单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-09-18	Multi-omics approach to personalised treatment: insights into thrombus-derived exosome regulation in cardiomyocyte ferritinophagy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1607355 PMID:40948766	研究论文	本研究通过多组学方法揭示血栓来源外泌体通过'FENDRR-m6A-NCOA4'轴调控心肌细胞铁蛋白自噬的机制及其与免疫炎症反应的关联	首次发现冠状动脉血栓外泌体中的lncRNA FENDRR通过m6A修饰调控铁蛋白自噬，并揭示免疫细胞通过该通路参与心肌损伤的免疫炎症反应	NA	系统分析1型心肌梗死中铁蛋白自噬的机制及其与免疫炎症反应的潜在联系	1型心肌梗死患者的冠状动脉血栓样本及心肌细胞模型	多组学分析	心血管疾病	转录组测序、单细胞RNA测序、RIP、FISH、ChIP、m6A甲基化实验	NA	RNA序列数据、功能实验数据	1型心肌梗死患者的冠状动脉血栓样本
202	2025-09-18	Dissecting the immune evasion and therapeutic resistance mechanisms in EGFR/TP53 co-mutated non-small cell lung cancer: implications for targeted and immunotherapy strategies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1652213 PMID:40948762	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析EGFR/TP53共突变非小细胞肺癌的免疫逃逸和治疗抵抗机制	首次在单细胞层面揭示EGFR/TP53共突变NSCLC中恶性细胞亚群通过协同作用驱动CD8+ T细胞耗竭和免疫排斥微环境形成的转录调控网络	样本量较小（仅4例进行单细胞测序），需更大队列验证和功能研究支持临床转化	探究EGFR/TP53共突变非小细胞肺癌的分子机制及治疗策略	非小细胞肺癌患者肿瘤样本	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序, NGS	NA	RNA测序数据	40例NSCLC患者肿瘤样本（其中4例进行单细胞测序）
203	2025-09-18	Integrative transcriptomic and machine learning analyses identify HDAC9 as a key regulator of mitochondrial dysfunction and senescence-associated inflammation in diabetic nephropathy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1627173 PMID:40948769	研究论文	通过整合转录组学和机器学习分析，识别HDAC9作为糖尿病肾病中线粒体功能障碍和衰老相关炎症的关键调控因子	首次整合bulk RNA-seq、WGCNA、机器学习方法和scRNA-seq数据，系统性鉴定糖尿病肾病中与线粒体功能障碍及衰老相关的枢纽基因，并功能验证HDAC9的致病作用	研究主要基于体外细胞模型（HK-2细胞），缺乏体内动物实验验证；样本来源和数量未明确说明	探究糖尿病肾病中线粒体功能障碍、细胞衰老和炎症的分子机制，并寻找潜在诊断标志物和治疗靶点	糖尿病肾病（DN）患者肾脏组织样本和高糖诱导的HK-2细胞系	生物信息学	糖尿病肾病	RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, SVM机器学习, siRNA基因敲低	SVM	转录组数据	NA
204	2025-09-18	Research trends and hotspots in the tumor microenvironment of ovarian cancer: a bibliometrics and visualization study from 2005 to 2024 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1605695 PMID:40948776	文献计量学研究	通过对2005-2024年卵巢癌肿瘤微环境研究的文献计量与可视化分析，揭示该领域的研究趋势和热点	首次系统性地对卵巢癌TME领域进行长达20年的文献计量分析，并识别出关键研究热点如免疫检查点抑制剂和单细胞RNA测序技术	研究基于WoSCC数据库的1720篇文章，可能未涵盖所有相关文献	分析卵巢癌肿瘤微环境领域的研究发展趋势和热点主题	卵巢癌肿瘤微环境相关研究文献	文献计量学	卵巢癌	文献计量分析、可视化分析	NA	文献数据	1720篇相关文章来自WoSCC数据库
205	2025-09-18	Single-cell profiling delineates the tumor microenvironment and immunological networks in patient-derived uterine leiomyosarcoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1653096 PMID:40948800	研究论文	通过单细胞RNA测序描绘了子宫平滑肌肉瘤的肿瘤微环境和免疫网络	首次构建了子宫平滑肌肉瘤的单细胞图谱，识别了转移易感细胞亚群(U11-EDARADD)和以耗竭CD8+T细胞、M2巨噬细胞及N2中性粒细胞为主的免疫抑制微环境	研究基于单个初治患者的转移病灶样本，样本量较小	解析子宫平滑肌肉瘤的肿瘤微环境特征和免疫抑制机制	子宫平滑肌肉瘤患者转移病灶和正常子宫肌层组织	单细胞组学	子宫平滑肌肉瘤	scRNA-seq, 多重免疫荧光(mpIF), CNV分析	NA	单细胞转录组数据	1例ULSA患者的多个转移病灶（盆腔、直肠、腹膜、膀胱）和5例正常子宫肌层对照
206	2025-09-18	Deciphering the role of myofibroblasts in microvascular invasion of hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1596181 PMID:40949143	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示肌成纤维细胞在肝细胞癌微血管侵袭中的关键作用及潜在机制	首次在单细胞层面系统解析肌成纤维细胞亚群（特别是MF2细胞）通过CAMK2N1基因调控血管生成和MVI形成的机制	研究主要基于公共数据库数据，实验验证仅限于细胞系水平	阐明肝细胞癌微血管侵袭的细胞群体和分子网络机制	肝细胞癌患者样本和HCC细胞系	癌症生物学	肝细胞癌	scRNA-seq, RNA-seq, 功能富集分析, 细胞通讯分析, 细胞轨迹分析, CCK-8, 划痕实验, transwell实验	Seurat, DAVID, CellChat, Monocle 2	单细胞RNA测序数据, bulk RNA测序数据, 实验数据	来自公共数据库的HCC单细胞和RNA-seq数据集（具体样本数未明确说明）
207	2025-09-18	Integrating microarray data and single-cell RNA-seq reveals correlation between kit and nmyc in mouse spermatogonia stem cell population 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1634347 PMID:40950403	研究论文	本研究整合微阵列数据和单细胞RNA测序，揭示小鼠精原干细胞群体中Kit与Nmyc基因的关联及其在分化中的关键作用	结合WGCNA和scRNA-seq技术，首次系统揭示Kit基因在RA信号通路介导的精原干细胞分化中的核心调控作用	研究仅限于小鼠模型，需进一步通过基因编辑技术和人类模型验证治疗潜力	解析精原干细胞的分子特征及其在精子发生中的调控机制	小鼠睾丸样本中分离的精原干细胞	生殖生物学	男性不育症	CD49f-MACS分选、矩阵选择、免疫细胞化学、基因本体富集分析、WGCNA、scRNA-seq、PPI网络构建	NA	基因表达数据（微阵列和单细胞RNA测序）	小鼠睾丸样本中分离的精原干细胞群体
208	2025-09-18	Comprehensive analysis of the papillary thyroid carcinoma identifies CSGALNACT1 as a proliferation driver and prognostic biomarker 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1638348 PMID:40950406	研究论文	通过整合单细胞RNA测序数据，构建甲状腺乳头状癌高分辨率细胞图谱，并鉴定CSGALNACT1作为增殖驱动因子和预后生物标志物	首次在PTC中构建包含29个细胞亚群的高分辨率图谱，发现CSGALNACT1是上皮细胞特异性独立预后基因并验证其促增殖功能	研究仅基于20个人类甲状腺样本，样本量相对有限	解析甲状腺乳头状癌的细胞异质性并确定预后决定因素	人类甲状腺组织样本（健康与肿瘤组织）	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), LASSO回归, 伪时序分析	Cox比例风险模型, LASSO回归模型	单细胞转录组数据	20个人类甲状腺样本
209	2025-09-18	Identification of Novel Biomarkers Associated with Corticosteroid Resistance in Asthma by Bioinformatics Analysis and Experimental Validation 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S527640 PMID:40951447	研究论文	通过生物信息学分析和实验验证识别与哮喘中皮质类固醇抵抗相关的新型生物标志物	首次结合WGCNA和差异表达分析识别TNS1、ABCC4和TNFRSF21作为香烟烟雾诱导的哮喘皮质类固醇抵抗的关键生物标志物，并发现TNS1促进巨噬细胞M2极化的新机制	研究基于公共数据库和有限样本验证，需进一步扩大临床样本和功能实验确认机制	探索香烟烟雾诱导的哮喘皮质类固醇抵抗的潜在生物标志物和治疗靶点	哮喘患者、哮喘小鼠模型和Raw264.7细胞系	生物信息学	哮喘	RNA-seq, 差异表达分析, WGCNA, GO/KEGG富集分析, ROC分析, CIBERSORT, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	GSE230048和GSE13896数据集（样本数量未明确说明），哮喘患者和小鼠模型验证样本
210	2025-09-18	Molecular mechanism of LncRNA MALAT1 in regulating hepatocellular carcinoma progression via the miR-383-5p/PRKAG1 axis and its role in the tumor immune microenvironment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1613596 PMID:40958861	研究论文	本研究揭示了LncRNA MALAT1通过miR-383-5p/PRKAG1轴调控肝细胞癌进展的分子机制及其在肿瘤免疫微环境中的作用	首次系统阐明MALAT1通过竞争性结合miR-383-5p上调PRKAG1表达的新机制，并发现PRKAG1通过调控免疫细胞浸润和细胞间通讯重塑肿瘤免疫微环境	NA	探究MALAT1-PRKAG1轴在肝细胞癌发病机制中的作用及临床意义	肝细胞癌组织和细胞系	肿瘤分子生物学	肝细胞癌	多组学分析、生物信息学分析（GEPIA2、TCGA）、细胞实验、单细胞RNA测序、CIBERSORT分析、GO/KEGG富集分析	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞测序数据	基于TCGA等公共数据库的肝细胞癌样本及实验验证的细胞系
211	2025-09-18	Personalised immunotherapy strategies informed by single cell profiling in thyroid cancer: a mini review 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1651088 PMID:40959084	综述	本文探讨了单细胞分析如何指导甲状腺癌个性化免疫治疗策略的发展	通过单细胞分析揭示甲状腺癌中不同细胞状态与免疫微环境的关联，并指导新型组合疗法开发	NA	总结单细胞分析在甲状腺癌免疫治疗中的应用与前景	甲状腺癌肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理	甲状腺癌	单细胞转录组测序，空间转录组，CITE-seq	NA	转录组数据，空间转录组数据，蛋白质表达数据	超过150,000个肿瘤和免疫细胞转录组
212	2025-09-18	A multi-omic analysis reveals a predictive value of tertiary lymphoid structures in improving the prognosis of colorectal cancer patients with BRAF mutation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1662573 PMID:40959083	研究论文	本研究通过多组学分析探讨三级淋巴结构（TLS）对改善BRAF突变结直肠癌患者预后的预测价值	首次系统评估TLS特征（位置、数量、成熟度）与BRAF突变状态的关联，并揭示TLS可能抵消BRAF突变不良预后的作用	样本量有限（200例组织病理学评估），且为回顾性分析，需进一步前瞻性验证	探究TLS是否能够改善BRAF突变结直肠癌患者的预后	结直肠癌患者（含BRAF野生型和突变型）	肿瘤免疫微环境	结直肠癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、LASSO回归、ESTIMATE/CIBERSORT免疫浸润分析	10基因预后模型（基于LASSO回归构建）	基因组数据、转录组数据、组织病理学图像	TCGA队列+5个GEO数据集（GSE146771等）的RNA-seq数据，以及200例CRC患者的组织切片
213	2025-09-18	Single-cell RNA-seq reveals a repair pattern in cystic lesions in steroid induced osteonecrosis of the femoral head 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1626337 PMID:40959091	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示类固醇诱导股骨头坏死中囊性病变的修复机制和细胞异质性	首次在SIONFH囊性病变中鉴定出8种细胞类型，并将软骨细胞细分为5个功能亚群，发现CLIC3+表达的肥大软骨细胞群可能驱动骨矿化和成骨分化	仅基于3例患者样本，样本量较小，需进一步验证	探究类固醇诱导股骨头坏死（SIONFH）中囊性病变的转录组特征和修复机制	SIONFH患者的囊性病变组织	单细胞组学	骨坏死疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序），组织学检测	NA	单细胞转录组数据，组织病理学数据	3例SIONFH患者的囊性病变样本
214	2025-09-18	Single-cell RNA sequencing and proteomics uncover SIRPα-CD47 immune checkpoint and glycolysis-driven immune evasion in cardiac myxoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1652645 PMID:40959090	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学揭示了心脏黏液瘤中SIRPα-CD47免疫检查点和糖酵解驱动的免疫逃逸机制	首次在心脏黏液瘤中发现ap-CAF细胞通过趋化因子招募免疫细胞、证实肿瘤细胞来源于间充质干细胞、揭示糖酵解通路激活和SIRPα-CD47免疫检查点的作用机制	NA	深入解析心脏黏液瘤的微环境组成、细胞生长机制和免疫逃逸策略	心脏黏液瘤组织样本	数字病理学	心脏肿瘤	单细胞RNA测序, 蛋白质组学, western blot, 类器官模型	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	NA
215	2025-09-18	Spermidine potentiates anti-tumor immune responses and immunotherapy sensitivity in breast cancer 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.113235 PMID:40959110	研究论文	本文探讨了亚精胺在乳腺癌中增强抗肿瘤免疫反应和免疫治疗敏感性的作用	发现亚精胺丰度与CD8⁺ T细胞浸润和激活显著正相关，并证实外源性补充亚精胺可直接促进CD8⁺ T细胞活化	NA	阐明亚精胺在乳腺癌免疫调节中的具体角色和治疗潜力	乳腺癌标本和CD8⁺ T细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	多组学分析（bulk和单细胞RNA测序）、免疫组化/多重免疫组化（IHC/mIHC）	NA	测序数据、图像数据	NA
216	2025-09-18	Comprehensive analytical approach identifies a subtype of CTCF+ tumor-associated neutrophils associated with CRC development and as a biomarker for immunotherapy 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.111529 PMID:40959269	研究论文	本研究通过整合多组学技术鉴定了一种新型CTCF+肿瘤相关中性粒细胞亚型，并揭示其通过CTCF-MIEN1-IL-1β轴促进结直肠癌进展和免疫抑制的机制	首次发现CTCF+ TANs亚型，阐明其通过调控MIEN1增强迁移能力并抑制T细胞免疫的新机制，并证明靶向该轴可逆转免疫治疗耐药	NA	探究结直肠癌中肿瘤相关中性粒细胞的异质性及其促肿瘤机制	结直肠癌患者样本及肿瘤相关中性粒细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk RNA测序、体内外实验	NA	基因组测序数据、空间转录组数据、实验数据	NA（未明确说明样本数量）
217	2025-09-18	Senescent Tumoral HLA-E Reshapes Microenvironment through Impairing NK Cell-Dendritic Cell-T Cell Network in Malignant Pleural Effusion from Lung Cancer 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.116499 PMID:40959273	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了肺癌恶性胸腔积液中衰老肿瘤细胞通过HLA-E介导免疫逃逸的机制	首次在恶性胸腔积液中发现衰老肿瘤细胞通过HLA-E-NK细胞抑制受体轴破坏天然免疫和适应性免疫网络	样本来源仅限于恶性胸腔积液患者，缺乏其他类型肺癌微环境的对比分析	探究肺癌恶性胸腔积液中肿瘤微环境的免疫调控机制	肺癌患者的恶性胸腔积液样本	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序, Luminex, ELISA, 免疫组织化学	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质定量数据, 组织切片图像	来自心力衰竭和肺癌-MPE患者的样本集合
218	2025-09-18	Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.617088 PMID:39416029	研究论文	开发了Vispro工具，用于提升Visium空间转录组学图像分析质量	首个端到端全自动图像处理工具，集成四个关键模块处理基准标记和组织区域	NA	解决空间转录组学图像中基准标记和背景区域干扰的问题	10x Visium空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	NA
219	2025-09-18	Status of single-cell RNA sequencing for reproductive toxicology in zebrafish and the transcriptomic trade-off 2024-Jun, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2024.100463 PMID:38846809	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在斑马鱼生殖毒理学中的应用现状及其与传统方法的权衡	scRNA-seq技术为识别罕见细胞亚型及毒物暴露影响提供了新颖的细胞水平视角	scRNA-seq在生殖毒理学领域仍属未充分开发利用的技术，且需权衡与传统方法的利弊	探索scRNA-seq在生殖毒理学，特别是斑马鱼模型中的应用潜力与挑战	斑马鱼性腺组织及毒物暴露下的细胞表达谱	生殖毒理学	NA	scRNA-seq, NGS	NA	转录组数据	NA
220	2025-09-18	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.10.588953 PMID:38645099	研究论文	研究人类特异性增强子HAR.324对WNT信号受体FZD8的调控作用及其在皮质发育中的功能	首次通过基因编辑小鼠和灵长类模型证明人类特异性HAR增强子通过调控神经祖细胞增殖能力精细调节皮质发育和连接性	NA	探索人类加速区域(HARs)在人类特异性皮质发育中的功能贡献	基因编辑小鼠、灵长类模型、人类和黑猩猩神经祖细胞、皮质类器官	发育生物学	NA	基因编辑、活体成像、谱系分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据、成像数据	多种基因编辑动物模型和细胞模型（具体数量未明确说明）