单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9021	2024-09-02	Update Breast Cancer 2022 Part 1 - Early Stage Breast Cancer 2022-Jun, Geburtshilfe und Frauenheilkunde IF:2.4Q2 DOI:10.1055/a-1811-6106 PMID:35903719	综述	本文综述了近年来关于早期乳腺癌治疗的最新证据，特别是关于新药物如Abemaciclib、olaparib和pembrolizumab的疗效，以及新的生物标志物分析方法如空间基因表达分析（spatial transcriptomics）在临床试验中的应用	介绍了新药物Abemaciclib、olaparib和pembrolizumab在早期乳腺癌患者中的良好疗效，以及新的生物标志物分析方法如空间基因表达分析在临床试验中的应用	对于哪些激素受体阳性乳腺癌的绝经前患者可以避免不必要的治疗，以及化疗对肿瘤的直接细胞毒性作用或通过化疗减少卵巢功能的程度等问题仍未明确	总结近期科学会议和出版物中关于早期乳腺癌治疗的科学创新	早期乳腺癌患者及其治疗	NA	乳腺癌	空间基因表达分析（spatial transcriptomics）	NA	基因表达数据	NA
9022	2024-09-02	Alignment and integration of spatial transcriptomics data 2022-05, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01459-6 PMID:35577957	研究论文	本文介绍了一种名为PASTE的方法，用于对齐和整合来自多个相邻组织切片的空间转录组数据	PASTE方法通过使用最优传输公式，结合转录相似性和斑点间的物理距离，计算切片间的成对对齐，并进一步组合成对齐以构建组织的三维对齐	NA	开发一种方法来对齐和整合多个相邻组织切片的空间转录组数据	空间转录组数据的对齐和整合	生物信息学	NA	空间转录组学	最优传输模型	转录组数据	数千个来自组织切片的斑点
9023	2024-09-02	Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific molecular and genetic associations to lupus 2022-04-08, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abf1970 PMID:35389781	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血单个核细胞，揭示了细胞类型特异性的分子和遗传关联	首次使用大规模单细胞RNA测序技术（mux-seq）对SLE患者的免疫细胞进行全面分析，并结合基因型数据进行细胞类型特异性的cis-表达数量性状位点映射	NA	探索系统性红斑狼疮（SLE）中免疫细胞类型特异性的分子和遗传关联	系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血单个核细胞	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（mux-seq）	NA	基因表达数据	162例SLE患者和99例对照组的外周血单个核细胞，共计超过120万个细胞
9024	2024-09-02	Spatially Resolved Transcriptomes of Mammalian Kidneys Illustrate the Molecular Complexity and Interactions of Functional Nephron Segments 2022, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2022.873923 PMID:35872784	研究论文	本研究使用空间转录组测序（ST-seq）技术，对正常小鼠和人类肾脏进行分析，揭示了功能性肾单位结构在分子层面的复杂性和相互作用	首次应用ST-seq技术于正常哺乳动物肾脏，提供了跨物种的生理学和细胞间通信的转录组学见解	研究仅限于正常肾脏，未涉及病理状态下的肾脏	深入理解哺乳动物肾脏功能性肾单位结构的复杂性	小鼠和人类的正常肾脏	数字病理学	NA	空间转录组测序（ST-seq）	NA	转录组数据	6只小鼠和4个人类肾脏
9025	2024-09-02	Theories, laws, and models in evo-devo 2022-01, Journal of experimental zoology. Part B, Molecular and developmental evolution DOI:10.1002/jez.b.23096 PMID:34570438	综述	本文回顾了进化发育生物学（evo-devo）中的一些理论、模型和定律，包括历史上的重演理论、原型理论以及新的框架移位理论、发育工具箱、ABC模型等	文章提出了对von Baer定律的重新审视以及对时钟模型修正的可能性，并探讨了利用高通量测序数据发展新理论和模型的前景	文章指出evo-devo中所谓的“定律”实际上只是特定谱系趋势的概括，且“体计划”作为一种原型，其科学意义常被忽视	探讨和总结进化发育生物学中的理论、模型和定律，并展望未来的发展方向	进化发育生物学中的理论、模型和定律	NA	NA	高通量测序，单细胞测序	NA	NA	NA
9026	2024-09-02	Mapping the genetic architecture of human traits to cell types in the kidney identifies mechanisms of disease and potential treatments 2021-09, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00909-9 PMID:34385711	研究论文	本研究通过生成659个微切割人肾样本的表达数量性状位点（eQTL）综合图谱，并利用分层连锁不平衡得分回归方法整合全基因组关联研究（GWAS）与单细胞RNA测序及单核测序数据，揭示了肾功能和高血压发病机制中的细胞类型特异性遗传变异。	本研究首次生成了人肾样本的细胞类型特异性eQTL图谱，并通过贝叶斯共定位分析提名了200多个与肾功能和高血压相关的基因，为药物再利用提供了新机会。	NA	旨在通过解析人类特征的遗传结构与肾细胞类型的关系，揭示疾病机制并探索潜在治疗方案。	人肾样本的遗传变异及其在肾功能和高血压发病机制中的作用。	遗传学	肾脏疾病	全基因组关联研究（GWAS）、单细胞RNA测序、单核测序	分层连锁不平衡得分回归	基因组数据	659个微切割人肾样本
9027	2024-09-02	The developmental hourglass model is applicable to the spinal cord based on single-cell transcriptomes and non-conserved cis-regulatory elements 2021-Sep, Development, growth & differentiation DOI:10.1111/dgd.12750 PMID:34473348	研究论文	本研究通过数据挖掘和实验验证，证明了发育沙漏模型适用于脊髓这一简化元素	首次通过单细胞转录组数据和非保守的顺式调控元件验证了脊髓发育的沙漏模型	仅限于脊髓的发育过程，未涉及其他器官或组织的发育	验证发育沙漏模型在脊髓发育中的适用性	脊髓的发育过程及其分子机制	NA	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	小鼠和斑马鱼的单细胞转录组数据
9028	2024-09-02	Parameter tuning is a key part of dimensionality reduction via deep variational autoencoders for single cell RNA transcriptomics 2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:30963075	研究论文	本文评估了一种简单的变分自编码器（VAE）方法Tybalt在模拟单细胞RNA测序数据上的性能	发现深度神经网络在某些参数配置下，当数据集包含更多观测值时可能会遇到困难，并且Tybalt模型在参数调优后优于其他流行的降维方法	方法对参数调优高度敏感，未调优时的性能可能非常差	评估和比较不同降维方法在单细胞RNA测序数据上的性能	模拟的单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码器（VAE）	基因表达数据	数千到数十万甚至上百万个细胞
9029	2024-09-01	Comprehensive analysis of single-cell transcriptomics and genetic factors reveals the mechanisms and preventive strategies for the progression from pulmonary fibrosis to lung cancer 2024-Oct-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112803 PMID:39094357	研究论文	本文通过综合分析单细胞转录组学和遗传因素，揭示了从肺纤维化到肺癌进展的机制和预防策略。	本文首次使用孟德尔随机化方法确定肺纤维化诱发的肺癌初期属于小细胞肺癌，并通过伪时间序列分析识别出具有致癌潜力的肺神经内分泌细胞。	NA	研究从肺纤维化到肺癌的进展机制及其预防策略。	肺纤维化细胞、肺神经内分泌细胞及其相互作用，以及肺纤维化微环境中纤维母细胞对免疫细胞的影响。	数字病理学	肺纤维化	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
9030	2024-09-01	Alterations in intratumoral and peripheral immune status in recurrent gliomas and their prognostic implications for patients underwent reoperation 2024-Oct-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112797 PMID:39083926	研究论文	本文分析了复发性胶质瘤中肿瘤内和外周免疫状态的特征及其对患者再次手术后生存的预测意义	发现复发性胶质瘤中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的浸润增加，并且TAMs在复发性胶质瘤中表现出显著的表型异质性和代谢重编程	NA	研究复发性胶质瘤中免疫状态的特征及其对患者再次手术后生存的预测意义	复发性胶质瘤患者的肿瘤内和外周免疫状态	数字病理学	脑瘤	免疫组织化学染色、血液学检查、批量和单细胞测序	NA	组织样本、血液样本、测序数据	使用自家的样本和公开来源的数据进行分析
9031	2024-09-01	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptome reveal potential molecular mechanisms of lung cancer brain metastasis 2024-Oct-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112804 PMID:39079345	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了肺癌脑转移的潜在分子机制	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，识别并验证了早期转移上皮细胞集群（EMEC）及其在肺癌脑转移中的作用	NA	揭示肺癌脑转移的分子机制，为临床检测和治疗提供参考	肺癌脑转移的分子机制	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据	共获得55,763个单细胞，分为9种细胞类型
9032	2024-09-01	Enhancing insight into ferroptosis mechanisms in sepsis: A genomic and pharmacological approach integrating single-cell sequencing and Mendelian randomization 2024-Oct-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112910 PMID:39121604	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和孟德尔随机化方法，利用先进的基因组学和药理学手段，探讨了铁死亡与脓毒症之间的复杂关系	本研究首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，深入探讨了铁死亡相关基因在脓毒症中的作用，并通过计算分子对接预测了潜在的治疗化合物	研究主要基于UK Biobank的数据，可能存在样本选择偏倚；此外，分子对接预测的药物靶点需要进一步的实验验证	探讨铁死亡机制在脓毒症中的作用，并为脓毒症的治疗提供新的策略	铁死亡相关基因及其在脓毒症中的表达和作用	基因组学	脓毒症	单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、基因集富集分析(GSEA)、计算分子对接	NA	基因表达数据	10,154名脓毒症患者和452,764名对照组
9033	2024-09-01	Suppression of GATA3 promotes epithelial-mesenchymal transition and simultaneous cellular senescence in human extravillous trophoblasts 2024-Oct, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119768 PMID:38838858	研究论文	本研究利用胎盘类器官模型和胎盘组织的单细胞RNA测序数据，探讨了GATA3在早期妊娠胎盘外绒毛滋养层细胞（EVT）成熟过程中的动态变化及其在妊娠障碍发生中的相关性	本研究首次揭示了GATA3在EVT分化和成熟过程中调控上皮-间质转化（EMT）和细胞衰老的双重作用	研究主要集中在体外细胞模型上，未来需要进一步的体内研究来验证这些发现	探讨GATA3在早期妊娠胎盘EVT分化和成熟过程中的调控机制及其与妊娠障碍的关系	早期妊娠胎盘的外绒毛滋养层细胞（EVT）	NA	妊娠障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA	胎盘类器官模型和胎盘组织的单细胞RNA测序数据
9034	2024-09-01	Combination of radiotherapy and PD-L1 blockade induces abscopal responses in EGFR-mutated lung cancer through activating CD8+ T cells 2024-Oct, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102074 PMID:39106551	研究论文	研究结合放疗和PD-L1阻断剂在EGFR突变型肺癌中通过激活CD8+ T细胞诱导远隔效应	首次探讨了放疗与免疫检查点抑制剂联合治疗EGFR突变型非小细胞肺癌的效果，并揭示了CD8+ T细胞在其中的作用机制	研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证	探讨放疗与PD-L1阻断剂联合治疗EGFR突变型肺癌的效果及其机制	EGFR突变型非小细胞肺癌中的CD8+ T细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	小鼠模型LLC-19del和LLC-EGFR
9035	2024-09-01	Glycyrrhizic acid alleviates concanavalin A-induced acute liver injury by regulating monocyte-derived macrophages 2024-Oct, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.155586 PMID:39159503	研究论文	本研究探讨了甘草中的活性成分甘草酸（GA）通过调节单核细胞衍生的巨噬细胞（MoMFs）减轻刀豆蛋白A（ConA）诱导的急性肝损伤的作用机制	本研究通过CyTOF和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，全面阐释了GA干预后ConA诱导的肝损伤的免疫景观，为GA的作用机制提供了深入理解	研究中的部分单细胞数据仍处于原始状态，需要进一步处理和注释	探究甘草酸在自身免疫性肝炎治疗中的免疫调节机制	甘草酸对刀豆蛋白A诱导的小鼠急性肝损伤的影响及其免疫调节作用	NA	自身免疫性肝炎	CyTOF分析，单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA数据	小鼠模型
9036	2024-09-01	Gene expression profile of human placental villous pericytes in the first trimester - An analysis by single-cell RNA sequencing 2024-Sep, Reproductive biology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.repbio.2024.100919 PMID:38941941	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了第一孕期人类胎盘绒毛周细胞的基因表达谱	首次揭示了胎盘绒毛周细胞在第一孕期的特定标记物和功能，并发现了其在整合素介导的信号通路和细胞外囊泡中的组织特异性功能	NA	探讨胎盘绒毛周细胞的标记物和功能，以增进对早期胎盘发育的理解并寻找治疗胎盘相关妊娠并发症的新靶点	人类胎盘绒毛周细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	第一孕期的胎盘绒毛样本
9037	2024-09-01	Integrative analysis reveals different feature of intrahepatic cholangiocarcinoma subtypes 2024-Sep, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.16015 PMID:38924592	研究论文	本研究通过综合分析揭示了肝内胆管癌两种主要组织学亚型（大管型和小管型）在分子特征和免疫微环境方面的差异	发现了大管型肝内胆管癌中PPP1R1B的高表达及其在细胞增殖、迁移和侵袭中的作用，以及其作为潜在标记物和治疗靶点的可能性	NA	扩展对肝内胆管癌两种亚型分子特征和免疫微环境差异的理解	肝内胆管癌的两种主要组织学亚型	数字病理学	肝内胆管癌	全外显子测序、批量RNA测序和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	132名接受根治性手术的患者
9038	2024-09-01	Single-cell RNA sequencing of cystic fibrosis liver disease explants reveals endothelial complement activation 2024-Sep, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.15963 PMID:38847551	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了囊性纤维化相关肝病患者的肝组织，揭示了内皮细胞的补体激活特征	首次在单细胞水平上展示了囊性纤维化肝病患者的内皮细胞特征，特别是发现了一类上调补体级联反应和凝血相关基因的特殊内皮细胞群体	研究样本量较小，仅包括四例囊性纤维化相关肝病患者的肝组织	探究囊性纤维化相关肝病中内皮细胞的病理特征及其在疾病发展中的作用	囊性纤维化相关肝病患者的肝组织内皮细胞	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四例囊性纤维化相关肝病患者的肝组织
9039	2024-09-01	Multi-omic analysis and validation reveal ZBP1 as a potential prognostic and immunotherapy-related biomarker in head and neck squamous cell carcinoma 2024-Sep, Journal of stomatology, oral and maxillofacial surgery DOI:10.1016/j.jormas.2024.101901 PMID:38688403	研究论文	本研究通过多组学分析和验证，揭示了ZBP1作为头颈部鳞状细胞癌潜在的预后和免疫治疗相关生物标志物	首次全面揭示ZBP1在头颈部鳞状细胞癌中的潜在预后和免疫治疗相关作用	NA	旨在识别ZBP1在头颈部鳞状细胞癌中的可能功能	ZBP1在头颈部鳞状细胞癌中的表达及其与临床预后和免疫特征的关系	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	多组学分析	NA	基因表达数据	66个肿瘤样本和37个对照样本
9040	2024-09-01	Lung Fibrosis Is Linked to Increased Endothelial Cell Activation and Dysfunctional Vascular Barrier Integrity 2024-Sep, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0046OC PMID:38843440	研究论文	本研究通过透射电子显微镜、免疫组织化学和单细胞RNA测序分析了肺纤维化患者与供体肺血管的差异，并研究了血管屏障阻力、内皮-免疫细胞粘附及对炎症环境的敏感性。	首次详细描述了肺纤维化中内皮细胞的异常激活和血管屏障功能障碍，并提出了恢复内皮细胞稳态和功能作为治疗肺纤维化的新策略。	研究主要基于体外实验和患者样本，需要进一步的临床试验验证其治疗策略的有效性。	探讨肺纤维化中内皮细胞的激活和血管屏障功能障碍的机制。	肺纤维化患者的肺血管和内皮细胞。	NA	肺纤维化	透射电子显微镜、免疫组织化学、单细胞RNA测序	NA	图像、基因表达数据	多个肺纤维化患者和供体样本