单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 9101 - 9120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9101 | 2024-08-31 |
Pseudomonas aeruginosa: pathogenesis, virulence factors, antibiotic resistance, interaction with host, technology advances and emerging therapeutics
2022-06-25, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-022-01056-1
PMID:35752612
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综述 | 本文综述了铜绿假单胞菌的致病性、毒力因子、抗生素抗性、与宿主的相互作用以及技术进步和新兴疗法 | 介绍了生物信息学、代谢组学、单细胞RNA测序、纳米颗粒、药物筛选和噬菌体疗法等技术在铜绿假单胞菌研究中的应用 | 仍需探索铜绿假单胞菌与宿主免疫反应之间的相互作用，包括已知或未注释的细菌毒力因子的耐药机制以及哺乳动物细胞信号传导途径 | 全面回顾铜绿假单胞菌的生物物理特性、行为、毒力因子、侵入调节因子以及宿主防御模式，指出未来研究的新方向，并为设计新型或替代疗法提供依据 | 铜绿假单胞菌的致病性、毒力因子、抗生素抗性、与宿主的相互作用以及新兴疗法 | NA | 囊性纤维化、烧伤伤口、免疫缺陷、慢性阻塞性肺疾病、癌症、严重感染（如COVID-19） | 生物信息学、代谢组学、单细胞RNA测序、纳米颗粒、药物筛选、噬菌体疗法 | NA | NA | NA |
| 9102 | 2024-08-31 |
Efficacy and limitations of senolysis in atherosclerosis
2022-06-22, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvab208
PMID:34142149
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research paper | 研究了血管平滑肌细胞中衰老标志物的特异性以及遗传或药物性衰老溶解对动脉粥样硬化的影响 | 探讨了遗传和药物性衰老溶解对动脉粥样硬化的不同影响，并指出传统衰老标志物如p16在识别和去除动脉粥样硬化中的衰老细胞方面存在显著局限 | 遗传和药物性衰老溶解可能促进炎症和非特异性效应，且传统衰老标志物在识别和去除衰老细胞方面存在局限 | 研究衰老溶解在动脉粥样硬化中的疗效和局限性 | 血管平滑肌细胞和动脉粥样硬化 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及人类和老鼠的血管平滑肌细胞及动脉粥样硬化样本 |
| 9103 | 2024-08-31 |
Forest Fire Clustering for single-cell sequencing combines iterative label propagation with parallelized Monte Carlo simulations
2022-06-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31107-8
PMID:35725981
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research paper | 本文介绍了一种名为森林火灾聚类的高效且可解释的单细胞测序数据细胞类型发现方法 | 森林火灾聚类方法计算每个细胞的非参数后验概率，评估标签置信度并计算“标签熵”，突出沿发育轨迹的转变，并能在在线学习环境中进行稳健的归纳推理 | NA | 开发一种新的单细胞测序数据聚类方法，用于细胞类型发现 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 森林火灾聚类 | 单细胞数据 | 数百万个细胞 |
| 9104 | 2024-08-31 |
Magnitude and breadth of antibody cross-reactivity induced by recombinant influenza hemagglutinin trimer vaccine is enhanced by combination adjuvants
2022-06-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-12727-y
PMID:35654904
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研究论文 | 本研究系统评估了不同 Toll 样受体（TLR）激动剂与角鲨烯水乳剂组合对重组三聚体血凝素（HA）疫苗在小鼠中免疫原性的影响，并使用蛋白质微阵列方法评估了抗体交叉反应性。 | 研究发现，IVAX-1 组合佐剂能更快且更大幅度地诱导广泛的 IgG 反应，并优先刺激 CD4 T 细胞产生 Th1>Th2 型（IgG2c>IgG1）抗体和细胞因子反应。 | 研究主要在实验室小鼠模型中进行，其结果在人类中的适用性需要进一步验证。 | 探讨不同佐剂组合对流感疫苗免疫原性和抗体交叉反应性的影响。 | 重组三聚体血凝素（HA）疫苗及其佐剂在小鼠中的免疫反应。 | 疫苗学 | NA | 蛋白质微阵列 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 9105 | 2024-08-31 |
scAmpi-A versatile pipeline for single-cell RNA-seq analysis from basics to clinics
2022-06, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010097
