单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-03-21	Marrying mechanics with spatial transcriptomics 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02491-4 PMID:40108447	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
62	2025-04-27	Elucidating the Role of Trem2 in Lipid Metabolism and Neuroinflammation 2025-Apr, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70338 PMID:40205810	研究论文	本研究探讨了Trem2在阿尔茨海默病（AD）中脂质代谢和神经炎症中的作用	揭示了Trem2通过调节星形胶质细胞的脂质代谢影响神经炎症的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明Trem2在AD中脂质代谢和神经炎症调节中的作用	阿尔茨海默病小鼠模型和星形胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组学、高通量代谢组学	AD小鼠模型	基因表达数据、代谢物数据	NA
63	2025-04-27	Expression Distribution of Keratins in Normal and Pathological Corneas and the Regulatory Role of Krt17 on Limbal Stem Cells 2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.4.55 PMID:40257786	研究论文	本研究比较了正常和病理条件下角蛋白（KRTs）的变化，特别是压力KRTs，重点研究了KRT17的作用	揭示了KRT17在调节角膜缘干细胞（LSCs）的干性、增殖和分化以及免疫和防御反应中的作用	研究主要基于小鼠和人类角膜上皮细胞，可能不完全适用于其他物种或组织	探究KRTs在角膜上皮稳态和病理调节中的作用，特别是KRT17的功能	正常和病理角膜、小鼠角膜、人类角膜缘上皮细胞（HLECs）	分子生物学	角膜疾病	mRNA测序、蛋白质组测序、单细胞测序、qPCR、免疫荧光染色、中性粒细胞趋化实验、单纯疱疹病毒1感染实验	NA	mRNA数据、蛋白质数据、单细胞数据	未明确说明样本数量，涉及正常和病理角膜、小鼠角膜、HLECs
64	2025-04-27	Microglia-Derived IL-6 Promotes Müller Glia Reprogramming and Proliferation in Zebrafish Retina Regeneration 2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.4.67 PMID:40266594	研究论文	本研究探讨了斑马鱼视网膜再生中微胶质细胞来源的IL-6对Müller胶质细胞重编程和增殖的促进作用	揭示了IL-6在斑马鱼视网膜再生中的关键作用及其通过Jak1-Stat3信号通路调控Müller胶质细胞状态转变和增殖的机制	研究结果主要基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性尚需进一步验证	探索斑马鱼视网膜再生中Stat3激活细胞因子IL-6的表达和功能	斑马鱼视网膜中的微胶质细胞和Müller胶质细胞	神经再生	视网膜损伤	单细胞RNA测序(scRNAseq)、PCR、EdU标记、谱系追踪和免疫染色	斑马鱼视网膜损伤模型	基因表达数据、细胞增殖数据	未明确说明样本数量，使用转基因斑马鱼和药物处理样本
65	2025-04-27	Angiogenesis and targeted therapy in the tumour microenvironment: From basic to clinical practice 2025-Apr, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70313 PMID:40268524	综述	本文系统回顾了肿瘤微环境中血管生成的病理生理学研究进展，以及靶向血管生成治疗策略的最新进展	从单细胞角度阐述内皮细胞的异质性，并探讨了抗血管生成免疫治疗和纳米技术在抗血管生成治疗中的应用	未提及具体研究样本量或实验设计的局限性	探讨肿瘤微环境中血管生成的作用及靶向治疗策略	肿瘤内皮细胞及其与周围细胞的相互作用	肿瘤学	癌症	单细胞测序技术	NA	NA	NA
66	2025-04-27	Stromal Stiffness-Regulated IGF2BP2 in Pancreatic Cancer Drives Immune Evasion via Sphingomyelin Metabolism 2025-Mar-28, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.03.019 PMID:40158738	research paper	该研究探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中m6A修饰与免疫逃逸的关联及机制，并提出了临床干预策略	首次揭示了基质硬度调控的IGF2BP2通过鞘磷脂代谢促进PDAC免疫逃逸的机制，并提出了非侵入性筛查方法和潜在免疫治疗靶点	研究主要基于PDAC模型，结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	阐明m6A修饰与PDAC免疫逃逸的关联机制并开发免疫治疗策略	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本和模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	转录组分析、成像质谱流式、m6A定量、MeRIP、RIP、RNA pull-down、scRNA-seq、流式细胞术、mIHC	PDAC类器官、患者来源组织片段、人源化小鼠模型	转录组数据、蛋白质组数据、影像数据	122名PDAC患者的多模态队列，并在6个独立PDAC队列中验证
67	2025-04-27	Temporal dynamics of immune cell transcriptomics in brain metastasis progression influenced by gut microbiome dysbiosis 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115356 PMID:40023843	research paper	研究肠道微生物失调如何通过调节免疫反应动态影响脑转移的进展	揭示了肠道微生物组多样性作为脑转移调节因子的作用，并展示了单细胞测序揭示的免疫景观动态变化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨肠道微生物组在脑转移进展中对免疫反应动态的调控作用	脑转移（BrMet）模型小鼠及其免疫细胞	digital pathology	brain metastasis	single-cell sequencing	NA	transcriptomics data	小鼠模型（具体数量未明确说明）
68	2025-04-27	Transcriptional signatures of hippocampal tau pathology in primary age-related tauopathy and Alzheimer's disease 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115422 PMID:40085647	研究论文	研究原发性年龄相关tau蛋白病（PART）和阿尔茨海默病（AD）中海马tau病理的转录特征	使用GeoMx空间转录组学技术，首次在PART和AD中量化了有和无tau病理的神经元中的mRNA，揭示了两种与神经元内tau相关的转录特征	研究仅关注海马区域的tau病理，未涉及其他脑区	探究PART和AD中tau病理的分子机制及转录相似性	海马神经元	神经科学	阿尔茨海默病	GeoMx空间转录组学	NA	mRNA表达数据	未明确说明样本数量
69	2025-04-27	New insights on extramedullary granulopoiesis and neutrophil heterogeneity in the spleen and its importance in disease 2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae220 PMID:39514106	综述	本文综述了脾脏中髓外粒细胞生成和中性粒细胞异质性的新见解及其在疾病中的重要性	利用现代转录组学和新成像技术揭示了中性粒细胞在器官内的显著异质性及其复杂的生物学功能，挑战了传统中性粒细胞作为简单杀伤细胞的观念	NA	探讨脾脏微环境如何调控脾脏粒细胞生成及其在感染、炎症和肿瘤中的作用	脾脏中的中性粒细胞及其生成过程	免疫学	炎症性疾病, 肿瘤	单细胞RNA测序, 现代成像技术	NA	转录组数据, 影像数据	NA
70	2025-04-27	Phylogenomic workflow for uncultivable microbial eukaryotes using single-cell RNA sequencing - A case study with planktonic ciliates (Ciliophora, Oligotrichea) 2025-Mar, Molecular phylogenetics and evolution IF:3.6Q2 DOI:10.1016/j.ympev.2024.108239 PMID:39551225	研究论文	本文开发了一种基于单细胞RNA测序的系统基因组工作流程，用于研究不可培养的微生物真核生物，并以浮游纤毛虫为例进行了验证	开发了一个整合从细胞分离到数据整理和物种树推断所有关键步骤的系统基因组工作流程，并评估了单拷贝和多拷贝基因在系统基因组分析中的应用	需要生物信息学专业知识和计算能力，且数据中可能包含非目标序列（如共生体、猎物）	开发并验证一种适用于不可培养微生物真核生物的系统基因组工作流程	浮游纤毛虫（Ciliophora, Oligotrichea）	基因组学	NA	单细胞RNA测序	Asteroid	转录组数据	39个转录组（11个公开可用，28个新生成）
71	2025-04-27	All the single cells: Single-cell transcriptomics/epigenomics experimental design and analysis considerations for glial biologists 2025-Mar, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24633 PMID:39558887	review	本文为胶质细胞生物学家提供了单细胞RNA-seq数据集的实验设计和分析入门指南	专注于胶质细胞生物学的单细胞转录组学和表观基因组学实验设计与分析决策点	主要针对胶质细胞生物学领域，可能不适用于其他细胞类型的研究	促进对单细胞组学数据决策的理解，增强生物学家解释和批判工作的能力	胶质细胞及其在神经疾病中的变化	生物信息学	神经疾病	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组和表观基因组数据	NA
72	2025-04-27	EfficientNet-resDDSC: A Hybrid Deep Learning Model Integrating Residual Blocks and Dilated Convolutions for Inferring Gene Causality in Single-Cell Data 2025-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00667-2 PMID:39578307	研究论文	提出了一种名为EfficientNet-resDDSC的混合深度学习模型，用于从单细胞数据中推断基因间的因果关系	结合了残差块和扩张卷积，增强了模型在初级阶段的低层次特征提取能力，并通过深度可分离卷积和扩张卷积在不增加计算量的情况下扩大了模型的感受野	NA	构建基因调控网络（GRNs），准确揭示基因间的因果关系	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的基因	机器学习	乳腺癌	scRNA-seq	EfficientNet-resDDSC（结合残差块和扩张卷积的深度学习模型）	单细胞RNA测序数据	四个数据集
73	2025-04-27	Single-Cell RNA Sequencing to Guide Autologous Preterm Cord Mesenchymal Stromal Cell Therapy 2025-Mar, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202403-0569OC PMID:39586004	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术评估了脐带间充质干细胞（UC-MSCs）在治疗早产儿支气管肺发育不良（BPD）中的潜力	首次通过单细胞RNA测序比较了不同来源（足月、早产及妊娠并发症）UC-MSCs的转录组特征及其在BPD模型中的治疗效果差异	样本量较小（5例足月供体+16例早产供体），且仅使用公开数据进行肺部细胞互作网络分析	评估妊娠并发症是否影响UC-MSCs对BPD的治疗潜力	脐带间充质干细胞（UC-MSCs）与新生儿真皮成纤维细胞	数字病理	肺病/支气管肺发育不良	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	5例足月供体+16例早产供体的UC-MSCs，以及人类新生儿真皮成纤维细胞对照
74	2025-04-27	Analysis of human neutrophils from nasal polyps by single-cell RNA sequencing reveals roles of neutrophils in chronic rhinosinusitis 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.032 PMID:39522652	research paper	通过单细胞RNA测序分析鼻息肉中的人类中性粒细胞，揭示了中性粒细胞在慢性鼻窦炎中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了鼻息肉组织中中性粒细胞的异质性及其在慢性鼻窦炎中的潜在致病作用	样本量较小（5例对照鼻窦组织、5例鼻息肉组织及匹配的外周血样本），可能影响结果的普遍性	揭示中性粒细胞在鼻息肉组织中的作用和异质性	人类中性粒细胞	digital pathology	chronic rhinosinusitis	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq	5例对照鼻窦组织、5例鼻息肉组织及匹配的外周血样本
75	2025-04-27	Profiling immune cell tissue niches in the spatial -omics era 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.001 PMID:39522655	review	本文综述了高通量空间组学技术在免疫细胞组织微环境研究中的应用及其新见解	提出了一个三步框架来定义和表征免疫微环境，并总结了空间解析方法在适应性免疫库和淋巴细胞克隆扩增分析中的应用	免疫微环境的定义标准存在不一致性	研究免疫细胞在组织中的空间分布及其功能意义	免疫细胞及其组织微环境	translational immunology	NA	spatial transcriptomics	NA	spatial -omics data	NA
