单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-16	scMalignantFinder distinguishes malignant cells in single-cell and spatial transcriptomics by leveraging cancer signatures 2025-Mar-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07942-y PMID:40148533	research paper	介绍了一种名为scMalignantFinder的机器学习工具，用于在单细胞和空间转录组学中准确区分恶性细胞	结合数据和知识驱动策略，利用多个癌症数据集和泛癌基因特征训练模型，优于现有自动化方法	未提及具体局限性	开发一种工具来准确识别恶性细胞，以表征肿瘤异质性	恶性细胞和正常细胞	digital pathology	cancer	scRNA-seq, 空间转录组学	machine learning	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	超过400,000个单细胞转录组
122	2025-05-16	SCITUNA: single-cell data integration tool using network alignment 2025-Mar-27, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06087-3 PMID:40148808	research paper	介绍了一种名为SCITUNA的单细胞数据集成工具，用于校正批次效应	提出了一种新的批次效应校正方法SCITUNA，通过网络对齐技术，优于现有方法	在肺数据集的多批次集成中表现略逊于当前方法，差异为0.004	解决单细胞基因组学实验中批次效应带来的技术变异问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据集	生物信息学	NA	网络对齐	NA	单细胞测序数据	39个独立批次，来自四个真实数据集和一个模拟数据集
123	2025-05-16	Uncovering Hippo pathway-related biomarkers in acute myocardial infarction via scRNA-seq binding transcriptomics 2025-Mar-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-94820-6 PMID:40133574	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序结合转录组学技术，探索了急性心肌梗死中Hippo信号通路相关生物标志物	利用多数据集分析和细胞表达谱验证，确定了五个生物标志物，并预测了179种潜在治疗药物	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仍需进一步扩展	探索急性心肌梗死中Hippo信号通路相关生物标志物及其临床诊断潜力	急性心肌梗死患者和对照组的差异表达基因	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, qRT-PCR, Western blot	机器学习算法	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及多数据集分析和实验模型
124	2025-05-16	Clonal expansion dictates the efficacy of mitochondrial lineage tracing in single cells 2025-Mar-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03540-7 PMID:40134031	研究论文	本研究通过计算建模和单细胞基因组学探讨了线粒体DNA变异在细胞谱系追踪中的有效性	揭示了线粒体DNA变异作为谱系标记的效能高度依赖于克隆扩张的程度，并提出了一个谱系信息评分来识别可靠的线粒体谱系追踪标记	研究主要关注线粒体DNA变异在特定生物环境下的应用，可能不适用于所有细胞类型或条件	评估线粒体DNA变异作为细胞谱系追踪标记的有效性	线粒体DNA变异在不同生物环境下的克隆动态	基因组学	NA	单细胞基因组学、计算建模	NA	基因组数据	NA
125	2025-05-16	Single-cell RNA sequencing reveals potential therapeutic targets in the tumor microenvironment of lung squamous cell carcinoma 2025-Mar-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93916-3 PMID:40140461	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肺鳞癌肿瘤微环境，揭示潜在治疗靶点	应用非负矩阵分解技术识别独特的恶性细胞表型（元程序），并揭示其临床相关性	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据质量和样本数量	探索肺鳞癌肿瘤微环境的组成及其临床意义	肺鳞癌（LUSC）患者的肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	scRNA-seq	非负矩阵分解	基因表达数据	两个队列的公共LUSC数据集
126	2025-05-16	Combined targeting of glioblastoma stem cells of different cellular states disrupts malignant progression 2025-Mar-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58366-5 PMID:40140646	research paper	该研究探讨了针对不同细胞状态的胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）的联合靶向治疗策略，以破坏其恶性进展	发现了MEOX2和SRGN作为CL和MES GSCs的特异性靶点，并验证了MEOX2-NOTCH和SRGN-NFκB轴在GSCs增殖和干性维持中的关键作用	未明确说明实验样本的具体数量及来源	探索胶质母细胞瘤干细胞的异质性及其治疗靶点	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据	NA
127	2025-05-16	Ectopic expression of Slc1a2 in the prefrontal cortex of sleep-deprived male mice counteracts the glutamate/GABA-glutamine dysfunction 2025-Mar-26, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02161-7 PMID:40140835	research paper	研究探讨了Slc1a2在前额叶皮层异位表达对睡眠剥夺引起的谷氨酸/GABA-谷氨酰胺循环紊乱的影响	揭示了Slc1a2异位表达通过星形胶质细胞-神经元通讯改善睡眠剥夺引起的神经功能紊乱	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性或其他物种	阐明Slc1a2在前额叶皮层的异位表达对睡眠剥夺引起的神经代谢和行为缺陷的影响	雄性小鼠的前额叶皮层	神经科学	睡眠障碍	单细胞RNA测序、电生理学、免疫荧光染色、[1H-13C]-核磁共振	NA	基因表达数据、行为数据、代谢数据	未明确说明具体数量，但涉及多个脑区（脑干、皮层、下丘脑）的小鼠样本
128	2025-05-16	Combined analysis of single-cell and bulk transcriptome sequencing data identifies critical glycolysis genes in idiopathic pulmonary arterial hypertension 2025-Mar-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06373-x PMID:40140873	研究论文	本研究通过结合单细胞和批量转录组测序数据，识别了特发性肺动脉高压（IPAH）中关键的糖酵解基因	首次通过整合单细胞和批量转录组数据分析，识别了IPAH中与糖酵解相关的关键调控基因IGF1、KARS、CASP3和CDKN2A	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅使用了MCT诱导的大鼠PH模型	探究IPAH中糖酵解的关键调控机制	特发性肺动脉高压（IPAH）患者组织样本和大鼠PH模型	生物信息学	肺动脉高压	单细胞测序、批量转录组测序、scMetabolism分析、AUCcell分析、ssGSEA方法、WGCNA、PPI网络分析	MCT诱导的大鼠PH模型	转录组数据	来自GEO数据库的IPAH患者组织样本数据和大鼠PH模型
129	2025-05-16	Spatiotemporal profiling of adhesion G protein-coupled receptors in developing mouse and human pancreas reveals a role for GPR56 in islet development 2025-Mar-26, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05659-z PMID:40137991	研究论文	本研究通过时空分析揭示了粘附G蛋白偶联受体（aGPCRs）在小鼠和人类胰腺发育中的表达模式，并探讨了GPR56在胰岛发育中的作用	首次系统性地描述了aGPCRs在胰腺发育中的动态表达模式，并确定了GPR56在β细胞增殖和胰岛发育中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究aGPCRs在胰腺内分泌谱系决定中的作用	发育中的小鼠和人类胰腺	发育生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、空间转录组学、qPCR分析	Gpr56基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、基因表达数据	小鼠模型和不同妊娠阶段的人类胰腺样本
130	2025-05-16	Identification and characterization of human retinal stem cells capable of retinal regeneration 2025-Mar-26, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adp6864 PMID:40138453	研究论文	本文通过单细胞多组学和空间转录组学技术，鉴定并表征了人视网膜中具有再生潜力的干细胞亚群——人神经视网膜干细胞样细胞（hNRSCs）	首次在人类胎儿视网膜中发现并表征了hNRSCs，证明其具有自我更新和分化潜能，并验证了其在视网膜退行性疾病模型中的治疗潜力	研究主要基于胎儿视网膜和视网膜类器官，在成人视网膜中的存在和功能需要进一步验证	鉴定和表征人类视网膜干细胞，探索其在视网膜再生医学中的应用潜力	人类胎儿视网膜、视网膜类器官（hROs）和rd10视网膜色素变性小鼠模型	再生医学	视网膜色素变性	单细胞多组学、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	人类胎儿视网膜样本和视网膜类器官
131	2025-05-16	Single-cell RNA sequencing reveals an IL1R2+Treg subset driving immunosuppressive microenvironment in HNSCC 2025-Mar-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04015-1 PMID:40131478	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究发现了一种IL1R2+Treg亚群在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中促进肿瘤进展，并验证了其临床诊断价值及潜在的治疗策略	首次鉴定出IL1R2+Treg亚群在HNSCC中的免疫抑制作用，并探索了联合靶向IL1R2和CTLA4的抗肿瘤效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	探究不同Treg亚群对HNSCC肿瘤微环境的影响及潜在治疗策略	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的调节性T细胞（Tregs）	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、组织微阵列（TMA）、酶联免疫吸附试验（ELISA）	NA	单细胞RNA测序数据、组织样本数据、血清样本数据	NA
132	2025-05-16	DNA methylation-regulated HLA-C expression modulates immune responses and metabolic alterations to influence prognosis in mesothelioma 2025-Mar-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04012-4 PMID:40131544	research paper	该研究探讨了DNA甲基化调控的HLA-C表达如何通过影响免疫反应和代谢变化来调节间皮瘤的预后	首次全面研究了HLA-C在间皮瘤中的具体作用，并揭示了DNA甲基化如何调控HLA-C表达进而影响疾病预后	研究主要基于TCGA数据库的间皮瘤队列，可能需要更多独立队列验证	阐明HLA-C在间皮瘤进展中的作用及其调控机制	间皮瘤肿瘤微环境中的免疫细胞和代谢过程	肿瘤免疫学	间皮瘤	单细胞RNA测序、表达数量性状位点(eQTL)分析、孟德尔随机化(MR)分析	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	TCGA间皮瘤队列数据，涉及91种炎症细胞因子、731个免疫细胞群体、91种血细胞类型和1400种代谢物
133	2025-05-16	Single-cell sequencing combined with urinary multi-omics analysis reveals that the non-invasive biomarker PRDX5 regulates bladder cancer progression through ferroptosis signaling 2025-Mar-24, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13881-y PMID:40122834	研究论文	本研究通过单细胞测序和尿液多组学分析揭示了非侵入性生物标志物PRDX5通过铁死亡信号调控膀胱癌进展的机制	首次结合单细胞RNA测序和尿液多组学数据，揭示了PRDX5通过调节ROS水平和铁死亡通路促进膀胱癌进展的新机制	研究主要基于体外和动物实验，临床样本验证有限	阐明PRDX5在膀胱癌中的表达特征及其通过铁死亡信号通路调控肿瘤进展的生物学意义	膀胱癌组织和细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、尿液蛋白质组学、转录组分析	NA	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞测序数据	TCGA数据库膀胱癌组织样本及实验细胞系
134	2025-05-16	Intranasal prime-boost RNA vaccination elicits potent T cell response for lung cancer therapy 2025-Mar-24, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02191-1 PMID:40122855	研究论文	研究开发了一种利用环状RNA封装在脂质纳米颗粒中的非侵入性鼻内癌症疫苗，以诱导局部黏膜免疫反应	提出了一种新型鼻内RNA疫苗策略，通过黏膜途径诱导强效T细胞反应，同时减轻静脉RNA疫苗接种常见的全身不良反应	研究仅在临床前肺癌模型中进行，尚未进行人体试验	开发针对黏膜恶性肿瘤的RNA疫苗新方法	肺癌模型	癌症免疫治疗	肺癌	RNA疫苗技术、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	临床前肺癌模型（具体数量未提及）
135	2025-05-16	Unveiling the role of PPIF and macrophage subtypes in LSCC progression via single-cell and exosome RNA sequencing 2025-Mar-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93584-3 PMID:40128571	研究论文	通过单细胞和外来体RNA测序揭示PPIF和巨噬细胞亚型在LSCC进展中的作用	首次揭示了PPIF在Macrophage-C1-C1QC细胞中的上调与其抗炎表型增强及F11R-F11R信号传导促进的关系，为LSCC的治疗提供了新的潜在靶点	研究未涉及PPIF在LSCC中的具体作用机制，需要进一步的实验验证	研究LSCC肿瘤微环境中的细胞异质性及其在LSCC进展中的作用	喉鳞状细胞癌(LSCC)组织和肿瘤微环境中的细胞	数字病理学	喉癌	单细胞RNA测序, 外来体RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
