单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27747 篇文献，本页显示第 9001 - 9020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9001 | 2024-09-14 |
Statistical Power Analysis for Designing Bulk, Single-Cell, and Spatial Transcriptomics Experiments: Review, Tutorial, and Perspectives
2023-01-24, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13020221
PMID:36830591
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综述 | 本文综述了批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学实验设计中的统计功效分析 | 本文首次系统地讨论了三种基因表达谱技术（批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学）的统计功效分析，并提供了现有工具的综述和建议 | 目前尚无针对高通量空间转录组学的统计功效分析工具，因此本文仅探讨了影响功效分析的因素 | 探讨不同基因表达谱技术在实验设计中的统计功效分析 | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学 | 基因组学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA |
| 9002 | 2024-09-14 |
Fast model-free standardization and integration of single-cell transcriptomics data
2023-Jan-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2485985/v1
PMID:36747625
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MASI的快速无模型方法，用于标准化和整合单细胞转录组数据 | MASI通过细胞类型标记而非模型推断进行整合，能够在个人笔记本电脑上注释约一百万个细胞，为单细胞研究提供了一种廉价的计算替代方案 | NA | 开发一种快速且计算成本低的工具，用于标准化细胞类型注释和整合单细胞转录组数据 | 单细胞转录组数据的标准化和整合 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | 无模型方法 | 基因表达矩阵 | 约一百万个细胞 |
| 9003 | 2024-09-14 |
Multimodal mapping of cell types and projections in the central nucleus of the amygdala
2023-01-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.84262
PMID:36661218
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，系统地分析了中央杏仁核中的细胞类型及其投射 | 开发了新的方法将EASI-FISH与5-plex逆行轴突标记结合，揭示了中央杏仁核的空间分子组织结构和远距离轴突投射网络 | NA | 系统地研究中央杏仁核中的细胞类型及其投射，揭示其空间分子组织结构和功能 | 中央杏仁核中的细胞类型及其投射 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 荧光原位杂交 (EASI-FISH), 逆行轴突标记 | NA | 基因表达数据 | 约30,000个分子定义的中央杏仁核神经元 |
| 9004 | 2024-09-14 |
Marker-free characterization of full-length transcriptomes of single live circulating tumor cells
2023-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276600.122
PMID:36414416
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研究论文 | 本文介绍了一种名为unCTC的R包，用于从单细胞转录组数据中无偏倚地识别和表征循环肿瘤细胞 | 提出了名为DDLK的深度字典学习方法，用于单细胞RNA测序数据的聚类，以及基于表达的拷贝数变异推断和组合标记验证恶性表型的方法 | NA | 开发一种无偏倚的方法来识别和表征循环肿瘤细胞，以更好地理解转移性癌症的生物学特性、监测疾病进展和疾病管理 | 循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6名患者的循环肿瘤细胞 |
| 9005 | 2024-09-14 |
Single-Cell Transcriptomic Census of Endothelial Changes Induced by Matrix Stiffness and the Association with Atherosclerosis
2022-Nov-17, Advanced functional materials
IF:18.5Q1
DOI:10.1002/adfm.202203069
PMID:36816792
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研究论文 | 研究了基质硬度对内皮细胞向间充质细胞转化的影响及其与动脉粥样硬化的关联 | 首次在单细胞分辨率下研究了基质硬度对内皮细胞向间充质细胞转化的调控作用，并揭示了新的间充质-内皮反向转化轨迹 | 研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂的相互作用 | 探讨基质硬度对内皮细胞可塑性和动脉粥样硬化进展的影响 | 人冠状动脉内皮细胞及其在不同基质硬度下的转录特征 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人冠状动脉内皮细胞在生理和病理基质硬度下的培养样本 |
| 9006 | 2024-09-13 |
STPDA: Leveraging spatial-temporal patterns for downstream analysis in spatial transcriptomic data
2024-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STPDA的计算框架，用于空间转录组数据中的时空模式分析 | STPDA通过整合时空模式，提供了一种新的空间转录组数据分析方法，超越了现有的最先进方法 | NA | 开发一种新的计算框架，以更深入地理解空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组数据中的时空基因表达模式 | 数字病理学 | NA | NA | LSTM | 空间转录组数据 | NA |
| 9007 | 2024-09-13 |
Single-cell transcriptome sequencing revealed the metabolic changes and microenvironment changes of cardiomyocytes induced by diabetes
2024-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了糖尿病诱导的心肌细胞代谢变化和微环境变化 | 首次通过单细胞转录组测序揭示了糖尿病对心肌细胞异质性和细胞间通讯的影响 | 研究仅基于小鼠模型，结果的临床相关性有待进一步验证 | 分析糖尿病对心肌细胞异质性和细胞间通讯的影响 | 糖尿病诱导的心肌细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 控制组和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠心脏样本 |
| 9008 | 2024-09-13 |
Single cell RNA-sequencing identifies the effect of Normothermic ex vivo liver perfusion on liver-resident T cells
2024-Oct, Transplant immunology
IF:1.6Q3
DOI:10.1016/j.trim.2024.102104
PMID:39128812
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研究论文 | 研究了常温体外肝脏灌注（NEVLP）对肝脏驻留记忆T细胞（TRM）的影响，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了基因表达谱 | 首次创建了大鼠肝脏在NEVLP过程中肝脏TRM T细胞的图谱，并展示了NEVLP对肝脏TRM T细胞在单细胞基因表达水平上的影响 | NA | 研究NEVLP对肝脏驻留免疫细胞表型的影响，特别是肝脏驻留记忆T细胞（TRM） | 大鼠肝脏在NEVLP过程中的肝脏驻留记忆T细胞（TRM） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 大鼠肝脏样本，包括常温体外肝脏灌注（NEVLP）组和对照组 |
| 9009 | 2024-09-13 |
Single-cell transcriptomics reveals subset-specific metabolic profiles underpinning the bronchial epithelial response to flagellin
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110662
PMID:39252969
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了鞭毛蛋白对人类支气管上皮细胞的细胞特异性影响 | 首次揭示了鞭毛蛋白暴露下人类支气管上皮细胞的功能异质性，并发现了炎症性分泌细胞和炎症性基底细胞在代谢重编程上的差异 | 研究仅限于体外培养的支气管上皮细胞，未涉及体内环境的影响 | 探究鞭毛蛋白对人类支气管上皮细胞的细胞特异性影响及其代谢重编程机制 | 人类支气管上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7个细胞簇，包括纤毛细胞、离子细胞和多种状态的基底细胞和分泌细胞 |
| 9010 | 2024-09-13 |
Multi-omics and Single Cell Sequencing Analyses Reveal Associations of Mitophagy-Related Genes Predicting Clinical Prognosis and Immune Infiltration Characteristics in Osteosarcoma
2024-Sep-12, Molecular biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12033-024-01280-w
PMID:39264525
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研究论文 | 研究通过多组学和单细胞测序分析，揭示了线粒体自噬相关基因在骨肉瘤中的临床预后和免疫浸润特征的关联 | 首次报道了线粒体自噬在骨肉瘤中的作用，并开发了一种新的评分系统MPRG评分，用于预测骨肉瘤的预后 | 研究样本量较小，且未在其他癌症类型中验证MPRG评分的有效性 | 探讨线粒体自噬相关基因在骨肉瘤中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 骨肉瘤患者的线粒体自噬相关基因及其与临床预后和免疫浸润的关系 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞测序 | LASSO-多变量Cox回归算法 | 基因数据 | 58个线粒体自噬相关基因 |
| 9011 | 2024-09-13 |
Single-cell transcriptomics reveals heterogeneity in plant responses to the environment: a focus on biotic and abiotic interactions
2024-Sep-11, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/erae107
PMID:38466621
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在植物对生物和非生物环境因素响应中的应用 | 单细胞转录组学提供了前所未有的细胞响应环境变化的视角 | 单细胞研究在植物-环境相互作用中面临技术挑战 | 探讨单细胞转录组学在理解植物对生物和非生物环境因素响应中的贡献 | 植物细胞对生物和非生物环境因素的响应 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 9012 | 2024-09-13 |
Unveiling impaired vascular function and cellular heterogeneity in diabetic donor-derived vascular organoids
2024-Sep-10, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxae043
PMID:39049437
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研究论文 | 研究揭示了从糖尿病供体诱导的多能干细胞衍生的血管类器官中受损的血管功能和细胞异质性 | 首次展示了糖尿病供体衍生的血管类器官与非糖尿病类器官在血管功能和细胞组成上的差异，并揭示了糖尿病相关血管类器官中特定细胞亚群的异常血管生成特征 | 研究主要集中在糖尿病供体衍生的血管类器官，未涉及其他疾病模型或更广泛的细胞类型 | 探讨糖尿病供体衍生的血管类器官在血管功能和细胞异质性方面的表现 | 糖尿病供体衍生的血管类器官与非糖尿病类器官 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 糖尿病和非糖尿病供体衍生的血管类器官 |
| 9013 | 2024-09-13 |
Endothelial-adipocyte Cx43 Mediated Gap Junctions Can Regulate Adiposity
2024-Sep-10, Function (Oxford, England)
DOI:10.1093/function/zqae029
PMID:38984993
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研究论文 | 研究探讨了内皮细胞与脂肪细胞通过Cx43介导的缝隙连接在肥胖中的调节作用 | 首次揭示了Cx43在调节脂肪组织功能中的作用，并提出了Cx43介导的异细胞通讯可能是调节脂肪组织功能的一种机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨内皮细胞与脂肪细胞相互作用及其对代谢功能的影响 | 内皮细胞与脂肪细胞的相互作用及其在肥胖中的调节机制 | 心血管疾病 | 肥胖 | 单细胞RNA测序 (scRNAseq) 和透射电子显微镜 (TEM) | NA | RNA | 高脂饮食 (HFD) 小鼠和Cx43S368A小鼠 |
| 9014 | 2024-09-13 |
Dual-specificity phosphatases 13 and 27 as key switches in muscle stem cell transition from proliferation to differentiation
2024-Sep-10, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxae045
PMID:38975693
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研究论文 | 研究揭示了双特异性磷酸酶13和27在肌肉干细胞从增殖到分化转变中的关键作用 | 首次揭示了MyoD直接靶向双特异性磷酸酶13和27，并阐明了它们在肌肉干细胞命运转变中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨MyoD在肌肉干细胞命运转变中的直接靶点及其作用机制 | 肌肉干细胞及其在肌肉再生中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | MyoD敲入小鼠和Dusp13:Dusp27双敲除小鼠 |
| 9015 | 2024-09-13 |
Increased autoreactivity and maturity of EBI2+ antibody-secreting cells from nasal polyps
2024-Sep-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177729
PMID:39253973
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研究论文 | 研究了鼻息肉中表达EBI2的B细胞是否具有更高的自身抗体产生倾向，并评估了鼻息肉中抗体分泌细胞的分子特征 | 首次揭示了鼻息肉中EBI2+抗体分泌细胞具有更高的自身抗体产生倾向，并展示了其分子特征 | 研究仅限于鼻息肉和扁桃体组织，未涉及其他组织或疾病状态 | 探讨鼻息肉中EBI2+ B细胞的自身抗体产生倾向及其分子特征 | 鼻息肉和扁桃体组织中的EBI2+抗体分泌细胞 | 免疫学 | 鼻息肉 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 鼻息肉和扁桃体组织的样本 |
| 9016 | 2024-09-13 |
A pheromone receptor in cichlid fish mediates attraction to females but inhibits male parental care
2024-Sep-09, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2024.07.029
PMID:39094572
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研究论文 | 研究揭示了慈鲷鱼中一种信息素受体Or113a在吸引雌性和抑制雄性亲代抚育行为中的作用 | 发现了一种信息素受体Or113a在慈鲷鱼中的新功能，即促进雄性吸引和交配行为，同时抑制雄性的亲代抚育行为 | 研究主要集中在慈鲷鱼模型中，结果的普适性需要进一步验证 | 探讨不同物种间交配和亲代抚育行为的控制机制 | 慈鲷鱼中的信息素受体Or113a及其在生殖行为中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组学和CRISPR基因编辑 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 9017 | 2024-09-13 |
Spatiotemporal transcriptomic landscape of rice embryonic cells during seed germination
2024-Sep-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.016
PMID:38848718
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研究论文 | 研究通过空间增强分辨率组学测序和单细胞RNA测序，揭示了水稻胚胎细胞在种子萌发过程中的时空转录组图谱 | 首次报道了两种未知的盾片细胞类型，并开发了一种基于深度学习的自动细胞分割模型 | NA | 研究水稻胚胎细胞在种子萌发过程中的复杂生物功能 | 水稻胚胎细胞在种子萌发过程中的时空转录组 | 基因组学 | NA | 空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 深度学习 | 转录组 | 6, 24, 36, 和 48小时后的水稻胚胎细胞 |
| 9018 | 2024-09-13 |
Single-cell RNA sequencing reveals the change in cytotoxic NK/T cells, epithelial cells and myeloid cells of the tumor microenvironment of high-grade serous ovarian carcinoma
2024-Sep-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01290-9
PMID:39249551
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中NK/T细胞、上皮细胞和髓系细胞的变化 | 揭示了高级别浆液性卵巢癌从早期到晚期阶段上皮细胞的异质性和富集通路的变化，以及细胞间通讯的增强 | NA | 研究高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境的变化 | NK/T细胞、上皮细胞和髓系细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 45,448个单细胞 |
| 9019 | 2024-09-13 |
MerlinS13 phosphorylation regulates meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features
2024-Sep-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52284-8
PMID:39251601
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研究论文 | 研究了MerlinS13磷酸化对脑膜瘤Wnt信号传导和磁共振成像特征的调控作用 | 首次揭示了MerlinS13去磷酸化通过减弱与β-catenin的抑制性相互作用并激活Wnt通路来驱动脑膜瘤的生长 | 研究主要基于异种移植模型和患者样本，可能存在样本量和模型适用性的限制 | 探讨Merlin-intact脑膜瘤生长的生化机制，并寻找可用于指导治疗降级或影像监测的非侵入性生物标志物 | 脑膜瘤及其相关信号通路和磁共振成像特征 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱分析、磁共振成像 | NA | 图像 | 涉及脑膜瘤异种移植模型和患者样本 |
| 9020 | 2024-09-13 |
From bioinformatics to clinical applications: a novel prognostic model of cuproptosis-related genes based on single-cell RNA sequencing data in hepatocellular carcinoma
2024-Sep-09, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-024-00649-5
PMID:39251909
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据构建了一个基于铜死亡相关基因的肝细胞癌预后模型 | 开发了一种新的预后模型，利用六个生存相关基因来评估和管理肝细胞癌 | NA | 确定铜死亡相关基因与肝细胞癌预后之间的关系 | 肝细胞癌患者和正常对照组的铜死亡相关基因 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO | RNA测序数据 | NA |