单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 29825 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-07-17 |
Spatial determinants of tumor cell dedifferentiation and plasticity in primary cutaneous melanoma
2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.21.660851
PMID:40667360
|
研究论文 | 本研究通过整合高plex循环免疫荧光成像、空间转录组学和传统组织学方法，探讨了早期黑色素瘤中肿瘤细胞去分化和真皮侵袭的相关因素 | 揭示了早期黑色素瘤中肿瘤可塑性和空间异质性的早期出现，以及微环境局部特征对肿瘤异质性的影响 | 研究主要集中于早期原发性皮肤黑色素瘤，可能不适用于晚期或其他类型的黑色素瘤 | 探索早期黑色素瘤中肿瘤细胞去分化和侵袭的机制 | 原发性皮肤黑色素瘤 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 高plex循环免疫荧光成像(CyCIF)、空间转录组学、传统组织学 | NA | 图像、转录组数据 | 多个原发性癌症样本，每个样本分析100-300个细胞的微区域 |
| 202 | 2025-07-17 |
Cerebellum metastasis model of HER2-positive breast cancer unveils key role of IL34-induced Arg1+ macrophages
2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.17.660224
PMID:40666928
|
研究论文 | 本研究开发了一种HER2阳性乳腺癌小脑转移的同源免疫活性小鼠模型，揭示了IL34诱导的Arg1+巨噬细胞在转移过程中的关键作用 | 首次开发了HER2阳性乳腺癌小脑转移的免疫活性小鼠模型，并发现IL34通过诱导Arg1+巨噬细胞促进转移生长 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证 | 探究HER2阳性乳腺癌小脑转移的机制并寻找潜在治疗靶点 | HER2阳性乳腺癌小脑转移 | 肿瘤学 | 乳腺癌 | 空间转录组学、MRI、光学成像 | 小鼠模型 | 影像数据、转录组数据 | 未明确说明小鼠数量 |
| 203 | 2025-07-17 |
QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.15.659779
PMID:40667252
|
research paper | 介绍了一个名为QCatch的Python命令行工具，用于生成单细胞测序数据的全面交互式QC报告 | QCatch专门针对alevin-fry和simpleaf的输出设计，提供标准化的QC报告，并支持无缝集成到下游分析工作流中 | NA | 提高单细胞测序数据分析的质量控制水平 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | NA |
| 204 | 2025-07-17 |
Spatial Transcriptomics Analysis Uncovers ER stress in MANF-deficient Purkinje Cells Underlying Alcohol-induced Cerebellar Vulnerability in Mice
2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.19.660571
PMID:40667236
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了MANF缺失的小鼠Purkinje细胞在酒精诱导下内质网应激的性别特异性机制 | 首次发现MANF蛋白在酒精诱导的Purkinje细胞ER应激中的保护作用及其性别差异 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探究MANF蛋白在酒精诱导的Purkinje细胞ER应激中的保护机制 | MANF敲除小鼠的Purkinje细胞 | 神经科学 | 酒精性神经毒性 | 空间转录组学分析、高通量原位分析 | MANF敲除小鼠模型 | 基因表达数据、行为学数据 | 性别特异性MANF敲除小鼠群体 |
| 205 | 2025-07-17 |
Combining Machine Learning and Multiplexed, In Situ Profiling to Engineer Cell Type and Behavioral Specificity
2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.20.660790
PMID:40667316
|
研究论文 | 本文介绍了一种结合机器学习和多重原位分析的技术平台ESCargoT，用于加速背侧脊髓中增强子的发现，以实现对神经回路的精确控制 | 开发了ESCargoT平台，结合机器学习引导的增强子优先级排序、模块化AAV组装和多重筛选，实现了对背侧脊髓中多种细胞类型增强子的高效发现和验证 | 研究主要针对背侧脊髓，可能不适用于其他神经区域；增强子的功能特异性在跨物种应用中可能存在差异 | 加速背侧脊髓中增强子的发现，开发针对特定细胞类型的基因靶向工具和基因疗法 | 背侧脊髓中的少突胶质细胞和15种背角神经元亚型 | 机器学习 | 疼痛和瘙痒相关疾病 | 机器学习、多重AAV组装、原位分析 | 机器学习模型 | 染色质可及性数据、空间表达数据 | 27个增强子-AAV文库在小鼠中进行测试 |
| 206 | 2025-07-17 |
Thymic DC2 are heterogenous and include a novel population of transitional dendritic cells
2025-Jun-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659520
PMID:40666966
|
research paper | 该研究通过单细胞转录组学和谱系定义小鼠模型，揭示了胸腺髓系细胞的多样性和发育特性，特别是对DC2亚群的异质性进行了详细描述 | 发现胸腺DC2亚群实际上由4种不同的细胞谱系组成，包括单核细胞来源的DC和巨噬细胞，以及一种新型的CX3CR1+过渡性DC(tDC)群体 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类系统中的适用性需要进一步验证 | 阐明胸腺髓系细胞的起源、发育和稳态，特别是DC2亚群的异质性 | 胸腺髓系细胞，特别是DC2亚群 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学，谱系定义小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 207 | 2025-07-17 |
Exact Expectation of Complete Spatial Randomness for Nearest Neighbor G ( r ): A Scalable Alternative to Permutations
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.11.659088
PMID:40666920
|
research paper | 本文提出了一种无需置换的精确计算方法，用于计算最近邻G(r)的完全空间随机性（CSR）的期望值和方差，以提高计算效率和可重复性 | 提出了闭式解析解，用于快速计算样本特定的CSR期望值和方差，避免了计算成本高昂的置换方法 | 方法假设样本满足空间随机性，而实际生物系统可能不满足这一假设 | 开发一种快速、可重复的空间分析方法，用于流行病学、组织生物学等领域 | 透明细胞肾细胞癌样本中的细胞空间分布 | 空间分析 | 肾癌 | 多重免疫荧光 | NA | 空间数据 | 30个模拟点和1个真实透明细胞肾细胞癌样本 |
| 208 | 2025-07-17 |
Non-disruptive 3D profiling of combinations of epigenetic marks in single cells
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659535
PMID:40666962
|
研究论文 | 开发了一种名为Epi-PHR的非破坏性图像单细胞空间表观遗传分析技术，用于检测单细胞中多个表观遗传标记的组合，同时保持基因组的3D结构 | Epi-PHR技术首次实现了在单细胞水平上高分辨率、位点特异性地检测表观遗传标记组合，并保留基因组的3D结构 | 技术可能仍存在检测灵敏度和通量的限制，且尚未在大规模样本中得到验证 | 研究单细胞三维表观基因组组织及其与染色质构象的关系 | 海马体组织切片中的单细胞 | 表观遗传学 | NA | Epi-PHR（表观遗传邻近杂交反应）技术 | NA | 图像数据 | 数百个单基因靶点在单个细胞内 |
| 209 | 2025-07-17 |
The Human LRRK2-R1441G Mutation Drives Age-Dependent Oxidative Stress and Mitochondrial Dysfunction in Dopaminergic Neurons
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.16.660029
PMID:40667152
|
研究论文 | 研究LRRK2-R1441G突变如何影响中脑多巴胺神经元的线粒体功能 | 揭示了LRRK2-R1441G突变导致的多巴胺神经元中线粒体功能障碍和氧化应激的年龄依赖性变化 | 研究仅基于转基因小鼠模型，未涉及人类样本 | 探讨LRRK2-R1441G突变在帕金森病发病机制中的作用 | 中脑多巴胺神经元 | 神经科学 | 帕金森病 | 双光子成像、空间转录组学、GeoMx Digital Spatial Profiler | BAC转基因小鼠模型 | 图像、转录组数据 | 3、6和10个月大的转基因小鼠 |
| 210 | 2025-07-17 |
Spatially-distinct programming of macrophage diversity within the granulomas of Mycobacterium tuberculosis infected nonhuman primates
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.12.659348
PMID:40667206
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，研究了非人灵长类动物早期结核病模型中巨噬细胞在肺组织和肉芽肿中的表型和功能多样性 | 首次在非人灵长类动物模型中揭示了结核病肉芽肿中巨噬细胞的空间分布和功能多样性，并发现胚胎来源的组织驻留肺泡巨噬细胞和经历上皮-间质转化的亚群是结核分枝杆菌感染的主要细胞 | 研究仅针对早期结核病模型，未涵盖疾病进展的后期阶段 | 探究结核病肉芽肿中巨噬细胞的表型和功能多样性及其在结核病发病机制中的作用 | 非人灵长类动物早期结核病模型中的巨噬细胞 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光 | NA | RNA-seq数据, 图像数据 | 非人灵长类动物早期结核病模型的肺组织和肉芽肿样本 |
| 211 | 2025-07-17 |
CrebA regulation of secretory capacity: Genome-wide transcription profiling coupled with in vivo DNA binding studies
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.12.659381
PMID:40667345
|
研究论文 | 本研究通过DNA结合实验、表达分析和结合位点突变揭示了果蝇CrebA转录因子通过直接调控分泌途径组分基因（SPCGs）来增强胚胎唾液腺的分泌能力 | 发现CrebA及其哺乳动物同源物Creb3L家族在增强分泌能力中的高度保守作用，并通过单细胞RNA测序技术探索了CrebA结合与基因调控的关系 | 尚不清楚是什么区分了功能性结合，以及CrebA是否是驱动所有果蝇胚胎组织中SPCG基因表达的主要因子，或是否还调控其他组织特异性功能 | 探究CrebA转录因子在增强分泌能力中的作用及其调控机制 | 果蝇胚胎唾液腺及其分泌途径组分基因（SPCGs） | 分子生物学 | NA | DNA结合实验、表达分析、结合位点突变、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 野生型和CrebA缺失型果蝇胚胎 |
| 212 | 2025-07-17 |
Single-Cell Profiling of Lichen Planus Reveals Type I IFN Response Triggering the Interface Dermatitis Reaction
2025-Jun-09, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.04.043
PMID:40499747
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了扁平苔藓（LP）皮肤病变中I型干扰素（IFN）反应在界面皮炎反应中的关键作用 | 首次在LP病变皮肤中鉴定出I型IFN富集环境，并揭示了IFN对炎症性角质形成细胞和成纤维细胞的独特影响，以及IFN-β在角质形成细胞与CD8 T细胞相互作用中的功能效应 | 研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂环境 | 探究LP的免疫发病机制及驱动界面皮炎反应的潜在机制 | 扁平苔藓患者病变皮肤与健康对照皮肤 | 免疫学 | 皮肤病 | 单细胞RNA测序 | 体外共培养模型 | RNA测序数据 | 未明确说明样本数量（LP患者与健康对照皮肤样本） |
| 213 | 2025-07-17 |
OrgaCCC: Orthogonal graph autoencoders for constructing cell-cell communication networks on spatial transcriptomics data
2025-Jun, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013212
PMID:40577399
|
研究论文 | 提出了一种基于正交图自编码器的方法OrgaCCC，用于在空间转录组数据上构建细胞间通讯网络 | 使用两个正交耦合的变分图自编码器在细胞/点和基因维度上捕获特征，并通过最大化重建特征之间的相似性来结合它们 | 依赖于基因表达谱、空间位置和配体-受体关系的信息，可能受限于这些数据的质量和覆盖范围 | 提高细胞间通讯推断的准确性和可靠性 | 空间转录组数据中的细胞间通讯 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 变分图自编码器 | 基因表达数据、空间位置数据 | 五个空间转录组数据集 |
| 214 | 2025-07-17 |
Identification of Prognostic Biomarkers in Gene Expression Profile of Neuroblastoma Via Machine Learning
2025-Jun, Pediatric discovery
DOI:10.1002/pdi3.70009
PMID:40666234
|
research paper | 通过机器学习方法识别神经母细胞瘤基因表达谱中的预后生物标志物 | 提出了一种基于网络的机器学习方法，用于发现神经母细胞瘤的预后生物标志物，并结合单细胞RNA测序数据分析肿瘤微环境 | NA | 识别神经母细胞瘤的预后生物标志物，以推进精准医疗 | 神经母细胞瘤的基因表达谱 | machine learning | neuroblastoma | RNA-seq | support vector machine | gene expression data | NA |
| 215 | 2025-07-17 |
Mechanisms of Sepsis from a Metabolic Immunology Perspective: A Bidirectional Mendelian Randomization and Single-Cell Sequencing Study of CD39+ Cells
2025-May-27, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002633
PMID:40663487
|
研究论文 | 该研究通过双向孟德尔随机化和单细胞测序技术，探讨了CD39+细胞在脓毒症发病机制中的代谢免疫学作用 | 首次整合双向孟德尔随机化和单细胞转录组学方法，揭示了CD39+CD8+T细胞通过代谢中间体如硫酸雄酮促进脓毒症进展的新机制 | 研究样本量相对有限，且仅分析了特定数据库的单细胞数据 | 阐明免疫表型与代谢物在脓毒症发病中的相互作用机制 | 脓毒症患者和对照组的免疫细胞及代谢物 | 代谢免疫学 | 脓毒症 | 双向孟德尔随机化(MR), 单细胞转录组测序 | NA | 基因组关联研究(GWAS)数据, 单细胞RNA测序数据 | 11,643例脓毒症病例, GSE167363数据库的脓毒症与对照样本 |
| 216 | 2025-07-17 |
Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652873
PMID:40463189
|
研究论文 | 本研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果 | 首次对中老年小鼠脊髓损伤后的转录组学变化进行了全面研究 | 研究仅局限于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类 | 探究年龄对脊髓损伤病理生物学的影响 | 年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠 | 分子病理学 | 脊髓损伤 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 年轻和中老年小鼠群体 |
| 217 | 2025-07-17 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.19.604364
PMID:39071335
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为lr-kallisto的方法，用于长读长测序数据的转录本定量分析 | 开发了lr-kallisto方法，将kallisto的RNA-seq定量方法适配于长读长测序技术，提高了定量分析的准确性和速度 | 未提及具体样本量或实验验证的广泛性 | 解决长读长测序数据中转录本异构体定量分析的生物信息学挑战 | 长读长测序数据中的转录本异构体 | 生物信息学 | NA | ONT长读长测序 | kallisto | RNA-seq数据 | NA |
| 218 | 2025-07-17 |
Overexpression of CX3CL1-CX3CR1 Signaling in the Stria Vascularis rather than the Basilar Membrane May Be the Trigger for Inflammaging in the Cochlea
2025, ORL; journal for oto-rhino-laryngology and its related specialties
DOI:10.1159/000545134
PMID:40058359
|
研究论文 | 探讨CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗炎症衰老中的作用 | 首次揭示CX3CL1在耳蜗血管纹基底细胞中的过表达可能是激活老年性听力损失局部炎症微环境的触发点 | 需要进一步的体内干预实验验证 | 研究CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗炎症衰老中的角色 | 年轻和老年小鼠的耳蜗 | 生物医学 | 老年性听力损失 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、实时定量PCR、Western blot、迁移实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | 年轻和老年小鼠的耳蜗样本 |
| 219 | 2025-07-17 |
Inhibition of Aspartate β-Hydroxylase Enhances Anti-Tumor Immunity
2025, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S530987
PMID:40655119
|
研究论文 | 本研究探讨了抑制天冬氨酸β-羟化酶（ASPH）对增强抗肿瘤免疫力的影响 | 揭示了ASPH抑制与DNA疫苗接种联合治疗可显著增强CD8+ T细胞的抗肿瘤反应，并激活NK细胞、巨噬细胞和树突状细胞 | 研究仅在小鼠TC-1/A9模型中进行，尚未在人类临床试验中验证 | 研究ASPH抑制对诱导抗肿瘤免疫力的影响及参与的免疫细胞 | 小鼠TC-1/A9模型中的肿瘤细胞和免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISPOT检测 | 小鼠模型 | 实验数据 | NA |
| 220 | 2025-07-17 |
The role of ATF3 in precision medicine of brain arteriovenous malformation: based on endothelial cell proliferation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1567970
PMID:40655140
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了ATF3在脑动静脉畸形内皮细胞增殖中的关键作用 | 首次发现ATF3在BAVM发病机制中的关键作用，为BAVM的精准治疗提供了新的可能性 | 研究主要基于体外细胞实验，需要进一步在动物模型和临床样本中验证 | 探索脑动静脉畸形的发病机制并开发新的治疗策略 | 脑动静脉畸形(BAVM)内皮细胞 | 精准医学 | 脑动静脉畸形 | scRNA-seq, 多组学分析, 细胞实验(CCK-8, RT-qPCR, Transwell等) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |