单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27864 篇文献，本页显示第 16301 - 16320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16301 | 2024-08-05 |
scInterpreter: a knowledge-regularized generative model for interpretably integrating scRNA-seq data
2023-Dec-16, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05579-4
PMID:38104057
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研究论文 | 本研究提出了一种基于深度学习的可解释模型scInterpreter，用于整合和注释scRNA-seq数据。 | scInterpreter显著优于其他最新模型，并通过知识先验加速训练过程，同时提供可解释的细胞表示。 | 未提及具体的局限性 | 研究旨在提供一个有效且可解释的单细胞转录组数据整合工具。 | 本研究的对象为单细胞RNA-seq数据。 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 多个基准数据集 |
| 16302 | 2024-08-07 |
Bioinformatics identification of a T-cell-related signature for predicting prognosis and drug sensitivity in hepatocellular carcinoma
2023-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.12082
PMID:37935646
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法识别出与T细胞相关的预后和药物敏感性标志物，用于肝细胞癌的预测 | 开发了一种综合使用10种机器学习算法的T细胞相关预后标志物（TRPS），并验证了其在肝细胞癌中的独立风险因素作用 | NA | 开发和验证一种新的生物标志物，用于预测肝细胞癌患者的预后和药物敏感性 | 肝细胞癌患者及其T细胞相关的预后和药物敏感性 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA序列数据 | 使用Cancer Genome Atlas队列中的7个T细胞相关标记物进行验证 |
| 16303 | 2024-08-05 |
Leveraging diverse cell-death patterns to predict the prognosis, immunotherapy and drug sensitivity of clear cell renal cell carcinoma
2023-11-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-46577-z
PMID:37985807
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研究论文 | 本文提出了一种新的程序性细胞死亡相关特征（PRS）用于评估透明细胞肾癌的预后和药物敏感性 | 研究推出了一种结合多种细胞死亡模式的PCD模型，用于准确预测临床结果和免疫特征 | NA | 探讨透明细胞肾癌的预后、免疫疗法和药物敏感性 | 透明细胞肾癌患者和相关样本 | 数字病理学 | 肾癌 | qRT-PCR, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 分析了来自E-MTAB-1980数据集和其他公共数据库的多个样本 |
| 16304 | 2024-08-05 |
CD201+ fascia progenitors choreograph injury repair
2023-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06725-x
PMID:37968392
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研究论文 | 本文识别了标记为CD201的多能成纤维细胞前体，调控损伤修复。 | 发现CD201前体在伤口愈合中的多种特化细胞类型生成及其调控机制。 | 研究主要基于小鼠模型，临床应用尚需进一步验证。 | 探索损伤修复过程中成纤维细胞的不同分化状态及其调控机制。 | 标记为CD201的成纤维细胞前体及其在损伤修复中的作用。 | 数字病理 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 细胞数据 | 小鼠模型 |
| 16305 | 2024-08-07 |
The miR-221/222 cluster regulates hematopoietic stem cell quiescence and multipotency by suppressing both Fos/AP-1/IEG pathway activation and stress-like differentiation to granulocytes
2023-Nov, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002015
PMID:37983263
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研究论文 | 本文研究了miR-221/222簇通过抑制Fos/AP-1/IEG通路激活和应激样粒细胞分化来调节造血干细胞（HSC）静止和多能性的机制。 | 首次揭示了miR-221/222簇在应激条件下对HSC和多能前体细胞（MPP）的调控作用，及其对粒细胞分化的影响。 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类HSC中进行直接验证。 | 探讨miR-221/222簇在造血干细胞静止和多能性维持中的作用及其分子机制。 | 造血干细胞（HSC）和多能前体细胞（MPP）。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 使用了C57BL/6J小鼠模型，具体样本数量未详细说明。 |
| 16306 | 2024-08-05 |
Characterizing the Macrophage Population in Patients With Idiopathic Subglottic Stenosis
2023-09, The Laryngoscope
DOI:10.1002/lary.30524
PMID:36524603
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研究论文 | 本研究旨在描述特发性声门下狭窄患者的巨噬细胞群体特征。 | 首次对特发性声门下狭窄中巨噬细胞的转录组进行表征，揭示S100A8/9作为关键生物标志物的作用。 | 在体内S100A8/9+巨噬细胞的作用仍需进一步研究。 | 研究特发性声门下狭窄中巨噬细胞的免疫特征及其相关生物标志物的纤维生成特性。 | 分析来自特发性声门下狭窄患者的气管活检样本以及非瘢痕组织。 | 数字病理学 | 特发性声门下狭窄 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 样本中细胞转录组数据 | 8个样本（4个特发性声门下狭窄瘢痕及4个匹配的非瘢痕区域） |
| 16307 | 2024-08-07 |
CD4 T cell Responses in the CNS during SIV infection
2023-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.24.554055
PMID:37662237
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研究论文 | 研究了SIV感染期间CD4 T细胞在中枢神经系统（CNS）中的反应和分布 | 首次详细描述了CD4 T细胞在SIV感染期间在CNS中的分布和反应，以及抗逆转录病毒治疗（ART）后的持久性影响 | 研究仅限于SIVmac251感染的猕猴模型，可能不完全适用于人类HIV感染 | 探讨CD4 T细胞在SIV感染期间在CNS中的作用及其对抗逆转录病毒治疗的反应 | SIVmac251感染的猕猴的CD4 T细胞在CNS中的分布和反应 | NA | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10只SIVmac251感染的猕猴 |
| 16308 | 2024-08-05 |
Spatial Transcriptomic Analysis of a Diverse Patient Cohort Reveals a Conserved Architecture in Triple-Negative Breast Cancer
2023-01-04, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-2682
PMID:36283023
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析不同人种的三阴性乳腺癌患者的肿瘤架构 | 首次使用联合计数分析展示转录特征集群的非随机方向空间依赖性，支持三阴性乳腺癌中保守的空间转录结构 | 研究样本相对较小，且主要集中在特定人种群体上 | 定义三阴性乳腺癌的肿瘤架构，以便更好地理解疾病差异 | 来自14名患者的28个样本段的肿瘤组织 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间特征数据 | 28个样本段，来自14名患者 |
| 16309 | 2024-08-07 |
IER5L is a Prognostic Biomarker in Pan-Cancer Analysis and Correlates with Immune Infiltration and Immune Molecules in Non-Small Cell Lung Cancer
2023, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S439190
PMID:38106972
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研究论文 | 本研究探讨了IER5L在非小细胞肺癌中的预后生物标志物作用及其与免疫浸润和免疫分子的关系 | 首次揭示了IER5L在非小细胞肺癌中的预后价值及其与免疫浸润和免疫分子的关联 | NA | 研究IER5L在非小细胞肺癌中的预后作用及其与免疫浸润和免疫分子的关系 | 非小细胞肺癌中的IER5L表达及其与疾病进展、免疫浸润和免疫分子的关系 | 数字病理学 | 肺癌 | qPCR, scRNA seq | NA | 基因表达数据, DNA甲基化数据, 临床信息 | 多个癌症数据库中的癌症样本 |
| 16310 | 2024-08-07 |
Bioinformatics Prediction and Experimental Validation of the Role of Macrophage Polarization and Ferroptosis in Gestational Diabetes Mellitus
2023, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S440826
PMID:38107385
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研究论文 | 本文通过生物信息学预测和实验验证，探讨了巨噬细胞极化和铁死亡在妊娠糖尿病中的作用 | 首次揭示了妊娠糖尿病中巨噬细胞极化和铁死亡在胎盘炎症中的作用，并识别了潜在的治疗靶点 | 研究基于回顾性队列和公开数据集，未来需在前瞻性队列中进一步验证 | 探究妊娠糖尿病中胎盘炎症的机制并寻找潜在的治疗靶点 | 妊娠糖尿病中的巨噬细胞极化和铁死亡 | 生物信息学 | 妊娠糖尿病 | 转录组测序分析，多重免疫荧光染色 | NA | 转录组数据，临床信息 | 多个公开数据集（GSE154414, GSE70493, GSE173193）和回顾性队列样本 |
| 16311 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Roles of Fibroblasts During Intestinal Injury and Repair in Rats with Severe Acute Pancreatitis
