单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-08-08	N-Oxide-Driven Heme-Activatable Biomolecule Labeling for Visualization of Labile Heme in Living Cells and Mouse Brain 2025-Aug-06, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.5c04990 PMID:40720736	研究论文	开发了一种新型化学探针，用于活细胞、固定样本和体内模型中不稳定血红素的检测	利用N-氧化物驱动的血红素可激活生物分子标记策略，首次实现了在活细胞和小鼠脑中对不稳定血红素的荧光成像和3D组织可视化	未提及该方法在其它组织或更复杂生物系统中的适用性	研究不稳定血红素在生理和病理过程中的作用	不稳定血红素（原卟啉IX与铁离子复合物）	化学生物学	NA	荧光成像、3D组织可视化、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	图像、组学数据	活细胞和小鼠脑组织
242	2025-08-08	Unveiling the Role of Sdc4+ Monocytes in NASH: A Single-Cell RNA Sequencing Study 2025-Aug-06, Immunological investigations IF:2.9Q3 DOI:10.1080/08820139.2025.2544180 PMID:40768295	研究论文	通过单细胞RNA测序研究揭示了Sdc4+单核细胞在非酒精性脂肪性肝炎(NASH)中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了NASH中单核细胞的异质性和功能转化，特别是Sdc4+单核细胞的促炎作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究NASH中单核细胞的亚群及其在疾病进展中的作用	NASH小鼠和患者的肝脏非实质细胞，特别是单核细胞亚群	单细胞组学	非酒精性脂肪性肝炎	scRNA-seq, 转染, 共培养, 免疫荧光, qPCR	NA	单细胞转录组数据	NASH和对照小鼠的肝脏非实质细胞，部分人类样本
243	2025-08-08	Regulatory KIR+CD8+ T cells are elevated during human pregnancy 2025-Aug-06, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adm7697 PMID:40768597	研究论文	研究探讨了在人类妊娠期间，表达抑制性杀伤细胞免疫球蛋白样受体（KIRs）的CD8 T细胞作为调节性亚群的作用	首次发现KIR+CD8+ T细胞在妊娠期间频率增加，尤其是在怀有男性胎儿的孕妇中，并揭示了这些细胞在调节母胎耐受性中的作用	研究主要基于外周血和体外实验，对母胎界面KIR+CD8+ T细胞的具体作用机制仍需进一步研究	探讨KIR+CD8+ T细胞在妊娠期间的作用及其与妊娠相关疾病的关联	孕妇外周血和蜕膜组织中的CD8 T细胞	免疫学	妊娠相关疾病（自然流产和子痫前期）	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	孕妇外周血和蜕膜组织样本
244	2025-08-08	Microglia-neuron crosstalk via Hex-GM2-MGL2 maintains brain homeostasis 2025-Aug-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09477-y PMID:40769205	research paper	该研究揭示了小胶质细胞与神经元之间通过Hex-GM2-MGL2途径维持大脑稳态的新机制	发现了一种以前未知的小胶质细胞与神经元相互作用模式，即小胶质细胞通过传递溶酶体酶Hex来降解神经元中的GM2神经节苷脂	研究主要基于小鼠模型，人类患者数据有限	探究小胶质细胞与神经元之间的相互作用机制及其在神经退行性疾病中的作用	小胶质细胞、神经元、GM2神经节苷脂	神经科学	神经退行性疾病（如Sandhoff病）	无偏脂质组学、高分辨率空间脂质成像、深度单细胞转录组分析	小鼠模型	脂质组数据、转录组数据、影像数据	小鼠模型和部分人类患者数据
245	2025-08-08	Function of chemokines in embryo implantation 2025-Aug-06, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.07.092 PMID:40769846	综述	本文综述了趋化因子在胚胎植入过程中的功能及其在维持母胎免疫稳态中的作用	整合了趋化因子网络在关键植入过程中的作用，并强调了单细胞测序、微流控和人工智能在解码趋化因子介导的调控中的应用	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探讨趋化因子在胚胎植入过程中的功能及其机制	胚胎植入过程中的趋化因子网络及其调控机制	生殖免疫学	NA	单细胞测序、微流控、人工智能	NA	NA	NA
246	2025-08-08	A Large-Scale Single-Cell Atlas Reveals the Peripheral Immune Panorama of Bacterial Pneumonia 2025-Aug-04, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202501-0217OC PMID:40758632	研究论文	通过大规模单细胞转录组图谱揭示了细菌性肺炎外周免疫的全景	首次构建了细菌性肺炎患者外周血免疫细胞的大规模单细胞转录组图谱，揭示了不同疾病严重程度下外周免疫景观的深刻重塑	样本量相对有限（100例），且仅关注外周血免疫细胞，未涉及肺部局部免疫反应	阐明细菌性肺炎的免疫学机制，识别疾病严重程度的关键细胞和分子驱动因素	100名个体（39例重症细菌性肺炎，31例轻症，30例健康对照）的外周血免疫细胞	免疫学	细菌性肺炎	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	100名个体（39重症+31轻症+30对照）
247	2025-08-08	Multi-omics prediction of axillary treatment response and tumour microenvironment alterations in lymph node-positive luminal breast cancer 2025-Aug-04, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07877-6 PMID:40759637	研究论文	本研究通过多组学模型预测淋巴结阳性luminal乳腺癌的腋窝治疗反应及肿瘤微环境变化	首次构建多组学模型预测腋窝淋巴结转移luminal乳腺癌患者对新辅助化疗的病理完全缓解，并通过单细胞RNA测序分析揭示不同疗效患者的肿瘤免疫微环境差异	样本量较小(14个样本来自5名患者)，且为回顾性研究	开发术前评估腋窝淋巴结转移对新辅助化疗反应的方法	淋巴结阳性luminal乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	多组学预测模型	影像学数据、临床数据、病理数据	14个样本来自5名患者
248	2025-08-08	Optimized summary-statistic-based single-cell eQTL meta-analysis 2025-Aug-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08808-3 PMID:40759673	研究论文	本文比较了不同的策略，并为跨单细胞RNA测序数据集的eQTL加权荟萃分析提供了最佳实践建议	提出了一种联邦加权荟萃分析方法，整合不同数据集的摘要统计量，解决了基因型数据共享的隐私限制和技术差异问题	单细胞研究的样本量有限，可能影响细胞类型特异性eQTL的发现	提高检测细胞类型特异性eQTL的能力，以更好地解释疾病相关的遗传变异	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	WMA	基因表达数据	NA
249	2025-08-08	Semi-supervised contrastive learning variational autoencoder Integrating single-cell multimodal mosaic datasets 2025-Aug-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06239-5 PMID:40759922	research paper	提出了一种基于变分自编码器的半监督对比学习框架scGCM，用于整合单细胞多模态镶嵌数据集并消除批次效应	开发了一种灵活的整合框架scGCM，针对单细胞多模态镶嵌数据的高维度和稀疏性问题，以及批次效应挑战，相比现有方法在聚类精度和数据一致性上具有显著优势	未明确提及具体局限性	整合单细胞多模态镶嵌数据并消除批次效应	单细胞多模态镶嵌数据集	生物信息学	NA	单细胞测序技术	变分自编码器（Variational Autoencoder）	单细胞多模态数据	多个数据集，涵盖不同单细胞数据模态
250	2025-08-08	Repurposed clindamycin suppresses pyroptosis in tumor-associated macrophages through Inhibition of caspase-1 2025-Aug-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03478-5 PMID:40759978	研究论文	本研究通过计算和实验方法发现克林霉素可抑制肿瘤相关巨噬细胞中的caspase-1活性，从而减少炎症小体激活和细胞焦亡	开发了一种结合单细胞转录组学、网络分析和药物对接模拟的新型计算流程，用于筛选可重新利用的药物，并首次发现克林霉素对caspase-1的抑制作用	研究仅在体外实验验证了克林霉素的作用，尚未进行体内实验或临床试验	探索肿瘤相关巨噬细胞的免疫调节方法，以改善葡萄膜黑色素瘤的肿瘤微环境	肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)和葡萄膜黑色素瘤(UM)	计算生物学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞转录组学、网络分析、多标准决策技术、药效团对接模拟	NA	单细胞转录组数据	NA
251	2025-08-08	A programmed decline in ribosome levels governs human early neurodevelopment 2025-Aug-04, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01708-8 PMID:40760247	研究论文	该研究探讨了核糖体水平在人类早期神经发育中的调控作用及其与神经发育障碍的关联	首次揭示了早期大脑发育过程中蛋白质产生的下降现象，并发现核糖体水平在神经上皮分化过程中的减少使细胞对核糖体生物发生的扰动特别敏感	研究主要基于人类大脑类器官模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探究核糖体生物发生减少如何导致组织和发育特异性缺陷	人类大脑类器官及核糖体生物发生因子AIRIM/C1orf109的变异	神经发育生物学	神经发育障碍	蛋白质组学、单细胞RNA测序、单类器官翻译分析	人类大脑类器官模型	蛋白质组数据、RNA测序数据	未明确说明具体样本数量（人类大脑类器官）
252	2025-08-08	Identification of IQGAP3 prognostic potential and involvement in immune cell infiltration in LUAD 2025-Aug-04, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02976-8 PMID:40760442	研究论文	本研究探讨了IQGAP3在肺腺癌(LUAD)中的预后潜力及其在免疫细胞浸润中的作用	首次揭示了IQGAP3通过RAS-ERK信号通路调控细胞周期和诱导T细胞耗竭促进LUAD进展的机制	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证仍需扩大	探究IQGAP3在LUAD进展和肿瘤免疫微环境调控中的作用	肺腺癌(LUAD)组织和细胞	肿瘤免疫学	肺腺癌	RNA测序(RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), RT-qPCR, Western blotting, 多重免疫荧光染色	皮下移植瘤小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据, 影像数据	临床标本和C57BL/6小鼠模型
253	2025-08-08	Blocking CXCR4+ CD4+ T cells reprograms Treg-mediated immunosuppression via modulating the Rho-GTPase/NF-κB signaling axis 2025-Aug-04, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01515-8 PMID:40760450	研究论文	本研究探讨了CXCR4在调节性T细胞（Treg）介导的肿瘤免疫抑制中的作用及其分子机制	揭示了CXCR4通过调控Rho-GTPase/NF-κB信号轴在Treg细胞介导的免疫抑制中的关键作用，并验证了CXCR4阻断剂在增强抗肿瘤免疫治疗中的潜力	研究主要基于小鼠模型和有限的人类临床数据，需要在更广泛的人类癌症类型中进一步验证	探究CXCR4在肿瘤微环境中调节Treg细胞介导的免疫抑制的分子机制	CXCR4+ CD4+ T细胞和Treg细胞	肿瘤免疫学	宫颈癌和乳腺癌	单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、磷酸化蛋白质组学、ChIP-seq	条件性敲除小鼠模型（Cxcr4flox/flox, LckCre）和人类器官模型	转录组数据、表观遗传数据、蛋白质组数据和临床试验数据	多个癌症类型的单细胞转录组数据集和两个临床试验数据集（NCT02826486和NCT04516616）
254	2025-08-08	Identification and validation of ANXA3 and SOCS3 as biomarkers for acute myocardial infarction related to sphingolipid metabolism 2025-Aug-04, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00515-3 PMID:40760666	研究论文	本研究通过分析基因表达数据，识别并验证了ANXA3和SOCS3作为与急性心肌梗死相关的鞘脂代谢生物标志物	首次将ANXA3和SOCS3鉴定为与急性心肌梗死相关的鞘脂代谢生物标志物，并通过多种分析方法验证其诊断价值	研究结果需要进一步的临床验证，样本量可能限制结论的普适性	探索鞘脂代谢相关基因在急性心肌梗死中的作用，支持临床诊断	急性心肌梗死患者的基因表达数据	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, 分子对接	ANN, 机器学习	基因表达数据	两个数据集(GSE48060和GSE123342)
255	2025-08-08	BCAP31 Promotes Colorectal Cancer Metastasis via Oxidative Phosphorylation-Dependent Macrophage Immunosuppression: A Single-Cell Transcriptomic Study 2025-Aug-04, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.08.002 PMID:40769312	研究论文	通过单细胞转录组学研究揭示了BCAP31通过氧化磷酸化依赖性巨噬细胞免疫抑制促进结直肠癌转移的机制	首次发现BCAP31在结直肠癌转移中的关键作用，并开发了10基因巨噬细胞相关预后特征	研究主要基于单细胞转录组数据，需要进一步的体内实验验证	探索结直肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞驱动的免疫失调机制	结直肠癌组织中的巨噬细胞亚群	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	结直肠癌组织样本（具体数量未明确说明）
256	2025-08-08	Sex-dependent effects of peptidylarginine deiminases on neutrophil function and long-term outcomes after spinal cord injury 2025-Aug-04, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115414 PMID:40769386	研究论文	研究肽基精氨酸脱亚胺酶（PADs）对脊髓损伤后中性粒细胞功能及长期恢复的性别依赖性影响	首次描述了脊髓损伤后PAD介导的中性粒细胞功能中的性别差异，并强调了在临床前研究中纳入两性的重要性	未观察到Padi4缺失对运动恢复的影响，仅观察到对组织保留的性别依赖性效应	探讨PADs在脊髓损伤后恢复中的作用，特别是性别差异的影响	小鼠模型中的中性粒细胞功能及脊髓损伤后的恢复情况	神经科学	脊髓损伤	scRNA-seq分析、Padi4基因敲除小鼠模型	动物模型（小鼠）	基因表达数据、行为学数据、组织学数据	使用Cl-amidine处理的小鼠及Padi4基因敲除小鼠
257	2025-08-08	A multi-tissue human knee single-cell atlas identifies that osteoarthritis reduces regenerative tissue stem cells while increasing inflammatory pain macrophages 2025-Aug-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08586-8 PMID:40753276	研究论文	构建了首个膝关节骨关节炎的单细胞RNA测序图谱，揭示了骨关节炎中组织干细胞减少和炎症性疼痛巨噬细胞增加的分子机制	首次构建了膝关节多组织的单细胞RNA测序图谱，发现了骨关节炎中组织干细胞和免疫细胞的显著变化	研究仅关注了膝关节的几种组织，可能未涵盖所有相关组织类型	揭示骨关节炎的分子机制并构建多组织单细胞图谱	人类膝关节组织（关节软骨、半月板、滑膜和软骨下骨）	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种膝关节组织样本（具体数量未提及）
258	2025-08-08	Neurobiological subtypes of adolescent depression: a multimodal integration of morphometric similarity network and spatial transcriptomics 2025-Aug-02, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03133-7 PMID:40753308	research paper	该研究通过整合形态相似性网络和空间转录组学，识别了青少年重度抑郁症的神经生物学亚型及其分子机制	首次结合形态相似性网络和空间转录组学，揭示了青少年抑郁症的两种神经生物学亚型及其分子机制，为精准治疗提供了新框架	研究样本可能不够多样化，且未涉及长期随访数据验证亚型稳定性	识别青少年重度抑郁症的神经生物学亚型及其分子机制，推动精准治疗发展	青少年重度抑郁症患者	神经科学	抑郁症	形态相似性网络分析、空间转录组学、HYDRA算法	HYDRA	神经影像数据、转录组数据	未明确说明样本数量
259	2025-08-08	Predicting Single-Cell Drug Sensitivity Utilizing Adaptive Weighted Features for Multi-Source Domain Adaptation 2025-Aug, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3553126 PMID:40111773	研究论文	本文提出了一种名为scAdaDrug的新型多源域自适应模型，用于预测单个细胞的药物反应	引入了一个即插即用模块，生成重要性感知且相互独立的权重，自适应地调节源域和目标域之间每个样本的潜在表示	未明确提及具体局限性	提高单细胞水平药物反应预测的准确性	单细胞转录组数据	机器学习	肿瘤	单细胞测序技术	多源域自适应模型	单细胞转录组数据	多个独立数据集，包括细胞系、PDX模型和临床肿瘤患者队列
260	2025-08-08	DARLIN mouse for in vivo lineage tracing at high efficiency and clonal diversity 2025-Aug, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01141-z PMID:40119004	research paper	介绍DARLIN小鼠模型，用于高效且具有克隆多样性的体内谱系追踪	DARLIN模型通过整合三个条形码阵列并结合Cas9和TdT，提高了每个条形码阵列的编辑多样性，理论上可生成10个不同的谱系条形码，并在单细胞检测中恢复超过70%细胞的谱系条形码	执行该协议需要对测序文库生成和Linux操作有一定了解	开发一种高效且具有克隆多样性的体内谱系追踪工具	小鼠模型	基因组学	NA	Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）结合	DARLIN小鼠模型	基因组数据	NA