单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10601	2024-08-05	TSEE: an elastic embedding method to visualize the dynamic gene expression patterns of time series single-cell RNA sequencing data 2019-Apr-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-5477-8 PMID:30967106	研究论文	提出了一种利用弹性嵌入方法可视化时间序列单细胞RNA测序数据的算法	开发了时间序列弹性嵌入(TSEE)算法，通过整合实验时间信息来增强对时间序列scRNA-seq数据的可视化	NA	旨在开发一种算法以可视化时间序列单细胞RNA测序数据	时间序列单细胞RNA测序数据，主要用于人类和斑马鱼的发育过程	数字病理学	NA	RNA-seq	弹性嵌入(EE)	时间序列数据	NA
10602	2024-08-05	Cerebral organoids at the air-liquid interface generate diverse nerve tracts with functional output 2019-04, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-019-0350-2 PMID:30886407	研究论文	本文探讨了大脑类器官在气液界面培养条件下的神经轨迹形成及其功能输出	通过气液界面培养，显著提高了神经元存活率和轴突生长，显示出不同的神经轨迹形态及功能	研究未提及样本数量的限制或长期功能观察	旨在改善对人脑发育和神经疾病的理解	研究对象为大脑类器官及其形成的神经网络	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	类器官模型	组织样本	NA
10603	2024-08-05	A diffusion-based microfluidic device for single-cell RNA-seq 2019-03-27, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c8lc00967h PMID:30815639	研究论文	本文介绍了一种基于扩散的微流体设备，用于单细胞RNA测序	提出的MID-RNA-seq设备通过扩散试剂交换方案简化了单细胞RNA测序的执行	NA	开发一个低输入、高效率的单细胞RNA测序平台	单细胞样本的转录组研究	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	NA	NA
10604	2024-08-05	Human beta cells generated from pluripotent stem cells or cellular reprogramming for curing diabetes 2019-Mar, Regenerative engineering and translational medicine IF:2.2Q3 DOI:10.1007/s40883-018-0082-y PMID:30984818	评论	本文探讨了使用人类β细胞治疗和治愈糖尿病的方法	提出了通过人类多能干细胞定向分化和细胞重编程生成功能性β细胞的新方法	依赖于发现有效的转录因子组合，该过程可能存在挑战	研究糖尿病治疗中β细胞的生成	人类β细胞及其在糖尿病治疗中的应用	干细胞工程	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
10605	2024-08-05	scRNA-Seq reveals distinct stem cell populations that drive hair cell regeneration after loss of Fgf and Notch signaling 2019-01-25, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.44431 PMID:30681411	研究论文	该文章通过scRNA-Seq研究支持细胞如何驱动毛细胞再生	揭示了五种不同的支持细胞类型及其在毛细胞分化中的基因调控网络	缺乏对哺乳动物毛细胞再生过程中的具体因素的详细探讨	研究支持细胞向毛细胞分化的机制	斑马鱼的毛细胞及其支持细胞	数字病理学	NA	scRNA-Seq	NA	NA	NA
10606	2024-08-05	The subiculum is a patchwork of discrete subregions 2018-10-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.37701 PMID:30375971	研究论文	这篇文章探讨了小鼠次皮质中锥体细胞的异质性及其组织原则	本研究发现次皮质的锥体细胞可以分解为八个独立的亚类，并呈现出复杂的层级和柱状组织	本文主要基于小鼠模型，结果可能不适用于其他物种或不同的生理条件	研究小鼠次皮质内锥体细胞的异质性及其组织结构	小鼠的次皮质锥体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
10607	2024-08-05	Evolution of multiple cell clones over a 29-year period of a CLL patient 2016-12-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms13765 PMID:27982015	研究论文	本文研究了一名慢性淋巴细胞白血病患者29年的细胞克隆演化过程	首次通过单核苷酸多态性微阵列分析揭示了病程中细胞克隆的演变及其对治疗的反应	仅基于单个患者的数据，样本代表性有限	探讨慢性淋巴细胞白血病的细胞克隆演化及其在治疗中的变化	一名慢性淋巴细胞白血病患者及其细胞克隆的演化	数字病理学	慢性淋巴细胞白血病	单细胞RNA测序, 全基因组测序	NA	基因组数据, 转录组数据	1名患者的多次样本
10608	2024-08-05	Early transcriptional similarities between two distinct neural lineages during ascidian embryogenesis 2024-Oct, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.06.005 PMID:38878991	研究论文	本文研究了海鞘胚胎中两种不同神经谱系之间的早期转录相似性	首次揭示了两种不同发育来源的神经前体细胞的全基因组转录动态	对共享转录控制的证据有限，限制了两种神经谱系的比较	探讨在进程性谱系限制过程中不同神经谱系之间的转录状态相似性	海鞘胚胎的不同神经前体细胞及其姐妹细胞谱系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因组数据	手动解剖的来自两种不同谱系的神经前体细胞
10609	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing reveals the gene expression profile and cellular communication in human fetal heart development 2024-Oct, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.06.004 PMID:38876166	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序分析人类胎心发展中的基因表达谱和细胞通信	首次通过单细胞RNA测序深入揭示人类胎心各主要细胞类型的分化过程及其间的信号通路	研究主要集中在特定的妊娠周数，可能忽略其他重要时间点的细胞变化	探索人类胎心发育过程中的基因表达和细胞间相互作用	分析不同妊娠周数（GW8, GW10, GW11, GW17）下的人类胎心细胞类型及其基因表达	数字病理学	心脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类胎心细胞样本来自特定的妊娠周数（GW8, GW10, GW11, GW17）
10610	2024-08-05	Exploring the Pathogenesis of Autoimmune Liver Diseases from the Heterogeneity of Target Cells 2024-Jul-28, Journal of clinical and translational hepatology IF:3.1Q2 DOI:10.14218/JCTH.2023.00531 PMID:38993508	review	本综述探讨了靶细胞异质性对自身免疫性肝病病因学的影响	提出了靶细胞的异质性为自身免疫性肝病的病因学提供了新的见解	未提及具体的实验数据或临床试验结果	研究自身免疫性肝病的病因机制及潜在治疗策略	主要关注肝细胞和胆管细胞的异质性	数字病理学	自身免疫性肝病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA	NA
10611	2024-08-05	Myeloid-T cell interplay and cell state transitions associated with checkpoint inhibitor response in melanoma 2024-Jul-12, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2024.03.015 PMID:38593812	研究论文	该文章探讨了黑色素瘤中髓系细胞与T细胞之间的相互作用及其在检查点抑制剂反应中的细胞状态转变	揭示了检查点抑制剂反应前肿瘤免疫微环境的特征，提出通过调节髓系细胞和效应细胞的相互作用以改善免疫治疗反应的可能性	研究主要限于22名阶段III-IV转移性黑色素瘤患者，样本量较小，可能影响结果的普遍性	探讨免疫治疗前肿瘤微环境与黑色素瘤患者对检查点抑制剂反应之间的关系	22名检查点抑制剂初治的阶段III-IV转移性黑色素瘤患者	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	22名患者的肿瘤免疫浸润细胞和外周血单核细胞
10612	2024-08-05	Targeting CSF1R in myeloid-derived suppressor cells: insights into its immunomodulatory functions in colorectal cancer and therapeutic implications 2024-Jul-11, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02584-4 PMID:38992688	研究论文	本研究探讨了CSF1R在结直肠癌中的免疫调节功能及其对骨髓源抑制细胞的影响	探讨了CSF1R和JAK/STAT3信号轴在结直肠癌免疫抑制中的关键作用，并评估了LNCs@CSF1R siRNA与抗PD-1联合治疗的疗效	研究的样本仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类结直肠癌中的相应机制	研究骨髓源抑制细胞在结直肠癌中的免疫抑制作用	主要研究小鼠模型中的骨髓源抑制细胞及其相关信号通路	数字病理学	结直肠癌	RNA-seq	NA	转录组数据	小鼠结直肠癌模型
10613	2024-08-04	Deconwolf enables high-performance deconvolution of widefield fluorescence microscopy images 2024-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02294-7 PMID:38844629	研究论文	本研究开发了Deconwolf，一种用于高性能去卷积宽场荧光显微镜图像的开源软件	Deconwolf能够在普通笔记本电脑上高效运行，并显著提高了在DNA和RNA原位杂交图像中分辨拥挤荧光点的准确性	此文未提及具体的局限性	旨在克服传统显微镜方法在拥挤分子靶标分辨率上的限制	研究针对DNA和RNA原位杂交图像的荧光点及细胞切片中的个体转录本	数字病理学	NA	荧光显微镜	NA	图像	NA
10614	2024-08-05	CellRank 2: unified fate mapping in multiview single-cell data 2024-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02303-9 PMID:38871986	研究论文	提出了CellRank 2框架，用于统一研究多视角单细胞数据中的细胞命运	CellRank 2能够结合多种数据视角和时间点信息，提供了对细胞命运的深入分析	尚未提及具体的局限性	研究细胞的命运映射和动态变化	单细胞转录组数据，涉及人类造血和内胚层发育	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	多达数百万个细胞的单细胞数据
10615	2024-08-04	Action of circulating and infiltrating B cells in the immune microenvironment of colorectal cancer by single-cell sequencing analysis 2024-Jun-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v16.i6.2683 PMID:38994150	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探讨了循环和浸润B细胞在结直肠癌免疫微环境中的作用机制	该研究揭示了结直肠癌中B细胞的异质性及其在肿瘤免疫中的功能差异	样本量相对较小，仅涉及23名结直肠癌患者，可能影响结果的普适性	探讨结直肠癌免疫微环境中循环和浸润B细胞亚群的作用	分析来自23名CRC患者的肿瘤、正常和外周血样本中的B细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	样本	69个样本（包括正常、肿瘤和外周血样本）
10616	2024-08-05	Immunological and microbial shifts in the aging rhesus macaque lung during nontuberculous mycobacterial infection 2024-Jun-12, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00829-24 PMID:38771046	研究论文	本研究比较了年轻和老年猕猴在非结核分枝杆菌感染中的免疫和微生物变化	本研究揭示了老年猕猴对非结核分枝杆菌感染的免疫反应增强，提供了对人类年龄相关疾病机制的新见解	缺乏对非人灵长类动物的更大样本量的研究，可能限制了结果的广泛适用性	探究老年猕猴在非结核分枝杆菌感染过程中免疫和微生物的变化	研究对象为三只年轻和两只老年的猕猴	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	微生物组数据，免疫细胞反应数据	五只猕猴（两只年轻雌性，一只年轻雄性，两个老年雌性）
10617	2024-08-05	Phenotypic and transcriptional changes in peripheral blood mononuclear cells during alphavirus encephalitis in mice 2024-Jun-12, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00736-24 PMID:38695564	研究论文	本研究利用小鼠Sindbis病毒感染模型探讨外周血单核细胞在病毒脑炎中的表型和转录组变化	首次将单细胞RNA测序与流式细胞术结合，系统分析了小鼠外周血单核细胞的转录和表型变化	研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	研究SINV感染对小鼠外周血单核细胞的影响，以理解病毒脑炎的免疫机制	SINV感染的小鼠，特别是其外周血单核细胞及中枢神经系统内的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	基因表达数据，细胞表型数据	NA
10618	2024-08-05	Spatial genomic, biochemical and cellular mechanisms underlying meningioma heterogeneity and evolution 2024-Jun, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01747-1 PMID:38760638	研究论文	研究了影响脑膜瘤内部异质性及其演化的空间基因组、 Biochemical 和细胞机制	通过空间方法揭示出驱动高等级脑膜瘤内部异质性的基因和蛋白表达程序	对驱动内部异质性的可针对机制理解不足	揭示脑膜瘤内部异质性与其分子、时间和空间演化之间的联系	高等级脑膜瘤和其复发样本	数字病理	脑膜瘤	单细胞RNA测序，CRISPR干扰	NA	空间转录组	配对的原发和复发脑膜瘤样本
10619	2024-08-05	Comparative single cell analysis reveals complex patterns of cell type and cell signaling innovations at the fetal-maternal interface 2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.01.591945 PMID:38746137	研究论文	本研究揭示了胎盘-母体接口处细胞类型和信号传导创新的复杂模式	发现了新型的绒毛膜和决定位细胞类型，并重建了细胞间信号网络	研究中未提及样本的具体数量和选择标准	探索哺乳动物胎盘-母体接口的细胞类型和信号传导动态	对树袋熊、马达加斯加普通刺猬和小鼠等不同哺乳动物胎盘-母体接口的单细胞RNA测序进行分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
10620	2024-08-05	Deciphering maternal-fetal cross-talk in the human placenta during parturition using single-cell RNA sequencing 2024-Jan-10, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adh8335 PMID:38198568	研究论文	本文利用单细胞RNA测序解密了人类胎盘在分娩期间的母胎相互作用	首次建立了人类胎盘的单细胞图谱，并阐明了分娩期间母胎细胞类型和转录活性的变化	尚未完全揭示分娩过程中母胎交互作用的细胞贡献和通讯机制	研究人类分娩过程中母胎之间的信号传递	人类胎盘中的母体和胎儿细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA