单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16221	2024-08-05	Reconstructing Spatial Transcriptomics at the Single-cell Resolution with BayesDeep 2023-Dec-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.07.570715 PMID:38106214	研究论文	本文介绍了一种新型的贝叶斯层次模型BayesDeep，用于重建单细胞分辨率的空间转录组数据	提出了一个结合细胞形态学数据的贝叶斯模型，以单细胞分辨率重构空间转录组数据	目前的模型仅在两个真实的SRT数据集上进行了验证，可能需要更多样本以增强鲁棒性	提升对组织中生物功能的理解，重建单细胞分辨率的空间转录组数据	研究细胞形态与分子特征之间的关联	数字病理学	NA	贝叶斯模型	负二项回归模型	转录组数据	两个真实的SRT数据集
16222	2024-08-05	Single-cell transcriptomics uncover hub genes and cell-cell crosstalk in patients with hypertensive nephropathy 2023-Dec, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.111104 PMID:37897949	研究论文	该文章探讨了高血压肾病患者的关键基因和细胞间相互作用	首次利用单细胞转录组学揭示了高血压肾病的病理信号及潜在的细胞沟通机制	样本数量较少，仅包含2名健康对照和5名高血压患者，可能影响结果的普遍性	探讨高血压肾病的分子机制和基因靶标	研究对象为5名高血压肾病患者和2名健康供体	数字病理学	高血压肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	7个样本（2个健康供体和5个高血压患者）
16223	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing in double-hit lymphoma: IMPDH2 induces the progression of lymphoma by activating the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway 2023-Dec, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.111125 PMID:37907047	研究论文	研究IMPDH2在双击淋巴瘤中的作用及其机制	首次揭示IMPDH2作为促进双击淋巴瘤肿瘤发展的关键因子及其与PI3K/AKT/mTOR信号通路的联系	未能完全阐明IMPDH2在所有类型淋巴瘤中的作用机制	探索IMPDH2在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的潜在机制及其在双击淋巴瘤中的作用	双击淋巴瘤(DHL)cases和弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中的IMPDH2	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞系和组织样本	NA
16224	2024-08-07	Identification of anterior cruciate ligament fibroblasts and their contribution to knee osteoarthritis progression using single-cell analyses 2023-Dec, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.111109 PMID:37883816	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞可及染色质测序（scATAC-seq）技术，揭示了前交叉韧带（ACL）在正常和骨关节炎（OA）状态下的转录组和表观基因组特征	发现了ACL中的一种新型成纤维细胞亚群，并揭示了其在膝关节稳态和疾病中的作用	NA	探究前交叉韧带在膝关节骨性关节炎进展中的作用	前交叉韧带的成纤维细胞及其在膝关节骨性关节炎中的作用	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	单细胞数据	具体样本数量未在摘要中提及
16225	2024-08-07	A candidate prognostic biomarker: TFEB inhibits tumor progression via elevating CDKN1A in bladder cancer 2023-Dec, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.111016 PMID:37890378	研究论文	本研究探讨了转录因子EB（TFEB）在膀胱癌中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	首次揭示了TFEB通过上调CDKN1A表达抑制膀胱癌进展的机制，并发现TFEB表达与免疫细胞浸润呈正相关	NA	评估TFEB是否为膀胱癌的生物标志物及治疗靶点	膀胱癌组织及细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	549,393例新病例（2018年数据）
16226	2024-08-05	Integration of whole transcriptome spatial profiling with protein markers 2023-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01536-3 PMID:36593397	研究论文	本文提出了一种高通量同时进行空间转录组学和蛋白质分析的方法	本文创新性地开发了空间蛋白质和转录组测序技术（SPOTS），实现了转录组学和蛋白质组学的实验整合	本文未提及具体的实验限制	研究空间转录组学与蛋白质组学的整合方法	主要研究空间转录组和蛋白质的表达	数字病理学	NA	空间转录组学和蛋白质组学	NA	NA	NA
16227	2024-08-07	Mapping the biogenesis of forward programmed megakaryocytes from induced pluripotent stem cells 2022-02-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abj8618 PMID:35171685	研究论文	本文开发了一种从多能干细胞生产血小板前体细胞巨核细胞的系统，并通过单细胞RNA测序技术映射了体外分化过程中的每个状态与其在体内的等效状态	本文通过单细胞RNA测序技术识别了五个表面标记，这些标记可重复纯化巨核细胞前体细胞，并优化了培养条件以增加巨核细胞前体细胞的生产	目前尚不清楚体外巨核细胞前体细胞状态是否与体内状态一致	研究旨在映射体外和体内巨核细胞前体细胞状态的平行关系，并优化体外衍生输血产品的生产	研究对象为从诱导多能干细胞衍生的巨核细胞及其前体细胞	NA	血小板减少症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
16228	2024-08-07	Immune cell profiling of preeclamptic pregnant and postpartum women by single-cell RNA sequencing 2024, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2022.2144291 PMID:36369864	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了早发型先兆子痫孕妇和产后妇女的外周血单个核细胞（PBMCs）的免疫细胞组成和异质性	首次在单细胞水平上揭示了先兆子痫患者在孕期和产后阶段的免疫细胞组成和活性变化	样本量较小，仅包括三名早发型先兆子痫孕妇和两名健康对照	探究先兆子痫患者在孕期和产后阶段的免疫系统变化	早发型先兆子痫孕妇和产后妇女的PBMCs	数字病理学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共获取了80,429个单细胞转录组数据，来自三名早发型先兆子痫孕妇和两名健康对照
16229	2024-08-05	An End-to-End Deep Hybrid Autoencoder Based Method for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis 2023 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3328029 PMID:37889828	研究论文	本文提出了一种基于深度混合自编码器的单细胞RNA测序数据分析方法 dhaSCA	dhaSCA结合了图卷积神经网络（GCN）特征学习与下游任务，为单细胞转录组数据提供更准确的细胞特征学习	NA	提高单细胞RNA测序数据分析的准确性	单细胞转录组数据	数字病理学	NA	RNA-seq	GCN-MLP深度自编码器	RNA-Seq数据	八个真实RNA-Seq数据集
16230	2024-08-07	Multi-View Clustering With Graph Learning for scRNA-Seq Data 2023 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3298334 PMID:37486829	研究论文	本文提出了一种基于图学习的多视角聚类算法（MCGL），用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析	MCGL算法通过构建多个特征空间并利用多视角学习，从不同角度全面表征scRNA-seq数据，同时自适应学习细胞的相似性图，克服了对固定相似性的依赖	NA	研究细胞类型分布	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	多视角聚类算法	基因表达数据	十个不同规模的scRNA-seq数据集
16231	2024-08-07	Non-Negative Low-Rank Representation With Similarity Correction for Cell Type Identification in scRNA-Seq Data 2023 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3319375 PMID:37751340	研究论文	本文提出了一种新的非负低秩相似性校正模型（NLRSIM），用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别，该模型通过子空间聚类保留细胞间的全局结构	引入了一种新的流形学习过程来解决细胞间邻域空间密度不平衡的问题，并使用位置敏感哈希算法构建数据图结构	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的方法	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	非负低秩相似性校正模型（NLRSIM）	基因表达数据	NA
16232	2024-08-07	Profiling joint tissues at single-cell resolution: advances and insights 2024-Jan, Nature reviews. Rheumatology DOI:10.1038/s41584-023-01052-x PMID:38057475	研究论文	本文探讨了在单细胞分辨率下对人类关节组织进行分析的进展及其对健康和疾病中这些组织的结构和功能的洞察	通过单细胞RNA测序和时间飞行流式细胞术等技术，识别了构成关节组织的不同亚群，并构建了关节组织的单细胞图谱	NA	旨在揭示关节组织在健康和疾病中的组织和功能，并探索潜在的治疗靶点	关节组织，包括软骨、骨和滑膜	数字病理学	骨关节炎，类风湿性关节炎	单细胞RNA测序，时间飞行流式细胞术	NA	单细胞数据	具体样本数量未提及
16233	2024-08-07	Single-cell characterization of human GBM reveals regional differences in tumor-infiltrating leukocyte activation 2023-Dec-21, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92678 PMID:38127790	研究论文	本研究通过高深度单细胞RNA测序分析了五名原发性胶质母细胞瘤患者的肿瘤中心、周边浸润区和血液样本，揭示了肿瘤微环境中不同区域的免疫细胞转录特征差异	首次在人类胶质母细胞瘤中展示了肿瘤微环境内不同区域的免疫细胞转录特征差异，并识别了肿瘤浸润CD8 T细胞在血液和肿瘤微环境中的不同表型	研究样本量较小，仅包括五名患者，可能影响结果的普遍性	探究胶质母细胞瘤中肿瘤微环境不同区域的免疫细胞激活状态	胶质母细胞瘤患者的肿瘤中心、周边浸润区和血液样本中的免疫细胞	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	五名原发性胶质母细胞瘤患者
16234	2024-08-07	Unique adipose tissue invariant natural killer T cell subpopulations control adipocyte turnover in mice 2023-Dec-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44181-3 PMID:38129377	研究论文	研究通过单细胞RNA测序探讨了脂肪组织中不变自然杀伤T细胞的转录异质性及其在脂肪细胞更新中的作用	发现了脂肪组织中独特的KLRG1 iNKT细胞亚群，并揭示了其在肥胖小鼠中通过CX3CR1细胞毒性亚群调节脂肪组织稳态的机制	NA	研究脂肪组织中不变自然杀伤T细胞的异质性及其在脂肪细胞更新中的功能	脂肪组织中的不变自然杀伤T细胞及其亚群	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	瘦小鼠和肥胖小鼠
16235	2024-08-07	MYO5A overexpression promotes invasion and correlates with low lymphocyte infiltration in head and neck squamous carcinoma 2023-Dec-21, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-023-11759-5 PMID:38129784	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据结合体外实验，探讨MYO5A在头颈鳞状细胞癌中的作用	发现MYO5A在头颈鳞状细胞癌中的过表达促进癌细胞迁移，并通过抑制vimentin表达影响免疫浸润	NA	探讨MYO5A在头颈鳞状细胞癌中的作用及其对预后的影响	MYO5A在头颈鳞状细胞癌中的表达及其对癌细胞迁移和免疫浸润的影响	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	RNA测序	NA	RNA	NA
16236	2024-08-07	Interpretation of the Yak Skin Single-Cell Transcriptome Landscape 2023-Dec-11, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani13243818 PMID:38136855	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了牦牛肩胛皮肤在毛囊休止期和生长期的单细胞转录组图谱	首次揭示了牦牛皮肤中11种主要细胞类型的转录组特征，并详细分析了DP细胞和成纤维细胞谱系的单细胞图谱	NA	探索毛囊形态发生过程中的转录调控机制	牦牛皮肤中的单细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	26,573个单细胞
16237	2024-08-05	ATAT: Automated Tissue Alignment and Traversal in Spatial Transcriptomics with Self-Supervised Learning 2023-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.08.570839 PMID:38106010	研究论文	本研究提出了一个新的计算框架ATAT，用于增强空间转录组学分析	ATAT利用自我监督对比学习自动对齐和遍历ST数据，填补了当前ST分析方法中的关键空白	未在摘要中提及具体的限制	旨在提升空间转录组学在多样化和复杂组织结构分析中的应用	主要关注胃肠道活检组织样本中的转录组数据	数字病理学	NA	自我监督对比学习	NA	H&E染色图像	多样本的组织活检数据
16238	2024-08-05	The Construction and Validation of a Novel Ferroptosis-Related Gene Signature in Parkinson's Disease 2023-Dec-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms242417203 PMID:38139032	研究论文	本文构建并验证了一种与铁死亡相关的基因特征，用于帕金森病的研究	提出了一种新的与铁死亡相关的基因特征，并显示其在帕金森病早期诊断中的潜在应用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探讨铁死亡在帕金森病发病机制中的作用	分析GSE8397数据集中差异表达基因与铁死亡相关基因的关系	数字病理学	帕金森病	Western blotting, 免疫组化, 并利用Cytoscape进行网络图构建	MPTP诱导的鼠模型	基因表达数据	使用了GSE8397数据集的相关样本以及MPTP诱导的小鼠模型
16239	2024-08-05	Identification and Interpretation of A-to-I RNA Editing Events in Insect Transcriptomes 2023-Dec-05, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms242417126 PMID:38138955	review	本综述介绍了A-to-I RNA编辑事件在昆虫转录组中的识别和解释	系统回顾了RNA编辑的生物学意义，并总结了识别这些编辑事件的方法	在小型非模型昆虫中准确识别RNA编辑事件仍然面临一些困难	探讨RNA编辑的生物学重要性及其识别方法	主要关注小型非模型昆虫中的RNA编辑事件识别	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
16240	2024-08-05	Molecularly defined and spatially resolved cell atlas of the whole mouse brain 2023-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06808-9 PMID:38092912	研究论文	本文在整合数据的基础上构建了小鼠大脑的全面细胞图谱	生成了一个超过5000个转录独特细胞簇和超过300种主要细胞类型的细胞图谱，具有高分辨率的分子和空间数据	目前仍缺乏对整个脑区的全面细胞图谱，且无法涵盖所有细胞类型	系统映射小鼠大脑中分子定义的细胞类型的空间组织	约1000万细胞中的1100个基因的表达分析	数字病理学	NA	多重错误鲁棒荧光原位杂交和单细胞RNA测序	NA	细胞表达数据	约1000万个细胞