单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-09-25	Population analysis and immunologic landscape of melanoma in people living with HIV 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.17.648995 PMID:40313919	研究论文	本研究通过分析HIV感染者黑色素瘤的临床特征和免疫微环境，揭示其预后较差的内在机制	首次结合电子健康记录大数据与空间免疫转录组学技术，系统揭示HIV感染者黑色素瘤特有的免疫抑制微环境特征	样本量相对有限（空间转录组n=11，多重免疫荧光n=29），需要更大规模验证	解析HIV感染者黑色素瘤的临床预后差异及其免疫学机制	HIV感染者（PLWH）与HIV阴性者（PLw/oH）的黑色素瘤患者	数字病理学	黑色素瘤	空间免疫转录组学、多重免疫荧光、电子健康记录分析	NA	临床记录、基因表达数据、免疫组织化学数据	电子健康记录：1,019例PLWH，373,121例PLw/oH；空间转录组：11例样本；多重免疫荧光：15例PLWH，14例PLw/oH
282	2025-09-25	Single-cell transcriptomic analysis highlights specific cell types manipulated by Fusarium head blight fungus leading to wheat susceptibility 2025-Aug-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.022 PMID:40845857	研究论文	通过单细胞转录组测序技术分析小麦胚芽鞘对不同镰刀菌感染的细胞类型特异性响应机制	首次应用单细胞RNA测序技术揭示小麦对适应性和非适应性镰刀菌感染的细胞类型特异性防御策略	研究仅聚焦于小麦胚芽鞘组织，未涵盖其他组织器官的响应机制	解析小麦细胞类型特异性免疫响应在真菌侵染过程中的动态变化	小麦胚芽鞘细胞	植物病理学	小麦赤霉病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过90,000个细胞
283	2025-09-25	Precision T cell correction platform for inborn errors of immunity 2025-Aug-12, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.018 PMID:40808259	研究论文	开发基于CRISPR-Cas9和同源定向修复的T细胞单核苷酸变异精准校正平台，用于治疗先天性免疫缺陷病	首次建立高效T细胞SNV校正平台，实现高达80%的校正效率，并通过多组学分析验证安全性	不适用于晚期疾病、存在炎症或急性感染的患者	开发精准基因编辑平台用于先天性免疫缺陷病的自体T细胞治疗	T细胞和四种先天性免疫缺陷病模型（STAT1功能增益、软骨毛发发育不全、ADA2缺乏症、自身免疫性多内分泌病-念珠菌病-外胚层营养不良）	基因治疗	先天性免疫缺陷病	CRISPR-Cas9基因编辑、同源定向修复、GUIDE-seq、单细胞RNA测序、长读长基因组测序、蛋白质组学分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	四种先天性免疫缺陷病模型
284	2025-09-25	Evolutionary trends in the emergence of skeletal cell types 2025-Aug, Evolution letters IF:3.4Q2 DOI:10.1093/evlett/qraf012 PMID:40980705	研究论文	通过整合基因组系统发育地层学和单细胞转录组学，探索骨骼细胞类型特异性基因表达程序组装中的进化趋势	首次将基因组系统发育地层学与单细胞转录组学结合，挑战了关于脊椎动物骨骼结构进化的传统观点	NA	探索骨骼细胞类型特异性基因表达程序的进化组装趋势	成骨细胞、肥大软骨细胞和未成熟软骨细胞	进化生物学	NA	基因组系统发育地层学、单细胞转录组学	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	NA
285	2025-09-25	TREM2-Mediated Myeloid Cells Protect Against Pathological Choroidal Neovascularization 2025-Jul-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202501793R PMID:40716081	研究论文	本研究通过多组学方法揭示TREM2在病理性脉络膜新生血管形成中的保护作用机制	首次系统阐明TREM2通过调节髓系细胞功能抑制脉络膜新生血管的分子机制，并发现TREM2与SOCS3协同作用的抗血管生成新通路	研究主要基于激光诱导的动物模型，人类临床相关性需进一步验证	探究TREM2在脉络膜新生血管病理过程中的功能作用机制	激光诱导脉络膜新生血管小鼠模型及其髓系细胞	眼科疾病机制研究	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序、免疫染色、转录组分析、基因工程小鼠模型	动物疾病模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、病理图像数据	未明确具体样本数量，使用基因工程小鼠进行实验
286	2025-09-25	Single Cell Profiling in the Sox10Dom Hirschsprung Mouse Implicates Hox Genes in Enteric Neuron Trajectory Allocation 2025-Jul-21, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101590 PMID:40701368	研究论文	通过单细胞RNA测序研究Sox10Dom突变对肠道神经系统发育中神经元轨迹分配的影响	首次发现Hox基因（特别是Hoxa6）表达变化与肠道神经元轨迹改变相关	研究局限于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究Sox10缺陷如何改变肠道神经元比例和发育轨迹	小鼠肠道神经嵴来源的祖细胞和发育中的神经元	发育生物学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化、杂交链式反应（HCR）	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠道神经系统细胞
287	2025-07-23	SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine 2025-Jul-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656357 PMID:40502153	研究论文	本文介绍了一种名为SMURF的新型软分割算法，用于将空间转录组学数据中的mRNA映射到单个细胞，并揭示了肠道中基因表达程序的区域化	开发了SMURF算法，能够将mRNA从条形码捕获点映射到附近的细胞核，并将复杂组织结构中的细胞展开到标准笛卡尔坐标系中	未明确提及算法的适用范围或与其他方法的比较	研究肠道中基因表达程序的区域化及其调控机制	肠道中的细胞及其基因表达程序	空间转录组学	NA	空间转录组学	SMURF算法	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
288	2025-09-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-Binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension 2025-Jul, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321173 PMID:40401371	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4/5在肺动脉高压中调控内皮细胞糖代谢和动脉编程的关键作用	首次发现内皮细胞FABP4/5通过调控糖酵解和动脉编程促进肺动脉高压的血管重构，并证实双基因敲除可缓解疾病表型	研究主要基于基因工程小鼠模型，人类临床样本的验证仍需进一步扩大	探究内皮细胞FABP4/5在肺动脉高压发病机制中的具体作用	肺动脉内皮细胞、基因敲除小鼠模型、特发性肺动脉高压患者样本	分子病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、空间转录组学、RNA-seq、蛋白质组学分析	基因敲除小鼠模型	转录组数据、蛋白质组数据、影像学数据	包含人类PAH样本、PH大鼠模型和多种基因工程小鼠模型
289	2025-09-25	The glycolytic reaction PGAM restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2025-Jun-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115799 PMID:40482033	研究论文	本研究通过代谢算法Compass发现糖酵解酶PGAM负向调控Th17细胞的致病性分化	首次揭示PGAM酶（而非其他糖酵解酶）对Th17细胞致病性具有抑制作用，颠覆了糖代谢普遍促进T细胞活化的传统认知	研究主要基于实验性自身免疫性脑脊髓炎模型，临床相关性需进一步验证	探究糖酵解反应对Th17细胞致病性的调控机制	T辅助17细胞（Th17细胞）及其代谢通路	免疫代谢学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序、Compass代谢算法、酶活性扰动实验	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）过继转移模型	基因表达数据	NA
290	2025-09-25	WFDC3 identified as a prognostic and immune biomarker in pancreatic cancer 2025-May-08, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2025.12444 PMID:40350979	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，发现WFDC3是胰腺癌的预后和免疫生物标志物	首次系统研究WFDC家族在胰腺癌中的作用，并明确WFDC3通过诱导上皮间质转化和抑制T细胞毒性促进肿瘤进展	WFDCs在肿瘤进展中的背景依赖性角色仍需进一步研究	探究WFDC家族特别是WFDC3在胰腺癌发生发展中的作用机制	胰腺癌（PAAD）组织和细胞	生物信息学	胰腺癌	RNA测序（单细胞和批量）、功能富集分析、免疫浸润评估、CCK-8、EdU、transwell、免疫荧光、流式细胞术、Western blot、qPCR、LASSO回归	LASSO回归模型	基因表达数据、实验数据	TCGA和GEO数据库中的胰腺癌数据集
291	2025-09-25	distQTL: Distribution Quantitative Trait Loci Identification by Population-Scale Single-Cell Data 2025-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647121 PMID:40291679	研究论文	本研究开发了基于群体规模单细胞数据的分布数量性状基因座识别方法distQTL	首次将Fréchet回归应用于单细胞数据，利用完整经验分布而非简单汇总统计量来识别调控异质性	方法验证主要基于外周血单核细胞数据，在其他组织类型中的普适性有待进一步验证	开发更精确的基因表达数量性状基因座识别方法	982名捐赠者的外周血单核细胞单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Fréchet回归	单细胞基因表达数据	982名捐赠者的外周血单核细胞
292	2025-09-25	Single-cell-guided identification of logic-gated antigen combinations for designing effective and safe CAR therapy 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644074 PMID:40568068	研究论文	开发了一种基于单细胞转录组数据的计算方法，用于设计具有逻辑门控抗原组合的CAR疗法	首次系统量化所有可能CAR电路的疗效和安全性，提出个性化CAR电路设计方法	即使优化后的共享电路对部分患者仍显不足	设计针对实体瘤的安全有效的CAR-T细胞疗法	乳腺癌患者肿瘤细胞和正常细胞	计算生物学	乳腺癌	单细胞转录组测序	逻辑门电路模型（AND/OR/NOT）	单细胞RNA测序数据	342例临床患者样本，约200万个细胞（含62万以上肿瘤细胞）
293	2025-09-25	Cellular heterogeneity in metabolism and associated microbiome of a non-model phytoflagellate 2025-Jan-02, The ISME journal DOI:10.1093/ismejo/wraf046 PMID:40057978	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术分析非模式微真核生物Ochromonas triangulata的代谢异质性和相关微生物组	首次在没有参考基因组的情况下对非模式微真核生物进行单细胞转录组分析，发现了与生长阶段相关的第三种转录状态	研究对象为单一非模式物种，结果可能不具有普遍代表性	探索微真核生物的代谢异质性和微生物组相互作用	Ochromonas triangulata（一种微真核生物）及其共培养细菌群落	单细胞生物学	NA	Smart-seq2单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	单个微真核生物细胞的转录组分析
294	2025-09-25	Artemisinin derivatives modulate KEAP1-NRF2-xCT pathway to alleviate Sjögren's disease: insights from scRNA-seq and systems biology 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1626230 PMID:40934008	研究论文	本研究通过单细胞测序和系统生物学方法，揭示青蒿素衍生物通过调控KEAP1-NRF2-xCT通路抑制唾液腺上皮细胞铁死亡，从而缓解干燥综合征	首次发现青蒿素可通过KEAP1-NRF2通路调控铁死亡来治疗干燥综合征，并利用单细胞测序技术解析其作用机制	研究仅限于小鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	探讨青蒿素衍生物通过调控铁死亡通路治疗干燥综合征的分子机制	NOD/Ltj小鼠模型、干燥综合征患者样本、唾液腺上皮细胞	系统生物学	干燥综合征	scRNA-seq、RNA-seq、Western blotting、免疫荧光、分子对接、透射电镜	动物模型	基因组数据、蛋白质数据、形态学数据	NOD/Ltj小鼠模型组和青蒿素治疗组，具体样本数量未明确说明
295	2025-09-25	FLT3L combined with GM-CSF induced dendritic cells drive broad tumor-specific CD8+ T cell responses and remodel the tumor microenvironment to enhance anti-tumor efficacy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1649891 PMID:40977690	研究论文	本研究比较了FLT3L联合GM-CSF诱导的树突状细胞与传统GM-CSF/IL-4方案诱导的树突状细胞在抗肿瘤免疫应答中的功能差异	首次系统比较FL/GM-DCs与常规GM/IL4-DCs的功能特性，发现FL/GM-DCs具有独特的亚群分布和更强的交叉抗原呈递能力，能诱导更广泛的肿瘤特异性CD8+ T细胞应答	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	开发更有效的树突状细胞免疫治疗方法	小鼠骨髓来源的树突状细胞和肿瘤微环境	免疫治疗	肿瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq)	动物肿瘤模型	细胞实验数据、基因表达数据	小鼠骨髓细胞体外培养9天
296	2025-09-25	The interplay between mesenchymal stem cells and the immune microenvironment in rotator cuff tendon-to-bone healing: current progress and future directions 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1661340 PMID:40977708	综述	本文综述了间充质干细胞与免疫微环境在肩袖肌腱-骨愈合中的相互作用机制及治疗前景	聚焦于MSCs与免疫细胞的双向调控机制，并提出整合单细胞转录组等AI预测工具的个性化治疗新方向	存在MSCs异质性、患者免疫反应差异及临床转化障碍等挑战	探讨MSCs通过免疫调节促进肩袖肌腱-骨愈合的机制与治疗策略	间充质干细胞、巨噬细胞、T细胞、NK细胞等免疫细胞	再生医学	肩袖损伤	单细胞转录组测序、细胞因子特征分析	AI算法	文本综述	NA
297	2025-09-23	Opportunities, challenges, and future perspectives of oncolytic virus therapy for malignant melanoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1653683 PMID:40977706	综述	本文综述溶瘤病毒疗法在恶性黑色素瘤治疗中的机遇、挑战和未来前景	系统阐述溶瘤病毒通过cGAS-STING通路将'冷'肿瘤转化为'热'肿瘤的新机制，并提出结合单细胞测序、CRISPR/Cas系统及人工智能的个性化治疗新策略	面临肿瘤异质性、核心机制限制、病毒脱落风险和监管障碍等挑战	探讨溶瘤病毒疗法在恶性黑色素瘤治疗中的发展路径	恶性黑色素瘤患者及肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	恶性黑色素瘤	单细胞RNA测序、CRISPR/Cas系统、人工智能	NA	临床研究数据	NA
298	2025-09-25	Single-cell and bulk transcriptomic analyses reveal PANoptosis-associated immune dysregulation of fibroblasts in periodontitis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1671919 PMID:40977731	研究论文	通过单细胞和批量转录组分析揭示牙周炎中成纤维细胞的PANoptosis相关免疫失调机制	首次在牙周炎中系统研究PANoptosis的作用机制，整合单细胞/空间转录组与113种机器学习模型鉴定关键基因	研究样本量有限，机制验证主要依赖动物模型和体外实验	探究PANoptosis在牙周炎发病机制中的作用及免疫调控功能	人牙龈成纤维细胞(HGFs)、牙周炎患者牙龈组织、PD模型小鼠	生物信息学	牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、免疫荧光染色、qPCR、空间转录组分析	机器学习集成模型(113种)	转录组数据、空间定位数据、免疫染色数据	牙周炎患者与健康个体的牙龈组织样本、PD模型小鼠组织
299	2025-09-25	Myeloid-specific S100A8/A9 deficiency attenuates atrial fibrillation through prevention of TLR4/NF-kB-mediated immune cell recruitment and inflammation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1623486 PMID:40977740	研究论文	本研究通过基因敲除模型揭示髓系来源的S100A8/A9通过TLR4/NF-κB轴促进心房颤动发生的新机制	首次阐明髓系特异性S100A8/A9缺失通过抑制TLR4/NF-κB信号通路减轻心房颤动的分子机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	探究髓系来源S100A8/A9在心房颤动发病机制中的作用及治疗潜力	心房颤动患者样本、单核细胞/巨噬细胞特异性S100A9条件性敲除小鼠	心血管疾病机制研究	心房颤动	转录组测序、单细胞RNA测序、基因敲除技术	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、电生理数据、组织病理数据	AF患者组织样本及小鼠模型（具体数量未明确说明）
300	2025-09-25	ANXA1 and ARG2 drive T cell proliferation in ischemia-reperfusion injury: integrated bulk and single-cell transcriptomic analysis 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1673163 PMID:40977888	研究论文	通过整合批量与单细胞转录组数据分析，揭示ANXA1和ARG2基因在缺血再灌注损伤中驱动T细胞增殖的分子机制	首次通过多器官模型整合分析发现ANXA1和ARG2作为跨器官IRI生物标志物，并预测出靶向T细胞增殖的潜在治疗药物	NA	探究缺血再灌注损伤中T细胞增殖相关基因的作用机制	T细胞（中央记忆CD4 T细胞和Th17细胞）及缺血再灌注损伤模型	生物信息学	缺血再灌注损伤（涉及急性肾损伤、心肌梗死、脑卒中）	批量转录组测序、单细胞RNA测序、免疫浸润分析、药物预测、分子动力学模拟	NA	转录组数据	多器官模型转录组数据集（具体样本量未明确说明）