136	2025-05-16	Prognostic and immunological implications of protein kinases in gastric cancer: a focus on hub gene ABL2 and its impact on the polarization of M2 macrophages 2025-Mar-24, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00636-9 PMID:40128818	research paper	该研究通过分析胃癌患者的蛋白激酶转录谱，发现了一种新的分子亚型，并构建了一个基于差异表达激酶基因的预后模型，探讨了ABL2基因在M2巨噬细胞极化中的作用	首次基于差异表达激酶基因构建了胃癌预后模型，并发现ABL2基因在调控M2巨噬细胞极化中的关键作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	探索蛋白激酶在胃癌中的预后价值和免疫调节机制	胃癌患者和胃癌细胞系	肿瘤免疫学	胃癌	转录组测序、scRNA-seq分析、TIMER算法、体外实验	机器学习算法组合构建的DE-KGsM模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床数据	来自GEO和TCGA数据库的胃癌患者样本
137	2025-05-16	Dietary emulsifier carboxymethylcellulose-induced gut dysbiosis and SCFA reduction aggravate acute pancreatitis through classical monocyte activation 2025-Mar-24, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02074-1 PMID:40128912	研究论文	该研究探讨了食品乳化剂羧甲基纤维素（CMC）通过肠道菌群失调和短链脂肪酸减少加剧急性胰腺炎（AP）的机制，并提出了可能的缓解策略	首次揭示了CMC通过肠道菌群失调和单核细胞活化加剧AP的机制，并提出Akkermansia muciniphila或丁酸盐补充作为潜在治疗途径	研究主要在动物模型中进行，人类数据仅涉及相关性分析	探究CMC对急性胰腺炎的影响及其机制	C57BL/6小鼠和AP患者	消化系统疾病研究	急性胰腺炎	16S rRNA基因扩增子测序、单细胞RNA测序、粪便微生物移植（FMT）	动物模型（小鼠）	分子免疫参数、微生物组数据、单细胞测序数据	未明确说明小鼠数量，包含AP患者样本
138	2025-05-16	Enhancing TREM2 expression activates microglia and modestly mitigates tau pathology and neurodegeneration 2025-Mar-23, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03420-8 PMID:40122810	research paper	该研究探讨了TREM2在tau病理和神经退行性变中的作用，并评估了增强TREM2表达对微胶质细胞激活的影响	研究发现增强TREM2-WT表达可适度降低可溶性磷酸化tau蛋白水平并轻微保护神经元完整性，而TREM2-R47H过表达则表现出功能丧失表型	研究仅使用了PS19 tauopathy小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究TREM2在tau病理和神经退行性变中的作用及其作为治疗靶点的潜力	PS19 tauopathy小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	PS19 tauopathy小鼠模型	RNA测序数据	NA
139	2025-05-16	NCKAP1 Inhibits the Progression of Renal Carcinoma via Modulating Immune Responses and the PI3K/AKT/mTOR Signaling Pathway 2025-Mar-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062813 PMID:40141455	研究论文	本研究探讨了NCKAP1在肾癌中的免疫调节和肿瘤进展中的具体作用	首次揭示了NCKAP1通过调节免疫反应和PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制肾癌进展的机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索NCKAP1在肾癌中的功能及其作为预测标志物和治疗靶点的潜力	肾癌患者样本和769P肾癌细胞系	癌症研究	肾癌	RNA测序、ssGSEA、单细胞RNA测序、CIBERSORT分析	NA	基因表达数据、单细胞数据	多种癌症类型的患者样本和769P细胞系
140	2025-05-16	Pulmonary Myeloid Cells in Mild Cases of COVID-19 Upregulate the Intracellular Fc Receptor TRIM21 and Transcribe Proteasome-Associated Molecules 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062769 PMID:40141410	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了轻度和重度COVID-19患者支气管肺泡灌洗液中的细胞群体，重点研究了TRIM21及其下游信号分子的转录情况	揭示了TRIM21在轻度COVID-19患者髓系细胞中的上调表达及其通过蛋白酶体途径减少病毒载量的潜在保护机制	研究仅基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和功能验证	探究COVID-19患者肺部免疫细胞中Fc受体TRIM21的表达模式及其在病毒感染中的作用	健康人群和COVID-19患者（轻度和重度）的支气管肺泡灌洗液样本	免疫学	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，包含健康人群、轻度COVID-19患者和重度COVID-19患者三类