PMID:35658001
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scAmpi的单细胞RNA测序分析工作流程，该流程从原始读取处理到样本组成分析，再到临床相关基因和通路改变的提取和展示，以及个性化候选药物治疗的计算机识别 | scAmpi工作流程旨在为临床环境中的scRNA-seq数据分析提供标准化和可重复的流程 | NA | 设计一个适用于临床环境的单细胞RNA测序数据分析工作流程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA |
| 9106 | 2024-08-31 |
Multimodal Single-Cell Analyses Outline the Immune Microenvironment and Therapeutic Effectors of Interstitial Cystitis/Bladder Pain Syndrome
2022-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202106063
PMID:35470584
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和图像质谱细胞仪技术，系统地描述了间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱微环境，并揭示了其治疗效应器 | 首次通过多模态单细胞分析技术，详细阐述了间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱微环境特征，并识别了关键的炎症介质 | NA | 揭示间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征的病理发生机制及其治疗效应器 | 间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱微环境 | 数字病理学 | 泌尿系统疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和图像质谱细胞仪（IMC） | NA | 生物样本 | 来自间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱活检样本，共识别出42个不同的细胞集群 |
| 9107 | 2024-08-31 |
Universal Surface Biotinylation: a simple, versatile and cost-effective sample multiplexing method for single-cell RNA-seq analysis
2022-May-27, DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes
IF:3.9Q1
DOI:10.1093/dnares/dsac017
PMID:35652718
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Universal Surface Biotinylation (USB)的新型通用标记技术，用于单细胞RNA测序分析中的样本多重化 | USB技术不依赖于特定的细胞表面蛋白，通过引入生物素到任何细胞表面蛋白的氨基团中，实现了对多种细胞类型的良好标记 | NA | 开发一种新的样本多重化技术，以降低实验成本并提高实验准确性 | 多种细胞类型的单细胞RNA测序分析 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千至数万个细胞 |
| 9108 | 2024-08-31 |
Oo-site: A dashboard to visualize gene expression during Drosophila oogenesis suggests meiotic entry is regulated post-transcriptionally
2022-05-15, Biology open
IF:1.8Q3
DOI:10.1242/bio.059286
PMID:35579517
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研究论文 | 开发了一个名为Oo-site的工具，用于可视化果蝇卵巢中不同阶段生殖细胞分化的批量RNA测序、单细胞RNA测序和翻译效率数据 | Oo-site工具使得非生物信息学专家也能访问和理解这些数据，并发现了一些有丝分裂基因的翻译调控 | NA | 探索干细胞分化控制的机制，并开发工具以更好地可视化和理解相关数据 | 果蝇卵巢中的生殖细胞和体细胞干细胞及其分化后代 | 生物信息学 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序, 翻译效率测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 9109 | 2024-08-31 |
The biology of time: dynamic responses of cell types to developmental, circadian and environmental cues
2022-02, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.15589
PMID:34797944
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综述 | 本文综述了植物细胞类型对发育、昼夜和环境信号的动态响应，并探讨了单细胞测序和时间生物信息学算法在这些响应中的应用 | 利用单细胞测序和时间生物信息学算法揭示了植物细胞和组织中基于时间的响应动态 | NA | 探讨植物细胞类型对不同时间尺度信号的响应机制 | 植物细胞类型及其对发育、昼夜和环境信号的响应 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 9110 | 2024-08-31 |
