单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-04-26	M2 Macrophage-Derived Extracellular Vesicles Reprogram Immature Neutrophils into Anxa1hi Neutrophils to Enhance Inflamed Bone Regeneration 2025-Apr-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416159 PMID:40277454	研究论文	本研究揭示了M2巨噬细胞来源的细胞外囊泡（M2-EVs）在减轻牙周炎引起的骨丢失中的关键作用，并发现了一种具有促修复特性的Anxa1中性粒细胞亚群	发现了M2-EVs通过破坏中性粒细胞成熟轨迹，促进Anxa1修复亚群的分化，从而增强炎症骨再生的新机制	未明确M2-EVs对其他免疫细胞的影响及长期治疗效果	探究M2巨噬细胞与中性粒细胞的相互作用对炎症骨再生的影响	牙周炎模型中的M2巨噬细胞、中性粒细胞及其亚群	免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
162	2025-04-26	Mechanism of mitochondrial dysfunction on placental trophoblastic cells in intrahepatic cholestasis of pregnancy 2025-Apr-25, Journal of molecular histology IF:2.9Q3 DOI:10.1007/s10735-025-10427-1 PMID:40278950	研究论文	本研究探讨了妊娠期肝内胆汁淤积症(ICP)中胆汁酸诱导的胎盘滋养层细胞线粒体功能障碍的机制	揭示了NRF1/PGC-1α通路在ICP孕妇血清胆汁酸升高导致胎盘滋养层细胞线粒体损伤中的作用机制	研究主要基于细胞模型，需要进一步在动物模型或临床样本中验证	探究ICP中胆汁酸诱导线粒体功能障碍的机制，为ICP治疗提供精准靶点	人类胎盘组织和ICP细胞模型	生殖医学	妊娠期肝内胆汁淤积症	单细胞测序、荧光共聚焦显微镜、电子显微镜	ICP细胞模型	单细胞测序数据、显微镜图像数据	人类胎盘组织样本和建立的ICP细胞模型
163	2025-04-26	Association Between T2DM, TyG Index, Multiple Sclerosis, and Rheumatoid Arthritis: Insights into Potential Mechanisms 2025-Apr-25, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-04961-y PMID:40279037	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病（T2DM）和胰岛素抵抗（IR）指标TyG指数与自身免疫相关疾病（ARDs）之间的因果关系，并评估了免疫细胞的影响	首次通过综合Mendelian随机化分析和单细胞RNA测序技术，揭示了T2DM和TyG指数与多发性硬化症（MS）和类风湿性关节炎（RA）的因果关联，并发现特定免疫细胞和基因位点在其中的作用	研究依赖于GWAS汇总数据，可能受到混杂因素的影响，且需要进一步实验验证发现的分子机制	探索T2DM和IR指标与自身免疫疾病之间的因果关系及其潜在机制	2型糖尿病（T2DM）、TyG指数、多发性硬化症（MS）、类风湿性关节炎（RA）和免疫细胞	遗传流行病学	多发性硬化症, 类风湿性关节炎, 2型糖尿病	Mendelian随机化分析, 贝叶斯共定位分析, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组关联研究（GWAS）数据, 单细胞RNA测序数据	NA
164	2025-04-26	m2ST: Dual Multi-Scale Graph Clustering for Spatially Resolved Transcriptomics 2025-Apr-24, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf221 PMID:40272889	research paper	提出了一种名为m2ST的双重多尺度图聚类方法，用于空间转录组数据的空间聚类分析	引入多尺度掩码图自编码器提取不同尺度的表示，采用随机掩码机制和缩放余弦误差作为损失函数，并提出定制化的多尺度聚类框架	未明确提及具体局限性，但暗示传统单尺度分析方法可能限制特征判别力	提高空间转录组数据空间域注释的准确性	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	图神经网络（GNN）、自编码器	空间转录组数据	多个空间转录组数据集（未明确数量）
165	2025-04-26	Effects of Bacterial Infections under Heatwaves on Chinese Soft-Shelled Turtles and Their Single-Cell Transcriptomic Landscapes 2025-Apr-24, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.4c09111 PMID:40274607	研究论文	本研究探讨了细菌感染和热浪双重胁迫对中华鳖的影响，通过单细胞转录组、行为和生理指标的综合分析	首次整合单细胞转录组、行为和生理指标，研究中华鳖在细菌感染和热浪双重胁迫下的免疫反应	研究仅针对中华鳖，结果可能不适用于其他物种	探究细菌感染和热浪双重胁迫对中华鳖的影响	中华鳖	生态学与免疫学	细菌感染	单细胞转录组测序	NA	转录组数据、行为数据、生理指标数据	四组中华鳖（基于恒温28°C和热浪暴露，以及是否感染细菌）
166	2025-04-26	Comprehensive analysis of breast cancer oxidative stress related gene signature: a combination of bulk and single-cell RNA sequencing analysis 2025-Apr-24, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10130-2 PMID:40274661	研究论文	本研究通过结合大量和单细胞RNA测序分析，开发了一个基于氧化应激相关基因的预后基因特征，用于评估乳腺癌患者的预后和免疫状态	结合大量和单细胞RNA测序分析，开发了氧化应激相关评分模型，并识别了转录因子TFAP2B作为高OSRS细胞的关键调控因子	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	开发一个基于氧化应激相关基因的预后基因特征，评估乳腺癌患者的预后和免疫状态	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	Lasso回归, 多变量Cox回归	RNA-seq数据, 临床信息	NA
167	2025-04-26	InSituCor: exploring spatially correlated genes conditional on the cell type landscape 2025-Apr-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03554-1 PMID:40275395	研究论文	介绍了一个名为InSituCor的工具包，用于发现空间转录组数据中与细胞类型景观无关的空间相关基因模块	InSituCor能够排除已知因素（如细胞类型分布）的影响，专注于发现更有意义的基因空间相关性	NA	探索空间转录组数据中基因的空间相关性，揭示细胞间相互作用和潜在变量	空间转录组数据中的基因模块	空间转录组学	NA	空间转录组技术	NA	空间转录组数据	NA
168	2025-04-26	Nuclear IL-1α Triggers Pyroptosis in Porcine Intramuscular Preadipocytes 2025-Apr-24, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.5c00112 PMID:40275457	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序发现猪肌内脂肪中的脂肪祖细胞在成脂分化过程中高表达炎症基因IL-1α，并揭示了核IL-1α通过IRF2-NOCT-ROS途径促进猪肌内脂肪细胞焦亡的新机制	首次揭示了核IL-1α在焦亡调控中的新功能及其通过IRF2-NOCT-ROS信号通路的作用机制	研究仅针对猪肌内脂肪细胞，未在其他物种或组织类型中验证该机制	探究核IL-1α在猪肌内脂肪细胞中的功能及其调控机制	猪肌内脂肪前体细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量（猪肌内脂肪组织）
169	2025-04-26	Single-cell RNA sequencing revealed the immunophenotypic features of macrophages in cardiac transplants and uncovered Lgals9 promoted their polarization toward the M2b subtype 2025-Apr-23, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf009 PMID:39835675	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了心脏移植中巨噬细胞的免疫表型特征，并发现Lgals9促进其向M2b亚型极化	发现了一种新的巨噬细胞亚群'Myoz2+ MAC'，并揭示了Lgals9在巨噬细胞极化中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索心脏移植中巨噬细胞的基因组特征及其在移植排斥反应中的作用	小鼠心脏移植模型中的巨噬细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blotting, 流式细胞术, ELISA	小鼠心脏移植模型	RNA测序数据, 蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，使用小鼠心脏移植模型
170	2025-04-26	Histone HIST1 genes and tumor-infiltrating lymphocytes in a child with γδ T cell acute lymphoblastic leukemia by single-cell sequencing 2025-Apr-23, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf022 PMID:39973604	研究论文	通过单细胞测序技术研究了一名儿童γδ T细胞急性淋巴细胞白血病（γδ T-ALL）患者中组蛋白HIST1基因与肿瘤浸润淋巴细胞的关系	首次揭示了组蛋白HIST1基因与γδ T-ALL之间的联系，并识别了γδ T细胞在对抗这种白血病中的潜在效应功能	研究仅基于单个病例，样本量有限	探索γδ T-ALL的生物学特征及潜在治疗策略	一名接受诱导化疗、强化治疗及单倍体相合造血干细胞移植的γδ T-ALL儿童患者	单细胞测序	急性淋巴细胞白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1名患者
171	2025-04-26	Protocol for preparing fresh frozen soybean tissues for spatial transcriptomics 2025-Apr-23, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103790 PMID:40272979	研究论文	本文提出了一种制备新鲜冷冻大豆组织用于空间转录组学的协议	解决了植物组织在空间转录组学应用中因组织制备问题而面临的挑战	NA	开发适用于植物组织的空间转录组学样本制备方法	大豆组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
172	2025-04-26	Resolving the spatial organization of fetal liver hematopoiesis by SeekSpace 2025-Apr-22, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00234-0 PMID:40261503	研究论文	本研究利用SeekSpace高分辨率单核空间转录组平台，绘制了胚胎13.5天胎儿肝脏中造血干细胞和多能祖细胞（HSC/MPPs）及其下游受限祖细胞（RPs）的空间分布图	首次构建了胎儿肝脏造血的单细胞空间转录组图谱，揭示了HSC/MPPs和RPs在胎儿肝脏中的活跃扩张过程及其与成人骨髓中的行为差异	研究仅针对胚胎13.5天的胎儿肝脏，未涵盖其他发育阶段	解析胎儿肝脏造血过程中不同造血祖细胞群体的空间组织	胎儿肝脏中的造血干细胞、多能祖细胞及其下游受限祖细胞	空间转录组学	NA	SeekSpace高分辨率单核空间转录组平台	NA	空间转录组数据	胚胎13.5天的胎儿肝脏样本
173	2025-04-26	Mutual Regulation of Cardiovascular and Hematopoietic Development 2025-Apr-22, Current cardiology reports IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s11886-025-02236-5 PMID:40261519	综述	探讨心血管和造血系统在发育过程中的相互调控关系，特别是心内膜造血作用的进化保守性及其在心脏发育和巨噬细胞形成中的重要性	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示心内膜细胞具有独立于已知造血器官的内在造血程序，并阐明这些心源性巨噬细胞对心脏形态发生的独特贡献	NA	阐明心内膜造血作用的进化保守性及其在心脏发育和稳态中的关键作用	心血管系统和造血系统的发育调控机制	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
174	2025-04-26	High-resolution single-cell RNA-seq data and heterogeneity analysis of human ESCs and ffEPSCs 2025-Apr-22, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05024-6 PMID:40263373	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术对无饲养层扩展多能干细胞(ffEPSCs)及其亲本人胚胎干细胞(ESCs)进行了全面的转录组分析，揭示了人类早期发育和多能性细胞异质性的新见解	利用Smart-seq2单细胞RNA测序技术比较了ESCs和ffEPSCs的基因表达谱，发现了两个群体中不同的亚群，并通过伪时间分析揭示了从ESCs到ffEPSCs转变过程中的关键分子通路	NA	理解人类早期发育和多能性细胞的异质性	无饲养层扩展多能干细胞(ffEPSCs)和人胚胎干细胞(ESCs)	stem cell biology	NA	Smart-seq2-based single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), pseudotime analysis, repeat sequence analysis	NA	single-cell RNA-seq data	NA
175	2025-04-26	Detection of viral sequences at single-cell resolution identifies novel viruses associated with host gene expression changes 2025-Apr-22, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-025-02614-y PMID:40263451	研究论文	本文介绍了一种基于高度保守的RdRP蛋白的方法，用于在批量及单细胞转录组数据中准确快速地检测病毒序列	该方法能够在单细胞分辨率下并行分析病毒存在和宿主基因表达，从而表征宿主病毒组并识别病毒趋向性和宿主反应	现有方法依赖于参考基因组或无法通过细胞条形码追踪保持单细胞分辨率	病毒多样性监测及病毒与疾病相关性研究	恒河猴外周血单核细胞数据中的埃博拉病毒病相关病毒	生物信息学	埃博拉病毒病	高通量测序	NA	转录组数据	恒河猴外周血单核细胞数据
176	2025-04-26	Multi-omics analysis constructs a novel neuroendocrine prostate cancer classifier and classification system 2025-Apr-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-96683-3 PMID:40263498	研究论文	本研究通过多组学分析和机器学习算法构建了一种新型神经内分泌前列腺癌分类器和分类系统	结合多组学数据和机器学习算法，首次构建了NEP100模型，能够有效诊断和分型神经内分泌前列腺癌，并揭示了四种具有独特生物学特征的亚型	样本量相对有限，特别是空间转录组学数据仅包含1个样本	开发准确的神经内分泌前列腺癌诊断和分型工具	神经内分泌前列腺癌(NEPC)	数字病理学	前列腺癌	多组学分析(包括批量转录组学、单细胞转录组学、空间转录组学)	随机森林(RF)	转录组数据	70个样本(包含196,309个细胞)，其中9%被鉴定为神经内分泌细胞
177	2025-04-26	Sleep deprivation impacts the immunological milieu of epididymis leading to low sperm quality in rats 2025-Apr-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08091-y PMID:40263515	研究论文	本研究探讨了睡眠剥夺如何通过影响附睾的免疫微环境导致大鼠精子质量下降	首次揭示了睡眠剥夺通过改变附睾的转录组和免疫微环境影响精子质量的机制	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索睡眠剥夺导致男性生殖功能障碍的潜在机制	10周龄雄性Sprague-Dawley大鼠	生殖医学	男性不育症	孟德尔随机化分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	动物模型	RNA测序数据、组织学数据	未明确说明大鼠数量，但涉及对照组和实验组
178	2025-04-26	Potential application of the bulk RNA sequencing in routine MPN clinics 2025-Apr-22, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13947-x PMID:40264064	研究论文	探讨批量RNA测序在骨髓增生性肿瘤(MPN)常规临床中的潜在应用	提出批量RNA测序作为单细胞RNA测序和质谱流式细胞术的高成本替代方案，用于评估MPN患者的基因突变和免疫状态	未提及样本量是否足够大以支持广泛临床应用	评估批量RNA测序在MPN临床诊断和治疗决策中的实用价值	未经治疗的真性红细胞增多症(PV)、原发性血小板增多症(ET)和原发性骨髓纤维化(PMF)患者的外周血和骨髓样本	数字病理学	骨髓增生性肿瘤	RNA测序(RNA-Seq), 生物信息学分析	NA	RNA测序数据, 微阵列数据	未明确说明样本数量，但包括来自GSE26049和GSE2191数据集的数据
179	2025-04-26	Identifying PSIP1 as a critical R-loop regulator in osteosarcoma via machine-learning and multi-omics analysis 2025-Apr-22, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03775-1 PMID:40264164	研究论文	本研究通过机器学习和多组学分析，识别了PSIP1作为骨肉瘤中R-loop的关键调控因子	首次构建了R-loop基因预后评分模型（RGPSM），并通过实验验证了PSIP1在骨肉瘤进展中的关键作用	研究主要基于RNA-seq和scRNA-seq数据，可能未涵盖所有潜在的R-loop调控机制	探究R-loop在骨肉瘤（OS）发展中的作用及其与肿瘤免疫微环境（TME）的关系	骨肉瘤患者及其相关基因表达数据	机器学习	骨肉瘤	RNA-seq, scRNA-seq	RGPSM	基因表达数据	多个骨肉瘤患者队列的RNA-seq和scRNA-seq数据集
180	2025-04-26	Single-cell and spatial transcriptomics reveal the pathogenesis of chronic granulomatous disease in a natural model 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115612 PMID:40272982	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学揭示了慢性肉芽肿病(CGD)在自然模型中的发病机制	建立了通过环境控制形成的自然CGD模型，阐明了肉芽肿形成的机制，并开发了有效的治疗干预措施	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	揭示慢性肉芽肿病的发病机制并开发治疗干预措施	Ncf2基因缺陷小鼠模型	数字病理学	慢性肉芽肿病	单细胞转录组学, 空间转录组学	小鼠疾病模型	转录组数据	Ncf2基因缺陷小鼠