单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 7201 - 7220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7201 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing data reveal widespread recurrence and loss of mutational hits in the life histories of tumors
2017-11, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.220707.117
PMID:29030470
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序数据验证肿瘤突变历史中的无限位点假设，发现该假设在多数情况下不成立 | 开发了严格的统计框架来检验无限位点假设，首次定量评估该假设的有效性 | 研究仅基于12个单细胞测序数据集，样本规模有限 | 评估肿瘤突变历史中无限位点假设的有效性 | 人类多种癌症的单细胞测序数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞测序 | 统计框架 | 基因组测序数据 | 12个单细胞测序数据集 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 7202 | 2025-10-06 |
SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering
2017-Nov, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.4463
PMID:28991892
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研究论文 | 介绍SCENIC计算方法，用于从单细胞RNA测序数据同时重建基因调控网络和识别细胞状态 | 利用顺式调控分析指导转录因子和细胞状态的识别，同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定 | NA | 从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络并识别细胞状态 | 肿瘤和脑组织的单细胞数据 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7203 | 2025-10-06 |
Dynamics of lineage commitment revealed by single-cell transcriptomics of differentiating embryonic stem cells
2017-10-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-017-01076-4
PMID:29061959
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析胚胎干细胞分化过程中的谱系承诺动态 | 首次在单细胞水平系统研究胚胎干细胞退出多能性和谱系承诺过程，揭示了谱系过渡阶段的关键转录特征 | 研究仅限于视黄酸诱导的小鼠胚胎干细胞分化模型 | 解析胚胎干细胞退出多能性和谱系承诺的基因表达动态 | 小鼠胚胎干细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7204 | 2025-10-06 |
Establishment of mouse expanded potential stem cells
2017-10-19, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature24052
PMID:29019987
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研究论文 | 本研究成功建立了小鼠扩展潜能干细胞，该细胞能同时贡献于胚胎本体和滋养外胚层谱系 | 首次从单个八细胞期卵裂球建立扩展潜能干细胞，并能直接从小鼠胚胎干细胞和诱导多能干细胞转化获得 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在其他哺乳动物物种中验证可行性 | 建立具有更广泛分化潜能的干细胞系 | 小鼠八细胞期卵裂球、胚胎干细胞和诱导多能干细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞转录组测序、表观基因组分析、嵌合体 assay | NA | 表观基因组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7205 | 2025-10-06 |
Coupling shRNA screens with single-cell RNA-seq identifies a dual role for mTOR in reprogramming-induced senescence
2017-10-15, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.297796.117
PMID:29138277
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研究论文 | 本研究通过结合shRNA筛选与单细胞RNA测序技术，揭示了mTOR在重编程诱导衰老中的双重作用机制 | 开发了整合shRNA筛选与单细胞RNA测序的创新方法，首次发现mTOR通过调控衰老影响重编程的双重机制 | 研究主要基于原代人成纤维细胞，在其他细胞类型中的普适性需要进一步验证 | 识别重编程诱导衰老的调控因子并解析其作用机制 | 表达OSKM转录因子的人原代成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 细胞衰老 | shRNA筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 全基因组shRNA筛选的原代人成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7206 | 2024-08-09 |
Molecular architecture underlying fluid absorption by the developing inner ear
2017-10-10, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.26851
PMID:28994389
|
研究论文 | 本文研究了小鼠内淋巴囊在SLC26A4依赖性方式下吸收液体的过程，并通过单细胞RNA测序分析了内淋巴囊中两种不同类型的分化细胞 | 首次揭示了内淋巴囊中两种分化细胞的转录组特征，并提出了NaCl重吸收的分子机制 | NA | 探讨内淋巴囊液体吸收的分子机制及其与听力损失的关系 | 小鼠内淋巴囊的液体吸收机制及分化细胞类型 | NA | 听力损失 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7207 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics to explore the immune system in health and disease
2017-10-06, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aan6828
PMID:28983043
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综述 | 本文概述了单细胞转录组学在探索健康和疾病状态下免疫系统的应用 | 整合大规模并行单细胞RNA测序和先进计算方法来解析免疫系统的复杂性 | NA | 解析免疫系统中细胞类型、状态和位置的多样性 | 先天性和适应性免疫细胞 | 单细胞组学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7208 | 2025-10-06 |
Chromatin and Single-Cell RNA-Seq Profiling Reveal Dynamic Signaling and Metabolic Transitions during Human Spermatogonial Stem Cell Development
2017-10-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2017.09.003
PMID:28985528
|
研究论文 | 通过染色质和单细胞RNA测序揭示人类精原干细胞发育过程中的动态信号和代谢转变 | 首次在人类精原干细胞中整合分析DNA甲基化、开放染色质和单细胞转录组数据，揭示了从静止状态向增殖分化转变的关键分子通路 | 研究主要基于体外细胞模型，需要进一步在体实验验证 | 理解人类精原干细胞自我更新与分化平衡的分子机制 | 人类成人精原干细胞和分化中的c-KIT精原细胞 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | DNA甲基化测序, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫荧光 | 聚类分析 | 基因组, 表观基因组, 转录组 | SSEA4 hSSCs和c-KIT精原细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 7209 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis identifies cellular markers of the HIV permissive cell
2017-Oct, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1006678
PMID:29073251
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析鉴定HIV易感细胞的生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和功能验证识别出CD25、CD298、CD63和CD317作为HIV易感细胞的最佳生物标志物组合 | 研究仅针对CD4+ T细胞，未涉及其他可能影响HIV易感性的细胞类型 | 探索HIV易感细胞的分子特征和生物标志物 | 来自高易感和低易感个体的未感染CD4+ T细胞 | 单细胞组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序，FACS分选 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自不同易感程度个体的CD4+ T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7210 | 2025-10-06 |
Targeted reconstruction of T cell receptor sequence from single cell RNA-seq links CDR3 length to T cell differentiation state
2017-Sep-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkx615
PMID:28934479
|
研究论文 | 开发了TRAPeS工具从短读长单细胞RNA测序数据中高效提取T细胞受体序列，并揭示了CDR3区域长度与T细胞分化状态的关系 | 开发了首个能够从短读长scRNA-seq数据中高效提取TCR序列的公开工具TRAPeS，相比现有方法具有更高灵敏度 | NA | 研究T细胞受体序列与T细胞状态异质性之间的关系 | 人类和小鼠的CD8+ T细胞，特别是针对黄热病病毒单一表位的T细胞 | 生物信息学 | 传染病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7211 | 2025-10-06 |
Anatomically and Functionally Distinct Lung Mesenchymal Populations Marked by Lgr5 and Lgr6
2017-Sep-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2017.07.028
PMID:28886383
|
研究论文 | 本研究通过遗传谱系追踪、单细胞RNA测序和类器官培养方法，揭示了Lgr5和Lgr6作为肺间充质细胞标志物的新功能 | 首次发现Lgr5和Lgr6在肺间充质细胞中的表达，揭示了它们通过Wnt信号通路调控上皮细胞分化的新机制 | NA | 探索肺间充质细胞的多样性及其在上皮稳态和再生中的作用 | 小鼠肺组织中的Lgr5和Lgr6阳性间充质细胞 | 细胞生物学 | 肺疾病 | 遗传谱系追踪,单细胞RNA测序,类器官培养 | NA | 基因表达数据,细胞图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7212 | 2025-10-06 |
A practical guide to single-cell RNA-sequencing for biomedical research and clinical applications
2017-08-18, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-017-0467-4
PMID:28821273
|
综述 | 为生物医学研究和临床应用提供单细胞RNA测序的实用指南 | 系统整合了单细胞RNA测序从实验设计到数据分析的完整流程，为非专业研究人员提供实用指导 | 作为方法学指南未涉及具体研究数据验证 | 促进单细胞RNA测序技术在生物医学研究和临床中的广泛应用 | 生物医学研究人员和临床医生 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7213 | 2025-10-06 |
Adventitial SCA-1+ Progenitor Cell Gene Sequencing Reveals the Mechanisms of Cell Migration in Response to Hyperlipidemia
2017-08-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2017.06.011
PMID:28757161
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了外膜SCA-1+祖细胞在高脂血症条件下迁移的分子机制 | 首次发现高脂血症通过miRNA-29b/sirtuin-1/MMP-9信号轴增强血管祖细胞迁移能力 | 研究仅针对小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究高脂血症对血管外膜祖细胞迁移功能的影响机制 | 野生型和ApoE缺陷型小鼠的外膜SCA-1+祖细胞 | 单细胞生物学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和ApoE缺陷型小鼠的外膜SCA-1+细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7214 | 2025-10-06 |
