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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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201 | 2025-10-05 |
Identification and Validation of Fibroblast-Associated Genes in Osteoarthritis Based on High-Dimensional Weighted Gene Coexpression Network Analysis
2025, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/jimr/5547701
PMID:41031145
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研究论文 | 基于单细胞转录组数据筛选与成纤维细胞相关的骨关节炎关键诊断基因 | 首次结合成纤维细胞特异性单细胞数据和hdWGCNA方法系统筛选并验证骨关节炎诊断关键基因 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 筛选骨关节炎中与成纤维细胞相关的关键诊断基因 | 骨关节炎患者的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,RNA测序,加权基因共表达网络分析 | 诊断模型 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的OA和对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
202 | 2025-10-05 |
SPP1+ Macrophage-Associated Prognostic Signature in Hepatocellular Carcinoma via Integrated Single-Cell and Bulk Transcriptomic Analysis
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/5555332
PMID:41031219
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组分析开发肝细胞癌中SPP1+巨噬细胞相关的预后标志物 | 首次构建基于SPP1+巨噬细胞的七基因预后特征,并应用多算法AI框架提升模型性能 | NA | 探索SPP1+巨噬细胞在肝细胞癌免疫微环境中的作用并开发预后预测模型 | 肝细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | Cox回归, Lasso回归, 多算法AI框架 | 基因表达数据 | 来自GEO、TCGA和ICGC数据库的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
203 | 2025-10-05 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Highlights the Impact of NFKB2-Mediated MIF-CD44 Signaling Axis in Endometrioid Endometrial Cancer
2025, International journal of women's health
DOI:10.2147/IJWH.S530666
PMID:41040843
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示NFKB2介导的MIF-CD44信号轴在子宫内膜样子宫内膜癌中的关键作用 | 首次在单细胞水平系统描绘EC肿瘤微环境,发现M2_like2巨噬细胞与SOX9+LGR5-上皮细胞间通过MIF-(CD74+CD44)信号轴进行强烈通讯,并证实NFKB2介导MIF对CD44受体的促癌作用 | 样本量相对有限(15例EC和5例正常样本),主要基于公共数据库分析,实验验证仍需加强 | 解析子宫内膜样子宫内膜癌肿瘤微环境的细胞组成和细胞间通讯机制 | 子宫内膜样子宫内膜癌患者组织和正常子宫内膜组织 | 单细胞组学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序 | 生物信息学分析(包括拟时序轨迹、拷贝数变异、细胞通讯分析) | 单细胞转录组数据 | 15例子宫内膜样子宫内膜癌样本和5例正常子宫内膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
204 | 2025-10-05 |
Cell-weighted polygenic risk scores are associated with β-amyloid and tau biomarkers in Alzheimer's disease
2025, Brain communications
IF:4.1Q2
DOI:10.1093/braincomms/fcaf353
PMID:41040848
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据开发细胞加权多基因风险评分,探索不同细胞类型对阿尔茨海默病中β-淀粉样蛋白和tau蛋白生物标志物的影响 | 首次开发细胞特异性加权的多基因风险评分,揭示不同细胞类型对阿尔茨海默病病理的差异化贡献 | 研究样本主要来自BioFINDER队列,需要在更广泛人群中验证 | 探究不同细胞类型在阿尔茨海默病β-淀粉样蛋白和tau蛋白病理积累中的作用机制 | BioFINDER-1和BioFINDER-2研究中的认知正常个体、轻度认知障碍患者、阿尔茨海默病痴呆患者和非阿尔茨海默病神经退行性疾病患者 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA-seq, 全基因组关联研究 | 回归模型 | 基因表达数据, 脑脊液生物标志物数据, 认知评估数据 | BioFINDER-1: 1293人(认知正常734人, 轻度认知障碍235人, 阿尔茨海默病痴呆97人, 其他神经疾病227人); BioFINDER-2: 1736人(认知正常773人, 轻度认知障碍358人, 阿尔茨海默病痴呆286人, 其他神经疾病319人) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
205 | 2025-10-05 |
Structure-guided integrative soft deep clustering analysis of scRNA-seq and scATAC-seq data
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1678891
PMID:41040877
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研究论文 | 提出一种结构引导的软深度聚类框架,用于整合分析单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 开发了结构引导的软深度聚类框架,通过概率聚类分配捕捉细胞动态过渡状态,并采用对比学习对齐多模态表示 | NA | 解决单细胞聚类中硬分配方法无法捕捉细胞动态过渡状态的问题 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 对比学习, 注意力机制 | 深度学习, 软聚类 | 单细胞RNA-seq数据, 单细胞ATAC-seq数据 | 四个基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
206 | 2025-10-05 |
Macrophage-TREM2 promotes cardiac repair by restricting the infiltration of CD8+ T cells via CXCL16-CXCR6 axis after myocardial infarction
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.118014
PMID:41041054
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研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞TREM2通过CXCL16-CXCR6轴限制CD8+ T细胞浸润并促进淋巴管生成,从而促进心肌梗死后心脏修复的机制 | 首次阐明TREM2通过调控PI3K-AKT信号通路影响CXCL16分泌,进而限制CD8+ T细胞浸润的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证 | 探究巨噬细胞TREM2在心肌梗死后心脏修复中的作用机制 | 心肌梗死小鼠模型、巨噬细胞、CD8+ T细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞测序、ELISA、Transwell、Western Blot、KEGG分析 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞测序数据、蛋白质印迹数据、细胞迁移数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
207 | 2025-10-05 |
Luminal Stem-like Cells in High-Risk/Locally Advanced Prostate Cancer Promote Resistance to Hormonal Therapy
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.112496
PMID:41041045
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和患者来源类器官模型,揭示了高危/局部晚期前列腺癌中管腔干细胞样细胞在激素治疗后存活并主导肿瘤上皮细胞组成的现象 | 首次在高危/局部晚期前列腺癌中鉴定出SOX9高转录活性的管腔干细胞样细胞亚群,并发现其在激素治疗后成为主导上皮细胞成分 | 样本量较小(仅9例患者),需要更大规模研究验证 | 探究高危/局部晚期前列腺癌患者激素治疗后残留肿瘤的分子特征及高复发率原因 | 高危/局部晚期前列腺癌患者肿瘤样本 | 单细胞生物学 | 前列腺癌 | 单细胞测序,患者来源类器官培养,药物筛选 | 患者来源类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 9例高危/局部晚期前列腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
208 | 2025-10-05 |
Kazald1 attenuates chondrocyte fibrosis to potentiate hyaline cartilage regeneration by interfering with the pro-fibrotic TGF-β signaling
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.113604
PMID:41041066
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现Kazald1是维持软骨稳态的关键分子,并验证其重组蛋白通过干扰TGF-β信号通路抑制软骨细胞纤维化,促进透明软骨再生 | 首次发现Kazald1在软骨纤维化中的关键作用,阐明其通过形成TGFBR1二聚体阻断促纤维化信号通路的分子机制 | 研究主要基于大鼠模型和人类软骨外植体,尚未进行临床验证 | 探索软骨纤维化的分子机制并开发促进透明软骨再生的治疗方法 | 大鼠软骨细胞、人类软骨外植体、大鼠骨软骨损伤模型 | 组织工程与再生医学 | 软骨损伤与骨关节炎 | 单细胞测序, 蛋白质表达与纯化, 体外细胞培养, 动物模型 | NA | 单细胞测序数据, 蛋白质结构数据, 组织学数据 | 大鼠软骨组织、人类软骨外植体(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
209 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals endothelial cell heterogeneity and Sox18-mediated EndMT in abdominal aortic aneurysm
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.110254
PMID:41041074
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示腹主动脉瘤中内皮细胞的异质性及Sox18介导的内皮-间质转化机制 | 首次在单细胞水平系统揭示腹主动脉瘤中内皮细胞的四个亚群及其转录特征,发现Sox18介导的内皮-间质转化新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究腹主动脉瘤中内皮细胞异质性及内皮-间质转化的分子机制 | 腹主动脉瘤小鼠模型及人类主动脉瘤样本 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | AngⅡ和盐诱导的AAA小鼠模型及公共人类AAA数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
210 | 2025-10-05 |
Xrcc6 coordinates cardiomyocyte repair and immune regulation in myocardial ischemia-reperfusion injury: Fisetin as a therapeutic modulator
