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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2025-11-14 |
Kushe Tincture Ameliorates DNCB-Induced Atopic Dermatitis by Affecting NF-Kb/JAK-STAT3 Pathway: Bioinformatics Analysis and Animal Experiment Verification
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S562462
PMID:41209388
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和动物实验验证苦参酊剂通过影响NF-Kb/JAK-STAT3通路改善DNCB诱导的特应性皮炎 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和动物实验系统揭示苦参酊剂治疗特应性皮炎的分子机制 | 研究主要聚焦于NF-KB1和STAT3两个核心靶点,可能忽略其他潜在作用靶点 | 探索苦参酊剂治疗DNCB诱导的特应性皮炎的作用机制 | DNCB诱导的特应性皮炎小鼠模型 | 生物信息学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,流式细胞术,Western blotting | NA | 基因表达数据,蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 562 | 2025-11-14 |
Retinoic Acid-Loaded Cartilage Organoids Attenuate Chondrocyte Senescence in Osteoarthritis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S545622
PMID:41209382
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研究论文 | 本研究开发了一种负载视黄酸的仿生软骨类器官系统,用于减轻骨关节炎中的软骨细胞衰老 | 结合多组学分析和机器学习识别关键衰老相关基因,开发新型三相GelMA/HAMA软骨类器官系统实现视黄酸时空控释 | 研究主要基于大鼠DMM模型,需要进一步临床验证 | 开发靶向软骨细胞衰老的骨关节炎治疗策略 | 骨关节炎软骨细胞、大鼠DMM模型 | 机器学习和生物信息学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析、分子对接、分子动力学模拟 | 机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 563 | 2025-11-14 |
Microbial function in food fermentations: Current research and future directions
2025, Current research in microbial sciences
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.crmicr.2025.100491
PMID:41209716
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综述 | 概述食品发酵中微生物功能研究方法,涵盖传统到新兴技术,并总结近期发酵食品微生物功能研究进展 | 强调从微生物组成研究向功能研究的范式转变,提出稳定同位素探测和单细胞测序等新兴技术的应用潜力 | 现有功能预测方法产生群体平均数据,掩盖功能异质性、稀有类群和低丰度种群中的关键贡献者 | 指导复杂发酵系统中微生物功能的针对性研究 | 食品发酵过程中的微生物群落 | 微生物组学 | NA | 扩增子测序、组学技术、稳定同位素探测、单细胞测序 | NA | 微生物组数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 564 | 2025-11-14 |
Ce -NeRV3D - a C. elegans Neuron RNA-seq Visualization tool in 3D
2025, microPublication biology
DOI:10.17912/micropub.biology.001830
PMID:41210177
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研究论文 | 开发了一个用于在秀丽隐杆线虫3D神经系统中可视化基因表达模式的Blender插件工具 | 首次实现了在完整3D神经系统解剖结构中无限制数量基因表达模式的可视化,并提供可定制的颜色映射和交互式数据探索功能 | NA | 开发神经系统中基因表达空间分布的可视化工具 | 秀丽隐杆线虫的神经系统 | 生物信息学可视化 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、3D解剖结构数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 565 | 2025-11-14 |
PRTS: Predicting Single-Cell Spatial Transcriptomic Maps from Histological Images
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0961
PMID:41210658
|
研究论文 | 提出PRTS框架,能够直接从组织学图像预测单细胞分辨率的空间转录组数据 | 首次实现仅使用H&E染色组织图像就能准确预测单细胞水平转录组数据,将分析单元数量提升约27倍 | NA | 开发从组织学图像预测空间转录组数据的方法,降低空间转录组技术的应用成本 | 组织切片中的细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学,组织学成像 | NA | 图像,转录组数据 | 每个组织切片约60,000个可分析细胞区域 | NA | 空间转录组学,单细胞分析 | NA | NA |
| 566 | 2025-11-14 |
Exploring the Glycolytic Mechanisms in "Driver Gene-Negative" Lung Adenocarcinoma (LUAD): A Single-Cell RNA Sequencing Approach to Identify the MIF-HIF-1α Axis
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.119149
PMID:41210694
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索驱动基因阴性肺腺癌中的糖酵解机制,发现MIF-HIF-1α轴在糖酵解过程中的关键作用 | 首次在驱动基因阴性肺腺癌中揭示MIF与HIF-1α之间的正反馈调控轴,为这类缺乏有效靶向治疗的患者提供了新的治疗靶点 | 样本量相对有限(49例患者),需要更大规模的研究验证发现 | 阐明驱动基因阴性肺腺癌中糖酵解通路的作用,识别关键基因和潜在治疗靶点 | 驱动基因阴性肺腺癌患者 | 单细胞测序分析 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,基因集富集分析,免疫印迹 | 风险评分模型,Seurat分析流程 | RNA测序数据 | 49例驱动基因阴性肺腺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 567 | 2025-11-14 |
Identification and validation of the important role of tryptophan-related gene CYP1B1 in the development and progression of sepsis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0335944
PMID:41212877
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证发现色氨酸代谢相关基因CYP1B1在脓毒症发生发展中起重要作用 | 首次发现CYP1B1在脓毒症单核细胞中高表达并通过激活单核细胞促进疾病进展 | 研究主要基于公共数据库数据和体外实验,需要更多临床样本验证 | 阐明色氨酸代谢在脓毒症免疫特征中的功能 | 脓毒症患者血液样本和单核细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA测序,单细胞测序,RT-qPCR,Transwell实验,Western blot,免疫荧光染色 | NA | RNA测序数据,基因表达数据 | 来自GSE28750、GSE65682、GSE69528和GSE137342数据集的血液样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 568 | 2025-11-14 |
Single-Cell RNA Analysis Reveals Aberrant Expression of Immune-Related Genes and Transcriptional Regulation of NK Cells in Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2025, Critical reviews in immunology
IF:0.8Q4
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示慢性阻塞性肺疾病中NK细胞的免疫相关基因异常表达及转录调控机制 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,识别出COPD中NK细胞的55个共同免疫相关基因和43个转录因子,发现EGR1、JUN和FOS是核心调控因子 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;样本来源和数量未明确说明 | 探究慢性阻塞性肺疾病中NK细胞的免疫相关基因表达特征和转录调控机制 | COPD患者的肺组织样本和NK细胞 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 生物信息学分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 569 | 2025-11-14 |
Single cell deciphering of pruritic keloids: the interaction between fibroblasts and Schwann cells through the Midkine signaling
2025, Burns & trauma
IF:6.3Q1
DOI:10.1093/burnst/tkaf057
PMID:41216187
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示瘢痕疙瘩中成纤维细胞与雪旺细胞通过Midkine信号通路的相互作用机制 | 首次发现Midkine(MDK)在瘢痕疙瘩疼痛和瘙痒中的关键作用,并阐明成纤维细胞通过MDK激活修复表型雪旺细胞的分子机制 | 未明确MDK信号通路的具体下游分子机制 | 探索成纤维细胞和雪旺细胞在瘙痒性和疼痛性瘢痕疙瘩中的潜在作用 | 瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞和雪旺细胞 | 单细胞测序分析 | 皮肤纤维增生性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 570 | 2025-11-14 |
Different metabolic paradigms and distribution of regulatory T cells between primary and lymph node metastasis prostate cancer
2025, CytoJournal
IF:2.5Q2
DOI:10.25259/Cytojournal_44_2025
PMID:41216232
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析比较了原发性前列腺癌和淋巴结转移中调节性T细胞的代谢特征和分布差异 | 首次在单细胞水平揭示了前列腺癌原发灶与转移灶中Treg细胞亚群的代谢重编程差异及其与淋巴转移的关系 | 样本量有限,需要更大规模的研究验证结果 | 探究前列腺癌原发灶与淋巴结转移中调节性T细胞的代谢特征和分布差异 | 原发性前列腺癌和淋巴结转移组织样本 | 单细胞测序分析 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫组织化学图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 571 | 2025-11-14 |
Development of a novel prognostic prediction model using mitochondrial-related genes and single-cell sequencing data for colorectal carcinoma
2025, Translational gastroenterology and hepatology
IF:3.8Q2
DOI:10.21037/tgh-25-89
PMID:41216283
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研究论文 | 本研究开发了一种基于线粒体相关基因和单细胞测序数据的结直肠癌预后预测模型 | 首次结合单细胞RNA测序数据和线粒体基因集构建结直肠癌预后预测模型,识别出5个关键线粒体基因并建立风险评分系统 | 需要在更广泛的患者队列中验证研究结果,样本来源相对有限 | 系统研究线粒体基因在结直肠癌中的预后潜力,开发可靠的风险评分模型 | 结直肠癌患者组织样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,差异基因表达分析,基因集富集分析,通路分析,Cox比例风险回归分析 | Cox回归模型,风险评分模型 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | TCGA数据库结直肠癌组织样本,外部验证集GSE17536队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 572 | 2025-11-14 |
Decoding the Prognosis-Related S100A9high Monocyte in Glioblastoma Using Single-Cell and Spatial Transcriptome Sequencing
2025, OncoTargets and therapy
IF:2.7Q3
DOI:10.2147/OTT.S553018
PMID:41216330
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组测序技术揭示了胶质母细胞瘤中S100A9高表达单核细胞的异质性及其与不良预后的关联 | 首次从配体-受体网络角度识别胶质母细胞瘤亚型,并发现S100A9高表达单核细胞这一新型预后不良相关细胞亚群 | 研究样本量有限,需要更大规模验证;机制研究主要基于体外实验 | 解析胶质母细胞瘤中单核细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的功能 | 胶质母细胞瘤患者样本中的单核细胞和巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, 免疫荧光, T细胞共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | NA |
| 573 | 2025-11-14 |
Unraveling the Heterogeneity of Tumor Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma by SingleCell RNA Sequencing and its Implications for Prognosis and Therapeutic Response
2024-11-28, The Turkish journal of gastroenterology : the official journal of Turkish Society of Gastroenterology
DOI:10.5152/tjg.2024.24118
PMID:39641225
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综述 | 通过单细胞RNA测序技术解析肝细胞癌肿瘤免疫微环境的异质性及其对预后和治疗反应的影响 | 首次从细胞、转录和标志物三个维度系统阐述肝细胞癌肿瘤免疫微环境异质性,并探讨其在免疫治疗时代的意义 | 对肿瘤免疫微环境异质性在肝细胞癌发展中的作用理解仍有限 | 探索肝细胞癌肿瘤免疫微环境异质性及其临床意义 | 肝细胞癌肿瘤免疫微环境 | 单细胞测序分析 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 574 | 2025-11-14 |
Microglia and monocyte-derived macrophages drive progression of pediatric high-grade gliomas and are transcriptionally shaped by histone mutations
2024-11-12, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.09.007
PMID:39395421
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研究论文 | 本研究揭示了髓系细胞在儿童高级别胶质瘤进展中的关键作用及其受组蛋白突变调控的机制 | 首次在免疫健全的原位小鼠模型中证实髓系细胞是pHGGs中主要的非肿瘤浸润细胞,并发现组蛋白突变和肿瘤位置共同塑造髓系细胞异质性 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需扩展 | 探究髓系细胞在儿童高级别胶质瘤进展中的作用及潜在治疗靶点 | 儿童高级别胶质瘤(pHGGs)包括半球pHGGs和弥漫中线胶质瘤(DMGs) | 单细胞生物学 | 儿童高级别胶质瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、组织切片图像 | 小鼠模型和人类pHGG样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 575 | 2025-11-14 |
Cell cycle-driven transcriptome maturation confers multilineage competence to cardiopharyngeal progenitors
2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604718
PMID:39091743
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了心脏咽部祖细胞在细胞周期驱动下获得多谱系能力的转录组成熟机制 | 发现细胞周期驱动的转录组成熟过程,提出'行为能力'概念,揭示细胞周期进程与命运决定之间的耦合机制 | 研究基于海鞘模型,在哺乳动物中的普适性需要进一步验证 | 探究多谱系能力的获得机制及命运决定与细胞周期进程的耦合关系 | 海鞘心脏咽部祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 576 | 2025-11-14 |
CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning
2024-May-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1
PMID:38826463
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研究论文 | 提出一种名为CoCo-ST的图对比学习特征表示方法,用于比较和对比空间转录组数据集 | 通过引入代表正常组织的背景数据集,增强目标数据集中有趣模式的识别,同时减少共享主导模式的影响 | 方法主要针对空间转录组数据,在其他数据类型上的适用性尚未验证 | 开发能够更好识别空间转录组数据中生物学相关特征的方法 | 小鼠癌前肺组织样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 图对比学习 | 图对比学习模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 577 | 2025-11-14 |
Clonally expanded memory CD8+ T cells accumulate in atherosclerotic plaques and are pro-atherogenic in aged mice
2023-12, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00515-w
PMID:37996758
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研究论文 | 本研究揭示了衰老过程中记忆CD8+ T细胞在动脉粥样硬化斑块中的克隆性扩增及其促动脉粥样硬化作用 | 首次发现衰老相关的记忆CD8+ T细胞亚群在动脉粥样硬化斑块中克隆性扩增并具有促动脉粥样硬化功能 | 研究仅使用雌性小鼠,未涉及雄性动物模型 | 探究衰老对CD8 T细胞在动脉粥样硬化发生过程中的作用机制 | 年轻和年老雌性小鼠的CD8 T细胞及动脉粥样硬化斑块 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,适应性转移实验,细胞清除实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和年老雌性小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 578 | 2025-11-14 |
scDiffCom: a tool for differential analysis of cell-cell interactions provides a mouse atlas of aging changes in intercellular communication
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00514-x
PMID:37919434
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研究论文 | 开发了scDiffCom工具和scAgeCom图谱,用于分析细胞间通讯的年龄相关变化 | 提供了首个覆盖23个小鼠组织的细胞间通讯衰老变化图谱,基于约5000个配体-受体相互作用 | 仅基于小鼠单细胞转录组数据,尚未在人类数据中验证 | 量化并探索细胞间通讯在衰老过程中的变化 | 小鼠23个组织的单细胞RNA测序数据 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 58个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 579 | 2025-11-14 |
Spatial and single-cell profiling of the metabolome, transcriptome and epigenome of the aging mouse liver
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00513-y
PMID:37946043
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学结合单细胞多组学技术揭示了小鼠肝脏中不同区域细胞随年龄变化的代谢、表观遗传和转录组特征 | 首次整合空间转录组学、单细胞ATAC-seq和RNA-seq、脂质组学及功能分析,揭示肝脏微环境对细胞衰老轨迹的空间依赖性影响 | 研究仅针对雄性小鼠肝脏,未涉及雌性个体或其他组织类型 | 探究组织微环境变化如何影响不同空间位置细胞的表观遗传、代谢和表型特征随年龄的变化 | 雄性小鼠肝脏中的肝细胞 | 空间生物学,单细胞多组学 | 衰老相关疾病 | 空间转录组学,单细胞ATAC-seq,单细胞RNA-seq,脂质组学,功能分析 | NA | 空间转录组数据,单细胞表观基因组数据,单细胞转录组数据,代谢组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞ATAC-seq,单细胞RNA-seq,脂质组学 | NA | NA |
| 580 | 2025-11-14 |
CD133+ endothelial-like stem cells restore neovascularization and promote longevity in progeroid and naturally aged mice
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00512-z
PMID:37946040
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研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞转录组学鉴定出CD133+骨髓源性内皮样细胞,证明其能恢复衰老小鼠的新血管形成并延长寿命 | 首次鉴定CD133+内皮样干细胞作为潜在内皮祖细胞,并发现法尼基二磷酸合酶(FDPS)在衰老过程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果仍需验证 | 探索干细胞衰老机制及治疗早衰症和年龄相关疾病的策略 | 早衰模型小鼠和自然衰老小鼠 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 谱系追踪, 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 早衰和自然衰老小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |