单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 10441 - 10460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10441 | 2024-08-04 |
Opening the Black Box: Spatial Transcriptomics and the Relevance of Artificial Intelligence-Detected Prognostic Regions in High-Grade Serous Carcinoma
2024-Jul, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2024.100508
PMID:38704029
|
研究论文 | 本研究探讨了空间转录组学与人工智能识别的与预后相关区域在高等级浆液性癌中的相关性 | 该研究展示了AI引导的空间转录组分析改善了与患者预后相关的生物特征的识别 | 对肿瘤的异质性理解有限，且样本量相对较小 | 提高对高等级浆液性癌患者预后相关生物特征的理解 | 研究对象为16名接受初次减瘤手术和铂类化疗的高等级浆液性癌患者 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间转录组学 | 深度学习模型 | 组织样本 | 16名患者，分别为8名短期和长期化疗反应组 |
| 10442 | 2024-08-05 |
Integrative profiling of untreated primary membranous nephropathy at the single-cell transcriptome level
2024-Jul, Clinical kidney journal
IF:3.9Q1
DOI:10.1093/ckj/sfae168
PMID:39027416
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研究论文 | 本研究在单细胞转录组水平上综合剖析了未治疗的原发性膜性肾病 | 首次利用单细胞RNA测序全面分析原发性膜性肾病患者的血液、肾脏和尿液样本，揭示了细胞成分和细胞间通信的变化 | 样本数量较少，仅包含五名患者，可能限制了结果的普遍性 | 探讨原发性膜性肾病的发病机制与潜在的干预策略 | 五名经活检证实的原发性膜性肾病患者 | 数字病理学 | 原发性膜性肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液、肾脏和尿液样本 | 五名患者的血液、肾脏和尿液样本 |
| 10443 | 2024-08-05 |
Selectively T cell phosphorylation activation of azvudine in the thymus tissue with immune protection effect
2024-Jul, Acta pharmaceutica Sinica. B
DOI:10.1016/j.apsb.2024.03.032
PMID:39027259
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研究论文 | 本研究探讨了药物Azvudine在胸腺组织中选择性激活T细胞磷酸化的作用及其免疫保护效果 | 研究表明胸腺的免疫细胞对氟呱韦(FNC)表现出较强的代谢能力，并强调了磷酸化激酶在NA药物性质评估中的重要性 | 本研究主要在大鼠和树猕猴模型中进行，可能缺乏对人类患者的直接适用性 | 探讨Azvudine在处理COVID-19患者时的免疫保护机制 | 该研究的对象为大鼠和SARS-CoV-2树猕猴的胸腺组织 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组学，蛋白质组学，平行反应监测（PRM） | NA | RNA，蛋白质 | NA |
| 10444 | 2024-08-05 |
scBoolSeq: Linking scRNA-seq statistics and Boolean dynamics
2024-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011620
PMID:38976751
|
研究论文 | 提出了一种名为scBoolSeq的方法，旨在将scRNA-seq数据与基因的布尔激活状态双向链接。 | scBoolSeq能够通过计算统计标准和适应基因相关参数的概率模型，成功实现对scRNA-seq数据的二值化和从布尔模型生成合成数据。 | 将scRNA-seq数据特征与布尔状态链接是一项具有挑战性的任务。 | 研究目的在于实现scRNA-seq数据与布尔动力学之间的连接，以促进数据驱动的模型构建和验证。 | 研究对象包括基因及转录因子的激活状态以及scRNA-seq数据集。 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用参考的scRNA-seq数据集进行案例研究，具体样本量未明确说明 |
| 10445 | 2024-08-05 |
Foundation models in molecular biology
2024-Jun-30, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2024.240006
PMID:39027316
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研究论文 | 本文总结了基于分子生物学中各种数据的基础模型。 | 介绍了在分子生物学中发展的基础模型，并探讨了其潜在的研究方向。 | 未提及具体的局限性 | 探索和总结分子生物学中基础模型的发展情况。 | 聚焦于RNA序列、DNA序列、蛋白质序列、单细胞转录组和空间转录组数据。 | 自然语言处理 | NA | 大型语言模型 | 基础模型 | RNA序列数据、DNA序列数据、蛋白质序列数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA |
| 10446 | 2024-08-05 |
Synergistic immunochemotherapy targeted SAMD4B-APOA2-PD-L1 axis potentiates antitumor immunity in hepatocellular carcinoma
2024-Jun-17, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06699-2
PMID:38886351
|
研究论文 | 本研究提出了一种针对肝细胞癌的协同免疫化疗策略，显著提高了患者的抗肿瘤免疫反应 | 首次提出聚焦于SAMD4B-APOA2-PD-L1轴的协同免疫化疗，组合了三种常见抗肿瘤药物以提高肝细胞癌患者的三年生存率 | 缺乏更大规模临床试验的验证以及长期效果的数据 | 提高晚期肝细胞癌患者的预后和生存率 | 晚期肝细胞癌患者和PDX小鼠模型 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、2'-O-甲基化修饰、多重免疫荧光染色 | NA | 文本 | 包括临床实践中的晚期肝细胞癌患者和PDX小鼠模型 |
| 10447 | 2024-08-05 |