Transcriptome Analysis and Single-Cell Sequencing Analysis Constructed the Ubiquitination-Related Signature in Glioma and Identified USP4 as a Novel Biomarker
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.915709
PMID:35774799
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研究论文 | 本研究通过转录组分析和单细胞测序分析构建了胶质瘤中的泛素化相关特征，并鉴定了USP4作为新的生物标志物。 | 首次构建了胶质瘤中的泛素化相关特征，并发现了USP4作为潜在的胶质瘤生物标志物。 | 研究主要基于TCGA数据库的数据，需要进一步的临床验证和实验支持。 | 探讨泛素化基因在胶质瘤中的作用，并寻找新的胶质瘤生物标志物。 | 胶质瘤患者的泛素化基因及其在肿瘤微环境中的作用。 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | TCGA数据库中的胶质瘤患者数据，分为训练组和验证组。 |
| 9111 | 2024-08-31 |
Somatic variant calling from single-cell DNA sequencing data
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.06.013
PMID:35782734
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综述 | 本文综述了单细胞DNA测序数据中体细胞变异识别的当前方法 | NA | NA | 帮助用户根据自身数据选择合适的工具 | 单细胞DNA测序数据中的体细胞变异识别方法 | 测序技术 | NA | 单细胞DNA测序 | NA | DNA测序数据 | NA |
| 9112 | 2024-08-31 |
Intestinal strictures in Crohn's disease: a 2021 update
2022, Therapeutic advances in gastroenterology
IF:3.9Q1
DOI:10.1177/17562848221104951
PMID:35757383
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综述 | 本文综述了2021年关于克罗恩病（CD）肠道狭窄的最新进展，重点讨论了纤维化机制、诊断和治疗的新技术 | 介绍了单细胞测序、多组学和人工智能等新技术在肠道狭窄研究中的应用 | 目前尚无特定的抗纤维化治疗方法，且肠道纤维化的评估方法不够可靠 | 旨在提供关于纤维化的及时信息，并为改善肠道狭窄的诊断、治疗和预后奠定基础 | 克罗恩病患者的肠道狭窄 | NA | 克罗恩病 | 单细胞测序、多组学、人工智能 | NA | NA | NA |
| 9113 | 2024-08-31 |
Emerging artificial intelligence applications in Spatial Transcriptomics analysis
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.05.056
PMID:35765645
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综述 | 本文综述了当前用于空间转录组学分析的人工智能方法 | 介绍了利用机器学习和深度学习技术处理空间转录组学数据分析的新型计算方法 | NA | 综述空间转录组学分析中的人工智能应用 | 空间转录组学数据分析 | 机器学习 | NA | 机器学习, 深度学习 | NA | 转录组数据 | NA |
| 9114 | 2024-08-31 |
Detection of infiltrating fibroblasts by single-cell transcriptomics in human kidney allografts
2022, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0267704
PMID:35657798
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析人肾移植活检样本，以揭示不同的细胞类型和状态，并深入了解同种异体免疫损伤的复杂异质性 | 通过单细胞转录组学技术，首次揭示了肾移植后不同时间点纤维化与非纤维化组织中成纤维细胞的来源差异，以及这些细胞在移植后免疫反应中的作用 | 研究未涉及T细胞介导的排斥反应 | 探索单细胞RNA测序技术在人肾移植活检中的应用，以揭示细胞类型和状态，并为移植受者的个性化护理提供新机制见解 | 来自三个个体的肾皮质活检样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 7217个高质量的单细胞转录组 |
| 9115 | 2024-08-31 |
Computational methods for the integrative analysis of single-cell data
2021-01-18, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa042
PMID:32363378
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研究论文 | 本文描述了用于单细胞基因组数据整合分析的计算方法，重点在于单细胞RNA测序数据集的整合以及来自单个细胞的多模态信号的联合分析 | 本文介绍了处理单细胞基因组数据的新计算方法，这些方法能够解决数据在实验、技术和生物学上的内在异质性问题 | NA | 旨在解决生物系统的全面复杂性问题，通过整合来自不同分子层和多种细胞群体的基因组数据 | 单细胞基因组数据，特别是单细胞RNA测序数据和多模态信号 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 9116 | 2024-08-31 |
Doublet identification in single-cell sequencing data using scDblFinder
2021, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.73600.2
PMID:35814628
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research paper | 本文介绍了一种基于Bioconductor的快速、灵活且准确的单细胞测序数据双胞体检测方法scDblFinder | scDblFinder在复杂数据集中能准确识别大多数异型双胞体，并已被独立基准测试证明优于其他方法 | NA | 开发一种新的双胞体检测方法以避免单细胞测序数据中的伪发现 | 单细胞RNA和可及性测序数据中的双胞体 | digital pathology | NA | single-cell sequencing | NA | single-cell RNA and accessibility sequencing data | NA |
| 9117 | 2024-08-30 |
Exploring the molecular mechanisms of asthma across multiple datasets
2024-12, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2023.2258926
PMID:38489401
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研究论文 | 本研究通过分析212名个体的基因表达数据，包括哮喘患者和健康对照，识别出267个差异表达基因，并利用多种生物信息学工具探索这些基因在哮喘发病机制中的潜在作用。 | 本研究揭示了哮喘的新遗传方面，并强调了综合生物信息学在解码复杂疾病模式中的力量。 | 这些发现需要进一步验证，C1orf64和C7orf26在哮喘中的确切作用有待进一步研究以验证其治疗潜力。 | 探索哮喘的分子机制，发现新的分子靶点和全面理解其发病机制。 | 哮喘患者和健康对照的基因表达数据。 | NA | 哮喘 | 差异基因表达分析、通路富集、药物靶点预测和单细胞分析 | NA | 基因表达数据 | 212名个体 |
| 9118 | 2024-08-30 |
The Novel-B-Cell-Related Gene Signature Predicts the Prognosis and Immune Status of Patients with Esophageal Carcinoma
2024-Sep, Journal of gastrointestinal cancer
IF:1.6Q4
DOI:10.1007/s12029-024-01083-x
PMID:38963643
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据分析，开发了一种新的B细胞相关基因签名（BRGrisk），用于预测食管癌患者的预后和免疫状态 | 首次开发了B细胞相关基因签名（BRGrisk），用于食管癌患者的预后分层和个性化治疗策略的指导 | NA | 研究B细胞在食管癌中的预后意义及其在肿瘤微环境中的作用 | 食管癌患者的预后和免疫状态 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞转录组分析 | LASSO回归分析 | 基因数据 | 来自癌症基因组图谱队列的患者被分为训练队列和测试队列 |
| 9119 | 2024-08-30 |
l-Theanine Alleviates Ulcerative Colitis by Regulating Colon Immunity via the Gut Microbiota in an MHC-II-Dependent Manner
2024-Aug-28, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c04379
PMID:39197065
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研究论文 | 本研究探讨了l-茶氨酸通过调节肠道微生物群和肠道免疫来减轻溃疡性结肠炎的机制 | 首次揭示了l-茶氨酸通过调节肠道微生物群和MHC-II依赖的方式影响肠道免疫，从而减轻溃疡性结肠炎 | 研究仅在动物模型中进行，需要进一步的人体试验验证 | 探索l-茶氨酸减轻溃疡性结肠炎的机制 | 溃疡性结肠炎小鼠模型 | NA | 溃疡性结肠炎 | 单细胞测序, 流式细胞术 | NA | 微生物群数据 | 溃疡性结肠炎小鼠 |
| 9120 | 2024-08-30 |
Accurate long-read transcript discovery and quantification at single-cell, pseudo-bulk and bulk resolution with Isosceles
2024-Aug-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51584-3
PMID:39183289
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研究论文 | 介绍了一种名为Isosceles的计算工具包，用于在单细胞、伪批量和批量分辨率级别上提高mRNA异构体的检测灵敏度和定量准确性 | Isosceles在异构体检测灵敏度和定量准确性方面优于其他方法 | NA | 提高单细胞转录组在异构体水平的定量忠实度，并实现灵活的下游分析 | mRNA异构体的准确检测和定量 | 生物信息学 | NA | 纳米孔长读长测序 | NA | 测序数据 | 使用合成和生物学衍生的数据集进行验证 |