Single-Cell Landscape of Transcriptional Heterogeneity and Cell Fate Decisions during Mouse Early Gastrulation
2017-08-01, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2017.07.009
PMID:28768204
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序系统描绘了小鼠早期原肠胚形成过程中的转录异质性和细胞命运决定 | 首次系统性地揭示了早期胚胎发育过程中X染色体再激活与失活的调控机制，并发现了与多能性退出相关的转录噪声特征 | 研究仅限于小鼠胚胎发育的特定阶段（E3.5至E6.5），且主要基于转录组数据分析 | 探究小鼠早期原肠胚形成过程中的基因调控机制和细胞命运决定原理 | 小鼠胚胎的内细胞团、外胚层和原始内胚层细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | E3.5至E6.5阶段的小鼠胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7215 | 2025-10-06 |
A TRPV1-to-secretagogin regulatory axis controls pancreatic β-cell survival by modulating protein turnover
2017-07-14, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.201695347
PMID:28637794
|
研究论文 | 本研究揭示了TRPV1通过调控secretagogin表达维持胰腺β细胞存活的新机制 | 发现了TRPV1-to-secretagogin调控轴通过调节蛋白质折叠和USP9X去泛素化酶活性维持β细胞结构完整性的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验，在人类糖尿病胰腺中的直接验证仍需进一步研究 | 探究TRPV1和secretagogin在胰腺β细胞存活和功能维持中的调控机制 | 人类胰腺胰岛、糖尿病供体β细胞、secretagogin敲除小鼠 | 分子生物学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7216 | 2025-10-06 |
Overcoming confounding plate effects in differential expression analyses of single-cell RNA-seq data
2017-Jul-01, Biostatistics (Oxford, England)
DOI:10.1093/biostatistics/kxw055
PMID:28334062
|
研究论文 | 本文提出了一种通过计数求和方法来克服单细胞RNA测序数据中板效应对差异表达分析的影响 | 首次系统性地证明忽略板效应会导致统计错误控制失效，并提出简单有效的计数求和方法来解决此问题 | 方法在模拟数据中验证有效，但在真实数据中的应用仍需进一步验证 | 解决单细胞RNA测序数据分析中板效应对差异表达基因检测的干扰问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 差异表达分析统计模型 | 基因表达计数数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 7217 | 2025-10-06 |
Defining epithelial cell dynamics and lineage relationships in the developing lacrimal gland
2017-07-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.150789
PMID:28576768
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了泪腺发育过程中的上皮细胞动态变化和谱系关系 | 首次发现泪腺发育早期存在多种免疫、上皮和间充质细胞亚群，并提供了KRT5上皮细胞单能性的直接证据 | 主要基于小鼠模型研究，人类样本验证有限 | 阐明泪腺发育过程中的细胞类型和谱系关系 | 发育中的小鼠和人类泪腺 | 发育生物学 | NA | 单细胞测序,谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 发育不同阶段的小鼠泪腺样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7218 | 2025-10-06 |
Deconstructing Olfactory Stem Cell Trajectories at Single-Cell Resolution
2017-06-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2017.04.003
PMID:28506465
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和谱系追踪技术解析嗅觉干细胞发育轨迹 | 首次在单细胞分辨率下揭示嗅觉干细胞通过直接命运转换产生支持细胞，并证明群体水平的多能性源于单个干细胞的集体单能性命运决定 | 研究主要关注出生后嗅觉上皮，未涉及胚胎发育阶段或其他干细胞微环境 | 阐明干细胞命运决定机制和组织稳态调控 | 嗅觉上皮干细胞及其后代细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 体内谱系追踪, 统计分析 | NA | 单细胞基因表达数据, 谱系追踪数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7219 | 2025-10-06 |
Mex3a Marks a Slowly Dividing Subpopulation of Lgr5+ Intestinal Stem Cells
2017-06-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2017.02.007
PMID:28285904
|
研究论文 | 本研究发现了Lgr5+肠道干细胞池中存在异质性，Mex3a标记了一个缓慢分裂的Lgr5+干细胞亚群 | 首次在Lgr5+肠道干细胞池中发现并表征了Mex3a标记的缓慢循环干细胞亚群 | NA | 探索Lgr5+肠道干细胞池的异质性和功能特性 | Lgr5+肠道干细胞及其Mex3a+亚群 | 干细胞生物学 | 肠道疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7220 | 2025-10-06 |
Normalizing single-cell RNA sequencing data: challenges and opportunities
2017-Jun, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.4292
PMID:28504683
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综述 | 本文讨论单细胞RNA测序数据标准化面临的挑战与机遇 | 评估传统标准化方法在单细胞转录组学中的适用性并提出替代方案 | 未进行实证数据验证，主要基于方法论讨论 | 分析单细胞RNA测序数据标准化方法的适用性 | 单细胞转录组数据标准化方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |