单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28721 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-06-13 |
Novel mouse model reveals neurodevelopmental origin of PMM2-CDG brain pathology
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.01.657261
PMID:40501776
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research paper | 该研究通过新型小鼠模型揭示了PMM2-CDG脑病理的神经发育起源 | 通过配对flox等位基因和催化失活的knock-in等位基因，模拟患者相关的复合杂合致病变异，克服了全身敲除导致的胚胎致死性 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床数据的验证有限 | 探究PMM2-CDG脑病理的神经发育机制 | PMM2-CDG患者和小鼠模型 | 神经遗传学 | 先天性糖基化障碍 | 多组学分析（代谢组学、糖组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、糖蛋白组学） | 小鼠模型 | 多组学数据 | 小鼠模型和PMM2-CDG患者死后小脑组织 |
| 62 | 2025-06-13 |
Spatial Heterogeneity of Macrophages in the Human Lung
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657106
PMID:40501812
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了人类肺部不同解剖结构中巨噬细胞的分布及其在吸烟状态下的变化 | 首次报告了人类肺部巨噬细胞亚群在不同解剖结构中的积累比例，并提出了一个新的三级层次命名法来区分转录定义的肺部巨噬细胞亚群 | 样本量较小，仅包括8名无肺部疾病的捐赠者（4名吸烟者和4名非吸烟者） | 确定转录定义的人类巨噬细胞在主要肺部解剖结构中的分布，并识别吸烟引起的分布和编程变化 | 人类肺部巨噬细胞亚群 | 生物医学研究 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫荧光显微镜 | NA | 基因表达数据 | 8名人类捐赠者的肺部组织（4名吸烟者和4名非吸烟者） |
| 63 | 2025-06-13 |
Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657197
PMID:40501904
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research paper | 该论文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的途径间串扰 | 提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，专注于量化信号保真度和特异性，以分析CCC途径间的串扰，并利用超图学习方法编码调控途径中的高阶关系 | 未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性 | 研究细胞间通讯（CCC）诱导的调控网络，特别是途径间的串扰 | 单细胞RNA测序数据中的受体、转录因子和靶基因 | machine learning | NA | scRNA-seq | hypergraph learning | RNA-seq data | NA |
| 64 | 2025-06-13 |
Deciphering the combinatorial expression pattern and genetic regulatory mechanisms of Beats and Sides in the olfactory circuits of Drosophila
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657193
PMID:40502011
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research paper | 该研究通过分析果蝇嗅觉回路中Beats和Sides基因家族的组合表达模式及其遗传调控机制，揭示了这些基因在嗅觉神经元及其突触目标神经元中的特异性表达 | 首次全面描述了Beats和Sides基因家族在果蝇嗅觉回路中的组合表达模式，并探索了这些基因在神经元识别和突触发育中的潜在作用 | 虽然发现了基因组合表达模式，但破坏Beat-IIa-Side-IV相互作用并未导致显著的突触错配，表明可能存在其他补偿机制 | 探究Beats和Sides基因家族在果蝇嗅觉回路组装中的作用 | 果蝇的嗅觉受体神经元(ORNs)及其突触目标投射神经元(PNs) | 神经生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因陷阱转基因驱动系 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 65 | 2025-06-13 |
Highly sensitive and scalable time-resolved RNA sequencing in single cells with scNT-seq2
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657745
PMID:40502146
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research paper | 介绍了一种高灵敏度和可扩展的单细胞时间分辨RNA测序方法scNT-seq2 | 通过系统优化第二链cDNA合成步骤，显著提高了读取对齐率、减少了背景突变并增强了文库复杂性 | 未提及具体的技术应用限制或样本类型的局限性 | 开发一种更高效的工具以在单细胞分辨率下解析基因表达动态 | 4sU标记的K562细胞 | 基因组学 | NA | scNT-seq2, 时间分辨单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量，仅提到4sU标记的K562细胞 |
| 66 | 2025-06-13 |
Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657034
PMID:40502161
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了新生儿期吗啡暴露对青少年小鼠中脑基因表达的影响以及益生菌干预的潜在逆转作用 | 首次提供了新生儿吗啡暴露及益生菌干预后青少年中脑的单细胞RNA测序数据集，揭示了益生菌对吗啡诱导的转录组改变的缓解作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探究早期阿片类药物暴露对神经发育的影响及益生菌干预的治疗潜力 | 青少年小鼠的中脑细胞 | 神经科学 | 疼痛敏感 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 107,427个中脑单细胞 |
| 67 | 2025-06-13 |
OrthologAL: a Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf311
PMID:40392208
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research paper | 介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于非人类临床前高维基因表达数据的质量感知人类化转换 | OrthologAL通过与BioMart接口访问Ensembl数据库中的不同基因集，实现无需用户编写代码的直系同源转换，便于将非人类转录组数据应用于药物转录组学数据库 | 未明确提及具体局限性 | 促进非人类转录组的人类直系同源转换，并将药物转录组学数据库应用于临床前研究模型 | 单细胞、单核和空间转录组数据，包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型以及小鼠和大鼠脊髓损伤模型 | 生物信息学 | 髓母细胞瘤、脊髓损伤 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | Shiny应用程序 | 基因表达数据 | 包括来自GSE129730、E-MTAB-11720、GSE213240和GSE234774等多个数据集的样本 |
| 68 | 2025-06-13 |
SLC6A6-Mediated Taurine Uptake Sustains Corneal Epithelial Stem/Progenitor Cell Function to Counteract Age-Related Dysfunction
2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.6.25
PMID:40478558
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research paper | 本研究探讨了SLC6A6介导的牛磺酸转运在维持角膜缘干细胞/祖细胞功能中的作用及其对年龄相关角膜伤口愈合的影响 | 揭示了SLC6A6介导的牛磺酸摄取在维持角膜缘干细胞/祖细胞功能中的关键作用，并提出了针对年龄相关角膜疾病的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 阐明SLC6A6介导的牛磺酸转运在角膜缘干细胞/祖细胞功能维持中的作用及其在年龄相关角膜伤口愈合中的意义 | 小鼠角膜缘干细胞/祖细胞(LSPCs)和角膜上皮干细胞/祖细胞(TKE2)细胞 | 细胞生物学 | 角膜疾病 | LC-MS/MS, 单细胞RNA测序, 定量PCR, 免疫荧光 | NA | 分子生物学数据, 细胞功能数据 | C57BL/6J小鼠和TKE2细胞系 |
| 69 | 2025-06-13 |
Synthbar: A Lightweight Tool for Adding Synthetic Barcodes to Sequencing Reads
2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657070
PMID:40502055
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research paper | 介绍了一个名为Synthbar的轻量级工具，用于在测序读取中添加合成条形码 | 填补了现有工具无法轻松添加合成细胞条形码（CB）的空白，支持用户自定义CB并修改读取结构 | 未提及具体性能指标或与其他工具的对比结果 | 开发一个工具，使得基于微孔板的单细胞RNA测序（scRNA-seq）方法能够兼容需要细胞条形码的计算工具 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 测序数据 | NA |
| 70 | 2025-06-13 |
Age-Dependent Clonal Expansion of Non-Sperm-Forming Spermatogonial Stem Cells in Mouse Testes
2025-Jun, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70019
PMID:39985763
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research paper | 该研究探讨了生理老化对小鼠睾丸中精原干细胞克隆命运行为的影响 | 揭示了老年小鼠睾丸中非精子形成精原干细胞克隆的空间扩张现象及其对精子生成和遗传多样性的潜在影响 | 研究仅在小鼠模型中进行，结果是否适用于人类尚需验证 | 阐明生理老化对睾丸开放微环境中精原干细胞克隆命运行为的影响 | 老年小鼠睾丸中的精原干细胞 | 生殖生物学 | 生殖衰老 | 单细胞RNA测序、谱系追踪和活体成像 | 小鼠模型 | 基因表达数据和影像数据 | 老年和年轻小鼠的睾丸组织 |
| 71 | 2025-06-13 |
A Single-Cell Transcriptome Atlas Characterizes the Immune Landscape of Human Testes During Aging
2025-Jun, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70032
PMID:40051066
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，描绘了人类睾丸在衰老过程中的免疫细胞图谱 | 首次在人类睾丸中揭示了衰老对免疫细胞的影响，并发现了与年龄相关的单核细胞和MRC1组织驻留巨噬细胞的变化模式 | 样本量相对较小（33例），且年龄跨度较大（21-69岁） | 探究衰老对人类睾丸免疫细胞的影响 | 人类睾丸组织 | 单细胞转录组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 33例人类睾丸样本（年龄21-69岁） |
| 72 | 2025-06-13 |
Macrophage Subpopulation Promotes Skeletal Muscle Regeneration Through HGF/MET Signaling-Mediated Skeletal Muscle Stem Cell Proliferation
2025-Jun, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70042
PMID:40132988
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了巨噬细胞亚群Mac_1通过HGF/MET信号通路促进骨骼肌干细胞增殖，从而促进骨骼肌再生的机制 | 首次鉴定出Mac_1巨噬细胞亚群通过HGF/c-Met信号通路与肌肉卫星细胞相互作用，并阐明其在年龄相关性骨骼肌再生障碍中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，在人类骨骼肌疾病中的适用性尚需进一步验证 | 探究巨噬细胞亚群在骨骼肌再生中的作用机制，以及年龄相关性再生障碍的分子基础 | 年轻(8周龄)和老年(24月龄)小鼠的骨骼肌组织、肌肉卫星细胞(MuSCs)和巨噬细胞亚群 | 细胞生物学 | 骨骼肌疾病(包括肌少症) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、3D肌肉类器官模型 | 小鼠模型、3D类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 年轻和老年小鼠的骨骼肌组织(具体数量未明确说明) |
| 73 | 2025-06-13 |
Genetic and genomic insights into male reproductive tract development
2025-Jun, Fertility and sterility
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.fertnstert.2025.03.024
PMID:40174856
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综述 | 本文回顾了男性生殖道（MRT）发育的遗传和基因组分析，强调了单细胞测序带来的新发现 | 利用单细胞测序技术发现了MRT发育中的新细胞类型和细胞过程，并系统回顾了与MRT发育相关的表型术语和基因 | 小鼠数据与人类数据在表型术语和基因关联上存在差异，需要进一步的知识协调 | 理解MRT发育的遗传基础及其与成年后医疗结果的关系 | 男性生殖道发育相关的基因和细胞类型 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 涉及269个独特基因和35个表型术语 |
| 74 | 2025-06-13 |
Photo-Biomodulation of the Hippocampus Using Near-Infrared Laser to Enhance Cognitive Function in Mice
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202417380
PMID:40190133
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研究论文 | 研究使用近红外激光对小鼠海马进行光生物调节以增强认知功能的效果 | 首次展示了近红外激光光生物调节对小鼠认知功能的显著提升，并揭示了其与海马齿状回神经元活动和能量代谢的关联 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探索光生物调节作为一种非侵入性认知功能增强疗法的潜力 | 小鼠海马 | 神经科学 | 认知功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 行为学数据、电生理数据、分子生物学数据 | 多组小鼠（具体数量未明确说明） |
| 75 | 2025-06-13 |
Single-Cell Atlas Reveals Tumorigenic Profiles and Immune Dynamics of Adrenal Incidentalomas
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413493
PMID:40190189
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特征和免疫动态 | 首次在单细胞水平上分析了肾上腺偶发瘤的异质性，发现了与肿瘤发生相关的基因表达模式，并提出了潜在的生物标志物 | 研究样本量相对有限，且主要依赖公共数据集 | 探究肾上腺偶发瘤的肿瘤发生机制和免疫微环境特征 | 肾上腺偶发瘤，包括无功能肾上腺皮质腺瘤、Conn综合征和嗜铬细胞瘤 | 数字病理学 | 肾上腺肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 302,696个细胞 |
| 76 | 2025-06-13 |
Single-Cell Sequencing-Guided Annotation of Rare Tumor Cells for Deep Learning-Based Cytopathologic Diagnosis of Early Lung Cancer
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202416921
PMID:40231585
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研究论文 | 利用单细胞DNA测序指导罕见肿瘤细胞标注，开发基于深度学习的细胞病理学诊断模型用于早期肺癌诊断 | 首次使用单细胞DNA测序作为客观标准标注罕见脱落肿瘤细胞，构建无偏倚标注数据集，并开发高性能深度学习模型 | 模型在外部验证队列中的灵敏度仍有提升空间 | 提高支气管肺泡灌洗液细胞学检查对肺癌诊断的灵敏度 | 支气管肺泡灌洗液中的脱落肿瘤细胞和良性细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞DNA测序(scDNA-Seq) | DL(深度学习模型) | 细胞病理学图像 | 训练集: 580个ETCs和1106个良性细胞；发现队列: 156例；验证队列: 158例；外部验证队列: 141例 |
| 77 | 2025-06-13 |
Peripheral blood neutrophils contribute to Claudin18.2-specific CAR-T cell treatment resistance in advanced gastric cancer
2025-Jun, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03015-3
PMID:40246985
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research paper | 该研究探讨了中性粒细胞与淋巴细胞比值（NLR）在Claudin18.2特异性CAR-T细胞治疗晚期胃癌中的预后价值，并揭示了治疗抵抗的分子机制 | 首次发现循环中性粒细胞亚群（NE-3）与疾病进展相关，并揭示了其通过表达促肿瘤因子（如MMP-9）和IL-17信号通路富集促进治疗抵抗的机制 | 需要进一步验证和探索减轻中性粒细胞诱导的免疫抑制的策略 | 评估NLR在CAR-T细胞治疗晚期胃癌中的预后价值并阐明治疗抵抗的机制 | 接受CLDN18.2特异性CAR-T细胞治疗的晚期胃癌患者 | digital pathology | gastric cancer | single-cell RNA sequencing | NA | RNA-seq | NA |
| 78 | 2025-06-13 |
Single-cell profiling in ovarian germ cell and sex cord-stromal tumours
2025-Jun, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03012-6
PMID:40269311
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的肿瘤微环境 | 首次构建了卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的单细胞RNA测序蓝图，揭示了其免疫和基质景观 | 样本量较小，仅包含12个新鲜肿瘤样本 | 理解卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的免疫和基质微环境 | 卵巢生殖细胞肿瘤（OGCT）和性索间质肿瘤（SCST） | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 12个新鲜肿瘤样本（66,919个细胞），46个OGCT和66个SCST的CPS验证，32个批量RNA测序样本 |
| 79 | 2025-06-13 |
Microglial MS4A4A Protects against Epileptic Seizures in Alzheimer's Disease
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202417733
PMID:40349168
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研究论文 | 本文研究了阿尔茨海默病(AD)中与癫痫发作相关的基因MS4A4A的作用机制及其潜在治疗价值 | 首次发现MS4A4A基因缺失会加剧AD小鼠模型的癫痫发作，并阐明其通过调控小胶质细胞吞噬功能发挥保护作用的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化仍需进一步验证 | 探究AD中癫痫发作的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | AD相关基因MS4A4A及其在癫痫发作中的作用 | 神经科学 | 阿尔茨海默病/癫痫 | 单细胞测序/LNP递送技术 | Aβ驱动的AD小鼠模型 | 基因表达数据/行为学数据 | AD小鼠模型和癫痫患者脑组织样本 |
| 80 | 2025-06-13 |
Integrating Spatial and Single-Nucleus Transcriptomic Data to Assess the Effects of Intrauterine Hyperglycemia on Fetal Pancreatic Development
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202411126
PMID:40387171
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research paper | 该研究整合空间和单核转录组数据，评估子宫内高血糖对胎儿胰腺发育的影响 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示母体PGDM对胎儿胰腺细胞功能和细胞间通讯的具体影响 | 研究仅针对E16.5和E18.5两个时间点的胎儿胰腺，未覆盖更广泛的发育阶段 | 探究母体PGDM对胎儿胰腺发育的分子机制 | 胎儿胰腺（E16.5和E18.5阶段） | 生物医学 | 糖尿病 | 单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学（ST） | NA | 转录组数据、空间数据 | E16.5和E18.5阶段的胎儿胰腺样本 |