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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2026-01-07 |
Intrinsic OASL expression licenses interferon induction during influenza A virus infection
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643375
PMID:40166309
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研究论文 | 本文通过分析流感A病毒感染细胞的单细胞RNA测序数据,揭示了宿主因子OASL的内在表达对IFNL诱导的关键作用 | 开发了一种分析时间序列单细胞RNA测序数据的方法,以识别调控细胞间干扰素诱导异质性的宿主因子,并首次发现干扰素刺激基因OASL的内在表达是流感A病毒感染中IFNL稳健诱导所必需的 | 未明确说明样本量或实验设计的详细限制,可能局限于流感A病毒感染的特定模型 | 识别在病毒感染中调控细胞间干扰素诱导异质性的宿主因子 | 流感A病毒感染的细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 522 | 2026-01-07 |
Dissection of Gαs and Hedgehog signaling crosstalk reveals therapeutic opportunities to target adenosine receptor 2b in Hedgehog-dependent tumors
2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.21.639530
PMID:40060632
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研究论文 | 本文通过组织学、bulk RNA测序和单细胞RNA测序,揭示了Gαs信号通路失活与Hedgehog信号在基底细胞癌中的相互作用,并提出了靶向腺苷受体2B作为潜在治疗策略 | 首次发现Gαs通路失活驱动的肿瘤与经典Hedgehog SMO驱动的肿瘤相似,并证明腺苷2B受体激活可抑制Hedgehog信号和肿瘤形成 | 研究主要基于小鼠模型,人类BCC中的临床验证尚需进一步探索 | 探究Gαs与Hedgehog信号通路的交叉调控机制,并寻找基底细胞癌的治疗新靶点 | 小鼠基底细胞癌样肿瘤及人类基底细胞癌样本 | 数字病理学 | 基底细胞癌 | 组织学分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 图像、RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 523 | 2026-01-07 |
Spatially distinct cellular and molecular landscapes define prognosis in triple negative breast cancer
2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637503
PMID:39990419
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,深入分析了三阴性乳腺癌中不同预后患者的细胞和分子异质性 | 首次利用空间转录组学技术,系统揭示了三阴性乳腺癌不同预后背后的空间和分子异质性,并识别出能高精度分类预后的上皮基因特征 | 研究样本量相对较小(32例),且为回顾性设计,可能限制结果的普遍性 | 探究三阴性乳腺癌不同预后的细胞和分子基础,以推动精准诊断和治疗策略 | 三阴性乳腺癌患者的FFPE组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 卷积神经网络(CNN) | 空间转录组数据 | 32例女性患者(17例良好预后,15例不良预后) | NA | 空间转录组学 | GeoMX® Digital Spatial Profiler | GeoMx人类全转录组图谱(WTA)面板 |
| 524 | 2026-01-07 |
The Single-Cell Landscape of Peripheral and Tumor-infiltrating Immune Cells in HPV- HNSCC
2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.632928
PMID:39868329
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据,揭示了HPV阴性头颈鳞状细胞癌中免疫细胞的动态变化及其与疾病进展的关系 | 首次整合两个单细胞RNA测序数据集,全面分析HPV阴性HNSCC中免疫细胞的分子特征和细胞间通讯模式,并发现细胞毒性免疫细胞作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 样本量相对较小(29个样本),且仅针对HPV阴性HNSCC,可能无法推广到其他亚型 | 探索HPV阴性头颈鳞状细胞癌的复杂免疫景观,以识别潜在的治疗靶点 | HPV阴性头颈鳞状细胞癌患者的外周血单个核细胞和肿瘤浸润免疫细胞 | 单细胞组学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,高度多重免疫荧光检测 | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫荧光图像 | 29个样本,近300,000个免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 525 | 2026-01-07 |
An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations
2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.08.631962
PMID:39829764
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序和空间转录组学数据,构建了甲状腺癌进展的图谱,识别了与疾病进展相关的成纤维细胞亚群 | 结合单细胞测序、空间转录组学和批量RNA测序,首次在甲状腺癌中定义了炎症性和肌成纤维性癌症相关成纤维细胞亚群及其空间分布 | NA | 研究甲状腺癌进展过程中的基质细胞亚群和肿瘤-基质相互作用 | 甲状腺癌样本,包括分化良好和未分化的类型 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,批量RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,批量RNA-seq | NA | NA |
| 526 | 2026-01-07 |
Construction and validation of an anoikis-related prognostic model for lung adenocarcinoma based on bulk and single-cell transcriptomic data
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0335788
PMID:41187171
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研究论文 | 本研究基于批量转录组和单细胞转录组数据,构建并验证了一个与失巢凋亡相关的肺腺癌预后模型 | 首次结合批量转录组和单细胞RNA测序数据,利用机器学习方法开发了一个包含7个基因的失巢凋亡相关预后模型,并深入探讨了TIMP1在肿瘤微环境中的作用 | 模型仅在GEO数据库的两个队列中进行了验证,需要更多独立队列和前瞻性研究来确认其临床适用性 | 开发并验证一个用于肺腺癌预后预测的失巢凋亡相关基因模型 | 肺腺癌患者及其转录组数据 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组化, 多重免疫荧光 | Cox回归, LASSO回归, 随机森林 | 转录组数据 | 来自GEO数据库的两个肺腺癌队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 527 | 2026-01-07 |
Altered AP-1, RUNX and EGR chromatin dynamics drive fibrotic lung disease
2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.23.619858
PMID:39554071
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研究论文 | 本研究通过多组学单核ATAC/RNA测序分析,揭示了AP-1、RUNX和EGR转录因子在纤维化肺病中的染色质动态变化及其对促纤维化基因程序的调控机制 | 首次使用神经网络工具ChromBPNet在单碱基对分辨率下推断转录因子结合,并开发新算法HALO确认AP-1、RUNX和EGR的活性,构建了TF-调控元件-基因网络 | 研究基于移植肺样本,可能无法完全反映疾病早期或动态变化,且样本量有限 | 探究纤维化肺病中成纤维细胞和巨噬细胞的转录调控机制 | 系统性硬化相关间质性肺病(SSc-ILD)患者和供体对照的肺组织 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单核ATAC-seq, 单核RNA-seq, 多组学分析 | 神经网络(ChromBPNet) | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 528 | 2026-01-07 |
ENPP1 is an innate immune checkpoint of the anticancer cGAMP-STING pathway in breast cancer
2023-12-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2313693120
PMID:38117852
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研究论文 | 本文揭示了ENPP1作为先天免疫检查点,通过抑制细胞外cGAMP-STING通路促进乳腺癌生长和转移的机制 | 首次在单细胞水平证明ENPP1通过水解细胞外cGAMP抑制STING通路,是乳腺癌免疫逃逸的关键因子 | 研究主要基于乳腺癌模型,其他癌症类型中的机制尚未完全阐明 | 探究ENPP1在乳腺癌进展中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力 | 乳腺癌细胞、正常组织及患者样本 | 癌症免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确样本数量,但包括乳腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 529 | 2026-01-07 |
A distinct human cell type expressing MHCII and RORγt with dual characteristics of dendritic cells and type 3 innate lymphoid cells
2023-12-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2318710120
PMID:38109523
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术,识别并表征了人类中一种罕见的具有树突状细胞特征的RORγt细胞亚群,称为RORγt DC样细胞 | 首次在人类中识别出一种独特的RORγt DC样细胞亚群,该细胞兼具树突状细胞和3型先天淋巴样细胞的特征,并展示了其增殖潜力和向CD1c DC2样细胞分化的可塑性 | 研究主要基于体外实验,其在体内免疫稳态、炎症和自身免疫中的具体功能和影响仍需进一步探究 | 探究人类中表达RORγt的抗原呈递细胞亚群的特性、功能及其在免疫调节中的作用 | 人类RORγt DC样细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 530 | 2026-01-07 |
Genetic and immune determinants of E. coli liver abscess formation
2023-12-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2310053120
PMID:38096412
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术,揭示了小鼠肝脏脓肿形成的遗传和免疫决定因素,特别是TLR4介导的早期炎症反应在脓肿易感性中的作用 | 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,系统性地表征了E. coli肝脏脓肿的免疫细胞组成和遗传基础,并发现TLR4介导的先天免疫反应过度激活是脓肿易感性的关键驱动因素 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需验证;脓肿形成的具体分子机制和遗传位点仍需进一步探索 | 探究E. coli感染后肝脏脓肿形成的宿主遗传和免疫决定因素 | 小鼠(特别是C57BL品系)的肝脏组织及E. coli细菌 | 空间转录组学 | 肝脏感染 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个小鼠品系(包括C57BL/6N雌性等) | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 531 | 2026-01-07 |
Interleukin-17-mediated protective cytokine signaling against degeneration of the retinal pigment epithelium
2023-12-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2311647120
PMID:38085785
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了脉络膜γδ T细胞通过IL-17信号通路调控视网膜下小胶质细胞代谢重编程,从而保护视网膜色素上皮免受损伤的机制 | 首次在单细胞水平上鉴定脉络膜γδ T细胞为IL-17的主要生产者,并阐明IL-17通过受体介导的级联反应调控小胶质细胞脂质代谢的新保护机制 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类视网膜疾病中验证;单细胞测序数据可能受样本量和技术限制 | 探究视网膜色素上皮损伤后免疫细胞相互作用的分子机制 | 小鼠脉络膜免疫细胞和视网膜色素上皮细胞 | 单细胞组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量的小鼠脉络膜组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 532 | 2026-01-07 |
Lymph node stromal cell responses to perinatal T cell waves, a temporal atlas
2023-12-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2316957120
PMID:38079541
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了小鼠早期淋巴结微环境的时序图谱,揭示了围产期T细胞耐受诱导过程中基质细胞的动态变化及其与T细胞的相互作用 | 首次系统描绘了围产期淋巴结微环境的动态演变图谱,并揭示了α:β T细胞功能障碍对基质细胞的急性影响机制 | 研究局限于小鼠模型,人类围产期淋巴结微环境的可比性尚未验证 | 阐明围产期T细胞耐受诱导过程中淋巴结微环境的动态变化机制 | 小鼠淋巴结基质细胞与围产期T细胞(特别是调节性T细胞) | 单细胞组学 | 免疫耐受相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 533 | 2026-01-07 |
Single-cell reconstruction and mutation enrichment analysis identifies dysregulated cardiomyocyte and endothelial cells in congenital heart disease
2023-12-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
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研究论文 | 本研究结合基因组学与单细胞转录组学,对先天性心脏病(CHD)进行了综合分析,识别了90个潜在的风险基因,并揭示了心肌细胞和心内膜细胞是主要的CHD相关细胞类型 | 首次将基因组学与CHD单细胞转录组学进行综合分析,识别了6个新的候选CHD基因,并揭示了CHD基因的异质性表达 | NA | 识别先天性心脏病(CHD)的潜在风险基因和相关细胞类型,以理解其表型异质性 | 先天性心脏病(CHD)患者的心脏组织 | 单细胞转录组学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6个CHD组织和4个对照组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 534 | 2026-01-07 |
Genetic and immune determinants of E. coli liver abscess formation
2023-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.11.543319
PMID:37398354
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术,揭示了小鼠肝脏脓肿形成的遗传和免疫决定因素,特别是TLR4介导的早期炎症反应在脓肿易感性中的作用 | 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,系统性地描述了E. coli肝脏脓肿的免疫细胞组成和遗传易感性,并发现TLR4介导的早期炎症反应在脓肿形成与细菌清除之间的权衡机制 | 研究主要基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;脓肿形成的详细分子机制仍需进一步探索 | 探究E. coli肝脏脓肿形成的宿主遗传和免疫决定因素 | 小鼠肝脏组织及E. coli感染模型 | 数字病理学 | 肝脏感染 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多种小鼠品系(如C57BL/6N雌性) | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 535 | 2026-01-07 |
ENPP1 is an innate immune checkpoint of the anticancer cGAMP-STING pathway
2023-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.01.543353
PMID:37333273
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研究论文 | 本文揭示了ENPP1作为抗癌cGAMP-STING通路中的先天免疫检查点,通过抑制细胞外cGAMP水解和激活免疫抑制性腺苷信号,促进乳腺癌生长和转移 | 首次在单细胞水平上证明ENPP1通过协同抑制cGAMP-STING抗肿瘤免疫和激活免疫抑制性腺苷信号驱动乳腺癌进展,并发现选择性抑制其cGAMP水解活性可恢复旁分泌cGAMP-STING信号 | 研究主要聚焦于乳腺癌,未广泛验证其他癌症类型;机制研究依赖于小鼠模型,临床转化需进一步验证 | 探究ENPP1在肿瘤发生中的分子和细胞机制,特别是其在cGAMP-STING通路中的免疫调节作用 | 乳腺癌细胞、肿瘤微环境中的基质细胞和免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 未明确指定样本数量,但涉及乳腺癌患者数据和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 536 | 2026-01-07 |
A mannitol-based buffer improves single-cell RNA sequencing of high-salt marine cells
2023-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.26.538465
PMID:37163054
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研究论文 | 本文介绍了一种基于甘露醇的缓冲液(PBS-M),用于改善高盐度海洋生物细胞的单细胞RNA测序质量 | 提出了一种低盐度磷酸盐缓冲液补充D-甘露醇(PBS-M)的方法,能减少细胞死亡和背景mRNA,提高海洋生物单细胞RNA测序的数据质量和细胞状态检测能力 | NA | 改善高盐度海洋生物细胞的单细胞RNA测序兼容性和数据质量 | 海鞘血细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 537 | 2026-01-06 |
Bulk and Single-Cell Transcriptomics Reveal the Role of Inflammatory Response-Related Genes in Cerebral Ischemia-Reperfusion Injury
2026-Jan-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202503423R
PMID:41460635
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研究论文 | 本研究整合单细胞和批量转录组学数据,揭示了炎症反应相关基因在脑缺血再灌注损伤中的关键作用 | 首次整合单细胞和批量转录组学数据,系统鉴定出四个关键的炎症反应相关基因,并发现小胶质细胞在CIRI中可分为七个功能异质性亚群 | 需要前瞻性临床研究和功能实验进一步验证 | 鉴定脑缺血再灌注损伤中的诊断和治疗性炎症反应相关基因 | 大鼠/小鼠脑缺血再灌注损伤模型 | 生物信息学 | 脑缺血再灌注损伤 | RNA-seq | LASSO回归, 共识聚类, Seurat, Monocle2 | 基因表达谱 | 来自GEO数据库的多个数据集(GSE97537, GSE61616, GSE137482, GSE227651) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 538 | 2026-01-06 |
Multi-Omic Profiling of T Cell-Mediated Rejection After Kidney Transplantation Reveals B Cell Receptor Repertoire Expansion and Its Prognostic Relevance
2026-Jan-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502448RR
PMID:41467897
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了肾移植后T细胞介导排斥反应中B细胞受体库的扩增及其预后相关性 | 首次描绘了TCMR中BCR库的景观,识别了MEI1作为BCR相关关键基因,并发现浸润浆细胞是BCR的主要持有者,可作为独立的预后风险因素 | NA | 探索肾移植后T细胞介导排斥反应中B细胞受体库的免疫景观,以识别新的治疗靶点 | 肾移植患者的肾同种异体移植物,特别是T细胞介导排斥反应样本 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫荧光 | TRUST4算法 | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 细胞系数据, 图像数据 | 三个独立的肾移植队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 539 | 2026-01-06 |
1,3,6-Tri-O-Galloyl-β-D-Glucose Alleviates Sepsis-Induced Lung Damage by Inhibiting Inflammatory Response and Oxidative Stress Through Targeting Neutrophil IFIT1
2026-Jan-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202503249R
PMID:41479373
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研究论文 | 本研究探讨了1,3,6-Tri-O-Galloyl-β-D-Glucose通过靶向中性粒细胞IFIT1抑制炎症反应和氧化应激,从而减轻脓毒症诱导的肺损伤 | 首次识别出具有组织保护潜力的Ifit1中性粒细胞亚群,并发现天然化合物TGG作为IFIT1的有效激动剂,为脓毒症肺损伤提供了新的治疗靶点和候选药物 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人类临床试验中验证TGG的安全性和有效性 | 阐明调节过度免疫反应和决定脓毒症预后的关键机制,并提供新的干预策略 | 脓毒症小鼠模型中的免疫细胞,特别是中性粒细胞 | NA | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,RNA测序,虚拟筛选,分子对接 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞术数据,RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 540 | 2026-01-06 |
Single-cell omics in investigating the effect of CAFs with KRAS overexpression on the malignant progression of anaplastic thyroid cancer
2026-Jan-05, Journal of the Chinese Medical Association : JCMA
IF:1.9Q2
DOI:10.1097/JCMA.0000000000001334
PMID:41486477
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,探究了KRAS过表达的癌症相关成纤维细胞(CAFs)对未分化甲状腺癌(ATC)恶性进展的影响 | 首次在单细胞水平上揭示了KRAS在ATC成纤维细胞中的表达谱,并证实了KRAS过表达的CAFs通过激活RAS/RAF/MAPK通路促进ATC细胞的增殖、迁移和侵袭 | 研究主要基于体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证;样本量可能有限,未详细说明具体样本数量 | 揭示KRAS过表达的CAFs对ATC恶性生物学行为的影响机制 | 未分化甲状腺癌(ATC)组织、癌症相关成纤维细胞(CAFs)、旁癌组织成纤维细胞(PTFs)及ATC细胞 | 单细胞组学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Western blot、克隆形成实验、EdU染色、Transwell实验、Annexin V-FITC/PI染色 | NA | 单细胞RNA测序数据、体外细胞实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |