单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-16	Targeted Inhibition of cGAS/STING signaling induced by aberrant R-Loops in the nucleus pulposus to alleviate cellular senescence and intervertebral disc degeneration 2025-Jul-14, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03579-5 PMID:40660286	研究论文	该研究通过单细胞RNA-seq数据分析，揭示了异常R-Loops积累通过激活cGAS/STING信号通路导致髓核细胞衰老和椎间盘退变的机制，并开发了一种靶向纳米递送平台用于治疗	首次发现R-Loops异常积累通过cGAS/STING通路导致髓核细胞衰老，并开发了靶向纳米递送平台CTP-PEG-PAMAM用于递送si-Ercc5治疗椎间盘退变	研究主要基于大鼠穿刺模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索椎间盘退变的分子机制并开发靶向治疗策略	髓核细胞(NPCs)和椎间盘退变(IVDD)大鼠模型	分子生物学与纳米医学	椎间盘退变	单细胞RNA-seq、纳米递送技术	大鼠穿刺模型	RNA-seq数据	NA
22	2025-07-16	DnaK of Parvimonas micra extracellular vesicles interacts with the host fibroblasts BAG3-IKK-γ axis to accelerate TNF-α secretion in oral lichen planus 2025-Jul-14, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02151-5 PMID:40660385	研究论文	该研究揭示了口腔扁平苔藓(OLP)中Parvimonas micra(P. micra)及其细胞外囊泡(EVs)通过DnaK-BAG3-IKK-γ轴抑制自噬并促进TNF-α分泌的致病机制	首次发现P. micra是OLP发展中的关键病原体，并阐明其EVs通过DnaK-BAG3-IKK-γ轴调控自噬和TNF-α分泌的新机制	研究主要关注P. micra及其EVs的作用，其他口腔微生物的潜在贡献未被充分探讨	探究口腔扁平苔藓(OLP)的致病机制	非糜烂性/糜烂性OLP患者和健康个体的口腔微生物组及成纤维细胞	微生物组学	口腔扁平苔藓	微生物组分析、单细胞RNA测序、网络分析、随机森林分析、NetShift分析	NA	微生物组数据、单细胞RNA测序数据	OLP患者和健康个体的颊黏膜、唇黏膜、舌背和唾液样本
23	2025-07-16	A scRNA-seq reference contrasting living and early post-mortem human retina across diverse donor states 2025-Jul-14, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-025-00796-9 PMID:40660409	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，对比分析了活体和早期死后人类视网膜样本，建立了视网膜细胞类型比例和细胞状态的参考图谱	首次在单细胞水平对比活体与死后人类视网膜组织的转录组差异，并发现了一个新的mlCone光感受器亚群ELF1-mlCone	样本量相对有限（9个主要样本+4个验证样本），且死后样本采集时间窗口（6小时内）可能影响结果	建立活体人类视网膜的单细胞参考图谱，补充现有死后组织数据集	人类视网膜组织（活体治疗性眼球摘除样本和死后捐赠样本）	单细胞基因组学	视网膜疾病	scRNA-seq（10x Genomics 3' RNA-seq），scVI整合分析，RNA velocity，CellChat细胞通讯分析	scVI（用于批次校正的深度生成模型）	单细胞转录组数据	106,829个单细胞（来自9个未冷冻样本，包括5个活体样本+4个死后样本），外加4个独立验证样本
24	2025-07-16	Unveiling the mechanisms of CEBPD-orchestrated TAM polarization through RGS2/PAR2 pathway and its impact on ICB efficacy in clear cell renal cell carcinoma 2025-Jul-13, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010898 PMID:40659446	研究论文	本研究揭示了CEBPD通过RGS2/PAR2通路调控肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）极化及其对免疫检查点阻断（ICB）疗效的影响	首次发现CEBPD通过RGS2/PAR2轴调控TAMs极化，并影响ICB治疗效果	研究主要基于ccRCC样本，结果在其他癌症类型中的普适性有待验证	探索CEBPs在ccRCC免疫微环境中调控TAMs极化的机制及其对ICB治疗的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肾细胞癌	单细胞转录组测序、Western blot、免疫荧光、体外极化实验、染色质免疫沉淀测序、双荧光素酶报告基因检测、电泳迁移率变动分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、临床样本数据	接受ICB治疗的ccRCC患者标本
25	2025-07-16	Single-cell RNA sequencing and multi-omics analysis of prognosis-related staging in papillary thyroid cancer 2025-Jul-12, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04101-4 PMID:40650680	研究论文	通过单细胞RNA测序和多组学分析，研究甲状腺乳头状癌（PTC）的预后相关分子分类	提出了基于肿瘤细胞分化状态的分子分类OSPTCC，并开发了预后风险评分	样本量较小（11例单细胞测序患者），独立验证队列样本量有限（n=48）	改善甲状腺乳头状癌的风险分层和预后预测	甲状腺乳头状癌患者	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序，bulk-RNA测序，多组学分析，qRT-PCR	NA	RNA测序数据	11例PTC患者的158,577个细胞（单细胞测序），501例TCGA-THCA队列患者，48例独立验证队列
26	2025-07-16	SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis 2025-Jul-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf402 PMID:40650988	research paper	开发了一个基于AI的单细胞RNA测序数据分析辅助工具SCassist，利用大语言模型优化分析流程	整合大语言模型（如Google的Gemini、OpenAI的GPT和Meta的Llama3）到scRNA-seq分析流程中，提供参数推荐和结果解释	未提及具体性能对比实验或用户评估结果	降低单细胞RNA测序数据分析的复杂性和门槛	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	LLM（Gemini/GPT/Llama3）	基因表达数据	NA
27	2025-07-16	Development and validation of a prognostic model for predicting survival and immunotherapy benefits in melanoma based on metabolism-relevant genes 2025-Jul-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03186-8 PMID:40652057	研究论文	开发并验证了一个基于代谢相关基因的预后模型，用于预测皮肤黑色素瘤患者的生存和免疫治疗效益	利用代谢相关基因对皮肤黑色素瘤患者进行分子分型，并开发了一个新的预后模型，同时通过单细胞RNA测序和体外实验验证了关键基因的功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	预测皮肤黑色素瘤患者的预后和免疫治疗反应	皮肤黑色素瘤患者及其相关基因	数字病理学	皮肤黑色素瘤	scRNA-seq, WB, qPCR, IHC, siRNA	LASSO和COX回归分析, ResNet50	基因表达数据, 病理图像	NA
28	2025-07-16	SIRT7 facilitates ferroptosis resistance of melanocytes via activating the SMAD3-ATF3-GPX4 signaling pathway in vitiligo 2025-Jul-12, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.07.020 PMID:40659088	研究论文	本研究探讨了SIRT7在白癜风黑色素细胞铁死亡中的潜在调控机制	揭示了SIRT7通过激活SMAD3-ATF3-GPX4信号通路保护黑色素细胞免受铁死亡的新机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类临床应用的转化仍需进一步验证	探究SIRT7在白癜风黑色素细胞铁死亡中的调控作用	白癜风患者的皮损周围皮肤和健康供体的黑色素细胞	分子生物学	白癜风	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基因敲除小鼠模型(Sirt7 MCKO)	蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，包括白癜风患者皮损组织和健康供体组织
29	2025-07-16	Single-cell sequencing revealed the recurrence causes of ETV6::RUNX1 fusion-positive B-ALL in children 2025-Jul-12, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2025.102041 PMID:40659095	研究论文	通过单细胞测序技术揭示了ETV6::RUNX1融合阳性儿童B-ALL复发的潜在原因	首次使用单细胞RNA测序技术分析ETV6::RUNX1融合阳性B-ALL患者的复发机制，揭示了恶性B细胞与T细胞之间的相互作用及关键信号通路的变化	样本量较小（仅4例患者），且仅针对ETV6::RUNX1融合阳性B-ALL患者	揭示ETV6::RUNX1融合阳性B-ALL患者复发的潜在分子机制	ETV6::RUNX1融合阳性B-ALL患者（3例新诊断和1例复发）	数字病理	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4例B-ALL患者（来自25例患者的队列）
30	2025-07-16	Single-cell spatial transcriptomics reveals immunotherapy-driven bone marrow niche remodeling in AML 2025-Jul-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adw4871 PMID:40632867	研究论文	通过单细胞空间转录组学技术，研究免疫治疗对急性髓系白血病（AML）患者骨髓微环境的重塑作用	结合单细胞RNA测序和单细胞空间转录组学数据，利用深度学习图像分析技术，精确量化细胞间距离，揭示免疫治疗后白血病细胞与免疫细胞间的相互作用	样本量有限，且仅针对特定免疫治疗方案（pembrolizumab和decitabine）进行研究	探索免疫治疗对AML患者骨髓微环境的影响	接受pembrolizumab和decitabine治疗的AML患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学	深度学习	图像, 转录组数据	未明确提及具体样本数量
31	2025-07-16	Decoding sexual dimorphism of the sex-shared nervous system at single-neuron resolution 2025-Jul-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9106 PMID:40644535	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探索了成年雄性和雌雄同体个体中共享神经系统的单神经元水平分子结构差异	揭示了神经系统在单神经元水平上广泛存在的分子二态性，特别是在之前未被识别的神经元类型中，如触觉感受器	研究仅关注了转录组水平的差异，未涉及蛋白质或功能层面的验证	理解遗传性别如何塑造神经系统的分子结构，以解释性别特异性行为	成年雄性和雌雄同体个体的共享神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年雄性和雌雄同体个体的共享神经元
32	2025-07-16	PIP4K2C inhibition reverses autophagic flux impairment induced by SARS-CoV-2 2025-Jul-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61759-1 PMID:40640184	研究论文	研究发现小分子抑制剂RMC-113通过抑制PIP4K2C和PIKfyve脂质激酶，逆转SARS-CoV-2诱导的自噬流障碍，从而抑制多种RNA病毒的复制	揭示了PIP4K2C在SARS-CoV-2进入、RNA复制和组装/释放中的作用，并验证了其作为抗病毒靶点的潜力	研究主要基于人类肺类器官模型，尚未在临床环境中验证	寻找广谱抗病毒药物并研究其作用机制	SARS-CoV-2及其他RNA病毒	病毒学	COVID-19	脂质组学分析、蛋白质组学、单细胞转录组学	人类肺类器官模型	分子生物学数据、转录组数据	NA
33	2025-07-16	Mineralocorticoid receptor knockout alters hippocampal CA2 neurons to become like those in CA1 2025-Jul-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08378-0 PMID:40640339	研究论文	研究探讨了矿物皮质激素受体（MR）敲除如何改变海马CA2区神经元，使其类似于CA1区神经元	揭示了MR在控制CA2神经元分子表型中的关键作用，以及MR敲除导致CA2神经元向CA1样表型转变的现象	研究主要关注发育过程中的变化，未探讨成年期MR敲除的影响	理解MR敲除对海马CA2区神经元命运或状态的影响	小鼠海马CA2区神经元	神经科学	NA	空间转录组学	条件性敲除小鼠模型	分子表型数据	未明确说明
34	2025-07-16	Antiviral Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia 2025-Jul-09, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf367 PMID:40628395	research paper	该研究通过比较血浆蛋白质组学和单细胞转录组学，分析了HIV-1治疗停止前后外周血单个核细胞的免疫反应	发现病毒反弹前CD16++单核细胞的显著增加及其抗病毒基因表达上调的独特转录特征	研究样本可能仅限于特定人群或条件，未提及样本多样性或长期随访数据	识别治疗停止后病毒反弹的早期信号，以延长病毒反弹时间和治愈HIV-1	HIV-1感染者的外周血单个核细胞（PBMCs）和血浆	免疫学	HIV-1感染	血浆蛋白质组学、单细胞转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量，涉及治疗停止前后的PBMCs和血浆样本
35	2025-07-16	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Jul-09, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70057 PMID:40631762	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和条件性基因敲除技术，探讨了Yap和Taz在嗅觉鞘细胞（OECs）和施万细胞（SCs）发育中的不同作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在OECs和SCs发育中的不同作用，以及这些变化对嗅觉上皮发育的间接影响，同时发现GnRH-1神经元迁移不受影响	研究仅在小鼠胚胎鼻组织中进行，未涉及人类或其他模型，且对OECs发育的分子机制理解仍不完全	探讨Yap和Taz在OECs和SCs发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻组织中的OECs、SCs、GnRH-1神经元	developmental biology	NA	单细胞RNA测序、条件性基因敲除	Sox10-Cre小鼠	RNA测序数据	小鼠胚胎鼻组织
36	2025-07-16	Early developmental origins of cortical disorders modeled in human neural stem cells 2025-Jul-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61316-w PMID:40634286	research paper	该研究通过人类神经干细胞探索皮质障碍的早期发育起源	揭示了皮质和神经精神障碍相关基因在人类神经干细胞中的表达动态，以及风险基因在脑组织者和皮质生成过程中的作用	研究主要基于体外和体内模型，可能无法完全模拟人类大脑发育的复杂性	探索人类大脑早期发育阶段与皮质障碍的关联	人类神经干细胞（NSCs）	神经科学	皮质障碍	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
37	2025-07-16	An amphiregulin reporter mouse enables transcriptional and clonal expansion analysis of reparative lung Tregs 2025-Jul-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187245 PMID:40626358	研究论文	本文介绍了一种新型报告小鼠模型AregThy1.1，用于研究修复性肺Treg细胞的转录和克隆扩增	开发了首个能够检测活细胞中Areg表达的报告小鼠模型，并揭示了Treg细胞在组织修复中的功能分化和克隆扩增偏好	研究主要基于小鼠模型，人类Treg细胞可能存在差异	探究调节性T细胞(Tregs)在组织修复中的作用机制	产生双调蛋白(Areg)的Treg细胞亚群	免疫学	肺损伤	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)，单细胞TCR测序	AregThy1.1报告小鼠模型	单细胞转录组数据	使用流感A和博来霉素诱导的肺损伤小鼠模型
38	2025-07-16	Emerging Techniques of Translational Research in Immuno-Oncology: A Focus on Non-Small Cell Lung Cancer 2025-Jul-04, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17132244 PMID:40647543	综述	本文综述了免疫肿瘤学转化研究中的新兴技术，特别关注非小细胞肺癌（NSCLC）的诊断和治疗进展	介绍了人工智能、液体活检、单细胞RNA测序和病理组学等新兴技术在NSCLC研究中的应用及其在提高诊断和治疗精确性方面的潜力	仅关注NSCLC，未涉及其他癌症类型，且新兴技术的临床应用尚需进一步验证	优化NSCLC的个性化治疗策略，提高患者生存率	非小细胞肺癌（NSCLC）及其肿瘤微环境（TME）和宿主因素	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、液体活检	Machine Learning、Deep Learning	NA	NA
39	2025-07-16	Emerging Therapeutic Strategies Targeting GPX4-Mediated Ferroptosis in Head and Neck Cancer 2025-Jul-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136452 PMID:40650229	综述	本文综述了靶向GPX4介导的铁死亡在头颈癌治疗中的新兴策略	探讨了GPX4的多方面调控机制及其在克服头颈癌治疗抵抗中的作用，并总结了预测铁死亡敏感性的新兴生物标志物	药物递送、毒性和耐药机制等挑战仍未解决	研究靶向GPX4介导的铁死亡作为头颈癌治疗策略的潜力	头颈癌(HNC)	肿瘤学	头颈癌	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	NA	NA
40	2025-07-16	Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.02.662808 PMID:40631124	research paper	该研究探讨了RNA结合蛋白Ptbp1在视网膜神经发生和细胞命运决定中的作用	研究发现Ptbp1在视网膜发育中并非必需，挑战了其作为神经发生主要抑制因子的观点	研究仅聚焦于视网膜发育，未涉及其他神经系统区域	评估Ptbp1在发育性神经发生中的作用	视网膜前体细胞和Müller胶质细胞	神经生物学	NA	RNA-Seq, scRNA-Seq, 免疫染色	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	胚胎期E16和成熟期视网膜样本