobronchial adenoid cystic carcinoma 2025-May-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06622-z PMID:40448199	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
28	2025-06-01	An Arabidopsis single-nucleus atlas decodes leaf senescence and nutrient allocation 2025-May-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.024 PMID:40220755	research paper	该研究通过单核RNA测序技术构建了拟南芥的单核转录组图谱，揭示了叶片衰老和养分分配的细胞类型特异性协调机制	首次构建了拟南芥跨20个组织的百万级单核转录组图谱，开发了单细胞分辨率叶片衰老量化指标，系统性解析了碳氮分配模式	研究主要基于拟南芥模型，结论在其它植物中的普适性有待验证	解析植物叶片衰老和养分分配的细胞类型特异性调控机制	拟南芥20个组织的1,000,000+细胞核	植物分子生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, 加权基因共表达网络分析	NA	单细胞转录组数据	超过100万个细胞核，覆盖20个组织多个发育阶段
29	2025-06-01	Identification of novel therapeutic targets in hepatitis-B virus-associated membranous nephropathy using scRNA-seq and machine learning 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03625-0 PMID:40442195	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习技术，揭示了miR-223-3p和CRIM1在乙型肝炎病毒相关膜性肾病中的关键作用	首次结合scRNA-seq和机器学习技术，识别了HBV-MN中miR-223-3p调控CRIM1表达的新机制	研究样本可能局限于高HBV流行区域，未提及临床治疗效果的验证	阐明HBV-MN的分子机制，寻找新的治疗靶点	乙型肝炎病毒相关膜性肾病（HBV-MN）患者	digital pathology	hepatitis-B virus-associated membranous nephropathy	scRNA-seq, 机器学习, 双荧光素酶报告基因检测	machine learning	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
30	2025-06-01	Targeting SPP1+ macrophages via the SPP1-CD44 axis reveals a key mechanism of immune suppression and tumor progression in ovarian cancer 2025-May-29, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114906 PMID:40446696	研究论文	该研究通过整合分析卵巢癌单细胞测序数据，揭示了SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44轴驱动免疫抑制和T细胞耗竭的关键机制	首次发现SPP1+巨噬细胞亚群通过SPP1-CD44轴促进T细胞耗竭，并证实阻断该轴可恢复CD8 T细胞功能，同时鉴定尼洛替尼作为潜在SPP1抑制剂	研究主要基于单细胞测序数据和体外实验，需要更多体内实验验证临床转化潜力	探究卵巢癌肿瘤微环境中TAMs介导免疫抑制的分子机制	高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)中的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)和T细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞测序、分子对接、分子动力学模拟	NA	单细胞测序数据	6个HGSOC单细胞测序数据集
31	2025-06-01	Unraveling the mechanisms of irAEs in endometrial cancer immunotherapy: insights from FAERS and scRNA-seq data 2025-May-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02723-3 PMID:40436981	研究论文	本研究整合FAERS数据库和单细胞转录组数据，探讨子宫内膜癌免疫治疗中PD-1抑制剂相关不良事件的潜在机制	首次整合FAERS数据库与单细胞转录组数据，揭示PD-1抑制剂可能通过CXCR4和CXCR6通路的代偿性激活导致免疫相关不良事件	需要进一步的临床研究和机制研究验证这些发现	优化子宫内膜癌免疫治疗策略并减轻不良事件	子宫内膜癌患者及免疫检查点抑制剂相关不良事件	数字病理学	子宫内膜癌	scRNA-seq, FAERS数据库分析	Weibull建模	单细胞转录组数据, 药物不良事件报告数据	FAERS数据库中2,202例免疫检查点抑制剂相关报告及单细胞分析数据
32	2025-06-01	Deciphering the cellular and molecular landscape of cervical cancer progression through single-cell and spatial transcriptomics 2025-May-28, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00948-z PMID:40437003	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面描述了宫颈癌发展过程中肿瘤微环境的细胞和分子特征	首次整合scRNA-seq和stRNA-seq技术，揭示了SPP1+巨噬细胞在宫颈癌进展中的关键作用及其通过SPP1-CD44信号轴与免疫细胞的相互作用	样本量可能有限，且未涉及治疗干预后的动态变化	解析宫颈癌从HPV感染到恶性肿瘤进展过程中的细胞和分子机制	正常宫颈组织、HPV感染的正常宫颈组织、高级别鳞状上皮内病变(HSIL)和浸润性宫颈癌样本	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, stRNA-seq	NA	转录组数据	包含正常、HPV感染、HSIL和浸润性癌的多阶段样本(具体数量未明确说明)
33	2025-06-01	Natural killer cells adopt an activated and decidual-like phenotype after autologous hematopoietic stem cell transplantation in children with cancer 2025-May-28, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-025-00911-w PMID:40437214	研究论文	研究儿童癌症患者自体造血干细胞移植后自然杀伤细胞的活化和蜕膜样表型变化	首次描述了儿童患者自体造血干细胞移植后自然杀伤细胞出现的短暂蜕膜样表型及其与细胞因子和临床结果的关系	样本量较小（13名儿童患者），且使用了成人健康供体的数据进行对比	了解自体造血干细胞移植后免疫系统重建过程中自然杀伤细胞的动态功能	儿童癌症患者（3-11岁）和成人健康供体（25-62岁）的自然杀伤细胞	免疫学	癌症	多参数流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据、RNA测序数据、血浆细胞因子数据	13名儿童患者（男8，女5）和8名成人健康供体（男5，女3）
34	2025-06-01	ITIH4 attenuates acute lung injury by Fe-containing particulate matter in mice via Hippo pathway in type II alveolar epithelial cells 2025-May-28, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03256-z PMID:40437524	research paper	本研究探讨了重组ITIH4（rITIH4）对暴露于含铁颗粒物（PM）的小鼠急性肺损伤的保护作用及其通过Hippo通路的机制	首次揭示了ITIH4通过调节AECII中的Hippo通路减轻含铁颗粒物引起的急性肺损伤	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究ITIH4对含铁颗粒物引起的急性肺损伤的保护作用及机制	C57BL/6JNarl和B6.Sftpc-CreERT2;Ai14(RCL-tdT)-D小鼠	呼吸病学	急性肺损伤	单细胞RNA测序、电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）	小鼠急性肺损伤模型	基因表达数据、蛋白质水平数据、细胞计数数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
35	2025-06-01	AAV-mediated silencing of Sox4 leads to long-term amelioration of liver phenotypes in mouse models of Alagille syndrome 2025-May-28, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.04.033 PMID:40446945	research paper	该研究通过AAV介导的Sox4沉默，在小鼠模型中长期改善Alagille综合征的肝脏表型	首次证明AAV介导的Sox4沉默可作为Alagille综合征肝病的潜在治疗方法	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	寻找增强胆道发育的治疗靶点，以解决Alagille综合征等胆管缺乏疾病的未满足需求	Alagille综合征小鼠模型及人类肝脏组织	基因治疗	Alagille综合征	AAV8载体介导的基因沉默、scRNA-Seq、RNAscope	小鼠模型	基因表达数据、组织学数据	小鼠模型及人类肝脏组织样本
36	2025-06-01	Tolerance and heteroresistance to echinocandins in Candida auris: conceptual issues, clinical implications, and outstanding questions 2025-May-27, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00161-25 PMID:40237528	research paper	本文探讨了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性，及其对治疗的挑战和临床意义	提出了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性的概念，并探讨了这些现象对治疗和临床结果的影响	这些机制的临床意义尚不明确，且缺乏与治疗失败相关的数据	理解耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性的机制及其影响，开发检测方法和缓解策略	耳念珠菌	微生物学	真菌感染	空间转录组学	NA	NA	NA
37	2025-06-01	Chaperonin containing TCP1 subunit 5 as a novel pan-cancer prognostic biomarker for tumor stemness and immunotherapy response: insights from multi-omics data, integrated machine learning, and experimental validation 2025-May-27, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04071-7 PMID:40423850	研究论文	本研究通过多组学数据和机器学习方法，揭示了CCT5在泛癌中的预后价值和免疫治疗反应预测作用	首次全面评估CCT5在33种癌症类型中的表达模式，并开发了基于CCT5的免疫治疗反应预测模型CCT5.Sig	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	探究CCT5在泛癌进展中的作用及其作为免疫治疗反应预测标志物的潜力	33种癌症类型的肿瘤组织和1394例接受免疫检查点阻断治疗的患者样本	生物信息学	泛癌研究	多组学分析（包括bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学）和机器学习	机器学习模型（具体算法未明确说明）	多组学数据（转录组、单细胞转录组、空间转录组）	33种癌症类型的肿瘤组织和1394例免疫治疗患者样本
38	2025-06-01	Comparative analysis of the syncytiotrophoblast in placenta tissue and trophoblast organoids using snRNA sequencing 2025-May-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.101170 PMID:40424181	研究论文	通过单核和单细胞RNA测序比较分析胎盘组织和滋养层类器官中的合体滋养层细胞	首次使用单核RNA测序技术捕获合体滋养层细胞群体，并揭示了三种核亚型，同时鉴定了类器官培养条件下合体滋养层细胞的不同表达模式	研究未涉及RYBP敲除对胎盘发育其他方面的影响	探究合体滋养层细胞的分化和核异质性	胎盘组织和滋养层类器官中的合体滋养层细胞	单细胞组学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，涉及早孕期、足月胎盘组织及两种培养条件下的滋养层类器官
39	2025-06-01	Longitudinal scRNA-seq of retinal organoids derived from Stargardt disease patient with ABCA4 mutation 2025-May-27, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05079-5 PMID:40425564	research paper	利用携带ABCA4基因突变的Stargardt病患者来源的iPSCs生成视网膜类器官，并通过单细胞RNA测序研究其发育阶段的转录组学特征	首次使用中国STGD患者常见变异的iPSCs生成视网膜类器官，填补了小鼠模型因缺乏黄斑而无法完美模拟STGD特征的知识空白	研究仅针对中国STGD患者中常见的ABCA4变异，可能无法涵盖所有突变类型	研究ABCA4基因突变导致的Stargardt病发病机制	携带ABCA4突变的患者来源iPSCs生成的视网膜类器官	digital pathology	Stargardt病	scRNA-seq, iPSCs技术	视网膜类器官模型	单细胞转录组数据	多个发育阶段（40、90、150、200和260天）的视网膜类器官样本
40	2025-06-01	Single cell RNA sequencing reveals the role of local renin-angiotensin system in regulating ovarian physiological cycle and promoting PCOS 2025-May-27, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02531-8 PMID:40425574	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了卵巢局部肾素-血管紧张素系统（RAS）在调节卵巢生理周期及促进多囊卵巢综合征（PCOS）中的作用	首次在单细胞水平上揭示了卵巢局部RAS在发情周期中的动态变化，并提供了AngII与IRS1/PI3K/AKT通路交互作用导致胰岛素抵抗（IR）可能是PCOS潜在机制的初步证据	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究卵巢局部RAS在生理周期调节及PCOS发病机制中的作用	小鼠卵巢细胞	单细胞组学	多囊卵巢综合征（PCOS）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	PCOS小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本量，但涉及小鼠卵巢多个细胞簇