单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-04-27	Regulatory T Cell Mimicry by a Subset of Mesenchymal GBM Stem Cells Suppresses CD4 and CD8 Cells 2025-Apr-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14080592 PMID:40277917	research paper	该研究揭示了胶质母细胞瘤（GBM）中一类具有免疫抑制特性的胶质瘤干细胞（GSCs）如何模仿调节性T细胞（Tregs）来抑制CD4和CD8 T细胞的功能	发现了一种新的免疫抑制性Treg样（ITL）GSC状态，这种状态由TGFβ II型受体（TGFBR2）驱动，并确定了其六基因特征	研究主要基于患者来源的细胞和临床样本，尚未在动物模型或临床试验中验证	探究胶质母细胞瘤中胶质瘤干细胞如何通过模仿调节性T细胞来抑制免疫反应	胶质母细胞瘤中的胶质瘤干细胞（GSCs）和T细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、生物信息学分析、分子和药理学操作	NA	临床和实验数据集、单细胞测序数据	患者来源的GBM神经球和临床GBM标本
42	2025-04-27	Protocol to identify proteins as regulators of gene expression noise 2025-Apr-11, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103763 PMID:40220303	研究论文	提出了一种识别基因表达噪声调控蛋白的协议	开发了一种结合单细胞RNA测序和LC-MS/MS技术的新协议，用于识别新的噪声调控蛋白候选者	协议的具体执行细节需要参考原始文献，未提及实际应用中的验证结果	识别调控基因表达噪声的蛋白质	细胞中的蛋白质	分子生物学	NA	单细胞RNA测序, 液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)	NA	RNA测序数据, 质谱数据	未明确说明样本数量，适用于任何细胞系
43	2025-04-27	Lamb1-mediated Wnt/β-catenin signaling pathway drives endothelial angiogenesis for fracture healing 2025-Apr-10, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149481 PMID:40221061	research paper	研究Lamb1通过Wnt/β-catenin信号通路促进内皮细胞血管生成以加速骨折愈合的机制	首次揭示Lamb1通过激活Wnt信号通路上调VEGFA表达，从而促进内皮细胞生长、迁移和血管生成，进而加速骨折修复	研究主要基于体外细胞实验(HUVEC)，尚未在动物模型或临床样本中验证	探究内皮细胞(ECs)中Lamb1在骨折愈合过程中的作用机制	内皮细胞(ECs)特别是ECs_Lamb1+亚群	分子生物学	骨折	scRNA-seq, qRT-PCR, 细胞免疫荧光染色, transwell实验	siRNA基因敲低模型	单细胞转录组数据, 体外细胞实验数据	公共单细胞数据集分析，具体样本量未明确说明
44	2025-04-27	Machine Learning-enhanced Signature of Metastasis-related T Cell Marker Genes for Predicting Overall Survival in Malignant Melanoma 2025-Apr-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000544 PMID:39506915	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和机器学习技术，探讨了原发性和转移性恶性黑色素瘤肿瘤免疫微环境的差异，并鉴定了与转移相关的T细胞标记基因用于预测患者生存	通过机器学习识别了关键的转移相关T细胞标记基因（MRTMGs），并构建了一个结合MRTMGs特征和T/N分期的列线图，用于准确预测患者生存期和对PD-1治疗的响应	样本量较小，仅基于10×scRNA-seq数据，需要更大规模的验证研究	研究恶性黑色素瘤中原发性和转移性肿瘤免疫微环境的差异，并开发预测患者生存和对PD-1治疗响应的生物标志物	恶性黑色素瘤患者	机器学习	恶性黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	UMAP算法和四种机器学习算法	RNA-seq数据	NA
45	2025-04-27	Uncovering Molecular and Genetic Drivers of Dental Caries Via scRNA-seq and Mendelian Randomisation 2025-Apr, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.10.005 PMID:39510929	research paper	该研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和孟德尔随机化（MR）方法，揭示了龋齿易感性和进展的分子和遗传因素	整合scRNA-seq和MR方法，首次全面解析龋齿的分子和遗传驱动因素，并识别出六个关键基因	未来研究需进一步探索这些基因在龋齿进展中的功能作用及其作为早期检测和治疗靶点的潜力	阐明龋齿易感性和进展的分子和遗传因素	健康和龋齿影响的牙髓组织	基因组学	龋齿	scRNA-seq, 孟德尔随机化（MR）	NA	单细胞RNA测序数据	GSE185222数据集中的健康和龋齿影响的牙髓组织样本
46	2025-04-27	Graft-derived extracellular vesicles transport miRNAs to modulate macrophage polarization after heart transplantation 2025-Apr, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2024.11.021 PMID:39586401	研究论文	本研究探讨了心脏移植后免疫细胞间的相互作用及细胞外囊泡（EVs）在其中的作用	发现了由CD63巨噬细胞衍生的EVs携带的microRNA-363和microRNA-709通过Fcho2/Notch1信号通路诱导受体脾脏中M1极化的新机制	研究基于小鼠异位移植模型，结果在人体中的适用性尚需验证	探索心脏移植后急性排斥反应中的免疫细胞相互作用机制	小鼠心脏移植模型中的CD45免疫细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠异位移植模型	RNA测序数据	NA
47	2025-04-27	Programs, origins and immunomodulatory functions of myeloid cells in glioma 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08633-8 PMID:40011771	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序、染色质可及性、空间转录组学和胶质瘤类器官外植系统，系统地研究了胶质瘤中髓系细胞的免疫调节表型	发现了四种免疫调节表达程序，揭示了这些程序不受髓系细胞类型、发育起源或肿瘤突变状态的影响，而是由微环境信号驱动	研究主要聚焦于胶质瘤，未涉及其他类型的肿瘤	理解胶质瘤中髓系细胞的免疫调节机制，并为开发更有效的免疫疗法奠定基础	胶质瘤中的髓系细胞	digital pathology	glioma	单细胞RNA测序、染色质可及性分析、空间转录组学、胶质瘤类器官外植系统	NA	RNA测序数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	NA
48	2025-04-27	CK2B Induces CD8+ T-Cell Exhaustion through HDAC8-Mediated Epigenetic Reprogramming to Limit the Efficacy of Anti-PD-1 Therapy in Non-Small-Cell Lung Cancer 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411053 PMID:40013761	研究论文	本研究探讨了靶向CK2及其调节亚基CK2B以预防或逆转T细胞耗竭，从而增强非小细胞肺癌(NSCLC)中抗PD-1疗法效果的潜力	发现CK2B通过HDAC8介导的表观遗传重编程诱导CD8+ T细胞耗竭，并证明CK2B可作为克服T细胞耗竭的新靶点	研究主要基于scRNA-seq和体外、体内实验，临床样本验证有待进一步开展	探索增强非小细胞肺癌抗PD-1疗法疗效的新策略	CK2B蛋白及其在CD8+ T细胞耗竭中的作用机制	肿瘤免疫治疗	非小细胞肺癌	scRNA-seq, 体外实验, 体内实验	NA	基因表达数据, 实验数据	未明确说明具体样本量
49	2025-04-27	LIPUS Promotes Calcium Oscillation and Enhances Calcium Dependent Autophagy of Chondrocytes to Alleviate Osteoarthritis 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413930 PMID:40013941	研究论文	本研究探讨了低强度脉冲超声（LIPUS）通过促进软骨细胞钙振荡和钙依赖性自噬来缓解骨关节炎（OA）的机制	首次动态可视化了LIPUS对软骨细胞的机械刺激，揭示了其通过钙依赖性自噬维持软骨稳态的机制，并发现TRPV4离子通道介导了LIPUS的生物效应	研究主要基于小鼠软骨细胞和斑马鱼模型，人类软骨细胞的响应可能有所不同	探索LIPUS缓解OA的分子机制并优化其治疗效果	活体小鼠软骨细胞和斑马鱼	生物医学工程	骨关节炎	荧光成像技术、scRNA-seq	动物模型（小鼠、斑马鱼）	图像数据、基因表达数据	NA
50	2025-04-27	Revealing the Transcriptional and Metabolic Characteristics of Sebocytes Based on the Donkey Cell Transcriptome Atlas 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413819 PMID:40013957	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序构建了德州驴20个组织的详细转录图谱，深入探究了驴的分子生理学特性	揭示了SOX10在少突胶质细胞中的进化保守调控作用，阐明了驴皮脂细胞的独特转录模式，并通过多物种皮肤代谢组学鉴定了驴皮肤中高丰度、物种特异性代谢物	对驴生理特性的细胞水平理解仍然有限	探究驴的分子生理学特性及其皮肤的独特代谢模式	德州驴的20个组织	分子生物学	NA	单细胞转录组测序、多物种皮肤代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	275050个高质量细胞，来自20个组织的84种细胞类型
51	2025-04-27	NETs-CD44-IL-17A Feedback Loop Drives Th17-Mediated Inflammation in Behçet's Uveitis 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411524 PMID:40013981	研究论文	本文揭示了NETs-CD44-IL-17A反馈回路在Behçet's葡萄膜炎中驱动Th17介导的炎症的机制	发现了NETs-CD44-IL-17A反馈回路在BU发病机制中的关键作用，并提出了中断该回路作为潜在治疗靶点	研究主要基于实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)模型，与人类BU可能存在差异	探究Behçet's葡萄膜炎中过度NETs产生的原因及其致病机制	Behçet's葡萄膜炎患者和实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)模型	免疫学	Behçet's葡萄膜炎	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、细胞通讯分析	EAU模型	基因表达数据、免疫荧光图像	BU患者和健康对照组的样本，具体数量未明确说明
52	2025-04-27	scHeteroNet: A Heterophily-Aware Graph Neural Network for Accurate Cell Type Annotation and Novel Cell Detection 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412095 PMID:40042052	research paper	本文提出了一种名为scHeteroNet的图神经网络框架，用于精确注释细胞类型和检测新细胞群体	scHeteroNet利用scRNA-seq数据中的异质性，通过整合直接和扩展细胞邻域信息来捕获复杂的细胞间相互作用，并引入了新颖的新颖性传播机制来检测未表征的细胞类型	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释和新细胞群体检测的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞	machine learning	NA	scRNA-seq	GNN	RNA-seq数据	多样化的scRNA-seq数据集
53	2025-04-27	Clinical Significance of Complement and Coagulation Cascades Genes for Patients With Acute Lymphoblastic Leukemia 2025-Apr, International journal of laboratory hematology IF:2.2Q3 DOI:10.1111/ijlh.14392 PMID:39523585	研究论文	本研究分析了急性淋巴细胞白血病（ALL）患者和健康个体中补体和凝血级联通路（CCCP）基因的表达谱，并评估了其作为诊断和预后生物标志物的临床意义	首次在ALL患者中鉴定出18个CCCP基因的差异表达，并发现其中部分基因与患者生存率相关，同时利用机器学习预测ALL的准确率高达0.9701（骨髓样本）和0.9167（外周血样本）	研究依赖于TCGA数据库的样本，可能无法完全代表所有ALL患者群体	探索CCCP基因在ALL中的临床意义及其作为诊断和预后生物标志物的潜力	急性淋巴细胞白血病（ALL）患者和健康个体的骨髓（BM）和外周血（PB）样本	生物信息学	急性淋巴细胞白血病	基因表达谱分析、单细胞RNA测序、机器学习	机器学习模型（具体类型未提及）	基因表达数据	998例骨髓样本和122例外周血样本
54	2025-04-27	Tumor Microenvironment On-A-Chip and Single-Cell Analysis Reveal Synergistic Stromal-Immune Crosstalk on Breast Cancer Progression 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413457 PMID:40056038	研究论文	该研究通过开发一种器官型3D乳腺癌肿瘤微环境芯片模型，结合单细胞RNA测序分析，探讨了三阴性乳腺癌细胞在患者来源的CAFs和Mφs存在下的进展机制	开发了集成单细胞RNA测序分析的肿瘤微环境芯片模型，揭示了CAFs和Mφs对肿瘤细胞的协同影响，并识别了KYNU基因的参与	研究可能局限于特定类型的乳腺癌（三阴性乳腺癌），且样本来源和数量未明确说明	探讨肿瘤微环境中CAFs和Mφs对三阴性乳腺癌细胞进展的协同作用及潜在机制	三阴性乳腺癌细胞、患者来源的CAFs和Mφs	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、3D肿瘤微环境芯片模型	器官型3D模型	基因表达数据	NA
55	2025-04-27	Spotiphy enables single-cell spatial whole transcriptomics across an entire section 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02622-5 PMID:40074951	research paper	介绍了一种名为Spotiphy的计算工具包，能够将基于测序的空间转录组数据转化为单细胞分辨率的全转录组图像	Spotiphy能够在保持全基因组覆盖的同时实现单细胞分辨率，填补了现有空间转录组技术在单细胞分辨率上的不足	NA	开发一种能够实现单细胞分辨率空间转录组分析的计算工具	阿尔茨海默病和健康小鼠大脑中的星形胶质细胞和疾病相关小胶质细胞，以及人类乳腺癌的空间转录组数据	digital pathology	Alzheimer's disease, breast cancer	spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomics data	NA
56	2025-04-27	Optimizing Xenium In Situ data utility by quality assessment and best-practice analysis workflows 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02617-2 PMID:40082609	research paper	本文评估了Xenium In Situ平台在空间转录组学中的性能，并提供了最佳实践分析流程	首次对Xenium平台进行独立性能分析，并与八种其他空间转录组技术进行对比	研究仅基于25个数据集，可能无法涵盖所有组织类型和实验条件	评估Xenium In Situ平台的性能并建立最佳分析流程	25个Xenium数据集及八种其他空间转录组技术	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	NA	空间转录组数据	25个来自不同组织和物种的Xenium数据集
57	2025-04-27	Feature selection methods affect the performance of scRNA-seq data integration and querying 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02624-3 PMID:40082610	研究论文	本文评估了单细胞RNA测序数据整合中特征选择方法对数据集整合和新样本映射性能的影响	首次系统性地评估了不同特征选择方法在单细胞RNA测序数据整合中的表现，并提供了关于特征数量选择、批次感知特征选择等方面的具体指导	未涉及所有可能的特征选择方法，且评估结果可能受特定数据集特性的影响	提高单细胞RNA测序数据整合和查询映射的质量	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
58	2025-04-27	A computational pipeline for spatial mechano-transcriptomics 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02618-1 PMID:40097810	research paper	开发一种计算框架，用于联合统计分析空间转录组学中的转录和机械信号	提出了一种能够联合分析转录和机械信号的计算框架，并应用于小鼠胚胎发育的空间转录组数据	NA	探索生物分子和机械信号在组织中的相互作用	小鼠胚胎发育过程中的空间转录组数据	computational biology	NA	spatial transcriptomics, geoadditive structural equation modeling	NA	spatial transcriptomics data	developing mouse embryo
59	2025-03-19	A graph neural network that combines scRNA-seq and protein-protein interaction data 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02628-z PMID:40097813	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
60	2025-04-27	scNET: learning context-specific gene and cell embeddings by integrating single-cell gene expression data with protein-protein interactions 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02627-0 PMID:40097811	research paper	该研究提出了一种名为scNET的方法，通过整合单细胞RNA测序数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络，学习特定背景下的基因和细胞嵌入	采用基于图神经网络的独特双视图架构，联合表示基因表达和蛋白质-蛋白质相互作用网络数据，通过注意力机制优化细胞间关系	未提及具体的数据噪声和零膨胀问题的解决程度	解决单细胞RNA测序数据在捕捉细胞通路和复合物变化方面的局限性	单细胞RNA测序数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络	生物信息学	NA	scRNA-seq	图神经网络	基因表达数据、蛋白质-蛋白质相互作用网络	NA