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1653738
PMID:41041340
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研究论文 | 本研究揭示了Xrcc6在心肌缺血再灌注损伤中的双重调控作用,并发现黄酮类化合物非瑟酮通过靶向Xrcc6发挥心脏保护作用 | 首次整合bulk和单细胞RNA测序发现Xrcc6在心肌修复和免疫调节中的双重功能,并验证非瑟酮作为Xrcc6靶向治疗剂的潜力 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 阐明Xrcc6在心肌缺血再灌注损伤中的作用机制,探索非瑟酮的心脏保护效应 | 心肌细胞亚型、巨噬细胞极化、DNA损伤修复机制 | 计算生物学 | 心血管疾病 | bulk RNA测序,单细胞RNA测序,hdWGCNA,轨迹推断,细胞通讯分析,分子对接,分子动力学模拟 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 小鼠心肌缺血再灌注损伤模型 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
211 | 2025-10-05 |
Immunotherapy strategies targeting tumor-associated macrophages and their mechanisms of action in tumor progression
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1680455
PMID:41041337
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综述 | 本文综述了肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的作用及其作为免疫治疗靶点的研究进展 | 系统总结了单细胞测序技术揭示的TAMs功能多样性和异质性,及其在肿瘤免疫治疗中的靶向潜力 | NA | 探讨靶向肿瘤相关巨噬细胞的免疫治疗策略及其作用机制 | 肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的相互作用 | 肿瘤免疫学 | 实体肿瘤 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
212 | 2025-10-05 |
Novel cuproptosis-related genes C1QBP and PFKP identified as prognostic and therapeutic targets in lung adenocarcinoma
2025, Open life sciences
IF:1.7Q3
DOI:10.1515/biol-2025-1142
PMID:41041346
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研究论文 | 通过分析肺腺癌基因组数据鉴定出铜死亡相关基因C1QBP和PFKP作为预后标志物和治疗靶点 | 首次发现C1QBP和PFKP基因在肺腺癌铜死亡调控中的关键作用,并建立四基因风险预测模型 | 研究样本主要来自TCGA数据库,需要进一步实验验证 | 鉴定肺腺癌中铜死亡相关的预后标志物和治疗靶点 | 肺腺癌患者组织和细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞测序、微阵列分析、功能实验 | 四基因风险模型 | 基因组数据、单细胞测序数据、微阵列数据 | 566例TCGA样本加上肺腺癌特异性数据集 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
213 | 2025-10-05 |
Molecular signatures of alveolar type II cell differentiation in acute respiratory distress syndrome
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1649108
PMID:41041455
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了急性呼吸窘迫综合征中肺泡II型细胞分化的分子特征 | 首次发现AT2细胞在ARDS中存在两种不同分化轨迹:纤维化程序和上皮修复程序 | 研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本,需要更大规模临床验证 | 探究ARDS中AT2细胞分化轨迹及其对疾病进展的影响 | 小鼠ARDS模型和ARDS患者的支气管肺泡灌洗液样本 | 单细胞组学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序, 微阵列, 通路富集分析 | 轨迹分析 | 转录组数据, 蛋白质数据 | 小鼠ARDS模型和患者BALF样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
214 | 2025-10-05 |
Stiff Hydrogel Encapsulation Retains Mesenchymal Stem Cell Stemness for Regenerative Medicine
2024-Oct-02, Matter
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.matt.2024.05.041
PMID:39553898
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研究论文 | 本研究通过调控水凝胶壳层刚度增强间充质干细胞的增殖能力和干性维持 | 首次发现较硬的水凝胶壳层能促进间充质干细胞增殖并维持其干性特征 | 水凝胶封装对MSC亚群的影响尚未完全阐明 | 探索水凝胶封装对间充质干细胞干性维持的影响机制 | 间充质干细胞 | 再生医学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
215 | 2025-10-05 |
Single cell RNA sequencing of human eosinophils from nasal polyps reveals eosinophil heterogeneity in chronic rhinosinusitis tissue
2024-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.05.014
PMID:38797240
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析鼻息肉组织中的嗜酸性粒细胞,揭示其在慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的异质性 | 首次在慢性鼻窦炎伴鼻息肉组织中通过单细胞RNA测序发现嗜酸性粒细胞存在四种不同亚型 | 样本量较小(5例患者),对照组鼻窦组织嗜酸性粒细胞数量过少未纳入分析 | 揭示鼻息肉组织中嗜酸性粒细胞的角色和异质性 | 鼻息肉组织和外周血中的嗜酸性粒细胞 | 单细胞组学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 5名对照患者和5名CRSwNP患者的鼻窦组织和匹配外周血样本 | BD Biosciences | 单细胞RNA测序 | BD Rhapsody | 基于微孔板的单细胞RNA测序技术 |
216 | 2025-10-05 |
Refined and benchmarked homemade media for cost-effective, weekend-free human pluripotent stem cell culture
2024, Open research Europe
DOI:10.12688/openreseurope.18245.2
PMID:41040810
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研究论文 | 本研究开发并评估了两种自制无周末培养基B8+和hE8,用于人类多能干细胞培养 | 优化了B8培养基配方使其适用于常氧培养,并使用商业可得的生长因子提高了可重复性 | B8+培养基存在谱系启动效应,可能影响分化结果 | 开发成本效益高、实用且可重复的人类多能干细胞培养方法 | 人类多能干细胞(hPSCs),包括WTC11人诱导多能干细胞系和H1、H9人胚胎干细胞系 | 细胞生物学 | NA | 流式细胞术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 多个人类多能干细胞系(WTC11、H1、H9) | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
217 | 2025-10-05 |
CD34+ cell-derived fibroblast-macrophage cross-talk drives limb ischemia recovery through the OSM-ANGPTL signaling axis
2023-04-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add2632
PMID:37043578
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研究论文 | 本研究揭示了CD34+细胞通过OSM-ANGPTL信号轴促进肢体缺血恢复的细胞机制 | 首次结合单细胞RNA测序和遗传谱系追踪技术,提供了正常和缺血肢体组织的精确单细胞图谱,发现CD34+细胞作为成纤维细胞前体促进组织再生 | 未明确说明样本规模和技术重复次数 | 探究CD34+细胞在缺血肌肉微环境中的分化潜能和功能作用 | 人类和小鼠的正常及缺血肢体组织 | 单细胞生物学 | 肢体缺血 | 单细胞RNA测序, 遗传谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
218 | 2025-10-05 |
Irf4 participates in benzene-induced hematopoietic senescence through mitochondrial ROS-dependent BCAA catabolism
2025-Dec, Toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.tox.2025.154271
PMID:40885242
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研究论文 | 本研究揭示了环境剂量苯通过Irf4介导线粒体ROS依赖性BCAA代谢异常诱导造血祖细胞衰老的新机制 | 首次报道环境剂量苯通过Irf4-Bcat1-BCAA代谢轴诱导造血祖细胞衰老的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系,尚未在人体样本中验证 | 探究苯暴露诱导造血祖细胞衰老的分子机制 | C57BL/6J雄性小鼠和FDC-P1小鼠造血祖细胞系 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序,蛋白质组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,蛋白质组数据 | 小鼠暴露实验(0,10,50ppm苯蒸气12周),细胞系暴露实验(0,5,10μM 1,4-BQ 24h) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
219 | 2025-10-05 |
Fueling fibrosis: metabolic dysregulation in systemic sclerosis
2025-Nov-01, Current opinion in rheumatology
IF:5.2Q1
DOI:10.1097/BOR.0000000000001123
PMID:40916994
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综述 | 本综述探讨代谢重编程如何驱动系统性硬化症的纤维化和免疫失调 | 系统阐明系统性硬化症中从分解代谢向合成代谢转变的分子机制,揭示代谢通路与纤维化信号的新型关联 | NA | 研究代谢重编程在系统性硬化症发病机制中的作用 | 系统性硬化症患者的代谢通路和纤维化过程 | NA | 系统性硬化症 | 代谢组学分析、单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
220 | 2025-10-05 |
TargetPair: A Single Cell-omics Resource of Clinical Trials-derived Therapeutical Target Combinations for Cancer Therapy
2025-Nov-01, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169399
PMID:40840587
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研究论文 | 建立TargetPair数据库,提供临床试验来源的癌症治疗靶点组合及其单细胞组学特征 | 首次系统整合临床相关癌症靶点组合并计算其单细胞水平组学特征 | 数据来源依赖于已发表的临床试验和文献,可能存在选择偏差 | 开发癌症多靶点治疗的理性设计资源 | 癌症治疗靶点组合及其单细胞组学特征 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞组学数据 | 3,022,556个单细胞,588名患者,16种癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |