单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27864 篇文献，本页显示第 16241 - 16260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16241 | 2024-08-07 |
A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain
2023-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06812-z
PMID:38092916
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研究论文 | 本研究报告了整个成年小鼠大脑的综合性和高分辨率转录组和空间细胞类型图谱 | 首次创建了包含约700万个细胞的单细胞RNA测序数据集和约430万个细胞的空间转录组数据集的小鼠大脑细胞类型图谱，并开发了一个在线平台用于可视化这些数据 | NA | 建立一个基准参考图谱和基础资源，用于综合研究哺乳动物大脑的细胞和电路功能、发育和进化 | 小鼠大脑的细胞类型及其空间分布模式 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重误差稳健荧光原位杂交（MERFISH） | NA | 转录组数据 | 约700万个细胞的单细胞RNA测序数据集和约430万个细胞的空间转录组数据集 |
| 16242 | 2024-08-07 |
Investigation of a UPR-Related Gene Signature Identifies the Pro-Fibrotic Effects of Thrombospondin-1 by Activating CD47/ROS/Endoplasmic Reticulum Stress Pathway in Lung Fibroblasts
2023-Nov-21, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox12122024
PMID:38136144
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析，探讨了未折叠蛋白反应（UPR）状态与特发性肺纤维化（IPF）患者肺功能之间的关系，并发现血小板反应蛋白-1（TSP-1）通过激活CD47/ROS/内质网应激途径在肺成纤维细胞中发挥促纤维化作用。 | 本研究首次揭示了TSP-1在肺纤维化中的病理作用，并证明了TSP-1通过CD47依赖的ROS产生促进内质网应激和成纤维细胞活化。 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，未来需要进一步的临床试验和体内实验来验证这些发现。 | 探讨UPR状态与IPF患者肺功能及预后的关系，并研究TSP-1在肺纤维化中的作用机制。 | 特发性肺纤维化患者，肺成纤维细胞。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 基因集富集分析（GSEA） | NA | RNA测序数据 | 使用了大量的RNA测序和单细胞RNA测序数据 |
| 16243 | 2024-08-05 |
A molecularly defined and spatially resolved cell atlas of the whole mouse brain
2023-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.06.531348
PMID:36945367
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研究论文 | 本研究生成了一个全面的成年小鼠大脑细胞图谱，涵盖了超过5000个转录上独特的细胞簇 | 首次应用MERFISH技术结合单细胞RNA测序生成整个小鼠大脑的细胞图谱，展示了细胞类型的分布及其相互作用 | 目前的研究仅限于小鼠大脑，尚未在其他哺乳动物中验证 | 探讨小鼠大脑中分子定义的细胞类型的空间组织和细胞相互作用 | 成年小鼠的大脑细胞，涉及约8百万个细胞的基因表达 | 数字病理学 | NA | MERFISH，单细胞RNA-sequencing (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 约800万细胞 |
| 16244 | 2024-08-07 |
A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain
2023-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.06.531121
PMID:37034735
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研究论文 | 本文报道了成年小鼠全脑的高分辨率转录组和空间细胞类型图谱 | 该研究结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，创建了一个全面且高分辨率的细胞类型图谱，揭示了细胞类型在不同脑区的独特组织特征 | NA | 旨在理解脑功能，获取脑细胞类型的目录 | 成年小鼠的全脑细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），MERFISH | NA | 转录组数据 | 约700万细胞的scRNA-seq数据，约430万细胞的MERFISH数据 |
| 16245 | 2024-08-05 |
Comprehensive Analysis of METTLs (METTL1/13/18/21A/23/25/2A/2B/5/6/9) and Associated mRNA Risk Signature in Hepatocellular Carcinoma
2023, Analytical cellular pathology (Amsterdam)
DOI:10.1155/2023/6007431
PMID:38130905
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研究论文 | 本研究分析了METTLs及其相关的mRNA风险特征在肝细胞癌中的价值 | 本研究构建了与METTLs相关的mRNA风险特征，并探讨了其作为独立预后标志物的临床应用 | 主要的限制是对METTL25之外其他基因的特定功能缺乏深入研究 | 本研究旨在揭示METTL家族基因在肝细胞癌的预后价值 | 主要针对METTLs和关联的mRNA在肝细胞癌患者中的表达及其预后影响进行研究 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | mRNA | 共涉及664个mRNA |
| 16246 | 2024-08-05 |
Identification and validation of prognostic and tumor microenvironment characteristics of necroptosis index and BIRC3 in clear cell renal cell carcinoma
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16643
PMID:38130918
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研究论文 | 本研究探讨了坏死性凋亡指数及BIRC3在透明细胞肾细胞癌中的预后和肿瘤微环境特征 | 研究识别了新的坏死性凋亡相关基因，并提出了一种新的预后模型，评估了其在免疫特性和肿瘤突变负担中的作用 | 研究可能受到样本量和数据来源的限制，需进一步验证结果的普适性 | 探讨坏死性凋亡在透明细胞肾细胞癌中的重要性及其机制 | 透明细胞肾细胞癌中的坏死性凋亡相关基因及BIRC3的表达和功能 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞测序、定量实时PCR | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 涉及TCGA和GEO数据库中的多组样本，具体样本量NA |
| 16247 | 2024-08-05 |
Corrigendum: Exploring the shared molecular mechanisms between systemic lupus erythematosus and primary Sjögren's syndrome based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1339929
PMID:38143754
|
更正 | 这篇文章纠正了先前关于系统性红斑狼疮和原发性干燥综合症的分子机制研究的错误 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 16248 | 2024-08-05 |
Exploring the shared molecular mechanisms between systemic lupus erythematosus and primary Sjögren's syndrome based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1212330
PMID:37614232
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研究论文 | 本研究探讨了系统性红斑狼疮与原发性干燥综合征之间的共享分子机制 | 识别出IFI44L、ISG15和ITGB2作为共享基因，并找到了共同的转录因子STAT1和IRF7 | 未详细讨论共享基因的生物学功能及其在疾病中的具体作用 | 研究系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征之间的共同病理机制 | 系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征的基因及转录因子 | 数字病理 | 系统性红斑狼疮与原发性干燥综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 152个共享基因 |
| 16249 | 2024-08-05 |
Single-cell multi-omics analysis of human testicular germ cell tumor reveals its molecular features and microenvironment
2023-Dec-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44305-9
PMID:38123589
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析揭示了人类睾丸胚细胞肿瘤的分子特征和微环境 | 通过多组学解析，我们识别了根系基因表达程序，并描绘了睾丸胚细胞肿瘤的肿瘤微环境 | 需要更多样本和长时间的随访数据以验证结果的广泛性 | 探讨睾丸胚细胞肿瘤的分子特征及其微环境 | 研究对象为睾丸胚细胞肿瘤样本及相关细胞系 | 数字病理学 | 生殖细胞肿瘤 | 基因组分析，单细胞多组学，空间转录组学 | NA | NA | 包括睾丸胚细胞肿瘤样本及细胞系 |
| 16250 | 2024-08-07 |
Reassessing endothelial-to-mesenchymal transition in mouse bone marrow: insights from lineage tracing models
2023-Dec-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44312-w
PMID:38123537
|
研究论文 | 本文评估了在幼年小鼠中内皮细胞向间充质细胞转化的贡献，以生成骨髓基质细胞 | 发现内皮细胞在稳态和骨髓抑制诱导的造血再生过程中几乎不转化为骨髓基质细胞 | 使用Prrx1-Cre和Lepr-Cre转基因小鼠未能验证单细胞RNA测序的结果 | 探讨内皮细胞是否是骨髓基质细胞的来源 | 内皮细胞和骨髓基质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 使用Cdh5-rtTA-tetO-Cre或Tek-CreERT2的少数骨髓基质细胞 |
| 16251 | 2024-08-05 |
SODB facilitates comprehensive exploration of spatial omics data
2023-03, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01773-7
PMID:36797409
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为空间组学数据库(SODB)的网络平台，该平台提供丰富的数据资源和交互式数据分析模块 | SODB提供了一种统一的数据格式，兼容多种计算软件包，并介绍了独特的空间组学视图模块(SOView)，能够更好地分析和展示空间组学数据 | 可能尚未涵盖所有空间组学技术的实验数据 | 构建一个整合空间组学数据的数据库和分析工具 | 来自25种以上空间组学技术的2400多个实验数据 | 数字病理学 | NA | 空间组学 | NA | 实验数据 | 超过2400个实验 |
| 16252 | 2024-08-07 |
Cerebrospinal fluid immune dysregulation during healthy brain aging and cognitive impairment
2022-12-22, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.11.019
PMID:36516855
|
research paper | 本文通过单细胞RNA测序研究了45名认知正常的54至82岁受试者的脑脊液（CSF）免疫变化，并对比了14名认知受损受试者的CSF免疫情况。 | 首次揭示了随着年龄增长和认知障碍，脑脊液中免疫系统的变化，特别是单核细胞中脂质运输基因的上调和下调，以及CXCL16-CXCR6信号通路在认知受损中的作用。 | 研究样本量相对较小，且仅限于特定年龄段和认知状态的受试者。 | 探究脑脊液免疫系统在健康脑老化和认知障碍中的变化。 | 脑脊液中的免疫系统及其在不同认知状态下的变化。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 45名认知正常的受试者和14名认知受损的受试者 |
| 16253 | 2024-08-07 |
223Ra Induces Transient Functional Bone Marrow Toxicity
2022-10, Journal of nuclear medicine : official publication, Society of Nuclear Medicine
IF:9.1Q1
DOI:10.2967/jnumed.121.263310
PMID:35177425
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研究论文 | 本研究探讨了223Ra治疗对骨髓生物学的影响，通过结合流式细胞术、单细胞RNA测序、三维多光子显微镜和骨髓移植分析 | 本研究首次全面解释了223Ra对骨髓细胞的可逆效应，并排除了长期骨髓毒性 | NA | 研究223Ra治疗对骨髓功能的影响及其安全性 | 骨髓生物学和骨髓细胞 | NA | 前列腺癌 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、三维多光子显微镜 | NA | 细胞 | NA |
| 16254 | 2024-08-07 |
Inference on spatial heterogeneity in tumor microenvironment using spatial transcriptomics data
2022-Sep, Computational and systems oncology
DOI:10.1002/cso2.1043
PMID:36035873
|
研究论文 | 本文提出了一种基于网络图的空间统计模型框架，用于分析空间转录组数据，以揭示肿瘤微环境中的模块性和空间异质性 | 首次提出使用网络图的空间统计模型来量化肿瘤微环境中的空间异质性 | 研究仅限于胰腺导管腺癌样本，可能不适用于其他类型的癌症 | 研究肿瘤微环境中的空间异质性及其对肿瘤生长和癌症特征的影响 | 肿瘤微环境中的细胞类型和通路特征的空间分布 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | 网络图 | 分子数据 | 胰腺导管腺癌样本 |
| 16255 | 2024-08-07 |
PANoptosis signaling enables broad immune response in psoriasis: From pathogenesis to new therapeutic strategies
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.11.049
PMID:38125299
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研究论文 | 本文探讨了PANoptosis信号在银屑病中的作用及其作为潜在治疗策略的可能性 | 首次揭示了PANoptosis在银屑病中的作用，并通过多转录组分析和实验验证确定了PANoptosis信号及其相关基因 | NA | 揭示PANoptosis在银屑病中的作用，探索新的治疗策略 | 银屑病患者中的PANoptosis信号及其对免疫细胞浸润的影响 | NA | 银屑病 | RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 16256 | 2024-08-07 |
SCInter: A comprehensive single-cell transcriptome integration database for human and mouse
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.11.024
PMID:38125297
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研究论文 | 本文开发了一个全面的单细胞转录组整合数据库SCInter，用于人类和小鼠的基因表达数据 | SCInter数据库提供了手动 curated 的基因表达数据，支持跨不同细胞类型的样本级别分析，并包含多种分析工具 | NA | 旨在支持单细胞RNA测序数据的综合和有效注释与分析 | 人类和小鼠的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 115个整合数据集和1016个样本，覆盖近150个组织/细胞系，包含8016,646个细胞标记 |
| 16257 | 2024-08-05 |
Translatome Profiling of Tissue-Resident Macrophages Using the RiboTag Approach
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3437-0_17
PMID:37639128
|
研究论文 | 本文讨论了一种新的方法RiboTag，用于从粗糙的组织提取物中获取组织驻留巨噬细胞的转录组。 | 提出了RiboTag方法，可以避免传统细胞分离中的偏差和伪影 | 只集中于脑巨噬细胞的研究，没有涉及其他类型的组织巨噬细胞 | 探索RiboTag方法在组织驻留巨噬细胞研究中的应用 | 脑巨噬细胞，包括小胶质细胞和边界相关细胞 | 数字病理学 | NA | RiboTag | NA | 转录组 | NA |
| 16258 | 2024-08-07 |
Hemocyte Nuclei Isolation from Adult Drosophila melanogaster for snRNA-seq
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3437-0_4
PMID:37639115
|
研究论文 | 本文提供了一种从成年果蝇中分离血细胞核用于单核RNA测序（snRNA-seq）的详细方案 | 首次提供了从成年果蝇血细胞中分离核用于snRNA-seq的具体方法 | NA | 研究果蝇血细胞在不同实验条件下的功能和特性 | 成年果蝇的血细胞核 | NA | NA | snRNA-seq | NA | RNA | 具体样本数量未提及 |
| 16259 | 2024-08-05 |
Autophagy of OTUD5 destabilizes GPX4 to confer ferroptosis-dependent kidney injury
2023-Dec-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44228-5
PMID:38110369
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研究论文 | 本文研究了OTUD5通过降解GPX4来介导铁死亡导致的肾损伤 | 发现OTUD5作为GPX4结合蛋白，通过稳定GPX4抵抗铁死亡，揭示了缺血-再灌注期间的分子机制 | 研究主要集中在肾脏的铁死亡机制，其他器官的影响未被探讨 | 探讨OTUD5在缺血-再灌注相关肾损伤中的作用及其机制 | 研究主要对象为肾脏细胞和铁死亡相关的分子机制 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 16260 | 2024-08-07 |
Association of WHSC1/NSD2 and T-cell infiltration with prostate cancer metastasis and prognosis
2023-12-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48906-8
PMID:38062230
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研究论文 | 本研究评估了NSD2作为前列腺癌免疫治疗靶点的可行性，并通过免疫组织化学、单细胞RNA测序和基因集富集分析等方法探讨了NSD2与T细胞浸润的关系及其在前列腺癌转移和预后中的作用。 | 首次基于NSD2表达和CD4及CD8 TILs成功对前列腺癌患者进行免疫分类，并发现NSD2在定义前列腺癌免疫浸润中的新作用。 | NA | 评估NSD2作为前列腺癌免疫治疗靶点的可行性。 | NSD2在前列腺癌中的表达模式及其与T细胞浸润的关系。 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序、基因集富集分析 | NA | 组织样本 | 34例良性前列腺增生、36例前列腺上皮内瘤变、57例前列腺癌（包括19例转移性去势抵抗性前列腺癌） |