2023, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S436511
PMID:38107381
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了严重急性胰腺炎大鼠模型中肠道损伤与修复过程中细胞异质性和组成的分子机制 | 发现纤维母细胞通过细胞间通讯影响肠道损伤与修复，并揭示了RNA结合蛋白在纤维母细胞功能中的潜在作用 | NA | 探索肠道损伤与治疗的分子机制 | 严重急性胰腺炎大鼠模型的肠道组织 | 数字病理学 | 胰腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三组实验，包括健康对照组、模型组和治疗组的大鼠肠道组织样本 |
| 16312 | 2024-08-07 |
Precursors of human CD4+ cytotoxic T lymphocytes identified by single-cell transcriptome analysis
2018-01-19, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aan8664
PMID:29352091
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，揭示了人类CD4+细胞毒性T淋巴细胞（CD4-CTL）的异质性、转录谱和克隆性 | 首次在人类中识别出CD4-CTL前体细胞群体，并探讨了其与CD4-CTL效应细胞的关系 | NA | 研究CD4-CTL的生物学特性及其在人类中的生成机制 | 人类CD4+细胞毒性T淋巴细胞及其前体细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过9000个细胞 |
| 16313 | 2024-08-07 |
Single-Cell Profiling Indicates a Proinflammatory Role of Meningeal Ectopic Lymphoid Tissue in Experimental Autoimmune Encephalomyelitis
2024-Jan, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation
DOI:10.1212/NXI.0000000000200185
PMID:38100739
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，比较了脑膜异位淋巴组织（mELT）与次级淋巴器官（SLOs）在自发性慢性实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的基因表达谱，揭示了mELT在多发性硬化症进展中的关键作用 | 首次揭示了脑膜异位淋巴组织（mELT）在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的促炎作用，并提出了mELT可能是中枢神经系统炎症的关键驱动因素 | 研究仅限于动物模型，尚未在人类多发性硬化症患者中验证 | 探究多发性硬化症进展的机制及如何预防 | 脑膜异位淋巴组织（mELT）与次级淋巴器官（SLOs）中的免疫细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 16314 | 2024-08-07 |
Empagliflozin targets Mfn1 and Opa1 to attenuate microglia-mediated neuroinflammation in retinal ischemia and reperfusion injury
2023-Dec-12, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02982-9
PMID:38082266
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研究论文 | 本研究评估了抗糖尿病药物恩格列净（EMPA）在视网膜缺血再灌注损伤中的治疗效果，发现其通过调节Mfn1和Opa1基因表达来减轻由小胶质细胞介导的神经炎症 | 本研究首次揭示了EMPA通过下调NLRP3信号通路和上调线粒体融合相关基因Mfn1和Opa1的表达，来恢复线粒体动态平衡，从而减轻视网膜缺血再灌注损伤中的神经炎症 | NA | 评估EMPA在视网膜缺血再灌注损伤中的治疗效果 | 视网膜缺血再灌注损伤中的神经炎症和线粒体功能障碍 | NA | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 小鼠模型，体外实验使用BV2小胶质细胞 |
| 16315 | 2024-08-07 |
GPNMB+ Gal-3+ hepatic parenchymal cells promote immunosuppression and hepatocellular carcinogenesis
2023-Dec-11, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2023114060
PMID:38009297
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研究论文 | 本文通过全面的单细胞转录组测序分析了毒素诱导的肝肿瘤发生模型和肝细胞癌患者的细胞特征，揭示了GPNMB Gal-3阳性肝实质细胞在肝细胞癌发展中的免疫抑制和恶性转化作用。 | 首次揭示了GPNMB Gal-3阳性肝实质细胞在肝细胞癌中的免疫抑制和恶性转化作用，并发现了SOX18在这一过程中的关键作用。 | NA | 揭示肝细胞癌发展过程中特定细胞群体的作用及其对肿瘤微环境的影响。 | 肝细胞癌患者和毒素诱导的肝肿瘤发生模型。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 涉及肝细胞癌患者和毒素诱导的肝肿瘤发生模型的单细胞样本。 |
| 16316 | 2024-08-05 |
SingleScan: a comprehensive resource for single-cell sequencing data processing and mining
2023-Dec-07, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05590-9
PMID:38062357
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研究论文 | 本研究开发了一个名为SingleScan的在线资源，以便更便捷地获取单细胞测序方法和数据处理流程的详细信息 | 提供了分类的单细胞转录组/基因组分析工具和流程，并总结了单细胞数据分析的典型工作流程 | 尚未提及特定的实验验证或工具有效性的评估 | 旨在为研究人员提供一个便利用于单细胞测序数据处理的资源 | 该资源旨在帮助没有计算经验的研究人员进入单细胞测序领域 | 数字病理 | NA | 单细胞测序 | NA | 文本 | NA |
| 16317 | 2024-08-05 |
Multiomic analysis of cervical squamous cell carcinoma identifies cellular ecosystems with biological and clinical relevance
2023-Dec, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-023-01570-0
PMID:37985817
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研究论文 | 此研究通过多组学分析揭示了宫颈鳞状细胞癌的细胞生态系统及其生物学和临床相关性 | 首次系统开发了宫颈鳞状细胞癌中肿瘤内部表达异质性的高分辨率空间图谱 | 临床试验样本分析的初步结果限制了该研究的广泛适用性和深入结论 | 深入理解宫颈鳞状细胞癌中细胞状态的多样性 | 宫颈鳞状细胞癌（CSCC），包括不同的肿瘤状态和免疫微环境 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学和空间蛋白质组学 | NA | 样本数据 | 临床试验样本（NCT04516616） |
| 16318 | 2024-08-07 |
Integrative lactylation and tumor microenvironment signature as prognostic and therapeutic biomarkers in skin cutaneous melanoma
2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05483-7
PMID:37955686
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研究论文 | 本研究通过整合乳酸化（LAC）和肿瘤微环境（TME）特征，开发了一种新的预测皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）预后和治疗的生物标志物。 | 首次将乳酸化修饰与肿瘤微环境特征结合，用于SKCM的预后预测和治疗指导。 | NA | 探索乳酸化和肿瘤微环境在SKCM中的作用，以提供新的治疗方案和研究SKCM发病机制。 | 皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）及其肿瘤微环境。 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | RNA测序、LASSO回归分析、CIBERSORT算法 | NA | RNA测序数据 | 涉及TCGA和GTEx数据库中的RNA测序数据集，以及A375和A2058细胞系。 |
| 16319 | 2024-08-07 |
Combined signature of G protein-coupled receptors and tumor microenvironment provides a prognostic and therapeutic biomarker for skin cutaneous melanoma
2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05486-4
PMID:38006451
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研究论文 | 本研究分析了皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）中G蛋白偶联受体（GPCRs）相关基因（GPRGs）和肿瘤微环境（TME），构建了一个预测模型，以帮助SKCM患者获得准确的临床治疗策略 | 本研究首次结合GPCRs和肿瘤微环境构建了一个新的预测模型，并验证了关键基因GPR19的功能 | NA | 探索GPCRs和肿瘤微环境在皮肤皮肤黑色素瘤发展中的作用，并构建预测模型 | 皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）患者 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | LASSO算法，多元和单变量Cox回归分析 | NA | 基因表达数据 | 数据来自TCGA和GEO数据库，具体样本数量未提及 |
| 16320 | 2024-08-07 |
East Asian-specific and cross-ancestry genome-wide meta-analyses provide mechanistic insights into peptic ulcer disease
2023-Dec, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-023-01569-7
PMID:38036781
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研究论文 | 本研究通过大规模跨祖先的元分析，结合日本和欧洲的基因组关联研究，探讨了消化性溃疡病的遗传机制 | 发现了25个新的高度一致的遗传位点，并揭示了胃溃疡和十二指肠溃疡的遗传结构差异 | NA | 探究消化性溃疡病的遗传机制 | 消化性溃疡病，包括胃溃疡和十二指肠溃疡 | 遗传学 | 消化性溃疡病 | 基因组关联研究 | NA | 基因组数据 | 52,032例病例和905,344例对照 |