单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 8981 - 9000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8981 | 2024-09-05 |
High Glycolytic Activity Signature Reveals CCNB2 as a Key Therapeutic Target in Triple-Negative Breast Cancer
2024-Aug-23, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2908308
PMID:39206892
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研究论文 | 本研究通过分析糖酵解相关基因和细胞周期途径，揭示了高糖酵解活性签名（GAS）在乳腺癌中的作用，并提出CCNB2作为潜在的治疗靶点 | 本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析了高糖酵解活性签名与CCNB2表达在三阴性乳腺癌中的正相关性，并验证了其在临床样本中的表达 | 研究主要基于GEO数据库和临床样本，未来需要更多前瞻性研究来验证这些发现 | 探讨糖酵解与细胞周期的关系，寻找乳腺癌的新治疗策略 | 乳腺癌，特别是三阴性乳腺癌 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR） | NA | 基因表达数据 | 涉及三个乳腺癌细胞系和三阴性乳腺癌患者的临床样本 |
| 8982 | 2024-09-05 |
A gene regulatory network-aware graph learning method for cell identity annotation in single-cell RNA-seq data
2024-Aug-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278439.123
PMID:39134412
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研究论文 | 本文提出了一种基于基因调控网络的图学习方法scHGR，用于单细胞RNA测序数据的细胞身份注释 | scHGR工具利用基因调控关系构建基因介导的细胞通信图，减少多源数据噪声，建立远距离细胞连接，揭示新的细胞亚型和治疗相关因子 | NA | 开发一种自动化的细胞身份注释工具，以提高单细胞转录组数据分析的准确性和一致性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞身份注释 | 生物信息学 | COVID-19 | RNA测序 | 图学习 | 转录组数据 | 22个实验场景，包括56种细胞类型 |
| 8983 | 2024-09-05 |
The glycolytic reaction PGAM unexpectedly restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.18.607992
PMID:39229227
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研究论文 | 研究探讨了个别糖酵解反应在决定辅助性T细胞17（Th17）细胞致病性中的作用 | 发现磷酸甘油酸变位酶（PGAM）作为负调节因子，意外地抑制了Th17细胞的致病性和Th17依赖的自身免疫 | NA | 研究糖酵解反应对Th17细胞致病性的影响 | Th17细胞的糖酵解反应及其在自身免疫中的作用 | 免疫学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 8984 | 2024-09-05 |
Dynamically visualizing profibrotic maladaptive repair after acute kidney injury by fibroblast activation protein imaging
2024-Aug-03, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2024.07.015
PMID:39098582
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研究论文 | 本研究利用急性肾损伤（AKI）模型，通过纤维母细胞激活蛋白（FAP）成像技术，动态评估损伤后的不良修复过程 | 首次使用正电子发射断层扫描（PET）/CT成像技术，通过FAP抑制剂示踪剂非侵入性地追踪肾纤维化的不良修复过程 | NA | 探索预防和早期治疗器官纤维化的有效工具 | 急性肾损伤后的不良修复过程 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 正电子发射断层扫描（PET）/CT成像 | NA | 图像 | 包括患者活检样本和小鼠模型 |
| 8985 | 2024-09-05 |
Loss of Inpp5d has disease-relevant and sex-specific effects on glial transcriptomes
2024-08, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.13901
PMID:38923164
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研究论文 | 研究探讨了Inpp5d缺失对野生型小鼠脑部转录组的影响，特别是其与神经退行性机制的关联。 | 首次揭示了Inpp5d缺失在雌性小鼠中导致一个保守的基因共表达模块崩溃，并影响其他细胞类型的转录组。 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现。 | 探究Inpp5d缺失对脑部转录组的影响及其与神经退行性疾病的关系。 | Inpp5d基因在野生型小鼠脑部的表达及其缺失后的转录组变化。 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 野生型小鼠 |
| 8986 | 2024-09-05 |
Novel AT2 Cell Subpopulations and Diagnostic Biomarkers in IPF: Integrating Machine Learning with Single-Cell Analysis
2024-Jul-15, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25147754
PMID:39062997
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研究论文 | 本研究通过综合机器学习和单细胞分析技术，探索了特发性肺纤维化（IPF）中肺泡上皮II型细胞（AT2）的亚群及其诊断生物标志物。 | 本研究首次揭示了IPF相关肺泡上皮II型细胞的两个独特亚群（IR_AT2），并通过机器学习算法识别了与这些亚群相关的基因表达模块和特征。 | NA | 旨在发现IPF中AT2细胞的亚群及其分子特征，并探索这些特征在IPF诊断和预后中的应用。 | 特发性肺纤维化（IPF）中的肺泡上皮II型细胞（AT2）及其亚群。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 正常和纤维化肺组织样本 |
| 8987 | 2024-09-05 |
Targeting MS4A4A: A novel pathway to improve immunotherapy responses in glioblastoma
2024-Jul, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.14791
PMID:38997808
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研究论文 | 本研究探讨了通过抑制MS4A4A来驱动M2巨噬细胞极化向M1表型转变，从而增强胶质母细胞瘤（GBM）对免疫疗法的反应 | 首次探索了通过抑制MS4A4A来改变M2巨噬细胞极化，通过铁死亡途径增强GBM对PD-1免疫疗法的反应 | NA | 探索MS4A4A抑制在改善胶质母细胞瘤免疫疗法反应中的潜力 | 胶质母细胞瘤中的M2巨噬细胞和MS4A4A表达 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序和空间转录组分析 | NA | RNA | 包括体外TAM培养和体内小鼠移植模型 |
| 8988 | 2024-09-05 |
Optimization of mouse kidney digestion protocols for single-cell applications
2024-Jul-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
|
研究论文 | 本文比较了三种已发表的单细胞制备协议，以优化小鼠肾脏单细胞悬液的制备方法 | 本研究首次评估了已发表的单细胞悬液制备协议及其从小鼠肾脏产生高质量细胞产量的能力 | 目前存在多种制备肾脏单细胞悬液的协议差异 | 旨在通过比较三种已发表的单细胞制备协议，优化小鼠肾脏单细胞悬液的制备方法 | 小鼠肾脏细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 雄性和雌性C57BL/6小鼠的肾脏 |
| 8989 | 2024-09-05 |
FOS+ Macrophages Promote Chronic Rejection of Cardiac Transplantation
2024-Jul, Experimental and clinical transplantation : official journal of the Middle East Society for Organ Transplantation
IF:0.7Q4
DOI:10.6002/ect.2024.0019
PMID:39223812
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研究论文 | 本研究探讨了FOS阳性巨噬细胞在CD40调控下介导心脏移植慢性排斥反应的作用及其机制 | 揭示了CD40通过激活转录因子NF-κB2上调c-Fos和FosB表达，从而促进心脏移植慢性排斥反应的新机制 | NA | 阐明FOS阳性巨噬细胞在CD40调控下介导心脏移植慢性排斥反应的作用及其机制 | 慢性排斥反应中的巨噬细胞及FOS家族成员 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 流式细胞术, 实时定量聚合酶链反应, 蛋白质印迹, 免疫荧光, RNA测序, ChIP测序 | NA | 基因表达数据 | 慢性排斥肾脏移植患者的单细胞测序数据, 慢性排斥小鼠模型 |
| 8990 | 2024-09-05 |
Oncogenic Cell Tagging and Single-Cell Transcriptomics Reveal Cell Type-Specific and Time-Resolved Responses to Vhl Inactivation in the Kidney
2024-Jun-04, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3248
PMID:38502859
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研究论文 | 本研究通过肿瘤细胞标记和单细胞转录组学技术，纵向研究了von Hippel Lindau (VHL)肿瘤抑制基因失活对肾脏细胞类型特异性及时间解析反应的影响。 | 本研究采用了一种实验策略，即在细胞自然环境中生成携带遗传改变的细胞，进行标记并随时间分析，以理解致癌过程。 | NA | 旨在定义肿瘤发生初期的细胞反应，以理解癌症的起始。 | von Hippel Lindau (VHL)肿瘤抑制基因失活对肾脏细胞的影响。 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 8991 | 2024-09-05 |
Identification and functional activity of Nik related kinase (NRK) in benign hyperplastic prostate
2024-03-09, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05048-3
PMID:38459501
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研究论文 | 本研究旨在识别良性增生前列腺中的差异表达基因（DEGs），并探讨Nik相关激酶（NRK）在良性前列腺增生（BPH）中的作用 | 首次发现NRK在良性增生前列腺中显著上调，并与前列腺基质细胞的增殖、凋亡、细胞周期、迁移、纤维化和上皮-间质转化（EMT）过程相关 | NA | 识别良性增生前列腺中的差异表达基因，并探讨NRK在BPH中的作用 | 良性前列腺增生（BPH）中的差异表达基因和Nik相关激酶（NRK）的功能 | 数字病理学 | 前列腺疾病 | RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-PCR、western-blot、免疫组化染色、流式细胞术、伤口愈合实验、Transwell实验、CCK-8实验 | NA | RNA | 四个数据集，包括三个批量RNA测序和一个单细胞RNA测序数据集 |
| 8992 | 2024-09-05 |
ROCK1 is a multifunctional factor maintaining the primordial follicle reserve and follicular development in mice
2024-01-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00019.2023
PMID:37661919
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研究论文 | 研究揭示了ROCK1在维持小鼠原始卵泡储备和卵泡发育中的重要作用 | 发现ROCK1通过HIPPO信号通路调节原始卵泡储备和卵泡发育，为维持女性生殖生理提供了新的见解 | NA | 探讨ROCK1在原始卵泡发育和维持中的作用 | 小鼠的原始卵泡和卵泡发育 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA |
| 8993 | 2024-09-05 |
Advances in cellular and tissue-based imaging techniques for sarcoid granulomas
2024-01-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00507.2023
PMID:37955119
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综述 | 本文综述了用于观察和表征结节病肉芽肿的细胞和组织成像技术的进展 | 介绍了最新的空间转录组学和基质辅助激光解吸电离质谱成像（MALDI-MSI）等前沿技术 | NA | 旨在揭示结节病研究的发展方向 | 结节病肉芽肿的成像和表征 | 数字病理学 | 结节病 | 空间转录组学，基质辅助激光解吸电离质谱成像（MALDI-MSI） | NA | 图像 | NA |
| 8994 | 2024-09-05 |
Comprehensive Analysis of Ligand-receptor Interactions in Colon Adenocarcinoma to Identify of Tumor Microenvironment Oxidative Stress and Prognosis Model
2024, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，分析了结肠腺癌中的配体-受体相互作用，并基于此开发了一个预后模型 | 首次基于配体-受体对开发了结肠腺癌的预后模型，并揭示了不同分子亚型的临床和分子特征 | NA | 探讨配体-受体相互作用在结肠腺癌中的功能，并开发基于此的预后模型 | 结肠腺癌中的配体-受体相互作用及其对预后的影响 | 数字病理学 | 结肠腺癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO | RNA测序数据 | 涉及结肠腺癌的单细胞RNA测序数据 |
| 8995 | 2024-09-05 |
A novel missense variant in PNLDC1 associated with nonobstructive azoospermia
2024, Journal of genetics
IF:1.4Q4
PMID:39223739
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研究论文 | 本文通过家系外显子测序研究了一个近亲结婚家庭中的非阻塞性无精症（NOA），旨在确定导致特发性NOA的遗传变异，以辅助未来的临床遗传诊断和治疗策略 | 发现了一个与NOA相关的新型错义变异PNLDC1 Gly237Asp，该变异位于CAF1域的保守区域，可能导致局部结构不稳定和蛋白质磷酸化位点的改变 | NA | 确定导致特发性非阻塞性无精症的遗传变异 | 一个近亲结婚家庭中的非阻塞性无精症患者 | NA | 男性不育症 | 外显子测序，Sanger测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因序列数据 | 一个家庭中的三名NOA患者 |
| 8996 | 2024-09-05 |
Elucidating the role of tumor-associated ALOX5+ mast cells with transformative function in cervical cancer progression via single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1434450
PMID:39224598
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了肿瘤相关ALOX5+肥大细胞在宫颈癌进展中的作用及其机制。 | 首次鉴定了宫颈癌中具有转化功能的肿瘤相关肥大细胞亚群C2 ALOX5+ MCs，并揭示了其在肿瘤分化关键阶段的作用。 | 研究仅基于十份宫颈癌肿瘤样本的数据，可能需要更多样本以验证结果的普遍性。 | 探索肥大细胞与宫颈癌肿瘤微环境相互作用的机制，为宫颈癌的预防、诊断和治疗提供科学依据。 | 宫颈癌细胞及其微环境中的肥大细胞亚群。 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 93,524个高质量细胞 |
| 8997 | 2024-09-05 |
Mast-Cell Expressed Membrane Protein-1 (MCEMP1) is expressed in classical monocytes and alveolar macrophages in Idiopathic Pulmonary Fibrosis and regulates cell chemotaxis, adhesion, and migration in a TGFβ dependent manner
2023-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.07.561349
PMID:37873485
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研究论文 | 本文研究了MCEMP1在特发性肺纤维化中的表达及其对细胞趋化、粘附和迁移的调控作用 | 首次揭示了MCEMP1在特发性肺纤维化中通过TGFβ依赖的方式调控单核细胞的趋化、粘附和迁移 | NA | 探究MCEMP1在特发性肺纤维化中的机制作用 | MCEMP1在特发性肺纤维化患者中的表达及其功能 | NA | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、免疫荧光、染色质免疫沉淀、邻近连接分析、RNA干扰、慢病毒转导、批量RNA测序、活性RHO下拉实验 | NA | RNA | 来自特发性肺纤维化患者和对照组的PBMC和肺组织样本，以及THP-1细胞 |
| 8998 | 2024-09-05 |
ER stress mediates Angiotensin II-augmented innate immunity memory and facilitates distinct susceptibilities of thoracic from abdominal aorta to aneurysm development
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1268916
PMID:37731512
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研究论文 | 研究通过转录组分析探讨了内质网（ER）应激和训练免疫在Ang II诱导的动脉瘤模型中的作用，发现Ang II在腹部主动脉（AA）中诱导更强的炎症反应和基因上调，以及ER应激在不同主动脉中的不同作用。 | 首次聚焦于内质网应激的转录组分析，揭示了内质网作为感知多种DAMPs并启动ER应激的免疫细胞器的作用，以及其在Ang II加速训练免疫和不同主动脉对疾病易感性差异中的作用。 | NA | 确定内质网（ER）应激和训练免疫在Ang II诱导的动脉瘤发展中的作用 | 胸主动脉（TA）和腹主动脉（AA） | 数字病理学 | 心血管疾病 | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 胸主动脉（TA）和腹主动脉（AA）样本 |
| 8999 | 2024-09-05 |
Intratumor heterogeneity and T cell exhaustion in primary CNS lymphoma
2022-Sep-24, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01110-1
PMID:36153593
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研究论文 | 研究通过流式细胞术、单细胞RNA测序和B细胞受体测序，以及空间转录组学分析，探讨原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中的肿瘤内异质性和T细胞耗竭现象。 | 首次详细描述了PCNSL中恶性B细胞的转录和空间异质性，以及T细胞耗竭与恶性细胞的共定位现象。 | 研究受限于从中枢神经系统活检中获得的材料有限。 | 深入了解PCNSL的肿瘤内异质性和T细胞耗竭机制。 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤的细胞和分子特征。 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、B细胞受体测序、空间转录组学 | NA | 细胞、RNA | 活检材料、血液和脑脊液中的PCNSL细胞 |
| 9000 | 2024-09-05 |
Evaluation of classification in single cell atac-seq data with machine learning methods
2022-Sep-21, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04774-z
PMID:36131234
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研究论文 | 本研究评估了六种著名机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能 | 首次系统评估了多种机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能，并比较了其在不同数据集间的稳定性 | 整体性能不如在scRNA-seq分析中的表现 | 评估机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型分类 | 机器学习 | NA | scATAC-seq | SVM, NMC | scATAC-seq数据 | 4个公共scATAC-seq数据集，涉及不同组织、大小和技术 |