76	2025-04-27	Melatonin treatment increases skin microbiota-derived propionic acid to alleviate atopic dermatitis 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.019 PMID:39579877	research paper	研究揭示了褪黑激素通过调节皮肤微生物群及其代谢产物丙酸来缓解特应性皮炎（AD）的机制	首次发现褪黑激素通过皮肤微生物群/丙酸/GPR43/FABP5轴缓解AD，揭示了褪黑激素作为皮肤微生物群调节剂的新角色	研究主要基于小鼠模型和HaCaT细胞，人类临床验证尚待进行	探究褪黑激素治疗通过改变皮肤微生物群组成缓解AD的机制	特应性皮炎（AD）小鼠模型和HaCaT细胞	皮肤微生物组学	特应性皮炎	16S-rRNA测序、皮肤微生物移植、短链脂肪酸定量检测、转录组和单细胞测序分析、定量RT-PCR、Western blotting、Cell Counting Kit-8检测	小鼠AD模型	微生物组数据、转录组数据、单细胞测序数据、蛋白质表达数据	AD小鼠模型和HaCaT细胞系
77	2025-04-27	Aged hippocampal single-cell atlas screening unveils disrupted neuroglial system in postoperative cognitive impairment 2025-Mar, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14406 PMID:39540334	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了老年小鼠海马神经胶质系统在术后认知障碍中的失调机制及其潜在治疗靶点	首次构建老年海马单细胞图谱，揭示了术后认知障碍中神经胶质系统紊乱的多细胞机制及右美托咪定的治疗潜力	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	阐明术后认知障碍中神经胶质相互作用的调控机制及潜在治疗靶点	老年小鼠海马神经胶质系统（神经元、小胶质细胞、星形胶质细胞和少突胶质细胞）	神经科学	术后认知障碍	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	老年小鼠海马组织样本（具体数量未说明）
78	2025-04-27	Alterations in PD-L1 succinylation shape anti-tumor immune responses in melanoma 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02077-6 PMID:40069506	研究论文	本研究探讨了线粒体代谢在肿瘤免疫中的作用，特别是琥珀酰辅酶A与黑色素瘤中抗PD-1疗法疗效的关系	揭示了琥珀酰辅酶A通过PD-L1的琥珀酰化修饰影响抗肿瘤免疫反应的新机制，并发现CPT1A作为PD-L1的琥珀酰转移酶	研究主要聚焦于黑色素瘤，其他类型肿瘤的适用性尚不明确	探究线粒体代谢物对肿瘤免疫反应的影响机制	黑色素瘤患者样本和体外/体内模型	肿瘤免疫学	黑色素瘤	空间转录组学、批量转录组学、蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明患者样本数量
79	2025-04-27	Investigating biological nitrogen fixation via single-cell transcriptomics 2025-Feb-25, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/erae454 PMID:39563004	综述	本文综述了单细胞转录组学在研究根瘤共生分子机制中的应用及关键发现	利用单细胞转录组学揭示了根瘤共生过程中的保守转录程序和新基因，为工程化非豆科作物提供了新见解	NA	探索可持续替代氮肥的途径，特别是通过工程化根瘤共生过程	豆科植物（如Medicago truncatula、Lotus japonicus和Glycine max）的根瘤共生过程	植物分子生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
80	2025-04-27	Chronic inflammation deters natural killer cell fitness and cytotoxicity in myeloid leukemia 2025-Feb-25, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014592 PMID:39571169	research paper	该研究探讨了慢性炎症如何影响自然杀伤细胞（NK细胞）在髓系白血病中的适应性和细胞毒性	揭示了TNFα诱导的炎症信号在抑制NK细胞功能中的关键作用，并提出了通过靶向Cish或TNFα来恢复NK细胞功能的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本数量有限，需要进一步验证	研究髓系白血病微环境对NK细胞功能的影响及其机制	NK细胞在髓系白血病中的功能变化	免疫学	慢性髓系白血病（CML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	嵌合BCR::ABL1+ CML小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和来自健康供体及未治疗CML患者的血浆样本