单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30815 篇文献，本页显示第 581 - 600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2025-09-01 |
High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer
2025-Jul-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx3800
PMID:40705858
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研究论文 | 介绍PEtracer技术，一种基于prime editing的演化谱系追踪方法，用于高分辨率绘制细胞状态和谱系动态 | 开发了兼容单细胞测序和多模态成像的prime editing谱系追踪技术，可在保留组织空间背景的同时联合分析细胞状态和谱系 | NA | 绘制发育和疾病中细胞命运决定的时空动态 | 小鼠肿瘤转移模型中的细胞 | 生物技术 | 肿瘤 | prime editing, MERFISH空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据，成像数据 | NA |
| 582 | 2025-09-01 |
Spatial isoform sequencing at sub-micrometer single-cell resolution reveals novel patterns of spatial isoform variability in brain cell types
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.25.661563
PMID:40667010
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研究论文 | 开发并应用高分辨率空间异构体测序技术Spl-ISO-Seq2，揭示小鼠大脑中细胞类型内空间异构体变异的新模式 | 实现220纳米点大小和500纳米分辨率的亚微米单细胞分辨率空间测序，首次在兴奋性神经元等特定细胞类型中证实空间异构体变异的存在 | NA | 解析大脑空间转录组中异构体水平的变异模式，区分细胞类型内变异与区域间细胞丰度差异 | 成年小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | NA | Spl-ISO-Seq2, 长读长测序 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 583 | 2025-09-01 |
Hepatocyte Apolipoprotein J Accelerates Injury-induced Liver Fibrosis by Activation Signal Transducer and Activator of Transcription 3 Through Ranbp2 Mediated-SUMOylation
2025-Jun-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101556
PMID:40545037
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研究论文 | 本研究探讨肝细胞载脂蛋白J通过Ranbp2介导的SUMO化激活STAT3通路，加速损伤诱导的肝纤维化进程 | 首次揭示ApoJ通过促进STAT3的K679位点SUMO化增强其核转位，激活STAT3通路并驱动肝星状细胞活化的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床验证尚需进一步开展 | 阐明肝细胞ApoJ调控STAT3通路介导肝星状细胞活化的旁分泌信号机制 | 肝细胞、肝星状细胞、小鼠模型和肝硬化患者单细胞RNA测序数据 | 分子病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序、基因敲除和过表达模型、细胞培养上清处理 | NA | 基因表达数据、病理学数据 | 肝硬化患者和健康对照的单细胞RNA测序数据集，以及多种肝纤维化小鼠模型 |
| 584 | 2025-09-01 |
A novel frameshift mutation in Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 1 ( PIK3R1 ) causes immunodeficiency and Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS)
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655625
PMID:40568112
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研究论文 | 本文报道了一种PIK3R1基因的新型移码突变导致免疫缺陷和肌萎缩侧索硬化（ALS）的机制研究 | 首次发现PIK3R1 c.1710dup突变通过单倍体不足导致AKT激活、神经元电功能紊乱和凋亡增加，揭示了该突变在神经功能与存活中的新作用 | NA | 探究PIK3R1基因突变导致免疫缺陷和ALS的分子机制 | 携带PIK3R1 c.1710dup突变的患者来源iPSC、运动神经元及脑类器官 | 分子遗传学 | 肌萎缩侧索硬化 | iPSC技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、通路分析 | NA | 基因测序数据、RNA表达数据 | 1例患者及匹配对照的细胞和类器官模型 |
| 585 | 2025-09-01 |
Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data
2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643160
PMID:40161614
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研究论文 | 提出基于图神经网络的细胞分割工具Segger，用于成像空间转录组数据中快速准确的转录本-细胞分配 | 将细胞分割转化为转录本-细胞链接预测任务，利用异构图表示和单细胞RNA-seq信息提升分配准确性 | NA | 解决成像空间转录组技术中转录本细胞来源分配的准确性问题 | 成像空间转录组数据中的细胞和转录本 | 数字病理学 | NA | 成像空间转录组技术，单细胞RNA-seq | 图神经网络(GNN) | 空间转录组成像数据 | 多个Xenium数据集基准测试 |
| 586 | 2025-09-01 |
Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus
2024-Dec-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5398491/v1
PMID:39711562
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研究论文 | 介绍DBiTplus技术，整合基于测序和成像的空间组学方法在同一组织切片上实现转录组和蛋白质组的空间映射 | 开发了DBiTplus多模态空间组学方法，首次在同一组织切片上结合测序空间转录组和成像空间蛋白质分析，实现单细胞分辨率细胞分型和基因组尺度通路研究 | NA | 推进对异质性细胞过程的理解并连接细胞类型与功能 | 小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织 | 空间组学 | 淋巴瘤 | 空间转录组测序、CODEX高复用蛋白质成像、微流控DNA寡核苷酸递送、RNaseH酶处理 | NA | 空间转录组数据、蛋白质成像数据 | 多种组织类型包括小鼠胚胎、人淋巴结和淋巴瘤FFPE样本 |
| 587 | 2025-09-01 |
Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624562
PMID:39605372
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研究论文 | 本研究探讨了双特异性磷酸酶1（DUSP1）在伯氏疏螺旋体脂蛋白调控巨噬细胞炎症通路中的作用 | 应用单细胞RNA测序和无偏蛋白质组学方法，首次揭示DUSP1在早期宿主响应中的上调及其对NLRP3炎症信号和线粒体变化的双向调控作用 | 研究基于小鼠骨髓来源巨噬细胞模型，结果向人体或自然宿主的直接推广需进一步验证 | 解析宿主细胞对伯氏疏螺旋体脂蛋白的响应机制，并探索DUSP1作为治疗靶点的潜力 | 小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs） | 免疫学与感染性疾病 | 莱姆病 | scRNA-Seq, 蛋白质组学分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | 用不同浓度脂蛋白处理的小鼠BMDMs样本 |
| 588 | 2025-09-01 |
Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus
2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.07.622523
PMID:39605581
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研究论文 | 提出DBiTplus方法，整合基于测序和成像的空间组学技术，在同一组织切片上实现转录组和蛋白质组的空间映射 | 开发了结合空间转录组测序和高通量蛋白质成像的统一工作流程，首次实现同一组织切片的单细胞分辨率多模态空间组学分析 | NA | 开发整合多模态空间组学技术的方法，以促进对异质性细胞过程的理解 | 小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织 | 空间组学 | 淋巴瘤 | 空间转录组测序、CODEX蛋白质成像、微流控DNA寡核苷酸递送 | NA | 空间转录组数据、蛋白质成像数据 | 多种组织类型（包括小鼠胚胎、人淋巴结和淋巴瘤组织） |
| 589 | 2025-09-01 |
Spatiotemporal lineage tracing reveals the dynamic spatial architecture of tumor growth and metastasis
2024-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.21.619529
PMID:39484491
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研究论文 | 本研究整合空间转录组学和谱系追踪技术，揭示肺腺癌模型中肿瘤生长、可塑性和转移与微环境重塑的协同演化 | 结合高分辨率空间转录组学与动态谱系追踪技术，首次在时空维度解析肿瘤亚克隆与微环境的共进化关系 | 研究基于小鼠模型，人类肿瘤的适用性需进一步验证 | 阐明肿瘤细胞状态与微环境结构如何协同促进肿瘤进展 | Kras驱动的肺腺癌小鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学, 谱系追踪 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠模型样本（具体数量未明确说明） |
| 590 | 2025-09-01 |
Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.03.583179
PMID:38496477
|
研究论文 | 提出Sunbear联合建模框架，用于整合多条件和多模态单细胞时间序列数据 | 开发能够同时处理多条件（如性别、批次）和多模态（如scRNA-seq、scATAC-seq）数据的时序建模方法，实现单细胞时序谱的插补、对齐和外推 | NA | 推断小鼠胚胎发育过程中的多条件和多模态时序谱 | 小鼠胚胎单细胞 | 计算生物学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 联合建模框架（Sunbear） | 单细胞多模态时序数据 | NA |
| 591 | 2025-09-01 |
Monocyte Single-Cell Multimodal Profiling in Cardiovascular Disease Risk States
2024-Aug-30, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324457
PMID:39105287
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研究论文 | 通过单细胞多模态分析揭示心血管疾病风险状态下单核细胞的异质性和功能亚群 | 首次结合CITE-seq和scRNA-seq技术对超过43万单核细胞进行高维多模态分析，识别出多个功能独特的亚群并验证其存在 | NA | 解析单核细胞在心血管疾病风险状态下的转录组和表型景观 | 人类和小鼠模型的单核细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | CITE-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 表型数据 | 437,126个单核细胞 |
| 592 | 2025-09-01 |
Cytomulate: accurate and efficient simulation of CyTOF data
2023-11-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03099-1
PMID:37974276
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研究论文 | 开发了一种名为Cytomulate的CyTOF数据模拟算法，用于支持细胞计数方法的评估与开发 | 能够准确捕捉CyTOF数据的多种特征，并在学习整体数据分布方面优于单细胞RNA-seq方法及生成模型 | NA | 提供可重现且准确的CyTOF数据模拟，为方法开发和评估奠定基础 | CyTOF数据 | 计算生物学 | NA | CyTOF（飞行时间质谱流式细胞术） | 生成模型 | 细胞计数数据 | NA |
| 593 | 2025-08-31 |
Integrated multidimensional bioinformatics analysis of the molecular mechanisms of ulcerative colitis-associated colorectal cancer and MMP1 as a potential therapeutic target
2025-Sep, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-025-00917-5
PMID:40681672
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研究论文 | 通过整合多组学分析探索溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制并识别MMP1作为潜在治疗靶点 | 首次结合孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序揭示MMP1通过免疫微环境调节发挥保护作用，并预测ilomastat作为新型抑制剂 | 研究依赖于公共数据库数据，需实验验证MMP1机制和ilomastat疗效 | 解析UC相关CRC的分子机制并寻找治疗靶点 | 溃疡性结肠炎和结直肠癌的分子数据与基因表达谱 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 多组学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接 | 生物网络分析 | 基因组、转录组、蛋白质组数据 | 来自GEO、TCGA和GWAS数据库的多组学数据集 |
| 594 | 2025-08-31 |
Immune signaling mediates stromal changes to support epithelial reprogramming in celiac duodenum
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116039
PMID:40694474
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析乳糜泻十二指肠中免疫信号介导的基质变化以支持上皮重编程 | 构建了迄今最全面的乳糜泻单细胞RNA测序数据集，揭示了成纤维细胞通过IL-1β和IFN-γ介导支持上皮干细胞重编程的新机制 | NA | 研究乳糜泻中细胞间通信机制及组织水平细胞动态响应 | 乳糜泻患者和对照组的十二指肠组织样本 | 单细胞测序分析 | 乳糜泻 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 21例活动性乳糜泻和11例对照十二指肠样本，共203,555个细胞 |
| 595 | 2025-08-31 |
A STAT3/integrin axis accelerates pancreatic cancer initiation and progression
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116010
PMID:40701148
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研究论文 | 本研究揭示了STAT3通过调控ITGB3表达加速胰腺癌发生发展的新机制 | 发现STAT3通过染色质可及性调控ITGB3表达的塑性调控机制，并建立了一个18基因特征用于生存分层 | NA | 探究STAT3信号通路在胰腺导管腺癌进展中的调控机制 | 胰腺导管腺癌细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | ChIP-seq, 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA |
| 596 | 2025-08-31 |
Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes radioresistance in non-small-cell lung cancer
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116018
PMID:40711881
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研究论文 | 本研究探讨癌症相关成纤维细胞（CAFs）来源的Fibulin-5通过抑制铁死亡促进非小细胞肺癌放疗抵抗的机制 | 首次揭示CAFs通过分泌Fibulin-5激活整合素αVβ5/Src-STAT3通路并抑制ACSL4表达，从而削弱放疗诱导的铁死亡过程 | NA | 鉴定预测放疗疗效的CAF表达分子并阐明非小细胞肺癌放疗抵抗机制 | 非小细胞肺癌患者组织样本、癌症相关成纤维细胞及癌细胞系 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、基因敲低、临床组织分析 | NA | 基因表达数据、临床数据 | 复发患者组织样本（具体数量未明确说明） |
| 597 | 2025-08-31 |
A basophil-fibroblast pro-inflammatory axis fuels type 2 skin inflammation
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116114
PMID:40782349
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研究论文 | 本研究通过单细胞时空图谱揭示了嗜碱性粒细胞与成纤维细胞之间的促炎轴在2型皮肤炎症中的关键作用 | 首次发现嗜碱性粒细胞通过分泌OSM和IL-4协同激活促炎性成纤维细胞，形成正向反馈循环驱动免疫细胞招募 | 研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 解析2型皮肤炎症的细胞机制并识别治疗靶点 | 小鼠皮肤炎症模型（MC903和oxazolone诱导的皮炎） | 免疫学 | 特应性皮炎 | MERFISH, scRNA-seq | NA | 单细胞空间转录组数据 | 约430,000个细胞 |
| 598 | 2025-08-31 |
Gut commensal microbiota drive tailored macrophage responses
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116157
PMID:40828655
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类巨噬细胞对多种共生菌的响应，揭示其异质性和菌种特异性 | 首次大规模使用单细胞RNA测序（74,476个细胞）研究人类巨噬细胞对15种共生菌的响应，发现菌种特异性和Gram状态影响的转录簇 | 研究使用单核细胞衍生的巨噬细胞，可能不完全代表体内原生巨噬细胞行为 | 探究人类巨噬细胞对不同共生菌的异质性免疫响应机制 | 人类单核细胞衍生的巨噬细胞和15种主要共生细菌 | 免疫学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 74,476个单核细胞衍生的巨噬细胞，暴露于15种细菌 |
| 599 | 2025-08-31 |
FAHD1-mediated pyruvate metabolism in hepatocellular carcinoma: Multi-omics and causal genetic evidence
2025-Aug-14, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100494
PMID:40814172
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研究论文 | 本研究通过多组学与因果遗传证据揭示FAHD1介导的丙酮酸代谢在肝细胞癌中的作用机制 | 首次整合单细胞转录组、空间图谱和遗传因果推断识别丙酮酸高活性上皮亚群，发现FAHD1作为因果驱动因子并揭示其通过ITGB2介导的细胞互作机制 | NA | 探究肝细胞癌中丙酮酸代谢的因果调控因子及其空间互作机制 | 肝细胞癌肿瘤微环境中的上皮细胞亚群和癌症相关成纤维细胞 | 多组学分析 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组学、空间图谱、孟德尔随机化、分子对接 | NA | 转录组数据、空间数据、遗传数据 | NA |
| 600 | 2025-08-31 |
Colorectal cancer heterogeneity co-evolves with tumor architecture to determine disease outcome
2025-Aug-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.11.669722
PMID:40832253
|
研究论文 | 利用深度学习分析结直肠癌组织架构和细胞核形态，揭示肿瘤异质性与组织结构的协同演化关系及其对患者预后的预测价值 | 开发了亚细胞分辨率的高通量图像分析范式，结合空间转录组学等技术首次发现组织结构与细胞状态间的动态协同演化反馈环路 | NA | 探究结直肠癌异质性演化机制及其与临床预后的关系 | 结直肠癌患者组织样本和类器官 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 深度学习、空间转录组学、多重免疫组化、患者来源类器官 | 深度学习 | 图像、转录组数据 | NA |