单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-02	Machine learning-guided single-cell multiomics uncovers GDF15-driven immunosuppressive niches in NSCLC: A translational framework for overcoming anti-PD-1 resistance 2025-Jun-28, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102459 PMID:40582068	研究论文	通过机器学习引导的单细胞多组学分析，揭示了非小细胞肺癌中GDF15驱动的免疫抑制微环境，并提出了克服抗PD-1耐药的转化框架	开发了一种加速斜向随机生存森林模型，在预测准确性上优于传统的Cox回归和深度学习方法，并首次将GDF15定位为预测ICB耐药的生物标志物	研究样本量相对较小（n=156），且功能研究仅限于Lewis肺癌细胞，未涵盖其他NSCLC亚型	识别免疫检查点阻断（ICB）疗效的决定因素，并开发预测ICB耐药的生物标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者样本和Lewis肺癌细胞	机器学习	肺癌	单细胞RNA测序、非负矩阵分解	Accelerated Oblique Random Survival Forest	多组学数据、单细胞RNA测序数据	156例NSCLC患者样本
42	2025-07-02	From roots to nodules: regulation of organogenesis in nitrogen-fixing symbiosis 2025-Jun-28, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2025.102755 PMID:40582138	review	本文综述了固氮共生中器官发生的调控机制，特别是豆科植物根瘤的发育过程	探讨了根瘤与侧根在发育过程中的相似性与进化分歧，并介绍了单细胞和空间转录组学等新兴工具的应用	主要关注豆科植物（Papilionoideae 分支），可能不适用于其他固氮植物	理解固氮共生中器官发生的分子和细胞机制	豆科植物的根瘤和侧根	植物生物学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、先进成像技术、系统基因组学	NA	基因表达数据、成像数据	NA
43	2025-07-02	Multipotent lineage potential in B cell acute lymphoblastic leukemia is associated with distinct cellular origins and clinical features 2025-Jun-27, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00987-2 PMID:40579588	研究论文	本研究通过整合89个B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）样本的单细胞转录组测序（scRNA-seq）数据与正常人类B细胞发育的单细胞图谱，探讨了B-ALL的发育起源及其与谱系可塑性和治疗反应的关系	揭示了B-ALL亚型中多能祖细胞的富集及其与谱系可塑性的关联，并开发了一个与较差生存率独立相关的'多能性评分'	研究样本量相对较小（89个B-ALL样本），且未涉及所有已知的B-ALL亚型	探讨B-ALL的发育起源及其与谱系可塑性和治疗反应的关系	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）	单细胞转录组学	B细胞急性淋巴细胞白血病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	89个B-ALL样本
44	2025-07-02	Single-cell multi-omics analysis reveals the plasticity of isthmus stem cells in gastric carcinogenesis 2025-Jun-27, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110662 PMID:40580616	研究论文	通过单细胞多组学测序技术，揭示了胃峡部干细胞在胃癌发生中的可塑性及其重要作用	整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，首次识别出胃峡部干细胞在胃癌中的三种状态，并重构了胃癌细胞的谱系轨迹	样本量有限，未涉及胃癌不同亚型的比较分析	探究胃癌发生过程中细胞组成和发育轨迹	胃癌患者的配对肿瘤和癌旁组织样本	单细胞组学	胃癌	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞多组学数据	未明确说明样本数量
45	2025-07-02	Enhancing ovarian cancer prognosis with an artificial intelligence-derived model: Multi-omics integration and therapeutic implications 2025-Jun-27, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102439 PMID:40580871	研究论文	本研究通过整合多组学数据和人工智能技术，开发了一个用于卵巢癌预后预测的AI衍生预后指数（AIDPI）模型，并探讨了其治疗意义	利用多数据集分析和机器学习算法构建AIDPI模型，首次将MFAP4基因鉴定为卵巢癌的潜在治疗靶点	研究主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床验证	开发高精度的卵巢癌预后预测工具并探索其治疗应用	卵巢癌患者	数字病理	卵巢癌	RNA测序（bulk和single-cell），DNA甲基化分析	机器学习集成模型	转录组数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的多中心数据集
46	2025-07-02	Lymph node fibroblast phenotypes and immune crosstalk regulated by podoplanin activity 2025-Jun-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115908 PMID:40581928	研究论文	探讨淋巴节点中成纤维细胞表型及免疫交互受podoplanin活性调控的机制	首次直接测试了PDPN信号在成体淋巴节点FRCs中的需求，并揭示了PDPN缺失如何影响炎症信号和基质-免疫细胞交互	研究主要基于小鼠模型，未涉及人类样本	研究淋巴节点中成纤维细胞与免疫细胞交互的分子机制	淋巴节点中的成纤维网状细胞(FRCs)及免疫细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	条件性体内缺失模型	基因表达数据	未明确提及样本数量
47	2025-07-02	Multi-omics Analysis of Polyamine Metabolism Implicates NT5E/CD73 in the Progression of Pancreatic Cancer 2025-Jun-27, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217887 PMID:40582491	研究论文	通过多组学分析探讨多胺代谢在胰腺癌进展中的作用，并鉴定NT5E/CD73作为关键调控基因	首次系统性地整合了批量转录组学、单细胞RNA测序和功能实验，全面表征了胰腺癌中的多胺代谢，并开发了基于多胺代谢的预后模型	研究主要基于实验室模型和有限的患者数据，临床转化潜力尚需进一步验证	探究多胺代谢在胰腺导管腺癌(PDAC)中的全面作用和临床意义	胰腺导管腺癌(PDAC)中的多胺代谢及其关键调控基因NT5E/CD73	癌症代谢	胰腺癌	批量转录组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、主成分分析、随机森林算法	随机森林算法	转录组数据、单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及体外和体内功能实验
48	2025-07-02	CCR1hi/CCL5hi macrophage-mediated CCL5hi T cell chemotaxis in salivary gland aggravates Sjögren's syndrome 2025-Jun-27, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.06.076 PMID:40582566	研究论文	本研究探讨了CCR1/CCL5在唾液腺淋巴细胞浸润和干燥综合征（SS）进展中的作用	揭示了CCR1hi/CCL5hi巨噬细胞通过CCL5介导的T细胞趋化作用在SS发病机制中的关键作用，并提出了CCR1/CCL5作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证仍需进一步扩大	探究CCR1/CCL5在干燥综合征发病机制中的作用	干燥综合征患者和非肥胖糖尿病（NOD）小鼠的唾液腺组织	免疫学	干燥综合征	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 多重免疫荧光（mIF）	NOD小鼠模型	RNA测序数据, 免疫荧光图像	干燥综合征患者和NOD小鼠的唾液腺组织样本
49	2025-07-02	Single-cell RNA profiling identifies immune cell population shifts in diabetes associated mucosal inflammation 2025-Jun-27, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.06.008 PMID:40582570	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病相关牙周炎症中免疫细胞群体的变化，特别是γ T细胞在糖尿病增强的牙周破坏中的核心作用	首次发现γ T细胞作为糖尿病增强牙周破坏的中央介质，并验证了IL-17A产生的γ T细胞在糖尿病小鼠和人类样本中的显著扩张	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能需要在更大规模的人类研究中进一步验证	探究糖尿病与牙周疾病之间破坏性协同作用的机制	糖尿病牙周组织中的免疫细胞群体	免疫学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNAseq), 流式细胞术	NA	RNA测序数据, 流式细胞数据	糖尿病小鼠和人类糖尿病牙周标本
50	2025-07-02	The NF-κB/LY6E axis promotes oral squamous cell carcinoma stemness by responding to interaction with macrophages 2025-Jun-27, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114661 PMID:40582585	研究论文	本研究探讨了NF-κB/LY6E轴在口腔鳞状细胞癌(OSCC)干细胞特性中的作用及其与巨噬细胞相互作用的机制	揭示了NF-κB/LY6E轴作为响应巨噬细胞-OSCC细胞相互作用的关键信号枢纽，促进癌症干细胞特性	未提及具体样本量或实验设计的局限性	探索调控OSCC癌症干细胞特性的肿瘤-免疫细胞相互作用的关键信号轴	口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞和巨噬细胞	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), CytoTRACE分析	NA	基因表达数据	NA
51	2025-07-02	Single-cell sequencing has revealed the palmitoylation landscape in lung adenocarcinoma and identified ABHD17C as a novel biomarker 2025-Jun-27, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.024 PMID:40582697	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了肺腺癌中的蛋白质棕榈酰化景观，并鉴定出ABHD17C作为一种新型生物标志物	首次在单细胞水平上描绘了肺腺癌中的蛋白质棕榈酰化景观，并发现ABHD17C作为C4上皮亚型的关键标志物	研究主要聚焦于肺腺癌，未涉及其他癌症类型	探索肿瘤细胞中蛋白质棕榈酰化的异质性及其在肿瘤进展中的作用	肺腺癌(LUAD)中的上皮细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明样本数量，但分析了23种棕榈酰转移酶和7种去棕榈酰转移酶
52	2025-07-02	The progress and trends of the mechanism of cardiopulmonary bypass-associated acute lung injury: A narrative review 2025-Jun-27, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000043019 PMID:40587734	综述	本文综述了心肺转流相关急性肺损伤机制的研究进展与趋势	提出未来研究应聚焦于炎症关键靶点（如中性粒细胞、巨噬细胞和糖萼细胞外衣）以及基因编辑和单细胞测序等先进技术	未提及具体研究数据或实验验证	揭示心肺转流相关急性肺损伤的潜在机制并寻找有效的预防和治疗策略	心肺转流相关急性肺损伤的机制	医学研究	心血管疾病	基因编辑, 单细胞测序	NA	NA	NA
53	2025-07-02	Uncovering minimal pathways in melanoma initiation 2025-Jun-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60742-0 PMID:40571713	研究论文	该研究揭示了黑色素瘤起始过程中的最小通路，特别是在仅携带Braf突变的小鼠中观察到的肿瘤发生机制	发现仅Braf突变即可引发黑色素瘤，并鉴定出一种类似神经嵴的细胞类型作为恶性细胞的前体	未能找到解释大多数肿瘤发生的de novo突变或结构变异	探索黑色素瘤起始的遗传机制和细胞起源	小鼠模型中的黑色素瘤	肿瘤生物学	黑色素瘤	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	NA
54	2025-07-02	Targeting Annexin A2 to reactivate tumor-associated antigens presentation and relieve immune tolerance in liver cancer 2025-Jun-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011716 PMID:40571481	研究论文	本研究探讨了Annexin A2在肝细胞癌中调控肿瘤相关抗原呈递和免疫逃逸的机制，并验证了靶向Annexin A2对增强免疫治疗的潜在效果	首次揭示Annexin A2通过结合HSP90调控肿瘤相关抗原呈递的分子机制，并证明其作为免疫治疗新靶点的可行性	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果需要进一步验证	探究肝细胞癌免疫逃逸机制并寻找新的免疫治疗靶点	肝细胞癌细胞系、小鼠肝癌模型和患者肝癌组织	肿瘤免疫学	肝癌	CRISPR-Cas9基因敲除、单细胞测序、免疫共沉淀-液相色谱-串联质谱联用技术	化学诱导和基因诱导的原发性肝癌模型、原位移植肝癌模型	测序数据、质谱数据、细胞实验数据	未明确说明样本数量，包含多种肝癌模型和临床样本
55	2025-07-02	Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters 2025-Jun-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115907 PMID:40580476	研究论文	研究通过一项为期3年的研究，调查了78名未报告有症状感染的个体中，重复接种COVID-19疫苗对适应性免疫的长期影响	揭示了重复疫苗接种后T细胞反应的稳定性和多样性，以及无症状感染对T细胞表型的影响	样本量较小（78人），且仅针对未报告症状感染的个体，可能无法代表更广泛人群	探讨重复COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响	78名未报告有症状感染的个体	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	78名未报告有症状感染的个体
56	2025-07-02	Identification and validation of synergistic drug strategies targeting macrophage polarization in triple-negative breast cancer via single-cell transcriptomics and deep learning 2025-Jun-26, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102457 PMID:40580873	研究论文	通过单细胞转录组学和深度学习，识别并验证针对三阴性乳腺癌中巨噬细胞极化的协同药物策略	开发了一个基于巨噬细胞分化的分类器（MMDCSS），并发现非那雄胺作为ZBTB20调节剂能够逆转肿瘤诱导的M2巨噬细胞极化	研究样本量较小（24名TNBC患者），且未涉及临床试验	探索三阴性乳腺癌中巨噬细胞极化的调控机制及其治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者的肿瘤微环境（TME）中的巨噬细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、伪时间轨迹映射	深度学习	转录组数据	24名TNBC患者
57	2025-07-02	Investigating the dynamic signaling pathways involved in the specialization and differentiation of epiblast cells in early human embryos 2025-Jun-26, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2025.05.014 PMID:40581241	研究论文	通过分析人类胚胎单细胞RNA测序数据，研究外胚层细胞特化和分化过程中的动态信号通路	揭示了BMP、WNT、FGF、LIF和TGFβ等多条信号通路在外胚层发育中的作用，并提出了内细胞团和外胚层可能作为信号枢纽协调关键细胞间通讯事件的新观点	需要进一步的蛋白质水平和功能验证	探究人类胚胎早期发育过程中外胚层细胞特化和分化的调控机制	人类早期胚胎的外胚层细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涵盖植入前、植入后、原肠胚形成前和早期原肠胚形成阶段的人类胚胎样本
58	2025-07-02	Rab27a+CAF exosomal miR-9-5p promotes osteosarcoma progression via CREBRF/MAPK signaling pathway 2025-Jun-26, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111964 PMID:40581265	研究论文	本研究探讨了Rab27a+CAF外泌体miR-9-5p通过CREBRF/MAPK信号通路促进骨肉瘤进展的机制	首次揭示了Rab27a+CAF外泌体miR-9-5p通过靶向抑制CREBRF激活MAPK信号通路促进骨肉瘤进展的分子机制	研究主要基于体外和小鼠模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明CAF外泌体miRNA调控骨肉瘤进展的分子机制	骨肉瘤患者血清和组织样本、小鼠模型	肿瘤生物学	骨肉瘤	小RNA测序、qRT-PCR、单细胞RNA测序、双荧光素酶报告基因检测	皮下骨肉瘤小鼠模型	RNA测序数据、qRT-PCR数据、单细胞RNA测序数据	骨肉瘤患者血清和组织样本（具体数量未明确）、小鼠模型
59	2025-07-02	Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro 2025-Jun-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115909 PMID:40570367	研究论文	研究细胞因子混合物对人THP-1巨噬细胞的重新编程，使其表现出与阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型	首次使用细胞因子混合物（IL-4、CSF1、IL-34和TGF-β）在体外重编程人巨噬细胞，模拟阿尔茨海默病相关的小胶质细胞和脂质相关巨噬细胞（DLAM）的转录状态	研究仅限于体外模型，未在体内验证其生理相关性	探索细胞因子如何调控巨噬细胞向神经退行性疾病相关表型转变	人THP-1巨噬细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、转录组分析、功能实验（细胞运动性、吞噬作用、溶酶体活性和代谢分析）	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
60	2025-07-02	Gene-regulatory programs that specify age-related differences during thymocyte development 2025-Jun-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115903 PMID:40570375	研究论文	本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育程序的转录和染色质可及性图谱，揭示了不同基因调控程序的个体发育及其与年龄相关差异的联系	识别了从发育早期就随年龄分化的基因模块，揭示了新生小鼠在早期胸腺细胞发育中具有更开放的染色质，并利用CRISPR扰动方法结合单细胞RNA测序发现了保守的转录调控因子Zbtb20	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他物种	探究T细胞发育过程中与年龄相关的基因调控程序差异	新生和成年小鼠的T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序，CRISPR扰动	NA	转录组数据，染色质可及性数据	新生和成年小鼠的T细胞样本