单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-04-26	Neurotrophin-3/chitosan inhibits cuproptosis-related genes to enable functional recovery after spinal cord injury 2025-Apr-21, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143403 PMID:40268016	研究论文	本研究探讨了铜死亡相关基因(CRGs)在脊髓损伤(SCI)中的调控机制，并探索了负载神经营养因子-3(NT3)的壳聚糖在促进功能恢复中的治疗潜力	首次发现并验证了四个关键CRGs和三个关键转录因子在SCI后的上调作用，并展示了NT3负载壳聚糖通过抑制CRGs表达促进功能恢复的治疗潜力	需要在更大的队列中验证这些发现，并进一步探索NT3负载壳聚糖调控CRG表达的详细机制	研究SCI中铜死亡相关基因的调控机制及潜在治疗方法	小鼠脊髓组织	神经科学	脊髓损伤	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 差异表达分析, 加权基因共表达网络分析, 机器学习, 分子对接分析	动物模型	RNA测序数据	不同时间点的小鼠脊髓组织样本
182	2025-04-26	Pooled tagging and hydrophobic targeting of endogenous proteins for unbiased mapping of unfolded protein responses 2025-Apr-18, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.002 PMID:40273915	研究论文	开发了一种新方法，通过内源性标记蛋白质并进行高通量可视化和扰动，以实现对蛋白质组组织、调控和功能的系统级理解	提出了一种高效的方法，能够大规模研究蛋白质组动态、功能和稳态，并揭示了蛋白质质量控制的跨区室互斥反应	未明确提及具体样本量或实验验证的局限性	研究蛋白质组组织、调控和功能	内源性标记的蛋白质	蛋白质组学	NA	高通量可视化、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	NA
183	2025-04-26	Alternative splicing in autism spectrum disorder: Recent insights from mechanisms to therapy 2025-Apr-14, Asian journal of psychiatry IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.ajp.2025.104501 PMID:40273800	综述	本文综述了自闭症谱系障碍(ASD)中可变剪接(AS)的最新研究进展，从机制到治疗	强调了新兴技术如长读长测序、单细胞测序、空间转录组学和CRISPR-Cas系统在揭示AS在ASD中的作用和机制方面的新见解，并评估了基于RNA剪接的治疗策略	NA	揭示ASD的分子基础并促进治疗策略的开发	自闭症谱系障碍(ASD)中的可变剪接(AS)机制	分子生物学	自闭症谱系障碍	长读长测序、单细胞测序、空间转录组学、CRISPR-Cas系统	NA	RNA数据	NA
184	2025-04-26	Single-cell transcriptome sequencing reveals the mechanism of Realgar improvement on erythropoiesis in mice with myelodysplastic syndrome 2025-Apr-08, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03768-0 PMID:40200265	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了雄黄改善骨髓增生异常综合征小鼠红细胞生成的机制	首次在单细胞水平上研究了雄黄及其主要活性成分AsS对小鼠成红细胞的影响，揭示了其调控的差异表达基因和潜在信号通路	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探索雄黄改善骨髓增生异常综合征贫血症状的作用机制	骨髓增生异常综合征小鼠模型和体外培养的小鼠成红细胞	生物医学	骨髓增生异常综合征	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型和体外细胞实验
185	2025-04-26	Amino Acid Metabolism Subtypes in Neuroblastoma Identifying Distinct Prognosis and Therapeutic Vulnerabilities 2025-Apr-04, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00554 PMID:39442086	research paper	该研究基于氨基酸代谢相关基因，识别了神经母细胞瘤的三种亚型，并探讨了它们与预后和治疗脆弱性的关联	首次将氨基酸代谢与神经母细胞瘤的预后和治疗脆弱性联系起来，并识别了三种具有不同特征的亚型	研究未涉及具体的临床试验验证，仅基于生物信息学分析	探索氨基酸代谢在神经母细胞瘤中的分型及其对预后和治疗的影响	神经母细胞瘤患者及其相关基因表达数据	肿瘤生物学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
186	2025-04-26	Multi-omic analyses of the development of obesity-related depression linked to the gut microbe Anaerotruncus colihominis and its metabolite glutamate 2025-Apr-04, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.04.010 PMID:40274437	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了与肥胖相关抑郁症（OD）发展相关的肠道微生物Anaerotruncus colihominis及其代谢物谷氨酸的作用机制	揭示了Anaerotruncus colihominis通过谷氨酸代谢影响肠道屏障功能和海马神经元亚型间细胞通讯的新机制	研究主要基于动物模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	探究肥胖相关抑郁症的肠道微生物机制	肥胖相关抑郁症患者和健康个体的微生物及转录组特征，高脂饮食小鼠模型	微生物组学	肥胖相关抑郁症	粪便微生物移植（FMT），单细胞RNA测序	高脂饮食小鼠模型	微生物组数据，转录组数据	临床患者样本和HFD小鼠模型
187	2025-04-26	FABP5+ lipid-loaded macrophages process tumour-derived unsaturated fatty acid signal to suppress T-cell antitumour immunity 2025-Apr, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.09.029 PMID:39357545	研究论文	本研究揭示了FABP5+脂质负载的肿瘤相关巨噬细胞通过FABP5-PPARγ信号通路增强免疫抑制性肿瘤微环境的机制	发现FABP5介导的不饱和脂肪酸代谢在TAMs中对调节抗肿瘤T细胞免疫及免疫治疗效果的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类HCC肿瘤样本，临床转化需进一步验证	探究脂质代谢如何增强TAMs的促肿瘤作用及其机制	小鼠和人类HCC肿瘤样本中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠和人类HCC肿瘤样本
188	2025-04-26	Different inflammatory, fibrotic, and immunological signatures between pre-fibrotic and overt primary myelofibrosis 2025-Apr-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.285598 PMID:39385733	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了前纤维化和明显原发性骨髓纤维化（PMF）的骨髓抽吸物，揭示了不同细胞类型在PMF进展中的炎症、纤维化和免疫特征差异	首次在单细胞水平上揭示了PMF进展中造血干细胞和祖细胞（HSPC）、巨核细胞和单核细胞亚群的炎症/纤维化特征变化，并发现EMT富集的巨核细胞亚群在明显PMF中显著增加	未发现PMF进展过程中的决定性细胞亚群	阐明原发性骨髓纤维化（PMF）从前纤维化阶段进展到明显阶段的细胞和分子机制	前纤维化PMF（pre-PMF）、明显PMF和其他骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者的骨髓抽吸物	单细胞组学	骨髓纤维化	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但包括pre-PMF、明显PMF和其他MPN患者的骨髓样本
189	2025-04-26	Spatial and Single-Cell Transcriptomics Reveals the Regional Division of the Spatial Structure of MASH Fibrosis 2025-Apr, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.16125 PMID:39400982	研究论文	通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）纤维化在肝脏中的区域分布，并识别了潜在的治疗靶点	首次描述了MASH纤维化中基因表达的谱系特异性变化、亚群组成及伪时间分析，揭示了纤维化区域的特异性基因表达模式	研究样本量有限，且仅基于特定数据集（GSE189175）进行分析	阐明MASH纤维化在肝脏中的区域分布并识别潜在治疗靶点	健康对照组、单纯性脂肪变性患者和MASH患者的肝脏切片	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、病理图像	未明确提及具体样本数量，涉及健康对照组、单纯性脂肪变性患者和MASH患者
190	2025-04-26	GLS as a Key Cuproptosis-Related Gene in Periodontitis: Insights from Single-Cell RNA Sequencing 2025-Apr, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.10.001 PMID:39428264	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探讨了铜死亡相关基因在牙周炎中的作用	首次整合单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示GLS作为牙周炎中铜死亡相关关键基因的作用	研究基于公开数据集GSE10334，可能受限于数据质量和样本量	阐明铜诱导的细胞死亡（铜死亡）与牙周炎之间的联系	牙周炎患者样本中的铜死亡相关基因	生物信息学	牙周炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、LASSO回归、逻辑回归分析	NA	RNA测序数据	基于GSE10334数据集，具体样本量未明确说明
191	2025-04-26	scSwinTNet: A Cell Type Annotation Method for Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Based on Shifted Window Attention 2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3487174 PMID:39466872	research paper	提出了一种基于移位窗口注意力的大规模单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scSwinTNet	首次使用预训练的移位窗口注意力模型进行单细胞RNA测序数据的细胞类型注释，无需先验知识且无需人工标注	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和效率	人类和小鼠组织中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于移位窗口的自注意力模型	基因表达数据	399,760个细胞
192	2025-04-26	High-dimensional profiling of immune responses to kidney transplant reveals heterogeneous T helper 1 and B cell effectors associated with rejection 2025-Apr, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2024.10.009 PMID:39419342	研究论文	通过高维免疫表型分析揭示肾移植后排斥反应中T辅助细胞1和B细胞的异质性效应	首次在单细胞分辨率下描述了肾移植排斥反应中免疫亚群的多样性，并揭示了T细胞介导的排斥和抗体介导的排斥的不同免疫特征	样本量相对较小（76例肾移植受者），且研究仅针对CD4T和B细胞，未涵盖其他免疫细胞类型	提高对肾移植排斥反应免疫发病机制的理解，支持开发更具特异性的免疫抑制疗法	肾移植受者的血液CD4T和B细胞	免疫学	肾移植排斥反应	单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序、血浆细胞因子分析	NA	单细胞RNA测序数据、血浆细胞因子数据	76名肾移植受者
193	2025-04-26	Schwann Cell-Mediated M2-Like Macrophage Polarization in Rhabdomyosarcoma 2025-Apr, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15214 PMID:39639424	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析头颈部横纹肌肉瘤微环境的细胞组成和免疫学特征	揭示了施万细胞介导的M2样巨噬细胞极化在横纹肌肉瘤中的作用，并鉴定了施万细胞与M2样巨噬细胞之间的受体-配体对	研究样本量未明确说明，可能需要更大规模的验证	探究横纹肌肉瘤微环境的细胞组成和免疫学特征	头颈部横纹肌肉瘤样本	肿瘤免疫学	横纹肌肉瘤	单细胞转录组学、CellChat、CIBERSORT、流式细胞术、免疫组织化学	皮下同种异体移植模型	单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据	NA
194	2025-04-26	Male preference for TERT alterations and HBV integration in young-age HBV-related HCC: implications for sex disparity 2025-Apr, Clinical and molecular hepatology IF:14.0Q1 DOI:10.3350/cmh.2024.0545 PMID:39743888	研究论文	探讨端粒酶逆转录酶（TERT）遗传改变和乙型肝炎病毒（HBV）整合在性别特异性HBV相关肝细胞癌（HCC）风险中的作用	揭示了TERT启动子突变和HBV-TERT整合在年轻男性HBV相关HCC中的显著优势，为性别差异提供了分子机制解释	研究样本量有限（310例），且主要关注HBV相关HCC，结果可能不适用于其他病因的HCC	探索HBV相关HCC性别差异的分子机制	310例HBV相关HCC组织	分子生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据和RNA测序数据	310例HBV相关HCC组织
195	2025-04-26	Multimodal learning for mapping genotype-phenotype dynamics 2025-Apr, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00765-7 PMID:39875699	研究论文	本文提出了一种计算整合遗传学框架，用于同时分析和解释基因型及其相关表型的高维景观	结合单细胞RNA测序和语言模型等先进学习方法，开发了一个多模态基础模型来探索人类转录组在细胞水平上的基因型-表型关系流形	NA	解析基因表达与表型表现之间的动态相互作用	人类转录组在细胞水平上的基因型-表型关系	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	语言模型	转录组数据	NA
196	2025-04-26	Ozone-induced lung injury and inflammation: Pathways and therapeutic targets for pulmonary diseases caused by air pollutants 2025-Apr, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109391 PMID:40121788	研究论文	探讨臭氧（O3）空气污染通过氧化特性直接导致的呼吸道上皮细胞损伤和死亡，进而引发炎症和过度反应的机制及其潜在治疗靶点	利用肺单细胞转录组数据绘制O3损伤感知和信号通路基因图谱，识别O3反应潜在热点	未明确说明样本量或具体实验设计细节	阐明O3诱导肺损伤和炎症的病理通路，为空气污染相关肺病寻找治疗靶点	臭氧暴露下的呼吸道上皮细胞及肺组织驻留细胞	呼吸病学	肺病（哮喘/肺气肿混合表型）	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
197	2025-04-26	The dynamic and diverse nature of parenchyma cells in the Arabidopsis root during secondary growth 2025-Apr, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-01938-6 PMID:40140531	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析和谱系追踪技术，揭示了拟南芥根在次生生长过程中薄壁细胞的多样性和功能	首次结合单细胞RNA测序和谱系追踪技术，重建了拟南芥根次生生长过程中细胞类型的发育轨迹，发现了20种不同的细胞类型或状态，其中许多是先前未被描述的	研究仅针对拟南芥根，结果是否适用于其他植物或组织尚不清楚	揭示拟南芥根在次生生长过程中薄壁细胞的多样性和功能	拟南芥根的薄壁细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序分析、谱系追踪	NA	RNA测序数据	93个报告基因系
198	2025-04-26	Endothelial FOSL1 drives angiotensin II-induced myocardial injury via AT1R-upregulated MYH9 2025-Apr, Acta pharmacologica Sinica IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41401-024-01410-9 PMID:39592734	研究论文	本研究探讨了血管紧张素II（Ang II）通过FOSL1/MYH9轴在心肌损伤中的作用及其分子机制	揭示了FOSL1通过直接结合MYH9启动子激活其转录，进而导致血管功能障碍的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明Ang II诱导心肌损伤的分子机制并探索潜在治疗靶点	小鼠心脏内皮细胞、人脐静脉内皮细胞	心血管病理学	心血管疾病	单细胞测序、双荧光素酶报告实验、染色质免疫沉淀	小鼠心肌缺血再灌注模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	未明确说明具体样本数量，使用了小鼠模型和体外培养细胞
199	2025-04-26	Identifying reproducible transcription regulator coexpression patterns with single cell transcriptomics 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012962 PMID:40257984	研究论文	利用单细胞转录组学数据识别转录调控因子共表达模式	通过整合大量单细胞RNA-seq数据集，构建了跨细胞类型和物种的转录调控因子共表达网络，并验证了其与ChIP-seq数据的一致性	研究侧重于跨生物背景的可重复性模式，可能忽略了特定背景下的信号	理解转录调控因子共表达模式在广泛生物背景中的一致性	人类和小鼠的转录调控因子及其共表达基因伙伴	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	120个人类和103个小鼠单细胞RNA-seq数据集（超过2800万个细胞）
200	2025-04-26	Blood Single-Cell Transcriptomic and Proteomic Signatures of Paradoxical Eczema in Patients with Psoriasis Treated with Biologics 2025-Mar-27, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.02.153 PMID:40157420	研究论文	研究探讨了生物制剂治疗银屑病时出现的矛盾性湿疹的单细胞转录组和蛋白质组特征	首次使用单细胞RNA测序和质谱流式细胞术揭示了矛盾性湿疹的炎症特征和遗传易感性	样本量有限，且仅针对特定生物制剂治疗的患者	探索生物制剂治疗银屑病时出现的矛盾性湿疹的发病机制	接受生物制剂治疗的银屑病患者	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	未明确说明具体样本数量