Comprehensive pan-cancer analysis of mitochondrial outer membrane permeabilisation activity reveals positive immunomodulation and assists in identifying potential therapeutic targets for immunotherapy resistance
2024-Jun, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1735
PMID:38899748
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研究论文 | 本研究深入探讨了肿瘤线粒体外膜通透性活动对免疫的影响 | 创新性地开发了MOMP特征（MOMP.Sig）以准确反映肿瘤MOMP活动，并使用机器学习模型展示了其临床预测价值 | NA | 明确肿瘤MOMP对免疫及免疫疗法效果的影响，指导更有效的免疫治疗策略 | 分析了包括30种癌症类型转录组和免疫疗法转录组在内的综合数据集 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤和三阴性乳腺癌 | scRNA-seq | 机器学习模型 | 转录组数据 | 涉及30种癌症类型的转录组和20个免疫治疗转录组以及3个免疫治疗scRNA-seq数据集 |
| 10448 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics of gastric cancer brain metastasis reveals atypical vasculature strategies with supportive immune profiles
2024, Gastroenterology report
IF:3.8Q2
DOI:10.1093/gastro/goae067
PMID:39027914
|
研究论文 | 本研究揭示了胃癌脑转移中不典型血管化策略和支持性免疫特征的空间转录组学。 | 本研究展示了肿瘤与免疫成分之间的空间互动，特别是不同的血管招募策略，提供了对GCBM的新的分子见解。 | 该研究的样本数量有限，仅研究了三例GCBM患者，可能影响结果的广泛适用性。 | 研究胃癌脑转移患者中不同细胞成分之间的空间相互作用，尤其是血管系统与脑微环境的关系。 | 研究对象为三名胃癌脑转移患者的肿瘤、免疫和脑组织区域。 | 数字病理学 | 胃癌 | 数字空间分析 | NA | 转录组数据 | 三名胃癌脑转移患者的140个区域 |
| 10449 | 2024-08-05 |
scVIC: deep generative modeling of heterogeneity for scRNA-seq data
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae086
PMID:39027640
|
研究论文 | 本文介绍了scVIC，一种用于单细胞RNA测序数据的深度生成建模算法 | scVIC创新性地同时处理生物异质性和批次效应，解决了传统方法的局限性 | 本文未提及具体的限制性因素 | 该研究旨在开发一种有效的方法以准确分析单细胞层面的异质性 | 研究对象为模拟和生物单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 变分推断 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 使用了模拟和生物scRNA-seq数据集 |
| 10450 | 2024-08-05 |
Network-based pharmacology and UHPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS reveal Jinhua Qinggan granule's mechanism in reducing cellular inflammation in COVID-19
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1382524
PMID:39026676
|
研究论文 | 本研究探讨了金华清感颗粒在治疗COVID-19中减少细胞炎症的机制 | 首次利用网络药理学和UHPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS识别金华清感颗粒的成分及其在COVID-19中的作用机制 | 该研究未提供金华清感颗粒在临床应用中的长期效果数据 | 研究金华清感颗粒在COVID-19中的功效及其机制 | 主要研究金华清感颗粒对外周血单核细胞中免疫细胞的影响 | 数字病理学 | COVID-19 | UHPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS，单细胞RNA测序 | NA | 化学成分，免疫细胞的RNA数据 | 分析了73种化合物和外周血单核细胞 |
| 10451 | 2024-08-05 |
Advancing immunotherapy for melanoma: the critical role of single-cell analysis in identifying predictive biomarkers
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1435187
PMID:39026661
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研究论文 | 该文章探讨了单细胞分析在黑色素瘤免疫治疗中的关键作用 | 首次强调了单细胞分析技术在预测黑色素瘤患者治疗反应的潜力 | 存在RNA-蛋白表达不一致和肿瘤异质性等挑战 | 研究黑色素瘤的免疫微环境及其对治疗反应的影响 | 探索黑色素瘤细胞及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA | NA |
| 10452 | 2024-08-04 |
BayesTME: An end-to-end method for multiscale spatial transcriptional profiling of the tissue microenvironment
2023-07-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.06.003
PMID:37473731
|
研究论文 | BayesTME是一种用于分析空间转录组数据的端到端贝叶斯方法 | BayesTME将多个以前独立的分析目标统一在一个整体的生成模型下，避免了对配对的单细胞RNA-seq的需求 | NA | 本研究的目的是分析肿瘤微环境中的空间转录组数据 | 人类和斑马鱼黑色素瘤组织 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | 贝叶斯生成模型 | 组织样本 | 人类和斑马鱼的黑色素瘤组织 |
| 10453 | 2024-08-05 |
SiftCell: A robust framework to detect and isolate cell-containing droplets from single-cell RNA sequence reads
2023-07-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.06.002
PMID:37473732
|
研究论文 | 本研究提出了SiftCell，一个用于检测和隔离含细胞液滴的鲁棒框架 | SiftCell通过随机化和分类方法提供了一种全面且准确的细胞液滴质量控制新方式 | 文章未提及具体的限制 | 旨在提高单细胞RNA测序数据中细胞液滴的质量控制 | 研究对象为各类单细胞平台获得的数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 多个单细胞平台获得的数据集 |
| 10454 | 2024-08-05 |
The CRISPR-Cas13a Gene-Editing System Induces Collateral Cleavage of RNA in Glioma Cells
2019-Oct-16, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.201901299
PMID:31637166
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研究论文 | 这篇文章探讨了CRISPR-Cas13a基因编辑系统在胶质瘤细胞中对RNA的附带切割效应。 | 文章的创新点在于证明了CRISPR-Cas13a系统在EGFRvIII过表达的胶质瘤细胞中诱导了细胞死亡及其附带效应。 | 文章未提及具体的局限性。 | 研究CRISPR-Cas13a系统在癌细胞上的潜在应用和机制。 | 研究对象为EGFRvIII过表达的胶质瘤细胞。 | 数字病理学 | 胶质瘤 | CRISPR-Cas13a | NA | RNA测序 | U87-Cas13a-EGFRvIII细胞，具体样本数量未说明 |
| 10455 | 2024-08-05 |
LTMG: a novel statistical modeling of transcriptional expression states in single-cell RNA-Seq data
2019-10-10, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz655
PMID:31372654
|
研究论文 | 该文章开发了LTMG模型以捕捉单细胞RNA-seq数据中的基因表达状态的多样性 | LTMG模型通过处理低表达和零表达的数据，提供了对单细胞基因表达状态的多重模式的推断 | NA | 研究单细胞RNA-seq数据中基因表达状态的建模 | 单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 混合高斯模型 | 基因表达数据 | 大量scRNA-seq数据 |
| 10456 | 2024-08-05 |
High-definition spatial transcriptomics for in situ tissue profiling
2019-10, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0548-y
PMID:31501547
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research paper | 开发了一种高分辨率空间转录组技术，用于组织分析 | 提出了一种高分辨率的空间转录组学方法，能够同时捕捉空间和分子特征 | 在摘要中未提及具体的局限性 | 实现组织的高分辨率空间分析 | 鼠脑和原发性乳腺癌的组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 高分辨率空间转录组学 | NA | RNA | 数十万条转录组相关空间条形码 |
| 10457 | 2024-08-05 |
A single-cell transcriptome atlas of the adult human retina
2019-09-16, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2018100811
PMID:31436334
|
研究论文 | 这篇文章创建了一个成人人类视网膜的单细胞转录组图谱 | 文章识别了18种转录上不同的细胞群体，并提出了MALAT1在视网膜感光细胞退化中的新角色 | 未提及具体的局限性 | 全面剖析人类视网膜的分子特征 | 研究了来自三名捐赠者的20,009个细胞 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 20,009个细胞 |
| 10458 | 2024-08-05 |
Self-assembling manifolds in single-cell RNA sequencing data
2019-09-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.48994
PMID:31524596
|
研究论文 | 该文章提出了一种自组装流形算法，用于改进单细胞RNA测序数据的特征选择和降维。 | 自组装流形算法（SAM）是一种迭代软特征选择策略，能够量化基因相关性并改善降维效果。 | 在细胞之间生物相关差异细微的情况下，识别相关基因仍然具有挑战性 | 研究单细胞RNA测序数据中的基因选择和降维技术 | 不同细胞类型的基因表达数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | RNA测序数据 | 56个数据集 |
| 10459 | 2024-08-05 |
A comparison of automatic cell identification methods for single-cell RNA sequencing data
2019-09-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1795-z
PMID:31500660
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研究论文 | 本文对22种自动细胞识别方法在单细胞RNA测序数据中的性能进行了比较评估 | 创新点在于比较了多种分类方法在不同数据集上的表现，并提供了代码和工作流以支持新方法的扩展 | 在处理复杂数据集时，某些分类器的准确性有所下降 | 研究自动细胞识别的方法，以提高单细胞转录组学分析的效率和 reproducibility | 22种分类方法及其在27个单细胞RNA测序数据集上的表现 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 支持向量机 | RNA测序数据 | 27个公开可用单细胞RNA测序数据集 |
| 10460 | 2024-08-05 |
Redefining the Etiologic Landscape of Cerebellar Malformations
2019-09-05, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2019.07.019
PMID:31474318
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研究论文 | 本研究系统地分析小脑畸形的遗传和非遗传病因. | 首次通过大范围外显子测序研究小脑畸形的遗传基础，并揭示了遗传缺陷对特定小脑细胞类型的影响. | 虽然确认了遗传因素，但只有少数案例涉及多个个体，且非遗传因素在小脑异常中占有重大比例. | 阐明小脑畸形的病因，特别是Dandy-Walker畸形和小脑发育不良的遗传背景. | 涉及282名来自100个家庭的个体，主要针对Dandy-Walker畸形和小脑发育不良进行分析. | 数字病理学 | NA | 外显子测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 282名个体 |