单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-05-31	The influence of age on cellular senescence in injured versus healthy muscle and its implications on rotator cuff injuries 2025-Jun, Journal of shoulder and elbow surgery IF:2.9Q1 DOI:10.1016/j.jse.2025.02.008 PMID:40057173	研究论文	研究年龄对受伤与健康肌肉中细胞衰老的影响及其在肩袖损伤中的意义	首次在肩袖肌肉组织中识别出六种主要细胞群，并发现老年FAPs中衰老标志物和纤维化炎症相关基因表达增加	样本来源仅限于手术患者，可能无法完全代表一般人群	探究年龄对肩袖损伤中细胞衰老的影响机制	年轻和老年患者的肩袖肌肉组织样本	生物医学	肩袖损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	年轻和老年患者的肩袖肌肉组织样本（具体数量未提及）
142	2025-05-31	Multi-omics analysis identified and confirmed TNF-α as a key initiator of the inflammatory response following spinal cord injury 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143866 PMID:40319972	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了锌离子如何通过调节TNF-α信号通路减轻脊髓损伤后的免疫炎症反应	首次整合转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序技术，阐明锌离子通过抑制TNF-α信号通路调控脊髓损伤后的免疫炎症反应	锌离子调控TNF-α信号通路的具体分子机制仍需进一步研究	探究锌离子在脊髓损伤后免疫炎症反应中的调控机制	脊髓损伤后的免疫炎症反应及锌离子的调控作用	生物医学	脊髓损伤	多组学分析（转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序）	NA	组学数据	人类和小鼠的免疫细胞图谱
143	2025-05-31	Lipopolysaccharide alters cell communication at the maternal-fetal interface revealed by single-cell RNA-sequencing 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143939 PMID:40328399	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了脂多糖（LPS）诱导的炎症对母胎界面细胞组成、细胞间相互作用及关键信号通路的影响	首次利用单细胞RNA测序技术揭示LPS如何改变母胎界面的细胞通讯及信号通路	研究仅关注了LPS诱导的炎症效应，未涉及其他类型感染或炎症的影响	探究LPS诱导的炎症对母胎界面细胞通讯的影响	母胎界面细胞（包括子宫内膜上皮细胞、基质细胞、成纤维细胞等）	生殖医学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及多种细胞类型（包括15种其他细胞类型）
144	2025-05-31	Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf063 PMID:40391086	研究论文	介绍了一个名为immunopipe的综合灵活的单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞TCR测序(scTCR-seq)数据分析流程	提供了命令行工具和用户友好的网页界面，便于无编程经验的研究者使用，支持scRNA-seq和scTCR-seq数据的整合分析	未提及具体的数据处理速度或计算资源需求，也未说明是否支持其他类型的单细胞测序数据	增强对T细胞介导的免疫的理解，促进免疫治疗的发展	单细胞RNA测序和单细胞TCR测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	单细胞测序数据	NA
145	2025-05-31	BPIFB1 is a prognostic biomarker and mediated collagen synthesis in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-May-30, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042671 PMID:40441200	research paper	该研究探讨了BPIFB1在特发性肺纤维化(IPF)中的表达及其与预后的关系，揭示了BPIFB1在肺纤维化和胶原合成中的作用	首次发现BPIFB1在IPF中的高表达与不良预后相关，并揭示了其可能通过调节肺成纤维细胞分化和胶原合成影响IPF的机制	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证BPIFB1在IPF中的具体分子机制	探究BPIFB1在特发性肺纤维化中的分子作用及其与肺功能的关系	BPIFB1基因及其在IPF患者中的表达模式	生物信息学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序, 转录组分析, 生物信息学分析	NA	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的IPF患者数据
146	2025-05-31	Single-cell and spatial transcriptome analyses reveal tumor heterogeneity and immune remodeling involved in pituitary neuroendocrine tumor progression 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60028-5 PMID:40442104	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示垂体神经内分泌肿瘤的异质性和免疫重塑在肿瘤进展中的作用	首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面分析垂体神经内分泌肿瘤的肿瘤异质性和肿瘤微环境重构	样本量相对有限（57个组织样本），且未涉及治疗效果的实验验证	探究垂体神经内分泌肿瘤的进展机制及肿瘤微环境的重构	垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	57个组织样本，超过177,000个细胞和35,000个位点
147	2025-05-31	Precision targeting of β-catenin induces tumor reprogramming and immunity in hepatocellular cancers 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60457-2 PMID:40442146	研究论文	该研究探讨了针对β-catenin的精确靶向治疗在肝细胞癌（HCC）中的效果及其对肿瘤微环境的免疫调节作用	使用新型siRNA（LNP-CTNNB1）靶向β-catenin，在多种免疫活性HCC模型中显示出显著的肿瘤反应，并揭示了肿瘤细胞和免疫微环境的重编程机制	研究主要基于HCC模型，临床效果仍需进一步验证	探索β-catenin靶向治疗在HCC中的疗效及其与免疫检查点抑制剂（ICI）的联合应用潜力	β-catenin突变的肝细胞癌（HCC）模型	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	siRNA技术、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	多种β-catenin突变的免疫活性HCC模型
148	2025-05-31	Bronchopulmonary dysplasia with pulmonary hypertension associates with semaphorin signaling loss and functionally decreased FOXF1 expression 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60371-7 PMID:40442177	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了早产儿肺部损伤导致的支气管肺发育不良（BPD）及伴随的肺动脉高压（PH）的细胞和分子机制	发现了BPD+PH患者内皮细胞中独特的ANKRD1表达异常毛细血管状态，以及肺泡实质中semaphorin信号通路的缺陷和FOXF1表达减少	研究样本可能有限，且机制研究主要在动物模型中进行，人类样本验证不足	揭示BPD及PH的分子机制，探索正常肺发育的关键信号通路	早产儿肺部组织（BPD及BPD+PH患者）与足月婴儿的对比	分子生物学	支气管肺发育不良（BPD）及肺动脉高压（PH）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	早产儿肺部组织样本（数量未明确说明）
149	2025-05-31	Targeting BATF2-RGS2 axis reduces T-cell exhaustion and restores anti-tumor immunity 2025-May-30, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02351-5 PMID:40442751	研究论文	本研究探讨了RGS2在肺癌免疫调节中的作用，并揭示了BATF2-RGS2轴在调节T细胞耗竭和肿瘤免疫逃逸中的关键机制	首次发现BATF2-RGS2轴在T细胞耗竭中的调控作用，并证明靶向该轴可增强抗肿瘤免疫	样本量较小（仅6名LC患者），且机制研究主要基于小鼠模型	探究RGS2在肺癌免疫调节中的作用及BATF2-RGS2轴的调控机制	肺癌患者样本、小鼠模型和体外培养的CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞转录组分析、基因敲除小鼠模型、荧光素酶报告实验	小鼠肿瘤模型（3LL细胞和肿瘤类器官模型）	转录组数据、体内外实验数据	6名肺癌患者样本+多组基因工程小鼠
150	2025-05-31	Co-targeting of epigenetic regulators and BCL-XL improves efficacy of immune checkpoint blockade therapy in multiple solid tumors 2025-May-30, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02352-4 PMID:40442785	研究论文	本研究探讨了表观遗传调节剂与BCL-XL抑制剂联合免疫检查点阻断疗法在多种实体瘤中的治疗效果	发现表观遗传药物与BCL-XL抑制剂联合使用在实体瘤中产生显著协同效应，并揭示了其通过激活内源性逆转录元件诱导免疫原性细胞死亡的机制	研究主要基于体外细胞系和小鼠模型，尚未进行人体临床试验	探索表观遗传调节剂与BCL-XL抑制剂联合免疫检查点阻断疗法在实体瘤中的治疗效果	实体瘤细胞系（包括肺癌、结直肠癌、乳腺癌、黑色素瘤和胶质母细胞瘤）和小鼠模型	肿瘤免疫治疗	多种实体瘤（肺癌、结直肠癌、乳腺癌、黑色素瘤、胶质母细胞瘤）	流式细胞术、单细胞RNA测序	小鼠同系和原位移植模型	体外细胞实验数据、体内动物模型数据、单细胞转录组数据	大量实体瘤细胞系（未明确数量）和多组小鼠模型
151	2025-05-31	Immune signatures of megakaryocytes in persistent inflammation-immunosuppression and catabolism syndrome 2025-May-30, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2025087 PMID:40443348	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了持续性炎症-免疫抑制和分解代谢综合征（PICS）患者中巨核细胞的免疫特征及其在免疫调节中的作用	首次揭示了PICS中巨核细胞的分子特征及其与免疫细胞的动态相互作用，并发现巨核细胞通过调节促炎细胞因子水平参与系统炎症调控和组织修复	样本量较小（11例患者），且需要进一步验证巨核细胞作为治疗靶点的潜力	探究巨核细胞在PICS中的免疫学作用及其分子机制	巨核细胞在PICS患者外周血单个核细胞中的特征	免疫学	脓毒症后综合征	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	11例患者（6例PICS，5例脓毒症）和5例健康对照
152	2025-05-31	cDC1s Promote Atherosclerosis via Local Immunity and Are Targetable for Therapy 2025-May-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325792 PMID:40444360	research paper	该研究揭示了传统1型树突状细胞（cDC1s）通过促进局部免疫反应在动脉粥样硬化中的作用，并提出了一种靶向cDC1s的免疫治疗方法	首次明确了cDC1s在动脉粥样硬化中的促炎作用机制，并开发了靶向cDC1s的纳米颗粒免疫治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化效果尚需验证	阐明cDC1s在动脉粥样硬化发病机制中的作用并开发靶向治疗策略	Ldlr-/-小鼠模型中的cDC1s和T细胞亚群	免疫学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、纳米颗粒靶向递送技术	小鼠动脉粥样硬化模型（Ldlr-/-）	基因表达数据、流式细胞数据	多种基因修饰小鼠模型（Xcr1Cre-DTA、Irf8Δ32等）
153	2025-05-31	Single-cell analyses identify monocyte gene expression profiles that influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts 2025-May-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59833-9 PMID:40442100	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了宿主基因表达对HIV-1病毒库大小的影响，并发现单细胞IL1B表达与病毒库大小呈负相关	首次通过单细胞RNA测序技术揭示单细胞IL1B表达与HIV-1病毒库大小的负相关性，并发现IL1B具有潜在的天然潜伏逆转活性	研究样本量较小（14名男性），且仅针对急性感染期开始ART治疗的个体	研究宿主基因表达对HIV-1病毒库大小的影响机制	HIV-1感染者的外周血细胞	生物医学研究	HIV/AIDS	单细胞RNA测序（scRNA-seq），完整前病毒DNA检测（IPDA®）	NA	单细胞RNA测序数据	14名男性（初始队列）和38名男性（验证队列）
154	2025-05-31	Preterm birth increases susceptibility to hyperglycemia induced glomerular alterations in male mice 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00103-5 PMID:40442182	research paper	该研究探讨了早产对高血糖诱导的肾小球改变的易感性增加的影响	首次研究了早产对糖尿病肾病（DKD）进展的影响，并揭示了早产破坏内皮细胞-足细胞间的相互作用	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性小鼠或人类样本	确定早产对高血糖暴露后肾脏健康的影响	CD-1小鼠（早产和足月产）	NA	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、组织学、分子和成像技术	NA	基因表达数据、组织学数据	早产和足月产雄性小鼠
155	2025-05-31	Disulfide bond-related gene signature development for bladder cancer prognosis prediction and immune microenvironment characterization 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03974-w PMID:40442298	研究论文	开发了一种基于二硫键相关基因特征的膀胱癌预后预测模型，并分析了其与免疫微环境的关系	首次将二硫键相关基因特征用于膀胱癌预后预测，并验证了其与免疫治疗反应和药物敏感性的关联	研究结果需要在更大样本量的临床队列中进行验证	开发膀胱癌预后预测模型并分析免疫微环境特征	膀胱癌患者	生物信息学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qRT-PCR	StepCox[backward]算法优化的DRPS模型	基因表达数据	TCGA和GEO队列数据
156	2025-05-31	Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches 2025-May-29, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00985-4 PMID:40442367	研究论文	该研究通过免疫活性小鼠模型，揭示了胶质母细胞瘤（GBM）从块状生长向浸润性生长转变的机制，发现小胶质细胞在肿瘤浸润前沿的动员和功能转变对GBM集体迁移的引导作用	首次揭示了plexin-B2在小胶质细胞中对GBM细胞碰撞解决、排列及细胞外基质重构中的关键作用，并验证了人类GBM中肿瘤细胞和TAMs的侵袭模式和特定基因特征	研究主要基于小鼠模型，人类GBM中的验证仍需进一步扩大样本量	探究GBM从块状生长向浸润性生长转变的机制及小胶质细胞在其中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）及肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型及人类GBM样本（具体数量未明确说明）
157	2025-05-31	A visual-omics foundation model to bridge histopathology with spatial transcriptomics 2025-May-29, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02707-1 PMID:40442373	研究论文	本文介绍了一种名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，旨在整合组织病理学和空间转录组学数据	开发了OmiCLIP模型，首次将组织病理学图像与转录组学数据整合，并通过Loki平台提供多种功能	未明确提及具体局限性	整合组织病理学图像和转录组学数据，提升计算生物学分析的准确性和鲁棒性	组织病理学图像和转录组学数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	OmiCLIP	图像、文本	220万对组织图像和转录组学数据，涵盖32个器官
158	2025-05-31	Macrophage activation determines muscle wasting in pancreatic cancer 2025-May-29, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03434-9 PMID:40442475	研究论文	本研究探讨了胰腺癌中巨噬细胞激活对肌肉消耗的影响	通过单细胞RNA测序分析，确定了CHI3L1和CHI3L3在巨噬细胞中的表达，揭示了它们在早期肌肉消耗中的作用，并提出了针对CHI3L1的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明胰腺癌相关恶病质中肌肉消耗的分子机制	胰腺癌小鼠模型和C2C12肌母细胞	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	KPC GEMM小鼠模型	基因表达数据	PBMC 29,615个细胞和MDST 23,151个细胞
159	2025-05-31	The transcriptomes, connections and development of submucosal neuron classes in the mouse small intestine 2025-May-29, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01962-x PMID:40442499	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠小肠黏膜下神经丛中神经元类群的转录组特征、连接模式及发育过程	发现了两个潜在的分泌运动神经元类群和一个先前未被识别的黏膜下内在初级传入神经元类群，揭示了它们与肠嗜铬细胞的意外紧密联系，并提出了肠壁神经元多样化的统一发育框架	研究仅限于小鼠模型，人类肠道神经系统的可比性尚需验证	探究肠道黏膜下神经丛的神经元组成、连接模式和发育机制	小鼠小肠黏膜下神经丛神经元	神经生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、病毒介导标记、谱系追踪	NA	转录组数据、形态学数据	NA（未明确说明样本数量）
160	2025-05-31	TCF7 enhances pulmonary hypertension by boosting stressed natural killer cells and their interaction with pulmonary arterial smooth muscle cells 2025-May-29, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03276-9 PMID:40442690	研究论文	本研究探讨了TCF7在肺动脉高压（PH）中的作用机制，特别是其对自然杀伤（NK）细胞应激状态的影响及其与肺动脉平滑肌细胞（hPASMCs）的相互作用	首次揭示了TCF7通过上调应激NK细胞和促进其分泌SPP1来加剧PH的免疫病理机制	研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本的直接证据有限	阐明TCF7在肺动脉高压发病机制中的作用	人类肺动脉高压患者、MCT诱导的PH大鼠模型、Tcf7条件性敲除小鼠、AAV6气管内递送TCF7过表达大鼠、NK92细胞系和原代hPASMCs	免疫病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、AAV6基因递送	动物模型（小鼠和大鼠）、细胞模型（NK92和hPASMCs）	RNA测序数据、蛋白质水平数据	人类PAH患者和MCT诱导的PH大鼠的肺部样本、Tcf7条件性敲除小鼠和TCF7过表达大鼠