单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-06-16	Integrating Spatial and Single-Nucleus Transcriptomic Data to Assess the Effects of Intrauterine Hyperglycemia on Fetal Pancreatic Development 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411126 PMID:40387171	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，评估了宫内高血糖对胎儿胰腺发育的影响	首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了母体PGDM条件下胎儿胰腺细胞功能和细胞间通讯的具体变化	研究仅关注了E16.5和E18.5两个时间点的胎儿胰腺发育，未能涵盖更广泛的发育阶段	探究母体PGDM对胎儿胰腺发育的分子机制	胎儿胰腺（E16.5和E18.5）	生物医学	糖尿病	单核RNA测序, 空间转录组学(ST)	NA	转录组数据, 空间数据	两个发育时间点（E16.5和E18.5）的胎儿胰腺样本
122	2025-06-16	Cell simulation as cell segmentation 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	研究论文	本文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术改进单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用从头细胞模拟方法，提出Proseg算法，显著提高了细胞边界的推断速度和形态学合理性	仅在三种商业平台生成的数据集上进行了基准测试，可能需要更多平台验证	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性	单细胞空间转录组数据中的细胞边界	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	概率分割模型(Proseg)	空间转录组数据	肾细胞癌患者样本数据
123	2025-06-16	DeepDeconUQ estimates malignant cell fraction prediction intervals in bulk RNA-seq tissue 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013133 PMID:40465796	研究论文	该研究开发了一个名为DeepDeconUQ的深度神经网络模型，用于基于批量RNA-seq数据估计恶性细胞比例的预测区间	DeepDeconUQ首次将不确定性量化整合到癌细胞比例预测中，使用单细胞RNA测序数据和符合性分位数回归来产生可靠的预测区间	NA	改进癌症组织中恶性细胞比例的估计方法，为癌症诊断、预后和治疗决策提供更可靠的数据	癌症组织中的恶性细胞比例	数字病理学	癌症	批量RNA-seq, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	深度神经网络, 分位数回归神经网络	RNA-seq数据	模拟和真实癌症数据集
124	2025-06-16	Integrating spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq dissects immune microenvironment in fatty liver regeneration 2025-Jun, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70365 PMID:40515443	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
125	2025-06-16	siHIF-1α-loaded micellar nanoparticles inhibit M1 macrophage activation to ameliorate chronic rhinosinusitis 2025-May-31, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.433 PMID:40456494	研究论文	研究通过负载siHIF-1α的胶束纳米颗粒调节巨噬细胞极化和铁死亡，以改善慢性鼻窦炎(CRS)的慢性炎症和免疫失调	首次利用MNP_siHIF-1α纳米颗粒靶向抑制HIF-1α/TFRC-ROS轴，从而调控巨噬细胞极化和铁死亡，为CRS提供了一种新型精准治疗方法	需要进一步验证长期安全性和临床转化潜力	探究MNP_siHIF-1α调控巨噬细胞极化和铁死亡的分子机制，开发CRS新型疗法	慢性鼻窦炎(CRS)小鼠模型和Raw264.7巨噬细胞系	纳米医学	慢性鼻窦炎	scRNA-seq, ChIP, 双荧光素酶报告基因检测, 流式细胞术, DLS, 凝胶阻滞实验	CRS小鼠模型	转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据	CRS小鼠模型（具体数量未明确说明）和Raw264.7细胞系
126	2025-06-16	scDown: A Pipeline for Single-Cell RNA-Seq Downstream Analysis 2025-May-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26115297 PMID:40508102	research paper	介绍了一个名为scDown的单细胞RNA测序下游分析流程，用于自动化细胞分化和通讯分析	开发了一个集成多种分析工具（如细胞比例差异分析、细胞间通讯分析、伪时间分析和RNA速度分析）的R包，支持Seurat和Scanpy注释的数据，并在一个罕见遗传性神经发育障碍数据集中发现了新的神经元炎症信号特征	未明确说明流程的计算效率或在大规模数据集上的适用性	开发一个自动化单细胞RNA测序下游分析流程，以促进细胞分化和通讯研究	单细胞RNA测序数据	生物信息学	神经发育障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	一个已发表的数据集（具体样本量未说明）
127	2025-06-16	Modeling the Transitional Phase of Epithelial Cells Reveals Prognostic and Therapeutic Targets in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-May-29, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17111813 PMID:40507294	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）进展过程中上皮细胞过渡阶段的特征，并构建了一个基于基因的风险评分模型	识别了PDAC进展中高度增殖的上皮细胞过渡亚群，构建了基因风险评分模型，并揭示了肿瘤微环境中特定成纤维细胞亚群与过渡上皮细胞间的相互作用	研究样本量未明确说明，且模型验证仅限于qPCR，缺乏更广泛的临床验证	寻找PDAC从早期阶段向侵袭性阶段转变的生物标志物，以改善临床管理	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的上皮细胞和肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），qPCR	Lasso Cox回归模型	基因表达数据	NA
128	2025-06-16	Targeting caseinolytic mitochondrial matrix peptidase, a novel contributor to the pathobiology of high-risk multiple myeloma 2025-May-29, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024781 PMID:39912779	研究论文	本文通过单细胞转录组学识别了CLPP在高危多发性骨髓瘤中的过度表达及其与不良预后的关联，并探讨了其作为治疗靶点的潜力	首次将CLPP识别为高危多发性骨髓瘤的新型生物标志物和治疗靶点，并展示了其抑制剂与现有疗法的联合治疗效果	研究主要基于体外实验和动物模型，临床疗效尚需进一步验证	探索高危多发性骨髓瘤的发病机制并寻找新的治疗靶点	多发性骨髓瘤患者样本及细胞模型	肿瘤生物学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但包括新诊断和复发/难治性患者样本
129	2025-06-16	Identification of an Immune-Related Gene Signature for Prognostic Prediction in Glioblastoma: Insights from Integrated Bulk and Single-Cell RNA Sequencing 2025-May-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17111799 PMID:40507280	研究论文	本研究通过整合批量及单细胞RNA测序数据，识别并表征了与胶质母细胞瘤预后和免疫调节相关的免疫相关基因特征	开发了一个与巨噬细胞相关的五基因预后特征（MAPS），为胶质母细胞瘤的免疫生物学提供了新见解，并识别了潜在的生物标志物和治疗靶点	未提及具体样本量，可能影响结果的普遍性	识别与胶质母细胞瘤预后和免疫调节相关的免疫相关基因特征	胶质母细胞瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	批量及单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
130	2025-06-16	Single-Cell Sequencing: An Emerging Tool for Biomarker Development in Nuclear Emergencies and Radiation Oncology 2025-May-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17111801 PMID:40507282	综述	本文探讨了单细胞测序技术在核紧急情况和放射肿瘤学中作为生物标志物开发新兴工具的应用	强调了单细胞测序技术在提供高分辨率细胞多样性和异质性视图方面的创新性，特别是在识别辐射暴露相关生物标志物方面的潜力	单细胞RNA测序技术在辐射研究领域仍处于新兴阶段	探讨辐射剂量测定的当前方法及与辐射暴露相关的生物标志物，并关注NGS技术在放射治疗和紧急事件中的发展	辐射暴露后的细胞和生物标志物	生物信息学	放射肿瘤学	NGS, 单细胞测序, scRNA-seq	NA	基因序列数据	NA
131	2025-06-16	Potential Role of SESN3 in Linking Heart Failure with Preserved Ejection Fraction and Chronic Obstructive Pulmonary Disease via Autophagy Dysregulation 2025-May-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26115174 PMID:40507985	研究论文	本研究探讨了SESN3通过自噬失调在心力衰竭伴保留射血分数（HFpEF）和慢性阻塞性肺疾病（COPD）之间的潜在联系	首次提出SESN3介导的自噬可能是HFpEF和COPD的共同机制，并验证了其在心脏和肺组织中的系统性作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	识别HFpEF和COPD的共同致病机制并验证其系统性作用	HFpEF心脏组织和COPD肺组织	分子病理学	心血管疾病	转录组分析、WGCNA、LASSO回归、scRNA-seq、qPCR、Western blotting	HFpEF小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
132	2025-06-16	Molecular Characterization of Atypical Fibroxanthoma and Pleomorphic Dermal Sarcoma 2025-May-27, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17111785 PMID:40507266	综述	本文综述了非典型纤维黄色瘤（AFX）和多形性真皮肉瘤（PDS）的分子特征，包括它们的分子组成、基因表达和预后生物标志物	首次整合了包括单细胞RNA测序在内的多种分子数据集，讨论了这些肿瘤的分子驱动因素和预后生物标志物	由于这些肿瘤的罕见性，相关研究较少，分子特征的全面理解仍有待深入	探讨AFX和PDS的分子特征及其预后生物标志物	非典型纤维黄色瘤（AFX）和多形性真皮肉瘤（PDS）	分子病理学	皮肤肉瘤	外显子测序、批量RNA测序、靶向DNA测序、DNA甲基化分析、拷贝数分析、scRNA-seq	NA	分子数据	NA
133	2025-06-16	PRRX1 is a key regulator in the phenotypic transition between human normal dermal and keloid fibroblasts 2025-May-16, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.05.002 PMID:40517126	research paper	该研究探讨了人类胎儿皮肤、产后皮肤和瘢痕疙瘩组织之间的差异，以找出影响伤口愈合结果的关键因素	发现了PRRX1在调节正常和瘢痕疙瘩成纤维细胞表型转变中的关键作用，并利用三维人类瘢痕疙瘩模型在组织水平上进一步验证了这一作用	研究主要聚焦于PRRX1的作用，可能忽略了其他潜在的关键因素	理解人类胎儿皮肤、产后皮肤和瘢痕疙瘩组织之间的差异，以促进无疤痕伤口愈合的临床治疗	人类胎儿皮肤、产后皮肤和瘢痕疙瘩组织	digital pathology	scarring	spatial transcriptomics (ST), histological imaging	three-dimensional human keloid model	transcriptomics data, histological images	人类胎儿皮肤、产后皮肤和瘢痕疙瘩组织样本
134	2025-06-16	Clinical efficacy and chemoresistance analysis of precision neoadjuvant chemotherapy for borderline resectable pancreatic cancer: a prospective, single-arm pilot study 2025-May-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002342 PMID:40146255	研究论文	本研究评估了基于患者来源类器官（PDOs）的新辅助化疗（NAC）在临界可切除胰腺癌（BRPC）中的临床疗效和安全性	利用PDOs进行药物敏感性测试，调整NAC方案，并探索了吉西他滨耐药的潜在机制	单臂试点研究，样本量较小（19例患者）	评估PDOs指导的NAC在BRPC中的临床疗效和安全性，并探索吉西他滨耐药的分子机制	临界可切除胰腺癌（BRPC）患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq分析	NA	临床数据和单细胞转录组数据	19例BRPC患者
135	2025-06-16	scValue: value-based subsampling of large-scale single-cell transcriptomic data for machine and deep learning tasks 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf279 PMID:40515392	研究论文	介绍了一种名为scValue的新方法，用于大规模单细胞转录组数据的基于价值的子采样，以优化机器学习和深度学习任务	使用随机森林模型的袋外估计对单个细胞进行'数据价值'排名，优先考虑高价值细胞，并更有效地保留子样本中的关键生物信号	未明确提及具体限制	优化大规模单细胞RNA测序数据在机器学习和深度学习任务中的子采样方法	单细胞转录组数据	机器学习	NA	scRNA-seq	随机森林	单细胞RNA测序数据	16个公共数据集，从数万到数百万个细胞不等
136	2025-06-16	Splenic CD169+Tim4+ Marginal Metallophilic Macrophages Are Essential for Wound Healing After Myocardial Infarction 2025-Apr-28, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.071772 PMID:40289811	研究论文	该研究揭示了脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的关键作用	首次发现脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞通过循环进入心脏，对心肌梗死后炎症调节和组织修复起决定性作用	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅涉及循环单核细胞的表型分析	阐明心肌梗死后伤口愈合的细胞机制	脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞及其在心肌梗死后的功能	心血管病理学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、谱系追踪、细胞移植	小鼠心肌梗死模型	流式细胞数据、单细胞转录组数据	小鼠模型及人类ST段抬高型心肌梗死患者样本
137	2025-06-16	Sequencing-free whole genome spatial transcriptomics at molecular resolution in intact tissue 2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.641951 PMID:40161724	研究论文	开发了一种名为RAEFISH的新型图像空间转录组技术，能够在完整组织中实现全基因组水平的覆盖和单分子空间分辨率	RAEFISH技术结合了全转录组覆盖和高空间分辨率的优势，克服了现有技术在覆盖范围或分辨率上的限制	尽管技术先进，但可能仍存在样本处理复杂性和成本较高的问题	开发一种能够在完整组织中实现高覆盖和高分辨率空间转录组分析的技术	人类和小鼠的转录组，包括几乎所有蛋白质编码转录本和数千种长链非编码RNA	空间转录组学	NA	RAEFISH（Reverse-padlock Amplicon Encoding FISH）	NA	图像数据	针对23,000种人类转录本和22,000种小鼠转录本进行了分析
138	2025-06-16	A comparative study of statistical methods for identifying differentially expressed genes in spatial transcriptomics 2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638726 PMID:40027680	研究论文	本研究比较了空间转录组学中识别差异表达基因的统计方法，提出了一种新的广义评分检验（GST）方法	提出了一种在广义估计方程（GEEs）框架下的广义评分检验（GST）方法，有效整合空间相关性，提高了差异基因表达的准确性	研究主要针对空间转录组数据，可能不适用于其他类型的转录组数据	开发一种更稳健的统计方法，用于空间转录组数据中的差异基因表达分析	空间转录组数据中的差异表达基因	生物信息学	乳腺癌, 前列腺癌	空间转录组学（ST）	广义估计方程（GEEs）, 广义评分检验（GST）	基因表达数据	NA
139	2025-06-16	SpatialSNV: A novel method for identifying and analyzing spatially resolved SNVs in tumor microenvironments 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf065 PMID:40515555	研究论文	开发了一种名为SpatialSNV的新方法，用于识别和分析肿瘤微环境中的空间解析单核苷酸变异(SNVs)	首次利用空间转录组学平台识别肿瘤切片中的有效SNVs，并揭示SNVs与肿瘤微环境动态的关系	NA	探索SNVs在肿瘤微环境中的作用及其与肿瘤-免疫系统互作的机制	肿瘤微环境中的单核苷酸变异(SNVs)	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
140	2025-06-16	Enhanced Spatial Transcriptomics Analysis of Mouse Lung Tissues Reveals Cell-Specific Gene Expression Changes Associated with Pulmonary Hypertension 2025, Journal of respiratory biology and translational medicine DOI:10.70322/jrbtm.2025.10004 PMID:40502298	研究论文	本文提出了一种高分辨率空间转录组学协议，用于分析小鼠肺组织中的细胞特异性基因表达变化，特别是在肺动脉高压模型中	开发了一种固定冷冻小鼠肺组织切片的方法，结合多重荧光原位杂交和高通量成像技术，保留了组织完整性并最大化成像区域	仅使用了预设计的379基因小鼠面板，可能未涵盖所有相关基因	研究肺动脉高压模型中肺组织的细胞特异性基因表达变化	小鼠肺组织	数字病理学	肺动脉高压	空间转录组学、荧光原位杂交(FISH)、高通量成像	NA	空间转录组数据、图像数据	未明确说明样本数量，但使用了固定冷冻和新鲜冷冻两种组织制备方法