单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 9121 - 9140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9121 | 2024-08-30 |
Spatial multi-omics: deciphering technological landscape of integration of multi-omics and its applications
2024-Aug-24, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01596-9
PMID:39182134
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综述 | 本文综述了空间多组学技术的发展及其在细胞生物学和人类疾病分子基础研究中的应用 | 空间多组学技术解决了单细胞测序中空间上下文丢失的问题，提供了细胞内和细胞间分子机制相互作用的深入见解 | NA | 探讨多组学技术的发展及其在人类疾病研究中的应用 | 多组学技术及其在细胞生物学和人类疾病研究中的应用 | NA | NA | 多组学技术 | NA | NA | NA |
| 9122 | 2024-08-30 |
Biomarkers associated with immune-related adverse events induced by immune checkpoint inhibitors
2024-Aug-24, World journal of clinical oncology
IF:2.6Q3
DOI:10.5306/wjco.v15.i8.1002
PMID:39193157
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综述 | 本文综述了与免疫检查点抑制剂引起的免疫相关不良事件相关的生物标志物 | 探讨了机器学习、单细胞RNA测序、多组学分析和肠道微生物组分析等创新方法在识别新型生物标志物中的应用 | NA | 旨在寻找能够准确预测或诊断免疫相关不良事件的可靠生物标志物 | 免疫检查点抑制剂引起的免疫相关不良事件的生物标志物 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序、多组学分析 | 机器学习 | NA | NA |
| 9123 | 2024-08-30 |
The neocortical infrastructure for language involves region-specific patterns of laminar gene expression
2024-Aug-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2401687121
PMID:39133845
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术分析了人死后皮质组织样本中语言网络核心区域的基因表达，发现特定区域的层特异性基因表达模式与语言网络有关 | 首次揭示了语言网络中特定区域的层特异性基因表达模式，并发现这些模式与个体间结构连接变异及特定脑相关疾病有关 | NA | 探讨人类大脑语言网络的分子和细胞特征 | 人类大脑皮质组织中语言网络核心区域的基因表达 | 神经科学 | 阅读障碍，精神分裂症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 大量死后皮质组织样本 |
| 9124 | 2024-08-30 |
Airway epithelial cell response to RSV is mostly impaired in goblet and multiciliated cells in asthma
2024-Aug-19, Thorax
IF:9.0Q1
DOI:10.1136/thorax-2023-220230
PMID:38373824
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研究论文 | 研究哮喘患者气道上皮细胞对RSV感染的转录反应 | 首次详细探讨了哮喘患者气道上皮细胞中杯状细胞和多纤毛细胞对RSV感染的反应差异 | 样本量较小，且未涵盖所有可能的细胞类型 | 探讨哮喘患者气道上皮细胞对RSV感染的转录反应及其分子机制 | 哮喘患者和健康捐赠者的原代支气管上皮细胞 | NA | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 哮喘患者8例，健康捐赠者8例 |
| 9125 | 2024-08-30 |
Human enteric nervous system progenitor transplantation improves functional responses in Hirschsprung disease patient-derived tissue
2024-Aug-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331532
PMID:38816188
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研究论文 | 本文研究了通过移植人源肠神经系统前体细胞来改善Hirschsprung病患者的肠道功能 | 首次展示了人多能干细胞衍生的肠神经系统前体细胞能够重新填充并增加Hirschsprung病患者结肠组织的功能反应 | NA | 探索Hirschsprung病的替代治疗方案 | 人源肠神经系统前体细胞在Hirschsprung病患者肠道组织中的功能影响 | NA | Hirschsprung病 | 单细胞RNA测序、蛋白质表达分析、钙成像 | NA | 组织样本 | NA |
| 9126 | 2024-08-30 |
Comprehensive single-cell analysis deciphered microenvironmental dynamics and immune regulator olfactomedin 4 in pathogenesis of gallbladder cancer
2024-Aug-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331773
PMID:38719336
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了胆囊癌的微环境动态和免疫调节因子olfactomedin 4的作用 | 首次揭示了胆囊癌中免疫微环境的改变，并发现了olfactomedin 4在胆囊癌进展中的关键作用 | NA | 阐明胆囊癌及其良性疾病的复杂生态系统和分子特征，以促进癌症预防和优化治疗干预 | 胆囊癌、胆囊炎、胆囊息肉、胆囊腺瘤及邻近正常组织 | 数字病理学 | 胆囊癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 细胞 | 230,737个细胞来自15个胆囊癌样本、4个胆囊炎样本、3个胆囊息肉、5个胆囊腺瘤和16个邻近正常组织 |
| 9127 | 2024-08-30 |
A practical guide to spatial transcriptomics
2024-06, Molecular aspects of medicine
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.mam.2024.101276
PMID:38776574
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综述 | 本文是一篇关于空间转录组学的实用指南，旨在为研究人员提供关于已商业化的技术及其应用的最新信息 | 介绍了空间转录组学领域的快速发展及其在多个学科中的应用，特别是已商业化的技术 | 文章主要关注已商业化的技术，可能未涵盖所有新兴技术 | 为研究人员提供空间转录组学技术的基本原理、数据分析挑战、实验考虑因素以及方法选择指南 | 空间转录组学技术及其在生物学和疾病研究中的应用 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 9128 | 2024-08-30 |
Bulk and single-cell transcriptome reveal the immuno-prognostic subtypes and tumour microenvironment heterogeneity in HCC
2024-04, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.15828
PMID:38293784
|
研究论文 | 本研究通过分析大量和单细胞转录组数据，揭示了肝细胞癌（HCC）中的免疫预后亚型和肿瘤微环境异质性 | 本研究开发了一种基于相对表达顺序（REO）的免疫相关特征，能够将HCC样本分为两个风险亚组，并验证了其在大量和单细胞转录组数据中的有效性 | NA | 研究目的是识别肝细胞癌中的免疫预后亚型和肿瘤微环境异质性 | 肝细胞癌（HCC）样本 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 907个HCC样本（包括72个内部样本）和两个单细胞转录组数据集 |
| 9129 | 2024-08-30 |
Single-cell transcriptome reveals the heterogeneity of malignant ductal cells and the prognostic value of REG4 and SPINK1 in primary pancreatic ductal adenocarcinoma
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17350
PMID:38827297
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺导管腺癌的异质性，并鉴定了REG4和SPINK1作为潜在的预后标志物。 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了胰腺导管腺癌中恶性导管细胞的异质性，并发现了REG4和SPINK1在胰腺导管腺癌中的重要作用。 | 研究主要基于体外实验，需要进一步的临床试验验证REG4和SPINK1作为治疗靶点的有效性。 | 旨在全面描绘胰腺导管腺癌的异质性并识别预后靶点。 | 胰腺导管腺癌的恶性导管细胞及其预后标志物。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 共分析了16个原发性胰腺导管腺癌和3个邻近病变中的32,480个细胞。 |
| 9130 | 2024-08-30 |
DNA methylation and gene expression profiling reveal potential association of retinol metabolism related genes with hepatocellular carcinoma development
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17916
PMID:39193514
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研究论文 | 本研究通过全基因组亚硫酸氢盐测序和RNA测序技术，分析了肝细胞癌组织与正常邻近组织的DNA甲基化和基因表达谱，揭示了视黄醇代谢相关基因在肝细胞癌发展中的潜在关联 | 本研究首次综合分析了DNA甲基化和RNA测序数据，识别出987个甲基化驱动的候选基因，并发现视黄醇代谢途径中的四个基因在肝细胞癌中的表达水平可以对患者进行分层 | 本研究主要依赖于多组学数据分析，未涉及体外或体内实验验证 | 旨在全面研究肝细胞癌中由甲基化驱动的基因表达改变 | 肝细胞癌组织与正常邻近组织的DNA甲基化和基因表达 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS），RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA seq） | NA | DNA甲基化数据，RNA表达数据 | 肝细胞癌组织与正常邻近组织样本，具体数量未在摘要中明确 |
| 9131 | 2024-08-30 |
Gut mucosa dissociation protocols influence cell type proportions and single-cell gene expression levels
2022-06-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-13812-y
PMID:35701452
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研究论文 | 本文研究了不同肠道黏膜解离协议对细胞类型比例和单细胞基因表达水平的影响 | 开发了一种一步解离协议，并展示了其在冷冻保存的肠道黏膜活检中的应用 | 多步骤协议对跨多个组织的细胞类型影响不同，分析稀有细胞类型需要更大的细胞数量 | 克服单细胞RNA测序中的物流挑战和批次效应 | 肠道黏膜活检的细胞类型和基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 涉及不同解离协议的多种样本 |
| 9132 | 2024-08-30 |
Comparison of methods and resources for cell-cell communication inference from single-cell RNA-Seq data
2022-06-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30755-0
PMID:35680885
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研究论文 | 本文系统比较了16种细胞间通信推断资源和7种方法，以及这些方法预测结果的一致性 | 首次全面评估了不同资源和方法对细胞间通信预测结果的影响，并开发了LIANA框架以整合这些资源和方法 | 未提及 | 探讨不同资源和方法对细胞间通信推断的影响 | 单细胞RNA-Seq数据中的细胞间通信 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未提及具体样本数量 |
| 9133 | 2024-08-30 |
A single-cell transcriptomic atlas characterizes the silk-producing organ in the silkworm
2022-06-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31003-1
PMID:35680954
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术构建了家蚕丝腺的细胞图谱 | 首次构建了家蚕丝腺的单细胞转录组图谱，揭示了丝腺细胞的异质性和基因表达动态 | NA | 揭示家蚕丝腺细胞的异质性和基因表达动态 | 家蚕丝腺及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 14,972个高质量细胞 |
| 9134 | 2024-08-30 |
CONET: copy number event tree model of evolutionary tumor history for single-cell data
2022-06-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02693-z
PMID:35681161
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CONET的概率模型，用于联合推断拷贝数事件的进化树和拷贝数调用，适用于单细胞数据 | CONET模型采用高效的正则化MCMC过程搜索可能的模型结构和参数空间，并引入了一系列模型先验和惩罚以实现有效正则化 | NA | 研究肿瘤进化中的拷贝数变化现象 | 拷贝数事件的进化树和拷贝数调用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞全基因组测序 | 概率模型 | 单细胞数据 | 两个乳腺癌样本 |
| 9135 | 2024-08-30 |
Intrinsic entropy model for feature selection of scRNA-seq data
2022-06-08, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjac008
PMID:35102420
|
研究论文 | 本文提出了一种基于内在熵模型的特征选择方法，用于提高scRNA-seq数据聚类分析的准确性 | 通过推导熵分解公式，提出了一种新的特征选择方法——内在熵（IE）模型，用于识别信息丰富的基因 | NA | 提高单细胞RNA测序数据聚类分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的特征基因选择 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 内在熵（IE）模型 | scRNA-seq数据 | 模拟数据集和真实单细胞数据集 |
| 9136 | 2024-08-30 |
Alveolar Basal Cells Differentiate towards Secretory Epithelial- and Aberrant Basaloid-like Cells In Vitro
2022-06-02, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11111820
PMID:35681516
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序技术分析体外培养的肺泡基底细胞在不同培养条件下的转录组特征 | 首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了肺泡基底细胞在不同培养条件下的转录组变化 | NA | 探究特发性肺纤维化中肺泡基底细胞的分化过程及其转录组特征 | 肺泡基底细胞及其在不同培养条件下的转录组 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自外周纤维化肺组织的肺泡基底细胞 |
| 9137 | 2024-08-30 |
Bronchial epithelium epithelial-mesenchymal plasticity forms aberrant basaloid-like cells in vitro
2022-06-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00254.2021
PMID:35438006
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研究论文 | 本研究探讨了上皮-间质转化（EMT）在支气管上皮细胞中形成异常基底样细胞的作用，并通过批量和单细胞RNA测序分析了EMT诱导的转录变化。 | 本研究首次揭示了支气管上皮细胞在体外通过EMT形成异常基底样细胞的转录变化，并提供了单细胞RNA-Seq数据的交互式浏览器。 | 研究未发现EMT诱导后细胞向成纤维细胞/肌成纤维细胞转化的证据，且仅显示部分EMT基因特征。 | 阐明EMT在支气管上皮细胞中形成异常基底样细胞的作用。 | 人支气管上皮细胞在不同培养条件下的转录变化。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | RNA测序 | NA | RNA | 8,247个蛋白质编码基因和1,621个长非编码RNA基因在不同培养条件下的差异表达，以及6,020个蛋白质编码基因和907个长非编码RNA基因在EMT诱导后的转录重编程。 |
| 9138 | 2024-08-30 |
Astrocytes and oligodendrocytes undergo subtype-specific transcriptional changes in Alzheimer's disease
2022-06-01, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2022.03.008
PMID:35381189
|
研究论文 | 本研究使用单核RNA测序技术（snRNA-seq）分析了阿尔茨海默病（AD）患者和非症状对照组大脑中星形胶质细胞和少突胶质细胞的转录组变化 | 本研究首次利用snRNA-seq技术详细描述了AD患者中星形胶质细胞和少突胶质细胞的亚型特异性转录组变化，并结合空间转录组学资源，揭示了健康和炎症大脑中星形胶质细胞亚型的定位 | 研究主要集中在星形胶质细胞和少突胶质细胞的转录组分析，未涉及其他类型细胞的贡献 | 深入理解阿尔茨海默病中胶质细胞的转录组异质性 | 阿尔茨海默病患者的星形胶质细胞和少突胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | APOE Ɛ2/3人类AD患者和年龄及基因型匹配的非症状（NS）大脑样本 |
| 9139 | 2024-08-30 |
Male-Specific Activation of Lysine Demethylases 5B and 5C Mediates Alcohol-Induced Liver Injury and Hepatocyte Dedifferentiation
2022-06, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/hep4.1895
PMID:35084807
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研究论文 | 本研究探讨了酒精相关肝病（ALD）中性别特异性的生物学途径，特别是在雄性小鼠中酒精诱导的肝细胞去分化和肿瘤发展。 | 发现了酒精在雄性小鼠中通过激活KDM5B和KDM5C去甲基酶促进肝细胞去分化和肿瘤发展的新机制。 | 研究主要集中在雄性小鼠，对雌性小鼠的影响未深入探讨。 | 定义酒精暴露下肝脏的性别特异性途径。 | 雄性和雌性小鼠的肝脏细胞。 | NA | 酒精相关肝病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq），染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq） | NA | RNA序列数据 | 雄性和雌性小鼠的肝脏细胞 |
| 9140 | 2024-08-30 |
Mapping the cardiac vascular niche in heart failure
2022-05-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30682-0
PMID:35641541
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研究论文 | 本文通过结合遗传命运追踪与共聚焦成像以及单细胞RNA测序技术，研究了心脏血管和周围血管微环境在稳态和心力衰竭期间的细胞类型特异性转录组变化。 | 本文揭示了纤维母细胞、内皮细胞、周细胞和血管平滑肌细胞亚型在心力衰竭期间的特异性转录组变化，并识别了调控纤维母细胞活化的转录因子TEAD1。 | NA | 研究心脏血管和周围血管微环境在心力衰竭期间的细胞异质性和对损伤的反应。 | 心脏血管和周围血管微环境的细胞类型特异性转录组变化。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |