单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5161	2024-12-24	c-JUN is a barrier in hESC to cardiomyocyte transition 2023-11, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302121 PMID:37604584	研究论文	本文研究了c-JUN在人胚胎干细胞向心肌细胞转化中的作用	首次揭示了c-JUN通过调节H3K4me3修饰和染色质可及性来调控心肌细胞命运	NA	探讨c-JUN在人心肌细胞分化中的调控作用	人胚胎干细胞及其向心肌细胞的分化	NA	NA	ATAC-seq, ChIP-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
5162	2024-12-23	Integrating scRNA-seq and Visium HD for the analysis of the tumor microenvironment in the progression of colorectal cancer 2025-Jan-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113752 PMID:39642568	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和Visium HD空间转录组技术，分析了结直肠癌进展过程中肿瘤微环境的变化	本文首次结合高分辨率空间转录组学技术，深入研究了结直肠癌肿瘤微环境的动态变化，并发现了NOTUM+上皮细胞和IGHG1/3+浆细胞在正常组织与腺瘤交界处的聚集现象	本文主要基于数据分析，缺乏实验验证，且样本量未明确说明	研究结直肠癌进展过程中肿瘤微环境的变化	结直肠癌的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序，Visium HD空间转录组	NA	转录组数据	NA
5163	2024-12-23	The prognostic significance and potential mechanism of PFDN4 in hepatocellular carcinoma 2025-Jan-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113761 PMID:39644788	研究论文	本研究探讨了PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对预后的影响和潜在机制	首次系统研究了PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对肿瘤进展的影响，并揭示了其通过MAPK/ERK信号通路调控肝细胞癌行为的机制	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏更大规模的临床样本验证	探讨PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对预后的影响和潜在机制	PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对肿瘤进展的影响	NA	肝细胞癌	CCK-8, EdU, 伤口愈合, Transwell, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	多个数据库和临床样本, 稳定敲低和过表达PFDN4的肝细胞癌细胞系
5164	2024-12-23	An Integrative analysis of single-cell RNA-seq, transcriptome and Mendelian randomization for the Identification and validation of NAD+ Metabolism-Related biomarkers in ulcerative colitis 2025-Jan-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113765 PMID:39647286	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、转录组数据和孟德尔随机化分析，识别和验证了与烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD+）代谢相关的生物标志物在溃疡性结肠炎中的作用	首次通过多组学数据整合和孟德尔随机化分析，识别并验证了NAD+代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的生物标志物作用	研究依赖于现有数据集，可能存在样本偏倚和外部验证不足的问题	探索NAD+代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的潜在作用，并验证其作为生物标志物的可行性	NAD+代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的表达模式及其作为生物标志物的潜力	数字病理学	消化系统疾病	单细胞RNA测序、转录组分析、孟德尔随机化分析、实时定量聚合酶链反应	机器学习	基因表达数据	使用了GSE87466、GSE75214和GSE224758等多个数据集，样本数量未明确提及
5165	2024-12-23	MSR1 in lung squamous cell carcinoma: Prognostic and immunological values in pan-cancer and single-cell analyses and a cohort study 2025-Jan-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113811 PMID:39667048	研究论文	研究探讨了巨噬细胞清道夫受体1（MSR1）在肺鳞状细胞癌（LUSC）中的预后和免疫学价值	首次系统分析了MSR1在泛癌和单细胞水平上的表达及其与免疫细胞浸润的关系，并验证了其在LUSC中的预后和诊断潜力	研究主要基于数据库分析和队列研究，缺乏体内实验验证	探讨MSR1在LUSC中的预后和免疫学价值，并评估其作为诊断和预后标志物的潜力	MSR1在肺鳞状细胞癌中的表达、预后价值及其与免疫细胞浸润的关系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	49,566名UK Biobank参与者
5166	2024-12-23	Unveiling Cancer-Related Metaplastic Cells in Both Helicobacter pylori Infection and Autoimmune Gastritis 2025-Jan, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.08.032 PMID:39236896	研究论文	本文研究了幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引起的胃化生细胞，并探讨了其与胃癌风险的关系	首次揭示了幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中表达ANPEP/CD13的癌相关化生细胞亚型，表明这两种疾病具有致癌潜力	研究主要基于小鼠模型和人类样本，可能无法完全反映人类疾病的全貌	探讨幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引起的胃化生细胞及其与胃癌风险的关系	幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引起的胃化生细胞	数字病理学	胃癌	单细胞转录组学	NA	组织样本	小鼠模型和人类患者活检样本
5167	2024-12-23	Transcriptomic heterogeneity of non-beta islet cells is associated with type 2 diabetes development in mouse models 2025-Jan, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06301-6 PMID:39508880	研究论文	本研究探讨了非β细胞在胰腺胰岛中早期2型糖尿病发病机制中的作用	揭示了非β细胞在不同糖尿病易感性小鼠模型中的转录异质性，并发现这种异质性与人类2型糖尿病的发展相关	研究主要基于小鼠模型和人类胰岛数据，可能无法完全反映人类2型糖尿病的复杂性	理解非β细胞在胰腺胰岛中早期2型糖尿病发病机制中的作用	肥胖小鼠模型和人类胰岛中的非β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自肥胖小鼠和人类胰岛的单细胞转录组数据
5168	2024-12-23	Osteoarthritis year in review 2024: Genetics, genomics, and epigenetics 2025-Jan, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.10.014 PMID:39537019	综述	本文综述了过去12个月在骨关节炎遗传学、基因组学和表观遗传学领域的进展	本文介绍了功能基因组学研究的增加，并确定了26个与骨关节炎病理相关的新基因，以及单细胞转录组学和两种新的组学技术（表观转录组学和线粒体基因组学）的应用	本文仅关注使用全基因组组学技术的人类材料研究	总结过去一年在骨关节炎遗传学、基因组学和表观遗传学领域的最新进展	骨关节炎的遗传学、基因组学和表观遗传学研究	基因组学	骨关节炎	全基因组组学技术、单细胞转录组学、表观转录组学、线粒体基因组学	NA	基因组数据	涉及多种骨关节炎相关组织的人类材料
5169	2024-12-23	GraCEImpute: A novel graph clustering autoencoder approach for imputation of single-cell RNA-seq data 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109400 PMID:39561511	研究论文	本文提出了一种基于图聚类自编码器（GCAE）的新方法GraCEImpute，用于单细胞RNA测序数据中的缺失数据插补	GraCEImpute模型在插补单细胞RNA测序数据中的缺失值方面优于现有方法，并显著提高了下游分析的质量	NA	解决单细胞RNA测序数据中由于技术限制导致的高丢失率问题	单细胞RNA测序数据中的缺失数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图聚类自编码器（GCAE）	RNA测序数据	NA
5170	2024-12-23	Identification of IFITM3 as a diagnostic biomarker of systemic lupus erythematosus and its association with disease activity based on multi-omics and experimental verification 2025-Jan, Lupus IF:1.9Q3 DOI:10.1177/09612033241304454 PMID:39629611	研究论文	本研究旨在通过多组学和实验验证，识别系统性红斑狼疮的诊断生物标志物IFITM3，并探讨其与疾病活动的关系	首次通过多组学分析和实验验证，发现IFITM3在系统性红斑狼疮患者中的表达显著上调，并具有诊断价值和与疾病活动相关的潜力	研究样本量相对较小，且仅限于特定人群，未来需要更大规模的研究来验证结果	识别系统性红斑狼疮的新型诊断生物标志物，并探讨其与疾病活动的关系	系统性红斑狼疮患者和健康对照组的外周血单核细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 定量实时聚合酶链反应, 蛋白质印迹, 流式细胞术	NA	RNA数据	68名系统性红斑狼疮患者和31名健康对照
5171	2024-12-23	The impact of PTEN status on glioblastoma multiforme: A glial cell type-specific study identifies unique prognostic markers 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109395 PMID:39531927	研究论文	本研究分析了PTEN状态对胶质母细胞瘤的影响，通过单细胞转录组和批量RNA表达谱数据，识别了与PTEN状态相关的独特分子通路和预后标志物	首次在胶质细胞类型水平上分析了PTEN状态对胶质母细胞瘤的分子机制，并识别了与PTEN状态相关的独特预后标志物	研究依赖于公开的单细胞和批量RNA表达数据，可能无法完全代表所有胶质母细胞瘤患者的情况	探讨PTEN状态对胶质母细胞瘤的分子机制及其在不同胶质细胞类型中的预后标志物	PTEN野生型和缺失型的胶质母细胞瘤患者	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组分析，批量RNA表达谱分析	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA表达数据	公开的单细胞转录组和批量RNA表达数据
5172	2024-12-23	Integrative multi-omics analysis of Crohn's disease and metabolic syndrome: Unveiling the underlying molecular mechanisms of comorbidity 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109365 PMID:39541897	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了克罗恩病和代谢综合征之间的潜在分子机制	本研究首次通过多组学分析揭示了克罗恩病和代谢综合征之间的共享基因及其在免疫反应和代谢调节中的作用	本研究主要依赖于公共数据库中的微阵列数据，可能存在数据质量和样本多样性的限制	揭示克罗恩病和代谢综合征之间的潜在分子机制	克罗恩病和代谢综合征的共享基因及其功能	生物信息学	消化系统疾病	微阵列数据分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、基因本体论（GO）分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络构建、随机森林、最小绝对收缩和选择算子（LASSO）回归、极端梯度提升（XGBoost）算法、CIBERSORT、基因集变异分析（GSVA）、孟德尔随机化分析、共定位分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	极端梯度提升（XGBoost）	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的微阵列数据
5173	2024-12-23	Integrated machine learning reveals the role of tryptophan metabolism in clear cell renal cell carcinoma and its association with patient prognosis 2024-Dec-21, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00576-w PMID:39707545	研究论文	本研究探讨了色氨酸代谢在透明细胞肾细胞癌中的作用及其与患者预后的关联，并开发了一个基于色氨酸代谢的预测模型	首次开发了基于色氨酸代谢的预测模型，用于评估透明细胞肾细胞癌患者的预后和治疗反应	实验验证仅限于少数基因和组织样本，需要进一步的临床验证	研究色氨酸代谢在透明细胞肾细胞癌中的作用，并开发预测模型以改善患者分层和个性化治疗	透明细胞肾细胞癌患者的预后和治疗反应	机器学习	肾细胞癌	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、qRT-PCR、Western blot、CCK8实验、transwell实验	机器学习模型	多组学数据	多个数据集和实验样本
5174	2024-12-23	An insight into COVID-19 host immunity at single-cell resolution 2024-Dec-21, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2024.2443420 PMID:39707914	综述	本文系统描述了在COVID-19感染和不同疫苗接种情况下，基于单细胞研究的病毒诱导的免疫细胞类型和细胞状态的相对丰度及分子行为的失调	利用单细胞转录组学技术，高分辨率地研究了宿主对SARS-CoV-2感染的免疫反应	NA	探讨COVID-19感染和不同疫苗接种情况下宿主免疫反应的细胞和分子基础	COVID-19感染和不同疫苗接种情况下的免疫细胞类型和细胞状态	NA	COVID-19	单细胞转录组学	NA	转录组	基于过去三到四年发表的单细胞研究
5175	2024-12-23	Single-cell transcriptomics reveal the prognostic roles of epithelial and T cells and DNA methylation-based prognostic models in pancreatic cancer 2024-Dec-21, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-024-01800-0 PMID:39709423	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序和DNA甲基化数据，揭示了胰腺癌中上皮细胞和T细胞的预后作用，并构建了基于DNA甲基化的预后模型	首次整合单细胞RNA测序和DNA甲基化数据，构建了基于上皮细胞和T细胞特异性甲基化模式的预后模型	研究主要基于TCGA数据集，可能存在样本偏倚，需要进一步在其他数据集上验证	探讨胰腺癌中不同细胞类型的预后作用，并开发基于DNA甲基化的预后模型	胰腺癌中的上皮细胞和T细胞，以及基于这些细胞的DNA甲基化特征	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序，DNA甲基化	NA	基因组数据，临床数据	使用了TCGA数据集进行验证
5176	2024-12-23	Low expression of CCKBR in the acinar cells is associated with insufficient starch hydrolysis in ruminants 2024-Dec-20, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07406-9 PMID:39706905	研究论文	本文研究了成年山羊和新生山羊胰腺外分泌功能的差异，并探讨了CCKBR受体表达与反刍动物淀粉消化能力的关系	首次结合scRNA-seq和蛋白质组学分析，揭示了成年山羊胰腺外分泌功能优于新生山羊，并发现CCKBR受体在腺泡细胞中的低表达与淀粉水解不足有关	研究仅限于山羊，未探讨其他反刍动物的情况	探讨反刍动物淀粉消化能力低下的生理机制，为提高淀粉利用率提供理论依据	成年山羊和新生山羊的胰腺外分泌功能及CCKBR受体表达	NA	NA	scRNA-seq, 蛋白质组学分析	NA	RNA, 蛋白质	成年山羊和新生山羊
5177	2024-12-23	Crosstalk between CD180-overexpression macrophages and glioma cells worsens patient survival through malignant phenotype promotion and immunosuppressive regulation 2024-Dec-20, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-01029-w PMID:39707188	研究论文	研究探讨了CD180过表达巨噬细胞与胶质瘤细胞之间的相互作用，揭示了其通过促进恶性表型和免疫抑制调控来恶化患者生存的机制	首次揭示了CD180在胶质瘤中的预后作用及其在免疫抑制调控和恶性表型促进中的作用，为胶质瘤的免疫治疗提供了新的靶点	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探讨CD180在胶质瘤中的分子机制及其对患者预后的影响	CD180过表达巨噬细胞与胶质瘤细胞的相互作用	数字病理学	脑肿瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	使用了三个胶质瘤细胞系进行共培养实验
5178	2024-12-23	Single-cell analysis reveals the loss of FABP4-positive proliferating valvular endothelial cells relates to functional mitral regurgitation 2024-Dec-20, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03791-4 PMID:39707349	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了功能性二尖瓣反流患者的二尖瓣组织，揭示了FABP4阳性增殖性瓣膜内皮细胞的减少与功能性二尖瓣反流的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了功能性二尖瓣反流患者中FABP4阳性增殖性瓣膜内皮细胞的减少，并验证了FABP4在促进瓣膜内皮细胞增殖和迁移中的作用	样本量较小，仅包括6名患者，且未探讨FABP4减少的具体机制	深入理解功能性二尖瓣反流的病理机制，并识别二尖瓣组织中各细胞亚型的分子变化	功能性二尖瓣反流患者的二尖瓣组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	6名患者（3名功能性二尖瓣反流患者和3名非疾病对照）
5179	2024-12-23	Integrating single-cell RNA-Seq and machine learning to dissect tryptophan metabolism in ulcerative colitis 2024-Dec-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05934-w PMID:39707393	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和机器学习技术，解析了溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的异质性及其关键基因	首次在单细胞水平揭示了溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的异质性，并确定了关键基因CTSS、S100A11和TUBB	NA	解析溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的调控机制及其关键基因	溃疡性结肠炎中的色氨酸代谢及其相关基因	机器学习	炎症性肠病	单细胞RNA测序	随机森林、Boruta算法、LASSO、SVM-RFE、GBM	RNA	NA
5180	2024-12-23	C3+ cancer-associated fibroblasts promote tumor growth and therapeutic resistance in gastric cancer via activation of the NF-κB signaling pathway 2024-Dec-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05939-5 PMID:39707456	研究论文	研究探讨了C3+癌症相关成纤维细胞通过激活NF-κB信号通路促进胃癌生长和治疗抵抗的作用	首次揭示了C3+癌症相关成纤维细胞在胃癌中的具体标记物及其通过NF-κB信号通路促进肿瘤进展和治疗抵抗的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在临床试验中验证其治疗策略的有效性	探讨C3+癌症相关成纤维细胞在胃癌中的作用及其机制，并寻找潜在的治疗靶点	胃癌中的C3+癌症相关成纤维细胞及其对肿瘤微环境的影响	数字病理学	胃癌	单细胞测序、多重免疫荧光染色、RNA干扰	NA	RNA序列、免疫荧光图像	多个独立胃癌患者队列及体外细胞实验