单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12361	2024-08-05	Comprehensive RNA analysis of CSF reveals a role for CEACAM6 in lung cancer leptomeningeal metastases 2021-Oct-08, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-021-00228-6 PMID:34625644	研究论文	本研究综合使用单细胞RNA测序和游离RNA分析，揭示了CEACAM6在肺癌脑膜转移中的作用。	将单细胞RNA-seq与cfRNA分析结合，为NSCLC脑膜转移的诊断和机制提供了新的视角。	由于CSF中的癌细胞数量稀少，样本量有限，难以全面代表所有患者情况。	研究CEACAM6在肺癌脑膜转移中的作用及其基因表达特征。	怀疑有脑膜转移的非小细胞肺癌患者的脑脊液样本。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA-seq，qPCR	NA	细胞学，RNA数据	总共21个样本（14个脑膜转移患者，7个非肿瘤对照）
12362	2024-08-05	Single-cell insights into the hematopoietic generation of T-lymphocyte precursors in mouse and human 2021-03, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2020.12.005 PMID:33454362	评论	该文章综述了小鼠和人类早期T细胞祖细胞的单细胞转录组研究	文章揭示了小鼠和人类之间在T细胞发育中的核心程序和物种间的变异	研究主要集中于胎儿和严格纯化的后天样本，可能缺乏其他发育阶段的全面性	旨在探讨T细胞潜能的分子要求及其早期发展	研究对象为小鼠和人类的早期T细胞祖细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	涉及小鼠和人类的胎儿及后天严格纯化的样本
12363	2024-08-05	No detectable alloreactive transcriptional responses under standard sample preparation conditions during donor-multiplexed single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells 2021-01-20, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-020-00941-x PMID:33472616	研究论文	这篇文章探讨在标准样本制备条件下，混合来自无关供体的外周血单核细胞是否会引起可检测的异体反应。	首次评估在标准scRNA-seq样本制备条件下，混合外周血单核细胞是否导致显著的基因表达变化。	未考虑在其他样本制备条件下的潜在异体反应。	确定在单细胞RNA测序中的样本混合是否引起异体反应。	外周血单核细胞（PBMCs）来自无关供体。	数字病理学	NA	10x Genomics scRNA-seq	NA	基因表达数据	一个供体的PBMCs，与无关供体的PBMCs混合
12364	2024-08-05	ZipSeq: barcoding for real-time mapping of single cell transcriptomes 2020-08, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-020-0880-2 PMID:32632238	研究论文	本文提出了一种名为‘ZipSeq’的方法，用于在活组织中实时映射单细胞转录组。	创新点在于使用图案照明和光封闭的寡核苷酸即时为活细胞打印条形码，解决了细胞位置与转录组关联的局限性。	目前方法在实时定位细胞转录组方面存在不同的局限性。	本研究旨在提高细胞转录组数据与细胞在三维空间中位置的整合能力。	研究对象包括体外创伤愈合、活淋巴结切片和活肿瘤微环境中的细胞。	数字病理学	肿瘤	光照和光封闭的寡核苷酸	NA	基因表达数据	在各种设置中发现新的基因表达模式，具体样本数量未提及
12365	2024-08-05	Building a Human Thymus: A Pointillist View 2019-11-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.10.003 PMID:31747579	研究论文	本文利用单细胞RNA测序分析稀有样本，探讨人类胎儿早期的胸腺基质细胞类型及其相关的T淋巴细胞发展	阐明了早期人类胎儿中胸腺基质细胞类型和T淋巴细胞的发育过程	样本稀有，可能限制结果的普遍适用性	研究胸腺基质细胞的来源及早期T淋巴细胞的形成	早期人类胎儿的胸腺相关细胞	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	稀有样本
12366	2024-08-04	Thrombopoietin mimetic stimulates bone marrow vascular and stromal niches to mitigate acute radiation syndrome 2024-Feb-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3946910/v1 PMID:38463959	研究论文	本研究探讨了TPOm如何刺激骨髓血管和基质生态位，以减轻急性辐射综合症（ARS）	揭示了TPOm对促进骨髓内造血干细胞（HSPCs）再生的作用，及其影响骨髓血管和基质生态位的机制	研究主要基于小鼠模型，结果在临床应用中的有效性尚需进一步验证	研究TPOm在急性辐射综合症（ARS）中的疗效和机制	以小鼠作为模型研究对象	数字病理	急性辐射综合症	RNA-seq	NA	组织学、流式细胞术、单细胞RNA测序	C57BL/6J小鼠（9-14周龄），样本数量未明确说明
12367	2024-08-05	Intrahepatic IgA complex induces polarization of cancer-associated fibroblasts to matrix phenotypes in the tumor microenvironment of HCC 2024-Feb-15, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000772 PMID:38466639	研究论文	本研究揭示了IgA复合物对肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中癌相关成纤维细胞（CAFs）的影响	首次阐明了肝内IgA如何诱导HCC-CAFs朝向更恶性基质表型极化	本研究的样本量相对较小，仅分析了50个HCC样本	探讨IgA复合物在HCC肿瘤微环境中对CAFs的作用	从HCC样本中分离的癌相关成纤维细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	生物样本	50个HCC样本
12368	2024-08-04	Single-cell sequencing of the retina shows that LDHA regulates pathogenesis of autoimmune uveitis 2024-02, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2023.103160 PMID:38160538	研究论文	本文研究了LDHA在自身免疫性葡萄膜炎中对病理发生的调节作用	研究发现LDHA的抑制可以恢复炎症下T效应细胞和T调节细胞的不平衡，并揭示了其在自身免疫性葡萄膜炎中的作用机制	未提及具体的临床数据或者长期观察结果	旨在揭示自身免疫性葡萄膜炎中视网膜损伤的细胞动态和致病机制	实验自身免疫性葡萄膜炎小鼠及葡萄膜炎患者外周血单核细胞	数字病理学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	实验中使用了自身免疫性葡萄膜炎小鼠和人类患者的样本
12369	2024-08-05	Single-cell transcriptomic profiling reveals a pathogenic role of cytotoxic CD4+ T cells in giant cell arteritis 2024-01, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2023.103124 PMID:37952293	研究论文	本研究揭示了细胞毒性CD4+ T细胞在巨细胞动脉炎中的致病作用	通过单细胞RNA测序和T细胞受体谱分析深入探讨了CD4 T细胞在巨细胞动脉炎中的作用	研究可能受到样本大小限制，仅包括八名巨细胞动脉炎患者和八名健康对照	进一步阐明CD4 T细胞在巨细胞动脉炎中的角色	114,799个循环CD4 T细胞来源于活动性和缓解期的巨细胞动脉炎患者与健康对照	数字病理学	巨细胞动脉炎	单细胞RNA测序和T细胞受体谱分析	NA	细胞数据	114,799个CD4 T细胞，来自8名巨细胞动脉炎患者和8名健康对照
12370	2024-08-04	Single-cell transcriptomics uncovers a non-autonomous Tbx1-dependent genetic program controlling cardiac neural crest cell development 2023-03-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37015-9 PMID:36941249	研究论文	这篇文章揭示了一个非自主的Tbx1依赖的基因程序，该程序控制心脏神经嵴细胞的发展	首次使用单细胞RNA测序揭示了心脏神经嵴细胞的动态转变及其在Tbx1缺失下的非自主变化	未提及研究的限制	探讨心脏神经嵴细胞在发育过程中的命运动态	对照小鼠胚胎和Tbx1失活小鼠的神经嵴细胞进行单细胞RNA测序	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	来自对照小鼠和Tbx1失活小鼠的神经嵴细胞
12371	2024-08-05	BOMA, a machine-learning framework for comparative gene expression analysis across brains and organoids 2023-02-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100409 PMID:36936070	研究论文	本研究提出了一种机器学习框架BOMA，用于比较大脑和类器官之间的基因表达分析	开发了一种全球对齐和局部细化的机器学习框架，能够揭示大脑和类器官间保护的和特定的发育轨迹	没有提到具体的局限性	旨在比较和分析大脑与类器官之间的基因表达差异	研究对象为人类大脑和人类类器官，以及非人灵长类动物的大脑	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用多个人类大脑和类器官的样本，具体数量未说明
12372	2024-08-05	Preparation of single cell suspensions enriched in mouse brain vascular cells for single-cell RNA sequencing 2021-09-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100715 PMID:34401781	研究论文	本文建立了用于小鼠大脑血管细胞的单细胞RNA测序的细胞分离程序	创新性在于提供了一种高效的细胞分离方法以获取高质量的脑血管细胞	未提及具体的实验条件和样本来源的限制	研究目标是改善脑血管细胞的分离与表征以进行转录组分析	研究对象为小鼠脑血管细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
12373	2024-08-05	Lentiviral vectors transduce lung stem cells without disrupting plasticity 2021-Sep-03, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2021.06.010 PMID:34458011	研究论文	本研究探讨了逆转录病毒载体在不影响气道干细胞功能的情况下转导肺干细胞。	该研究首次证明了逆转录病毒载体转导不会改变气道干细胞的可塑性与功能。	研究主要针对人类囊性纤维化和非囊性纤维化肺供者的细胞，可能不适用于其他类型的肺病。	探讨病毒载体转导或治疗转基因的异位表达是否会影响气道干细胞的功能。	研究对象为来自人类囊性纤维化和非囊性纤维化肺供者的初级气道基底细胞。	数字病理学	肺癌	逆转录病毒载体	NA	细胞文化	来自囊性纤维化和非囊性纤维化肺供者的初级气道基底细胞
12374	2024-08-05	Intratumoral injection of caerin 1.1 and 1.9 peptides increases the efficacy of vaccinated TC-1 tumor-bearing mice with PD-1 blockade by modulating macrophage heterogeneity and the activation of CD8+ T cells in the tumor microenvironment 2021, Clinical & translational immunology IF:4.6Q2 DOI:10.1002/cti2.1335 PMID:34429969	研究论文	本文展示了结合E7抗原特异性免疫疗法及IL-10和PD-1阻断剂，局部注射caerin 1.1/1.9肽能增强TC-1肿瘤微环境的免疫活性	首次展示了caerin 1.1/1.9肽在结合抗PD-1治疗下对肿瘤免疫细胞类型的影响	该研究未详细探讨不同剂量的caerin肽对免疫反应的影响	改善临床免疫疗法对肿瘤的响应	接种E7抗原的TC-1肿瘤小鼠	数字病理学	NA	流式细胞术、单细胞转录组学与蛋白质组学	NA	细胞, 蛋白质	受试者为接种E7抗原的TC-1肿瘤小鼠
12375	2024-08-05	Deciphering Müller cell heterogeneity signatures in diabetic retinopathy across species: an integrative single-cell analysis 2024-May-03, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-01847-y PMID:38698486	研究论文	本研究通过单细胞分析阐明了糖尿病视网膜病变中穆勒细胞的复杂特征	首次揭示了不同物种中穆勒细胞的异质性及其在糖尿病视网膜病变中的作用	未明确提到该研究的局限性	深入理解糖尿病视网膜病变中穆勒细胞的细胞机制	糖尿病视网膜病变中的穆勒细胞	数字病理学	糖尿病视网膜病变	scRNA-seq	NA	基因表达数据	使用了斯普拉吉-道利大鼠模型和人类患者的样本
12376	2024-08-04	A cuproptosis-related signature predicts prognosis and indicates cross-talk with immunocyte in ovarian cancer 2024-May-02, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-00981-7 PMID:38696071	研究论文	本文构建了一个新的与铜死亡相关的基因特征，具有良好的预后能力，以评估卵巢癌患者的结果	建立了与铜死亡相关的预后模型，并发现了其与免疫细胞的交互作用和化疗反应的关系	本研究主要依赖于TCGA和GEO数据库，可能存在数据偏差问题	研究铜死亡与卵巢癌进展之间的关系	卵巢癌患者的基因组数据和细胞实验	数字病理学	卵巢癌	RNA测序	LASSO-Cox回归模型	基因组数据	TCGA中583名卵巢癌患者和GEO中260名卵巢癌患者
12377	2024-08-05	Development of an Automated Morphometric Approach to Assess Vascular Outcomes following Exposure to Environmental Chemicals in Zebrafish 2024-May, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP13214 PMID:38701112	研究论文	本文开发了一种自动化形态度量方法来评估环境化学物质对血管的影响	提出了一个基于深度学习的定量框架ECA-ResXUnet，用于自动分割血管网和提取特征	对环境化学物质对血管的影响研究还不够全面	研究环境化学物质对血管形态的影响并开发评估方法	Tg(fli1a:eGFP)斑马鱼胚胎作为实验对象	数字病理学	NA	高含量成像平台和单细胞RNA测序	ECA-ResXUnet	图像	对150种环境化学物质处理的斑马鱼幼体进行了评估
12378	2024-08-04	AI identifies potent inducers of breast cancer stem cell differentiation based on adversarial learning from gene expression data 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae207 PMID:38701411	研究论文	本文利用基于转录组数据的人工智能方法识别强效的诱导乳腺癌干细胞分化的小分子。	创新之处在于采用对抗学习方法解决不同数据域的适应性问题，从而有效识别和消除域特定偏差。	实验验证仅在MDA-MB-231和MCF7细胞中进行，样本可能存在局限性。	研究旨在寻找能够诱导乳腺癌干细胞分化的小分子。	研究对象为乳腺癌干细胞及其分化过程中的小分子。	数字病理学	乳腺癌	RNA-Seq	深度神经网络	基因表达数据	六个小分子在MDA-MB-231和MCF7细胞中进行检验
12379	2024-08-05	scEWE: high-order element-wise weighted ensemble clustering for heterogeneity analysis of single-cell RNA-sequencing data 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae203 PMID:38701413	研究论文	提出了一种高阶元素加权集成聚类方法scEWE，以分析单细胞RNA测序数据中的异质性	开发了一个基于高阶元素加权策略的自我代表性集成学习框架，优化了对个体细胞的聚类权重分配	针对特定数据集的性能验证，可能不适用于所有类型的单细胞RNA-seq数据	提高单细胞RNA测序数据的异质性分析性能	单细胞RNA测序数据中的细胞	计算机视觉	NA	RNA-seq	集成学习	单细胞RNA-seq数据	NA
12380	2024-08-04	ProtoCell4P: an explainable prototype-based neural network for patient classification using single-cell RNA-seq 2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad493 PMID:37540223	研究论文	本文提出了一种名为ProtoCell4P的原型基础神经网络，用于基于单细胞RNA测序进行患者分类并提供可解释性	该模型通过利用细胞知识和细胞的代表（称为原型）来缓解样本稀缺和细胞数量多样性的问题，具备良好的可解释性	样本数量通常较小，单细胞表达轮廓较嘈杂，并且高维性可能限制了一些分析	旨在设计深度学习模型对患者表型进行精准分类	研究对象为通过单细胞RNA测序数据获得的患者样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	原型基础神经网络	单细胞表达数据	样本数量通常较小，具体数字未给出