单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-06-16	Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis 2025, Complex networks & their applications XIII : proceedings of the thirteenth International Conference on Complex Networks and Their Applications: COMPLEX NETWORKS 2024. Volume 1. International Conference on Complex Networks and Their Appl... DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32 PMID:40510773	research paper	提出了一种基于网络分析的细胞间通讯方法，用于空间转录组学数据	构建了一个全连接、有向且加权的网络模型，用于量化配体-受体相互作用的信号活性	仅在三个相互作用上进行了验证，样本量有限	开发一种新的方法来表征空间转录组学数据中的细胞信号传导	空间转录组学数据中的配体-受体相互作用	digital pathology	NA	spatial transcriptomics (ST)	network model	gene expression data	一个真实ST数据集上的三个相互作用
142	2025-06-16	Viral Circuit Tracing in Biomedical Pain Research: Methods, Protocols, and Applications 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_3 PMID:40515898	研究论文	本文综述了病毒回路追踪技术在疼痛研究中的方法、协议和应用	详细介绍了AAV、狂犬病毒和HSV等病毒追踪工具在疼痛相关神经回路研究中的应用，并探索了与光遗传学、化学遗传学和单细胞RNA测序的新兴整合	NA	解析疼痛处理和调制的神经回路，为疼痛管理开发精准干预措施	疼痛相关神经回路，如PAG-DR通路和杏仁核中心回路	生物医学研究	疼痛相关疾病	病毒追踪技术（AAV、狂犬病毒、HSV）、光遗传学、化学遗传学、单细胞RNA测序	NA	神经回路数据	NA
143	2025-06-16	Application of Single-Cell RNA Sequencing in Investigating Virus-Host Interactions 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_9 PMID:40515904	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在研究病毒与宿主相互作用中的应用	利用scRNA-seq技术在单细胞水平上分析宿主和病毒转录本及宿主-病毒相互作用，揭示了病毒感染过程中宿主细胞的分子变化机制	NA	深入研究病毒与宿主之间的相互作用，为病毒感染的诊断和治疗提供新思路和方法	宿主细胞和病毒	基因组学	病毒感染	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
144	2025-06-15	Biomarkers Related to Interferon-γ Pathway in Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury and the Potential Molecular Mechanisms 2025-Jul, Cardiovascular toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12012-025-09999-x PMID:40346414	研究论文	研究干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤（MIRI）中的分子机制及其潜在生物标志物	通过挖掘转录组和单细胞测序数据，鉴定了与干扰素-γ通路相关的两个关键基因Myd88和Trp53作为MIRI的生物标志物，并揭示了其在细胞通讯和伪时间分析中的作用	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	阐明干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤中的分子机制	心肌缺血再灌注损伤（MIRI）	生物信息学	心血管疾病	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三个数据集（GSE160516、GSE83472、GSE227088）和182个干扰素-γ通路相关基因
145	2025-06-15	From cells to clinic: Single-cell transcriptomics shaping the future of orthopedics 2025-Jul, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.05.001 PMID:40510239	review	探讨单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）在骨科研究和临床实践中的潜在影响	scRNA-seq技术能够精细表征细胞亚群的变化及其在疾病进展中的作用，为骨科疾病研究提供新视角	NA	评估scRNA-seq技术在骨科研究和临床实践中的应用前景	骨关节炎、类风湿性关节炎、椎间盘退变和骨肉瘤等骨科疾病	digital pathology	geriatric disease	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
146	2025-06-15	Antlers on does: An unexpected role of macrophages in deer biology 2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424448122 PMID:40512783	研究论文	该研究揭示了雄激素通过巨噬细胞调控鹿角生长的分子机制	首次发现巨噬细胞在鹿角生成中的关键作用，并证明通过局部注射CCL2、自体巨噬细胞或LPS可诱导雌鹿长角	雄激素调控巨噬细胞募集的具体信号通路尚未完全阐明	探索雄激素调控鹿角再生的分子机制	梅花鹿（雄性和雌性）及裸鼠移植模型	发育生物学	NA	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、组织学分析	NA	RNA测序数据、组织学图像	梅花鹿样本及裸鼠移植模型（具体数量未说明）
147	2025-06-15	Refinement of histologic subtypes and identification of biomarkers linked to unfavorable prognosis in cholangiocarcinoma: The ENSCCA registries' framework for digital twin advancement 2025-Jun-16, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001425 PMID:40513068	研究论文	研究胆管癌的组织学亚型细化及与不良预后相关的生物标志物，通过建立欧洲胆管癌组织学注册表框架推进数字孪生技术	通过多中心数字化欧洲胆管癌组织学注册表，识别了PASHIGH LBD iCCA亚型作为独立的不良预后预测因子，并展示了该亚型在空间转录组学和免疫组化中的特定分子特征	样本量相对有限（293例患者），且仅选择了18例进行空间转录组学分析	研究胆管癌的组织学异质性及其临床相关性，识别与不良预后相关的组织生物标志物	胆管癌患者（293例）及其组织样本、CT扫描数据和血清学数据	数字病理学	胆管癌	免疫组化、CT扫描、形态学和放射组学技术、空间转录组学分析	NA	组织样本、CT图像、血清学数据	293例胆管癌患者（其中112例有CT扫描数据，18例进行空间转录组学分析）
148	2025-06-15	Endothelial CLEC5A drives barrier dysfunction and vascular leakage responsible for lung injury in bacterial pneumonia and sepsis 2025-Jun-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7589 PMID:40498836	研究论文	研究揭示了CLEC5A在调节内皮屏障功能中的重要性，并指出内皮CLEC5A可作为肺炎或败血症细菌感染的治疗靶点	首次发现内皮CLEC5A在驱动屏障功能障碍和血管渗漏中的作用，并验证其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究CLEC5A在内皮屏障功能障碍和血管损伤中的作用	小鼠模型中的内皮细胞和CLEC5A基因	分子生物学	肺炎, 败血症	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	CLEC5A缺陷小鼠和野生型小鼠
149	2025-06-15	Early differentiation of committed erythroid cells defined by miR-144/451 expression 2025-Jun-12, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae057 PMID:39777529	research paper	该研究通过miR-144/451-eGFP敲入小鼠模型，定义了骨髓中共同髓系祖细胞（CMPs）内miR-144/451表达对红细胞早期分化的标志作用	首次利用miR-144/451-eGFP报告基因系统揭示CMPs中红细胞定向祖细胞的早期分化特征，并发现CD53表达缺失与红细胞谱系定向相关	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证人类造血系统中的保守性	阐明红细胞谱系定向祖细胞在髓系发育早期的分子特征	miR-144/451-eGFP敲入小鼠的骨髓祖细胞	造血发育生物学	红细胞发育相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因敲入模型	转基因小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明数量的miR-144/451-eGFP+祖细胞
150	2025-06-15	Spatial organization, chromatin accessibility and gene-regulatory programs defining mouse sensory neurons 2025-Jun-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08315-1 PMID:40500276	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和空间转录组学技术，揭示了小鼠感觉神经元的空间组织、染色质可及性及其基因调控程序	首次提供了包含超过44,000个神经元的综合图谱，发现了先前未被识别的神经元类型，并揭示了神经元和非神经元细胞的空间分区	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	解析感觉神经元异质性的调控机制	小鼠背根神经节神经元	基因组学	NA	scRNA-seq, MERSCOPE空间转录组学	NA	基因表达数据, 空间转录组数据	超过44,000个神经元
151	2025-06-15	Loss of LAPTM4A inhibits M2 polarization of tumor-associated macrophages in glioblastoma, promoting immune activation and enhancing anti-PD1 therapy 2025-Jun-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08147-z PMID:40500284	研究论文	本研究探讨了LAPTM4A缺失对肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）极化的影响及其在调节抗肿瘤免疫中的作用	发现LAPTM4A促进TAMs的M2极化，而LAPTM4A缺失则导致M1巨噬细胞表型转变，增强免疫激活和对PD-1治疗的敏感性	研究仅使用了C57BL/6雄性小鼠模型，可能限制了结果在人类或其他性别中的适用性	探索LAPTM4A在调节TAMs极化和抗肿瘤免疫中的作用，以改善胶质母细胞瘤的治疗	胶质母细胞瘤和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术、体外共培养系统和体内抗PD-1治疗实验	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	C57BL/6雄性小鼠建立的胶质瘤模型
152	2025-06-15	Mechanisms of organotropism in breast cancer and predicting metastasis to distant organs using deep learning 2025-Jun-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02905-5 PMID:40500539	研究论文	本研究探讨了乳腺癌的器官趋向性机制，并利用深度学习预测乳腺癌向远处器官转移	整合单细胞RNA测序、批量RNA测序、ChIP-seq数据和深度学习技术，开发了深度神经网络模型识别器官特异性转移基因	研究仅关注了乳腺癌向骨、脑、肝和肺四种器官的转移，未涵盖其他可能的转移部位	探索乳腺癌器官趋向性机制并预测转移风险	乳腺癌及其向骨、脑、肝和肺的转移	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、ChIP-seq、深度学习	DNN	基因组数据、转录组数据	未明确说明样本数量
153	2025-06-15	Single-cell transcriptome reveals the reprogramming of immune microenvironment during the transition from MASH to HCC 2025-Jun-11, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02370-2 PMID:40500691	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了免疫微环境在MASH向HCC转变过程中的重编程机制	首次详细描绘了MASH驱动HCC过程中的免疫景观变化，并发现ApoE在MASH相关HCC中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明MASH向HCC转变过程中的免疫微环境变化及关键致病基因	MASH驱动HCC小鼠模型中的CD45+免疫细胞	数字病理学	肝癌	scRNA-seq, 流式细胞术, 多重免疫组化	STAM小鼠模型	单细胞转录组数据	31,822个细胞（来自正常饮食、MASH和HCC小鼠的肝脏组织）
154	2025-06-15	OTUD1 exacerbates sepsis-associated encephalopathy by promoting HK2 mitochondrial release to drive microglia pyroptosis 2025-Jun-11, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03480-w PMID:40500776	research paper	该研究揭示了OTUD1通过促进HK2从线粒体释放来驱动小胶质细胞焦亡，从而加剧脓毒症相关脑病的机制	首次阐明了OTUD1-HK2轴作为SAE的新型调控通路，为脓毒症相关认知障碍提供了潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证相对有限	探究OTUD1在脓毒症相关脑病(SAE)发病机制中的作用	小胶质细胞、HK2蛋白、OTUD1去泛素化酶	神经免疫学	脓毒症相关脑病	单细胞RNA测序、分子对接、3D共聚焦显微镜、免疫共沉淀	OTUD1基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据、行为学数据	实验小鼠（野生型和OTUD1敲除型）、原代小胶质细胞和BV2细胞系、临床样本
155	2025-06-15	Iterative transcription factor screening enables rapid generation of microglia-like cells from human iPSC 2025-Jun-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59596-3 PMID:40494892	研究论文	本文介绍了一种迭代、高通量的单细胞转录因子筛选方法，用于快速将人类诱导多能干细胞（iPSC）分化为具有转录和功能相似性的微胶质样细胞	开发了一种新的迭代转录因子筛选方法，并成功鉴定了六个转录因子的组合，可在4天内将人类iPSC分化为微胶质样细胞	未提及	探索高效生成特定细胞类型的方法，以研究细胞类型特异性分子机制和功能	人类诱导多能干细胞（iPSC）	细胞生物学	NA	单细胞转录因子筛选、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
156	2025-06-15	CRABP2 promotes peritoneal metastasis in CRC through TGF-β/Smad-mediated EMT signaling and invadopodia formation 2025-Jun-10, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111927 PMID:40505846	研究论文	本文研究了CRABP2在结直肠癌腹膜转移中的作用及其通过TGF-β/Smad介导的EMT信号和侵袭伪足形成的机制	首次发现CRABP2作为腹膜转移相关差异表达基因，通过调控侵袭伪足形成和TGF-β/Smad信号通路促进结直肠癌转移	研究未涉及CRABP2在临床治疗中的具体应用效果	探索CRABP2在结直肠癌腹膜转移中的分子机制及其临床意义	结直肠癌腹膜转移的分子机制	癌症生物学	结直肠癌	整合生物信息学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
157	2025-06-15	Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.04.003 PMID:40345189	研究论文	该研究通过空间免疫分析和多组学方法，探讨了人类和小鼠肺腺癌前体的肿瘤微环境变化，提出了TIM-3作为前体干预的潜在靶点	揭示了TIM-3在肺腺癌前体中的高表达特征，并验证了其在早期干预中的潜在作用	研究样本量有限，特别是小鼠模型仅涉及5个	探究肺腺癌前体演变过程中肿瘤微环境的作用及潜在干预靶点	人类和小鼠的肺腺癌及前体组织	数字病理	肺癌	scRNA-seq, 空间免疫和转录组分析	NA	空间免疫数据, 转录组数据	114例人类样本, 5个小鼠模型
158	2025-06-15	C5a/C5aR pathway blocking promoted CuS-mediated cancer therapy effect by inhibiting cuproptosis resistance 2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011472 PMID:40484643	研究论文	本研究探讨了C5a/C5aR通路在乳腺癌铜死亡抵抗中的作用，并提出了结合CuS纳米颗粒和C5a受体拮抗剂的新型治疗策略	首次证明C5a/C5aR通路通过Wnt/β-catenin通路上调ATP7B表达介导铜死亡抵抗，并提出CuS纳米颗粒联合C5aRA的协同治疗方案	研究主要聚焦于乳腺癌，其他癌症类型的适用性需要进一步验证	探究铜死亡抵抗机制并开发新型癌症联合治疗策略	乳腺癌细胞及小鼠移植瘤模型	癌症治疗	乳腺癌	单细胞RNA测序、RNA测序、生物信息学分析、免疫组化、流式细胞术、ELISA	小鼠异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	未明确说明具体样本数量（包含体外细胞实验和小鼠模型）
159	2025-06-15	Targeting TBK1 potentiates oncolytic virotherapy via amplifying ICAM1-mediated NK cell immunity in chemo-resistant colorectal cancer 2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011455 PMID:40484646	research paper	该研究探讨了化疗耐药性结直肠癌（CRC）对溶瘤病毒（OVs）治疗的敏感性，并发现TBK1抑制剂（TBK1i）与OVs联合使用可增强NK细胞的抗肿瘤免疫反应	揭示了TBK1在化疗耐药性CRC中的异常激活及其对OVs疗效的影响，并首次提出TBK1i与OVs联合治疗可通过ICAM1介导的NK细胞免疫增强抗肿瘤效果	研究主要基于体外、体内和患者来源的类器官模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探索化疗耐药性CRC对OVs治疗的敏感性及TBK1i的增效机制	化疗耐药性结直肠癌（CRC）	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	RNA测序分析、免疫组化、单细胞RNA测序、流式细胞术、体内中和实验	NA	RNA测序数据、免疫组化数据、流式细胞数据	NA
160	2025-06-15	Preclinical and clinical evaluation of intratumoral injection of an IL-12 expressing SKV-012 oncolytic virus for advanced solid tumors 2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011642 PMID:40484644	研究论文	评估表达IL-12的溶瘤病毒SKV-012在晚期实体瘤中的临床前和临床效果	SKV-012是一种新型工程化溶瘤病毒，结合了IL-12的免疫刺激作用和溶瘤疱疹病毒的肿瘤特异性复制能力，能够重塑肿瘤微环境	样本量较小，仅为I期临床试验结果	评估SKV-012在晚期实体瘤中的安全性和有效性	晚期实体瘤患者	肿瘤免疫治疗	实体瘤	多路免疫组化、单细胞转录组分析	NA	临床数据、实验数据	临床前模型和6名患者（I期临床试验）